lowQualScore                  :             1                                1                                                                                          
lowQualScore                  :         2   4 3    0 11     111  11 9999  00 7   1 333333 333 11 0 0    11    0          0   000 333333   111  111111   111    000      
lowQualScore                  :         .   . .    . ..     ...  .. ....  .. .   . ...... ... .. . .    ..    .          .   ... ......   ...  ......   ...    ...      
lowQualScore                  :         6   1 0    7 00     111  55 4444  88 2   1 555555 555 88 4 4    00    4          4   777 333333   444  222222   555    888      
consensus                     :       TTCTTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAA--AAAAA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
Reference ( gi|39155 )        :       TTCTTTGT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---AAA--AGAAA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39146                      :       TTTTTTTT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--AAAAA-A------A-----------GAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---AG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39148                      :      tTTTTTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAG--AGAAA-A------AA--C--G-A-ATAG--CTAT-TGTCATGACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---
gi|39158                      :      tTTGTTTTT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---C--T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CGGAGGCATCG---GTGT---CGCC
gi|39167                      :       TTCTTT-T-AGCT-C--ATCTT---TT--T---GAA--A---A-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CATAAACG------TCT---ATGC---TGTTGT
gi|39147                      :       TTTTTTTT-AGCT-T--GTTTT---TT--T---TGA--A-AAA-A------A---C--A-A-AAAC--CTAC-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TCGT---TGTTGT
gi|39162                      :      tTTATTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--TCG-AAG--AAAAA-A------A---C--G-A-AAAG--CTAT-TGTCACGACC-CGT---G------CGT---TG------GTG---GCAG---CATTGT
gi|39150                      :       TTTTTTATTAGCT-C--GTCGT---TT-------AG--AAAAA-A------A---C--GGA-AGAG--CTAT-TGCCATGACT-CTT---G------CGT---CG------TTG---
gi|39164                      :       TTCTTT-T-AGCT-T--G-CT--------------G--GGACA-A------AGTCC--A-A-AGAGTGCTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------GTG---GCGT---CGTCGT
gi|39149                      : ttttttTTGTTT-T-AGCT-A--GTTTT---TT--TTTTAAA--AAACA-A------A---CC-G-A-AGAG--TTAT-TGTCTTGACC-CT------------GC---CA------TCC---GCGT---CTTTGT
gi|39166                      :      tcTCTTTTT-AGTT-C--GTCTA---TT--------A--AAAAA-G------A---C--G-A-AGAG--CTTT-TGTCATTACC-CTG---G------TGT---TG------TCT---GCGT---CGTC
gi|39169                      :        TCTTGTT-AGCT-T--GCCCT---TT--TGA-AAA--ATAAG-A------G---C--A-A-AGAG--CTAT-TGTTATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCA---TTGT---TGTC
gi|39182                      :          TTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--TTA-AAA--AAAAA-A------A---A--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39181                      :          TTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---GTGT---CATCGT
gi|39185                      :          TTTTT-ATCT-C--GTCAT---TT--T---GAAGAAAAAA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TCG---GCGT---CGTCAT
gi|39184                      :          TTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GTA--AAAAA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39183                      :          TTTTT-AGTT-C--ATCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GTGG---CGTCG
gi|39187                      :          TTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAA--A---A-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------------TG------TCG---GCAT---CGTTGT
gi|39191                      :          TTTGT-AGCT-C--ATCTT---TT--T---GA----GAAATA------A---T--A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CA------TCA---ACGT---CATTG
gi|39190                      :          TTTTT-AGCT-C--ATCTT---TT--T---GAA--A-AAT-A------A---C--A-A-AGAG--CTGC-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TTG---TCGT---TGTC
gi|39173                      :          TTTTT-AGCT-C--ATCTT---TT--T---TAA--AAAAA-T------G---A--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---A------CGT---CC------TCT---GCAT---TGTTGT
gi|39176                      :         tTTTGTTCGCT-C--GTATT---TT--T---AAA--AAAAA-AA-----A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---A------CGT---CA------TTG---
gi|39175                      :          TTTTT-AGCT-C--ATCTT---TT--T---TAA--A--AA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG----------------TG------TTG---GTGT---CATC
gi|39194                      :         tTTTTT-AGCT-C--ATCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATCACC-ATG---G------CGT---CG------CCA---TCAT---CATC
gi|39196                      :          TTTTT-ATCT-C--GTCTT---TT--T---GTA--A--AA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTGATGACC-CCG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39193                      :          TTTTT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---C--T-A-AG----CTAT-TGTCATGACC-ATG---G------CGT---TG------TTGTCTGCGT---CGTCAT
gi|39161                      :          TTTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAG--AAAAA-A------AACCC--G-A-TGAG--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------TGT---TG------TTG---
gi|39195                      :       tctTTTTC-AGCT-T--GTCAT---TT--T---GA----GAAA-A------A---C--G-A-AAAG--CTGT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TTG---GAGG---CATTGT
gi|39199                      :          TTTTT-AACT-T--GTCTT---TT--T---GGA--A-AAA-A------A---C--A-A-AGAG--CTAT-TGTCCTGACC-CTT---G------TGT---TG------TCG---
gi|39198                      :          TTTTT-AACTTC--ATCTT---TTCTT---GAA--AAAAA-A------C---C--T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---GG------TC
gi|39152                      :          TTTTT-ATCT-C--GTCTC---TT--T---GAA--A-AAC-A------A---C--T-A-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CTT---G------CGT---C-------T-----ACGT---CGT
gi|39206                      :     ttttaaTTTT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAG--AAAAA-A------C---CCTG-A-AGAA--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CA------TCT---TCGT---CGTC
gi|39208                      :           TTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---TAA---TAAA-A------T---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCTTGACC-CTG---G------CGT---TG------TCA---GCTT---TGTC
gi|39210                      :           TTTT-AGCT-C--GACTT---TT--T---GAA--A-AAA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAG-TGACATGACC-TTG---G------CGT---CG------CC
gi|39200                      :           TTGTTAGCT-T--G-CTT---TT--TGAGAAA--AAAAC-A------A---C--G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------CGT---CA------GTG---GC
gi|39211                      :           TTTT-ATCT-T--GCCTT---TT--T---GAA--AAAAACA------A---C--A-A-AGAA--CTAT-TATTGTGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---
gi|39202                      :           TTGTTAGCT-C--ATGTT---TC--T---GAA--AAAAA-A-------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATAGCC-CTG---G------CG
gi|39212                      :           TTTT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---TAA--T--AC-A------G---T--A-A-AGAA--CTAT-TGTTGTTACC-TTG---G------CAT---CG------TTG---TCGT---CGTTGT
gi|39213                      :           TTTT-AACT-T--GTCTC---TT--T---GAA--AAAAA-ACCCCACA---CA-G-A-CGAG--CTAA-TTTCATGACTGCTG---A------CGT---CG------TCG---TCGT---TGCCGT
gi|39186                      :              T-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--AAAAA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---TCGT---C
gi|39156                      :          ttatT-GGCT-C--GTCTT---TT--T---GAA--AAAAA-A------AACAC--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATTTCC-TTG---G------CGT---CG------TCT---GCGT---CGTCGT
gi|39188                      :       tttttatT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAA--A--AA-A------A---C--A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---
gi|39157                      :          ttatT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---AAA--A--AA-A------A---C--A-A-AGAG--CTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---C
gi|39160                      :       tttttatT-AGCT-C--GTCTT---TT--TG--AAA--AAAAA-A------A---C----A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-TTG---G------TGT---CG------TCA---TTGT---CATC
gi|39218                      :       tttttatT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--A--AT-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CAT---TG------TCG---GCAT---TGGCGT
