lowQualScore                  :                         1111111                           2222222222   2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                            
lowQualScore                  :              4          8888888      0 3  0               2222222222   8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   111 44444444444          2  2   1  1     
lowQualScore                  :              .          .......      . .  .               ..........   .............................................................   ... ...........          .  .   .  .     
lowQualScore                  :              7          2222222      5 9  9               1111111111   3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   222 99999999999          1  3   6  6     
consensus                     :       TCACCCGGGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
Reference ( gi|51745 )        :       TCACCCAAGCGTCGGCGT------AACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------A-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51755                      :       TCACCCAAGCGTCGGCAT------CACACCT-T-TG-TTGAAGTTTTGCATG----------CAA----------A-----------T------------C-----C------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GC-ATTGA
gi|51737                      :       TCACCTGGGCATCAGCCT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51738                      :       TCACACAGGCGTTGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-TTGTAT-GT-ATTGA
gi|51747                      :       TCACCCAGGTGTCGGCAT------CACACCT-T-GG-TTTAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-
gi|51746                      :       TCACCCAGGTGTCTGCGT------CACACCT-T-TG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTTTAT-GT-ATTGatatcagtaacca
gi|51748                      :       TCACTCGGGCGTCGGCGT------CACACTT-T-AG-TTAACGTTTTGTGTG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51736                      :       TCACCCAGGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51744                      :       TCACACGGGCATCGGTGT------CGCATCT-T-GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA----------G-----------T------------T-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51761                      :       TCACTCGCACATCAGCGT------CACACCT-T-GC-TTAAAGTTATGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51743                      :       TCATCCAGGCGTCTGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAC---CTGTG-------TCAGTAGCCA-TATCAT-GT-ATTGA
gi|51749                      :       TCACCCAGATGTCGGTGT------CATACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51754                      :       TCACCAAGGCGTCGGTGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTCCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-
gi|51735                      :       TCACCCAGGCATCGGCAT------CTCACTT-T-GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----A------C------------TAT---C-----------TCAGTAAACT-TTACAT-GA-ATTGAc
gi|51742                      :       TTACCCAGGCGTCGGAGT------CACACCT-T-GG-CTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------T------------TAT---A-----------TCAGTAACCA-
gi|51750                      :       TCACCCAAGCGTCGGCAT------CACATCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51760                      :       TCACCAAGGCGTCGACGTTGGTTTCACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51751                      :       TCACCCGGGCGTCAGCGT------CACACCT-T-GA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAT----------G-----------T------------C-----C------T------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-
gi|51763                      :       TCACTCGGGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GA-ATAAATTTTTGCGTG----------CAA----------A-----------T------------T-----C------C------------TAT---T-----------TTAGTAATCG-ATGCAT-AA-ATTGA
gi|51752                      :       TCATCCTGGCGTCAGCAT------CACACCT-T-CA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA----------G-----------C------------T-----A------A------------TAT---C-----------TCAGTAACGA-TTGCAT-GT-ATTGctcccaagtcaccaaacctact
gi|51758                      :       TCACCCAGGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTTCCTG----------CAA----------A-----------C------------C-----C------C------------TAT---C-----------cattga
gi|51740                      :       TCACCCGGGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------CAT---
gi|51741                      :       TCACCCAGGCATCGTCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51753                      :       TCACCCAAGTGCCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTCTTACATG----------CAA----------G-----------T------------T-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51757                      :       TCACCCAAGCGTTGGCGTTGGTGCCACACTT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------a
gi|51756                      :       TCACCCGGGCGTTGGCAT------CGTACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATA----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCA
gi|51762                      :       TCACCTAGGCTTTGACGT------CAAACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------aat
gi|51759                      :       TCACTCGGGTGTCGGCGT--------CACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAT----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51724                      :       TTACCCGGGCGTCGGCGT------AACACTT-TCGG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------T-----A------C------------TGT---CATGCAAATATTTCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGA
gi|51733                      : tctttgTCACCCAGGCGTCGGCGT------CACGGCT-T-GG-TTAAAGTTTAGTATG----------CAAGTACCATCAGG-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-t
gi|51765                      :  tttatTCACCCGGGTGTCGGCGT------CACGTCT-T-GGTTTAAAGTTTTACGTG----------CAC----------G-----------T------------T-----C------C------------TAT---c
gi|51725                      :       TTACCAGGGCATCGGCGT------CACATTT-TCGG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------T-----A------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51728                      : tctttgTTACCCGGGCATCGGCGT------CACACTT-TCGG-TTAAAATTTTGCATT----------CAAGAT-------A-----------T------------T-----A------T------------TATA--CAAATGTA----TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51729                      : tctttgTTACCCGGGCATCGGCGT------CCTATTT-TCGG-TTAAAACTTTGTATG----------CAA----------G-----------TTACTG-------C-----CATGCAAC------------TAT---C-----------TTAGTAACCACCTACTT-G--ATTGAt
gi|51739                      : tctttgTCACCCGGGCGTC--TTT------GACTTTTCT-GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAATCA-CTCAAT-GT-ATTt
gi|51730                      :       TTACCCGGGCATCGGTGT------CACACTT-TCGG-TTAAATTTTTGCATA----------CAC----------G-----------T------------T-----A------C------------TAT---C-----------tgat
gi|51770                      :   tctttgACCCGGGCGTCAGCGT------CGCACCT-T-GG-TTGAAGTTTTGTGTG----------AAA----------G-----------T------------C-----C------C------------AAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAatgcagatatcatagtaacctcctactggattgat
gi|51726                      :         ACCCGCGCATCGGCGT------CACACTT-TCGG-CTAAAATTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------T-----T------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGA
gi|51773                      :  tctttgtaCCCAGGCGTCAGCAT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51772                      :          CCCGGGCGTCGGAGT------CACACAT-T-GG-TTAAAGTTGTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51774                      :          CTCAGGTTTCGGCGT------CACACCT-T-AG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------
gi|51771                      :          CCCGGGCATCAGCGT------CACACTT-TTGG-CTAAAATTAAGCATG----------CAA----------G-----------T------------T-----A------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51780                      :           CCGGGCGCCGGTGT------CGCATCT-T-GG-TTAAAGTTGTGCGTG----------TAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAcatactagattgat
gi|51776                      :           CCGGGCGCTGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA----------G-----------C------------T-----G------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGAAT-GT-ATTG
gi|51778                      :           CCAGGTGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------T------------TTT---CA----------TCA
