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Reference ( gi|93075 )        : AATTGACG--T-AACGCGAGA----ATGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTGGT--CACGTGGC---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93267                      :    TGACC--T-GACGTGAGA----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CCGGG--CACGTGGC---G-TT----G---------TTTGT--TCAAGTG--A--AT--A-C--AACGTA
gi|93269                      :    TAACT--T-GACAAGAGA----GCGATCATCGCTCC-G-AC---CA-CTAGC--CACGTGAC---G-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAA
gi|93272                      :     GACC--T-GATGTGAGA----AAGACTATCGCTCCCA-CC---CA-CTGGC--CATGTGGC---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93288                      :              ACGTGATA----ATGACTATCGCTCC-G-CC---TA-CTGGT--CACGTGGC---T-GT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATG
gi|93289                      :              ACGCGAGACAA-GCGACTATCGCTCC-G-CC---AG-CTGGC--CACGTGGT---G-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--G--AT--A-T--AATGTA
gi|93086                      :              ATGTGAGA----CT-ACTATCGCTCC-A-CC---CA-CTGAC--CACATAGC---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AAT-TAA
gi|93274                      :     aatggatcctCGCGAGA----ACGACTATTGCTCC-A-CC---CA-CTGGC--CACGTGGA---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93126                      :           acctgttGAGA----GCAACTATTGGTCT-G-CC---CA-CTGGC--CACATGAC---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-G--AATGTAAT
gi|93275                      :     aattgtcctgaaagAGA----GCGAATATCGCTCC-G-CC---CA-ATCGC--CACGTGGC---G-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93297                      :          accttacgatGA----ATGACTATTGCTCC-G-CC---CA-CTGGC--CACACGGC---A-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93298                      :                      ----ACGACCATCGCTCC-G-CC---CA-CTGGC--CACGTAAC---G-TT----G---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTA
gi|93129                      :                            GACTATTGCTCC-G-CC---CA-CTGGC--CATGTGGC---A-TT----A---------TTTGT--CCAAGTG--A--AT--A-G--AATATAAT





Alignments
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lowQualScore                  :         .. .  .      .... ....              . .  ...  .   ..          ........   .........     ..       .. ..  .. . ..        
lowQualScore                  :         11 4  4      9999 4444              4 4  777  4   11          66666666   666666666     55       99 55  55 4 99        
consensus                     : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
Reference ( family-149 )      : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93075                      : AATTGACG--T-AA-CGCGAG----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GTCACGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93136                      : AATTGACT--T-GA-AGCGAG----A----ATGACTATTGCTCC-A-CC---CA-CTG--GCCACAT-GC---A----TTGTTCTGTTACTTCGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
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gi|93143                      : AAATGACC--T-GA-CATGAG----A----GCGACTATCGATCT-G-CC---CT-CTG--G-CACATAGC---A----TTG---------TTT-T--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93145                      : AATTGACC--A-GA-CAAGAG----A----GCAACTAGTGCTCT-G-TC---CA-CTG--GCCATGTGGC---G----TTA---------TTAGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93148                      : AACTGACC--T-GA-TGCAAG----G----G--GCTATTGCTCC-G-CC---CG-CTG--TCTATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CTAAATA--A--AT--A-C--AATGTA
gi|93149                      : AATTGATC--T-GA-CACAGG----A----ATGAATATCACTCG-G-CC---AA-CTT--GCCATGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGGA--A--AT--A-C--AATGTAGT
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gi|93151                      : AATTTACC--T-GA-CGCGAG----A----ATGGCCATCGCTCG-A-TC---CG-CTG--GCCACGTGGC---A----TTG---------ATTGC--CGAGGTT--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93152                      : AAATGATC--T-GA-CGCGAT----G----ATGACTATCGCTCT-G-CC---CA-CTG--GCCGCGTGGC---G----TTG---------CTTGT--CTAGGTA--ACTAT--A-CTGAACGTAGT
