lowQualScore                  :                1111111                                                                                                
lowQualScore                  :       00   11  8888888 0     0 111    0    00 0 0 11111111 0 000 22222 0 11111111111 111111  0   11111 11    0 0      
lowQualScore                  :       ..   ..  ....... .     . ...    .    .. . . ........ . ... ..... . ........... ......  .   ..... ..    . .      
lowQualScore                  :       77   77  3333333 9     4 555    4    66 4 4 55555555 8 777 00000 4 99999999999 666666  4   00000 00    4 4      
consensus                     : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
Reference ( gi|88733 )        : AAATTT--TGT--AC---ATT-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88735                      : AAATTT--TGT--AC---ATA-T-TTTTG-A---CATT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TG-C-C-TTTGAG
gi|88734                      : AAATTT--CGT--AC---CTA-T-TTATG-G---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TCTGAGcta
gi|88766                      : AAATTT--TGT--AC---TTT-T-TTCTT-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAC-C-TTTGA
gi|88740                      : AAATTTGTTGT--AC---CTT-T-TTCAG-A---CCTT-AAAC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88752                      : AAAATT--TGT--AC---TTA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88751                      : AAATTT--TAT--GT---ATT-T---CTG-G---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGata
gi|88764                      : AAATTT--TGT--AT---GTA-T-TTCTG-A---CCTT-AAAG--C-T-C--------T-----------G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88750                      : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TCCTG-A---CTTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAG-C-Tata
gi|88747                      : AAATGT--TGT--AC---CTA-T-TGCTG-A---TCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ACTGAG
gi|88737                      : AAATTT--TGA--AC---CTA-T-TTTTT-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGata
gi|88742                      : AAATTT--TGT--AT---CTA-C-TTTTG-A---CATT-GAGC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-GTTGAGgcta
gi|88779                      : AAATTT--TTTTAAC---ATA-T-TTCTG-A---TCTT-TAAC--T-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TG-ATC-----T--TGAC-C-TTTGAGc
gi|88738                      : AAGCTT--TGT--AG---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GACC--C-T-C--------T-A---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGtta
gi|88745                      : AAATTG--TGT--A-----TC-TATTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-AAC-----T--TGAC-T-TTTAAGcta
gi|88741                      : AAATAT--TGT--AC---CTA-T-TTTTA-A---CCTA-GAAC--C-T-C--------TTA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGGC-C-TTTGAGcta
gi|88754                      : AAATTT--TCTT-AT---CTC-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TG-ATA-----T--TGAC-C-TTTGActa
gi|88759                      : AAATAT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------A-A---A-----C-T-----------A------TT-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAatta
gi|88756                      : AAATTT--TGT--AC---CCG-T-TTATG-A---CCTC-GAAT--T-T-C--------C-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TCTGAGcct
gi|88753                      : AAACTT--TGT--TA---ATT-TGTTTTT-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------C------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88765                      : AAATAT--TGT--AC---TTA-T-TTCTG-A---TCCT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------CG-ACC-----T--TGAC-C-TTGGActa
gi|88760                      : AAATGT--TGT--AC---CTA-T-TTCTA-A---CCTT-AGTC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAccta
gi|88785                      : AAATTT--TGT--ACCT-ATT-T-TTTTT-A---CCTT-GAAC--C-A-C--------T-A-----------T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAGatta
gi|88748                      : AAATTC--TGT--AC---ATA-G-TTCTG-A---CCTT-AAAG--T-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAA
gi|88761                      : AAATTG--TGT--AC---ATA-T-TTCTT-A---CTTT-GACC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TTAC-C-TTTGAtcta
gi|88755                      : AAATTG--TGT--AT---GTA-T-TTCGG-A---CCTT-GAAT--C-T-T--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAT-C-TTTAAtcta
gi|88778                      : AGATTT--TGT--ACCTAATT-T-TT----A---CCTT-TAAC--T-T-T--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-C-TTTGAacta
gi|88777                      : AAATAT--TGT--A----GTTAT-TTCTG-A---CCTT-GAAC--A-T-T--------C-A---A-----G-T-----------A------CG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88749                      : AAATTT--TGT--AT---GCA-T-TTCCA-A---CCTT-TATC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-CATTTGAGcta
gi|88736                      : AAATTT--TGT--AC---ATA-T-TTCTA-A---CCTT-G------------------------A-----G-T-----------G------TG-ATC-----A--TGAC-C-TTTGAG
gi|88772                      : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-AA--CTTT-TTAC--C-T-T--------T-G---A-----G-T-----------T------TG-AAC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88757                      : AAATTG--TGT--AC---CTA-C-TTCTG-A---CCTT-AAAC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-A-------T--GGAC-T-TTTGAGcta
gi|88782                      : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--A-T-C--------T-A---A-----G-T-----------GA-----TG---C-----T--TGActa
gi|88743                      : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TTCAG-A---CCTT-GTAC--C-T-C--------A-A---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----A--TGAC-T-ATCGAG
gi|88769                      : AAATAG--TGT--AT---ATA-T-TTCTG-A---CCTTTAAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TC-ACT-----T--TGAC-C-ATTGActa
gi|88771                      : AAATTG--TGT--ACCTAATT-T-TT----A---CCTT-TAAC--C-T-T--------T-A---AT----G-T-----------G------TG-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGccta
gi|88780                      : AAATTA--TGT--AC---CTA-T-TTATG-A---CCTT-TTAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAC-T-GTTAAGct
gi|88781                      : AAATTT---GT--CC---CTA-T-ATCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-G--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----G--TGAC-C-TTTGActa
gi|88768                      : AAATGT--TGC--A--------T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--A-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--Tacta
gi|88791                      : AAAATG--TGT--AC---ATA-T-TTCTG-A---TCTT-GAGT--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-tgagcta
gi|88773                      : AAATAC--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-A-T--------T-A---A-----G-A-----------A------TG-ATC-----T--TGAG-C-TTGGAGagtttagcta
gi|88783                      : AAACAT--TGT--AC---TTA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--A-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TC-ATT-----T--TGAC-A-TTTGAGgta
gi|88758                      : AAATAT--TGT--AC---TTA-T-CTCTG-A---CCTT-AAAC--C-T-T--------T-T---A-----G-T-----------A------TA-A-C-----T--TGAC-C-TCTGActa
gi|88775                      : AAACTG--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-AAACGGC-T-CAAAACCTGT-T---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-T-TTTGAGccta
gi|88774                      : AAATCT--TGT--AC---CCA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-------T----------------------CC-----T--TGAC-C-Tcta
gi|88776                      : AAATTT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-G-AC--C-T-T--------T-G---A-----GCT-----------A------TGAACC-----T--TGGT-C-TT
gi|88767                      : AAATTG--TGT--AC---TTA-T-TTCTG-A---TTTT-TAAT--T-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----C--TGA--C-TTTGAGacatgcgcta
