lowQualScore                  :                                   11111111111111                                                                                                             
lowQualScore                  :                0 00 11 00 000 00  00000000000000 00  0 22222222222 0000 11111111 333333  0 0 1111 000 11 0       11111111 0  0000 0000       0  0  0         
lowQualScore                  :                . .. .. .. ... ..  .............. ..  . ........... .... ........ ......  . . .... ... .. .       ........ .  .... ....       .  .  .         
lowQualScore                  :                5 66 55 66 777 66  44444444444444 66  4 00000000000 9999 55555555 333333  4 4 3333 777 00 4       55555555 4  9999 9999       4  4  4         
consensus                     : TATGGACAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
Reference ( gi|48371 )        : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48372                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48373                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------G----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48374                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------T----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48375                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--A-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTCA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48376                      : TATGGACAGCAGATT-G--G--A--T---A--TT----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48377                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------TAA----AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGTCTTA-TT-AA-ATCAGTCTA
gi|48379                      : TATGGACAGCAGATC-A--A--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------T----A--------TA-----AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48378                      : TATGGACAGCAGATT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------C------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48381                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----ATAAAAACTT------AA-A-A----A---G--G-CTGTCTT--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48382                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T-------A-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----GACCTTA-TT-TA-ATC
gi|48383                      : TATGGACAGCAGAAA-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGCCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48385                      : TATGGACAACAGATT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------C------AT-A-A----A---A--T-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48384                      : TATGGACAGCAGAAA-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48386                      : TATGGACAGCAGATT-G--G--A--T---T--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------TA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGTCTTA-TT-TA-ATCGGGCTA
gi|48380                      : TATAGACAGCAGATT-A--G--A--T---A--TT----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--A-CTGTCCA--------A-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48388                      : TGTGGACAGCAGAAC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--A--T-----------A----A--------C------AA-A-A----A---A--G-CTGTC-A--------T-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48389                      : TATGGACAGCAGA---A--GGAA--T---A--TC----C---------A--TA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48390                      : TATGGACAGCAGA-A-A--GT-A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCATTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48391                      : TATGGACAGCAGAAA-T--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----T--------T------AA-A-G----A---T--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48392                      : TATGGACACCAGAAA-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTCA-TT-AA-ATCAAGCTA
gi|48393                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------T----A--------T------AA-A-A----A---A--A---AGCCA--------T-TC----A----CGTTTTA-TT-TA-ATCTGGCTA
gi|48395                      : TATGGACAACAGATC-G--G--A--T---T--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A----CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-A
gi|48394                      : TATGGACAGCAGAAT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------G----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-T
gi|48396                      : TATGGACAGTAGATT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--CA-T-----------A----A--------TTAT---AA-A-A----A---A--G-CCGTC-A--------T-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48397                      : TATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TT----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--A-CTGTCAA--------T-TCTTAAA----TTTTCTA-TC-TA-ATCGGGCTA
gi|48400                      : TATGGACAGCAGGTT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------TA-----AA-A-A----A---A--G-TTGTTCA--------T-CC----A----CGCCTAA-TC-TA-ATTGGTCTA
gi|48399                      : TATGGACAGCAAATC-G--G--A--T---A--TT----C---------A--AA-T-----------T----A--------T------AG-A-A----A------G-CTGTCCA--------T-CC----G----AGCCTTG-TT-AA-ATCAGGCTA
gi|48401                      : TATGGACAGTAGATC-G--G--A--T---A-----------------------------------------A--------T------GA-A-C----A---G--G-CTGTCTA--------T-TC----G----CGTCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48402                      : TATGGAAAGCAGGTTGA--T--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------T----A--------T------GA-A-A----A------G-CTGTCCA--------T-CT----A----GGCCTTA-TC-TA-ATTAGGCT
gi|48403                      : TACGGACAGCAAATT-T--A--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AATA-A----A---A--G-CTGTCCA--------C-CC----A----CGCCT
gi|48405                      :  ATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGCCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48407                      :  ATGGACAGCAAGTT-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-ATGTCCA--------T-TC----A----TGTCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48408                      :  ATGGACAGCACATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----T--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCATGCTA
gi|48409                      :  ATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TA----A---------A--AAAT-----------A----G--------T------AA-A-A----A---A--AACTGTCCA--------T-TC----A----CGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48411                      :  ATGGACAGCAGATC-G--T--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AT-A-A----A---A--G-ATGTCTA--------T-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGATTA
gi|48412                      :  ATGGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----C
gi|48410                      :  ATAGCCAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AT-A-A----G---A--G-CTGTCAA--------T-TC----A----CATCTCA-CT-TT-ATCAGGCTA
gi|48414                      :  ATGGACAGCATATC-A--A--A--TCATA--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------GA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CA----A----CGCCATA-TT-TT-ATTGGGC
gi|48415                      :  ATGGACAACACA-C-A--GA-A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------GA-A-T----A---A--A-CTGTCCA--------C-CC----A----CACCTTA-TC-TA-ACCAGGCTA
gi|48413                      :  ATAGACAGCACACC-A--G--A--A---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------GA-A-A----A---A--G-CTGTTTA--------T-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ACC
gi|48419                      :   TGGATAGCAGGTC-T--T--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------C----A--------T------AA-A------A---A--T-CTGTCCA--------T-CA----A----CACCTTA-TT-T--GTCAGGC
gi|48421                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48441                      :    aGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------G-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48422                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---AA-G-CTATACA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48423                      :    aGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-C-----------A----A---------------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48442                      :    aGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48443                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCCTTA-TCATATATCAGGCTA
