lowQualScore                  :                                                        111111111111111                        
lowQualScore                  :          0  00         0     11 11        1    0       000000000000000   0     0000  0 0  0   
lowQualScore                  :          .  ..         .     .. ..        .    .       ...............   .     ....  . .  .   
lowQualScore                  :          7  88         5     11 77        9    4       888888888888888   4     9999  4 4  5   
consensus                     :  TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCCA-N-------TN----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
Reference ( gi|89666 )        :  TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-A-------TC----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89651                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCAATTT-AAGGCCA-T-------TC----TGA-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89667                      : aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGCGCCA-A-------CG----TGA-CCTTC----TT-G-TT-TAT
gi|89652                      :  TCTTTGGA-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGATTT-AGGGCCA-T-------TC----TGG-CCCTC----TT-G-TC-T
gi|89653                      : aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGTCA-T-------AC----TGG-CCCTC----TC-G-TT-T
gi|89668                      : aTCTTTGGC-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCACTTT-AAGGCCA-A-------TC----TGACCCCTC----AT-G-TT-TAT
gi|89669                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCTTGTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAACTT-AGGGTCA-T-------AC----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89670                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCATTTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAACTT-AGGGCCA-T-------AC----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89672                      :  TCTTTGGC-AT--TGTTACCTC-TACCA--C--TGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-A-------TA----TAA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89655                      :  TCTTTGAC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTGAGCAATTG-AGTGCCA-C-------TT----TGG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89673                      : aTCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGATTA-AGGGCCA-T-------TG----TGG-ATCTC----TT-G-TT-TA
gi|89674                      :  TCTTAAGC-AT--TGTCTCCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCAA-A-------TG----TGA-CCCTC----TT-G-CT-GAT
gi|89656                      :  TCTTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTTACCGATTT-AGGGCCA-T-------AG----TGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89675                      : aTCTTTGGC-AT--TGACTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGCGCTTT-AGGGTCA-G-------TA----TGG-TCCTC----TT-G-TT-
gi|89657                      :  TTTTTGAC-AT--TATTTCACT-TGCCA--C--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-A-------CA----TGG-CCATC----TT-G-TT-TAT
gi|89676                      : aTCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCTA--T--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-T-------TG----TAG-CCCTG----TA-G-TT-T
gi|89658                      :  TCTTTGAC-AT--TTTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCTATTT-AAAGCCA-T-------TA----TGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89677                      : aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TAACA--C--AAGTGAGTGATTT-AGGGCCA-A-------TA----TGG-GCCTC----TT-
gi|89678                      :  TCTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGTCA--T--AGGTGAGCGATTT-ATGGCTA-T-------TC----TGG-CTCTT----TT-G-TT-TA
gi|89659                      :  TCTTTCGC-AT--TGTCTCCCG-TACAA--C--AGGTGAGCAATTT-AGTACCA-A-------TC----TGA-CCCTC----TT-G-TA-TA
gi|89679                      : aTCTATGGT-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGAGGAGTGCTTT-AGAGCCA-A-------TC----TGG-TCCTC----TA-G-TT-TA
gi|89660                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCTC-TC-TTCCA--A--AGGTGAGCGTTTA-AGGGCCA-T-------TC----TGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89661                      : aTCTTTAGT-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--GGGTAAGCAATTT-AAGGCCA-T-------TC----TGA-TCCTC----TG-G-TC-TA
gi|89662                      : aTTTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCCA-T-------TC----TGG-ATTTCAAGTTT-G-TT-CA
gi|89681                      : aTCTTTGGC-AT--TGTCTCGTT-TGCCA--C--AGTCAAGTGATTA-AGGGCCA-G-------TG----TGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89680                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCACCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGATAT-AGAGTCA-A-------TG----TGG-CATAC----TT-A-TT-TA
gi|89671                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGATGAGTGATTT-A----------------------GG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89682                      :  TCTTTGTC-AT--TGTCTCCACAGGCCA--C--AGGTGAGTGCTTT-AGGGCCA-A-------TT----TGG-CC--A----TT-G-TT-TAT
gi|89683                      :  TCTTTGGC-AT--TG---ACTC-TGTCA--C--AGGGGAGCGTTTT-AGGGCCA-A-------CC----TGG-CCTTC----TT-
gi|89663                      :  TCTTTGGT-AT--TGTCTCCTT-TACAA--T--AGGTGAGCGATCT-AGGTCCA-A-------TT----AGG-CTCTC----TT-A-T
gi|89684                      : aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TTCCA--T--AGGTGAG--AT-----------A-------TT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89685                      :  TCCTTGGC-AT--TTTCTCCTC-TGCCG--C--AGGTGATTGATTA-AGGGCCATACTAGCACTC----TAG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89686                      :  TCTTTG-C-AT--TGTCTCTTC-TGTGG--A--AGGAGAGCACCTT-AGGGCCA-A-------CA----TAG-CCCTC----TT-GCTT-TAT
gi|89687                      :  TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCAC--C--AGTAGGGTGATTA-AGGGCCT-A-------TG----TGA-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89664                      :  TCCTCGAT-AT--TGTCTCCTC-TACCA--T--AGGTGAGCGATCT-AAGTCTA-C-------TG----TGA-CCCTC----TT-A-T
gi|89688                      : aTCTCTGAC-AT--TCTCTCCT---GCCA--C--AGGTGAGCGCCTA-CAAGCCA-T-------TC----TAG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89689                      :  TCTTTGGC-AT--TATCTCCCA-TGCCGTCC--A--TGAGTGATTT-AGGGCCA-T-------TA----TGG-ACCTC----TT-G-CT-
gi|89665                      :  TCTTGTAC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTTAGTGAATT-AAGGCCA-A--------CGTGATGG-CCGTC----TT-G-TT-
gi|89690                      : aTTTTTGGT-AC--AGTCTCTTA-AGCCA--G--AGGTGAGTAATTT-AGTACCA-A-------AA----TGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89691                      :  TCTTTTGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTG---------AGGGCTA-A-------CC----TTG-ACTTC----TT-G-T
gi|89692                      :   CTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGATTT-AGGACCA-T-------TC----TGG-CCCTC----TTGG-TT-TA
gi|89654                      :   CTTTGGT-AT--TGTCTCTTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-T-------TG----TGG-CCTTC----TT-G-TT-TA
gi|89693                      : acCTTTGGC-AT--TATCTCCTC-TGCCG--C--AAGTGAGCAAATT-AGGGCCA-A-------CA----TGT-TTCTG----TT-G-GT-T
gi|89694                      :   CTTTGGT-AT--TGCCTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGTGCTTT-AGGACCA-T-------TG----TGG-TCCAC----TT-
