lowQualScore : 0 0 11 0 0 5 0 222222 00
lowQualScore : . . .. . . . . ...... ..
lowQualScore : 4 7 66 4 4 9 4 666666 55
consensus : TATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
Reference ( gi|4011 ) : TATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3970 : TATA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3991 : taTATA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3994 : aTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattca
gi|3965 : aTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-A-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3958 : taTATA-CAGCCAAACCTGTAT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3990 : taTATA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3972 : aTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GTAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3997 : taTATA-CAGTCAAACCTGCGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGACAC
gi|4014 : aTATA-CAGTAAAACCTGTAT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3956 : TATA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattagctaattccc
gi|3959 : taTGTA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4016 : taTATA-CAGTCAAAACTGTGT-AA-GCAGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4012 : TATA-CAGTCTAACATGTGT-AA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattaa
gi|3964 : TATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCATCCAC
gi|3971 : taTGTA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTATTTTAAGCAGCCAC
gi|3996 : taTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGGAGCCAattc
gi|3989 : aTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCA
gi|3999 : aTATA-CAGTCAAACCTGTGT-TA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----CTAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3962 : aTGTA-CAGTCAAACCTGTGT-AT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCTACTTGTCTTAAGCAGCCACatttacgatatccc
gi|3960 : taTATA-CAGTCAAACTTGTTT-AA-GTGGTCACC-C-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3968 : taTAAA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACTAtt
gi|3995 : taTATA-CAGTCAAATGTGTGC-AA-GCGGTCACC-T-C-TATTACTGTAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3966 : aTACA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCAACCTGTCTTAACCAGCCAC
gi|3992 : taTATA-CAGTCAAACCTGTGC-AA-GTCGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|3961 : aTGTA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCAGCCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGTCatttacaatttccc
gi|4000 : tataacTATA-CAGTCAAACCTGTGT-AT-GCAGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTAGCTTGTCTTAAGCAGCCAccattt
gi|4003 : aTAAA-CAGTAAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAC-----TTAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4009 : aTATA-CAGTAAAACCTGTCT-TA-GTGGTCACC-T-T-TAA-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3986 : TATA-CAGTCAAACCTATAC-AA-GCGGTCACC-T-C-TAA-----AAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAtt
gi|4013 : aTAAA-CAGTCAAACTTGTGT-TA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----AAAACA--GCCACATGTCTTAAACATCCAC
gi|3967 : TAAA-CCGTCAAACTTGTGT-CG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TATAAA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3984 : taTATA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCA
gi|3983 : aTATA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctcc
gi|3982 : aTATA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GTCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3955 : aTATA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACCGG-T-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagacactccc
gi|3951 : taTAGA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3953 : taTATA-CAGTCAAACATGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3947 : taTATA-CAGTCTGACATGTCC-TT-GCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACgtttcagaccctccc
gi|3980 : taTATA-CAGTGTAACTTGTCC-TT-GCGGCCACC-T-C-TCA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACttcaaaatcccacc
gi|3949 : aTATA-TAGTCTAACTTGTCC-TT-GCGGTCATC-T-CTTAT-----C-AGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACttcaaaatcc
gi|3950 : taTATA-CAGTCTATCCTGTCC-TT-GCAGTCATC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCATCTGTGTTAAGCAGCCACttcaaaatcccc
gi|3952 : taTATA-CAGTCTTACTTGTCC-TT-GCGGCCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCACTTttcaaaatcccccc
gi|3948 : taTAAA-CAGTCTAACTTGTTC-TT-GCCGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTAAAGCGGCCACcaaatccccc
gi|3988 : taTAAA-CAGTCAAACTTGCAG-AA-GCGACCACT-TGT-TA------TAAGCG--ACCCCCTGATGTAAGCGACCACttcaaaatcctccc
gi|3981 : aTAAA-TAGTCTAACTTGTCC-TT-CCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GGCACCTGTGTTAAACTGCCACattaaatcccccc
gi|3985 : aATA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCT--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAttcaaagtcccccc
gi|4010 : ataaaATA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4001 : taATA-CAGTCAAACCTGTGA-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattca
gi|3969 : ataaATA-CAGTCAATCCTATGT-TA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4015 : tataATATCAGTCAAACCTGTGT-TA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|3974 : taaATA-CAGTTAAACCTGTGT-TT-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--ACCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3998 : tacATA-CAGTCAAACCTGTGT-AC-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GCCACCTGGCTAAAGCAGCCA
gi|4002 : ataATA-AAGTCAAACCTGTG--------GTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAACCACttt
gi|4006 : ACA-TAGTCTAACTTGTCC-TT-GCGGCCACC-T-C-TTT-----TAAGTG--GTCACCTATGTTATGTGGCCAC
gi|3963 : taTA-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttcaaaatcgtccc
gi|3975 : tataaagTA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--CCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattc
gi|4078 : tataagTG-CGGTCA--CCTCTATTAA-GCAGCCACT-T-G-TGT-----TAAGCA--GCCAC
gi|3987 : TA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-CCGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAATCGGCCA
gi|4041 : ataaacA-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACgtttcagaccctccc
gi|4040 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4039 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4037 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGCCACC-T-T-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4036 : A-CAGTCAAACTTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTATCTTAAGCAGCCAC
gi|4050 : A-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4052 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GGCACTTGTCTTAAGCAGTCAC
gi|4053 : A-CAGTCAAACCTGTGA-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|4030 : A-CAGTCAAACCTGTTT-AA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4035 : A-CAGTCAGACTTGTGT-AA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattc
gi|4033 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGACAC
gi|4046 : A-CAGTCAAACCTGTGT-GA-GCAGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4051 : A-CAGTCAAACATGTGT-GG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4048 : A-CAGTCAAACCTGTAT-AA-GAGGTCACA-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4045 : A-CAGTCAAACCTGTGT-AT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--ACCACTTGTCTTAAGCAGCCAtt
gi|4021 : A-TAGTCAAACCTGTGT-TA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTTAGCAGCCACttt
gi|4022 : aaA-CAGTCAAACCCGTGT-AA-GCAGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGTCA
gi|4044 : aaA-CAGTCAAACCTGTTT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TGAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAG
gi|4020 : A-CAGTCAAACCTGTGT-TA-GTGGTCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--ACCACTTTTCTTAAGCAGCCA
gi|4038 : aaA-CAGTCAAACCTGCTT-AA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAATCA--GCCATCTGTCTTAAGCAGCCA
gi|3957 : A-CAGTCAAAATTGTGT-AT-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCAACTTGTCTTAAACAGTCACttt
gi|4047 : tatgaA-CAGTCAAACCTGTAT-TA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TATGCA--GCCAATTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4042 : A-TAGTCAAACCTGTAT-AC-GCTGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATATGTTTTAAGCAGCCACt
gi|3973 : A-CAGTCAAACCTGTGT-TT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCA--TATCTTAAATAGCCACttca
gi|4032 : tatcaaA-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TAT-----T-AGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCA
gi|4027 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcaga
gi|4026 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4025 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4024 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4029 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCgtttcagaccctccc
gi|4028 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACATGCTTTAAGCGGCCAgagtttcagaccctccc
gi|4031 : A-CAGTCAAACCTGTAC-TA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAGGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4073 : -CAGTCTAACTTGTCC-TT-GTGGCAATC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTTTGAAGCAGCCACgtttcagaccctccc
gi|4007 : AGTCTAACTTGT----------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcccgcc
gi|4075 : taattAGTCTAACTTGT----------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcctccc
gi|4077 : AACTTGT-C-AATGTGGCCACC-T-C---T-----TATACATGGTCACCTATGTTAAACGGCCACttcaaaatcccccc
gi|4084 : TGT-AA-GCGGTCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCACTtttaaaatccccc
gi|4073 : acctctTAT-AA-GCGGTCACC-T-G-TTT-----GAAGCA--GCCACTTacgaaatcccctc
gi|4085 : cagtctaacttgtccttgtggcaatctctTAT-AA-GCGGTCACT-T---TGT-----TAAGCG--GCCACTTcaaaatcccgcc
gi|4007 : TAT-AA-GTGGTCACC-T-G-TGT-----TAAATG--GCCACTTcaa
gi|4075 : taattagtctaacttgtccacctctTAT-AA-GTGGTCACC-T-G-TGT-----TAAATG--GCCACTTcaaaatcctccc
gi|4078 : agtctaacttgtccacctct-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTGTTAAGCAGCCACcaaaatcccccc
gi|4077 : tGGTCACC-T-A-TGT-----TAAACG--GCCACTT
