lowQualScore                  :        1                                                             
lowQualScore                  :        4 6        44    0000       0 0     0000   11 3               
lowQualScore                  :        . .        ..    ....       . .     ....   .. .               
lowQualScore                  :        1 3        88    9999       4 8     9999   22 0               
consensus                     : AATTGACCTGACGCGAGAGCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
Reference ( gi|4923 )         : AATTGACGTAACGCGAGAATGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4925                       : AATTGACCCGACGCAAGAATGACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CAG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4920                       : AATTGACCTGACGCAAGAGTGACT----ATCCCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGCACTGTTT
gi|4924                       : AATTGACCTATCGCGAGAACAACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ATCACGTGACGTTGTTT
gi|4980                       : AATTGACCTAACGCGAGAACGATT----ATCGCTC-C-GCCCA----ACG--GTCACGTGACGGTGTTT
gi|4911                       : AATTGACCTGACGCGAGAACAACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGT
gi|4935                       : AATGGACCTGACGCAAGAGCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----TTG--GTCACGTGGTATTATTT
gi|4937                       : AATCGACCAGACGCGAGAACGATT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCATTATTT
gi|4926                       : AACTGACCTGACGCGAGAACTACT----ATCGATC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGCATTGTT
gi|4985                       : AATTGACATGCCACGAGAGAGACT----ATCGCTA-C-GCCTA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4956                       : AATTGATCTGACACGAGAATGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CAG--CCCACATGGTATTGTTT
gi|4990                       : AATTGACTTGAAGCGAGAATGACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACAT-GCATTGTT
gi|4919                       : AGTTGACCTGACGCGAGGGCGACT----ATTGCTC-C-GCCCA----ATG--GCCACGTAGCATTGTTT
gi|4950                       : AATTGACCTGACACGAGAACGACT----ATCGCTC-C-GTCCA----TTG--GCCGCGTGGCGATGTTT
gi|4921                       : AATGGACCTGATGCAAGAACGACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGTATTGTTT
gi|4975                       : AAATGACCTGACGCGAGAGTGACC----CTCGCTC-C-GCCTA----CTT--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4982                       : AATTGACGAGACGCGAGAGTGACT----ATAGCGC-A-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGT
gi|4910                       : AATTGACCTGACGTGAGAGTGATT----ATTGCTC-T-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|4962                       : AACTAACCTGACGCAAGATCGACT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCGCGTGGCGTTGTTT
gi|4987                       : AATTGACCTGACACGAGAATAACT----ATCGCTC-C-GCACA----TTA--GTCACGTGGCGTAATTT
gi|4960                       : AACTGACCTGACGCAAGAGCGAAT----ATCACTC-C-TCCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTT
gi|4938                       : AATTGACCTGACACAAGAGCAACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGTCATTGTTT
gi|4914                       : AATTGACCTGACGTAAGAATGACT----ATCACTC-T-GTCTA----CTG--GCGATGTGGCATTGTTT
gi|4915                       : AATTGTCCTGACTTGAGAGCGACT----TTCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4916                       : AATTGACCTGATGCGAGAGCGGCT----ATCACTC-T-ACCCA----CTG--GCCACGTAGCGTTGTTT
gi|4964                       : AAATGATCTGACGCGATGATGACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCGCGTGGCGTTGCTT
gi|4966                       : AATTGACCTGACACAAAAACGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCTACGTGACGCTGT
gi|4936                       : AATTGACCCGACGCGAGAATGACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGT
gi|4930                       : AACTGGCCTTACACGAGAGCGACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCATTATTT
gi|4981                       : AATTGACTTTACACGAAATCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACACTGTTT
gi|4989                       : AATTGATCTGACGCAAGAACGACT----ATTGTTT-C-GTCAA----CTG--GTCAAGTGGCATTGTTT
gi|4988                       : AAATGACCTGGCGCGAGAG-GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--GTCACATGGTGTTGTTT
gi|4932                       : AATTGACTCGACATGAGAGTGACT----ATCGCTC-T-GGCAA----CTG--GCCACGTGGCATTGT
gi|4993                       : AATTGACTTGATGCGAGAACGACT----ATGGCTC-C-ACAAA----CTC--ATCACGTGGCATTGTTT
gi|4973                       : AATTGACCAGATGCGAGAATGACT----ATTGCTC-C-ATCCA----CTG--GCCATGTGACTTTGTTT
gi|4912                       : AATTGACCTGACGCGAGAGCAGCC----ATTGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4951                       : AATGGACCTGACACGAGAACGACT----ATTGCTT-C-ATCCA----CTG--ACCACGTGACATTGTTT
gi|4928                       : AATTGACCTGAAGTGAGAACAATT----ATCGCTC-T-ATCCA----CTG--GTCACATGGCACTGTTT
gi|4965                       : AATTTACCTGACGCGAGAATGGCC----ATCGCTC-G-ATCCG----CTG--GCCACGTGGCATTGATT
gi|4978                       : AACTGAAATGTCGCGAGAGCGAAT----ATCGTTC-C-GCCCA----CTG--GTCATGTGGCCTTGTTT
gi|4944                       : AATTGACCTGACACGAGAGCCACT----ATCATTC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGAGTTGTTT
gi|4970                       : AACTGACCTGACGAGAGAACGAAT----GTCGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCCTGGGGCATTGTTT
gi|4946                       : AATTGACCTGAGGCGAGAGCGACG----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCACGTGGTGTTCTTT
gi|4971                       : AATTGACCTGATG-GAGAGTGGCT----ATCACTC-C-ACCCA----CTT--GTCATGTGGCATTGGTT
gi|4968                       : AATTGATCTTACACGAGAACAACT----ATTGCTC-T-GCCCA----TTG--GTCACGTGGCGCTTTTT
gi|4933                       : AATTGATCTGACGCGAGAGCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--ACCGCTTAGCGTCGTCT
gi|4974                       : AATTGACCTGAAGTAAGAATGACT----ATAGCTC---GCCTA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4908                       : AATTGACCTGACGTGAGAGCAGCA----ATTGCTC-T-GCCCA----CTG--ACCATGTGGCATTGTTT