gi|89695                      :   CTTTGGC-CT--TCTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGATTGATTT-GGGGCCA-
gi|89650                      :    TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCCA-A-------TC----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89697                      : ataTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAGCGATTA-AGGGCCA-A-------AC----TGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89698                      :    TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCCATA-------T-----TGA-CCCTC----TT-A-TT-
gi|89699                      :    TTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCGCTTT-AGGGCCA-A-------TC----TGG-TGCTC----TT-G-TT-T
gi|89700                      :    TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCTG--A--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-T-------TG----TGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89701                      :    TTTGGC-AC--TGTCTCCTC-TGTCT--C--AGGAGAGCGATTT-AGAGCCA-A-------AC----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89702                      :    TCTGGCCAT--TGTCTCCTC-TGCTA--C--AGATGAGAGATTT-AGGGCCA-T-------TC----TGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89703                      :    TTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAATGCTTT-AGGGCTA-A-------TC----TGG-CCCAA----TT-T-TT-CAT
gi|89704                      :    TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAACGATTT-
gi|89705                      :    TTTGGC-AGGGTGTCTCCTA-TGGCA--C--AGGTGAGCAATTT-ATGACC--A-------TCG---TTG-CCCTC----CT-G-T
gi|89706                      :    TTTGGC-AC--AGTATCTTA-TGCCA--C--ATGTTAGTAATTTTAGGGCCA-A-------TA----TGG-CCCAC----TT-G-
gi|89707                      :     TTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGGCC--C--AGTAGAGCGATTT-AGGGCCA-A-------TG----TGG-CCCTT----TT-G-TT-T
gi|89708                      :      TGGC-AT--TGACTCCTC-TGCCT--C--AGGTGAGCGACTG-AGGGCCA-A-------TA----TGG-ACCTC----TT-G-TT-T
gi|89709                      :      TGTC-AT--TGTTTCCTC-TACTA--C--AAATACGCGATGT-ATGGCTA-A-------TG----TGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89710                      :         C-AT--TGTCTCCCC-TGCCA------GGTGAGGGATTT-AGGGCCA-A-------TG----TGG-CCCT-----TT-A-TT-
gi|89711                      :         C-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATTT-A
gi|89712                      :          -AC--TGCCTCCTC-TACCA--C--AGATTGACGAATT-AGGGCCA-A-------TC----TAG-TCCTC----TT-G-TT-T
gi|89713                      :            T--TGTCTCCAC-TGTCA--C--AGGTGAGCACTTA-AGGGCTA-A-------TC----TGG-ACCTC----TT-G-TT-
gi|89714                      :            T--TGCTTCCTC-TGCGA--C--AGTTGATCACTTT-AGGGCCA-A-------TC----TGG-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89715                      :            T--CGTGTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGATCT-AGGGCCA-A-------TG----GGG-TCCTC----TT-G-TC-TA
gi|89716                      :            T--TTTCCCCTC-TGT-G--C--AAGTGAGCAATAT-GGGGCCA-A-------TC----TGA-CTCTC----CT-G-TT-TA
gi|89717                      :            T--TGTCTCCCC-TTCCA--C--ACATGAGCAAATT-CGGGCCA-G-------TG----TGA-CACTC----TT-G-TT-TA
gi|89718                      :             --TGTCTCCAG-TGCTC--C--AGTTGAGCGATTT-AGGGCCA-T-------TA----TGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89719                      :                GTATCCAG-TGACA--C--AGGTGAGCAATTT-AGGGCCA-T-------TG----TTG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89720                      :                 TCTTCCC-TGCCA--C--AGGTGAGCGGTTT-AGGGCCA-A-------TG----TGT-CCCTC----TT-G-T
gi|89721                      :                  CTCCTC-TGCCA--C--AGGCGAGTGATTT-ACCACCA-A-------TC----TGG-C---T----TT-G-TT-TAT
gi|89722                      :                    CCTC-TGCCA--C--AGATGAAC--CCT-AGGGCCA-A-------TC----T-G-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89723                      :                        -TGACA--C--AGGTGAGCAATTT-AGGACCA-T-------TG----TGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89724                      :                        -TGTCAGTC--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-C-------TT----TTG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89725                      :                        -TGTCA--CTCAGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89728                      :                          GTCA--CTTAGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89727                      :                          GTCA--CTAAGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89729                      :                            CA--C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-T-TT-TA
gi|89730                      :                             A--C--AGGTGAGCGATTT-AGGGCCA---------TCA---TGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89732                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-A-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89734                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89731                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89736                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------TT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89738                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89737                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------TT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89740                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-A-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-CA
gi|89747                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89746                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89745                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------TT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-CAT
gi|89744                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89743                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89742                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-A-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89741                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89748                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCC--A-------TCG---TGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89739                      :                              --C--AGGTGAGCAATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89752                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89751                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89750                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89749                      :                              --C--AGGTGAGCGATAT-AGGGCCA-T-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89753                      :                              --C--AGGTGAGTGATAT-AGGGCCA-A-------CT----TGG-CCCTC----TT-G-TTATAT





Alignments
lowQualScore                  :            0  00         0     11 11          0        11111111  1 1111   0     0000  0 0  0   
lowQualScore                  :            .  ..         .     .. ..          .        ........  . ....   .     ....  . .  .   
