lowQualScore : 0 0 5 1 222222222222 0 6
lowQualScore : . . . . ............ . .
lowQualScore : 5 9 6 7 666666666666 5 9
consensus : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
Reference ( gi|32867 ) : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32868 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32871 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32864 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32876 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTTGAACAAT
gi|32866 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32859 : AGGTACTAAATGTTTGGGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32879 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32870 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAATGGATCAAT
gi|32878 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32875 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTTGA-GTGGGTTGCACTGGGTCAAT
gi|32886 : AGGTACTAAATGTT--AGT-GGGTCTCACTGGATCAATTACAACCAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCGCTGGAACAAT
gi|32885 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCT
gi|32857 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCACTGGATCAATaaaatcaat
gi|32881 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACATACTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTTACATGAACAAT
gi|32884 : AGGTACTAAATATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACATGATCAAT
gi|32851 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32847 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32846 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32873 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32852 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAGCAATAACAA---GTCTAGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAA
gi|32880 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAACAAATCTAAAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCT
gi|32865 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTATCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TATTTGG-GTGGGTCTCACTGGATCAATaaaatcaat
gi|32869 : AGGTACTAAATGTTTGAAT-GGGTATGACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGA
gi|32848 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACCGGAACAATtaaat
gi|32845 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAGCAAT
gi|32891 : AGGAACTAAATGTTAGAAA-GGGTCTAACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAATGGATCAAT
gi|32853 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32843 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32888 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACATCAAATCTAAAGGTACTATA------------AATTTGG-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32854 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTATGA-GTGGGTTTCACTGGAACAAT
gi|32856 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACCGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTATTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32874 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGACCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAATGGATCAAT
gi|32863 : AGGTACTATATGTTTGAGT-GGGTTGCACTGGGTCAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32860 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAAT---AACAAGTCTAAAGGTACTAAA------------TGTT--A-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32890 : AGGTACTTAATGTTACAGT-GGGTCTCACGTGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAATGGATCAA
gi|32842 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCGCTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGATCAAT
gi|32877 : AGGTACTATAAATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACGAATCTAAAGGTACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCACTTGATCAAT
gi|32849 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AATAAGTCTTGATGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32850 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32893 : AGGTAATAAATATTAGATTTGGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACATGATCAAT
gi|32887 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTACA-GTGGGTCTCACGTGATCAAT
gi|32844 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-AGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGA
gi|32862 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCACTGAAACAATtgaat
gi|32861 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCACTGAAACAAT
gi|32841 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGA
gi|32895 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCACATGACCAATtgaat
gi|32896 : AGGTACTAAATGTTTGCGC-GGGTATCACTGGATCCATTACAACAAATCTGAAGTTACTAAAAGTTGGATAAAATGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAATAAT
gi|32897 : AGGTAATAAATGTAAGAGA-AGTTCTCACTGGATAGATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32840 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTTGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGA
gi|32872 : AGGTACTAAATGTTTG--T-GAGACCCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTTGGTCTCACTGGAACAATtgaat
gi|32855 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTTAC---ATGAACAATAACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGC-GCGGGTATCACTGGA
gi|32883 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCACTGGATCAATtccat
gi|32882 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCACTGGATCAAT
gi|32899 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTGAAGTTACTAAA------------AGTTAGA-
gi|32858 : AGGTACTAAATGTATGAGT-GGGTTTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGTAGTACTCAA------------TATTTGA-GTGGGTATCACTTGAACAAT
gi|32898 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32894 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAACTGGATCAAT
gi|32892 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAAT-ACA-----------------AAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32900 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCACTGGA
gi|32889 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCACTGGATCAATtaaat
gi|32916 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32901 : aaatctaaAGGTACTCAATGTTTGGGT-GGGTATCACTTGATCAATA
gi|32902 : GGTACTAAATGTTTGAGT-TGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32903 : GGTATTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AATAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTT---GTGAGACCCACTGGAACAAT
gi|32905 : GTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32904 : GTACTCAATATTTGAGT-GGGTATCACTTGAACAATTACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32907 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATGTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTATCACTGGAACAAT
gi|32908 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAACTGGATCAATTACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACATGATCAAT
gi|32910 : TACTCAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTAAA-GTGGGTCACATTGGATCAA
gi|32909 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGAACTAAA------------TGTTAGA-AAGGGTCTAACTGGATCAAT
gi|32906 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTATTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTAGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32912 : TACAAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTAATAAA------------TATTAGATTTGGGTCTCACTGGA
gi|32911 : TACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTNNNNNNNNNN-----AATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCACTGGATCAATtaaat
gi|32913 : ACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAGCAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-ATGGGTATGACTGGATCAAT
gi|32914 : TAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAAGAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCACTGGA
gi|32915 : AAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAATAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCACATGATCAATtaaat
gi|32916 : AAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAAT
gi|32885 : AGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGATCAAT
gi|32880 : AGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCACTGGAACAATaacaacaaatctaaaggtactaaatgtttgagtgggtctaaaatcaat
gi|32899 : AGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCACTGGATCAATaacaacaaatctaaagatactaaatgtttgagtgggtctaaaatcaat
gi|32901 : AGGTACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCACTTGATCAATaacaacaaatctgaagttactaaaagttaga
Alignments
lowQualScore : 0 0 5 1 222222222222 0 0 0
lowQualScore : . . . . ............ . . .
