lowQualScore : 111111
lowQualScore : 0 0 00 2222 1 0 1 111 00 11 0 11 0 22 0 111 00 55555 1 2 0 0 0 555555
lowQualScore : . . .. .... . . . ... .. .. . .. . .. . ... .. ..... . . . . . ......
lowQualScore : 8 7 99 1111 4 7 3 888 99 88 2 88 7 22 7 222 99 44444 3 0 7 7 7 333333
consensus : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
Reference ( gi|110119 ) : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----C-AGTTGT
gi|110121 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----TTG-AAA-A---G--GT--CATATA--TTG-TC-TTT-AC---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTT
gi|110123 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--AC--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TG-AAT-G-TTTTGGTGC----A-TGTTGT
gi|110122 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATTTATTT-TT-TTT-AA---AAGC-----TT-TGTG-TT-GAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110125 : TCAA-GGTC-ACACA--GCAGGG----T-G-AAA-A---T--GT--TATATT--TTG-TC-TTG-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGATGC----A-AGTTGT
gi|110127 : TCAA-TGTC-ATATT--CCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TTTG-TTAAAA-G-TTTTGGTGC----
gi|110132 : TCAA-GGT--ATGTT--G---GG----C-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGATGC----A-AGTTGTaatttat
gi|110131 : TCAA-TGGC-ATATT--GCAGGA----T-G-AAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-TA---A--T-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110136 : TCAA-GATC-ATATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--AT--AATATT--TTG-TC-ATT-AA---A--T-----TC-TTTG-TT-GAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110140 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-T-GAA-A---G--GT--CACA-T--TTG-CC-TTT-AA---G--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTGTTGC----C-AGATGT
gi|110128 : TCAA-GGTC-TTGCT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTC--A---A--C-----TC-TAAG-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110126 : TCAA-GGTC-ATAAT--GCAGGG----TTG-TAA-A---G--GT--CATACA--ATG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTGGTAC----A-AGTTGT
gi|110137 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-A-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG
gi|110129 : TCAA-GATC-ATATT--TCAGGG----T-G-AAA-AT--A--GT--CACATT--T-G-CC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGTtaagtgtgca
gi|110133 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTA--TT-TGCG-TT-AAT-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110139 : TCAA-GGTC-AAATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--GT--TTTATT--TTG-TCTTTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTCTTGTGC----A-AGTTAT
gi|110142 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAC-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--T-----TC-TGTG-TT-AAT-G-TTTTGTTGC----A-AGCTAT
gi|110144 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-C---G--GT--TGAATT--TTG-TC-TTC-AA---A--C-----TC-TGTA-TT-AAA-G-TTATTGTGC----
gi|110135 : TCAA-AGTCTATGTT--GCAAGG----A-G-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGCT-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGTaattt
gi|110130 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGGA---T-G-AAA-G---G--AT--CATATA--TTA-TG-TTA-AA---A--C-----TC-TTCA-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110141 : TCAA-GGTC-CTATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCC-TT-AAA-G-TTTTTGT
gi|110147 : TCAA-GATC-ATTTT--GCAGGG----T-G-AAC-A---G--TA--CATATT--TCG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGAT
gi|110138 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGTA-TT-A
gi|110146 : TCAA-GATC-ATATT--GAAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC-TAT-CA---T--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-CGTTGGTG
gi|110145 : TCAA-GATC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CACA-T--TTG-TC-TTT-TA---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTT
gi|110149 : TCAA-TGTC-GTATT--GCAGGT----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-ATG-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-T-TTTT
gi|110150 : TCAA-CGTC-ATATA--ACAGAG----T-A-GAA-A---G--GT--CACATT--T-G-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-Ttgagcatgtt
gi|110143 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----A-A-AAA-A---T--GT--CACATT--TTG-TC--TT-GA---T--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TT
gi|110148 : TCAATGGT--ATACT--GCAGGG----C-G-ACA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AT---G--T-----TT-TGTG-TT-AAC-G-TTCTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110134 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTAA--TT-TGCGTTT-AAA-G-
