lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                 1                    
lowQualScore                  :                                                                      5          4         0  22222222222             22     777777777777777777 1111  0       22222222222222  00 6 4        0         
lowQualScore                  :                                                                      .          .         .  ...........             ..     .................. ....  .       ..............  .. . .        .         
lowQualScore                  :                                                                      6          6         5  22222222222             00     222222222222222222 0000  5       88888888888888  77 3 6        5         
consensus                     :                                                                     TACATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
Reference ( gi|51310 )        :                                                                     TGCATATAACAGTAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CTGTAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51305                      :                                                                     TACATATAACAGTAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTAATGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51307                      :                                                                     TGCACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------GAAAC-TACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGTAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51309                      :                                                                     TACACATAACAGTAGGCTCCAC-AC-----------AAAACATACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51316                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGTCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CCGGAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51304                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TGCATAT--------------AA--CAGTAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51315                      :                                                                     TACATATAACTGTAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGCTCCA-CACAAAAC
gi|51308                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGTACCA-CACAAAACC
gi|51311                      :                                                                     TACATATAACAGCTAGCTCTAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51321                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAA-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGTAGGCCCCA-CACAAAAC
gi|51326                      :                                                                     TACATATAACAGCGGGCCCCAT-AC-----------CAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGTAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51313                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTAAAT-GCATA------------------T----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51324                      :                                                                     TACATATAATAGAAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-CACAAATCC
gi|51319                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51314                      :                                                                     TACATATAACAGCATGTTCCAC-AC-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51322                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTTAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51323                      :                                                                     TACATAAAACAGCAGGCTCCTA-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51306                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAACAGGCCTCA-CACAAAAC
gi|51336                      :                                                                     TACATATAACAGCATGCTCCAC-AC-----------AAAACTTACTGAAG--CATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGTAGGCTACA-CACAAAA
gi|51325                      :                                                                     TACATAAAACAGCAGGCTACAA-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-CACAAAA
gi|51338                      :                                                                     TGCATATAACAGCAGGTCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------G----TA-TACATAC--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51327                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGTACCAC-AC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51320                      :                                                                     TACATATAACAATAGGCTCCAC-AC-----------AAAAACTACTAAAT-GCATA------------------A----TA-TACATTT--------------AA--CAGCATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51328                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCCCCAA-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TC-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51329                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAA-AC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51330                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAA-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51343                      :                                                                     TACATATAACAGTAGGCCCCAC-AC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGTTCCA-CAAAAAATC
gi|51331                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAGT-ACATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51312                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAC-AC-----------AAAAACAACTGAAATGCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51339                      :                                                                     TACACATAACCGGAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCGGGCCCCA-TAC
gi|51335                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACATACTGAAG-GCATC------------------A----TA-TACATAA--------------AA--CAGCAGGCTACA-AACAAAACC