gi|88762                      : AAATTG--TAT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CACT-AAAC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------A------TG-ACA-----T--TGAC-C-ATTGgta
gi|88770                      : AAATTC--TGT--AC-----------CTA-A---TTCT-GAAT--A-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAA-T-TTTAAGtgcta
gi|88790                      : AAATTT--TAT--AC---TTA-T-TTCTG-ACCTCCTT-GAAC--C-T-C--------------------G-T-----------A------CG-ACG-----C--TGACAT-TTTGAGtta
gi|88787                      : AAATAT--TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-A--------T-A---A-----G-T-----------GCATTGTTG-GCC-----T--TGcta
gi|88789                      : AAATTG--TGT--AC---CTA-T-ATTTT-A---CTTT-TAAC--C-T-C--------T-A---ATC---T-T-----------G------TG-ATC-----T--TGTC-C-TTTGAG
gi|88799                      :  AATTT--TAT--AC---ATA-T-TTCTA-A---CTTT-TAAT--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcca
gi|88800                      :  AATTG--TGT--AT---GTA-T-TGCTG-A---CCTT-TAAT--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88801                      :  AATTT--GGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-AACC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TAAC-C-cta
gi|88803                      :  AATTT--TGT--AC---TTA-T-CTATG-A---CCTT-GAAC--C-T-T--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--GGGT-C-TTatagaacta
gi|88802                      :  AATTT--TGT--AG---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-T--------T-A---A-------T-----------G------TG-ACC-----TACAGAC-C-T
gi|88804                      :  AATTT--CATT-AC---CTA-T-TTATG-A---TCTT-GAAC--A-T-G--------T-A---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TAGC-A-TTTGAG
gi|88806                      :   ATTT--TAT--AT---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTAC-A-TTTGAGcta
gi|88807                      :   ATTT--TGC--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-T--------G-A---A-----G-T-----------A------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88808                      :   ATTT--TTT--AC---CTA-T-TTCTG-T---CCTT-GTAT--T-T-C----------A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAtta
gi|88805                      :   ATTT--TGT--AC---CGA-T-TTATA-A---CCTT-GAAT--A-T-C--------T-G---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGA--C-TTTGAGac
gi|88810                      :   ATAT--TGT--AT---CTA-T-TTCTG-A---ATTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TT-ACC-----A--TGAC-C--CTGAGcta
gi|88811                      :   ATTT--T-T--AC---CTA-T-TTCTG-A---CATT-AACC--C-T-C--------A-A---A-----A-T-----------A------TG-GCC-----T--AGAC-A-TTTGAGcta
gi|88815                      :    TTT--TGT--AC---ATA-T-TTCTG-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGActa
gi|88819                      :    TTT--TGT--AC---CTA-T-TTTTG-A---CCAT-AAAC--C-T-C--------TTA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGacta
gi|88817                      :    TTT--TTT--AC---GTA-T-TTCTG-A---CCAT-GAAT--T-T-C--------C-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcca
gi|88820                      :    TTT--TGT--AC---CGA-T-TTCTG-A---CATT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----T-T-----------G------TG-ACG-----T--T-AC-C-TTTGAGcta
gi|88816                      :    TTT--TG--------ATTAT-TTCTG-A---CTAT-TAAC--C-TAT--------T-A---A-----G-T-----------G------CG-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88818                      :  ttTTT--TGC--A----ATTAT-TTCTG-A---CCTT-TAAT--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TC-AAC-----T--TGAT-G-TTTcta
gi|88821                      :    TTT--TTT--AA---CTA-T-TTCTG-AA--CCGT--AAC--G-T-C--------T-A---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGtaacta
gi|88822                      :     TT--TGT--AC---CTA-C-ATTTG-A---CCTT-GAGC--C-T-T--------T-A---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88824                      :      T--TGT--AT---CTA-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-AGGTG-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88826                      :      T--TGT--AC---ATA-T-TTCTG-A---CCTT-GGCC--T-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----TG-TGAC-C-T
gi|88825                      :      T--TGT--AC---CTT-T-TTCTT-A---CCTT-GATC--C-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACCTCACTT--TGAT-C-TTTG
gi|88827                      :       --TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCAT-AAAC--C-T-C--------C-A---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----T--TAAC-C-TTTGAG
gi|88828                      :       --TGT--AC---CTA-T-TTCTG-A---CCAT-GAAA--C-T-C--------T-A---A-----G-C-----------G------TT-ACC-----T--TGGC-G-TTTGAGcta
gi|88829                      :       --TGT--AC---CTA-T-TTTTG-A---CCTT-GAAA--C-T-C--------A-A---A-----G-TATCCTAGTTTAG------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAGtta
gi|88830                      :           T--AC---ATA-T-TTCCA-T---CCTT-GAAC--C-C-C--------T-A---A-----G-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-C-TATAAGtta
gi|88763                      :                    TT-T-TTCTG-A---CCTT-GAGC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88836                      :        aaacttgtttcccT-T-TCCTG-A---CACT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-T-ATTGAGct
gi|88837                      :                   cta-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAA-C-TTTGAGc
gi|88833                      :                    ta-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-C--------C-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAct
gi|88842                      :                   cta-T-TTCTG-A---CCTT-AAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAG
gi|88840                      :                      -T-TTATG-A---CCTT-GAAC--C-T-T--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88834                      :                     a-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--C-T-T--------G-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC--------TGAC-C-TTTAAGata
gi|88831                      :                   ctg-T-TTTTG-A---CCTT-TAAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--GGGC-C-TTTAAGcta
gi|88839                      :                 accta-T-TTCTG-A---TCTT-GTAT--C-T-C--------T-A---ACTTAAG-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88823                      :                    ta-T-TTCTG-A---CCTT-GAAT--T-T-C--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTGT-C-TTTGAGcta
gi|88832                      :            tttttaacta-T-TTCTG-A---CCTT-GAAC--CCT-C--------T-A---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTcta
gi|88835                      :                  ccta-T-TTCAG-A---CCTT-TAAC--C-T-T--------T-T---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-T-TTTGAGaggcta
gi|88814                      :                   cta-T-TTCTG-A---CCTT-TATC--C-T-C--------T-A---A-----T-T-----------A------CA-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88792                      :            ttttaaccca-T-TTCAA-A---CCTA-GATC--C-T-C--------A-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAata
gi|88739                      :        aaattgttcaacca-T-TTCTG-A---C--T-GAAC--A-G-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TC-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGacta
gi|88843                      :      aaatattctacctaatga-TTCTGTA---CCTT-GAAT--A-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88841                      :                          TCTT-A---CCTT-GAGC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-GTT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88809                      :                       atgTCTG-A---CATT-GAAC--A-T-C--------G-A---A-----T-C-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGGGcta
gi|88788                      :             atattatatctataCTG-G---TCTT-GACC--C-T-C--------T-A---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-T-TTTGAGct
