lowQualScore                  :                                                                                                                                                 11111111111111111111111                                                                        111111111                                                                       
lowQualScore                  :                                                    0 00 66666666 11111 22222222  000 11111111 11111111   44444444 0  00000000 00000000 22222222 11111111111111111111111 11111 0 0000 00000000 00 22222222       000000       22222222222222222 222222222  00 33333333 00 555       444   9 0        2   00   11111111 00       
lowQualScore                  :                                                    . .. ........ ..... ........  ... ........ ........   ........ .  ........ ........ ........ ....................... ..... . .... ........ .. ........       ......       ................. .........  .. ........ .. ...       ...   . .        .   ..   ........ ..       
lowQualScore                  :                                                    4 66 22222222 33333 66666666  666 22222222 22222222   88888888 7  99999999 99999999 55555555 88888888888888888888888 99999 8 5555 99999999 33 00000000       666666       66666666666666666 999999999  66 88888888 66 888       999   9 6        8   55   99999999 66       
consensus                     :                                       TGTCATCGCGCCA-T--C--------G-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CCATCGTGCTATCGTGCCAT--CGC--------C--ATCGTGT
Reference ( gi|108835 )       :                                       TGTCATCGTGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCATACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108828                     :                                       TGTCATCGCGTCA-T--T--------G-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATC
gi|108845                     :                                       TGTCATCGTGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------G--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------TATCGTG------TCATTGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--
gi|108811                     :                                       TGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------C-----------------------------------AT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108873                     :                                       TGCCATCGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAA--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATCGCGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-
gi|108818                     :                                gtcatcgTGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCAACGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGt
gi|108799                     :                               tgtcatcgTATCATCGCGCCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCGTACTc
gi|108880                     :                               tgtcatcgTGCTATCATGTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTATG------CTATCGT--------A--------CT-----------------------------ATCGTG-TCATCA
gi|108834                     :                                gtcatcgTGTCATCGTGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGcc
gi|108834                     :                 tgccatcgctccatcaccatcgTGCCATCGCTCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACTATC--ACCAT--C
gi|108844                     :                                       TGCCATCGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCATG------ATATCGT--------A--------CT-----------------------------ATCGTG-CCATC--ACCATCGTGTCAT--Cg
gi|108872                     :                                       TGCCATCGTGTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGTgtttaaat
gi|108866                     :                                gtcatcgTGCCATCGTGTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGTcatcgtg
gi|108831                     :                                gtcatcgTGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGcatcgtg
gi|108800                     :                               tgtcatcgTGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108884                     :                               tgtcatcgTGCCATCGCTTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C-----------------T-----C-----AAT----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTGTCATGC-AT--C--------A--C---CATCGTG-
gi|108820                     :                                gtcatcgTGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--T--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGt
gi|108820                     :                 tgctatcgtactatcaccatcgTGCTATCGTACTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--T---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108826                     :                                       TGTCATCGCGTCA-T--T--------G-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108816                     :                               tgtaatcgTGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGC--------G--------TC--------AT--C--------G--T---CATCGTG---------CTATCGTGTCAT--CAT--------C--ATCGTGT
gi|108833                     :                                       TGTCATCATACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----T--------G--T--------CATCGTG------CCATCGT--------A--------TC--------AT--C--------A--C---CATTGTG-CTATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------C--
gi|108874                     :                                       TGCTATCGTGTCA-T--C--------A-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGC--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGtttcttat
gi|108802                     :                                gtcatcgTGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108852                     :                               tgtcatcgTGTAATCGCTCCA-T--T--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------GTAC-----T--------G--------T-----CGTGCTA-T----C--------A--A--------CATCATG------TAATCGC--------T--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCATGCCAT--CAC--------C--ATCATGT
gi|108807                     :                                       TGTCATTGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C-------------------------------------------------------------------------------GTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCATG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTa
gi|108832                     :                                       TGTCATCGTACTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------CATACTATCG--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------A--TGG-CATCG
gi|108819                     :                                       TGTCATCGTGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----T-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------c
gi|108821                     :                                       TGCCATCGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGtaggcatcg
gi|108823                     :                                       TGTCATCGTACTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTATCGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGCG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TGG-CATCG
gi|108813                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTATCGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGc
gi|108795                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTATCGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGccttcctgtatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108812                     :                                       TGGCGTCGCTCCC-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------TC--------------------------------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCGccttcctgtatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108809                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------A--------T---------------------------------------------A--C--------TATCGTG------------------------------CC--------AT--C--------A--C---CATCTTGTCTGTC-TGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGT
gi|108804                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108838                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTATCGTG--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TTATCGT--------G--------GC--------AT--C--------G--C---CTTCCTG-ccttcctgtatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108830                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTATCGTACTATC--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TGG-CATCGt
gi|108797                     :                                       TGTCATCGTACTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTGTTATCGTACTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TGG-CATCGc
gi|108840                     :                                       TGGCATCGCTTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C------------------------GTG------CTATCAT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACCATCc
gi|108825                     :                                       TGCTGTCGTGGCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------A--
gi|108810                     :                               tgtcattgTGTCATCGTACCA-T--CACCATCGTG-----T--------CA---T--------C--------GTA--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------GC--------AT--C--------tggcattgc
gi|108805                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTGTCGTG--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGg
gi|108796                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTGTCGTG--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGccttcctgta
gi|108829                     :                                       TGTCATTGCACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTGCTATCGTACTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------ccttcctgta
gi|108851                     :                                       TGTAATCGCTCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------GTACTGTCAT--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCATG------TAATCGC--------T--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCGgtagcattgccttcctgcatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108803                     :                                       TGTCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------T
gi|108843                     : tgtcatcgtagcatcgctcaatcaccatcgtgtcatcgTGTCATTGTACTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTGTTATCGTACTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------CTATCGT--------G--------GC--------AT--C--------G--C---
gi|108841                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------ATGATATCGTACTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------
gi|108897                     :                                       TATCATCGCGCCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------T
gi|108842                     :            catcgctccatcaccatcgtgtcatcgTGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------
gi|108856                     :                                       TGTCATCGCATCA-T--C--------G-----TGATTTCACCA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------GT-------T--------G--------T-----T-------T----C--------A--T--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------TT--------TT--C--------A--T---CATCGTA-CCATCGTACCATCGCGCgtggcatcac
gi|108815                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------tttc
gi|108814                     :                                       TGTCAACGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTATCGCG--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TTG-CATCGgtggcattgc
gi|108817                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--CGTCATCGTCATCGTG------CCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGccttccagta
gi|108854                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------T--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTGCCGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATTG
gi|108822                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------CTCGCTATCGTA--------CTAT--------C--------A--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCGCC-TTATTGTATTcgtg
gi|108837                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---TTATGCTATC--------GTA--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TGG-CATCGtaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108909                     :                                       TGCCATCGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGc
gi|108839                     :           atggcacgatgacgatgacgcgatatcgTGTCATTGAACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------ATG--------CTAT--------C--------A--------T---------------------------------------------A--C--------TATCGTG------TCATC------------------------------------------A--C---CATCGCG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--C
gi|108798                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--CACCATCGTG-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------G--TGG-CATCG
gi|108848                     :                                       TGCCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------GTAC-----T--------G--------TCGTACC-----A-T----C--------A--A--------CATCGTT------TCACCGT--------G--------TT--------AT--C--------c
gi|108849                     :                                       TGTAATCGCTCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------GTAC-----T--------G--------T-----CGTGCTG-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TT--------AT--C--------G--TGG-CATCGgtaggatcgccttcaagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                                       TGTCATCGC-TCAAT--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACT-----G--------T-----C-----A-TGCATC--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------TT--C--------G--T---CATCGc
gi|108806                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--CACCATCATG-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------
gi|108801                     :                                       TGTCATCGTACCA-T--CACCATCGTG-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------g
gi|108824                     :                                       TGTCATC-TGCAA-T--C--------A-----A--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TACTTTTGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------
gi|108853                     :                                       TGACATCGCTCCA-T--T--------A-----C--------CA---T--------T--------GTG--------CTAT--------C--------G--------TAATGTCGTG--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TT--------AT--C--------gtggcgtcgtcttcctgta
gi|108928                     :                                       TGCTATTGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----T-----A-T----C-----------CTGG-----CATCGCG------Tgtggtattgcgtgtgcctgt
gi|108929                     :                      tctccatcgtgctatcgTGCCATCGCACCA-T--CACCAACGTG-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------A--------G-----C-----A-T----C--------G--C--------CTTCCTG-------CATgtgcctgt
gi|108870                     :                               tcgtcatcgGTCATCGTGCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATGGTGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-ttaagtgggattattataatagtatcggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcaatcaacttgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattaaagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttctttttctccttcttgttcttct
gi|108882                     :                                        GTCATCTTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTA--------CCAT--------C--------G---------------------------------------------------------C--------CATCGTG------CTATCGG--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCAT--TGC--------C--TTCCTGTt
gi|108878                     :                                        GTCATCGTACCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTC--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------T--------CT--------AT--CGA------A--G---CATCGa
gi|108889                     :                                        GTCATCATGTCA-T--T--------GCTCCAT--------CACCCT--------C--------GTG--------CTAC--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----G-T----C--------A--A--------CATCGTG------TTGTTGT--------G--------CT--------GTTGC--------A--A---CATccttcctgtacttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108890                     :                                         TCATCGTGTCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTGTCATCA--TCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGgccttcctgt
gi|108893                     :                                         TCATCGTGCTA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TTATCAT--------A--------GC--------AT--C--------A--C---CCTCCTG-
gi|108902                     :                                         TCGTTGTTTCA----C--------G-----T-------------T--------C--------GTA--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----T-----T-T----C--------A--C--------CATCGTA------CCATCGC--------G--------TT--------TT--C--------A--T---CATCGTA-CCATCGCGCTTTC--ACCATTGTAC--------C--ATCGTGt
gi|108899                     :                                catcgtacaaCATCGTGTCA-T--C--------A-----T--------CA---T--------C--------GTG--------C-----------------------------------------------------C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCTAT--CAC--------C--ATCGTGTaacgggattc
gi|108925                     :                                          CATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108924                     :                                          CATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108812                     :                                          CATCGTGTCA-TCGC--------G-----T--------CA---T--------C--------GT----------CAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108840                     :                         tggcgtcgctccctcacCATCGTGTCA-T--C--------GCG---T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------A--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------
gi|108896                     :                         tggcatcgcttcatcacCATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------C---------------------------------------------------------------------------------------CATCGTG------CCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CGT--------C--ATCGTG
gi|108882                     :                                          CATCGTACCA-T--C--------G-----C--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------G--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--C--------A--ctat
gi|108897                     :                          gtcatcttaccatcacCATCGTGTCA-T--C--------G-----T---------A---T--------C---------------------AT--------C--------G--------C--------G--------C-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-tggcattgccttcctgta
gi|108919                     :                            catcgctccatcacCATCGCTCCA-T--C--------A-----C--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGt
gi|108922                     :                gtaatatcgtcatcgtgctatcgtagCATCGTGTCA-T--C--------A-----C--------GA---T--------T--------GTA--------CCAT--------C--------G--------T--------A--------T-----T-----G-T----C--------G--C--------
gi|108911                     :                    ccatcacaatcttgctattgtacATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTGT--------C--------G--------T--------GGCATCGCTT-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCTATgtatttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108909                     :                                           ATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------
gi|108905                     :                                           ATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------TAGC-----A--------T-----CGCTCAA-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCTATatcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108907                     :                                           ATCGCGTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------T--------AGCATCGCTC-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCATG------TCATCGTGTC-----A--------TTGCGTC---AT--C--------G--T---CATCGTG-CTAT
gi|108912                     :                                           ATCGTGTTA-T--C--------A-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TTTT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----CGCTCCATCA--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--T---CATCG
gi|108808                     :                                               TGTCA-T--C--------G-----TAG------CA---T--------C--------GCT--------CCAT--------C--------A--------C-----------------------C-----A-T----C--------A--TGT------CATCGTG------TCATTGC--------G--------TC--------AT--C--------G--T---CATCGTG-CTATCGTGTCATCGTACCAT--CAC--------C--ATCATGT
gi|108869                     :                                                GTCA-T--C--------G-----TGC------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108879                     :                                                GTCA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------ACC--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCAT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGCGTCAT--TGT--------C--ATCG
gi|108928                     :                                                  CA-T--C--------G-----TGC------TA---T--------C--------GTG--------CTAT--------T--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TT--------AT--C-----------CTGGCATCGCG-
gi|108922                     :                                              tctcCA-T--C--------A-----C--------AA---T--------C--------TTG--------CTAT--------T--------G--------T---------------------------------------------A--C--------CATCGTG------TC--------------------------------AT--C--------A--C---GATTGTA-CCATCGTATTGTCGCGtgtgcctgt
gi|108919                     :                                                  cA-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------AGCATCGCTC-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--T---CATCGtatttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108929                     :                                               gtaat-T--C--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------C--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CAACGTG------TCATCGT--------G--------CT--------AT--CGT------A--G---CATCG
gi|108922                     :                                                    -T--T--------G-----C--------TA---T--------T--------GTA--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------GATTGTA------CCATCGT--------A--------TT--------GT--C--------G--C---ccttcctgcatttaagtgggattattataatagtatcggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcaatcaacttgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattaaagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttctttttctccttcttgttcttct
gi|108876                     :                                              ccatcacaatc--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTgtatttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108868                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108827                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CTTCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108873                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCAACGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108799                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTA--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------C-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACT--------AT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108867                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTtatcgtact
gi|108880                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------A--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATTATG-CTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--
gi|108872                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CGT--------C--ATCGTG
gi|108866                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CGT--------C--ATCGTG
gi|108831                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108800                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108884                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------C--------T--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGC--------T--------CA--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCATG-CAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108826                     :                                                         --------G-----T--------AA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----T--------G--C--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACTATC--ACCAT--C
gi|108874                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------CTAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--T--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGg
gi|108802                     :                                                         --------G-----T--------CA---T--------C--------GTG--------TCAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATTGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108825                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------T--------GTG--------CTGT--------C--------G--------T--------G--------G-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCAT--
gi|108803                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTA--------GCAT--------C--------G--------C-----------------T-----C-----AAT----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTtgc
gi|108837                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTA--------CCAT--------C--------------------------A--------C-----C-----A-T----T--------ATGC--------TATCGTA------CTATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATTGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------
gi|108806                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------GTA--------CCAT--------C--------A--------C-----------------------C-----A-T----C--------A--TGT------CATCGTG------TCATCGC--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGT
gi|108889                     :                                                        t--------G-----T--------CA---T--------C--------ATG--------TCAT--------T--------G--------C--------T--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CCTCGTG------CTACCGT--------G--------CC--------GT--C--------A--A---CATCGTG-TTGTTGTGCTGTTGCAACAT---GC--------C--TTCCTGTg
gi|108909                     :                                                                                 A---T--------C--------GTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCG
gi|108844                     :                                                                                atggcacgatgacgatgacgcgatTG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCATG-ATATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108832                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCAT--------A--------CTATCGTGCCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCAT--CGC--------catcgtttaaat
gi|108819                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------TT--------AT--C--------A--C---CATTGTG-TCATCGTGCTATCTAGGCAT--C
gi|108821                     :                                                                                                        TG--------CCAT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATC--ACCAT--Cg
gi|108823                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATCGTGCCAT--C--------A--C---CATCGCG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------g
gi|108813                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATCGTGCCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGT
gi|108795                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATCGTGCCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGTatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108804                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108838                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CT--------AT--CGT------G--C---TATC--A-CCATCGTGTTATCGTGGCAT--CGC--------C--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108830                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTATCGTGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------
gi|108797                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TTATCGT--------A--------CTATCGTGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------
gi|108810                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT-----------------------------ATCGTG-CCATC--ACCATCGTGTCAT--CGTGG------C--ATCG
gi|108805                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTGTCGTGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGT
gi|108796                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTGTCGTGTCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGTa
gi|108843                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------T--------G--------T--------A--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TTATCGT--------A--------CT--------AT--CGT------G--C---CATC--A-CCATTGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------a
gi|108841                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCATG------ATATCGT--------A--------CT-----------------------------ATCGTG-CCATC--ACCATCGTGTCAT--C
gi|108842                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGC--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CAC--------gt
gi|108815                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGC--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--
gi|108817                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCCATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGtgc
gi|108854                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATTGTG------CTATCGT--------A--------CT-----------------------------GCCGTG-CCATC--ACCATTGTGTCAT--
gi|108822                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCTCG------CTATCGT--------A--------CTATCATGCCAT--C--------A--C---CATCGTG-CCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------CTTATTGTATtgcgtg
gi|108798                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGTGTCATCGCG--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCAT--CGC--------ttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108848                     :                                                                                                        TG--------CCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTGTCGTACCAT--C--------A--A---CATCGTT-TCACCGTGTTATCGTAGGAT--CGC--------C--TTC
gi|108850                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------C-----------------T-----C-----AAT----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTGTCATGC-AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTGTCTT--CGT--------C--ATCGaagtattcggagttatttcataattatat