gi|93153                      : AGTTGACC--T-GA-AACGAG----A----GTGACTATCGTTCT-G-CA---CA-CTG--GCCATGTGCA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGCA--A--AA--A-C--AATGTAGT
gi|93154                      : AATTGACA--T-GA-CGTAAA----C----GCGACTATCGCTGC-G-CC---CT-CTG--GCCACGTGGT---G-----------------TTGC--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93155                      : AATTGGCC--T-GA-CACCAA----A----GGGACTATCAGTCC-A-CC---CA-CTG--GCAACATGGC---G----TTG---------TTTGT--CTTAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93156                      : AATTGACC----AA-TACAAG----A----GTGACTATCGCTCC-G-CC---AA-CTG--GCCACATTGC---A----TTC---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AAT
gi|93157                      : AACTGACC--G-GA-CACAAG----A----GCCACTATCACTCT-G-CC---CA-CTA--GCCACATGGT---G----ATG---------TCTGT--CGAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93158                      : AACTGACT--T-CA-CGCGAG----AC---GC-ACTATCGCACC-A-CC---CA-CTG--GCTGCGTGGC---A----TTG---------TTTGA--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATAAAAT
gi|93159                      : AATTGACC--T-GA-TGCAAG----A----GTGACTTTTGCTCC-A-AC---CA-TTG--GCTATGTGGC---ATTGTTTG---------TTTGT--CCAAGTC--A--GT--A-C--AATGTAAT
gi|93160                      : AACTGACC--C-AA-CAAGAG----A----GCCGCTATTGCTGC-A-CT---CA-CTG--GCCACATGGC---A----TAG---------TTTGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93164                      : AATTGACCACT-GA-CGTGAG----A----GCGACTTCTTCTCC-T-CT---CA-CTG--TCCATGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCATGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93231                      :  ATTTACC--T-GA-CCCGAG----A----AAGACTATCGCTTC-G-CC---AA-CTG--GCCCCGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93233                      :  ATTGACC--T-GA-CGCGAA----A----ACGACTATGGCCTC-G-CC---CA-CTG--GTCACATGAC---A----ATG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGT
gi|93234                      :  ATTGACC--T-GA-AGCGAG----A----AAGAATATCGCTCC-G-CT---CA-CTG--ACCAGGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--C-A--AATGTAGT
gi|93236                      :  ATTGACT--T-TA-CACGAA----A----TCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTGGCGCCACGTGAC---A----TTG---------TTTAA--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93237                      :  ACTGACA--T-TA-CGCGAG----A----GCGATTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GCCATGTGGC---G----TTG---------TTTGT--GCAAGTG--A--AA--A-C--AATATAAT
gi|93238                      :  ATT-ACC--T-AG-CGTGAA----A----GCGATTGTCGCTCC-G-CC---CG-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TCTAT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
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gi|93251                      :   TTGACCCCT-GA-CGCGAG----A----ACGATTATCACTCC-G-CC---CA-CTA--GTCACATGGC---G----TTT---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93252                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAG----A----AAGATTATTGCTGC-G-CC---AA-CTG--ACCACGTAGC---G----TTG---------TTTGC--CCATGTA--A--AT--G-C--AATGTA
gi|93253                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAT----A----ATGAATATCGCTCT-G-CC---AA-TTG--GCTACGTGGC---G----TTA---------TTTGT--TTAAGTA--A--ATACA-C--AATGTAAT
gi|93255                      :   TTGACC--T-GG-CGTGAG----A----AAGACTATCACTCC-A-AC---CA-TTG--GCCACAGAGT---A----TTG---------TTTCT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93256                      :   TTGACC--T-GA-CACGAA----A----GCAGCTATCGCTCC-A-TC---CA-CTG--GTCACGTGGC---G----TTG---------TTTCTAACCAAGTGTTA--AT--A-C--AATGTAA
gi|93257                      :   TTAACC--T-GA-AGCAAG----A----ATGACCATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCAACATGG----G------G---------TTTGT--CAAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93267                      :    TGACC--T-GA-CGTGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GGCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--TCAAGTG--A--AT--A-C--AACGTA
