lowQualScore : 2 111111 0 0 0 00 00 1
lowQualScore : . ...... . . . .. .. .
lowQualScore : 1 222222 4 4 4 55 55 9
consensus : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
Reference ( gi|17642 ) : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17641 : TGGACAATAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17644 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ATA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17645 : TGGACAATAGTAC------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17652 : TGGACAACAGCAC------GC-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17643 : TGGATAATAGTAC------GT-CACAGTGCAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGT
gi|17651 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGCTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17650 : TGGACAAAAGTAC------GT-CACAATACAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17661 : TGGACAATAGCAA------GT-CACAGTACAACGTTGGCAAA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17662 : TGGTCAATAGCAC------GT-AACAGTACAATGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17653 : TGGGCAAAAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17647 : TGGACAA-AACAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17667 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTACAACATTGATAAC-GTAG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17669 : TGGACATGAGTTC------GT-CACAGTACAGCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17660 : TGGACAACAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-GCA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17665 : TGGACAGTAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAATa
gi|17663 : TGGAAAATAGCAC------GT-CGCAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17673 : TGGACAATAGTAT------GT-CACAGTACAACGTTGGCGAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCACACAGTa
gi|17672 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAAATAT--AGCACATCACAGTa
gi|17664 : TGGACAATAGCAC------CA-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGTACGTCACAGTa
gi|17656 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17666 : TGGACAAGAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATGG-ACA--AC--AGTACGCCACAGTa
gi|17670 : TGGATAATAGTAC------GT-CATAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--TGTACGTCACAGTa
gi|17648 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAAAGTTGACAAC-ATGG-GCA--AT--AGAACGTCAAAGTa
gi|17671 : TGGACAATTGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-GCA--AA--AGTACGTCACAGTa
gi|17649 : TGGACAATTGTAC------AT-CAAAGTATAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17654 : TGGACAGTAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCa
gi|17674 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAGC-GTGG-ATA--AT--ACTACGTCACAGTgaggta
gi|17683 : TAGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATTG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17678 : TGGACAATAGTAC------GT-CACGGTACATCGTTGAAAAC-ATGG-ATA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17677 : TGGACATTAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGACAGC-ATGG-AAA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17655 : TGGGCAATAGTAC------GT-CACAGTACAACATTGATAGC-ATGG-ATA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17679 : TGGACAATAGCAC------GT-CACCGTACAACATTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTACGTCACAGTa
gi|17657 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTGCAACTTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AAAACGTCACAGTa
gi|17681 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGTATGTCAAAGTa
gi|17659 : TGGACAATAGAAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATT-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17689 : TGGACAATAGTAC------GT-CTCAGTACAACGTTGGTAAC-ATAG-ACA--AT--ATCACGTTACGGTa
gi|17685 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACCACGTTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTTCGTCACAGTa
gi|17646 : TGGACAAGAATAC------GT-CACAGTTCAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17693 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17692 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTGCATCTTTGACAGC-ATAG-ACA--AT--AGCACTTCACAGT
gi|17682 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACGACGTTGATAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17680 : TGGAAAATAATAA------GT-CAAAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCGCACAGTa
gi|17684 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACAATGGTAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17690 : TGGACAATAGTAC------GT-CACATTGCAACATTGGTATC-ATGG-ACA--AC--AGTACGTCACAGTa
gi|17700 : TGGACAATAGCAC------GC-CACAGTACAAAGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17691 : TAGACAATAGCAC------TT-CACAGTACAAAGTTGACAAA-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCTCAGTa
gi|17676 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17675 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTATC-GTGG-ACA--AA--AGAACGTCACAGTa
gi|17702 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACACCACTGATTAT-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACCGTa
gi|17695 : TGGATAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AC--AACACGa
gi|17658 : TAGACAATAAAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGT
gi|17703 : TGGACAATAGCAC------GC-CCCAGTACAACGTTGAATTC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17699 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAATGTAACGTTGGTTAC-GTGG-ACA--TT--AGTACGTCACAGTa
gi|17697 : TGGACAATACTAC------GT-AACAGTACAGCGTTGATAAC-GTAG-ACA--AT--ATCACGTCACCGTa
gi|17701 : TGGATAATACTAC------GT-CACAGTACAACGTTTGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17686 : TAGAAAATAGTAC------AT-CACAGTATAACGTTGATATC-ATGG-ACA--TT--AGAACGTCACAGTa
gi|17687 : TGAACAATAAGAC------GT-TAAAGCAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACGGTa
gi|17709 : TGGACAACAGTAC------GC-CACAGTACAACGTTCATAAT-GTGG-ACA--AT--ATCACATCACTGTa
gi|17704 : TGGACAATAGTAC------AT-GGAAGTACAACGTTAGCAAC-ATGG-ACA--AA--AGTACGTCACAATa
gi|17668 : TGAATAATAATAC------GT-TAAAGCAAAACGTTAACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17705 : TGGATAATAGAAC------GT-CATAGTATAACGTTGGAAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17698 : TGGACA-TAGATC------GT-CTCAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17688 : TGGCCAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17713 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCCCAGTa
gi|17707 : TGGACAATATCAC------GT-CACAGTACAGCGCTGATTAT-ATGG-TCA--AT--AGCACGTAACAGTa
gi|17718 : TGGACAATAGCACCGCACAGTACACAGTACAACGTTGA-AACTGTGG-ACA--AT--AACACGTCACAGTa
gi|17696 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACACT-ATGA-ACA--ATTAAGCG-GT-ACAGTa
gi|17714 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTAAGTAACAGTa
gi|17694 : TGGACAAAAGAAC------GT-CACAGTACAACATTGGTATC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17710 : TGGACA-TAGATC------GT-CACAGTACCACGTTGATAAT-GTGG-ACA--AT--AGTACGTAACAGTa
gi|17719 : TAGACAATATCAC------GT-CACCGTACAACGTTGGTATC-GTGG-AC---AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17717 : TGGAGAATAGATC------AT-CACAGTACAACGTTTGTAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17716 : TGGACAATATCAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATA-ATTG-ACA--AA--AATACGTCACAGTa
gi|17712 : TGGATACTAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGTCAAC-CTGG-ACA--AT--AGTACATa
gi|17706 : TGGACAATAGAAC------GT-CGAGGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCACAGTggaagta
gi|17711 : TGGGCAATAGTAA------TT-TACAGTACAACATTGATATC-ATGG-AAA--AT--AGAACGTCCCAGTa
gi|17720 : TGAACAATAAGAT------GT-TAAAGAAAAACGTTGACAAC-ATGGAAAA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17708 : TGGAAAATAGTAT------GT-CACAGTTCAACATTGATATC-ATTG-ACA--AT--TAAACGTCACAGTa
gi|17715 : TGGACATGAGTAC------GT-CACAGTACACCGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCTCAGTa
gi|17740 : GGACATTAACAC------GT-CACAGTAGAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCATGTCACAGTa
gi|17743 : GACGATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGCACGTCACAGTa
gi|17742 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-CCA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17744 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17745 : GGCGATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17749 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17747 : GACAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17751 : GACAATAGCAC------GA-CACAGTCAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCAAGTCACAGTa
gi|17746 : GACAATAGTAA------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGAACGTCGCGGTa
gi|17753 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGGTTTC-ATGG-ACA--AC--AGCACGCCACAGT
gi|17750 : GACAATTAAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACATCACAGTa
gi|17748 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17756 : GACAATAGAAC------GT-CATAGTAAAACGTTTAAAAC-ATGG-ACA--GC--AGTACGTCACAGTa
gi|17758 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-GTTG-ACA--AT--AATTCATTACAGTa
gi|17754 : GACAACAAAAC------AT-CACAGTACAACATTGGCAAC-GTGG-AAA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17755 : GACAATATCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAT-ATGC-ACA--AT--AG
gi|17757 : GACAGTAGTAC------GT-CACAGAACAACGTGGATATC-ATTG-ACA--AC--AAAACATCACAGT
gi|17752 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AC--AGAACATCACTGTa
gi|17766 : ACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-AT-G-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17767 : AATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAA--AT--AGCACGTCGCAGTa
gi|17654 : TGG-ACA--GT--AGTACGTCACAGTa
gi|17695 : TGG-ATA--AT--ACCACGTCACAGTacaacgttgccaacatggacaatagaacgtcgaggta
Alignments
lowQualScore : 2 111111 0 0 0 00 00 1
lowQualScore : . ...... . . . .. .. .
