lowQualScore : 1111
lowQualScore : 0 0 1 0 0 00 5555 333333333 111 0000 000 11111 00 111 1111111111 6666666 0 1 0 0 77
lowQualScore : . . . . . .. .... ......... ... .... ... ..... .. ... .......... ....... . . . . ..
lowQualScore : 8 4 4 4 4 66 9999 555555555 444 9999 777 00000 66 111 8888888888 5555555 4 2 4 5 11
consensus : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAG
Reference ( gi|131538 ) : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGG-TAT--AC---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----A-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAACAAAG
gi|131550 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AG---A---------C--GAT----CCC---T-----A--TC---AGT----------A-----G-G-GG-TT-ACAAGTTTGTTCCAATAAAG
gi|131590 : AAAT-GTG-TTTATAC-TTGG-TAT--AA---A---------T--GGT----CCC---T---------G---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTATTCAAACAAAgg
gi|131554 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAG-TGT--AA---A---------T--GAT----CCT---T-----G--TG---AGT----------------A-G-GG-TT-TCAAGTTTATTTAAATAAAG
gi|131546 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-AA-TT-TGAAATTTGTTCAAATA
gi|131545 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--AAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCATGTTTGTTCAAATGGAG
gi|131558 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGG-TTT--AA---A---------A--GAT----CTG---T-----A--TA---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAGgg
gi|131564 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--GA---A---------T--GGT----CCC---TATTACA--TGT--AGT----------A-----G-G-GG-TT-TTAAGTTTGTTCAAATAAAGgg
gi|131597 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGG-TTT--TA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------ACCGGTA-GAGG-TT-TCAAGCTTGTTCAAATAAAa
gi|131569 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---C-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TTATG-TTGTTCAAATGAAG
gi|131559 : AGAT-TTA-TTTATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----G--TA---AGT----------A-----T-G-AA-TT-TCAAGTTTG-TCAAATAAAGgg
gi|131579 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GTT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TA-TCATGTTTGTTCAAATGAAGag
gi|131571 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTGT-TAT--AA---A---------T--GAT----TCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-A-GG-TT-TTAAGTTTGTTCAAATGAAGgg
gi|131594 : AAAT-TGG-TTCATAT-ATGG-TAT--TA---G---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATGAAG
gi|131541 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAA-CAT--CA---A---------T--CAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------AG----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTAAAATAAAGgg
gi|131600 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TGT--AA---A---------T--GAT----CCCTTTT-----ACTTC---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATGAAgg
gi|131596 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---T---------T--AAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-C-GG-TT-TCATGTTTGTTCAAATGAAG
gi|131578 : AAAT-TCG-TTCACAT-TTGA-TAT--A----A---------T--AGT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TAAAATTTGTTCAAATAAAGgg
gi|131603 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGG-TTT--TA---A---------T--GAT----ATC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-A-GG-TT-TCAAGCTTGTTCGAATAAA
gi|131613 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGCTTT--A----A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------------A-G-AG-TTGTCAAGCTTGTTCAAATAAA
gi|131585 : AAAT-TTG-TTCACAT-TTGG-TAT--ATTAAA---------T--GAT----TTC---T-----A--CG----GT----------A-------G-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAG
gi|131655 : AAGT-TTG-TTTATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CAC------------TG---AGT----------T-----A-A-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAgg
gi|131643 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCT---T-----A--TC---ATT----------T-----A-G-AG-TT-TCAAATTTGTTCAAATAAAGtaataagg
gi|131602 : AAAG-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAC----TCC---G-----G--TA---AGT----------A-----G-G-GA-TT-TCAAGTTTGTTCAAATGAAGgg
gi|131565 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----T--TG---ACT----------A-----G-G-AG-TT-TCAAA-TTGTTCAAATAAAGgg
gi|131552 : AAAT-TTG-TTTATATGTTG-------AA---A---------T--GAT----CTC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-A-GA-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAGgg
gi|131561 : AAAT-TTG-GTTATAT-CTGG-TTT--AA---A---------T--GAT----CTC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GC-TT-TCAAGTTGGTTCAAATAGAG
gi|131648 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGG-TATTTAC---AAAA------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------------A-G-GG-TT-TATAGTTTGTTCAAATGAAGgg