gi|51734                      :              AGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTACTGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCT-TTGCAT-GT-ATTGAa
gi|51783                      :   tttactctccgtGCGTCGGCAT------CACACCT-T-GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51795                      :              gGCGTTGGCAT------AACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----T------C------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51784                      :              gGCGTCAGCGT------CACACCT-T-GA-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACAT-GT-ATTGA
gi|51793                      :              gGTGTCGGCAT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCTGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51779                      :              gGTGTCGGTGT------CACACAT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAGTTACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51785                      :           ccgtGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51791                      :              gGTGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51790                      :              gGCATCTGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTTCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51788                      :              gGCGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CGA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51789                      :              gGCGTCGGCAT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51796                      :              gGCATCAGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTATGTA----------CAA----------G-----------T------------T-----C------C------------TAT---C-----------TCAGTGACCA-
gi|51786                      :               GTGTTGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------
gi|51792                      :              gGCGTTGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAGGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------TACATATATTACAC-----C------A------------TAG---C-----------TCAGTTACTA-TTGGAT-
gi|51794                      :              gGCATCGCTGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------G------------C-----T------A------------TAT---T-----------TAAGTA
gi|51781                      :              gGCGTTGGCTT------CACACCT-T-GG-TTTAAATTTTGTATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TGT---C-----------tc
gi|51727                      :            cggGCATCGGCGT------CACATTT-TCGG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------T-----A------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCGGTAACCA-
gi|51799                      :  tctttgttagtcggCATCGGCGT------CACGCCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------C------------TAT---T-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAcctatttgattgat
gi|51769                      :                CGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51798                      :    acccggcgtcgcCGTCGGCGT------CACACTT-TCGG-TTAAA-TTTTGCATG----------CA--------------------------------------------------------------CAT---C-----------TCAGTATCCA-
gi|51731                      :                CATCGGCGT------CACATTT-G-GGGTTAAAATTT--CGTG----------CAA----------G-----------T------------cctactagatagat
gi|51782                      :  tctttgttacacgtaGTCGGCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----C------T------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-tacaatcatgcacatatttcacctattggattgat
gi|51800                      :                ggatGGAGT------CACACTT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------A-----------T------------C-----C------C------------TAT---C-----------TCGGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51801                      :                    GGCGT--------CACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------C-----T------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51777                      :                     GCGT------CACACCT-T-GG-TTAAAGCTTTACATG----------CAA----------G-----------C------------T-----A------A------------TAT---C-----------TCAGTATCCA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51802                      :                       ctgggcggcACACCT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------A-----------T------------T-----A------C------------AATGAGC-----------TCAGTAACCA-TTGCAG-GT-ATTGgattga
gi|51822                      :                                 catcT-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CGTCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTCAAT-GT-ATTgattga
gi|51825                      :                                   ttT-T-GG-TTAAAGCTTTGCGTG----------CAAGTACC-----A-----------T------------CAAGTTC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-TTTCAT-GT-TTTGtgat
gi|51821                      :                                   ttT-T-GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------ACAACTAGCATAT------------A-----C------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGAgattga
gi|51820                      :                                   ttT-T-GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA----------ACAACTAGCATAT------------A-----C------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGAt
gi|51811                      :                                    tt-T-GG-TTAAAGTTTTGCTTG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAt
gi|51816                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCTT-GT-ATTGA
gi|51809                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTAC
gi|51814                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTcagattg
gi|51824                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51817                      :                                  tttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CATCAAGTCTA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-tgat
gi|51807                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTACATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51810                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CATCAAGTTATTATAT---C-----------TCACTAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51826                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATTtgat
gi|51823                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CCCAAT-GT-ATT
gi|51815                      :                                   ttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTtgat
gi|51804                      :                                   ttc-T-GG-TTAAATTTTTGCGTG----------CAA----------G-----------TACGATCAAGT--C-----C------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTTAAT-GT-ATTcaattaagttgat
gi|51827                      :                                 acttc-T-GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAGTACT-----A-----------T------------CAAGT-C------CATAAAA------TAT---C-----------ACACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51842                      :                                     ttc-GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-tgat
gi|51841                      :                                        -GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51847                      :                                        -GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TTACTAACCA-CTTAAT-GT-ATT
gi|51844                      :                                        -GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAAGTACT-----A-----------T------------CAAGGTC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATT
gi|51836                      :                                        -GG-TTAAAGTTTTCCGCG----------CAACTTG------A-----------T------------A-----C------CATGCACA-----TAT---C-----------TCAGTAACCtgat
gi|51835                      :                                        -GG-TTAAAGTTTTCCGTG----------CAATTTGAT----A-----------T------------CATGCAC------A------------TAT---A-----------TCAGTAACC--TCATAT-GCGATTGAtcatacgcgattggt
gi|51850                      :                                          G-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA----------G-----------T------------C-----C------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GTAATTGAt