lowQualScore : 0 222222 4 4 4 55 55 9
consensus : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
Reference ( family-253 ) : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17641 : TGGACAATAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17642 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17643 : TGGATAATAGTAC------GT-CACAGTGCAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGT
gi|17644 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ATA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17645 : TGGACAATAGTAC------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17646 : TGGACAAGAATAC------GT-CACAGTTCAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17647 : TGGACAA-AACAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17648 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAAAGTTGACAAC-ATGG-GCA--AT--AGAACGTCAAAGTa
gi|17649 : TGGACAATTGTAC------AT-CAAAGTATAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17650 : TGGACAAAAGTAC------GT-CACAATACAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17651 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGCTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17652 : TGGACAACAGCAC------GC-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGT
gi|17653 : TGGGCAAAAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17654 : TGGACAGTAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCa
gi|17655 : TGGGCAATAGTAC------GT-CACAGTACAACATTGATAGC-ATGG-ATA--AT--AGAACGTCATAGTgaggta
gi|17656 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17657 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTGCAACTTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AAAACGTCACAGTa
gi|17658 : TAGACAATAAAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17659 : TGGACAATAGAAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATT-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17660 : TGGACAACAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-GCA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17661 : TGGACAATAGCAA------GT-CACAGTACAACGTTGGCAAA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17662 : TGGTCAATAGCAC------GT-AACAGTACAATGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17663 : TGGAAAATAGCAC------GT-CGCAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17664 : TGGACAATAGCAC------CA-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGTACGTCACAGTa
gi|17665 : TGGACAGTAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAATa
gi|17666 : TGGACAAGAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATGG-ACA--AC--AGTACGCCACAGT
gi|17667 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTACAACATTGATAAC-GTAG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17668 : TGAATAATAATAC------GT-TAAAGCAAAACGTTAACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17669 : TGGACATGAGTTC------GT-CACAGTACAGCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17670 : TGGATAATAGTAC------GT-CATAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--TGTACGTCACAGTa
gi|17671 : TGGACAATTGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-GCA--AA--AGTACGTCACAGTa
gi|17672 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAAATAT--AGCACATCACAGTa
gi|17673 : TGGACAATAGTAT------GT-CACAGTACAACGTTGGCGAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCACACAGTa
gi|17674 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAGC-GTGG-ATA--AT--ACTACGTCACAGTa
gi|17675 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTATC-GTGG-ACA--AA--AGAACGTCACAGTa
gi|17676 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17677 : TGGACATTAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGACAGC-ATGG-AAA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17678 : TGGACAATAGTAC------GT-CACGGTACATCGTTGAAAAC-ATGG-ATA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17679 : TGGACAATAGCAC------GT-CACCGTACAACATTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTACGTCACAGTa
gi|17680 : TGGAAAATAATAA------GT-CAAAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCGCACAGTa
gi|17681 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGTATGTCAAAGTa
gi|17682 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACGACGTTGATAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17683 : TAGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATTG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17684 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACAATGGTAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17685 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACCACGTTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTTCGTCACAGTa
gi|17686 : TAGAAAATAGTAC------AT-CACAGTATAACGTTGATATC-ATGG-ACA--TT--AGAACGTCACAGTa
gi|17687 : TGAACAATAAGAC------GT-TAAAGCAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACGGTa
gi|17688 : TGGCCAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17689 : TGGACAATAGTAC------GT-CTCAGTACAACGTTGGTAAC-ATAG-ACA--AT--ATCACGTTACGGTa
gi|17690 : TGGACAATAGTAC------GT-CACATTGCAACATTGGTATC-ATGG-ACA--AC--AGTACGTCACAGTa
gi|17691 : TAGACAATAGCAC------TT-CACAGTACAAAGTTGACAAA-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCTCAGTa
gi|17692 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTGCATCTTTGACAGC-ATAG-ACA--AT--AGCACTTCACAGTa
gi|17693 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17694 : TGGACAAAAGAAC------GT-CACAGTACAACATTGGTATC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGT
gi|17695 : TGGATAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AC--AACACGa
gi|17696 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACACT-ATGA-ACA--ATTAAGCG-GT-ACAGT
gi|17697 : TGGACAATACTAC------GT-AACAGTACAGCGTTGATAAC-GTAG-ACA--AT--ATCACGTCACCGTa
gi|17698 : TGGACA-TAGATC------GT-CTCAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17699 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAATGTAACGTTGGTTAC-GTGG-ACA--TT--AGTACGTCACAGTa
gi|17700 : TGGACAATAGCAC------GC-CACAGTACAAAGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17701 : TGGATAATACTAC------GT-CACAGTACAACGTTTGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17702 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACACCACTGATTAT-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACCGTa
gi|17703 : TGGACAATAGCAC------GC-CCCAGTACAACGTTGAATTC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17704 : TGGACAATAGTAC------AT-GGAAGTACAACGTTAGCAAC-ATGG-ACA--AA--AGTACGTCACAATa
gi|17705 : TGGATAATAGAAC------GT-CATAGTATAACGTTGGAAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17706 : TGGACAATAGAAC------GT-CGAGGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17707 : TGGACAATATCAC------GT-CACAGTACAGCGCTGATTAT-ATGG-TCA--AT--AGCACGTAACAGTa
gi|17708 : TGGAAAATAGTAT------GT-CACAGTTCAACATTGATATC-ATTG-ACA--AT--TAAACGTCACAGTa
gi|17709 : TGGACAACAGTAC------GC-CACAGTACAACGTTCATAAT-GTGG-ACA--AT--ATCACATCACTGTa
gi|17710 : TGGACA-TAGATC------GT-CACAGTACCACGTTGATAAT-GTGG-ACA--AT--AGTACGTAACAGTa
gi|17711 : TGGGCAATAGTAA------TT-TACAGTACAACATTGATATC-ATGG-AAA--AT--AGAACGTCCCAGTa
gi|17712 : TGGATACTAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGTCAAC-CTGG-ACA--AT--AGTACAT
gi|17713 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCCCAGTggaagta
gi|17714 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTAAGTAACAGTa
gi|17715 : TGGACATGAGTAC------GT-CACAGTACACCGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCTCAGTa
gi|17716 : TGGACAATATCAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATA-ATTG-ACA--AA--AATACGTCACAGTa
gi|17717 : TGGAGAATAGATC------AT-CACAGTACAACGTTTGTAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17718 : TGGACAATAGCACCGCACAGTACACAGTACAACGTTGA-AACTGTGG-ACA--AT--AACACGTCACAGTa
gi|17719 : TAGACAATATCAC------GT-CACCGTACAACGTTGGTATC-GTGG-AC---AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17720 : TGAACAATAAGAT------GT-TAAAGAAAAACGTTGACAAC-ATGGAAAA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17740 : GGACATTAACAC------GT-CACAGTAGAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCATGTCACAGTa
gi|17742 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-CCA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17743 : GACGATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGCACGTCACAGTa
gi|17744 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17745 : GGCGATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17746 : GACAATAGTAA------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGAACGTCGCGGTa
gi|17747 : GACAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17748 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17749 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17750 : GACAATTAAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACATCACAGTa
gi|17751 : GACAATAGCAC------GA-CACAGTCAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCAAGTCACAGTa
gi|17752 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AC--AGAACATCACTGTa
gi|17753 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGGTTTC-ATGG-ACA--AC--AGCACGCCACAGTa
gi|17754 : GACAACAAAAC------AT-CACAGTACAACATTGGCAAC-GTGG-AAA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17755 : GACAATATCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAT-ATGC-ACA--AT--AG
gi|17756 : GACAATAGAAC------GT-CATAGTAAAACGTTTAAAAC-ATGG-ACA--GC--AGTACGTCACAGT
gi|17757 : GACAGTAGTAC------GT-CACAGAACAACGTGGATATC-ATTG-ACA--AC--AAAACATCACAGTa
gi|17758 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-GTTG-ACA--AT--AATTCATTACAGTa
gi|17766 : ACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-AT-G-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17767 : AATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAA--AT--AGCACGTCGCAGTa
Alignments
lowQualScore : 2 111111 0 0 0 00 00 1
lowQualScore : . ...... . . . .. .. .