lowQualScore : 5 5 2 5 777777777777 5 5 8
consensus : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
Reference ( family-379 ) : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32840 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTTGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32841 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32842 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCGCTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32843 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32844 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-AGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32845 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAGCAAT
gi|32846 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32847 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32848 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-CGGAACAAT
gi|32849 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAATAA---GTCTTGATGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32850 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32851 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32852 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAGCAATAACAA---GTCTAGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAA
gi|32853 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32854 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTATGA-GTGGGTTTCAC-TGGAACAAT
gi|32855 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTTAC---ATGAACAATAACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGC-GCGGGTATCAC-TGGATCCAT
gi|32856 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACCGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTATTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32857 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32858 : AGGTACTAAATGTATGAGT-GGGTTTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGTAGTACTCAA------------TATTTGA-GTGGGTATCAC-TTGAACAAT
gi|32859 : AGGTACTAAATGTTTGGGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32860 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAAT---AACAAGTCTAAAGGTACTAAA------------TGTT--A-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32861 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32862 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32863 : AGGTACTATATGTTTGAGT-GGGTTGCACTGGGTCAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32864 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32865 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTATCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32866 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32867 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32868 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32869 : AGGTACTAAATGTTTGAAT-GGGTATGACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATAAAT
gi|32870 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32871 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32872 : AGGTACTAAATGTTTG--T-GAGACCCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTTGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32873 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32874 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGACCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAAT
gi|32875 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTTGA-GTGGGTTGCAC-TGGGTCAAT
gi|32876 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TTGAACAAT
gi|32877 : AGGTACTATAAATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACGAATCTAAAGGTACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TTGATCAAT
gi|32878 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32879 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32880 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAACAAATCTAAAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32881 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACATACTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTTACATGAA-CAAT
gi|32882 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32883 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32884 : AGGTACTAAATATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32885 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32886 : AGGTACTAAATGTT--AGT-GGGTCTCACTGGATCAATTACAACCAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCGC-TGGAACAAT
gi|32887 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTACA-GTGGGTCTCAC-GTGATCAAT
gi|32888 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACATCAAATCTAAAGGTACTATA------------AATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32889 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32890 : AGGTACTTAATGTTACAGT-GGGTCTCACGTGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAA
gi|32891 : AGGAACTAAATGTTAGAAA-GGGTCTAACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32892 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAAT-ACA-----------------AAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32893 : AGGTAATAAATATTAGATTTGGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32894 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32895 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGACCAAT
gi|32896 : AGGTACTAAATGTTTGCGC-GGGTATCACTGGATCCATTACAACAAATCTGAAGTTACTAAAAGTTGGATAAAATGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAATAAT
gi|32897 : AGGTAATAAATGTAAGAGA-AGTTCTCACTGGATAGATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32898 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32899 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTGAAGTTACTAAA------------AGTTAGA-
gi|32900 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32901 : AGGTACTCAATGTTTGGGT-GGGTATCACTTGATCAATA
gi|32902 : GGTACTAAATGTTTGAGT-TGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32903 : GGTATTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AATAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTT---GTGAGACCCAC-TGGAACAAT
gi|32904 : GTACTCAATATTTGAGT-GGGTATCACTTGAACAATTACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32905 : GTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32906 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTATTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTAGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32907 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATGTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTATCAC-TGGAACAAT
gi|32908 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAACTGGATCAATTACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32909 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGAACTAAA------------TGTTAGA-AAGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32910 : TACTCAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTAAA-GTGGGTCACAT-TGGATCAA
gi|32911 : TACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTNNNNNNNNNN-----AATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32912 : TACAAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTAATAAA------------TATTAGATTTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32913 : ACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAGCAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-ATGGGTATGAC-TGGATCAAT
gi|32914 : TAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAAGAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32915 : AAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAATAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32916 : AAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
Alignments
lowQualScore : 0 0 5 1 222222222222 0 0 0
lowQualScore : . . . . ............ . . .