gi|39174                      :            ttT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--A---A-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---TG------TCG---AC
gi|39219                      :       ttttaatT-AGCT-C--GCCTT---TT--T---GAA--A-AAC-A------A---C--G-A-AGAG--CTTT-TGTCATGACC-TTG---G------CGT---TG------CCA---TCAT---TGCCGT
gi|39159                      :             tT-AGTT-T--GTCTT---TT--T---AAA--A--AA-A------A---C--G-A-ACAG--CTAT-TGTCATAACC-CAT---G------CGT---CA------TCC---GCAT---TGTTGT
gi|39163                      :       tttttatT-AGCT-C--GTCTT---TT--T---GAT--AAGAA-A------A---C--T-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACA-CTG---G------TGT---CA------GCG---GCAG---CATTGT
gi|39168                      :   tttttactattT-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--AAAAA-A------A------------------AT--GCCATGACC-CTT---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39207                      :         ttttat-AGCT-C--GTCTT---TT--TT--AAA--AGAA-------------C--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGA-C-CTG---G------CAT---CG------TCG---GCTT---TGGCGT
gi|39197                      :           tttc-AGCT-CAGGTTTT---TT--A---AAA--AAAAA-A------A---C--G-A--GAG--CTAT-TGTCATTACC-CAG---G------TGT---CG------TTG---GCGT---TGTCGT
gi|39201                      :          tttta-AGCT-C--GTCTT---TT--G---AAA--AAAAA-A------A----------AGAG--GTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT----G------TCA---TCGT---CGT
gi|39209                      :          tttta-AGCT-C--ATGTT---TTG-T---GTA--AAAAA-A------A---C--G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------C-T-----------TCG---GCAT---TGT
gi|39151                      :           ttta-AGCT-T--GTCTT---TT--T---GAA--ACCAA-T----------C--G-A-AGAGA-TTAT-TGTCATGACC-CTT---G------CTT---CA------GCG---GCGT---TGTTG
gi|39171                      :      ttttgattttaGCT-C--GTCTT---TT--G---AGA--AAAAA-A------A---CC-G-ACAGGA--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TTGT---TGTCGT
gi|39221                      :           tttatttCT-T--GTCTT---TT--T---GGA--AAAAA-A------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CG------TCG---TTGT---C
gi|39189                      :                         TTTT---TT--T---AAA--AAAAA---------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACG-TTG---G------CGT---TG------TCT---TCAT---TGTCGT
gi|39165                      :          tttttggctttatttTCTTAGCTT--T---GAA--AAAAA-A------A---G--G-A-AGAG--CTAT-TGTTGTGACC-CAG---G------------CG------TCA---GCGT---TGTTGT
gi|39222                      :                     ttatTTTT---TT--C---CAA--AAAAA-ACC----A---C--T-A-AGA----TATATGTCATAACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---TGACGT
gi|39223                      :                    cttttTTTT---TT--T---AAA--A------------A---T--G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACT-ATG---T------CAT---CG------T
gi|39177                      :                        tttTT---AT--T---GAA--A-AAA-A------A---C--G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---C
gi|39226                      :       tttttaaggttttgagctaaTT---TT--G---AAA--AAAAA-C------C---C--G-A-AGGA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CG
gi|39227                      :                            T---TT--T---GAA--AGAAA------------C--G-A-AGCG--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------GGT---TG------TTG---TTGT---AGTCAT
gi|39228                      :                             ---TT--T---GAA--A--AA-A------A---C--G-A-AGAG--CTAT-TGCAATGACT-CTG---A------TGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39224                      :                                  --T---AGA--ATAAC-AC-----A---C--G-A-AGGG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---TCGT---TGTCGT
gi|39231                      :                                     ttctgA--AGACA-A-------------G-G-AGAG--TTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---GCGCTGGCGTCGT
gi|39229                      :                                               AAA-A------A---C--A-A-AGAG--CAAT-TGTCATGACC-ATG---G------------CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39233                      :                                                 a-A------A---A--G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GTGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39234                      :                                                  -A------A---A--G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTGTTAGCGT---TGTCGT
gi|39232                      :                                                  -A------A---C----A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-C------------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39235                      :                                                  -A------A---G--G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CAA---G------CGT---CG------TCG---TCAT---CGTCG
gi|39237                      :                                                    ------A---C--G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39240                      :                                                               --G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39243                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39244                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39170                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39246                      :                                  tttttttagctcgccgggacgaagtccaa--G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39245                      :                                                               --G-G-AAAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39247                      :                                                               --G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCAT---CGTC
gi|39250                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39248                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---TG------GCG---GCGT---CGTCGT
gi|39253                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCGT---TGTCGT
gi|39251                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATAACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCGT---CGTCAT
gi|39254                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39255                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GCGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39178                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---CGGCGT
gi|39256                      :                                   ttttttagcttgcctggacgaagtccaa--G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCGGCAG------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39257                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGGCGT
gi|39258                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGG---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39266                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGA---CGTCG
gi|39259                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGTTGGCG------TCG---TCGT---CGTCGTccgt
gi|39260                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-C-G---G------CGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39261                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCAT---CATCAT
gi|39263                      :                                                               --G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39262                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCAATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39264                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---GCGTCATCGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39267                      :                                                               --G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---GTGT---TGT---CG------TTG---GCGT---CGTCGT
gi|39313                      :                                                                    -AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---C------TGT---TG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39317                      :                                                                      GAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CA------TCG---GCGT---CGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                      1111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :         3   1      0 00 111      11 333   11 0 0 00  3333333333333333 0 0    11    0          0   000 333333   111  111111   111    000      
lowQualScore                  :         .   .      . .. ...      .. ...   .. . . ..  ................ . .    ..    .          .   ... ......   ...  ......   ...    ...      