gi|88838                      :           aaatattgcgcctaataTG-A---CCTT-AAAC--C-C-G--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88845                      :                                    tattgtAC--C-T-C--------T-A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88776                      :                                                                                      ------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta





Alignments
lowQualScore                  :       11   22     1111    0  1 000    0   0 00  0 22222222  000 22222 0 11111111111 111111  0   11111 00    0 0      
lowQualScore                  :       ..   ..     ....    .  . ...    .   . ..  . ........  ... ..... . ........... ......  .   ..... ..    . .      
lowQualScore                  :       11   22     4444    4  2 777    4   4 66  4 33333333  777 00000 4 99999999999 666666  4   00000 99    4 4      
consensus                     : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
Reference ( family-282 )      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88733                      : AAATTT--TGT--ACATT----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88734                      : AAATTT--CGT--ACCTA----TTTA-TG-G---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TCTGAG
gi|88735                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTT-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TG-C-C-TTTGAG
gi|88736                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTC-TA-A---CCTT-G-----------------------A-----G-T-----------G------TG-ATC-----A--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88737                      : AAATTT--TGA--ACCTA----TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGcta
gi|88738                      : AAGCTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGgcta
gi|88739                      : AAATAT--TCT--ACCTAATGATTTC-TG-A---C--T-GAA-C--AG-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88740                      : AAATTTGTTGT--ACCTT----TTTC-AG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88741                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTT-TA-A---CCTA-GAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGGC-C-TTTGAGcta
gi|88742                      : AAATTT--TGT--ATCTA----CTTT-TG-A---CATT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-GTTGAGcta
gi|88743                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-AG-A---CCTT-GTA-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----A--TGAC-T-ATCGAGc
gi|88745                      : AAATTG--TGT--ATCTA----TT-C-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-AAC-----T--TGAC-T-TTTAAGcta
gi|88747                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTGC-TG-A---TCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ACTGAGcta
gi|88748                      : AAATTC--TGT--ACATA----GTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAata
gi|88749                      : AAATTT--TGT--ATGCA----TTTC-CA-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-CATTTGAGtcta
gi|88750                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTCC-TG-A---CTTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAG-C-T
gi|88751                      : AAATTT--TAT--G--TA----TTTC-TG-G---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAG
gi|88752                      : AAAATT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88753                      : AAACTT--TGTTAATTTG----TTTT-T--A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------C------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88754                      : AAATTT--TCTT-ATCTC----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATA-----T--TGAC-C-TTTGActa
gi|88755                      : AAATTG--TGT--ATGTA----TTTC-GG-A---CCTT-GAA-T--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAT-C-TTTAAatta
gi|88756                      : AAATTT--TGT--ACCCG----TTTA-TG-A---CCTC-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TCTGAGacta
gi|88757                      : AAATTG--TGT--ACCTA----CTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-A-------T--GGAC-T-TTTGAGcta
gi|88758                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TCTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------A------TA-A-C-----T--TGAC-C-TCTGActa
gi|88759                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------AA---A-----C-T-----------A------TT-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAccta
gi|88760                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTTC-TA-A---CCTT-AGT-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAcct
gi|88761                      : AAATTG--TGT--ACATA----TTTC-TT-A---CTTT-GAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TTAC-C-TTTGAatta
gi|88762                      : AAATTG--TAT--ACCTA----TTTC-TG-A---CACT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------A------TG-ACA-----T--TGAC-C-ATTGtcta
gi|88763                      : AAACTTG-TTT--CCCTT----TTTC-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGtgcta
gi|88764                      : AAATTT--TGT--ATGTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--CT-C--------T----------G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88765                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TCCT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACC-----T--TGAC-C-TTGGAata
gi|88766                      : AAATTT--TGT--ACTTT----TTTC-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAC-C-TTTGAccta
gi|88767                      : AAATTG--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TTTT-TAA-T--TT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----C--TGA--C-TTTGAG
gi|88768                      : AAATGT--TGC--A--------TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--Tgta
gi|88769                      : AAATAG--TGT--ATATA----TTTC-TG-A---CCTTTAAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ACT-----T--TGAC-C-ATTGAtgagcta
gi|88770                      : AAATTC--TGT--ACCTA----ATTC-TG-A----------A-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAA-T-TTTAAGccta
gi|88771                      : AAATTG--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---AT----G-T-----------G------TG-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGtta
gi|88772                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TGAA---CTTT-TTA-C--CT-T--------TG---A-----G-T-----------T------TG-AAC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88773                      : AAATAC--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CA-T--------TA---A-----G-A-----------A------TG-ATC-----T--TGAG-C-TTGGAGcta
gi|88774                      : AAATCT--TGT--ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-------T----------------------CC-----T--TGAC-C-Tgta
gi|88775                      : AAACTG--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-CGGCT-CAAAACCTGTT---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-T-TTTGAG
gi|88776                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-G-A-C--CT-T--------TG---A-----GCT-----------A------TGAACC-----T--TGGT-C-TTcta
gi|88777                      : AAATAT--TGT--AGTTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-T--------CA---A-----G-T-----------A------CG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAGacatgcgcta
gi|88778                      : AGATTT--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--TT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-C-TTTGActa
gi|88779                      : AAATTT--TTTTAACATA----TTTC-TG-A---TCTT-TAA-C--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATC-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88780                      : AAATTA--TGT--ACCTA----TTTA-TG-A---CCTT-TTA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAC-T-GTTAAGtta