gi|48424                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCG--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48425                      :    aGACAGCAGATC-A--G--A--A---A--TC----A---------G--AA-T-----------A----A--------T------TA-A-A----A------G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48440                      :    aGACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCCATA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48445                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-GTCAGACTA
gi|48446                      :     GACAGCCGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTTCA--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AA-ATTAGGCT
gi|48447                      :     GACAGCAGATC-G--G--A--T---A--TCCA--A---------A--AA-A-----------A----A--------A------AA-A-A----A---A--G-TTGTCTG--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48448                      :     GACAGCAGAAA-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-G----A---A--G-CTGTCCA--------C-TC----A----CGGCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48427                      :     GACATCAGATC-T--G--A--T---A--TC----C---------A--TA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----T---A--G-CTGTCCA--------T-TT----A----AACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48428                      :    aGACAGCAGATC-A--G--AGAT---A--TC----A---------A--AA-T-----------A-------------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----TGTCTTA-TC-T
gi|48429                      :    aGATAGCAGATG-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----T--------T------TA-A-A----A------G-CTGCCCA--------T-CC----A----CGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48449                      :    aGACAGCATGTT-G--A--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-AT---A---A--G-TTGTCCA--------T-CC----A----CGCCTTG-TT-TA-ATCGGG
gi|48430                      :     GACAGCAGACC-A--G--A--T---A---C----ATTTGTATTCA--AA-T-----------A----A--------T------AG-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGATTTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48450                      :    aGACAGGAGATA-A--G--A--T---A--TC--------------------C-----------A----A--------T------AA-A-A----T---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48431                      :     GACAGCAGATC-A--G--A--T---A--CC----C---------A--AA-T-----------A--------------------AA-A-A----A---T--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCCTTA-T
gi|48432                      :    aGACAGCAATTC-G--T--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------G------TA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCA-TA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48433                      :    aGACAGCACATA-A--G--C--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----T--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCCATA--A-TA-ATCAGGCTA
gi|48434                      :    aGACAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------GGTTGA--------T------AT-A-A----A---A--G-CTGTCCAAGACTCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-TTCAGGCT
gi|48435                      :    aGACTGTAAATC-A--G--A--T---A--TC----T---------A--AA-T-----------C----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCAA--------T--------------CCTTA-TT-TA-ATCAGAC
gi|48436                      :    aGACAACAAATC-G--G--A--T---G--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------TA-A-A----A---A--G-CTGTGCA--------T-AA----A----CACCTTA-TT-TA-
gi|48438                      :    aGACAGCACATC-G--A--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----T--------C------AA-A-A----ATTTA--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CACTTTA-TC-TA-ATC
gi|48444                      :    aGACAACAAGTC-G--A--A--A---A--CT----A---------A--TA-C-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A----CTGTCCA--------T-TC----A----CTCTTTG-TT-TA-ATCAGG
gi|48452                      :      ACAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---AAAG-TTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48451                      :      ACGGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A--------A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48453                      :      ACTGCAGATT-C--G--A--T---A--TC----T---------A--AA-T-----------A----A--------T------TA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGACTCC-TC-TT-ATGGGGCTA
gi|48387                      :       CAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A--------A--G-CTGTCAA--------G-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48426                      : tacagtCAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------TTATATAAA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TA-TG-ACCAGGCTA
gi|48418                      :    agcCAGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TT----A----CACATTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48454                      :   tagcCAGCATATT-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--A-CTGTCAA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCTA
gi|48455                      :       CAGCAGATA-G--G--A--T---A--TC----T---------T--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----G---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-GTCGGGCTA
gi|48456                      :       CATCAGATC-G--G--A--T---A--TC----T---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-------------G-CTGCCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-GA-ATCGGGCTA
gi|48437                      :       CAGCA--TC-ATGA--A--T---A--TT----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------GA-C-A----A---A--A-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGG
gi|48457                      :     agtAGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--A-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48459                      :        AGCAGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A--------A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----TGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48460                      :        AACAGATC-A--T--A--T---A--TA----T---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGAACA--------T-CC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48461                      :        AGCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A------G-ATGTCCA--------T-TC----A----CGCTTTA-TT-TA-AT
gi|48420                      :        AGCAAATC-G--A--A--T---AGATC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A----TTGTCCA--------T-CA----A----CTTCTTA-TT-TA-ACCAGACTA
gi|48458                      :   taaaaAGCACGTC-A--G--A--T---G--TC----C---------A--AA-TGATAATTATGTA----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCATTGTTT-TA-AT-AGGCTA
gi|48462                      :         GCAGATC-G--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-C-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48463                      :         GTAGATA-A--G--A--T---A--TATTTGA---------ATTAA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------TATC---------CACCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48464                      :          CGGATC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------C-CC----A----CGCCTTA-TT-AT-ATCAGGCTA
gi|48465                      :            GGTC-A--G--A--T---A--TC----C---------A--GA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-CC----A----CGCTTTA-TC-AT-ATCAGGCT
gi|48467                      :                  --G--A--C---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-ATA----A---A--G-CTGTCCA--------T-AT----A----TGCCCTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48468                      :                  --G--A--T---A--------A---------A--AA-A-----------A----G--------C------TA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACTTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48469                      :                     --A--T---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---G--G-CTGTCCA--------T-CC----A----TGCCTCG-TC-TA-ATCGGGTTA
gi|48470                      :                     --A--T---A--TT----A---------A--AA-T-----------G----A--------T------AA-A-A----A---A-----TGTCCA--------T-CC----A----TGCCTTA-TT-CA-ATGAGGC
gi|48472                      :                           ---A--TC----A---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-AAAAAA---A--G-CTGTCCA--------T-TC----ACCGTCGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48471                      :                           ---A--TC----C---------A--AA-T-----------A----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTTTCCA--------T-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48473                      :                                        ---------A--AA-T-----------T----A--------T------AA-A-A----A---A--G-CTGTCCA--------T-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48474                      :                                        ---------A--AA-T-----------A----C--------T------GA-A-A----A---C--G-CTGTCCA--------C-CC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCCA
gi|48475                      :                                                     A-T-----------A----A--------T------AT-A-A----T---A--G-CTGTCTA--------T-CC----A----CGACTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48476                      :                                                                    ----A--------T------AA-A-A----A--------CTGTCCA--------T-CC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48477                      :                                                                                                       --G-CTGTCCA--------T-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA





Alignments
lowQualScore                  :                             00  0 00 000 22222222     0 1111 22222222222 000  222222  0 0 1111 22222222 11 0   11111111     0  0000 0000       0  0  0         
lowQualScore                  :                             ..  . .. ... ........     . .... ........... ...  ......  . . .... ........ .. .   ........     .  .... ....       .  .  .         
lowQualScore                  :                             66  4 66 888 22222222     4 3333 00000000000 777  111111  4 4 7777 22222222 55 4   44444444     4  8888 8888       4  4  4         
consensus                     :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
Reference ( family-286 )      :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48371                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48372                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48373                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48374                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48375                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48376                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48377                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATAA----AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-AA-ATCAGTCTA
gi|48378                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48379                      :              TATGGACAGCAGATC--AA-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-AA---A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48380                      :              TATAGACAGCAGATT--AG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--A-CTG--------TCCAA-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48381                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----ACTTAAAAAG--G-CTG--------TCTTT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48382                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----GACCTTA-TT-TA-ATC
gi|48383                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48384                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48385                      :              TATGGACAACAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AT-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48386                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-TA-ATCGGGCTA
gi|48387                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCAAG-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48388                      :        tacagtTGTGGACAGCAGAAC--AG-A--T---A--------TC-AA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TC-AT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48389                      :              TATGGACAGCAGAAG--GA-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48390                      :              TATGGACAGCAGAAA--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCATTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48391                      :              TATGGACAGCAGAAA--TG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------T--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48392                      :              TATGGACACCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-AA-ATCAAGCTA
gi|48393                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--A---A--------GCCAT-TC----A----CGTTTTA-TT-TA-ATCTGGCTA
gi|48394                      :              TATGGACAGCAGAAT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------G---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-T
gi|48395                      :              TATGGACAACAGATC--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-A
gi|48396                      :              TATGGACAGTAGATT--GG-A--T---A--------TCCAC-A----T-----------AATTAT------AA-A-A----A--------A--G-CCG--------T-CAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48397                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TTAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TCTTAAA----TTTTCTA-TC-TA-ATCGGGCTA
gi|48399                      :              TATGGACAGCAAATC--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------T---AT-------A-G-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----G----AGCCTTG-TT-AA-ATCAGGCTA
gi|48400                      :              TATGGACAGCAGGTT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---ATA-----AA-A-A----A--------A--G-TTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTAA-TC-TA-ATTGGTCTA
gi|48401                      :              TATGGACAGTAGATC--GG-A--T---A-----------------------------------AT------GA-A-C----A--------G--G-CTG--------TCTAT-TC----G----CGTCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48402                      :              TATGGAAAGCAGGTT--GATA--T---A--------TCCAA-A----T-----------T---AT------GA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-CT----A----GGCCTTA-TC-TA-ATTAGGCT
gi|48403                      :              TACGGACAGCAAATT--TA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AATA-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCT
gi|48405                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48407                      :               ATGGACAGCAAGTT--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48408                      :               ATGGACAGCACATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCATGCTA
gi|48409                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TAAAA-AA---T-----------A---GT------AA-A-A----A--------A--AACTG--------TCCAT-TC----A----CGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48410                      :               ATAGCCAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----G--------A--G-CTG--------TCAAT-TC----A----CATCTCA-CT-TT-ATCAGGCTA
gi|48411                      :               ATGGACAGCAGATC--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----A--------A--G-ATG--------TCTAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGATTA
gi|48412                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----C
gi|48413                      :               ATAGACAGCACACC--AG-A--A---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTTAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ACC
gi|48414                      :               ATGGACAGCATATC--AA-A--TCATA--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CA----A----CGCCATA-TT-TT-ATTGGGC
gi|48415                      :               ATGGACAACACACA--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-T----A--------A--A-CTG--------TCCAC-CC----A----CACCTTA-TC-TA-ACCAGGCTA
gi|48418                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----CACATTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48419                      :            tagcTGGATAGCAGGTC--TT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------C---AT-------A-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-CA----A----CACCTTA-TT-T--GTCAGGC
gi|48420                      :                     AGCAAATC--GA-A--T---AGA------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----TTG--------TCCAT-CA----A----CTTCTTA-TT-TA-ACCAGACTA
gi|48421                      :             taaaaGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48422                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AA-G-CTA--------TACAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48423                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----C-----------A---A-------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48424                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCGT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48425                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--A---A--------TCAGA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48426                      :                   aCAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATTATATAAA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TA-TG-ACCAGGCTA