lowQualScore : 5 5 2 5 777777777777 5 5 8
consensus : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
Reference ( family-379 ) : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32840 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTTGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32841 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32842 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCGCTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32843 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32844 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-AGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32845 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAGCAAT
gi|32846 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32847 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32848 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-CGGAACAAT
gi|32849 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAATAA---GTCTTGATGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32850 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32851 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32852 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAGCAATAACAA---GTCTAGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAA
gi|32853 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32854 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTATGA-GTGGGTTTCAC-TGGAACAAT
gi|32855 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTTAC---ATGAACAATAACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGC-GCGGGTATCAC-TGGATCCAT
gi|32856 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACCGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTATTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32857 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32858 : AGGTACTAAATGTATGAGT-GGGTTTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGTAGTACTCAA------------TATTTGA-GTGGGTATCAC-TTGAACAAT
gi|32859 : AGGTACTAAATGTTTGGGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32860 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAAT---AACAAGTCTAAAGGTACTAAA------------TGTT--A-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32861 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32862 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32863 : AGGTACTATATGTTTGAGT-GGGTTGCACTGGGTCAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32864 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32865 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTATCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32866 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32867 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32868 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32869 : AGGTACTAAATGTTTGAAT-GGGTATGACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATAAAT
gi|32870 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32871 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32872 : AGGTACTAAATGTTTG--T-GAGACCCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTTGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32873 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32874 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGACCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAAT
gi|32875 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTTGA-GTGGGTTGCAC-TGGGTCAAT
gi|32876 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TTGAACAAT
gi|32877 : AGGTACTATAAATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACGAATCTAAAGGTACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TTGATCAAT
gi|32878 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32879 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32880 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAACAAATCTAAAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32881 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACATACTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTTACATGAA-CAAT
gi|32882 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32883 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32884 : AGGTACTAAATATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32885 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32886 : AGGTACTAAATGTT--AGT-GGGTCTCACTGGATCAATTACAACCAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCGC-TGGAACAAT
gi|32887 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTACA-GTGGGTCTCAC-GTGATCAAT
gi|32888 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACATCAAATCTAAAGGTACTATA------------AATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32889 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32890 : AGGTACTTAATGTTACAGT-GGGTCTCACGTGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAA
gi|32891 : AGGAACTAAATGTTAGAAA-GGGTCTAACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32892 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAAT-ACA-----------------AAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32893 : AGGTAATAAATATTAGATTTGGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32894 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32895 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGACCAAT
gi|32896 : AGGTACTAAATGTTTGCGC-GGGTATCACTGGATCCATTACAACAAATCTGAAGTTACTAAAAGTTGGATAAAATGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAATAAT
gi|32897 : AGGTAATAAATGTAAGAGA-AGTTCTCACTGGATAGATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32898 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32899 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTGAAGTTACTAAA------------AGTTAGA-
gi|32900 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32901 : AGGTACTCAATGTTTGGGT-GGGTATCACTTGATCAATA
gi|32902 : GGTACTAAATGTTTGAGT-TGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32903 : GGTATTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AATAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTT---GTGAGACCCAC-TGGAACAAT
gi|32904 : GTACTCAATATTTGAGT-GGGTATCACTTGAACAATTACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32905 : GTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32906 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTATTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTAGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32907 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATGTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTATCAC-TGGAACAAT
gi|32908 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAACTGGATCAATTACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32909 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGAACTAAA------------TGTTAGA-AAGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32910 : TACTCAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTAAA-GTGGGTCACAT-TGGATCAA
gi|32911 : TACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTNNNNNNNNNN-----AATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32912 : TACAAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTAATAAA------------TATTAGATTTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32913 : ACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAGCAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-ATGGGTATGAC-TGGATCAAT
gi|32914 : TAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAAGAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32915 : AAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAATAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32916 : AAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
blockSeqs : C T AGTTGGATAAAA
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C T .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : T A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : G A .
blockSeqs : C A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . G .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . G .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . T .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
finalCons : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
Alignments
lowQualScore : 0 0 5 1 222222222222 0 0 0
lowQualScore : . . . . ............ . . .
