lowQualScore : 111111 11111111111 33333333
lowQualScore : 33 11 333333 4444 2222 555 888 22 333 2 2 22222222222 33 2 22 1 4 555555 77777777 1 666666 1 55 6
lowQualScore : .. .. ...... .... .... ... ... .. ... . . ........... .. . .. . . ...... ........ . ...... . .. .
lowQualScore : 11 66 999999 0000 4444 000 333 88 777 2 4 44444444444 99 4 00 9 0 444444 33333333 2 444444 2 33 9
consensus : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--GGT--GAAA--TAT---TT-G-TTG-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTCTTG
Reference ( gi|30716 ) : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-A----TGGTA---AAACAGG----AGCCA--GGT--GAAA--TAT---TT-G-TTG-----G-----CCC-C-AA-AATGAATCTAAGCAGAACC------AAAGACA--T-T----T-TACAAGTAAC-TGATACACTTTCTCTTG
gi|30715 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-A----TGGTA---AAACAGG----AGCCA--GGT--GAAA--TAT---TTTG-TTG-----G-----CCC-C-AA-AATGAATCGAAGCAGAACC------AAAGACT--T-T----T-TACAAGTAAC-TGATACACTTTCTCTTG
gi|30717 : TTTAAGTATTTAAT--T--ATATG-A----TGGTA---AAACAGG----AGCCA--GGT--GAAA--TAT---TT-G-TTG-----A-----TCC-C-AA-AATAAATCAAAGCAGAACC------AAATATT--T-T----G-TACAAGTAAG-TGATACACTTTCTCTTG
gi|30718 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATAAA-A----TGGTT---AAACAGG----AGCCA--GCT--G--G--TAA---TT-G-TTG-----G-----CCC-CTAA-AATGAATCGAAGCAGAACC------AAAGAC---T-T----T-TACAAGTAAC-TGATACACTTTCTCTTG
gi|30719 : TTGAAGTATTTAAG--T--ATGTATA----TATTAGGGAAACAAA----AGC----GAT--AAA------------G-TTA-----G-----TCC-TTAG-AATGAATCTCAGTAGAACC------ACAGTCC--T-T----C-TACAAGTAAC-AGGTAAACTTTCTC
gi|30720 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--GGT--CAAA--CAA---CT-G-T
gi|30721 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTA---AAACAGG----AGCTA--AGT--CAAA--TA
gi|30722 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--GG
gi|30724 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCT--GGT-----A--TGT---TG-G-T-------G-----CTG-T-AA-AGTG
gi|30725 : TTTAAGTATTTAAA--T--GTATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--GGT--G
gi|30727 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-A----TGGGG---AAACAGG----AGCCT--GGT--
gi|30726 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---ACACAGG----AGCCA--GGT--
gi|30728 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCT--GGT--
gi|30729 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-A----TTGTG---AAACAGG----AGCCT--GG
gi|30723 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCT--GG
gi|30730 : TTTTAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TCGTG---AAACAGG----AGCCA--GGT--GA
gi|30731 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----CGGTG---AAACAGG----AGCCG--GG
gi|30733 : TTTAAGTTTTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--G
gi|30734 : TTTAAGTAATTAAG--T--ATATG-T----TGGTA---AAACAGG----AGCCT--GGT-----A--TAT---
gi|30735 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCC-----T--GATA--TA
gi|30736 : TTTAAGCATTTAAGATT--ATATG-T----TGGTA---AAACAGG----AGCCA--GAT--TAAG--AAT---TT-
gi|30737 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TAGTG---AAACAGG----GGCCA--G
gi|30732 : TTTAAGTACTTAAG--T--ATATG-T----TGATG---AAACAGG----AGCCA--G
gi|30738 : TTTAAGTATTTAAA--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AACCT--GGT---AAG--TGT---TT-GATTG-----
gi|30740 : TTTAAGTATTTAAG--T--ACATG-T----TGGTG---AAACAGG----GGCCA--GTT--CAAA--
gi|30741 : TTTAAGTATTTAAG--A--ATATA-T----TGGTA---AAACAGG----AGCCT--GGT--
gi|30742 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AATCAGG----AGCCT--GGTCGGAAAGTTAT---T
gi|30739 : TTTAAGTATTAAAG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCC-----T--GATA--TACCTATT-T-TTA-----A-----ATC----A-AATGAAGA-AAACAAAATCACATATAAATACA--TATTGTAT-TGCAAATAAC--GGTACA--TTATTTTG