gi|110151 : TCAA-TGTC-ATATT--AGAGGA----T-G-AAA-G---T--GT--CCTATT--TT-----TTT-TG---A--C-----TT-TGTG-TA-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AATTGT
gi|110153 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAA-G---G--GG--TACATT--TTC-TC-TTT-AT---A--C-----TA-TGTA-TG-AAATG-TTTTGGTTA----A-AGTTGT
gi|110124 : TCAA-AATC-CTACT--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--TT--AATATT--TTG-TC-TGT-AACTTA--A-----TT-AGCG-TC-AAA-G-TTTTGGTGT----A-AGCTGT
gi|110155 : TCAA-TGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-TAA--------GT--CAAATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTAA-TT-TGTG-AT-GAA-A--TTTGGTGC----
gi|110152 : TCAA-GGTC-AT-----GCTGGA----T-G-AAA-ATGAGACGT--TA-ATT--TTG-CT-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-A-TTTTTTTGC----A-AACTGTatgtagt
gi|110154 : TCAA-TTTC-ATATT--GCAAGG----T-G-AAA-A---G--GTCACATGTT--TTT-TT-TTT-AT---A--------TC-T-CG-TT-AAA-GATTTT
gi|110120 : TTAA-GGTC-ATGTT--GCAGCG----T-G-A---------------------------------AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-A-TGTTGATGC----A-AGTTGTactcaaactgt
gi|110156 : CAT-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATA--T-G-CC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGATTC----A-AGTT
gi|110157 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-GAAAA-A---G--GT--CGCA-C--TTG-CC-TTA-AA---A--T-----TT-TGTG-TT-AAA-A-TTTTGGCAT----A-AGTTGT
gi|110158 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-A---A--G----GTAAC--CTG-TC-TTT-TA---G--C-----TG-TACA-TT-AAA-G-TTTAGGCGC----A-AGTTGT
gi|110159 : CAA-GATC-ATATTATGTAGTG----T-G-AAT-A---G--GT--CACATT--T-G-CC-ATT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-CAA-G-TTT
gi|110163 : AA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-C---G--GT--CATATT--TTA-TCTTTT-AA---A--C-----GC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----ctgtaaaagatgt
gi|110161 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACA-G--TTG-CC-TTT-AA---G--T-----TC-TGCT-TT-AAA-G-TTTTGGTGC----A-AGATGTaaaatgt
gi|110160 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATA-T--TTG-TC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCGTTT-TAG-G-TTTTGATGT----A-AGATGT
gi|110164 : AA-GGTC-AAATT--ACAGG-----T-G-AAA-A---G--GT--AAAATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-GTTTGGTGC----A-AGTTGT
gi|110162 : AA-GTTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTTAATT-TGTG-AT-GCA-G-TTTTGGCGT----A-AGTTGT
gi|110165 : AA-GATC-ATATT--GCAGTG----T-G-ATA-A---G--GT--CAAATT--T---AC-TTTAAA---A--C-----TC-AG-G-TT-AAA-G-TTTTGGTAC----A-AGCTG
gi|110166 : A-GTTC-ATATT--TCAAGA----T-G-AAA-A---G--GT--CACATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TA-TGCA-TT-AAA-G-TCTTGATGCATTGCAAGTTGT
gi|110167 : A-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--TATATT--TTG-
gi|110168 : A-GGTC-ATATC--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--TT--CACA-T--TTG-CC-TTC-AA---A--C-----TC-GGCA-TT-TAA-A-TTTT
gi|110169 : GTT-GTATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-ATA-A-TTTTGGTGC----
gi|110170 : GTC-ACAAT--GCAGGA----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TACATTT-AAA-G-GTTTAGTGC----A-AGTaattt
gi|110171 : GTC-ATTTT--GCAATA------G-AAA-A---A--GT--CACATT--TGG-TT-TTT-AA------C-----TC-TGCT-TT-AAA-A-TTTTAGT
gi|110172 : TC-ATATT--GGAAGG----T-G-CAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC--GT-AA---A--C-----TT-TGCG-TA-AAA-G-TTTTGGTGC----ttaagct
gi|110174 : TC-ATATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--GTGCCAT-----TTG-CC-TTA-TA---A--C-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTGGTGC----aa
gi|110173 : TT-ATATT--GCATAG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATTAATTGCTT-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TG-AAT-G-TTatgt
gi|110175 : C-ATATT--G---GGCTCCT-G-TAG-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTAGATGC----A-AGTTGT
gi|110177 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCGGT-C----C-
gi|110176 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCGGT-C----C-a
gi|110178 : T--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-G-TTAAGGTGC----A-AGTTGTa
gi|110180 : A-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTTTGATGC----A-AGTTG
gi|110179 : A-A---G--GT--CACATT--C-A-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-GAA-G-TTTTGGTGC----A-AGCTGT
Alignments
lowQualScore : 0 0 00 2222 1 0 1 111 00 11 11 0 1 0 111 00 55555 1 2 0 0 0 11111 11111
lowQualScore : . . .. .... . . . ... .. .. .. . . . ... .. ..... . . . . . ..... .....
