lowQualScore : 222222222 11111111111
lowQualScore : 0 111 66 1 0 0 3 1 0 00 00 0 00 1111 0 555555555 3 2 00 11 1 0 0 11111111111 1111 0 0 8
lowQualScore : . ... .. . . . . . . .. .. . .. .... . ......... . . .. .. . . . ........... .... . . .
lowQualScore : 7 555 88 3 7 7 4 7 6 99 99 6 99 3333 6 666666666 3 6 99 00 4 7 7 44444444444 6666 8 8 9
consensus : TTATAAA-TG--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----N------TTT----CTT-TA-TAAAA-AAA
Reference ( gi|75645 ) : TTATAAA-TG--CACCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----C------TTT----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75646 : TTATAAT-TG--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TA----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----C------TTT----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75648 : TTATATA-TG--CATCGA-A-G-GCCATGATAATTCAA-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCG-TA--------A-A-CAA--GGT--C-T-T-T----C------TTT----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75647 : TTATAAA-TG--CACCGA-A-T-GCCATGCTAATTCAC-GA--AA--ATT-TTTG--TC----GTTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----A------TTT----CTT-CA-TAAAA-
gi|75650 : TTATAAA-TG--CATGGA-A-A-GCCACGAGAATTCAC-GA--AA--AAG-TTTGTTTT----TTTCA-T---------A-AGCAA--GTT--G-T-T-T----C------TTT----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75660 : TTACAAA-TG--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--TTG-TTTG--TC----ATTCA-TTTGTCATTCA-T-CAA--GTT--A-G-T-T----C------TTT----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75658 : TTATAAA-TG--CATCTA-A-G-GCCATGCGGATCCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------ATG-CCA--GTT--GAT-C-T----C------ATT----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75656 : TTAAAAA-TG--CATTGA-C-G-GCAATGAGAATTCAT-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A-CAA--ACT--G-T-T-T----T------TTT----TGT-TA-AAAAG-AAA
gi|75649 : TTATAAA-TG--CATCGT-A-G-GCCATGGGAATTAAA-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--ATT--A-TAT-A----T------TTT----CTT-TA-TATAA-AA
gi|75662 : TTATAAT-TT--CATCGA-A-G-GACGTGAGAAT-CAT-AA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TC--------A-A-CAA--GAT--G-C-T-T----C------TTT----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75657 : TTATAAA-TC--CAT-GA-A-G-GCGATGAAAATTCAA-GA--AA--ATG-TTTT--TC----ATTCA-T--------------AA--GTT--G-T-T-T-----------TTT----CTT-TA-TAAAA-AA
gi|75655 : TTAAAAA-TG--CATCGA-A-G-GTCATGGAAATTCAT-GG--AA--ATG-T-----TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--GTT-T-T----T------TTT----CTT-TA-TGAAA-GAA
gi|75654 : TTATTAA-TG--CTCCGA-A-G-GCCTTGCGAATTCAT-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-
gi|75653 : TTATAAA-TC--TATGGA-A-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AC--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----A------TAT----CTT-AA-TAAAA-AAA
gi|75652 : TTATAAA-TG--CATCGA-A-G-GCCATGGCAATTCAC-GA--AA--ATT-GTTG--TA----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-TAT----T------TTTTGTATTT-TT-TAAAG-AAA
gi|75651 : TTATAAA-TC--AATGGA-A-G-GCGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----AATTA-TA--------A-A-TAA--ATT--G-T-T-T----A------TTT----CTT-TA-TAGA
gi|75661 : TTAAAAA-TG--CACTGA-A-G-GCCA-AAAAATTCAT-GA--AA--ATG-TTTG--TC----AATCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-A-T-----------TAT----CTT-TG-TAAAATAAA
gi|75659 : TTATAAG-TG--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--ATG-T-----TC----A---------------A-A-CTA--GTT--G-A-T-T----A------TTT----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75666 : TTATAAC-TG--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATG-TGTG--TT----ATTCA-TA--------A-A-CAA--TTT--G-C-T-T----C------TTT----CTC-TA-TGAAA-GAA
gi|75667 : TTATAAC-TG--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATG-TTTG--TT----ATTCA-TA--------A-A-CAA--TTT--G-C-T-T----C------TTT----CTC-TA-TGATA-GAA
gi|75664 : TTATAAA-TG--AACCGA-A-G-TTCATGGGTATTCTC-GA--AA--ATG--TTG--TC----ATTCA-T---------A-A-GGA--AGT--G-T-T-T----T------TTT----TTT-TG-TAAAA-
gi|75665 : TTATTAA--G--CGTCGA-A-G-GCCATGGAATTTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TA----ATTCA-TA--------A-A-CAA--TTTGGG-T-T-T----T------TTT----CCTGTA-TAAAA-
gi|75668 : TTATAAA-TG--AACCGA-A-G-TTCATGGGCATTCTC-GA--AA--TTG--TTG--TC----GTTCA-T---------A-AGGAA--GTT--G-T-T-T----G------TTT-----TT-TA-TAAAATAAA
gi|75674 : TTATAAC-TG--TACCGA-A-G-GCCATGGCAATTGAC-GA--AA--ACG-CTTG--TA----GGTCA-CA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-G----C-------TT----CTT-TA-TTAA
gi|75670 : TTGCAAA-TG--CATCAA-C-A-GTCATGTGAATTCAC-GA--AT--ATG-TTTG--CC----ATTCA-TA--------A-A-CAT--ATT--G-T-G-G----T------TTT----CAT-TA-TAAAA-
gi|75677 : TTATAAA-TA--CAGCGT-A-T-GCTATAGAAATTCAC-AA--AA--CTG-TTTG--CC----ATTCA-TA--------A-A-CAT--ATT--G-T-T-T----C------TT
gi|75680 : TTATAAG-TG--CATTGA-A-G--TCATAAAAATTGAA-AA--AA--ATG-TGTG--TC----ATTTA-T---------ATA-CAT--GTT--G-T-T-------------TGT----CTT-TA-TAAAA-GA
gi|75663 : TTATAAA-TC--TATGGA-G-G-GCGATGA-AATTTCC-AA--AA--ATG-TTTG--TCTGACATTCA-T---------A-AATAT--GTT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75679 : TTATAGA-AC--CACGGA-A-G-GCAATGAGAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----A