gi|51853                      :                                                   TTTGCATG----------CAA----------G-----------T------------A-----C------CATCATGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|51732 ): TCTTTGTTACCAGGACATCAGCGTCACACTTTCGGTTAAGA
Unaligned ( gi|51839 ): GGTTAAGGCTTTCCGTGCAACTTGATATCATGCACATATCTCAGTTACCTCATATGTGATTGAT
Unaligned ( gi|51854 ): TACTTTTATGTCAATATCTCAGTAACCGCCTACTGGATTGAT
Unaligned ( gi|51834 ): GGTTAATGTTTTCCGTGCAGCTTGATATCATGCACATATCTCAGTAACCTCATATGCGATTGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                          2222222222                                        222222222222                                            
lowQualScore                  :                      1111  0        333333     0  0 444  0               2222222222   55555555555 000 888888888888  111111 000000000000   111 44444444444          2  1   1  0     
lowQualScore                  :                      ....  .        ......     .  . ...  .               ..........   ........... ... ............  ...... ............   ... ...........          .  .   .  .     
lowQualScore                  :                      3333  6        222222     6  4 666  4               3333333333   99999999999 777 888888888888  222222 000000000000   222 99999999999          2  7   6  8     
consensus                     :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
Reference ( family-249 )      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51724                      :              TTACCCGG----GC-GTCGGCGT------AACAC-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------C------------TGT---CATGCAAATATTTCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGA
gi|51725                      :        tctttgTTACCAGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51726                      :          tctttgACCCGC----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-CTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TT------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51727                      :           tctttgtaCGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCGGTAACCA-t
gi|51728                      :   tctttgttagtTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAAATTTTGCATT----------CAA-----------GATAT------------TA------T------------TATA--CAAATGTA----TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51729                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CCTAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGTATG----------CAA-----------G---TTACTG-------CCATGCAAC------------TAT---C-----------TTAGTAACCACCTACTT-G--ATTGAt
gi|51730                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGTGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAATTTTTGCATA----------CAC-----------G---T------------TA------C------------TAT---C-----------t
gi|51731                      :        tctttgTTACACGT----AC-ATCGGCGT------CACAT-TTGG---GG-TTAAAATTT--CGTG----------CAA-----------G---T------------atgcagatatcatagtaacctcctactggattgat
gi|51732                      :        tctttgTTACCAGG----AC-ATCAGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAtacaatcatgcacatatttcacctattggattgat
gi|51733                      :        tctttgTCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACGG-CT-T---GG-TTAAAGTTTAGTATG----------CAAGTACCATCAG-G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-ga
gi|51734                      :                 tttat----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTACTGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCT-TTGCAT-GT-ATTGAc
gi|51735                      : tttactctccgtaTCACCCAG----GC-ATCGGCAT------CTCAC-TT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CA------C------------TAT---C-----------TCAGTAAACT-TTACAT-GA-ATTGA
gi|51736                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51737                      :              TCACCTGG----GC-ATCAGCCT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51738                      :              TCACACAG----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-TTGTAT-GT-ATTGA
gi|51739                      :              TCACCCGG----GC-GTCTTTG----------AC-TT-TTCTGG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAATCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51740                      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---tgat
gi|51741                      :              TCACCCAG----GC-ATCGTCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51742                      :              TTACCCAG----GC-GTCGGAGT------CACAC-CT-T---GG-CTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---A-----------TCAGTAACCA-
gi|51743                      :              TCATCCAG----GC-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAC---CTGTG-------TCAGTAGCCA-TATCAT-GT-ATTGA
gi|51744                      :              TCACACGG----GC-ATCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51745                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCGT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51746                      :              TCACCCAG----GT-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---TG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTTTAT-GT-ATTG
gi|51747                      :              TCACCCAG----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-A
gi|51748                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-TT-T---AG-TTAACGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAatatcagtaacca
gi|51749                      :              TCACCCAG----AT-GTCGGTGT------CATAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51750                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51751                      :              TCACCCGG----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAT-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-
gi|51752                      :              TCATCCTG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---CA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTAACGA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51753                      :              TCACCCAA----GT-GCCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTCTTACATG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------cattga
gi|51754                      :              TCACCAAG----GC-GTCGGTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTCCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-a
gi|51755                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---TG-TTGAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GC-ATTGAc
gi|51756                      :              TCACCCGG----GC-GTTGGCAT------CGTAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATA----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCA
gi|51757                      :              TCACCCAA----GC-GTTGGCGTTGGTGCCACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------aat
gi|51758                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCCTG----------CAA-----------A---C------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51759                      :              TCACTCGG----GT-GTCGGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAT-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51760                      :              TCACCAAG----GC-GTCGACGTTGGTTTCACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51761                      :              TCACTCGC----AC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GC-TTAAAGTTATGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51762                      :              TCACCTAG----GC-TTTGACGT------CAAAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51763                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GA-ATAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------A---T------------TC------C------------TAT---T-----------TTAGTAATCG-ATGCAT-AA-ATTGA
gi|51765                      :              TCACCCGG----GT-GTCGGCGT------CACGT-CT-T---GGTTTAAAGTTTTACGTG----------CAC-----------G---T------------TC------C------------TAT---ctcccaagtcaccaaacctact
