lowQualScore                  :       0  66 11 11 2222  222 2222     0000  0  000 0000   00 000 222222222      0    11 0  00   111111    2             0     333  0 0         0      
lowQualScore                  :       .  .. .. .. ....  ... ....     ....  .  ... ....   .. ... .........      .    .. .  ..   ......    .             .     ...  . .         .      
lowQualScore                  :       5  99 55 22 5555  444 3333     9999  4  777 9999   66 777 555555555      4    44 4  66   222222    8             4     111  4 4         4      
consensus                     :    AAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
Reference ( gi|88990 )        :    AAA-AA-GA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88913                      :    AAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATC--TTT-T-TTTAAGAAT-GGCCTT
gi|88918                      :   aAAA-AA-GA--A--A----AT---T----ACCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TA--TTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TAT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88994                      :   aAAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CCCATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCTGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGTC
gi|88914                      :    AAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACATA-AAAAT-A-TA--CTG------GGTCGGAGTACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88917                      :   aAAA-AA-TA--A--ATAA-AT---T----ACCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TA--CTG------AGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88915                      :    AAG-AA-AA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAAGAT-GGCCTTa
gi|88995                      :    AAA-AA-AA--A--ATATGAT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGCCGGAGCACAGCCAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAAGAT-GGCCTTa
gi|88916                      :    AAC-AA-AA--A--A----AG---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAACAAAC-AAATA---TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88993                      :   aAAA-AT-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGCCAGAGCACAGCAAAC-AAATA---TT-T-TCTAAGGAT-GGCCca
gi|88927                      :    AAA-AA-TA--A--ATAA-AT---T----ACCTA----CC-TT---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------AGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGAAT-GGCCTT
gi|88929                      :    AAA-AA-AA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CAA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TA--GTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-ACATA--TCT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88997                      :    AAG-GA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------AATATG-AAAA--A-AA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGTT-GGCCTa
gi|88996                      :    AAA-AA-TA--ATTA----AT---A----AGCTA----CC-TA---C----TTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCATAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88930                      :    AAA-AA-AA--A--G----AT---T----AGCTT----TC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTA------AGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-G-TTTAAGGAT-GACTTT
gi|88920                      :   aAAA-AA-AACCA--A----AC---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGCCGGAGAACAGCAAAC-AAATAC-TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCa
gi|88919                      :   aAAA-AATAA--A--A----AT---T----AGCTA----GC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-ACATA--TTT-T-TTTTAAGAT-GGCCTT
gi|88932                      :   aAAA-AA-AA--T--A----AT---TT---AGCTA----CC-TA---T----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGCCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TAT-T-TTTAAGGAC-GACCTa
gi|88925                      :    AAA-AA-AA--G--A----AT---T----AGCTA----CCCTA---C----CTA--C---C---------AAAACG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-A-TTTAAGGAT-GGCCCTca
gi|88928                      :   aAAA-AATAA--A--A----AT---T----AGTTA----CC-TT---C----CTA--C---C---------CACATA-AAAAA-A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTT-AGGAT-GGCCCTa
gi|88998                      :   aAAA-AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------GACATG-GAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TGTAAGGAA-AGCCTTa
gi|88991                      :    AAA-CA-AA--A--A----AG---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TA--CTG------GGACGGAGC-CAGCAAAC-AAATA--TTT-T-GTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88934                      :    AAA-AA-AA--T--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGTACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGC
gi|89081                      :    AAA-AA-GA--A------------------GCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATGAAAAA--A-TA--CTG------GATCGGAGCACAG-AAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89000                      :   aAAA-AA-AA--A--T----AT---T----AGCTA----CC-TC---C----CTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TA--ATG------TGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|88937                      :    AAA-AA-AA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TA--TTG------TGTTGGAGCACAGCAAAC-AAACA---TT-T-TTTAAGGAT-GGCTTT
gi|89003                      :    AAA-AA-TA--ATAA----AT---T----ACCTA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACAAG-AAAA--A-TA--ATG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAGGATAGGCC
gi|88936                      :  aaAAA-AA-AC--A--A----AT---A----AGCTA----CC-TT---C----CTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTGGGAGCACAACAAAC-AAATA--TTT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88944                      :   aAAA-AA-AA--A--A----AT--------AG-TA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACATG-GAAC--A-TA--CTG------AGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATG--TTT-T-TTTAAGGAT-TGCCT
gi|88938                      :  agAAATAA-AA--A--A----ATAG-T----ATCTA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------AGACTGAGCACAGCAAAC-AAATA---TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTT
gi|88942                      :    AAA-AA-CA--T--A----AT---TT---AGCCA----CC-TA---C----CTA--A---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTT------GGTTGGAGCACAGCAAAC-ATATA---TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|89002                      :    AAA-CA-AA--A--A----AT---T----AGCTG----CC-TA---C----CTA--C---CAGTGTAACCCACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAACC-AAATA---TT-T-TCTAAGGCT-GGCCTTa
gi|88940                      :    AAA-AA-AA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---CTTACCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCAGAGCAAAC-TAACA--TTT-T-TTT-AGGAT-GGCCTa
gi|89086                      :   aAAA-AT-CA--A--A----ATC--T----GGCTA----CC-TA---C----CCA--C---C---------CTCATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAACA--ATT-T-TTCAAGGAT-GACC
gi|88950                      :    AAA-AA-AA--A--A----AT---T----ACCTA----CC-TA---A----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-T-----G------GATCCGAGCACAGCAAAC-AAGCA--TTT-T-TTAAAGGAT-GGCCCT
gi|88941                      :   aAAA-AA-AAT-A--A----ATAAAT----AGCTA----TC-TA---C----ATA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CAG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AAAGA--TTT-T-TTTAAGGAT-CACCTTa
gi|89001                      :    AAA-AT-AA--A--A----AT---A----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATA-ATAA--A-TA--CTG------GGTAGAAGCACAGCAAAT-AACTA--TTT-T-TTAAAGGAT-GGCCTa
gi|88945                      :    AAA-AA-AA--A--A----AA---T----ACCTA----CC-TA---C----TTA--C---C---------CACATG-AAAA----TA--CTG------GTTTGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTC-T-TTTTAGTAT-GGCCT
gi|88952                      :   aAAA-AC-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-CA--CTA------GGTCGCAGCACAGCAAAT-AAACA---TT-T-TTTAATGAG-GGTCT
gi|89026                      :    aAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TGTAAGAAT-GGCCT
gi|89027                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA---AT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89028                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATAC-TTT-T-TTTAAGAAT-GGCCca
gi|89035                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTAAGAGCACAGCAAAC-AATTA--TTT-T-TTTAAGGAT-G
gi|89031                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TA--ATG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAAATA---TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTtaaacctta
gi|89030                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC--AATG--TTT-TCTTTAAGAAT-GGCCT
gi|88921                      :     AA-AA-AA--C--A----AT---C----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACGGCAAAC-ATATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89036                      :   agAA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--T---C---------CACCTG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATT--TTT-G-TTTAAGGAC-GGCCT