gi|75676 : TCATAAA-TG--CATCGA-A-G-GC----------CAC-AA--AA--ATG-TTGG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--TTT--C-T-T-TGTTAT------TTT----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75681 : TTATCAG-TC--CATGGA-T-G-GCAATGAAAATCCAT-GA--AA--CTG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A-C----TTT--A-T-T-T----TCA----TTT----CTT-TATTAAAT-AAA
gi|75672 : TTATAAA-TC--AATGGC-A-G-GCGATGAAAATTCGC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTAA-TA--------A-A-CTA--GGT--G-T-T-
gi|75675 : TTATAAA-AG--CATCAA-A-G-TCCATGAGAGTTCAG-GA--AA--ATG-TTTA--TC-----TTCA-
gi|75671 : TTGTAAA-TC--CAC-GACA-A-GCGTTGACAATTCAC-GA--AC--TTG-TTTG--TC----AATCA-TA--------A-A-TAA--GTT--A-T-T-T----A------TTT----CCT-TA-TTAAA-
gi|75678 : TTATAAA-TC--TATTGA-A-G-ATGATAACAATTCAC-GA--TA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-A---------A-A-CAA--
gi|75682 : TTATAAA-TA--TATAGA-A-GAGCGATTGAAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--AC----ATTTA-TC--------A-A-TAA--ACT--G-A-A-T----C------TCT----ATC-TA-TAAAA-GAtctttagtt
gi|75683 : TTATAAA-TC--CAT-GACA-G-GCAATGAAAATTCAT-GA--AG--GTG-TTTG--TC----ATTGATT---------A-A-CAG--G
gi|75684 : TTATAAA-TG--CATCAA-A-G-GCAATGCGAATCC--------A--ATA-TTTT--CC----ATTCA-T---------A-A-
gi|75687 : TATAAA-TA--CAGCGA-A-G-GTCATGAAAACTAAC-GA--AA--ATATTTTG--TT----ATTAA-TA--------A-A-CAA--TTT--G-C-T-T----C------TTT----CTT-TA-TGAAA-AAaca
gi|75685 : TAAAAA-TC--CA--GA-A-G-GTGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A-TAT--GTT--G---T-T----CAG----TTT----TTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75686 : TATCAA-TG--CACGGA-A-G-ACGATGACATGTCAC-AA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------AGA-TAA--AGT--G-T-T-T----A------TTT----CTT-TA-TAAGA-TAA
gi|75688 : TAAAAA-TT--CATGGA-A-G-AC--TGAAAATTCAT-GA--AA--ACA-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--CTT--G-T-T-T----CGATCTATTT----CTT-TA-TAAAA-AGA
gi|75689 : ATAAA-TG--AATCGA-A-C-ACCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--G-T-T-T----C------TTT----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75690 : ATATA-TA--CATAGA-A-A-GCCATGAGAATTCAT-AA--AA--ATG-TTTG--CC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--ATT--A-T-T-T----C------TTT----CT-----TAAAG-AAA
gi|75692 : ATAAA-TG--CGCC-A-A-G-ACCATGAAAATTTTC-GA--TC--ATT-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--A-T-T-T----C------TTT----CTT-TC-TAAAA-
gi|75693 : ATAAA-TC--CACTGA-A-G-GCGATGCATATTCAC-GA--AT--ATG-TTTG--TC----ATTCA-A---------A-ATTAA--GGT--G-T-T-A----A------TTG----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75691 : ATAAACTC--CATGGA-A-G-ATGATAAATATTCAC-AA--AA--ATG-TTTG--TC----TTTCA-TA--------A-A-TAT--GTT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-CAAAA-
gi|75695 : ATAAA-TC--CATGGA-A-G-CGGATGACAATTCAC-GA--GA--AAG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A-C
gi|75696 : AAA-TC--CATGGA-A-G-ACCATGAAAATTCAC-AA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A-A--AT--GTT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-CA-Ttgtattatttt
gi|75698 : AAA-TC--CACAGA-A-G-GCAATGAAAATATAC-GA--AA--ATG--TTG--TC----ATTCA-G---------A-A-AAA--GTT--G-T-T-C----A------TTT----
gi|75694 : AAA-TG------GA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AC--AGG-TTT---------ATTCA-TA--------A-A-CAA--GTT--T-T-T-T----C-------TT----CTT-t
gi|75697 : ataAAA-TGTCCATGAA-A-G-GCAATGAAATTTCAT-GA--TA--GTG-TTTG--TC----ATTTA-TA--------A-A-TAT--GTT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75699 : AAA-TG--CATCAA-A-A-GCCATGAGAATTCAC-AA--AAAGATG-TTT
gi|75700 : AA-TC--CATGAA-A-G-GTAATGTGAATTCAA-GA--AA--ATG-TTTG--CC----ATTCA-TA--------A-A-TAA--GTC--A-T-C-T----A------TCT----CTT-TA-T
gi|75701 : A-TC--CACGGG-A-G-GTGATGAAAAGTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-TAT--GTT--G------------------TT----CTT-CA-TAAAATAAA
gi|75704 : GA-ACG-ACGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-TAT--ATT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-TGAAATAAA
gi|75705 : GA-A-T-GTAATGAAAGTTAAC-GA--AA--ATG-TTTG--TT----ATTTA-TA--------A-A-TAC--ATT--G-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75669 : A-A-G-GCGATGAATATTCAC-AA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------ATA-TAT--GTT--G-T-C-C----A------CTT----CTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75707 : ttattgtatgaA-A-G-GCAATGAAAACTCAT-GA--AA---TG-TTTA--TC----ATTCA-T---------A-A--AACTGTT--G-T-T-C----A------TTT----ATT-TA-TAAAATAAA
gi|75706 : A-A-G-GCGATGCAAATTCAAAGA--AA--AAG-TTTG--TC----AATCA-T---------AGA-TAT--GTT--G-T-T-T----A------TTT----TTT-TA-TA
gi|75703 : A-A-G-GTGATGAAAATTTAT-GACTAT--ATG-TTTG--TC----ATTCA-T---------A----AA--TAT--A-T-T-C----A------TTT----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75708 : cataa-G-GCCATGAGAATTCAC-AA--AA--ACG-TTTG--TT----ATTTA-T---------A-A-
gi|75702 : ATCAGAATTCAT-GA--AA--ATG-TTTT--TC----ATTCA-T---------G-A--AA--GTT--G-T-T-T----C------TTT----CTT-TA-TAAAA-GAAacataag
gi|75673 : gcctctaagTGAAAATTCAC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-AAA--GGT--G---C-T----G------TTT----CTT-TA-TAA
gi|75709 : ttataaacaagatagagggtgcAATTCGC-GA--AA--ATG-TTTG--TC----ATTCA-TA--------A-A-TGT--GTT--G-T-T-T----A------TTT----CTT-TA-TAAAATAAA
Alignments
lowQualScore : 0 22222 2 1 0 0 2 1 0 00 00 0 33333333333 1111 11 1 0 222222 55555 0 1111 0 0 8
lowQualScore : . ..... . . . . . . . .. .. . ........... .... .. . . ...... ..... . .... . . .