gi|4943                       : AATTGACCTGACACGAGAGCGACT----AAAGATC-C-ACCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4940                       : AATTGACCTGCTGCTAGAACAACT----ATTGCTC-T-TCCCA----CTG--GCCACGTGGTATTGTTT
gi|4972                       : AATTGACCTGATGCAAGAGTGACT----TTTGCTC-C-AACCA----TTG--GCTATGTGGCATTGTTT
gi|4996                       : AATTGAGCTGACACGAGACTGATT----ATCGCTC-A-GCCCA----CTG--TCCACTTGGCATTTTTT
gi|4927                       : AATTGAACTGACGCGAGGGCAAAT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTAGCGTTTTTT
gi|4917                       : AATTAACCAGATGCTAGAGCAACT----ATCACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAAGTGGCATTGTTT
gi|4963                       : AATTGACCTGACGAGAGAGCAACT----ATCACTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGAC
gi|4955                       : AACTGACCTGACGCGATGGCGGCT----ATTGTTC-C-ACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGATT
gi|4931                       : AATTGACCTGACGTAAGAACGACT----ACCGCTC-T-GCCCA----CCG--GCTTTGTGACATTTTTT
gi|4958                       : AGTTGACCTGAAACGAGAGTGACT----ATCGTTC-T-GCACA----CTG--GCCATGTGCAATTGTTT
gi|4995                       : AATTGACCTGGCTCGAGAACAACT----ATCGACC-C-ACCCA----CTG--GCTGCGTGTCATTGCTT
gi|4918                       : AATTGACCTGACTAGATAGCAGCT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCATGTGGCATTGTTT
gi|4984                       : AATTGACATGACACATGACCAACT----ATCGCTC-T-GCCCT----CTG--GCCACATGGTTTTGTTT
gi|4945                       : AAATGACCTGACGTGAGAACAACT----ATCCCTC-T-GCCCA----CTG--TTCAAGTGGTGGTGTTT
gi|4954                       : AAATGACCTGACATGAGAGCGACT----ATCGATC-T-GCCCT----CTG--G-CACATAGCATTGTTT
gi|4949                       : AATGGACCAGACACTAGAACAACT----TTCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCTGTGTGGCATTGTTT
gi|4909                       : AACTGACCTGACGTGAGAGCAACT----ATCACTC-T-GCCTA----CTA--ACCATGTGGCATT
gi|4976                       : AACTGACCTGATGCAAGG--GGCT----ATTGCTC-C-GCCCG----CTG--TCTATGTGGCATTGTTT
gi|4939                       : AACTGACCTGACGTGAGA----CT----ATAGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCATATGACATTATTT
gi|4913                       : AATTGACCTGACGTGAGAGCAACT----TTCGCT--C-GCCTG----CTG--ACTAGGTGGCGTTGTTT
gi|4991                       : AATTGACCTGATGAGAGAGTGGCT----ATCGCTC-T-GCCCGTCCTCTT--GCCAGGTGGCATTTTT
gi|4994                       : AATTGACCTGATGCGAGAGCCACT----ATCGGTC-G-GCCAA----CTG--GCCTCGTGGTGTTTTTT
gi|4952                       : AATTGGTTTGACGTGAGAGCGACT----ATCGCTCTT-ATCCA----TTG--GCCATGTAACGTTGTTT
gi|4953                       : AATTGACCTGACATGAGATCTACT----ATCGCAT-G-GTCCA----TTG--GCCATGTGGCATTGT
gi|4929                       : AATTGATCTGGTGTGAGAGCAAGT----ATTACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAGGTGGCTTTGTTT
gi|4934                       : AATTGACCAGACAAGAGAGCAACT----AGTGCTC-T-GTCCA----CTG--GCCATGTGGCGTTATT
gi|4941                       : AATTGACCTGACCCGATAGCTACT----ACCTCTC-A-GCCCA----ATG--ACCATGTGGCACTGTTT
gi|4979                       : AATTAACCTGATGTAAGAACGACTTATTATAATTC-T-GCCCA----CTG--GCAATATGGCATTGTTT
gi|4977                       : AACTGACTGGACATGAGAGCAACT------CGCTC-C-CACCA----CTG--GCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4969                       : AACTGACCTGAAGAGAAAGCAACT----ATTGCTT-T-GCCC-----CTA--GCCAAATGGCATTGTTT
gi|4967                       : AATTGATCTGATGTTAGAGCAACT----ATCGCCC-T-GCGCA----CTT--GCCACATGGCGTT
gi|5028                       :  ACTGACATTACGCGAGAGCGATT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|5036                       :  ATTGACCTGACACCAGAATAACT----ATCGTTC-C-ACCCA----CTG--GTCACGTGATGTTGTT
gi|5033                       :  ATTGACTTTACACGAAATCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACATTGTTT
gi|5029                       :  ATTGACCTGAAGCGAGAAAGAAT----ATCGCTC-C-GCTCA----CTG--ACCAGGTGGCATTGTTT
gi|5032                       :  ATTGACCTGATGTAAGAATGACT----ACCACTC-T-GCCCA----CTG--GCTACGTGGCA
gi|5030                       :  ATTGACCAGACGTGAGGGCGACA----ATCGCTC-C-ACACT----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
gi|5043                       :   TTGACCTGACACGAAAGCAGCT----ATCGCTC-C-ATCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|5047                       :   TTGACCTGACGCGAGAAAGATT----ATTGCTG-C-GCCAA----CTG--ACCACGTAGCGTTGTTT
gi|5044                       :   TTGACCTGACGTGATAACAACC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5045                       :   TTGACCTGATGTGAGAACAATC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGG
gi|5046                       :   TTGACCTGACGTGATAACAACC----ATCTCTT-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5054                       :    TGACCTGACGTGAGAGCGACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GGCACGTGGCGTTGTTT
gi|5057                       :     GACCTGATGTGAGAAAGACT----ATCGCTC-CCACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
gi|5031                       :     GACGTGAT-CGAGAGCAACT----ATCGCTC-TGGCCTG----CTG--GCCATAGGGCATTATCT
gi|4922                       :   attgaccaATGTGAGACT-ACT----ATCGCTC-C-ACCCA----CTG--ACCACATAGCATTGTTT
gi|4947                       :     aatggatcctGAGAGCAACT----ATTGGTC-T-GCCCA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4957                       :       aattgtcctgaaagGACT----ATTGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGCATTATTT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4961 ): AACTGACCGGACGTGAGAGTAACTATTGCTCCACCCATTGACAACTTGACATTGT
Unaligned ( gi|5062 ): TGACGAGAGAGCAACTATCACTCTGTCCACTAGTCATGAGGCATTCTTT
Unaligned ( gi|4983 ): AGTTGACCTGACATGAGTCCTGACTACTGCTCAACTCACTGACCATGTGGCAGTGTTT
Unaligned ( gi|4992 ): AATTGACCACTGACGTGAGAGCGACTTCTTCTCCTCTCACTGTCCATGTGGTGTTGTTT






Alignments
lowQualScore                  :         00     0000    0000 0  0    0000       0 0     0000   11          0      
lowQualScore                  :         ..     ....    .... .  .    ....       . .     ....   ..          .      
