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Reference ( gi|37581 )        : AGGGAGAGAACATAAAAGGAGACAGTGAAAGTGA-G--GATAA-------AG----T----G------A------CTT-CGAAC-C-C-AG-GAGTC-GCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C---C-G--C---T--CC---T---AC----A--T-C-T---AAA-AG-T----ACGT-AT-CA-GTCTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37582                      : AGGGAGAGAACATAAAAGGAGAAAGTGAAAGTGA-G--GATAA-------AG----T----G------A------CTT-TAAAC-C-C-AG-GAGTC-GCA--GGTTT--G--AT-C-CC----C---C-G--C---T--CC---T---AC----A--T-C-T---AAA-AA-T----ACGT-AT-CA-GTCTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37583                      : AGGGAGAGAACATAAAAGGAGAAAGTGAAAGTGA-G--GATAA-------AG----T----G------A------CTT-CGAAT-C-C-AG-GAGTC-GCA--GGTTC--G--AT-T-CC----C---C-G--C---T--CA---T---AC----A--T-C-T---AAA-AA-T----ACTT-AT-CA-GTCTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37584                      : AGGGAACGAACATAAAAGGAGA-ACTGAAAGTGC-G--GATAA-------AG----T----G------A------CTT-TGAAC-C-C-AG-GAGTC-GCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C---T-G--C---T--CC---T---AC----A--T-C-T---AAA-AA-T----AATT-AT-CA-GTCTTTTGGTCGAGACT-------TTAAC-AAATAT
gi|37585                      :    GATAAAATATGGAAAGGG---GTTAAA-TGT-G--GATAAGTGGTCCAG----T----G------GTTAACGCCT-TGGAC-C-C-AT-GGGTC-GCA--GGTTC--G--AT-A-CC----C---C-G--C---T--TC---A---CC----A--A-C-T---AAA-AA-T----ACTA-AT-CT-GTCTTTCGGATAAGACT-------TTATC-AAAAAT
gi|37586                      :   gaacttAAAATAAAATGGGACAGTAACA-TAATG--GATAA-------AG----T----GTTG---A------CTG-CTCACAC-C-AG-AGGTT-GCG--GGTTC--G--AT-C-CC----C---A-G--C---T--C
gi|37589                      :               AAAGGGGA--GTGGCAGTTA-GTGGATAA-------AG----T----GTTGGCCA------CTT---ATG-C-C-AG-AGGTC-GTG--GGTTT--G--AT-C-CC----C---A-G--C---T-------T---GC----C--T-C-T---AAA-A
gi|37594                      :                             AAGTG-----GTTAA-------AGCCTCT----G------A------CTG-CGAAC-C-C-AG-G-----------------------T-CC----C---C-G--C---T--TC---T---CC----A--A-C-T---ATA-A--T----ATTT-AT-CA-TTATTTCGGGTGTGACT-------TTAAC-AAAAATaaac
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gi|37614                      :                                                          ----G------G------CTG-CGAAC-C-C-AT-GGGTC-GCA--GGTTC--G--AT-T-CC----C---A-G--C---T--CCGCCC---AC-------T-C-T---CAA----T----ACTT-AT-CA-GTCTTTCGGATAAGACT-------TAAAC-AAAAAT
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gi|37615                      :                                                          ----G------A------CTG-CGAAC-C-C-AG-GGGTC-GCA--GGTTT--G--AT-A-CC----A---C-G--C---T--CC---T---CC----A--A-T-T---AAA-A-------AAGT-A-------CTTTCGGATGAAACT-------TTAAC-AAAAA
gi|37616                      :                                                          ----G------A------CTG-CGAAC-C-C-AG-GGAAC-GCA--GATTC--A--AT-C-CA----C---T-G--T---T--CC---T---CCA---A--T-C-T---AAA-A--T----ACGT-AT-AA-GTCTATCGCATAAGACT-------TTCAC-AAAAAT
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gi|37621                      :                                                          ----G------A------CTA-CGAAC-A-C-AG-GGGTC-GCA--AGTTC--G--AA-C-CA----C---C-G--C---T--AC---T---CG----A--A-C-T---AAA-A----------T-AC-CA-GTCTTTTGGATAAAACT-------TTAAC-AAAAAT
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gi|37642                      :                                                                               -CGAAC-C-A-AG-GGGTC-GCA--GGTTC--G--A----CC----C---C-G--C---T--CC---T---CC----A--A-T-T---AAA-AA-T----ACTT-AG-CA-GGCTTCCGGATGGGAGT-------TTAAC-AAAAAT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|37645 ): GAACCAAGCGGTAGCAGGTCCGATGCCACACCTCTAACTAAAAACACTTATCAGATGGGACTTAAACAATAAT