lowQualScore : 7 00000 8 3 6 6 8 5 6 88 88 6 88888888888 3333 00 4 7 777777 22222 7 6666 8 8 7
consensus : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
Reference ( family-418 ) : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75645 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75646 : TTATAAT-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75647 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-T-GCCATGCTAATTCAC-GA--AA--ATTTTT-G-----------TC----GTTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-CA-TAAAA-
gi|75648 : TTATATA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGATAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCGTAAACAAGGT--C-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75649 : TTATAAA-T--G--CATCGT-A-G-GCCATGGGAATTAAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAATT--A-TAT------A----TTT-T----CTT-TA-TATAA-AA
gi|75650 : TTATAAA-T--G--CATGGA-A-A-GCCACGAGAATTCAC-GA--AA--AAGTTT-GTT---------TT----TTTCATAAGCAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75651 : TTATAAA-T--C--AATGGA-A-G-GCGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATTATAAATAAATT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAGA
gi|75652 : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGGCAATTCAC-GA--AA--ATTGTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-TA-----T----TTT-TTGTATTT-TT-TAAAG-AAA
gi|75653 : TTATAAA-T--C--TATGGA-A-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATA-T----CTT-AA-TAAAA-AAA
gi|75654 : TTATTAA-T--G--CTCCGA-A-G-GCCTTGCGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------
gi|75655 : TTAAAAA-T--G--CATCGA-A-G-GTCATGGAAATTCAT-GG--AA--ATGT---------------TC----ATTCATAAACAAGTT--GTT-T------T----TTT-T----CTT-TA-TGAAA-GAA
gi|75656 : TTAAAAA-T--G--CATTGA-C-G-GCAATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAACT--G-T-T------T----TTT-T----TGT-TA-AAAAG-AAA
gi|75657 : TTATAAA-T--C--CAT-GA-A-G-GCGATGAAAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCAT----AAGTT--G-T-T------T-----TT-T----CTT-TA-TAAAA-AA
gi|75658 : TTATAAA-T--G--CATCTA-A-G-GCCATGCGGATCCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATGCCAGTT--GAT-C------T----CAT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75659 : TTATAAG-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTT-------------------------CAAACTAGTT--G-A-T------T----ATT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75660 : TTACAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--TTGTTT-GTCATTCATTTGTC----ATTCAT---CAAGTT--A-G-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75661 : TTAAAAA-T--G--CACTGA-A-G-GCCA-AAAAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATCATAAACAAGTT--G----------T----ATTAT----CTT-TG-TAAAATAAA
gi|75662 : TTATAAT-T--T--CATCGA-A-G-GACGTGAGAAT-CAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATCAACAAGAT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75663 : TTATAAA-T--C--TATGGA-G-G-GCGATGA-AATTTCC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TCTGACATTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75664 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGTATTCTC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCATAAGGAAG-T--G-T-T------T----TTT-T----TTT-TG-TAAAA-
gi|75665 : TTATTAA----G--CGTCGA-A-G-GCCATGGAATTTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAATTTGGG-T-T------T----TTT-T----CCTGTA-TAAAA-
gi|75666 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTGT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGAAA-GAA
gi|75667 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGATA-GAA
gi|75668 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGCATTCTC-GA--AA--TTGTT--G-----------TC----GTTCATAAGGAAGTT--G-T-T------T----GTT-T-----TT-TA-TAAAATAAA
gi|75669 : TTAT----T--G--TATGAA-A-G-GCGATGAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATATATGTT--G-T-C------C----ACT-T----CTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75670 : TTGCAAA-T--G--CATCAA-C-A-GTCATGTGAATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-G------G----TTT-T----CAT-TA-TAAAA-
gi|75671 : TTGTAAA-T--C--CA-CGACA-A-GCGTTGACAATTCAC-GA--AC--TTGTTT-G-----------TC----AATCATAAATAAGTT--A-T-T------T----ATT-T----CCT-TA-TTAAA-
gi|75672 : TTATAAA-T--C--AATGGC-A-G-GCGATGAAAATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTAATAAACTAGGT--G-T-T------
gi|75673 : TTATAAA-CAAG---ATAGA-G-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAAAAGGT--G---C------T----GTT-T----CTT-TA-TAA
gi|75674 : TTATAAC-T--G--TACCGA-A-G-GCCATGGCAATTGAC-GA--AA--ACGCTT-G-----------TA----GGTCACAAACAAGTT--G---T------T----GCT-T----CTT-TA-TTAA
gi|75675 : TTATAAA-A--G--CATCAA-A-G-TCCATGAGAGTTCAG-GA--AA--ATGTTT-A-----------TC-----TTCA