lowQualScore                  :         66     9999    9999 4  4    9999       4 8     9999   11          1      
consensus                     : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
Reference ( family-212 )      : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4908                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AGCA----ATTGCTC-T-GCCCA----CTG--ACCATGTGGCATTGTTT
gi|4909                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCTA----CTA--ACCATGTGGCATT
gi|4910                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GT-GATT----ATTGCTC-T-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|4911                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGT
gi|4912                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-AGCC----ATTGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4913                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----TTCGCT--C-GCCTG----CTG--ACTAGGTGGCGTTGTTT
gi|4914                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AT-GACT----ATCACTC-T-GTCTA----CTG--GCGATGTGGCATTGTTT
gi|4915                       : AATTGTCC--TGACT----TGAG----A-GC-GACT----TTCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4916                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-GGCT----ATCACTC-T-ACCCA----CTG--GCCACGTAGCGTTGTTT
gi|4917                       : AATTAACC--AGATG----CTAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAAGTGGCATTGTTT
gi|4918                       : AATTGACC--TGACT----AGAT----A-GC-AGCT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCATGTGGCATTGTTT
gi|4919                       : AGTTGACC--TGACG----CGAG----G-GC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----ATG--GCCACGTAGCATTGTTT
gi|4920                       : AATTGACC--TGACG----CAAG----A-GT-GACT----ATCCCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGCACTGTTT
gi|4921                       : AATGGACC--TGATG----CAAG----A-AC-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGTATTGTTT
gi|4922                       : AATGGATC--CTATG----TGAG----A--C-TACT----ATCGCTC-C-ACCCA----CTG--ACCACATAGCATTGTTT
gi|4923                       : AATTGACG--TAACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4924                       : AATTGACC--TATCG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ATCACGTGACGTTGTTT
gi|4925                       : AATTGACC--CGACG----CAAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CAG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4926                       : AACTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-TACT----ATCGATC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGCATTGTT
gi|4927                       : AATTGAAC--TGACG----CGAG----G-GC-AAAT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTAGCGTTTTTT
gi|4928                       : AATTGACC--TGAAG----TGAG----A-AC-AATT----ATCGCTC-T-ATCCA----CTG--GTCACATGGCACTGTTT
gi|4929                       : AATTGATC--TGGTG----TGAG----A-GC-AAGT----ATTACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAGGTGGCTTTGTTT
gi|4930                       : AACTGGCC--TTACA----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCATTATTT
gi|4931                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AC-GACT----ACCGCTC-T-GCCCA----CCG--GCTTTGTGACATTTTTT
gi|4932                       : AATTGACT--CGACA----TGAG----A-GT-GACT----ATCGCTC-T-GGCAA----CTG--GCCACGTGGCATTGT
gi|4933                       : AATTGATC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--ACCGCTTAGCGTCGTCT
gi|4934                       : AATTGACC--AGACA----AGAG----A-GC-AACT----AGTGCTC-T-GTCCA----CTG--GCCATGTGGCGTTATT
gi|4935                       : AATGGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----TTG--GTCACGTGGTATTATTT
gi|4936                       : AATTGACC--CGACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGT
gi|4937                       : AATCGACC--AGACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCATTATTT
gi|4938                       : AATTGACC--TGACA----CAAG----A-GC-AACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGTCATTGTTT
gi|4939                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A------CT----ATAGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCATATGACATTATTT
gi|4940                       : AATTGACC--TGCTG----CTAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-TCCCA----CTG--GCCACGTGGTATTGTTT
gi|4941                       : AATTGACC--TGACC----CGAT----A-GC-TACT----ACCTCTC-A-GCCCA----ATG--ACCATGTGGCACTGTTT
gi|4943                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-GACT----AAAGATC-C-ACCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4944                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-CACT----ATCATTC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGAGTTGTTT
gi|4945                       : AAATGACC--TGACG----TGAG----A-AC-AACT----ATCCCTC-T-GCCCA----CTG--TTCAAGTGGTGGTGTTT
gi|4946                       : AATTGACC--TGAGG----CGAG----A-GC-GACG----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCACGTGGTGTTCTTT
gi|4947                       : AATTGTCC--TGAAA----GGAG----A-GC-AACT----ATTGGTC-T-GCCCA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4949                       : AATGGACC--AGACA----CTAG----A-AC-AACT----TTCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCTGTGTGGCATTGTTT
gi|4950                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GTCCA----TTG--GCCGCGTGGCGATGTTT
gi|4951                       : AATGGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATTGCTT-C-ATCCA----CTG--ACCACGTGACATTGTTT
gi|4952                       : AATTGGTT--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTCTT-ATCCA----TTG--GCCATGTAACGTTGTTT
gi|4953                       : AATTGACC--TGACA----TGAG----A-TC-TACT----ATCGCAT-G-GTCCA----TTG--GCCATGTGGCATTGT
gi|4954                       : AAATGACC--TGACA----TGAG----A-GC-GACT----ATCGATC-T-GCCCT----CTG--G-CACATAGCATTGTTT
gi|4955                       : AACTGACC--TGACG----CGAT----G-GC-GGCT----ATTGTTC-C-ACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGATT
gi|4956                       : AATTGATC--TGACA----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CAG--CCCACATGGTATTGTTT
gi|4957                       : AATGGGCC--TGACA----CGAGTGACACGC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGCATTATTT
gi|4958                       : AGTTGACC--TGAAA----CGAG----A-GT-GACT----ATCGTTC-T-GCACA----CTG--GCCATGTGCAATTGTTT