gi|108806                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCATG------TCATCGT----------------------------------------G--T---CATCGCG-TCATC--ACCATCGTGTCAT--C
gi|108801                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------G--CGT-CATCGT---CATCGTGCCATCGTGCCAT--Cgtg
gi|108824                     :                                                                                                        TG--------TCAT--------C-----------------T--------G--------C-----A-----A-T----C--------A--A--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CTTTTGTGCCAT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCGT--CGT--------C--TTCCTGT
gi|108928                     :                                                                                                          --------CCAT--------C--------G--------T--------G---------------------------------------C--------TATCGTG------CTATTGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTTATCCTGGCAT--CGC--------a
gi|108909                     :                                                                                                                tctTAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATgtgtgcctgt
gi|108870                     :                                                                                                                    AT--------C--------G--------T--------G--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATGGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTtcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108925                     :                                                                                                                 gtcAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108924                     :                                                                                                                   cAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATCGT--------G--------TC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCG
gi|108840                     :                                                                                                                   cAT--------C--------G--------C--------T--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCG--------------------------------C--------G--T---CATCGTG-CTATCAT--------GTCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108851                     :                                                                                                                tggcAT--------C--------G--------C--------T--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CT--------GT--C--------ATGC---CATC--A-CCATCATGTAATCGCTCCAT--CAC--------C--ATCGTGcatcgtaccatc
gi|108890                     :                                                                                                                tgtaAT--------C--------G--------T--------G--------T-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTGTCATCATCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATTGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCGctatcgtactgtcg
gi|108897                     :                                                                                                                  tcAT--------C--------G--------C--------T--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------TC--------ATCGC--------G--C---CATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108878                     :                                                                                                                   cAT--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTC------CTATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTTCTATCGAAGCAT--CGC--------C--TTCCTGT
gi|108893                     :                                                                                                                 gtcAT--------C--------G--------T--------G--------C-----T-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCATA-----G---CAT--CAC--------C--CTCCTGTacttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108907                     :                                                                                                                  tcAT--------C--------G--------C--------G--------T-----C-----A-T----C--------G--T--------CATCGTG------TCATCGT--------AGCATCGCTCC--------AT--C--------A--C---CATCATG-TCATCGTGTCATTGCGTCAT--CGT--------C--ATCGTG
gi|108912                     :                                                                                                                    AT--------C--------G--------T--------G--------T-----T-----A-T----C--------A--T--------CATCGTG------TTTTCGT--------G--------CC--------AT--C--------GCTC---CATC--A-CCATCGTGTCATCGTGTCAT--CGT--------C--ATCGctat
gi|108853                     :                                                                                                                    AT--------C--------G--------C--------T--------C-----C-----A-T----T--------A--C--------CATTGTG------CTATCGT--------AATGTCGTGCC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTTATCGTG
gi|108814                     :                                                                                                                  tgac--------C--------G--------T--------A--------C-----C-----A-T----C--------A--C--------CATCGTG------CTATCGT--------A--------CT--------AT--CGCGTCATCA--C---CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTTGCAT--CGC--------C--TTCgtattgcgtgtgcctgt
gi|108929                     :                                                                                                                                                                         tgtcaa-T----C--------G--T--------CATCGTG------CCATCGC--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CAACGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCAT--CGC--------C--TTCCTGcagta
gi|108911                     :                                                                                                                                                                                                           ATCGCG------TCATCGT-----------------------------------------------CATCGTG-CTGTCGTGGCATCGCTTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatttaagtgggattattataatagtatcggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcaatcaacttgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattaaagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttctttttctccttcttgttcttct
gi|108909                     :                                                                                                                                                                                                           ATCGTG------CCATCGT--------G--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TC-----ATCGTACCAT--CAC--------C--ATCGcatcgtgtcatcgcgtcatcgtcatcgtgctat
gi|108905                     :                                                                                                                                                                                   atggcacgatgacgatgacgcgatATCGCG------TCATCGT-----------------------------------------------CATCGTG-TCATCGTAGCATCGCTCAAT--CAC--------C--ATCGTGT
gi|108832                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCATACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgtcatcgcgtcatcgtcatcgtgctat
gi|108823                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGCGTcatcgtgctatcatggcatcgc
gi|108813                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcatcgc
gi|108795                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtagcatcgccttcctgtatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108809                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCATACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCTTGTcatcgtgctatcgtagcatcgccttcctgtatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108838                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCTAT--CAC--------C--ATCGTGTctgtctgctatcgtagcatcgccttcctgtatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108830                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTtatcgtggcatcgccttcctgt
gi|108797                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcatcgc
gi|108825                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATTGT--------G--------CT--------GT--C--------G--TGG-CATCGT---CATCGTGCTATCGTGTTAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcatcgc
gi|108810                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcatggcattgc
gi|108805                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtggcatcg
gi|108796                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtagcatcgccttcctgta
gi|108829                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATTGC--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtagcatcgccttcctgta
gi|108851                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TAATCGC--------T--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCATGCCAT--CAC--------C--ATCATGTcatcgtgctatcgtagcattgccttcctgcatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108843                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATTGT--------A--------CT--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATTGTGaatcgctccatcaccatcgtgctatcgtactgtcg
gi|108841                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCATG-ATATCGTACTATCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTctatcgtggcatcgc
gi|108815                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG----TCAT-----CGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgt
gi|108814                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCAACGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcattgc
gi|108854                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATTGTG-CTATCGTACTGCCGTGCCAT--CAC--------C--ATTGTGTcatcgtgctatcgttgcatcgccttccagta
gi|108822                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCTCG-CTATCGTACTATCATGCCAT--CAC--------C--ATCGTGcattgcgtg
gi|108837                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATTATG-CTATCGTACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATTGTGTccatcgtgctatcgtagcatcgccttattgtatttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108839                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATTGA--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCATG-CTATCATACTATCGTGTCAT--CAC--------C--ATCGCGTcatcgtgctatcgtggcatcgc
gi|108798                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcatc
gi|108848                     :                                                                                                                                                                                                               TG------CCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCGTACCAT--CAA--------C--ATCGTcatcgtgctatcgtggcatcgc
gi|108849                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TAATCGC--------T--------CC--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCGTGCTGT--CAC--------C--ATCGTGTttcaccgtgttatcgtaggatcgccttcaagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGC--------T--------CA--------AT--C--------A--C---CATCGTG-CTATCGTACTGTCATG-CAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgttatcgtggcatcgc
gi|108806                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATCGT--------A--------CC--------AT--C--------A--C---CATCATG-TCATCGTGTCATCGCGTCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgtcttcgtcatcg
gi|108824                     :                                                                                                                                                                                                               TG------TCATC-T--------G--------CA--------AT--C--------A--A---CATCGTG-CTATCGTACTTTTGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtg
gi|108853                     :                                                                                                                                                                                                               TG------ACATCGC--------T--------CC--------AT--T--------A--C---CATTGTG-CTATCGTAATGTCGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgctatcgtggcgtcgtcttcctgta
gi|108919                     :                                                                                                                                                                                                                            GT--------A--------AT--------AT--C--------G--T---CATCGTG-CTATCGTAGCATCGCTCCAT--CAC--------C--ATCGTGTcatcgtgttatcgtggtattgcgtgtgcctgt
gi|108922                     :                                                                                                                                                                                                                                       --------CC--------AT--C--------A--C---AATCTTG-CTATTGTACCATCGTGTCAT--CACGATTGTACC--ATCGTATcatcgtgtcatcgtcatcg
gi|108928                     :                                                                                                                                                                                                                                                          T--C--------T--C---CATCGTG-CTATCGTGCTATTGTGCCAT--CAC--------C--ATCGTGTtgtcgcgtatttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|108934 ): AGGTATCTAGCTGTGTTTGGGTGTTTGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTAGATATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATGAGAAACTGTATATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTTTTTCTGCTTCTTCTTCTTATT
Unaligned ( gi|108935 ): TGTGTGTGTATGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATAAGAAACTGTGTATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTTTTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108947 ): GTTTAAATATGCATATTATTGCAACATTGTACTTTGATGAGAAACTATGTATAGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTTGTTCTAATTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108936 ): TGTGTGTGTGTATGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATATGTTTAATAATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTGTAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108941 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTATAACATTGTAATTTGATGAGAAACGATGTATAGTTTAAATCAATTAAATATTCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCTTATTCT
Unaligned ( gi|108937 ): TGTGTGTGTGTGTTTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTTCATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108940 ): GTGCGTGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTAATGTGTTTATGTGCTTAACTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTT
Unaligned ( gi|108939 ): TGCGTGCGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTGTAATCATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108942 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACATTGTTATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTTCT
Unaligned ( gi|108945 ): TGCATACTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATTTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGCGAAACTATGTATAGATTAAATCAATAAAATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                     55555555555555  111          111111 0 8888888888888888888888888 00     00       111   11111111 22222   333333333 11111111   11 11 00 33       22               5     00  11       
lowQualScore                  :                                     ..............  ...          ...... . ......................... ..     ..       ...   ........ .....   ......... ........   .. .. .. ..       ..               .     ..  ..       