gi|30744 : TTTAAGTAATTAAG--T--ATATA-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCA--GGT----AA--CAC---TT-C-TT
gi|30743 : TTTAGGTATTTAGG--T--ATATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCCT--GGT--
gi|30746 : TTTAAGTATTTAAA--T--AAATG-T----TGGTG---AAACAGA----AGCCA--GGT--
gi|30745 : TTTAAGTATTTAAG--T--ATAGG-T----TGGTG---AAACAGG----AGCC
gi|30747 : TTTAAGTATTTAAG--T--TTATG-T----TGGTG---AAACAGG----AGACA--GG
gi|30748 : GTATC-AAG--TTTATAT--A----TGGTA---TATCAAGTTTTAACCC--AGT--GGAG--GAT---TA-G---------A-----CCT-C-AG-AATGAATCAGAGTAGAACC------ACTGTCA--T-T----C-TGCAACTAAC-TGGCAAATTTTCTC
gi|30749 : ATTTCAGGTT--ATAT--A----TGGAA---TAACAAG----TTTCAATGGT--GAAG--GAA----------G-----A-----CCA-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACCGCC---ACCGTCC--T-T----C-TGCAAGTAAC-TGGCACACTTTCTC
gi|30750 : TTTATG-----ATGTG-AGGATTGGTA---AGA---G----TGCGA--GAC--TGGA--TAC---TT---TTG-----GAAATACCT-C-AA-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTTA--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGTACACTTTCTC
gi|30751 : GC--GAAA--TAC---CT-G---------------------AA-AATGAATCTGAGTAGAGCC------ACGGTTC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGTACACTTTCTC
gi|30752 : --TAT---TT-G-TTGATGAAG-----ACC-T-AAGAATGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30753 : T---TT-G-TTG-----GTAGA-CCT-T-GG-AATGAATCTGAGTAGAACC------AACGTCC--T-T----T-CACAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30754 : T---TT-G-TTG-----G-----T------G-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACTGTCC--T-T----C-TTCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30755 : T-G-TTG-----GAATA-CCT-C-AG-AATGAATCTGAGAAGAACC------ATTGTCC--T-T----C-TGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTCT
gi|30756 : TG-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACTGTCC--T-T----C-CACAAGTTAC-TGGCACACTTTTTC
gi|30757 : TG-----A-----TCT-C-AG-AATGCATCTAAGTAGAACC------AGCTTCT--T-T----C-CACAAGTAAC-TTGCACACTTTCTC
gi|30758 : G-----A-----CCT-C-AA-AATGAATCTAAGAAGAACC------ATCGACC--T-T----C-TGCAAATAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30759 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ATTGTCC--T-T----T-TGCAAGTAAC-TGACAAACATTCTC
gi|30760 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAATAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-TGCAAGTAAC-TGACAAACTTTCTC
gi|30761 : G-----A-----CCT-C-AA-AATGAGTCTGAGTAGAACC------ACTGTCC--T-T----C-CACAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30762 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTAAGAAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CACAAGTAAC-TGACAAACATTCTC
gi|30767 : G-----A-----CCT-C-AC-AATGAATCTGAGCAGAACC------A---CCATCT-T----C-TGCAAATAAC-TGGTAAACTTTCTC
gi|30766 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30765 : G-----A-----CCT-C-AG-AGTGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGACAAACTTTCTC
gi|30770 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CACAAGTAAC-TGGCAAATTTTCTC
gi|30769 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACAGTCC--T-T----C-CGCAATTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30768 : G-----A-----CCC-C-AG-AATGAATCTGAATAGAACC------ACCATCC--T-T----C-CACAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30763 : G-----A-----CCC-C-AG-AATGAATCTAAATAAAACC------ATCGTCT--T-T----C-CACAAGTAAC-TGCCAAACTTTTTC
gi|30764 : G-----A-----CCT-C-AG-AATGAAGCAGAGTAGAACC------ACCGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30771 : -----G-----CCCTC-AG-AATGCATCAGAGTATAACC------ATAGTCC--T-T----C-CGCAAGTAAC-TGACAAACTTTCTC
gi|30772 : -----CCT-C-AA-AATGAATCTGAGTAGGACC------ACCGTTC--T-T----C-CACAAGTAAC-TGGCACACTTTCTC