gi|51769                      :                ACCCGGCGTCGCCGTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51770                      :                ACCCGG----GC-GTCAGCGT------CGCAC-CT-T---GG-TTGAAGTTTTGTGTG----------AAA-----------G---T------------CC------C------------AAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51771                      :                 CCCGG----GC-ATCAGCGT------CACACTTT-T---GG-CTAAAATTAAGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51772                      :                 CCCGG----GC-GTCGGAGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTGTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-catactagattgat
gi|51773                      :                 CCCAG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51774                      :                 CTCAG----GT-TTCGGCGT------CACAC-CT-T---AG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------
gi|51776                      :                  CCGG----GC-GCTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---C------------TG------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGAAT-GT-ATTG
gi|51777                      :                  CTGG----GC-GGCG-CGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGCTTTACATG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTATCCA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51778                      :                  CCAG----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TTT---CA----------TCAgattga
gi|51779                      :                  CCGT----GT-GTCGGTGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTTACCA-TTGCAT-GT-ATTGAa
gi|51780                      :                  CCGG----GC-GCCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTGTGCGTG----------TAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51781                      :                   CGG----GC-GTTGGCTT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAATTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------
gi|51782                      :                    GG----AT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51783                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51784                      :                     G----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACAT-GT-ATTGA
gi|51785                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51786                      :                     G----GT-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51788                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CGA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51789                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51790                      :                     G----GC-ATCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51791                      :                     G----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51792                      :                     G----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAGGTTTTGCATG----------CAA-----------G---TACATATATTACACC------A------------TAG---C-----------TCAGTTACTA-TTGGAT-
gi|51793                      :                     G----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCTGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51794                      :                     G----GC-ATCGCTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---G------------CT------A------------TAT---T-----------TAAGTA
gi|51795                      :                     G----GC-GTTGGCAT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-TTGCAT-GT-ATTGAtc
gi|51796                      :                      ----GC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTATGTA----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTGACCA-
gi|51798                      :                           C-GTCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAA-TTTTGCATG----------CA--------------------------------------------------CAT---C-----------TCAGTATCCA-
gi|51799                      :                           C-ATCGGCGT------CACGC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---T-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAcctactagatagat
gi|51800                      :                                GGAGT------CACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCGGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51801                      :                                GGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51802                      :                                  CAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------TA------C------------AATGAGC-----------TCAGTAACCA-TTGCAG-GT-ATTG
gi|51804                      :                                                   -T---GG-TTAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACGATCAAGT--CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51807                      :                                              acttc-T---GG-TTAAAGTTTTACATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51809                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACtgat
gi|51810                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTTATTATAT---C-----------TCACTAACCA-CTCAAT-GT-ATTcagattg
gi|51811                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCTTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAtgat
gi|51814                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51815                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTtgat
gi|51816                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCTT-GT-ATTGAcaattaagttgat
gi|51817                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCTA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51820                      :                                               ttcT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGA
gi|51821                      :                                                ttT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGAt
gi|51822                      :                                                ttT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CGTCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTCAAT-GT-ATTt
gi|51823                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CCCAAT-GT-ATTtgat
gi|51824                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51825                      :                                              tttcT-T---GG-TTAAAGCTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACCATCAAGT--TC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-TTTCAT-GT-TTTGtgat
gi|51826                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51827                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T-------------A------C------------TAT---C-----------
gi|51841                      :                                                  ttc---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-aagtccataaaatatcacaccaaccactcaatgtatttgat
gi|51842                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51844                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACTATCAAGG--TC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATT
gi|51847                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TTACTAACCA-CTTAAT-GT-ATTtgat
gi|51850                      :                                                         G-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GTAATTGA
gi|51853                      :                                                                  TTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCATGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|51835 ): GGTTAAAGTTTTCCGTGCAATTTGATATCATGCACATATATCAGTAACCTCATATGCGATTGAT
Unaligned ( gi|51839 ): GGTTAAGGCTTTCCGTGCAACTTGATATCATGCACATATCTCAGTTACCTCATATGTGATTGAT
Unaligned ( gi|51854 ): TACTTTTATGTCAATATCTCAGTAACCGCCTACTGGATTGAT
Unaligned ( gi|51836 ): GGTTAAAGTTTTCCGCGCAACTTGATACCATGCACATATCTCAGTAACCTCATACGCGATTGGT
Unaligned ( gi|51834 ): GGTTAATGTTTTCCGTGCAGCTTGATATCATGCACATATCTCAGTAACCTCATATGCGATTGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                          2222222222                                        222222222222                                            
lowQualScore                  :                      1111  0        333333     0  0 444  0               2222222222   55555555555 000 888888888888  111111 000000000000   111 44444444444          2  1   1  0     
lowQualScore                  :                      ....  .        ......     .  . ...  .               ..........   ........... ... ............  ...... ............   ... ...........          .  .   .  .     
