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gi|110970 : TTAAAG--CAACACATCC-ACGTTTGAACTTTT-----A-----A------AAAA-A----A-------A---AATT-T----AA-----TTGAGTTATGAGCACATTTCCCATAC--AAACATATGATCAATTAGCTGTATATGAGCAT-ATAAACACAATCCCGAAC-------------------A-AA---AT---G--A-TG-CCCAA--ATTATAATGCGTGACTAAC---ACTTTA---TAAA
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gi|111081 : ttaaagcaatacatccacgtttaaacttttttaaaaagtttttcaattgagttgtgagcacatttcccatacataaatatatggtcagtgagctgtttgtgtgctaacaaacactatccagaacgctttagaattataaaaaaagatgtcgaaattataaagcgtgacaaacgctttataaattatttttaaattgccgaggattataaagcgtgacaaacgctttaaaaattatttttaaattgccgaggattccaacttggcttcaaattgaattgcgagtcgtattaaaaaacttcacgttttagtgcgtagtgtactttacctgccttgaaacctgcttttgactcgggtgagttacatgcttgtTTAAAG--CAACACATCC-ACGTTTGAACTTTT-----A-----A------AAAA-A----A-------A---AATT-T----AA-----TTGAGTTATGAGCACATTTCTCATAC--AAACATATGATCAATTAGCTGTATATGAGCAT-ATAAACATAATCCGGAAC-------------------A-AA---AT---G--A-TG-CCCAA--ATTATAATGAGTGACTAAC---ACTTTA---TAAA
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gi|111062 : aGCGTATTTTTCG---ACAAACATATGATCAATTAGCTGTATATAAGCAT-ATAAACACAATCCCGAAC-------------------A-AA---AT---G--A-TG-ACCAA--ATTATAATGCGTGACTAAC---ACT
gi|111060 : ttaaagcaacacatccacgtttaaactttttttaaaaaaaattcaattcagttgtgagcacatttcccatacataaatatatggtcagtgagctgtatatgtgctaacaaacactatccagaacgctttagaattataaaaaaaagatgttcaaattataaagcgtgacaaacgctttataaattatttttaaattgccgaggattccaacttggcttcaaattgaattatgcgagtcgtattaaaaaacttcacgttttagtgcgtagtgtactttacctgctttgaaagaaaattttttttactcggacgagttacacgcttgttttACAAACAAATGATCAATTAGCTGTATATGAGCAT-ATAAACACAATCCGGAA-----TA-AAAT--------------------G--A-TG-CCCAA--ATTATAATGCGTGACTAAC---ACTTTA---TAAA
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Reference ( family-248 ) : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT-AA-A---A---NTTTTT------T------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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gi|111044 : TTAAAGAGCAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-ATTTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTTTAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGTGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTA-----------TATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCAGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTCCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111045 : TTAAAGAGCAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-ATTTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTTTAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGTGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTA-----------TATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCAGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTCCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111046 : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCACATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTTACAAATATTATCCAGAACGCTTTA-AAATTAT----AAAA--AA--G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-TGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTTAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAAACTTCACGTTTTAGTGTGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAATCATTTTGACC--A-TTTT-TTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCAATTTGTTCTGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT----A-T---TT--T----TTTT--------T--------TT-T-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111047 : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCACATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTTACAAATATTATCCAGAACGCTTTA-AAATTAT----AAAA--AA--G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-TGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTTAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAAACTTCACGTTTTAGTGTGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAATCATTTTGACC--A-TTTT-TTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCAATTTGTTCTGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT----A-T---TT--T----TTTT--------T--------TT-T-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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Alignments
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lowQualScore : .. ... . . . . .... .. . . .. . . .. ...... . . .. . . . ... ..... .. .... ........ ........ . . .
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Reference ( family-248 ) : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|110964 : TTAAAG--CAACACATCCATGTTTAAACTTTTTA---AAAAA-AAATTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTT-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTTCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGCGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTACTGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TTAA-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|110965 : TTAAAG--CAACACATCCATGTTTAAACTTTTTA---AAAAA-AAATTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTT-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTTCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGCGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTACTGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TTAA-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|110966 : TTAAAG--CAACACACCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-A-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTA-AAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCAAGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGAC---A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-AT--TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|110967 : TTAAAG--CAACACACCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-A-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTA-AAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCAAGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGAC---A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-AT--TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|110968 : TTAAAG--CAACACATCCACCTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTTTTAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACATTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTTACTC-AGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAACTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATTA--AA-A---AT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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gi|111030 : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAG-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-AAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGATAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGCCATTTTGACA--A-TTTTTTTTTACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGG-ATCATTTTGTTCCGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGAAAATTTTCTTATAACTCAATT---TA-A---TT--T----TTTT--------T--------TT-T-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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gi|111076 : TTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAGTTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTAATAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTTAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTACATTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTCGGGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTACAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGTTTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTAATAACTTAATT---AA-ATTTTT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111077 : aTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATT-CCCATACATAAATATGTGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-T-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTCAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACACTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACACATTATAATTT-TGGCATCATTTTGTTGGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATAGGAAATGTGCTCATAACTGAATTG--AA-A---AT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111080 : --ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTT------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTAGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTA-----GTGTTAGT--CACGC-------------------------ATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCCGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGTTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-AT--TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AATGTTCAAACGT-AGATGTGTTGCTTTAA
gi|111081 : c-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAA-A-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACTCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCCGGATTATGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGAGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-AT--TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
gi|111082 : --A-TTTTTTTTTACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTCTTACAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTACGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-T---TT--T----TTTT--------T--------TTAA-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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Reference ( family-248 ) : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGTTGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTATATGTGCTAACAAACACTATCCAGAACGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTATAAAGTGTTAGTCACGCATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCGGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-A---TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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gi|111036 : TTAAAG--CAACACATCCACGTTTAAACTTTTTT---AAAAA-GTTTTT-C-AATTGAGATGTGAGCACATTTCCCATACATAAATATATGGTCAGTGAGCTGTTTATGTGCTTACAAACACTATCCAGAATGCTTTA-GAATTAT----AAAA--AAA-G-ATGTCCAA--ATTATTAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTG------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTCGTA-TTAAAAAA-CCTCACGTTTTAGTGTGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--T-TTTTTTTTGACTC-GGGTGAGTTACACGCTTGTTTTAT--AGTGTTAGTCACGCATTATAATCT-GGGCATCATTTTGTTCCGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGCTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT----A-A---TT--T----TTTT--------T--------T----AAAGTTCAAACGT-GGATGTGTTGCTTTAA
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gi|111080 : --ATTATAAAGCGTGACAAACGCTTTATAAATTATTTT-TAAATTGC-CGAGGATTCCAA--CTTT------GCTTCAAATTGAATTATGCGAGTAGTA-TTAAAAAA-CTTCACGTTTTAGTGCGTAGTGTACTTTACCTGCCTTGAAAGTCATTTTGACA--A-TTTTTTTTA-----GTGTTAGT--CACGC-------------------------ATTATAATTT-GGGCATCATTTTGTTCCGGATTGTGTTTATATGCTCATATACAGTTAATTGATCATATGTTTGTATGGGAAATGTGCTCATAACTCAATT---AA-AT--TT--T----TTTT--------T--------TT-A-AATGTTCAAACGT-AGATGTGTTGCTTTAA
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