lowQualScore : 0 0 22222222222 0 0 2 111 1111 2222 0 4444 66666 22222 1111 00 0 0 0 0 4 0 00 0 00
lowQualScore : . . ........... . . . ... .... .... . .... ..... ..... .... .. . . . . . . .. . ..
lowQualScore : 4 4 99999999999 4 4 4 555 8888 5555 4 9999 66666 77777 3333 66 4 4 4 4 5 4 66 4 66
consensus : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CNT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
Reference ( gi|17936 ) : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17938 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17937 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17940 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TTAAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17941 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17935 : CTC-GGAAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17963 : CTC-GGGGGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17943 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CG
gi|17964 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAGACACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17942 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-CGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATACGT--CGCACT
gi|17945 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CTTACT
gi|17944 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-TAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17939 : CTC-GGAAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17971 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAA-AGAG--ACGTGC-AATATGA--CGCACTA
gi|17946 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAC-AGGG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|17965 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-C---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17948 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-GAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17950 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17951 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-TAT-AAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17949 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17966 : CTC-AGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AAAG--ACGTAC-AATATGT--CGCACTA
gi|17952 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-CAT-AGGG--TCGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17967 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCAC-AAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17968 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGGA--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17954 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AT-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAA--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17969 : CTT-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AGTATGT--CGCACTA
gi|17955 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-C-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17970 : CTC-TGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17947 : CTC-GGAAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17957 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAT--GCTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17958 : CTC-GAGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTTC-AATATGT--CGCACTA
gi|17972 : CTC-GG-AGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----C-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CCT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17973 : CTC-GGGAGA-T----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCCC-CGT-AGAG--ACGTGC-AATACGT--CTCACTA
gi|17953 : CTC-GGGAGA-C----------GTA-A-AA-T---A----A----A-A----AAA---T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17974 : CTT-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-TCT-AGAG--ACATGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17959 : CTC-AGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAA-TGCTC-TAT-AAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17956 : CTCAGGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-G----A-----T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAA-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17983 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----ATA--A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-CGCTC-CTG-AGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17975 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAA-TGTTC-CCT-AGAG--ACGTGT-AATATGT--CGCACTA
gi|17976 : CTC-GGTAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAAGGCTC-CAT-AATG--ACGTGC-AATATGT--CGCCCTA
gi|17961 : CTC-GGGACA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T--AAA-GGCTC-GAT-AGAG--ACGTGC-AAT-TAT--CGCACT
gi|17977 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----AAA---TA----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CG--AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17979 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----AAAA--T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTT-C-T-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17986 : CTC-GGGAGA-T----------TCA-A-AA-T---A----A----A-AAAAAA-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTT-AAAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17980 : CTC-TGGAGA-C----------GCA-A-TA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTG-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17981 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17982 : CTC-GGGAGA-G----------GCA-A-AA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAT-GCCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17960 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TTAA-TGCTG-TAT-GGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17985 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----AAAAAT--T-T-AAAA-GGCTC-C-T-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17987 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----AATA--T-----C----T--T-T-AAAC-GGCAC-CTT-GGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|17988 : CTC-GGGAGA-C----------GCG-A-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----TAAT-T-AAAA-GGCTC-C-T-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17984 : CTC-GGGAGA-T----------GCA-A-AA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GACTC-CAT-AAAG--ATGTGC-TATATGT--CACATTA