gi|4960                       : AACTGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GAAT----ATCACTC-C-TCCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTT
gi|4962                       : AACTAACC--TGACG----CAAG----A-TC-GACT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCGCGTGGCGTTGTTT
gi|4963                       : AATTGACC--TGACG----AGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGAC
gi|4964                       : AAATGATC--TGACG----CGAT----G-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCGCGTGGCGTTGCTT
gi|4965                       : AATTTACC--TGACG----CGAG----A-AT-GGCC----ATCGCTC-G-ATCCG----CTG--GCCACGTGGCATTGATT
gi|4966                       : AATTGACC--TGACA----CAAA----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCTACGTGACGCTGT
gi|4967                       : AATTGATC--TGATG----TTAG----A-GC-AACT----ATCGCCC-T-GCGCA----CTT--GCCACATGGCGTT
gi|4968                       : AATTGATC--TTACA----CGAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-GCCCA----TTG--GTCACGTGGCGCTTTTT
gi|4969                       : AACTGACC--TGAAG----AGAA----A-GC-AACT----ATTGCTT-T-GCCC-----CTA--GCCAAATGGCATTGTTT
gi|4970                       : AACTGACC--TGACG----AGAG----A-AC-GAAT----GTCGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCCTGGGGCATTGTTT
gi|4971                       : AATTGACC--TGATG-----GAG----A-GT-GGCT----ATCACTC-C-ACCCA----CTT--GTCATGTGGCATTGGTT
gi|4972                       : AATTGACC--TGATG----CAAG----A-GT-GACT----TTTGCTC-C-AACCA----TTG--GCTATGTGGCATTGTTT
gi|4973                       : AATTGACC--AGATG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ATCCA----CTG--GCCATGTGACTTTGTTT
gi|4974                       : AATTGACC--TGAAG----TAAG----A-AT-GACT----ATAGCTC---GCCTA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4975                       : AAATGACC--TGACG----CGAG----A-GT-GACC----CTCGCTC-C-GCCTA----CTT--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4976                       : AACTGACC--TGATG----CAAG----G-G---GCT----ATTGCTC-C-GCCCG----CTG--TCTATGTGGCATTGTTT
gi|4977                       : AACTGACT--GGACA----TGAG----A-GC-AACT------CGCTC-C-CACCA----CTG--GCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4978                       : AACTGAAA--TGTCG----CGAG----A-GC-GAAT----ATCGTTC-C-GCCCA----CTG--GTCATGTGGCCTTGTTT
gi|4979                       : AATTAACC--TGATG----TAAG----A-AC-GACTTATTATAATTC-T-GCCCA----CTG--GCAATATGGCATTGTTT
gi|4980                       : AATTGACC--TAACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----ACG--GTCACGTGACGGTGTTT
gi|4981                       : AATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACACTGTTT
gi|4982                       : AATTGACG--AGACG----CGAG----A-GT-GACT----ATAGCGC-A-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGT
gi|4983                       : AGTTGACC--TGACA----TGAG----T-CCTGACT----ACTGCTC-A-ACTCA----CTG--ACCATGTGGCAGTGTTT
gi|4984                       : AATTGACA--TGACA----CATG----A-CC-AACT----ATCGCTC-T-GCCCT----CTG--GCCACATGGTTTTGTTT
gi|4985                       : AATTGACA--TGCCA----CGAG----A-GA-GACT----ATCGCTA-C-GCCTA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4987                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AT-AACT----ATCGCTC-C-GCACA----TTA--GTCACGTGGCGTAATTT
gi|4988                       : AAATGACC--TGGCG----CGAG----A-G--GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--GTCACATGGTGTTGTTT
gi|4989                       : AATTGATC--TGACG----CAAG----A-AC-GACT----ATTGTTT-C-GTCAA----CTG--GTCAAGTGGCATTGTTT
gi|4990                       : AATTGACT--TGAAG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACAT-GCATTGTT
gi|4991                       : AATTGACC--TGATG----AGAG----A-GT-GGCT----ATCGCTC-T-GCCCGTCCTCTT--GCCAGGTGGCATTTTT
gi|4992                       : AATTGACCACTGACG----TGAG----A-GC-GACT----TCTTCTC-C-TCTCA----CTG--TCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4993                       : AATTGACT--TGATG----CGAG----A-AC-GACT----ATGGCTC-C-ACAAA----CTC--ATCACGTGGCATTGTTT
gi|4994                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-CACT----ATCGGTC-G-GCCAA----CTG--GCCTCGTGGTGTTTTTT
gi|4995                       : AATTGACC--TGGCT----CGAG----A-AC-AACT----ATCGACC-C-ACCCA----CTG--GCTGCGTGTCATTGCTT
gi|4996                       : AATTGAGC--TGACA----CGAG----A-CT-GATT----ATCGCTC-A-GCCCA----CTG--TCCACTTGGCATTTTTT
gi|5028                       :  ACTGACA--TTACG----CGAG----A-GC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|5029                       :  ATTGACC--TGAAG----CGAG----A-AA-GAAT----ATCGCTC-C-GCTCA----CTG--ACCAGGTGGCATTGTTT
gi|5030                       :  ATTGACC--AGACG----TGAG----G-GC-GACA----ATCGCTC-C-ACACT----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
gi|5031                       :  ATTGACC--AGACGTGATCGAG----A-GC-AACT----ATCGCTC-TGGCCTG----CTG--GCCATAGGGCATTATCT
gi|5032                       :  ATTGACC--TGATG----TAAG----A-AT-GACT----ACCACTC-T-GCCCA----CTG--GCTACGTGGC
gi|5033                       :  ATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACATTGTTTa
gi|5036                       :  ATTGACC--TGACA----CCAG----A-AT-AACT----ATCGTTC-C-ACCCA----CTG--GTCACGTGATGTTGTT
gi|5043                       :   TTGACC--TGACA----CGAA----A-GC-AGCT----ATCGCTC-C-ATCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|5044                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5045                       :   TTGACC--TGATG----TGAG----A-AC-AATC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGG
gi|5046                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTT-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5047                       :   TTGACC--TGACG----CGAG----A-AA-GATT----ATTGCTG-C-GCCAA----CTG--ACCACGTAGCGTTGTTT
gi|5054                       :    TGACC--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GGCACGTGGCGTTGTTT
gi|5057                       :     GACC--TGATG----TGAG----A-AA-GACT----ATCGCTC-CCACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4961 ): AACTGACCGGACGTGAGAGTAACTATTGCTCCACCCATTGACAACTTGACATTGT
Unaligned ( gi|5062 ): TGACGAGAGAGCAACTATCACTCTGTCCACTAGTCATGAGGCATTCTTT






Alignments
lowQualScore                  :         00     0000    0000 0  0    0000       0 0     0000   11          0      
lowQualScore                  :         ..     ....    .... .  .    ....       . .     ....   ..          .      