lowQualScore                  :         2   3      6 99 111      44 666   44 6 6 88  2222222222222222 4 4    00    4          4   777 222222   444  222222   555    888      
consensus                     :       TTTTTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
Reference ( family-192 )      :       TTCTTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39146                      :       TTTTTT-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A------------GAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---AG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39147                      :      tTTTTTT-TTAGCT-T--G---TTTTTT--TT--GAA--A-A-A--AA------------C---A-A-AAAC--CTAC-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TCGT---TGTTGT
gi|39148                      :      tTTTTTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAG--AGA-A--AA---A----A---C---G-A-ATAG--CTAT-TGTCATGACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---
gi|39149                      :          tTT-TTAGCT-A--G---TTTTTT--TTTTAAA--A-A-A--CA---A----A---CC--G-A-AGAG--TTAT-TGTCTTGACC-CT------------GC---CA------TCC---GCGT---CTTTGT
gi|39150                      :  tcttgTTTTTTATTAGCT-C--G---TCGTTT-------AG--A-A-A--AA---A----A---C---GGA-AGAG--CTAT-TGCCATGACT-CTT---G------CGT---CG------TTG---
gi|39151                      :          TTT-TAAGCT-T--G---TCTTTT--T---G-A--A-A-C--CA---A----T---C---G-A-AGAGA-TTAT-TGTCATGACC-CTT---G------CTT---CA------GCG---GCGT---TGTTG
gi|39152                      :    ttttgaTTT-TTATCT-C--G---TCTCTT--T---GAA--A-A-A--CA---A--------C---T-A-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CTT---G------CGT---C-------T-----ACGT---CGT
gi|39155                      : ttttaaTTCTTT-GTAGCT-C--G---TCTTTT--T---AAA--A-G-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39156                      :       TTTTTA-TTGGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----AACAC---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATTTCC-TTG---G------CGT---CG------TCT---GCGT---CGTCGT
gi|39157                      :       TTTTTA-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T-----A--A-A-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---C
gi|39158                      :       TTGTTT-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CGGAGGCATCG---GTGT---CGCC
gi|39159                      :       TTTTTA-TTAGTT-T--G---TCTTTT--T-----A--A-A-A--AA---A----A---C---G-A-ACAG--CTAT-TGTCATAACC-CAT---G------CGT---CA------TCC---GCAT---TGTTGT
gi|39160                      :       TTTTTA-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A---A---C-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-TTG---G------TGT---CG------TCA---TTGT---CATC
gi|39161                      :          TTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAG--A-A-A--AA---A----AACCC---G-A-TGAG--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------TGT---TG------TTG---
gi|39162                      :    tctTTATTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--TC--GAAG-A-A-A--AA---A----A---C---G-A-AAAG--CTAT-TGTCACGACC-CGT---G------CGT---TG------GTG---GCAG---CATTGT
gi|39163                      :         CTAT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAT--A-A-G--AA---A----A---C---T-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACA-CTG---G------TGT---CA------GCG---GCAG---CATTGT
gi|39164                      : tttttaTTTCTT-TTAGCT-T--G---C----T--G---GGA--C-A-A--AG---T----C---C---A-A-AGAGTGCTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------GTG---GCGT---CGTCGT
gi|39165                      :  tttttTTATTC-TTAGCT-------------T--T---GAA--A-A-A--AA---A----A---G---G-A-AGAG--CTAT-TGTTGTGACC-CAG---G------------CG------TCA---GCGT---TGTTGT
gi|39166                      :        TCTTT-TTAGTT-C--G---TCTATT--------A--A-A-A--AA---G----A---C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATTACC-CTG---G------TGT---TG------TCT---GCGT---CGTC
gi|39167                      :       TTCTTT-T-AGCT-C--A---TCTTTT--T---GAA--A-A---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CATAAACG------TCT---ATGC---TGTTGT
gi|39168                      :        TTTTA-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A-------------------AT--GCCATGACC-CTT---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39169                      :        TCTTG-TTAGCT-T--G---CCCTTT--T---GAA--A-A-ATAAG---A----G---C---A-A-AGAG--CTAT-TGTTATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCA---TTGT---TGTC
gi|39170                      :        TTTTT-TTAGCT-C--G---CC----------GGG--A-C-G--AA---GTCC-A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39171                      :          TTTATTTGCT-C--G---TCTTTT--GA--GAA--A-A-A--AA---A----C---C---G-ACAGGA--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TTGT---TGTCGT
gi|39173                      :          TTT-TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TAA--A-A-A--AA---T----G---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---A------CGT---CC------TCT---GCAT---TGTTGT
gi|39174                      :            t-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---TG------TCG---AC
gi|39175                      :    ttttaaTTT-TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TAA--A-A-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG----------------TG------TTG---GTGT---CATC
gi|39176                      :         tTTG-TTCGCT-C--G---TATTTT--T---AAA--A-AAA--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---A------CGT---CA------TTG---
gi|39177                      :         tTTT-TGAGCT-A--A---T--TAT--T---GAA--A-A----AA---A----A---C---G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---C
gi|39178                      : tttttaaggTTT-TTAGCT-T--G---CCT---------GGA--C-G-A--AGTCCA----A-------G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---CGGCGT
gi|39181                      :         tTTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---GTGT---CATCGT
gi|39182                      :          TTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--TTA-AAA--A-A-A--AA---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39183                      :          TTT-TTAGTT-C--A---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GTGG---CGTCG
gi|39184                      :          TTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GTA--A-A-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39185                      :          TTT-TTATCT-C--G---TCATTT--T---GAAGAA-A-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TCG---GCGT---CGTCAT
gi|39186                      :          TTA-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---TCGT---C
gi|39187                      :          TTT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------------TG------TCG---GCAT---CGTTGT
gi|39188                      :          TTA-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---
gi|39189                      :          TTT-TTGGCT-T--TATTTTTTTT--T---TAA--A-A-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACG-TTG---G------CGT---TG------TCT---TCAT---TGTCGT
gi|39190                      :          TTT-TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--TA---A--------C---A-A-AGAG--CTGC-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TTG---TCGT---TGTC
gi|39191                      :          TTT-GTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GAG--A-A-A--TA---A--------T---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CA------TCA---ACGT---CATTG
gi|39193                      :          TTT-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------C---T-A-AG----CTAT-TGTCATGACC-ATG---G------CGT---TG------TTGTCTGCGT---CGTCAT
gi|39194                      :          TTT-TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GAA--A-A-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATCACC-ATG---G------CGT---CG------CCA---TCAT---CATC
gi|39195                      :          TTT-TCAGCT-T--G---TCATTT--T---GAG--A-A-A--AA------------C---G-A-AAAG--CTGT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TTG---GAGG---CATTGT
gi|39196                      :          TTT-TTATCT-C--G---TCTTTT--T---GTA--A-A-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTGATGACC-CCG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39197                      :          TTT-TAAGCT-CAGG---TTTTTT--A---AAA--A-A-A--AA---A----A---C---G-A--GAG--CTAT-TGTCATTACC-CAG---G------TGT---CG------TTG---GCGT---TGTCGT
gi|39198                      :          TTT-TTAACTTC--A---TCTTTTCTT---GAA--A-A-A--AA---A----C---C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---GG------TC
gi|39199                      :          TTT-TTAACT-T--G---TCTTTT--T---GGA--A-A-A--AA---A--------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCCTGACC-CTT---G------TGT---TG------TCG---