gi|88781                      : AAATTT---GT--CCCTA----TATC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----G--TGAC-C-TTTGActa
gi|88782                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------GA-----TG---C-----T--TGAacta
gi|88783                      : AAACAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ATT-----T--TGAC-A-TTTGAG
gi|88785                      : AAATTT--TGT--ACCTATT--TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CA-C--------TA-----------T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAGcta
gi|88787                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-A--------TA---A-----G-T-----------GCATTGTTG-GCC-----T--TG
gi|88788                      : AAATAT--TGC--GCCTA----ATAC-TG-G---TCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-T-TTTGAG
gi|88789                      : AAATTG--TGT--ACCTA----TATT-TT-A---CTTT-TAA-C--CT-C--------TA---ATC---T-T-----------G------TG-ATC-----T--TGTC-C-TTTGAGct
gi|88790                      : AAATTT--TAT--ACTTA----TTTC-TG-ACCTCCTT-GAA-C--CT-C-------------------G-T-----------A------CG-ACG-----C--TGACAT-TTTGAGcca
gi|88791                      : AAAATG--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---TCTT-GAG-T--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-cta
gi|88792                      : AAATTG--TTC--AACCA----TTTC-AA-A---CCTA-GAT-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAagtttagcta
gi|88799                      :  AATTT--TAT--ACATA----TTTC-TA-A---CTTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGacta
gi|88800                      :  AATTG--TGT--ATGTA----TTGC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88801                      :  AATTT--GGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TAAC-C-cta
gi|88802                      :  AATTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---A-------T-----------G------TG-ACC-----TACAGAC-C-Tatagaacta
gi|88803                      :  AATTT--TGT--ACTTA----TCTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--GGGT-C-TT
gi|88804                      :  AATTT--CATT-ACCTA----TTTA-TG-A---TCTT-GAA-C--AT-G--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TAGC-A-TTTGAG
gi|88805                      :   ATTT--TGT--ACCGA----TTTA-TA-A---CCTT-GAA-T--AT-C--------TG---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGA--C-TTTGAGcta
gi|88806                      :   ATTT--TAT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTAC-A-TTTGAGcta
gi|88807                      :   ATTT--TGC--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------A------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88808                      :   ATTT--TTT--ACCTA----TTTC-TG-T---CCTT-GTA-T--TT-C---------A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAtta
gi|88809                      :   ATAT--TAT--ATCTA----TATC-TG-A---CATT-GAA-C--AT-C--------GA---A-----T-C-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGGGac
gi|88810                      :   ATAT--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---ATTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TT-ACC-----A--TGAC-C--CTGAGct
gi|88811                      :   ATTT--T-T--ACCTA----TTTC-TG-A---CATT-AAC-C--CT-C--------AA---A-----A-T-----------A------TG-GCC-----T--AGAC-A-TTTGAGcta
gi|88814                      :    TTT--TA---ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------A------CA-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88815                      :    TTT--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAata
gi|88816                      :    TTT--TTT--GATTA----TTTC-TG-A---CTAT-TAA-C--CTAT--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88817                      :    TTT--TTT--ACGTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88818                      :    TTT--TGC--AATTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-AAC-----T--TGAT-G-TTTcta
gi|88819                      :    TTT--TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGtaacta
gi|88820                      :    TTT--TGT--ACCGA----TTTC-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACG-----T--T-AC-C-TTTGAGcca
gi|88821                      :    TTT--TTT--AACTA----TTTC-TGAA---CCGT--AA-C--GT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88822                      :     TT--TGT--ACCTA----CATT-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88823                      :     TT--TTT--AACTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-T--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTGT-C-TTTGAGcta
gi|88824                      :      T--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TAGGTG-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88825                      :      T--TGT--ACCTT----TTTC-TT-A---CCTT-GAT-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACCTCACTT--TGAT-C-TTTG
gi|88826                      :      T--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-GGC-C--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----TG-TGAC-C-T
gi|88827                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-C--------CA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----T--TAAC-C-TTTGAG
gi|88828                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-A--CT-C--------TA---A-----G-C-----------G------TT-ACC-----T--TGGC-G-TTTGAGcta
gi|88829                      :       --TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-GAA-A--CT-C--------AA---A-----G-TATCCTAGTTTAG------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAGtta
gi|88830                      :           T--ACATA----TTTC-CA-T---CCTT-GAA-C--CC-C--------TA---A-----G-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-C-TATAAGtta
gi|88831                      :            --ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--GGGC-C-TTTAAGcta
gi|88832                      :               CCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAACC--CT-C--------TA---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTcta
gi|88833                      :                CTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAaggcta
gi|88834                      :                CTG----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------G------TG-ACC--------TGAC-C-TTTAAG
gi|88835                      :                CTA----TTTC-AG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-T-TTTGAGcta
gi|88836                      :                CTA----TTTCCTG-A---CACT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-T-ATTGAGcta
gi|88837                      :                 TA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAA-C-TTTGAGc
gi|88838                      :                 TA----TTGT-TG-A---CCTT-AAA-C--CC-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88839                      :                 TA----TTTC-TG-A---TCTT-GTA-T--CT-C--------TA---ACTTAAG-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88840                      :                  A----TTTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88841                      :                  A----TGTC-TT-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-GTT-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88842                      :                   ----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAGcta
gi|88843                      :                        TTC-TGTA---CCTT-GAA-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88845                      :                                          A-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta





Alignments
lowQualScore                  :       11   22     1111    0  1 000    0   0 00  0 22222222  000 22222 0 11111111111 111111  0   11111 00    0 0      
lowQualScore                  :       ..   ..     ....    .  . ...    .   . ..  . ........  ... ..... . ........... ......  .   ..... ..    . .      