gi|93269                      :    TAACT--T-GA-CAAGAG----A----GCGATCATCGCTCC-G-AC---CA-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAA
gi|93272                      :     GACC--T-GA-TGTGAG----A----AAGACTATCGCTCCCA-CC---CA-CTG--GCCATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93274                      :      ACC--T-GTTCGCGAG----A----ACGACTATTGCTCC-A-CC---CA-CTG--GCCACGTGGA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93275                      :      ACC--T-TA-CGATAG----A----GCGAATATCGCTCC-G-CC---CA-ATC--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93288                      :              A-CGTGAT----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---TA-CTG--GTCACGTGGC---T----GTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATG
gi|93289                      :              A-CGCGAG----ACAA-GCGACTATCGCTCC-G-CC---AG-CTG--GCCACGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--G--AT--A-T--AATGTA
gi|93297                      :                     G----A----ATGACTATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACACGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93298                      :                                CGACCATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTAAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTA





Alignments
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lowQualScore                  :         .. .  .      .... ....              . .  ...  .   ..          ........   .........     ..       .. ..  .. . ..        
lowQualScore                  :         11 4  4      9999 4444              4 4  777  4   11          66666666   666666666     55       99 55  55 4 99        
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Reference ( family-149 )      : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93075                      : AATTGACG--T-AA-CGCGAG----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GTCACGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93139                      : AACTGACC--T-GA-CGTGAG----A----GCAACTATCACTCT-G-CC---TA-CTA--ACCATGTGGC----------A---------TTTAT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93140                      : AATTGATC--T-GA-CACGAG----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CAG--CCCACATGGT---A----TTG---------TTTCT--CTAAGTA--A--AT--AGC--AA
gi|93141                      : AATTGACC--T-TA-CACAAG----A----GTGACTATCACTCC-A-GT---CA-CTT--GCCAGGTGGC---G----CTG---------TTTGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93142                      : AATTGATC--T-TA-CACGAG----A----ACAACTATTGCTCT-G-CC---CA-TTG--GTCACGTGGC---G----CT----------TTTTC--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93143                      : AAATGACC--T-GA-CATGAG----A----GCGACTATCGATCT-G-CC---CT-CTG--G-CACATAGC---A----TTG---------TTT-T--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93144                      : AATTGATC--T-GA-TGTTAG----A----GCAACTATCGCCCT-G-CG---CA-CTT--GCCACATGGC---G----TTA---------ATTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93145                      : AATTGACC--A-GA-CAAGAG----A----GCAACTAGTGCTCT-G-TC---CA-CTG--GCCATGTGGC---G----TTA---------TTAGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93146                      : AATTGACC--T-GA-CTAGAT----A----GCAGCTATAGCTCC-G-CC---CA-CTG--TCCATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--TCAAGAA--A--AT--A-T--AATATAAT
gi|93147                      : AACTGACC--T-GA-CGCAAG----A----GCGAATATCACTCC-T-CC---CA-CTG--GTCACGTGGC---G----TTG---------TTCTT--CC-AGTA--A--AT--A-T--AATATGAT
gi|93148                      : AACTGACC--T-GA-TGCAAG----G----G--GCTATTGCTCC-G-CC---CG-CTG--TCTATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CTAAATA--A--AT--A-C--AATGTA
gi|93149                      : AATTGATC--T-GA-CACAGG----A----ATGAATATCACTCG-G-CC---AA-CTT--GCCATGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGGA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93150                      : AATTGATC--T-GA-CGCAAG----A----ACGACTATTGTTTC-G-TC---AA-CTG--GTCAAGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAACT---A--AT--A-C--AATCTA