gi|39200                      :          TTG-TTAGCT-T--G----CTTTT--T---GAG--A-A-A--AA---A----A---CAACG-A-AGAA--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------CGT---CA------GTG---GC
gi|39201                      :          TTT-TAAGCT-C--G---TCTTTT------GAA--A-A-A--AA---A----A---------A-AGAG--GTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT----G------TCA---TCGT---CGT
gi|39202                      :          TTG-TTAGCT-C--A---TGTTTC--T---GAA--A-A-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATAGCC-CTG---G------CG
gi|39206                      :           TT-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAG--A-A-A--AA--------A---CCCTG-A-AGAA--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CA------TCT---TCGT---CGTC
gi|39207                      :           TT-TCAGCT-C--G---TCTTTT--T---TAA--A-A-G--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGA-C-CTG---G------CAT---CG------TCG---GCTT---TGGCGT
gi|39208                      :           TT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TAA--T-A-A--AA---T--------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCTTGACC-CTG---G------CGT---TG------TCA---GCTT---TGTC
gi|39209                      :           TT-TAAGCT-C--A---TGTTTTG-T---GTA--A-A-A--AA---A----A---C---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------C-T-----------TCG---GCAT---TGT
gi|39210                      :           TT-TTAGCT-C--G---ACTTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A--------T---G-A-AGAG--CTAG-TGACATGACC-TTG---G------CGT---CG------CC
gi|39211                      :           TT-TTATCT-T--G---CCTTTT--T---GAA--A-A-A--AAC--A----A---C---A-A-AGAA--CTAT-TATTGTGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---
gi|39212                      :           TT-TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TAA--T-A-C--AG---T----A---------A-AGAA--CTAT-TGTTGTTACC-TTG---G------CAT---CG------TTG---TCGT---CGTTGT
gi|39213                      :           TT-TTAACT-T--G---TCTCTT--T---GAA--A-A-A--AA---ACCCCA---CACAG-A-CGAG--CTAA-TTTCATGACTGCTG---A------CGT---CG------TCG---TCGT---TGCCGT
gi|39218                      :            T-TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GAA--A-A-T--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CAT---TG------TCG---GCAT---TGGCGT
gi|39219                      :             -TTAGCT-C--G---CCTTTT--T---GAA--A-A-A--CA---A--------C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATGACC-TTG---G------CGT---TG------CCA---TCAT---TGCCGT
gi|39221                      :                  CT-T--G---TCTTTT--T---GGA--A-A-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CG------TCG---TTGT---C
gi|39222                      :                         ---TTTTTT--C---CAA--A-A-A--AA---ACC--A---C---T-A-AGA----TATATGTCATAACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---TGACGT
gi|39223                      :                    ctttt---TTTTTT--T------------A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACT-ATG---T------CAT---CG------T
gi|39224                      :                                  ttt---GAA--T-A-A--CA---C----A---C---G-A-AGGG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---TCGT---TGTCGT
gi|39226                      :                        ttctgtaTTT--T---GAA--A-A-A--AA---A----C---CC--G-A-AGGA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CG
gi|39227                      :                               TTT--T---GAA--A-G-A--AA------------C---G-A-AGCG--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------GGT---TG------TTG---TTGT---AGTCAT
gi|39228                      :                                TT--T---GAA--A-A-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGCAATGACT-CTG---A------TGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39229                      :                                              -A-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CAAT-TGTCATGACC-ATG---G------------CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39231                      :                                                  --AA---G----A---CAA-G-G-AGAG--TTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---GCGCTGGCGTCGT
gi|39232                      :                                                      ---A----A---C-----A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-C------------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39233                      :                                                      ---A----A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GTGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39234                      :                                                      ---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTGTTAGCGT---TGTCGT
gi|39235                      :                                                      ---A----A---G---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CAA---G------CGT---CG------TCG---TCAT---CGTCG
gi|39237                      :                                                          ----A---C---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39240                      :                                                                   ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39243                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39244                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39245                      :                                                                   ---G-G-AAAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39246                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39247                      :                                                                   ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCAT---CGTC
gi|39248                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---TG------GCG---GCGT---CGTCGT
gi|39250                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39251                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATAACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCGT---CGTCAT
gi|39253                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCGT---TGTCGT
gi|39254                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39255                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GCGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39256                      :                                                                   ---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCGGCAG------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39257                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGGCGT
gi|39258                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGG---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39259                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGTTGGCG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39260                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-C-G---G------CGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39261                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCAT---CATCAT
gi|39262                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCAATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39263                      :                                                                   ---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39264                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---GCGTCATCGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39266                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGA---CGTCG
gi|39267                      :                                                                   ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---GTGT---TGT---CG------TTG---GCGT---CGTCGTccgt
gi|39313                      :                                                                         -AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---C------TGT---TG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39317                      :                                                                           GAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CA------TCG---GCGT---CGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                            1111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :             1111 11      0 00 111      11 333  0 11  0 00  3333333333333333 0 0    11    0          0   000 333333   111  111111   111    000      
lowQualScore                  :             .... ..      . .. ...      .. ...  . ..  . ..  ................ . .    ..    .          .   ... ......   ...  ......   ...    ...      