lowQualScore                  :       11   22     4444    4  2 777    4   4 66  4 33333333  777 00000 4 99999999999 666666  4   00000 99    4 4      
consensus                     : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
Reference ( family-282 )      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88733                      : AAATTT--TGT--ACATT----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88734                      : AAATTT--CGT--ACCTA----TTTA-TG-G---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TCTGAG
gi|88735                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTT-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TG-C-C-TTTGAG
gi|88736                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTC-TA-A---CCTT-G-----------------------A-----G-T-----------G------TG-ATC-----A--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88737                      : AAATTT--TGA--ACCTA----TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGcta
gi|88738                      : AAGCTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGgcta
gi|88739                      : AAATAT--TCT--ACCTAATGATTTC-TG-A---C--T-GAA-C--AG-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88740                      : AAATTTGTTGT--ACCTT----TTTC-AG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88741                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTT-TA-A---CCTA-GAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGGC-C-TTTGAGcta
gi|88742                      : AAATTT--TGT--ATCTA----CTTT-TG-A---CATT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-GTTGAGcta
gi|88743                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-AG-A---CCTT-GTA-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----A--TGAC-T-ATCGAGc
gi|88745                      : AAATTG--TGT--ATCTA----TT-C-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-AAC-----T--TGAC-T-TTTAAGcta
gi|88747                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTGC-TG-A---TCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ACTGAGcta
gi|88748                      : AAATTC--TGT--ACATA----GTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAata
gi|88749                      : AAATTT--TGT--ATGCA----TTTC-CA-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-CATTTGAGtcta
gi|88750                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTCC-TG-A---CTTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAG-C-T
gi|88751                      : AAATTT--TAT--G--TA----TTTC-TG-G---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAG
gi|88752                      : AAAATT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88753                      : AAACTT--TGTTAATTTG----TTTT-T--A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------C------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88754                      : AAATTT--TCTT-ATCTC----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATA-----T--TGAC-C-TTTGActa
gi|88755                      : AAATTG--TGT--ATGTA----TTTC-GG-A---CCTT-GAA-T--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAT-C-TTTAAatta
gi|88756                      : AAATTT--TGT--ACCCG----TTTA-TG-A---CCTC-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TCTGAGacta
gi|88757                      : AAATTG--TGT--ACCTA----CTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-A-------T--GGAC-T-TTTGAGcta
gi|88758                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TCTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------A------TA-A-C-----T--TGAC-C-TCTGActa
gi|88759                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------AA---A-----C-T-----------A------TT-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAccta
gi|88760                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTTC-TA-A---CCTT-AGT-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAcct
gi|88761                      : AAATTG--TGT--ACATA----TTTC-TT-A---CTTT-GAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TTAC-C-TTTGAatta
gi|88762                      : AAATTG--TAT--ACCTA----TTTC-TG-A---CACT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------A------TG-ACA-----T--TGAC-C-ATTGtcta
gi|88763                      : AAACTTG-TTT--CCCTT----TTTC-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGtgcta
gi|88764                      : AAATTT--TGT--ATGTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--CT-C--------T----------G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88765                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TCCT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACC-----T--TGAC-C-TTGGAata
gi|88766                      : AAATTT--TGT--ACTTT----TTTC-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAC-C-TTTGAccta
gi|88767                      : AAATTG--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TTTT-TAA-T--TT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----C--TGA--C-TTTGAG
gi|88768                      : AAATGT--TGC--A--------TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--Tgta
gi|88769                      : AAATAG--TGT--ATATA----TTTC-TG-A---CCTTTAAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ACT-----T--TGAC-C-ATTGAtgagcta
gi|88770                      : AAATTC--TGT--ACCTA----ATTC-TG-A----------A-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAA-T-TTTAAGccta
gi|88771                      : AAATTG--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---AT----G-T-----------G------TG-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGtta
gi|88772                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TGAA---CTTT-TTA-C--CT-T--------TG---A-----G-T-----------T------TG-AAC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88773                      : AAATAC--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CA-T--------TA---A-----G-A-----------A------TG-ATC-----T--TGAG-C-TTGGAGcta
gi|88774                      : AAATCT--TGT--ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-------T----------------------CC-----T--TGAC-C-Tgta
gi|88775                      : AAACTG--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-CGGCT-CAAAACCTGTT---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-T-TTTGAG
gi|88776                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-G-A-C--CT-T--------TG---A-----GCT-----------A------TGAACC-----T--TGGT-C-TTcta
gi|88777                      : AAATAT--TGT--AGTTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-T--------CA---A-----G-T-----------A------CG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAGacatgcgcta
gi|88778                      : AGATTT--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--TT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-C-TTTGActa
gi|88779                      : AAATTT--TTTTAACATA----TTTC-TG-A---TCTT-TAA-C--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATC-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88780                      : AAATTA--TGT--ACCTA----TTTA-TG-A---CCTT-TTA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAC-T-GTTAAGtta
gi|88781                      : AAATTT---GT--CCCTA----TATC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----G--TGAC-C-TTTGActa
gi|88782                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------GA-----TG---C-----T--TGAacta
gi|88783                      : AAACAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ATT-----T--TGAC-A-TTTGAG
gi|88785                      : AAATTT--TGT--ACCTATT--TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CA-C--------TA-----------T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAGcta
gi|88787                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-A--------TA---A-----G-T-----------GCATTGTTG-GCC-----T--TG