gi|30773 : -----CCT-C-AA-AATGAATCTGAGTAGAACC------ACTGTCT--T-T----T-CACAAGTAAC-TGGCAACCTTTCTC
gi|30774 : -----CCT-C-AG-AATGAATCTAAGTAGATCC------ACCGTCT--T-T----T-CGCAAGTAAC-TGGCAAACTTTCTC
gi|30775 : ATGAATCAGAGTAGAACC---------------T-T----TCTACAAGTAACTTGA-ACACTTTCTC
gi|30776 : TGAATCGAAGCAGAACC------ATCGTCT--T-T----C-TGCAAGTAAC-TGACAAACTTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1 2222 3 777 33 2 2 5555 333333 1 222
lowQualScore : .. .... . .... . ... .. . . .... ...... . ...
lowQualScore : 66 5555 2 5555 8 000 22 2 9 9999 666666 2 111
consensus : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
Reference ( family-430 ) : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
gi|30715 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TATTTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAGACTTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30716 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCTAAGCAGAACC---AAAGACATTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30717 : TTTAAGTATTTAAT--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------TCCC-AAAATAAATCAAAGCAGAACC---AAATATTTTGTACAAGTAAGTGATACACTTTCTCTTG
gi|30718 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AAAA-TGGTTAAACAGG----AGCCAGCT--G--G--TA-ATTG-TTG----G------CCCCTAAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAG-ACTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30719 : TTGAAGTATTTAAG--TATGTATATAT-TAGGGAAACAAA----AGC--GAT--AAAG--T---TAG-T-------------CCTT-AGAATGAATCTCAGTAGAACC---ACAGTCCTTCTACAAGTAACAGGTAAACTTTCTC
gi|30720 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--CAAA--CA-ACTG-T
gi|30721 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCTAAGT--CAAA--TA-
gi|30722 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGG
gi|30723 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30724 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30725 : TTTAAGTATTTAAA--TGT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--Gatgttggtgctgtaaagtg
gi|30726 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGACACAGG----AGCCAGGT--
gi|30727 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGGGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30728 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30729 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TTGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30730 : TTTTAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TCGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GA
gi|30731 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-CGGTGAAACAGG----AGCCGGG
gi|30732 : TTTAAGTACTTAAG--TAT----ATGT-TGATGAAACAGG----AGCCAG
gi|30733 : TTTAAGTTTTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAG
gi|30734 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT-----A--TA-T
gi|30735 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-
gi|30736 : TTTAAGCATTTAAGATTAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCAGAT--TAAG--AA-TTT
gi|30737 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TAGTGAAACAGG----GGCCAG
gi|30738 : TTTAAGTATTTAAA--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AACCTGGT---AAG--TG-TTTGATTG----
gi|30739 : TTTAAGTATTAAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-CCTA-TT
gi|30740 : TTTAAGTATTTAAG--TAC----ATGT-TGGTGAAACAGG----GGCCAGTT--CAAA--tttaaatcaaatgaagaaaacaaaatcacatataaatacatattgtattgcaaataacggtacattattttg
gi|30741 : TTTAAGTATTTAAG--AAT----ATAT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30742 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAATCAGG----AGCCTGGTCGGAAAGTTA-TT