lowQualScore                  :         66     9999    9999 4  4    9999       4 8     9999   11          1      
consensus                     : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
Reference ( family-212 )      : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4908                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AGCA----ATTGCTC-T-GCCCA----CTG--ACCATGTGGCATTGTTT
gi|4909                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCTA----CTA--ACCATGTGGCATT
gi|4910                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GT-GATT----ATTGCTC-T-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|4911                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGT
gi|4912                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-AGCC----ATTGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4913                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----TTCGCT--C-GCCTG----CTG--ACTAGGTGGCGTTGTTT
gi|4914                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AT-GACT----ATCACTC-T-GTCTA----CTG--GCGATGTGGCATTGTTT
gi|4915                       : AATTGTCC--TGACT----TGAG----A-GC-GACT----TTCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4916                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-GGCT----ATCACTC-T-ACCCA----CTG--GCCACGTAGCGTTGTTT
gi|4917                       : AATTAACC--AGATG----CTAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAAGTGGCATTGTTT
gi|4918                       : AATTGACC--TGACT----AGAT----A-GC-AGCT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCATGTGGCATTGTTT
gi|4919                       : AGTTGACC--TGACG----CGAG----G-GC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----ATG--GCCACGTAGCATTGTTT
gi|4920                       : AATTGACC--TGACG----CAAG----A-GT-GACT----ATCCCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGCACTGTTT
gi|4921                       : AATGGACC--TGATG----CAAG----A-AC-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGTATTGTTT
gi|4922                       : AATGGATC--CTATG----TGAG----A--C-TACT----ATCGCTC-C-ACCCA----CTG--ACCACATAGCATTGTTT
gi|4923                       : AATTGACG--TAACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4924                       : AATTGACC--TATCG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ATCACGTGACGTTGTTT
gi|4925                       : AATTGACC--CGACG----CAAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CAG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4926                       : AACTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-TACT----ATCGATC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGCATTGTT
gi|4927                       : AATTGAAC--TGACG----CGAG----G-GC-AAAT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTAGCGTTTTTT
gi|4928                       : AATTGACC--TGAAG----TGAG----A-AC-AATT----ATCGCTC-T-ATCCA----CTG--GTCACATGGCACTGTTT
gi|4929                       : AATTGATC--TGGTG----TGAG----A-GC-AAGT----ATTACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAGGTGGCTTTGTTT
gi|4930                       : AACTGGCC--TTACA----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCATTATTT
gi|4931                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AC-GACT----ACCGCTC-T-GCCCA----CCG--GCTTTGTGACATTTTTT
gi|4932                       : AATTGACT--CGACA----TGAG----A-GT-GACT----ATCGCTC-T-GGCAA----CTG--GCCACGTGGCATTGT
gi|4933                       : AATTGATC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--ACCGCTTAGCGTCGTCT
gi|4934                       : AATTGACC--AGACA----AGAG----A-GC-AACT----AGTGCTC-T-GTCCA----CTG--GCCATGTGGCGTTATT
gi|4935                       : AATGGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----TTG--GTCACGTGGTATTATTT
gi|4936                       : AATTGACC--CGACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGT
gi|4937                       : AATCGACC--AGACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCATTATTT
gi|4938                       : AATTGACC--TGACA----CAAG----A-GC-AACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGTCATTGTTT
gi|4939                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A------CT----ATAGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCATATGACATTATTT
gi|4940                       : AATTGACC--TGCTG----CTAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-TCCCA----CTG--GCCACGTGGTATTGTTT
gi|4941                       : AATTGACC--TGACC----CGAT----A-GC-TACT----ACCTCTC-A-GCCCA----ATG--ACCATGTGGCACTGTTT
gi|4943                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-GACT----AAAGATC-C-ACCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4944                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-CACT----ATCATTC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGAGTTGTTT
gi|4945                       : AAATGACC--TGACG----TGAG----A-AC-AACT----ATCCCTC-T-GCCCA----CTG--TTCAAGTGGTGGTGTTT
gi|4946                       : AATTGACC--TGAGG----CGAG----A-GC-GACG----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCACGTGGTGTTCTTT
gi|4947                       : AATTGTCC--TGAAA----GGAG----A-GC-AACT----ATTGGTC-T-GCCCA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4949                       : AATGGACC--AGACA----CTAG----A-AC-AACT----TTCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCTGTGTGGCATTGTTT
gi|4950                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GTCCA----TTG--GCCGCGTGGCGATGTTT
gi|4951                       : AATGGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATTGCTT-C-ATCCA----CTG--ACCACGTGACATTGTTT
gi|4952                       : AATTGGTT--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTCTT-ATCCA----TTG--GCCATGTAACGTTGTTT
gi|4953                       : AATTGACC--TGACA----TGAG----A-TC-TACT----ATCGCAT-G-GTCCA----TTG--GCCATGTGGCATTGT
gi|4954                       : AAATGACC--TGACA----TGAG----A-GC-GACT----ATCGATC-T-GCCCT----CTG--G-CACATAGCATTGTTT
gi|4955                       : AACTGACC--TGACG----CGAT----G-GC-GGCT----ATTGTTC-C-ACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGATT
gi|4956                       : AATTGATC--TGACA----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CAG--CCCACATGGTATTGTTT
gi|4957                       : AATGGGCC--TGACA----CGAGTGACACGC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGCATTATTT
gi|4958                       : AGTTGACC--TGAAA----CGAG----A-GT-GACT----ATCGTTC-T-GCACA----CTG--GCCATGTGCAATTGTTT
gi|4960                       : AACTGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GAAT----ATCACTC-C-TCCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTT
gi|4962                       : AACTAACC--TGACG----CAAG----A-TC-GACT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCGCGTGGCGTTGTTT
gi|4963                       : AATTGACC--TGACG----AGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGAC
gi|4964                       : AAATGATC--TGACG----CGAT----G-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCGCGTGGCGTTGCTT
gi|4965                       : AATTTACC--TGACG----CGAG----A-AT-GGCC----ATCGCTC-G-ATCCG----CTG--GCCACGTGGCATTGATT
gi|4966                       : AATTGACC--TGACA----CAAA----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCTACGTGACGCTGT
gi|4967                       : AATTGATC--TGATG----TTAG----A-GC-AACT----ATCGCCC-T-GCGCA----CTT--GCCACATGGCGTT
gi|4968                       : AATTGATC--TTACA----CGAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-GCCCA----TTG--GTCACGTGGCGCTTTTT
gi|4969                       : AACTGACC--TGAAG----AGAA----A-GC-AACT----ATTGCTT-T-GCCC-----CTA--GCCAAATGGCATTGTTT
gi|4970                       : AACTGACC--TGACG----AGAG----A-AC-GAAT----GTCGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCCTGGGGCATTGTTT
gi|4971                       : AATTGACC--TGATG-----GAG----A-GT-GGCT----ATCACTC-C-ACCCA----CTT--GTCATGTGGCATTGGTT
gi|4972                       : AATTGACC--TGATG----CAAG----A-GT-GACT----TTTGCTC-C-AACCA----TTG--GCTATGTGGCATTGTTT
gi|4973                       : AATTGACC--AGATG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ATCCA----CTG--GCCATGTGACTTTGTTT
gi|4974                       : AATTGACC--TGAAG----TAAG----A-AT-GACT----ATAGCTC---GCCTA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4975                       : AAATGACC--TGACG----CGAG----A-GT-GACC----CTCGCTC-C-GCCTA----CTT--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4976                       : AACTGACC--TGATG----CAAG----G-G---GCT----ATTGCTC-C-GCCCG----CTG--TCTATGTGGCATTGTTT
gi|4977                       : AACTGACT--GGACA----TGAG----A-GC-AACT------CGCTC-C-CACCA----CTG--GCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4978                       : AACTGAAA--TGTCG----CGAG----A-GC-GAAT----ATCGTTC-C-GCCCA----CTG--GTCATGTGGCCTTGTTT
gi|4979                       : AATTAACC--TGATG----TAAG----A-AC-GACTTATTATAATTC-T-GCCCA----CTG--GCAATATGGCATTGTTT
gi|4980                       : AATTGACC--TAACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----ACG--GTCACGTGACGGTGTTT
gi|4981                       : AATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACACTGTTT
gi|4982                       : AATTGACG--AGACG----CGAG----A-GT-GACT----ATAGCGC-A-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGT
gi|4983                       : AGTTGACC--TGACA----TGAG----T-CCTGACT----ACTGCTC-A-ACTCA----CTG--ACCATGTGGCAGTGTTT
gi|4984                       : AATTGACA--TGACA----CATG----A-CC-AACT----ATCGCTC-T-GCCCT----CTG--GCCACATGGTTTTGTTT
gi|4985                       : AATTGACA--TGCCA----CGAG----A-GA-GACT----ATCGCTA-C-GCCTA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4987                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AT-AACT----ATCGCTC-C-GCACA----TTA--GTCACGTGGCGTAATTT
gi|4988                       : AAATGACC--TGGCG----CGAG----A-G--GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--GTCACATGGTGTTGTTT
gi|4989                       : AATTGATC--TGACG----CAAG----A-AC-GACT----ATTGTTT-C-GTCAA----CTG--GTCAAGTGGCATTGTTT
gi|4990                       : AATTGACT--TGAAG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACAT-GCATTGTT
gi|4991                       : AATTGACC--TGATG----AGAG----A-GT-GGCT----ATCGCTC-T-GCCCGTCCTCTT--GCCAGGTGGCATTTTT
gi|4992                       : AATTGACCACTGACG----TGAG----A-GC-GACT----TCTTCTC-C-TCTCA----CTG--TCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4993                       : AATTGACT--TGATG----CGAG----A-AC-GACT----ATGGCTC-C-ACAAA----CTC--ATCACGTGGCATTGTTT
gi|4994                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-CACT----ATCGGTC-G-GCCAA----CTG--GCCTCGTGGTGTTTTTT
gi|4995                       : AATTGACC--TGGCT----CGAG----A-AC-AACT----ATCGACC-C-ACCCA----CTG--GCTGCGTGTCATTGCTT
gi|4996                       : AATTGAGC--TGACA----CGAG----A-CT-GATT----ATCGCTC-A-GCCCA----CTG--TCCACTTGGCATTTTTT
gi|5028                       :  ACTGACA--TTACG----CGAG----A-GC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|5029                       :  ATTGACC--TGAAG----CGAG----A-AA-GAAT----ATCGCTC-C-GCTCA----CTG--ACCAGGTGGCATTGTTT
gi|5030                       :  ATTGACC--AGACG----TGAG----G-GC-GACA----ATCGCTC-C-ACACT----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
gi|5031                       :  ATTGACC--AGACGTGATCGAG----A-GC-AACT----ATCGCTC-TGGCCTG----CTG--GCCATAGGGCATTATCT
gi|5032                       :  ATTGACC--TGATG----TAAG----A-AT-GACT----ACCACTC-T-GCCCA----CTG--GCTACGTGGC
gi|5033                       :  ATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACATTGTTTa
gi|5036                       :  ATTGACC--TGACA----CCAG----A-AT-AACT----ATCGTTC-C-ACCCA----CTG--GTCACGTGATGTTGTT
gi|5043                       :   TTGACC--TGACA----CGAA----A-GC-AGCT----ATCGCTC-C-ATCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|5044                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5045                       :   TTGACC--TGATG----TGAG----A-AC-AATC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGG
gi|5046                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTT-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5047                       :   TTGACC--TGACG----CGAG----A-AA-GATT----ATTGCTG-C-GCCAA----CTG--ACCACGTAGCGTTGTTT
gi|5054                       :    TGACC--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GGCACGTGGCGTTGTTT
gi|5057                       :     GACC--TGATG----TGAG----A-AA-GACT----ATCGCTC-CCACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT


blockSeqs                     :                                                               GC
blockSeqs                     :                                                               GC
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 
blockSeqs                     :                                                               . 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
finalCons                     : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4961 ): AACTGACCGGACGTGAGAGTAACTATTGCTCCACCCATTGACAACTTGACATTGT
Unaligned ( gi|5062 ): TGACGAGAGAGCAACTATCACTCTGTCCACTAGTCATGAGGCATTCTTT






Alignments
lowQualScore                  :         00     0000    0000 0  0    0000       0 0     0000   11          0      
lowQualScore                  :         ..     ....    .... .  .    ....       . .     ....   ..          .      