lowQualScore : 8 7 99 1111 3 7 3 888 99 88 88 6 3 7 111 99 33333 3 0 7 7 7 99999 99999
consensus : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
Reference ( family-433 ) : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110119 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCCAGTTGT
gi|110120 : TTAA-GGTC-ATGTT--GCAGCG----T-G-A---------------------------------AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-A-TGTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110121 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----TTG-AAA-A---G--GT--CATATA--TTG-TC-TTT-AC---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTT
gi|110122 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATTTATTT-TT-TTT-AA---AAGC-----TT-TGTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110123 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--AC--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TG-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCATGTTGT
gi|110124 : TCAA-AATC-CTACT--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--TT--AATATT--TTG-TC-TGT-AACTTA--A-----TT-AGCG-TC-AAA-G-TTTTG-----G-----TGTAAGCTGT
gi|110125 : TCAA-GGTC-ACACA--GCAGGG----T-G-AAA-A---T--GT--TATATT--TTG-TC-TTG-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110126 : TCAA-GGTC-ATAAT--GCAGGG----TTG-TAA-A---G--GT--CATACA--ATG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGTTGT
gi|110127 : TCAA-TGTC-ATATT--CCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TTTG-TTAAAA-G-TTTTG-----G-----TGCAATTTAT
gi|110128 : TCAA-GGTC-TTGCT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTC--A---A--C-----TC-TAAG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110129 : TCAA-GATC-ATATT--TCAGGG----T-G-AAA-AT--A--GT--CACATT--T-G-CC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110130 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGGA---T-G-AAA-G---G--AT--CATATA--TTA-TG-TTA-AA---A--C-----TC-TTCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110131 : TCAA-TGGC-ATATT--GCAGGA----T-G-AAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-TA---A--T-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110132 : TCAA-GGT--ATGTT--G---GG----C-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110133 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTA--TT-TGCG-TT-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110134 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTAA--TT-TGCGTTT-AAA-G-
gi|110135 : TCAA-AGTCTATGTT--GCAAGG----A-G-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110136 : TCAA-GATC-ATATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--AT--AATATT--TTG-TC-ATT-AA---A--T-----TC-TTTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110137 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-A-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-TTTTGTAAGTG-----TGCA
gi|110138 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGTA-TT-A
gi|110139 : TCAA-GGTC-AAATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--GT--TTTATT--TTG-TCTTTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTCTT-----G-----TGCAAGTTAT
gi|110140 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-T-GAA-A---G--GT--CACA-T--TTG-CC-TTT-AA---G--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----T-----TGCCAGATGT
gi|110141 : TCAA-GGTC-CTATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCC-TT-AAA-G-TTTTT-----G-----
gi|110142 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAC-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--T-----TC-TGTG-TT-AAT-G-TTTTG-----T-----TGCAAGCTAT
gi|110143 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----A-A-AAA-A---T--GT--CACATT--TTG-TC--TT-GA---T--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TT
gi|110144 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-C---G--GT--TGAATT--TTG-TC-TTC-AA---A--C-----TC-TGTA-TT-AAA-G-TTATT-----G-----TGCAATTT
gi|110145 : TCAA-GATC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CACA-T--TTG-TC-TTT-TA---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTT
gi|110146 : TCAA-GATC-ATATT--GAAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC-TAT-CA---T--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-CGTTG-----G-----TG
gi|110147 : TCAA-GATC-ATTTT--GCAGGG----T-G-AAC-A---G--TA--CATATT--TCG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----
gi|110148 : TCAATGGT--ATACT--GCAGGG----C-G-ACA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AT---G--T-----TT-TGTG-TT-AAC-G-TTCTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110149 : TCAA-TGTC-GTATT--GCAGGT----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-ATG-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-T-TTTTT-----G-----AGCATGTT