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consensus                     :             AGGGAGAGAACATAAAAGGGGA--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAA-------AG----T-----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
Reference ( family-400 )      :             AGGGAGAGAACATAAAAGGGGA--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GNTAA-------AG----T-----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37581                      :             AGGGAGAGAACATAAAAGGAGAC-A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GATAA-------AG----T-----G---A-CT---TC---GA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AG---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37582                      :             AGGGAGAGAACATAAAAGGAGA--AAGTG--A--A--AGT---GA------G--GATAA-------AG----T-----G---A-CT---TT---AA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTT--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AA---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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gi|37586                      :               gaacttAAAATAAAATGGGAC-A-GTA--A--C--A-T---AAT-----G--GATAA-------AG----T-----GTTGA-CT---GC---TC---ACACC-AG-AGGTTGCG--GGTTC--G--AT-C-CC----C--A-G--C---T--C
gi|37587                      :                                                          ------G--GTTAA-------AG----CCGCGGG---A-TT---GC---GA---AC-CC-AG-GGATCGCA--GGTTC--G--AT-C-AC----C--C-G--C---T--CCTC-------GAA-C-T---AA-AA---T----ACTCAT-CAGA-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37588                      : acatagagcgaataagtggtccagtAAGAGAGGATTA-GTG---------GTCCAGA------T--GTTAA-------AGCCT-T-----G---AACT---GC---GA---AT-CC-AA-GAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----T--C-G--C---T--CCTC-------AAA-C-T--ATA-AA---A----AATTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTCCC-AAAAAT
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gi|37592                      :                                  A--A-GTG--ATCG--AGT---G----------GTTAA-------AAACCTT-----T---A-CT---GC---GA---AT-CC-AG-GTGCCGCA--GATTC--G--AT-C-CC----T--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C----AAA-AA---A----ACTTAT-AAGA-CTTTCGGATGAGACT-------CTAAC-AAAAAT
gi|37593                      :                                  A--A-GTGGAA--A--AGT---G----------GTCAA-------GG----CCTCG-G---A-CT---AC---GA---AC-AC-AT-GGGTCCCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-A--A---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTA
gi|37594                      :                                             --A--AGT---G----------GTTAA-------AGCCTCT-----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-G----------------------T-CC----C--C-G--C---T--TCTC-------CAA-C-T--ATA-A----T----ATTTAT-CATT-ATTTCGGGTGTGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37595                      :                                                          ------G--GTTAA-------AG----CCTTA-G---A-CT---GT---GA---AC-TC-AG-GGGTCGCA--GGTTT--G--AT-C-AC----C--T-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATAGGATT-------TTAAC-AAATAT
gi|37596                      :                                                          ------G--GTTAA-------GG----TCTTG-G---A-CT---GC---AA---AC-CT-AG-GAGCTGAA--GGTTC--G--AA-T-CC----C--T-G--C---C--CCTC--------AA-C-T--AAA-AAA--T----ACTTAT-CAGT-CTTTTGGATGAGAC---------TAAC-AAAAAT
gi|37597                      :                                                          ------G--GTTAA-------GG----TCTTG-G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GGATCGCA--GGTTT--G--AC-C-CCACCCC--C-A--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCG
gi|37598                      :                                                          ------G--GTTAA-------AG----TCTTG-G---A-CT---GC---TA---AC-CC-AG-GGATCGCA--GGTTT--G--AT-C-CC----C----G--C---T--CCTT-------CAA-C-C--AAA-AAA--T----ACTAAC-AAGT-TTTTTAGATGAGACTTAATAAATTAAC-AAAA
gi|37599                      :                                                                                                                             CGCA--GGTTC--T--AT-TTCC----C--C-G--C---C--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ATTTTTTCAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37600                      :                                                                       agtggttaaagccttggactc---A-TT---GC---GA---AC-CC-TG-TAGCCGCA--TGTTC--G--AT-C-TT----C--C-G--C---T--CCTC-------AAA-C-TCAGAA-AA---T------------AGT-CTTTTGGATGGGACT-------TTAAC-AGTAAT
gi|37601                      :                                                                                   tga-----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GGATCGCA--GGTTC--G--AC-C-CT----A--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AT---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGGGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37602                      :                                                                                      -----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--CT-C-CC----C--C-G--C---T--CTTC-------CAA-CAT--AAA-AA---T----ACTAAT-CAGT-CTTTCGGGTCAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37603                      :                                                                                      -----G---A-CT----T---AA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTT--G--AT-C-CC----C--C-A--C---T--CCTC-------AAA-C-T--AAAGAA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCAGATGAGATT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37604                      :                                                                                      -----G---A-CT---GC---GA---AC-CA-AG-AGATTGCA--GGTTA--G--AT-C-CC----C--C-G--T---T--TCTC-------AAA-C-T--AAA-AG---T----TCTGAA-CAAT-CTGTTGGATGAGAC--------TTA---AAAAAT
gi|37605                      :                                                                                      -----G---A-CT---GC---GA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGCTC--G--AT-C-TG----T--C-G--C---T--CTTC-------CAA-T-T--AAA-AA---T----ACTAAT-CCGT-CTTTCGAATGGGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37606                      :                                                                                      -----G---A-CT---GC---GA---AC-AA-AG-AAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-AC----C--C-G--C---T--CTTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----AATAAT-CAGT-CTTTCGGATAAAACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37607                      :                                                                                      -----G---A-CT---GC---CA---AA-CC-AG-GGGTTGCA--GGTTC--G--AT-C-CT----C--C-C--C---T--CCTC-------AAG-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCAGATGGGACT-------TTAGC-AAAAAT
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lowQualScore                  :                           .       ... ....   ........   ... ....... ..       .......... ... .      ...  .  .  .        ..     .. ..  . .  .... .. . .. ... ..    .......   . . ..   .  ... ....      .    .               .......     .      