gi|88788                      : AAATAT--TGC--GCCTA----ATAC-TG-G---TCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-T-TTTGAG
gi|88789                      : AAATTG--TGT--ACCTA----TATT-TT-A---CTTT-TAA-C--CT-C--------TA---ATC---T-T-----------G------TG-ATC-----T--TGTC-C-TTTGAGct
gi|88790                      : AAATTT--TAT--ACTTA----TTTC-TG-ACCTCCTT-GAA-C--CT-C-------------------G-T-----------A------CG-ACG-----C--TGACAT-TTTGAGcca
gi|88791                      : AAAATG--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---TCTT-GAG-T--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-cta
gi|88792                      : AAATTG--TTC--AACCA----TTTC-AA-A---CCTA-GAT-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAagtttagcta
gi|88799                      :  AATTT--TAT--ACATA----TTTC-TA-A---CTTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGacta
gi|88800                      :  AATTG--TGT--ATGTA----TTGC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88801                      :  AATTT--GGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TAAC-C-cta
gi|88802                      :  AATTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---A-------T-----------G------TG-ACC-----TACAGAC-C-Tatagaacta
gi|88803                      :  AATTT--TGT--ACTTA----TCTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--GGGT-C-TT
gi|88804                      :  AATTT--CATT-ACCTA----TTTA-TG-A---TCTT-GAA-C--AT-G--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TAGC-A-TTTGAG
gi|88805                      :   ATTT--TGT--ACCGA----TTTA-TA-A---CCTT-GAA-T--AT-C--------TG---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGA--C-TTTGAGcta
gi|88806                      :   ATTT--TAT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTAC-A-TTTGAGcta
gi|88807                      :   ATTT--TGC--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------A------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88808                      :   ATTT--TTT--ACCTA----TTTC-TG-T---CCTT-GTA-T--TT-C---------A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAtta
gi|88809                      :   ATAT--TAT--ATCTA----TATC-TG-A---CATT-GAA-C--AT-C--------GA---A-----T-C-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGGGac
gi|88810                      :   ATAT--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---ATTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TT-ACC-----A--TGAC-C--CTGAGct
gi|88811                      :   ATTT--T-T--ACCTA----TTTC-TG-A---CATT-AAC-C--CT-C--------AA---A-----A-T-----------A------TG-GCC-----T--AGAC-A-TTTGAGcta
gi|88814                      :    TTT--TA---ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------A------CA-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88815                      :    TTT--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAata
gi|88816                      :    TTT--TTT--GATTA----TTTC-TG-A---CTAT-TAA-C--CTAT--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88817                      :    TTT--TTT--ACGTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88818                      :    TTT--TGC--AATTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-AAC-----T--TGAT-G-TTTcta
gi|88819                      :    TTT--TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGtaacta
gi|88820                      :    TTT--TGT--ACCGA----TTTC-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACG-----T--T-AC-C-TTTGAGcca
gi|88821                      :    TTT--TTT--AACTA----TTTC-TGAA---CCGT--AA-C--GT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88822                      :     TT--TGT--ACCTA----CATT-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88823                      :     TT--TTT--AACTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-T--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTGT-C-TTTGAGcta
gi|88824                      :      T--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TAGGTG-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88825                      :      T--TGT--ACCTT----TTTC-TT-A---CCTT-GAT-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACCTCACTT--TGAT-C-TTTG
gi|88826                      :      T--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-GGC-C--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----TG-TGAC-C-T
gi|88827                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-C--------CA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----T--TAAC-C-TTTGAG
gi|88828                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-A--CT-C--------TA---A-----G-C-----------G------TT-ACC-----T--TGGC-G-TTTGAGcta
gi|88829                      :       --TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-GAA-A--CT-C--------AA---A-----G-TATCCTAGTTTAG------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAGtta
gi|88830                      :           T--ACATA----TTTC-CA-T---CCTT-GAA-C--CC-C--------TA---A-----G-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-C-TATAAGtta
gi|88831                      :            --ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--GGGC-C-TTTAAGcta
gi|88832                      :               CCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAACC--CT-C--------TA---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTcta
gi|88833                      :                CTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAaggcta
gi|88834                      :                CTG----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------G------TG-ACC--------TGAC-C-TTTAAG
gi|88835                      :                CTA----TTTC-AG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-T-TTTGAGcta
gi|88836                      :                CTA----TTTCCTG-A---CACT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-T-ATTGAGcta
gi|88837                      :                 TA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAA-C-TTTGAGc
gi|88838                      :                 TA----TTGT-TG-A---CCTT-AAA-C--CC-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88839                      :                 TA----TTTC-TG-A---TCTT-GTA-T--CT-C--------TA---ACTTAAG-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88840                      :                  A----TTTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88841                      :                  A----TGTC-TT-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-GTT-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88842                      :                   ----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAGcta
gi|88843                      :                        TTC-TGTA---CCTT-GAA-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88845                      :                                          A-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta


blockSeqs                     :       GT   TA     ATGA       A                    AAAACCTG      CTTAA   ATCCTAGTTTA CATTGT
blockSeqs                     :       G    TA     TT         A                    T             TC      .           A     
blockSeqs                     :       .    T      .          T                    T             T       .           .     
blockSeqs                     :       .    T      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :       .    .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :            .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :            .      .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                   .          .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                              .                    .             .       .           .     
blockSeqs                     :                                                   .             .       .           .     


