lowQualScore : 11
lowQualScore : 7 1 0 2 0 0 000 00 0 000 0 888888888888 11 444444444 0000 11 00 0 00 11111 00 33 00 00
lowQualScore : . . . . . . ... .. . ... . ............ .. ......... .... .. .. . .. ..... .. .. .. ..
lowQualScore : 7 0 4 2 9 4 888 66 4 888 4 999999999999 44 111111111 9999 11 66 4 66 77777 66 44 77 77
consensus : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Reference ( gi|3831 ) : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3761 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TT---------T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3767 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A--T-T---T-T-------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--CAAAGTCC
gi|3762 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T---T---T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3759 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---TGT--C--TG----G----TT----TTT--ATGCATAT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3771 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-------T----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCGCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3784 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-TGC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATAACGCACAA-----AT--G--AA--A--TAAAGTCC
gi|3756 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT----A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3774 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----G--TG----TGA--TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3832 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGAGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3783 : TGTA-G-G-A-TTA-AA-CTC---A--G-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3757 : atTATA-G-C-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3775 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A----T---T-T-T-T---T----C--TGT---T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ACCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3833 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-TTT---A--T-T---T-TTT-T---T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAT-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3777 : TATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T---T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3779 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----G----TT----TTT--ATGTATGT--ATAAAGAATGTT-TA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3758 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A--A-T---T-T-T-T--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3773 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-AAC---A--T-T---T-TTT-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3834 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---G-T-T-T---T----C--TGGGTTT----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGATTGTC-GA--ATCACGCACAG-----AT--C--AA--A---AAAGTCC
gi|3764 : TATA-G-G-A-TCA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAGTGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3770 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3788 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TGGG--TG---TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3769 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACGA-----AT--C--AA--A--TGAAGACC
gi|3781 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T--------C--TGGG--T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACACCCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3785 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--G-T---T-TAT-T---T----G--TG---------TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--GA--A--TAAAGTC
gi|3772 : atTATG-G-G-A-TTT-AA-ATC---A--T-T---T-T-T-G--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGCGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3790 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----T--TG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GAAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--TGTCA--TAAAGTCC
gi|3794 : atTATA-G-G-A-TT--AA-TTC---A--T-T---T-T-TGT---T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAATGTC
gi|3778 : atTATA-T-G-A-TTT-AA-TTC--------T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3792 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTCTTTA--T-T---T-T-TCT---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3799 : atTATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----CC-TG----T----TT----TTTTAATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3763 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-ATC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3766 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---T-T---T---T----C--TG----T----TT----TTG--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TCAAGTCC
gi|3823 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---TTTTGC--TG----T----TT----CCT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAC-----GT--C--TA--A--TAAATTCC
gi|3791 : tTATA-G-G-A-TTA-A--TTT---A--A-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATCT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3765 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--
gi|3786 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-ATC---A--T-T---T-T-T-G---T----T--TG----T----TT----TT---ATGAATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACGCAA-----AT--C--GA--A--TGAAGTCC
gi|3789 : atTATA-C-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---T-T-T----------C--TG----G----TT----TT---ATGTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3782 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTT---A--T-T---G-T-T-T---T----C--GG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----CT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3807 : atTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TA----TCTTTTT----TTT--TTTTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3800 : atTATA-G-G-A-TTA-AG-TTC---A--T-T---T-T---T---T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTGAAGAATGTT-GA--ATCACGC-CGT-----TT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3780 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TTT---AATT-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCACGT--GTTAAGAATGCC-GA--ATCACGGACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3837 : atTATA-G-G-A-TGA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-TA--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTTAAGAATGTC-AA--ACCACTCAAAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTC
gi|3805 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG-----------------------CATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCATGCAAAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3795 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-ATT---A--T-T---T-G-T-T--------C--TA----T----TT----TTT--AAGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAA-TCC
gi|3824 : atTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A--T-TAAAT-C-T-A---T----T--T-----T----TT----TTT--GTGCATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3796 : tTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-C-T---C----T--TG----T----TT----TC---ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3797 : atTATA-G-G-A-TTT-AA-T-----A--T-T---A-T-T-A---T-------------T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAACGTCC
gi|3793 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---A-T-T-T---G-------TG----T----TT----TTT--GCGCATGT--GTAAAGAAAGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3810 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-C---T-G-T-T---T----C--TA----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGAC-GA--ATCAAGCACAA-----GT--C--