lowQualScore                  :                           0       444 3333   88888888   444 9999999 99       6666666666 222 7      111  2  6  6        88     88 44  6 6  8888 88 6 88 000 88    9999999   6 6 44   6  888 8888      6    6               2222222     7      
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Reference ( family-400 )      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---A--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAG----T-----G---A-CTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37581                      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGAG---AC-A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GATAAAG----T-----G---A-CTTCGA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AG---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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Reference ( family-400 )      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---A--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAG----C-----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37581                      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGAG---AC-A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GATAAAG----T-----G---ACTTCGA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AG---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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Reference ( family-400 )      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---A--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAG----C-----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37581                      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGAG---AC-A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GATAAAG----T-----G---ACTTCGA---AC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AG---T----ACGTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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gi|37621                      :                                                                                   -----G---ACTACGA---AC-AC-AG-GGGTCGCA--AGTTC--G--AA-C-CA----C--C-G--C---T--ACTC-------GAA-C-T--AAA-A------------TAC-CAGT-CTTTTGGATAAAACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37622                      :                                                                                   -----G---ACTGCGA---AC-CCCAG-GGATCGTA--GGTTC--G--AT-C-CT----T--C-A--C---T--CCTT-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CTGT-ATTTCGGATGATAC
gi|37623                      :                                                                                   -----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-AGTTCGCA--GGTTC--G---T-C-CCG---C--C-G--C---T--CCTG-------ATA-C----GAA-AA---T----ACCCAT-CAGT-ATTTTACATGAAGCT-------TTAAC-AAAAA
gi|37624                      :                                                                                   -----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCACA--GATTT--T--AC-C-CC----C--A-C--C---C--CCTCTCACCACCAA-C-T--AAA-A----T----ATTCAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACA-------TTAAC-AAATAT
gi|37625                      :                                                                                   -----G---ACTGCGA---AA-CA-AG-GGATCGCA--GGTTC--GACAC-C-CC----C--T-G--C---T--CATC-------CAA-C-T--AAA-AAG--T----ACTT----AGT-CTTTCGAATAAGAC--------ATAA--AAAAAT
gi|37626                      :                                                                                   -----G---GCTGCAA---AC-CA-AG-GGGTTGCA--GTTTC--A--AT-C-TC----C--C-A--C---T--CCTC-------AAA-C-T--A---AA---TC---ACTTTT-CAGT-TTTTCAGATGAAACT-------TTAAA-AA
gi|37627                      :                                                                                   -----G---ACTACGA---AC-CC-AG-GGGTCTCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-A--C---T--CCTC-------AAA-C-T--AAA-AG---T----AC
gi|37628                      :                                                                                   -----G---ACTATGA---AC-CC-AG-GGGTCCCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-A--C---T--TCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---C----AC
gi|37629                      :                                                                                   -----G---ACTGAAA---AC-TC-AA-GGGTCGCA--GGTTC--A--AT---AG----C--C-G--T---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AAAAGT----ACTTA-----C-CTTTCAGATGAG-------------AC-AAAAAT
gi|37630                      :                                                                                                        -CT-AG-GGGTTGCT--GGTTT--G--AT-T-CC----C--G-G--G---G--CTGG-------CAAAC-T--AAA-AA---T----ACTAA--CAAT-CGTTCATATGGGACT-------TTAA
gi|37631                      :                                                                               gacttttagt---ACTACGA---AC-CC-AG-GGGTCACA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--T-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----AGTGAC-AAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TAAAC-AAAAA
gi|37632                      :                                                                                         ---ACTGCAA---AC-C--AGCGGATCCCA--GGTTC--G--ATAC-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-C--AAG-AA---T----ACTTAT-CATT-CTTTCGGTTGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37633                      :                                                                                         ---ACTGTGA---AC-CC-AG-GGGTTGCA--GGTTC--G--AT-T-CC----C--T-G--A---T--CCTC-------CAA-C-TA-AAA-AA---T----A-----------CTTTCAGATGAGACA-------TTAAC-AAAA
gi|37634                      :                                                                                         ---ACTGTGA---AC-TT----GGGTCGCA--GGTTA--G--AT-C-AC----A--T-G--C---T--CCTC-------TAA----------AA---T----ACTTAT-AAGT-CTTTCGGATGGGACT-------TTAAC-AAATAT
gi|37635                      :                                                                                         ---ACTGCAA---AC-CT-AG-GGGTAGCA--GGTTCTTGT-AT-A-AC----C--CAG--T---T--CCAC-------CAA-C-T--AAG-AA---T----ACTCAT-CAGT-CTTTGGGAGTAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37636                      :                                                                                         ---ACTGTGA---AC-TC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-AC----C--T-G--C---T--C-TC-------C-----------------T-----CCTAT-CAGT-CTTTTGGATAA
gi|37637                      :                                                                                         ---ACTACGA---AG-CC-AT-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CA----C--A-A--C---T--CATC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----AC