gi|51337                      :                                                                     TACATTTAACAGCATGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATATNNNNNNNNNNATATAA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51317                      :                                                                     TACATATTATAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-AACATAT--------------AA--CAGCAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51354                      :                                                                     TACATTTAACAGTAGGCCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATT------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGCTCCG-AATAAGACC
gi|51340                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCTAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGTTTTA-CA-AAAAC
gi|51353                      :                                                                     TACATTTAACAGTCGGGCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATTT--------------AA--CAGCAGGGCCCA-CACAAAAC
gi|51350                      :                                                                     TACACATAACAACAGGCTCTAC-AA-----------AAAACATACTGAAT-GCATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGTAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51342                      :                                                                     TACATATAATAGCAGGCCCAAC-AC-----------AAAACTTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACACAATC
gi|51341                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCTCAC-GC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAACAGGCTCTA-CAAAAAAC
gi|51333                      :                                                                     TACATATAACAGTAGGCTACAC-AC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA------------------A----TT-TACATAT--------------AA--A-GCAGGCCTCA-CACAAAACC
gi|51344                      :                                                                     TACATATAACAGCATGGTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-ACATA------------------ATAATTA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGTTCCA-AACAAAAC
gi|51349                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAC-AC-----------AAATCCTACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TACATAT--------------AAAGCT---GGCCCCG-CACAAAATC
gi|51345                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGTCCCTC-AC-----------AAATCCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGGTCCA-CACAAAACC
gi|51347                      :                                                                     TACATACAACAGCATGTTCCAC-AC-----------AAAACCTACTAAAG-GCATA------------------A----TA-CACACAT--------------AA--CAGCAGGCCCTA-CACAATACC
gi|51346                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACAAAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAA--------------AA--CAGCAGGCTCCT-AACAAAACC
gi|51334                      :                                                                     TACATATACCCGCAGGCTCCAA-AC-----------AAAAACTACTGAAT-ACATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAATAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51362                      :                                                                     TACATATAACAGTAGGTCCCAC-AC-----------AAAACCCACTGTAT-GCATG------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAAGCCCCA-CA-AAAACC
gi|51352                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCATC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------G----TT-TGCATAT--------------AA--CAGCAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51348                      :                                                                     TACATATAACAGCATGTTCCAC-AC-----------AAAATCTTCTTAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCAA-CACAA
gi|51332                      :                                                                     TACATATAACAGCATGTTCCAC-AC-----------AAATACTACCGAAG-GCATA------------------A----TG-TACATAT--------------AA--CAGCTAGCTCTA-CACAAAACC
gi|51355                      :                                                                     TACATATAACAGCATGCTCCGA-AT-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA------------------A----AA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51359                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GGATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGC-CTACCAAAAAACC
gi|51358                      :                                                                     TACATATAACAACAGGCCTCAC-AC-----------AAAACTTACTGAAG-GAATA------------------G----TT-GACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-TACAAAACC
gi|51356                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGTTCTAC--C-----------AAA-CCTACTGAAG-GCACA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCAT-CACAAAAC
gi|51360                      :                                                                     TACATTTAACAGCAGGGCCCAC-AC-----------AAAACCTACCGAAG-GCATT------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51361                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCCT-AC-----------AAAACCTACTGCAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGTTCTA-C-CAAA
gi|51363                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCTCATC-AC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA------------------G----TT-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCTCA-CGCAAAACC
gi|51357                      :                                                                     TACATATAACAGCATGTTCCAC-AA-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA------------------G----TT-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCTA-CACAAAACC
gi|51364                      :                                                                     TACATATAACAGCGGGCCCCAT-ACCANNNNNNNNNNAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCGGGCCCCA-TACCAAACC
gi|51365                      :                                                                     TACACATAACAGCAGACTTCAC-AC-----------AAAACCTACTTAAT-GGATA------------------G----TA-TACATAT--------------AA--TAGCAGGCCCAA-CACAAAAC
gi|51351                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGTTTTAC-A------------AAAACTAACTGAAG-GCACA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCAT-CACAAAACC