gi|48427                      :               agcGACATCAGATC--TG-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----AACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48428                      :                 aGACAGCAGATC--AG-AGAT---A--------TCAAA-A----T-----------A----T------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-T
gi|48429                      :                 aGATAGCAGATG--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------CCCAT-CC----A----CGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48430                      :                 aGACAGCAGACC--AG-A--T---ACATTTGTATTCAA-A----T-----------A---AT------AG-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGATTTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48431                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------CCCAA-A----T-----------A-----------AA-A-A----A--------T--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-T
gi|48432                      :                 aGACAGCAATTC--GT-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AG------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCA-TA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48433                      :                 aGACAGCACATA--AG-C--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCATA--A-TA-ATCAGGCTA
gi|48434                      :                 aGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-ATGGTT-----------G---AT------AT-A-A----A--------A--G-CTGTCCAAGACTCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-TTCAGGCT
gi|48435                      :                 aGACTGTAAATC--AG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------C---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCAAT--------------CCTTA-TT-TA-ATCAGAC
gi|48436                      :                 aGACAACAAATC--GG-A--T---G--------TCAAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TGCAT-AA----A----CACCTTA-TT-TA-
gi|48437                      :                   aCAGCA--TCATGA-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------GA-C-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGG
gi|48438                      :               agtGACAGCACATC--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TC------AA-A-A----ATTT-----A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CACTTTA-TC-TA-ATC
gi|48440                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCATA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48441                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAG-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48442                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48443                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TCATATATCAGGCTA
gi|48444                      :                  GACAACAAGTC--GA-A--A---A---------CTAATA----C-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CTCTTTG-TT-TA-ATCAGG
gi|48445                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-GTCAGACTA
gi|48446                      :                  GACAGCCGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AA-ATTAGGCT
gi|48447                      :                  GACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----A-----------A---AA------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCTGT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48448                      :                  GACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAC-TC----A----CGGCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48449                      :                  GACAGCATGTT--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AT---A--------A--G-TTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTG-TT-TA-ATCGGG
gi|48450                      :                  GACAGGAGATA--AG-A--T---A--------TCCAA-----------------------T------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48451                      :                   ACGGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48452                      :                   ACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48453                      :                   ACTGCAGATT--CG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGACTCC-TC-TT-ATGGGGCTA
gi|48454                      :                    CAGCATATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCTA
gi|48455                      :                    CAGCAGATA--GG-A--T---A--------TCTTA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----G--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-GTCGGGCTA
gi|48456                      :                    CATCAGATC--GG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------AA-A------------------G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-GA-ATCGGGCTA
gi|48457                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48458                      :                     AGCACGTC--AG-A--T---G--------TCCAA-A----TGATAATTATGTA---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCATTGTTT-TA-AT-AGGCTA
gi|48459                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48460                      :                     AACAGATC--AT-A--T---A--------TATAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------AACAT-CC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48461                      :                     AGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----CGCTTTA-TT-TA-AT
gi|48462                      :                      GCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-C-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48463                      :                                                      A-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCATATC---------CACCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48464                      : gtagataagatatatttgaattCGGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-AT-ATCAGGCTA
gi|48465                      :                         GGTC--AG-A--T---A--------TCCAG-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCTTTA-TC-AT-ATCAGGCT
gi|48467                      :                                G-A--C---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-ATA----A--------A--G-CTG--------TCCAT-AT----A----TGCCCTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48468                      :                                                                                      A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACTTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48469                      :                    gataaaaaaagct-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------G--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTCG-TC-TA-ATCGGGTTA
gi|48470                      :                                 -A--T---A--------TTAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A-----TG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-CA-ATGAGGC
gi|48471                      :                                      ---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTT--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48472                      :                                      ---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AAAAAA--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----ACCGTCGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48473                      :                                                     AA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48474                      :                                                     AA-A----T-----------A---CT------GA-A-A----A--------C--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCCA
gi|48475                      :                                                       -A----T-----------A---AT------AT-A-A----T--------A--G-CTG--------TCTAT-CC----A----CGACTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48476                      :                                                                          ---AT------AA-A-A----A-------------CTG--------TCCAT-CC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48477                      :                                                                                                         --G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA





Alignments
lowQualScore                  :                             00  0 00 000 22222222     0 1111 22222222222 000  222222  0 0 1111 22222222 11 0   11111111     0  0000 0000       0  0  0         
lowQualScore                  :                             ..  . .. ... ........     . .... ........... ...  ......  . . .... ........ .. .   ........     .  .... ....       .  .  .         
