lowQualScore : 222 1111111 11111111111111 1 1 1 222222222222222222222222222222222 111 55555555555555555555555555 1 1111 99999999999999999 22222222222 11 1 44444 1
lowQualScore : 0 555 22 1111 0 33333 22222 8888 2222222 22 22222222222222 2 0 4 0 66 77777 11 77 2 11 4 7 4 00 1111 0 0 0 11 0 0 0 0 22 2 888888888888888888888888888888888 888 2 1 66666666666666666666666666 0 8 66 1111 1 66666666666666666 4 3 1111 5 8888 5 11 55555555555 0 44 1 7777 777 7 6 3 33333 5 6 6
lowQualScore : . ... .. .... . ..... ..... .... ....... .. .............. . . . . .. ..... .. .. . .. . . . .. .... . . . .. . . . . .. . ................................. ... . . .......................... . . .. .... . ................. . . .... . .... . .. ........... . .. . .... ... . . . ..... . . .
lowQualScore : 9 222 11 3333 9 00000 22222 7777 4444444 33 00000000000000 7 9 1 0 22 11111 22 00 4 00 3 9 1 99 4444 7 7 7 88 7 8 7 7 88 4 222222222222222222222222222222222 333 6 2 77777777777777777777777777 0 2 44 4444 7 11111111111111111 4 4 5555 4 9999 0 00 88888888888 8 77 1 1111 999 8 7 3 00000 0 0 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-A---A--T-T--T-T-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TG-GTAGTCTAT-----G--------TATAG-TNCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------AA--AT---TT--A-TGA--AAATTACNATAATGTATGGTANTATNTAA-ACTAAAATGATAGTCT-TTTTAT-GTG----T-TTGATTTTA---TG--A--CT-GGGATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGCCG-CCAATTTGCTCGAAATGCA----ATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAACTCATTCATA
Reference ( gi|139805 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-A--TA--T-T--T-T-----T-----TT--TTGCTA--TAA-CG-GTAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TC-TCGGATG--AAACTTTTT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CAC------------------AT--AT---TT--A-TGA--TAATTACTATAATGTATGCCATTATTCAA-ACTAAAG-GACA--CT-TTTGAT-GTG----T-TTGATTTTAAAATGACAAACT-GAAATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GAACAAACAAGATG--G-T-AC--CA--AA-AATGGCCC-CCAATTTGCTCGAAATGCA----ATATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-A--AT--T-T--T-T-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TG-GTAGTCTAT-----A--------TATAG-TTATT-TG--AT--T--TTA--TG-TCGGATT--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CTTCCAA-AA-TGGC--
gi|139804 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGT-A---A--T-G--T-T-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TG-GTAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTT--TG-TCAGATG--ACACTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CTTCCAA-AA-TGGC--TGC------------------CA--AT---TT--GCTGG---AATTGCAATAagccaatttgattgaaa
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGT-A---A--T-T--A-T-----T-----TT--TGGCTA--AAA-TG-GAAGTCTAT-----A--------TATAG-TTATT-TG--AT--T--TTA--TG-TCGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTT-AAA-TAAA--CAAGATGG-TGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------CA--AT---TT--tt
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGT-A--AA--T-T--G-T-----T-----TT----GCTA--AAA-TG-GTAGTCTTT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--CG-TCGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CG-CCAA-AA-TGGC--CGC------------------AA--AT---gctcaaaat
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT--------T-G--T-T-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TA-GTAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGAATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-T
gi|139794 : CATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-A---A--T-T--T-T-----T-----TT--A-GCTA--TAA-CA-GTAGTCTAT-----A--------TATAG-TACTT-TG--AT--T--TTA--TG-TCGGATG--ACATTTTGC--CATCAT----TCA-GTATTTTG--AA-TAAA--CAAGATGG-TGTCCAA-AA-TTGC--
gi|139813 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-T--TG--T-T--T-TGTTTTT-----TT--TTGCTA--AAA-TG-GTAGTCTAT---------------------------G--AT--T--TTA--TG-TCGGATG--ACACTTTGT--CATCAT----TGA-ACATTTTT-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGT-A---A--T-C--T-T-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TT-GTAGTCTAT-----A--------TATAT-TTGTT-TG--AT--T--TTA--TG-CCGGATG--ACACATTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-AAAA--TAAGATGG-TGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------CA--AT---TT--
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT-A---A--T-T--T-G-----T-----TT--TTGTTA--AAA-TG-GTAGTCGAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTT--TG-TCGGATA--ACAC--TGT--CATCAT----TAA-GCATTTTT-AAA-T--------GATGG-TGTCCGA-AA-TGGC--CGCCAATTTGCTCGAATTGCAAT--AT---TTGAA-TGA--TATTTACCATTATGTgctcgaattgcaatatt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGT-A--TT--T-T--T-T-----T-----TT--GTGCTT--AAA-TG-GTAGTCTAT-----A--------TTTAA-TTATT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-ACATTTTG-AAA-TAAA--
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGT-A---A--T-T--T------------------------------A-GTAGTCTAT-----A--------AATAGTTTTTT-TT--AC--T--TTT--TG-TTGGATG--ACAGTTAAT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--TAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CAC------------------CA--AT---TT--tggccaccaatttg
gi|139801 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGT-A--TA--A-T--T-C-----T-----TG--GTG--A--TTA-TG-CTAGTCTATGCAT-A--------TATAG---CTTATG--AAAAT--TAA--GC-TTG-ATG--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--TAAGATGG-CTGCCAA-CATTGGCG-CAA------------------AT--AA---AT----TGA--AAATTAgctcgaattgcaatatattt
gi|139788 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT-A---A--T-T--T-T-----A-----TT--TGGTGA--TTA-TG-CTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATG--AA--AAATAA--GC-TTG-ATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAGT--CATGATGG-CTGCCAA-TA-TGGCAGCAA------------------ATGAAT---TG--A-GAA--TAATtgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaaaaaaaatgtttcaaattgattgatttaatttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT-AT-TATTT-T--T-T-----T-----TT--TTGTGA--TTA-TG-GTCGTTTAG-----G--------CATAA---CTTATGCAAA--A--TCA--GC-TT-GATG--ACA--TCGT--CATCAT----TGA-GCTTTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAG-TA-TGGC--AGC------------------AA--AT---GA--A-TGG--AAAATACTGTatttttcgcacattttggatttaaaagtggaaataaaatgttttaaattaattgatttcattaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139800 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT-A--AA--TAT--T-T-----T-----TT--GTG--A--TTA-TG-CTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATGAAAA--A--TAA--GC-TT-GATG--ACATCATGT--CATCAT----TAA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGC--GGC------------------AA--AT---TA--ATTGA---AA--ACTATAtttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatattttgattaattaattgtatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139791 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAAT-A---A--T-T--T-T-----T-----GT--TGGTGA--TTA-TG-GTATTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATGCAAA--A--TCA--GC-TTG-ATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCAATTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-Cttttccgcacctttttattttaaaagagcaaatataatgttttaaattaattgattttatttagtaaatgtgtcactatcatcttaaatataaaacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT-A---A--A-T--T-T-----T-----GT--TGGTGA--TTA-TG-GTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATGAAAA--A--TAA--GC-TT-GATG--ACATCATGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CGAGATAG-CCGCCAA-TA-TGGC--GGC------------------AA--AT---GA--ATTGA--AAATTAcgacattattgcagcaaattatttgaaaattctgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatgtttttgatcaataaattgtattaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGT-A--AAA-T-T--T-T-----T-----TG--GTG--A--TTA-TG-CTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATG--AA--AAATAA--GC-TTG-ATG--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTG-AGA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGC--GGC------------------AA--AT---CA--ATTGA--AAATTAtgttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGC-A---A--T-T--T-T-----T-----TT--G-GCGA--TTA-TT-GTAGTA-AG-----G--------CAT---TGCTTATG--AA--AAATCA--GC-TTGAA-G--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGC--GGC------------------AA--AT---GA--ATTGA--AAATTAtgatttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139797 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT-A--AA--T-T--A-T-----T-----TTGGTAGTTA--T----G-GTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCTTATGAAAA--A--TAA--GC-TTGT-TG--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GC-TTTTG-AAA-TATT--CAAGATG---GTCGCA-AA-TGtgttttccgcacattttagctttataaatgcaaataatttttttttgattaattgagtttattaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139795 : gcagataaagCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGT-A--AA--T-A--A-T-----------------GCTAGTTAA-GGCGTTGCTTATGAAAAA--------TA-AG---CTT-----------------------GATG--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--GAAGATGG-CTGCCAA-TA-TGGC--GGC------------------AA--AT---CA--ATTGA--AAATTAaattgaaaattatgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattaattttatttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGT-A---A--T-T--G-T-----T-----TT--G-GTGA--TTA-TG-CTAGTTTAA-----G--------CAT---TGCTTATG--AAAAG--TAA--AC-TTG-ACG--ACATCTTAA--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCACCAA-TA-TCCC--GAC------------------A---AT---TGAAA-TGA--AAATTA-TATtgttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattgattgatttcatttagttactttgtcactaccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139799 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGT----CA--T-T--T-T-----A-----TTGATGAGTA--T----G-CTAGTTTAG-----G--------CAT---TGCCT-TG--AT--G--ATA--TC-TTG--------------T--CACCAC----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAACATGA-CCGCAAATAA-TGGC--GGC------------------AA--AT---TA--A-Ttttccacacattttagttttaaaagtgcacataaaatgttttaaattggttgattttatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139803 : gcagataccgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGT-ATTTA--T-T--A-T-----TGGTGATT--ATGCTA--Ttaaaacagttttagcaaaacgatctaaaattttaaatatgtatgaaataaagtgattt
gi|139798 : cggCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTAA--AA--T-T--G-T-----T-----TT--GTGATAATTAA--G-CTAGTggaaaataagtttaattgcaccattgagcgttttgaaatattcaagatggtcgccaata
gi|139802 : gcagataccaCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGT-A--AA-------T-G-----T-----TT--TTGGTG--CA------TTGTTTAT-----G--------CAAAA--------------------A--TC-TC-GATGACAAA---TGT--CGCCAT----TGC-GCATTTTG-AAA-TAtaaggcattgcttaagaaaaatgtaagcttgatgacatcttgtcaacattttggaacatggccaccaatatggtggataaatgaatttaaaattatgttgtctgcatattttggttttaaaagtgcaaataaaatgtattaaatcaattgatttcatttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139815 : agatattgACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGG-AA-TT--T-T--T-T-----T-----TT--TTACTA--AAA-TG-ACAGTCTAT-----C--------TATAG-TGCGT-TG--AT--T--TTA--TG-TCGGATG--ACATTTTGT--CTTCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------tt
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGC-AA-TA--T-A--TAT-----T-----TT--TTGCTA--AAA-TG-ATAGTCTGT-----T--------TGCAG-TGCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATATTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--CGC------------------CA--AT---TT--
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGT-AA-TA--T-AAAT-T-----G-----TC--TTGCTA--AAA-TG-ATAGTATAT-----C--------GATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CGTCAT----TGA-GTATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTTCAG-AA-TGGT--Cgatcgaaa
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGT-A--AA--A-C--T-T-----T-----TT--T-GCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----G--------TATAG-TTATT-TC--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTTCAA-AA-TGGggcaatttgcttgaaaa
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATT-A---A--T-T--T-T-----T-----TT--TTTCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----AATAATA--TATAG-TGCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATTAT----TGA-GCATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-TGTCCAA-AA-TGGC--CAC------------------
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGT-A---A--T-T--T-TG----T-----TT--TTGCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----C--------TATAG-TGCTT-TG--AT--A--TTT--TG-TTGGATG--ACATATTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CATCCAA-AA-TGGC--Ccaat
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGT-AA-TA--T-C--T-T-----T-----TC-----CTA--AGA-TG-ATAGTCTAT-----C--------TATAG-TGCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTAGATG--ACATTTTGT--CTTCAT----TGA-GTATTTTA-AAA-TAAA--TAAGAAGG-CGTTCAA-AA-TGGT--CGC------------------CA--AT---TT--gtcaatttgatcgaaa
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGT-A--T---T-T--T-T-----T-----TG--GGGCTA--AAAATG-ATAGTCTAT-----T--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTAGGTT-TT--ATG--ACATATTGC--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--AAAGATGG-CGTCCAC-AA-TGGC--CGC------------------TA--AT---TT--G-Tgcccgaaaa
gi|139824 : TACATGAGAATACATAAT-A---A--T-C--A-T-----T-----TT--TGGCTA--AAA-TG-ATAGTTTTT-----C--------TATAG-TGGTT-TA--AT--T--TTT--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CGAGATGG-CGGCCAA-AA-TGGC--tagaaat
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGT-A--AA--T-T--C-T-----T-----TT--T-GCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----C--------TAAAG-TGCTT-TG--AT--T--TTT--TG-TTAGATG--ACATATTGT--CATCAT----TTA-GCATTTTA-AAA-TAAT--CAAGATGG-CGTCAAA-AA-TGGC--TGC------------------CA--AT---TT--aaaatg
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGT-A---A--T-T--C-T-----T-----TT--TGGTGA--TTA-TG-GTAGCTTAG-----G--------CAT---TGCTTATG--AA--AAATAA--GC-TTG-ATG--ACATCTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGC--GAC------------------AA--AT---gatcgaaa
gi|139829 : CATGATAGTATATAGT-A---A--T-A--T-T-----T-----TA--TTGCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CTTCCAA-AA-TGgaattgaaacttatgttttccgcacatttaagttgtattagtgcaaataaaatgtgtttgattaattgattttatttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGT-A---A--T-C--T-T-----T-----TT--TGGCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----C--------TATAG-TGATT-TG--AT--T--TT---TCGTTGGATG--ACATTTTGT--CATCGT----TGA-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTCCAA-AA-TGGC--
