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gi|98253 : atcAAATAA-T---C----AC-ACA-G-A---AC--TTA----------AG-TT-GG-AA-CAGGTCTT---AA--CTTA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-A---A-T--------G----AC---A--T----G-----------TGA----T--C-----TG-TAAATG-A-AG---T--------TATA--G-C-A--T-T-T--CAAAAAcatt
gi|98283 : atcAAATGA-C---C----CC-ATA-G-T---CT--TGA----------AG-TT-TG-AA-GAAATCTT---TA--TTCA-TT---G---A-------------------A-----G-G---T-T--------A----A-------G----A--CA--A-AA-TGA----T--CA--C-TG-CAACTG-A-AG---T--------TATA--A-C-A--T-T-T--CAAAAAtt
gi|98280 : ataAACTAA-C---AC---AT-ATA-G-C---AT--TTA----------AG-TC-AT-AA---AATA-----TA--CCCA-TT---G---G----T-------G-----AA-----G-G---A-T--------A----AC---A--T----G--CA--G-AA-TAA----C--CA--A-TG-TAAATG-C-AA---T--------TAAA--G-T-A--T-T-T--CAAAAAaaaatt
gi|98229 : atcaAATGA-C---CT---AC--CA-G-A---AT--TAA----------AG-AC-AG-GA-CACATCTT---TA--CTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-G---A-T--------A----AA---A--T----G--AA--A-A--TGA----T--CT--A-TG-CAAATG-A-AG---T--------TATA--G-T-A--T-T-T--AAAAAAatt
gi|98336 : attAATGA-C---C----AT-ACA-A-A---TT--TGA----------AG-TG-TG-AA-CACATCTT---TA--CCCG-CT---G---G----T-------A-----AC-----C-G---A-T--------A-----C---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--A-CG-TAAATG-A-AG---T--------TATA--G-C-A--T-T-T--tt
gi|98273 : AACGG-C---C----AT-AAA-C-A---AT--TGA----------AG-TC-AT-AA-AACAGCGT---TA--CTCA-TT---G---A----T-------A-----AA-----G-G---A-T--------A----AT---A--T----T--CA--A-GA-TGG----T--CA--A-TT-TATATG-A-AG---T--------TATA--T-C-A--T-T-T--
gi|98263 : atttAATGA-C---G----AC-ATA-T-T---CT--TCA----------AG-TC-AT-AA-CAAATCTT---TA--CTCC-AT---G---G----T-------A-----AA-----G-G---G-T--------T-----C---A--T----G--CA--A-AA-TGG----T--CC--A-TA-TAAATA-A-AG---T--------TATA--G-C-A--T-TGC--AAAAAA
gi|98271 : attatggAATGA-T---C----TC-AAA-G-A---AT--TGA----------AG-TT-GG-AA-CAAAACTT---TA--CTCA-TT---------------------------------------A-T--------A----AC---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--A-TG-AAAATG-A-A
gi|98337 : attattAATGA-T---C----AC-ACA-G-A---AA--TGA----------AG-TA-TG-AA-CAA--TGTG--TA--CTCG-TT---A---G----T-------A-----AA-----G-T-----T--------A----CC---A--T----G--CA--A-AAATTA----T--CA--A-TG-TAAATG-A-A
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gi|98251 : TGA-C---A----AC-ACA-T-A---TT--TGA----------AG-TT-GA-AA-TAAATATT---TA--CTCA-TT---G---G----C-------A-----AA-----G-A---T-T--------A----AC---G--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--A-TG-TAATAG-A-AG---T--------TATA--G-C-A--C-T-T--CAAAActt
gi|98322 : attatgA-C---C----AC-ACA-G-A---TT--TAA----------GG-TT-GG-AA-CACACATT---TA--CTCA-TT---G---A----T-------A-----AA-----A-T---A-T--------A----A----A-----------A--A-A---GA----T--CA--C-TG-TAAATA-A-AG---T--------TATA--G-C-A----T-T--AAAGAA
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gi|98344 : t----AC-ACA-A-A---TT--TGA----------AG-TT-GG-AA-CAAATCTT---TA--CTCA-TT---------------------------------G-GTTTA-C--------A----AC---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--A-TA-TAAATG-A-AA---A--------TATA--A-C-A--T-T-T--CAAAtatt