gi|51371                      :                                                                     TACATACAACAGCATGTTCCAC-AC-----------AAAACCTACTAAAG-ACATC------------------A----TA-CACACAT--------------AA--CAGATGGCTCTA-CATAAAACC
gi|51367                      :                                                                     TACATTTAACAGCAGGGCCCAC-AC-----------AAAACATACCGAAG-GCATT------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGCATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51369                      :                                                                     TACACAAAACAGCAGGCTCTAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATAGTATATATATATATATATA----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-AACAAAAC
gi|51370                      :                                                                     TACATATAACAGCAAGCCCCAC-A------------AAAACCTAAAAAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------TA--TAGCAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51366                      :                                                                     TACATATAACAGCATGTTCCAC-AC-----------ACAATCTTCTAAAG-GCATA------------------G----TT-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCC-TACAAAACC
gi|51372                      :                                                                     TACATATAACAGCATGCTCCGA-AC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA------------------A----AA-TACATTT--------------AA--CAGTCGGGCCCA-CACAAAACC
gi|51374                      :                                                                     TACATATAACAGCATGCTCCGA-AC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA------------------A----AA-AACATTT--------------AA--CAGTAGGGCCCA-CACAAAACC
gi|51377                      :                                                                     TACATATAA-AGCAGGCCTCAC-AC-----------AAAACCTAATGAAG-GAATA------------------G----TT-GACATAT--------------AA--CTGCAGG--CCA-CACAAAA
gi|51368                      :                                                                     TACATATAACAGCAGGCCCCAA-AA-----------AAAACATACTCAAT-GCATA------------------A----TATTACATAT--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACAAA
gi|51387                      :                                                                     TACACATAACAGCAGGCCCCAA-AC-----------AAAACC
gi|51375                      :                                       ctccacacaaaacctactgaatgcataatcTACATATAACAGCAGGC-CTACCAA-----------AAAACCTACTGAAT-GCANNNNNNNNNNT---------A----CA-TACATAT--------------AA--TAGAAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51373                      :                                                                     TACACATAACAGCAGACTTCAC-AC-----------AAAACC
gi|51376                      : tacacataacagcaggctcaacacaannnnnnnnnntgttccacacaaactcttctaaaggcataataTACATATAA-AGCTGGCCCCGC-AC-----------AAAATCCACTGAAG-GCATA------------------G----TA-TCCATAA--------------AA--CAGCAGGCCTTA-CACTTAACC
gi|51379                      :                                                                       CATTTAACAGTAGGGCCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACATTT--------------AA--CAGTAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51378                      :                                                                      aCATATAACAGCAGGCCCCAT-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------G----TA-TACATAC--------------AA--CAGCATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51380                      :                                                                      aCATATAACAGCAGGCACCAC-AC-----------AAAACCTACTGATG-GCAAA------------------A----TA-TCCACAT--------------AA--CAGCAGGCTCAG-CACAAAACC
gi|51384                      :                                                                      aCACATAACAGCAGGCTCAGC-AC-----------AAAACCTATTGAAG-GCATAATATATAT----------A----TA-TATATAT--------------AA--CAGCAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51382                      :                                                                       CACATAACAGCAGGCCCTAC-AC-----------AATACCTTCTTAAG-GCATA------------------C----TA-TACACAA--------------AA--CAGCAGGCTCTA-CACAAAACC
gi|51381                      :                                                                      aCATATAACTGCAGGCCACAC-AA-----------AAAAACTACTGCAG-ACATA------------------A----TA-TACATAT--------------AC--CCGCAGGCTCCA-AACAAAA
gi|51383                      :                                                                      aCACATAACAGATGGCTCTAC-AT-----------AAAACCTTCTGAAA-GCATA------------------C----TA-TACATAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-AAAAAAAC
gi|51385                      :                                                                      aCATAAAACAGCAGGCCTTAC-AC-----------TTAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TA-TACATAT--------------AA--CAGT
gi|51386                      :                                                                        ATATAACAGCAGGCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51318                      :                                                                        ATATAACAGCAGGCACCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA------------------A----TA-TGCACAT--------------AA--CAGCAGGCTCCA-CACGAAAC
gi|51373                      :                                                                                 tatGTTCCAC-AC-----------AAACTCTTCTAAAG-GCATA------------------A----TA-TACACAT--------------AA--CAGCAGACTTCA-CACAAAACC
gi|51387                      :                                                tacacataacagcaggctcaacacaannnnnnnnnntCTCCAC-AC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA------------------A----TC-TACACAT--------------AA--CAGCAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51339                      :                                                                                                                                                      -TACACAT--------------AA--CCGGAGGCTCCA-CACAAAACC





Alignments
lowQualScore                  :             0      4444444444444444444444   0   22222222222             22     333333333 1111  0  333333333333333333     22222222222222     0         0         
lowQualScore                  :             .      ......................   .   ...........             ..     ......... ....  .  ..................     ..............     .         .         