gi|4008 : aacttgtcaatgtggccacctcttatacatCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTTAAACAGTCACtaaaatccccc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4034 ): ACAGTCTAACTTGTCCTTGTGGCCATCTCTTATAAGGAGTTA
Unaligned ( gi|4023 ): ACAGTCTAACCTGTCCTTGCAGCCACCTATTACAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 1 0 0 6 0 333333 00
lowQualScore : . . . . . . ...... ..
lowQualScore : 4 5 4 4 1 4 111111 66
consensus : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
Reference ( family-234 ) : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3947 : TATACAGTCTGACATGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3948 : taTAAACAGTCTAACTTGTTCTT-GCCGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTAAAGCGGCCACttcaaaatcccacc
gi|3949 : taTATATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGTCATC-T-CTTAT-----C-AGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACttcaaaatcctccc
gi|3950 : taTATACAGTCTATCCTGTCCTT-GCAGTCATC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCATCTGTGTTAAGCAGCCACttcaaaatcccc
gi|3951 : taTAGACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaaatcccccc
gi|3952 : taTATACAGTCTTACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCACTTgtttcagaccctccc
gi|3953 : taTATACAGTCAAACATGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAcaaatccccc
gi|3955 : taTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACCGG-T-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3956 : taTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACgtttcagaccctccc
gi|3957 : taACAGTCAAAATTGTGTAT-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCAACTTGTCTTAAACAGTCAC
gi|3958 : tatgaTATACAGCCAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3959 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|3960 : taTATACAGTCAAACTTGTTTAA-GTGGTCACC-C-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3961 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGTCtt
gi|3962 : tataacTGTACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCTACTTGTCTTAAGCAGCCACccattt
gi|3963 : taTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3964 : tataaagTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCATCCACattc
gi|3965 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-A-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3966 : taTACACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCAACCTGTCTTAACCAGCCAC
gi|3967 : taTAAACCGTCAAACTTGTGTCG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TATAAA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3968 : taTAAACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACTA
gi|3969 : taATACAGTCAATCCTATGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3970 : tataTATACAGTCAAACCTGTATAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3971 : taTGTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTATTTTAAGCAGCCAC
gi|3972 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GTAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACattc
gi|3973 : taACAGTCAAACCTGTGTTT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCA--TATCTTAAATAGCCAC
gi|3974 : tatcaaATACAGTTAAACCTGTGTTT-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--ACCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3975 : tacTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--CCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3980 : tataagTATACAGTGTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TCA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3981 : aTAAATAGTCTAACTTGTCCTT-CCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GGCACCTGTGTTAAACTGCCACttcaaaatcc
gi|3982 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GTCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaagtcccccc
gi|3983 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCGGCCAgtttcagacactccc
gi|3984 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3985 : aATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCT--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAgtttcagaccctcc
gi|3986 : ataaaTATACAGTCAAACCTATACAA-GCGGTCACC-T-C-TAA-----AAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|3987 : aTACAGTCAAACCTGTACTA-CCGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAATCGGCCA
gi|3988 : ataaacTAAACAGTCAAACTTGCAGAA-GCGACCACT-TGT-TA------TAAGCG--ACCCCCTGATGTAAGCGACCACgtttcagaccctccc
gi|3989 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAattaaatcccccc
gi|3990 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3991 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3992 : aTATACAGTCAAACCTGTGCAA-GTCGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattca
gi|3994 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAatttacaatttccc
gi|3995 : aTATACAGTCAAATGTGTGCAA-GCGGTCACC-T-C-TATTACTGTAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3996 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGGAGCCA
gi|3997 : aTATACAGTCAAACCTGCGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGACAC
gi|3998 : aATACAGTCAAACCTGTGTAC-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GCCACCTGGCTAAAGCAGCCA