gi|30743 : TTTAGGTATTTAGG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30744 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATAT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT----AA--CA-CTTC-TT
gi|30745 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AGGT-TGGTGAAACAGG----AGCC
gi|30746 : TTTAAGTATTTAAA--TAA----ATGT-TGGTGAAACAGA----AGCCAGGT--
gi|30747 : TTTAAGTATTTAAG--TTT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGACAGG
gi|30748 : GTATC-AAG--TTT----ATATATGGTATATCAAGTTTTAACCCAGT--GGAG--GA-TTAG--------A------CCTC-AGAATGAATCAGAGTAGAACC---ACTGTCATTCTGCAACTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30749 : G----A------CCAC-AGAATGAATCTGAGTAGAACCGCCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30750 : atttcaggttatatatggaataacaagtttcaatggtgaaggaa----A------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTTATTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30751 : tttatgatgtgaggattggtaagagtgcgagactggatacttttggaaat----A------CCTG-AAAATGAATCTGAGTAGAGCC---ACGGTTCTTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30752 : gcgaaat--TA-TTTG-TTG----ATGAAGACCTA-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30753 : -TTTG-TTGGTAGA------CCTT-GGAATGAATCTGAGTAGAACC---AACGTCCTTTCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30754 : -TTTG-TTG----G------T-----GAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCTTCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30755 : TG-TTGGAATA------CCTC-AGAATGAATCTGAGAAGAACC---ATTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCT
gi|30756 : TG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTTACTGGCACACTTTTTC
gi|30757 : TG----A------TCTC-AGAATGCATCTAAGTAGAACC---AGCTTCTTTCCACAAGTAACTTGCACACTTTCTC
gi|30758 : G----A------CCTC-AAAATGAATCTAAGAAGAACC---ATCGACCTTCTGCAAATAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30759 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ATTGTCCTTTTGCAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30760 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30761 : G----A------CCTC-AAAATGAGTCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30762 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTAAGAAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30763 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTAAATAAAACC---ATCGTCTTTCCACAAGTAACTGCCAAACTTTTTC
gi|30764 : G----A------CCTC-AGAATGAAGCAGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30765 : G----A------CCTC-AGAGTGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30766 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30767 : G----A------CCTC-ACAATGAATCTGAGCAGAACC---ACCAT-CTTCTGCAAATAACTGGTAAACTTTCTC
gi|30768 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCATCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30769 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACAGTCCTTCCGCAATTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30770 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30771 : ------CCTC-AGAATGCATCAGAGTATAACC---ATAGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30772 : gc------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGGACC---ACCGTTCTTCCACAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30773 : ------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCTTTTCACAAGTAACTGGCAACCTTTCTC
gi|30774 : ------CCTC-AGAATGAATCTAAGTAGATCC---ACCGTCTTTTCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30775 : ATGAATCAGAGTAGAACC---------TTTCTACAAGTAACTTGAACACTTTCTC
gi|30776 : TGAATCGAAGCAGAACC---ATCGTCTTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1 2222 3 777 33 2 2 5555 333333 1 222
lowQualScore : .. .... . .... . ... .. . . .... ...... . ...