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
finalCons                     : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG





Alignments
lowQualScore                  :       11   22     1111    0  1 000    0   0 00  0 22222222  000 22222 0 11111111111 111111  0   11111 00    0 0      
lowQualScore                  :       ..   ..     ....    .  . ...    .   . ..  . ........  ... ..... . ........... ......  .   ..... ..    . .      
lowQualScore                  :       11   22     4444    4  2 777    4   4 66  4 33333333  777 00000 4 99999999999 666666  4   00000 99    4 4      
consensus                     : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
Reference ( family-282 )      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88733                      : AAATTT--TGT--ACATT----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAG
gi|88734                      : AAATTT--CGT--ACCTA----TTTA-TG-G---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TCTGAG
gi|88735                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTT-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TG-C-C-TTTGAG
gi|88736                      : AAATTT--TGT--ACATA----TTTC-TA-A---CCTT-G-----------------------A-----G-T-----------G------TG-ATC-----A--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88737                      : AAATTT--TGA--ACCTA----TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGcta
gi|88738                      : AAGCTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGgcta
gi|88739                      : AAATAT--TCT--ACCTAATGATTTC-TG-A---C--T-GAA-C--AG-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88740                      : AAATTTGTTGT--ACCTT----TTTC-AG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88741                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTT-TA-A---CCTA-GAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGGC-C-TTTGAGcta
gi|88742                      : AAATTT--TGT--ATCTA----CTTT-TG-A---CATT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-GTTGAGcta
gi|88743                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-AG-A---CCTT-GTA-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----A--TGAC-T-ATCGAGc
gi|88745                      : AAATTG--TGT--ATCTA----TT-C-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-AAC-----T--TGAC-T-TTTAAGcta
gi|88747                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTGC-TG-A---TCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ACTGAGcta
gi|88748                      : AAATTC--TGT--ACATA----GTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAata
gi|88749                      : AAATTT--TGT--ATGCA----TTTC-CA-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-CATTTGAGtcta
gi|88750                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTCC-TG-A---CTTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAG-C-T
gi|88751                      : AAATTT--TAT--G--TA----TTTC-TG-G---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAG
gi|88752                      : AAAATT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88753                      : AAACTT--TGTTAATTTG----TTTT-T--A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------C------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88754                      : AAATTT--TCTT-ATCTC----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATA-----T--TGAC-C-TTTGActa
gi|88755                      : AAATTG--TGT--ATGTA----TTTC-GG-A---CCTT-GAA-T--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAT-C-TTTAAatta
gi|88756                      : AAATTT--TGT--ACCCG----TTTA-TG-A---CCTC-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TCTGAGacta
gi|88757                      : AAATTG--TGT--ACCTA----CTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-A-------T--GGAC-T-TTTGAGcta
gi|88758                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TCTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------A------TA-A-C-----T--TGAC-C-TCTGActa
gi|88759                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------AA---A-----C-T-----------A------TT-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAccta
gi|88760                      : AAATGT--TGT--ACCTA----TTTC-TA-A---CCTT-AGT-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAcct
gi|88761                      : AAATTG--TGT--ACATA----TTTC-TT-A---CTTT-GAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TTAC-C-TTTGAatta
gi|88762                      : AAATTG--TAT--ACCTA----TTTC-TG-A---CACT-AAA-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------A------TG-ACA-----T--TGAC-C-ATTGtcta
gi|88763                      : AAACTTG-TTT--CCCTT----TTTC-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGtgcta
gi|88764                      : AAATTT--TGT--ATGTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-G--CT-C--------T----------G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88765                      : AAATAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TCCT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACC-----T--TGAC-C-TTGGAata
gi|88766                      : AAATTT--TGT--ACTTT----TTTC-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TAAC-C-TTTGAccta
gi|88767                      : AAATTG--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---TTTT-TAA-T--TT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----C--TGA--C-TTTGAG
gi|88768                      : AAATGT--TGC--A--------TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--Tgta
gi|88769                      : AAATAG--TGT--ATATA----TTTC-TG-A---CCTTTAAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ACT-----T--TGAC-C-ATTGAtgagcta
gi|88770                      : AAATTC--TGT--ACCTA----ATTC-TG-A----------A-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAA-T-TTTAAGccta
gi|88771                      : AAATTG--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---AT----G-T-----------G------TG-ACT-----T--TGAC-C-TTTCAGtta
gi|88772                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TGAA---CTTT-TTA-C--CT-T--------TG---A-----G-T-----------T------TG-AAC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88773                      : AAATAC--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CA-T--------TA---A-----G-A-----------A------TG-ATC-----T--TGAG-C-TTGGAGcta
gi|88774                      : AAATCT--TGT--ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-------T----------------------CC-----T--TGAC-C-Tgta
gi|88775                      : AAACTG--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-CGGCT-CAAAACCTGTT---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-T-TTTGAG
gi|88776                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-G-A-C--CT-T--------TG---A-----GCT-----------A------TGAACC-----T--TGGT-C-TTcta
gi|88777                      : AAATAT--TGT--AGTTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-T--------CA---A-----G-T-----------A------CG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAGacatgcgcta
gi|88778                      : AGATTT--TGT--ACCTA----ATTT-TT-A---CCTT-TAA-C--TT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-C-TTTGActa
gi|88779                      : AAATTT--TTTTAACATA----TTTC-TG-A---TCTT-TAA-C--TT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ATC-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88780                      : AAATTA--TGT--ACCTA----TTTA-TG-A---CCTT-TTA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAC-T-GTTAAGtta
gi|88781                      : AAATTT---GT--CCCTA----TATC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACT-----G--TGAC-C-TTTGActa
gi|88782                      : AAATTT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------GA-----TG---C-----T--TGAacta
gi|88783                      : AAACAT--TGT--ACTTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--AT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TC-ATT-----T--TGAC-A-TTTGAG
