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Reference ( gi|143775 ) : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A---T-----A--------------------C-----A----A-T---T--------G-------G--------GTCGG-GT----CA-CAAGTT---CT-TACAAC----GTT----AG----TT----ACG-----AC-----CC-T--T--CC----C----A-A-A------T-------A----C--A-AT--G--T-T--A-C-A--A----A-A------A-A----T-T---A-------ATG-CA------TGGC---T--A-AAA-T------G--T-T--G-----T---TAGA---A-----AGT----T-A--T----AC--TT---T-TATAA---AC----AAATACAATGCTTAAACG--A-----AAAC-AAACATATTCTCTGAATAGCATACAATATACATGTA-------AACAATG-GG-AAGAATAAGT--A---A---AGTGC--GAAATGCTTACTTAGTACATTGATCA----AGCAGAG--G-ATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AA---ATATATACAT
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blockSeqs : . T CAAATGTGTACAGATACACTGCA CT . . . TT . . . . . . A GACAA . . . GA TA T ATAA . . . ATG . T . . GT . . . G A T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAA . . . A A . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . T TTTATGAATTACAAACACGCGA TT . . . TC . . . . . . . CTACA . . . . C T TAAC . . . ATG . T . . GT . . . G A G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G TTTGTTACATATATATAAGCA TG . . . CA . . . . . . . TAAAA . . . . T A TAAC . . . AAT . T . . GT . . . A C C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . A T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G TGTATATATTACAAATATACA TG . . . CA . . . . . . . CAAA . . . . T T TAAC . . . ATG . T . . AT . . . C G C . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G TTTTTCATATACATGTGGCA TA . . . AG . . . . . . . TAAA . . . . T A TAA . . . ACA . T . . GA . . . A A T . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATAATTCACATAATAAGCA TA . . . CA . . . . . . . TAAA . . . . T A AA . . . AAA . T . . GC . . . A A A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . T ATAATTCACATCATAAGCA TG . . . TC . . . . . . . TTAA . . . . T A CA . . . ATG . T . . GT . . . A C T . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . G ATAATTCACTTAATAATCA TG . . . AG . . . . . . . TAAA . . . . C A AA . . . ATG . T . . GT . . . C C T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T ATATATACATATATAAGCA AC . . . TT . . . . . . . TACA . . . . T A AA . . . GTG . T . . GT . . . G A A . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATAATTCACATAATAAGCA TG . . . TA . . . . . . . TACA . . . . T A GA . . . ATG . T . . GT . . . T A T . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATAATTCACATAATAAGCA TG . . . AC . . . . . . . TACA . . . . T A GA . . . GTG . T . . AC . . . G A T . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATAATTCACATAATAAGCA AC . . . AG . . . . . . . TACA . . . . T T AA . . . AAA . T . . GT . . . T C T . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . T ATAATTTACATAATTAGCA TG . . . TT . . . . . . . TACA . . . . C A TA . . . ACA . G . . GT . . . C A T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . T TGTTTATATATACAGAA AA . . . TT . . . . . . . TGCA . . . . T A TA . . . GTG . T . . GT . . . G G T . . . T . . . . . .
blockSeqs : . G TATTTATATATACAGAA GC . . . TT . . . . . . . TAAA . . . . T A TA . . . AAA . T . . GT . . . G A T . . . C . . . . . .
blockSeqs : . G CATAATTTTTACATGAA TG . . . AC . . . . . . . GTAA . . . . T A AT . . . ACG . T . . GT . . . G A A . . . A . . . . . .
blockSeqs : . G ATTCACATAAATAAGTA CG . . . AC . . . . . . . TAAA . . . . G T TA . . . ACG . T . . GT . . . G G C . . . T . . . . . .
blockSeqs : . G TATTTTTATATACAGAA TG . . . AG . . . . . . . TAAA . . . . T A AT . . . ATG . T . . AT . . . C A T . . . C . . . . .
blockSeqs : . T TATTTATATATACAGAA AA . . . GC . . . . . . . TAAA . . . . T A AT . . . ATG . T . . GT . . . C A G . . . C . . . . .