lowQualScore                  :                      3333  6        222222     6  4 666  4               3333333333   99999999999 777 888888888888  222222 000000000000   222 99999999999          2  7   6  8     
consensus                     :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
Reference ( family-249 )      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51724                      :              TTACCCGG----GC-GTCGGCGT------AACAC-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------C------------TGT---CATGCAAATATTTCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGA
gi|51725                      :        tctttgTTACCAGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51726                      :          tctttgACCCGC----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-CTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TT------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51727                      :           tctttgtaCGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCGGTAACCA-t
gi|51728                      :   tctttgttagtTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAAATTTTGCATT----------CAA-----------GATAT------------TA------T------------TATA--CAAATGTA----TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51729                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CCTAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGTATG----------CAA-----------G---TTACTG-------CCATGCAAC------------TAT---C-----------TTAGTAACCACCTACTT-G--ATTGAt
gi|51730                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGTGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAATTTTTGCATA----------CAC-----------G---T------------TA------C------------TAT---C-----------t
gi|51731                      :        tctttgTTACACGT----AC-ATCGGCGT------CACAT-TTGG---GG-TTAAAATTT--CGTG----------CAA-----------G---T------------atgcagatatcatagtaacctcctactggattgat
gi|51732                      :        tctttgTTACCAGG----AC-ATCAGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAtacaatcatgcacatatttcacctattggattgat
gi|51733                      :        tctttgTCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACGG-CT-T---GG-TTAAAGTTTAGTATG----------CAAGTACCATCAG-G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-ga
gi|51734                      :                 tttat----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTACTGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCT-TTGCAT-GT-ATTGAc
gi|51735                      : tttactctccgtaTCACCCAG----GC-ATCGGCAT------CTCAC-TT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CA------C------------TAT---C-----------TCAGTAAACT-TTACAT-GA-ATTGA
gi|51736                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51737                      :              TCACCTGG----GC-ATCAGCCT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51738                      :              TCACACAG----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-TTGTAT-GT-ATTGA
gi|51739                      :              TCACCCGG----GC-GTCTTTG----------AC-TT-TTCTGG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAATCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51740                      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---tgat
gi|51741                      :              TCACCCAG----GC-ATCGTCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51742                      :              TTACCCAG----GC-GTCGGAGT------CACAC-CT-T---GG-CTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---A-----------TCAGTAACCA-
gi|51743                      :              TCATCCAG----GC-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAC---CTGTG-------TCAGTAGCCA-TATCAT-GT-ATTGA
gi|51744                      :              TCACACGG----GC-ATCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51745                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCGT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51746                      :              TCACCCAG----GT-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---TG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTTTAT-GT-ATTG
gi|51747                      :              TCACCCAG----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-A
gi|51748                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-TT-T---AG-TTAACGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAatatcagtaacca
gi|51749                      :              TCACCCAG----AT-GTCGGTGT------CATAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51750                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51751                      :              TCACCCGG----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAT-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-
gi|51752                      :              TCATCCTG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---CA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTAACGA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51753                      :              TCACCCAA----GT-GCCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTCTTACATG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------cattga
gi|51754                      :              TCACCAAG----GC-GTCGGTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTCCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-a
gi|51755                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---TG-TTGAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GC-ATTGAc
gi|51756                      :              TCACCCGG----GC-GTTGGCAT------CGTAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATA----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCA
gi|51757                      :              TCACCCAA----GC-GTTGGCGTTGGTGCCACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------aat
gi|51758                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCCTG----------CAA-----------A---C------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51759                      :              TCACTCGG----GT-GTCGGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAT-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51760                      :              TCACCAAG----GC-GTCGACGTTGGTTTCACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51761                      :              TCACTCGC----AC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GC-TTAAAGTTATGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51762                      :              TCACCTAG----GC-TTTGACGT------CAAAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51763                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GA-ATAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------A---T------------TC------C------------TAT---T-----------TTAGTAATCG-ATGCAT-AA-ATTGA
gi|51765                      :              TCACCCGG----GT-GTCGGCGT------CACGT-CT-T---GGTTTAAAGTTTTACGTG----------CAC-----------G---T------------TC------C------------TAT---ctcccaagtcaccaaacctact
gi|51769                      :                ACCCGGCGTCGCCGTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51770                      :                ACCCGG----GC-GTCAGCGT------CGCAC-CT-T---GG-TTGAAGTTTTGTGTG----------AAA-----------G---T------------CC------C------------AAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51771                      :                 CCCGG----GC-ATCAGCGT------CACACTTT-T---GG-CTAAAATTAAGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51772                      :                 CCCGG----GC-GTCGGAGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTGTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-catactagattgat
gi|51773                      :                 CCCAG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51774                      :                 CTCAG----GT-TTCGGCGT------CACAC-CT-T---AG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------
gi|51776                      :                  CCGG----GC-GCTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---C------------TG------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGAAT-GT-ATTG
gi|51777                      :                  CTGG----GC-GGCG-CGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGCTTTACATG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTATCCA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51778                      :                  CCAG----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TTT---CA----------TCAgattga
gi|51779                      :                  CCGT----GT-GTCGGTGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTTACCA-TTGCAT-GT-ATTGAa
gi|51780                      :                  CCGG----GC-GCCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTGTGCGTG----------TAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51781                      :                   CGG----GC-GTTGGCTT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAATTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------
gi|51782                      :                    GG----AT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51783                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51784                      :                     G----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACAT-GT-ATTGA