lowQualScore                  :                             66  4 66 888 22222222     4 3333 00000000000 777  111111  4 4 7777 22222222 55 4   44444444     4  8888 8888       4  4  4         
consensus                     :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
Reference ( family-286 )      :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48371                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48372                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48373                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48374                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48375                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48376                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48377                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATAA----AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-AA-ATCAGTCTA
gi|48378                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48379                      :              TATGGACAGCAGATC--AA-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-AA---A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48380                      :              TATAGACAGCAGATT--AG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--A-CTG--------TCCAA-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48381                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----ACTTAAAAAG--G-CTG--------TCTTT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48382                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----GACCTTA-TT-TA-ATC
gi|48383                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48384                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48385                      :              TATGGACAACAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AT-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48386                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-TA-ATCGGGCTA
gi|48387                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCAAG-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48388                      :        tacagtTGTGGACAGCAGAAC--AG-A--T---A--------TC-AA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TC-AT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48389                      :              TATGGACAGCAGAAG--GA-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48390                      :              TATGGACAGCAGAAA--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCATTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48391                      :              TATGGACAGCAGAAA--TG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------T--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48392                      :              TATGGACACCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-AA-ATCAAGCTA
gi|48393                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--A---A--------GCCAT-TC----A----CGTTTTA-TT-TA-ATCTGGCTA
gi|48394                      :              TATGGACAGCAGAAT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------G---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-T
gi|48395                      :              TATGGACAACAGATC--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-A
gi|48396                      :              TATGGACAGTAGATT--GG-A--T---A--------TCCAC-A----T-----------AATTAT------AA-A-A----A--------A--G-CCG--------T-CAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48397                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TTAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TCTTAAA----TTTTCTA-TC-TA-ATCGGGCTA
gi|48399                      :              TATGGACAGCAAATC--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------T---AT-------A-G-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----G----AGCCTTG-TT-AA-ATCAGGCTA
gi|48400                      :              TATGGACAGCAGGTT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---ATA-----AA-A-A----A--------A--G-TTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTAA-TC-TA-ATTGGTCTA
gi|48401                      :              TATGGACAGTAGATC--GG-A--T---A-----------------------------------AT------GA-A-C----A--------G--G-CTG--------TCTAT-TC----G----CGTCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48402                      :              TATGGAAAGCAGGTT--GATA--T---A--------TCCAA-A----T-----------T---AT------GA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-CT----A----GGCCTTA-TC-TA-ATTAGGCT
gi|48403                      :              TACGGACAGCAAATT--TA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AATA-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCT
gi|48405                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48407                      :               ATGGACAGCAAGTT--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48408                      :               ATGGACAGCACATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCATGCTA
gi|48409                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TAAAA-AA---T-----------A---GT------AA-A-A----A--------A--AACTG--------TCCAT-TC----A----CGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48410                      :               ATAGCCAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----G--------A--G-CTG--------TCAAT-TC----A----CATCTCA-CT-TT-ATCAGGCTA
gi|48411                      :               ATGGACAGCAGATC--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----A--------A--G-ATG--------TCTAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGATTA
gi|48412                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----C
gi|48413                      :               ATAGACAGCACACC--AG-A--A---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTTAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ACC
gi|48414                      :               ATGGACAGCATATC--AA-A--TCATA--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CA----A----CGCCATA-TT-TT-ATTGGGC
gi|48415                      :               ATGGACAACACACA--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-T----A--------A--A-CTG--------TCCAC-CC----A----CACCTTA-TC-TA-ACCAGGCTA
gi|48418                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----CACATTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48419                      :            tagcTGGATAGCAGGTC--TT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------C---AT-------A-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-CA----A----CACCTTA-TT-T--GTCAGGC
gi|48420                      :                     AGCAAATC--GA-A--T---AGA------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----TTG--------TCCAT-CA----A----CTTCTTA-TT-TA-ACCAGACTA
gi|48421                      :             taaaaGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48422                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AA-G-CTA--------TACAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48423                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----C-----------A---A-------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48424                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCGT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48425                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--A---A--------TCAGA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48426                      :                   aCAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATTATATAAA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TA-TG-ACCAGGCTA
gi|48427                      :               agcGACATCAGATC--TG-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----AACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48428                      :                 aGACAGCAGATC--AG-AGAT---A--------TCAAA-A----T-----------A----T------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-T
gi|48429                      :                 aGATAGCAGATG--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------CCCAT-CC----A----CGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48430                      :                 aGACAGCAGACC--AG-A--T---ACATTTGTATTCAA-A----T-----------A---AT------AG-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGATTTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48431                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------CCCAA-A----T-----------A-----------AA-A-A----A--------T--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-T