lowQualScore : 66 5555 2 5555 8 000 22 2 9 9999 666666 2 111
consensus : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
Reference ( family-430 ) : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
gi|30715 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TATTTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAGACTTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30716 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCTAAGCAGAACC---AAAGACATTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30717 : TTTAAGTATTTAAT--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------TCCC-AAAATAAATCAAAGCAGAACC---AAATATTTTGTACAAGTAAGTGATACACTTTCTCTTG
gi|30718 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AAAA-TGGTTAAACAGG----AGCCAGCT--G--G--TA-ATTG-TTG----G------CCCCTAAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAG-ACTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30719 : TTGAAGTATTTAAG--TATGTATATAT-TAGGGAAACAAA----AGC--GAT--AAAG--T---TAG-T-------------CCTT-AGAATGAATCTCAGTAGAACC---ACAGTCCTTCTACAAGTAACAGGTAAACTTTCTC
gi|30720 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--CAAA--CA-ACTG-T
gi|30721 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCTAAGT--CAAA--TA-
gi|30722 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGG
gi|30723 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30724 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30725 : TTTAAGTATTTAAA--TGT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--Gatgttggtgctgtaaagtg
gi|30726 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGACACAGG----AGCCAGGT--
gi|30727 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGGGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30728 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30729 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TTGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30730 : TTTTAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TCGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GA
gi|30731 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-CGGTGAAACAGG----AGCCGGG
gi|30732 : TTTAAGTACTTAAG--TAT----ATGT-TGATGAAACAGG----AGCCAG
gi|30733 : TTTAAGTTTTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAG
gi|30734 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT-----A--TA-T
gi|30735 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-
gi|30736 : TTTAAGCATTTAAGATTAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCAGAT--TAAG--AA-TTT
gi|30737 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TAGTGAAACAGG----GGCCAG
gi|30738 : TTTAAGTATTTAAA--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AACCTGGT---AAG--TG-TTTGATTG----
gi|30739 : TTTAAGTATTAAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-CCTA-TT
gi|30740 : TTTAAGTATTTAAG--TAC----ATGT-TGGTGAAACAGG----GGCCAGTT--CAAA--tttaaatcaaatgaagaaaacaaaatcacatataaatacatattgtattgcaaataacggtacattattttg
gi|30741 : TTTAAGTATTTAAG--AAT----ATAT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30742 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAATCAGG----AGCCTGGTCGGAAAGTTA-TT
gi|30743 : TTTAGGTATTTAGG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30744 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATAT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT----AA--CA-CTTC-TT
gi|30745 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AGGT-TGGTGAAACAGG----AGCC
gi|30746 : TTTAAGTATTTAAA--TAA----ATGT-TGGTGAAACAGA----AGCCAGGT--
gi|30747 : TTTAAGTATTTAAG--TTT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGACAGG
gi|30748 : GTATC-AAG--TTT----ATATATGGTATATCAAGTTTTAACCCAGT--GGAG--GA-TTAG--------A------CCTC-AGAATGAATCAGAGTAGAACC---ACTGTCATTCTGCAACTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30749 : G----A------CCAC-AGAATGAATCTGAGTAGAACCGCCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30750 : atttcaggttatatatggaataacaagtttcaatggtgaaggaa----A------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTTATTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30751 : tttatgatgtgaggattggtaagagtgcgagactggatacttttggaaat----A------CCTG-AAAATGAATCTGAGTAGAGCC---ACGGTTCTTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30752 : gcgaaat--TA-TTTG-TTG----ATGAAGACCTA-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30753 : -TTTG-TTGGTAGA------CCTT-GGAATGAATCTGAGTAGAACC---AACGTCCTTTCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30754 : -TTTG-TTG----G------T-----GAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCTTCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30755 : TG-TTGGAATA------CCTC-AGAATGAATCTGAGAAGAACC---ATTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCT
gi|30756 : TG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTTACTGGCACACTTTTTC
gi|30757 : TG----A------TCTC-AGAATGCATCTAAGTAGAACC---AGCTTCTTTCCACAAGTAACTTGCACACTTTCTC
gi|30758 : G----A------CCTC-AAAATGAATCTAAGAAGAACC---ATCGACCTTCTGCAAATAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30759 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ATTGTCCTTTTGCAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30760 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30761 : G----A------CCTC-AAAATGAGTCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30762 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTAAGAAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30763 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTAAATAAAACC---ATCGTCTTTCCACAAGTAACTGCCAAACTTTTTC
gi|30764 : G----A------CCTC-AGAATGAAGCAGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30765 : G----A------CCTC-AGAGTGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30766 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30767 : G----A------CCTC-ACAATGAATCTGAGCAGAACC---ACCAT-CTTCTGCAAATAACTGGTAAACTTTCTC
gi|30768 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCATCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30769 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACAGTCCTTCCGCAATTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30770 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30771 : ------CCTC-AGAATGCATCAGAGTATAACC---ATAGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30772 : gc------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGGACC---ACCGTTCTTCCACAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30773 : ------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCTTTTCACAAGTAACTGGCAACCTTTCTC
gi|30774 : ------CCTC-AGAATGAATCTAAGTAGATCC---ACCGTCTTTTCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30775 : ATGAATCAGAGTAGAACC---------TTTCTACAAGTAACTTGAACACTTTCTC
gi|30776 : TGAATCGAAGCAGAACC---ATCGTCTTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
blockSeqs : AT GTAT A TTTT A CGG GT . A GTAG TGAAGA T GCC
blockSeqs : . . . . A G . . . GAAT . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A G . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
finalCons : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
Alignments
lowQualScore : 11 2222 1 2222 3 777 33 2 2 5555 333333 1 222
lowQualScore : .. .... . .... . ... .. . . .... ...... . ...