gi|17989 : CTC-GGGAGA-T----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17998 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----ATTTT-------------T-----T----T--T-T-AAAA-GGCTC-C-T-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCAC
gi|17997 : CTC-GGGTGA-C----------ACA-A-AA-T---A----AG---A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAA-GTCTC-TTT-AGAG--ACATGC-AATATGT--CGCATTA
gi|17990 : CTC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---AAA--A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAT-GGCTC-C-T-AGAG--ATGTGC-AATGTGT--TGCACTA
gi|17962 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A-----------------T-----C----T--G-T-AAAT-GGCTC-TAT-AGAA--ACGTGC-AATATGT--TGCTCTA
gi|17996 : CTC-GAGAGA-G----------TTA-A-AA-T---A----A----A-A----G-----T----------T--T-T-AAAA-GTCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17991 : CTT-GGGAGA-C----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-CATATGT--CGCACTA
gi|17992 : CTC-GGAAAA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGTTC-CTA-AGAG--ACGTAC-ACTATGT--CGCACT
gi|17993 : CTC-GGG-GA-C----------GCA-A-AA----------A----A-A----A-----T-----G----T--C---AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18000 : CTC-GGGAGA-C----------ATA-A-AA----------A----A-A----A-----T-------------T-T-AAAA-AGCTC-ATT-AGAG--ACGTGC-AACATGT--CGCACTA
gi|17994 : CTC-TGGAAA-C----------GCA-A-AA-TCAAA----A----ATA----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGTTC-CTT-AGAG--ACGTAC-AATATTT--CGCACTA
gi|17995 : CTA-GAGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----T--T-A-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACTTGC-AATATGT--CACACTA
gi|17978 : CCC-GGAAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----AAAACAC----T--T-T-AAAA-GGCTC-CG--AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCTCTA
gi|18005 : CTC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----AA----T-----T----G--T-C-AAAA-GGTTC-ATT-AGAG--ATGTGC-AATATGT--C
gi|17999 : CTC-GGGAGG-T----------GCA-A-AA-T---AG---A----A-A----A-----T-----C----G--G-T-AAA--GGCTC-TTT-AGAG--ACGTGC-AATATAT--CACACTA
gi|18001 : CTC-GGGAGA-A----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----AAAATGT-----C-----------AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CTCACTA
gi|18002 : CTC-GTGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----ATAA-A-A----A-----CAA---C----T--T-T-AATA-TGCTC-C-T-AGAG--ATATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18003 : CTC-GGGAGA-CCGTCTCAGATGCA-A-AA-----A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-AGCTC-CAT-AGAA--ATGTGC-AATATGCTACTCACTA
gi|18004 : CTC-AGGAGA-C----------GCA-A-AA-C---A----A----A-A----AAAAA-T-----C----T--TAT-AAA---GCTC-CTT-AAAG--ACCTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18006 : CTC-GGGAGA-C----------TCA-A-AA-C---A----T----A-G----A-----T-----C----T--T-T-AAAA---CTCTCATTAGTG--ACGTGC-AATATGT--TACACTA
gi|18007 : CTC-GGGAAAGC----------AAA-ATAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAA-GGCTC-CTT---AG--ACCTAC-AATATGT--CGCATTA
gi|18021 : TC-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-GAAA-GGTTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18022 : TC-GGGACA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----C-----T-----A----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18019 : TC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-ACAA-GGCTC-CAG-TGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18020 : TC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-TGCTC-CAG-TGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18023 : TC-GGGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCAC-CTT-AAAG--ACATGC-AATATGT--CGCACT
gi|18024 : TC-CGGAGA-T----------GCA-A-AA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GCCTC-CAT-AGAG--ACGTGA-AATATGT--TGCACTA
gi|18025 : TC-GAGA-A-C----------GAA-A-AA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAA-GGCTA-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18026 : TC-GGTAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-AT---A-----T-----C----G--T-C-AAAA-GATTT-CTT-TGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18032 : C-GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-AAT-AGAG--ACATAC-AATATGT--CGCACTA
gi|18033 : C-GGCAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----T-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18034 : C-GGGAGA-C----------GCC-A-AA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGTTC-TTT-AGCG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18035 : C-GGCAGA-C----------GCATA-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAA-AGCTC-CGT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18031 : C-AGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----TAAA--C----T--T-T-TAAA-GGCTC-GTT-AGAG--ACGAGA-AATATTT--CGCACTA
gi|18036 : -GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----G-----C----T--T-T-AAAA-GACTC-CAT-AGAG--ACTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18037 : -GAGAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----AG----T-----C----T--T-T-AAAA-GGGTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|18038 : -GGGAGA-C----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18039 : -GGGAGA-T----------GCA-A-AA-T---ATAAAA----A-A----A-----T-----C----T--T-A-AAAA-ATCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|18040 : -GGGAGA-C----------GCA-A-AA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ATGTACAAATATAT--TGCTCTA
gi|18041 : -GGGAGA-T----------GCA-G-AA-T---A----A----A-ACA--A-----T-----C----T--T-T-TAAA-TACTT-CTT-AGAA--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18043 : GGAGA-C----------GCA-A-AA-C---A----A----A-A----AAA---T-----AA---T--T-T-AAAA-GGCTG-CTT-GGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCA
gi|18047 : GAGA-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ATGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18048 : GAGA-T----------GCA-A-AA-TT--A----A----G-A----A-----T-----C----A--T-C-GAAA-GACTC-CAT-AGAG--ATGTGC-AATATGT--TTCACTA
gi|18049 : AGG-C----------ACA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AATA-GGCTC-CAT-AGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18050 : AGA-C----------GCA-A-AAAT---A----A----A-A----A-----------A----T--T-C-AAAA-GGCTC-CAT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCAATA
gi|18053 : A-C----------GCA-A-AA-TC--A----G----A-A----A-----T-----C----T--T-G-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-AATATTT--CACACTA
gi|18055 : CA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAA-GGCTC-CTT-AGAG--ACGTGC-ATTATGT--CGCACTA
gi|18057 : gCA-A-AA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAA-GACTC-TTT-AGAG--ACGTGC-AATATGT--CACACTA
Alignments
lowQualScore : 0 1111111111 0 2 222 1111 3333 0 4444 66666 22222 1111 00 0 0 3 00 0 00
lowQualScore : . .......... . . ... .... .... . .... ..... ..... .... .. . . . .. . ..
lowQualScore : 4 8888888888 4 4 111 3333 2222 4 9999 55555 77777 3333 66 4 8 3 55 4 55
consensus : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
Reference ( family-254 ) : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17935 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17936 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17937 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17938 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17939 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17940 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TTAAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17941 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17942 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATACGT--CGCACT
gi|17943 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CG
gi|17944 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17945 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTTACT
gi|17946 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCACAGGG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|17947 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17948 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCGATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17949 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17950 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17951 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17952 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGGG--TCGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17953 : CTC-GGGAGAC----------GTA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17954 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAT-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAA--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17955 : CTC-GGGAGAC----------ACA-CAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17956 : CTCAGGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-G----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17957 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAT--GCTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17958 : CTC-GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTTC-AATATGT--CGCACTA
gi|17959 : CTC-AGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17960 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TTAATGCTGTATGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17961 : CTC-GGGACAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T--AAAGGCTCGATAGAG--ACGTGC-AAT-TAT--CGCACT
gi|17962 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A-----------------T-----C----T--G-T-AAATGGCTCTATAGAA--ACGTGC-AATATGT--TGCTCTA
gi|17963 : CTC-GGGGGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17964 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAGACACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17965 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17966 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAAAG--ACGTAC-AATATGT--CGCACTA
gi|17967 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACAATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17968 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGGA--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17969 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AGTATGT--CGCACTA
gi|17970 : CTC-TGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17971 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGA--CGCACTA
gi|17972 : CTC-GG-AGAC----------GCA-AAA-T---A----A----C-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCCTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17973 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCCCCGTAGAG--ACGTGC-AATACGT--CTCACTA
gi|17974 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCTCTAGAG--ACATGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17975 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGTTCCCTAGAG--ACGTGT-AATATGT--CGCACTA
gi|17976 : CTC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TAAAAAGGCTCCATAATG--ACGTGC-AATATGT--CGCCCTA
gi|17977 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---TA----C----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17978 : CCC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----AAAACAC----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCTCTA
gi|17979 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAAA--T-----A----T--T-T-AAAAGGCTTC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17980 : CTC-TGGAGAC----------GCA-ATA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTGAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17981 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17982 : CTC-GGGAGAG----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAATGCCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17983 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATA--A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCTGAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17984 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAAAG--ATGTGC-TATATGT--CACATTA
gi|17985 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----AAAAAT--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17986 : CTC-GGGAGAT----------TCA-AAA-T---A----A----A-AAAAAA-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAAAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17987 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AATA--T-----C----T--T-T-AAACGGCACCTTGGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|17988 : CTC-GGGAGAC----------GCG-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----TAAT-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17989 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17990 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-TAA-A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAATGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATGTGT--TGCACTA