lowQualScore                  :                                     11111111111111  000          333333 5 8888888888888888888888888 66     66       555   55555555 11111   111111111 55555555   22 22 66 55       44               2     88  11       
consensus                     :                     TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
Reference ( family-218 )      :                     TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CCATCGTGCTATCGTGCCATCG--CC--ATCGTGT
gi|108795                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATC--------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108796                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C----------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108797                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------T--ATCAC--CATCGTG---TTA--------T-----CGT--------ACTATCGTGTCAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ca
gi|108798                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGTGTCATCGCGT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108799                     :                     TATCATCGCGCCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-TTATCGTACT
gi|108800                     :             tgtcatcgTGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108801                     :                                                   tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCCATCGTGCCATC
gi|108802                     :                     TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108803                     :                            tgtcatcgG--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------A--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108804                     :                                                          tTGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108805                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C----------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108806                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108807                     :                     TGTCATTGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G------------------------------------------TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtg
gi|108808                     :                     TGTCATCGTAGCATCG--------C-----T---------CCATC------A-------------------C-------C--ATCATGTCATCGTG---TCA--------T-----TGC--------GT--------CAT--C--G--T--CATCGTG-CTATCGTGTCATCGTACCATCA--CC--ATCATGT
gi|108809                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCATACTATCGTGCCATCA--CC--ATCTTGT
gi|108809                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCTTGTCTGTC-TGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTctgtctgctatcgtagcatcgccttcctgtatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108810                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108811                     :                     TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC----------------------------------------AC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtggcatcg
gi|108812                     :                     TGGCGTCGCTCCCTCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------C--ATCGT--CATCGTG---T-------------------------------------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108812                     :                        CATCGTGTCATCG--------CGT---CA---TCGT--CATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108813                     :    tggcgtcgctccctcacTGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATC--------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108814                     :                     TGTCAACGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-------------------------------AC--TATCGCG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTTGCATCG--CC--TTCatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108815                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATTG--Ccagta
gi|108816                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--------------G-TCATCGTGCTATCGTGTCATCA--TC--ATCGTGT
gi|108817                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCCATCGTGCCATCA--CC--ATCG
gi|108818                     :                     TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCG
gi|108819                     :             tgtcatcgTGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------T--ATCAC--CATTGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------TAT--C--c
gi|108820                     :                     TGCTATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------C--ATCGT--CATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--T--CATCGTG-TCATCGTACCATC--ACCATCG--taggcatcg
gi|108820                     :                     TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAT--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108821                     :                                     tgctatcgtactatcaccatcgTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATC--ACCATCG--
gi|108822                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCTCGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATCA--------------------------------T--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CCTTATTGTAT
gi|108823                     :                     TGTCATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATC--------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGCG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCG--Cttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108824                     :                                                           TGTCATC--------T--------G--------C-------A--ATCAA--CATCGTG---CTA--------T-----CGTACTTTTGTGC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCGTCG--TC--TTCCTGT
gi|108825                     :                                    G--------T-----CA---TTGTGCTGTC------G-T--------G--------G-------C--ATCGT--CATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCATTG--Ca
gi|108826                     :                    tTGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCG
gi|108827                     :                            tgtaatcgG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CTTCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108828                     :                    tTGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATC
gi|108829                     :                     TGTCATTGCACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------T--ATC--------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATTG--CC--TTCCTG
gi|108830                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-------------------------------AC--TATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ccatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108831                     :                     TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108832                     :                                                   tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------T--ATCAC--CATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCATCG--C
gi|108833                     :                     TGTCATCATACCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------C--ATTGT--CATCGTG---CCA--------T-----CGT--------AT--------CAT--C--A--C--CATTGTG-CTATCGTGCTATCGTGGCATCG--CC--
gi|108834                     :                     TGCCATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCGT--CATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTACTATC--ACCATCG--tttcttat
gi|108835                     :                     TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCATACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108837                     :                     TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TTATGCTATC------G-T-------------------------------AC--TATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATTGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108838                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108838                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---CTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--TATC--A-CCATCGTGTTATCGTGGCATCG--CC--TTCCTGTtatcgtggcatcgccttcctgt
gi|108839                     :                     TGTCATTGAACCATCA--------C-----CA---TCATGCTATC------A-T-------------------------------AC--TATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGCG-TCATCGTGCTATCGTGGCATC
gi|108840                     :                     TGGCATCGCTTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G--------------------------------CGT--CATCGTG---CTA--------T-----CAT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTACCATC
gi|108841                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATG-ATATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108842                     :                                                           TGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCGTGGCATCA--Ccatcgt
gi|108843                     :                                                           TGTCATT------G-T--------A--------C-------T--ATCAC--CATCGTG---TTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--CATC--A-CCATTGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108844                     :                                                           TGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATG-ATATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108845                     :                     TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TGGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--TATCGTG---TCA--------T-----TGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--catcgtttaaat
gi|108848                     :                                                           TGCCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---CTATCGTACTGT-----CGT--------AC--------CAT--C--A--A--CATCGTT-TCACCGTGTTATCGTAGGATCG--CC--TTC
gi|108849                     :                     TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C----------------------TG---TC----------------GT--------GC--------TGT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTTATCGTGGCATCG--Caagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                     TGTCATCGCTCAATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------CTGTCATGC--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CTT--C--G--T--CATCG
gi|108851                     :                     TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCATG--------C-------C--ATCAC--CATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTGTCG
gi|108852                     :                     TGTAATCGCTCCATTA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCGTG--------C-------T--ATCAA--CATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTGTCATGCCATCA--CC--ATCATGT
gi|108853                     :                     TGACATCGCTCCATTA--------C-----CA---TTGTGCTATC------G-T--------A------------------------------ATG---TC----------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTTATCGTGGTATTG--Ca
gi|108854                     :                                                                                                                   TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTGTG-CTATCGTACTGCCGTGCCATCA--CC--ATTGTGTgtgtgcctgt
gi|108856                     :                     TGTCATCGCATCATCGTGATTTCAC-----CA---TCGTGCCATC------GTT--------G--------T-------T---TCAT--CATCGTG---CCA--------T-----CGT--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTA-CCATCGTACCATCGCGCcattgcgtg
gi|108866                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGtttc
gi|108867                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108868                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-TTATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108869                     :                              GTCATCGTG------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108870                     :                                                            GTCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATGGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108872                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108873                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108874                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAT--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGCGTCATC--ACCATCG--
gi|108876                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108878                     :                                                            GTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTC---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTTCTATCGAAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108879                     :                              GTCATCG--------T-----CA---TCACCCCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CAT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGCGTCAT--TGTCATCG--acttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108880                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCTATC------A-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTATG-CTATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--
gi|108882                     :                      GTCATCTTACCATCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G----------------------------------C--CATCGTG---CTA--------T-----CGG--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGCTATCATGGCATTG--CC--TTCCTGT
gi|108884                     :                                    G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-C--------T--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGC--------TC--------AAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTGTCATG-CATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108889                     :                                    G--------T-----CA---TCATGTCATT------G-C--------T--------C-------C--ATCAC--CCTCGTG---CTA--------C-----CGT--------GC--------CGT--C--A--A--CATCGTG-TTGTTGTGCTGTTGCAACAT-G--CC--TTCCTGT
gi|108890                     :                       TCATCGTGTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATCATCATCG-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108893                     :                       TCATCGTGCTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TTA--------T-----CAT--------AG--------CAT--C--A--C--CCTCCTG-
gi|108896                     :                        CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C----------------------------CA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGt
gi|108897                     :                                                              CATC------G-C--------T--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AT--------CATCGC--G--C--CATCGT---CATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGTctat
gi|108899                     :                                CATCG--------TGT---CA---TCAT--CATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-CTATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108902                     :                        CATCGTACAATCG--------TTGTTTCACGTTCGTACCATC------G-T--------G--------T-------T--TTCAC--CATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTA-CCATCGCGCTTTC--ACCATTGTACC--ATCGTG
gi|108905                     :                         ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-TAGCATC--G--------C-------TCAATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCTATaacgggattc
gi|108907                     :                         ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------AGCATCGCTC-------C--ATCAC--CATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATCGT---CATCGTGCTAT
gi|108909                     :                         ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCAT
gi|108909                     :                                                    A---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGatcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108911                     : atggcacgatgacgatgacgcgatATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTGTC------G-T--------GGCATCGCTT-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATCGT---CATCGTGCTAT
gi|108912                     :                                                               ATC------G-T--------G--------T-------T--ATCAT--CATCGTG---TTT--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--GCTC--CATC--A-CCATCGTGTCATCGTGTCATCG--TC--ATCG
gi|108919                     :                             CGTCATCGTG------C-----TA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--T--CATCG
gi|108922                     :                        gtaatatCCATCA--------C-----AA---TCTTGCTATT------G-T-------------------------------AC--CATCGTG---T-------------------------------------CAT--C--A--C--GATTGTA-CCATCGTATTGTCGCG
gi|108924                     :                        CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGtatttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108925                     :                        CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------C--ATCAC--CATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108928                     :                                                             CCATC------G-T--------G--------C-------T--ATC--------GTG---CTA--------T-----TGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTG-TCATCGTGTTATCCTGGCATCG--C
gi|108929                     :                                                                                                     tctTCGT--CATCGTG---CCA--------T-----CGC--------AC--------CAT--C--A--C--CAACGTG-TCATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGgtgtgcctgt
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|108934 ): AGGTATCTAGCTGTGTTTGGGTGTTTGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTAGATATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATGAGAAACTGTATATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTTTTTCTGCTTCTTCTTCTTATT
Unaligned ( gi|108935 ): TGTGTGTGTATGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATAAGAAACTGTGTATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTTTTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108947 ): GTTTAAATATGCATATTATTGCAACATTGTACTTTGATGAGAAACTATGTATAGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTTGTTCTAATTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108936 ): TGTGTGTGTGTATGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATATGTTTAATAATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTGTAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108941 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTATAACATTGTAATTTGATGAGAAACGATGTATAGTTTAAATCAATTAAATATTCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCTTATTCT
Unaligned ( gi|108937 ): TGTGTGTGTGTGTTTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTTCATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108940 ): GTGCGTGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTAATGTGTTTATGTGCTTAACTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTT
Unaligned ( gi|108939 ): TGCGTGCGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTGTAATCATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108942 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACATTGTTATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTTCT
Unaligned ( gi|108945 ): TGCATACTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATTTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGCGAAACTATGTATAGATTAAATCAATAAAATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                           55555555555555  111          111111 0 7777777777777777777777777             111   11111111 22222   33333333  11111111   22 11 00 22         0              1     11  11       
lowQualScore                  :                                           ..............  ...          ...... . .........................             ...   ........ .....   ........  ........   .. .. .. ..         .              .     ..  ..       