gi|131617 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGG-TAA--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----T--TG---AGT----------A-----G-T-GA-TT-TCAATTTTTTTCAAATAgg
gi|131566 : AAATATTT-TTCATAT-TTGT-TAT--GA---A---------T--AAT----CCC---T-----T--TG---AGT----------A-----G-A-GG-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAG
gi|131610 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCT---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AG-TT-TTAAGTTTGTACAAATCAAGag
gi|131601 : AAAT-TTG-TGCACAT-TTAG-TTT--AA---A---------T--GAT----TCC---T-----A--TG---AGA----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTATGTTCAAATAAAGgg
gi|131611 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AG-TT-CTAAGTTTGTACAAATTAAG
gi|131619 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TGT--AA---A---------TACGAT----CCT---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAA-TTGTTTAAATAgg
gi|131547 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGG-TGT--AA---A---------T--GATTGATCCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-T-GG-TT-TCATGTTTGTTCAAATGAAG
gi|131620 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131560 : AAAT-TTG-CTTATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GGT----CCC---T-----A--CA---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGCCAGTACATATAAAG
gi|131563 : AAAT-GAG-TTCATAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--GAT----CGC---A-----A--TG---AGT----------A-----G-G-AG-TT-TCAAGTTTGTTCAAACAAAgg
gi|131572 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-TG-TT-TGAAGTTTGTGCAAATCAAG
gi|131574 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCA---T-----A--TGCCTAGT----------A----------G-TT-TCAAATTTGTTCAAATAAAgg
gi|131608 : AAAT-TTG-TTCATAA-TTGT-TTT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-ACACGCTTGTTCAAATAAAGcag
gi|131581 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131604 : AAAT-TTG-ATCATAT-TTTG-TAT--AA---A---------T--GAT----CTC---A-----A--TG---AAA----------A-----A-G-GG-TT-TCATGTTTGTTCAAATGAAGgg
gi|131625 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AG-TT-CTAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131630 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAA----------A-----A-G-AG-TT-TTAAGTTTGTACAAGTCAAGgg
gi|131593 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTCA-TAT--AA---A---------T--CAT----CAC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-GG-TT-TTAAGTTTGTGCAAATCAAGgg
gi|131542 : AAAT-ATG-TTTAAAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AAA----------A-----G-G-GG-TG-TCAAGTTTGGTAAAGTAAAGgg
gi|131645 : AAAT-TTG-TTTATAA-TTGA-TAT--AG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATGAA
gi|131615 : AAAT-TTG-TTTTTAT-T-GA-TAT--AA---A---------T--GGT----TCC---T-----A--TG---AGT----------G-----A-G-A--TT-TCAAGTTTGTTGAAATAAAG
gi|131639 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAG
gi|131637 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131635 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131633 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131616 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GA---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131555 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTCA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TAAAGTTTGAACAAATAAAGgg
gi|131652 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AG-TT-TTAAGTTTTTACAAA
gi|131646 : AAAT-TTG-GTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---TGT----------A-----A-G-AG-TT-CTAAGTTTGTACAAATCAAGt
gi|131539 : AAAT-TTA-TTCATAT-TTTG-TAT--AA---A---------T--GGT----TCG---T-----A--TG---GGT----------A-----G-G-GGGTT-TCAAGTTTGTTCAAAgg
gi|131588 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTAA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TGAAGTTTGTACAAATCAAG
gi|131662 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--CAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AA-AT-TTAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131657 : AGAT-TTG-TTCATGT-TTGA-TGT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AG-TT-TTAAGTTTGTACAAATCAAG
gi|131660 : AAAT-TTG-TTCATAT-TCGA-TA---AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----A-G-CG-TT-TTAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131629 : AAAT-TTG-TTAATAT-TTGA-TAA--AA---A---------T--GGT----CCT---T-----A--TG---AGTACTTTTTGAGA-----A-G-GGATT-TCAAGTTTGTTCAAATGAAGgg
gi|131632 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAGTCAAG
gi|131659 : AAAT-CTG-TTCATAT-TTGT-TAT--CA---A---------T--AAT----C-----T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGATTGTTCAAATGAAGgg
gi|131650 : AAAT-TTG-TTTATAT-CTAG-TAA--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TTA----TGTT-AAATAAGGgg
gi|131649 : AAATATTG-TTCAAAT-TTAG-TTT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAGGTATGTTCAgg
gi|131584 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGA-TAC--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TGAAGTCTGTACAAATCAAGtattaaaag
gi|131562 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--GAT----CCA---T-----A--TA---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TTGAGTTTgg
gi|131653 : AAAT-TCT-TTCATAT-TTGA-TAT--AA---A---------T--GAT----CAC---------A--TG---ATT----------A-----G-G-AA-TT-TTAAATTTGTTCAAATAAAG
gi|131640 : AAAT-TGG-TTTATAT-ATGA-TAT--TA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TAAAGTTTTTGCAAATTAAG
gi|131623 : AAAT-TAA-TTCATAT-TTAA-TAT--GA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TGAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131622 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTA-TAT--GG---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----T-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAAgg
gi|131583 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTA-TAT--AA---AA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG---GGT----------A-----G-G-GG-TT-TGAAGTTTGTACAAATCAAGt
gi|131575 : AAAT-TTG-TTCATAT-TGCG-TAT--AA---A---------T--GAT----CAT---T-----A--TG---GGA----------A-----G-G-GG-TT-TCATTTTTGTTCAAATGAAgg
gi|131631 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TG---ATT----------A-----A-G-AA-AT-CTAAGTTTGTACAAATCAAG
gi|131624 : AAAT-T-A-TTCACAT-TTTG-CAT--AA---A---------T--AAT----CCT---C-----T--TG---AGC----------A-----G-G-GC-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAGgg
gi|131612 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTA-TGT--AG---T---------T--G-T----CCC---T-----A--TG---AGA----------A-----G-G-GG-TT-TAAAGTTTGTACAAATCAAGa
gi|131548 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTTG-TGT--AA---A---------T--GAT----CTC---G-----A--TG---ATT----------A-----G-T-GG-TT-TCAATTTTGTTTAAATGAAgg
gi|131664 : AAAT-CTG-TTCATAA-TTTG-TAT--GA---A---------T--TAT----CCC---T-----T--TG---AAT----------A-----G-G-AG-TT-TCAAGTTTATTGAAATAaggg
gi|131556 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--TAT----GCC---T-----A--TG---AAT----------A-----G-G-GG-TT-TGAGGTTTGTACA
gi|131647 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTA-TAT--GA---A---------C--TAT----CCC---T-----A--TG---GGT----------A-----T-G-GG-TT-TGAAGTTTATACAGATCAAGtgtcaaggg
gi|131573 : AAAT-CGG-TCTATAT-TTTA-TAT--AA---AA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG---GGT----------A-----G-G-GGGTT-TGAAGTTTGTACAAATCAAGgg
gi|131644 : AAAT-TGG-TTCATAT-TTTA-TAT--GA---A---------T--TAT----CCC---T-----A--TA---AGT----------A-----G-G-AG-TG-TGAAGTTTGTACAAAgg
gi|131656 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--TAT----CCC---A-----A--TG---GGT----------A-----GTG-GG-TT-TGAAGTTTGTACACATCAAGtcagggg
gi|131795 : AAT-ATG-TTTATAT-TTGG-TAT--AA---T---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------C-----A-G-GG-TT-TAAAGTTTGTTCAAATAAAgg
gi|131793 : AAT-ATG-TTCATAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---ACT----------A-----G-G-AG-TT-TCAAATTTGTTCCAATAAAG
gi|131799 : AAT-TTG-TTCATAT-TAGA-TAC--AA---A---------T--AAT----CCC---T-----A--TA---AGT----------A-----G-A-TG-TT-TCACGTTTGTTGAAATAAAGgg
gi|131806 : AT-TTA-TTTATAT-TTCA-CAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAATGTGTTCGAATAAAGgg
gi|131807 : AT-TTG-TTCATAG-TTTG-TAT--AA---A---------T--GGT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCAAGTTTGTTGAGTTAAAGa
gi|131811 : AT-TTA-TTCATAT-TTGG-TTT--AA---A---------T--GGT----CCC---C-----A--TG---AGG----------A-----G-A-GG-TT-TCAAATTTGTTTAAATAAA
gi|131809 : AT-TTG-TTCATGT-AGGT-TAT--AA---AA--------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGA----------A-----G-G-AG-TT-TCAAGTTTATTCAAATAAAGagag
gi|131810 : AT-TTG-TTCACAT-TTAA-TAT--AA---A---------T--GGA----CCA---T-----A--TG---AGC----------A-----G-G-GA-TT-TCAAATGTGTTCAAATAAAGgg
gi|131808 : AT-TTGGTTTATAT-TTTA-TAT--AA---A---------T--TAT----TCC---T-----A--TG---GGT----------A-----G-G-GG-TT-TGAAGTTTGTACAag
gi|131822 : T-TTG-TTTATAT-TTAG-TAT--AA---A---------T--GGT----CCC---A-----A--TG---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCATATTTGTTCAAATAAAtgtcaaggg
gi|131826 : -TTG-TTCATAT-TTGG-TAT--AA---ATTATCCGGGT--AAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-G-AG--T-TCAAGTTTGTTTAAATCAAG
gi|131832 : -TTCATAT-TTGG-TAT--AA---A---------T--AAT----CCC---T-----A--TA---AGT----------A-----G-G-GG-TT-TCATGTTTGTTCAAATGAAGag
gi|131843 : AT-TTTA-TAT--AA---A---------T--GAT----CCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-A-GG-TT-TCAAATTTGTTCCAATAAAgg
gi|131845 : T-TTGG-TAT--AA---T---------T--GGT----CTC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-A-GG-TT-TCAAGTCTGTTCAAACAAAG
gi|131858 : ---------T--GAT----TCC---T-----A--TG---AGT----------A-----G-T-GT-TT-TCAAGTTTGTTCAAATAAAG
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 11111 000 222222222 111 0000 000 11111 00 0 111111 11111111111 1 0 0 00 111
lowQualScore : . . . ..... ... ......... ... .... ... ..... .. . ...... ........... . . . .. ...