gi|17991 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-CATATGT--CGCACTA
gi|17992 : CTC-GGAAAAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTAAGAG--ACGTAC-ACTATGT--CGCACT
gi|17993 : CTC-GGG-GAC----------GCA-AAA----------A----A-A----A-----T-----G----T--C---AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17994 : CTC-TGGAAAC----------GCA-AAA-TCAAA----A----ATA----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTTAGAG--ACGTAC-AATATTT--CGCACTA
gi|17995 : CTA-GAGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----T--T-A-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACTTGC-AATATGT--CACACTA
gi|17996 : CTC-GAGAGAG----------TTA-AAA-T---A----A----A-A----G-----T----------T--T-T-AAAAGTCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17997 : CTC-GGGTGAC----------ACA-AAA-T---A----AG---A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGTCTCTTTAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCATTA
gi|17998 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATTTT-------------T-----T----T--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCAC
gi|17999 : CTC-GGGAGGT----------GCA-AAA-T---AG---A----A-A----A-----T-----C----G--G-T-AAA-GGCTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CACACTA
gi|18000 : CTC-GGGAGAC----------ATA-AAA----------A----A-A----A-----T-------------T-T-AAAAAGCTCATTAGAG--ACGTGC-AACATGT--CGCACTA
gi|18001 : CTC-GGGAGAA----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----AAAATGT-----C-----------AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTCACTA
gi|18002 : CTC-GTGAGAC----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----CAA---C----T--T-T-AATATGCTCC-TAGAG--ATATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18003 : CTC-GGGAGACCGTCTCAGATGCA-AAA-----A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAAGCTCCATAGAA--ATGTGC-AATATGCTACTCACTA
gi|18004 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAAAA-T-----C----T--TAT-AAA--GCTCCTTAAAG--ACCTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18005 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AA----T-----T----G--T-C-AAAAGGTTCATTAGAG--ATGTGC-AATATGT--C
gi|18006 : CTC-GGGAGAC----------TCA-AAA-C---A----T----A-G----A-----T-----C----T--T-T-AAAACTCTCATTAGTG--ACGTGC-AATATGT--TACACTA
gi|18007 : CTC-GGGAAA-----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCTT--AG--ACCTAC-AATATGT--CGCATTA
gi|18019 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-ACAAGGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18020 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18021 : TC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-GAAAGGTTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18022 : TC-GGGACAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----C-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18023 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACCTTAAAG--ACATGC-AATATGT--CGCACT
gi|18024 : TC-CGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGCCTCCATAGAG--ACGTGA-AATATGT--TGCACTA
gi|18025 : TC-GAGA-AC----------GAA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTACATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18026 : TC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AT---A-----T-----C----G--T-C-AAAAGATTTCTTTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18031 : C-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----TAAA--C----T--T-T-TAAAGGCTCGTTAGAG--ACGAGA-AATATTT--CGCACTA
gi|18032 : C-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCAATAGAG--ACATAC-AATATGT--CGCACTA
gi|18033 : C-GGCAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----T-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18034 : C-GGGAGAC----------GCC-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCTTTAGCG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18035 : C-GGCAGAC----------GCATAAA-T---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAAGCTCCGTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18036 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----G-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAGAG--ACTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18037 : -GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AG----T-----C----T--T-T-AAAAGGGTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|18038 : -GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18039 : -GGGAGAT----------GCA-AAA-T---ATAAAA----A-A----A-----T-----C----T--T-A-AAAAATCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|18040 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ATGTACAAATATAT--TGCTCTA
gi|18041 : -GGGAGAT----------GCA-GAA-T---A----A----A-ACA--A-----T-----C----T--T-T-TAAATACTTCTTAGAA--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18043 : GGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAA---T-----AA---T--T-T-AAAAGGCTGCTTGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCA
gi|18047 : GAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18048 : GAGAT----------GCA-AAA-TT--A----A----G-A----A-----T-----C----A--T-C-GAAAGACTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TTCACTA
gi|18049 : AGGC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AATAGGCTCCATAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18050 : AGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----------A----T--T-C-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCAATA
gi|18053 : AC----------GCA-AAA-TC--A----G----A-A----A-----T-----C----T--T-G-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATTT--CACACTA
gi|18055 : ----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-ATTATGT--CGCACTA
gi|18057 : CA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGACTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CACACTA
Alignments
lowQualScore : 0 1111111111 0 2 222 1111 3333 0 4444 66666 22222 1111 00 0 0 3 00 0 00
lowQualScore : . .......... . . ... .... .... . .... ..... ..... .... .. . . . .. . ..