lowQualScore                  :         66     9999    9999 4  4    9999       4 8     9999   11          1      
consensus                     : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
Reference ( family-212 )      : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4908                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AGCA----ATTGCTC-T-GCCCA----CTG--ACCATGTGGCATTGTTT
gi|4909                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCTA----CTA--ACCATGTGGCATT
gi|4910                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GT-GATT----ATTGCTC-T-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|4911                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGT
gi|4912                       : AATTGACC--TGACG----CGAG----A-GC-AGCC----ATTGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4913                       : AATTGACC--TGACG----TGAG----A-GC-AACT----TTCGCT--C-GCCTG----CTG--ACTAGGTGGCGTTGTTT
gi|4914                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AT-GACT----ATCACTC-T-GTCTA----CTG--GCGATGTGGCATTGTTT
gi|4915                       : AATTGTCC--TGACT----TGAG----A-GC-GACT----TTCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGTTT
gi|4916                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-GGCT----ATCACTC-T-ACCCA----CTG--GCCACGTAGCGTTGTTT
gi|4917                       : AATTAACC--AGATG----CTAG----A-GC-AACT----ATCACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAAGTGGCATTGTTT
gi|4918                       : AATTGACC--TGACT----AGAT----A-GC-AGCT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCATGTGGCATTGTTT
gi|4919                       : AGTTGACC--TGACG----CGAG----G-GC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----ATG--GCCACGTAGCATTGTTT
gi|4920                       : AATTGACC--TGACG----CAAG----A-GT-GACT----ATCCCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGCACTGTTT
gi|4921                       : AATGGACC--TGATG----CAAG----A-AC-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGTATTGTTT
gi|4922                       : AATGGATC--CTATG----TGAG----A--C-TACT----ATCGCTC-C-ACCCA----CTG--ACCACATAGCATTGTTT
gi|4923                       : AATTGACG--TAACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4924                       : AATTGACC--TATCG----CGAG----A-AC-AACT----ATCGCCC-C-GCCCA----CTG--ATCACGTGACGTTGTTT
gi|4925                       : AATTGACC--CGACG----CAAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CAG--GTCACGTGGCATTGTTT
gi|4926                       : AACTGACC--TGACG----CGAG----A-AC-TACT----ATCGATC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGCATTGTT
gi|4927                       : AATTGAAC--TGACG----CGAG----G-GC-AAAT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTAGCGTTTTTT
gi|4928                       : AATTGACC--TGAAG----TGAG----A-AC-AATT----ATCGCTC-T-ATCCA----CTG--GTCACATGGCACTGTTT
gi|4929                       : AATTGATC--TGGTG----TGAG----A-GC-AAGT----ATTACTC-T-GCCCA----CTG--GCCAGGTGGCTTTGTTT
gi|4930                       : AACTGGCC--TTACA----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--ACCACGTGGCATTATTT
gi|4931                       : AATTGACC--TGACG----TAAG----A-AC-GACT----ACCGCTC-T-GCCCA----CCG--GCTTTGTGACATTTTTT
gi|4932                       : AATTGACT--CGACA----TGAG----A-GT-GACT----ATCGCTC-T-GGCAA----CTG--GCCACGTGGCATTGT
gi|4933                       : AATTGATC--TGACG----CGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--ACCGCTTAGCGTCGTCT
gi|4934                       : AATTGACC--AGACA----AGAG----A-GC-AACT----AGTGCTC-T-GTCCA----CTG--GCCATGTGGCGTTATT
gi|4935                       : AATGGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----TTG--GTCACGTGGTATTATTT
gi|4936                       : AATTGACC--CGACG----CGAG----A-AT-GACT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGT
gi|4937                       : AATCGACC--AGACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCACTC-C-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCATTATTT
gi|4938                       : AATTGACC--TGACA----CAAG----A-GC-AACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGTCATTGTTT
gi|4939                       : AACTGACC--TGACG----TGAG----A------CT----ATAGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCATATGACATTATTT
gi|4940                       : AATTGACC--TGCTG----CTAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-TCCCA----CTG--GCCACGTGGTATTGTTT
gi|4941                       : AATTGACC--TGACC----CGAT----A-GC-TACT----ACCTCTC-A-GCCCA----ATG--ACCATGTGGCACTGTTT
gi|4943                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-GACT----AAAGATC-C-ACCCA----CTG--ACCACGTGGCGTTGTTT
gi|4944                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-GC-CACT----ATCATTC-C-GCCCA----TTG--GCCACGTGGAGTTGTTT
gi|4945                       : AAATGACC--TGACG----TGAG----A-AC-AACT----ATCCCTC-T-GCCCA----CTG--TTCAAGTGGTGGTGTTT
gi|4946                       : AATTGACC--TGAGG----CGAG----A-GC-GACG----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--TCCACGTGGTGTTCTTT
gi|4947                       : AATTGTCC--TGAAA----GGAG----A-GC-AACT----ATTGGTC-T-GCCCA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4949                       : AATGGACC--AGACA----CTAG----A-AC-AACT----TTCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCTGTGTGGCATTGTTT
gi|4950                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GTCCA----TTG--GCCGCGTGGCGATGTTT
gi|4951                       : AATGGACC--TGACA----CGAG----A-AC-GACT----ATTGCTT-C-ATCCA----CTG--ACCACGTGACATTGTTT
gi|4952                       : AATTGGTT--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTCTT-ATCCA----TTG--GCCATGTAACGTTGTTT
gi|4953                       : AATTGACC--TGACA----TGAG----A-TC-TACT----ATCGCAT-G-GTCCA----TTG--GCCATGTGGCATTGT
gi|4954                       : AAATGACC--TGACA----TGAG----A-GC-GACT----ATCGATC-T-GCCCT----CTG--G-CACATAGCATTGTTT
gi|4955                       : AACTGACC--TGACG----CGAT----G-GC-GGCT----ATTGTTC-C-ACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGATT
gi|4956                       : AATTGATC--TGACA----CGAG----A-AT-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CAG--CCCACATGGTATTGTTT