gi|75676 : TCATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCA----------C-AA--AA--ATGTTG-G-----------TC----ATTCATAAACAATTT--C-T-T------TGTTATTT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75677 : TTATAAA-T--A--CAGCGT-A-T-GCTATAGAAATTCAC-AA--AA--CTGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-T------T----CTT-
gi|75678 : TTATAAA-T--C--TATTGA-A-G-ATGATAACAATTCAC-GA--TA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCA-AAACAA
gi|75679 : TTATAGA-A--C--CACGGA-A-G-GCAATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----Atctttagtt
gi|75680 : TTATAAG-T--G--CATTGA-A-G--TCATAAAAATTGAA-AA--AA--ATGTGT-G-----------TC----ATTTATATACATGTT--G-T-T------T----G---T----CTT-TA-TAAAA-GA
gi|75681 : TTATCAG-T--C--CATGGA-T-G-GCAATGAAAATCCAT-GA--AA--CTGTTT-G-----------TC----ATTCATAACT---TT--A-T-T------TTC--ATT-T----CTT-TATTAAAT-AAA
gi|75682 : TTATAAA-T--A--TATAGA-A-GAGCGATTGAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------AC----ATTTATCAATAAACT--G-A-A------T----CTC-T----ATC-TA-TAAAA-GA
gi|75683 : TTATAAA-T--C--CAT-GACA-G-GCAATGAAAATTCAT-GA--AG--GTGTTT-G-----------TC----ATTGATTAACAGG
gi|75684 : TTATAAA-T--G--CATCAA-A-G-GCAATGCGAATCC--------A--ATATTT-T-----------CC----ATTCATAAACA
gi|75685 : TAAAAA-T--C--CA--GA-A-G-GTGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AATATGTT--G-T-T------CA---GTT-T----TTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75686 : TATCAA-T--G--CACGGA-A-G-ACGATGACATGTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAGATAAAGT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAGA-TAA
gi|75687 : TATAAA-T--A--CAGCGA-A-G-GTCATGAAAACTAAC-GA--AA--ATATTTTG-----------TT----ATTAATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-TA-TGAAA-AA
gi|75688 : TAAAAA-T--T--CATGGA-A-G-AC--TGAAAATTCAT-GA--AA--ACATTT-G-----------TC----ATTCATAAACAACTT--G-T-TTCGATCT----ATT-T----CTT-TA-TAAAA-AGA
gi|75689 : ATAAA-T--G--AATCGA-A-C-ACCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75690 : ATATA-T--A--CATAGA-A-A-GCCATGAGAATTCAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACAAATT--A-T-T------T----CTT-T----CT-----TAAAG-AAA
gi|75691 : ATAAACT--C--CATGGA-A-G-ATGATAAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----TTTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-
gi|75692 : ATAAA-T--G--CGCC-A-A-G-ACCATGAAAATTTTC-GA--TC--ATTTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--A-T-T------T----CTT-T----CTT-TC-TAAAA-
gi|75693 : ATAAA-T--C--CACTGA-A-G-GCGATGCATATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAAAATTAAGGT--G-T-T------A----ATT-G----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75694 : ATAAA--------ATGGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AC--AGGTTT-------------------ATTCATAAACAAGTT----T-T------T----TCT-T----CTT-
gi|75695 : ATAAA-T--C--CATGGA-A-G-CGGATGACAATTCAC-GA--GA--AAGTTT-G-----------TC----ATTCATAA
gi|75696 : AAA-T--C--CATGGA-A-G-ACCATGAAAATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAT--GTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-CA-Tctgtattatttt
gi|75697 : AAA-T--GTCCATGAA-A-G-GCAATGAAATTTCAT-GA--TA--GTGTTT-G-----------TC----ATTTATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75698 : AAA-T--C--CACAGA-A-G-GCAATGAAAATATAC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCAGAAA-AAGTT--G-T-T------C----ATT-T----
gi|75699 : AAA-T--G--CATCAA-A-A-GCCATGAGAATTCAC-AA--AAAGATGTTT-t
gi|75700 : AA-T--C--CATGAA-A-G-GTAATGTGAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAATAAGTC--A-T-C------T----ATC-T----CTT-TA-T
gi|75701 : A-T--C--CACGGG-A-G-GTGATGAAAAGTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATGTT--G-----------------T-T----CTT-CA-TAAAATAAA
gi|75702 : --G--CCTCTA-A-G----ATCAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCATGA--AAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75703 : --CATAAA-A-G-GTGATGAAAATTTAT-GACTAT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATA---T--A-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75704 : GA-ACG-ACGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TGAAATAAA
gi|75705 : GA-A-T-GTAATGAAAGTTAAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TT----ATTTATAAATACATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75706 : A-A-G-GCGATGCAAATTCAAAGA--AA--AAGTTT-G-----------TC----AATCATAGATATGTT--G-T-T------T----ATT-T----TTT-TA-TA
gi|75707 : A-A-G-GCAATGAAAACTCAT-GA--AA---TGTTT-A-----------TC----ATTCATAAAACTGTT--G-T-T------C----ATT-T----ATT-TA-TAAAATAAA
gi|75708 : -G-GCCATGAGAATTCAC-AA--AA--ACGTTT-G-----------TT----ATTTATAAACA
gi|75709 : AATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATGTGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAAtaag
Alignments
lowQualScore : 0 22222 2 1 0 0 2 1 0 00 00 0 33333333333 1111 11 1 0 222222 55555 0 1111 0 0 8
lowQualScore : . ..... . . . . . . . .. .. . ........... .... .. . . ...... ..... . .... . . .