lowQualScore : 66 5555 2 5555 8 000 22 2 9 9999 666666 2 111
consensus : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
Reference ( family-430 ) : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCTTG
gi|30715 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TATTTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAGACTTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30716 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----G------CCCC-AAAATGAATCTAAGCAGAACC---AAAGACATTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30717 : TTTAAGTATTTAAT--TAT----ATGA-TGGTAAAACAGG----AGCCAGGT--GAAA--TA-TTTG-TTG----A------TCCC-AAAATAAATCAAAGCAGAACC---AAATATTTTGTACAAGTAAGTGATACACTTTCTCTTG
gi|30718 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AAAA-TGGTTAAACAGG----AGCCAGCT--G--G--TA-ATTG-TTG----G------CCCCTAAAATGAATCGAAGCAGAACC---AAAG-ACTTTTACAAGTAACTGATACACTTTCTCTTG
gi|30719 : TTGAAGTATTTAAG--TATGTATATAT-TAGGGAAACAAA----AGC--GAT--AAAG--T---TAG-T-------------CCTT-AGAATGAATCTCAGTAGAACC---ACAGTCCTTCTACAAGTAACAGGTAAACTTTCTC
gi|30720 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--CAAA--CA-ACTG-T
gi|30721 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCTAAGT--CAAA--TA-
gi|30722 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGG
gi|30723 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30724 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30725 : TTTAAGTATTTAAA--TGT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT--Gatgttggtgctgtaaagtg
gi|30726 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGACACAGG----AGCCAGGT--
gi|30727 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TGGGGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30728 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30729 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGA-TTGTGAAACAGG----AGCCTGG
gi|30730 : TTTTAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TCGTGAAACAGG----AGCCAGGT--GA
gi|30731 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-CGGTGAAACAGG----AGCCGGG
gi|30732 : TTTAAGTACTTAAG--TAT----ATGT-TGATGAAACAGG----AGCCAG
gi|30733 : TTTAAGTTTTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCAG
gi|30734 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT-----A--TA-T
gi|30735 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-
gi|30736 : TTTAAGCATTTAAGATTAT----ATGT-TGGTAAAACAGG----AGCCAGAT--TAAG--AA-TTT
gi|30737 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TAGTGAAACAGG----GGCCAG
gi|30738 : TTTAAGTATTTAAA--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AACCTGGT---AAG--TG-TTTGATTG----
gi|30739 : TTTAAGTATTAAAG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCC---T--GATA--TA-CCTA-TT
gi|30740 : TTTAAGTATTTAAG--TAC----ATGT-TGGTGAAACAGG----GGCCAGTT--CAAA--tttaaatcaaatgaagaaaacaaaatcacatataaatacatattgtattgcaaataacggtacattattttg
gi|30741 : TTTAAGTATTTAAG--AAT----ATAT-TGGTAAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30742 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----ATGT-TGGTGAATCAGG----AGCCTGGTCGGAAAGTTA-TT
gi|30743 : TTTAGGTATTTAGG--TAT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGCCTGGT--
gi|30744 : TTTAAGTAATTAAG--TAT----ATAT-TGGTGAAACAGG----AGCCAGGT----AA--CA-CTTC-TT
gi|30745 : TTTAAGTATTTAAG--TAT----AGGT-TGGTGAAACAGG----AGCC