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGT----TA--T-A--T-T-----T-----TT--TGGCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----AATTGTATGTATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TCGGATG--ATATTTTGT--CATCAT----TGA-ATATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTTTAG-AA-TGGT--TGC------------------AA--AT---TT--tgc
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGT-A---A--T-A--T-T-----T-----TA--TTGCTA--AAA-TG-AAAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATT--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-CTATTTTG-AAA-TAAA--CAAGGTTG-CGTTCAA-AA-TGAT--CGC------------------CA--AT---TT--G-TTA--GAAATGCAATATTGgcttgaaaa
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGT-A--T---T-A--G-T-----T-----TA--TTGCTA--ACA-TG-CTAGTTTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGATT--ACATTTTGT--CATCAT----TAA-GTATTCTT-AAA-TAAA--CATAATGG-CGTTCAA-AA-TGGC--CGC------------------agatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGT-A---A--T-A--T-T-----T-----TA--TTGCTA--AAA-TG-ATAATTTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TA--AT--T--TTA--TG-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-Ccagtttgttagaaatgcaatataaagat
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGT-AA-TA--T-T----------------------GCTA--AAA-TG-ATAGTTTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TG--AT--T--TTA--TG-TTGGGTG--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTA-GAA-TAAA--CAAGTTGT-CGTTCAA-AA-TGGT--C
gi|139833 : ATGAGAGTGTA-AAT-A--TA--T-T--T-T-----T-----TT----GCTA--AGA-CA-ATAGTCTAT-----G--------CATAG-TTCTT-T----------TTA--TG-TTAGATG--ACA-TTTGT--CATTAT----TGA-GCATAATG-AAA-TAAA--CAATAAGG-CATCTAA-AA-TTGC--CGC------------------gtcagtttg
gi|139834 : AGTGTATAGT-A---A--T-A--T-T-----T-----GA--TTGCTA--AAA-TG-ATAGTCTAT-----A--------TATAG-TTCTT-TA--AT--T--TTA--TG-TTGGATT--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTTCAA-AA-TGGT--CGC------------------CA--AT---TT--G-TTA--GAAATGCAATAcaatctgctcgaaatgcaatattcagatggaaattactgtt
gi|139836 : C-TTAGATG--ATGTTTTGT--CATTAT----TGA-ACATTTTG-AAA-CAAA--CAAGATGG-TGCCCAA-AA-TCGC--ttaagatggaaatta
gi|139837 : aatttatgtgttttatgttaaaatgacaaaC-TTGGATG--ACATTTTGT--CATCATGTAGTGA-GCATTTCG-AAA-TAAA--CAAAACGG-CGTCCA
gi|139838 : tgtttatgacaaaGATG--ATATTTTGT--CATTGT----TGG-GCATTTTG-AAA-CAAA--CAAAATGG-TTCCCAA-AA-TGGC--ta
gi|139840 : tgtttgatgttaaactaacaaactgaGATT--ACATTTTCT--CATCAT----TGA-TTATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CATTCAA-AA-TGGT--CGC------------------CA--AT---TT--G-T
gi|139843 : GATG--ACGTTTTGT--CATTAT----TGA-TAATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CATCCAA-AA-TGGC--CGC------------------tagaaatgcaat
gi|139844 : GATA--ACATTTTGT--CATTAT----TGA-GCACTTCG-AAAACAAA--CAAGATGG-TGCCCAA-AA-TGGC--caat
gi|139846 : GATG--ACA--TTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGTTCAA-AA-TGGT--CGC------------------TA--AT---TT--
gi|139841 : GATG--ATATTTTGT--CATTAT----TAA-ACATTTTG-AAA-CAAA--CAAGATGG-TGTCCAA-AA-Tgcttgaaaa
gi|139842 : GATG--ACA-TTTGT--CATCAT----TGA-GCAGTTTT-AAA-TAGA--CAATATGG-CGTCCAA-TA-TGGC--CGC------------------
gi|139839 : GATG--ACATATTGT--CATCAT----TGA-GCATTTTG-AAA-TATT--CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGCG-CAC------------------AT--TTTGGTT--T-TAAATTAATTGATTTTATTTATG--ATTATGTAACACTAcaat
gi|139847 : gcatatgagaaataagcttGATA--ACATTTTGT--CATCAT----TGA-GTATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139848 : ATG--ACATTTTGT--CATTAT----AGG-GCATTTTG-AAA-TAAA--CAAGATGG-CGCCCAA-AA-TGGC--CAT------------------A
gi|139845 : AACGTTTTGCCATTAT----TGA-GCATTTTA-AAA-TAAA--CAAGATGG-CATCTAA-AA-TGGC--CGC------------------CA--AT---TT--aacgtgcccgaaatgcaatatttcgatagaaattatatttatgtataaactcattcatatatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139803 : gatTTG--CACCAT----TGA-GCGTTTTG-AAA-TATT--CAAGATGGTCG-CCAA-gctcaaaat
gi|139849 : cggcacaaaactttgcatggaagtgtatagtatttattattggtgattatgctatggaaaataagtttaaT----TGAAGCGTTTGG-TCA-CAAATCCAAGATGG-CCGCCAA-AA-TGGC--ta
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAA-AAAATCCAAGATGG-CCACCAA-TA-TGGC--CGC-------------------C--AG---TT--ATTGA--AAATCAagccagatgttgaaattcatgtt
gi|139851 : --CAAGATGG-CCGCCAA-TA-TGGC--CACCAA---------------AT--AT---Tt
gi|139832 : atcAGTGTATAGTAATATT----GCTAAAATGATA--GT-TTATAT-ATAGTTCT-TTGATTTTA---TG-----TT-GGG-TGACATTTTGTCATCAT----TGAGTATTTTA-GAATAAACAAGTTGTCG-T-TC------AA-AATGGTCG-TCAGTTTGgaaattcatgtt
gi|139815 : atgag-ACTAAAATGACAGTCT-ATCTATAGTG----CGTTGATTTTA---TG------T-CGGATGACATTTTGTCTTCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGCC
gi|139816 : actgaaccttgcatgagagtgtataggaatttttttttttCTAAAATGATAGTCTGTTTGCA-GTGC---T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGCCG-CCAATTTGATCGAAAgc
gi|139811 : aatcatacctgaaagtgtatagcaatatatattttttg-TTTAAT--TA----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TGACATTTTGTCATCAT----TGAACATTTTG-AAAT-------------------------A-AATGGCCA-CCAATTTG
gi|139836 : cactgaaccttgcatgaaagtgtttagtatttttttttgtgcttaaatggtagtctataTTTAT-GTG----T-TTTATGTTAAAATGACAAACT-TAGATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AAACAAACAAGATG--G-T-GC--CC--AA-AATCGC
gi|139810 : aaAT-TTG----T-TTGATTTTA---TG-----CC-GGA-TGACACATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAAAAAATAAGATG--G-T-GT--CC--AA-AATGGCCG-CCAATTTGCTCGAATTGCA----ATATT
gi|139821 : cactaaaccttgcacgagagtgaaaagtaatctttttttgctaaaattgtagtctatatat-GTGC---T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-T-GT--CC--AA-AATGGCCA-CCAAT
gi|139820 : tacacgagaatgcatattaattttttttttctaaaatgatagtctataataatatata-GTGC---T-TTGATTTTA---TG------T-TAGATGACATTTTGTCTTCAT----TGAGTATTTTA-AAATAAATAAGAAG--G-C-GT--TC--AA-AATGGTCG-CCAATTTGCCCGAAA
gi|139808 : tacatgagagtgtatagtaatatcttttcctaagatgatagtctatctataTA----T-TTGATTTTA---TGTCGGATT-------ACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-TT--CC--AA-AATGGCAG-CCAATTTGATTGAAAa
gi|139807 : cgctgaaccttgcatgagagtgtatagtaattttttttttgctaaaatggtagtctatatatagtTA----T-TTGATTTTA---TG------T-CGGATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTT-AAATAAACAAGATG--G-T-GT--CC--AA-AATGGCCG-CCAATTTGCTCAAAAT
gi|139838 : cactgaaccttgcatgggagtgtatagtaattatttttggctaaaatggaagtctatatatagtTG----T-TTGATGTTAAACTAACAAACT-GAGATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AAACAAACAAAATG--G-T-TC--CC--AA-AATGGC
gi|139814 : ----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GAA-TGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AAT
gi|139794 : cattgaaccttgcttgagagtgtatagttgtttttttgctaaaatagtagtctatatatagttc----T-TTGATTTTA---TG------T-CGGATGACATTTTGCCATCAT----TCAGTATTTTG--AATAAACAAGATG--G-T-GT--CC--AA-AATTGC
gi|139829 : gcagataatccaggtattttcattgaaccttgcatgagagtgtatagtaatttttttagctataacagtagtctatatatagtac----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--GCT-TC--CA--AA-A
gi|139830 : catgatagtatatagtaatattttattgctaaaatgatagtctatatatagttc----T-TTGATTTTA---TG------T-CGGATGATATTTTGTCATCAT----TGAATATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--TT--AG-AATGGTTG-CAAATTTGCTTGAAAtg
gi|139817 : catgaaagtgtatagttatattttttggctaaaatgatagtctataattgtatgtatagttc----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TGACATTTTGTCGTCAT----TGAGTATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--TC--AG-AATGGTCG-GCAATTTGCTTGAAAa
gi|139826 : ctcacatgaaagtgtatagtaatataaattgtcttgctaaaatgatagtatatcgatagttc----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TTACATTTTGTCATCAT----TGACTATTTTG-AAATAAACAAGGTT--G-C-GT--TC--AA-AATGATCG-CCAATTTGTTAGAAATGCA----ATATTGAGATGAAAATTAa
gi|139831 : catgagagagtatagtaatattttattgctaaaatgaaagtctatatatagttc----T-TTGATTTTA---TG-----TT-GGA-TTACATTTTGTCATCAT----TAAGTATTCTT-AAATAAACATAATG--G-C-GT--TC--AA-AATGGCCG-CCAGTTTGTTAGAAATGCA----ATAT
gi|139788 : catgagagtgtatagtattagtttattgctaacatgctagtttatatatagttc-TTGCTTATGAAA-AATAAGCTTGA--TGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAGTCATGATG--GCT-GC--C---AA-TATGGCaaagat
gi|139800 : gcagatacagcactgaaccttgcatggaagtgtatagtaattttatttggtgattatgctagtttaggca-TTGCTTATGAAA-AATAAGCTTGA--TGACATCATGTCATCAT----TAAGCATTTTG-AAATATTCAAGATG--G-C-CG--CC--AA-TATGGCGG-CAAA-TTAATTGAAA-ACT----ATATTTagcaaatgaattgagaataatatttttcgcacattttggatttaaaagtggaaataaaatgttttaaattaattgatttcattaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : cagatacagcactgaaccttgcatggaagtgtatagtaaatattttttgtgattatgctagtttaggca-TTGCTTATGAAA-AATAAGCTTGA--TGACATCTTGTCATCAT----TGAGTATTTTG-AGATATTCAAGATG--G-C-CG--CC--AA-TATGGCtccgcacctttttattttaaaagagcaaatataatgttttaaattaattgattttatttagtaaatgtgtcactatcatcttaaatataaaacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139825 : gcagatacagcactgaaccttgaatggaagtgtatagtaaaattttttggtgattatgctagtttaggca-TTGCTTATGAAA-AATAAGCTTGA--TGACATCTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTCAAGATG--G-C-CG--CC--AA-TATGGCggcaaatcaattgaaaattatgatttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139795 : gcatggaagtgtttagtaattctttttggtgattatggtagcttaggca-TTGCTTATGAAA-AATAAGCTTGA--TGACATCTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTGAAGATG--GCT-GC--C---AA-TATGGCgacaaatgaattgaaacttatgttttccgcacatttaagttgtattagtgcaaataaaatgtgtttgattaattgattttatttaggtatatat
gi|139796 : gcagatacagcactgaaccttgcattgaagtgtatagtaaataatgctagttaaggcg-TTGCTTATGAAAAG-TAAACTTGA--CGACATCTTAACATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTCAAGATG--G----C--CA--CC-AATATCCCGACAATT-----GAAATGAAAATTATATTTggcaaatcaattgaaaattatgttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattgattgatttcatttagttactttgtcactaccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139792 : gcagatacgcactgaaccttgcatggatgtgtgtagtaattgttttggtgattatgctagtttaagcaAAAAT--CAGCTT-GAA--GACATCTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTCAAGATG--G-C-CG--CC--AA-TATGGCtccacacattttagttttaaaagtgcacataaaatgttttaaattggttgattttatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139837 : gcagatacaacactgaattttgcatggaagtgcatagcaatttttttggcgattattgtagtaaggcattgcttatgaATGACAAACT-TGGATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AAATAAACAAAACG--G-ggcaaatgaattgaaaattatgttttccgcacattttagctttataaatgcaaataatttttttttgattaattgagtttattaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139804 : tgtttAGATGACACTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-TT--CC--AA-AATGGCTG-CCAATTTGCTGGAATTGCA----ATATTcgtccata
gi|139818 : cactgaaccttgcatgagagtttatagtaatgtttttttgctaaaatggtagtctatatatagttctttgattttttgtcAGATGACATATTGTCATCAT----TTAGCATTTTA-AAATAATCAAGATG--G-C-GT--CA--AA-AATGGCTG-CCAATTTGATCGAAA
gi|139833 : tacatgaaagtgtgaagtaaattctttttgctaaaatgatagtctatctaaagtgctttgattttttgttAGATGACATTT-GTCATTAT----TGAGCATAATG-AAATAAACAATAAG--G-C-AT--CT--AA-AATTGCCG-CCAATCTGCTCGAAATGCA----ATATTCAGATGGAAATTACTG-TT
gi|139806 : atgagagtgtaaatatatttttttgctaagacaatagtctatgcatagttctttttatgttATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GC--C---AA-AATGGCCG-CAAAT
gi|139813 : cactgaagcttgcatgagaatgtatagtaaattgttttgctaaaatggtagtctttatatagttctttgattttacgtcggATGACACTTTGTCATCAT----TGAACATTTTT-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGCC
gi|139823 : cactgaaccttgcatgagagtgtatagtttgttttgtttttttttgctaaaatggtagtctatgattttatgtcggATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--TC--AA-AATGGgc
gi|139827 : tacatgagagtgtatagtaaaacttttttgctaaaatgatagtctatgtatagttatttcattttatgttggATGACATTTTGTCATCGT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGC
gi|139822 : catgagaatgtatagtaatcttttttggctaaaatgatagtctatctatagtgatttgatttttcgttggATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-AT--CC--AA-AATGGCCG-TCAATTTGATCGAAAtgc
gi|139834 : tacatgaaagtgtagagtaattttgtttttgctaaaatgatagtctatctatagtgctttgatattttgttggATTACATTTTGTCATCAT----TGAGTATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--TC--AA-AATGGTCG-CCAATTTGTTAGAAATGCA----ATATTAAGATGGAAATTA
gi|139812 : agtgtatagtaatatttgattgctaaaatgatagtctatatatagttctttaattttatgttggATGACAGTTAATCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAATAAGATG--G-C-GT--CC--AA-AATGGCCA-CCAATTTGCTCGAATTGCA----ATAT
gi|139828 : cactgacttcgcatgagagtgtatagtaatttagtagtctataaatagttttttttactttttgttggATGACATTTTGTCATCAT----TGAGTATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-attt
gi|139819 : catgagagtgtttagtaatattttattgctaaaatgataatttatatatagttctttaattttatgttggATGACATATTGCCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAAAAAGATG--G-C-GT--CC--AC-AATGGCCG-CTAATTTGTTAGAAATc
gi|139824 : tacatgatagtgtacagtatttttttggggctaaaaatgatagtctatttatagttctttgattttaggttttATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATAAACGAGATG--G-C-GG--CC--AA-AATGGC
gi|139848 : tacatgagaatacataataatcatttttggctaaaatgatagtttttctatagtggtttaattttttgttggATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-GC--CC--AA-AATGGCCA-TAAACGTGCCCGAAATGCA----ATATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATaaaatg
gi|139801 : ATGACATCTTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTTAAGATG--GCT-GC--CA--AC-ATTGGCtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139845 : cagatacagcactgaaccttgcatggaagtgtaaagtataattcttggtgattatgctagtctatgcatatatagcttatgaaaattaagcttgATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-C-AT--CT--AA-AATGGCCG-CCAATTTGCTCAAAATgcaaataaattgaaaattatgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaaaaaaaatgtttcaaattgattgatttaatttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139793 : gATGACATC--GTCATCAT----TGAGCTTTTTG-AAATATTCAAGATG--G-
gi|139791 : gcagatacagcactgaaccttgcatggaagtgtatagtattatttttttttttgtgattatggtcgtttaggcataacttatgcaaaatcagcttgATGACATTTTGTCATCAT----TGAGCAATTTG-AAATATTCAAGATG--G-ccgccagtatggcagcaaatgaatggaaaatactgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatattttgattaattaattgtatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139840 : gcagatacagcactgaaccttgcatggaagtgtataataatttttgttggtgattatggtattttaggcattgcttatgcaaaatcagcttgATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-AT--TC--AA-AATGGTCG-CCAATTTGTTAGAAATGCA----ATccgacattattgcagcaaattatttgaaaattctgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatgtttttgatcaataaattgtattaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139843 : gATGACGTTTTGTCATTAT----TGATAATTTTG-AAATAAACAAGATG--G-C-AT--CC--AA-AATGGCCG-CCAAT