lowQualScore                  :             5      2222222222222222222222   5   33333333333             55     666666666 0000  5  555555555555555555     88888888888888     5         5         
consensus                     : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
Reference ( family-353 )      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51304                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TG------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51305                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51306                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-CAGGCCTCA-CACAAAAC
gi|51307                      : TGCACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------GAAAC-TACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51308                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTACCA-CACAAAACC
gi|51309                      : TACACATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51310                      : TGCATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACTG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51311                      : TACATATAACAG-CTAGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51312                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAAACAACTGAAATGCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51313                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAT-GCATA---------T----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51314                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51315                      : TACATATAACTG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAAC
gi|51316                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACCG-GAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51317                      : TACATATTATAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-AA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51318                      : TATATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TG------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACGAAAC
gi|51319                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51320                      : TACATATAACAA-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51321                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAAC
gi|51322                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51323                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------CCT-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51324                      : TACATATAATAG-AAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAATCC
gi|51325                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------ACA-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAA
gi|51326                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TAC-----------CAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51327                      : TACATATAACAG-CAGGTA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51328                      : TACACATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51329                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51330                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51331                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAGT-ACATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51332                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAATACTACCGAAG-GCATA---------A----TG-TA------------------CATAT--------------AACAG-CTAGCTCTA-CACAAAACC
gi|51333                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------ACA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TT-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CAGGCCTCA-CACAAAACC
gi|51334                      : TACATATACCCG-CAGGCT----------------------CCA-AAC-----------AAAAACTACTGAAT-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-TAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51335                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATC---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTACA-AACAAAACC
gi|51336                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAA--GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTACA-CACAAAA
gi|51337                      : TACATTTAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATATNNNNNNNNNNATATAACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51338                      : TGCATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51339                      : TACACATAACCG-GAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TAC
gi|51340                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTTTA-CA-AAAAC
gi|51341                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------TCA-CGC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAA-CAGGCTCTA-CAAAAAAC
gi|51342                      : TACATATAATAG-CAGGCC----------------------CAA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACACAATC
gi|51343                      : TACATATAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CAAAAAATC
gi|51344                      : TACATATAACAG-CATGGT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-ACATA---------ATAATTA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCCA-AACAAAAC
gi|51345                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCT-CAC-----------AAATCCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGGTCCA-CACAAAACC
gi|51346                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTCCT-AACAAAACC
gi|51347                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-GCATA---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAATACC
gi|51348                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTTAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAA-CACAA
gi|51349                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAATCCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CTGGCCCCG-CACAAAATC
gi|51350                      : TACACATAACAA-CAGGCT----------------------CTA-CAA-----------AAAACATACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51351                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------TTA-CA------------AAAACTAACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAACC
gi|51352                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TG------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51353                      : TACATTTAACAGTCGGGC-----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CAGGGCCCA-CACAAAAC
gi|51354                      : TACATTTAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AATAAGACC
gi|51355                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAT-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51356                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------CTA-C-C-----------AAA-CCTACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAAC
gi|51357                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAA-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAAAACC
gi|51358                      : TACATATAACAA-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-TACAAAACC
gi|51359                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGC-CTACCAAAAAACC
gi|51360                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51361                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCC-TAC-----------AAAACCTACTGCAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCTA-C-CAAA
gi|51362                      : TACATATAACAG-TAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCCACTGTAT-GCATG---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAAGCCCCA-CA-AAAACC
gi|51363                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCTCA-CGCAAAACC
gi|51364                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TACCANNNNNNNNNNAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TACCAAACC