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gi|98331 : ccC-ACA-G-A---AT--TGA----------AG-GC-AT-AA-CAAATT-T---TA--CTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-G---A-T--------G----AC---A--C----G--CA--G-AA-TGG----T--CA--AGTG-TAAATA-A-AG---T--------GATA--G-G-A--T-T-T--CAAAA
gi|98347 : aattgtctgC-ACA-G-A---AT--TGA----------AG-TC-AT-AA-CAAATATG---TA--CTCA-TT---A---G----T-------A-----AA-----G-G---A-T--------A----CA---A--T----G--CA--A-AC-TGA----T--TA--T-TG-TAAATA-A-AG---T--------AATT--G-C-G--T-T-T--TAAAGAttt
gi|98339 : -ACA-T-A---AT--TGA----------AG-TG-GG-AA-CACATCTG---TA--CTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-G---A-T--------G----AC---A--T----G--CA--A-AA-TGA----G--CA--A-TG-CAGTTA-A-AG---T--------TATA--A-C-A--T-T-T--CAAAGAtt
gi|98276 : attact-ACA-G-A---AT--TGA----------AG-TC-AT-CT-CAAATCTT---TA--CTTA-TA---T---G----T-------A-----AC-----A-G---A-A--------A----TC---A--T----G--CA--A-GA-TAA----T--CA--A-GT-TAAATA-A-TG---T--------TATA--G-C-A--T-T-T--tt
gi|98348 : attaacttatcag-ACA-G-A----T--TAA----------AAGCC-AG-AA-CAAATCTT---TG--CTCA-TA---G---G----T-------A-----AA-----G-A---A-T--------A----GC---A--T----G--TA--G-TT-TGA----T--CA--A-TA-TGAA
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gi|98350 : ttacacgcctgcatataaaGA----------AT-TC-AC-CA-CAAATCTT---GA--GTTA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-G---A-A--------A----CC---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--C-TG-TAAATG-A-AG---C--------CATA--G-C-A--T-T-T--TAAAAAatt
gi|98353 : aataGA----------AG-CC-AT-AA-CATATCTT---TG--CTCA-CT---G---A----T-------A-----CA-----G-G---G-T--------A----AC---A--T----G--CA--A-A---AAACATT--CA--A-TG-CAAATA-A-AA---T--------TGTA--G-C-A--T-T-TCCAAAAAct
gi|98355 : -TC-GG-AA-CATATCTT---CA--CTTA-TT---A---G----T-------A-----AA-----G-A---A-A--------A----AC---A--A----A--CA--A-AG-TGA----T--CA--A-TG-TTAATG-A-AG---T--------TATA--A-C-A--T-C-C--AAGA
gi|98357 : G-AG-CAAATGTT---TA--CTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----T-G---A-T--------A----A----A--A----T--CG--A-AA-TGA----T--CA--A-TG-TAAATG-T-AT---T--------TATA--G---A--T-T-T--
gi|98316 : -AA-CAAATCTT---TA--CTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-GA--A-T--------A----AC---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--TG--A-TG-TAAATt
gi|98281 : ttagatgatcacaattaacagaaccatt-AA-TAAATTTA---TA--CTCA-TT---G---G----C-------A-----AA-----G-G---A-T--------A----AA---A--T----G--CA--A-AA-TGA----T--CC--A-TC-CAAACA-A-AG---T--------TACA--A-T-T--T-T-T--AAAAAA
gi|98329 : attaaatgaccaagttttATCTT---TA--GTCA-TT---G---G----T-------A-----AA-----G-C---A-TG-------A----AC---A--A----G--CA--A-AA-TGA----T--CA--A-TG-TATATG-A-AA---T--------TATA--G-T-A--T-T-T--AAAAAAatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore : .... . ..... . ......... ...... . ...... . .. . ........ . ..... . ..... . . ... ..... ......... . .. ... .. .. . . . ... ........ .. .