gi|139844 : gATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAAACAAACAAGATG--G-T-GC--CC--AA-AATGGC
gi|139846 : gATGACATT--GTCATCAT----TGAGTATTTTA-AAATAAACAAGATG--G-C-GT--TC--AA-AATGGTCG-CTAATTTGCTTGAAA
gi|139841 : gATGATATTTTGTCATTAT----TAAACATTTTG-AAACAAACAAGATG--G-T-GT--CC--AA-AATa
gi|139842 : gATGACATTT-GTCATCAT----TGAGCAGTTTT-AAATAGACAATATG--G-C-GT--CC--AA-TATGGCCG-CCAAT
gi|139839 : gATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AAATATTCAAGATG--G-C-CG--CC--AA-TATGGCGC-ACATTTTG
gi|139799 : gcatatgagaaataagcttgATGATATCTTGTCACCAC----TGAGCATTTTG-AAATATTCAACATG------ACCGCA--AATAATGGCGG-CAAATTgttttaaattaattgattttatttatgattatgtaacactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139847 : gcagataccgcactgaaccttgcatgaaatatatagtcattttattgatgagtatgctagtttaggcattgccttgATAACATTTTGTCATCAT----TGAGTATTTTA-AAATAAACAAGATG--aattaaaacagttttagcaaaacgatctaaaattttaaatatgtatgaaataaagtgattt
gi|139835 : gATGATATCTTGTCACTAT----TGAACATAT-A-AAATAGTCAAAATG--G----C--CATTAA-TATGGC
gi|139797 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaagtttgTGACATCTTGTCATCAT----TGAGC-TTTTG-AAATATTCAAGATG--G-T-CG--CA--AA-agcaattatattgaacattatgtttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139803 : gcagataaagcactgaaccttgcatggaagtgtatagtaaattattttggtagttatggtagtttaggcattgcttatgaaaaataagcttgtTTG-CACCAT----TGAGCGTTTTG-AAATATTCAAGATG--G-TCGC--CA--Atgaattgaaaattatgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattaattttatttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139809 : cggcacaaaactttgcatggaagtgtatagtatttattattggtgattatgctatggaaaataagtttaaTGTCATCAT----TAAGCATTTT-----TAAAT--GATG--G-T-GT--CC--GA-AATGGCCG-CCAATTTGCTCGAATTGCA----ATATTTGAATGATATTTACCA-TTAta
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 2222222222 11 22222 444444444444444444444444444 6666666666666666666 1 1
lowQualScore : 11 444444 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 2222 33 22222222 2222 2 1111 0 2222222 0 2222 0 4 6666666666 2222 888888 2 44 11 66666 555 1 222222222222222222222222222 3 5 99 99 9999999999999999999 77 1 0 6666 2 2 77 4 3 2 4 0 11 0 3 8 0 5 2
lowQualScore : .. ...... ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . .... .. ........ .... . .... . ....... . .... . . .......... .... ...... . .. .. ..... ... . ........................... . . .. .. ................... .. . . .... . . .. . . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 22 666666 22222 555 7 88888 555 5555 9 4 777777777777777 3 6 3333 33 00000000 6666 6 8888 8 1111111 8 2222 9 8 4444444444 7777 999999 1 22 55 00000 000 0 888888888888888888888888888 2 8 22 22 0000000000000000000 88 2 7 5555 9 9 99 6 3 5 5 2 00 2 2 8 0 5 5
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGCCAATT-T--G--T--GA----AAATTA------CGA--TA-ATGTAT--GNCATTATTTAA-A----C---TA-AAACG---ATAGTCTTTTNATG--TGT--TTGATTTT---A---TG----ACAAACTTAGATGACATTTTGTCATTAT----TGA-GCATTTTG-AAATAAA--CAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCA-ATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGCAAATT-T--A--T--GA----AAATTA------CNA--TA-ATGTAT--GGTANTATNTAA-A----C---TA-AAATG---ATAGTCTTTTTATG--TGT--TTGATTTT---A---TG----AC----TGGGATGACATTTTGTCATCAT----TGA-GCATTTTG-AAATAAA--CAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCA-ATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--A---------AAAATAAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----GTCATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGCAAATG-A--AT-T--GA----GAAT
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTCGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATG-A--A--TT-GA----AAATTA------aatatttttcgcacattttggatttaaaagtggaaataaaatgttttaaattaattgatttcattaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGT--A------AA-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGAGTATTTTG-AGATA-----TTCAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATC-A--A--TT-GA----AAATTA------TGA--Ttgttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAAT--A------AT-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TGCAA----AA--T----CA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCAATTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGCAAATTAT--T--T--GA----AAATTttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGC--A------AT-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTA---TG--A----AAAAT----CAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATG-A--A--TT-GA----AAATT---------------ATGTTTTCCGCAC-ATTTTA-G----CTT-TATAAATGCAAATAATTTTTTTTTGATTAA--TTGAGTTT---A---Tctgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatgtttttgatcaataaattgtattaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--ATT----AT-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTA---TGCAA----AA--T----CA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGAGCTTTTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGCAAATG-A--A--T--GG----AAAATA------CTG--Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCAGTATTTTG--AATA-----AACAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCtttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatattttgattaattaattgtatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGT--A------AA-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTGAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATC-A--AT-T--GA----AAATTA------
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGT--A------AT-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTA---TG--A----A---------AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGACAATT-GAAA--T--GA----AAATTATATTTTCCA--CA----CAT--TTTAGT-TTTAA-AAGTGCACATA-AAATG---------TTTTAAAT--TGG--TTGATTTT---A---Ttgttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattgattgatttcatttagttactttgtcactaccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGAGC-TTTTG-AAATA--------------------TTCAA-GATGGTCGCAAATG-A--AT-T--GA----AAATTA------ttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTAAA------AT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTTAAGAAA--A----AT--G----TAAGC----TTGATGACATCTTGTC-------AACATTTTG-GAACATGGCCACCAATATGG-TGGAT---A-AATG------AATT-T---------A----AAATTA------tgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattaattttatttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGT--C------AT-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT----TG--A----T----------------------GATATCTTGTCACCACTGAGCATTTTG-AAATA-----TTCAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGCAAATT-A--A--T--TA----AAAtgttgtctgcatattttggttttaaaagtgcaaataaaatgtattaaatcaattgatttcatttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--A---------AAAATAAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAAGCATTTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATT-A--AT-T--GA----AAACTA------cagttttagcaaaacgatctaaaattttaaatatgtatgaaataaagtgattt
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGT--A---------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTA---TG--A----AAA-T----TAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTTAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGCAAATA-A--AT-T--GA----AAATTA------tattttccgcacctttttattttaaaagagcaaatataatgttttaaattaattgattttatttagtaaatgtgtcactatcatcttaaatataaaacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGT--A------AA-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC---------------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGCGCATTTTG-AAATA-----tgttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaaaaaaaatgtttcaaattgattgatttaatttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGT--A-------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA-----------A----GT--T----TA-AT----TG-------------CACCATTGAGCGTTTTG-AAATA-----TTCAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGT--A------AT-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGCCAATT-T--G--C--TG----GAATTG------CAA--TA-ta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--AT-----AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCACATATT-T--A--T--GA----TAATTA------CTA--TA-ATGTAT--GCCATTATTCAA-A----C---TA-AAG-G---ACA--CTTTTGATG--TGT--TTGATTTTAAAA---TGACAAAC----TGAAATGATATTTTGTCATTAT----TGG-GCATTTCG-GAACAAA--CAAGATGGTACCAAAAATGGCCCCCA-ATTTGCTCGAAATGCAATATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACAtt
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGT--A------AA-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGCAAAT
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGT--A------AT-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTT-AAATA-----AACAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGCCAATT-T--GC-T--CA----AAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGCCAATT-T--GATT--GA----AA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAAGCATTTTT-AAAT-----------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGCCAATT-T--G--C--TC----GAATTG------CAA--TATTTGAAT--GATATT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGT--A------AT-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT----TG--A----TT--T----TATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAAAA-----AATAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGCCAATT-T--G--C--TC----GAATTG------CAA--TA-taccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGT--A------TT-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAACATTTTG-AAATA-----AAtt
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT----TTT-A----CT--T----TTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AATAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCACCAATT-T--G--C--TC----GAATTG------CAA--TA-tggccaccaatttg
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--TTGTTTTGT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------------------------A----TT--T----TATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGAACATTTTT-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGCtattt
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGG--A------AT-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGC--A------AT-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGAGCATTTTA-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGCCAATT-TG-A--TC-GA----AA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGT--A------ATATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGAGTATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGGCAATT-T--GCTT--GA----AAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGT--A------AA-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTAGCATTTTA-AAATA-----ATCAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGCCAATT-TG-A--TC-GA----AA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGT--A-------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AAAAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGCTAATT-T--G--TTAGA----AA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGT--A------AT-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGAGTATTTTA-AAATA-----AATAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGCCAATT-T--GCCC--GA----AAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGAGCATTTTA-AAATA-----AACAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCACCAAT
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGT--A------AT-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT----TG--A----TA--T----TTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGTCAATT-TG-A--TC-GA----AA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGT--A------AA-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT----TC--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAAT--A------AT-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT----TA--A----TT--T----TTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGT--A------AT-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA--------------------TTCAA-GATGGCCGCCAATaaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGACTATTTTG-AAATA-----AACAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGCCAATT-T--G--T--TA----GAAATG------CAA--TA-TTGatggcgacaaatgaattgaaacttatgttttccgcacatttaagttgtattagtgcaaataaaatgtgtttgattaattgattttatttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGT--A------AT-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT----TG--A----TT--T----TTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGCagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT----TA--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGTATTTTA-AAATA-----AACAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGT--T------AT-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGAATATTTTG-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGCAAATT-T--GCTT--GA----AAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGT--A------TT-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAAGTATTCTT-AAATA-----AACATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGCCAGTT-T--G--T--TA----GAAATG------CAA--TA-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGT--A------AT-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGAGTATTTTA-GAATA-----AACAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGTCAGTT-T--taaagat
gi|139833 : ----C---TA-AGACA---ATAGTCT----ATG--CATAGTTCTTTTT---A---TG----------TTAGATGACATTT-GTCATTAT----TGA-GCATAATG-AAATAAA--CAATAAGGCATCTAAAATTGCCGCCA-ATCTGCTCGAAATGCAATATTCAGATGGAAATTACTG-TTg
gi|139834 : atgagagtgtaaatatatttttttgAGTGTATAGT--A------AT-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TA--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGAGTATTTTA-AAATA-----AACAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGCCAATT-T--G--T--TA----GAAATG------CAA--TA-
gi|139835 : GT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGAACAT-------ATA-----AA----ATAG-T-----CAA-AATGGCCttaagatggaaatta