lowQualScore : 0 222222 4 4 4 55 55 9
consensus : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
Reference ( family-253 ) : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17641 : TGGACAATAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17642 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17643 : TGGATAATAGTAC------GT-CACAGTGCAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGT
gi|17644 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ATA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17645 : TGGACAATAGTAC------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17646 : TGGACAAGAATAC------GT-CACAGTTCAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17647 : TGGACAA-AACAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17648 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAAAGTTGACAAC-ATGG-GCA--AT--AGAACGTCAAAGTa
gi|17649 : TGGACAATTGTAC------AT-CAAAGTATAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17650 : TGGACAAAAGTAC------GT-CACAATACAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17651 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGCTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17652 : TGGACAACAGCAC------GC-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGT
gi|17653 : TGGGCAAAAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17654 : TGGACAGTAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCa
gi|17655 : TGGGCAATAGTAC------GT-CACAGTACAACATTGATAGC-ATGG-ATA--AT--AGAACGTCATAGTgaggta
gi|17656 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17657 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTGCAACTTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AAAACGTCACAGTa
gi|17658 : TAGACAATAAAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17659 : TGGACAATAGAAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATT-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17660 : TGGACAACAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-GCA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17661 : TGGACAATAGCAA------GT-CACAGTACAACGTTGGCAAA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17662 : TGGTCAATAGCAC------GT-AACAGTACAATGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17663 : TGGAAAATAGCAC------GT-CGCAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17664 : TGGACAATAGCAC------CA-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGTACGTCACAGTa
gi|17665 : TGGACAGTAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAATa
gi|17666 : TGGACAAGAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATGG-ACA--AC--AGTACGCCACAGT
gi|17667 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTACAACATTGATAAC-GTAG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17668 : TGAATAATAATAC------GT-TAAAGCAAAACGTTAACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17669 : TGGACATGAGTTC------GT-CACAGTACAGCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17670 : TGGATAATAGTAC------GT-CATAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--TGTACGTCACAGTa
gi|17671 : TGGACAATTGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-GCA--AA--AGTACGTCACAGTa
gi|17672 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAAATAT--AGCACATCACAGTa
gi|17673 : TGGACAATAGTAT------GT-CACAGTACAACGTTGGCGAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCACACAGTa
gi|17674 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAGC-GTGG-ATA--AT--ACTACGTCACAGTa
gi|17675 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTATC-GTGG-ACA--AA--AGAACGTCACAGTa
gi|17676 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17677 : TGGACATTAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGACAGC-ATGG-AAA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17678 : TGGACAATAGTAC------GT-CACGGTACATCGTTGAAAAC-ATGG-ATA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17679 : TGGACAATAGCAC------GT-CACCGTACAACATTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTACGTCACAGTa
gi|17680 : TGGAAAATAATAA------GT-CAAAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCGCACAGTa
gi|17681 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGTATGTCAAAGTa
gi|17682 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACGACGTTGATAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17683 : TAGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATTG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17684 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACAATGGTAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17685 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACCACGTTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTTCGTCACAGTa
gi|17686 : TAGAAAATAGTAC------AT-CACAGTATAACGTTGATATC-ATGG-ACA--TT--AGAACGTCACAGTa
gi|17687 : TGAACAATAAGAC------GT-TAAAGCAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACGGTa
gi|17688 : TGGCCAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17689 : TGGACAATAGTAC------GT-CTCAGTACAACGTTGGTAAC-ATAG-ACA--AT--ATCACGTTACGGTa
gi|17690 : TGGACAATAGTAC------GT-CACATTGCAACATTGGTATC-ATGG-ACA--AC--AGTACGTCACAGTa
gi|17691 : TAGACAATAGCAC------TT-CACAGTACAAAGTTGACAAA-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCTCAGTa
gi|17692 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTGCATCTTTGACAGC-ATAG-ACA--AT--AGCACTTCACAGTa