gi|3999 : ataTATACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----CTAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4000 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GCAGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTAGCTTGTCTTAAGCAGCCAatttacgatatccc
gi|4001 : aATACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4002 : ataaATAAAGTCAAACCTGTG-------GTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4003 : TAAACAGTAAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAC-----TTAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4006 : aACATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTT-----TAAGTG--GTCACCTATGTTATGTGGCCAC
gi|4007 : taAGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcgtccc
gi|4008 : taattCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTTAAACAGTCACttcaaaatcctccc
gi|4009 : taaactgctttaaatttttttccatatgacTATACAGTAAAACCTGTCTTA-GTGGTCACC-T-T-TAA-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttcaaatttcctcc
gi|4010 : ATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4011 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattca
gi|4012 : TATACAGTCTAACATGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4013 : TAAACAGTCAAACTTGTGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----AAAACA--GCCACATGTCTTAAACATCCAC
gi|4014 : TATACAGTAAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4015 : TAT-CAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattagctaattccc
gi|4016 : taaaTATACAGTCAAAACTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4020 : ACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--ACCACTTTTCTTAAGCAGCCAattaa
gi|4021 : aaATAGTCAAACCTGTGTTA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTTAGCAGCCAC
gi|4022 : aaACAGTCAAACCCGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGTCA
gi|4024 : aaACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCA
gi|4025 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4026 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4027 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4028 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACATGCTTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4029 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCgtttcagaccctccc
gi|4030 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACgagtttcagaccctccc
gi|4031 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAGGCGGCCAattc
gi|4032 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TAT-----T-AGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4033 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGACACgtttcaga
gi|4035 : ACAGTCAGACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4036 : ACAGTCAAACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTATCTTAAGCAGCCAC
gi|4037 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-T-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4038 : ACAGTCAAACCTGCTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAATCA--GCCATCTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4039 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4040 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4041 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4042 : ATAGTCAAACCTGTATAC-GCTGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATATGTTTTAAGCAGCCAC
gi|4044 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TGAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGttca
gi|4045 : ACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--ACCACTTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4046 : ACAGTCAAACCTGTGTGA-GCAGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|4047 : ACAGTCAAACCTGTATTA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TATGCA--GCCAATTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4048 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GAGGTCACA-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACt
gi|4050 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAtt
gi|4051 : ACAGTCAAACATGTGTGG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4052 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GGCACTTGTCTTAAGCAGTCAC
gi|4053 : ACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|4073 : CAGTCTAACTTGTCCTT-GTGGCAATC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTTTGAAGCAGCCAC
gi|4075 : AGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcccgcc
gi|4077 : AACTTGT-CAATGTGGCCACC-T-C---T-----TATACATGGTCACCTATGTTAAACGGCCACttcaaaatcccccc
gi|4078 : -GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTGTTAAGCAGCCACtttaaaatccccc
gi|4084 : tTGTAA-GCGGTCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCAC
gi|4085 : acctctTATAA-GCGGTCA-C-T-T-TGT-----TAAGCG--GCCACTTtacgaaatcccctc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4034 ): ACAGTCTAACTTGTCCTTGTGGCCATCTCTTATAAGGAGTTA
Unaligned ( gi|4023 ): ACAGTCTAACCTGTCCTTGCAGCCACCTATTACAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 1 0 0 6 0 333333 00
lowQualScore : . . . . . . ...... ..