gi|139835 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaGATGATATCTTGTCACTAT----TGA-ACAT-------ATAAA------ATAGT---CAAAATGGCCATTA-ATATG--------GCAGCAATTATATTGAA-----CA-TTATGTattaatatggcagcaattatattgaacattatgtttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaagtttTTTATG--TGT--TTTATGTT---AAAATG----ACAAACTTAGATGATGTTTTGTCATTAT----TGA-ACATTTTG-AAACAAA--CAAGATGGTGCCCAAAATCGCttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139837 : aaTTT---A---TG----ACAAACTTGGATGACATTTTGTCATCATGTAGTGA-GCATTTCG-AAATAAA--CAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tg--TGT--TTGATGTT---AAACTA----ACAAACTGAGATGATATTTTGTCATTGT----TGG-GCATTTTG-AAACAAA--CAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : GATGACATATTGTCATCATTGAGCATTTTG-AAATA-----TTCAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCACATT-T-----T--GGTTTTAAATTAAT----TGATTTT-ATTTAT--G--ATTATGTAACA----C---TA-
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttGATTACATTTTCTCATCAT----TGA-TTATTTTG-AAATAAA--CAAGATGGCATTCAAAATGGTCGCCA-ATTTGTTAGAAATGCAATccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : GATGATATTTTGTCATTATTAAACATTTTG-AAACA-----AACAAGATGG-TG--TCCAA-AAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCAT----TGA-GCAGTTTT-AAATAGA--CAATATGGCGTCCAATATGGCCGCCA-AT
gi|139843 : GATGACGTTTTGTCATTAT----TGA-TAATTTTG-AAATAAA--CAAGATGGCATCCAAAATGGCCGCCA-AT
gi|139844 : GATAACATTTTGTCATTATTGAGCACTTCGAAAACA-----AACAAGATGG-TG--CCCAA-AATGGC
gi|139845 : GATAACGTTTTGCCATTAT----TGA-GCATTTTA-AAATAAA--CAAGATGGCATCTAAAATGGCCGCCA-ATTTGCTCAAAAT
gi|139846 : GATGACATT--GTCATCAT----TGA-GTATTTTA-AAATAAA--CAAGATGGCGTTCAAAATGGTCGCTA-ATTTGCTTGAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGAGTATTTTA-AAATA-----AACAAGATGa
gi|139848 : ATGACATTTTGTCATTAT----AGG-GCATTTTG-AAATAAA--CAAGATGGCGCCCAAAATGGCCATAA-ACGTGCCCGAAATGCAATATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : T----TGAAGCGTTTGG-TCACAAATCCAAGATGGCCGCCAAAATGGCAGCCAGA--TG-TTGAAATTCAtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAAAATCCAAGATGGCCACCAATATGGCCGCCA-GTTtgtt
gi|139851 : TCCAAGATGGCCGCCA-ATATGattgaaaatcat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111111 2222222 4444444444444444444 33333333333333333333 22222222222222 1 1
lowQualScore : 11 444444 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 2222 33 33333333 1111 2 1111 0 0 555555555 0 3333 0 4444 1 222 2222222 11 1 333 77 88 3 3 3333333333333333333 8 8 88888888888888888888 1 99 2 777 66666666666666 444 6666 2 2 1 0 11 0 3 8 0 5 1
lowQualScore : .. ...... ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . .... .. ........ .... . .... . . ......... . .... . .... . ... ....... .. . ... .. .. . . ................... . . .................... . .. . ... .............. ... .... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 22 666666 22222 555 7 88888 555 5555 9 4 777777777777777 3 6 3333 33 44444444 3333 6 8888 8 8 111111111 8 1111 8 9999 0 888 4444444 66 1 333 33 99 0 3 8888888888888888888 0 0 22222222222222222222 0 22 1 888 77777777777777 777 1111 9 9 9 3 00 2 2 8 0 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG---C--GA-AAATTA--CGA--TA-NTNTNC---GC-CA-----TT----ATTT-AA-A----CTA--AAATAATAATGTTTTNANNTGNTTGATTTT---A---TGACAAAC---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG---T--GA-AAATTA--CGA--TA-ATGTAT---GN-CA-----TT----ATTT-AA-A----CTA--AAACGATAGTCTTTTNATGTGTTTGATTTT---A---TGACAAAC---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----AA-AT-----------------GAATTG--AGAA-TA-ATATTTTTCGCACA-----TTTTGGATTT-AA-AAG--TGG--AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--A---------AAAATAAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-A-------TGAATT--GA-AAATTA--TGtaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGT--A------AA-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T----------GA-AAATTA--TGA--Tttttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAAT--A------AT-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TGCAA----AA--T----CA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGC----AA-AT---TA-TT---T--GA-AAATTttccgcacattttggatttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattgatttcatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGC--A------AT-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTA---TG--A----AAAAT----CAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT-------GAATT--GA-AAATTA--TGctgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatgtttttgatcaataaattgtattaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--ATT----AT-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTA---TGCAA----AA--T----CA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----AA-AT---G--AA---T--GG-AAAATA--Cttttccgcacattttagctttataaatgcaaataatttttttttgattaattgagtttattaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCtgttttccgcacattttagttttataagtgcaaataaaatattttgattaattaattgtatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGT--A------AA-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T----------GA-AAATTA--TG---T---TTTCC---GCACA-----TTTTGGATTT-AA-AAGTGC----AAATAA-AATGTTTTAAATTGATTGATTTC---A---T----------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGT--A------AT-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTA---TG--A----A---------AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGA----CA-A----T--TGAAAT--GA-AAATTA--ccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATG---G--TCGCA-AATG----------A-AT-----------T--GA-AAATTA--TGtattttccacacattttagttttaaaagtgcacataaaatgttttaaattggttgattttatttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTAAA------AT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTTAAGAAA--A----AT--G----TAAGC----TTGATGACATCTTGTC-------A-ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG----------A-AT---T--T--------A-AAATTA--TGttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaataaaatgttttaaattaattaattttatttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGT--C------AT-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT----TG--A----T----------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----AA-AT---T--AA---T--TA-AAAttgtctgcatattttggttttaaaagtgcaaataaaatgtattaaatcaattgatttcatttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGT--A------AA-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT---TAAT----T--GA-AAACTA-------TA-TTTTCC---G--CACCTTTTT----ATTTTAA-A----AGAGCAAAT-ATAATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---T----------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAAcagttttagcaaaacgatctaaaattttaaatatgtatgaaataaagtgattt
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGT--A---------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTA---TG--A----AAA-T----TAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----AA-ATAAAT-------T--GA-AAATTA--TGacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGT--A------AA-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC---------------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttttccgcacattttggttttaaaagtgcaaaaaaaaatgtttcaaattgattgatttaatttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGT--A-------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA-----------A----GT--T----TA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGT--A------AT-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TG---C--TG-GAATTG--CAA--TA-ta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--AT-----AT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----AT-AT---T--TA---T--GA-TAATTA--CTA--TA-ATGTAT---GC-CA-----TT----ATTC-AA-A----CTA--AAG-GACA--CTTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAAC---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACAtt
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGT--A------AA-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----AA-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGT--A------AT-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGC--T--CA-AAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----CA-AT---T--TGAT-T--GA-AA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG---C--TC-GAATTG--CAA--TATTTGAAT---GA-TA-----TT----
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGT--A------AT-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT----TG--A----TT--T----TATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG---C--TC-GAATTG--CAA--TA-taccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGT--A------TT-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG---tt
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGT--A------AT-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT----TTT-A----CT--T----TTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG---C--TC-GAATTG--CAA--TA-
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGT--TTGTTTTGT-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------------------------A----TT--T----TATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----tattt
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGG--A------AT-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGC--A------AT-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGAT-C--GA-AA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGT--A------ATATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----CA-AT---T--TGCT-T--GA-AAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGT--A------AA-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT----TG--A----TT--T----TTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TGAT-C--GA-AA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGT--A-------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----TA-AT---T--TG---TTAGA-AA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGT--A------AT-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TGCC-C--GA-AAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATT--A------AT-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGT--A------AT-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT----TG--A----TA--T----TTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----CA-AT---T--TGAT-C--GA-AA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGT--A------AA-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT----TC--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAAT--A------AT-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT----TA--A----TT--T----TTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGT--A------AT-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTA---TG--AAAAAT---------AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA----------------------TTCAA-GATGGCCGC----CA-ATA--T--GG---C--GACAAATaaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----CA-AT---T--TG---T--TA-GAAATG--CAA--TA-TTGgaattgaaacttatgttttccgcacatttaagttgtattagtgcaaataaaatgtgtttgattaattgattttatttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGT--A------AT-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT----TG--A----TT--T----TTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----agatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT----TA--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGT--A------AT-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGT--T------AT-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----AA-AT---T--TGCT-T--GA-AAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGT--A------TT-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----CA-GT---T--TG---T--TA-GAAATG--CAA--TA-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGT--A------AT-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT----TG--A----TT--T----TATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----CA-GT---T--TG---taaagat
gi|139833 : ----CTA--AGACAATAGTCTATGCATA-GTTCT-TTTT---A---TG---------TTAG---ATGACATTT-GTCATTAT----TGAGCATAATG-AA-ATAAACAATAAGGCATCTAAAATTGCCGCCAATCTGCTCGAAATGCAATATTCAGATGGAAATTACTG-TT
gi|139834 : atgagagtgtaaatatatttttttgAGTGTATAGT--A------AT-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT----TA--A----TT--T----TATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TG---T--TA-GAAATG--CAA--TA-
gi|139835 : TT---A---TGGAAAACAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCATTAATATG--------GCAGCAATTATATTGAA-----CA-TTATGTttaagatggaaatta
gi|139836 : gttagttcaaacattgcTTTATGTGTTTTATGTT---AAAATGACAAAC---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGCttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139837 : aaTTT---A---TGACAAAC---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTGTTTGATGTT---AAACTAACAAAC---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : GATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---CA-TT---T--TGGT-T--TT-AAATTAATTGATTTT-ATTTAT---G---A-----TT----ATGT-AACA----CTA--
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGCCAATTTGTTAGAAATGCAATccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : G---ATGATATTTTGTCATTAT----TAAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGTCCAAAAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----CA-AT---
gi|139843 : G---ATGACGTTTTGTCATTAT----TGATAATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATCCAAAATGGCCGCCAAT
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGCCAATTTGCTCAAAAT
gi|139846 : G---ATGACATT--GTCATCAT----TGAGTATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCGTTCAAAATGGTCGCTAATTTGCTTGAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGa
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCATAAACGTGCCCGAAATGCAATATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----CAGAT---G--T----T--GA-AAtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----CA-GT---T--AT---T--GA-AAATCA--ttcatgtt
gi|139851 : --CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCCAC----CA-AA---T--AT---T--GA-AAt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111 2222222222222222222222222222 22222222222222 0000000000000000000000000000000000000000 2 2222222222 1 1
lowQualScore : 444444 11 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 0 5555 44444444 2 1111 0 0 555555555 0 3333 0 4444 1 9999999999999999999999999999 66666666666666 1 1 5555555555555555555555555555555555555555 6 1 44 11 333 777 0000000000 444 6666 2 2 1 0 11 0 3 8 0 5 1
lowQualScore : ...... .. ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . . .... ........ . .... . . ......... . .... . .... . ............................ .............. . . ........................................ . . .. .. ... ... .......... ... .... . . . . .. . . . . . .