gi|51365                      : TACACATAACAG-CAGACT----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AATAG-CAGGCCCAA-CACAAAAC
gi|51366                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------ACAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCC-TACAAAACC
gi|51367                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51368                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAA-----------AAAACATACTCAAT-GCATA---------A----TATTA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAA
gi|51369                      : TACACAAAACAG-CAGGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TATATATATATATATATATACATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAAC
gi|51370                      : TACATATAACAG-CAAGCC----------------------CCA-CA------------AAAACCTAAAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------TATAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51371                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-ACATC---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-ATGGCTCTA-CATAAAACC
gi|51372                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATTT--------------AACAGTCGGGC-CCA-CACAAAACC
gi|51373                      : TACACATAACAG-CAGGCTCAACACAANNNNNNNNNNTGTTCCA-CAC-----------AAACTCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGACTTCA-CACAAAACC
gi|51374                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-AA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGGCCCA-CACAAAACC
gi|51375                      : TACATATAACAG-CAGGC-----------------------CTACCAA-----------AAAACCTACTGAAT-GCANNNNNNNNNNTA----CA-TA------------------CATAT--------------AATAG-AAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51376                      : TACATATAA-AG-CTGGCC----------------------CCG-CAC-----------AAAATCCACTGAAG-GCATA---------G----TA-TC------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCCTTA-CACTTAACC
gi|51377                      : TACATATAA-AG-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACTG-CAGG--CCA-CACAAAA
gi|51378                      :  ACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-TAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51379                      :  ACATTTAACAG-TAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51380                      :  ACATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGATG-GCAAA---------A----TA-TC------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAG-CACAAAACC
gi|51381                      :  ACATATAACTG-CAGGCC----------------------ACA-CAA-----------AAAAACTACTGCAG-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------ACCCG-CAGGCTCCA-AACAAAA
gi|51382                      :  ACACATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AATACCTTCTTAAG-GCATA---------C----TA-TA------------------CACAA--------------AACAG-CAGGCTCTA-CACAAAACC
gi|51383                      :  ACACATAACAG-ATGGCT----------------------CTA-CAT-----------AAAACCTTCTGAAA-GCATA---------C----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AAAAAAAC
gi|51384                      :   CACATAACAG-CAGGCT----------------------CAG-CAC-----------AAAACCTATTGAAG-GCATAATATATAT-A----TA-TA------------------TATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51385                      :   CATAAAACAG-CAGGCC----------------------TTA-CAC-----------TTAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TA
gi|51386                      :    ATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51387                      :                  CT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC





Alignments
lowQualScore                  :             0      4444444444444444444444   0   22222222222             22     333333333 1111  0  333333333333333333     22222222222222     0         0         
lowQualScore                  :             .      ......................   .   ...........             ..     ......... ....  .  ..................     ..............     .         .         
lowQualScore                  :             5      2222222222222222222222   5   33333333333             55     666666666 0000  5  555555555555555555     88888888888888     5         5         
consensus                     : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
Reference ( family-353 )      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51304                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TG------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51305                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51306                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-CAGGCCTCA-CACAAAAC
gi|51307                      : TGCACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------GAAAC-TACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51308                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTACCA-CACAAAACC
gi|51309                      : TACACATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51310                      : TGCATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACTG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51311                      : TACATATAACAG-CTAGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51312                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAAACAACTGAAATGCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51313                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAT-GCATA---------T----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51314                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51315                      : TACATATAACTG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAAC
gi|51316                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACCG-GAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51317                      : TACATATTATAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-AA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51318                      : TATATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TG------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACGAAAC
gi|51319                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51320                      : TACATATAACAA-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51321                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAAC
gi|51322                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51323                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------CCT-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51324                      : TACATATAATAG-AAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAATCC
gi|51325                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------ACA-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAA
gi|51326                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TAC-----------CAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51327                      : TACATATAACAG-CAGGTA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51328                      : TACACATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51329                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51330                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51331                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAGT-ACATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51332                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAATACTACCGAAG-GCATA---------A----TG-TA------------------CATAT--------------AACAG-CTAGCTCTA-CACAAAACC
gi|51333                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------ACA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TT-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CAGGCCTCA-CACAAAACC
gi|51334                      : TACATATACCCG-CAGGCT----------------------CCA-AAC-----------AAAAACTACTGAAT-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-TAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51335                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATC---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTACA-AACAAAACC