gi|3835 : atTATA-G-G-A-TTA---------------------T-T-T---T----C--TG----T----TT----T----ATGCATGT--GTAAAGGATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAA
gi|3776 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TT-------T-T---T-T-T-T---T----C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACG-ACA
gi|3803 : atTAGA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-----------------------CG---------------TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--T--TAAAGTCC
gi|3806 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TAA---A---------------AAAT----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATATT-GA--ATCACGAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3804 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---G-T-G-T---T----C--TG----A----CT----TTT--ATACATGT--GTAAAGAAAATC-AA--ATCATGCACAA-----AC--T--GA--A--TAAAGTCC
gi|3811 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TA----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATGTC-GA--AACACGCACAG-----A
gi|3836 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----G----TT----TCT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACGC
gi|3828 : TATA-G-G-A-TTT-AC-TTC---A--T-T---T-T-T-T---TT---C--TG----T----TT---------ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-CA--AT----CACAA-----AT--C--AA--A--TAAAATCC
gi|3825 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A--T-T---T-T------------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3760 : tTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A--A-T---T-T-T----------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGGATGTC-AA--ATCACGAATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3826 : atTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A--T-T---T-T------------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GAAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3809 : tTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-A---T-T-T----------CA-GG----G----TT----TGT--GTGCATGT--GTAAAGAATGTC-GC--ATTAGGCACAA-----AT--C--AA--A--T
gi|3801 : atTATAAG-G-A-TTA---------------T---T-T-C-T---T----C--TG----G----TT----TTC--ATGTATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAAAT---AT--G--AC--A--TCAAGTCC
gi|3814 : atTATA-A-GTA-TTA-AA-TTC---A--T-A---T-T-T-T---T--------G----T----TT----T-T--ATGCATGA--GTAAATAATGTG-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGT
gi|3817 : atTATA-A-G-A-TTG-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----T----TT----TTA--A-GCATGT--GGACAGAATGCCTGA--GT-ACGCACAA-----AT--C--GA--A--TGAAG
gi|3818 : atTATAAG-G-A-TGA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAACAATGTC-TA--ATCGCG
gi|3768 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TGC---A--T-T---T-T-------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GG--A
gi|3816 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----A----TT----GTG--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCA
gi|3819 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A--T-T---T-T-G-A---T----C--TG----T----TT----TT---GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCA
gi|3815 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-CTA---T--T-T---T-T-T-T---T----C--T-----T----TT----GTT--ATGCATGA--ATATAGAATGAT-GA--ATCATGCATAA-----AT--G--GA--A--TCAAATCC
gi|3821 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A--A-T---T-T-T-T---C----C--T-----C----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAA-G---GA--ATC
gi|3822 : atTATAAG-G-A-TTA-GA-T-C---A--T-T---T-T-T-------------------------------------GCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCATAA-----AT--TTGAC--A--TAAA
gi|3820 : atTATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---G-C-T-T---A----T--GG----T----------------TGTATGT--GTCAGGAACATC-GAATATCACACACAC-----AT--C--GA--A--CAAAGTTC
gi|3839 : atATA-G-A-A-TTA-AA-TTA---A--T-T---T-T-T-T---TT---C--TG----A----CT----TTT--GTACATGT--GTAAAGAATGTC-AT--ATCACATACAA-----AT--T--AC--A--TAA
gi|3838 : ATA-T-G-A-TTG-AA-T-----A--TAT---T-T-T-T---T----C--AG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCAAAA-----AT--T--GA--A--TAAGGT
gi|3830 : ATA-G-G-A-TTA-AT-CTC---A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----T----TT----TTTTTATACATGT--GTAAAGAGTGCC-AA--ATCAATTACAA-----AC--C--
gi|3827 : tcATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---T--T-T---T-T-T-T---TT---C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAGGAATGTC-
gi|3812 : tcTA-G-G-A-TGA-AA-TAC---A--T-T---T-T---T---T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATCTC-GA--ATCACTTAAAC-----AT--C--AA--A---AAAGTTC
gi|3813 : atttTA-G-G-A-TCA-AA-TTC---G--T-T---C-T-T----------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATAT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACGTACAA-----AT--
gi|3808 : attacttA-A-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-C---T-------TG----T----TT----TT---ATGTATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGTTC
gi|3840 : attaatagaA-G-G-T-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----CCCTG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-G
gi|3841 : A-G-G-A-TTA-AA-TTT---A--T-T---T-T-T-T--------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAG-ATGTC-CA--A
gi|3842 : -G-G-A-TTT-AA-TTC---A--T-T---T-T-T-T---G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--
gi|3843 : -G-G-A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----T----TT----T----ATGCCTGT--GTAAACA-TGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TGAAATCC
gi|3844 : -G-A-TTT-AT-TTC---A--T-T---T-T-T-T---T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATTG--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCTCAA-----AT--C--
gi|3798 : -A-TTATAA-TTC---T--T-T---T-TTT-T---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATGACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3787 : -A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T---------------------------------TT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-CA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3846 : actataaca-A-TTATAG-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----T----TT----TAT---TG-ATGT--GTAAAGAATGTC-GT--GTCACACACAA-----AT--C---A--T--TAAAATC
gi|3847 : -A-TTA-AAATTC---A--T-T---T-TGT-C---T----A--TG----T----TCAAAGTTT--GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAT-----AT--C--
gi|3845 : -A-TTA-AA-TTC---A--T-T---T-T-T----------C--TG----A----AT----TTT--ATGCATGT--GCAATTAATGTC-CA--ATCACGCTCAA-----A
gi|3829 : -AA-TTA---A--T-C---TAT-T-T---T----C--TG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCAGTCACAA-----AT--C--
gi|3849 : ttaagA-TTT---A--T-T---T-T-T-TCT-T----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GCAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAACTAATAT--C--AG--A--TAA
gi|3851 : -T-T-T---T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAGGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTTCC--A--TAAAGTCC
gi|3850 : -T-T-T---T----T--TG----G----TT----TAT--GTGCATATATGTAAAGAATGTT-GA--ATCACACACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3802 : ---T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3848 : attataggattaaaaaagaaaa----C--TG----T----TT----TT---ATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----ATGCT--AC--A--TAAAATC
gi|3852 : aatttatacc----T----TT----TTT---TGCACGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTTAC--A--TAAAATCC
gi|3855 : ----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACAC-----AT--T--TA--ATTTAAAGTC
gi|3854 : ----TTT--ATACATGT--GTAAAG-ATGTC-GA--ATAGCACACAC-----AT--CTGAG--A--TAAAGTC
gi|3857 : ATGG--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGTACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 7 0 0 2 0 0 000 111 0 000 0 88888888888 11 444444444 0000 11 00 0 00 11111 00 33 00 00
lowQualScore : . . . . . . ... ... . ... . ........... .. ......... .... .. .. . .. ..... .. .. .. ..