gi|110150 : TCAA-CGTC-ATATA--ACAGAG----T-A-GAA-A---G--GT--CACATT--T-G-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-T
gi|110151 : TCAA-TGTC-ATATT--AGAGGA----T-G-AAA-G---T--GT--CCTATT--TT-----TTT-TG---A--C-----TT-TGTG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAATTGT
gi|110152 : TCAA-GGTC-AT-----GCTGGA----T-G-AAA-ATGAGACGT--TA-ATT--TTG-CT-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-A-TTTTT-----T-----TGCAAACTGT
gi|110153 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAA-G---G--GG--TACATT--TTC-TC-TTT-AT---A--C-----TA-TGTA-TG-AAATG-TTTTG-----G-----TTAAAGTTGT
gi|110154 : TCAA-TTTC-ATATT--GCAAGG----T-G-AAA-A---G--GTCACATGTT--TTT-TT-TTT-AT---A--------TC-T-CG-TT-AAA-GATTTTA-----C-----T-CAAACTGT
gi|110155 : TCAA-TGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-TAA--------GT--CAAATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTAA-TT-TGTG-AT-GAA-A--TTTG-----G-----TGCATGTAGT
gi|110156 : CAT-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATA--T-G-CC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TTCAAGTT
gi|110157 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-GAAAA-A---G--GT--CGCA-C--TTG-CC-TTA-AA---A--T-----TT-TGTG-TT-AAA-A-TTTTG-----G-----CATAAGTTGT
gi|110158 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-A---A--G----GTAAC--CTG-TC-TTT-TA---G--C-----TG-TACA-TT-AAA-G-TTTAG-----G-----CGCAAGTTGT
gi|110159 : CAA-GATC-ATATTATGTAGTG----T-G-AAT-A---G--GT--CACATT--T-G-CC-ATT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-CAA-G-TTTCT-----G-----TAAAAGATGT
gi|110160 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATA-T--TTG-TC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCGTTT-TAG-G-TTTTG-----A-----TGTAAGATGT
gi|110161 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACAGT--T-G-CC-TTT-AA---G--T-----TC-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGATGT
gi|110162 : AA-GTTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTTAATT-TGTG-AT-GCA-G-TTTTG-----G-----CGTAAGTTGT
gi|110163 : AA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-C---G--GT--CATATT--TTA-TCTTTT-AA---A--C-----GC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAAATGT
gi|110164 : AA-GGTC-AAATT--ACAGG-----T-G-AAA-A---G--GT--AAAATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-GTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110165 : AA-GATC-ATATT--GCAGTG----T-G-ATA-A---G--GT--CAAATT--T---AC-TTTAAA---A--C-----TC-AG-G-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGCTG
gi|110166 : A-GTTC-ATATT--TCAAGA----T-G-AAA-A---G--GT--CACATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TA-TGCA-TT-AAA-G-TCTTG-----ATGCATTGCAAGTTGT
gi|110167 : A-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--TATATT--TTG-
gi|110168 : A-GGTC-ATATC--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--TT--CACA-T--TTG-CC-TTC-AA---A--C-----TC-GGCA-TT-TAA-A-TTTT
gi|110169 : GTT-GTATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-ATA-A-TTTTG-----G-----TGCAATTT
gi|110170 : GTC-ACAAT--GCAGGA----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TACATTT-AAA-G-GTTTA-----G-----TGCAAGT
gi|110171 : GTC-ATTTT--GCAATA------G-AAA-A---A--GT--CACATT--TGG-TT-TTT-AA------C-----TC-TGCT-TT-AAA-A-TTTTA-----G-----TTTAAGCT
gi|110172 : TC-ATATT--GGAAGG----T-G-CAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-GT--AA---A--C-----TT-TGCG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAA
gi|110173 : TT-ATATT--GCATAG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATTAATTGCTT-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TG-AAT-G-TT
gi|110174 : TC-ATATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--GTGCCAT-----TTG-CC-TTA-TA---A--C-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCATGT
gi|110175 : C-ATATT--G---GGCTCCT-G-TAG-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTAG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110176 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110177 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110178 : T--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-G-TTAAG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110179 : A-A---G--GT--CACATT--C-A-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGCTGT
gi|110180 : A-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTG
Alignments
lowQualScore : 0 0 00 2222 1 0 1 111 00 11 11 0 1 0 111 00 55555 1 2 0 0 0 11111 11111
lowQualScore : . . .. .... . . . ... .. .. .. . . . ... .. ..... . . . . . ..... .....