gi|51785                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51786                      :                     G----GT-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51788                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CGA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51789                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51790                      :                     G----GC-ATCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51791                      :                     G----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51792                      :                     G----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAGGTTTTGCATG----------CAA-----------G---TACATATATTACACC------A------------TAG---C-----------TCAGTTACTA-TTGGAT-
gi|51793                      :                     G----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCTGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51794                      :                     G----GC-ATCGCTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---G------------CT------A------------TAT---T-----------TAAGTA
gi|51795                      :                     G----GC-GTTGGCAT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-TTGCAT-GT-ATTGAtc
gi|51796                      :                      ----GC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTATGTA----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTGACCA-
gi|51798                      :                           C-GTCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAA-TTTTGCATG----------CA--------------------------------------------------CAT---C-----------TCAGTATCCA-
gi|51799                      :                           C-ATCGGCGT------CACGC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---T-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAcctactagatagat
gi|51800                      :                                GGAGT------CACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCGGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51801                      :                                GGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51802                      :                                  CAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------TA------C------------AATGAGC-----------TCAGTAACCA-TTGCAG-GT-ATTG
gi|51804                      :                                                   -T---GG-TTAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACGATCAAGT--CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51807                      :                                              acttc-T---GG-TTAAAGTTTTACATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51809                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACtgat
gi|51810                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTTATTATAT---C-----------TCACTAACCA-CTCAAT-GT-ATTcagattg
gi|51811                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCTTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAtgat
gi|51814                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51815                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTtgat
gi|51816                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCTT-GT-ATTGAcaattaagttgat
gi|51817                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCTA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51820                      :                                               ttcT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGA
gi|51821                      :                                                ttT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGAt
gi|51822                      :                                                ttT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CGTCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTCAAT-GT-ATTt
gi|51823                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CCCAAT-GT-ATTtgat
gi|51824                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51825                      :                                              tttcT-T---GG-TTAAAGCTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACCATCAAGT--TC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-TTTCAT-GT-TTTGtgat
gi|51826                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51827                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T-------------A------C------------TAT---C-----------
gi|51841                      :                                                  ttc---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-aagtccataaaatatcacaccaaccactcaatgtatttgat
gi|51842                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51844                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACTATCAAGG--TC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATT
gi|51847                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TTACTAACCA-CTTAAT-GT-ATTtgat
gi|51850                      :                                                         G-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GTAATTGA
gi|51853                      :                                                                  TTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCATGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTt


blockSeqs                     :                      CGTC           TGGTGC          TCT                  CAAGTACCAT   ACAACTAGCAT     ACATATATTACA  ATGCAA ATCAAGTTATTA   GAG AAATGTA              C  A   G
blockSeqs                     :                      .              TGGTTT          C                    CAAGTACCAT   ACAACTAGCAT     ACGATCAAGT    .      TATCATGCAAA    A   TGTG                 C  A   G
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   GTACCATCAG      ACCATCAAGT    .      TATCATGCAAA    .   A                    C  A   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               ACTATCAAGG    .      TATCATGCAAA    .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               TACTG         .      TATCATGCAAA    .   .                    .  A   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               .             .      ATCAAGTCCA     .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               .             .      ATCAAGTCCA     .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               .             .      ATCAAGTCTA     .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               C                    CAAGTACCAT   .               .             .      GTCAAGTCCA     .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    CAAGTACCAT   .               .             .      ATCATGTCCA     .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    CAAGTACCAT   .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    CAAGTACCAT   .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  A   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  A   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  T   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  C   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  G   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  .   .
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .  .    
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                      .              .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                     .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                     .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                     .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                     .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                     .               .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                    .       
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .   .                            
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .                                
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .             .      .              .                                
blockSeqs                     :                                                     .                    .            .               .                                                                    
blockSeqs                     :                                                                          .            .               .                                                                    


blockSeqCons                  :                                                     ***                                                                                       ***********
originalCons                  :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
finalCons                     :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|51835 ): GGTTAAAGTTTTCCGTGCAATTTGATATCATGCACATATATCAGTAACCTCATATGCGATTGAT
Unaligned ( gi|51839 ): GGTTAAGGCTTTCCGTGCAACTTGATATCATGCACATATCTCAGTTACCTCATATGTGATTGAT
Unaligned ( gi|51854 ): TACTTTTATGTCAATATCTCAGTAACCGCCTACTGGATTGAT
Unaligned ( gi|51836 ): GGTTAAAGTTTTCCGCGCAACTTGATACCATGCACATATCTCAGTAACCTCATACGCGATTGGT
Unaligned ( gi|51834 ): GGTTAATGTTTTCCGTGCAGCTTGATATCATGCACATATCTCAGTAACCTCATATGCGATTGAT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                          2222222222                                        222222222222                                            
lowQualScore                  :                      1111  0        333333     0  0 444  0               2222222222   55555555555 000 888888888888  111111 000000000000   111 44444444444          2  1   1  0     
lowQualScore                  :                      ....  .        ......     .  . ...  .               ..........   ........... ... ............  ...... ............   ... ...........          .  .   .  .     