gi|51336                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAA--GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTACA-CACAAAA
gi|51337                      : TACATTTAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATATNNNNNNNNNNATATAACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51338                      : TGCATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51339                      : TACACATAACCG-GAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TAC
gi|51340                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTTTA-CA-AAAAC
gi|51341                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------TCA-CGC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAA-CAGGCTCTA-CAAAAAAC
gi|51342                      : TACATATAATAG-CAGGCC----------------------CAA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACACAATC
gi|51343                      : TACATATAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CAAAAAATC
gi|51344                      : TACATATAACAG-CATGGT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-ACATA---------ATAATTA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCCA-AACAAAAC
gi|51345                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCT-CAC-----------AAATCCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGGTCCA-CACAAAACC
gi|51346                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTCCT-AACAAAACC
gi|51347                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-GCATA---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAATACC
gi|51348                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTTAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAA-CACAA
gi|51349                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAATCCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CTGGCCCCG-CACAAAATC
gi|51350                      : TACACATAACAA-CAGGCT----------------------CTA-CAA-----------AAAACATACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51351                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------TTA-CA------------AAAACTAACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAACC
gi|51352                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TG------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51353                      : TACATTTAACAGTCGGGC-----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CAGGGCCCA-CACAAAAC
gi|51354                      : TACATTTAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AATAAGACC
gi|51355                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAT-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51356                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------CTA-C-C-----------AAA-CCTACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAAC
gi|51357                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAA-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAAAACC
gi|51358                      : TACATATAACAA-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-TACAAAACC
gi|51359                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGC-CTACCAAAAAACC
gi|51360                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51361                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCC-TAC-----------AAAACCTACTGCAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCTA-C-CAAA
gi|51362                      : TACATATAACAG-TAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCCACTGTAT-GCATG---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAAGCCCCA-CA-AAAACC
gi|51363                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCTCA-CGCAAAACC
gi|51364                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TACCANNNNNNNNNNAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TACCAAACC
gi|51365                      : TACACATAACAG-CAGACT----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AATAG-CAGGCCCAA-CACAAAAC
gi|51366                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------ACAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCC-TACAAAACC
gi|51367                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51368                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAA-----------AAAACATACTCAAT-GCATA---------A----TATTA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAA
gi|51369                      : TACACAAAACAG-CAGGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TATATATATATATATATATACATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAAC
gi|51370                      : TACATATAACAG-CAAGCC----------------------CCA-CA------------AAAACCTAAAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------TATAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51371                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-ACATC---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-ATGGCTCTA-CATAAAACC
gi|51372                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATTT--------------AACAGTCGGGC-CCA-CACAAAACC
gi|51373                      : TACACATAACAG-CAGGCTCAACACAANNNNNNNNNNTGTTCCA-CAC-----------AAACTCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGACTTCA-CACAAAACC
gi|51374                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-AA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGGCCCA-CACAAAACC
gi|51375                      : TACATATAACAG-CAGGC-----------------------CTACCAA-----------AAAACCTACTGAAT-GCANNNNNNNNNNTA----CA-TA------------------CATAT--------------AATAG-AAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51376                      : TACATATAA-AG-CTGGCC----------------------CCG-CAC-----------AAAATCCACTGAAG-GCATA---------G----TA-TC------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCCTTA-CACTTAACC
gi|51377                      : TACATATAA-AG-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACTG-CAGG--CCA-CACAAAA
gi|51378                      :  ACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-TAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51379                      :  ACATTTAACAG-TAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51380                      :  ACATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGATG-GCAAA---------A----TA-TC------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAG-CACAAAACC
gi|51381                      :  ACATATAACTG-CAGGCC----------------------ACA-CAA-----------AAAAACTACTGCAG-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------ACCCG-CAGGCTCCA-AACAAAA
gi|51382                      :  ACACATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AATACCTTCTTAAG-GCATA---------C----TA-TA------------------CACAA--------------AACAG-CAGGCTCTA-CACAAAACC
gi|51383                      :  ACACATAACAG-ATGGCT----------------------CTA-CAT-----------AAAACCTTCTGAAA-GCATA---------C----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AAAAAAAC
gi|51384                      :   CACATAACAG-CAGGCT----------------------CAG-CAC-----------AAAACCTATTGAAG-GCATAATATATAT-A----TA-TA------------------TATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51385                      :   CATAAAACAG-CAGGCC----------------------TTA-CAC-----------TTAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TA
gi|51386                      :    ATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51387                      :                  CT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC


blockSeqs                     :                    CAACACAANNNNNNNNNNTGTT       CANNNNNNNNN             AT     NNNNNNNNT TAAT     TATATATATATATATATA     NNNNNNNNNNATAT
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      ATATATAT  .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       A      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       G      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       T      .         .        .                      .             
blockSeqs                     :                    .                            .                       .      .         .        .                      .             