gi|17693 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17694 : TGGACAAAAGAAC------GT-CACAGTACAACATTGGTATC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGT
gi|17695 : TGGATAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AC--AACACGa
gi|17696 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACACT-ATGA-ACA--ATTAAGCG-GT-ACAGT
gi|17697 : TGGACAATACTAC------GT-AACAGTACAGCGTTGATAAC-GTAG-ACA--AT--ATCACGTCACCGTa
gi|17698 : TGGACA-TAGATC------GT-CTCAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17699 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAATGTAACGTTGGTTAC-GTGG-ACA--TT--AGTACGTCACAGTa
gi|17700 : TGGACAATAGCAC------GC-CACAGTACAAAGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17701 : TGGATAATACTAC------GT-CACAGTACAACGTTTGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17702 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACACCACTGATTAT-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACCGTa
gi|17703 : TGGACAATAGCAC------GC-CCCAGTACAACGTTGAATTC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17704 : TGGACAATAGTAC------AT-GGAAGTACAACGTTAGCAAC-ATGG-ACA--AA--AGTACGTCACAATa
gi|17705 : TGGATAATAGAAC------GT-CATAGTATAACGTTGGAAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17706 : TGGACAATAGAAC------GT-CGAGGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17707 : TGGACAATATCAC------GT-CACAGTACAGCGCTGATTAT-ATGG-TCA--AT--AGCACGTAACAGTa
gi|17708 : TGGAAAATAGTAT------GT-CACAGTTCAACATTGATATC-ATTG-ACA--AT--TAAACGTCACAGTa
gi|17709 : TGGACAACAGTAC------GC-CACAGTACAACGTTCATAAT-GTGG-ACA--AT--ATCACATCACTGTa
gi|17710 : TGGACA-TAGATC------GT-CACAGTACCACGTTGATAAT-GTGG-ACA--AT--AGTACGTAACAGTa
gi|17711 : TGGGCAATAGTAA------TT-TACAGTACAACATTGATATC-ATGG-AAA--AT--AGAACGTCCCAGTa
gi|17712 : TGGATACTAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGTCAAC-CTGG-ACA--AT--AGTACAT
gi|17713 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCCCAGTggaagta
gi|17714 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTAAGTAACAGTa
gi|17715 : TGGACATGAGTAC------GT-CACAGTACACCGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCTCAGTa
gi|17716 : TGGACAATATCAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATA-ATTG-ACA--AA--AATACGTCACAGTa
gi|17717 : TGGAGAATAGATC------AT-CACAGTACAACGTTTGTAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17718 : TGGACAATAGCACCGCACAGTACACAGTACAACGTTGA-AACTGTGG-ACA--AT--AACACGTCACAGTa
gi|17719 : TAGACAATATCAC------GT-CACCGTACAACGTTGGTATC-GTGG-AC---AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17720 : TGAACAATAAGAT------GT-TAAAGAAAAACGTTGACAAC-ATGGAAAA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17740 : GGACATTAACAC------GT-CACAGTAGAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCATGTCACAGTa
gi|17742 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-CCA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17743 : GACGATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGCACGTCACAGTa
gi|17744 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17745 : GGCGATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17746 : GACAATAGTAA------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGAACGTCGCGGTa
gi|17747 : GACAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17748 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17749 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17750 : GACAATTAAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACATCACAGTa
gi|17751 : GACAATAGCAC------GA-CACAGTCAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCAAGTCACAGTa
gi|17752 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AC--AGAACATCACTGTa
gi|17753 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGGTTTC-ATGG-ACA--AC--AGCACGCCACAGTa
gi|17754 : GACAACAAAAC------AT-CACAGTACAACATTGGCAAC-GTGG-AAA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17755 : GACAATATCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAT-ATGC-ACA--AT--AG
gi|17756 : GACAATAGAAC------GT-CATAGTAAAACGTTTAAAAC-ATGG-ACA--GC--AGTACGTCACAGT
gi|17757 : GACAGTAGTAC------GT-CACAGAACAACGTGGATATC-ATTG-ACA--AC--AAAACATCACAGTa
gi|17758 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-GTTG-ACA--AT--AATTCATTACAGTa
gi|17766 : ACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-AT-G-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17767 : AATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAA--AT--AGCACGTCGCAGTa
blockSeqs : T CGCACA C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . A
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . A
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . C
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : T . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : G . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : A . A
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : C . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : C . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : G . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . T
blockSeqs : C . C
blockSeqs : A . C
blockSeqs : C . C
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : C . C
blockSeqs : C .
blockSeqCons :
originalCons : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
finalCons : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
Alignments
lowQualScore : 2 111111 0 0 0 00 00 1
lowQualScore : . ...... . . . .. .. .