blockSeqs : . G TTTTAATATATACAGAA AA . . . AC . . . . . . . AATA . . . . T T AT . . . ATG . A . . GC . . . G T T . . . C . . . . .
blockSeqs : . G TATTTATATATACGGAA AC . . . TC . . . . . . . TACA . . . . T A TA . . . AT . T . . GT . . . T A T . . . . . . . . .
blockSeqs : . G TATTTATATATACAGAA TG . . . AG . . . . . . . AAAA . . . . T A TA . . . AG . T . . TT . . . T T T . . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATTTATAATTGCAGCA TG . . . AA . . . . . . . TAAA . . . . T A TA . . . CG . T . . A . . . G A G . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATTTATAATTGCAGCA TG . . . AG . . . . . . . TAAA . . . . T A TA . . . GC . T . . A . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : . T ATTTATAATTACAGCA AC . . . GG . . . . . . . TAAA . . . . T A TA . . . AT . . . . A . . . A A . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATTTATATTTGCAGCA AC . . . AC . . . . . . . TAAA . . . . T A GA . . . TG . . . . T . . . A A . . . .
blockSeqs : . G CATCTTATTTACAGTA TA . . . AA . . . . . . . TAAA . . . . T A AA . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . G CATCAATTTACATGAA TT . . . TT . . . . . . . AAA . . . . T A AA . . . TA . . . . . . . .
blockSeqs : . G ATTTATAATTGCAGTA TT . . . AC . . . . . . . ATA . . . . C T GA . . . AG . . . .
blockSeqs : . A TTTTATAATTGCAGCA AA . . . AT . . . . . . . AAG . . . . T T AA . . . AT . . .
blockSeqs : . C CATCTTGTTTACAGCT CC . . . AC . . . . . . . ATA . . . . T T AA . . . G .
blockSeqs : . A ATAATTCACATAGCA AA . . . AT . . . . . . . CTT . . . . T A AC . . . A .
blockSeqs : . G ATAATTCACATAGCA TT . . . AG . . . . . . . CTA . . . . T T GA . . . . .
blockSeqs : . T ATAATTCACATGACA AA . . . TA . . . . . . . TAA . . . . T A AC . . . .
blockSeqs : . T ATAATTCACATAGCA AC . . . CA . . . . . . . AAA . . . . T A TA . . .
blockSeqs : . G ATTATTCACATAGCG TG . . . TC . . . . . . . AAA . . . . T T AG . . .
blockSeqs : . T ATAATTCACATAGCA TC . . . TC . . . . . . . AAA . . . . T A AA . . .
blockSeqs : . G CATAATTTACATGAA TG . . . TC . . . . . . . AAA . . . . C A GA . . .
blockSeqs : . G ATGATTTACATAGCA TG . . . TA . . . . . . . AAA . . . . T A AC . . .
blockSeqs : . G AATATTTTCATGAA TG . . . TT . . . . . . . ACA . . . . T A TA . . .
blockSeqs : . G TATTTATATATACA TT . . . TA . . . . . . . AAA . . . . T A AA . . .
blockSeqs : . G ATTATACATTTGAA TT . . . TA . . . . . . . AT . . . . T T AT . . .
blockSeqs : . T AATATATCATGACA AC . . . AG . . . . . . . AC . . . . T A TA . . .
blockSeqs : . T CATAAATATACCA TG . . . CA . . . . . . . AT . . . . T A AA . . .
blockSeqs : . G TATTAACATATAT TT . . . TA . . . . . . . AA . . . . T T GA . . .
blockSeqs : . G AATTTATTATGAA TG . . . TT . . . . . . . T . . . . C T AC . . .
blockSeqs : . G CATGTATACAGAA TG . . . TT . . . . . . . C . . . . T A TA . . .
blockSeqs : . G CGTATTATATACC TG . . . TC . . . . . . . C . . . . T A AA . . .
blockSeqs : . T CATAAATATACA TT . . . AG . . . . . . . T . . . . T A TA . . .
blockSeqs : . G CATAAATATGCA AA . . . AC . . . . . . . C . . . . T A GA . . .
