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Alignments
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Reference ( family-436 )      : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT
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blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
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blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
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blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
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blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :      .   .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :          .    .   .    .                    . . .   
blockSeqs                     :          .    .   .    .                    . . .   


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT
finalCons                     : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT





Alignments
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lowQualScore                  :      222 222  222 3  7 2222222   7   7 7  7 0 3 1111   99                 7   
consensus                     : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT
Reference ( family-436 )      : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT
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gi|88705                      : TTATT---T---TT---T-CC-G-------TCG-GAC-A-AA-C-A-T----TAG--GGTTGATATGGAAACAA-AATtggt
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gi|88708                      : TCACT---T---AT---T-TA-G-------TCT-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--GGCGGATATGGCAACAA-AAtggt
gi|88709                      : TTATT---T---TT-----CA-G-------TCC-GAC-A-AA-A-G-T----TGA--GGTTGCTATGGCGACAATAATccgg
gi|88710                      : TTACT---T---TT---T-CA-T-------TCT-TAC-A-AA-A-A-C----TGT--GGTTGTTACGGCAAAAA-AAggt
gi|88711                      : TTGTT---T---TT---T-CA-G-------TTG-AAC-A-AA-A-A-T----TA------TGTTATGGCAACAA-AAT
gi|88712                      : TCATG---T---TT---T-CA-T-------TTG-GAC-A-AA-T-A-T----TGT--GGTTGTTATGGGAACAA-t
gi|88713                      : TTATA---A---TT---T-CA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-C-T----TAT--TTTTGCTATGGCAACAC-AATtactgg
gi|88714                      : TTATT---T---TT---TTCA-G-------TCG-AA----AA-A-A-------GT--GGTTGCTATGACAATAA-At
gi|88715                      : TTAAT---G---TT---T-GA-G--------CG-AAC-A-AA-ATA-T----TTT--GGTTGCTATGGCAACAA-Atttggt
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gi|88718                      : TTATT---T---TT---T-CA-G-------TCA-GACAA-AA-A-A-T----TGT--GATTGCTAT
gi|88719                      :  TATT---T---TG---T-CA-GACTTACATTG-GAA-A-TA-A-A-T----TGT--GGTTGTTATGGCAACAA-AAT
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gi|88721                      :   ATT---G---TG---T-TA-G-------TCT-GAC-A-AA-A-A-T----TGC--GGTTGCCATGGCAACAA-AATtggt
gi|88722                      :   ATT---T---TT---T----G-------TCG-GAC-A-AA-A-A-T----TGA--GGTTGCTATTGCAACAG-AATtggt
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gi|88725                      :    TT---T---TT---T-CA-G-------TCA-GAA-A-AA-A-A------TGT--GGTT-CTATGGCAACAA-AATtgg
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gi|88727                      :    TT---T---TTATAT-CA-G-------TTG-GAC-A-GA-A-A-T----TGT--GATTG--ATGGCAACAA-AATaggt
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gi|88729                      :      ---T---TT---T-CA-G-------TTG-GAA-C-AA-A-A-T----TAA--GGTTGCTTTGGCAACAA-AATtgat
gi|88730                      :      ---T---TT---T-AA-G-------TCG-GAC-A-AA-A-AAC----TGT--TATTGCTATGGCAACAA-tggt
gi|88731                      :          ---TT---T-CG-G-------TTG-GAC-A-AA-A-A-T----TGT--AGTTGCTATGGCAAC
gi|88732                      :          ---TT---T-TA-G-------ACT-GAC-A-AA-T-A-T----TGC--GGTTGCTATGGCAACAA-AAT