lowQualScore                  :            6  88         5     11 77          4        55555555  1 9999   4     9999  4 4  5   
consensus                     :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
Reference ( family-252 )      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89650                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89651                      : ataTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89652                      :   aTCTTTGGA-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CCCTC----TT-G-TC-T
gi|89653                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TC-G-TT-T
gi|89654                      :    aCTTTGGT-AT--TGTCTCTTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGG-CCTTC----TT-G-TT-TA
gi|89655                      :  acTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTGAGTGC--------CACT---TTGG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89656                      :   aTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTTACCGA-TTTAGGGC--------CATA---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89657                      :   aTTTTTGAC-AT--TATTTCACT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAC---ATGG-CCATC----TT-G-TT-TAT
gi|89658                      :   aTCTTTGAC-AT--TTTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCTA-TTTAAAGC--------CATT---ATGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89659                      :   aTCTTTCGC-AT--TGTCTCCCG-TACAA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGTAC--------CAAT---CTGA-CCCTC----TT-G-TA-TA
gi|89660                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTC-TC-TTCCA--A--AGGTGAGCGT-TTAAGGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89661                      :   aTCTTTAGT-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--GGGTAAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-TCCTC----TG-G-TC-TA
gi|89662                      :   aTTTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-ATTTCAAGTTT-G-TT-CA
gi|89663                      :   aTCTTTGGT-AT--TGTCTCCTT-TACAA--T--AGGTGAGCGA-TCTAGGTC--------CAAT---TAGG-CTCTC----TT-A-T
gi|89664                      :   aTCCTCGAT-AT--TGTCTCCTC-TACCA--T--AGGTGAGCGA-TCTAAGTC--------TACT---GTGA-CCCTC----TT-A-T
gi|89665                      :   aTCTTGTAC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTTAGTGA-ATTAAGGC--------CAACGTGATGG-CCGTC----TT-G-TT-
gi|89666                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89667                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGCGC--------CAAC---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-TAT
gi|89668                      :    TCTTTGGC-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAC-TTTAAGGC--------CAAT---CTGACCCCTC----AT-G-TT-TAT
gi|89669                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTTGTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89670                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCATTTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGC--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89671                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGATGAGTGA-TTTA---------------------GG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89672                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTACCTC-TACCA--C--TGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---ATAA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89673                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTAAGGGC--------CATT---GTGG-ATCTC----TT-G-TT-TA
gi|89674                      :    TCTTAAGC-AT--TGTCTCCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------AAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-CT-GAT
gi|89675                      :    TCTTTGGC-AT--TGACTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGCGC-TTTAGGGT--------CAGT---ATGG-TCCTC----TT-G-TT-
gi|89676                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCTA--T--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTAG-CCCTG----TA-G-TT-T
gi|89677                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TAACA--C--AAGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CAAT---ATGG-GCCTC----TT-
gi|89678                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGTCA--T--AGGTGAGCGA-TTTATGGC--------TATT---CTGG-CTCTT----TT-G-TT-TA
gi|89679                      :    TCTATGGT-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGAGGAGTGC-TTTAGAGC--------CAAT---CTGG-TCCTC----TA-G-TT-TA
gi|89680                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCACCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TATAGAGT--------CAAT---GTGG-CATAC----TT-A-TT-TA
gi|89681                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCGTT-TGCCA--C--AGTCAAGTGA-TTAAGGGC--------CAGT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89682                      :    TCTTTGTC-AT--TGTCTCCACAGGCCA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGGC--------CAAT---TTGG-CC--A----TT-G-TT-TAT
gi|89683                      :    TCTTTGGC-AT--TG---ACTC-TGTCA--C--AGGGGAGCGT-TTTAGGGC--------CAAC---CTGG-CCTTC----TT-
gi|89684                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TTCCA--T--AGGTGA--GA-T-----------------AT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89685                      :    TCCTTGGC-AT--TTTCTCCTC-TGCCG--C--AGGTGATTGA-TTAAGGGCCATACTAGCACT---CTAG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89686                      :    TCTTTG-C-AT--TGTCTCTTC-TGTGG--A--AGGAGAGCAC-CTTAGGGC--------CAAC---ATAG-CCCTC----TT-GCTT-TAT
gi|89687                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCAC--C--AGTAGGGTGA-TTAAGGGC--------CTAT---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89688                      :    TCTCTGAC-AT--TCTCTCCT---GCCA--C--AGGTGAGCGC-CTACAAGC--------CATT---CTAG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89689                      :    TCTTTGGC-AT--TATCTCCCA-TGCCGTCC--A--TGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-ACCTC----TT-G-CT-
gi|89690                      :    TTTTTGGT-AC--AGTCTCTTA-AGCCA--G--AGGTGAGTAA-TTTAGTAC--------CAAA---ATGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89691                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTG---------AGGGC--------TAAC---CTTG-ACTTC----TT-G-T
gi|89692                      :     CTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGAC--------CATT---CTGG-CCCTC----TTGG-TT-TA
gi|89693                      :     CTTTGGC-AT--TATCTCCTC-TGCCG--C--AAGTGAGCAA-ATTAGGGC--------CAAC---ATGT-TTCTG----TT-G-GT-T