lowQualScore : 7 00000 8 3 6 6 8 5 6 88 88 6 88888888888 3333 00 4 7 777777 22222 7 6666 8 8 7
consensus : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
Reference ( family-418 ) : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75645 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75646 : TTATAAT-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75647 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-T-GCCATGCTAATTCAC-GA--AA--ATTTTT-G-----------TC----GTTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-CA-TAAAA-
gi|75648 : TTATATA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGATAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCGTAAACAAGGT--C-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75649 : TTATAAA-T--G--CATCGT-A-G-GCCATGGGAATTAAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAATT--A-TAT------A----TTT-T----CTT-TA-TATAA-AA
gi|75650 : TTATAAA-T--G--CATGGA-A-A-GCCACGAGAATTCAC-GA--AA--AAGTTT-GTT---------TT----TTTCATAAGCAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75651 : TTATAAA-T--C--AATGGA-A-G-GCGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATTATAAATAAATT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAGA
gi|75652 : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGGCAATTCAC-GA--AA--ATTGTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-TA-----T----TTT-TTGTATTT-TT-TAAAG-AAA
gi|75653 : TTATAAA-T--C--TATGGA-A-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATA-T----CTT-AA-TAAAA-AAA
gi|75654 : TTATTAA-T--G--CTCCGA-A-G-GCCTTGCGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------
gi|75655 : TTAAAAA-T--G--CATCGA-A-G-GTCATGGAAATTCAT-GG--AA--ATGT---------------TC----ATTCATAAACAAGTT--GTT-T------T----TTT-T----CTT-TA-TGAAA-GAA
gi|75656 : TTAAAAA-T--G--CATTGA-C-G-GCAATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAACT--G-T-T------T----TTT-T----TGT-TA-AAAAG-AAA
gi|75657 : TTATAAA-T--C--CAT-GA-A-G-GCGATGAAAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCAT----AAGTT--G-T-T------T-----TT-T----CTT-TA-TAAAA-AA
gi|75658 : TTATAAA-T--G--CATCTA-A-G-GCCATGCGGATCCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATGCCAGTT--GAT-C------T----CAT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75659 : TTATAAG-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTT-------------------------CAAACTAGTT--G-A-T------T----ATT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75660 : TTACAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--TTGTTT-GTCATTCATTTGTC----ATTCAT---CAAGTT--A-G-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75661 : TTAAAAA-T--G--CACTGA-A-G-GCCA-AAAAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATCATAAACAAGTT--G----------T----ATTAT----CTT-TG-TAAAATAAA
gi|75662 : TTATAAT-T--T--CATCGA-A-G-GACGTGAGAAT-CAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATCAACAAGAT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75663 : TTATAAA-T--C--TATGGA-G-G-GCGATGA-AATTTCC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TCTGACATTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75664 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGTATTCTC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCATAAGGAAG-T--G-T-T------T----TTT-T----TTT-TG-TAAAA-
gi|75665 : TTATTAA----G--CGTCGA-A-G-GCCATGGAATTTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAATTTGGG-T-T------T----TTT-T----CCTGTA-TAAAA-
gi|75666 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTGT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGAAA-GAA
gi|75667 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGATA-GAA
gi|75668 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGCATTCTC-GA--AA--TTGTT--G-----------TC----GTTCATAAGGAAGTT--G-T-T------T----GTT-T-----TT-TA-TAAAATAAA
gi|75669 : TTAT----T--G--TATGAA-A-G-GCGATGAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATATATGTT--G-T-C------C----ACT-T----CTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75670 : TTGCAAA-T--G--CATCAA-C-A-GTCATGTGAATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-G------G----TTT-T----CAT-TA-TAAAA-
gi|75671 : TTGTAAA-T--C--CA-CGACA-A-GCGTTGACAATTCAC-GA--AC--TTGTTT-G-----------TC----AATCATAAATAAGTT--A-T-T------T----ATT-T----CCT-TA-TTAAA-
gi|75672 : TTATAAA-T--C--AATGGC-A-G-GCGATGAAAATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTAATAAACTAGGT--G-T-T------
gi|75673 : TTATAAA-CAAG---ATAGA-G-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAAAAGGT--G---C------T----GTT-T----CTT-TA-TAA
gi|75674 : TTATAAC-T--G--TACCGA-A-G-GCCATGGCAATTGAC-GA--AA--ACGCTT-G-----------TA----GGTCACAAACAAGTT--G---T------T----GCT-T----CTT-TA-TTAA
gi|75675 : TTATAAA-A--G--CATCAA-A-G-TCCATGAGAGTTCAG-GA--AA--ATGTTT-A-----------TC-----TTCA
gi|75676 : TCATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCA----------C-AA--AA--ATGTTG-G-----------TC----ATTCATAAACAATTT--C-T-T------TGTTATTT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75677 : TTATAAA-T--A--CAGCGT-A-T-GCTATAGAAATTCAC-AA--AA--CTGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-T------T----CTT-
gi|75678 : TTATAAA-T--C--TATTGA-A-G-ATGATAACAATTCAC-GA--TA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCA-AAACAA
gi|75679 : TTATAGA-A--C--CACGGA-A-G-GCAATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----Atctttagtt
gi|75680 : TTATAAG-T--G--CATTGA-A-G--TCATAAAAATTGAA-AA--AA--ATGTGT-G-----------TC----ATTTATATACATGTT--G-T-T------T----G---T----CTT-TA-TAAAA-GA
gi|75681 : TTATCAG-T--C--CATGGA-T-G-GCAATGAAAATCCAT-GA--AA--CTGTTT-G-----------TC----ATTCATAACT---TT--A-T-T------TTC--ATT-T----CTT-TATTAAAT-AAA