lowQualScore : 4 8888888888 4 4 111 3333 2222 4 9999 55555 77777 3333 66 4 8 3 55 4 55
consensus : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
Reference ( family-254 ) : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17935 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17936 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17937 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17938 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17939 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17940 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TTAAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17941 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17942 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATACGT--CGCACT
gi|17943 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CG
gi|17944 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17945 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTTACT
gi|17946 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCACAGGG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|17947 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17948 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCGATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17949 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17950 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17951 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17952 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGGG--TCGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17953 : CTC-GGGAGAC----------GTA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17954 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAT-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAA--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17955 : CTC-GGGAGAC----------ACA-CAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17956 : CTCAGGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-G----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17957 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAT--GCTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17958 : CTC-GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTTC-AATATGT--CGCACTA
gi|17959 : CTC-AGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17960 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TTAATGCTGTATGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17961 : CTC-GGGACAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T--AAAGGCTCGATAGAG--ACGTGC-AAT-TAT--CGCACT
gi|17962 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A-----------------T-----C----T--G-T-AAATGGCTCTATAGAA--ACGTGC-AATATGT--TGCTCTA
gi|17963 : CTC-GGGGGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17964 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAGACACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17965 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17966 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAAAG--ACGTAC-AATATGT--CGCACTA
gi|17967 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACAATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17968 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGGA--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17969 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AGTATGT--CGCACTA
gi|17970 : CTC-TGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17971 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGA--CGCACTA
gi|17972 : CTC-GG-AGAC----------GCA-AAA-T---A----A----C-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCCTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17973 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCCCCGTAGAG--ACGTGC-AATACGT--CTCACTA
gi|17974 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCTCTAGAG--ACATGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17975 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGTTCCCTAGAG--ACGTGT-AATATGT--CGCACTA
gi|17976 : CTC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TAAAAAGGCTCCATAATG--ACGTGC-AATATGT--CGCCCTA
gi|17977 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---TA----C----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17978 : CCC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----AAAACAC----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCTCTA
gi|17979 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAAA--T-----A----T--T-T-AAAAGGCTTC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17980 : CTC-TGGAGAC----------GCA-ATA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTGAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17981 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17982 : CTC-GGGAGAG----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAATGCCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17983 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATA--A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCTGAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17984 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAAAG--ATGTGC-TATATGT--CACATTA
gi|17985 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----AAAAAT--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17986 : CTC-GGGAGAT----------TCA-AAA-T---A----A----A-AAAAAA-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAAAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17987 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AATA--T-----C----T--T-T-AAACGGCACCTTGGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|17988 : CTC-GGGAGAC----------GCG-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----TAAT-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17989 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17990 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-TAA-A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAATGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATGTGT--TGCACTA
gi|17991 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-CATATGT--CGCACTA
gi|17992 : CTC-GGAAAAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTAAGAG--ACGTAC-ACTATGT--CGCACT