gi|89694                      :     CTTTGGT-AT--TGCCTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-TCCAC----TT-
gi|89695                      :     CTTTGGC-CT--TCTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGATTGA-TTTGGGGC--------CA
gi|89697                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAGCGA-TTAAGGGC--------CAAA---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89698                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATA---TTGA-CCCTC----TT-A-TT-
gi|89699                      :      TTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCGC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-TGCTC----TT-G-TT-T
gi|89700                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCTG--A--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89701                      :      TTTGGC-AC--TGTCTCCTC-TGTCT--C--AGGAGAGCGA-TTTAGAGC--------CAAA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89702                      :      TCTGGCCAT--TGTCTCCTC-TGCTA--C--AGATGAGAGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89703                      :      TTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAATGC-TTTAGGGC--------TAAT---CTGG-CCCAA----TT-T-TT-CAT
gi|89704                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAACGA-TTT
gi|89705                      :      TTTGGC-AGGGTGTCTCCTA-TGGCA--C--AGGTGAGCAA-TTTATGAC--------CATC---GTTG-CCCTC----CT-G-T
gi|89706                      :      TTTGGC-AC--AGTATCTTA-TGCCA--C--ATGTTAGTAATTTTAGGGC--------CAAT---ATGG-CCCAC----TT-G-
gi|89707                      :       TTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGGCC--C--AGTAGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCTT----TT-G-TT-T
gi|89708                      :        TGGC-AT--TGACTCCTC-TGCCT--C--AGGTGAGCGA-CTGAGGGC--------CAAT---ATGG-ACCTC----TT-G-TT-T
gi|89709                      :        TGTC-AT--TGTTTCCTC-TACTA--C--AAATACGCGA-TGTATGGC--------TAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89710                      :           C-AT--TGTCTCCCC-TGCCA------GGTGAGGGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCT-----TT-A-TT-
gi|89711                      :           C-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTA
gi|89712                      :            -AC--TGCCTCCTC-TACCA--C--AGATTGACGA-ATTAGGGC--------CAAT---CTAG-TCCTC----TT-G-TT-T
gi|89713                      :              T--TGTCTCCAC-TGTCA--C--AGGTGAGCAC-TTAAGGGC--------TAAT---CTGG-ACCTC----TT-G-TT-
gi|89714                      :              T--TGCTTCCTC-TGCGA--C--AGTTGATCAC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89715                      :              T--CGTGTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TCTAGGGC--------CAAT---GGGG-TCCTC----TT-G-TC-TA
gi|89717                      :              T--TGTCTCCCC-TTCCA--C--ACATGAGCAA-ATTCGGGC--------CAGT---GTGA-CACTC----TT-G-TT-TA
gi|89718                      :               --TGTCTCCAG-TGCTC--C--AGTTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89719                      :                  GTATCCAG-TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTTG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89720                      :                   TCTTCCC-TGCCA--C--AGGTGAGCGG-TTTAGGGC--------CAAT---GTGT-CCCTC----TT-G-T
gi|89721                      :                    CTCCTC-TGCCA--C--AGGCGAGTGA-TTTACCAC--------CAAT---CTGG-C---T----TT-G-TT-TAT
gi|89722                      :                      CCTC-TGCCA--C--AGATGAAC---CCTAGGGC--------CAAT---CT-G-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89723                      :                          -TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89724                      :                          -TGTCAGTC--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CACT---TTTG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89725                      :                          -TGTCA--CTCAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89727                      :                            GTCA--CTAAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89728                      :                            GTCA--CTTAGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89729                      :                              CA--C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-T-TT-TA
gi|89730                      :                               A--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATC---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89731                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89732                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89734                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89736                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89737                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89738                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89739                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89740                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CA
gi|89741                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89742                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89743                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89744                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89745                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CAT
gi|89746                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89747                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89748                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89749                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89750                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89751                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89752                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89753                      :                                --C--AGGTGAGTGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TTATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|89716 ): TTTTCCCCTCTGTGCAAGTGAGCAATATGGGGCCAATCTGACTCTCCTGTTTA






Alignments
lowQualScore                  :            0  00         0     11 11          0        11111111  1 1111   0     0000  0 0  0   
lowQualScore                  :            .  ..         .     .. ..          .        ........  . ....   .     ....  . .  .   