gi|48432                      :                 aGACAGCAATTC--GT-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AG------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCA-TA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48433                      :                 aGACAGCACATA--AG-C--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCATA--A-TA-ATCAGGCTA
gi|48434                      :                 aGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-ATGGTT-----------G---AT------AT-A-A----A--------A--G-CTGTCCAAGACTCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-TTCAGGCT
gi|48435                      :                 aGACTGTAAATC--AG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------C---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCAAT--------------CCTTA-TT-TA-ATCAGAC
gi|48436                      :                 aGACAACAAATC--GG-A--T---G--------TCAAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TGCAT-AA----A----CACCTTA-TT-TA-
gi|48437                      :                   aCAGCA--TCATGA-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------GA-C-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGG
gi|48438                      :               agtGACAGCACATC--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TC------AA-A-A----ATTT-----A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CACTTTA-TC-TA-ATC
gi|48440                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCATA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48441                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAG-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48442                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48443                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TCATATATCAGGCTA
gi|48444                      :                  GACAACAAGTC--GA-A--A---A---------CTAATA----C-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CTCTTTG-TT-TA-ATCAGG
gi|48445                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-GTCAGACTA
gi|48446                      :                  GACAGCCGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AA-ATTAGGCT
gi|48447                      :                  GACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----A-----------A---AA------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCTGT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48448                      :                  GACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAC-TC----A----CGGCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48449                      :                  GACAGCATGTT--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AT---A--------A--G-TTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTG-TT-TA-ATCGGG
gi|48450                      :                  GACAGGAGATA--AG-A--T---A--------TCCAA-----------------------T------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48451                      :                   ACGGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48452                      :                   ACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48453                      :                   ACTGCAGATT--CG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGACTCC-TC-TT-ATGGGGCTA
gi|48454                      :                    CAGCATATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCTA
gi|48455                      :                    CAGCAGATA--GG-A--T---A--------TCTTA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----G--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-GTCGGGCTA
gi|48456                      :                    CATCAGATC--GG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------AA-A------------------G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-GA-ATCGGGCTA
gi|48457                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48458                      :                     AGCACGTC--AG-A--T---G--------TCCAA-A----TGATAATTATGTA---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCATTGTTT-TA-AT-AGGCTA
gi|48459                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48460                      :                     AACAGATC--AT-A--T---A--------TATAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------AACAT-CC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48461                      :                     AGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----CGCTTTA-TT-TA-AT
gi|48462                      :                      GCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-C-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48463                      :                                                      A-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCATATC---------CACCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48464                      : gtagataagatatatttgaattCGGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-AT-ATCAGGCTA
gi|48465                      :                         GGTC--AG-A--T---A--------TCCAG-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCTTTA-TC-AT-ATCAGGCT
gi|48467                      :                                G-A--C---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-ATA----A--------A--G-CTG--------TCCAT-AT----A----TGCCCTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48468                      :                                                                                      A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACTTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48469                      :                    gataaaaaaagct-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------G--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTCG-TC-TA-ATCGGGTTA
gi|48470                      :                                 -A--T---A--------TTAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A-----TG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-CA-ATGAGGC
gi|48471                      :                                      ---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTT--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48472                      :                                      ---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AAAAAA--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----ACCGTCGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48473                      :                                                     AA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48474                      :                                                     AA-A----T-----------A---CT------GA-A-A----A--------C--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCCA
gi|48475                      :                                                       -A----T-----------A---AT------AT-A-A----T--------A--G-CTG--------TCTAT-CC----A----CGACTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48476                      :                                                                          ---AT------AA-A-A----A-------------CTG--------TCCAT-CC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48477                      :                                                                                                         --G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA


blockSeqs                     :                                          CATTTGTA       TGGT GATAATTATGT      TATATA      AAAA CTTAAAAA AA     TCCAAGAC
blockSeqs                     :                                          GA             A    .                AA          A    TTT      AA     .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                A           T    .        A      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                          .              .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                         .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                         .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                         .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                         .    .                .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                                               .           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                                                           .    .        .      .       
blockSeqs                     :                                                                                                         .      .       


