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lowQualScore                  :       .            ......................................     ..     .        .........      .    . ...   . ......          ....... ...       . ...  .  ...             
lowQualScore                  :       0            88888888888888888888888888888888888888     00     4        888888888      2    3 222   1 111111          1111111 444       5 999  5  333             
consensus                     :  ATGAGCTGGCTGGCATAT----------------------AC--------------TGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNT--GAATTT----CCAATGGCGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
Reference ( gi|3 )            :  ATGAGTTAGCTGGCATAT----------------------AT--------------TGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTGGTCTAT--AAATTT----CAAATGGCGGAT-------C---TACTCTT-T--CAA-AA-CCCGGCGTACGCCAA
gi|2                          :  ATGAGCTAGCTGACATAT----------------------ATATTGTTAAGTACACTGTGA--TAATTAACTCTCCCATATT-T-TGAAATTCATTTAT--GAAT-----------GGCGTGT-------C---TACTCTT-TA-AAA-AA-GCTAGCGTACGC
gi|1                          : aATGAGCTGGCTGGCATATTTATTGTTAAGTAACGTTACACAC--------------TGTAA--CAATTAATTCTACCACGAATT-TGGTATTTGTCTCT--GAATTTATTTCCAATGGCGGATGGTAGTACCGGTACTGTT-A--AAA-AA-GCCGACGTATGCacac
gi|5                          :                  aT----------------------AC--------------TGTGA--CAATCTATTCCCCC-TCAAATATCTAATTCGTCTAT--GAATTT----ACAATGGTGGAT-------C---TACTCTT-T--CAA-AC-AATGGCGTAa
gi|6                          :                   T----------------------AC--------------TGTGAACTGGTCTATTCCC------AAC---AAATTTGTCTCT--GAATTT----CCAATGGCAGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-at
gi|4                          :                                                           GTGA--CAATTTATTTCCCTA-AAAGT-TGAAATTTGTCATT--CAATTT----CTAATGGCAGAT-------C---TACTCTT-T--AAATAA-AACGGCGTACGaatggagtttgc
gi|7                          :                                                                                   cacaccAAATT---TTATTCAAATCC----CAA-TGGAGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-taacc
gi|9                          :                                                                                                       ttATTT----CAA-TAGCGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AC-CCCAGCGTACGCaaacagtgcacgaa
gi|8                          :                                                                                                            T----CCAGTGGCGGAT-------G---TACTCTT-TAAAAA-AA-ACTAGCGTACGACAAtccccaaccc
gi|14                         :                                                                                                              aactaAATGGCGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-TA-CCCGGCGTACGCcctca
gi|16                         :                                                                                                                gccAATGGCGAAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-CCCGGCGCAC-CCA
gi|12                         :                                                                                                                  cAATGGCGGAT-------C---TACTTTT-----AA-AA-CCCAGCGTACGc
gi|15                         :                                                                                                                accAATGGCGGAT-------C---TACACTT-T--AAA-AACCCCGGCTTACGCacgca
gi|13                         :                                                                                                                 tgAATGGCGGAT-------C---TACTCAT-T---AA-AA-AACGGCGTACGCC
gi|10                         :                                                                                                                accAACGGCGGAT-------C---TACTCTTCT--AAA-AA-AACGGCGTACGCCcc
gi|17                         :                                                                                                                  cAATGGCGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-AAC-GCGTACGccga
gi|11                         :                                                                                                                  gcATGGTGGAT-------C---TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGCATAC





Alignments
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lowQualScore                  :         0          9999999999999999999999999999999999999      99              11111111       2    1       7777            88888888 33       2 55   2  555             
lowQualScore                  :         .          .....................................      ..              ........       .    .       ....            ........ ..       . ..   .  ...             
lowQualScore                  :         7          3333333333333333333333333333333333333      22              22222222       2    0       1111            55555555 22       4 66   4  999             
consensus                     :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
Reference ( family-9992 )     :  ATGAGCTGGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
gi|1                          :  ATGAGCTGGCTGGCATATTTATTGTTAAGTAACGTTACACA--------------CTGTAA--CAATTAATTCTACCACGAATT-TGGTATTTGTCTCTGAATTTATTTCCAATGGCGGATGGTAGTACCGGTACTGTT-A--AAA-AA-GCCGACGTATGC
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gi|11                         :                                                                                                                  ATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGCATACccga
gi|12                         :                                                                                                         tg----CCAATGGCGGAT--------C--TACTTTT-----AA-AA-CCCAGCGTACGaaccccc
gi|13                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCAT-T--AAA-AA-A-CGGCGTACGCCacgca
gi|14                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-TA-CCCGGCGTACGCcc
gi|15                         :                                                                                                                gAATGGCGGAT--------C--TACACTT-T--AAA-AACCCCGGCTTACGC
gi|16                         :                                                                                                              tgCAATGGCGAAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-CCCGGCGCAC-CCA
gi|17                         :                                                                                                                CAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AAC-GCGTACGc
gi|2                          : gATGAGCTAGCTGACATAT----------------------ATATTGTTAAGTACACTGTGA--TAATTAACTCTCCCATATT-T-TGAAATTCATTTATGAAT-----------GGCGTGT--------C--TACTCTT-TA-AAA-AA-GCTAGCGTACGC
gi|3                          : aATGAGTTAGCTGGCATAT----------------------A--------------TTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTGGTCTATAAATTT----CAAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AA-CCCGGCGTACGCCAAacac
gi|4                          :                  AC----------------------A--------------CCGTGA--CAATTTATTTCCCTA-AAAGT-TGAAATTTGTCATTCAATTT----CTAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAATAA-AACGGCGTACG
gi|5                          :                  cT----------------------A--------------CTGTGA--CAATCTATTCCCCC-TCAAATATCTAATTCGTCTATGAATTT----ACAATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AC-AATGGCGTAtaacc
gi|6                          :                   T----------------------A--------------CTGTGAACTGGTCTATTCCC------AAC---AAATTTGTCTCTGAATTT----CCAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGAGTat
gi|7                          :                                                                                                      AAATC----CCAATGGAGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-ttgc
gi|8                          :                                                                                             ttaaattttattcT----CCAGTGGCGGAT--------G--TACTCTT-TAAAAA-AA-ACTAGCGTACGACAAaaacagtgcacgaa
gi|9                          :                                                                                                    aactaTT----TCAATAGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AC-CCCAGCGTACGCcctca





Alignments
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lowQualScore                  :                    9999999999999999999999999999999999999      99              11111111       2    1       7777            88888888 33       2 55   2  555             
lowQualScore                  :                    .....................................      ..              ........       .    .       ....            ........ ..       . ..   .  ...             
lowQualScore                  :                    3333333333333333333333333333333333333      22              22222222       2    0       1111            55555555 22       4 66   4  999             
consensus                     :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
Reference ( family-9992 )     :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
gi|1                          :  ATGAGCTGGCTGGCATATTTATTGTTAAGTAACGTTACACA--------------CTGTAA--CAATTAATTCTACCACGAATT-TGGTATTTGTCTCTGAATTTATTTCCAATGGCGGATGGTAGTACCGGTACTGTT-A--AAA-AA-GCCGACGTATGC
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gi|11                         :                                                                                                                  ATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGCATACccga
gi|12                         :                                                                                                         tg----CCAATGGCGGAT--------C--TACTTTT-----AA-AA-CCCAGCGTACGaaccccc
gi|13                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCAT-T--AAA-AA-A-CGGCGTACGCCacgca
gi|14                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-TA-CCCGGCGTACGCcc
gi|15                         :                                                                                                                gAATGGCGGAT--------C--TACACTT-T--AAA-AACCCCGGCTTACGC
gi|16                         :                                                                                                              tgCAATGGCGAAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-CCCGGCGCAC-CCA
gi|17                         :                                                                                                                CAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AAC-GCGTACGc
gi|2                          : gATGAGCTAGCTGACATAT----------------------ATATTGTTAAGTACACTGTGA--TAATTAACTCTCCCATATT-T-TGAAATTCATTTATGAAT-----------GGCGTGT--------C--TACTCTT-TA-AAA-AA-GCTAGCGTACGC
gi|3                          : aATGAGTTAGCTGGCATAT----------------------A--------------TTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTGGTCTATAAATTT----CAAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AA-CCCGGCGTACGCCAAacac
gi|4                          :                  AC----------------------A--------------CCGTGA--CAATTTATTTCCCTA-AAAGT-TGAAATTTGTCATTCAATTT----CTAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAATAA-AACGGCGTACG
gi|5                          :                  cT----------------------A--------------CTGTGA--CAATCTATTCCCCC-TCAAATATCTAATTCGTCTATGAATTT----ACAATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AC-AATGGCGTAtaacc
gi|6                          :                   T----------------------A--------------CTGTGAACTGGTCTATTCCC------AAC---AAATTTGTCTCTGAATTT----CCAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGAGTat
gi|7                          :                                                                                                      AAATC----CCAATGGAGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-ttgc
gi|8                          :                                                                                             ttaaattttattcT----CCAGTGGCGGAT--------G--TACTCTT-TAAAAA-AA-ACTAGCGTACGACAAaaacagtgcacgaa
gi|9                          :                                                                                                    aactaTT----TCAATAGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AC-CCCAGCGTACGCcctca