lowQualScore : 4 5 4 4 1 4 111111 66
consensus : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
Reference ( family-234 ) : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3947 : TATACAGTCTGACATGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3948 : taTAAACAGTCTAACTTGTTCTT-GCCGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTAAAGCGGCCACttcaaaatcccacc
gi|3949 : taTATATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGTCATC-T-CTTAT-----C-AGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACttcaaaatcctccc
gi|3950 : taTATACAGTCTATCCTGTCCTT-GCAGTCATC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCATCTGTGTTAAGCAGCCACttcaaaatcccc
gi|3951 : taTAGACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaaatcccccc
gi|3952 : taTATACAGTCTTACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCACTTgtttcagaccctccc
gi|3953 : taTATACAGTCAAACATGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAcaaatccccc
gi|3955 : taTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACCGG-T-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3956 : taTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACgtttcagaccctccc
gi|3957 : taACAGTCAAAATTGTGTAT-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCAACTTGTCTTAAACAGTCAC
gi|3958 : tatgaTATACAGCCAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3959 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|3960 : taTATACAGTCAAACTTGTTTAA-GTGGTCACC-C-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3961 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGTCtt
gi|3962 : tataacTGTACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCTACTTGTCTTAAGCAGCCACccattt
gi|3963 : taTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3964 : tataaagTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCATCCACattc
gi|3965 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-A-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3966 : taTACACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCAACCTGTCTTAACCAGCCAC
gi|3967 : taTAAACCGTCAAACTTGTGTCG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TATAAA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3968 : taTAAACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACTA
gi|3969 : taATACAGTCAATCCTATGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3970 : tataTATACAGTCAAACCTGTATAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3971 : taTGTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTATTTTAAGCAGCCAC
gi|3972 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GTAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACattc
gi|3973 : taACAGTCAAACCTGTGTTT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCA--TATCTTAAATAGCCAC
gi|3974 : tatcaaATACAGTTAAACCTGTGTTT-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--ACCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3975 : tacTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--CCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3980 : tataagTATACAGTGTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TCA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3981 : aTAAATAGTCTAACTTGTCCTT-CCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GGCACCTGTGTTAAACTGCCACttcaaaatcc
gi|3982 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GTCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaagtcccccc
gi|3983 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCGGCCAgtttcagacactccc
gi|3984 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3985 : aATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCT--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAgtttcagaccctcc
gi|3986 : ataaaTATACAGTCAAACCTATACAA-GCGGTCACC-T-C-TAA-----AAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|3987 : aTACAGTCAAACCTGTACTA-CCGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAATCGGCCA
gi|3988 : ataaacTAAACAGTCAAACTTGCAGAA-GCGACCACT-TGT-TA------TAAGCG--ACCCCCTGATGTAAGCGACCACgtttcagaccctccc
gi|3989 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAattaaatcccccc
gi|3990 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3991 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3992 : aTATACAGTCAAACCTGTGCAA-GTCGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattca
gi|3994 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAatttacaatttccc
gi|3995 : aTATACAGTCAAATGTGTGCAA-GCGGTCACC-T-C-TATTACTGTAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3996 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGGAGCCA
gi|3997 : aTATACAGTCAAACCTGCGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGACAC
gi|3998 : aATACAGTCAAACCTGTGTAC-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GCCACCTGGCTAAAGCAGCCA
gi|3999 : ataTATACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----CTAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4000 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GCAGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTAGCTTGTCTTAAGCAGCCAatttacgatatccc
gi|4001 : aATACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4002 : ataaATAAAGTCAAACCTGTG-------GTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4003 : TAAACAGTAAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAC-----TTAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4006 : aACATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTT-----TAAGTG--GTCACCTATGTTATGTGGCCAC
gi|4007 : taAGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcgtccc
gi|4008 : taattCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTTAAACAGTCACttcaaaatcctccc
gi|4009 : taaactgctttaaatttttttccatatgacTATACAGTAAAACCTGTCTTA-GTGGTCACC-T-T-TAA-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttcaaatttcctcc
gi|4010 : ATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4011 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattca
gi|4012 : TATACAGTCTAACATGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4013 : TAAACAGTCAAACTTGTGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----AAAACA--GCCACATGTCTTAAACATCCAC
gi|4014 : TATACAGTAAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4015 : TAT-CAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattagctaattccc
gi|4016 : taaaTATACAGTCAAAACTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4020 : ACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--ACCACTTTTCTTAAGCAGCCAattaa
gi|4021 : aaATAGTCAAACCTGTGTTA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTTAGCAGCCAC
gi|4022 : aaACAGTCAAACCCGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGTCA
gi|4024 : aaACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCA
gi|4025 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4026 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4027 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4028 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACATGCTTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4029 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCgtttcagaccctccc
gi|4030 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACgagtttcagaccctccc
gi|4031 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAGGCGGCCAattc
gi|4032 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TAT-----T-AGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4033 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGACACgtttcaga
gi|4035 : ACAGTCAGACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4036 : ACAGTCAAACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTATCTTAAGCAGCCAC
gi|4037 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-T-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4038 : ACAGTCAAACCTGCTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAATCA--GCCATCTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4039 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4040 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4041 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4042 : ATAGTCAAACCTGTATAC-GCTGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATATGTTTTAAGCAGCCAC
gi|4044 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TGAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGttca
gi|4045 : ACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--ACCACTTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4046 : ACAGTCAAACCTGTGTGA-GCAGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|4047 : ACAGTCAAACCTGTATTA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TATGCA--GCCAATTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4048 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GAGGTCACA-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACt
gi|4050 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAtt
gi|4051 : ACAGTCAAACATGTGTGG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4052 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GGCACTTGTCTTAAGCAGTCAC
gi|4053 : ACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|4073 : CAGTCTAACTTGTCCTT-GTGGCAATC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTTTGAAGCAGCCAC
gi|4075 : AGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcccgcc
gi|4077 : AACTTGT-CAATGTGGCCACC-T-C---T-----TATACATGGTCACCTATGTTAAACGGCCACttcaaaatcccccc
gi|4078 : -GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTGTTAAGCAGCCACtttaaaatccccc
gi|4084 : tTGTAA-GCGGTCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCAC
gi|4085 : acctctTATAA-GCGGTCA-C-T-T-TGT-----TAAGCG--GCCACTTtacgaaatcccctc
blockSeqs : T G TTACTG
blockSeqs : T G A
blockSeqs : T G T
blockSeqs : T G A
blockSeqs : T G T
blockSeqs : T G T
blockSeqs : T G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A G T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : C . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . C
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . A
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . A
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : T . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . A
blockSeqs : A . A
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : A . T
blockSeqs : G . T
blockSeqs : T . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : G . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : T . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
finalCons : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4034 ): ACAGTCTAACTTGTCCTTGTGGCCATCTCTTATAAGGAGTTA
Unaligned ( gi|4023 ): ACAGTCTAACCTGTCCTTGCAGCCACCTATTACAAGC
Alignments
lowQualScore : 0 1 0 0 6 0 333333 00
lowQualScore : . . . . . . ...... ..
lowQualScore : 4 5 4 4 1 4 111111 66
consensus : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
Reference ( family-234 ) : TATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3947 : TATACAGTCTGACATGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3948 : taTAAACAGTCTAACTTGTTCTT-GCCGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTAAAGCGGCCACttcaaaatcccacc
gi|3949 : taTATATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGTCATC-T-CTTAT-----C-AGCG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCACttcaaaatcctccc
gi|3950 : taTATACAGTCTATCCTGTCCTT-GCAGTCATC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCATCTGTGTTAAGCAGCCACttcaaaatcccc
gi|3951 : taTAGACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaaatcccccc
gi|3952 : taTATACAGTCTTACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCACTTgtttcagaccctccc
gi|3953 : taTATACAGTCAAACATGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAcaaatccccc
gi|3955 : taTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACCGG-T-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3956 : taTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACgtttcagaccctccc
gi|3957 : taACAGTCAAAATTGTGTAT-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCAACTTGTCTTAAACAGTCAC
gi|3958 : tatgaTATACAGCCAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3959 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|3960 : taTATACAGTCAAACTTGTTTAA-GTGGTCACC-C-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3961 : taTGTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGTCtt
gi|3962 : tataacTGTACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCTACTTGTCTTAAGCAGCCACccattt
gi|3963 : taTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3964 : tataaagTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCATCCACattc
gi|3965 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-A-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3966 : taTACACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCAACCTGTCTTAACCAGCCAC
gi|3967 : taTAAACCGTCAAACTTGTGTCG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TATAAA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3968 : taTAAACAGTCAAACCTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACTA
gi|3969 : taATACAGTCAATCCTATGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3970 : tataTATACAGTCAAACCTGTATAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3971 : taTGTACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTATTTTAAGCAGCCAC
gi|3972 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GTAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACattc
gi|3973 : taACAGTCAAACCTGTGTTT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCA--TATCTTAAATAGCCAC
gi|3974 : tatcaaATACAGTTAAACCTGTGTTT-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--ACCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|3975 : tacTACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--CCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3980 : tataagTATACAGTGTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TCA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAGCGGCCAC
gi|3981 : aTAAATAGTCTAACTTGTCCTT-CCGGCCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--GGCACCTGTGTTAAACTGCCACttcaaaatcc
gi|3982 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GTCACCTGCCTTAAGCGGCCAttcaaagtcccccc
gi|3983 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCGGCCAgtttcagacactccc
gi|3984 : aTATACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|3985 : aATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCT--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAgtttcagaccctcc
gi|3986 : ataaaTATACAGTCAAACCTATACAA-GCGGTCACC-T-C-TAA-----AAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|3987 : aTACAGTCAAACCTGTACTA-CCGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAATCGGCCA
gi|3988 : ataaacTAAACAGTCAAACTTGCAGAA-GCGACCACT-TGT-TA------TAAGCG--ACCCCCTGATGTAAGCGACCACgtttcagaccctccc
gi|3989 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATTTGTCTTAAGCAGCCAattaaatcccccc
gi|3990 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3991 : aTATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3992 : aTATACAGTCAAACCTGTGCAA-GTCGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattca
gi|3994 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAatttacaatttccc
gi|3995 : aTATACAGTCAAATGTGTGCAA-GCGGTCACC-T-C-TATTACTGTAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|3996 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGGAGCCA
gi|3997 : aTATACAGTCAAACCTGCGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGACAC
gi|3998 : aATACAGTCAAACCTGTGTAC-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GCCACCTGGCTAAAGCAGCCA
gi|3999 : ataTATACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----CTAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4000 : aTATACAGTCAAACCTGTGTAT-GCAGTCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTAGCTTGTCTTAAGCAGCCAatttacgatatccc
gi|4001 : aATACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4002 : ataaATAAAGTCAAACCTGTG-------GTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4003 : TAAACAGTAAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAC-----TTAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAC
gi|4006 : aACATAGTCTAACTTGTCCTT-GCGGCCACC-T-C-TTT-----TAAGTG--GTCACCTATGTTATGTGGCCAC
gi|4007 : taAGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcgtccc
gi|4008 : taattCACC-T-C-TTA-----TAAGCG--ATCACCTGTGTTAAACAGTCACttcaaaatcctccc
gi|4009 : taaactgctttaaatttttttccatatgacTATACAGTAAAACCTGTCTTA-GTGGTCACC-T-T-TAA-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttcaaatttcctcc
gi|4010 : ATACAGTCAAACCTGTATAA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4011 : taTATACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACattca
gi|4012 : TATACAGTCTAACATGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4013 : TAAACAGTCAAACTTGTGTTA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----AAAACA--GCCACATGTCTTAAACATCCAC
gi|4014 : TATACAGTAAAACCTGTATAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4015 : TAT-CAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAattagctaattccc
gi|4016 : taaaTATACAGTCAAAACTGTGTAA-GCAGTCACC-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4020 : ACAGTCAAACCTGTGTTA-GTGGTCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--ACCACTTTTCTTAAGCAGCCAattaa
gi|4021 : aaATAGTCAAACCTGTGTTA-GCGACCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTTAGCAGCCAC
gi|4022 : aaACAGTCAAACCCGTGTAA-GCAGCCACC-T-C-TGT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGTCA
gi|4024 : aaACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCA
gi|4025 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4026 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4027 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4028 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACATGCTTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4029 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCgtttcagaccctccc
gi|4030 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCACgagtttcagaccctccc
gi|4031 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACAGTCACC-TGT-TA------TAAGCA--GCCACCTGCCTTAGGCGGCCAattc
gi|4032 : ACAGTCAAACCTGTACTA-ACGGTCACC-TGT-TAT-----T-AGCA--GCCACCTGCCTTAAGCGGCCAgtttcagaccctccc
gi|4033 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAA-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAGACACgtttcaga
gi|4035 : ACAGTCAGACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCA
gi|4036 : ACAGTCAAACTTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTATCTTAAGCAGCCAC
gi|4037 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-T-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4038 : ACAGTCAAACCTGCTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAATCA--GCCATCTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4039 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GTGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACttt
gi|4040 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACtt
gi|4041 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4042 : ATAGTCAAACCTGTATAC-GCTGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCATATGTTTTAAGCAGCCAC
gi|4044 : ACAGTCAAACCTGTTTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TGAGCA--GTCACTTGTCTTAAGCAGttca
gi|4045 : ACAGTCAAACCTGTGTAT-GTGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--ACCACTTGTCTTAAGCAGCCA
gi|4046 : ACAGTCAAACCTGTGTGA-GCAGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAttt
gi|4047 : ACAGTCAAACCTGTATTA-GTGGTCACC-T-C-TTT-----TATGCA--GCCAATTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4048 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GAGGTCACA-T-C-TTT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAGCAGCCACt
gi|4050 : ACAGTCAAACCTGTATAA-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACCTGTCTTAAGCAACCAtt
gi|4051 : ACAGTCAAACATGTGTGG-GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGTA--GTCACTTGTCTTAAGCAGCCAC
gi|4052 : ACAGTCAAACCTGTGTAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GGCACTTGTCTTAAGCAGTCAC
gi|4053 : ACAGTCAAACCTGTGAAA-GCGGCCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTCTTAAACAGCCAC
gi|4073 : CAGTCTAACTTGTCCTT-GTGGCAATC-T-C-TTA-----TAAGCG--GTCACCTGTTTGAAGCAGCCAC
gi|4075 : AGTCTAACTTGT---------CCACC-T-C-TTA-----TAAGTG--GTCACCTGTGTTAAATGGCCACttcaaaatcccgcc
gi|4077 : AACTTGT-CAATGTGGCCACC-T-C---T-----TATACATGGTCACCTATGTTAAACGGCCACttcaaaatcccccc
gi|4078 : -GCGGTCACC-T-C-TAT-----TAAGCA--GCCACTTGTGTTAAGCAGCCACtttaaaatccccc
gi|4084 : tTGTAA-GCGGTCACC-T-G-TGT-----TAAGCG--GCCAC
gi|4085 : acctctTATAA-GCGGTCA-C-T-T-TGT-----TAAGCG--GCCACTTtacgaaatcccctc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4034 ): ACAGTCTAACTTGTCCTTGTGGCCATCTCTTATAAGGAGTTA
Unaligned ( gi|4023 ): ACAGTCTAACCTGTCCTTGCAGCCACCTATTACAAGC