lowQualScore : 666666 22 22222 555 7 88888 555 5555 9 4 777777777777777 3 6 4 1111 77777777 6 8888 8 8 111111111 8 4444 8 8888 0 8888888888888888888888888888 55555555555555 0 0 0000000000000000000000000000000000000000 4 0 44 44 777 444 1111111111 777 1111 9 9 9 3 00 2 2 8 0 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--G---AAAATTA--CGA------TATTTTCCGCACA-----TTTTG-A--TTT--A-A-A----NT--GC---AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAAC---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--G---AAAATTA--CGA------TANTNTNCGC-CA-----TT----A--TTT--A-A-A----CT--A----AAATAATAATGTTTTNANNTGNTTGATTTT---A---TGACAAAC---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----AA-ATGAAT--TG-------------A--G---AA---TA----A------TATTTTTCGCACA-----TTTTGGA--TTT--A-A-AAG--TG--G----AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG--------------------AAAATTA--TG---------TTTTCCGCACA-----TTTTGGA--TTT--A-A-AAGTGC--------AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGTA------A--A-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T--------------------G---AAAATTA--TGA------T---TTCCGCACA-----TTTTGGA--TTT--A-A-AAGTGC--------AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Tttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAATA------A--T-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA----------------------TTCAA-GATGGCCGA----CA-TTA--T--TG-------------CA-G---CAAATTATTTGAAAATTCTGTTTTCCGCACATT---TT----AGTTTT--ATA-A----GT--GC---AAATAA-AATGTTTTTGATCAATAAATTGT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGCA------A--T-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTATG----A----AAAATCAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA----------------------TTCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TGGCGGCAAATGAATT--G---AAAATTA--TG---------TTTTCCGCACATT---TT----AGCTTT--ATA-A----AT--GC---AAATAAT-TTTTTTTTGATTAATTGAGTTT---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTATT----A--T-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----AA-AT---G--AA-------------T--G---GAAAATA--C--------TGTTTTCCGCACATT---TT----AGTTTT--ATA-A----GT--GC---AAATAA-AATATTTTGA-TTAATTAATTGT---A---Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGTA------A--A-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T--------------------G---AAAATTA--TG---------TTTTCCGCACA-----TTTTGGA--TTT--A-A-AAGTGC--------AAATAA-AATGTTTTAAATTGATTGATTTC---A---T----------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGTA------A--T-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTATG----A----A-----AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGA----CA-A----T--TGAAA----------T--G---AAAATT-----A------TATTTTCCACACA-----TTTTA-G--TTTTAA-A-A----GT--GC---ACATAA-AATGTTTTAAATTGGTTGATTTT---A---Tccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-----TCGCA-AATG----------A-AT---T--------------------G---AAAATTA--TG---------TTTTCCGCACA-----TTTTG-G--TTTTAA-A-A----GT--GC---AAATAA-AATGTTTTAAATTAATTAATTTT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA------AAAT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTT-AAGAAAA----AT--GTAAGC----TTGATGACATCTTGTC-------A-ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG----------A-AT---T--T---------------------AAAATTA--TG---------TTGTCTGCATA-----TTTTG-G--TTTTAA-A-A----GT--GC---AAATAA-AATGTATTAAATCAATTGATTTC---A---Tttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGTC------A--T-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT-TG----A----T------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----AA-AT---T--------------------------AATTA--AAA------CAGTTTTAGC-ttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT---TAAT--------------T--G---AAAACTA-----------TATTTTCCGC--ACCTTTTT----A--TTTT-A-A-A----AG--AGC--AAATA-TAATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---T----------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAAaaaacgatctaaaattttaaatatgtatgaaataaagtgattt
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTA-----------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTATG----A----AAA-TTAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----AA-ATAAAT--T-----------------G---AAAATTA--TG---------TTTTCCGCACA-----TTTTG-G--TTTTAA-A-A----GTGCA----AAA-AAAAATGTTTCAAATTGATTGATTTA---A---Tacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGTA------A--A-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC----------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGTA---------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA----------A----GT--TTA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGTA------A--T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TG-------------C--T---GGAATTG--CAA------TATTta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTAT-----A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----AT-AT---T--TA-------------T--G---ATAATTA--CTA------TAATGTATGC-CA-----TT----A--TTC--A-A-A----CT--A----AAG-GACA--CTTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAAC---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCCCAATTTGCTCGAAATGCAATATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGTA------A--A-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----AA-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGTA------A--T-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------CT-C---AAAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----CA-AT---T--TGAT-----------T--G---AAA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--T---CGAATTG--CAA------TATT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT-TG----A----TT--TTATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--T---CGAATTG--CAA------TATTtgaatgatatttaccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGTA------T--T-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT-TTT---A----CT--TTTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------C--T---CGAATTG--CAA------TA
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTTTGTTTTG--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G-----------------------A----TT--TTATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----tattt
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGGA------A--T-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGCA------A--T-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--G---AAA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGTA------A--TATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----CA-AT---T--TG-------------CTTG---AAAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGTA------A--A-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT-TG----A----TT--TTTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--G---AAA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGTA---------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----TA-AT---T--TG-------------TTAG---AAA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TGCC-----------C--G---AAAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGTA------A--T-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TA--TTTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----CA-AT---T--TGAT-----------C--G---AAA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--A-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT-TC----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAATA------A--T-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT-TA----A----TT--TTTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGTA------A--T-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGAC----AA-ATGAAT--TG--------------------AAACTTA--TG---------TTTTCCGCACA-----TTTA--A--GTT--G-T-A----TT--AGTGCAAATAA-AATGTGTTTGATTAATTGATTTT---A---Taaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----CA-AT---T--TG-------------T--T---AGAAATG--CAA------TATTttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT-TG----A----TT--TTTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----gagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGTT------A--T-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----AA-AT---T--TG-------------CTTG---AAAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGTA------T--T-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----CA-GT---T--TG-------------T--T---AGAAATG--CAA------TA
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----CA-GT---T--TG-------------taaagat
gi|139833 : ----CT--A----AGACAATA--GTCTATGCATAGTTCTTTTT---A---TG---------TTAG---ATGACATTT-GTCATTAT----TGAGCATAATG-AA-ATAAACAATAAGGCATCTAAAATTGCCGCCAATCTGCTCGAAATGCAATATTCAGATGGAAATTACTG-TT
gi|139834 : atgagagtgtaaatatatttttttgAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TG-------------T--T---AGAAATG--CAA------TATT
gi|139835 : TT---A---TGGAAAACAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCATTAATATG--------GCAGCAATTATATTGAA-----CA-TTATGTaagatggaaatta
gi|139835 : gttagttcaaacattgcGT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGA-ACAT-------ATA-----AA------ATAG-T-----CAA-AATGGCCAT----TA-ATA--T--GG-------------C--A---GCAATTA--ttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaTTTATGTGTTTTATGTT---AAAATGACAAAC---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGCtattgaacattatgtttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139837 : aaTTT---A---TGACAAAC---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTGTTTGATGTT---AAACTAACAAAC---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : GATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---CA-TT---T--TG----------------GTTTTAAATTAATTGA------TTTTATTTAT-GA-----TT----A--TGT--A-ACA----CT--A----
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGCCAATTTGTTAGAAATGCAATccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : G---ATGATATTTTGTCATTAT----TAAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGTCCAAAAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----CA-AT---
gi|139843 : G---ATGACGTTTTGTCATTAT----TGATAATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATCCAAAATGGCCGCCAAT
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGCCAATTTGCTCAAAAT
gi|139846 : G---ATGACATT--GTCATCAT----TGAGTATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCGTTCAAAATGGTCGCTAATTTGCTTGAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGa
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCATAAACGTGCCCGAAATGCAATATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----CAGATG--T--TG---------------------AAATTtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----CA-GT---T--AT-------------T--G---AAAATCA--catgtt
gi|139851 : --TCCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TG-------------t
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 222222222222222222222222 22222222222222 1 22 11111111 11 2222222222222222 1
lowQualScore : 444444 11 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 0 5555 55555555 2 1111 0 0 444444444 0 3333 0 2222 1 888888888888888888888888 33333333333333 1 33 5555 7 2 99 7 1 2 2 333 333 555 55555555 2 444 6666 2 2 33 5 5 1 1 11 7777777777777777 5 1
lowQualScore : ...... .. ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . . .... ........ . .... . . ......... . .... . .... . ........................ .............. . .. .... . . .. . . . . ... ... ... ........ . ... .... . . .. . . . . .. ................ . .
lowQualScore : 555555 22 55555 555 7 55555 555 6666 9 5 333333333333333 0 6 2 0000 00000000 3 8888 8 8 333333333 8 7777 8 8888 0 444444444444444444444444 77777777777777 7 44 3333 5 5 77 5 0 5 7 777 777 999 66666666 2 777 1111 9 9 11 0 7 7 7 00 0000000000000000 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AANTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGTCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTAGATGGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----AA-ATGAAT--TG-------------A--GAA---TA-----------ATAT-TTTTCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAGTGG-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGTA------A--A-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA----------------------TTCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TGGCGGCAAATCAATT--GAAAATTATG---------A----TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Tttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAATA------A--T-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGC----AA-AT---TA-TT-------------T--GAAAATT-C-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTTGATCAATAAATTGT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGCA------A--T-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTATG----A----AAAATCAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--T-----------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTAG-CTTT--ATAAATGC-AAATAAT-TTTTTTTTGATTAATTGAGTTT---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTATT----A--T-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----AA-AT---G--AA-------------T--GGAAAATAC-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAGTGC-AAATAAA-ATATTTT-GATTAATTAATTGT---A---Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGTA------A--A-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTGATTGATTTC---A---T--------------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGTA------A--T-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTATG----A----A-----AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGA----CA-A----T--TGAAA----------T--GAAAATT------------ATAT-TTTCCACACA--TT----TT-A-GTTTTAA-AAGTGC-ACATAAA-ATGTTTTAAATTGGTTGATTTT---A---Tccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-----TCGCA-AATG----------A-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAGTGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTAATTTT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA------AAAT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTT-AAGAAAA----AT--GTAAGC----TTGATGACATCTTGTCA--------ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG----------A-AT---T--T------------------AAAATTATG------------T-TGTCTGCATA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAGTGC-AAATAAA-ATGTATTAAATCAATTGATTTC---A---Tttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGTC------A--T-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT-TG----A----T------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----AA-AT---T-----------------------AATTAAA---------ACAG-TTTTAGCAAA--------AC-G-ATCT--A-AAATTT----TAAATATGTATGAAATAAAGTGATTTttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT---TAAT--------------T--GAAAACTA------------TAT-TTTCCGCACC--TT----TT-T-ATTTTAA-AAGAGC-AAATATA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---T--------------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAA
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTA-----------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTATG----A----AAA-TTAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----AA-ATAAAT--T-----------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAGTGCAAAAAAAA-ATGTTTCAAATTGATTGATTTA---A---Tacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGTA------A--A-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC----------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGTA---------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA----------A----GT--TTA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGTA------A--T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TG-------------C--TGGAATTGCA---------ATAT-Tta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTAT-----A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----AT-AT---T--TA-------------T--GATAATTACT---------ATAA-TGTATGC-CA--TT---------ATTC--A-AACT---AAAGGAC-AC-TTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAA----C---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGTA------A--A-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----AA-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGTA------A--T-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------CT-CAAAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----CA-AT---T--TGAT-----------T--GAAA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-TT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT-TG----A----TT--TTATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-Tgaatgatatttaccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGTA------T--T-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT-TTT---A----CT--TTTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATATATTT
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTTTGTTTTG--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G-----------------------A----TT--TTATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGGA------A--T-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGCA------A--T-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGTA------A--TATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----CA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGTA------A--A-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT-TG----A----TT--TTTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGTA---------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----TA-AT---T--TG-------------TTAGAAA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TGCC-----------C--GAAAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGTA------A--T-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TA--TTTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--A-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT-TC----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAATA------A--T-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT-TA----A----TT--TTTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGTA------A--T-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGAC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAACTTATG------------T-TTTCCGCACA--TTTAAGTT-GTATT------AGTGC-AAATAAA-ATGTGTTTGATTAATTGATTTT---A---Taaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT-TG----A----TT--TTTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----gagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGTT------A--T-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----AA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGTA------T--T-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----CA-GT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----CA-GT---T--TG-------------aaagat
gi|139833 : ATGAGAGTGTA-AATA---------T-A---T---T-TTTT--T--G---CTAA--G-A-CAATAGTCTAT--------G------CATAGTTCTT-T--------------TTATGT----TAGATGACATTT-GTCATTATTGA-GCATAATG-AAATA-----AA--CAATAAGG-CA--TCTAA-AATTGCCGC----CA-AT---C--TGCT-----------C--GAAA--TGCA---------ATAT-T
gi|139834 : AGTGTATAGTA------A--T-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tcagatggaaattactgtt
gi|139835 : TTCAAAC--ATTG--CTT---A---TGGAAAA----CAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCAT-TAATAT-G--------GCAGC--AATTATATTGAA-----CA-TTATGTaagatggaaatta
gi|139835 : gttagGT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGA-ACAT-------ATA-----AA------ATAG-T-----CAA-AATGGCCAT----TA-ATA--T--GG-------------C--AGCAATTATATTGAACATTATGT-TTTTAGCACACTTT----CT-A-ATTTA-A-AATTGC-AAAttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaTGTTTTATGTTAA---A-------A---TGACAAA----C---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGC
gi|139837 : aatttatgTTT---A---TGACAAA----C---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTTGATGTT---AAACTAACAAA----C---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : tgtT---A---TGAGAAATAAGC---TT-G---ATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AA-ATATTCAAGATGGCCGCCAATATGG-CGCACATTTTGGTTTTAAAT-TAATTGATTT-TAT-----TTATGA-TTATGTA
gi|139839 : gcaGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---CA-TT---T--TG-------------acactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGC-CAATTT-GTTAGAAATGCAAT--gttttaaattaattgattttatttatgattatgtaacactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : G---ATGATATTTTGTCATTAT----TAAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGTCCAAAAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----CA-AT---
gi|139843 : G---ATGACGTTTTGTCATTAT----TGATAATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATCCAAAATGGCCGC-CAAT
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCAAAAT
gi|139846 : G---ATGACATT--GTCATCAT----TGAGTATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCGTTCAAAATGGTCGC-TAATTT-GCTTGAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGa
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCAT-AAACGT-GCCCGAAATGCAAT--ATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----CAGATG--T--TG------------------AAATTtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----CA-GT---T--AT-------------T--GAAAATCAcatgtt
gi|139851 : --TCCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TG-------------t
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 22222222222222222 22222222222222 1 22 11111111 11 11 222222222222 1
lowQualScore : 444444 11 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 0 5555 55555555 2 1111 0 0 333333333 0 2222 0 2222 0 999 22 77777777777777777 33333333333333 1 33 5555 7 2 77 7 2 2 2 333 333 555 55555555 2 555 7777 3 3 4 6 6 3 22 11 11 333333333333 5 1
lowQualScore : ...... .. ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . . .... ........ . .... . . ......... . .... . .... . ... .. ................. .............. . .. .... . . .. . . . . ... ... ... ........ . ... .... . . . . . . .. .. .. ............ . .