lowQualScore                  :            6  88         5     11 77          4        55555555  1 9999   4     9999  4 4  5   
consensus                     :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
Reference ( family-252 )      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89650                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89651                      : ataTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89652                      :   aTCTTTGGA-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CCCTC----TT-G-TC-T
gi|89653                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TC-G-TT-T
gi|89654                      :    aCTTTGGT-AT--TGTCTCTTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGG-CCTTC----TT-G-TT-TA
gi|89655                      :  acTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTGAGTGC--------CACT---TTGG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89656                      :   aTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTTACCGA-TTTAGGGC--------CATA---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89657                      :   aTTTTTGAC-AT--TATTTCACT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAC---ATGG-CCATC----TT-G-TT-TAT
gi|89658                      :   aTCTTTGAC-AT--TTTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCTA-TTTAAAGC--------CATT---ATGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89659                      :   aTCTTTCGC-AT--TGTCTCCCG-TACAA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGTAC--------CAAT---CTGA-CCCTC----TT-G-TA-TA
gi|89660                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTC-TC-TTCCA--A--AGGTGAGCGT-TTAAGGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89661                      :   aTCTTTAGT-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--GGGTAAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-TCCTC----TG-G-TC-TA
gi|89662                      :   aTTTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-ATTTCAAGTTT-G-TT-CA
gi|89663                      :   aTCTTTGGT-AT--TGTCTCCTT-TACAA--T--AGGTGAGCGA-TCTAGGTC--------CAAT---TAGG-CTCTC----TT-A-T
gi|89664                      :   aTCCTCGAT-AT--TGTCTCCTC-TACCA--T--AGGTGAGCGA-TCTAAGTC--------TACT---GTGA-CCCTC----TT-A-T
gi|89665                      :   aTCTTGTAC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTTAGTGA-ATTAAGGC--------CAACGTGATGG-CCGTC----TT-G-TT-
gi|89666                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89667                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGCGC--------CAAC---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-TAT
gi|89668                      :    TCTTTGGC-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAC-TTTAAGGC--------CAAT---CTGACCCCTC----AT-G-TT-TAT
gi|89669                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTTGTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89670                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCATTTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGC--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89671                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGATGAGTGA-TTTA---------------------GG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89672                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTACCTC-TACCA--C--TGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---ATAA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89673                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTAAGGGC--------CATT---GTGG-ATCTC----TT-G-TT-TA
gi|89674                      :    TCTTAAGC-AT--TGTCTCCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------AAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-CT-GAT
gi|89675                      :    TCTTTGGC-AT--TGACTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGCGC-TTTAGGGT--------CAGT---ATGG-TCCTC----TT-G-TT-
gi|89676                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCTA--T--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTAG-CCCTG----TA-G-TT-T
gi|89677                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TAACA--C--AAGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CAAT---ATGG-GCCTC----TT-
gi|89678                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGTCA--T--AGGTGAGCGA-TTTATGGC--------TATT---CTGG-CTCTT----TT-G-TT-TA
gi|89679                      :    TCTATGGT-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGAGGAGTGC-TTTAGAGC--------CAAT---CTGG-TCCTC----TA-G-TT-TA
gi|89680                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCACCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TATAGAGT--------CAAT---GTGG-CATAC----TT-A-TT-TA
gi|89681                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCGTT-TGCCA--C--AGTCAAGTGA-TTAAGGGC--------CAGT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89682                      :    TCTTTGTC-AT--TGTCTCCACAGGCCA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGGC--------CAAT---TTGG-CC--A----TT-G-TT-TAT
gi|89683                      :    TCTTTGGC-AT--TG---ACTC-TGTCA--C--AGGGGAGCGT-TTTAGGGC--------CAAC---CTGG-CCTTC----TT-
gi|89684                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TTCCA--T--AGGTGA--GA-T-----------------AT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89685                      :    TCCTTGGC-AT--TTTCTCCTC-TGCCG--C--AGGTGATTGA-TTAAGGGCCATACTAGCACT---CTAG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89686                      :    TCTTTG-C-AT--TGTCTCTTC-TGTGG--A--AGGAGAGCAC-CTTAGGGC--------CAAC---ATAG-CCCTC----TT-GCTT-TAT
gi|89687                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCAC--C--AGTAGGGTGA-TTAAGGGC--------CTAT---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89688                      :    TCTCTGAC-AT--TCTCTCCT---GCCA--C--AGGTGAGCGC-CTACAAGC--------CATT---CTAG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89689                      :    TCTTTGGC-AT--TATCTCCCA-TGCCGTCC--A--TGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-ACCTC----TT-G-CT-
gi|89690                      :    TTTTTGGT-AC--AGTCTCTTA-AGCCA--G--AGGTGAGTAA-TTTAGTAC--------CAAA---ATGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89691                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTG---------AGGGC--------TAAC---CTTG-ACTTC----TT-G-T
gi|89692                      :     CTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGAC--------CATT---CTGG-CCCTC----TTGG-TT-TA
gi|89693                      :     CTTTGGC-AT--TATCTCCTC-TGCCG--C--AAGTGAGCAA-ATTAGGGC--------CAAC---ATGT-TTCTG----TT-G-GT-T
gi|89694                      :     CTTTGGT-AT--TGCCTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-TCCAC----TT-
gi|89695                      :     CTTTGGC-CT--TCTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGATTGA-TTTGGGGC--------CA
gi|89697                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAGCGA-TTAAGGGC--------CAAA---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89698                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATA---TTGA-CCCTC----TT-A-TT-
gi|89699                      :      TTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCGC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-TGCTC----TT-G-TT-T