lowQualScore                  :                                           11111111111111  000          333333 5 8888888888888888888888888             555   55555555 11111   11111111  55555555   33 22 66 99         5              7     55  11       
consensus                     :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
Reference ( family-218 )      :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
gi|108795                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108796                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108797                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------ACTATCGTGTCAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ca
gi|108798                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGTGTCATCGCGT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108799                     :                           TATCATCGCGCCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACT
gi|108800                     :                   tgtcatcgTGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108801                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATC
gi|108802                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108803                     :                                  tgtcatcgG--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------AATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108804                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108805                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108806                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108807                     :                           TGTCATTGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G--------------------------------------TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtg
gi|108808                     :                                          G--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCGTACC--ATC
gi|108809                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCTTGTCTGTC-TGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTaccatcatgt
gi|108810                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108811                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC--------------------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtggcatcg
gi|108812                     :                           TGGCGTCGCTCCCTCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---T-------------------------------------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108812                     :                              CATCGTGTCATCG--------CGT---CA---TCGT--CATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108813                     :          tggcgtcgctccctcacTGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108814                     :                           TGTCAACGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGCG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTTGCATCG--CC--TTCatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108815                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATTG--Ccagta
gi|108816                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--------------GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--TC--ATCGTGT
gi|108817                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATCA--CC--ATCG
gi|108818                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCG
gi|108819                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCTAGGCATCG--c
gi|108820                     :                           TGCTATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--T--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108820                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108821                     :                                           tgctatcgtactatcaccatcgTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATC--ACCATCG--
gi|108822                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCTCGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCA------------------------------T--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CCTTATTGTAT
gi|108823                     :                           TGTCATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Cttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108824                     :                                                                 TGTCATC--------T--------G--------C-------AATCAACATCGTG---CTA--------T-----CGTACTTTTGTGC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCGTCG--TC--TTCCTGT
gi|108825                     :                                          G--------T-----CA---TTGTGCTGTC------G-T--------G--------G-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--Ca
gi|108826                     :                                                                                                                                                                                  tTGTA-ATCGTGTCATCGCGTCATTG--CC--ATCGTG
gi|108826                     :                           TGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGctatcgtgtcatcaccatcgtgtcatcgtactatcaccatcg
gi|108827                     :                                  tgtaatcgG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCTTCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108828                     :                          tTGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATC
gi|108829                     :                           TGTCATTGCACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATTG--CC--TTCCTG
gi|108830                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ccatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108831                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108832                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATCG--C
gi|108833                     :                           TGTCATCATACCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATTGTCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------AT--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--CC--
gi|108834                     :                           TGCCATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATC--ACCATCG--tttcttat
gi|108835                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCATACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108837                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TTATGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108838                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108838                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--TATC--ACC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--CC--TTCCTGTtatcgtggcatcgccttcctgt
gi|108839                     :                           TGTCATTGAACCATCA--------C-----CA---TCATGCTATC------A-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATC
gi|108840                     :                           TGGCATCGCTTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G------------------------------CGTCATCGTG---CTA--------T-----CAT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC
gi|108841                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108842                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCA--Ccatcgt
gi|108843                     :                                                                 TGTCATT------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--CATC--ACC-ATTGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108844                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108845                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TGGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACTATCGTG---TCA--------T-----TGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--catcgtttaaat
gi|108848                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTATCGTACTGT-----CGT--------AC--------CAT--C--A--A--CATCGTTTC-ACCGTGTTATCGTAGGATCG--CC--TTC
gi|108849                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GC--------TGT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--Caagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                           TGTCATCGCTCAATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------CTGTCATGCATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CTT--C--G--T--CATCG
gi|108851                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCATG--------C-------CATCACCATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCG
gi|108852                     :                           TGTAATCGCTCCATTA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCGTG--------C-------TATCAACATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATGCCATCA--CC--ATCATGT
gi|108853                     :                           TGACATCGCTCCATTA--------C-----CA---TTGTGCTATC------G-T--------A--------------------------ATG---TC----------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGTATTG--Ca
gi|108854                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTACTGCCGTGCCATCA--CC--ATTGTGTgtgtgcctgt
gi|108856                     :                           TGTCATCGCATCATCGTGATTTCAC-----CA---TCGTGCCATC------GTT--------G--------T-------T-TCATCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGTACCATCGCGcattgcgtg
gi|108866                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGctttc
gi|108867                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108868                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108869                     :                                    GTCATCGTG------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108870                     :                                                                  GTCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATGGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108872                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108873                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108874                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCG------CGT--CATCA--CC--ATCG
gi|108876                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108878                     :                                                                  GTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTC---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTTCTATCGAAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108879                     :                                    GTCATCG--------T-----CA---TCACCCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CAT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGCGTCAT--TGTCATCG--acttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108880                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------A-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTATGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--
gi|108882                     :                            GTCATCTTACCATCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G--------------------------------CCATCGTG---CTA--------T-----CGG--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--CC--TTCCTGT
gi|108884                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-C--------T--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------TC--------AAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATG-CATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108889                     :                                          G--------T-----CA---TCATGTCATT------G-C--------T--------C-------CATCACCCTCGTG---CTA--------C-----CGT--------GC--------CGT--C--A--A--CATCGTGTT-GTTGTGCTGTTGCAACAT-G--CC--TTCCTGT
gi|108890                     :                             TCATCGTGTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATCATCATCG-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108893                     :                             TCATCGTGCTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TTA--------T-----CAT--------AG--------CAT--C--A--C--CCTCCTGT
gi|108896                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108897                     :                                                                    CATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AT--------CATCGC--G--C--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGTctat
gi|108899                     :                                      CATCG--------TGT---CA---TCAT--CATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108902                     :                              CATCGTACAATCG--------TTGTTTCACGTTCGTACCATC------G-T--------G--------T-------TTTCACCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGCGCTTTC--ACCATTGTACC--ATCGTG
gi|108902                     :                              CATCGTGTTTTCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G-C--------G--------T-------TTTCATCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GC--------TTT--C--A--C--CATTGTACC-ATCGTGaacgggattc
gi|108905                     : catcgtacaatcgttgtttcacgttcgtacATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------G-------CATCGC----------TCA------------------------------------AT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGaacgggattc
gi|108907                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------AGCATCGCTC-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATctat
gi|108909                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCAT
gi|108909                     :                                                          A---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGatcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108911                     :       atggcacgatgacgatgacgcgatATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTGTC------G-T--------GGCATCGCTT-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTAT
gi|108912                     :                                                                     ATC------G-T--------G--------T-------TATCATCATCGTG---TTT--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--GCTC--CATC--ACC-ATCGTGTCATCGTGTCATCG--TC--ATCG
gi|108919                     :                                   CGTCATCGTG------C-----TA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--T--CATCG
gi|108922                     :                              gtaatatCCATCA--------C-----AA---TCTTGCTATT------G-T-----------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CAC--------G----------ATTGT--A--C--CATCGTATT-GTCGCG-TAT
gi|108924                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108925                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108928                     :                                                                   CCATC------G-T--------G--------C-------TATC------GTG---CTA--------T-----TGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCCTGGCATCG--C
gi|108929                     :                                                                                                         tctTCGTCATCGTG---CCA--------T-----CGC--------AC--------CAT--C--A--C--CAACGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGgtgtgcctgt
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|108934 ): AGGTATCTAGCTGTGTTTGGGTGTTTGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTAGATATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATGAGAAACTGTATATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTTTTTCTGCTTCTTCTTCTTATT
Unaligned ( gi|108935 ): TGTGTGTGTATGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATAAGAAACTGTGTATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTTTTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108947 ): GTTTAAATATGCATATTATTGCAACATTGTACTTTGATGAGAAACTATGTATAGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTTGTTCTAATTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108936 ): TGTGTGTGTGTATGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATATGTTTAATAATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTGTAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108941 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTATAACATTGTAATTTGATGAGAAACGATGTATAGTTTAAATCAATTAAATATTCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCTTATTCT
Unaligned ( gi|108937 ): TGTGTGTGTGTGTTTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTTCATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108940 ): GTGCGTGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTAATGTGTTTATGTGCTTAACTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTT
Unaligned ( gi|108939 ): TGCGTGCGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTGTAATCATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108942 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACATTGTTATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTTCT
Unaligned ( gi|108945 ): TGCATACTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATTTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGCGAAACTATGTATAGATTAAATCAATAAAATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                           55555555555555  111          111111 0 7777777777777777777777777             111   11111111 22222   33333333  11111111   22 11 00 22         0              1     11  11       
lowQualScore                  :                                           ..............  ...          ...... . .........................             ...   ........ .....   ........  ........   .. .. .. ..         .              .     ..  ..       