lowQualScore                  :             4444 66      6 99 111      44 666  6 44  6 88  4444444444444444 4 4    00    4          4   777 222222   444  222222   555    888      
consensus                     :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
Reference ( family-192 )      :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39146                      :        TTTTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A------------GAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---AG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39147                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-T--G---TTTTTT--TT--GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AAAC--CTAC-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TCGT---TGTTGT
gi|39148                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAGA--GA-A--AA---A----A---C---G-A-ATAG--CTAT-TGTCATGACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---
gi|39149                      :        tTTGT----T--TTAGCT-A--G---TTTTTT--TTTTAA-A--AA-A--CA---A----A---CC--G-A-AGAG--TTAT-TGTCTTGACC-CT------------GC---CA------TCC---GCGT---CTTTGT
gi|39150                      :      tcTTTTT----TA-TTAGCT-C--G---TCGTTT-------A-G--AA-A--AA---A----A---C---GGA-AGAG--CTAT-TGCCATGACT-CTT---G------CGT---CG------TTG---
gi|39151                      :           TT----T--TAAGCT-T--G---TCTTTT--T---G--A--AA-C--CA---A----T---C---G-A-AGAGA-TTAT-TGTCATGACC-CTT---G------CTT---CA------GCG---GCGT---TGTTG
gi|39152                      :     ttttgaTT----T--TTATCT-C--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---T-A-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CTT---G------CGT---C-------T-----ACGT---CGT
gi|39155                      :  ttttaaTTCTT----T--GTAGCT-C--G---TCTTTT--T---AA-A--AG-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39156                      :        TTTTT----A--TTGGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----AACAC---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATTTCC-TTG---G------CGT---CG------TCT---GCGT---CGTCGT
gi|39157                      :        TTTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---C
gi|39158                      :        TTGTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CGGAGGCATCG---GTGT---CGCC
gi|39159                      :        TTTTT----A--TTAGTT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-ACAG--CTAT-TGTCATAACC-CAT---G------CGT---CA------TCC---GCAT---TGTTGT
gi|39160                      :        TTTTT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---A---C-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-TTG---G------TGT---CG------TCA---TTGT---CATC
gi|39161                      :        TCTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----AACCC---G-A-TGAG--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------TGT---TG------TTG---
gi|39162                      :        TTATT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TC--GA-AG-AA-A--AA---A----A---C---G-A-AAAG--CTAT-TGTCACGACC-CGT---G------CGT---TG------GTG---GCAG---CATTGT
gi|39163                      :        TTTTTACTAT--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-T--AA-G--AA---A----A---C---T-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACA-CTG---G------TGT---CA------GCG---GCAG---CATTGT
gi|39164                      :        TTTCT----T--TTAGCT-T--G---C----T--G---GG-A--CA-A--AG---T----C---C---A-A-AGAGTGCTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------GTG---GCGT---CGTCGT
gi|39165                      :   tttttTTATT----C--TTAGCT-------------T--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---G---G-A-AGAG--CTAT-TGTTGTGACC-CAG---G------------CG------TCA---GCGT---TGTTGT
gi|39166                      :         TCTT----T--TTAGTT-C--G---TCTATT---------A--AA-A--AA---G----A---C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATTACC-CTG---G------TGT---TG------TCT---GCGT---CGTC
gi|39167                      :         TTCT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CATAAACG------TCT---ATGC---TGTTGT
gi|39168                      :         TTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A-------------------AT--GCCATGACC-CTT---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39169                      :         TCTT----G--TTAGCT-T--G---CCCTTT--T---GA-A--AA-ATAAG---A----G---C---A-A-AGAG--CTAT-TGTTATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCA---TTGT---TGTC
gi|39170                      :         TTTT----T--TTAGCT-C--G---CC----------GG-G--AC-G--AA---GTCC-A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39171                      :         TTTA----T--TT-GCT-C--G---TCTTTT--GA--GA-A--AA-A--AA---A----C---C---G-ACAGGA--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TTGT---TGTCGT
gi|39173                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---T----G---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---A------CGT---CC------TCT---GCAT---TGTTGT
gi|39174                      :          TTT----TAATTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---TG------TCG---AC
gi|39175                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG----------------TG------TTG---GTGT---CATC
gi|39176                      :          TTT----G--TTCGCT-C--G---TATTTT--T---AA-A--AAAA--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---A------CGT---CA------TTG---
gi|39177                      :           TT----T--TGAGCT-A--A---T--TAT--T---GA-A--AA----AA---A----A---C---G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---C
gi|39178                      : tttttaaggTTT----T--TTAGCT-T--G---CCT---------GG-A--CG-A--AGTCCA----A-------G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---CGGCGT
gi|39181                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---GTGT---CATCGT
gi|39182                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TTA-AA-A--AA-A--AA---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39183                      :           TT----T--TTAGTT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GTGG---CGTCG
gi|39184                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39185                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCATTT--T---GA-AGAAA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TCG---GCGT---CGTCAT
gi|39186                      :           TT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---TCGT---C
gi|39187                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------------TG------TCG---GCAT---CGTTGT
gi|39188                      :           TT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---
gi|39189                      :           TT----T--TTGGCT-T--TATTTTTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACG-TTG---G------CGT---TG------TCT---TCAT---TGTCGT
gi|39190                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--TA---A--------C---A-A-AGAG--CTGC-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TTG---TCGT---TGTC
gi|39191                      :           TT----T--GTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--TA---A--------T---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CA------TCA---ACGT---CATTG
gi|39193                      :           TT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AG----CTAT-TGTCATGACC-ATG---G------CGT---TG------TTGTCTGCGT---CGTCAT
gi|39194                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATCACC-ATG---G------CGT---CG------CCA---TCAT---CATC
gi|39195                      :           TT----T--TCAGCT-T--G---TCATTT--T---GA-G--AA-A--AA------------C---G-A-AAAG--CTGT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TTG---GAGG---CATTGT
gi|39196                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTGATGACC-CCG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39197                      :           TT----T--TAAGCT-CAGG---TTTTTT--A---AA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A--GAG--CTAT-TGTCATTACC-CAG---G------TGT---CG------TTG---GCGT---TGTCGT
gi|39198                      :           TT----T--TTAACTTC--A---TCTTTTCTT---GA-A--AA-A--AA---A----C---C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---GG------TC
gi|39199                      :           TT----T--TTAACT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A--------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCCTGACC-CTT---G------TGT---TG------TCG---
gi|39200                      :           TT----G--TTAGCT-T--G----CTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----A---CAACG-A-AGAA--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------CGT---CA------GTG---GC
gi|39201                      :           TT----T--TAAGCT-C--G---TCTTTT------GA-A--AA-A--AA---A----A---------A-AGAG--GTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT----G------TCA---TCGT---CGT
gi|39202                      :           TT----G--TTAGCT-C--A---TGTTTC--T---GA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATAGCC-CTG---G------CG
gi|39206                      :            T----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA--------A---CCCTG-A-AGAA--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CA------TCT---TCGT---CGTC
gi|39207                      :            T----T--TCAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--AA-G--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGA-C-CTG---G------CAT---CG------TCG---GCTT---TGGCGT
gi|39208                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-A--AA---T--------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCTTGACC-CTG---G------CGT---TG------TCA---GCTT---TGTC
gi|39209                      :            T----T--TAAGCT-C--A---TGTTTTG-T---GT-A--AA-A--AA---A----A---C---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------C-T-----------TCG---GCAT---TGT
gi|39210                      :            T----T--TTAGCT-C--G---ACTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A--------T---G-A-AGAG--CTAG-TGACATGACC-TTG---G------CGT---CG------CC
gi|39211                      :            T----T--TTATCT-T--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--AAC--A----A---C---A-A-AGAA--CTAT-TATTGTGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---
gi|39212                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-C--AG---T----A---------A-AGAA--CTAT-TGTTGTTACC-TTG---G------CAT---CG------TTG---TCGT---CGTTGT
gi|39213                      :            T----T--TTAACT-T--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--AA---ACCCCA---CACAG-A-CGAG--CTAA-TTTCATGACTGCTG---A------CGT---CG------TCG---TCGT---TGCCGT
gi|39218                      :             ----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-T--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CAT---TG------TCG---GCAT---TGGCGT
gi|39219                      :                  --TTAGCT-C--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATGACC-TTG---G------CGT---TG------CCA---TCAT---TGCCGT
gi|39221                      :                        CT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CG------TCG---TTGT---C
gi|39222                      :                               ---TTTTTT--T---CC-A--AA-A--AA---AACC-A---C---T-A-AGA----TATATGTCATAACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---TGACGT
gi|39223                      :                           cttt---TTTTTT--T------------A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACT-ATG---T------CAT---CG------T
gi|39224                      :                                        ttt---GA-A--TA-A--CA---C----A---C---G-A-AGGG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---TCGT---TGTCGT
gi|39226                      :                              ttctgtaTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----C---CC--G-A-AGGA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CG
gi|39227                      :                                     TTT--T---GA-A--AG-A--AA------------C---G-A-AGCG--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------GGT---TG------TTG---TTGT---AGTCAT
gi|39228                      :                                      TT--T---GA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGCAATGACT-CTG---A------TGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39229                      :                                                     A-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CAAT-TGTCATGACC-ATG---G------------CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39231                      :                                                        --AA---G----A---CAA-G-G-AGAG--TTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---GCGCTGGCGTCGT
gi|39232                      :                                                            ---A----A---C-----A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-C------------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39233                      :                                                            ---A----A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GTGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39234                      :                                                            ---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTGTTAGCGT---TGTCGT
gi|39235                      :                                                            ---A----A---G---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CAA---G------CGT---CG------TCG---TCAT---CGTCG
gi|39237                      :                                                                ----A---C---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39240                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39243                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39244                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39245                      :                                                                         ---G-G-AAAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39246                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39247                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCAT---CGTC
gi|39248                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---TG------GCG---GCGT---CGTCGT
gi|39250                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39251                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATAACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCGT---CGTCAT
gi|39253                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCGT---TGTCGT
gi|39254                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39255                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GCGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39256                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCGGCAG------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39257                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGGCGT
gi|39258                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGG---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39259                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGTTGGCG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39260                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-C-G---G------CGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39261                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCAT---CATCAT
gi|39262                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCAATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39263                      :                                                                         ---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39264                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---GCGTCATCGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39266                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGA---CGTCG
gi|39267                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---GTGT---TGT---CG------TTG---GCGT---CGTCGTccgt
gi|39313                      :                                                                               -AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---C------TGT---TG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39317                      :                                                                                 GAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CA------TCG---GCGT---CGTC





Alignments
lowQualScore                  :                                                            1111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :             1111 11      0 00 111      11 333  0 11  0 00  3333333333333333 0 0    11    0          0   000 333333   111  111111   111    000      
lowQualScore                  :             .... ..      . .. ...      .. ...  . ..  . ..  ................ . .    ..    .          .   ... ......   ...  ......   ...    ...      