lowQualScore                  :                      3333  6        222222     6  4 666  4               3333333333   99999999999 777 888888888888  222222 000000000000   222 99999999999          2  7   6  8     
consensus                     :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
Reference ( family-249 )      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51724                      :              TTACCCGG----GC-GTCGGCGT------AACAC-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------C------------TGT---CATGCAAATATTTCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGA
gi|51725                      :        tctttgTTACCAGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51726                      :          tctttgACCCGC----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-CTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TT------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51727                      :           tctttgtaCGG----GC-ATCGGCGT------CACAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCGGTAACCA-t
gi|51728                      :   tctttgttagtTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAAATTTTGCATT----------CAA-----------GATAT------------TA------T------------TATA--CAAATGTA----TCAGTAACCACCTAC-T-GG-ATTGAcctatttgattgat
gi|51729                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGCGT------CCTAT-TT-TC--GG-TTAAAACTTTGTATG----------CAA-----------G---TTACTG-------CCATGCAAC------------TAT---C-----------TTAGTAACCACCTACTT-G--ATTGAt
gi|51730                      :        tctttgTTACCCGG----GC-ATCGGTGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAATTTTTGCATA----------CAC-----------G---T------------TA------C------------TAT---C-----------t
gi|51731                      :        tctttgTTACACGT----AC-ATCGGCGT------CACAT-TTGG---GG-TTAAAATTT--CGTG----------CAA-----------G---T------------atgcagatatcatagtaacctcctactggattgat
gi|51732                      :        tctttgTTACCAGG----AC-ATCAGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAtacaatcatgcacatatttcacctattggattgat
gi|51733                      :        tctttgTCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACGG-CT-T---GG-TTAAAGTTTAGTATG----------CAAGTACCATCAG-G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-ga
gi|51734                      :                 tttat----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTACTGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCT-TTGCAT-GT-ATTGAc
gi|51735                      : tttactctccgtaTCACCCAG----GC-ATCGGCAT------CTCAC-TT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CA------C------------TAT---C-----------TCAGTAAACT-TTACAT-GA-ATTGA
gi|51736                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51737                      :              TCACCTGG----GC-ATCAGCCT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51738                      :              TCACACAG----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-TTGTAT-GT-ATTGA
gi|51739                      :              TCACCCGG----GC-GTCTTTG----------AC-TT-TTCTGG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAATCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51740                      :              TCACCCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---tgat
gi|51741                      :              TCACCCAG----GC-ATCGTCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51742                      :              TTACCCAG----GC-GTCGGAGT------CACAC-CT-T---GG-CTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---A-----------TCAGTAACCA-
gi|51743                      :              TCATCCAG----GC-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAC---CTGTG-------TCAGTAGCCA-TATCAT-GT-ATTGA
gi|51744                      :              TCACACGG----GC-ATCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51745                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCGT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51746                      :              TCACCCAG----GT-GTCTGCGT------CACAC-CT-T---TG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTTTAT-GT-ATTG
gi|51747                      :              TCACCCAG----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-A
gi|51748                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-TT-T---AG-TTAACGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------CAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAatatcagtaacca
gi|51749                      :              TCACCCAG----AT-GTCGGTGT------CATAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51750                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAT-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51751                      :              TCACCCGG----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAT-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-
gi|51752                      :              TCATCCTG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---CA-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTAACGA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51753                      :              TCACCCAA----GT-GCCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTCTTACATG----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------cattga
gi|51754                      :              TCACCAAG----GC-GTCGGTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTCCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACTA-a
gi|51755                      :              TCACCCAA----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---TG-TTGAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GC-ATTGAc
gi|51756                      :              TCACCCGG----GC-GTTGGCAT------CGTAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATA----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCA
gi|51757                      :              TCACCCAA----GC-GTTGGCGTTGGTGCCACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------aat
gi|51758                      :              TCACCCAG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCCTG----------CAA-----------A---C------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51759                      :              TCACTCGG----GT-GTCGGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAT-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51760                      :              TCACCAAG----GC-GTCGACGTTGGTTTCACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51761                      :              TCACTCGC----AC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GC-TTAAAGTTATGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51762                      :              TCACCTAG----GC-TTTGACGT------CAAAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51763                      :              TCACTCGG----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GA-ATAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------A---T------------TC------C------------TAT---T-----------TTAGTAATCG-ATGCAT-AA-ATTGA
gi|51765                      :              TCACCCGG----GT-GTCGGCGT------CACGT-CT-T---GGTTTAAAGTTTTACGTG----------CAC-----------G---T------------TC------C------------TAT---ctcccaagtcaccaaacctact
gi|51769                      :                ACCCGGCGTCGCCGTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------G------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51770                      :                ACCCGG----GC-GTCAGCGT------CGCAC-CT-T---GG-TTGAAGTTTTGTGTG----------AAA-----------G---T------------CC------C------------AAT---C-----------TCAATAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51771                      :                 CCCGG----GC-ATCAGCGT------CACACTTT-T---GG-CTAAAATTAAGCATG----------CAA-----------G---T------------TA------CTATCATGCAAA-TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51772                      :                 CCCGG----GC-GTCGGAGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTGTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-catactagattgat
gi|51773                      :                 CCCAG----GC-GTCAGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51774                      :                 CTCAG----GT-TTCGGCGT------CACAC-CT-T---AG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------