lowQualScore : 6 9 4 2 9 4 888 444 4 888 4 33333333333 44 000000000 9999 11 66 4 66 77777 66 33 77 77
consensus : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Reference ( family-300 ) : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3756 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TT----A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3757 : atTATA-G-C-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3758 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3759 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TGT--C--TG----G----TT----TTT--ATGCATAT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3760 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGGATGTC-AA--ATCACGAATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3761 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT----------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3762 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3763 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3764 : atTATA-G-G-A-TCA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAGTGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3765 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--
gi|3766 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTG--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TCAAGTCC
gi|3767 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--CAAAGTCC
gi|3768 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GG--A
gi|3769 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACGA-----AT--C--AA--A--TGAAGACC
gi|3770 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3771 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCGCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3772 : atTATG-G-G-A-TTT-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGCGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3773 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-AAC---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3774 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----G--TG----TGA--TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3775 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A-----T---T-T-T-T--T----C--TGT---T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ACCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3776 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT--------T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACG-ACA
gi|3777 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3778 : atTATA-T-G-A-TTT-AA-TTC---------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3779 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGTATGT--ATAAAGAATGTT-TA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3780 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TTT---AAT-T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCACGT--GTTAAGAATGCC-GA--ATCACGGACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3781 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TGGG--T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACACCCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3782 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---G-T-T-T--T----C--GG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----CT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3783 : atTGTA-G-G-A-TTA-AA-CTC---A---G-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3784 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATAACGCACAA-----AT--G--AA--A--TAAAGTCC
gi|3785 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---G-T---T-TAT-T--T----G--TG---------TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--GA--A--TAAAGTC
gi|3786 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G--T----T--TG----T----TT----TT---ATGAATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACGCAA-----AT--C--GA--A--TGAAGTCC
gi|3787 : at-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T--------------------------------TT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-CA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3788 : actataacaTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TGGG--TG---TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3789 : atTATA-C-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TT---ATGTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3790 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GAAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--TGTCA--TAAAGTCC
gi|3791 : atTATA-G-G-A-TTA-A--TTT---A---A-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATCT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3792 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTCTTTA---T-T---T-T-TCT--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3793 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---A-T-T-T--G-------TG----T----TT----TTT--GCGCATGT--GTAAAGAAAGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3794 : atTATA-G-G-A-TT--AA-TTC---A---T-T---T-T-TGT--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAATGTC
gi|3795 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-ATT---A---T-T---T-G-T-T-------C--TA----T----TT----TTT--AAGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAA-TCC
gi|3796 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-C-T--C----T--TG----T----TT----TC---ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3797 : atTATA-G-G-A-TTT-AA-T-----A---T-T---A-T-T-A--T-------------T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAACGTCC
gi|3798 : at-A-TTATAA-TTC---T---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATGACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3799 : TATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CC-TG----T----TT----TTTTAATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3800 : atTATA-G-G-A-TTA-AG-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTGAAGAATGTT-GA--ATCACGC-CGT-----TT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3801 : atTATAAG-G-A-TTA----------------T---T-T-C-T--T----C--TG----G----TT----TTC--ATGTATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAAAT---AT--G--AC--A--TCAAGTCC
gi|3802 : at--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3803 : attataggattaaaaaagaaaaTAGA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T----------------------CG---------------TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--T--TAAAGTCC
gi|3804 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---G-T-G-T--T----C--TG----A----CT----TTT--ATACATGT--GTAAAGAAAATC-AA--ATCATGCACAA-----AC--T--GA--A--TAAAGTCC
gi|3805 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG-----------------------CATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCATGCAAAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3806 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TAA---AAAAT-------------------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATATT-GA--ATCACGAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3807 : atTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TA----TCTTTTT----TTT--TTTTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3808 : atA-A-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-C--T-------TG----T----TT----TT---ATGTATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGTTC
gi|3809 : attaatagaTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T---------CA-GG----G----TT----TGT--GTGCATGT--GTAAAGAATGTC-GC--ATTAGGCACAA-----AT--C--AA--A--T
gi|3810 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-C---T-G-T-T--T----C--TA----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGAC-GA--ATCAAGCACAA-----GT--C--
gi|3811 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TA----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATGTC-GA--AACACGCACAG-----A
gi|3812 : atTA-G-G-A-TGA-AA-TAC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATCTC-GA--ATCACTTAAAC-----AT--C--AA--A---AAAGTTC
gi|3813 : atttTA-G-G-A-TCA-AA-TTC---G---T-T---C-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATAT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACGTACAA-----AT--
gi|3814 : attacttTATA-A-GTA-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T-T--T--------G----T----TT----T-T--ATGCATGA--GTAAATAATGTG-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGT
gi|3815 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-CTA---T---T-T---T-T-T-T--T----C--T-----T----TT----GTT--ATGCATGA--ATATAGAATGAT-GA--ATCATGCATAA-----AT--G--GA--A--TCAAATCC
gi|3816 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----TT----GTG--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCA
gi|3817 : atTATA-A-G-A-TTG-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TTA--A-GCATGT--GGACAGAATGCCTGA--GT-ACGCACAA-----AT--C--GA--A--TGAAG
gi|3818 : atTATAAG-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAACAATGTC-TA--ATCGCG
gi|3819 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-G-A--T----C--TG----T----TT----TT---GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCA
gi|3820 : atTATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-C-T-T--A----T--GG----T----------------TGTATGT--GTCAGGAACATC-GAATATCACACACAC-----AT--C--GA--A--CAAAGTTC
gi|3821 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T--C----C--T-----C----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAA-G---GA--ATC
gi|3822 : atTATAAG-G-A-TTA-GA-T-C---A---T-T---T-T-T------------------------------------GCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCATAA-----AT--TTGAC--A--TAAA
gi|3823 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TTTTGC--TG----T----TT----CCT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAC-----GT--C--TA--A--TAAATTCC
gi|3824 : tTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-TAAAT-C-T-A--T----T--T-----T----TT----TTT--GTGCATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3825 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3826 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GAAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3827 : tATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---T---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAGGAATGTC-
gi|3828 : tcTATA-G-G-A-TTT-AC-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----T----TT---------ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-CA--AT----CACAA-----AT--C--AA--A--TAAAATCC
gi|3829 : t-AA-TTA---A---T-C---TAT-T-T--T----C--TG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCAGTCACAA-----AT--C--
gi|3830 : ttaagATA-G-G-A-TTA-AT-CTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----TTTTTATACATGT--GTAAAGAGTGCC-AA--ATCAATTACAA-----AC--C--
gi|3831 : tcTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3832 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGAGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3833 : TAAA-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAT-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3834 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-T-T-T--T----C--TGGGTTT----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGATTGTC-GA--ATCACGCACAG-----AT--C--AA--A---AAAGTCC
gi|3835 : TATA-G-G-A-TTA----------------------T-T-T--T----C--TG----T----TT----T----ATGCATGT--GTAAAGGATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAA
gi|3836 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TCT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACGC
gi|3837 : TATA-G-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-TA-T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTTAAGAATGTC-AA--ACCACTCAAAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTC
gi|3838 : ATA-T-G-A-TTG-AA-T-----A---TAT---T-T-T-T--T----C--AG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCAAAA-----AT--T--GA--A--TAAGGT
gi|3839 : ATA-G-A-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----A----CT----TTT--GTACATGT--GTAAAGAATGTC-AT--ATCACATACAA-----AT--T--AC--A--TAA
gi|3840 : A-G-G-T-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CCCTG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-G
gi|3841 : A-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAG-ATGTC-CA--A
gi|3842 : -G-G-A-TTT-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--
gi|3843 : -G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T----ATGCCTGT--GTAAACA-TGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TGAAATCC
gi|3844 : -G-A-TTT-AT-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATTG--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCTCAA-----AT--C--
gi|3845 : -A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----AT----TTT--ATGCATGT--GCAATTAATGTC-CA--ATCACGCTCAA-----A
gi|3846 : -A-TTATAG-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TAT---TG-ATGT--GTAAAGAATGTC-GT--GTCACACACAA-----AT--C---A--T--TAAAATC
gi|3847 : -A-TTA-AAATTC---A---T-T---T-TGT-C--T----A--TG----T----TCAAAGTTT--GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAT-----AT--C--
gi|3848 : ----C--TG----T----TT----TT---ATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----ATGCT--AC--A--TAAAATC
gi|3849 : aatttataccA-TTT---A---T-T---T-T-T-TCTT----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GCAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAACTAATAT--C--AG--A--TAA
gi|3850 : -T-T-T--T----T--TG----G----TT----TAT--GTGCATATATGTAAAGAATGTT-GA--ATCACACACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3851 : -T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAGGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTTCC--A--TAAAGTCC
gi|3852 : ----T----TT----TTT---TGCACGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTTAC--A--TAAAATCC
gi|3854 : ----TTT--ATACATGT--GTAAAG-ATGTC-GA--ATAGCACACAC-----AT--CTGAG--A--TAAAGTC
gi|3855 : ----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACAC-----AT--T--TA--ATTTAAAGTC
gi|3857 : ATGG--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGTACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 7 0 0 2 0 0 000 111 0 000 0 88888888888 11 444444444 0000 11 00 0 00 11111 00 33 00 00
lowQualScore : . . . . . . ... ... . ... . ........... .. ......... .... .. .. . .. ..... .. .. .. ..