lowQualScore                  :             4444 66      6 99 111      44 666  6 44  6 88  4444444444444444 4 4    00    4          4   777 222222   444  222222   555    888      
consensus                     :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
Reference ( family-192 )      :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39146                      :        TTTTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A------------GAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---AG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39147                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-T--G---TTTTTT--TT--GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AAAC--CTAC-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TCGT---TGTTGT
gi|39148                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAGA--GA-A--AA---A----A---C---G-A-ATAG--CTAT-TGTCATGACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---
gi|39149                      :        tTTGT----T--TTAGCT-A--G---TTTTTT--TTTTAA-A--AA-A--CA---A----A---CC--G-A-AGAG--TTAT-TGTCTTGACC-CT------------GC---CA------TCC---GCGT---CTTTGT
gi|39150                      :      tcTTTTT----TA-TTAGCT-C--G---TCGTTT-------A-G--AA-A--AA---A----A---C---GGA-AGAG--CTAT-TGCCATGACT-CTT---G------CGT---CG------TTG---
gi|39151                      :           TT----T--TAAGCT-T--G---TCTTTT--T---G--A--AA-C--CA---A----T---C---G-A-AGAGA-TTAT-TGTCATGACC-CTT---G------CTT---CA------GCG---GCGT---TGTTG
gi|39152                      :     ttttgaTT----T--TTATCT-C--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---T-A-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CTT---G------CGT---C-------T-----ACGT---CGT
gi|39155                      :  ttttaaTTCTT----T--GTAGCT-C--G---TCTTTT--T---AA-A--AG-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39156                      :        TTTTT----A--TTGGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----AACAC---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATTTCC-TTG---G------CGT---CG------TCT---GCGT---CGTCGT
gi|39157                      :        TTTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---C
gi|39158                      :        TTGTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CGGAGGCATCG---GTGT---CGCC
gi|39159                      :        TTTTT----A--TTAGTT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-ACAG--CTAT-TGTCATAACC-CAT---G------CGT---CA------TCC---GCAT---TGTTGT
gi|39160                      :        TTTTT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---A---C-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-TTG---G------TGT---CG------TCA---TTGT---CATC
gi|39161                      :        TCTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----AACCC---G-A-TGAG--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------TGT---TG------TTG---
gi|39162                      :        TTATT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TC--GA-AG-AA-A--AA---A----A---C---G-A-AAAG--CTAT-TGTCACGACC-CGT---G------CGT---TG------GTG---GCAG---CATTGT
gi|39163                      :        TTTTTACTAT--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-T--AA-G--AA---A----A---C---T-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACA-CTG---G------TGT---CA------GCG---GCAG---CATTGT
gi|39164                      :        TTTCT----T--TTAGCT-T--G---C----T--G---GG-A--CA-A--AG---T----C---C---A-A-AGAGTGCTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------GTG---GCGT---CGTCGT
gi|39165                      :   tttttTTATT----C--TTAGCT-------------T--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---G---G-A-AGAG--CTAT-TGTTGTGACC-CAG---G------------CG------TCA---GCGT---TGTTGT
gi|39166                      :         TCTT----T--TTAGTT-C--G---TCTATT---------A--AA-A--AA---G----A---C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATTACC-CTG---G------TGT---TG------TCT---GCGT---CGTC
gi|39167                      :         TTCT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CATAAACG------TCT---ATGC---TGTTGT
gi|39168                      :         TTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A-------------------AT--GCCATGACC-CTT---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39169                      :         TCTT----G--TTAGCT-T--G---CCCTTT--T---GA-A--AA-ATAAG---A----G---C---A-A-AGAG--CTAT-TGTTATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCA---TTGT---TGTC
gi|39170                      :         TTTT----T--TTAGCT-C--G---CC----------GG-G--AC-G--AA---GTCC-A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39171                      :         TTTA----T--TT-GCT-C--G---TCTTTT--GA--GA-A--AA-A--AA---A----C---C---G-ACAGGA--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TTGT---TGTCGT
gi|39173                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---T----G---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---A------CGT---CC------TCT---GCAT---TGTTGT
gi|39174                      :          TTT----TAATTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---TG------TCG---AC
gi|39175                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG----------------TG------TTG---GTGT---CATC
gi|39176                      :          TTT----G--TTCGCT-C--G---TATTTT--T---AA-A--AAAA--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---A------CGT---CA------TTG---
gi|39177                      :           TT----T--TGAGCT-A--A---T--TAT--T---GA-A--AA----AA---A----A---C---G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---C
gi|39178                      : tttttaaggTTT----T--TTAGCT-T--G---CCT---------GG-A--CG-A--AGTCCA----A-------G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---CGGCGT
gi|39181                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---GTGT---CATCGT
gi|39182                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TTA-AA-A--AA-A--AA---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39183                      :           TT----T--TTAGTT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GTGG---CGTCG
gi|39184                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39185                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCATTT--T---GA-AGAAA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TCG---GCGT---CGTCAT
gi|39186                      :           TT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---TCGT---C
gi|39187                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------------TG------TCG---GCAT---CGTTGT
gi|39188                      :           TT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---
gi|39189                      :           TT----T--TTGGCT-T--TATTTTTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACG-TTG---G------CGT---TG------TCT---TCAT---TGTCGT
gi|39190                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--TA---A--------C---A-A-AGAG--CTGC-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TTG---TCGT---TGTC
gi|39191                      :           TT----T--GTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--TA---A--------T---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CA------TCA---ACGT---CATTG
gi|39193                      :           TT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AG----CTAT-TGTCATGACC-ATG---G------CGT---TG------TTGTCTGCGT---CGTCAT
gi|39194                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATCACC-ATG---G------CGT---CG------CCA---TCAT---CATC
gi|39195                      :           TT----T--TCAGCT-T--G---TCATTT--T---GA-G--AA-A--AA------------C---G-A-AAAG--CTGT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TTG---GAGG---CATTGT
gi|39196                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTGATGACC-CCG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39197                      :           TT----T--TAAGCT-CAGG---TTTTTT--A---AA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A--GAG--CTAT-TGTCATTACC-CAG---G------TGT---CG------TTG---GCGT---TGTCGT
gi|39198                      :           TT----T--TTAACTTC--A---TCTTTTCTT---GA-A--AA-A--AA---A----C---C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---GG------TC
gi|39199                      :           TT----T--TTAACT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A--------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCCTGACC-CTT---G------TGT---TG------TCG---
gi|39200                      :           TT----G--TTAGCT-T--G----CTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----A---CAACG-A-AGAA--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------CGT---CA------GTG---GC
gi|39201                      :           TT----T--TAAGCT-C--G---TCTTTT------GA-A--AA-A--AA---A----A---------A-AGAG--GTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT----G------TCA---TCGT---CGT
gi|39202                      :           TT----G--TTAGCT-C--A---TGTTTC--T---GA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATAGCC-CTG---G------CG
gi|39206                      :            T----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA--------A---CCCTG-A-AGAA--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CA------TCT---TCGT---CGTC
gi|39207                      :            T----T--TCAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--AA-G--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGA-C-CTG---G------CAT---CG------TCG---GCTT---TGGCGT
gi|39208                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-A--AA---T--------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCTTGACC-CTG---G------CGT---TG------TCA---GCTT---TGTC
gi|39209                      :            T----T--TAAGCT-C--A---TGTTTTG-T---GT-A--AA-A--AA---A----A---C---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------C-T-----------TCG---GCAT---TGT
gi|39210                      :            T----T--TTAGCT-C--G---ACTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A--------T---G-A-AGAG--CTAG-TGACATGACC-TTG---G------CGT---CG------CC
gi|39211                      :            T----T--TTATCT-T--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--AAC--A----A---C---A-A-AGAA--CTAT-TATTGTGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---
gi|39212                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-C--AG---T----A---------A-AGAA--CTAT-TGTTGTTACC-TTG---G------CAT---CG------TTG---TCGT---CGTTGT
gi|39213                      :            T----T--TTAACT-T--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--AA---ACCCCA---CACAG-A-CGAG--CTAA-TTTCATGACTGCTG---A------CGT---CG------TCG---TCGT---TGCCGT
gi|39218                      :             ----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-T--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CAT---TG------TCG---GCAT---TGGCGT
gi|39219                      :                  --TTAGCT-C--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATGACC-TTG---G------CGT---TG------CCA---TCAT---TGCCGT
gi|39221                      :                        CT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CG------TCG---TTGT---C
gi|39222                      :                               ---TTTTTT--T---CC-A--AA-A--AA---AACC-A---C---T-A-AGA----TATATGTCATAACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---TGACGT
gi|39223                      :                           cttt---TTTTTT--T------------A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACT-ATG---T------CAT---CG------T
gi|39224                      :                                        ttt---GA-A--TA-A--CA---C----A---C---G-A-AGGG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---TCGT---TGTCGT
gi|39226                      :                              ttctgtaTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----C---CC--G-A-AGGA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CG
gi|39227                      :                                     TTT--T---GA-A--AG-A--AA------------C---G-A-AGCG--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------GGT---TG------TTG---TTGT---AGTCAT
gi|39228                      :                                      TT--T---GA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGCAATGACT-CTG---A------TGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39229                      :                                                     A-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CAAT-TGTCATGACC-ATG---G------------CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39231                      :                                                        --AA---G----A---CAA-G-G-AGAG--TTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---GCGCTGGCGTCGT
gi|39232                      :                                                            ---A----A---C-----A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-C------------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39233                      :                                                            ---A----A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GTGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39234                      :                                                            ---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTGTTAGCGT---TGTCGT
gi|39235                      :                                                            ---A----A---G---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CAA---G------CGT---CG------TCG---TCAT---CGTCG
gi|39237                      :                                                                ----A---C---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39240                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39243                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39244                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39245                      :                                                                         ---G-G-AAAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39246                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39247                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCAT---CGTC
gi|39248                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---TG------GCG---GCGT---CGTCGT
gi|39250                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39251                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATAACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCGT---CGTCAT
gi|39253                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCGT---TGTCGT
gi|39254                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39255                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GCGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39256                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCGGCAG------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39257                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGGCGT
gi|39258                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGG---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39259                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGTTGGCG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39260                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-C-G---G------CGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39261                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCAT---CATCAT
gi|39262                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCAATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39263                      :                                                                         ---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39264                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---GCGTCATCGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39266                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGA---CGTCG
gi|39267                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---GTGT---TGT---CG------TTG---GCGT---CGTCGTccgt
gi|39313                      :                                                                               -AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---C------TGT---TG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39317                      :                                                                                 GAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CA------TCG---GCGT---CGTC


blockSeqs                     :             ACTA AA           ATT      CT TTT    GA        ACCCCACACA                                       CGTCAT   AAA  GAGGCA   TCT
blockSeqs                     :             .    A            .        G  TA     G         AAACAC                                           TGT      TGG  .        TTA
blockSeqs                     :             .    .            .        .  T      .         AAACCC                                           CGT      .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  C      .         GTCCAA                                           TGT      .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  A      .         AACAAC                                           .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AACCAC                                           .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         TCCAA                                            .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         ACCCT                                            .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         GACAA                                            .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AACC                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         CAAC                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         ACCC                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         ATC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAA                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         TCC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAG                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         GAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AGC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         ACC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         TGA                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAA                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAT                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         ACC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAT                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAT                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         CAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAC                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAA                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAA                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AAG                                              .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AC                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AA                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AC                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AT                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AC                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AA                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         TT                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AT                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         TA                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :             .    .            .        .  .      .         AC                                               .        .    .        .  