gi|51776                      :                  CCGG----GC-GCTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTGTG----------CAA-----------G---C------------TG------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGAAT-GT-ATTG
gi|51777                      :                  CTGG----GC-GGCG-CGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGCTTTACATG----------CAA-----------G---C------------TA------A------------TAT---C-----------TCAGTATCCA-TTGCAT-GT-ATTG
gi|51778                      :                  CCAG----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TTT---CA----------TCAgattga
gi|51779                      :                  CCGT----GT-GTCGGTGT------CACAC-AT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTTACCA-TTGCAT-GT-ATTGAa
gi|51780                      :                  CCGG----GC-GCCGGTGT------CGCAT-CT-T---GG-TTAAAGTTGTGCGTG----------TAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51781                      :                   CGG----GC-GTTGGCTT------CACAC-CT-T---GG-TTTAAATTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TGT---C-----------
gi|51782                      :                    GG----AT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------T------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51783                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51784                      :                     G----GC-GTCAGCGT------CACAC-CT-T---GA-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACAT-GT-ATTGA
gi|51785                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGTATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51786                      :                     G----GT-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51788                      :                     G----GC-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CGA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51789                      :                     G----GC-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------
gi|51790                      :                     G----GC-ATCTGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTTCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51791                      :                     G----GT-GTCGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TTT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51792                      :                     G----GC-GTTGGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAGGTTTTGCATG----------CAA-----------G---TACATATATTACACC------A------------TAG---C-----------TCAGTTACTA-TTGGAT-
gi|51793                      :                     G----GT-GTCGGCAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCTGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51794                      :                     G----GC-ATCGCTGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---G------------CT------A------------TAT---T-----------TAAGTA
gi|51795                      :                     G----GC-GTTGGCAT------AACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAATCA-TTGCAT-GT-ATTGAtc
gi|51796                      :                      ----GC-ATCAGCGT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTATGTA----------CAA-----------G---T------------TC------C------------TAT---C-----------TCAGTGACCA-
gi|51798                      :                           C-GTCGGCGT------CACAC-TT-TC--GG-TTAAA-TTTTGCATG----------CA--------------------------------------------------CAT---C-----------TCAGTATCCA-
gi|51799                      :                           C-ATCGGCGT------CACGC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CC------C------------TAT---T-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAcctactagatagat
gi|51800                      :                                GGAGT------CACAC-TT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------CC------C------------TAT---C-----------TCGGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGA
gi|51801                      :                                GGCGT------CAC---CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------CT------C------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-t
gi|51802                      :                                  CAT------CACAC-CT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------A---T------------TA------C------------AATGAGC-----------TCAGTAACCA-TTGCAG-GT-ATTG
gi|51804                      :                                                   -T---GG-TTAAATTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACGATCAAGT--CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51807                      :                                              acttc-T---GG-TTAAAGTTTTACATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51809                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTACtgat
gi|51810                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAATTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTTATTATAT---C-----------TCACTAACCA-CTCAAT-GT-ATTcagattg
gi|51811                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCTTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTGAtgat
gi|51814                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATT
gi|51815                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAACAACCA-CTtgat
gi|51816                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCTT-GT-ATTGAcaattaagttgat
gi|51817                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCAAGTCTA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51820                      :                                               ttcT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGA
gi|51821                      :                                                ttT-T---GT-TTAAAGTTTTGCATG----------CAAACAACTAGCATA---T------------AC------A------------TAC---T-----------TCAGTAACCA-CT-CATGGG-ATTGAt
gi|51822                      :                                                ttT-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CGTCAAGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTCAAT-GT-ATTt
gi|51823                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CCCAAT-GT-ATTtgat
gi|51824                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GT-ATTtgat
gi|51825                      :                                              tttcT-T---GG-TTAAAGCTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACCATCAAGT--TC------C------------TGT---C-----------TCAGTAACCA-TTTCAT-GT-TTTGtgat
gi|51826                      :                                                 tt-T---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATTgattga
gi|51827                      :                                                ttc-T---GG-TTAAAGTTTTGCATG----------CAA-----------G---T-------------A------C------------TAT---C-----------
gi|51841                      :                                                  ttc---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-aagtccataaaatatcacaccaaccactcaatgtatttgat
gi|51842                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCAGTAACCA-
gi|51844                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTG----------CAA-----------G---TACTATCAAGG--TC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTTAAT-GT-ATT
gi|51847                      :                                                     ---GG-TTAAAGTTTTGCGTGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TTACTAACCA-CTTAAT-GT-ATTtgat
gi|51850                      :                                                         G-TTAAAGTTTTGCATGCAAGTACCATCAA-----------G---T------------CC------A------------TAT---C-----------TCACCAACCA-CTCAAT-GTAATTGA
gi|51853                      :                                                                  TTTGCATG----------CAA-----------G---T------------AC------CATCATGTCCA--TAT---C-----------TCAGTAACCA-TTGCAT-GT-ATTt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|51835 ): GGTTAAAGTTTTCCGTGCAATTTGATATCATGCACATATATCAGTAACCTCATATGCGATTGAT
Unaligned ( gi|51839 ): GGTTAAGGCTTTCCGTGCAACTTGATATCATGCACATATCTCAGTTACCTCATATGTGATTGAT
Unaligned ( gi|51854 ): TACTTTTATGTCAATATCTCAGTAACCGCCTACTGGATTGAT
Unaligned ( gi|51836 ): GGTTAAAGTTTTCCGCGCAACTTGATACCATGCACATATCTCAGTAACCTCATACGCGATTGGT
Unaligned ( gi|51834 ): GGTTAATGTTTTCCGTGCAGCTTGATATCATGCACATATCTCAGTAACCTCATATGCGATTGAT