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Reference ( family-239 ) : TAAATGAC----C-ACA-----CAGA-ATTGA---------AGTCGG----A-A------CA-A--AT-CTTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATA--GCA-TTTCAAAAA
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gi|98272 : attattTAAGTAAC----C-ATA-----CAGA-ACTGT---------TGTCAT----A-A------TA-A--AG-CATTACT-ATT--------AGT-A-----A-C-----A-G-A---T-----AAC---------ATGC-A--AAATGA---C--C--TA-TG-TAAATG-AAG---T--------
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gi|98274 : atttTAAATGAC----C--CA-----CAAA-ATTGT----------GTCTG----G-A------CA-A--AC-CTTTACTTATT--------AGT-A-----A-A-----G-T-A---T-----AAC---------ACGC-A--AAATAA---T--C--GT-TA-GAACTG-CAG---T--------TACA--GTA-TTT
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gi|98279 : acTAAATGGC----C-AAA-----CAGA-A-------------AGTAAG----A-A-------A-A--ATACTTTA-----T--------GGT-A-----A-A-----A-G-A---G-----ACC---------ATGC-A--AAATGA---C--C--AA-TA-TAAAGG-AAG---T--------TATA--GCA-TTTCAAAAtt
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gi|98281 : atcaaactaacaTAAATGAC----C-A--------------------------AGTTTT----A-A------TA-A--AT-TTATACTCATT--------GGC-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAA---------ATGC-A--AAATGA---T--C--CA-TC-CAAACA-AAG---T--------TACA--AT--TTTTAAAAAatt
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gi|98306 : tTAAATAAA----C-AAA-----CAAA-ATTAA---------AGTTGG----G-A------CA-C--AT-CTTTACTCATT--------AGA-A-----A-A-----G-G-A---C-----AAT---------ATGC-A--AAATGA---C--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATA--AAA-TTTCAAAAAcaaaaatttga
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gi|98309 : tTAAATGAC----C-AGA-----CATG-ATGAA---------AGTTGG----A-A------CA-C--AT-CTTAAGTCATT--------TGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----ATC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-TT-GAAATG-AAG---T--------TATA--ACA-TTTCAAAGAtt
gi|98311 : tTAAACGAC----C-ACA-----TGCA-ATTTA---------AGCCAA----A-A------CA-A--AT-CTTGACCGATT--------GGT-A-----A-C-----G-G-A---T-----AAC---------CTGC-A--CAATGG---T--C--AA-TG-TCAATG-AAA---T--------TATG--GTA-TTTCAAAAAt
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gi|98313 : tATAAC----C-ACA-------GA-ACTGA---------AGTGAC----A-A------CA-C--AT-GTTTACTCATTTATGTATTGG--A-----G-A-----G-G-A---T-----AAA---------ATGC-A--AAGTGA---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATA--GCT-TTTCAAAGAt
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Alignments
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Reference ( family-239 ) : TAAATGAC----C-ACA-----CAGA-ATTGA---------AGTCGG----A-A------CA-A--AT-CTTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATA--GCA-TTTCAAAAA
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gi|98243 : atTAAAGGAC----C-AAA-----CAGA-ATTGA---------AGTCAT----A-A------CA-A--AT-CTTTACTCA----------AGC-A-----A-AAA---G-G-A---TTTAT-AAC---------ATGC-A--AAAAGG---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TGTA--GCA-TTTCCAAAA
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gi|98252 : attatgAAATGAC----C-ACA-----CAGA-ATTGA---------AATCGG----A-A-------A-A--AT-CTTAACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-A-A---C-----GTC---------ATGT-A--AAATTA---T--C--AA-TA-TAAAGG-AAG---T--------TATA--GCA-CTGCAAA
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gi|98346 : -ACA-----CAAA-CTTAA---------AGTAAG----G-A------CA-A--AC-ATTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------AGGC-A--AACTTA---T--C--AA-TG-TAAGTG-AAG---T--------TATA--AAA-GTTAAAA
