lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1111111111111111                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        1         000        5555555555555555    00 000 666 0000        0       6                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .         ...        ................    .. ... ... ....        .       .                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        3         888        9999999999999999    66 888 666 9999        4       1                    
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
Reference ( gi|19815 )        :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAGAACTGGATATGCCATATATA
gi|19793                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ATAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19789                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATTAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19816                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTACGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCTG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19785                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--AT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19779                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----TATTTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19802                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCTACATAT
gi|19795                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----C--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19763                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGAGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACCCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCCCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTATATATA
gi|19798                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaAGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACACCG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTAGATATGCCATATATA
gi|19781                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTGG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCATATATA
gi|19778                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--ACATTCTG--A---T--AT----CTTCCGCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19809                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19767                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATA
gi|19776                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aAGTTACTTGCGGAAAG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TTATGCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGTCATAT
gi|19792                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGCTACTTGTGGAAAG-ACGATGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAATCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19812                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGAAAAG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT-----TTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATatta
gi|19797                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-GCAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAAACTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATTTA
gi|19760                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGATGGTT---CTACTCAGTCTAA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|19801                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                            aaataatttgccAGTTACTTATGGAAGG-ACAGTGGTT---ATACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGCTATGCCATATATA
gi|19775                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGAAATGCCATATATA
gi|19787                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGTAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19811                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTATGGACGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GTTTTCCTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCTTAT
gi|19788                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGTAGG-ATGGTGGTT---CTATTCAA----A----T--TAATTCTG--A---G--TT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATt
gi|19807                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGATACATGCGGAAGG-ACGGTGATT---CTACTAAA----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTGC-ACCAATAAAACTGGATATGTCATATATAtca
gi|19826                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACGCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCA-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtccttaa
gi|19786                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19805                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCTGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19784                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAAG-AAGGTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19827                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAAG-ATAATTGTT---ATACTGTG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTGTATATA
gi|19817                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGGTACATGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTTAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATA
gi|19820                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGCTT---CTACTTGG----A----T--TCATTATG--A---G--GT----CTTCTACC-ACCAATAAAACTGGATAAGCCATATTTA
gi|19800                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTTTC-ACCAGTAAAACTTGATATGCCATA
gi|19777                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTAGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTG--------------T--TCATTCTG--ATGAG--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19796                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGTGGAAG--ATATTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19824                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGCTACTTGTGGAAGG-ACGGTGTTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTTATCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATAT
gi|19769                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACTTGCAGAAAG-ATGTTGGT----CTACTCGG----A----T--TCATTCT------------------TCCTCC-ACCAATAAAACTGGACATGCTATATATAtacctgaa
gi|19768                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aAGATACCTGTGAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACCCAG--T---G--TT----CTTCCTCC-ACCAAT--AACTGGATATGCC
gi|19821                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aAGTTACTTGCGGAAAG-ACAGTGTTT---CTACTCGG----A----T--TC----TA--A---A--GG----TTTCCTCC-ACCAGTGAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19774                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGTTACCTGCGAAAGA-ATGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19732                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTCAC-ACCAGAAAAACTGGATACGCCGTATTTAattta
gi|19734                      :      gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgcaatcggaaatatccggaatataacgagtgatactcgccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttatttatttcaccgagaatgtatacattttttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctacggtaaattataaatataaaaataaataaAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGAT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CGTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19736                      :       gattgtctgcttaaaaatttatatatcgtctgccacaggtaatcgctatcgacaatatccggaatataacgagcgatactcgccgatactttcgtaacatatcgacagtttccgttaatttgtttcactttaaatattgttatactttatgaaatttaatacaaataaaacagtaaatagaacttgtttattaatttcagcgagaatgtatacattttttttaaattttaatgacatggcaacttaagcgtgatcagcttaggaaaattgtaaatataaaaacaaataaAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTTGG----A----T--TC----TG--A---A--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATAccttaa
gi|19764                      :                               gatcgtttgcttaaaaaattatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagcggtactcgcagagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttaattatttttttaattttaatgaaatggcaacttaagcgtgatcagcttaggtaaattataaatataaaaacaaataaTTACTTGCGAAAGA-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TCACTCTG--A---G--GT----CT---TCT-ACCAGTAAAACTGGATTTGTCATTTATctttactttaa
gi|19762                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaagaTTACTTATGGAATG-ATGGTAGTT---CTACTTGG----A----T--TCATGCTG--A---T--GT----CTTCTTAC-ATCAGTAAAACTGGATATGTCATATTTAt
gi|19914                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatagatTGCTTACGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACTAATAAAACTGGATATGTCATATATAttttaa
gi|19919                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaTACTTGTGGGAGG-ACGGTGATT---CTACTCAG----A----T--TCCTTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19915                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACCTACAGAAGG-ACAGTGATT---CTACTCAG----A----T--CCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATGTA
gi|19916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCCATAAAACTGGACATGCCATATATA
gi|19923                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTGTGGAAGG-ATGGTGTTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTCCAACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19920                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTGTGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19917                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTATAGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTTGATATGCAATATATA
gi|19746                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TAATTGTGGAAAG-ATGGTGGTT---TTACTCAG----A----T--T-ATTCTG--A---C--AT----CTTTCTCC-ACCAATGAAACTGGATATGTCGTATATA
gi|19922                      :                                                                                                                                                                                                                                                             caaattgagccaaactgagttaaaaaattttatgtgaaaagttaagTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---TTACTCAG----------------TCTG--A---A--GT----CTTCATCC-ACCAGTAAAACTGGATGCGCCATATATA
gi|19918                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GC----CTTCCTTT-ACCAGTAACACTGGATATGCCATATATA
gi|19943                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTTGTGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|19949                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19951                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTAGG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTTCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19948                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caTGCGAAAAG-ACGGTGGTTGTTCTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19990                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                caGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19993                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ACTGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19989                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCCG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAacttgaa
gi|19991                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ACGGTGGTT---CTTCTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19961                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGTAATATATA
gi|19984                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tGGAAGC-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATACGCCATATCTAatt
gi|19997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGA-ATGGTGGTT---CTAATCAG----A----C--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19992                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ACAGTGGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19970                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAAG-ACGATTGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATAT
gi|19985                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGA-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacct
gi|19957                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19995                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tGAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---A--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19994                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGA-ATGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19971                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAATG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19959                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAAG-ATGGTGGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTGTCA---GTGGT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19969                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tGGAAAG-ACAGTTGTT---GTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATATA
gi|19988                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ATGGTGGTT---CCACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTACTCC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCATATATA
gi|19996                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GGAAGG-ACGGTGGCT---CTACTCAG----------------TCTG--T---T--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19735                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GAAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACGGGATACGTCGTATTTAct
gi|19759                      :         gatcgtctggttaaaaaattatatttcgtctgttacaggtaatcgctgtcggaaatatccagaatataacgagcgctactcggcgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagcttcactttatatattgttttactttatgaaatttaatataaataaaacagtaaataaaacttgtttattaattttagcgagaatgtatacattttttttatttttaatgaatggcaacttaagcgtggtcagcttaggtaaattataaatataaaaataaataaagataccaatgGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCCG--A---G--TT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCttttaa
gi|19987                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ataaataaccagtaGAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGAATATGCCATATATA
gi|20049                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGG-ACGGTAGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20033                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--TT----CTTCC-CC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20044                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----TTTTTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAACAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20042                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20047                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|19733                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTA
gi|20048                      : gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagtgtatcactactaaaccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgtttttactttatgaaatttaaaataaatacatcagtaaattgaacttgtttattaatttcaccgagaatgtatacaatttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctaaggtaaattataaatataaaaataaataaagatacccatgaaAAG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCATTGTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATActttaa
gi|19747                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-ATGGTGGTT---CTACTCGG----ACTGAT--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20097                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                   cagcttaagttataggtttgaggttataaagtttcct-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20109                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|20117                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAatta
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19737 ): GATCGTCTGCTTAAAAACCTATATTTCGTCCTGCTACAGGAAATTGATATAGGAAATATCCGGAATATAACGAGTGATACTCGTCGAGACCTTCGTAAAATATCGACAGTTTCCGGTATTTTGTTTTACTTTAAATATTGTTTTACTTGATGAAATTCAAAATAAATAAAACAGTAAAAAGAACTGTATATTAATTTCACCGAGAATGTACACACTTTTTTTTTTTTTTAATGAAATGGCAACTTAAGCGTATTCAGCATAGGACATTAAAATGTA
Unaligned ( gi|19743 ): TATCGGAAATGTCCGGAATATAACGAGAGATACTCACCGAGACTTTTGTAACATATCAACAGTTTCCGGTATCTTGTTTCGCTTTATTGTTTAAATTTTATGAAATTTAAAACAAATAAAACAGTAAATAGAACTTGTTTAT
Unaligned ( gi|19738 ): GATCGTCTGCTAAAAAGTCAATATTTCGTATGCTACAGGTAATCACTCTCGGGATTTGCCGGAAATTAACGAGCGATACTCACCGATTCTTTCGTAACATATCGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTACTTTATGAAATTAAAATAAATAAAACAATAAATATGAATATGT
Unaligned ( gi|19742 ): CTGCTACAAGTAATCGTTATCGGGAATTGCCGGAAATTAACGAGCAATACTCGCCGATACGTTCGTAACATAAAATTATTGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTATTTTATGAAATTTAAAATAAATAAAACATCAAATACGAA
Unaligned ( gi|19740 ): TTGTCTGCTAAAAATTATTATTTTGTCTGCTATCATAAATATACAAGCAATAGTCGCCAAGAGTTTCGTATCATAACGGCAGTCTCTGATATTTTGTTTAACTTTACTGTGTTTTCTTATGAAGTTATTGAGCACTATTTAAAGATAAATAGAACAGTAAATATGAA
Unaligned ( gi|19744 ): ATTTTGTTTCACTTTATTGTTTACTTTATGAAACAGTAAATATAACTTGTTTTTTATTCTAGCGAGAATGTAAACACTTATTTGTTTATAATGAAATAGCAACTTAAGTATAATCAG
Unaligned ( gi|19741 ): TCATCTGCTAAAATTGATATTACGTTTACTACAGGTAACGTGTAATATTTCTGGAAATTACTGGAAAATAACTAGCAATAATCGTAGCATACTGGCAGTCTCCAGTATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111111111111111                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     1         000        5555555555555555    00 000 00  0000        0                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .         ...        ................    .. ... ..  ....        .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     3         888        1111111111111111    66 888 66  9999        4                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
Reference ( family-111 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19732                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTCAC-ACCAGAAAAACTGGATACGCCGTATTTA
gi|19733                      :                               gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgcaatcggaaatatccggaatataacgagtgatactcgccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttatttatttcaccgagaatgtatacattttttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctacggtaaattataaatataaaaataaataaAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19734                      : gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagtgtatcactactaaaccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgtttttactttatgaaatttaaaataaatacatcagtaaattgaacttgtttattaatttcaccgagaatgtatacaatttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctaaggtaaattataaatataaaaataaataaagatacccatgaaAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGAT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CGTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19735                      :                              gattgtctgcttaaaaatttatatatcgtctgccacaggtaatcgctatcgacaatatccggaatataacgagcgatactcgccgatactttcgtaacatatcgacagtttccgttaatttgtttcactttaaatattgttatactttatgaaatttaatacaaataaaacagtaaatagaacttgtttattaatttcagcgagaatgtatacattttttttaaattttaatgacatggcaacttaagcgtgatcagcttaggaaaattgtaaatataaaaacaaataaGAAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACGGGATACGTCGTATTTAccttaa
gi|19736                      :           gatcgtctggttaaaaaattatatttcgtctgttacaggtaatcgctgtcggaaatatccagaatataacgagcgctactcggcgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagcttcactttatatattgttttactttatgaaatttaatataaataaaacagtaaataaaacttgtttattaattttagcgagaatgtatacattttttttatttttaatgaatggcaacttaagcgtggtcagcttaggtaaattataaatataaaaataaataaagataccaatgAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTTGG----A----T--TC----TG--A---A--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATAttttaa
gi|19746                      :                                             gatcgtttgcttaaaaaattatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagcggtactcgcagagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttaattatttttttaattttaatgaaatggcaacttaagcgtgatcagcttaggtaaattataaatataaaaacaaataaTAATTGTGGAAAG-ATGGTGGTT---TTACTCAG----A----T--T-ATTCTG--A---C--AT----CTTTCTCC-ACCAATGAAACTGGATATGTCGTATATActttactttaa
gi|19747                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                      caaattgagccaaactgagttaaaaaattttatgtgaaaagttaagG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----ACTGAT--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19759                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           cagcttaagttataggtttgaggttataaagtttcctGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCCG--A---G--TT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCC
gi|19760                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataaataaccagtaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGATGGTT---CTACTCAGTCTAA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|19762                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaataatttgccTTACTTATGGAATG-ATGGTAGTT---CTACTTGG----A----T--TCATGCTG--A---T--GT----CTTCTTAC-ATCAGTAAAACTGGATATGTCATATTTA
gi|19763                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatagatAGTTACTTGAGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACCCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCCCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTATATATAttttaa
gi|19764                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaTTACTTGCGAAAGA-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TCACTCTG--A---G--GT----CT---TCT-ACCAGTAAAACTGGATTTGTCATTTAT
gi|19767                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaagaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATAt
gi|19768                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGATACCTGTGAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACCCAG--T---G--TT----CTTCCTCC-ACCAAT--AACTGGATATGCC
gi|19769                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACTTGCAGAAAG-ATGTTGGT----CTACTCGG----A----T--TCATTCT------------------TCCTCC-ACCAATAAAACTGGACATGCTATATATA
gi|19774                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACCTGCGAAAGA-ATGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19775                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGAAATGCCATATATAattta
gi|19776                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TTATGCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGTCATAT
gi|19777                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTAGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTG--------------T--TCATTCTG--ATGAG--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19778                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--ACATTCTG--A---T--AT----CTTCCGCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19779                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----TATTTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19781                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTGG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCATATATA
gi|19784                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-AAGGTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19785                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--AT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19786                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19787                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGTAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19788                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGTAGG-ATGGTGGTT---CTATTCAA----A----T--TAATTCTG--A---G--TT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19789                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATTAAACTGGATATGCCATATATAtca
gi|19792                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAAG-ACGATGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAATCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19793                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAatta
gi|19795                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----C--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19796                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAG--ATATTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19797                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-GCAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAAACTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATTTA
gi|19798                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACACCG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTAGATATGCCATATATA
gi|19800                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTTTC-ACCAGTAAAACTTGATATGCCATA
gi|19801                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGAAGG-ACAGTGGTT---ATACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGCTATGCCATATATA
gi|19802                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCTACATAT
gi|19805                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCTGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19807                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACATGCGGAAGG-ACGGTGATT---CTACTAAA----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTGC-ACCAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19809                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATAtccttaa
gi|19811                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGACGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GTTTTCCTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCTTAT
gi|19812                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGAAAAG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT-----TTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATt
gi|19815                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAGAACTGGATATGCCATATATA
gi|19816                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTACGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCTG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19817                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTACATGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTTAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATA
gi|19820                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGCTT---CTACTTGG----A----T--TCATTATG--A---G--GT----CTTCTACC-ACCAATAAAACTGGATAAGCCATATTTA
gi|19821                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACAGTGTTT---CTACTCGG----A----T--TC----TA--A---A--GG----TTTCCTCC-ACCAGTGAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19824                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAGG-ACGGTGTTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTTATCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATAT
gi|19826                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACGCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCA-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacctgaa
gi|19827                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-ATAATTGTT---ATACTGTG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTGTATATA
gi|19914                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTTACGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACTAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19915                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaTACCTACAGAAGG-ACAGTGATT---CTACTCAG----A----T--CCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATGTA
gi|19916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCCATAAAACTGGACATGCCATATATA
gi|19917                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTATAGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTTGATATGCAATATATA
gi|19918                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GC----CTTCCTTT-ACCAGTAACACTGGATATGCCATATATA
gi|19919                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGGAGG-ACGGTGATT---CTACTCAG----A----T--TCCTTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|19920                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19922                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---TTACTCAG----------------TCTG--A---A--GT----CTTCATCC-ACCAGTAAAACTGGATGCGCCATATATA
gi|19923                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGTTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTCCAACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19943                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTGTGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19948                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCGAAAAG-ACGGTGGTTGTTCTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19949                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19951                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTAGG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTTCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19957                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19959                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ATGGTGGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTGTCA---GTGGT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19961                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGTAATATATA
gi|19969                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ACAGTTGTT---GTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATATAatt
gi|19970                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAAG-ACGATTGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATAT
gi|19971                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAATG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacct
gi|19984                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGC-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATACGCCATATCTA
gi|19985                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19987                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGAATATGCCATATATA
gi|19988                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CCACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTACTCC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCATATATA
gi|19989                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCCG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19990                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19991                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTTCTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19992                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACAGTGGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19993                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACTGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19994                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAacttgaa
gi|19995                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---A--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19996                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGCT---CTACTCAG----------------TCTG--T---T--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTAATCAG----A----C--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|20031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAACAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20033                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--TT----CTTCC-CC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20042                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20044                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----TTTTTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20047                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|20048                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCATTGTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20049                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ACGGTAGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20097                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20109                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|20117                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAatta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19737 ): GATCGTCTGCTTAAAAACCTATATTTCGTCCTGCTACAGGAAATTGATATAGGAAATATCCGGAATATAACGAGTGATACTCGTCGAGACCTTCGTAAAATATCGACAGTTTCCGGTATTTTGTTTTACTTTAAATATTGTTTTACTTGATGAAATTCAAAATAAATAAAACAGTAAAAAGAACTGTATATTAATTTCACCGAGAATGTACACACTTTTTTTTTTTTTTAATGAAATGGCAACTTAAGCGTATTCAGCATAGGACATTAAAATGTA
Unaligned ( gi|19743 ): TATCGGAAATGTCCGGAATATAACGAGAGATACTCACCGAGACTTTTGTAACATATCAACAGTTTCCGGTATCTTGTTTCGCTTTATTGTTTAAATTTTATGAAATTTAAAACAAATAAAACAGTAAATAGAACTTGTTTAT
Unaligned ( gi|19738 ): GATCGTCTGCTAAAAAGTCAATATTTCGTATGCTACAGGTAATCACTCTCGGGATTTGCCGGAAATTAACGAGCGATACTCACCGATTCTTTCGTAACATATCGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTACTTTATGAAATTAAAATAAATAAAACAATAAATATGAATATGT
Unaligned ( gi|19742 ): CTGCTACAAGTAATCGTTATCGGGAATTGCCGGAAATTAACGAGCAATACTCGCCGATACGTTCGTAACATAAAATTATTGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTATTTTATGAAATTTAAAATAAATAAAACATCAAATACGAA
Unaligned ( gi|19740 ): TTGTCTGCTAAAAATTATTATTTTGTCTGCTATCATAAATATACAAGCAATAGTCGCCAAGAGTTTCGTATCATAACGGCAGTCTCTGATATTTTGTTTAACTTTACTGTGTTTTCTTATGAAGTTATTGAGCACTATTTAAAGATAAATAGAACAGTAAATATGAA
Unaligned ( gi|19744 ): ATTTTGTTTCACTTTATTGTTTACTTTATGAAACAGTAAATATAACTTGTTTTTTATTCTAGCGAGAATGTAAACACTTATTTGTTTATAATGAAATAGCAACTTAAGTATAATCAG
Unaligned ( gi|19741 ): TCATCTGCTAAAATTGATATTACGTTTACTACAGGTAACGTGTAATATTTCTGGAAATTACTGGAAAATAACTAGCAATAATCGTAGCATACTGGCAGTCTCCAGTATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111111111111111                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     1         000        5555555555555555    00 000 00  0000        0                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .         ...        ................    .. ... ..  ....        .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     3         888        1111111111111111    66 888 66  9999        4                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
Reference ( family-111 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19732                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTCAC-ACCAGAAAAACTGGATACGCCGTATTTA
gi|19733                      :                               gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgcaatcggaaatatccggaatataacgagtgatactcgccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttatttatttcaccgagaatgtatacattttttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctacggtaaattataaatataaaaataaataaAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19734                      : gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagtgtatcactactaaaccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgtttttactttatgaaatttaaaataaatacatcagtaaattgaacttgtttattaatttcaccgagaatgtatacaatttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctaaggtaaattataaatataaaaataaataaagatacccatgaaAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGAT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CGTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19735                      :                              gattgtctgcttaaaaatttatatatcgtctgccacaggtaatcgctatcgacaatatccggaatataacgagcgatactcgccgatactttcgtaacatatcgacagtttccgttaatttgtttcactttaaatattgttatactttatgaaatttaatacaaataaaacagtaaatagaacttgtttattaatttcagcgagaatgtatacattttttttaaattttaatgacatggcaacttaagcgtgatcagcttaggaaaattgtaaatataaaaacaaataaGAAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACGGGATACGTCGTATTTAccttaa
gi|19736                      :           gatcgtctggttaaaaaattatatttcgtctgttacaggtaatcgctgtcggaaatatccagaatataacgagcgctactcggcgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagcttcactttatatattgttttactttatgaaatttaatataaataaaacagtaaataaaacttgtttattaattttagcgagaatgtatacattttttttatttttaatgaatggcaacttaagcgtggtcagcttaggtaaattataaatataaaaataaataaagataccaatgAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTTGG----A----T--TC----TG--A---A--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATAttttaa
gi|19746                      :                                             gatcgtttgcttaaaaaattatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagcggtactcgcagagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttaattatttttttaattttaatgaaatggcaacttaagcgtgatcagcttaggtaaattataaatataaaaacaaataaTAATTGTGGAAAG-ATGGTGGTT---TTACTCAG----A----T--T-ATTCTG--A---C--AT----CTTTCTCC-ACCAATGAAACTGGATATGTCGTATATActttactttaa
gi|19747                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                      caaattgagccaaactgagttaaaaaattttatgtgaaaagttaagG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----ACTGAT--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19759                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           cagcttaagttataggtttgaggttataaagtttcctGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCCG--A---G--TT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCC
gi|19760                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataaataaccagtaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGATGGTT---CTACTCAGTCTAA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|19762                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaataatttgccTTACTTATGGAATG-ATGGTAGTT---CTACTTGG----A----T--TCATGCTG--A---T--GT----CTTCTTAC-ATCAGTAAAACTGGATATGTCATATTTA
gi|19763                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatagatAGTTACTTGAGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACCCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCCCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTATATATAttttaa
gi|19764                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaTTACTTGCGAAAGA-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TCACTCTG--A---G--GT----CT---TCT-ACCAGTAAAACTGGATTTGTCATTTAT
gi|19767                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaagaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATAt
gi|19768                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGATACCTGTGAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACCCAG--T---G--TT----CTTCCTCC-ACCAAT--AACTGGATATGCC
gi|19769                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACTTGCAGAAAG-ATGTTGGT----CTACTCGG----A----T--TCATTCT------------------TCCTCC-ACCAATAAAACTGGACATGCTATATATA
gi|19774                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACCTGCGAAAGA-ATGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19775                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGAAATGCCATATATAattta
gi|19776                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TTATGCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGTCATAT
gi|19777                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTAGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTG--------------T--TCATTCTG--ATGAG--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19778                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--ACATTCTG--A---T--AT----CTTCCGCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19779                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----TATTTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19781                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTGG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCATATATA
gi|19784                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-AAGGTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19785                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--AT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19786                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19787                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGTAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19788                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGTAGG-ATGGTGGTT---CTATTCAA----A----T--TAATTCTG--A---G--TT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19789                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATTAAACTGGATATGCCATATATAtca
gi|19792                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAAG-ACGATGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAATCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19793                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAatta
gi|19795                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----C--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19796                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAG--ATATTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19797                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-GCAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAAACTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATTTA
gi|19798                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACACCG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTAGATATGCCATATATA
gi|19800                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTTTC-ACCAGTAAAACTTGATATGCCATA
gi|19801                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGAAGG-ACAGTGGTT---ATACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGCTATGCCATATATA
gi|19802                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCTACATAT
gi|19805                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCTGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19807                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACATGCGGAAGG-ACGGTGATT---CTACTAAA----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTGC-ACCAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19809                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATAtccttaa
gi|19811                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGACGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GTTTTCCTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCTTAT
gi|19812                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGAAAAG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT-----TTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATt
gi|19815                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAGAACTGGATATGCCATATATA
gi|19816                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTACGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCTG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19817                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTACATGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTTAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATA
gi|19820                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGCTT---CTACTTGG----A----T--TCATTATG--A---G--GT----CTTCTACC-ACCAATAAAACTGGATAAGCCATATTTA
gi|19821                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACAGTGTTT---CTACTCGG----A----T--TC----TA--A---A--GG----TTTCCTCC-ACCAGTGAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19824                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAGG-ACGGTGTTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTTATCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATAT
gi|19826                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACGCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCA-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacctgaa
gi|19827                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-ATAATTGTT---ATACTGTG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTGTATATA
gi|19914                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTTACGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACTAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19915                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaTACCTACAGAAGG-ACAGTGATT---CTACTCAG----A----T--CCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATGTA
gi|19916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCCATAAAACTGGACATGCCATATATA
gi|19917                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTATAGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTTGATATGCAATATATA
gi|19918                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GC----CTTCCTTT-ACCAGTAACACTGGATATGCCATATATA
gi|19919                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGGAGG-ACGGTGATT---CTACTCAG----A----T--TCCTTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|19920                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19922                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---TTACTCAG----------------TCTG--A---A--GT----CTTCATCC-ACCAGTAAAACTGGATGCGCCATATATA
gi|19923                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGTTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTCCAACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19943                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTGTGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19948                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCGAAAAG-ACGGTGGTTGTTCTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19949                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19951                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTAGG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTTCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19957                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19959                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ATGGTGGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTGTCA---GTGGT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19961                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGTAATATATA
gi|19969                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ACAGTTGTT---GTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATATAatt
gi|19970                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAAG-ACGATTGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATAT
gi|19971                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAATG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacct
gi|19984                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGC-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATACGCCATATCTA
gi|19985                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19987                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGAATATGCCATATATA
gi|19988                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CCACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTACTCC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCATATATA
gi|19989                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCCG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19990                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19991                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTTCTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19992                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACAGTGGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19993                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACTGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19994                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAacttgaa
gi|19995                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---A--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19996                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGCT---CTACTCAG----------------TCTG--T---T--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTAATCAG----A----C--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|20031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAACAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20033                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--TT----CTTCC-CC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20042                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20044                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----TTTTTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20047                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|20048                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCATTGTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20049                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ACGGTAGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20097                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20109                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|20117                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAatta


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T                    ACTGATTCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T                    TCTAACTCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCTGACTCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCTGAATCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCTGAATCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCTGACTCAG      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATATTTAT        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAC          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAC          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTTAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATACAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAG          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTAAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAA          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ACTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAA          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAC          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAG          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATCCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCCT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAG          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTTAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTTAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAG          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ACTTAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTCAT          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTAT           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TTCAT           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTC            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTC            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTC            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTC            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCAT            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    ATTC            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    TCAT            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    T               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    T               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                    .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ATTCAT**********
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAGATTCAT----------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19737 ): GATCGTCTGCTTAAAAACCTATATTTCGTCCTGCTACAGGAAATTGATATAGGAAATATCCGGAATATAACGAGTGATACTCGTCGAGACCTTCGTAAAATATCGACAGTTTCCGGTATTTTGTTTTACTTTAAATATTGTTTTACTTGATGAAATTCAAAATAAATAAAACAGTAAAAAGAACTGTATATTAATTTCACCGAGAATGTACACACTTTTTTTTTTTTTTAATGAAATGGCAACTTAAGCGTATTCAGCATAGGACATTAAAATGTA
Unaligned ( gi|19743 ): TATCGGAAATGTCCGGAATATAACGAGAGATACTCACCGAGACTTTTGTAACATATCAACAGTTTCCGGTATCTTGTTTCGCTTTATTGTTTAAATTTTATGAAATTTAAAACAAATAAAACAGTAAATAGAACTTGTTTAT
Unaligned ( gi|19738 ): GATCGTCTGCTAAAAAGTCAATATTTCGTATGCTACAGGTAATCACTCTCGGGATTTGCCGGAAATTAACGAGCGATACTCACCGATTCTTTCGTAACATATCGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTACTTTATGAAATTAAAATAAATAAAACAATAAATATGAATATGT
Unaligned ( gi|19742 ): CTGCTACAAGTAATCGTTATCGGGAATTGCCGGAAATTAACGAGCAATACTCGCCGATACGTTCGTAACATAAAATTATTGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTATTTTATGAAATTTAAAATAAATAAAACATCAAATACGAA
Unaligned ( gi|19740 ): TTGTCTGCTAAAAATTATTATTTTGTCTGCTATCATAAATATACAAGCAATAGTCGCCAAGAGTTTCGTATCATAACGGCAGTCTCTGATATTTTGTTTAACTTTACTGTGTTTTCTTATGAAGTTATTGAGCACTATTTAAAGATAAATAGAACAGTAAATATGAA
Unaligned ( gi|19744 ): ATTTTGTTTCACTTTATTGTTTACTTTATGAAACAGTAAATATAACTTGTTTTTTATTCTAGCGAGAATGTAAACACTTATTTGTTTATAATGAAATAGCAACTTAAGTATAATCAG
Unaligned ( gi|19741 ): TCATCTGCTAAAATTGATATTACGTTTACTACAGGTAACGTGTAATATTTCTGGAAATTACTGGAAAATAACTAGCAATAATCGTAGCATACTGGCAGTCTCCAGTATTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          1111111111111111                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     1         000        5555555555555555    00 000 00  0000        0                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .         ...        ................    .. ... ..  ....        .                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     3         888        1111111111111111    66 888 66  9999        4                            
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
Reference ( family-111 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19732                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTCAC-ACCAGAAAAACTGGATACGCCGTATTTA
gi|19733                      :                               gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgcaatcggaaatatccggaatataacgagtgatactcgccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttatttatttcaccgagaatgtatacattttttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctacggtaaattataaatataaaaataaataaAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19734                      : gatcgtctgcttaaaaatctatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagtgtatcactactaaaccgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtattttgtttcactttaaatattgtttttactttatgaaatttaaaataaatacatcagtaaattgaacttgtttattaatttcaccgagaatgtatacaatttttttatttttaatgaaatggcaacttaagcgtaatcagctaaggtaaattataaatataaaaataaataaagatacccatgaaAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGAT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CGTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCGTATTTActttaa
gi|19735                      :                              gattgtctgcttaaaaatttatatatcgtctgccacaggtaatcgctatcgacaatatccggaatataacgagcgatactcgccgatactttcgtaacatatcgacagtttccgttaatttgtttcactttaaatattgttatactttatgaaatttaatacaaataaaacagtaaatagaacttgtttattaatttcagcgagaatgtatacattttttttaaattttaatgacatggcaacttaagcgtgatcagcttaggaaaattgtaaatataaaaacaaataaGAAAGT-ATGGTTGTT---CTACTCGG----A----T--TC----TG--A---T--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACGGGATACGTCGTATTTAccttaa
gi|19736                      :           gatcgtctggttaaaaaattatatttcgtctgttacaggtaatcgctgtcggaaatatccagaatataacgagcgctactcggcgagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagcttcactttatatattgttttactttatgaaatttaatataaataaaacagtaaataaaacttgtttattaattttagcgagaatgtatacattttttttatttttaatgaatggcaacttaagcgtggtcagcttaggtaaattataaatataaaaataaataaagataccaatgAGATACCCATGGAAAGTATGGTTGTT---CTACTTGG----A----T--TC----TG--A---A--TT----CTTCTTAC-ACCAGTAAAACTGGATAttttaa
gi|19746                      :                                             gatcgtttgcttaaaaaattatatttcgtctgctacaggtaatcgctatcggaaatatccggaatataacgagcggtactcgcagagactttcgtaacatatcgacagtttccggtatttagtttcactttaaatattgttttactttatgaaatttaaaataaataaaacagtaaatagaacttgtttaattatttttttaattttaatgaaatggcaacttaagcgtgatcagcttaggtaaattataaatataaaaacaaataaTAATTGTGGAAAG-ATGGTGGTT---TTACTCAG----A----T--T-ATTCTG--A---C--AT----CTTTCTCC-ACCAATGAAACTGGATATGTCGTATATActttactttaa
gi|19747                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                      caaattgagccaaactgagttaaaaaattttatgtgaaaagttaagG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----ACTGAT--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19759                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                           cagcttaagttataggtttgaggttataaagtttcctGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCCG--A---G--TT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCC
gi|19760                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataaataaccagtaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGATGGTT---CTACTCAGTCTAA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|19762                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaataatttgccTTACTTATGGAATG-ATGGTAGTT---CTACTTGG----A----T--TCATGCTG--A---T--GT----CTTCTTAC-ATCAGTAAAACTGGATATGTCATATTTA
gi|19763                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatagatAGTTACTTGAGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACCCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCCCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTATATATAttttaa
gi|19764                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaTTACTTGCGAAAGA-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TCACTCTG--A---G--GT----CT---TCT-ACCAGTAAAACTGGATTTGTCATTTAT
gi|19767                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaagaAGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATAt
gi|19768                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGATACCTGTGAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACCCAG--T---G--TT----CTTCCTCC-ACCAAT--AACTGGATATGCC
gi|19769                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACTTGCAGAAAG-ATGTTGGT----CTACTCGG----A----T--TCATTCT------------------TCCTCC-ACCAATAAAACTGGACATGCTATATATA
gi|19774                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGTTACCTGCGAAAGA-ATGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19775                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTTC-ACCAGTAAAACTGGAAATGCCATATATAattta
gi|19776                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----A----T--TTATGCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGTCATAT
gi|19777                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTAGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTG--------------T--TCATTCTG--ATGAG--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19778                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--ACATTCTG--A---T--AT----CTTCCGCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19779                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----TATTTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19781                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTGG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCATATATA
gi|19784                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-AAGGTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19785                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--AT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19786                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTCCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19787                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGTAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19788                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGTAGG-ATGGTGGTT---CTATTCAA----A----T--TAATTCTG--A---G--TT----CTTCCTTC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19789                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATTAAACTGGATATGCCATATATAtca
gi|19792                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAAG-ACGATGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAATCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19793                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAatta
gi|19795                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----C--TCATTTTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19796                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAG--ATATTGGTT---CTATTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19797                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-GCAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAAACTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATTTA
gi|19798                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCACACCG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTAGATATGCCATATATA
gi|19800                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCTTTC-ACCAGTAAAACTTGATATGCCATA
gi|19801                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGAAGG-ACAGTGGTT---ATACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGCTATGCCATATATA
gi|19802                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCTACATAT
gi|19805                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCTGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19807                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGATACATGCGGAAGG-ACGGTGATT---CTACTAAA----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTGC-ACCAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19809                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCACTAAAACTGGATATGCCATATATAtccttaa
gi|19811                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTATGGACGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GTTTTCCTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATACCTTAT
gi|19812                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGAAAAG-ACAGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTTTG--A---G--GT-----TTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATt
gi|19815                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAGAACTGGATATGCCATATATA
gi|19816                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTACGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCTG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19817                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGGTACATGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTTAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAATTGGATATGCCATATATA
gi|19820                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAGG-ACAGTGCTT---CTACTTGG----A----T--TCATTATG--A---G--GT----CTTCTACC-ACCAATAAAACTGGATAAGCCATATTTA
gi|19821                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAAG-ACAGTGTTT---CTACTCGG----A----T--TC----TA--A---A--GG----TTTCCTCC-ACCAGTGAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19824                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGCTACTTGTGGAAGG-ACGGTGTTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTTATCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATAT
gi|19826                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACGCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCA-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacctgaa
gi|19827                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTACTTGTGGAAAG-ATAATTGTT---ATACTGTG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCTGTATATA
gi|19914                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGCTTACGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACTAATAAAACTGGATATGTCATATATA
gi|19915                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaTACCTACAGAAGG-ACAGTGATT---CTACTCAG----A----T--CCATTCTG--A---G--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATGTA
gi|19916                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCGG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCCATAAAACTGGACATGCCATATATA
gi|19917                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTATAGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG------------TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTTGATATGCAATATATA
gi|19918                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GC----CTTCCTTT-ACCAGTAACACTGGATATGCCATATATA
gi|19919                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGGAGG-ACGGTGATT---CTACTCAG----A----T--TCCTTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|19920                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ACGGTGCTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19922                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---TTACTCAG----------------TCTG--A---A--GT----CTTCATCC-ACCAGTAAAACTGGATGCGCCATATATA
gi|19923                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TACTTGTGGAAGG-ATGGTGTTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTCCAACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19943                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACTTGTGGAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19948                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCGAAAAG-ACGGTGGTTGTTCTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATA
gi|19949                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19951                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caTGCGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTAGG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTTCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19957                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             caGGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCA----------------TTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19959                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ATGGTGGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTGTCA---GTGGT----CTTCCTCC-ATCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19961                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGTAATATATA
gi|19969                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tGGAAAG-ACAGTTGTT---GTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---A--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCTTATATAatt
gi|19970                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAAG-ACGATTGTT---CTATTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGAATATGCCATATAT
gi|19971                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAATG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAtacct
gi|19984                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGC-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATACGCCATATCTA
gi|19985                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19987                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                GAAAG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGAATATGCCATATATA
gi|19988                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CCACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTACTCC-ACCAGTAAAACTGGATACGCCATATATA
gi|19989                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TTATTCCG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19990                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19991                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGTT---CTTCTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19992                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACAGTGGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---C--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|19993                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACTGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19994                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAacttgaa
gi|19995                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAGTCTGA----A--TCAGTCTG--A---A--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|19996                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGG-ACGGTGGCT---CTACTCAG----------------TCTG--T---T--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|19997                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GGAAGA-ATGGTGGTT---CTAATCAG----A----C--TTATTCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATAct
gi|20031                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20032                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAACAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20033                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--TT----CTTCC-CC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20042                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aAAGG-ACGGTTGTT---CTACTCAGTCTGA----C--TCAGTCTG--A---G--GT----CTTCTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATAT
gi|20044                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---G--GT----TTTTTTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20047                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ATGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACAAATAAAACTGGATATGCCATATTTA
gi|20048                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAG-ATGGTGGTT---CTGCTCAG----A----T--TCATTGTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20049                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAGG-ACGGTAGTT---TTACTCAG----A----T--TCATTCTG--A---T--AT----CTTCCTCC-ACCAATAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20097                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -ACGGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATA
gi|20109                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GGTGGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTCC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATA
gi|20117                      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tGTT---CTACTCAG----------------TCTG--A---G--GT----CTTCCTAC-ACCAGTAAAACTGGATATGCCATATATAatta
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19737 ): GATCGTCTGCTTAAAAACCTATATTTCGTCCTGCTACAGGAAATTGATATAGGAAATATCCGGAATATAACGAGTGATACTCGTCGAGACCTTCGTAAAATATCGACAGTTTCCGGTATTTTGTTTTACTTTAAATATTGTTTTACTTGATGAAATTCAAAATAAATAAAACAGTAAAAAGAACTGTATATTAATTTCACCGAGAATGTACACACTTTTTTTTTTTTTTAATGAAATGGCAACTTAAGCGTATTCAGCATAGGACATTAAAATGTA
Unaligned ( gi|19743 ): TATCGGAAATGTCCGGAATATAACGAGAGATACTCACCGAGACTTTTGTAACATATCAACAGTTTCCGGTATCTTGTTTCGCTTTATTGTTTAAATTTTATGAAATTTAAAACAAATAAAACAGTAAATAGAACTTGTTTAT
Unaligned ( gi|19738 ): GATCGTCTGCTAAAAAGTCAATATTTCGTATGCTACAGGTAATCACTCTCGGGATTTGCCGGAAATTAACGAGCGATACTCACCGATTCTTTCGTAACATATCGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTACTTTATGAAATTAAAATAAATAAAACAATAAATATGAATATGT
Unaligned ( gi|19742 ): CTGCTACAAGTAATCGTTATCGGGAATTGCCGGAAATTAACGAGCAATACTCGCCGATACGTTCGTAACATAAAATTATTGACAGTCTCCGGTATTTTTGTTTTATTTTATGAAATTTAAAATAAATAAAACATCAAATACGAA
Unaligned ( gi|19740 ): TTGTCTGCTAAAAATTATTATTTTGTCTGCTATCATAAATATACAAGCAATAGTCGCCAAGAGTTTCGTATCATAACGGCAGTCTCTGATATTTTGTTTAACTTTACTGTGTTTTCTTATGAAGTTATTGAGCACTATTTAAAGATAAATAGAACAGTAAATATGAA
Unaligned ( gi|19744 ): ATTTTGTTTCACTTTATTGTTTACTTTATGAAACAGTAAATATAACTTGTTTTTTATTCTAGCGAGAATGTAAACACTTATTTGTTTATAATGAAATAGCAACTTAAGTATAATCAG
Unaligned ( gi|19741 ): TCATCTGCTAAAATTGATATTACGTTTACTACAGGTAACGTGTAATATTTCTGGAAATTACTGGAAAATAACTAGCAATAATCGTAGCATACTGGCAGTCTCCAGTATTTT