lowQualScore : 8 7 99 1111 3 7 3 888 99 88 88 6 3 7 111 99 33333 3 0 7 7 7 99999 99999
consensus : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
Reference ( family-433 ) : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110119 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCCAGTTGT
gi|110120 : TTAA-GGTC-ATGTT--GCAGCG----T-G-A---------------------------------AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-A-TGTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110121 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----TTG-AAA-A---G--GT--CATATA--TTG-TC-TTT-AC---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTT
gi|110122 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATTTATTT-TT-TTT-AA---AAGC-----TT-TGTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110123 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--AC--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TG-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCATGTTGT
gi|110124 : TCAA-AATC-CTACT--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--TT--AATATT--TTG-TC-TGT-AACTTA--A-----TT-AGCG-TC-AAA-G-TTTTG-----G-----TGTAAGCTGT
gi|110125 : TCAA-GGTC-ACACA--GCAGGG----T-G-AAA-A---T--GT--TATATT--TTG-TC-TTG-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110126 : TCAA-GGTC-ATAAT--GCAGGG----TTG-TAA-A---G--GT--CATACA--ATG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGTTGT
gi|110127 : TCAA-TGTC-ATATT--CCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TTTG-TTAAAA-G-TTTTG-----G-----TGCAATTTAT
gi|110128 : TCAA-GGTC-TTGCT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTC--A---A--C-----TC-TAAG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110129 : TCAA-GATC-ATATT--TCAGGG----T-G-AAA-AT--A--GT--CACATT--T-G-CC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110130 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGGA---T-G-AAA-G---G--AT--CATATA--TTA-TG-TTA-AA---A--C-----TC-TTCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110131 : TCAA-TGGC-ATATT--GCAGGA----T-G-AAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-TA---A--T-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110132 : TCAA-GGT--ATGTT--G---GG----C-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110133 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTA--TT-TGCG-TT-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110134 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTAA--TT-TGCGTTT-AAA-G-
gi|110135 : TCAA-AGTCTATGTT--GCAAGG----A-G-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110136 : TCAA-GATC-ATATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--AT--AATATT--TTG-TC-ATT-AA---A--T-----TC-TTTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110137 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-A-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-TTTTGTAAGTG-----TGCA
gi|110138 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGTA-TT-A
gi|110139 : TCAA-GGTC-AAATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--GT--TTTATT--TTG-TCTTTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTCTT-----G-----TGCAAGTTAT
gi|110140 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-T-GAA-A---G--GT--CACA-T--TTG-CC-TTT-AA---G--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----T-----TGCCAGATGT
gi|110141 : TCAA-GGTC-CTATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCC-TT-AAA-G-TTTTT-----G-----
gi|110142 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAC-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--T-----TC-TGTG-TT-AAT-G-TTTTG-----T-----TGCAAGCTAT
gi|110143 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----A-A-AAA-A---T--GT--CACATT--TTG-TC--TT-GA---T--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TT
gi|110144 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-C---G--GT--TGAATT--TTG-TC-TTC-AA---A--C-----TC-TGTA-TT-AAA-G-TTATT-----G-----TGCAATTT
gi|110145 : TCAA-GATC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CACA-T--TTG-TC-TTT-TA---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTT
gi|110146 : TCAA-GATC-ATATT--GAAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC-TAT-CA---T--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-CGTTG-----G-----TG
gi|110147 : TCAA-GATC-ATTTT--GCAGGG----T-G-AAC-A---G--TA--CATATT--TCG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----
gi|110148 : TCAATGGT--ATACT--GCAGGG----C-G-ACA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AT---G--T-----TT-TGTG-TT-AAC-G-TTCTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110149 : TCAA-TGTC-GTATT--GCAGGT----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-ATG-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-T-TTTTT-----G-----AGCATGTT