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
finalCons                     : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC





Alignments
lowQualScore                  :             0      4444444444444444444444   0   22222222222             22     333333333 1111  0  333333333333333333     22222222222222     0         0         
lowQualScore                  :             .      ......................   .   ...........             ..     ......... ....  .  ..................     ..............     .         .         
lowQualScore                  :             5      2222222222222222222222   5   33333333333             55     666666666 0000  5  555555555555555555     88888888888888     5         5         
consensus                     : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
Reference ( family-353 )      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51304                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TG------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51305                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51306                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-CAGGCCTCA-CACAAAAC
gi|51307                      : TGCACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------GAAAC-TACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51308                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTACCA-CACAAAACC
gi|51309                      : TACACATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51310                      : TGCATATAACAG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACTG-TAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51311                      : TACATATAACAG-CTAGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51312                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAAACAACTGAAATGCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51313                      : TACATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAT-GCATA---------T----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51314                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51315                      : TACATATAACTG-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAAC
gi|51316                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACCG-GAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51317                      : TACATATTATAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TA-AA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51318                      : TATATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TG------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACGAAAC
gi|51319                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51320                      : TACATATAACAA-TAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAAACTACTAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51321                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAAC
gi|51322                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51323                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------CCT-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51324                      : TACATATAATAG-AAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAATCC
gi|51325                      : TACATAAAACAG-CAGGCT----------------------ACA-AAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-CACAAAA
gi|51326                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TAC-----------CAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-TAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51327                      : TACATATAACAG-CAGGTA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCAACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51328                      : TACACATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51329                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CATGCTCCA-CACAAAACC
gi|51330                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAATC
gi|51331                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAGT-ACATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC
gi|51332                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAATACTACCGAAG-GCATA---------A----TG-TA------------------CATAT--------------AACAG-CTAGCTCTA-CACAAAACC
gi|51333                      : TACATATAACAG-TAGGCT----------------------ACA-CAC-----------AAAAACTACTGAAT-GCATA---------A----TT-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CAGGCCTCA-CACAAAACC
gi|51334                      : TACATATACCCG-CAGGCT----------------------CCA-AAC-----------AAAAACTACTGAAT-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAA-TAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51335                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACTGAAG-GCATC---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTACA-AACAAAACC
gi|51336                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAA--GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGCTACA-CACAAAA
gi|51337                      : TACATTTAACAG-CATGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATATNNNNNNNNNNATATAACAG-CAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51338                      : TGCATATAACAG-CAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51339                      : TACACATAACCG-GAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TAC
gi|51340                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTTTA-CA-AAAAC
gi|51341                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------TCA-CGC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAA-CAGGCTCTA-CAAAAAAC
gi|51342                      : TACATATAATAG-CAGGCC----------------------CAA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACACAATC
gi|51343                      : TACATATAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CAAAAAATC
gi|51344                      : TACATATAACAG-CATGGT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-ACATA---------ATAATTA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCCA-AACAAAAC
gi|51345                      : TACATATAACAG-CAGGTC----------------------CCT-CAC-----------AAATCCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGGTCCA-CACAAAACC
gi|51346                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCTCCT-AACAAAACC
gi|51347                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-GCATA---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAATACC
gi|51348                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAATCTTCTTAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAA-CACAA