gi|88785                      : AAATTT--TGT--ACCTATT--TTTT-TT-A---CCTT-GAA-C--CA-C--------TA-----------T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-A-TTTAAGcta
gi|88787                      : AAATAT--TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-A--------TA---A-----G-T-----------GCATTGTTG-GCC-----T--TG
gi|88788                      : AAATAT--TGC--GCCTA----ATAC-TG-G---TCTT-GAC-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-T-TTTGAG
gi|88789                      : AAATTG--TGT--ACCTA----TATT-TT-A---CTTT-TAA-C--CT-C--------TA---ATC---T-T-----------G------TG-ATC-----T--TGTC-C-TTTGAGct
gi|88790                      : AAATTT--TAT--ACTTA----TTTC-TG-ACCTCCTT-GAA-C--CT-C-------------------G-T-----------A------CG-ACG-----C--TGACAT-TTTGAGcca
gi|88791                      : AAAATG--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---TCTT-GAG-T--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-cta
gi|88792                      : AAATTG--TTC--AACCA----TTTC-AA-A---CCTA-GAT-C--CT-C--------AA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAagtttagcta
gi|88799                      :  AATTT--TAT--ACATA----TTTC-TA-A---CTTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGacta
gi|88800                      :  AATTG--TGT--ATGTA----TTGC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88801                      :  AATTT--GGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-AAC-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-GCC-----T--TAAC-C-cta
gi|88802                      :  AATTT--TGT--AGCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TA---A-------T-----------G------TG-ACC-----TACAGAC-C-Tatagaacta
gi|88803                      :  AATTT--TGT--ACTTA----TCTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--GGGT-C-TT
gi|88804                      :  AATTT--CATT-ACCTA----TTTA-TG-A---TCTT-GAA-C--AT-G--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACC-----T--TAGC-A-TTTGAG
gi|88805                      :   ATTT--TGT--ACCGA----TTTA-TA-A---CCTT-GAA-T--AT-C--------TG---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGA--C-TTTGAGcta
gi|88806                      :   ATTT--TAT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTAC-A-TTTGAGcta
gi|88807                      :   ATTT--TGC--ACCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------A------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88808                      :   ATTT--TTT--ACCTA----TTTC-TG-T---CCTT-GTA-T--TT-C---------A---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAtta
gi|88809                      :   ATAT--TAT--ATCTA----TATC-TG-A---CATT-GAA-C--AT-C--------GA---A-----T-C-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGGGac
gi|88810                      :   ATAT--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---ATTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TT-ACC-----A--TGAC-C--CTGAGct
gi|88811                      :   ATTT--T-T--ACCTA----TTTC-TG-A---CATT-AAC-C--CT-C--------AA---A-----A-T-----------A------TG-GCC-----T--AGAC-A-TTTGAGcta
gi|88814                      :    TTT--TA---ACCCA----TTTC-TG-A---CCTT-TAT-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------A------CA-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88815                      :    TTT--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACA-----T--TGAC-C-TTTGAata
gi|88816                      :    TTT--TTT--GATTA----TTTC-TG-A---CTAT-TAA-C--CTAT--------TA---A-----G-T-----------G------CG-ACT-----T--TGAC-C-TTTGAGacta
gi|88817                      :    TTT--TTT--ACGTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-T--TT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88818                      :    TTT--TGC--AATTA----TTTC-TG-A---CCTT-TAA-T--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TC-AAC-----T--TGAT-G-TTTcta
gi|88819                      :    TTT--TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-CT-------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTAAGtaacta
gi|88820                      :    TTT--TGT--ACCGA----TTTC-TG-A---CATT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----T-T-----------G------TG-ACG-----T--T-AC-C-TTTGAGcca
gi|88821                      :    TTT--TTT--AACTA----TTTC-TGAA---CCGT--AA-C--GT-C--------TA---A-----G-A-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88822                      :     TT--TGT--ACCTA----CATT-TG-A---CCTT-GAG-C--CT-T--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88823                      :     TT--TTT--AACTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-T--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TTGT-C-TTTGAGcta
gi|88824                      :      T--TGT--ATCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TAGGTG-----G-T-----------G------TA-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88825                      :      T--TGT--ACCTT----TTTC-TT-A---CCTT-GAT-C--CT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACCTCACTT--TGAT-C-TTTG
gi|88826                      :      T--TGT--ACATA----TTTC-TG-A---CCTT-GGC-C--TT-C--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----TG-TGAC-C-T
gi|88827                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-AAA-C--CT-C--------CA---A-----A-T-----------G------TG-ACA-----T--TAAC-C-TTTGAG
gi|88828                      :       --TGT--ACCTA----TTTC-TG-A---CCAT-GAA-A--CT-C--------TA---A-----G-C-----------G------TT-ACC-----T--TGGC-G-TTTGAGcta
gi|88829                      :       --TGT--ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-GAA-A--CT-C--------AA---A-----G-TATCCTAGTTTAG------TG-ACC-----T--AGAC-C-TTTGAGtta
gi|88830                      :           T--ACATA----TTTC-CA-T---CCTT-GAA-C--CC-C--------TA---A-----G-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-C-TATAAGtta
gi|88831                      :            --ACCTA----TTTT-TG-A---CCTT-TAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--GGGC-C-TTTAAGcta
gi|88832                      :               CCTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAACC--CT-C--------TA---A-----G-C-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTcta
gi|88833                      :                CTA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------CA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAaggcta
gi|88834                      :                CTG----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------GA---A-----G-T-----------G------TG-ACC--------TGAC-C-TTTAAG
gi|88835                      :                CTA----TTTC-AG-A---CCTT-TAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----A--TGAC-T-TTTGAGcta
gi|88836                      :                CTA----TTTCCTG-A---CACT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------T------TG-ACC-----T--TGAC-T-ATTGAGcta
gi|88837                      :                 TA----TTTC-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TCAA-C-TTTGAGc
gi|88838                      :                 TA----TTGT-TG-A---CCTT-AAA-C--CC-G--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGct
gi|88839                      :                 TA----TTTC-TG-A---TCTT-GTA-T--CT-C--------TA---ACTTAAG-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta
gi|88840                      :                  A----TTTA-TG-A---CCTT-GAA-C--CT-T--------TT---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAT-C-TTTGAGcta
gi|88841                      :                  A----TGTC-TT-A---CCTT-GAG-C--CT-C--------TA---A-----A-T-----------G------TG-GTT-----T--TGAC-C-TTTGAGata
gi|88842                      :                   ----TTTC-TG-A---CCTT-AAA-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------A------TG-ACC-----T--TGAC-C-ATTGAGcta
gi|88843                      :                        TTC-TGTA---CCTT-GAA-T--AT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTCAGcta
gi|88845                      :                                          A-C--CT-C--------TA---A-----G-T-----------G------TG-ACC-----T--TGAC-C-TTTGAGcta