lowQualScore : 555555 22 55555 555 7 55555 555 6666 9 5 333333333333333 0 6 2 0000 00000000 3 8888 7 7 111111111 7 7777 7 7777 9 888 44 99999999999999999 77777777777777 7 44 3333 5 5 22 5 5 5 7 777 777 999 66666666 2 888 7777 6 6 8 7 7 7 00 00 88 555555555555 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----AA-ATGAAT--TG-------------A--GAA---TA-----------ATAT-TTTTCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGG-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGTA------A--A-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA----------------------TTCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TGGCGGCAAATCAATT--GAAAATTATG---------A----TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Tttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAATA------A--T-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGC----AA-AT---TA-TT-------------T--GAAAATT-C-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTTGATCAATAAATTGT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGCA------A--T-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTATG----A----AAAATCAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTAG-CTTT--ATAAA-TGC-AAATAAT-TTTTTTTTGATTAATTGAGTTT---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTATT----A--T-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----AA-AT---G--AA-------------T--GGAAAATAC-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAG-TGC-AAATAAA-ATATTTT-GATTAATTAATTGT---A---Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGTA------A--A-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTGATTGATTTC---A---T--------------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGTA------A--T-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTATG----A----A-----AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGA----CA-A----T--TGAAA----------T--GAAAATT------------ATAT-TTTCCACACA--TT----TT-A-GTTTTAA-AAG-TGC-ACATAAA-ATGTTTTAAATTGGTTGATTTT---A---Tccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-----TCGCA-AATG----------A-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTAATTTT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA------AAAT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTT-AAGAAAA----AT--GTAAGC----TTGATGACATCTTGTCA--------ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG----------A-AT---T--T------------------AAAATTATG------------T-TGTCTGCATA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTATTAAATCAATTGATTTC---A---Tttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGTC------A--T-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT-TG----A----T------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----AA-AT---T-----------------------AATTAAA---------ACAG-TTTTAGCAAA--------AC-G-ATCT--A-AAA-TTT----TAAATATGTATGAAATAAAGTGATTTttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT---TAAT--------------T--GAAAACTA------------TAT-TTTCCGCACC--TT----TT-T-ATTTTAA-AAG-AGC-AAATATA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---T--------------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAA
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTA-----------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTATG----A----AAA-TTAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----AA-ATAAAT--T-----------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGCAAAAAAAA-ATGTTTCAAATTGATTGATTTA---A---Tacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGTA------A--A-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC----------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGTA---------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA----------A----GT--TTA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGTA------A--T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TG-------------C--TGGAATTGCA---------ATAT-Tta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTAT-----A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----AT-AT---T--TA-------------T--GATAATTACT---------ATAA-TGTATGC-CA--TT---------ATTC--A-AAC-T---AAAGGAC-AC-TTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAA----C---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGTA------A--A-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----AA-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGTA------A--T-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------CT-CAAAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----CA-AT---T--TGAT-----------T--GAAA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-TT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT-TG----A----TT--TTATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-Tgaatgatatttaccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGTA------T--T-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT-TTT---A----CT--TTTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATATATTT
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTTTGTTTTG--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G-----------------------A----TT--TTATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGGA------A--T-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGCA------A--T-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGTA------A--TATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----CA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGTA------A--A-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT-TG----A----TT--TTTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGTA---------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----TA-AT---T--TG-------------TTAGAAA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TGCC-----------C--GAAAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGTA------A--T-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TA--TTTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--A-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT-TC----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAATA------A--T-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT-TA----A----TT--TTTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGTA------A--T-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGAC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAACTTATG------------T-TTTCCGCACA--TTTAAGTT-GTATT------AG-TGC-AAATAAA-ATGTGTTTGATTAATTGATTTT---A---Taaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT-TG----A----TT--TTTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----gagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGTT------A--T-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----AA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGTA------T--T-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----CA-GT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----CA-GT---T--TG-------------aaagat
gi|139833 : ATGAGAGTGTA-AATA---------T-A---T---T-TTTT--T--G---CTAA--G-A-CAATAGTCTAT--------G------CATAGTTCTT-T--------------TTATGT----TAGATGACATTT-GTCATTATTGA-GCATAATG-AAATA-----AA--CAATAAGG-CA--TCTAA-AATTGCCGC----CA-AT---C--TGCT-----------C--GAAA--TGCA---------ATAT-T
gi|139834 : AGTGTATAGTA------A--T-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tcagatggaaattactgtt
gi|139835 : TTCAAAC--ATTG--CTT---A---TGGAAAA----CAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCAT-TAATAT-G--------GCAGC--AATTATATTGAA-----CA-TTATGTaagatggaaatta
gi|139835 : gttagGT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGA-ACAT-------ATA-----AA------ATAG-T-----CAA-AATGGCCAT----TA-ATA--T--GG-------------C--AGCAATTATATTGAACATTATGT-TTTTAGCACACTTT----CT-A-ATTT--A-AAATTGC-AAAttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaTGTTTTATGTTAA---A-------A---TGACAAA----C---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGC
gi|139837 : aatttatgTTT---A---TGACAAA----C---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTTGATGTT---AAACTAACAAA----C---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : tgtT---A---TGAGAAATAAGC---TT-G---ATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AA-ATATTCAAGATGGCCGCCAATATGG-CGCACATTTTGGTTTTAAAT-TAATTGATTT-TAT-----TTATGA-TTATGTA
gi|139839 : gcaGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---CA-TT---T--TG-------------acactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGC-CAATTT-GTTAGAAATGCAAT--gttttaaattaattgattttatttatgattatgtaacactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : GATGATATTTTGTCATTATTAA-ACATTTTG-AAACA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----CA-AT---
gi|139843 : GATGACGTTTTGTCATTATTGA-TAATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCAAAAT
gi|139846 : GATGACATT--GTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----TA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATG
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCAT-AAACGT-GCCCGAAATGCAAT--ATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----CAGATG--T--TG------------------AAATTtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----CA-GT---T--AT-------------T--GAAAATCAcatgtt
gi|139851 : --TCCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TG-------------t
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 22222222222222222 22222222222222 1 22 11111111 11 11 222222222222 1
lowQualScore : 444444 11 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 0 5555 55555555 2 1111 0 0 333333333 0 2222 0 2222 0 999 22 77777777777777777 33333333333333 1 33 5555 7 2 77 7 2 2 2 333 333 555 55555555 2 555 7777 3 3 4 6 6 3 22 11 11 333333333333 5 1
lowQualScore : ...... .. ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . . .... ........ . .... . . ......... . .... . .... . ... .. ................. .............. . .. .... . . .. . . . . ... ... ... ........ . ... .... . . . . . . .. .. .. ............ . .
lowQualScore : 555555 22 55555 555 7 55555 555 6666 9 5 333333333333333 0 6 2 0000 00000000 3 8888 7 7 111111111 7 7777 7 7777 9 888 44 99999999999999999 77777777777777 7 44 3333 5 5 22 5 5 5 7 777 777 999 66666666 2 888 7777 6 6 8 7 7 7 00 00 88 555555555555 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----AA-ATGAAT--TG-------------A--GAA---TA-----------ATAT-TTTTCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGG-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGTA------A--A-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA----------------------TTCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TGGCGGCAAATCAATT--GAAAATTATG---------A----TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTC---A---Tttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAATA------A--T-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGC----AA-AT---TA-TT-------------T--GAAAATT-C-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTTGATCAATAAATTGT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGCA------A--T-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTATG----A----AAAATCAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTAG-CTTT--ATAAA-TGC-AAATAAT-TTTTTTTTGATTAATTGAGTTT---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTATT----A--T-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----AA-AT---G--AA-------------T--GGAAAATAC-----------TGT-TTTCCGCACA--TT----TTAG-TTTT--ATAAG-TGC-AAATAAA-ATATTTT-GATTAATTAATTGT---A---Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGTA------A--A-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATCA-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TTGG-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTGATTGATTTC---A---T--------------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGTA------A--T-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTATG----A----A-----AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TAT-CCCGA----CA-A----T--TGAAA----------T--GAAAATT------------ATAT-TTTCCACACA--TT----TT-A-GTTTTAA-AAG-TGC-ACATAAA-ATGTTTTAAATTGGTTGATTTT---A---Tccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-----TCGCA-AATG----------A-AT---T--------------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTAATTTT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA------AAAT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTT-AAGAAAA----AT--GTAAGC----TTGATGACATCTTGTCA--------ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG----------A-AT---T--T------------------AAAATTATG------------T-TGTCTGCATA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTATTAAATCAATTGATTTC---A---Tttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGTC------A--T-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT-TG----A----T------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----AA-AT---T-----------------------AATTAAA---------ACAG-TTTTAGCAAA--------AC-G-ATCT--A-AAA-TTT----TAAATATGTATGAAATAAAGTGATTTttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----AA-AT---TAAT--------------T--GAAAACTA------------TAT-TTTCCGCACC--TT----TT-T-ATTTTAA-AAG-AGC-AAATATA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---T--------------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAA
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTA-----------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTATG----A----AAA-TTAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----AA-ATAAAT--T-----------------GAAAATTATG------------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-GTTTTAA-AAG-TGCAAAAAAAA-ATGTTTCAAATTGATTGATTTA---A---Tacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGTA------A--A-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC----------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGTA---------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA----------A----GT--TTA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGTA------A--T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TG-------------C--TGGAATTGCA---------ATAT-Tta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTAT-----A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----AT-AT---T--TA-------------T--GATAATTACT---------ATAA-TGTATGC-CA--TT---------ATTC--A-AAC-T---AAAGGAC-AC-TTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAA----C---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGTA------A--A-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----AA-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGTA------A--T-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------CT-CAAAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----CA-AT---T--TGAT-----------T--GAAA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-TT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT-TG----A----TT--TTATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATAT-Tgaatgatatttaccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGTA------T--T-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT-TTT---A----CT--TTTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---T--TG-------------C--TCGAATTGCA---------ATATATTT
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTTTGTTTTG--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G-----------------------A----TT--TTATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGGA------A--T-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGCA------A--T-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGTA------A--TATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----CA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGTA------A--A-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT-TG----A----TT--TTTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGTA---------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----TA-AT---T--TG-------------TTAGAAA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TGCC-----------C--GAAAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----CA-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGTA------A--T-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TA--TTTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----CA-AT---T--TGAT-----------C--GAAA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--A-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT-TC----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAATA------A--T-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT-TA----A----TT--TTTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGTA------A--T-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGAC----AA-ATGAAT--TG-----------------AAACTTATG------------T-TTTCCGCACA--TTTAAGTT-GTATT------AG-TGC-AAATAAA-ATGTGTTTGATTAATTGATTTT---A---Taaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT-TG----A----TT--TTTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----gagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGTT------A--T-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----AA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGTA------T--T-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----CA-GT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----CA-GT---T--TG-------------aaagat
gi|139833 : ATGAGAGTGTA-AATA---------T-A---T---T-TTTT--T--G---CTAA--G-A-CAATAGTCTAT--------G------CATAGTTCTT-T--------------TTATGT----TAGATGACATTT-GTCATTATTGA-GCATAATG-AAATA-----AA--CAATAAGG-CA--TCTAA-AATTGCCGC----CA-AT---C--TGCT-----------C--GAAA--TGCA---------ATAT-T
gi|139834 : AGTGTATAGTA------A--T-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----CA-AT---T--TG-------------T--TAGAAATGCA---------ATAT-Tcagatggaaattactgtt
gi|139835 : TTCAAAC--ATTG--CTT---A---TGGAAAA----CAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCAT-TAATAT-G--------GCAGC--AATTATATTGAA-----CA-TTATGTaagatggaaatta
gi|139835 : gttagGT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGA-ACAT-------ATA-----AA------ATAG-T-----CAA-AATGGCCAT----TA-ATA--T--GG-------------C--AGCAATTATATTGAACATTATGT-TTTTAGCACACTTT----CT-A-ATTT--A-AAATTGC-AAAttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaTGTTTTATGTTAA---A-------A---TGACAAA----C---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGC
gi|139837 : aatttatgTTT---A---TGACAAA----C---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTTGATGTT---AAACTAACAAA----C---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : tgtT---A---TGAGAAATAAGC---TT-G---ATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AA-ATATTCAAGATGGCCGCCAATATGG-CGCACATTTTGGTTTTAAAT-TAATTGATTT-TAT-----TTATGA-TTATGTA
gi|139839 : gcaGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---CA-TT---T--TG-------------acactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGC-CAATTT-GTTAGAAATGCAAT--gttttaaattaattgattttatttatgattatgtaacactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : GATGATATTTTGTCATTATTAA-ACATTTTG-AAACA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----CA-AT---
gi|139843 : GATGACGTTTTGTCATTATTGA-TAATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCAAAAT
gi|139846 : GATGACATT--GTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----TA-AT---T--TG-------------CTTGAAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATG
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCAT-AAACGT-GCCCGAAATGCAAT--ATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----CAGATG--T--TG------------------AAATTtatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----CA-GT---T--AT-------------T--GAAAATCAcatgtt
gi|139851 : --TCCAA-GATGGCCGC----CA-AT---A--TG-------------t
blockSeqs : TGTTTT AA ATAAA ATA T TTT GGG TTA G AATTGTATG A G A GAAA AAAAT A AAAC TGGCCAC GGAT AAAT GAA AA GCGGCAAATCAATTG TATTGAACATTATG A CT TAAG G T TA T T A T AAA AAC GAC TAAGC A TAA GTAG A . G A G T TT TG AT AGAAATTATAT T C
blockSeqs : TT . T . G GGT . TT C AATAATA A G A CA AAAAT A . AATC CG A GAA A AAATG AAACA . . . G . TA T . . . . . GGA CAAG A . . . . G . . T AG . CG TGAACA
blockSeqs : T . A . . TTT . TT G GCATA A G A CA AAAAT G . AATC CG . AAA . ATTG CAATA . . . A . TA T . . . . . GAC C T . . . . T . . C CA . T TTATGA
blockSeqs : . . T . . GT . GT G G A G A T AAAAT T . TT CG . GAA . ATCG CTATA . . . A . TA . . . . . . GAC C A . . . . C . . C CG .