blockSeqs                     :                    ATATTGTTAAGTACA                            AC              ATAAAAT        C    A       .               .        .        C AA   T  CCC
blockSeqs                     :                    A                                          .               TCAAATA        G    A       .               .        .        . A    .  AA 
blockSeqs                     :                    A                                          .               ATATTT         T    T       .               .        .        . .    .  AA 
blockSeqs                     :                    A                                          .               AAAAGT         C    A       .               .        .        . .    .  CC 
blockSeqs                     :                    A                                          .               AAC            T    C       .               .        .        . .    .  CC 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  CC 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  AA 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  GC 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  CC 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  AA 
blockSeqs                     :                                                                                                           .               .        .        . .    .  AA 
blockSeqs                     :                                                                                                                           .        .        . .    .  AA 
blockSeqs                     :                                                                                                                           .        .        . .    .  AC 
blockSeqs                     :                                                                                                                           .        .        . .    .  CC 
blockSeqs                     :                                                                                                                           .        .        . .    .  A  
blockSeqs                     :                                                                                                                           .        .        . .    .     


blockSeqCons                  :                    A************************************                      ATAAAAT*                    ****            ******** **
originalCons                  :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
finalCons                     :  ATGAGCTAGCTGGCATATA------------------------------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA





Alignments
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lowQualScore                  :                    .....................................      ..              ........       .    .       ....            ........ ..       . ..   .  ...             
lowQualScore                  :                    3333333333333333333333333333333333333      22              22222222       2    0       1111            55555555 22       4 66   4  999             
consensus                     :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
Reference ( family-9992 )     :  ATGAGCTAGCTGGCATAT----------------------A--------------CTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTCGTCTNTGAATTT----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-NCCGGCGTACGCCAA
gi|1                          :  ATGAGCTGGCTGGCATATTTATTGTTAAGTAACGTTACACA--------------CTGTAA--CAATTAATTCTACCACGAATT-TGGTATTTGTCTCTGAATTTATTTCCAATGGCGGATGGTAGTACCGGTACTGTT-A--AAA-AA-GCCGACGTATGC
gi|10                         :                                                                                                               aCAACGGCGGAT--------C--TACTCTTCT--AAA-AA-AACGGCGTACGCCa
gi|11                         :                                                                                                                  ATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGCATACccga
gi|12                         :                                                                                                         tg----CCAATGGCGGAT--------C--TACTTTT-----AA-AA-CCCAGCGTACGaaccccc
gi|13                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCAT-T--AAA-AA-A-CGGCGTACGCCacgca
gi|14                         :                                                                                                          a----CCAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-TA-CCCGGCGTACGCcc
gi|15                         :                                                                                                                gAATGGCGGAT--------C--TACACTT-T--AAA-AACCCCGGCTTACGC
gi|16                         :                                                                                                              tgCAATGGCGAAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-CCCGGCGCAC-CCA
gi|17                         :                                                                                                                CAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AAC-GCGTACGc
gi|2                          : gATGAGCTAGCTGACATAT----------------------ATATTGTTAAGTACACTGTGA--TAATTAACTCTCCCATATT-T-TGAAATTCATTTATGAAT-----------GGCGTGT--------C--TACTCTT-TA-AAA-AA-GCTAGCGTACGC
gi|3                          : aATGAGTTAGCTGGCATAT----------------------A--------------TTGTGA--CAATTTATTCCCCCATAAAAT-TGAAATTGGTCTATAAATTT----CAAATGGCGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AA-CCCGGCGTACGCCAAacac
gi|4                          :                  AC----------------------A--------------CCGTGA--CAATTTATTTCCCTA-AAAGT-TGAAATTTGTCATTCAATTT----CTAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAATAA-AACGGCGTACG
gi|5                          :                  cT----------------------A--------------CTGTGA--CAATCTATTCCCCC-TCAAATATCTAATTCGTCTATGAATTT----ACAATGGTGGAT--------C--TACTCTT-T--CAA-AC-AATGGCGTAtaacc
gi|6                          :                   T----------------------A--------------CTGTGAACTGGTCTATTCCC------AAC---AAATTTGTCTCTGAATTT----CCAATGGCAGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-AATGGAGTat
gi|7                          :                                                                                                      AAATC----CCAATGGAGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AA-ttgc
gi|8                          :                                                                                             ttaaattttattcT----CCAGTGGCGGAT--------G--TACTCTT-TAAAAA-AA-ACTAGCGTACGACAAaaacagtgcacgaa
gi|9                          :                                                                                                    aactaTT----TCAATAGCGGAT--------C--TACTCTT-T--AAA-AC-CCCAGCGTACGCcctca