blockSeqs                     :                  .            .        .  .      .         C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                               .        .  .      .         C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                               .        .  .      .         T                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                               .        .  .      .         T                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                        .  .      .         C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                        .  .      .         A                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                        .  .      .         C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                           .      .         T                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            T                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            A                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                            C                                                .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .        .  
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .           
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .           
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .    .           
blockSeqs                     :                                                                                                             .        .                
blockSeqs                     :                                                                                                             .                         
blockSeqs                     :                                                                                                             .                         


blockSeqCons                  :                                                            AAC*************
originalCons                  :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
finalCons                     :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AAAAC-------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT





Alignments
lowQualScore                  :                                                            1111111111111111                                                                        
lowQualScore                  :             1111 11      0 00 111      11 333  0 11  0 00  3333333333333333 0 0    11    0          0   000 333333   111  111111   111    000      
lowQualScore                  :             .... ..      . .. ...      .. ...  . ..  . ..  ................ . .    ..    .          .   ... ......   ...  ......   ...    ...      
lowQualScore                  :             4444 66      6 99 111      44 666  6 44  6 88  4444444444444444 4 4    00    4          4   777 222222   444  222222   555    888      
consensus                     :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
Reference ( family-192 )      :        TTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39146                      :        TTTTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A------------GAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---AG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39147                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-T--G---TTTTTT--TT--GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AAAC--CTAC-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TCGT---TGTTGT
gi|39148                      :       tTTTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GAGA--GA-A--AA---A----A---C---G-A-ATAG--CTAT-TGTCATGACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---
gi|39149                      :        tTTGT----T--TTAGCT-A--G---TTTTTT--TTTTAA-A--AA-A--CA---A----A---CC--G-A-AGAG--TTAT-TGTCTTGACC-CT------------GC---CA------TCC---GCGT---CTTTGT
gi|39150                      :      tcTTTTT----TA-TTAGCT-C--G---TCGTTT-------A-G--AA-A--AA---A----A---C---GGA-AGAG--CTAT-TGCCATGACT-CTT---G------CGT---CG------TTG---
gi|39151                      :           TT----T--TAAGCT-T--G---TCTTTT--T---G--A--AA-C--CA---A----T---C---G-A-AGAGA-TTAT-TGTCATGACC-CTT---G------CTT---CA------GCG---GCGT---TGTTG
gi|39152                      :     ttttgaTT----T--TTATCT-C--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---T-A-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CTT---G------CGT---C-------T-----ACGT---CGT
gi|39155                      :  ttttaaTTCTT----T--GTAGCT-C--G---TCTTTT--T---AA-A--AG-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39156                      :        TTTTT----A--TTGGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----AACAC---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATTTCC-TTG---G------CGT---CG------TCT---GCGT---CGTCGT
gi|39157                      :        TTTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---C
gi|39158                      :        TTGTT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CGGAGGCATCG---GTGT---CGCC
gi|39159                      :        TTTTT----A--TTAGTT-T--G---TCTTTT--T------A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-ACAG--CTAT-TGTCATAACC-CAT---G------CGT---CA------TCC---GCAT---TGTTGT
gi|39160                      :        TTTTT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---A---C-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-TTG---G------TGT---CG------TCA---TTGT---CATC
gi|39161                      :        TCTTT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----AACCC---G-A-TGAG--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------TGT---TG------TTG---
gi|39162                      :        TTATT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TC--GA-AG-AA-A--AA---A----A---C---G-A-AAAG--CTAT-TGTCACGACC-CGT---G------CGT---TG------GTG---GCAG---CATTGT
gi|39163                      :        TTTTTACTAT--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-T--AA-G--AA---A----A---C---T-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACA-CTG---G------TGT---CA------GCG---GCAG---CATTGT
gi|39164                      :        TTTCT----T--TTAGCT-T--G---C----T--G---GG-A--CA-A--AG---T----C---C---A-A-AGAGTGCTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------GTG---GCGT---CGTCGT
gi|39165                      :   tttttTTATT----C--TTAGCT-------------T--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---G---G-A-AGAG--CTAT-TGTTGTGACC-CAG---G------------CG------TCA---GCGT---TGTTGT
gi|39166                      :         TCTT----T--TTAGTT-C--G---TCTATT---------A--AA-A--AA---G----A---C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATTACC-CTG---G------TGT---TG------TCT---GCGT---CGTC
gi|39167                      :         TTCT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CATAAACG------TCT---ATGC---TGTTGT
gi|39168                      :         TTTT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A-------------------AT--GCCATGACC-CTT---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39169                      :         TCTT----G--TTAGCT-T--G---CCCTTT--T---GA-A--AA-ATAAG---A----G---C---A-A-AGAG--CTAT-TGTTATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCA---TTGT---TGTC
gi|39170                      :         TTTT----T--TTAGCT-C--G---CC----------GG-G--AC-G--AA---GTCC-A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39171                      :         TTTA----T--TT-GCT-C--G---TCTTTT--GA--GA-A--AA-A--AA---A----C---C---G-ACAGGA--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CA------TCG---TTGT---TGTCGT
gi|39173                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---T----G---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---A------CGT---CC------TCT---GCAT---TGTTGT
gi|39174                      :          TTT----TAATTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---TG------TCG---AC
gi|39175                      :          TTT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---TA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG----------------TG------TTG---GTGT---CATC
gi|39176                      :          TTT----G--TTCGCT-C--G---TATTTT--T---AA-A--AAAA--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---A------CGT---CA------TTG---
gi|39177                      :           TT----T--TGAGCT-A--A---T--TAT--T---GA-A--AA----AA---A----A---C---G-A-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---C
gi|39178                      : tttttaaggTTT----T--TTAGCT-T--G---CCT---------GG-A--CG-A--AGTCCA----A-------G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TTGT---CGGCGT
gi|39181                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---GTGT---CATCGT
gi|39182                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--TTA-AA-A--AA-A--AA---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CATCGT
gi|39183                      :           TT----T--TTAGTT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---GTGG---CGTCG
gi|39184                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39185                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCATTT--T---GA-AGAAA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TCG---GCGT---CGTCAT
gi|39186                      :           TT----A--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CAT---CG------TCG---TCGT---C
gi|39187                      :           TT----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA---------A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------------TG------TCG---GCAT---CGTTGT
gi|39188                      :           TT----A--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---
gi|39189                      :           TT----T--TTGGCT-T--TATTTTTTTT--T---TA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACG-TTG---G------CGT---TG------TCT---TCAT---TGTCGT