lowQualScore : 8 4 4 00000 777 888888888 222 9999 777 00000 66 4 222222 99999999999 2 4 4 66 888
consensus : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
Reference ( family-129 ) : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131538 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---CA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-A-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131539 : AAAT-TTA-TTCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----TCG---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AA
gi|131541 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAACAT-----C---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTAA--AAT--AAAG
gi|131542 : AAAT-ATG-TTTAAAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-G-GGGTGTCAAGTTTGGTAA--AGT--AAAGgg
gi|131545 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GGAG
gi|131546 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAATTTGAAATTTGTTCA--AAT--Agg
gi|131547 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GATTGATCCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131548 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTTGTGT-----A---AA---------T--GAT----CTC---G-----A--TG-A------TT-----------A-G-TGGTTTCAATTTTGTTTA--AAT--GAAgg
gi|131550 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---GA---------C--GAT----CCC---T-----A--TC-A------GT-----------A-G-GGGTTACAAGTTTGTTCC--AAT--AAAGaggg
gi|131552 : AAAT-TTG-TTTATATGTTG---------A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131554 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----G--TG-A------GT-----------A---GGGTTTCAAGTTTATTTA--AAT--AAAG
gi|131555 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGAACA--AAT--AAAG
gi|131556 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----GCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAGGTTTGTACA--
gi|131558 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----A---AA---------A--GAT----CTG---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131559 : AGAT-TTA-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----G--TA-A------GT-----------A-T-GAATTTCAAGTTTG-TCA--AAT--AAAGgg
gi|131560 : AAAT-TTG-CTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--CA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGCCAGTACA--TAT--AAAGag
gi|131561 : AAAT-TTG-GTTATAT-CTGGTTT-----A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGCTTTCAAGTTGGTTCA--AAT--AGAGgg
gi|131562 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTTGAGTTTgg
gi|131563 : AAAT-GAG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CGC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAA
gi|131564 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----G---AA---------T--GGT----CCC---TATTACA--TGTA------GT-----------A-G-GGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131565 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAA-TTGTTCA--AAT--AAAGa
gi|131566 : AAATATTT-TTCATAT-TTGTTAT-----G---AA---------T--AAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131569 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---C-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTTATG-TTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131571 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTGTTAT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131572 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GTGTTTGAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131573 : AAAT-CGG-TCTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131574 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TG-C------CT-----------A-G-TAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131575 : AAAT-TTG-TTCATAT-TGCGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAT---T-----A--TG-G------GA-----------A-G-GGGTTTCATTTTTGTTCA--AAT--GAAcag
gi|131578 : AAAT-TCG-TTCACAT-TTGATAT-----A---A----------T--AGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131579 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GTT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTATCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131581 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131583 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131584 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAC-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTCTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131585 : AAAT-TTG-TTCACAT-TTGGTAT-----ATTAAA---------T--GAT----TTC---T-----A--CG--------GT-----------A-G-GG-TTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131588 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTAATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131590 : AAAT-GTG-TTTATAC-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T---------G-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTATTCA--AAC--AAAgg
gi|131593 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--CAT----CAC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GGGTTTTAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131594 : AAAT-TGG-TTCATAT-ATGGTAT-----T---AG---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131596 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-CGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131597 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-AGTACCGGT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131600 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCCTTTT-----ACTTC-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAA
gi|131601 : AAAT-TTG-TGCACAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTCAAGTATGTTCA--AAT--AAAG
gi|131602 : AAAG-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAC----TCC---G-----G--TA-A------GT-----------A-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131603 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----ATC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCG--AAT--AAAgg
gi|131604 : AAAT-TTG-ATCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GAT----CTC---A-----A--TG-A------AA-----------A-A-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131608 : AAAT-TTG-TTCATAA-TTGTTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTACACGCTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131610 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCT---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131611 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--TAAGgg
gi|131612 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATGT-----A---GT---------T--G-T----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131613 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGCTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGTTGTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131615 : AAAT-TTG-TTTTTAT-T-GATAT-----A---AA---------T--GGT----TCC---T-----A--TG-A------GT-------------G-AGATTTCAAGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131616 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131617 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-TGATTTCAATTTTTTTCA--AAT--Agg
gi|131619 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------TACGAT----CCT---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAA-TTGTTTA--AAT--A
gi|131620 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131622 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--
gi|131623 : AAAT-TAA-TTCATAT-TTAATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131624 : AAAT-T-A-TTCACAT-TTTGCAT-----A---AA---------T--AAT----CCT---C-----T--TG-A------GC-----------A-G-GGCTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131625 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGa
gi|131629 : AAAT-TTG-TTAATAT-TTGATAA-----A---AA---------T--GGT----CCT---T-----A--TG-A------GTACTTTTTGAGAA-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131630 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AGT--CAAG
gi|131631 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131632 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AGT--CAAGgg
gi|131633 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131635 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131637 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131639 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131640 : AAAT-TGG-TTTATAT-ATGATAT-----T---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTTTGCA--AAT--TAAGgg
gi|131643 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----A--TC-A------TT-----------T-A-GAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131644 : AAAT-TGG-TTCATAT-TTTATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GAGTGTGAAGTTTGTACA--AAT--gg
gi|131645 : AAAT-TTG-TTTATAA-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--GAAcagggg
gi|131646 : AAAT-TTG-GTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-T------GT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131647 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----G---AA---------C--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-T-GGGTTTGAAGTTTATACA--GAT--CAAGgg
gi|131648 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTATTTACAA---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A---GGGTTTATAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131649 : AAATATTG-TTCAAAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAGGTATGTTCA--TATTAAAAGgg
gi|131650 : AAAT-TTG-TTTATAT-CTAGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTTA----TGTT-A--AAT--AAGG
gi|131652 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTTTACA--AAT--gg
gi|131653 : AAAT-TCT-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CAC---------A--TG-A------TT-----------A-G-GAATTTTAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131655 : AAGT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAC------------TG-A------GT-----------T-A-AGGTTTCAAGTTTGTTCAATAAT--AAGG
gi|131656 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-G------GT-----------A-GTGGGTTTGAAGTTTGTACA--CAT--CAAG
gi|131657 : AGAT-TTG-TTCATGT-TTGATGT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131659 : AAAT-CTG-TTCATAT-TTGTTAT-----C---AA---------T--AAT----C-----T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGATTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131660 : AAAT-TTG-TTCATAT-TCGATA------A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-A-GCGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131662 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131664 : AAAT-CTG-TTCATAA-TTTGTAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----T--TG-A------AT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTGA--AAT--A
gi|131793 : AAT-ATG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAG
gi|131795 : AAT-ATG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------C-A-GGGTTTAAAGTTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131799 : AAT-TTG-TTCATAT-TAGATAC-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-ATGTTTCACGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131806 : AT-TTA-TTTATAT-TTCACAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAATGTGTTCG--AAT--AAAGgg
gi|131807 : AT-TTG-TTCATAG-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTGA--GTT--AAAGa
gi|131808 : AT-TTGGTTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----TCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--
gi|131809 : AT-TTG-TTCATGT-AGGTTAT-----A---AAA--------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131810 : AT-TTG-TTCACAT-TTAATAT-----A---AA---------T--GGA----CCA---T-----A--TG-A------GC-----------A-G-GGATTTCAAATGTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131811 : AT-TTA-TTCATAT-TTGGTTT-----A---AA---------T--GGT----CCC---C-----A--TG-A------GG-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTTA--AAT--AAAag
gi|131822 : T-TTG-TTTATAT-TTAGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATATTTGTTCA--AAT--AAAagag
gi|131826 : -TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AATTATCCGGGT--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAG-TTCAAGTTTGTTTA--AAT--CAAG
gi|131832 : -TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131843 : AT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAgg
gi|131845 : T-TTGGTAT-----A---AT---------T--GGT----CTC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTCTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131858 : ---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGTTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 11111 000 222222222 111 0000 000 11111 00 0 111111 11111111111 1 0 0 00 111
lowQualScore : . . . ..... ... ......... ... .... ... ..... .. . ...... ........... . . . .. ...