gi|17993 : CTC-GGG-GAC----------GCA-AAA----------A----A-A----A-----T-----G----T--C---AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17994 : CTC-TGGAAAC----------GCA-AAA-TCAAA----A----ATA----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTTAGAG--ACGTAC-AATATTT--CGCACTA
gi|17995 : CTA-GAGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----T--T-A-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACTTGC-AATATGT--CACACTA
gi|17996 : CTC-GAGAGAG----------TTA-AAA-T---A----A----A-A----G-----T----------T--T-T-AAAAGTCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17997 : CTC-GGGTGAC----------ACA-AAA-T---A----AG---A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGTCTCTTTAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCATTA
gi|17998 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATTTT-------------T-----T----T--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCAC
gi|17999 : CTC-GGGAGGT----------GCA-AAA-T---AG---A----A-A----A-----T-----C----G--G-T-AAA-GGCTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CACACTA
gi|18000 : CTC-GGGAGAC----------ATA-AAA----------A----A-A----A-----T-------------T-T-AAAAAGCTCATTAGAG--ACGTGC-AACATGT--CGCACTA
gi|18001 : CTC-GGGAGAA----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----AAAATGT-----C-----------AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTCACTA
gi|18002 : CTC-GTGAGAC----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----CAA---C----T--T-T-AATATGCTCC-TAGAG--ATATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18003 : CTC-GGGAGACCGTCTCAGATGCA-AAA-----A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAAGCTCCATAGAA--ATGTGC-AATATGCTACTCACTA
gi|18004 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAAAA-T-----C----T--TAT-AAA--GCTCCTTAAAG--ACCTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18005 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AA----T-----T----G--T-C-AAAAGGTTCATTAGAG--ATGTGC-AATATGT--C
gi|18006 : CTC-GGGAGAC----------TCA-AAA-C---A----T----A-G----A-----T-----C----T--T-T-AAAACTCTCATTAGTG--ACGTGC-AATATGT--TACACTA
gi|18007 : CTC-GGGAAA-----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCTT--AG--ACCTAC-AATATGT--CGCATTA
gi|18019 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-ACAAGGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18020 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18021 : TC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-GAAAGGTTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18022 : TC-GGGACAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----C-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18023 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACCTTAAAG--ACATGC-AATATGT--CGCACT
gi|18024 : TC-CGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGCCTCCATAGAG--ACGTGA-AATATGT--TGCACTA
gi|18025 : TC-GAGA-AC----------GAA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTACATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18026 : TC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AT---A-----T-----C----G--T-C-AAAAGATTTCTTTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18031 : C-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----TAAA--C----T--T-T-TAAAGGCTCGTTAGAG--ACGAGA-AATATTT--CGCACTA
gi|18032 : C-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCAATAGAG--ACATAC-AATATGT--CGCACTA
gi|18033 : C-GGCAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----T-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18034 : C-GGGAGAC----------GCC-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCTTTAGCG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18035 : C-GGCAGAC----------GCATAAA-T---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAAGCTCCGTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18036 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----G-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAGAG--ACTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18037 : -GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AG----T-----C----T--T-T-AAAAGGGTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|18038 : -GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18039 : -GGGAGAT----------GCA-AAA-T---ATAAAA----A-A----A-----T-----C----T--T-A-AAAAATCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|18040 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ATGTACAAATATAT--TGCTCTA
gi|18041 : -GGGAGAT----------GCA-GAA-T---A----A----A-ACA--A-----T-----C----T--T-T-TAAATACTTCTTAGAA--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18043 : GGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAA---T-----AA---T--T-T-AAAAGGCTGCTTGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCA
gi|18047 : GAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18048 : GAGAT----------GCA-AAA-TT--A----A----G-A----A-----T-----C----A--T-C-GAAAGACTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TTCACTA
gi|18049 : AGGC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AATAGGCTCCATAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18050 : AGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----------A----T--T-C-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCAATA
gi|18053 : AC----------GCA-AAA-TC--A----G----A-A----A-----T-----C----T--T-G-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATTT--CACACTA
gi|18055 : ----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-ATTATGT--CGCACTA
gi|18057 : CA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGACTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CACACTA
blockSeqs : CGTCTCAGAT A CAA TAAA TTTT AAAA AAATG AAACA AAAA A
blockSeqs : . A AA G TAA AA AAAA AAA A A
blockSeqs : . A T . TAA AA AAA AA . A
blockSeqs : . A C . TA CA ATA A . A
blockSeqs : . A . . G A AA . . A
blockSeqs : . A . . . A AA . . A
blockSeqs : . . . . . A AA . . A
blockSeqs : . . . . . A A . . A
blockSeqs : . . . . . T A . . A
blockSeqs : . . . . . A G . . A
blockSeqs : . . . . . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons :
originalCons : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
finalCons : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
Alignments
lowQualScore : 0 1111111111 0 2 222 1111 3333 0 4444 66666 22222 1111 00 0 0 3 00 0 00
lowQualScore : . .......... . . ... .... .... . .... ..... ..... .... .. . . . .. . ..