gi|93151                      : AATTTACC--T-GA-CGCGAG----A----ATGGCCATCGCTCG-A-TC---CG-CTG--GCCACGTGGC---A----TTG---------ATTGC--CGAGGTT--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93152                      : AAATGATC--T-GA-CGCGAT----G----ATGACTATCGCTCT-G-CC---CA-CTG--GCCGCGTGGC---G----TTG---------CTTGT--CTAGGTA--ACTAT--A-CTGAACGTAGT
gi|93153                      : AGTTGACC--T-GA-AACGAG----A----GTGACTATCGTTCT-G-CA---CA-CTG--GCCATGTGCA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGCA--A--AA--A-C--AATGTAGT
gi|93154                      : AATTGACA--T-GA-CGTAAA----C----GCGACTATCGCTGC-G-CC---CT-CTG--GCCACGTGGT---G-----------------TTGC--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93155                      : AATTGGCC--T-GA-CACCAA----A----GGGACTATCAGTCC-A-CC---CA-CTG--GCAACATGGC---G----TTG---------TTTGT--CTTAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93156                      : AATTGACC----AA-TACAAG----A----GTGACTATCGCTCC-G-CC---AA-CTG--GCCACATTGC---A----TTC---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AAT
gi|93157                      : AACTGACC--G-GA-CACAAG----A----GCCACTATCACTCT-G-CC---CA-CTA--GCCACATGGT---G----ATG---------TCTGT--CGAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93158                      : AACTGACT--T-CA-CGCGAG----AC---GC-ACTATCGCACC-A-CC---CA-CTG--GCTGCGTGGC---A----TTG---------TTTGA--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATAAAAT
gi|93159                      : AATTGACC--T-GA-TGCAAG----A----GTGACTTTTGCTCC-A-AC---CA-TTG--GCTATGTGGC---ATTGTTTG---------TTTGT--CCAAGTC--A--GT--A-C--AATGTAAT
gi|93160                      : AACTGACC--C-AA-CAAGAG----A----GCCGCTATTGCTGC-A-CT---CA-CTG--GCCACATGGC---A----TAG---------TTTGT--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93162                      : AATTGACC--CCGA-CGCAAA----ATCTTGTGTCTATCGCTTT-C-CC---CA-CTG--GCCACATGGC---C----TTG---------TTTGT--CCAGGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93163                      : AATTGACC--T-GA-CACAAA----A----ACGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCTACGTGAC---G----CTG---------TAAAT--ACAA-TAT-A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93164                      : AATTGACCACT-GA-CGTGAG----A----GCGACTTCTTCTCC-T-CT---CA-CTG--TCCATGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCATGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93231                      :  ATTTACC--T-GA-CCCGAG----A----AAGACTATCGCTTC-G-CC---AA-CTG--GCCCCGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93233                      :  ATTGACC--T-GA-CGCGAA----A----ACGACTATGGCCTC-G-CC---CA-CTG--GTCACATGAC---A----ATG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGT
gi|93234                      :  ATTGACC--T-GA-AGCGAG----A----AAGAATATCGCTCC-G-CT---CA-CTG--ACCAGGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--C-A--AATGTAGT
gi|93236                      :  ATTGACT--T-TA-CACGAA----A----TCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTGGCGCCACGTGAC---A----TTG---------TTTAA--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93237                      :  ACTGACA--T-TA-CGCGAG----A----GCGATTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GCCATGTGGC---G----TTG---------TTTGT--GCAAGTG--A--AA--A-C--AATATAAT
gi|93238                      :  ATT-ACC--T-AG-CGTGAA----A----GCGATTGTCGCTCC-G-CC---CG-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TCTAT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93240                      :  ATTGACC--T-GA-CGTGAG----A----ACGACTACCGCTGC-GTCC---CG-CCG--GCCACATTGCA--A----TCG---------CTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-A--TATGTAGT
gi|93251                      :   TTGACCCCT-GA-CGCGAG----A----ACGATTATCACTCC-G-CC---CA-CTA--GTCACATGGC---G----TTT---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93252                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAG----A----AAGATTATTGCTGC-G-CC---AA-CTG--ACCACGTAGC---G----TTG---------TTTGC--CCATGTA--A--AT--G-C--AATGTA
gi|93253                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAT----A----ATGAATATCGCTCT-G-CC---AA-TTG--GCTACGTGGC---G----TTA---------TTTGT--TTAAGTA--A--ATACA-C--AATGTAAT