gi|110150 : TCAA-CGTC-ATATA--ACAGAG----T-A-GAA-A---G--GT--CACATT--T-G-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-T
gi|110151 : TCAA-TGTC-ATATT--AGAGGA----T-G-AAA-G---T--GT--CCTATT--TT-----TTT-TG---A--C-----TT-TGTG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAATTGT
gi|110152 : TCAA-GGTC-AT-----GCTGGA----T-G-AAA-ATGAGACGT--TA-ATT--TTG-CT-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-A-TTTTT-----T-----TGCAAACTGT
gi|110153 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAA-G---G--GG--TACATT--TTC-TC-TTT-AT---A--C-----TA-TGTA-TG-AAATG-TTTTG-----G-----TTAAAGTTGT
gi|110154 : TCAA-TTTC-ATATT--GCAAGG----T-G-AAA-A---G--GTCACATGTT--TTT-TT-TTT-AT---A--------TC-T-CG-TT-AAA-GATTTTA-----C-----T-CAAACTGT
gi|110155 : TCAA-TGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-TAA--------GT--CAAATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTAA-TT-TGTG-AT-GAA-A--TTTG-----G-----TGCATGTAGT
gi|110156 : CAT-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATA--T-G-CC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TTCAAGTT
gi|110157 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-GAAAA-A---G--GT--CGCA-C--TTG-CC-TTA-AA---A--T-----TT-TGTG-TT-AAA-A-TTTTG-----G-----CATAAGTTGT
gi|110158 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-A---A--G----GTAAC--CTG-TC-TTT-TA---G--C-----TG-TACA-TT-AAA-G-TTTAG-----G-----CGCAAGTTGT
gi|110159 : CAA-GATC-ATATTATGTAGTG----T-G-AAT-A---G--GT--CACATT--T-G-CC-ATT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-CAA-G-TTTCT-----G-----TAAAAGATGT
gi|110160 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATA-T--TTG-TC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCGTTT-TAG-G-TTTTG-----A-----TGTAAGATGT
gi|110161 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACAGT--T-G-CC-TTT-AA---G--T-----TC-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGATGT
gi|110162 : AA-GTTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTTAATT-TGTG-AT-GCA-G-TTTTG-----G-----CGTAAGTTGT
gi|110163 : AA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-C---G--GT--CATATT--TTA-TCTTTT-AA---A--C-----GC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAAATGT
gi|110164 : AA-GGTC-AAATT--ACAGG-----T-G-AAA-A---G--GT--AAAATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-GTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110165 : AA-GATC-ATATT--GCAGTG----T-G-ATA-A---G--GT--CAAATT--T---AC-TTTAAA---A--C-----TC-AG-G-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGCTG
gi|110166 : A-GTTC-ATATT--TCAAGA----T-G-AAA-A---G--GT--CACATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TA-TGCA-TT-AAA-G-TCTTG-----ATGCATTGCAAGTTGT
gi|110167 : A-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--TATATT--TTG-
gi|110168 : A-GGTC-ATATC--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--TT--CACA-T--TTG-CC-TTC-AA---A--C-----TC-GGCA-TT-TAA-A-TTTT
gi|110169 : GTT-GTATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-ATA-A-TTTTG-----G-----TGCAATTT
gi|110170 : GTC-ACAAT--GCAGGA----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TACATTT-AAA-G-GTTTA-----G-----TGCAAGT
gi|110171 : GTC-ATTTT--GCAATA------G-AAA-A---A--GT--CACATT--TGG-TT-TTT-AA------C-----TC-TGCT-TT-AAA-A-TTTTA-----G-----TTTAAGCT
gi|110172 : TC-ATATT--GGAAGG----T-G-CAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-GT--AA---A--C-----TT-TGCG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAA
gi|110173 : TT-ATATT--GCATAG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATTAATTGCTT-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TG-AAT-G-TT
gi|110174 : TC-ATATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--GTGCCAT-----TTG-CC-TTA-TA---A--C-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCATGT
gi|110175 : C-ATATT--G---GGCTCCT-G-TAG-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTAG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110176 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110177 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110178 : T--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-G-TTAAG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110179 : A-A---G--GT--CACATT--C-A-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGCTGT
gi|110180 : A-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTG
blockSeqs : CTCC T C TGA CA TA T CTT TTTAA T T TAAGT TGCAT
blockSeqs : A T C T GC AA T . TTAA T T . .
blockSeqs : . . . . . . . . TTA . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . TAA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
finalCons : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
Alignments
lowQualScore : 0 0 00 2222 1 0 1 111 00 11 11 0 1 0 111 00 55555 1 2 0 0 0 11111 11111
lowQualScore : . . .. .... . . . ... .. .. .. . . . ... .. ..... . . . . . ..... .....