gi|89700                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCTG--A--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89701                      :      TTTGGC-AC--TGTCTCCTC-TGTCT--C--AGGAGAGCGA-TTTAGAGC--------CAAA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89702                      :      TCTGGCCAT--TGTCTCCTC-TGCTA--C--AGATGAGAGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89703                      :      TTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAATGC-TTTAGGGC--------TAAT---CTGG-CCCAA----TT-T-TT-CAT
gi|89704                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAACGA-TTT
gi|89705                      :      TTTGGC-AGGGTGTCTCCTA-TGGCA--C--AGGTGAGCAA-TTTATGAC--------CATC---GTTG-CCCTC----CT-G-T
gi|89706                      :      TTTGGC-AC--AGTATCTTA-TGCCA--C--ATGTTAGTAATTTTAGGGC--------CAAT---ATGG-CCCAC----TT-G-
gi|89707                      :       TTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGGCC--C--AGTAGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCTT----TT-G-TT-T
gi|89708                      :        TGGC-AT--TGACTCCTC-TGCCT--C--AGGTGAGCGA-CTGAGGGC--------CAAT---ATGG-ACCTC----TT-G-TT-T
gi|89709                      :        TGTC-AT--TGTTTCCTC-TACTA--C--AAATACGCGA-TGTATGGC--------TAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89710                      :           C-AT--TGTCTCCCC-TGCCA------GGTGAGGGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCT-----TT-A-TT-
gi|89711                      :           C-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTA
gi|89712                      :            -AC--TGCCTCCTC-TACCA--C--AGATTGACGA-ATTAGGGC--------CAAT---CTAG-TCCTC----TT-G-TT-T
gi|89713                      :              T--TGTCTCCAC-TGTCA--C--AGGTGAGCAC-TTAAGGGC--------TAAT---CTGG-ACCTC----TT-G-TT-
gi|89714                      :              T--TGCTTCCTC-TGCGA--C--AGTTGATCAC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89715                      :              T--CGTGTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TCTAGGGC--------CAAT---GGGG-TCCTC----TT-G-TC-TA
gi|89717                      :              T--TGTCTCCCC-TTCCA--C--ACATGAGCAA-ATTCGGGC--------CAGT---GTGA-CACTC----TT-G-TT-TA
gi|89718                      :               --TGTCTCCAG-TGCTC--C--AGTTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89719                      :                  GTATCCAG-TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTTG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89720                      :                   TCTTCCC-TGCCA--C--AGGTGAGCGG-TTTAGGGC--------CAAT---GTGT-CCCTC----TT-G-T
gi|89721                      :                    CTCCTC-TGCCA--C--AGGCGAGTGA-TTTACCAC--------CAAT---CTGG-C---T----TT-G-TT-TAT
gi|89722                      :                      CCTC-TGCCA--C--AGATGAAC---CCTAGGGC--------CAAT---CT-G-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89723                      :                          -TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89724                      :                          -TGTCAGTC--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CACT---TTTG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89725                      :                          -TGTCA--CTCAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89727                      :                            GTCA--CTAAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89728                      :                            GTCA--CTTAGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89729                      :                              CA--C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-T-TT-TA
gi|89730                      :                               A--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATC---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89731                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89732                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89734                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89736                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89737                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89738                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89739                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89740                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CA
gi|89741                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89742                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89743                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89744                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89745                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CAT
gi|89746                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89747                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89748                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89749                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89750                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89751                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89752                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89753                      :                                --C--AGGTGAGTGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TTATAT


blockSeqs                     :                                TC TC                   CATACTAG  T GTGA
blockSeqs                     :                                GT TA                   .         T C   
blockSeqs                     :                                .  TT                   .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         C G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         C T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         G A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         G G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         C C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         G G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A C   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         C T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T A   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T G   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         T T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         A T   
blockSeqs                     :                                .  .                    .         . .   
blockSeqs                     :                                .  .                    .               
blockSeqs                     :                                .  .                                    
blockSeqs                     :                                .  .                                    


blockSeqCons                  :    
originalCons                  :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
finalCons                     :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|89716 ): TTTTCCCCTCTGTGCAAGTGAGCAATATGGGGCCAATCTGACTCTCCTGTTTA






Alignments
lowQualScore                  :            0  00         0     11 11          0        11111111  1 1111   0     0000  0 0  0   
lowQualScore                  :            .  ..         .     .. ..          .        ........  . ....   .     ....  . .  .   