lowQualScore                  :                                           11111111111111  000          333333 5 8888888888888888888888888             555   55555555 11111   11111111  55555555   33 22 66 99         5              7     55  11       
consensus                     :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
Reference ( family-218 )      :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
gi|108795                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108796                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108797                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------ACTATCGTGTCAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ca
gi|108798                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGTGTCATCGCGT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108799                     :                           TATCATCGCGCCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACT
gi|108800                     :                   tgtcatcgTGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108801                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATC
gi|108802                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108803                     :                                  tgtcatcgG--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------AATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108804                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108805                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108806                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108807                     :                           TGTCATTGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G--------------------------------------TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtg
gi|108808                     :                                          G--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCGTACC--ATC
gi|108809                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCTTGTCTGTC-TGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTaccatcatgt
gi|108810                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108811                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC--------------------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtggcatcg
gi|108812                     :                           TGGCGTCGCTCCCTCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---T-------------------------------------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108812                     :                              CATCGTGTCATCG--------CGT---CA---TCGT--CATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108813                     :          tggcgtcgctccctcacTGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108814                     :                           TGTCAACGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGCG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTTGCATCG--CC--TTCatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108815                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATTG--Ccagta
gi|108816                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--------------GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--TC--ATCGTGT
gi|108817                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATCA--CC--ATCG
gi|108818                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCG
gi|108819                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCTAGGCATCG--c
gi|108820                     :                           TGCTATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--T--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108820                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108821                     :                                           tgctatcgtactatcaccatcgTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATC--ACCATCG--
gi|108822                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCTCGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCA------------------------------T--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CCTTATTGTAT
gi|108823                     :                           TGTCATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Cttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108824                     :                                                                 TGTCATC--------T--------G--------C-------AATCAACATCGTG---CTA--------T-----CGTACTTTTGTGC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCGTCG--TC--TTCCTGT
gi|108825                     :                                          G--------T-----CA---TTGTGCTGTC------G-T--------G--------G-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--Ca
gi|108826                     :                                                                                                                                                                                  tTGTA-ATCGTGTCATCGCGTCATTG--CC--ATCGTG
gi|108826                     :                           TGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGctatcgtgtcatcaccatcgtgtcatcgtactatcaccatcg
gi|108827                     :                                  tgtaatcgG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCTTCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108828                     :                          tTGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATC
gi|108829                     :                           TGTCATTGCACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATTG--CC--TTCCTG
gi|108830                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ccatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108831                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108832                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATCG--C
gi|108833                     :                           TGTCATCATACCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATTGTCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------AT--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--CC--
gi|108834                     :                           TGCCATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATC--ACCATCG--tttcttat
gi|108835                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCATACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108837                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TTATGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108838                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108838                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--TATC--ACC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--CC--TTCCTGTtatcgtggcatcgccttcctgt
gi|108839                     :                           TGTCATTGAACCATCA--------C-----CA---TCATGCTATC------A-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATC
gi|108840                     :                           TGGCATCGCTTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G------------------------------CGTCATCGTG---CTA--------T-----CAT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC
gi|108841                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108842                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCA--Ccatcgt
gi|108843                     :                                                                 TGTCATT------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--CATC--ACC-ATTGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108844                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108845                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TGGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACTATCGTG---TCA--------T-----TGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--catcgtttaaat
gi|108848                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTATCGTACTGT-----CGT--------AC--------CAT--C--A--A--CATCGTTTC-ACCGTGTTATCGTAGGATCG--CC--TTC
gi|108849                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GC--------TGT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--Caagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                           TGTCATCGCTCAATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------CTGTCATGCATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CTT--C--G--T--CATCG
gi|108851                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCATG--------C-------CATCACCATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCG
gi|108852                     :                           TGTAATCGCTCCATTA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCGTG--------C-------TATCAACATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATGCCATCA--CC--ATCATGT
gi|108853                     :                           TGACATCGCTCCATTA--------C-----CA---TTGTGCTATC------G-T--------A--------------------------ATG---TC----------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGTATTG--Ca
gi|108854                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTACTGCCGTGCCATCA--CC--ATTGTGTgtgtgcctgt
gi|108856                     :                           TGTCATCGCATCATCGTGATTTCAC-----CA---TCGTGCCATC------GTT--------G--------T-------T-TCATCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGTACCATCGCGcattgcgtg
gi|108866                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGctttc
gi|108867                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108868                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108869                     :                                    GTCATCGTG------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108870                     :                                                                  GTCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATGGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108872                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108873                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108874                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCG------CGT--CATCA--CC--ATCG
gi|108876                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108878                     :                                                                  GTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTC---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTTCTATCGAAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108879                     :                                    GTCATCG--------T-----CA---TCACCCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CAT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGCGTCAT--TGTCATCG--acttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108880                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------A-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTATGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--
gi|108882                     :                            GTCATCTTACCATCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G--------------------------------CCATCGTG---CTA--------T-----CGG--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--CC--TTCCTGT
gi|108884                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-C--------T--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------TC--------AAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATG-CATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108889                     :                                          G--------T-----CA---TCATGTCATT------G-C--------T--------C-------CATCACCCTCGTG---CTA--------C-----CGT--------GC--------CGT--C--A--A--CATCGTGTT-GTTGTGCTGTTGCAACAT-G--CC--TTCCTGT
gi|108890                     :                             TCATCGTGTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATCATCATCG-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108893                     :                             TCATCGTGCTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TTA--------T-----CAT--------AG--------CAT--C--A--C--CCTCCTGT
gi|108896                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108897                     :                                                                    CATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AT--------CATCGC--G--C--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGTctat
gi|108899                     :                                      CATCG--------TGT---CA---TCAT--CATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108902                     :                              CATCGTACAATCG--------TTGTTTCACGTTCGTACCATC------G-T--------G--------T-------TTTCACCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGCGCTTTC--ACCATTGTACC--ATCGTG
gi|108902                     :                              CATCGTGTTTTCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G-C--------G--------T-------TTTCATCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GC--------TTT--C--A--C--CATTGTACC-ATCGTGaacgggattc
gi|108905                     : catcgtacaatcgttgtttcacgttcgtacATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------G-------CATCGC----------TCA------------------------------------AT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGaacgggattc
gi|108907                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------AGCATCGCTC-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATctat
gi|108909                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCAT
gi|108909                     :                                                          A---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGatcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108911                     :       atggcacgatgacgatgacgcgatATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTGTC------G-T--------GGCATCGCTT-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTAT
gi|108912                     :                                                                     ATC------G-T--------G--------T-------TATCATCATCGTG---TTT--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--GCTC--CATC--ACC-ATCGTGTCATCGTGTCATCG--TC--ATCG
gi|108919                     :                                   CGTCATCGTG------C-----TA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--T--CATCG
gi|108922                     :                              gtaatatCCATCA--------C-----AA---TCTTGCTATT------G-T-----------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CAC--------G----------ATTGT--A--C--CATCGTATT-GTCGCG-TAT
gi|108924                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108925                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108928                     :                                                                   CCATC------G-T--------G--------C-------TATC------GTG---CTA--------T-----TGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCCTGGCATCG--C
gi|108929                     :                                                                                                         tctTCGTCATCGTG---CCA--------T-----CGC--------AC--------CAT--C--A--C--CAACGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGgtgtgcctgt


blockSeqs                     :                                           TGATTTCAC       CGT          ATCATC   ACTGTCATGC                            CTA   TCGTACTG ACTAT   GTCATCGC  TATCGTGT   TG GT    GT                        G     TA  TT
blockSeqs                     :                                           TTGTTT          .            .        ACTGTCGTGC                            CTA   .        ACTAT   ACTTTTGT  .          CG GT    GT                        G     TA  . 