lowQualScore : 6 9 4 2 9 4 888 444 4 888 4 33333333333 44 000000000 9999 11 66 4 66 77777 66 33 77 77
consensus : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Reference ( family-300 ) : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3756 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TT----A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3757 : atTATA-G-C-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3758 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3759 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TGT--C--TG----G----TT----TTT--ATGCATAT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3760 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGGATGTC-AA--ATCACGAATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3761 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT----------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3762 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3763 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3764 : atTATA-G-G-A-TCA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAGTGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3765 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--
gi|3766 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTG--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TCAAGTCC
gi|3767 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--CAAAGTCC
gi|3768 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GG--A
gi|3769 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACGA-----AT--C--AA--A--TGAAGACC
gi|3770 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3771 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCGCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3772 : atTATG-G-G-A-TTT-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGCGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3773 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-AAC---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3774 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----G--TG----TGA--TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3775 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A-----T---T-T-T-T--T----C--TGT---T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ACCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3776 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT--------T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACG-ACA
gi|3777 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3778 : atTATA-T-G-A-TTT-AA-TTC---------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3779 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGTATGT--ATAAAGAATGTT-TA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3780 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TTT---AAT-T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCACGT--GTTAAGAATGCC-GA--ATCACGGACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3781 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TGGG--T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACACCCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3782 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---G-T-T-T--T----C--GG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----CT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3783 : atTGTA-G-G-A-TTA-AA-CTC---A---G-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3784 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATAACGCACAA-----AT--G--AA--A--TAAAGTCC
gi|3785 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---G-T---T-TAT-T--T----G--TG---------TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--GA--A--TAAAGTC
gi|3786 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G--T----T--TG----T----TT----TT---ATGAATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACGCAA-----AT--C--GA--A--TGAAGTCC
gi|3787 : at-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T--------------------------------TT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-CA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3788 : actataacaTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TGGG--TG---TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3789 : atTATA-C-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TT---ATGTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3790 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GAAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--TGTCA--TAAAGTCC
gi|3791 : atTATA-G-G-A-TTA-A--TTT---A---A-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATCT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3792 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTCTTTA---T-T---T-T-TCT--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3793 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---A-T-T-T--G-------TG----T----TT----TTT--GCGCATGT--GTAAAGAAAGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3794 : atTATA-G-G-A-TT--AA-TTC---A---T-T---T-T-TGT--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAATGTC
gi|3795 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-ATT---A---T-T---T-G-T-T-------C--TA----T----TT----TTT--AAGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAA-TCC
gi|3796 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-C-T--C----T--TG----T----TT----TC---ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3797 : atTATA-G-G-A-TTT-AA-T-----A---T-T---A-T-T-A--T-------------T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAACGTCC
gi|3798 : at-A-TTATAA-TTC---T---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATGACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3799 : TATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CC-TG----T----TT----TTTTAATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3800 : atTATA-G-G-A-TTA-AG-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTGAAGAATGTT-GA--ATCACGC-CGT-----TT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3801 : atTATAAG-G-A-TTA----------------T---T-T-C-T--T----C--TG----G----TT----TTC--ATGTATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAAAT---AT--G--AC--A--TCAAGTCC
gi|3802 : at--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3803 : attataggattaaaaaagaaaaTAGA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T----------------------CG---------------TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--T--TAAAGTCC
gi|3804 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---G-T-G-T--T----C--TG----A----CT----TTT--ATACATGT--GTAAAGAAAATC-AA--ATCATGCACAA-----AC--T--GA--A--TAAAGTCC
gi|3805 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG-----------------------CATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCATGCAAAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3806 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TAA---AAAAT-------------------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATATT-GA--ATCACGAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3807 : atTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TA----TCTTTTT----TTT--TTTTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3808 : atA-A-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-C--T-------TG----T----TT----TT---ATGTATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGTTC
gi|3809 : attaatagaTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T---------CA-GG----G----TT----TGT--GTGCATGT--GTAAAGAATGTC-GC--ATTAGGCACAA-----AT--C--AA--A--T
gi|3810 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-C---T-G-T-T--T----C--TA----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGAC-GA--ATCAAGCACAA-----GT--C--
gi|3811 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TA----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATGTC-GA--AACACGCACAG-----A
gi|3812 : atTA-G-G-A-TGA-AA-TAC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATCTC-GA--ATCACTTAAAC-----AT--C--AA--A---AAAGTTC
gi|3813 : atttTA-G-G-A-TCA-AA-TTC---G---T-T---C-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATAT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACGTACAA-----AT--
gi|3814 : attacttTATA-A-GTA-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T-T--T--------G----T----TT----T-T--ATGCATGA--GTAAATAATGTG-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGT
gi|3815 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-CTA---T---T-T---T-T-T-T--T----C--T-----T----TT----GTT--ATGCATGA--ATATAGAATGAT-GA--ATCATGCATAA-----AT--G--GA--A--TCAAATCC