lowQualScore : 8 4 4 00000 777 888888888 222 9999 777 00000 66 4 222222 99999999999 2 4 4 66 888
consensus : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
Reference ( family-129 ) : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131538 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---CA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-A-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131539 : AAAT-TTA-TTCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----TCG---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AA
gi|131541 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAACAT-----C---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTAA--AAT--AAAG
gi|131542 : AAAT-ATG-TTTAAAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-G-GGGTGTCAAGTTTGGTAA--AGT--AAAGgg
gi|131545 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GGAG
gi|131546 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAATTTGAAATTTGTTCA--AAT--Agg
gi|131547 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GATTGATCCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131548 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTTGTGT-----A---AA---------T--GAT----CTC---G-----A--TG-A------TT-----------A-G-TGGTTTCAATTTTGTTTA--AAT--GAAgg
gi|131550 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---GA---------C--GAT----CCC---T-----A--TC-A------GT-----------A-G-GGGTTACAAGTTTGTTCC--AAT--AAAGaggg
gi|131552 : AAAT-TTG-TTTATATGTTG---------A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131554 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----G--TG-A------GT-----------A---GGGTTTCAAGTTTATTTA--AAT--AAAG
gi|131555 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGAACA--AAT--AAAG
gi|131556 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----GCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAGGTTTGTACA--
gi|131558 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----A---AA---------A--GAT----CTG---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131559 : AGAT-TTA-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----G--TA-A------GT-----------A-T-GAATTTCAAGTTTG-TCA--AAT--AAAGgg
gi|131560 : AAAT-TTG-CTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--CA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGCCAGTACA--TAT--AAAGag
gi|131561 : AAAT-TTG-GTTATAT-CTGGTTT-----A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGCTTTCAAGTTGGTTCA--AAT--AGAGgg
gi|131562 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTTGAGTTTgg
gi|131563 : AAAT-GAG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CGC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAA
gi|131564 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----G---AA---------T--GGT----CCC---TATTACA--TGTA------GT-----------A-G-GGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131565 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAA-TTGTTCA--AAT--AAAGa
gi|131566 : AAATATTT-TTCATAT-TTGTTAT-----G---AA---------T--AAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131569 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---C-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTTATG-TTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131571 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTGTTAT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131572 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GTGTTTGAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131573 : AAAT-CGG-TCTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131574 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TG-C------CT-----------A-G-TAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131575 : AAAT-TTG-TTCATAT-TGCGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAT---T-----A--TG-G------GA-----------A-G-GGGTTTCATTTTTGTTCA--AAT--GAAcag
gi|131578 : AAAT-TCG-TTCACAT-TTGATAT-----A---A----------T--AGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131579 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GTT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTATCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131581 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131583 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131584 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAC-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTCTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131585 : AAAT-TTG-TTCACAT-TTGGTAT-----ATTAAA---------T--GAT----TTC---T-----A--CG--------GT-----------A-G-GG-TTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131588 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTAATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131590 : AAAT-GTG-TTTATAC-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T---------G-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTATTCA--AAC--AAAgg
gi|131593 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--CAT----CAC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GGGTTTTAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131594 : AAAT-TGG-TTCATAT-ATGGTAT-----T---AG---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131596 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-CGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131597 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-AGTACCGGT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131600 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCCTTTT-----ACTTC-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAA
gi|131601 : AAAT-TTG-TGCACAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTCAAGTATGTTCA--AAT--AAAG
gi|131602 : AAAG-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAC----TCC---G-----G--TA-A------GT-----------A-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131603 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----ATC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCG--AAT--AAAgg
gi|131604 : AAAT-TTG-ATCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GAT----CTC---A-----A--TG-A------AA-----------A-A-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131608 : AAAT-TTG-TTCATAA-TTGTTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTACACGCTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131610 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCT---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131611 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--TAAGgg
gi|131612 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATGT-----A---GT---------T--G-T----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131613 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGCTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGTTGTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131615 : AAAT-TTG-TTTTTAT-T-GATAT-----A---AA---------T--GGT----TCC---T-----A--TG-A------GT-------------G-AGATTTCAAGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131616 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131617 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-TGATTTCAATTTTTTTCA--AAT--Agg