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gi|98349 : AGA-ATTGA---------AGTCAT----A-A------CA-A--AC-CTTTATCCATT--------GAT-A-------------G-G-A---T-----AAC---------ATGT-A--AAACGA---T--C--AA-TA-TAAATT-AAG---TCGTGAAGATCTA--GAA-TTTCAAAAA
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gi|98355 : TCGG----A-A------CA-T--AT-CTTCACTTATT--------AGT-A-----A-A-----G-A-A---A-----AAC---------AAAC-A--AAGTGA---T--C--AA-TG-TTAATG-AAG---T--------TATA--ACA-Ta
gi|98357 : G----A-G------CA-A--AT-GTTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----T-G-A---T-----AAA---------AT-C-G--AAATGA---T--C--AA-TG-TAAATG-TAT---T--------TATA--G-A-TTTccaaga
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gi|98319 : t--AT-ATTTACCCATT--------GGT-A-----A-A-----T-A-A---T-----AAC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-TG-TTTATG-AAT---T--------TATA--ACA-TTTCAAAAAa
gi|98320 : ttacacgcctgcatataaatgaaacctaagacTAAATGCC----C-ACA-----CGAA-TTTGA---------AGTTTG----A-A------TA-A--AT-ATTCACTCTTT--------GGC-C-----A-T-----A-A-A---T-----AAC---------ATGC-A--ACACTA---T--C--AA-TA-CAAATG-AAG---T--------TATG--GCA-TTTCACAAAatt
gi|98321 : tTGAATGCC----C-ACA-----TATG-ATTGA---------AGTAGG----A-A------CA-C--AT-CTAAACTCATT--------GGT-A-----C-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATGC-A--AAA--A-------------G-TTAATG-GAG---T--------TTTA--ACA--TTCAAAAAtt
gi|98322 : tAC----C-ACA-----CAGA-TTTAA---------GGTTGG----A-A------CA-C--AC-ATTTACTCATT--------GAT-A-----A-A-----A-T-A---T-----AA---------------A--AAA-GA---T--C--AC-TG-TAAATA-AAG---T--------TATA--GCA-TTctt
gi|98323 : ttacacaTAAATGAC----C-ACA-----AAGG-ATTGACGCTCT---AGTAAATATTA-A------CA-C--GT-CTTAAATCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------TGGC-AGCAAA--A---T--C--AT-TG-TAAATGAAAG---T--------AATA--GCA-TTTCAAAAAaaagaa
gi|98324 : tTAAATGTC----C-ACA-----CCAA-ATTGA---------AGTAGG----A-A------CA-C--AA-CGCAATCCATT--------AGT-A-----G-A-----G-G-A---T-----AAT---------GTGC-A--TAATTG---T--C--AA--G-TAAATG-AAG---T--------TATA--tt
gi|98326 : tTAAATGAC----A-ACA-----CAGA-GTTGA---------AATCAG----A-A------CA-A--AT-CGTTACTCATT--------AAT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------AGGC-A--AACTGA---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATA--GCA-TTTAAAAAA
gi|98327 : TATATAAC----T-ACA-----CTGA-ACTGA---------AATCTG----A-A------CA-A---T-CTTTACTCCTC--------GGT-A-----A-------G-G-A---T-----AAC---------ATAC-A--AATTGA---T--C--AA-TG-TAAATG-AAG---T--------TATG--GAA-TTGTAAA
gi|98328 : TAAATGAG----T-ACA-----TA----TTGA---------AGTCAT----A-A------TA-A--AT-CTTTACTCATT--------GAT-G-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------TTAC-A--ATATGA---T--C--GA-TG-TAATTA-AAG---T--------TAAA--GCA-TTTTAAAcaa
gi|98329 : TAAATGAC----C--TA-----AAAG-ATTGA---------AGT---------A------TATATTAT-CTTTAGTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-C-A---TG----AAC---------AAGC-A--AAATGA---T--C--AA-TG-TATATG-AAA---T--------TATA--GTA-TTTAAAAAAtatt
gi|98330 : AAATGAC----C-ACA-----CAGA-ATTAA---------AGTCTG----C-A------CA-C--AT-CTTTACTCATT--------CGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATGT-G--AAATGA---------------TGGATG-AAG---T--------TACA--ACA-TTTAAAt
gi|98331 : AATTGTC----T-GCA-----CAGA-ATTGA---------AGGCAT----A-A------CA-A--AT--TTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----GAC---------ACGC-A--GAATGG---T--C--AAGTG-TAAATA-AAG---T--------GATA--GGA-TTTCAAAA
gi|98332 : AAATGAC----C-ACA-----CAGA-ATTGA---------AATCAG----A-A------CT-A--AT-CTTTCCTCATT--------TGT-A-----A-A-----G-A-A---T-----AAC---------ATGT-A--AAATGA---C--C--AA-TG-AAAATG-AAttt