blockSeqCons                  :              
originalCons                  :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
finalCons                     :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA





Alignments
lowQualScore                  :                             00  0 00 000 22222222     0 1111 22222222222 000  222222  0 0 1111 22222222 11 0   11111111     0  0000 0000       0  0  0         
lowQualScore                  :                             ..  . .. ... ........     . .... ........... ...  ......  . . .... ........ .. .   ........     .  .... ....       .  .  .         
lowQualScore                  :                             66  4 66 888 22222222     4 3333 00000000000 777  111111  4 4 7777 22222222 55 4   44444444     4  8888 8888       4  4  4         
consensus                     :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
Reference ( family-286 )      :              TATGGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48371                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48372                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48373                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48374                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48375                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48376                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48377                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATAA----AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-AA-ATCAGTCTA
gi|48378                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48379                      :              TATGGACAGCAGATC--AA-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-AA---A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48380                      :              TATAGACAGCAGATT--AG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--A-CTG--------TCCAA-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48381                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----ACTTAAAAAG--G-CTG--------TCTTT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48382                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----GACCTTA-TT-TA-ATC
gi|48383                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48384                      :              TATGGACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48385                      :              TATGGACAACAGATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AC------AT-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48386                      :              TATGGACAGCAGATT--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGTCTTA-TT-TA-ATCGGGCTA
gi|48387                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCAAG-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48388                      :        tacagtTGTGGACAGCAGAAC--AG-A--T---A--------TC-AA-A----T-----------A---AC------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TC-AT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48389                      :              TATGGACAGCAGAAG--GA-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48390                      :              TATGGACAGCAGAAA--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCATTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48391                      :              TATGGACAGCAGAAA--TG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------T--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48392                      :              TATGGACACCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTCA-TT-AA-ATCAAGCTA
gi|48393                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--A---A--------GCCAT-TC----A----CGTTTTA-TT-TA-ATCTGGCTA
gi|48394                      :              TATGGACAGCAGAAT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------G---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-T
gi|48395                      :              TATGGACAACAGATC--GG-A--T---T--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-A
gi|48396                      :              TATGGACAGTAGATT--GG-A--T---A--------TCCAC-A----T-----------AATTAT------AA-A-A----A--------A--G-CCG--------T-CAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48397                      :              TATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TTAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TCTTAAA----TTTTCTA-TC-TA-ATCGGGCTA
gi|48399                      :              TATGGACAGCAAATC--GG-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------T---AT-------A-G-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----G----AGCCTTG-TT-AA-ATCAGGCTA
gi|48400                      :              TATGGACAGCAGGTT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---ATA-----AA-A-A----A--------A--G-TTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTAA-TC-TA-ATTGGTCTA
gi|48401                      :              TATGGACAGTAGATC--GG-A--T---A-----------------------------------AT------GA-A-C----A--------G--G-CTG--------TCTAT-TC----G----CGTCTTA-TT-TA-ACCAGGCTA
gi|48402                      :              TATGGAAAGCAGGTT--GATA--T---A--------TCCAA-A----T-----------T---AT------GA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-CT----A----GGCCTTA-TC-TA-ATTAGGCT
gi|48403                      :              TACGGACAGCAAATT--TA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AATA-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCT
gi|48405                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48407                      :               ATGGACAGCAAGTT--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48408                      :               ATGGACAGCACATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCATGCTA
gi|48409                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TAAAA-AA---T-----------A---GT------AA-A-A----A--------A--AACTG--------TCCAT-TC----A----CGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48410                      :               ATAGCCAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----G--------A--G-CTG--------TCAAT-TC----A----CATCTCA-CT-TT-ATCAGGCTA
gi|48411                      :               ATGGACAGCAGATC--GT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AT-A-A----A--------A--G-ATG--------TCTAT-TC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGATTA
gi|48412                      :               ATGGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----C
gi|48413                      :               ATAGACAGCACACC--AG-A--A---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTTAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ACC
gi|48414                      :               ATGGACAGCATATC--AA-A--TCATA--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CA----A----CGCCATA-TT-TT-ATTGGGC
gi|48415                      :               ATGGACAACACACA--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------GA-A-T----A--------A--A-CTG--------TCCAC-CC----A----CACCTTA-TC-TA-ACCAGGCTA
gi|48418                      :                    CAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----CACATTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48419                      :            tagcTGGATAGCAGGTC--TT-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------C---AT-------A-A-A----A--------A--T-CTG--------TCCAT-CA----A----CACCTTA-TT-T--GTCAGGC
gi|48420                      :                     AGCAAATC--GA-A--T---AGA------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----TTG--------TCCAT-CA----A----CTTCTTA-TT-TA-ACCAGACTA
gi|48421                      :             taaaaGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48422                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AA-G-CTA--------TACAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48423                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----C-----------A---A-------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA--T-TA-ATCAGGCTA
gi|48424                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCGT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48425                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--A---A--------TCAGA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48426                      :                   aCAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---ATTATATAAA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TA-TG-ACCAGGCTA
gi|48427                      :               agcGACATCAGATC--TG-A--T---A--------TCCAT-A----T-----------A---AT------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-TT----A----AACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48428                      :                 aGACAGCAGATC--AG-AGAT---A--------TCAAA-A----T-----------A----T------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-T