gi|93255                      :   TTGACC--T-GG-CGTGAG----A----AAGACTATCACTCC-A-AC---CA-TTG--GCCACAGAGT---A----TTG---------TTTCT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93256                      :   TTGACC--T-GA-CACGAA----A----GCAGCTATCGCTCC-A-TC---CA-CTG--GTCACGTGGC---G----TTG---------TTTCTAACCAAGTGTTA--AT--A-C--AATGTAA
gi|93257                      :   TTAACC--T-GA-AGCAAG----A----ATGACCATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCAACATGG----G------G---------TTTGT--CAAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93267                      :    TGACC--T-GA-CGTGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GGCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--TCAAGTG--A--AT--A-C--AACGTA
gi|93269                      :    TAACT--T-GA-CAAGAG----A----GCGATCATCGCTCC-G-AC---CA-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAA
gi|93272                      :     GACC--T-GA-TGTGAG----A----AAGACTATCGCTCCCA-CC---CA-CTG--GCCATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93274                      :      ACC--T-GTTCGCGAG----A----ACGACTATTGCTCC-A-CC---CA-CTG--GCCACGTGGA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93275                      :      ACC--T-TA-CGATAG----A----GCGAATATCGCTCC-G-CC---CA-ATC--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93288                      :              A-CGTGAT----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---TA-CTG--GTCACGTGGC---T----GTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATG
gi|93289                      :              A-CGCGAG----ACAA-GCGACTATCGCTCC-G-CC---AG-CTG--GCCACGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--G--AT--A-T--AATGTA
gi|93297                      :                     G----A----ATGACTATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACACGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93298                      :                                CGACCATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTAAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTA


blockSeqs                     :         AC                TCTT                            GC          ATTGT      TTCTGTTAC
blockSeqs                     :         CC                CAA                             GC          ATTA       .        
blockSeqs                     :         .                 C                               .           AA         .        
blockSeqs                     :         .                 C                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
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blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
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blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           T          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           C          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           C          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           A          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           G          .        
blockSeqs                     :         .                 .                               .           T          .        
blockSeqs                     :                           .                               .           G          .        
blockSeqs                     :                           .                               .           A          .        
blockSeqs                     :                           .                               .           G          .        
blockSeqs                     :                                                           .           .          .        


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
finalCons                     : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT





Alignments
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lowQualScore                  :         .. .  .      .... ....              . .  ...  .   ..          ........   .........     ..       .. ..  .. . ..        