gi|98333 : AAATTAC----C-ACA-----CAAA-ATTGA---------CGTCAT----A-A------CA-A--AT-AGTTAATCTTT--------GGT-G-----A-A-----G-G-A---T-----AAA---------AGGC-A--AAATAA---T--A--AA-TG-TAAATG-AAT---T--------TGTA--GTG-TTTCAAAAA
gi|98336 : AATGAC----C-ATA-----CAAA-TTTGA---------AGTGTG----A-A------CA-C--AT-CTTTACCCGCT--------GGT-A-----A-C-----C-G-A---T-----A-C---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-CG-TAAATG-AAG---T--------TATA--GCA-TTTtt
gi|98337 : AATGAT----C-ACA-----CAGA-AATGA---------AGTATG----A-A------C--A--AT-GTGTACTCGTT--------AGT-A-----A-A-----G-T-----T-----ACC---------ATGCAA--AAATTA---T--C--AA-TG-TAAATG-AA
gi|98338 : AATGAC----C-ACA-----CATA-AATGA---------AATCAG----T-A------CA-A--AT-CTTTGTTTATT--------GGT-A-----A-A-----G-A-A---T-----AAC---------A
gi|98339 : A-----CATA-ATTGA---------AGTGGG----A-A------CA-C--AT-CTGTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----GAC---------ATGC-A--AAATGA---G--C--AA-TG-CAGTTA-AAG---T--------TATA--ACA-TTTCAAAGA
gi|98340 : attactATGAC----C-ACA-----CATT-ATTGA---------AATCAA----A-A------CA-A--AG-CTTTATTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATG--ATTAAATGA---T--C--A---C-TAGATC-AAG---T--------TACA--GCA-TTTCAAAAtt
gi|98341 : ----C-ACA-----CAAA-AACAA---------AGTCAT----A-AAAAAGACA-A--AT-CTTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATGA-C--AAATTA---T--C--AA-TGAAAAATG-AAG---T--------AAGA--GAA-TTTCAAActt
gi|98344 : ataa-ACA-----CAAA-TTTGA---------AGTTGG----A-A------CA-A--AT-CTTTACTCATT--------GGT---------------T-T-A---C-----AAC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AA-TA-TAAATG-AAA---A--------TATA--ACA-TTTCAAA
gi|98345 : attC----C-ACA-----CAGA-ATTGA---------AGTCGG----ATAT-----C-----GT-CTTTACCCATT--------AGT-A-----T-A-----G-G-A---T-----AAC---------ATTC-A--CAATGG---T--C--AA-TG-TAGATG-AAG---T--------TAtaatt
gi|98346 : -ACA-----CAAA-CTTAA---------AGTAAG----G-A------CA-A--AC-ATTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----AAC---------AGGC-A--AACTTA---T--C--AA-TG-TAAGTG-AAG---T--------TATA--AAA-GTTAAAA
gi|98347 : tCA-----CAGA-ATTGA---------AGTCAT----A-A------CA-A--AT-ATGTACTCATT--------AGT-A-----A-A-----G-G-A---T-----ACA---------ATGC-A--AACTGA---T--T--AT-TG-TAAATA-AAG---T--------AATT--GCG-TTTTAAAGAtatt
gi|98348 : A-----CAGA-TTAAA---------AGCCAG----A-A------CA-A--AT-CTTTGCTCATA--------GGT-A-----A-A-----G-A-A---T-----AGC---------ATGT-A--GTTTGA---T--C--AA-TA-TGAAtt
gi|98349 : AGA-ATTGA---------AGTCAT----A-A------CA-A--AC-CTTTATCCATT--------GAT-A-------------G-G-A---T-----AAC---------ATGT-A--AAACGA---T--C--AA-TA-TAAATT-AAG---TCGTGAAGATCTA--GAA-TTTCAAAAA
gi|98350 : A-ATAGA---------ATTCAC----C-A------CA-A--AT-CTTGAGTTATT--------GGT-A-----A-A-----G-G-A---A-----ACC---------ATGC-A--AAATGA---T--C--AC-TG-TAAATG-AAG---C--------CATA--GCA-TTTTAAAAA
gi|98351 : -ATTGA---------AGACAG----A-A------AA-A--AT-CTTTACTCATT--------GGT-A-----T-A-----T-T-ACATT-----GCC---------ATGC-------TGA---T--C--AA-TG-TAAATG-TAG---T--------TATA--GCA-CTTTAGGAAct
gi|98353 : GA---------AGCCAT----A-A------CA-T--AT-CTTTGCTCACT--------GAT-A-----C-A-----G-G-G---T-----AAC---------ATGC-A--AAA-AACATT--C--AA-TG-CAAATA-AAA---T--------TGTA--GCA-TTTCCAAAAatt
gi|98355 : TCGG----A-A------CA-T--AT-CTTCACTTATT--------AGT-A-----A-A-----G-A-A---A-----AAC---------AAAC-A--AAGTGA---T--C--AA-TG-TTAATG-AAG---T--------TATA--ACA-Ta
gi|98357 : G----A-G------CA-A--AT-GTTTACTCATT--------GGT-A-----A-A-----T-G-A---T-----AAA---------AT-C-G--AAATGA---T--C--AA-TG-TAAATG-TAT---T--------TATA--G-A-TTTccaaga