gi|51349                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAATCCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AA-AG-CTGGCCCCG-CACAAAATC
gi|51350                      : TACACATAACAA-CAGGCT----------------------CTA-CAA-----------AAAACATACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51351                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------TTA-CA------------AAAACTAACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAACC
gi|51352                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TG------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTCCCA-CACAAAACC
gi|51353                      : TACATTTAACAGTCGGGC-----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-CAGGGCCCA-CACAAAAC
gi|51354                      : TACATTTAACAG-TAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AATAAGACC
gi|51355                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAT-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51356                      : TACATATAACAG-CAGGTT----------------------CTA-C-C-----------AAA-CCTACTGAAG-GCACA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAT-CACAAAAC
gi|51357                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAA-----------AAAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCTA-CACAAAACC
gi|51358                      : TACATATAACAA-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACTTACTGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-TACAAAACC
gi|51359                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGC-CTACCAAAAAACC
gi|51360                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51361                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCC-TAC-----------AAAACCTACTGCAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGTTCTA-C-CAAA
gi|51362                      : TACATATAACAG-TAGGTC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCCACTGTAT-GCATG---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAAGCCCCA-CA-AAAACC
gi|51363                      : TACACATAACAG-CAGGCT----------------------CAT-CAC-----------AAAACTTACTGAAT-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCTCA-CGCAAAACC
gi|51364                      : TACATATAACAG-CGGGCC----------------------CCA-TACCANNNNNNNNNNAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CGGGCCCCA-TACCAAACC
gi|51365                      : TACACATAACAG-CAGACT----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTACTTAAT-GGATA---------G----TA-TA------------------CATAT--------------AATAG-CAGGCCCAA-CACAAAAC
gi|51366                      : TACATATAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------ACAATCTTCTAAAG-GCATA---------G----TT-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCC-TACAAAACC
gi|51367                      : TACATTTAACAG-CAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACATACCGAAG-GCATT---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CATGCTCCG-AACAAGACC
gi|51368                      : TACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-AAA-----------AAAACATACTCAAT-GCATA---------A----TATTA------------------CATAT--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAA
gi|51369                      : TACACAAAACAG-CAGGCT----------------------CTA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------G----TA-TATATATATATATATATATACATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAAC
gi|51370                      : TACATATAACAG-CAAGCC----------------------CCA-CA------------AAAACCTAAAAAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------TATAG-CAGGCTCCA-CACAAAA
gi|51371                      : TACATACAACAG-CATGTT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTAAAG-ACATC---------A----TA-CA------------------CACAT--------------AACAG-ATGGCTCTA-CATAAAACC
gi|51372                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-TA------------------CATTT--------------AACAGTCGGGC-CCA-CACAAAACC
gi|51373                      : TACACATAACAG-CAGGCTCAACACAANNNNNNNNNNTGTTCCA-CAC-----------AAACTCTTCTAAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGACTTCA-CACAAAACC
gi|51374                      : TACATATAACAG-CATGCT----------------------CCG-AAC-----------AAGACCTACTGGAT-GCATA---------A----AA-AA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGGCCCA-CACAAAACC
gi|51375                      : TACATATAACAG-CAGGC-----------------------CTACCAA-----------AAAACCTACTGAAT-GCANNNNNNNNNNTA----CA-TA------------------CATAT--------------AATAG-AAGGCTCCA-CACAAAACC
gi|51376                      : TACATATAA-AG-CTGGCC----------------------CCG-CAC-----------AAAATCCACTGAAG-GCATA---------G----TA-TC------------------CATAA--------------AACAG-CAGGCCTTA-CACTTAACC
gi|51377                      : TACATATAA-AG-CAGGCC----------------------TCA-CAC-----------AAAACCTAATGAAG-GAATA---------G----TT-GA------------------CATAT--------------AACTG-CAGG--CCA-CACAAAA
gi|51378                      :  ACATATAACAG-CAGGCC----------------------CCA-TAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------G----TA-TA------------------CATAC--------------AACAG-CATGTTCCA-CACAAAACC
gi|51379                      :  ACATTTAACAG-TAGGGC----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CATTT--------------AACAG-TAGGCCCCA-CACAAAACC
gi|51380                      :  ACATATAACAG-CAGGCA----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGATG-GCAAA---------A----TA-TC------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCAG-CACAAAACC
gi|51381                      :  ACATATAACTG-CAGGCC----------------------ACA-CAA-----------AAAAACTACTGCAG-ACATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------ACCCG-CAGGCTCCA-AACAAAA
gi|51382                      :  ACACATAACAG-CAGGCC----------------------CTA-CAC-----------AATACCTTCTTAAG-GCATA---------C----TA-TA------------------CACAA--------------AACAG-CAGGCTCTA-CACAAAACC
gi|51383                      :  ACACATAACAG-ATGGCT----------------------CTA-CAT-----------AAAACCTTCTGAAA-GCATA---------C----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AAAAAAAC
gi|51384                      :   CACATAACAG-CAGGCT----------------------CAG-CAC-----------AAAACCTATTGAAG-GCATAATATATAT-A----TA-TA------------------TATAT--------------AACAG-CAGGCACCA-CACAAAACC
gi|51385                      :   CATAAAACAG-CAGGCC----------------------TTA-CAC-----------TTAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TA-TA------------------CATAT--------------AACAG-TA
gi|51386                      :    ATATAACAG-CAGGCT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAG-GCATA---------A----TA-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCTCCA-CACAAAAC
gi|51387                      :                  CT----------------------CCA-CAC-----------AAAACCTACTGAAT-GCATA---------A----TC-TA------------------CACAT--------------AACAG-CAGGCCCCA-AACAAAACC