gi|37638                      :                                                                                                CGA---GC-TC-AG-GGATCGCA--GGTTC--G--AT-C-CA----C--C-T--T---T--CCTC-------CTT-C----AAA-AA---T----ACTTAT-TAGT-CTTTAGAATGGGACT-------TTAAC-CAGAA
gi|37639                      :                                                                                              ttCGA---AC-CC-AG-GGGTTGCA--GGTTC--G--AG-C-AC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ATGTAT-CAGT-CTTTCGGGTGAGATT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37640                      :                                                                                                CGA---AC-CA-AG-GGGTTGCA--GTCCT--G--AT-C-CC----C--A-G--C---T--CCTC-------CTA-C-T--CCA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTACGGAAGGATCT-------TTAAC-AAAA
gi|37641                      :                                                                                                CAA---AC-CC-AG-GGAATGCA--GGTTT--G--AT-C-CC----C--C-A--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ATTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGAAT-------TTAAT-AAAAA
gi|37642                      :                                                                                                CGA---AC-CA-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--A----CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-T-T--AAA-AA---T----ACTTAG-CAGG-CTTCCGGATGGGAGT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37643                      :                                                                                                CGA---AC-CA-AG-GCGTCGCA--GGTTC--G--AC-C-CCGCC-C--C-G--CCATT--CCTC-------TAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-ATTTCGGATGGGACT-------TTAAC-AAA
gi|37644                      :                                                                                                CAA---AC-CA-AG-CGGTCGCA--GGTTC--G--AC-C-TA----C--A-G--C---T--CCTC-------TAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTTGGGTGAGACT-------TT
gi|37645                      :                                                                                                 GA---AC-CA-AG-CGGTAGCA--GGTCC--G--AT-G-CC----A--C-A--C-------CTC-------TAA-C-T--AAA-AA---C----ACTTAT-CA---------GATGGGACT-------TAAAC-AATAAT
gi|37646                      :                                                                                                             G-GGGTCGCG--GGTTC--G--AT-T-CC----C--A-GAAC---T---GGC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTA--CAGT-TGTTTGGATGTAAAT-------TTAA
gi|37647                      :                                                                                                                 GTTGCG--GGTTC--G--AT-T-CC----CGGA-G--C---T---GGC-------TAA-C-T--AAA-AG---T----AC-TAA-CAGT-CATTCGGATGGGACT-------TTAA
gi|37648                      :                                                                                                                   CACA--GGTTC--C--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------AAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAA-CAGT-CTTTCGGATGAGAAT-------TTAACTAAAAAT
gi|37649                      :                                                                                                                   CGCATTGGTTC--G--TT-T-CC----C--C-G--G---T--CCTC-------GAA-C-T--AAA-AA---T----ACTCAT-CAGT-ATTTCAGATGAGACG-------TCAAC-AAAAAT
gi|37650                      :                                                                                                                                          ----C--C-G--C---T--CCTC-------CAG-C-T--CTA-AA---T----ACTGAT-AAGT-CTTTCGGATAAGCTT-------TTAAC-AAAAAT


blockSeqs                     :                           G       TTA TTA    GATA       CCA GTCCAGT TG       CCGCGG     TTG       CTT  A                        AC       ACCC         CAT       TCACCAC       CA      AAG AATC                           TAATAAA
blockSeqs                     :                           .       .   AA     AATT       .   GTCCAAT .        CCTTG      .         .    G                        T        GCC          .         .             A       A   C                              .      
blockSeqs                     :                           .       .   AA     AACT       .   GTCCAAT .        CCTTC      .         .    .                        .        G            .         .             .       A   .                              .      
blockSeqs                     :                           .       .   AT     ATCG       .   AT      .        CCTTA      .         .    .                        .        .            .         .             .       G   .                              .      
blockSeqs                     :                           .       .   CA     GAAA       .   A       .        ACCTT      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                           .       .   A      AA         .   A       .        CCTCG      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                           .       .   A      AA         .   C       .        CCTCT      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                   .   A      AA         .   A       .        CCTTA      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                   .   A      AC         .   A       .        TCTTG      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                   .   A      GC         .   .       .        TCTTG      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                       .      .          .   .       .        TCTTG      .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                         .   .       .        T          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        T          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        T          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        C          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        T          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        T          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                     .        C          .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
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blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
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blockSeqs                     :                                                                                         .         .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
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blockSeqs                     :                                                                                                   .    .                        .        .            .         .             .       .   .                              .      