gi|48429                      :                 aGATAGCAGATG--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------TA-A-A----A-----------G-CTG--------CCCAT-CC----A----CGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48430                      :                 aGACAGCAGACC--AG-A--T---ACATTTGTATTCAA-A----T-----------A---AT------AG-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGATTTT-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48431                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------CCCAA-A----T-----------A-----------AA-A-A----A--------T--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-T
gi|48432                      :                 aGACAGCAATTC--GT-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AG------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCA-TA-CT-TA-ATCAGGCTA
gi|48433                      :                 aGACAGCACATA--AG-C--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCATA--A-TA-ATCAGGCTA
gi|48434                      :                 aGACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-ATGGTT-----------G---AT------AT-A-A----A--------A--G-CTGTCCAAGACTCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-TTCAGGCT
gi|48435                      :                 aGACTGTAAATC--AG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------C---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCAAT--------------CCTTA-TT-TA-ATCAGAC
gi|48436                      :                 aGACAACAAATC--GG-A--T---G--------TCAAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TGCAT-AA----A----CACCTTA-TT-TA-
gi|48437                      :                   aCAGCA--TCATGA-A--T---A--------TTCAA-A----T-----------A---AT------GA-C-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-TA-ATCAGG
gi|48438                      :               agtGACAGCACATC--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---TC------AA-A-A----ATTT-----A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CACTTTA-TC-TA-ATC
gi|48440                      :                 aGACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCATA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48441                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAG-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48442                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48443                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TCATATATCAGGCTA
gi|48444                      :                  GACAACAAGTC--GA-A--A---A---------CTAATA----C-----------A---AT------AA-A-A----A--------A----CTG--------TCCAT-TC----A----CTCTTTG-TT-TA-ATCAGG
gi|48445                      :                  GACAGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-GTCAGACTA
gi|48446                      :                  GACAGCCGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TTCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AA-ATTAGGCT
gi|48447                      :                  GACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----A-----------A---AA------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCTGT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48448                      :                  GACAGCAGAAA--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-G----A--------A--G-CTG--------TCCAC-TC----A----CGGCTTA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48449                      :                  GACAGCATGTT--GA-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AT---A--------A--G-TTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTG-TT-TA-ATCGGG
gi|48450                      :                  GACAGGAGATA--AG-A--T---A--------TCCAA-----------------------T------AA-A-A----T--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48451                      :                   ACGGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48452                      :                   ACAGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------AAAG-TTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48453                      :                   ACTGCAGATT--CG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------TA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGACTCC-TC-TT-ATGGGGCTA
gi|48454                      :                    CAGCATATT--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCAAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCTA
gi|48455                      :                    CAGCAGATA--GG-A--T---A--------TCTTA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----G--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-GTCGGGCTA
gi|48456                      :                    CATCAGATC--GG-A--T---A--------TCTAA-A----T-----------A---AT------AA-A------------------G-CTG--------CCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-GA-ATCGGGCTA
gi|48457                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--A-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48458                      :                     AGCACGTC--AG-A--T---G--------TCCAA-A----TGATAATTATGTA---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCATTGTTT-TA-AT-AGGCTA
gi|48459                      :                     AGCAGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A-------------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----TGTCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48460                      :                     AACAGATC--AT-A--T---A--------TATAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------AACAT-CC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48461                      :                     AGCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT-------A-A-A----A--------A--G-ATG--------TCCAT-TC----A----CGCTTTA-TT-TA-AT
gi|48462                      :                      GCAGATC--GG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-C-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48463                      :                                                      A-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCATATC---------CACCTTA-TC-TA-ATCAGGCTA
gi|48464                      : gtagataagatatatttgaattCGGATC--AG-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-AT-ATCAGGCTA
gi|48465                      :                         GGTC--AG-A--T---A--------TCCAG-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-CC----A----CGCTTTA-TC-AT-ATCAGGCT
gi|48467                      :                                G-A--C---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-ATA----A--------A--G-CTG--------TCCAT-AT----A----TGCCCTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48468                      :                                                                                      A-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACTTTA-TT-TA-ATCAGGTTA
gi|48469                      :                    gataaaaaaagct-A--T---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------G--G-CTG--------TCCAT-CC----A----TGCCTCG-TC-TA-ATCGGGTTA
gi|48470                      :                                 -A--T---A--------TTAAA-A----T-----------G---AT------AA-A-A----A--------A-----TG--------TCCAT-CC----A----TGCCTTA-TT-CA-ATGAGGC
gi|48471                      :                                      ---A--------TCCAA-A----T-----------A---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTT--------TCCAT-CC----A----CGCCTTA-TC-AT-ATCAGGCTA
gi|48472                      :                                      ---A--------TCAAA-A----T-----------A---AT------AA-A-AAAAAA--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----ACCGTCGCCATA-TT-TA-ATCAAGCTA
gi|48473                      :                                                     AA-A----T-----------T---AT------AA-A-A----A--------A--G-CTG--------TCCAT-TC----A----CGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48474                      :                                                     AA-A----T-----------A---CT------GA-A-A----A--------C--G-CTG--------TCCAC-CC----A----CGCCTTA-TT-TG-ATCAGGCCA
gi|48475                      :                                                       -A----T-----------A---AT------AT-A-A----T--------A--G-CTG--------TCTAT-CC----A----CGACTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48476                      :                                                                          ---AT------AA-A-A----A-------------CTG--------TCCAT-CC----A----AGCCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA
gi|48477                      :                                                                                                         --G-CTG--------TCCAT-TC----A----CACCTTA-TT-TA-ATCAGGCTA