lowQualScore                  :            6  88         5     11 77          4        55555555  1 9999   4     9999  4 4  5   
consensus                     :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
Reference ( family-252 )      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CANT---NTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89650                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89651                      : ataTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89652                      :   aTCTTTGGA-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CCCTC----TT-G-TC-T
gi|89653                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TC-G-TT-T
gi|89654                      :    aCTTTGGT-AT--TGTCTCTTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGG-CCTTC----TT-G-TT-TA
gi|89655                      :  acTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTGAGTGC--------CACT---TTGG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89656                      :   aTCTTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTTACCGA-TTTAGGGC--------CATA---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89657                      :   aTTTTTGAC-AT--TATTTCACT-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAC---ATGG-CCATC----TT-G-TT-TAT
gi|89658                      :   aTCTTTGAC-AT--TTTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCTA-TTTAAAGC--------CATT---ATGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89659                      :   aTCTTTCGC-AT--TGTCTCCCG-TACAA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGTAC--------CAAT---CTGA-CCCTC----TT-G-TA-TA
gi|89660                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTC-TC-TTCCA--A--AGGTGAGCGT-TTAAGGGC--------CATT---CTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89661                      :   aTCTTTAGT-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--GGGTAAGCAA-TTTAAGGC--------CATT---CTGA-TCCTC----TG-G-TC-TA
gi|89662                      :   aTTTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-ATTTCAAGTTT-G-TT-CA
gi|89663                      :   aTCTTTGGT-AT--TGTCTCCTT-TACAA--T--AGGTGAGCGA-TCTAGGTC--------CAAT---TAGG-CTCTC----TT-A-T
gi|89664                      :   aTCCTCGAT-AT--TGTCTCCTC-TACCA--T--AGGTGAGCGA-TCTAAGTC--------TACT---GTGA-CCCTC----TT-A-T
gi|89665                      :   aTCTTGTAC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTTAGTGA-ATTAAGGC--------CAACGTGATGG-CCGTC----TT-G-TT-
gi|89666                      :   aTCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89667                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGCGC--------CAAC---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-TAT
gi|89668                      :    TCTTTGGC-AT--CGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCAC-TTTAAGGC--------CAAT---CTGACCCCTC----AT-G-TT-TAT
gi|89669                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTTGTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGT--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89670                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCATTTC-TGCCA--C--AGTTGAGCAA-CTTAGGGC--------CATA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89671                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGATGAGTGA-TTTA---------------------GG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89672                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTACCTC-TACCA--C--TGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CAAT---ATAA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89673                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTAAGGGC--------CATT---GTGG-ATCTC----TT-G-TT-TA
gi|89674                      :    TCTTAAGC-AT--TGTCTCCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------AAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-CT-GAT
gi|89675                      :    TCTTTGGC-AT--TGACTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGCGC-TTTAGGGT--------CAGT---ATGG-TCCTC----TT-G-TT-
gi|89676                      :    TCTTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCTA--T--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTAG-CCCTG----TA-G-TT-T
gi|89677                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TAACA--C--AAGTGAGTGA-TTTAGGGC--------CAAT---ATGG-GCCTC----TT-
gi|89678                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTTCTC-TGTCA--T--AGGTGAGCGA-TTTATGGC--------TATT---CTGG-CTCTT----TT-G-TT-TA
gi|89679                      :    TCTATGGT-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGAGGAGTGC-TTTAGAGC--------CAAT---CTGG-TCCTC----TA-G-TT-TA
gi|89680                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCACCTC-TGTCA--C--AGGTGAGCGA-TATAGAGT--------CAAT---GTGG-CATAC----TT-A-TT-TA
gi|89681                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCGTT-TGCCA--C--AGTCAAGTGA-TTAAGGGC--------CAGT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89682                      :    TCTTTGTC-AT--TGTCTCCACAGGCCA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGGC--------CAAT---TTGG-CC--A----TT-G-TT-TAT
gi|89683                      :    TCTTTGGC-AT--TG---ACTC-TGTCA--C--AGGGGAGCGT-TTTAGGGC--------CAAC---CTGG-CCTTC----TT-
gi|89684                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TTCCA--T--AGGTGA--GA-T-----------------AT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89685                      :    TCCTTGGC-AT--TTTCTCCTC-TGCCG--C--AGGTGATTGA-TTAAGGGCCATACTAGCACT---CTAG-CACTC----TT-G-TT-T
gi|89686                      :    TCTTTG-C-AT--TGTCTCTTC-TGTGG--A--AGGAGAGCAC-CTTAGGGC--------CAAC---ATAG-CCCTC----TT-GCTT-TAT
gi|89687                      :    TCTTTGGC-AT--TGTCTCCTT-TGCAC--C--AGTAGGGTGA-TTAAGGGC--------CTAT---GTGA-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89688                      :    TCTCTGAC-AT--TCTCTCCT---GCCA--C--AGGTGAGCGC-CTACAAGC--------CATT---CTAG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89689                      :    TCTTTGGC-AT--TATCTCCCA-TGCCGTCC--A--TGAGTGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-ACCTC----TT-G-CT-
gi|89690                      :    TTTTTGGT-AC--AGTCTCTTA-AGCCA--G--AGGTGAGTAA-TTTAGTAC--------CAAA---ATGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89691                      :    TCTTTTGC-AT--TGTCTCCTT-TGCCA--C--AGGTG---------AGGGC--------TAAC---CTTG-ACTTC----TT-G-T
gi|89692                      :     CTTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGTGA-TTTAGGAC--------CATT---CTGG-CCCTC----TTGG-TT-TA