lowQualScore : 0 222222 4 4 4 55 55 9
consensus : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
Reference ( family-253 ) : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17641 : TGGACAATAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17642 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17643 : TGGATAATAGTAC------GT-CACAGTGCAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGT
gi|17644 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ATA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17645 : TGGACAATAGTAC------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17646 : TGGACAAGAATAC------GT-CACAGTTCAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17647 : TGGACAA-AACAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17648 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAAAGTTGACAAC-ATGG-GCA--AT--AGAACGTCAAAGTa
gi|17649 : TGGACAATTGTAC------AT-CAAAGTATAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17650 : TGGACAAAAGTAC------GT-CACAATACAACGTTGACAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17651 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGCTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17652 : TGGACAACAGCAC------GC-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGT
gi|17653 : TGGGCAAAAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17654 : TGGACAGTAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCa
gi|17655 : TGGGCAATAGTAC------GT-CACAGTACAACATTGATAGC-ATGG-ATA--AT--AGAACGTCATAGTgaggta
gi|17656 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17657 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTGCAACTTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AAAACGTCACAGTa
gi|17658 : TAGACAATAAAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17659 : TGGACAATAGAAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATT-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17660 : TGGACAACAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-GCA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17661 : TGGACAATAGCAA------GT-CACAGTACAACGTTGGCAAA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17662 : TGGTCAATAGCAC------GT-AACAGTACAATGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17663 : TGGAAAATAGCAC------GT-CGCAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17664 : TGGACAATAGCAC------CA-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGTACGTCACAGTa
gi|17665 : TGGACAGTAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAGC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAATa
gi|17666 : TGGACAAGAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATGG-ACA--AC--AGTACGCCACAGT
gi|17667 : TGGACAATAGTAC------GT-CACTGTACAACATTGATAAC-GTAG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17668 : TGAATAATAATAC------GT-TAAAGCAAAACGTTAACAAC-ATGG-ACA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17669 : TGGACATGAGTTC------GT-CACAGTACAGCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17670 : TGGATAATAGTAC------GT-CATAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--TGTACGTCACAGTa
gi|17671 : TGGACAATTGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGAAAAC-ATGG-GCA--AA--AGTACGTCACAGTa
gi|17672 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAAATAT--AGCACATCACAGTa
gi|17673 : TGGACAATAGTAT------GT-CACAGTACAACGTTGGCGAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCACACAGTa
gi|17674 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAGC-GTGG-ATA--AT--ACTACGTCACAGTa
gi|17675 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTATC-GTGG-ACA--AA--AGAACGTCACAGTa
gi|17676 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17677 : TGGACATTAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGACAGC-ATGG-AAA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17678 : TGGACAATAGTAC------GT-CACGGTACATCGTTGAAAAC-ATGG-ATA--AT--AGTACGTCATAGTa
gi|17679 : TGGACAATAGCAC------GT-CACCGTACAACATTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTACGTCACAGTa
gi|17680 : TGGAAAATAATAA------GT-CAAAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACCGCACAGTa
gi|17681 : TGGACAATAGAAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGTATGTCAAAGTa
gi|17682 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACGACGTTGATAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17683 : TAGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATAAT-ATTG-ACA--AT--ATCACGTCACAGTa
gi|17684 : TGGACAATAGATC------GT-CACAGTACAACAATGGTAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17685 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACCACGTTGACAAC-ATGG-ACA--TG--AGTTCGTCACAGTa
gi|17686 : TAGAAAATAGTAC------AT-CACAGTATAACGTTGATATC-ATGG-ACA--TT--AGAACGTCACAGTa
gi|17687 : TGAACAATAAGAC------GT-TAAAGCAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACGGTa
gi|17688 : TGGCCAATAGAAC------GT-CACAGTACATCGTTGGTAAC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17689 : TGGACAATAGTAC------GT-CTCAGTACAACGTTGGTAAC-ATAG-ACA--AT--ATCACGTTACGGTa
gi|17690 : TGGACAATAGTAC------GT-CACATTGCAACATTGGTATC-ATGG-ACA--AC--AGTACGTCACAGTa
gi|17691 : TAGACAATAGCAC------TT-CACAGTACAAAGTTGACAAA-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCTCAGTa
gi|17692 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTGCATCTTTGACAGC-ATAG-ACA--AT--AGCACTTCACAGTa
gi|17693 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17694 : TGGACAAAAGAAC------GT-CACAGTACAACATTGGTATC-GTGG-ACA--AT--AGATCGTCACAGT
gi|17695 : TGGATAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AC--AACACGa
gi|17696 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACACT-ATGA-ACA--ATTAAGCG-GT-ACAGT
gi|17697 : TGGACAATACTAC------GT-AACAGTACAGCGTTGATAAC-GTAG-ACA--AT--ATCACGTCACCGTa
gi|17698 : TGGACA-TAGATC------GT-CTCAGTACAACGTTGATAAC-GTGG-ACA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17699 : TGGACAATAGTAC------GT-CACAATGTAACGTTGGTTAC-GTGG-ACA--TT--AGTACGTCACAGTa
gi|17700 : TGGACAATAGCAC------GC-CACAGTACAAAGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--ACCACGTCACAGTa
gi|17701 : TGGATAATACTAC------GT-CACAGTACAACGTTTGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17702 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACACCACTGATTAT-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACCGTa
gi|17703 : TGGACAATAGCAC------GC-CCCAGTACAACGTTGAATTC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17704 : TGGACAATAGTAC------AT-GGAAGTACAACGTTAGCAAC-ATGG-ACA--AA--AGTACGTCACAATa
gi|17705 : TGGATAATAGAAC------GT-CATAGTATAACGTTGGAAAC-GTGG-ACA--AT--AGTACGTCACTGTa
gi|17706 : TGGACAATAGAAC------GT-CGAGGTACAACGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCACAGTa
gi|17707 : TGGACAATATCAC------GT-CACAGTACAGCGCTGATTAT-ATGG-TCA--AT--AGCACGTAACAGTa
gi|17708 : TGGAAAATAGTAT------GT-CACAGTTCAACATTGATATC-ATTG-ACA--AT--TAAACGTCACAGTa
gi|17709 : TGGACAACAGTAC------GC-CACAGTACAACGTTCATAAT-GTGG-ACA--AT--ATCACATCACTGTa
gi|17710 : TGGACA-TAGATC------GT-CACAGTACCACGTTGATAAT-GTGG-ACA--AT--AGTACGTAACAGTa
gi|17711 : TGGGCAATAGTAA------TT-TACAGTACAACATTGATATC-ATGG-AAA--AT--AGAACGTCCCAGTa
gi|17712 : TGGATACTAACAC------GT-CACAGTACAACGTTGTCAAC-CTGG-ACA--AT--AGTACAT
gi|17713 : TGGACAATAGCAC------GT-CACGGTCCAACGTTGGTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGCCCCAGTggaagta
gi|17714 : TGGACAATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTAAGTAACAGTa
gi|17715 : TGGACATGAGTAC------GT-CACAGTACACCGTTGGTAAC-GTGG-AC---AT--AGATCGTCTCAGTa
gi|17716 : TGGACAATATCAC------AT-CACAGTACAACGTTGATATA-ATTG-ACA--AA--AATACGTCACAGTa
gi|17717 : TGGAGAATAGATC------AT-CACAGTACAACGTTTGTAAC-GTTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17718 : TGGACAATAGCACCGCACAGTACACAGTACAACGTTGA-AACTGTGG-ACA--AT--AACACGTCACAGTa
gi|17719 : TAGACAATATCAC------GT-CACCGTACAACGTTGGTATC-GTGG-AC---AT--AGCACGCCACAGTa
gi|17720 : TGAACAATAAGAT------GT-TAAAGAAAAACGTTGACAAC-ATGGAAAA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17740 : GGACATTAACAC------GT-CACAGTAGAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--ATCATGTCACAGTa
gi|17742 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-CCA--AT--AGAACGTCACAGTa
gi|17743 : GACGATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--GT--AGCACGTCACAGTa
gi|17744 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTAAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACGGTa
gi|17745 : GGCGATAGCAC------GT-CACAGTACATCGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGTACGTCACAGT
gi|17746 : GACAATAGTAA------GT-AACAGTACAACGTTGACAAC-ATAG-ACA--AT--AGAACGTCGCGGTa
gi|17747 : GACAATACCAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-ATTG-ACA--AT--AGCACGTCACAGT
gi|17748 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AT--AGTACGTCACAGTa
gi|17749 : GACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCTATA-ATGG-ACA--AT--AGCACGTCACAGTa
gi|17750 : GACAATTAAAC------GT-CACAGTACAACGTTGGTAAC-ATGG-ACA--AT--ATCACATCACAGTa
gi|17751 : GACAATAGCAC------GA-CACAGTCAAACGTTGACAAC-ATGG-ACA--AT--AGCAAGTCACAGTa
gi|17752 : GACAAAAATAC------GT-CACAGTACAACGTTAATATC-ATTG-ACA--AC--AGAACATCACTGTa
gi|17753 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAATGTTGGTTTC-ATGG-ACA--AC--AGCACGCCACAGTa
gi|17754 : GACAACAAAAC------AT-CACAGTACAACATTGGCAAC-GTGG-AAA--AT--AGTATGTCACAGTa
gi|17755 : GACAATATCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAT-ATGC-ACA--AT--AG
gi|17756 : GACAATAGAAC------GT-CATAGTAAAACGTTTAAAAC-ATGG-ACA--GC--AGTACGTCACAGT
gi|17757 : GACAGTAGTAC------GT-CACAGAACAACGTGGATATC-ATTG-ACA--AC--AAAACATCACAGTa
gi|17758 : GACAATAGTAC------GT-CACAGTACAACGTTGATATC-GTTG-ACA--AT--AATTCATTACAGTa
gi|17766 : ACAATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGCCAAC-AT-G-ACA--AT--AGAACGTCATAGTa
gi|17767 : AATAGCAC------GT-CACAGTACAACGTTGACAAC-ATGG-AAA--AT--AGCACGTCGCAGTa