gi|3816 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----TT----GTG--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCA
gi|3817 : atTATA-A-G-A-TTG-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TTA--A-GCATGT--GGACAGAATGCCTGA--GT-ACGCACAA-----AT--C--GA--A--TGAAG
gi|3818 : atTATAAG-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAACAATGTC-TA--ATCGCG
gi|3819 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-G-A--T----C--TG----T----TT----TT---GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCA
gi|3820 : atTATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-C-T-T--A----T--GG----T----------------TGTATGT--GTCAGGAACATC-GAATATCACACACAC-----AT--C--GA--A--CAAAGTTC
gi|3821 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T--C----C--T-----C----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAA-G---GA--ATC
gi|3822 : atTATAAG-G-A-TTA-GA-T-C---A---T-T---T-T-T------------------------------------GCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCATAA-----AT--TTGAC--A--TAAA
gi|3823 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TTTTGC--TG----T----TT----CCT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAC-----GT--C--TA--A--TAAATTCC
gi|3824 : tTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-TAAAT-C-T-A--T----T--T-----T----TT----TTT--GTGCATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3825 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3826 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GAAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3827 : tATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---T---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAGGAATGTC-
gi|3828 : tcTATA-G-G-A-TTT-AC-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----T----TT---------ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-CA--AT----CACAA-----AT--C--AA--A--TAAAATCC
gi|3829 : t-AA-TTA---A---T-C---TAT-T-T--T----C--TG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCAGTCACAA-----AT--C--
gi|3830 : ttaagATA-G-G-A-TTA-AT-CTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----TTTTTATACATGT--GTAAAGAGTGCC-AA--ATCAATTACAA-----AC--C--
gi|3831 : tcTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3832 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGAGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3833 : TAAA-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAT-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3834 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-T-T-T--T----C--TGGGTTT----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGATTGTC-GA--ATCACGCACAG-----AT--C--AA--A---AAAGTCC
gi|3835 : TATA-G-G-A-TTA----------------------T-T-T--T----C--TG----T----TT----T----ATGCATGT--GTAAAGGATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAA
gi|3836 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TCT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACGC
gi|3837 : TATA-G-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-TA-T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTTAAGAATGTC-AA--ACCACTCAAAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTC
gi|3838 : ATA-T-G-A-TTG-AA-T-----A---TAT---T-T-T-T--T----C--AG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCAAAA-----AT--T--GA--A--TAAGGT
gi|3839 : ATA-G-A-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----A----CT----TTT--GTACATGT--GTAAAGAATGTC-AT--ATCACATACAA-----AT--T--AC--A--TAA
gi|3840 : A-G-G-T-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CCCTG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-G
gi|3841 : A-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAG-ATGTC-CA--A
gi|3842 : -G-G-A-TTT-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--
gi|3843 : -G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T----ATGCCTGT--GTAAACA-TGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TGAAATCC
gi|3844 : -G-A-TTT-AT-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATTG--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCTCAA-----AT--C--
gi|3845 : -A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----AT----TTT--ATGCATGT--GCAATTAATGTC-CA--ATCACGCTCAA-----A
gi|3846 : -A-TTATAG-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TAT---TG-ATGT--GTAAAGAATGTC-GT--GTCACACACAA-----AT--C---A--T--TAAAATC
gi|3847 : -A-TTA-AAATTC---A---T-T---T-TGT-C--T----A--TG----T----TCAAAGTTT--GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAT-----AT--C--
gi|3848 : ----C--TG----T----TT----TT---ATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----ATGCT--AC--A--TAAAATC
gi|3849 : aatttataccA-TTT---A---T-T---T-T-T-TCTT----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GCAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAACTAATAT--C--AG--A--TAA
gi|3850 : -T-T-T--T----T--TG----G----TT----TAT--GTGCATATATGTAAAGAATGTT-GA--ATCACACACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3851 : -T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAGGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTTCC--A--TAAAGTCC
gi|3852 : ----T----TT----TTT---TGCACGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTTAC--A--TAAAATCC
gi|3854 : ----TTT--ATACATGT--GTAAAG-ATGTC-GA--ATAGCACACAC-----AT--CTGAG--A--TAAAGTC
gi|3855 : ----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACAC-----AT--T--TA--ATTTAAAGTC
gi|3857 : ATGG--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGTACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
blockSeqs : A A AAA TTTTTTG CC TCTTT TA CTAAT TG
blockSeqs : A A AT TTTGT C GGTTT TT AT TG
blockSeqs : A A . TTCTT A GGTG . . TG
blockSeqs : A A . TTTT . TGA . . TG
blockSeqs : A A . ATTT . GGT . . TG
blockSeqs : A . . TCTT . TT . . TG
blockSeqs : A . . TGTT . G . . TG
blockSeqs : A . . TTTT . G . . TG
blockSeqs : A . . TTTT . G . . TG
blockSeqs : A . . TTTT . G . . TG
blockSeqs : A . . TTTT . T . . TG
blockSeqs : A . . TTAT . T . . TG
blockSeqs : A . . TTTT . T . . TG
blockSeqs : A . . GTCT . G . . TG
blockSeqs : A . . TTG . G . . TG
blockSeqs : A . . TTT . T . . TG
blockSeqs : . . . TTT . T . . TG
blockSeqs : . . . TTT . T . . TG
blockSeqs : . . . TTT . G . . TT
blockSeqs : . . . TTT . T . . TT
blockSeqs : . . . TTT . T . . TG
blockSeqs : . . . TTT . G . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . G . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . G . . .
blockSeqs : . . . TGT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTG . T . . .
blockSeqs : . . . CTC . G . . .
blockSeqs : . . . TAT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . CTT . T . . .
blockSeqs : . . . GTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TCT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . GAT . G . . .
blockSeqs : . . . TTA . T . . .
blockSeqs : . . . TTC . A . . .
blockSeqs : . . . TAT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . G . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTG . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TTT . A . . .
blockSeqs : . . . TTT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . G . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . C . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TG . T . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . G . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . A . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . TT . T . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . T . G . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . T . A . . .
blockSeqs : . . . T . A . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . T . G . . .
blockSeqs : . . . T . G . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . . T . T . . .
blockSeqs : . . T . A . . .
blockSeqs : . . T . T . . .
blockSeqs : . . T . T . . .
blockSeqs : . . T . T . .
blockSeqs : . . T . T . .
blockSeqs : . . . . G . .
blockSeqs : . . . T .
blockSeqs : . . . T .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TTT********
originalCons : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
finalCons : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-TTTT--------C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Alignments
lowQualScore : 11
lowQualScore : 7 0 0 2 0 0 000 111 0 000 0 88888888888 11 444444444 0000 11 00 0 00 11111 00 33 00 00
lowQualScore : . . . . . . ... ... . ... . ........... .. ......... .... .. .. . .. ..... .. .. .. ..