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blockSeqs                     :                                                                                                   .    .                        .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                   .    .                        .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                   .    .                        .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                   .    .                        .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                        .                        .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                 .        .            .         .             .       .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                 .        .            .         .             .       .   .                                     
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blockSeqs                     :                                                                                                                                 .        .            .         .             .       .                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                          .            .                                                                         


blockSeqCons                  :                                       A***                                   CCTTG*****
originalCons                  :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---A--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAG----C-----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
finalCons                     :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---AA---GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAGCCTTG-----G---ACTGCGA---AC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--AT-C-CC----C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----ACTTAT-CAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT





Alignments
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Reference ( family-400 )      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGGG---A--A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GTTAAAG-CCTTGG--ACT-GCGAAC-CC-AG-GGGTCGCA--GGTTC--G--A-T----CCC---C--C-G--C---T--CCTC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----A-CTTATCAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
gi|37581                      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGAG---AC-A-GTG--A--A--AGT---GA------G--GATAAAG-T----G--ACT-TCGAAC-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--A-T----CCC---C--C-G--C---T--CCTA-------CAT-C-T--AAA-AG---T----A-CGTATCAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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gi|37583                      :             AGGGAGAGAACATA-AAAGGAG---A--AAGTG--A--A--AGT---GA------G--GATAAAG-T----G--ACT-TCGAAT-CC-AG-GAGTCGCA--GGTTC--G--A-T----TCC---C--C-G--C---T--CATA-------CAT-C-T--AAA-AA---T----A-CTTATCAGT-CTTTCGGATGAGACT-------TTAAC-AAAAAT
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gi|37625                      :                                                                                    G--ACT-GCGAAA-CA-AG-GGATCGCA--GGTTC--GACA-C----CCC---C--T-G--C---T--CATC-------CAA-C-T--AAA-AAG--T----A-CTT---AGT-CTTTCGAATAAGAC--------ATAA--AAAAAT
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gi|37645                      :                                                                                             GAAC-CA-AG-CGGTAGCA--GGTCC--G--A-T----GCC---A--C-A--C-------CTC-------TAA-C-T--AAA-AA---C----A-CTTATCA---------GATGGGACT-------TAAAC-AATAAT
gi|37646                      :                                                                                                      G-GGGTCGCG--GGTTC--G--A-T----TCC---C--A-GAAC---T---GGC-------CAA-C-T--AAA-AA---T----A-CTTA-CAGT-TGTTTGGATGTAAAT-------TTAA
gi|37647                      :                                                                                                          GTTGCG--GGTTC--G--A-T----TCC---CGGA-G--C---T---GGC-------TAA-C-T--AAA-AG---T----A-C-TAACAGT-CATTCGGATGGGACT-------TTAA
gi|37648                      :                                                                                                            CACA--GGTTC--C--A-T----CCC---C--C-G--C---T--CCTC-------AAA-C-T--AAA-AA---T----A-CTTAACAGT-CTTTCGGATGAGAAT-------TTAACTAAAAAT
gi|37649                      :                                                                                                            CGCATTGGTTC--G--T-T----TCC---C--C-G--G---T--CCTC-------GAA-C-T--AAA-AA---T----A-CTCATCAGT-ATTTCAGATGAGACG-------TCAAC-AAAAAT
gi|37650                      :                                                                                                                                      ---C--C-G--C---T--CCTC-------CAG-C-T--CTA-AA---T----A-CTGATAAGT-CTTTCGGATAAGCTT-------TTAAC-AAAAAT