gi|75682 : TTATAAA-T--A--TATAGA-A-GAGCGATTGAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------AC----ATTTATCAATAAACT--G-A-A------T----CTC-T----ATC-TA-TAAAA-GA
gi|75683 : TTATAAA-T--C--CAT-GACA-G-GCAATGAAAATTCAT-GA--AG--GTGTTT-G-----------TC----ATTGATTAACAGG
gi|75684 : TTATAAA-T--G--CATCAA-A-G-GCAATGCGAATCC--------A--ATATTT-T-----------CC----ATTCATAAACA
gi|75685 : TAAAAA-T--C--CA--GA-A-G-GTGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AATATGTT--G-T-T------CA---GTT-T----TTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75686 : TATCAA-T--G--CACGGA-A-G-ACGATGACATGTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAGATAAAGT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAGA-TAA
gi|75687 : TATAAA-T--A--CAGCGA-A-G-GTCATGAAAACTAAC-GA--AA--ATATTTTG-----------TT----ATTAATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-TA-TGAAA-AA
gi|75688 : TAAAAA-T--T--CATGGA-A-G-AC--TGAAAATTCAT-GA--AA--ACATTT-G-----------TC----ATTCATAAACAACTT--G-T-TTCGATCT----ATT-T----CTT-TA-TAAAA-AGA
gi|75689 : ATAAA-T--G--AATCGA-A-C-ACCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75690 : ATATA-T--A--CATAGA-A-A-GCCATGAGAATTCAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACAAATT--A-T-T------T----CTT-T----CT-----TAAAG-AAA
gi|75691 : ATAAACT--C--CATGGA-A-G-ATGATAAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----TTTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-
gi|75692 : ATAAA-T--G--CGCC-A-A-G-ACCATGAAAATTTTC-GA--TC--ATTTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--A-T-T------T----CTT-T----CTT-TC-TAAAA-
gi|75693 : ATAAA-T--C--CACTGA-A-G-GCGATGCATATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAAAATTAAGGT--G-T-T------A----ATT-G----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75694 : ATAAA--------ATGGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AC--AGGTTT-------------------ATTCATAAACAAGTT----T-T------T----TCT-T----CTT-
gi|75695 : ATAAA-T--C--CATGGA-A-G-CGGATGACAATTCAC-GA--GA--AAGTTT-G-----------TC----ATTCATAA
gi|75696 : AAA-T--C--CATGGA-A-G-ACCATGAAAATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAT--GTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-CA-Tctgtattatttt
gi|75697 : AAA-T--GTCCATGAA-A-G-GCAATGAAATTTCAT-GA--TA--GTGTTT-G-----------TC----ATTTATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75698 : AAA-T--C--CACAGA-A-G-GCAATGAAAATATAC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCAGAAA-AAGTT--G-T-T------C----ATT-T----
gi|75699 : AAA-T--G--CATCAA-A-A-GCCATGAGAATTCAC-AA--AAAGATGTTT-t
gi|75700 : AA-T--C--CATGAA-A-G-GTAATGTGAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAATAAGTC--A-T-C------T----ATC-T----CTT-TA-T
gi|75701 : A-T--C--CACGGG-A-G-GTGATGAAAAGTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATGTT--G-----------------T-T----CTT-CA-TAAAATAAA
gi|75702 : --G--CCTCTA-A-G----ATCAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCATGA--AAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75703 : --CATAAA-A-G-GTGATGAAAATTTAT-GACTAT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATA---T--A-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75704 : GA-ACG-ACGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TGAAATAAA
gi|75705 : GA-A-T-GTAATGAAAGTTAAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TT----ATTTATAAATACATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75706 : A-A-G-GCGATGCAAATTCAAAGA--AA--AAGTTT-G-----------TC----AATCATAGATATGTT--G-T-T------T----ATT-T----TTT-TA-TA
gi|75707 : A-A-G-GCAATGAAAACTCAT-GA--AA---TGTTT-A-----------TC----ATTCATAAAACTGTT--G-T-T------C----ATT-T----ATT-TA-TAAAATAAA
gi|75708 : -G-GCCATGAGAATTCAC-AA--AA--ACGTTT-G-----------TT----ATTTATAAACA
gi|75709 : AATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATGTGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAAtaag
blockSeqs : AAG C C C G TCATTCATTTG TGAC T TCGATC GTTAT TGTA T
blockSeqs : GTC C C C T TT . A A TCA . T
blockSeqs : G C . C T . . . . AG . T
blockSeqs : G C . C G . . . . C . T
blockSeqs : G G . C G . . . . A . T
blockSeqs : G G . G A . . . . C . T
blockSeqs : G C . C C . . . . T . T
blockSeqs : C G . G A . . . . C . T
blockSeqs : G C . C G . . . . A . T
blockSeqs : C C . C A . . . . T . T
blockSeqs : G T . A G . . . . A . .
blockSeqs : G C . G A . . . . T . .
blockSeqs : G C . C G . . . . T . .
blockSeqs : C C . C G . . . . C . .
blockSeqs : G T . C G . . . . A . .
blockSeqs : G C . C A . . . . C . .
blockSeqs : G G . C G . . . . A . .
blockSeqs : G C . G G . . . . C . .
blockSeqs : T C . C A . . . . A . .
blockSeqs : C C . C G . . . . T . .
blockSeqs : G C . C G . . . . T . .
blockSeqs : G C . C G . . . . C . .
blockSeqs : G G . C A . . . . C . .
blockSeqs : G C . G G . . . . G . .
blockSeqs : G C . C C . . . . A . .
blockSeqs : G G . G A . . . . T . .
blockSeqs : G A . G A . . . . A . .
blockSeqs : C C . G C . . . . G . .
blockSeqs : C C . C G . . . . G . .
blockSeqs : G C . C A . . . . C . .
blockSeqs : G C . C C . . . . G . .
blockSeqs : G T . T G . . . . C . .
blockSeqs : A G . G A . . . . A . .
blockSeqs : C T . A A . . . . C . .
blockSeqs : C G . C A . . . . A . .
blockSeqs : G A . A A . . . . C . .
blockSeqs : C C . G G . . . . C . .
blockSeqs : A G . A A . . . . A . .
blockSeqs : C C . A C . . . . C . .
blockSeqs : G G . G A . . . . A . .
blockSeqs : C C . G A . . . . T . .
blockSeqs : G A . C G . . . . A . .
blockSeqs : A G . C G . . . . A . .
blockSeqs : T C . C A . . . . A . .
blockSeqs : G T . G A . . . . A . .
blockSeqs : A G . C A . . . . C .
blockSeqs : C G . G G . . . . A .
blockSeqs : G G . C C . . . . A .
blockSeqs : C G . G A . . . . A .
blockSeqs : C A . C A . . . . A .
blockSeqs : C C . A A . . . . A .
blockSeqs : C G . A G . . . . A .