blockSeqs                     :                                           CGT             .            .        AGCATCGCTC                            .     .        .       .         .          TG .     GT                        G     .   . 
blockSeqs                     :                                           TGC             .            .        GGCATCGCTT                            .     .        .       .         .          TG .     GT                        C     .   . 
blockSeqs                     :                                           TGT             .            .        ACTGTCATG                             .     .        .       .         .          .  .     GT                        T     .   . 
blockSeqs                     :                                           TGC             .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        TC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        TC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GG                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .   . 
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .     
blockSeqs                     :                                           C               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        TT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         A     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        TC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           C               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        AC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .     
blockSeqs                     :                                           T               .            .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         C     .     
blockSeqs                     :                                                           .            .        TC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                                                        .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         T     .     
blockSeqs                     :                                                                        .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .     
blockSeqs                     :                                                                        .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         G     .     
blockSeqs                     :                                                                        .        AG                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         .           
blockSeqs                     :                                                                        .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                         .           
blockSeqs                     :                                                                        .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        TC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        GT                                    .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        GC                                    .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        A                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                        .        .                                     .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                       .     .        .       .         .          .  .     .                                     


blockSeqCons                  :                           
originalCons                  :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
finalCons                     :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|108934 ): AGGTATCTAGCTGTGTTTGGGTGTTTGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTAGATATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATGAGAAACTGTATATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTTTTTCTGCTTCTTCTTCTTATT
Unaligned ( gi|108935 ): TGTGTGTGTATGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATAAGAAACTGTGTATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTTTTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108947 ): GTTTAAATATGCATATTATTGCAACATTGTACTTTGATGAGAAACTATGTATAGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTTGTTCTAATTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108936 ): TGTGTGTGTGTATGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATATGTTTAATAATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTGTAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108941 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTATAACATTGTAATTTGATGAGAAACGATGTATAGTTTAAATCAATTAAATATTCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCTTATTCT
Unaligned ( gi|108937 ): TGTGTGTGTGTGTTTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTTCATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108940 ): GTGCGTGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTAATGTGTTTATGTGCTTAACTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTT
Unaligned ( gi|108939 ): TGCGTGCGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTGTAATCATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108942 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACATTGTTATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTTCT
Unaligned ( gi|108945 ): TGCATACTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATTTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGCGAAACTATGTATAGATTAAATCAATAAAATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTC






Alignments
lowQualScore                  :                                           55555555555555  111          111111 0 7777777777777777777777777             111   11111111 22222   33333333  11111111   22 11 00 22         0              1     11  11       
lowQualScore                  :                                           ..............  ...          ...... . .........................             ...   ........ .....   ........  ........   .. .. .. ..         .              .     ..  ..       
lowQualScore                  :                                           11111111111111  000          333333 5 8888888888888888888888888             555   55555555 11111   11111111  55555555   33 22 66 99         5              7     55  11       
consensus                     :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
Reference ( family-218 )      :                           TGTCATCGCGCCATCG--------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGNCATCG--CC--ATCGTGT
gi|108795                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108796                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactggttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaactttgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttattctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108797                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------ACTATCGTGTCAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ca
gi|108798                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGTGTCATCGCGT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108799                     :                           TATCATCGCGCCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACT
gi|108800                     :                   tgtcatcgTGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108801                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATC
gi|108802                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108803                     :                                  tgtcatcgG--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------AATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108804                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108805                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTatttaagtgggattcttataatagtatcagaaggtatagttatgtgtttatatttaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatagtcttcttctcctcctcctcctccttttacttcttattctacttcttctt
gi|108806                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108807                     :                           TGTCATTGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G--------------------------------------TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtg
gi|108808                     :                                          G--------T-----CA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCGTACC--ATC
gi|108809                     :                                                                tTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCTTGTCTGTC-TGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGTaccatcatgt
gi|108810                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTatttaagtgggattcttataatagtgtcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttgtgtttaaatatgcatgttactacaacattgtactttgatgagaaactgcgtatagtcttcttctcctcctcccttttcttcatattctacttcttctt
gi|108811                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC--------------------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGTcatcgtggcatcg
gi|108812                     :                           TGGCGTCGCTCCCTCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---T-------------------------------------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108812                     :                              CATCGTGTCATCG--------CGT---CA---TCGT--CATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108813                     :          tggcgtcgctccctcacTGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108814                     :                           TGTCAACGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGCG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTTGCATCG--CC--TTCatttaagttggattcttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttatattaaagtatgtacatgtaagtcattcaacttgtttcgtgtttatgtgtttaaatatgcatattacatgttacattgtactttgatgtgtaactgtgtatagtcttcttcccctcttcctttttctttttattctacttcttctt
gi|108815                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATTG--Ccagta
gi|108816                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--------------GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--TC--ATCGTGT
gi|108817                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCCATCGTGCCATCA--CC--ATCG
gi|108818                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCG
gi|108819                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCTAGGCATCG--c
gi|108820                     :                           TGCTATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--T--CATCGTGTC-ATCGTACCATC--ACCATCG--
gi|108820                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108821                     :                                           tgctatcgtactatcaccatcgTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATC--ACCATCG--
gi|108822                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCTCGCTATC------G-T--------A--------C-------TATCA------------------------------T--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CCTTATTGTAT
gi|108823                     :                           TGTCATCGTACTATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Cttaagtgggattcttattatagtatcgggaggtatagttatttctttaaattgaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgttaatgtgtttaaatatacatagtacttcaacattgtactttgatgagaaactgtgtatggtcttcttctcttcctccttttttcttcttaatctacttcttctt
gi|108824                     :                                                                 TGTCATC--------T--------G--------C-------AATCAACATCGTG---CTA--------T-----CGTACTTTTGTGC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCGTCG--TC--TTCCTGT
gi|108825                     :                                          G--------T-----CA---TTGTGCTGTC------G-T--------G--------G-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------TAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--Ca
gi|108826                     :                                                                                                                                                                                  tTGTA-ATCGTGTCATCGCGTCATTG--CC--ATCGTG
gi|108826                     :                           TGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGctatcgtgtcatcaccatcgtgtcatcgtactatcaccatcg
gi|108827                     :                                  tgtaatcgG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCTTCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108828                     :                          tTGTCATCGCGTCATTG--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATC
gi|108829                     :                           TGTCATTGCACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C-------TATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATTG--CC--TTCCTG
gi|108830                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--Ccatttaagtgggattattataatagtataggaagtgatagttatgtctatatattaaaatatgtacatgttagtcattcaactcgttttgtgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacattgtagtttgatgagaaactgtgtatagccttcttctcttcttctccttcttcttcttcta
gi|108831                     :                           TGTCATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108832                     :                                                         tgtcatcgTGTCATC------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTGCTATCA--------TACTATCGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATCG--C