lowQualScore : 8 7 99 1111 3 7 3 888 99 88 88 6 3 7 111 99 33333 3 0 7 7 7 99999 99999
consensus : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
Reference ( family-433 ) : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110119 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCCAGTTGT
gi|110120 : TTAA-GGTC-ATGTT--GCAGCG----T-G-A---------------------------------AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-A-TGTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110121 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----TTG-AAA-A---G--GT--CATATA--TTG-TC-TTT-AC---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTT
gi|110122 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATTTATTT-TT-TTT-AA---AAGC-----TT-TGTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110123 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--AC--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TG-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCATGTTGT
gi|110124 : TCAA-AATC-CTACT--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--TT--AATATT--TTG-TC-TGT-AACTTA--A-----TT-AGCG-TC-AAA-G-TTTTG-----G-----TGTAAGCTGT
gi|110125 : TCAA-GGTC-ACACA--GCAGGG----T-G-AAA-A---T--GT--TATATT--TTG-TC-TTG-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110126 : TCAA-GGTC-ATAAT--GCAGGG----TTG-TAA-A---G--GT--CATACA--ATG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGTTGT
gi|110127 : TCAA-TGTC-ATATT--CCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TTTG-TTAAAA-G-TTTTG-----G-----TGCAATTTAT
gi|110128 : TCAA-GGTC-TTGCT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTC--A---A--C-----TC-TAAG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110129 : TCAA-GATC-ATATT--TCAGGG----T-G-AAA-AT--A--GT--CACATT--T-G-CC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110130 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGGA---T-G-AAA-G---G--AT--CATATA--TTA-TG-TTA-AA---A--C-----TC-TTCA-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110131 : TCAA-TGGC-ATATT--GCAGGA----T-G-AAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-TA---A--T-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110132 : TCAA-GGT--ATGTT--G---GG----C-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110133 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTA--TT-TGCG-TT-AAT-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110134 : TCAA-GGTC-ATATT--GTAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC--TT-AA---A--CTAA--TT-TGCGTTT-AAA-G-
gi|110135 : TCAA-AGTCTATGTT--GCAAGG----A-G-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110136 : TCAA-GATC-ATATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--AT--AATATT--TTG-TC-ATT-AA---A--T-----TC-TTTG-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110137 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-A-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-TTTTGTAAGTG-----TGCA
gi|110138 : TCAA-GGTC-ATATT--ACAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AA---A--C-----TT-TGTA-TT-A
gi|110139 : TCAA-GGTC-AAATT--GCAAGG----T-A-AAA-A---G--GT--TTTATT--TTG-TCTTTT-AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTCTT-----G-----TGCAAGTTAT
gi|110140 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-T-GAA-A---G--GT--CACA-T--TTG-CC-TTT-AA---G--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTTG-----T-----TGCCAGATGT
gi|110141 : TCAA-GGTC-CTATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCC-TT-AAA-G-TTTTT-----G-----
gi|110142 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAC-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--T-----TC-TGTG-TT-AAT-G-TTTTG-----T-----TGCAAGCTAT
gi|110143 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----A-A-AAA-A---T--GT--CACATT--TTG-TC--TT-GA---T--C-----TT-TGCG-TT-AAA-G-TT
gi|110144 : TCAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-C---G--GT--TGAATT--TTG-TC-TTC-AA---A--C-----TC-TGTA-TT-AAA-G-TTATT-----G-----TGCAATTT
gi|110145 : TCAA-GATC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--GT--CACA-T--TTG-TC-TTT-TA---A--C-----TC-TGCA-TT-AAA-G-TTTT
gi|110146 : TCAA-GATC-ATATT--GAAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC-TAT-CA---T--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-CGTTG-----G-----TG
gi|110147 : TCAA-GATC-ATTTT--GCAGGG----T-G-AAC-A---G--TA--CATATT--TCG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----