blockSeqs : G G . C G . . . . . .
blockSeqs : C C . A A . . . . .
blockSeqs : C A . G G . . . .
blockSeqs : G . . G A . . . .
blockSeqs : . . . G A . .
blockSeqs : . . A A . .
blockSeqs : . G A . .
blockSeqs : . A A . .
blockSeqs : . C G . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
finalCons : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
Alignments
lowQualScore : 0 22222 2 1 0 0 2 1 0 00 00 0 33333333333 1111 11 1 0 222222 55555 0 1111 0 0 8
lowQualScore : . ..... . . . . . . . .. .. . ........... .... .. . . ...... ..... . .... . . .
lowQualScore : 7 00000 8 3 6 6 8 5 6 88 88 6 88888888888 3333 00 4 7 777777 22222 7 6666 8 8 7
consensus : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
Reference ( family-418 ) : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----NTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75645 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-AAA
gi|75646 : TTATAAT-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75647 : TTATAAA-T--G--CACCGA-A-T-GCCATGCTAATTCAC-GA--AA--ATTTTT-G-----------TC----GTTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-CA-TAAAA-
gi|75648 : TTATATA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGATAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCGTAAACAAGGT--C-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75649 : TTATAAA-T--G--CATCGT-A-G-GCCATGGGAATTAAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAATT--A-TAT------A----TTT-T----CTT-TA-TATAA-AA
gi|75650 : TTATAAA-T--G--CATGGA-A-A-GCCACGAGAATTCAC-GA--AA--AAGTTT-GTT---------TT----TTTCATAAGCAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75651 : TTATAAA-T--C--AATGGA-A-G-GCGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATTATAAATAAATT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAGA
gi|75652 : TTATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGGCAATTCAC-GA--AA--ATTGTT-G-----------TA----ATTCATAAACAAGTT--G-T-TA-----T----TTT-TTGTATTT-TT-TAAAG-AAA
gi|75653 : TTATAAA-T--C--TATGGA-A-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----ATA-T----CTT-AA-TAAAA-AAA
gi|75654 : TTATTAA-T--G--CTCCGA-A-G-GCCTTGCGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------
gi|75655 : TTAAAAA-T--G--CATCGA-A-G-GTCATGGAAATTCAT-GG--AA--ATGT---------------TC----ATTCATAAACAAGTT--GTT-T------T----TTT-T----CTT-TA-TGAAA-GAA
gi|75656 : TTAAAAA-T--G--CATTGA-C-G-GCAATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AACAAACT--G-T-T------T----TTT-T----TGT-TA-AAAAG-AAA
gi|75657 : TTATAAA-T--C--CAT-GA-A-G-GCGATGAAAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCAT----AAGTT--G-T-T------T-----TT-T----CTT-TA-TAAAA-AA
gi|75658 : TTATAAA-T--G--CATCTA-A-G-GCCATGCGGATCCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATGCCAGTT--GAT-C------T----CAT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75659 : TTATAAG-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--ATGTT-------------------------CAAACTAGTT--G-A-T------T----ATT-T----TTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75660 : TTACAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCATGAGAATTCAT-GA--AA--TTGTTT-GTCATTCATTTGTC----ATTCAT---CAAGTT--A-G-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75661 : TTAAAAA-T--G--CACTGA-A-G-GCCA-AAAAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----AATCATAAACAAGTT--G----------T----ATTAT----CTT-TG-TAAAATAAA
gi|75662 : TTATAAT-T--T--CATCGA-A-G-GACGTGAGAAT-CAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATCAACAAGAT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-CA-TAAAA-GAA
gi|75663 : TTATAAA-T--C--TATGGA-G-G-GCGATGA-AATTTCC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TCTGACATTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75664 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGTATTCTC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCATAAGGAAG-T--G-T-T------T----TTT-T----TTT-TG-TAAAA-
gi|75665 : TTATTAA----G--CGTCGA-A-G-GCCATGGAATTTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TA----ATTCATAAACAATTTGGG-T-T------T----TTT-T----CCTGTA-TAAAA-
gi|75666 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTGT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGAAA-GAA
gi|75667 : TTATAAC-T--G--CATCGA-A-T-ACCTTGTGAATTCAC-GA--AC--ATGTTT-G-----------TT----ATTCATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTC-TA-TGATA-GAA
gi|75668 : TTATAAA-T--G--AACCGA-A-G-TTCATGGGCATTCTC-GA--AA--TTGTT--G-----------TC----GTTCATAAGGAAGTT--G-T-T------T----GTT-T-----TT-TA-TAAAATAAA
gi|75669 : TTAT----T--G--TATGAA-A-G-GCGATGAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATATATATGTT--G-T-C------C----ACT-T----CTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75670 : TTGCAAA-T--G--CATCAA-C-A-GTCATGTGAATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-G------G----TTT-T----CAT-TA-TAAAA-
gi|75671 : TTGTAAA-T--C--CA-CGACA-A-GCGTTGACAATTCAC-GA--AC--TTGTTT-G-----------TC----AATCATAAATAAGTT--A-T-T------T----ATT-T----CCT-TA-TTAAA-
gi|75672 : TTATAAA-T--C--AATGGC-A-G-GCGATGAAAATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTAATAAACTAGGT--G-T-T------