gi|131619 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------TACGAT----CCT---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAA-TTGTTTA--AAT--A
gi|131620 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131622 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--
gi|131623 : AAAT-TAA-TTCATAT-TTAATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131624 : AAAT-T-A-TTCACAT-TTTGCAT-----A---AA---------T--AAT----CCT---C-----T--TG-A------GC-----------A-G-GGCTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131625 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGa
gi|131629 : AAAT-TTG-TTAATAT-TTGATAA-----A---AA---------T--GGT----CCT---T-----A--TG-A------GTACTTTTTGAGAA-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131630 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AGT--CAAG
gi|131631 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131632 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AGT--CAAGgg
gi|131633 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131635 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131637 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131639 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131640 : AAAT-TGG-TTTATAT-ATGATAT-----T---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTTTGCA--AAT--TAAGgg
gi|131643 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----A--TC-A------TT-----------T-A-GAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131644 : AAAT-TGG-TTCATAT-TTTATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GAGTGTGAAGTTTGTACA--AAT--gg
gi|131645 : AAAT-TTG-TTTATAA-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--GAAcagggg
gi|131646 : AAAT-TTG-GTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-T------GT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131647 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----G---AA---------C--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-T-GGGTTTGAAGTTTATACA--GAT--CAAGgg
gi|131648 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTATTTACAA---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A---GGGTTTATAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131649 : AAATATTG-TTCAAAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAGGTATGTTCA--TATTAAAAGgg
gi|131650 : AAAT-TTG-TTTATAT-CTAGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTTA----TGTT-A--AAT--AAGG
gi|131652 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTTTACA--AAT--gg
gi|131653 : AAAT-TCT-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CAC---------A--TG-A------TT-----------A-G-GAATTTTAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131655 : AAGT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAC------------TG-A------GT-----------T-A-AGGTTTCAAGTTTGTTCAATAAT--AAGG
gi|131656 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-G------GT-----------A-GTGGGTTTGAAGTTTGTACA--CAT--CAAG
gi|131657 : AGAT-TTG-TTCATGT-TTGATGT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131659 : AAAT-CTG-TTCATAT-TTGTTAT-----C---AA---------T--AAT----C-----T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGATTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131660 : AAAT-TTG-TTCATAT-TCGATA------A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-A-GCGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131662 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131664 : AAAT-CTG-TTCATAA-TTTGTAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----T--TG-A------AT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTGA--AAT--A
gi|131793 : AAT-ATG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAG
gi|131795 : AAT-ATG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------C-A-GGGTTTAAAGTTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131799 : AAT-TTG-TTCATAT-TAGATAC-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-ATGTTTCACGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131806 : AT-TTA-TTTATAT-TTCACAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAATGTGTTCG--AAT--AAAGgg
gi|131807 : AT-TTG-TTCATAG-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTGA--GTT--AAAGa
gi|131808 : AT-TTGGTTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----TCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--
gi|131809 : AT-TTG-TTCATGT-AGGTTAT-----A---AAA--------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131810 : AT-TTG-TTCACAT-TTAATAT-----A---AA---------T--GGA----CCA---T-----A--TG-A------GC-----------A-G-GGATTTCAAATGTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131811 : AT-TTA-TTCATAT-TTGGTTT-----A---AA---------T--GGT----CCC---C-----A--TG-A------GG-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTTA--AAT--AAAag
gi|131822 : T-TTG-TTTATAT-TTAGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATATTTGTTCA--AAT--AAAagag
gi|131826 : -TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AATTATCCGGGT--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAG-TTCAAGTTTGTTTA--AAT--CAAG
gi|131832 : -TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131843 : AT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAgg
gi|131845 : T-TTGGTAT-----A---AT---------T--GGT----CTC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTCTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131858 : ---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGTTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
blockSeqs : TTACA TTATCCGGG ACG ATTAC GTACCG ACTTTTTGAGA G TAA
blockSeqs : . A G . . . G A
blockSeqs : . A C . . . G A
blockSeqs : . A G . . . . G
blockSeqs : . . A . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . A . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . A . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . C . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . A . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . T
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . A . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . T
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . T . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . A . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . C . . . . A
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . A . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . C
blockSeqs : . . G . . . . G
blockSeqs : . . T . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . . A
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . A . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . . G . . . .
blockSeqs : . G . . . .
blockSeqCons :
originalCons : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
finalCons : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
Alignments
lowQualScore : 0 0 0 11111 000 222222222 111 0000 000 11111 00 0 111111 11111111111 1 0 0 00 111
lowQualScore : . . . ..... ... ......... ... .... ... ..... .. . ...... ........... . . . .. ...