gi|108833                     :                           TGTCATCATACCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-C--------G--------T-------CATTGTCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------AT--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--CC--
gi|108834                     :                           TGCCATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------G--------T-------CATCGTCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACTATC--ACCATCG--tttcttat
gi|108835                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCATACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108837                     :                           TGTCATCGTACCATCA--------C-----CA---TTATGCTATC------G-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATTGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108838                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108838                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--TATC--ACC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--CC--TTCCTGTtatcgtggcatcgccttcctgt
gi|108839                     :                           TGTCATTGAACCATCA--------C-----CA---TCATGCTATC------A-T-----------------------------ACTATCGTG---TCA--------T-----C----------------------------A--C--CATCGCGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATC
gi|108840                     :                           TGGCATCGCTTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G------------------------------CGTCATCGTG---CTA--------T-----CAT--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTACCATC
gi|108841                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108842                     :                                                                 TGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCGTGGCATCA--Ccatcgt
gi|108843                     :                                                                 TGTCATT------G-T--------A--------C-------TATCACCATCGTG---TTA--------T-----CGT--------AC--------TAT--CGTG--C--CATC--ACC-ATTGTGCTATCGTGGCATCG--C
gi|108844                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCATGAT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108845                     :                           TGTCATCGTGTCATCG--------T-----CA---TGGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACTATCGTG---TCA--------T-----TGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGCCATCA--CC--catcgtttaaat
gi|108848                     :                                                                 TGCCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---CTATCGTACTGT-----CGT--------AC--------CAT--C--A--A--CATCGTTTC-ACCGTGTTATCGTAGGATCG--CC--TTC
gi|108849                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------C------------------TG---TC----------------GT--------GC--------TGT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGCATCG--Caagtattcggagttatttcataattatat
gi|108850                     :                           TGTCATCGCTCAATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------A--------CTGTCATGCATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CTT--C--G--T--CATCG
gi|108851                     :                           TGTAATCGCTCCATCA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCATG--------C-------CATCACCATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCG
gi|108852                     :                           TGTAATCGCTCCATTA--------C-----CA---TCGTGCTATC------G-TACTGTCGTG--------C-------TATCAACATCATG---TAA--------T-----CGC--------TC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATGCCATCA--CC--ATCATGT
gi|108853                     :                           TGACATCGCTCCATTA--------C-----CA---TTGTGCTATC------G-T--------A--------------------------ATG---TC----------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCGTGGTATTG--Ca
gi|108854                     :                                                                                                                     TG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTGTGCT-ATCGTACTGCCGTGCCATCA--CC--ATTGTGTgtgtgcctgt
gi|108856                     :                           TGTCATCGCATCATCGTGATTTCAC-----CA---TCGTGCCATC------GTT--------G--------T-------T-TCATCATCGTG---CCA--------T-----CGT--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGTACCATCGCGcattgcgtg
gi|108866                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGctttc
gi|108867                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108868                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGTT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108869                     :                                    GTCATCGTG------C-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108870                     :                                                                  GTCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------TAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATGGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108872                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108873                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------A-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGCGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108874                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCATCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCG------CGT--CATCA--CC--ATCG
gi|108876                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGT
gi|108878                     :                                                                  GTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTC---CTA--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTTCTATCGAAGCATCG--CC--TTCCTGT
gi|108879                     :                                    GTCATCG--------T-----CA---TCACCCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CAT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGCGTCAT--TGTCATCG--acttaagtgggatttttataatagtatcggaaggtatagttatgtctttataaatgattaaagtatatacattttagtaattcaactcgttttttgtttatgtgtttaaatatgcatattactgcaacatggtactttgatgagaaactgtgtatagtctcctcctcctcctccgttttcttcttattctacttcttctt
gi|108880                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCTATC------A-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATTATGCT-ATCGTACTATCGTGTCATCA--CC--
gi|108882                     :                            GTCATCTTACCATCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G--------------------------------CCATCGTG---CTA--------T-----CGG--------GT--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGCTATCATGGCATTG--CC--TTCCTGT
gi|108884                     :                                          G--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-C--------T--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGC--------TC--------AAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTGTCATG-CATCA--CC--ATCGTGTa
gi|108889                     :                                          G--------T-----CA---TCATGTCATT------G-C--------T--------C-------CATCACCCTCGTG---CTA--------C-----CGT--------GC--------CGT--C--A--A--CATCGTGTT-GTTGTGCTGTTGCAACAT-G--CC--TTCCTGT
gi|108890                     :                             TCATCGTGTCATCA--------C-----CA---TCGTGTCATCATCATCG-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108893                     :                             TCATCGTGCTATCA--------C-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------C-------CATCACCATCGTG---TTA--------T-----CAT--------AG--------CAT--C--A--C--CCTCCTGT
gi|108896                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATC------------------------------GT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTG
gi|108897                     :                                                                    CATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AT--------CATCGC--G--C--CATC--GTC-ATCGTGCTATCGTGTCATCA--CC--ATCGTGTctat
gi|108899                     :                                      CATCG--------TGT---CA---TCAT--CATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATTGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGTGCT-ATCGTACTATCGTGCTATCA--CC--ATCGTGT
gi|108902                     :                              CATCGTACAATCG--------TTGTTTCACGTTCGTACCATC------G-T--------G--------T-------TTTCACCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GT--------TTT--C--A--T--CATCGTACC-ATCGCGCTTTC--ACCATTGTACC--ATCGTG
gi|108902                     :                              CATCGTGTTTTCA--------C-----CA---TCGTACCATC------G-C--------G--------T-------TTTCATCATCGTA---CCA--------T-----CGC--------GC--------TTT--C--A--C--CATTGTACC-ATCGTGaacgggattc
gi|108905                     : catcgtacaatcgttgtttcacgttcgtacATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------A--------G-------CATCGC----------TCA------------------------------------AT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTCATCGCGTCATCG--TC--ATCGTGaacgggattc
gi|108907                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGTCATC------G-T--------AGCATCGCTC-------CATCACCATCATG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CATTGC--G--T--CATC--GTC-ATCGTGCTATctat
gi|108909                     :                               ATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCAT
gi|108909                     :                                                          A---TCGTGCCATC------G-T--------G--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGatcgtgccatcgtgccatcaccatcgtgtcatcgtaccatcaccatcg
gi|108911                     :       atggcacgatgacgatgacgcgatATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCTGTC------G-T--------GGCATCGCTT-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--CGTCATC--GTC-ATCGTGCTAT
gi|108912                     :                                                                     ATC------G-T--------G--------T-------TATCATCATCGTG---TTT--------T-----CGT--------GC--------CAT--C--GCTC--CATC--ACC-ATCGTGTCATCGTGTCATCG--TC--ATCG
gi|108919                     :                                   CGTCATCGTG------C-----TA---TCGTAGCATC------G-C--------T--------C-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------GT--------CAT--C--G--T--CATCG
gi|108922                     :                              gtaatatCCATCA--------C-----AA---TCTTGCTATT------G-T-----------------------------ACCATCGTG---TCA--------T-----CAC--------G----------ATTGT--A--C--CATCGTATT-GTCGCG-TAT
gi|108924                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCGttgtgcgtacctgtggacaaagcgatgcaatgatggcactaacggaacaccgtacatatgttatgtatgttttatatgtttactaaattgtgatgctacatg
gi|108925                     :                              CATCGCGTCATCG--------T-----CA---TCGTGCCATC------G-T--------G--------T-------CATCACCATCGTG---TCA--------T-----CGT--------AC--------CAT--C--A--C--CATCG
gi|108928                     :                                                                   CCATC------G-T--------G--------C-------TATC------GTG---CTA--------T-----TGT--------GC--------CAT--C--A--C--CATCGTGTC-ATCGTGTTATCCTGGCATCG--C
gi|108929                     :                                                                                                         tctTCGTCATCGTG---CCA--------T-----CGC--------AC--------CAT--C--A--C--CAACGTGTC-ATCGTGCTATCGTAGCATCG--CC--TTCCTGgtgtgcctgt
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|108934 ): AGGTATCTAGCTGTGTTTGGGTGTTTGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTAGATATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATGAGAAACTGTATATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTTTTTCTGCTTCTTCTTCTTATT
Unaligned ( gi|108935 ): TGTGTGTGTATGTGTATAAAAACTATGTACATGTTAGTCACTCAACTCGTTTTGTGTTTATGTGTTATATATGTTACTACAACAGTGTACTTTGATAAGAAACTGTGTATAGTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTTTTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108947 ): GTTTAAATATGCATATTATTGCAACATTGTACTTTGATGAGAAACTATGTATAGTCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTTGTTCTAATTCTACTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108936 ): TGTGTGTGTGTATGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATATGTTTAATAATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTGTAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108941 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTATAACATTGTAATTTGATGAGAAACGATGTATAGTTTAAATCAATTAAATATTCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCTTATTCT
Unaligned ( gi|108937 ): TGTGTGTGTGTGTTTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTTCATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTCTTCTT
Unaligned ( gi|108940 ): GTGCGTGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTAATGTGTTTATGTGCTTAACTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTT
Unaligned ( gi|108939 ): TGCGTGCGTGTGAAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTGTAATCATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTT
Unaligned ( gi|108942 ): AAAATGTGTGCATGCTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACATTGTTATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATAAAATATTCTTCTTCTTTTTCT
Unaligned ( gi|108945 ): TGCATACTATTTACTCAACTTGTTATGTGTTTATTTATTTACATGTTATTACAACATTGTAATTTGATGCGAAACTATGTATAGATTAAATCAATAAAATATTCTTCTTTTTCTTCTTCTTC