lowQualScore : 5 5 2 5 777777777777 5 5 8
consensus : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
Reference ( family-379 ) : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32840 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTTGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32841 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTCAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32842 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCGCTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32843 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32844 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-AGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATGAAT
gi|32845 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAGCAAT
gi|32846 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32847 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32848 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-CGGAACAAT
gi|32849 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAATAA---GTCTTGATGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32850 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32851 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32852 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAGCAATAACAA---GTCTAGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAA
gi|32853 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32854 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTATGA-GTGGGTTTCAC-TGGAACAAT
gi|32855 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTTAC---ATGAACAATAACAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGC-GCGGGTATCAC-TGGATCCAT
gi|32856 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACCGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTATTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32857 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TGGATCAAT
gi|32858 : AGGTACTAAATGTATGAGT-GGGTTTCACTGGAACAAT---AACAAGTCTTGTAGTACTCAA------------TATTTGA-GTGGGTATCAC-TTGAACAAT
gi|32859 : AGGTACTAAATGTTTGGGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32860 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAAT---AACAAGTCTAAAGGTACTAAA------------TGTT--A-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32861 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32862 : AGGTACTCAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATGAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGTGTCTCAC-TGAAACAAT
gi|32863 : AGGTACTATATGTTTGAGT-GGGTTGCACTGGGTCAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32864 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32865 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTATCACTGGAACAATAAAAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32866 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32867 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32868 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32869 : AGGTACTAAATGTTTGAAT-GGGTATGACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTATCAC-TGGATAAAT
gi|32870 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32871 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32872 : AGGTACTAAATGTTTG--T-GAGACCCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGGGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTTGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32873 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32874 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGACCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAAT
gi|32875 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTTGA-GTGGGTTGCAC-TGGGTCAAT
gi|32876 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TTGAACAAT
gi|32877 : AGGTACTATAAATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACGAATCTAAAGGTACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTATCAC-TTGATCAAT
gi|32878 : AGGTACTTAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32879 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAAATGGATCAAAAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32880 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAACAAATCTAAAGATACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32881 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACATACTTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTTACATGAA-CAAT
gi|32882 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32883 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GTGTCTCACTGAAACAATAA----AAGTCTAAAGGAACTAAA------------TGTT--A-GTTGGTTTCAC-TGGATCAAT
gi|32884 : AGGTACTAAATATTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCAAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32885 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAA----AATCAAT
gi|32886 : AGGTACTAAATGTT--AGT-GGGTCTCACTGGATCAATTACAACCAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCGC-TGGAACAAT
gi|32887 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACATGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTTAA------------TGTTACA-GTGGGTCTCAC-GTGATCAAT
gi|32888 : AGGTACTAAATGTTAGAGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACATCAAATCTAAAGGTACTATA------------AATTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32889 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTCAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32890 : AGGTACTTAATGTTACAGT-GGGTCTCACGTGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAA-TGGATCAA
gi|32891 : AGGAACTAAATGTTAGAAA-GGGTCTAACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAA-TGGATCAAT
gi|32892 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAAT-ACA-----------------AAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32893 : AGGTAATAAATATTAGATTTGGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32894 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACATGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32895 : AGATACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAA---AATCAATAACAACAAATTTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGACCAAT
gi|32896 : AGGTACTAAATGTTTGCGC-GGGTATCACTGGATCCATTACAACAAATCTGAAGTTACTAAAAGTTGGATAAAATGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAATAAT
gi|32897 : AGGTAATAAATGTAAGAGA-AGTTCTCACTGGATAGATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32898 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32899 : AGGTACTAAATGTTTGAGT-GGGTATCACTGGATCAATAACAACAAATCTGAAGTTACTAAA------------AGTTAGA-
gi|32900 : AGGTACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTGGATCAA------------------TACTAAA------------TGTTTGG-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32901 : AGGTACTCAATGTTTGGGT-GGGTATCACTTGATCAATA
gi|32902 : GGTACTAAATGTTTGAGT-TGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32903 : GGTATTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAAT---AATAAGTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTT---GTGAGACCCAC-TGGAACAAT
gi|32904 : GTACTCAATATTTGAGT-GGGTATCACTTGAACAATTACAA---GTCTTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32905 : GTACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32906 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAACAATAACAA---GTATTGAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTAGGTCTCAC-TGGAACAAT
gi|32907 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATGTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTATCAC-TGGAACAAT
gi|32908 : TACTAAATGTTTGAGT-GGGTCTAACTGGATCAATTACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32909 : TACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAACAAATCTAAAGGAACTAAA------------TGTTAGA-AAGGGTCTAAC-TGGATCAAT
gi|32910 : TACTCAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTACTATA------------TGTTAAA-GTGGGTCACAT-TGGATCAA
gi|32911 : TACTAAATGTTATAGT-GGGTCTCACTNNNNNNNNNN-----AATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTATA-GTGGGTCTCAC-TGGATCAAT
gi|32912 : TACAAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAACAAATCTAAAGGTAATAAA------------TATTAGATTTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32913 : ACTAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATAAATAACAGCAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-ATGGGTATGAC-TGGATCAAT
gi|32914 : TAAATGTTTGGGT-GGGTCTCACTGGATCAATAACAAGAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-TGGATAAAT
gi|32915 : AAATGTTTGAGT-GGGTCTCACTGGAATAATAACAACAAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTAGA-GTGGGTCTCAC-ATGATCAAT
gi|32916 : AAATCTAAAGGTACTAAA------------TGTTTGA-GTGGGTCTCAC-TGGAACAAT