gi|89034                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----AC-AA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TATACTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA---TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89043                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-CA--CTGGCCGATGGTCAGAACACAGTAAAC-AAATA--TTA-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89038                      :     AG-AA-AA--A--A----AT---T----ACCAA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CATACA-AAAA--A-TA--CTG------GGTCCGAGCACAGCAAAC-AAATA--TCT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|89040                      :     AA-AA-AA--G--A----AT---T----AGCTA----CC--A---C----CTA--C---C---------CACATG-CAAA--A-TA--CTG------GGTTTGAGCACAGCAAAC-AAACAT-TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|89044                      :     AA-AA-AA--A--A----AT---T----AGTTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACCTT-AAAA--AGTA--CTG------GATCACAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAAGAT-GGCCTa
gi|89032                      :     AA-AA-AT--A--A----AT---T----TGCTA----CC-TA---C----CTA--CTACC---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAACAAAC--AATA--TTT-T-TTTAATGAT-GGCCTT
gi|89041                      :     AA-AA-CA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACAGG-AAAA--G-TA--CTG------GGTCGAAGCACAGCAAAC-AAACA---TT-T-TTTAAGGAT-GGC
gi|89039                      :     AA-AA-AC--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTAGGAGCACAGCAAAC-A-------TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88999                      :     AA-AA-CAT-A--A----AT---A----AGCTA----CC-TA---C----TGA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TGT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89046                      :     AA-AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----CA-TA---C----CTA--C---T---------CTCATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAGTA--TTT-T-TTTAAGACT-GGCC
gi|89037                      :     AA-AA-AA--T--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-GAAA--A-TA--CTG------GGTCGG-----AGCAAAC-AAATA--CTT-T-TTTAAGGAT-GACC
gi|88951                      :     AA-AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----CC-TT---C----CAA--C---C---------GACATG-AATA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-ATACA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89118                      :  aacAA-AA-GA--A--------T---T----AGTTA----CC-TA---T----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGAAGAC-AAACA--TTT-T-TTAAAGGAT-TGTCTT
gi|89072                      :      A-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AATAA--TTT-T-TTTAAGGAT-AGCCCTa
gi|89079                      :      A-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CA-TA---C----CTA--C---C---------CACATC-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACTGCAAAT-GAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89074                      :      A-AA-AA--A--A----AT---T----AGGTC----GC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACGGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGTCTT
gi|88924                      :      A-AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----GC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAACACAGCAAAC-AAATA--ATT-T-TTTAAAGAT-GGCa
gi|89076                      :   aacA-AA-AA--A--A----AT---A----AGCTT----CA-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GTTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GACCTT
gi|89075                      :      A-AA-AA--A--A----AT---TTTTTAGCTA----CC-TA---C----ATA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TA--CTG------AGTCAGAGCACAGTAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGa
gi|89085                      :      A-AA-AA--A--T----AT---T-----TTTA----TC-TA---C----CTA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTGAAGAT-GGCCT
gi|89084                      :      A-AA-GA--A--A----AT---T----AGCTA----CT-TA---C----CTA--C---T---------TATGTG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGTACAGCAAAC-AAACA----T-T-TTTGAGGAT-GGCCTTca
gi|89083                      :      A-AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----CA-TA---C----CTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCCGAGCATAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TAAAAGGAT-GGCCTa
gi|89105                      :       -AA-AA--A--A----AT---T-----GCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACTTG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTca
gi|89107                      :       -AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AAATAT-TTT-T-TTTAAGGAT-GGCATT
gi|89110                      :       -AA-AA--A--A----AG---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACTGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTT-AGGAT-GGCCa
gi|89114                      :       -AA-AA--A--A----AT---TTT--AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CCA------GTTCAGGGCACAGCAAAC-AAATATTTTT-T-TTTAAGGAT-AGCCT
gi|89106                      :       -AA-AA--A--A----AT--------AATTA----CC-TA---G----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTT------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-C-TTTAAGGAT-GGCCTca
gi|89113                      :       -AA-AA--A--A----AT---T----ACCTA----CT-GA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTA------TGTCGGAATACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89112                      :       -AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CT-TA---C----CTA--T---A---------CACATG-AAAA--A-TG--CAA------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89111                      :       -AA-AA--A--A----AT---A----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---CTTCC-----CACATG-AAAA--A-TA--CCG------GGTCGGAAAACAGTAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88946                      :       -AA-AA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---T----CTA--C---C---------CACATA-AAAA--A--A--CTG------GGTCTGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TATAAAGAC-GGCC
gi|89109                      : aaaatt-AA-AA--A--A----AT--------AGCTA----C--TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA----TA--TTG------GGTCGGAGCACAGCAAA--AAATA--TTT-T-TTTATGGAT-GGCCTT
gi|89115                      :       -AA-AA--A--A----ATGTTT----ACCTA----TC-TA---C----CTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TA--CTG------GTTCGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTTAT-TTTAAGAAT-GGCCTa
gi|89136                      :         A-AA--A--G----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---A---------CACATG-AAAA--A-TT--TTG------GGTCAGAGCACAGTAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89137                      :         A-AA--A--A----GC---T----ACCTA----CC-TAGTTC----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-C-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89134                      :         A-GA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-GAAA--G-TA--CTG------GTTTGGAGCACAGCAAAC-----A--TTT-T-TTTTAGGAT-GGCCTa
gi|89139                      :         A-AA--A--T----AT---T----AGCTA----CG-TA---C----CTA--C---C---------CATATG-GAAA--A-TA--CTG------GGACGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTGACGGAT-GGCCTT
gi|89153                      :            A--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTA------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GACCTTa
gi|89135                      :           aA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACAGCAAAA-AAATT--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89155                      :           aA--A--A----AT---C----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AATTA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88948                      :           aA--A--A----AT---T----AGCTA----CC-TA---T----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTT------GGTCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTTAGGa
gi|89156                      :    aaataacaA--A--A----AA---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------ATCATG-AAAA--A-TA--CTG------GGCTGGAGCACAGCAAAC-AAATA---TT-T-TTAAAGGGT-GGCCTT
gi|89045                      :             --A--A----AT---T----AACTT----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAAAAA-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA---TT-T-ATTAAGGAT-GGCCTTa
gi|89173                      :       aaatac--A--A----TT---T----AGCTA----CC-TA---C----TTA--C---C---------CATATG-ATAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCAAAGCAAAC-AAATA--CCT-T-TTTGAGGAT-GGCCa
gi|89176                      :                --A----AT---T----AGCTATCTACC-TA---C----CCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AAATA---CT-T-TTTAGGGAT-GGC
gi|89187                      :                        T---T----AGCTA----CC-TA---C----CTATAC---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------G-TCAGAGCACAGCAAAC-AAATA--CTT-T-TTTAAGGAT-ACCCT
gi|89181                      :                        T---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TA--CTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AACTA---TT-T-TTTAAAGAT-GGCC
gi|89116                      :                        T---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CAG------GGCCGGAGCGGAGCAAAC-AAATA--ATT-T-TTTAAAGAT-GGTCTTata
gi|89077                      :                aaaaatatt---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACATCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89192                      :            agaaaacattatc---T----ACCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CAG------AGTCGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAGGGT-GGCCTca
gi|89193                      :                         ---T----AGCTA----CC-TA---C----CTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TA--CTG------GGTCAGAGCACGGCAAAC-AAATA---AT-T-TTTAAGGAT-GACCT
gi|89205                      :                                           C-TA---C----CTA--C---C---------CACATG-ACAA--A-TA--CTG------GATCGGAGCACAGCAAAC-AAACA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|89214                      :                                               ---C----CTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TA--CTG------GGTCGGAGCACAGCAAAC-AAATA--TTT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa





Alignments
lowQualScore                  :        0 0 0 00 2222 00 0000  222 2222 0000    0000  1111  000    00 000 222222222      0    11 0     111111                       2222  0 0         0      
lowQualScore                  :        . . . .. .... .. ....  ... .... ....    ....  ....  ...    .. ... .........      .    .. .     ......                       ....  . .         .      
lowQualScore                  :        5 9 9 66 8888 66 9999  444 8888 9999    9999  3333  777    66 777 555555555      4    99 4     111111                       9999  4 4         4      
consensus                     :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
Reference ( family-117 )      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88913                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATC--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTT
gi|88914                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAAT-A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88915                      :    aAAG-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88916                      :     AAC-A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAACAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88917                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|88918                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TATTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88919                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACACATA--T-TT-T-TTTTAAGAT-GGCCTT
gi|88920                      :    aAAA-A-A-A--ACC--A--A----AC---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGAACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCa
gi|88921                      :     aAA-A-A-A--A----C--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACATATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88924                      :     agA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAACACAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGC
gi|88925                      :  aacAAA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CCC---TA---CCTA--C---C---------AAAACG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-A-TTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88927                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTTa
gi|88928                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATA-AAAAA-A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCCTa
gi|88929                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCAA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAGTG------GGTCAGAGCACAGCAAACACATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88930                      :     AAA-A-A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTT----TC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GACTTTa
gi|88932                      :    aAAA-A-A-A--A----T--A----AT---TT---A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAC-GACCTa
gi|88934                      :     AAA-A-A-A--A----T--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGTACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCca
gi|88936                      :     AAA-A-A-A--C----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTGGGAGCACAACAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88937                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TATTG------TGTTGGAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCTTT
gi|88938                      :     AAATA-A-A--A----A--A----ATAG-T----A----TCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGACTGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTT
gi|88940                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CCTACTTA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTTGGAGCAGAGCAAACTAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCTa
gi|88941                      :    aAAA-A-A-A--AT---A--A----ATAAAT----A----GCTA----TC----TA---CATA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAAGA--T-TT-T-TTTAAGGAT-CACCTT
gi|88942                      :     AAA-A-A-C--A----T--A----AT---TT---A----GCCA----CC----TA---CCTA--A---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTTGGAGCACAGCAAACATATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88944                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT--------A----G-TA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-GAAC--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATG--T-TT-T-TTTAAGGAT-TGCCTa
gi|88945                      :   agAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----CCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CACATG--AAA--A-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TC-T-TTTTAGTAT-GGCCT
gi|88946                      :       a-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A--ACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TATAAAGAC-GGCC
gi|88948                      : aaaattA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTTAGG
gi|88950                      : aaatAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---ACTA--C---C---------CACATG-AAAA--A----TG------GATCCGAGCACAGCAAACAAGCA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCCT
gi|88951                      :     aAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TT---CCAA--C---C---------GACATG-AATA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACATACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88952                      :  aacAAA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-CACTA------GGTCGCAGCACAGCAAATAAACA----TT-T-TTTAATGAG-GGTCT
gi|88990                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88991                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGACGGAGC-CAGCAAACAAATA--T-TT-T-GTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88993                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TCTAAGGAT-GGCC
gi|88994                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CCCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTC
gi|88995                      :     AAA-A-A-A--A----A--ATATGAT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGCACAGCCAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88996                      :     AAA-A-A-T--A----ATTA----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCATACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88997                      :     AAG-G-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AATATG-AAAA--A-AACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGTT-GGCCT
gi|88998                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------GACATG-GAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TGTAAGGAA-AGCCTT
gi|88999                      :     AAA-A-C-A--T----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTGA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-GT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89000                      :     AAA-A-A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CC----TC---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TAATG------TGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89001                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-ATAA--A-TACTG------GGTAGAAGCACAGCAAATAACTA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89002                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTG----CC----TA---CCTA--C---CAGTGTAACCCACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAACCAAATA----TT-T-TCTAAGGCT-GGCCTT
gi|89003                      :     AAA-A-A-A--ATAATA--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACAAG-AAAA--A-TAATG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGATAGGCCa
gi|89026                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TGTAAGAAT-GGCCT
gi|89027                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89028                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCca
gi|89030                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AATG--T-TT-TCTTTAAGAAT-GGCCT
gi|89031                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAATG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAA-A--TATT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89032                      :      AA-A-A-A--T----A--A----AT---T----T----GCTA----CC----TA---CCTA--CTACC---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAACAAAC-AATA--T-TT-T-TTTAATGAT-GGCCTT
gi|89034                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----AC----AA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAATA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89035                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAAGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-Ga
gi|89036                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--T---C---------CACCTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATT--T-TT-G-TTTAAGGAC-GGCCTtaaacctta
gi|89037                      :      AA-A-A-A--A----T--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--A-TACTG------GGTCGG-----AGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-GACC
gi|89038                      :      AG-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCAA----CC----TA---CCTA--C---C---------CATACA-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCACAGCAAACAAATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89039                      :      AA-A-A-A--C----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAGGAGCACAGCAAACA--------TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89040                      :      AA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CC-----A---CCTA--C---C---------CACATG-CAAA--A-TACTG------GGTTTGAGCACAGCAAACAAACAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89041                      :      AA-A-A-C--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACAGG-AAAA--G-TACTG------GGTCGAAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCa
gi|89043                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-CACTGGCCGATGGTCAGAACACAGTAAACAAATA--T-TA-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89044                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACCTT-AAAA--AGTACTG------GATCACAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTca
gi|89045                      :      AA-A-T-A--C----A--A----AT---T----A----ACTT----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAAAA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-ATTAAGGAT-GGCCTT
gi|89046                      :      AA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---T---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAGTA--T-TT-T-TTTAAGACT-GGCCa
gi|89072                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATAA--T-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCCT
gi|89074                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GGTC----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTTa
gi|89075                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---TTTTTA----GCTA----CC----TA---CATA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGa
gi|89076                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTT----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTT
gi|89077                      :       A-G-A-A--A----A--C----AT---T----ATCTAGCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACATCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89079                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATC-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACTGCAAATGAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTca
gi|89081                      :       A-A-A-A--A----A--G----A---------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATGAAAAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAG-AAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89083                      :       A-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCATAGCAAACAAATA--T-TT-T-TAAAAGGAT-GGCCT
gi|89084                      :       A-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--C---T---------TATGTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAACA-----T-T-TTTGAGGAT-GGCCTTca
gi|89085                      :       A-A-A-A--A----A--T----AT---T---------TTTA----TC----TA---CCTA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTGAAGAT-GGCCTa
gi|89086                      :       A-A-A-ATCA----A--A----ATC--T----G----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--A-TT-T-TTCAAGGAT-GACCca
gi|89105                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T---------GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACTTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89106                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----ATTA----CC----TA---GCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89107                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCATT
gi|89109                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----C-----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA----TATTG------GGTCGGAGCACAGCAAA-AAATA--T-TT-T-TTTATGGAT-GGCCTTa
gi|89110                      :        -A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACTGCAAACAAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCa
gi|89111                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---CTTCC-----CACATG-AAAA--A-TACCG------GGTCGGAAAACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89112                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--T---A---------CACATG-AAAA--A-TGCAA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89113                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CT----GA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------TGTCGGAATACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89114                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACCA------GTTCAGGGCACAGCAAACAAATATTT-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCT
gi|89115                      :        -A-A-A--A----A--A----ATGTTT----A----CCTA----TC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TTAT-TTTAAGAAT-GGCCTca
gi|89116                      :        -A-A-A--A----A--T----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGCCGGAGCGGAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGTCTT
gi|89118                      :        -A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGTTGGAGCACAGAAGACAAACA--T-TT-T-TTAAAGGAT-TGTCTTa
gi|89134                      :          -A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--G-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAAC----A--T-TT-T-TTTTAGGAT-GGCCTa
gi|89135                      :          -A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAAAAAATT--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89136                      :          -A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---A---------CACATG-AAAA--A-TTTTG------GGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89137                      :          -A-A--A----A--A----GC---T----A----CCTA----CC----TAGTTCCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89139                      :          -A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CG----TA---CCTA--C---C---------CATATG-GAAA--A-TACTG------GGACGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTGACGGAT-GGCCTTa
gi|89153                      :            -A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTTa
gi|89155                      :            -A--A----A--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89156                      :            -A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------ATCATG-AAAA--A-TACTG------GGCTGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTAAAGGGT-GGCCTTa
gi|89173                      :                 ----A--A----TT---T----A----GCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CATATG-ATAA--A-TACTG------GGTCGGAGCAAAGCAAACAAATA--C-CT-T-TTTGAGGAT-GGCCa
gi|89176                      :                      --A----AT---T----A----GCTATCTACC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA----CT-T-TTTAGGGAT-GGC
gi|89181                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAACTA----TT-T-TTTAAAGAT-GGCC
gi|89187                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTATAC---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------G-TCAGAGCACAGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-ACCCTata
gi|89192                      :                               ---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------AGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGGT-GGCCT
gi|89193                      :                               ---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACGGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GACCT
gi|89205                      :                                                     C----TA---CCTA--C---C---------CACATG-ACAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|89214                      :                                                            ---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa





Alignments
lowQualScore                  :        0 0 0 00 2222 00 0000  222 2222 0000    0000  1111  000    00 000 222222222      0    11 0     111111                       2222  0 0         0      
lowQualScore                  :        . . . .. .... .. ....  ... .... ....    ....  ....  ...    .. ... .........      .    .. .     ......                       ....  . .         .      
lowQualScore                  :        5 9 9 66 8888 66 9999  444 8888 9999    9999  3333  777    66 777 555555555      4    99 4     111111                       9999  4 4         4      
consensus                     :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
Reference ( family-117 )      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88913                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATC--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTT
gi|88914                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAAT-A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88915                      :    aAAG-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88916                      :     AAC-A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAACAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88917                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|88918                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TATTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88919                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACACATA--T-TT-T-TTTTAAGAT-GGCCTT
gi|88920                      :    aAAA-A-A-A--ACC--A--A----AC---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGAACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCa
gi|88921                      :     aAA-A-A-A--A----C--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACATATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88924                      :     agA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAACACAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGC
gi|88925                      :  aacAAA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CCC---TA---CCTA--C---C---------AAAACG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-A-TTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88927                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTTa
gi|88928                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATA-AAAAA-A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCCTa
gi|88929                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCAA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAGTG------GGTCAGAGCACAGCAAACACATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88930                      :     AAA-A-A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTT----TC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GACTTTa
gi|88932                      :    aAAA-A-A-A--A----T--A----AT---TT---A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAC-GACCTa
gi|88934                      :     AAA-A-A-A--A----T--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGTACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCca
gi|88936                      :     AAA-A-A-A--C----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTGGGAGCACAACAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88937                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TATTG------TGTTGGAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCTTT
gi|88938                      :     AAATA-A-A--A----A--A----ATAG-T----A----TCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGACTGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTT
gi|88940                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CCTACTTA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTTGGAGCAGAGCAAACTAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCTa
gi|88941                      :    aAAA-A-A-A--AT---A--A----ATAAAT----A----GCTA----TC----TA---CATA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAAGA--T-TT-T-TTTAAGGAT-CACCTT
gi|88942                      :     AAA-A-A-C--A----T--A----AT---TT---A----GCCA----CC----TA---CCTA--A---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTTGGAGCACAGCAAACATATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88944                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT--------A----G-TA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-GAAC--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATG--T-TT-T-TTTAAGGAT-TGCCTa
gi|88945                      :   agAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----CCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CACATG--AAA--A-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TC-T-TTTTAGTAT-GGCCT
gi|88946                      :       a-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A--ACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TATAAAGAC-GGCC
gi|88948                      : aaaattA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTTAGG
gi|88950                      : aaatAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---ACTA--C---C---------CACATG-AAAA--A----TG------GATCCGAGCACAGCAAACAAGCA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCCT
gi|88951                      :     aAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TT---CCAA--C---C---------GACATG-AATA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACATACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88952                      :  aacAAA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-CACTA------GGTCGCAGCACAGCAAATAAACA----TT-T-TTTAATGAG-GGTCT
gi|88990                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88991                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGACGGAGC-CAGCAAACAAATA--T-TT-T-GTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88993                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TCTAAGGAT-GGCC
gi|88994                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CCCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTC
gi|88995                      :     AAA-A-A-A--A----A--ATATGAT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGCACAGCCAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88996                      :     AAA-A-A-T--A----ATTA----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCATACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88997                      :     AAG-G-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AATATG-AAAA--A-AACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGTT-GGCCT
gi|88998                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------GACATG-GAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TGTAAGGAA-AGCCTT
gi|88999                      :     AAA-A-C-A--T----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTGA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-GT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89000                      :     AAA-A-A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CC----TC---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TAATG------TGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89001                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-ATAA--A-TACTG------GGTAGAAGCACAGCAAATAACTA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89002                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTG----CC----TA---CCTA--C---CAGTGTAACCCACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAACCAAATA----TT-T-TCTAAGGCT-GGCCTT
gi|89003                      :     AAA-A-A-A--ATAATA--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACAAG-AAAA--A-TAATG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGATAGGCCa
gi|89026                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TGTAAGAAT-GGCCT
gi|89027                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89028                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCca
gi|89030                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AATG--T-TT-TCTTTAAGAAT-GGCCT
gi|89031                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAATG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAA-A--TATT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89032                      :      AA-A-A-A--T----A--A----AT---T----T----GCTA----CC----TA---CCTA--CTACC---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAACAAAC-AATA--T-TT-T-TTTAATGAT-GGCCTT
gi|89034                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----AC----AA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAATA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89035                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAAGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-Ga
gi|89036                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--T---C---------CACCTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATT--T-TT-G-TTTAAGGAC-GGCCTtaaacctta
gi|89037                      :      AA-A-A-A--A----T--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--A-TACTG------GGTCGG-----AGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-GACC
gi|89038                      :      AG-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCAA----CC----TA---CCTA--C---C---------CATACA-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCACAGCAAACAAATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89039                      :      AA-A-A-A--C----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAGGAGCACAGCAAACA--------TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89040                      :      AA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CC-----A---CCTA--C---C---------CACATG-CAAA--A-TACTG------GGTTTGAGCACAGCAAACAAACAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89041                      :      AA-A-A-C--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACAGG-AAAA--G-TACTG------GGTCGAAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCa
gi|89043                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-CACTGGCCGATGGTCAGAACACAGTAAACAAATA--T-TA-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89044                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACCTT-AAAA--AGTACTG------GATCACAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTca
gi|89045                      :      AA-A-T-A--C----A--A----AT---T----A----ACTT----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAAAA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-ATTAAGGAT-GGCCTT
gi|89046                      :      AA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---T---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAGTA--T-TT-T-TTTAAGACT-GGCCa
gi|89072                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATAA--T-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCCT
gi|89074                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GGTC----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTTa
gi|89075                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---TTTTTA----GCTA----CC----TA---CATA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGa
gi|89076                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTT----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTT
gi|89077                      :       A-G-A-A--A----A--C----AT---T----ATCTAGCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACATCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89079                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATC-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACTGCAAATGAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTca
gi|89081                      :       A-A-A-A--A----A--G----A---------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATGAAAAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAG-AAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89083                      :       A-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCATAGCAAACAAATA--T-TT-T-TAAAAGGAT-GGCCT
gi|89084                      :       A-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--C---T---------TATGTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAACA-----T-T-TTTGAGGAT-GGCCTTca
gi|89085                      :       A-A-A-A--A----A--T----AT---T---------TTTA----TC----TA---CCTA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTGAAGAT-GGCCTa
gi|89086                      :       A-A-A-ATCA----A--A----ATC--T----G----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--A-TT-T-TTCAAGGAT-GACCca
gi|89105                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T---------GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACTTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89106                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----ATTA----CC----TA---GCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89107                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCATT
gi|89109                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----C-----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA----TATTG------GGTCGGAGCACAGCAAA-AAATA--T-TT-T-TTTATGGAT-GGCCTTa
gi|89110                      :        -A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACTGCAAACAAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCa
gi|89111                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---CTTCC-----CACATG-AAAA--A-TACCG------GGTCGGAAAACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89112                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--T---A---------CACATG-AAAA--A-TGCAA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89113                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CT----GA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------TGTCGGAATACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89114                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACCA------GTTCAGGGCACAGCAAACAAATATTT-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCT
gi|89115                      :        -A-A-A--A----A--A----ATGTTT----A----CCTA----TC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TTAT-TTTAAGAAT-GGCCTca
gi|89116                      :        -A-A-A--A----A--T----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGCCGGAGCGGAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGTCTT
gi|89118                      :        -A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGTTGGAGCACAGAAGACAAACA--T-TT-T-TTAAAGGAT-TGTCTTa
gi|89134                      :          -A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--G-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAAC----A--T-TT-T-TTTTAGGAT-GGCCTa
gi|89135                      :          -A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAAAAAATT--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89136                      :          -A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---A---------CACATG-AAAA--A-TTTTG------GGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89137                      :          -A-A--A----A--A----GC---T----A----CCTA----CC----TAGTTCCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89139                      :          -A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CG----TA---CCTA--C---C---------CATATG-GAAA--A-TACTG------GGACGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTGACGGAT-GGCCTTa
gi|89153                      :            -A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTTa
gi|89155                      :            -A--A----A--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89156                      :            -A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------ATCATG-AAAA--A-TACTG------GGCTGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTAAAGGGT-GGCCTTa
gi|89173                      :                 ----A--A----TT---T----A----GCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CATATG-ATAA--A-TACTG------GGTCGGAGCAAAGCAAACAAATA--C-CT-T-TTTGAGGAT-GGCCa
gi|89176                      :                      --A----AT---T----A----GCTATCTACC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA----CT-T-TTTAGGGAT-GGC
gi|89181                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAACTA----TT-T-TTTAAAGAT-GGCC
gi|89187                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTATAC---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------G-TCAGAGCACAGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-ACCCTata
gi|89192                      :                               ---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------AGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGGT-GGCCT
gi|89193                      :                               ---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACGGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GACCT
gi|89205                      :                                                     C----TA---CCTA--C---C---------CACATG-ACAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|89214                      :                                                            ---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa


blockSeqs                     :                 TAAT          AAA TTTT               TACT                AGTGTAACC           AT       GCCGAT                       TTT 
blockSeqs                     :                 CC            GTT TT                 C                   TTCC                AA       .                            CT  
blockSeqs                     :                 T             AG  TT                 .                   .                   T        .                            CT  
blockSeqs                     :                 T             C   T                  .                   .                   A        .                            TA  
blockSeqs                     :                 T             .   T                  .                   .                   .        .                            TT  
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            TT  
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            A   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            C   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            A   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            A   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            C   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            C   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            T   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                 .             .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                               .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                               .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                               .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                               .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                               .   .                  .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                                                      .                   .                   .        .                            .   
blockSeqs                     :                                                                          .                   .        .                            .   


blockSeqCons                  :     
originalCons                  :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
finalCons                     :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT





Alignments
lowQualScore                  :        0 0 0 00 2222 00 0000  222 2222 0000    0000  1111  000    00 000 222222222      0    11 0     111111                       2222  0 0         0      
lowQualScore                  :        . . . .. .... .. ....  ... .... ....    ....  ....  ...    .. ... .........      .    .. .     ......                       ....  . .         .      
lowQualScore                  :        5 9 9 66 8888 66 9999  444 8888 9999    9999  3333  777    66 777 555555555      4    99 4     111111                       9999  4 4         4      
consensus                     :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
Reference ( family-117 )      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88913                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATC--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTT
gi|88914                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAAT-A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88915                      :    aAAG-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88916                      :     AAC-A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAACAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88917                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|88918                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TATTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88919                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACACATA--T-TT-T-TTTTAAGAT-GGCCTT
gi|88920                      :    aAAA-A-A-A--ACC--A--A----AC---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGAACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCa
gi|88921                      :     aAA-A-A-A--A----C--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACATATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88924                      :     agA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAACACAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGC
gi|88925                      :  aacAAA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CCC---TA---CCTA--C---C---------AAAACG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-A-TTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88927                      :    aAAA-ATA-A--AT---A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCTTa
gi|88928                      :    aAAA-A-ATA--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TT---CCTA--C---C---------CACATA-AAAAA-A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCCTa
gi|88929                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCAA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAGTG------GGTCAGAGCACAGCAAACACATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88930                      :     AAA-A-A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTT----TC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GACTTTa
gi|88932                      :    aAAA-A-A-A--A----T--A----AT---TT---A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-AT-T-TTTAAGGAC-GACCTa
gi|88934                      :     AAA-A-A-A--A----T--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGTACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCca
gi|88936                      :     AAA-A-A-A--C----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TT---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTGGGAGCACAACAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|88937                      :    aAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TATTG------TGTTGGAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCTTT
gi|88938                      :     AAATA-A-A--A----A--A----ATAG-T----A----TCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------AGACTGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTT
gi|88940                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----GCTA----CCTACTTA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTTGGAGCAGAGCAAACTAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCTa
gi|88941                      :    aAAA-A-A-A--AT---A--A----ATAAAT----A----GCTA----TC----TA---CATA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAAGA--T-TT-T-TTTAAGGAT-CACCTT
gi|88942                      :     AAA-A-A-C--A----T--A----AT---TT---A----GCCA----CC----TA---CCTA--A---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTTGGAGCACAGCAAACATATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88944                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT--------A----G-TA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-GAAC--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGCAAACAAATG--T-TT-T-TTTAAGGAT-TGCCTa
gi|88945                      :   agAAA-A-A-A--A----A--A----AA---T----A----CCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CACATG--AAA--A-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TC-T-TTTTAGTAT-GGCCT
gi|88946                      :       a-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A--ACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TATAAAGAC-GGCC
gi|88948                      : aaaattA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTTAGG
gi|88950                      : aaatAAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---ACTA--C---C---------CACATG-AAAA--A----TG------GATCCGAGCACAGCAAACAAGCA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCCT
gi|88951                      :     aAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TT---CCAA--C---C---------GACATG-AATA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACATACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|88952                      :  aacAAA-A-C-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-CACTA------GGTCGCAGCACAGCAAATAAACA----TT-T-TTTAATGAG-GGTCT
gi|88990                      :    aAAA-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|88991                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGACGGAGC-CAGCAAACAAATA--T-TT-T-GTTAAGGAT-GGCCCT
gi|88993                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCAGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TCTAAGGAT-GGCC
gi|88994                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CCCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCTGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTC
gi|88995                      :     AAA-A-A-A--A----A--ATATGAT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGCCGGAGCACAGCCAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTT
gi|88996                      :     AAA-A-A-T--A----ATTA----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCATACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTa
gi|88997                      :     AAG-G-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------AATATG-AAAA--A-AACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGTT-GGCCT
gi|88998                      :     AAA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------GACATG-GAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TGTAAGGAA-AGCCTT
gi|88999                      :     AAA-A-C-A--T----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CTGA--C---C---------AACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-GT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89000                      :     AAA-A-A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CC----TC---CCTA--C---T---------CACATA-AAAA--A-TAATG------TGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89001                      :     AAA-A-T-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-ATAA--A-TACTG------GGTAGAAGCACAGCAAATAACTA--T-TT-T-TTAAAGGAT-GGCCT
gi|89002                      :     AAA-C-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTG----CC----TA---CCTA--C---CAGTGTAACCCACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAACCAAATA----TT-T-TCTAAGGCT-GGCCTT
gi|89003                      :     AAA-A-A-A--ATAATA--A----AT---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACAAG-AAAA--A-TAATG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGATAGGCCa
gi|89026                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TGTAAGAAT-GGCCT
gi|89027                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89028                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATAC-T-TT-T-TTTAAGAAT-GGCCca
gi|89030                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAAC-AATG--T-TT-TCTTTAAGAAT-GGCCT
gi|89031                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TAATG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAA-A--TATT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89032                      :      AA-A-A-A--T----A--A----AT---T----T----GCTA----CC----TA---CCTA--CTACC---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAACAAAC-AATA--T-TT-T-TTTAATGAT-GGCCTT
gi|89034                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----AC----AA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAATA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89035                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAAGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-Ga
gi|89036                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--T---C---------CACCTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATT--T-TT-G-TTTAAGGAC-GGCCTtaaacctta
gi|89037                      :      AA-A-A-A--A----T--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--A-TACTG------GGTCGG-----AGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-GACC
gi|89038                      :      AG-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCAA----CC----TA---CCTA--C---C---------CATACA-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCACAGCAAACAAATA--T-CT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89039                      :      AA-A-A-A--C----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTAGGAGCACAGCAAACA--------TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89040                      :      AA-A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GCTA----CC-----A---CCTA--C---C---------CACATG-CAAA--A-TACTG------GGTTTGAGCACAGCAAACAAACAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89041                      :      AA-A-A-C--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACAGG-AAAA--G-TACTG------GGTCGAAGCACAGCAAACAAACA----TT-T-TTTAAGGAT-GGCa
gi|89043                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-CACTGGCCGATGGTCAGAACACAGTAAACAAATA--T-TA-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89044                      :      AA-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACCTT-AAAA--AGTACTG------GATCACAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAAGAT-GGCCTca
gi|89045                      :      AA-A-T-A--C----A--A----AT---T----A----ACTT----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAAAAA-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-ATTAAGGAT-GGCCTT
gi|89046                      :      AA-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---T---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAGTA--T-TT-T-TTTAAGACT-GGCCa
gi|89072                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATAA--T-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCCT
gi|89074                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GGTC----GC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACGGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGTCTTa
gi|89075                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---TTTTTA----GCTA----CC----TA---CATA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------AGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGa
gi|89076                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTT----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTT
gi|89077                      :       A-G-A-A--A----A--C----AT---T----ATCTAGCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACATCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa
gi|89079                      :       A-A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--C---C---------CACATC-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACTGCAAATGAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTca
gi|89081                      :       A-A-A-A--A----A--G----A---------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATGAAAAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAG-AAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89083                      :       A-A-A-A--A----A--A----A----T----A----GCTA----CA----TA---CCTA--T---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCCGAGCATAGCAAACAAATA--T-TT-T-TAAAAGGAT-GGCCT
gi|89084                      :       A-A-A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--C---T---------TATGTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGTACAGCAAACAAACA-----T-T-TTTGAGGAT-GGCCTTca
gi|89085                      :       A-A-A-A--A----A--T----AT---T---------TTTA----TC----TA---CCTA--C---C---------TACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTGAAGAT-GGCCTa
gi|89086                      :       A-A-A-ATCA----A--A----ATC--T----G----GCTA----CC----TA---CCCA--C---C---------CTCATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--A-TT-T-TTCAAGGAT-GACCca
gi|89105                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T---------GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACTTG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89106                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----ATTA----CC----TA---GCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTT------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89107                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATAT-T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCATT
gi|89109                      :        -A-A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----C-----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA----TATTG------GGTCGGAGCACAGCAAA-AAATA--T-TT-T-TTTATGGAT-GGCCTTa
gi|89110                      :        -A-A-A--A----A--A----AG---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AGAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACTGCAAACAAACA--T-TT-T-TTT-AGGAT-GGCCa
gi|89111                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---A----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---CTTCC-----CACATG-AAAA--A-TACCG------GGTCGGAAAACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89112                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CT----TA---CCTA--T---A---------CACATG-AAAA--A-TGCAA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-G-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89113                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---T----A----CCTA----CT----GA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------TGTCGGAATACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89114                      :        -A-A-A--A----A--A----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACCA------GTTCAGGGCACAGCAAACAAATATTT-TT-T-TTTAAGGAT-AGCCT
gi|89115                      :        -A-A-A--A----A--A----ATGTTT----A----CCTA----TC----TA---CCTA--C---C---------CGCATG-AAAA--A-TACTG------GTTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TTAT-TTTAAGAAT-GGCCTca
gi|89116                      :        -A-A-A--A----A--T----AT---TTT--A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------GGCCGGAGCGGAGCAAACAAATA--A-TT-T-TTTAAAGAT-GGTCTT
gi|89118                      :        -A-A-A--A----G--A----AT---T----A----GTTA----CC----TA---TCTA--C---C---------CACATG-AAAA--G-TACTG------GGTTGGAGCACAGAAGACAAACA--T-TT-T-TTAAAGGAT-TGTCTTa
gi|89134                      :          -A-G--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-GAAA--G-TACTG------GTTTGGAGCACAGCAAAC----A--T-TT-T-TTTTAGGAT-GGCCTa
gi|89135                      :          -A-A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAAAAAATT--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCT
gi|89136                      :          -A-A--A----A--G----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---A---------CACATG-AAAA--A-TTTTG------GGTCAGAGCACAGTAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89137                      :          -A-A--A----A--A----GC---T----A----CCTA----CC----TAGTTCCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-C-TTTAAGGAT-GGCCTT
gi|89139                      :          -A-A--A----A--T----AT---T----A----GCTA----CG----TA---CCTA--C---C---------CATATG-GAAA--A-TACTG------GGACGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTGACGGAT-GGCCTTa
gi|89153                      :            -A--A----A--A----AT---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTA------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GACCTTa
gi|89155                      :            -A--A----A--A----AT---C----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---T---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAATTA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCCTa
gi|89156                      :            -A--A----A--A----AT--------A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------ATCATG-AAAA--A-TACTG------GGCTGGAGCACAGCAAACAAATA----TT-T-TTAAAGGGT-GGCCTTa
gi|89173                      :                 ----A--A----TT---T----A----GCTA----CC----TA---CTTA--C---C---------CATATG-ATAA--A-TACTG------GGTCGGAGCAAAGCAAACAAATA--C-CT-T-TTTGAGGAT-GGCCa
gi|89176                      :                      --A----AT---T----A----GCTATCTACC----TA---CCCA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAAATA----CT-T-TTTAGGGAT-GGC
gi|89181                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATA-AAAA--A-TACTG------GGTTGGAGCACAGCAAACAACTA----TT-T-TTTAAAGAT-GGCC
gi|89187                      :                              T---T----A----GCTA----CC----TA---CCTATAC---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------G-TCAGAGCACAGCAAACAAATA--C-TT-T-TTTAAGGAT-ACCCTata
gi|89192                      :                               ---T----A----CCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACAG------AGTCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGGT-GGCCT
gi|89193                      :                               ---T----A----GCTA----CC----TA---CCTA--C---C---------CACATT-AAAA--A-TACTG------GGTCAGAGCACGGCAAACAAATA----AT-T-TTTAAGGAT-GACCT
gi|89205                      :                                                     C----TA---CCTA--C---C---------CACATG-ACAA--A-TACTG------GATCGGAGCACAGCAAACAAACA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTTca
gi|89214                      :                                                            ---CCTA--C---C---------CACATG-AAAA--A-TACTG------GGTCGGAGCACAGCAAACAAATA--T-TT-T-TTTAAGGAT-GGCCTa