lowQualScore : 4 8888888888 4 4 111 3333 2222 4 9999 55555 77777 3333 66 4 8 3 55 4 55
consensus : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
Reference ( family-254 ) : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCNTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17935 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17936 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17937 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17938 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17939 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17940 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TTAAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17941 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17942 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATACGT--CGCACT
gi|17943 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CG
gi|17944 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17945 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTTACT
gi|17946 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCACAGGG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|17947 : CTC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17948 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCGATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17949 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17950 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17951 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17952 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCATAGGG--TCGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17953 : CTC-GGGAGAC----------GTA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17954 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAT-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAA--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17955 : CTC-GGGAGAC----------ACA-CAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-TAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17956 : CTCAGGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-G----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17957 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAT--GCTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17958 : CTC-GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----T-----C-----T----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTTC-AATATGT--CGCACTA
gi|17959 : CTC-AGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGCTCTATAAAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17960 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TTAATGCTGTATGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17961 : CTC-GGGACAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T--AAAGGCTCGATAGAG--ACGTGC-AAT-TAT--CGCACT
gi|17962 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A-----------------T-----C----T--G-T-AAATGGCTCTATAGAA--ACGTGC-AATATGT--TGCTCTA
gi|17963 : CTC-GGGGGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17964 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAGACACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17965 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17966 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAAAG--ACGTAC-AATATGT--CGCACTA
gi|17967 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACAATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17968 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGGA--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17969 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AGTATGT--CGCACTA
gi|17970 : CTC-TGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17971 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCAAAGAG--ACGTGC-AATATGA--CGCACTA
gi|17972 : CTC-GG-AGAC----------GCA-AAA-T---A----A----C-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCCTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17973 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCCCCGTAGAG--ACGTGC-AATACGT--CTCACTA
gi|17974 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCTCTAGAG--ACATGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17975 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-TAAATGTTCCCTAGAG--ACGTGT-AATATGT--CGCACTA
gi|17976 : CTC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-TAAAAAGGCTCCATAATG--ACGTGC-AATATGT--CGCCCTA
gi|17977 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAA---TA----C----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17978 : CCC-GGAAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----AAAACAC----T--T-T-AAAAGGCTCCG-AGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCTCTA
gi|17979 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AAAA--T-----A----T--T-T-AAAAGGCTTC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17980 : CTC-TGGAGAC----------GCA-ATA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTGAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17981 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17982 : CTC-GGGAGAG----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAATGCCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|17983 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATA--A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAACGCTCCTGAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17984 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAAAG--ATGTGC-TATATGT--CACATTA
gi|17985 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----AAAAAT--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17986 : CTC-GGGAGAT----------TCA-AAA-T---A----A----A-AAAAAA-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAAAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|17987 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AATA--T-----C----T--T-T-AAACGGCACCTTGGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|17988 : CTC-GGGAGAC----------GCG-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----TAAT-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17989 : CTC-GGGAGAT----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17990 : CTC-GGGAGAC----------GCA-AAA-TAA-A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAATGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATGTGT--TGCACTA