blockSeqs : . G CATAAATATACA AC . . . AG . . . . . . . C . . . . T A GA . .
blockSeqs : . G CATAAATATACA AC . . . AG . . . . . . . T . . . . T A . . .
blockSeqs : . A AATAAATATACT TA . . . TT . . . . . . . T . . . . T A . .
blockSeqs : . G AAATATTTTGAA AC . . . AG . . . . . . . C . . . . T T . .
blockSeqs : . G CATAAATATACA AA . . . AG . . . . . . . T . . . . T A . .
blockSeqs : . T AAATATTTTGAA TG . . . TA . . . . . . . C . . . . T A
blockSeqs : . T CATACATATACA AT . . . GA . . . . . . . T . . . . A A
blockSeqs : . G CATAAATATACA TG . . . AA . . . . . . . C . . . . T T
blockSeqs : . G CATTTATATTAA TG . . . TT . . . . . . . T . . . . T A
blockSeqs : . G CATAAATATGCA AT . . . GC . . . . . . . G . . . . T T
blockSeqs : . G AAATATTTTTAA TG . . . TA . . . . . . . T . . . . T T
blockSeqs : . G AAATATTTTGAA TA . . . TA . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . T CATAAATATACA TG . . . TA . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . T CATCAATACACA TG . . . CA . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . G AAAAAATTATAA TG . . . TA . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . T AAATATTTTGAA TG . . . TT . . . . . . . C . . . . T .
blockSeqs : . T CAGAAATATAAA TG . . . GC . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . T CATAACTATACA TT . . . TT . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . T TATATATTACA CG . . . CA . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . T CATAATATGCA CG . . . TC . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . A CATAGTATGCA CG . . . TC . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . T TATTATGCACA TC . . . TC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G TAAACATGAA AT . . . TC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G CATAATATCA TG . . . TC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G GTTAACAGCA TT . . . TA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G CAACATGAA TG . . . AG . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G AACATGAA AC . . . TC . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G AACATGAA AT . . . AC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A AACATGAA TT . . . TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . G AACATGAA TA . . . AG . . . . . . .
blockSeqs : . . AACATGGA TT . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . AAAATGAA TA . . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . ATAATTCA TT . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . AACATGAA TT . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . AACATGAA T . . . TA . . . . .
blockSeqs : . . AACATGAA A . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . TATATACA . . . . TA . . . .
blockSeqs : . . CATTATA . . . . C . . . .
blockSeqs : . CAGCA . . . . A . .
blockSeqs : . . . . T
blockSeqCons : TAAA************ AAA** ****
originalCons : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----A--------------------C----A---A--TN-------G-------G-------GTTGG-GC-----CACAAGTTCTNNCAACATT----AG---TT----ACG----------GC------CC-T--T--CC-----------C----A--A-A------T-------A----C--A--AT---A--T-T--A-CA--A--A--A------A----A----T-T---A-------ATG-CA------TGGC---T--AAA---A-T------G-----T---T----A----T-TA---GA---A-----AGT----T-A--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----AAATACAAT---GCTTAAGCG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--ATACATGTA-------AACACT-G-GGAAGAATAA-GT-AA--AAGTGC--GAAATG----CTTAGTACATTGATCA----AACAGAG--GATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AG---ATATATACAT
finalCons : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----A--------------------C----A---A--TN-------G-------G-------GTTGG-GC-----CACAAGTTCTNNCAACATT----AG---TT----ACG----------GC------CC-T--T--CC-----------CTAAA------------T-------A----C--A--AT---A--T-T--A-CA--A--A--A------A----A----T-T---A-------ATG-CA------TGGC---T--AAA---A-T------G-----T---T----A----T-TA---GA---A-----AGT----T-A--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----AAATACAAT---GCTTAAGCG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--ATACATGTA-------AACACT-G-GGAAGAATAA-GTAAA--AAGTGC--GAAATG----CTTAGTACATTGATCA----AACAGAG--GATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AG---ATATATACAT