gi|39190                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--TA---A--------C---A-A-AGAG--CTGC-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---TG------TTG---TCGT---TGTC
gi|39191                      :           TT----T--GTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--TA---A--------T---A-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CA------TCA---ACGT---CATTG
gi|39193                      :           TT----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------C---T-A-AG----CTAT-TGTCATGACC-ATG---G------CGT---TG------TTGTCTGCGT---CGTCAT
gi|39194                      :           TT----T--TTAGCT-C--A---TCTTTT--T---GA-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATCACC-ATG---G------CGT---CG------CCA---TCAT---CATC
gi|39195                      :           TT----T--TCAGCT-T--G---TCATTT--T---GA-G--AA-A--AA------------C---G-A-AAAG--CTGT-TGTCATGACC-CTG---G------TGT---CG------TTG---GAGG---CATTGT
gi|39196                      :           TT----T--TTATCT-C--G---TCTTTT--T---GT-A--AA-A--AA------------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTGATGACC-CCG---T------CGT---CG------TCG---TTGT---CGTTGT
gi|39197                      :           TT----T--TAAGCT-CAGG---TTTTTT--A---AA-A--AA-A--AA---A----A---C---G-A--GAG--CTAT-TGTCATTACC-CAG---G------TGT---CG------TTG---GCGT---TGTCGT
gi|39198                      :           TT----T--TTAACTTC--A---TCTTTTCTT---GA-A--AA-A--AA---A----C---C---T-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---GG------TC
gi|39199                      :           TT----T--TTAACT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A--------C---A-A-AGAG--CTAT-TGTCCTGACC-CTT---G------TGT---TG------TCG---
gi|39200                      :           TT----G--TTAGCT-T--G----CTTTT--T---GA-G--AA-A--AA---A----A---CAACG-A-AGAA--CTAT-TGTCATGGCC-CTG---G------CGT---CA------GTG---GC
gi|39201                      :           TT----T--TAAGCT-C--G---TCTTTT------GA-A--AA-A--AA---A----A---------A-AGAG--GTAT-TTTCATGACC-CTG---G------CGT----G------TCA---TCGT---CGT
gi|39202                      :           TT----G--TTAGCT-C--A---TGTTTC--T---GA-A--AA-A--AA---A------------G-A-AGAG--CTAT-TGTCATAGCC-CTG---G------CG
gi|39206                      :            T----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-G--AA-A--AA--------A---CCCTG-A-AGAA--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CA------TCT---TCGT---CGTC
gi|39207                      :            T----T--TCAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--AA-G--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGA-C-CTG---G------CAT---CG------TCG---GCTT---TGGCGT
gi|39208                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-A--AA---T--------T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCTTGACC-CTG---G------CGT---TG------TCA---GCTT---TGTC
gi|39209                      :            T----T--TAAGCT-C--A---TGTTTTG-T---GT-A--AA-A--AA---A----A---C---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------C-T-----------TCG---GCAT---TGT
gi|39210                      :            T----T--TTAGCT-C--G---ACTTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A--------T---G-A-AGAG--CTAG-TGACATGACC-TTG---G------CGT---CG------CC
gi|39211                      :            T----T--TTATCT-T--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--AAC--A----A---C---A-A-AGAA--CTAT-TATTGTGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---
gi|39212                      :            T----T--TTAGCT-C--G---TCTTTT--T---TA-A--TA-C--AG---T----A---------A-AGAA--CTAT-TGTTGTTACC-TTG---G------CAT---CG------TTG---TCGT---CGTTGT
gi|39213                      :            T----T--TTAACT-T--G---TCTCTT--T---GA-A--AA-A--AA---ACCCCA---CACAG-A-CGAG--CTAA-TTTCATGACTGCTG---A------CGT---CG------TCG---TCGT---TGCCGT
gi|39218                      :             ----T--TTAGCT-T--G---TCTTTT--T---GA-A--AA-T--AA------------C---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGATC-CTG---G------CAT---TG------TCG---GCAT---TGGCGT
gi|39219                      :                  --TTAGCT-C--G---CCTTTT--T---GA-A--AA-A--CA---A--------C---G-A-AGAG--CTTT-TGTCATGACC-TTG---G------CGT---TG------CCA---TCAT---TGCCGT
gi|39221                      :                        CT-T--G---TCTTTT--T---GG-A--AA-A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGG---CG------TCG---TTGT---C
gi|39222                      :                               ---TTTTTT--T---CC-A--AA-A--AA---AACC-A---C---T-A-AGA----TATATGTCATAACG-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---TGACGT
gi|39223                      :                           cttt---TTTTTT--T------------A--AA---A----A---T---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACT-ATG---T------CAT---CG------T
gi|39224                      :                                        ttt---GA-A--TA-A--CA---C----A---C---G-A-AGGG--CTAT-TGTCGTGACC-CTG---G------TGT---CG------TCG---TCGT---TGTCGT
gi|39226                      :                              ttctgtaTTT--T---GA-A--AA-A--AA---A----C---CC--G-A-AGGA--CTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CG
gi|39227                      :                                     TTT--T---GA-A--AG-A--AA------------C---G-A-AGCG--CTTT-TGTCATGACC-CTG---G------GGT---TG------TTG---TTGT---AGTCAT
gi|39228                      :                                      TT--T---GA-A--AA-----A---A----A---C---G-A-AGAG--CTAT-TGCAATGACT-CTG---A------TGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39229                      :                                                     A-A--AA---A----A---C---A-A-AGAG--CAAT-TGTCATGACC-ATG---G------------CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39231                      :                                                        --AA---G----A---CAA-G-G-AGAG--TTAT-TGTCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTG---GCGCTGGCGTCGT
gi|39232                      :                                                            ---A----A---C-----A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-C------------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39233                      :                                                            ---A----A---A---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GTGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39234                      :                                                            ---A----A---A---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TTGTTAGCGT---TGTCGT
gi|39235                      :                                                            ---A----A---G---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CAA---G------CGT---CG------TCG---TCAT---CGTCG
gi|39237                      :                                                                ----A---C---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39240                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39243                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39244                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CGG---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39245                      :                                                                         ---G-G-AAAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39246                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39247                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCAT---CGTC
gi|39248                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---TG------GCG---GCGT---CGTCGT
gi|39250                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39251                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATAACC-CCG---G------CGT---CG------TTG---GCGT---CGTCAT
gi|39253                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TATCATGACC-CCG---G------CAT---CG------TCG---GCGT---TGTCGT
gi|39254                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39255                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---GCGT---CGT---CG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39256                      :                                                                         ---G-A-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCGGCAG------CGT---CG------TCG---GCGT---CGTC
gi|39257                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCA---GCGT---CGGCGT
gi|39258                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCA---G------CGG---CG------TCG---GCAT---CGTCGT
gi|39259                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGTTGGCG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39260                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-C-G---G------CGT---CG------TCG---GCGT---C
gi|39261                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------TGT---CG------TCG---GCAT---CATCAT
gi|39262                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCAATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGT---CGTCGT
gi|39263                      :                                                                         ---G-G-AGAA--CTAT-TGTCATGACC-CCG---G------CGT---CG------TCG---TCGG---CGTCGT
gi|39264                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGTCATGACC-CCG---GCGTCATCGT---CG------TCA---GCGT---CGTCGT
gi|39266                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---G------CGT---CG------TCG---TCGA---CGTCG
gi|39267                      :                                                                         ---G-G-AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---GTGT---TGT---CG------TTG---GCGT---CGTCGTccgt
gi|39313                      :                                                                               -AGAG--CTAT-TGCCATGACC-CTG---C------TGT---TG------TCG---GCGT---CGTCGT
gi|39317                      :                                                                                 GAG--CTAT-TGCCATGACC-CCG---G------CGT---CA------TCG---GCGT---CGTC