gi|110148 : TCAATGGT--ATACT--GCAGGG----C-G-ACA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC--TT-AT---G--T-----TT-TGTG-TT-AAC-G-TTCTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110149 : TCAA-TGTC-GTATT--GCAGGT----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-ATG-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-T-TTTTT-----G-----AGCATGTT
gi|110150 : TCAA-CGTC-ATATA--ACAGAG----T-A-GAA-A---G--GT--CACATT--T-G-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-AAA-G-T
gi|110151 : TCAA-TGTC-ATATT--AGAGGA----T-G-AAA-G---T--GT--CCTATT--TT-----TTT-TG---A--C-----TT-TGTG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAATTGT
gi|110152 : TCAA-GGTC-AT-----GCTGGA----T-G-AAA-ATGAGACGT--TA-ATT--TTG-CT-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-A-TTTTT-----T-----TGCAAACTGT
gi|110153 : TCAA-TGTC-ATATT--GCTGGG----T-G-AAA-G---G--GG--TACATT--TTC-TC-TTT-AT---A--C-----TA-TGTA-TG-AAATG-TTTTG-----G-----TTAAAGTTGT
gi|110154 : TCAA-TTTC-ATATT--GCAAGG----T-G-AAA-A---G--GTCACATGTT--TTT-TT-TTT-AT---A--------TC-T-CG-TT-AAA-GATTTTA-----C-----T-CAAACTGT
gi|110155 : TCAA-TGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-TAA--------GT--CAAATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTAA-TT-TGTG-AT-GAA-A--TTTG-----G-----TGCATGTAGT
gi|110156 : CAT-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATA--T-G-CC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TTCAAGTT
gi|110157 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-GAAAA-A---G--GT--CGCA-C--TTG-CC-TTA-AA---A--T-----TT-TGTG-TT-AAA-A-TTTTG-----G-----CATAAGTTGT
gi|110158 : CAA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-A---A--G----GTAAC--CTG-TC-TTT-TA---G--C-----TG-TACA-TT-AAA-G-TTTAG-----G-----CGCAAGTTGT
gi|110159 : CAA-GATC-ATATTATGTAGTG----T-G-AAT-A---G--GT--CACATT--T-G-CC-ATT-AA---A--C-----TC-TGCG-TT-CAA-G-TTTCT-----G-----TAAAAGATGT
gi|110160 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATA-T--TTG-TC-TTT-AA---G--C-----TT-TGCGTTT-TAG-G-TTTTG-----A-----TGTAAGATGT
gi|110161 : AA-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CACAGT--T-G-CC-TTT-AA---G--T-----TC-TGCT-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGATGT
gi|110162 : AA-GTTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--AATATT--TTG-TC--TT-AA---A--CTTTAATT-TGTG-AT-GCA-G-TTTTG-----G-----CGTAAGTTGT
gi|110163 : AA-GGTC-ATATT--GCAGTG----T-G-AAA-C---G--GT--CATATT--TTA-TCTTTT-AA---A--C-----GC-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAAATGT
gi|110164 : AA-GGTC-AAATT--ACAGG-----T-G-AAA-A---G--GT--AAAATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGCA-TT-AAA-G-GTTTG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110165 : AA-GATC-ATATT--GCAGTG----T-G-ATA-A---G--GT--CAAATT--T---AC-TTTAAA---A--C-----TC-AG-G-TT-AAA-G-TTTTG-----G-----TACAAGCTG
gi|110166 : A-GTTC-ATATT--TCAAGA----T-G-AAA-A---G--GT--CACATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TA-TGCA-TT-AAA-G-TCTTG-----ATGCATTGCAAGTTGT
gi|110167 : A-GGTC-ATATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--TATATT--TTG-
gi|110168 : A-GGTC-ATATC--GCAGGG----T-G-AAA-T---G--TT--CACA-T--TTG-CC-TTC-AA---A--C-----TC-GGCA-TT-TAA-A-TTTT
gi|110169 : GTT-GTATT--GCAGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATTAT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-ATA-A-TTTTG-----G-----TGCAATTT
gi|110170 : GTC-ACAAT--GCAGGA----T-G-AAA-T---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TT-TACATTT-AAA-G-GTTTA-----G-----TGCAAGT
gi|110171 : GTC-ATTTT--GCAATA------G-AAA-A---A--GT--CACATT--TGG-TT-TTT-AA------C-----TC-TGCT-TT-AAA-A-TTTTA-----G-----TTTAAGCT
gi|110172 : TC-ATATT--GGAAGG----T-G-CAA-A---T--GT--CATATT--TTG-TC-GT--AA---A--C-----TT-TGCG-TA-AAA-G-TTTTG-----G-----TGCAA
gi|110173 : TT-ATATT--GCATAG----T-G-AAA-A---G--GT--CACATTAATTGCTT-TTT-AA---A--C-----TC-TGCG-TG-AAT-G-TT
gi|110174 : TC-ATATT--GCAGTG----T-A-AAA-A---G--GTGCCAT-----TTG-CC-TTA-TA---A--C-----TC-TGTG-TT-ATA-G-TTTTG-----G-----TGCATGT
gi|110175 : C-ATATT--G---GGCTCCT-G-TAG-A---G--AT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGTG-TT-AAA-G-TTTAG-----A-----TGCAAGTTGT
gi|110176 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110177 : C-ATATT--GCTGAG----T-G-AAACA---G--GT--CACA-T--TTG-GC-TTT-AA---T--C-----TC-CACG-CT-AAA-G-TATCG-----G-----TCCAA
gi|110178 : T--GCTGGG----T-G-AAA-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TTT-AA---A--C-----TCTTGTG-TT-AAA-G-TTAAG-----G-----TGCAAGTTGT
gi|110179 : A-A---G--GT--CACATT--C-A-TC-TTT-AA---A--C-----TC-TGCA-TT-GAA-G-TTTTG-----G-----TGCAAGCTGT
gi|110180 : A-A---G--GT--CATATT--TTG-TC-TT--AA---A--C-----TT-TGTG-TT-AAA-G-TTTTG-----A-----TGCAAGTTG