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Reference ( family-209 ) : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----A--------------------C---A----A--TN-------G-------G-------GTTGG-GC-----CACAAGTTCTNNCAACATT----AG---TT----ACGGC------C---C-T------------T-C---C---C---T---A-A-A------T-------A----C--A-----AT--A-T-T--A-CA--A---A--A------A----A----T-T---A-------ATG-CA------TGGC---T--AAA---A-T------G-----T---T----A----T-TA---GA---A-----AGT----T-A--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----AAATACAAT---GCTTAAGCG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--ATACATGTA-------AACACT-G-GGAAGAATAAGTAA-A-AAGTGC--GAAATG----CTTAGTACATTGATCA----AACAGAG--GATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AG---ATATATACAT
gi|143775 : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----A--------------------C---A----A--TT-------G-------G-------GTCGG-GT-----CACAAGTTCTTACAACGTT----AG---TT----ACGAC------C---C-T------------T-C---C---C-------A-A-A------T-------A----C--A-----AT--G-T-T--A-CA--A---A--A------A----A----T-T---A-------ATG-CA------TGGC---T--AAA---A-T------G-----T---T----G----T-TA---GA---A-----AGT----T-A--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----AAATACAAT---GCTTAAACG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGC-ATACAAT--ATACATGTA-------AACAAT-G-GGAAGAATAAGT---A-AAGTGC--GAAATGCTTACTTAGTACATTGATCA----AGCAGAG--GATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AA---ATATATACAT
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gi|143777 : TTAG-TTTAAACA-T---A-------TTTT-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----G--------------------C---A----A--TT-------G-------G-------GCCGG-GT-----AACAATTTCTTACAACATT----AG---TC----ACGAC------C---C-A------------T-C---C---C---T---A-A-A------T-------A----C--A-----AT--A-C-A--A-CA--T---A--C------A----A----T-T---A-------ATG-TA------TGGT---T--AAA---A-TTAGAAAG-----T---T----T----T-TA---GA---A-----AGT----T-T--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----AAATACAAT---GCTTAAGCG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--ATACATGTA-------AACAAT-G-GCAAGAATAAGT---A-AAGTGC--GAAATG----CTTAGTACATTGATCA----AACAGAG--GATAAACAGTAATT-------TGAAAA--GAT---------A-A--T--AGTGGAA---AGATAGA--AG---AGA---AA---ATATATGCAT
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gi|143779 : TTAG-TTCAAACA-C---A-------TTTA-ATTGC-------C---------------------A--------T--A---------A-----AT------A----T-----A--------------------C---A----A--TT-------A-------G-------GTTGG-GT-----CACAAGTCCTTACAACGTT----AG---TT----ACGAT------G-----T------------T-C---C---C---T---A-A-A------T-------A----C--A-----AT--A-T-T--A-CA--T---A--A------A----A----T-T---A-------ATG-CA------TGGT---T--AAA---G-T------G-----T---T----A----T-TA---GA---A-----AGT----T-A--T----A-CTT-T-TAT-----AA---AC----ATATACAAT---GCTTAAGCG---AA-AA--CAAA-CAT---ATTCT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--ATACATGTA-------AACACT-G-GGAAGAATTAGT---A-AATTGC--GAAATG----CTTAGTTTATTGATCA----AACAGAG--GGTAAACAGTAATT-------TGTAAATTTAT---------A-AATT--TGTG-------GATAGA--A----AGA---AG---ATACATACA
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gi|143933 : -------ATG-CG------TGGC---T--AAT---T-T------T-----T---T----A-------A---AA---A-----AAG----T-A--T----G-CTT-T-TTT-----AA---AC----AAAGTCAAT---ACTTAATCA---AA-AG--CAAA-CAC---ATTCA---TTGA---ATAGT-ATACAAT--GTACAT
gi|143934 : ----A----T-CA---AA---A-----AG-------A--T----A--TT-T-CATTGCC-AT---AT----AATTATAATTATGCTTAAGCG---AT-AA--CACA-CAT---GTTAT---CTGA---ATAGT-ATACAAT--GTACATGTAATATGTTAACACT-GTGGAAAA--AAGTAA-AGAAGAGC--AAAATG----CTTAGCACATTGATCA----AACTGAA--AAAGAATATTGATT-------