lowQualScore : 8 4 4 00000 777 888888888 222 9999 777 00000 66 4 222222 99999999999 2 4 4 66 888
consensus : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
Reference ( family-129 ) : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131538 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---CA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-A-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131539 : AAAT-TTA-TTCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----TCG---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AA
gi|131541 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAACAT-----C---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------AGG-GGGTTTCAAGTTTGTTAA--AAT--AAAG
gi|131542 : AAAT-ATG-TTTAAAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-G-GGGTGTCAAGTTTGGTAA--AGT--AAAGgg
gi|131545 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GGAG
gi|131546 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAATTTGAAATTTGTTCA--AAT--Agg
gi|131547 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GATTGATCCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131548 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTTGTGT-----A---AA---------T--GAT----CTC---G-----A--TG-A------TT-----------A-G-TGGTTTCAATTTTGTTTA--AAT--GAAgg
gi|131550 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---GA---------C--GAT----CCC---T-----A--TC-A------GT-----------A-G-GGGTTACAAGTTTGTTCC--AAT--AAAGaggg
gi|131552 : AAAT-TTG-TTTATATGTTG---------A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131554 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTAGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----G--TG-A------GT-----------A---GGGTTTCAAGTTTATTTA--AAT--AAAG
gi|131555 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGAACA--AAT--AAAG
gi|131556 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----GCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAGGTTTGTACA--
gi|131558 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----A---AA---------A--GAT----CTG---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131559 : AGAT-TTA-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----G--TA-A------GT-----------A-T-GAATTTCAAGTTTG-TCA--AAT--AAAGgg
gi|131560 : AAAT-TTG-CTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--CA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGCCAGTACA--TAT--AAAGag
gi|131561 : AAAT-TTG-GTTATAT-CTGGTTT-----A---AA---------T--GAT----CTC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGCTTTCAAGTTGGTTCA--AAT--AGAGgg
gi|131562 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TA-A------AT-----------A-G-GGGTTTTGAGTTTgg
gi|131563 : AAAT-GAG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CGC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTGTTCA--AAC--AAA
gi|131564 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----G---AA---------T--GGT----CCC---TATTACA--TGTA------GT-----------A-G-GGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131565 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAA-TTGTTCA--AAT--AAAGa
gi|131566 : AAATATTT-TTCATAT-TTGTTAT-----G---AA---------T--AAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131569 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---C-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTTATG-TTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131571 : AAAT-TTT-TTCATAT-TTGTTAT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-AGGTTTTAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131572 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GTGTTTGAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131573 : AAAT-CGG-TCTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------AGG-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131574 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCA---T-----A--TG-C------CT-----------A-G-TAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131575 : AAAT-TTG-TTCATAT-TGCGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAT---T-----A--TG-G------GA-----------A-G-GGGTTTCATTTTTGTTCA--AAT--GAAcag
gi|131578 : AAAT-TCG-TTCACAT-TTGATAT-----A---A----------T--AGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131579 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GTT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTATCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131581 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131583 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AAA--------T--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131584 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTGATAC-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTCTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131585 : AAAT-TTG-TTCACAT-TTGGTAT-----ATTAAA---------T--GAT----TTC---T-----A--CG--------GT-----------A-G-GG-TTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131588 : AAAT-TAG-TTCATAT-TTAATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131590 : AAAT-GTG-TTTATAC-TTGGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T---------G-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTATTCA--AAC--AAAgg
gi|131593 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTCATAT-----A---AA---------T--CAT----CAC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GGGTTTTAAGTTTGTGCA--AAT--CAAG
gi|131594 : AAAT-TGG-TTCATAT-ATGGTAT-----T---AG---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131596 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-CGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131597 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-AGTACCGGT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131600 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------T--GAT----CCCTTTT-----ACTTC-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAA
gi|131601 : AAAT-TTG-TGCACAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTCAAGTATGTTCA--AAT--AAAG
gi|131602 : AAAG-TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAC----TCC---G-----G--TA-A------GT-----------A-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131603 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTTT-----T---AA---------T--GAT----ATC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGCTTGTTCG--AAT--AAAgg
gi|131604 : AAAT-TTG-ATCATAT-TTTGTAT-----A---AA---------T--GAT----CTC---A-----A--TG-A------AA-----------A-A-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAG
gi|131608 : AAAT-TTG-TTCATAA-TTGTTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTACACGCTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131610 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCT---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131611 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--TAAGgg
gi|131612 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATGT-----A---GT---------T--G-T----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131613 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGCTT-----T---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGTTGTCAAGCTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131615 : AAAT-TTG-TTTTTAT-T-GATAT-----A---AA---------T--GGT----TCC---T-----A--TG-A------GT-------------G-AGATTTCAAGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131616 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131617 : AAAT-TTG-TTTATAT-TTGGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----T--TG-A------GT-----------A-G-TGATTTCAATTTTTTTCA--AAT--Agg
gi|131619 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGGTGT-----A---AA---------TACGAT----CCT---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAA-TTGTTTA--AAT--A
gi|131620 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131622 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTTATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--
gi|131623 : AAAT-TAA-TTCATAT-TTAATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131624 : AAAT-T-A-TTCACAT-TTTGCAT-----A---AA---------T--AAT----CCT---C-----T--TG-A------GC-----------A-G-GGCTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131625 : AGAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGa
gi|131629 : AAAT-TTG-TTAATAT-TTGATAA-----A---AA---------T--GGT----CCT---T-----A--TG-A------GTACTTTTTGAGAA-G-GGATTTCAAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131630 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AA-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AGT--CAAG
gi|131631 : AAAT-TTG-TTTGTAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131632 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AGT--CAAGgg
gi|131633 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131635 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131637 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131639 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----G---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131640 : AAAT-TGG-TTTATAT-ATGATAT-----T---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTAAAGTTTTTGCA--AAT--TAAGgg
gi|131643 : AAAT-TCA-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CCT---T-----A--TC-A------TT-----------T-A-GAGTTTCAAATTTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131644 : AAAT-TGG-TTCATAT-TTTATAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GAGTGTGAAGTTTGTACA--AAT--gg
gi|131645 : AAAT-TTG-TTTATAA-TTGATAT-----A---GA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-T-GGGTTTAAAGTTTGTACA--AAT--GAAcagggg
gi|131646 : AAAT-TTG-GTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-T------GT-----------A-A-GAGTTCTAAGTTTGTACA--AAT--CAAG
gi|131647 : AAAT-TGG-TTTATAT-TTTATAT-----G---AA---------C--TAT----CCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-T-GGGTTTGAAGTTTATACA--GAT--CAAGgg
gi|131648 : AAAT-GTG-TTCATAT-TTGGTATTTACAA---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A---GGGTTTATAGTTTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131649 : AAATATTG-TTCAAAT-TTAGTTT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAGGTATGTTCA--TATTAAAAGgg
gi|131650 : AAAT-TTG-TTTATAT-CTAGTAA-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTTA----TGTT-A--AAT--AAGG
gi|131652 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTTTACA--AAT--gg
gi|131653 : AAAT-TCT-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--GAT----CAC---------A--TG-A------TT-----------A-G-GAATTTTAAATTTGTTCA--AAT--AAAG
gi|131655 : AAGT-TTG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--GAT----CAC------------TG-A------GT-----------T-A-AGGTTTCAAGTTTGTTCAATAAT--AAGG
gi|131656 : AAAT-CAG-TTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----CCC---A-----A--TG-G------GT-----------A-GTGGGTTTGAAGTTTGTACA--CAT--CAAG
gi|131657 : AGAT-TTG-TTCATGT-TTGATGT-----A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131659 : AAAT-CTG-TTCATAT-TTGTTAT-----C---AA---------T--AAT----C-----T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGATTGTTCA--AAT--GAAGgg
gi|131660 : AAAT-TTG-TTCATAT-TCGATA------A---AA---------T--TAT----CCC---T-----A--TG-A------AT-----------A-A-GCGTTTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131662 : AAAT-TTG-TTCATAT-TTGATAT-----A---AA---------T--CAT----CCC---T-----A--TG-A------TT-----------A-A-GAAATTTAAGTTTGTACA--AAT--CAAGgg
gi|131664 : AAAT-CTG-TTCATAA-TTTGTAT-----G---AA---------T--TAT----CCC---T-----T--TG-A------AT-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTGA--AAT--A
gi|131793 : AAT-ATG-TTCATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------CT-----------A-G-GAGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAG
gi|131795 : AAT-ATG-TTTATAT-TTGGTAT-----A---AT---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------C-A-GGGTTTAAAGTTTGTTCA--AAT--AAAgg
gi|131799 : AAT-TTG-TTCATAT-TAGATAC-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-ATGTTTCACGTTTGTTGA--AAT--AAAG
gi|131806 : AT-TTA-TTTATAT-TTCACAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAATGTGTTCG--AAT--AAAGgg
gi|131807 : AT-TTG-TTCATAG-TTTGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCAAGTTTGTTGA--GTT--AAAGa
gi|131808 : AT-TTGGTTTATAT-TTTATAT-----A---AA---------T--TAT----TCC---T-----A--TG-G------GT-----------A-G-GGGTTTGAAGTTTGTACA--
gi|131809 : AT-TTG-TTCATGT-AGGTTAT-----A---AAA--------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GA-----------A-G-GAGTTTCAAGTTTATTCA--AAT--AAAGtgtcaaggg
gi|131810 : AT-TTG-TTCACAT-TTAATAT-----A---AA---------T--GGA----CCA---T-----A--TG-A------GC-----------A-G-GGATTTCAAATGTGTTCA--AAT--AAAGgg
gi|131811 : AT-TTA-TTCATAT-TTGGTTT-----A---AA---------T--GGT----CCC---C-----A--TG-A------GG-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTTA--AAT--AAAag
gi|131822 : T-TTG-TTTATAT-TTAGTAT-----A---AA---------T--GGT----CCC---A-----A--TG-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATATTTGTTCA--AAT--AAAagag
gi|131826 : -TTG-TTCATAT-TTGGTAT-----A---AATTATCCGGGT--AAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-GAG-TTCAAGTTTGTTTA--AAT--CAAG
gi|131832 : -TTCATAT-TTGGTAT-----A---AA---------T--AAT----CCC---T-----A--TA-A------GT-----------A-G-GGGTTTCATGTTTGTTCA--AAT--GAAGag
gi|131843 : AT-TTTATAT-----A---AA---------T--GAT----CCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAATTTGTTCC--AAT--AAAgg
gi|131845 : T-TTGGTAT-----A---AT---------T--GGT----CTC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-AGGTTTCAAGTCTGTTCA--AAC--AAAG
gi|131858 : ---------T--GAT----TCC---T-----A--TG-A------GT-----------A-G-TGTTTTCAAGTTTGTTCA--AAT--AAAG