blockSeqs : . . T . . G . TT G G A A A . AAAAT A . TT CG . A . CTTG CAATA . . . A . TA . . . . . . AAC C G . . . . A . . . .
blockSeqs : . . T . . G . TT G G A A A . AAAAT A . TT GT . G . ATCG CAATA . . . G . A . . . . . . GAG C A . . . . G
blockSeqs : . . T . . G . T C G A G A . AAAA A . TT TG . . . TTAG CAATA . . . . . A . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . T . . G . T C G A G A . AAA A . AA CA . . . CCCG CAATA . . . . . A . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . T . . T . T G A A G A . AA A . TT CG . . . ATCG CAATA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T C G A G A . AA A . TT CG . . . CTTG CAATA . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T C G A G A . TT T . TT TG . . . CTCG CAATA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . A C G A G . . AT T . TT TT . . . CTTG TGA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . A C G A T . . GT C . TT GT . . . CTC CTG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . T G G A A . . TT T . TT GT . . . TG CTG . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . A G G A T . . TT T . TT TT . . . TG ATA . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . T . A G G A T . . TT T . AA GT . . . TG TG . . .
blockSeqs : . . G . . T . A G G A T . . TT T . AA GT . . . CT TG . . .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . TG TG . . .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . CT TG .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . CT TG .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . CT TA .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . CT T . AA GT . . . TT TG .
blockSeqs : . . C . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . TT TG .
blockSeqs : . . T . . T . A G A A T . . TT T . AA GT . . . TT
blockSeqs : . . T . . C . A A A A G . . TT T . AA GT . . . CA
blockSeqs : . . T . . T . A A A A G . . TT G . AA GT . . . TG
blockSeqs : . . G . . T . A A G A T . . TT T . AA GT . . . G
blockSeqs : . . T . . T . A A A A G . . TT T . AT AT . . . G
blockSeqs : . . A . . G . A A C A T . . TT T . AA GT . . . G
blockSeqs : . . T . . G . G A T A G . . TT T . AA GG . . . .
blockSeqs : . . A . . T . A A C A G . . TT T . AA CG . . . .
blockSeqs : . . T . . G . A A C A G . . TA A . AA GT . . . .
blockSeqs : . . T . . T . A A T A T . . TT T . AA GT . . . .
blockSeqs : . . A . . T . A A C A G . . TT C . AA TT . . . .
blockSeqs : . . C . . G . T G C . G . . TT T . TT GT . . . .
blockSeqs : . . T . . T . A A G . T . . TT T . AA GT . . .
blockSeqs : . . A . . T . A A C . G . . TT T . AA GT . . .
blockSeqs : . . C . . T . A A G . T . . TT T . AA AT . . .
blockSeqs : . . A . . . . A A A . T . . TT T . AA GT . . .
blockSeqs : . . A . . . . A A C . T . . TT T . AA CG . .
blockSeqs : . . A . . . . C C A . T . . TT T . AA GT . .
blockSeqs : . . A . . . . A A A . T . . TT . . AA GT . .
blockSeqs : . . A . . . . G A A . T . . A . . AA AT . .
blockSeqs : . . A . . . . A A A . T . . T . . AA GT .
blockSeqs : . . A . . . . . . G . . . . . . . AA CG .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . TT CA .
blockSeqs : . AA T
blockSeqs : GA T
blockSeqs : AA G
blockSeqs : AA G
blockSeqs : AA .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TT****** *** CAATG********* A* GAC C*******
originalCons : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACG---------ATAT-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTT--A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
finalCons : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----ATT------TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----CA-AT---T--TG-------------C--GAAAATTACAATG---------T-TTTCCGCACA--TT----TT-G-ATTTA-A-AAG-TGC-AAATAAA-ATGTTTTAAATTAATTGATTTT---A---TGACAAAC-------TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 222222222222222 2222222 222222 11111111 11 11 222222222222 1
lowQualScore : 444444 11 22222 111 1 66666 111 5555 0 2 888888888888888 4 1 0 5555 55555555 2 1111 0 0 333333333 0 3333 0 555555 0 888888888888888 6666666 1 222222 2 7 2 2 333 333 555 55555555 2 555 7777 3 3 4 6 6 3 22 11 11 333333333333 5 1
lowQualScore : ...... .. ..... ... . ..... ... .... . . ............... . . . .... ........ . .... . . ......... . .... . ...... . ............... ....... . ...... . . . . ... ... ... ........ . ... .... . . . . . . .. .. .. ............ . .
lowQualScore : 555555 22 55555 555 7 55555 555 6666 9 5 333333333333333 0 6 2 0000 00000000 3 8888 7 7 444444444 7 5555 7 222222 9 555555555555555 6666666 5 222222 5 5 5 4 777 777 999 66666666 2 888 7777 6 6 8 7 7 7 00 00 88 555555555555 5 0
consensus : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TG---C--GAAAATTAC---AATGT-TTTCCGCACATTTT--G-A-TT-T-AAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
Reference ( family-406 ) : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G------TATAGTNCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TG---C--GAAAATTAC---AATGT-TTTCCGCACATTTT--G-A-TT-T-AAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTT---A---TGACAAA----C---TTAG---ATGACATTTTGTCATTAT----TGAGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTNNATNGAAATTACTA-TTATGTATAAANTCATTCACA
gi|139788 : CACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-ATTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----GT--CATGATGG-CT--GCCAA-TATGGCAGC----A-A-ATGAAT--TG-------AGAAT------AATAT-TTTTCGCACATTTT--GGA-TT-T-AAAAGTGG-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTC---A---T
gi|139789 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CGAGATAG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----A-A-ATGAAT--TG-------AAAATTA------TGT-TTTCCGCACATTTT--GGA-TT-T-AAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTC---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctgaaatataaaacttacacaattgacaataaatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttcccactacaacgatataggtctatatacagctgttgtagtaccttggtgcagtctatccctgttct
gi|139790 : gcagatacagCACTGAACCTTGAATGGAAGTGTATAGTA------A--A-A---T---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GTATTTTG-AGATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGCAAATC-A-AT---T----------GAAAATTA------TGA-TTTCCGCACATTTT--GGA-TT-T-AAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTC---A---Tttagtaaatatggcactaccatctaaaatataaaacgtagacaattgacaataaatgcgagtaaaatattattaaataatgtcggatattgtccacattttccactacaacgatataggtctatatacagctgtatatcttggtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139791 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAATA------A--T-T---T---T-TGTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTATTTTAG--------G------CAT--TGCTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCAATTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GACAT-TATTGCAGC----A-A-AT---TA-TT---T--GAAAATT-C-----TGT-TTTCCGCACATTTTA-G-T-TT-T-ATAAGTGC-AAATAAAATGTTTTTGAT-CAATAAATTGT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaacttacacaatcgaaaatatatgcgaataaaatattctaaattaatgtcggatattgtttacatttcccactacaacgatataggtatatatatatatagctgttgtcatacattggtgcagtctatctctgttct
gi|139792 : gcagatacagCACTGAATTTTGCATGGAAGTGCATAGCA------A--T-T---T---T-TTTG-----G---CGAT--T-A-TTGTAGTA-AG--------G------CAT--TGCTTATG----A----AAAATCAGCT----TGAA-GACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----A-A-ATGAAT--TG-------AAAATTA------TGT-TTTCCGCACATTTTA-G-C-TT-T-ATAAATGC-AAATAATTTTTTTTTGAT-TAATTGAGTTT---A---Ttaagtaaatatgtcactaccatctcaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttcaataatgtcggaaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttgatgcagtatatctctgttttgttttactac
gi|139793 : gcagatacaaCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTATT----A--T-T---T---T-TTTT--TTTG---TGAT--T-A-TGGTCGTTTAG--------G------CATA--ACTTATGCA--A----AA--TCA-GC----TTGATGACATC--GTCATCATTGA-GCTTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAG-TATGGCAGC----A-A-AT---G--AA---T--GGAAAATAC-----TGT-TTTCCGCACATTTTA-G-T-TT-T-ATAAGTGC-AAATAAAATATTTT-GAT-TAATTAATTGT---A---Ttaagtaaatatgttactaccatctaaaatataaaacttacacaactgacaatatatgcgaatgaaatattcttaaataatgtcaaaaattgtccaaatttcccactataacgatataggtatatatacagctactgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgtttgaatac
gi|139794 : gcagatacagCATTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---T-TTTA-----G---CTAT--A-A-CAGTAGTCTAT--------A------TATAGTACTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGCCATCATTCA-GTATTTTG--AATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATTGCttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaacctacacaattgacaatatatacgaatgaaatatttttaaataatgtcggaattgtccaaatttcccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctatctctgttttgttttactac
gi|139795 : gcagataatccaggtattttCACTGAACCTTGCATTGAAGTGTATAGTA------A--A-T----------------------------A-A-TGCTAGTTAAG--------G------CGT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--GAAGATGG-CT--GCCAA-TATGGCGGCAAATC-A-AT---T----------GAAAATT------ATGT-TTTCCGCACATTTTG-G-A-TT-T-AAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TGATTGATTTC---A---T--------------TTAG---TT---ACTTTGTCACTA
gi|139796 : gcagatacagCACTGAACCTTGCATGGATGTGTGTAGTA------A--T-T---G---T-TTT------G---GTGA--TTA-TGCTAGTTTAA--------G------CAT--TGCTTATG----A----A-----AAGTAAACTTGACGACATCTTAACATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--ACCAA-TATC-CCGA----C-A-AT---T---GAAAT--GAAAATTAT---A---T-TTTCCACACATTTTA-G-T-TT-T-AAAAGTGC-ACATAAAATGTTTTAAAT-TGGTTGATTTT---A---Tccatctaaaatataaaacttacacaattgacaatatatgcgaataaaattttcttaaatagtataggatattgtccacatttcccactacaacggtataggcctatatacagctgttgtaataccttggtgcagcctatctttgtccttgtcaaactac
gi|139797 : gcagatacgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---T---A-TTTT--G--G----TAG--TTA-TGGTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGTTGACATCTTGTCATCATTGA-GC-TTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-----TCGCA-AATG-----------A-AT---T----------GAAAATTA------TGT-TTTCCGCACATTTT--G-G-TT-TTAAAAGTGC-AAATAAAATGTTTTAAAT-TAATTAATTTT---A---Tttagtaaatatgtcactaccatctaaaatataaaatttacacaattgacaataaagcatatgcaaatcaaatattcttaaataatgtcggaaattgcccacatttcccactacaatggtataggcatatatatacagttgttgtaatatcttggttccgtctatatctgttttgttttattac
gi|139798 : gcagataaagCACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA------AAAT-T---G---T-TTTG--T--G---ATAATTA-A--GCTAGTTAAG--------G------CAT--TGCTT-AAGAAAA----AT--GTAAGC----TTGATGACATCTTGTCA--------ACATTTTG-GAACATGGCCAC--CAATATGG-TGGAT---A-AATG-----------A-AT---T--T--------AAAATTA------TGT-TGTCTGCATATTTT--G-G-TT-TTAAAAGTGC-AAATAAAATGTATTAAAT-CAATTGATTTC---A---Tttatcaaatatgtcacaaccatcaaaaatataaaacttaaacaactgacaatgtatgtgaataaaatattcttaaataatgtcggatattgtccacatttctcactacagagatataggcatatattcagctgttgtaatacttttgtgcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139799 : gcagataccaCACTGAACCTTGCATGAAA-TATATAGTC------A--T-T---T---T-ATT------G---ATGA--GTA-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCCT-TG----A----T------------------GATATCTTGTCACCACTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAACATGA-CC--GCAAATAATGGCGGC----A-A-AT---T-------------AATTAA---AACAG-TTTTAGCAAA--AC--G-A-TC-T-AAAATTTT-AAAT---ATGTATGAAAT-AAAGTGATTTttagtaaatatgtcactactatctcaagtataaaatttacataattgacaataatatacaaatatatataaaataatctttaacaatgtcagaaattgtccacatttcccactaaaatgataaagtcatataaaatatatatatatagctgttgttacttttttaatgccttggtgcagtctatctctattttctttcactac
gi|139800 : gcagataccgCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA------A--A-T---A---T-TTTT--T--G---TGAT--T-A-TGCTAGTTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCATGTCATCATTAA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGGC----A-A-AT---TAAT----T--GAAAACTAT---A---T-TTTCCGCACCTTTT--T-A-TT-TTAAAAGAGC-AAATATAATGTTTTAAAT-TAATTGATTTT---A---T--------------TTAGTAAATG------TGTCACTAT--------CATCTTA-AATATAAA
gi|139801 : cagatacagCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTA-----------T---A---A-TTCT--T--G---GTGA--TTA-TGCTAGTCTAT--------GCATA--TATAG--CTTATG----A----AAA-TTAAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--TAAGATGG-CT--GCCAA-CATTGGCGC----A-A-ATAAAT--T-------GAAAATT------ATGT-TTTCCGCACATTTT--G-GTTT-T-AAAAGTGCAAAAAAAAATGTTTCAAAT-TGATTGATTTA---A---Tacttacacaaatgataatatatgcgaataaaatattcttaaataatgtcggaaattgtccacattttcaattacaacgatttatacagctgttgtaatactttggagcagtctatctctgttttgttttactgc