gi|17991 : CTT-GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-CATATGT--CGCACTA
gi|17992 : CTC-GGAAAAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AAA--A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTAAGAG--ACGTAC-ACTATGT--CGCACT
gi|17993 : CTC-GGG-GAC----------GCA-AAA----------A----A-A----A-----T-----G----T--C---AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17994 : CTC-TGGAAAC----------GCA-AAA-TCAAA----A----ATA----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCCTTAGAG--ACGTAC-AATATTT--CGCACTA
gi|17995 : CTA-GAGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----A----T--T-A-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACTTGC-AATATGT--CACACTA
gi|17996 : CTC-GAGAGAG----------TTA-AAA-T---A----A----A-A----G-----T----------T--T-T-AAAAGTCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|17997 : CTC-GGGTGAC----------ACA-AAA-T---A----AG---A-A----A-----T-----A----T--T-T-AAAAGTCTCTTTAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCATTA
gi|17998 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----ATTTT-------------T-----T----T--T-T-AAAAGGCTCC-TAGAG--ATGTGC-AATATGT--CGCAC
gi|17999 : CTC-GGGAGGT----------GCA-AAA-T---AG---A----A-A----A-----T-----C----G--G-T-AAA-GGCTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CACACTA
gi|18000 : CTC-GGGAGAC----------ATA-AAA----------A----A-A----A-----T-------------T-T-AAAAAGCTCATTAGAG--ACGTGC-AACATGT--CGCACTA
gi|18001 : CTC-GGGAGAA----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----AAAATGT-----C-----------AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CTCACTA
gi|18002 : CTC-GTGAGAC----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----CAA---C----T--T-T-AATATGCTCC-TAGAG--ATATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18003 : CTC-GGGAGACCGTCTCAGATGCA-AAA-----A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAAGCTCCATAGAA--ATGTGC-AATATGCTACTCACTA
gi|18004 : CTC-AGGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAAAA-T-----C----T--TAT-AAA--GCTCCTTAAAG--ACCTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18005 : CTC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AA----T-----T----G--T-C-AAAAGGTTCATTAGAG--ATGTGC-AATATGT--C
gi|18006 : CTC-GGGAGAC----------TCA-AAA-C---A----T----A-G----A-----T-----C----T--T-T-AAAACTCTCATTAGTG--ACGTGC-AATATGT--TACACTA
gi|18007 : CTC-GGGAAA-----------GCA-AAA-T---A----ATAA-A-A----A-----T-----C----G--T-T-AAAAGGCTCCTT--AG--ACCTAC-AATATGT--CGCATTA
gi|18019 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-ACAAGGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18020 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----T-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAATGCTCCAGTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18021 : TC-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-GAAAGGTTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18022 : TC-GGGACAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----C-----T-----A----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18023 : TC-GGGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCACCTTAAAG--ACATGC-AATATGT--CGCACT
gi|18024 : TC-CGGAGAT----------GCA-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGCCTCCATAGAG--ACGTGA-AATATGT--TGCACTA
gi|18025 : TC-GAGA-AC----------GAA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTACATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18026 : TC-GGTAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-AT---A-----T-----C----G--T-C-AAAAGATTTCTTTGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18031 : C-AGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----TAAA--C----T--T-T-TAAAGGCTCGTTAGAG--ACGAGA-AATATTT--CGCACTA
gi|18032 : C-GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-C----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCAATAGAG--ACATAC-AATATGT--CGCACTA
gi|18033 : C-GGCAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----T-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATAT--CGCACTA
gi|18034 : C-GGGAGAC----------GCC-AAA-T---A----A----A-AA---A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGTTCTTTAGCG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18035 : C-GGCAGAC----------GCATAAA-T---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAAGCTCCGTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18036 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----G-----C----T--T-T-AAAAGACTCCATAGAG--ACTTGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18037 : -GAGAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----AG----T-----C----T--T-T-AAAAGGGTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACT
gi|18038 : -GGGAGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----A-----T----G--T-C-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18039 : -GGGAGAT----------GCA-AAA-T---ATAAAA----A-A----A-----T-----C----T--T-A-AAAAATCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCACT
gi|18040 : -GGGAGAC----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----AA----C-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ATGTACAAATATAT--TGCTCTA
gi|18041 : -GGGAGAT----------GCA-GAA-T---A----A----A-ACA--A-----T-----C----T--T-T-TAAATACTTCTTAGAA--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18043 : GGAGAC----------GCA-AAA-C---A----A----A-A----AAA---T-----AA---T--T-T-AAAAGGCTGCTTGGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCA
gi|18047 : GAGAC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----------T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TGCACTA
gi|18048 : GAGAT----------GCA-AAA-TT--A----A----G-A----A-----T-----C----A--T-C-GAAAGACTCCATAGAG--ATGTGC-AATATGT--TTCACTA
gi|18049 : AGGC----------ACA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AATAGGCTCCATAGAG--ACATGC-AATATGT--CGCACTA
gi|18050 : AGAC----------GCA-AAAAT---A----A----A-A----A-----------A----T--T-C-AAAAGGCTCCATAGAG--ACGTGC-AATATGT--CGCAATA
gi|18053 : AC----------GCA-AAA-TC--A----G----A-A----A-----T-----C----T--T-G-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-AATATTT--CACACTA
gi|18055 : ----------GCA-AAA-T---A----A----A-A----A-----T-----C----T--T-T-AAAAGGCTCCTTAGAG--ACGTGC-ATTATGT--CGCACTA
gi|18057 : CA-AAA-T---A----A----A-A----A-----A-----C----T--T-T-AAAAGACTCTTTAGAG--ACGTGC-AATATGT--CACACTA