gi|89693                      :     CTTTGGC-AT--TATCTCCTC-TGCCG--C--AAGTGAGCAA-ATTAGGGC--------CAAC---ATGT-TTCTG----TT-G-GT-T
gi|89694                      :     CTTTGGT-AT--TGCCTCCTC-TGCTA--C--AGGTGAGTGC-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-TCCAC----TT-
gi|89695                      :     CTTTGGC-CT--TCTTTCCTC-TGCCA--C--AGGTGATTGA-TTTGGGGC--------CA
gi|89697                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAGCGA-TTAAGGGC--------CAAA---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89698                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATA---TTGA-CCCTC----TT-A-TT-
gi|89699                      :      TTTGGC-AT--TGTTTCCTC-TGCCA--C--ATGTGAGCGC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-TGCTC----TT-G-TT-T
gi|89700                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCTG--A--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89701                      :      TTTGGC-AC--TGTCTCCTC-TGTCT--C--AGGAGAGCGA-TTTAGAGC--------CAAA---CTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89702                      :      TCTGGCCAT--TGTCTCCTC-TGCTA--C--AGATGAGAGA-TTTAGGGC--------CATT---CTGG-CTCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89703                      :      TTTGAC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGATGAATGC-TTTAGGGC--------TAAT---CTGG-CCCAA----TT-T-TT-CAT
gi|89704                      :      TTTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGCCA--C--AGGTGAACGA-TTT
gi|89705                      :      TTTGGC-AGGGTGTCTCCTA-TGGCA--C--AGGTGAGCAA-TTTATGAC--------CATC---GTTG-CCCTC----CT-G-T
gi|89706                      :      TTTGGC-AC--AGTATCTTA-TGCCA--C--ATGTTAGTAATTTTAGGGC--------CAAT---ATGG-CCCAC----TT-G-
gi|89707                      :       TTGGC-AT--TGTCTCCTC-TGGCC--C--AGTAGAGCGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCTT----TT-G-TT-T
gi|89708                      :        TGGC-AT--TGACTCCTC-TGCCT--C--AGGTGAGCGA-CTGAGGGC--------CAAT---ATGG-ACCTC----TT-G-TT-T
gi|89709                      :        TGTC-AT--TGTTTCCTC-TACTA--C--AAATACGCGA-TGTATGGC--------TAAT---GTGA-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89710                      :           C-AT--TGTCTCCCC-TGCCA------GGTGAGGGA-TTTAGGGC--------CAAT---GTGG-CCCT-----TT-A-TT-
gi|89711                      :           C-AT--TGTCTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TTTA
gi|89712                      :            -AC--TGCCTCCTC-TACCA--C--AGATTGACGA-ATTAGGGC--------CAAT---CTAG-TCCTC----TT-G-TT-T
gi|89713                      :              T--TGTCTCCAC-TGTCA--C--AGGTGAGCAC-TTAAGGGC--------TAAT---CTGG-ACCTC----TT-G-TT-
gi|89714                      :              T--TGCTTCCTC-TGCGA--C--AGTTGATCAC-TTTAGGGC--------CAAT---CTGG-CCTTC----TT-G-TT-T
gi|89715                      :              T--CGTGTTCTC-TGCCA--C--AGGTGAGCGA-TCTAGGGC--------CAAT---GGGG-TCCTC----TT-G-TC-TA
gi|89717                      :              T--TGTCTCCCC-TTCCA--C--ACATGAGCAA-ATTCGGGC--------CAGT---GTGA-CACTC----TT-G-TT-TA
gi|89718                      :               --TGTCTCCAG-TGCTC--C--AGTTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATT---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89719                      :                  GTATCCAG-TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGGC--------CATT---GTTG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89720                      :                   TCTTCCC-TGCCA--C--AGGTGAGCGG-TTTAGGGC--------CAAT---GTGT-CCCTC----TT-G-T
gi|89721                      :                    CTCCTC-TGCCA--C--AGGCGAGTGA-TTTACCAC--------CAAT---CTGG-C---T----TT-G-TT-TAT
gi|89722                      :                      CCTC-TGCCA--C--AGATGAAC---CCTAGGGC--------CAAT---CT-G-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89723                      :                          -TGACA--C--AGGTGAGCAA-TTTAGGAC--------CATT---GTGG-CTCTC----TT-G-TT-T
gi|89724                      :                          -TGTCAGTC--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CACT---TTTG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89725                      :                          -TGTCA--CTCAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89727                      :                            GTCA--CTAAGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89728                      :                            GTCA--CTTAGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89729                      :                              CA--C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-T-TT-TA
gi|89730                      :                               A--C--AGGTGAGCGA-TTTAGGGC--------CATC---ATGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89731                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89732                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89734                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89736                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89737                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89738                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89739                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-T
gi|89740                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CA
gi|89741                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89742                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-
gi|89743                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89744                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89745                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATT---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-CAT
gi|89746                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89747                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TAT
gi|89748                      :                                --C--AGGTGAGCAA-TATAGGGC--------CATC---GTGG-CCCTC----TT-G-TT-TGT
gi|89749                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89750                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89751                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89752                      :                                --C--AGGTGAGCGA-TATAGGGC--------CATC---TTGG-CCCTC----TT-G-TT-TA
gi|89753                      :                                --C--AGGTGAGTGA-TATAGGGC--------CAAC---TTGG-CCCTC----TT-G-TTATAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|89716 ): TTTTCCCCTCTGTGCAAGTGAGCAATATGGGGCCAATCTGACTCTCCTGTTTA