lowQualScore : 6 9 4 2 9 4 888 444 4 888 4 33333333333 44 000000000 9999 11 66 4 66 77777 66 33 77 77
consensus : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
Reference ( family-300 ) : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3756 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TT----A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3757 : atTATA-G-C-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3758 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3759 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TGT--C--TG----G----TT----TTT--ATGCATAT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3760 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGGATGTC-AA--ATCACGAATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3761 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT----------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3762 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3763 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3764 : atTATA-G-G-A-TCA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAGTGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3765 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--
gi|3766 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTG--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TCAAGTCC
gi|3767 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--CAAAGTCC
gi|3768 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GG--A
gi|3769 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACGA-----AT--C--AA--A--TGAAGACC
gi|3770 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCATAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3771 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T------T----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCGCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3772 : atTATG-G-G-A-TTT-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGCGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3773 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-AAC---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3774 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----G--TG----TGA--TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3775 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A-----T---T-T-T-T--T----C--TGT---T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ACCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3776 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TT--------T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACG-ACA
gi|3777 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3778 : atTATA-T-G-A-TTT-AA-TTC---------T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3779 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----G----TT----TTT--ATGTATGT--ATAAAGAATGTT-TA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3780 : atTATA-AAG-A-TTA-AA-TTT---AAT-T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCACGT--GTTAAGAATGCC-GA--ATCACGGACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3781 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TGGG--T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACACCCAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3782 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---G-T-T-T--T----C--GG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----CT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3783 : atTGTA-G-G-A-TTA-AA-CTC---A---G-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTCC
gi|3784 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-TGC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATAACGCACAA-----AT--G--AA--A--TAAAGTCC
gi|3785 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---G-T---T-TAT-T--T----G--TG---------TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--GA--A--TAAAGTC
gi|3786 : atTATA-A-G-A-TTA-AA-ATC---A---T-T---T-T-T-G--T----T--TG----T----TT----TT---ATGAATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACACGCAA-----AT--C--GA--A--TGAAGTCC
gi|3787 : at-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T--------------------------------TT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-CA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3788 : actataacaTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TGGG--TG---TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3789 : atTATA-C-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TT---ATGTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3790 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATCCATGT--GAAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--TGTCA--TAAAGTCC
gi|3791 : atTATA-G-G-A-TTA-A--TTT---A---A-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----T-T--ATGCATCT--GTTAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3792 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTCTTTA---T-T---T-T-TCT--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3793 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---A-T-T-T--G-------TG----T----TT----TTT--GCGCATGT--GTAAAGAAAGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTC
gi|3794 : atTATA-G-G-A-TT--AA-TTC---A---T-T---T-T-TGT--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAATGTC
gi|3795 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-ATT---A---T-T---T-G-T-T-------C--TA----T----TT----TTT--AAGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAA-TCC
gi|3796 : atTATA-A-G-AATTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-C-T--C----T--TG----T----TT----TC---ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-GA--ATCACCCACAA-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3797 : atTATA-G-G-A-TTT-AA-T-----A---T-T---A-T-T-A--T-------------T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAACGTCC
gi|3798 : at-A-TTATAA-TTC---T---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATGACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3799 : TATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CC-TG----T----TT----TTTTAATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACCAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3800 : atTATA-G-G-A-TTA-AG-TTC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTGAAGAATGTT-GA--ATCACGC-CGT-----TT--C--AA--A--TAAAGTC
gi|3801 : atTATAAG-G-A-TTA----------------T---T-T-C-T--T----C--TG----G----TT----TTC--ATGTATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCATGCACAAAT---AT--G--AC--A--TCAAGTCC
gi|3802 : at--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3803 : attataggattaaaaaagaaaaTAGA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T----------------------CG---------------TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--T--TAAAGTCC
gi|3804 : atTACA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---G-T-G-T--T----C--TG----A----CT----TTT--ATACATGT--GTAAAGAAAATC-AA--ATCATGCACAA-----AC--T--GA--A--TAAAGTCC
gi|3805 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG-----------------------CATGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCATGCAAAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTTC
gi|3806 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TAA---AAAAT-------------------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATATT-GA--ATCACGAACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3807 : atTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TA----TCTTTTT----TTT--TTTTATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3808 : atA-A-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-C--T-------TG----T----TT----TT---ATGTATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGTTC
gi|3809 : attaatagaTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T---------CA-GG----G----TT----TGT--GTGCATGT--GTAAAGAATGTC-GC--ATTAGGCACAA-----AT--C--AA--A--T
gi|3810 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-C---T-G-T-T--T----C--TA----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGAC-GA--ATCAAGCACAA-----GT--C--
gi|3811 : atTATAAG-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TA----T----TT----TTT--ATGCATTT--GTAAAGAATGTC-GA--AACACGCACAG-----A
gi|3812 : atTA-G-G-A-TGA-AA-TAC---A---T-T---T-T---T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATGT--GTAAAGAATCTC-GA--ATCACTTAAAC-----AT--C--AA--A---AAAGTTC
gi|3813 : atttTA-G-G-A-TCA-AA-TTC---G---T-T---C-T-T---------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATAT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCACGTACAA-----AT--
gi|3814 : attacttTATA-A-GTA-TTA-AA-TTC---A---T-A---T-T-T-T--T--------G----T----TT----T-T--ATGCATGA--GTAAATAATGTG-GA--ATCACGCACAA-----AT--CTGAC--A--TGAAGT
gi|3815 : atTAAA-G-G-A-TTA-AA-CTA---T---T-T---T-T-T-T--T----C--T-----T----TT----GTT--ATGCATGA--ATATAGAATGAT-GA--ATCATGCATAA-----AT--G--GA--A--TCAAATCC
gi|3816 : atTATA-T-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----TT----GTG--ATGCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCA
gi|3817 : atTATA-A-G-A-TTG-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TTA--A-GCATGT--GGACAGAATGCCTGA--GT-ACGCACAA-----AT--C--GA--A--TGAAG
gi|3818 : atTATAAG-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TT----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAACAATGTC-TA--ATCGCG
gi|3819 : atTATA-G-G-A-TTA-CA-TTC---A---T-T---T-T-G-A--T----C--TG----T----TT----TT---GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-GA--GTCA
gi|3820 : atTATA-T-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-C-T-T--A----T--GG----T----------------TGTATGT--GTCAGGAACATC-GAATATCACACACAC-----AT--C--GA--A--CAAAGTTC
gi|3821 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---A-T---T-T-T-T--C----C--T-----C----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAA-G---GA--ATC
gi|3822 : atTATAAG-G-A-TTA-GA-T-C---A---T-T---T-T-T------------------------------------GCATGT--GTAAAGAATATC-GA--ATCACGCATAA-----AT--TTGAC--A--TAAA
gi|3823 : atTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TTTTGC--TG----T----TT----CCT--ATGCAAGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAC-----GT--C--TA--A--TAAATTCC
gi|3824 : tTATA-G-A-A-TTA-AA-TTC---A---T-TAAAT-C-T-A--T----T--T-----T----TT----TTT--GTGCATGT--GAAAAAAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGT
gi|3825 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3826 : tTATA-A-G-AATTG-AA-TTT---A---T-T---T-T-----------C--TG----T----TT----TTT--ATTGATGT--GAAAAGAATGTC-GA--CTCACACACAG-----AT--CTGAC--A--TAAAGTCC
gi|3827 : tATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---T---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTTAGGAATGTC-
gi|3828 : tcTATA-G-G-A-TTT-AC-TTC---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----T----TT---------ATGCATGT--GTAAAGAATTTC-CA--AT----CACAA-----AT--C--AA--A--TAAAATCC
gi|3829 : t-AA-TTA---A---T-C---TAT-T-T--T----C--TG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCAGTCACAA-----AT--C--
gi|3830 : ttaagATA-G-G-A-TTA-AT-CTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----TTTTTATACATGT--GTAAAGAGTGCC-AA--ATCAATTACAA-----AC--C--
gi|3831 : tcTATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3832 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----T----TT----T-T--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCGAGCACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3833 : TAAA-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-TTT-T--T----C--TG----T----TT----TTA--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAT-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC
gi|3834 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---G-T-T-T--T----C--TGGGTTT----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGATTGTC-GA--ATCACGCACAG-----AT--C--AA--A---AAAGTCC
gi|3835 : TATA-G-G-A-TTA----------------------T-T-T--T----C--TG----T----TT----T----ATGCATGT--GTAAAGGATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--AA--A--TAA
gi|3836 : TATA-G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----G----TT----TCT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--CTCACGC
gi|3837 : TATA-G-G-A-TGA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-TA-T----C--TG----T----TT----TTT--ATGCAAGT--GTTAAGAATGTC-AA--ACCACTCAAAA-----AT--C--AA--A--T-AAGTC
gi|3838 : ATA-T-G-A-TTG-AA-T-----A---TAT---T-T-T-T--T----C--AG----A----TT----TT---ATGCATGT--GTAAAGAATGTT-GA--ATCATGCAAAA-----AT--T--GA--A--TAAGGT
gi|3839 : ATA-G-A-A-TTA-AA-TTA---A---T-T---T-T-T-T--TT---C--TG----A----CT----TTT--GTACATGT--GTAAAGAATGTC-AT--ATCACATACAA-----AT--T--AC--A--TAA
gi|3840 : A-G-G-T-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----CCCTG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-G
gi|3841 : A-G-G-A-TTA-AA-TTT---A---T-T---T-T-T-T-------C--TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAG-ATGTC-CA--A
gi|3842 : -G-G-A-TTT-AA-TTC---A---T-T---T-T-T-T--G-------TG----G----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----AT--C--
gi|3843 : -G-G-A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----T----ATGCCTGT--GTAAACA-TGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--C--AA--A--TGAAATCC
gi|3844 : -G-A-TTT-AT-TTC---A---T-T---T-T-T-T--T----C--TG----T----TT----TAT--ATGCATTG--GTTAAGAATGTC-GA--ATCACGCTCAA-----AT--C--
gi|3845 : -A-TTA-AA-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----A----AT----TTT--ATGCATGT--GCAATTAATGTC-CA--ATCACGCTCAA-----A
gi|3846 : -A-TTATAG-TTC---A---T-T---T-T-T---------C--TG----T----TT----TAT---TG-ATGT--GTAAAGAATGTC-GT--GTCACACACAA-----AT--C---A--T--TAAAATC
gi|3847 : -A-TTA-AAATTC---A---T-T---T-TGT-C--T----A--TG----T----TCAAAGTTT--GTGCTTGT--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGCACAT-----AT--C--
gi|3848 : ----C--TG----T----TT----TT---ATGCACGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGCACAA-----ATGCT--AC--A--TAAAATC
gi|3849 : aatttataccA-TTT---A---T-T---T-T-T-TCTT----C--TG----T----TT----TTC--ATGCATGT--GCAAAGAATGTC-GA--ATTACGCACAACTAATAT--C--AG--A--TAA
gi|3850 : -T-T-T--T----T--TG----G----TT----TAT--GTGCATATATGTAAAGAATGTT-GA--ATCACACACAA-----AT--C--AA--A--TTAAGTCC
gi|3851 : -T-T-T--T----T--TG----T----TT----TTT--ATGCATGT--GTAAGGAATGTT-GA--ATCATGCACAA-----AT--CTTCC--A--TAAAGTCC
gi|3852 : ----T----TT----TTT---TGCACGT--GTAAAAAATGTC-GA--ATCACTCACAA-----AT--CTTAC--A--TAAAATCC
gi|3854 : ----TTT--ATACATGT--GTAAAG-ATGTC-GA--ATAGCACACAC-----AT--CTGAG--A--TAAAGTC
gi|3855 : ----TTT--ATGCATGT--GTAAAGAATGTC-GA--ATCACGTACAC-----AT--T--TA--ATTTAAAGTC
gi|3857 : ATGG--GTAAAGAATGTC-AA--ATCACGTACAA-----AT--C--AA--A--TAAAGTCC