gi|4957                       : AATGGGCC--TGACA----CGAGTGACACGC-GACT----ATTGCTC-C-GCCCA----CTG--GCCATGTGGCATTATTT
gi|4958                       : AGTTGACC--TGAAA----CGAG----A-GT-GACT----ATCGTTC-T-GCACA----CTG--GCCATGTGCAATTGTTT
gi|4960                       : AACTGACC--TGACG----CAAG----A-GC-GAAT----ATCACTC-C-TCCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTT
gi|4962                       : AACTAACC--TGACG----CAAG----A-TC-GACT----ATAGCTC-C-GCCCA----CTG--GTCGCGTGGCGTTGTTT
gi|4963                       : AATTGACC--TGACG----AGAG----A-GC-AACT----ATCACTC-C-ACCCA----CTG--GTCACATGAC
gi|4964                       : AAATGATC--TGACG----CGAT----G-AT-GACT----ATCGCTC-T-GCCCA----CTG--GCCGCGTGGCGTTGCTT
gi|4965                       : AATTTACC--TGACG----CGAG----A-AT-GGCC----ATCGCTC-G-ATCCG----CTG--GCCACGTGGCATTGATT
gi|4966                       : AATTGACC--TGACA----CAAA----A-AC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTG--GCTACGTGACGCTGT
gi|4967                       : AATTGATC--TGATG----TTAG----A-GC-AACT----ATCGCCC-T-GCGCA----CTT--GCCACATGGCGTT
gi|4968                       : AATTGATC--TTACA----CGAG----A-AC-AACT----ATTGCTC-T-GCCCA----TTG--GTCACGTGGCGCTTTTT
gi|4969                       : AACTGACC--TGAAG----AGAA----A-GC-AACT----ATTGCTT-T-GCCC-----CTA--GCCAAATGGCATTGTTT
gi|4970                       : AACTGACC--TGACG----AGAG----A-AC-GAAT----GTCGCTC-C-ACCCA----CTG--GTCCTGGGGCATTGTTT
gi|4971                       : AATTGACC--TGATG-----GAG----A-GT-GGCT----ATCACTC-C-ACCCA----CTT--GTCATGTGGCATTGGTT
gi|4972                       : AATTGACC--TGATG----CAAG----A-GT-GACT----TTTGCTC-C-AACCA----TTG--GCTATGTGGCATTGTTT
gi|4973                       : AATTGACC--AGATG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ATCCA----CTG--GCCATGTGACTTTGTTT
gi|4974                       : AATTGACC--TGAAG----TAAG----A-AT-GACT----ATAGCTC---GCCTA----CTG--GCCACATGACATTGTTT
gi|4975                       : AAATGACC--TGACG----CGAG----A-GT-GACC----CTCGCTC-C-GCCTA----CTT--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4976                       : AACTGACC--TGATG----CAAG----G-G---GCT----ATTGCTC-C-GCCCG----CTG--TCTATGTGGCATTGTTT
gi|4977                       : AACTGACT--GGACA----TGAG----A-GC-AACT------CGCTC-C-CACCA----CTG--GCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4978                       : AACTGAAA--TGTCG----CGAG----A-GC-GAAT----ATCGTTC-C-GCCCA----CTG--GTCATGTGGCCTTGTTT
gi|4979                       : AATTAACC--TGATG----TAAG----A-AC-GACTTATTATAATTC-T-GCCCA----CTG--GCAATATGGCATTGTTT
gi|4980                       : AATTGACC--TAACG----CGAG----A-AC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----ACG--GTCACGTGACGGTGTTT
gi|4981                       : AATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACACTGTTT
gi|4982                       : AATTGACG--AGACG----CGAG----A-GT-GACT----ATAGCGC-A-GCCCA----CTG--GCCACGTGGCGTTGT
gi|4983                       : AGTTGACC--TGACA----TGAG----T-CCTGACT----ACTGCTC-A-ACTCA----CTG--ACCATGTGGCAGTGTTT
gi|4984                       : AATTGACA--TGACA----CATG----A-CC-AACT----ATCGCTC-T-GCCCT----CTG--GCCACATGGTTTTGTTT
gi|4985                       : AATTGACA--TGCCA----CGAG----A-GA-GACT----ATCGCTA-C-GCCTA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|4987                       : AATTGACC--TGACA----CGAG----A-AT-AACT----ATCGCTC-C-GCACA----TTA--GTCACGTGGCGTAATTT
gi|4988                       : AAATGACC--TGGCG----CGAG----A-G--GACT----ATCGCTC-C-GCCAA----CTG--GTCACATGGTGTTGTTT
gi|4989                       : AATTGATC--TGACG----CAAG----A-AC-GACT----ATTGTTT-C-GTCAA----CTG--GTCAAGTGGCATTGTTT
gi|4990                       : AATTGACT--TGAAG----CGAG----A-AT-GACT----ATTGCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACAT-GCATTGTT
gi|4991                       : AATTGACC--TGATG----AGAG----A-GT-GGCT----ATCGCTC-T-GCCCGTCCTCTT--GCCAGGTGGCATTTTT
gi|4992                       : AATTGACCACTGACG----TGAG----A-GC-GACT----TCTTCTC-C-TCTCA----CTG--TCCATGTGGTGTTGTTT
gi|4993                       : AATTGACT--TGATG----CGAG----A-AC-GACT----ATGGCTC-C-ACAAA----CTC--ATCACGTGGCATTGTTT
gi|4994                       : AATTGACC--TGATG----CGAG----A-GC-CACT----ATCGGTC-G-GCCAA----CTG--GCCTCGTGGTGTTTTTT
gi|4995                       : AATTGACC--TGGCT----CGAG----A-AC-AACT----ATCGACC-C-ACCCA----CTG--GCTGCGTGTCATTGCTT
gi|4996                       : AATTGAGC--TGACA----CGAG----A-CT-GATT----ATCGCTC-A-GCCCA----CTG--TCCACTTGGCATTTTTT
gi|5028                       :  ACTGACA--TTACG----CGAG----A-GC-GATT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GCCATGTGGCGTTGTTT
gi|5029                       :  ATTGACC--TGAAG----CGAG----A-AA-GAAT----ATCGCTC-C-GCTCA----CTG--ACCAGGTGGCATTGTTT
gi|5030                       :  ATTGACC--AGACG----TGAG----G-GC-GACA----ATCGCTC-C-ACACT----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
gi|5031                       :  ATTGACC--AGACGTGATCGAG----A-GC-AACT----ATCGCTC-TGGCCTG----CTG--GCCATAGGGCATTATCT
gi|5032                       :  ATTGACC--TGATG----TAAG----A-AT-GACT----ACCACTC-T-GCCCA----CTG--GCTACGTGGC
gi|5033                       :  ATTGACT--TTACA----CGAA----A-TC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CTGGCGCCACGTGACATTGTTTa
gi|5036                       :  ATTGACC--TGACA----CCAG----A-AT-AACT----ATCGTTC-C-ACCCA----CTG--GTCACGTGATGTTGTT
gi|5043                       :   TTGACC--TGACA----CGAA----A-GC-AGCT----ATCGCTC-C-ATCCA----CTG--GTCACGTGGCGTTGTTT
gi|5044                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5045                       :   TTGACC--TGATG----TGAG----A-AC-AATC----ATCTCTC-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGG
gi|5046                       :   TTGACC--TGACG----TGAT----A-AC-AACC----ATCTCTT-C-ACCCA----CTG--GCCACGTGGC
gi|5047                       :   TTGACC--TGACG----CGAG----A-AA-GATT----ATTGCTG-C-GCCAA----CTG--ACCACGTAGCGTTGTTT
gi|5054                       :    TGACC--TGACG----TGAG----A-GC-GACT----ATCGCTC-C-GCCCA----CCG--GGCACGTGGCGTTGTTT
gi|5057                       :     GACC--TGATG----TGAG----A-AA-GACT----ATCGCTC-CCACCCA----CTG--GCCATGTGGCATTGTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|4961 ): AACTGACCGGACGTGAGAGTAACTATTGCTCCACCCATTGACAACTTGACATTGT
Unaligned ( gi|5062 ): TGACGAGAGAGCAACTATCACTCTGTCCACTAGTCATGAGGCATTCTTT