gi|139802 : cagatacagCACTTTACCTTGCATGGAAATGTGTAGTA------A--A-T---G---T-TTTTGGT--G---C-------A-T--T-GTTTAT--------G------CAAAAATCTC----------------------------GATGACAAAT-GTCGCCATTGC-GCATTTTG-AAATA-----ttagtaaatatgtcactaccaactcaaatataaaactaacacaaatggcaataaatgcaaataaaatattcttaaataatgtcggacattttccacattttccactacaacgatataggtatatatacagctgttgtaataccttggtgcagtctgtctctgttttgttttactac
gi|139803 : agatattgCACAAAACTTTGCATGGAAGTGTATAGTA---------T-T---T---A-TTAT--T--G---GTGA--TTA-TG-----CTAT--------G------GAAAATA----------A----GT--TTA-AT----TG-------------CACCATTGA-GCGTTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGGTCG---CCAA-tt
gi|139804 : cggCACTGAACCTTGCATGAGAGTTTATAGTA------A--T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CAGATGACACTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCTGC----C-A-AT---T--TG---C--TGGAATTGC---AATAT-Tta
gi|139805 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTAT-----A--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAT--A-A-CGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATCT----CGGATGAAACTTTTTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----A-T-AT---T--TA---T--GATAATTACTATAATGT-AT---GC-CATT------A-TT-C-AAA----C-TAA-AGGACACTTTTGATGTGTTTGATTTTAAAA---TGACAAA----C---TGAA---ATGATATTTTGTCATTAT----TGGGCATTTCG-GA-ACAAACAAGATGGTACCAAAAATGGCCCC-CAATTT-GCTCGAAATGCAAT--ATTTGAATGAGAATTACTA-TTAGATA-AAAATTATTCACA
gi|139806 : CACTGAAGCTTGCATGAGAATGTATAGTA------A--A-T---T---G-TTTT-----G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTTT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTACGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG---CCAA-AATGGCCGC----A-A-AT---
gi|139807 : CACTGAACCTTGCATGGGAGTGTATAGTA------A--T-T---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGGAAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TG---CT-CAAAAT
gi|139808 : CGCTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---TTTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TATAGTTATT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATGGCAGC----C-A-AT---T--TGAT-T--GAAA
gi|139809 : CACGGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T---G-TTTT--T--G---TTAA--A-A-TGGTAGTCGAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTTTGT----CGGATAACA--CTGTCATCATTAA-GCATTTTT-AAAT-------------GATGG-TG--TCCGA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TG---C--TCGAATTGC---AATAT-TT
gi|139810 : CACTAAACCTTGCACGAGAGTGAAAAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TTGTAGTCTAT--------A------TATATTTGTT-TG----A----TT--TTATGC----CGGATGACACATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAAAA-----AA--TAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TG---C--TCGAATTGC---AATAT-Tgaatgatatttaccattatgt
gi|139811 : CACTGAACCTTGCATGAAAGTGTTTAGTA------T--T-T---T---T-TTTTG-T--G---CTTA--A-A-TGGTAGTCTAT--------A------TTTAATTATT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-ACATTTTG-AAAT---------------------------A-AATGGCCAC----C-A-AT---T--TG---
gi|139812 : CACTGA-CTTCGCATGAGAGTGTATAGTA------A--T-T---T-----------------------------AGTAGTCTAT--------A------AATAGTTTTT-TTT---A----CT--TTTTGT----TGGATGACAGTTAATCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--TAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCAC----C-A-AT---T--TG---C--TCGAATTGC---AATATATTT
gi|139813 : CACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGTTTGTTTTG--T-T---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGGTAGTCTAT--------G-----------------------A----TT--TTATGT----CGGATGACACTTTGTCATCATTGA-ACATTTTT-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139814 : CATTGAACCTTGCTTGAGAGTGTATAGT----------T-G---T---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TAGTAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGAATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AAT
gi|139815 : ACTGAACCTTGCATGAGAGTGTATAGGA------A--T-T---T---T-TTTT--TTTA---CTAA--A-A-TGACAGTCTAT--------C------TATAGTGCGT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----
gi|139816 : AATCATACCTGAAAGTGTATAGCA------A--T-A---TATAT-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTGT--------T------TGCAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---T--TGAT-C--GAAA
gi|139817 : CTCACATGAAAGTGTATAGTA------A--TATAAAT---T-GTCT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTATAT--------C------GATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCGTCATTGA-GTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAG-AATGGTCGG----C-A-AT---T--TG---CTTGAAAA
gi|139818 : TACATGAAAGTGTGAAGTA------A--A-T---T---C-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TAAAGTGCTT-TG----A----TT--TTTTGT----TAGATGACATATTGTCATCATTTA-GCATTTTA-AAATA-----AT--CAAGATGG-CG--TCAAA-AATGGCTGC----C-A-AT---T--TGAT-C--GAAA
gi|139819 : TACATGATAGTGTACAGTA---------------T---T-TTTT--T--GGGGCTAA--A-AATGATAGTCTAT--------T------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTAGGT----TTTATGACATATTGCCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--AAAGATGG-CG--TCCAC-AATGGCCGC----T-A-AT---T--TG---TTAGAAA
gi|139820 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---C-TTTT--C------CTAA--G-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TAGATGACATTTTGTCTTCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--TAAGAAGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----C-A-AT---T--TGCC-C--GAAAAt
gi|139821 : TACACGAGAATGCATATTA------A--T-T---T---T-TTTT--T--T---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------AATAATATATAGTGCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATTATTGA-GCATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AATGGCCAC----C-A-AT---
gi|139822 : TACATGAAAGTGTAGAGTA------A--T-T---T---TGTTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGCTT-TG----A----TA--TTTTGT----TGGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGT----C-A-AT---T--TGAT-C--GAAA
gi|139823 : TACATGAGAGTGTATAGTA------A--A-A---C---T-TTTT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------G------TATAGTTATT-TC----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGG
gi|139824 : TACATGAGAATACATAATA------A--T-C---A---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTTTTT--------C------TATAGTGGTT-TA----A----TT--TTTTGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CGAGATGG-CG--GCCAA-AATGGC
gi|139825 : GCATGGAAGTGTTTAGTA------A--T-T---C---T-TTTT--G--G---TGAT--T-A-TGGTAGCTTAG--------G------CAT--TGCTTATG----AAAAAT-----AAGC----TTGATGACATCTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCGAC----A-A-ATGAAT--TG-------AAACTTA------TGT-TTTCCGCACATTTA--A-G-TTGT-ATTAGTGC-AAATAAAATGTGTTTGAT-TAATTGATTTT---A---Taaaatg
gi|139826 : CATGAGAGAGTATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGAAAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-CTATTTTG-AAATA-----AA--CAAGGTTG-CG--TTCAA-AATGATCGC----C-A-AT---T--TG---T--TAGAAATGC---AATAT-Tttaggtatatat
gi|139827 : CATGAGAATGTATAGTA------A--T-C---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------C------TATAGTGATT-TG----A----TT--TTTCGT----TGGATGACATTTTGTCATCGTTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TCCAA-AATGGCTGC----gagatgaaaatta
gi|139828 : CATGAGAGTGTTTAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAATTTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-C
gi|139829 : CATGATAGTATATAGTA------A--T-A---T---T-TTAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATGACATTTTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CT--TCCAA-AATG
gi|139830 : CATGAAAGTGTATAGTT------A--T-A---T---T-TTTT--G--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTATAATTGTATG------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----CGGATGATATTTTGTCATCATTGA-ATATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTTAG-AATGGTTGC----A-A-AT---T--TG---CTTGAAAA
gi|139831 : CATGAGAGTGTATAGTA------T--T-A---G---T-TTAT--T--G---CTAA--C-A-TGCTAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTAA-GTATTCTT-AAATA-----AA--CATAATGG-CG--TTCAA-AATGGCCGC----C-A-GT---T--TG---T--TAGAAATGC---AATAT-
gi|139832 : ATGAGAGTGTATAGTA------A--T-A---T---T----------G---CTAA--A-A-TGATAGTTTAT--------A------TATAGTTCTT-TG----A----TT--TTATGT----TGGGTGACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-GAATA-----AA--CAAGTTGT-CG--TTCAA-AATGGTCGT----C-A-GT---T--TG---aaagat
gi|139833 : ATGAGAGTGTA-AATA---------T-A---T---T-TTTT--T--G---CTAA--G-A-CAATAGTCTAT--------G------CATAGTTCTT-T--------------TTATGT----TAGATGACATTT-GTCATTATTGA-GCATAATG-AAATA-----AA--CAATAAGG-CA--TCTAA-AATTGCCGC----C-A-AT---C--TGCT-C--GAAA--TGC---AATAT-T
gi|139834 : AGTGTATAGTA------A--T-A---T---T-TGAT--T--G---CTAA--A-A-TGATAGTCTAT--------A------TATAGTTCTT-TA----A----TT--TTATGT----TGGATTACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----C-A-AT---T--TG---T--TAGAAATGC---AATAT-Tcagatggaaattactgtt
gi|139835 : TTCAAAC---ATTG--CTT---A---TGGAAAA----CAAGTTTG---ATGATATCTTGTCACTAT----TGAACAT--------ATAAA----ATAGT---CAAAATGGCCAT-TAATAT-G--------GCAGC--AATTATATTGAA-----CA-TTATGTaagatggaaatta
gi|139835 : gttagGT----TTGATGATATCTTGTCACTATTGA-ACATAT-A-AAATA-----GT--CAAAATGG-CC--ATTAA-TATGGCAGC------A-AT---TA-TA---TT-GAACATTA------TGT-TTTTAGCACACTTTCTA-A-TT-T-AAAATTGC-AAAttttagcacactttctaatttaaaattgcaaa
gi|139836 : gttagttcaaacattgcttatggaaaacaaTGTTTTATGT-TAA---A-------A---TGACAAA----C---TTAG---ATGATGTTTTGTCATTAT----TGAACATTTTG-AA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATCGC
gi|139837 : aatttatgTTT---A---TGACAAA----C---TTGG---ATGACATTTTGTCATCATGTAGTGAGCATTTCG-AA-ATAAACAAAACGGCGTCCA
gi|139838 : tgTTGATGTT---AAACTAACAAA----C---TGAG---ATGATATTTTGTCATTGT----TGGGCATTTTG-AA-ACAAACAAAATGGTTCCCAAAATGGCta
gi|139839 : tgtT---A---TGAGAAATAAGC---TT-G---ATGACATATTGTCATCAT----TGAGCATTTTG-AA-ATATTCAAGATGGCCGCCAATATGG-CGCACATTTTGGTTTTAAAT-TAATTGATTT-TAT-----TTATGA-TTATGTA
gi|139839 : gcaGATGACATATTGTCATCATTGA-GCATTTTG-AAATA-----TT--CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGG-CGCA---C-A-TT---T--TG---acactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139840 : gcatatgagaaataagcttG---ATTACATTTTCTCATCAT----TGATTATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCATTCAAAATGGTCGC-CAATTT-GTTAGAAATGCAAT--gttttaaattaattgattttatttatgattatgtaacactaccatctaaactataaaacttacacaattgacaataaaggcgaataaacttttcttaaatagtgtcagatattgcccacatttcccactacaacaatatagctgttgtaataccttggagcagtctatctctgttcttgtcaaactac
gi|139841 : GATGATATTTTGTCATTATTAA-ACATTTTG-AAACA-----AA--CAAGATGG-TG--TCCAA-AAT
gi|139842 : GATGACATTT-GTCATCATTGA-GCAGTTTT-AAATA-----GA--CAATATGG-CG--TCCAA-TATGGCCGC----C-A-AT---
gi|139843 : GATGACGTTTTGTCATTATTGA-TAATTTTG-AAATA-----AA--CAAGATGG-CA--TCCAA-AATGGCCGC----C-A-AT---
gi|139844 : G---ATAACATTTTGTCATTAT----TGAGCACTTCGAAA-ACAAACAAGATGGTGCCCAAAATGGC
gi|139845 : G---ATAACGTTTTGCCATTAT----TGAGCATTTTA-AA-ATAAACAAGATGGCATCTAAAATGGCCGC-CAATTT-GCTCAAAAT
gi|139846 : GATGACATT--GTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATGG-CG--TTCAA-AATGGTCGC----T-A-AT---T--TG---CTTGAAAA
gi|139847 : GATAACATTTTGTCATCATTGA-GTATTTTA-AAATA-----AA--CAAGATG
gi|139848 : ---ATGACATTTTGTCATTAT----AGGGCATTTTG-AA-ATAAACAAGATGGCGCCCAAAATGGCCAT-AAACGT-GCCCGAAATGCAAT--ATTTCGATAGAAATTA-TATTTATGTATAAACTCATTCATA
gi|139849 : TTGAAGCGTTTGG-TCACA-----AATCCAAGATGG-CC--GCCAA-AATGGCAGC----C-AGATG--T--TG--------AAATT-C----ATGT-Ttatttatgagagtgtaaatatattttttt
gi|139850 : GA-GAGTTTTGTAAAAA-----AATCCAAGATGG-CC--ACCAA-TATGGCCGC----C-A-GT---T--AT---T--GAAAATCA
gi|139851 : --CAAGATGG-CC--GCCAA-TATGGCCAC----CAA-ATA--T--TG--------AAATT-C----ATGT-Tt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|139852 ): ACTAAGAGATATATAACTAAATAACGCCATANNNNNNNNNNAAAACTTACACAACTGACAATATATGCGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGGCATATATACAGCTGTTGTAATACTTGGTACAGTCTAACTCTGTTATGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139854 ): AATAAAATATTCTTAATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGGCATACAGCTGTCGTAATTTCTTGGTGCAGTTCGTCTCTGTTTTGTTTTACTAC
Unaligned ( gi|139855 ): ATTTAGGTATATATACAGCTGTTGTAATACCTTGGTGCAGTCTATCTCTGTTTTGTTTTATTAC
Unaligned ( gi|139853 ): TACGAATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTACA