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Alignments
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gi|33377                      : ATTGTTCCAGCTGTAGTATC----ACTGGTTAT-TAGATGCTCATTGATCCAGCTGTAGTAT
gi|33378                      : ATTGTTACAGCTGCAGTATC----AA-GGTTATATA-ATGCACATTATTCCAGCTGCAGTAT
gi|33379                      : ATTGTTCCAGTTTCAGTATC----CCTGGTGATATA-ATGCTCATTGTTCTAGCTATAGTAT
gi|33380                      : ATTGTTCCAGCTGCTGTATT----CTTGGTAATATA-ATGCCCACTGTTTCAGCTGCAGTAT
gi|33381                      : ATTGTTCTAGCTTCAGTATC----ATTGGTTATATA-ATGTACAATGTTCTAGCTGCAGTAT
gi|33382                      : ATTGTTCCTGCTGCAGTATT----CCTGATAATATA-ATGCTCATTGTTCCAGCTGCAGTAT
gi|33383                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----CTTTGTAATAGA-ATGCCCATTGTTCCAGCTGCTGTAT
gi|33384                      : ATTGTTCTAACTGAAGTATC----CTTGGTTATATA-ATGTTCATTGTTCTAGCTTCAGTAT
gi|33385                      : ATTGATCCAGCTGTAGTATT----CCTAGTGATAAA-ATACACATTGTTCCAGCTGCAGTA
gi|33386                      : ATTGTTCCAGTTGCAGTATC----CCTAGTAATATA-ATGTCCATTGTTCCAGTTGCAGTAT
gi|33387                      : ATTGTTCTAGCTATAGTATT----CCTGGTAATATA-ATGCCCATTATTCCAGTTGCAGTAT
gi|33388                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTAGC----AT-GGTTATACA-ATGCACATTGTTCCAGCTTAAGTAT
gi|33389                      : ATTGTTTCAGTTGCAGTTTC----CTCGGTTATATA-ATGCTCATTATTCCAGTTGCAGTAT
gi|33390                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----AA-GGTTATATA-GTGATCATTGTTCCAGCTGTAGTAT
gi|33391                      : ATTGTTCCAGTT-TAGTATC----CCTGGTTATATA-ATGCTCATTGTTTCAGTT-TAGTAT
gi|33392                      : ATTGTCCCAGCTGCAGTATA----CTTGGTAATATA-ATGCTCATTGTTCTAGCTGCACTAT
gi|33393                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----CTTTGTAATATA-ATGCCCAATGTTCCAATTGCAGTAT
gi|33394                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----CTTGGTTATATA-ATGCTCATTGTT
gi|33395                      : ATTGTTCTAGCTTCAGTATC----CCTGGTAATGTA-ATGCACATTGTTCTAGCGGCAGTAT
gi|33396                      : ATT-TTCCAGCTTTAGTATC----CCTGGTAATATA-ATGCTCATTGTTCCAGCTTCAGTAT
gi|33397                      : ACTGTTCCAGCTGCAGAATC----CTTAGTAATATA-A-GCTCATTGTTCCAGCTGCAGTAT
gi|33398                      : ATTGTTCCAGTTGCAGTATC----CTTGGTAATATA-ATGTCCATT-TTCCAGCTGCAG
gi|33399                      : ATTGTCGCAGCTGCAGTCTA----CTTGGTAATATA-ATGCTCATTGTTCCAGCTGCAGTAT
gi|33400                      : ATTATTCCAGCTGCAGTATC----CTTAGTAATATA-AAGTACATTGTTCTAGCTTCAGTAT
gi|33401                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----AA-GGTTATATA-ATGATCATTGTTCCAGCTGAAGTAT
gi|33402                      : ATTGTTCCAGCTTCAGTATC----CCTGGTAATATA-ATGCTCATTGATCCAGTTTTAGTAT
gi|33403                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTATC----ATAGCTT-TATA-ATGCATATTGTTCCAGCTGCAGT
gi|33404                      : ATTTTTCCAACTGCAGTATC----AT-GGTTATATA-ATGACAATTGTTCCAGCTGTAGTAT
gi|33405                      : ATTGTTCCAGCTGCAGTAAC----CTTAGTTATATA-A-ACTCATTGTTGCAGCTGCAGTA
gi|33406                      : ATTATTCCAGCTGCAGTATA----CTTGGTAAAACA-ATGTCCATTGTTCCAGCTGCAGTAT
gi|33407                      : ATTGTTCCAGCTGTAGTATC----CATGGTAATAAA-ATGCCCATT-TTCCAGCTGCATTAT
gi|33408                      : ATTGTTCCTGCTGCAGTATCATNNNNNNNNNNTATA-ATGCACATTGTTCCAGCTGCAGTAT
gi|33448                      :  TTGTTCCAGCTGCAATATC----CTTGGTAATATG-ATGCCCATTATTCCAGCTGCAGTAT
gi|33449                      :  TTGTTCTAGCTGAATCATC----CTTGGTTATATA-ATGCACATTGTTCTAGCTACAGTAT
gi|33453                      :   TGTTCCAATTGCAGTATC----CTTGGTTATATA-ATGCACGTTGTTCCAGCTGCAATAT
gi|33454                      :   TGTTCCAGATGCAGTATC----CTTGGTTATATA-ATGTACATAGTTCTAGCTGTAGTAT
gi|33455                      :   TGTTCCAGCTGCAATATT----CTTGGTTATATA-ATGCTTATTGTTCCAGCTGCAGT
gi|33456                      :   TGTTCTAGCTGCAGTATC----ATCG-TTATATA-ATGCACATTGTTCCAGCTGCA
gi|33460                      :    GTTCCAGCTGCAGTATC----CTTGGTTATATA-ATGAACATTGTTCTAGCTGTGGTAT
gi|33461                      :    GTTCCAGCTGCAGTATC----CCTGGTAATATA-ATGCTCATTGTTCCAGCTTCAGTAT
gi|33462                      :    GTTCCAACTGCAGTATC----CTATGTCATATA-CTACACATTGTTCCAGCTGCAGTAT


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