lowQualScore                  :         11 4  4      9999 4444              4 4  777  4   11          66666666   666666666     55       99 55  55 4 99        
consensus                     : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
Reference ( family-149 )      : AATTGACC--T-GA-CGCGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93097                      : AAATGACC--T-GG-CGCGAG----A----G-GACTATCGCTCC-G-CC---AA-CTG--GTCACATGGT---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93098                      : AATTGACC--T-GA-TGCGAG----A----GCGGCTATCACTCT-A-CC---CA-CTG--GCCACGTAGC---G----TTG---------TTTGT--CTGAGTA--A--AT--A-C--CATGTAAT
gi|93099                      : AATGGACC--T-GA-CGCAAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-TTG--GTCACGTGGT---A----TTA---------TTTGT--TCAAGTA--A--AT--A-C--AAT
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gi|93105                      : AATTGACC--T-AT-CGCGAG----A----ACAACTATCGCCCC-G-CC---CA-CTG--ATCACGTGAC---G----TTG---------TTTGT--CAAAGTA--A--AT--A-C--AATG
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gi|93107                      : AATTGACC--T-GC-TGCTAG----A----ACAACTATTGCTCT-T-CC---CA-CTG--GCCACGTGGT---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AAT
gi|93108                      : AATTTACT--T-GT-TGCGAG----A----ACGACTATCGCTCT-G-CC---CT-CTG--GCCACAGGGT---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93110                      : AACTGGCC--T-TA-CACGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---AA-CTG--ACCACGTGGC---A----TTA---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--G-C--AGTGCAGT
gi|93111                      : AATTGACC--A-GA-CACGTG----A----ACGATTATCGTTCC-G-CC---CA-CTG--GCTGCAGGGC---A----TTA---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTA
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gi|93117                      : AATTGACC--T-GG-CATGTG----A----ACGAATATTGCTCC-A-CC---AA-CTG--GCCACATAGT---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93118                      : AATTGATC--T-GG-TGTGAG----A----GCAAGTATTACTCT-G-CC---CA-CTG--GCCAGGTGGC---T----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93119                      : AATTGACG--A-GA-CGCGAG----A----GTGACTATAGCGCA-G-CC---CA-CTG--GCCACGTGGC---G----TTG---------TATGT--CCAATTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93120                      : AATTGAAC--T-GA-CGCGAG----G----GCAAATATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCATGTAGC---G----TTT---------TTTGA--TCAAGTA--A--AT--A-C--AGTGTAAT
gi|93121                      : AAATGACC--T-GA-CGCGAG----A----GTGACCCTCGCTCC-G-CC---TA-CTT--GTCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AA
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gi|93144                      : AATTGATC--T-GA-TGTTAG----A----GCAACTATCGCCCT-G-CG---CA-CTT--GCCACATGGC---G----TTA---------ATTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
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gi|93153                      : AGTTGACC--T-GA-AACGAG----A----GTGACTATCGTTCT-G-CA---CA-CTG--GCCATGTGCA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGCA--A--AA--A-C--AATGTAGT
gi|93154                      : AATTGACA--T-GA-CGTAAA----C----GCGACTATCGCTGC-G-CC---CT-CTG--GCCACGTGGT---G-----------------TTGC--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93155                      : AATTGGCC--T-GA-CACCAA----A----GGGACTATCAGTCC-A-CC---CA-CTG--GCAACATGGC---G----TTG---------TTTGT--CTTAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93156                      : AATTGACC----AA-TACAAG----A----GTGACTATCGCTCC-G-CC---AA-CTG--GCCACATTGC---A----TTC---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AAT
gi|93157                      : AACTGACC--G-GA-CACAAG----A----GCCACTATCACTCT-G-CC---CA-CTA--GCCACATGGT---G----ATG---------TCTGT--CGAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93158                      : AACTGACT--T-CA-CGCGAG----AC---GC-ACTATCGCACC-A-CC---CA-CTG--GCTGCGTGGC---A----TTG---------TTTGA--CTAAGTA--A--AT--A-C--AATAAAAT
gi|93159                      : AATTGACC--T-GA-TGCAAG----A----GTGACTTTTGCTCC-A-AC---CA-TTG--GCTATGTGGC---ATTGTTTG---------TTTGT--CCAAGTC--A--GT--A-C--AATGTAAT
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gi|93162                      : AATTGACC--CCGA-CGCAAA----ATCTTGTGTCTATCGCTTT-C-CC---CA-CTG--GCCACATGGC---C----TTG---------TTTGT--CCAGGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93163                      : AATTGACC--T-GA-CACAAA----A----ACGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCTACGTGAC---G----CTG---------TAAAT--ACAA-TAT-A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93164                      : AATTGACCACT-GA-CGTGAG----A----GCGACTTCTTCTCC-T-CT---CA-CTG--TCCATGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCATGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93231                      :  ATTTACC--T-GA-CCCGAG----A----AAGACTATCGCTTC-G-CC---AA-CTG--GCCCCGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93233                      :  ATTGACC--T-GA-CGCGAA----A----ACGACTATGGCCTC-G-CC---CA-CTG--GTCACATGAC---A----ATG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGT
gi|93234                      :  ATTGACC--T-GA-AGCGAG----A----AAGAATATCGCTCC-G-CT---CA-CTG--ACCAGGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--C-A--AATGTAGT
gi|93236                      :  ATTGACT--T-TA-CACGAA----A----TCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CTGGCGCCACGTGAC---A----TTG---------TTTAA--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93237                      :  ACTGACA--T-TA-CGCGAG----A----GCGATTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GCCATGTGGC---G----TTG---------TTTGT--GCAAGTG--A--AA--A-C--AATATAAT
gi|93238                      :  ATT-ACC--T-AG-CGTGAA----A----GCGATTGTCGCTCC-G-CC---CG-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TCTAT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93240                      :  ATTGACC--T-GA-CGTGAG----A----ACGACTACCGCTGC-GTCC---CG-CCG--GCCACATTGCA--A----TCG---------CTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-A--TATGTAGT
gi|93251                      :   TTGACCCCT-GA-CGCGAG----A----ACGATTATCACTCC-G-CC---CA-CTA--GTCACATGGC---G----TTT---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93252                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAG----A----AAGATTATTGCTGC-G-CC---AA-CTG--ACCACGTAGC---G----TTG---------TTTGC--CCATGTA--A--AT--G-C--AATGTA
gi|93253                      :   TTGACC--T-GA-CGCGAT----A----ATGAATATCGCTCT-G-CC---AA-TTG--GCTACGTGGC---G----TTA---------TTTGT--TTAAGTA--A--ATACA-C--AATGTAAT
gi|93255                      :   TTGACC--T-GG-CGTGAG----A----AAGACTATCACTCC-A-AC---CA-TTG--GCCACAGAGT---A----TTG---------TTTCT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93256                      :   TTGACC--T-GA-CACGAA----A----GCAGCTATCGCTCC-A-TC---CA-CTG--GTCACGTGGC---G----TTG---------TTTCTAACCAAGTGTTA--AT--A-C--AATGTAA
gi|93257                      :   TTAACC--T-GA-AGCAAG----A----ATGACCATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCAACATGG----G------G---------TTTGT--CAAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAAT
gi|93267                      :    TGACC--T-GA-CGTGAG----A----GCGACTATCGCTCC-G-CC---CA-CCG--GGCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--TCAAGTG--A--AT--A-C--AACGTA
gi|93269                      :    TAACT--T-GA-CAAGAG----A----GCGATCATCGCTCC-G-AC---CA-CTA--GCCACGTGAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAA
gi|93272                      :     GACC--T-GA-TGTGAG----A----AAGACTATCGCTCCCA-CC---CA-CTG--GCCATGTGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93274                      :      ACC--T-GTTCGCGAG----A----ACGACTATTGCTCC-A-CC---CA-CTG--GCCACGTGGA---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93275                      :      ACC--T-TA-CGATAG----A----GCGAATATCGCTCC-G-CC---CA-ATC--GCCACGTGGC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTAGT
gi|93288                      :              A-CGTGAT----A----ATGACTATCGCTCC-G-CC---TA-CTG--GTCACGTGGC---T----GTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATG
gi|93289                      :              A-CGCGAG----ACAA-GCGACTATCGCTCC-G-CC---AG-CTG--GCCACGTGGT---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--G--AT--A-T--AATGTA
gi|93297                      :                     G----A----ATGACTATTGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACACGGC---A----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTTAT
gi|93298                      :                                CGACCATCGCTCC-G-CC---CA-CTG--GCCACGTAAC---G----TTG---------TTTGT--CCAAGTA--A--AT--A-C--AATGTA