gi|30746 : TTTAAGTATTTAAA--TAA----ATGT-TGGTGAAACAGA----AGCCAGGT--
gi|30747 : TTTAAGTATTTAAG--TTT----ATGT-TGGTGAAACAGG----AGACAGG
gi|30748 : GTATC-AAG--TTT----ATATATGGTATATCAAGTTTTAACCCAGT--GGAG--GA-TTAG--------A------CCTC-AGAATGAATCAGAGTAGAACC---ACTGTCATTCTGCAACTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30749 : G----A------CCAC-AGAATGAATCTGAGTAGAACCGCCACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30750 : atttcaggttatatatggaataacaagtttcaatggtgaaggaa----A------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTTATTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30751 : tttatgatgtgaggattggtaagagtgcgagactggatacttttggaaat----A------CCTG-AAAATGAATCTGAGTAGAGCC---ACGGTTCTTCCGCAAGTAACTGGTACACTTTCTC
gi|30752 : gcgaaat--TA-TTTG-TTG----ATGAAGACCTA-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30753 : -TTTG-TTGGTAGA------CCTT-GGAATGAATCTGAGTAGAACC---AACGTCCTTTCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30754 : -TTTG-TTG----G------T-----GAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCTTCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30755 : TG-TTGGAATA------CCTC-AGAATGAATCTGAGAAGAACC---ATTGTCCTTCTGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTCT
gi|30756 : TG----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTTACTGGCACACTTTTTC
gi|30757 : TG----A------TCTC-AGAATGCATCTAAGTAGAACC---AGCTTCTTTCCACAAGTAACTTGCACACTTTCTC
gi|30758 : G----A------CCTC-AAAATGAATCTAAGAAGAACC---ATCGACCTTCTGCAAATAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30759 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ATTGTCCTTTTGCAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30760 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCGTCCTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30761 : G----A------CCTC-AAAATGAGTCTGAGTAGAACC---ACTGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30762 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTAAGAAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGACAAACATTCTC
gi|30763 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTAAATAAAACC---ATCGTCTTTCCACAAGTAACTGCCAAACTTTTTC
gi|30764 : G----A------CCTC-AGAATGAAGCAGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30765 : G----A------CCTC-AGAGTGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30766 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30767 : G----A------CCTC-ACAATGAATCTGAGCAGAACC---ACCAT-CTTCTGCAAATAACTGGTAAACTTTCTC
gi|30768 : G----A------CCCC-AGAATGAATCTGAATAGAACC---ACCATCCTTCCACAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30769 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACAGTCCTTCCGCAATTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30770 : G----A------CCTC-AGAATGAATCTGAGTAGAACC---ACCGTCCTTCCACAAGTAACTGGCAAATTTTCTC
gi|30771 : ------CCTC-AGAATGCATCAGAGTATAACC---ATAGTCCTTCCGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC
gi|30772 : gc------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGGACC---ACCGTTCTTCCACAAGTAACTGGCACACTTTCTC
gi|30773 : ------CCTC-AAAATGAATCTGAGTAGAACC---ACTGTCTTTTCACAAGTAACTGGCAACCTTTCTC
gi|30774 : ------CCTC-AGAATGAATCTAAGTAGATCC---ACCGTCTTTTCGCAAGTAACTGGCAAACTTTCTC
gi|30775 : ATGAATCAGAGTAGAACC---------TTTCTACAAGTAACTTGAACACTTTCTC
gi|30776 : TGAATCGAAGCAGAACC---ATCGTCTTTCTGCAAGTAACTGACAAACTTTCTC