gi|75673 : TTATAAA-CAAG---ATAGA-G-G-GTGCTGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAAAAGGT--G---C------T----GTT-T----CTT-TA-TAA
gi|75674 : TTATAAC-T--G--TACCGA-A-G-GCCATGGCAATTGAC-GA--AA--ACGCTT-G-----------TA----GGTCACAAACAAGTT--G---T------T----GCT-T----CTT-TA-TTAA
gi|75675 : TTATAAA-A--G--CATCAA-A-G-TCCATGAGAGTTCAG-GA--AA--ATGTTT-A-----------TC-----TTCA
gi|75676 : TCATAAA-T--G--CATCGA-A-G-GCCA----------C-AA--AA--ATGTTG-G-----------TC----ATTCATAAACAATTT--C-T-T------TGTTATTT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75677 : TTATAAA-T--A--CAGCGT-A-T-GCTATAGAAATTCAC-AA--AA--CTGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACATATT--G-T-T------T----CTT-
gi|75678 : TTATAAA-T--C--TATTGA-A-G-ATGATAACAATTCAC-GA--TA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCA-AAACAA
gi|75679 : TTATAGA-A--C--CACGGA-A-G-GCAATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----Atctttagtt
gi|75680 : TTATAAG-T--G--CATTGA-A-G--TCATAAAAATTGAA-AA--AA--ATGTGT-G-----------TC----ATTTATATACATGTT--G-T-T------T----G---T----CTT-TA-TAAAA-GA
gi|75681 : TTATCAG-T--C--CATGGA-T-G-GCAATGAAAATCCAT-GA--AA--CTGTTT-G-----------TC----ATTCATAACT---TT--A-T-T------TTC--ATT-T----CTT-TATTAAAT-AAA
gi|75682 : TTATAAA-T--A--TATAGA-A-GAGCGATTGAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------AC----ATTTATCAATAAACT--G-A-A------T----CTC-T----ATC-TA-TAAAA-GA
gi|75683 : TTATAAA-T--C--CAT-GACA-G-GCAATGAAAATTCAT-GA--AG--GTGTTT-G-----------TC----ATTGATTAACAGG
gi|75684 : TTATAAA-T--G--CATCAA-A-G-GCAATGCGAATCC--------A--ATATTT-T-----------CC----ATTCATAAACA
gi|75685 : TAAAAA-T--C--CA--GA-A-G-GTGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAT-AATATGTT--G-T-T------CA---GTT-T----TTT-TA-TAAAA-CAA
gi|75686 : TATCAA-T--G--CACGGA-A-G-ACGATGACATGTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAGATAAAGT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAGA-TAA
gi|75687 : TATAAA-T--A--CAGCGA-A-G-GTCATGAAAACTAAC-GA--AA--ATATTTTG-----------TT----ATTAATAAACAATTT--G-C-T------T----CTT-T----CTT-TA-TGAAA-AA
gi|75688 : TAAAAA-T--T--CATGGA-A-G-AC--TGAAAATTCAT-GA--AA--ACATTT-G-----------TC----ATTCATAAACAACTT--G-T-TTCGATCT----ATT-T----CTT-TA-TAAAA-AGA
gi|75689 : ATAAA-T--G--AATCGA-A-C-ACCATGAGAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75690 : ATATA-T--A--CATAGA-A-A-GCCATGAGAATTCAT-AA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAACAAATT--A-T-T------T----CTT-T----CT-----TAAAG-AAA
gi|75691 : ATAAACT--C--CATGGA-A-G-ATGATAAATATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----TTTCATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-
gi|75692 : ATAAA-T--G--CGCC-A-A-G-ACCATGAAAATTTTC-GA--TC--ATTTTT-G-----------TC----ATTCATAAACAAGTT--A-T-T------T----CTT-T----CTT-TC-TAAAA-
gi|75693 : ATAAA-T--C--CACTGA-A-G-GCGATGCATATTCAC-GA--AT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCAAAATTAAGGT--G-T-T------A----ATT-G----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75694 : ATAAA--------ATGGA-A-G-GCCATGAGAATTCAC-GA--AC--AGGTTT-------------------ATTCATAAACAAGTT----T-T------T----TCT-T----CTT-
gi|75695 : ATAAA-T--C--CATGGA-A-G-CGGATGACAATTCAC-GA--GA--AAGTTT-G-----------TC----ATTCATAA
gi|75696 : AAA-T--C--CATGGA-A-G-ACCATGAAAATTCAC-AA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAAT--GTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-CA-Tctgtattatttt
gi|75697 : AAA-T--GTCCATGAA-A-G-GCAATGAAATTTCAT-GA--TA--GTGTTT-G-----------TC----ATTTATAAATATGTT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75698 : AAA-T--C--CACAGA-A-G-GCAATGAAAATATAC-GA--AA--ATG-TT-G-----------TC----ATTCAGAAA-AAGTT--G-T-T------C----ATT-T----
gi|75699 : AAA-T--G--CATCAA-A-A-GCCATGAGAATTCAC-AA--AAAGATGTTT-t
gi|75700 : AA-T--C--CATGAA-A-G-GTAATGTGAATTCAA-GA--AA--ATGTTT-G-----------CC----ATTCATAAATAAGTC--A-T-C------T----ATC-T----CTT-TA-T
gi|75701 : A-T--C--CACGGG-A-G-GTGATGAAAAGTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATGTT--G-----------------T-T----CTT-CA-TAAAATAAA
gi|75702 : --G--CCTCTA-A-G----ATCAGAATTCAT-GA--AA--ATGTTT-T-----------TC----ATTCATGA--AAGTT--G-T-T------T----CTT-T----CTT-TA-TAAAA-GAA
gi|75703 : --CATAAA-A-G-GTGATGAAAATTTAT-GACTAT--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATA---T--A-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-CAAAA-CAA
gi|75704 : GA-ACG-ACGATGAAAATTCAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATATATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TGAAATAAA
gi|75705 : GA-A-T-GTAATGAAAGTTAAC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TT----ATTTATAAATACATT--G-T-T------C----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAA
gi|75706 : A-A-G-GCGATGCAAATTCAAAGA--AA--AAGTTT-G-----------TC----AATCATAGATATGTT--G-T-T------T----ATT-T----TTT-TA-TA
gi|75707 : A-A-G-GCAATGAAAACTCAT-GA--AA---TGTTT-A-----------TC----ATTCATAAAACTGTT--G-T-T------C----ATT-T----ATT-TA-TAAAATAAA
gi|75708 : -G-GCCATGAGAATTCAC-AA--AA--ACGTTT-G-----------TT----ATTTATAAACA
gi|75709 : AATTCGC-GA--AA--ATGTTT-G-----------TC----ATTCATAAATGTGTT--G-T-T------T----ATT-T----CTT-TA-TAAAATAAAtaag