lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 11 1 222 4 5555 5555555555 0000000000000000000000000000000 1111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 8888888888888888888888888 11 111 1 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 3333 22222222 33333333 999999999999999999999999
lowQualScore : 000 1 5 2222 77 77 1 99 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111 44 2 2 0 333 0 1111 1 3 4 0 7 3333333333 1 6 0000000000000000000000000000000 8 4444 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 99 8 1 9 8888888888888888888888888 4 11 444 0 1 0 7 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 0 8888 3 3 2 00000000 88888888 8 777777777777777777777777 1 9
lowQualScore : ... . . .... .. .. . .. ......................................................... .... .. . . . ... . .... . . . . . .......... . . ............................... . .... . ................................................................ .. . . . ......................... . .. ... . . . . ............................................................................... . . . .... . . . ........ ........ . ........................ . .
lowQualScore : 000 7 7 1111 99 99 0 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 00 0 0 5 333 0 7777 0 0 0 7 3 7777777777 0 0 7777777777777777777777777777777 0 8888 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 0 8 5 8888888888888888888888888 0 00 000 0 8 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 0 5 2222 0 5 0 55555555 33333333 3 777777777777777777777777 0 0
consensus : TAAATATTTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATATTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATT-ACATCATAA-CTGGANAACGTNNNAAGTGTGCGCTACACTTTCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTNTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAANGAAATTCATTATTNAATTAATTAATCTTTGTCGATTTT-------TTCTAAATGAAATTCATTATCTCA----TTAA--TTTA-TCG---------GTCT-TCGTTTA---TTTCTAAATGAAATTCATTATT---T-A------A---------AATTAATTGGTCTTT---------------TG--TT--GT-TTTA-TTTT-AAATGAAATTCATTATTTNA--------TTA-----AGTNTTGGTCTTTGT--TTA---TTTTTAAATGAAATTCATTATT-A-A--A---A---A---TTAGTCTTTGTT--GTTTTTTTTAA---A-AAA--T---------CATTAAA--TTT-TCTGGTCTTCG-TTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTT-TA--TTTTTTAAATAAAATTCATTATTACAT--------------TAA----T--TGGTCTTTGTTGATTTTT
Reference ( gi|1 ) : TAAATATTTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATATTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAACAGAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTT-------TTTTAAATAAAGTTCATTATCTCA----TTAAAGCTTA-T-----------GTCT-TTGTTTA---TTTTGAAATGAAATTCATTATC---TCA------G---------AGTT--TTGGTCTTT---------------TG--CT--G--TTT--TTTT-AAATAAAATTAATGATCTCG--------TTA----CAGTTTTGGTCTTTGT--TTA---TTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACA--A---A---A---TTGGTCTTTTTT--TCTTTTTTTGA---A-AAA--T---------CATTAAAGGTTTGTCTGGTCTTTG-TTTTTTT---AATGAAACTCATTATTTGATTAATTAGTCTTTGTT-TG--TTATTTAAATAAAATTCATTATTTCAT--------------TAA----T--TAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|6 : TAAATATTTAATTAAATA---ATTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATATTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATAT
gi|8 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTATTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTAaa
gi|7 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATATTATAA-AC----GGAG--TA--CACG
gi|13 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATATCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTA
gi|5 : cAAATATTTAATTAAATA---ATTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATATTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCATAAGC
gi|2 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATCAATTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATAATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT--------------GATAACATCAAAAG----CA-------------------------CTATCATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACA
gi|4 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---ATTGCAATTACCATTGTT-TTATTAGCTGCGTATTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCATAATCTGGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGAgtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|11 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttata------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTTTctaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|16 : cttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttagaattttgcattgt
gi|9 : ---TTAAA-CTTTGTCG-ATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATTAAATTAATTAATATTTGTTG-TTTT-------TTTTAAATAAAATTCATTTTCTCATTTTTT---GTTTA-TTTCTAATTGTGGTCT-TTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACATTA------A---------AGTT--TTGGTC-TT---------------TG--TT--GT-TTT--TTTT-AAATCAAATatgttt
gi|3 : TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTT-------G---AAATGAAATTTATTAT--------TTAA--TTTA-TTG---------GTCT-TTATTTA---TTTCTAAATGAAATTTATTATT---T------------------AATTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCG--TTTATTTCT-AAATGTAATTCATTATTTAA--------TT--------TATTGGTCTTTGT--TTA---TTTTGAAATAAAATTCATTATT---A--A---ATTTA---TTAGTCTTTGTT--GATTTTTTTAAAATA-AAA--TTCATCATCCCATTAAAGCTT----TGGTCTTTGTTTTTTTT---AATGAAATTCATTATCTATCTAATTA
gi|9 : atctcattaagTTAAACTTTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATTAAA----TTAA---TTAAT-----------ATTTGTTGTTT----TTTTTAAATAAAATTCATTTTC---TCATTTTTTGTTTATTTCTAATT--GTGGTCTTT----------------G--TT--TATTTT--TTTT-AAATAAAATTAATTATTACA--------TTA----AAGTTTTGGTCTTTGTTGTTT---TTTTTAAATCAAATa
gi|3 : ATCTCA----TTAAG---TG-------------GTCT-TCGTTTA---TTTCTAAATGAAATTCATTATT---T------------------AATTAATTGGTCTTT-----------------------G--TTTA-TTTTGAAATGAAATTTATTATTTAA--------TT--------TATTGGTCTTTAT--TTA---TTTCTAAATGAAATTTATTATTTAAT--T---A---A---TTAGTCTTTGTTGATCT----------------------------CATTAAG--------TGGTCTTCG-TTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATTTATTGGTCTTTGTT-TA--TT-TTGAAATAAAATTCATTATTAAAT--------------TTA----T--TAGTCTTTGTTGATTTTT
gi|9 : ----TTAAACTTTG-TCG---------ATCT-TCGTTTA---TTTCTAAAGGAAATTCATTATT------------A---------AATTAATTAATA-TT---------------TG--TT--GT-TTT--TTTT-AAATAAAATTCATTTTCTCATTTTTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGT--TTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATT-ACATTA---A---AGTTTTGGTCTTTGTT--GTTTTTTTT-------AAA--T---------CAttaaaataaaattcatcatcccattaaagctttggtctttgttttttttaatgaaattcattatctatctaattaa
gi|9 : TCGATCTTCGT--TTA---TTTCTAAAGGAAATTCATTATT---A--AATTA---A---TTAATATTTGTT--GTTTTTTTTAA---ATAAAATT---------CAT------TTTCTC-ATTTTTTG-TTTATTT----------CTAATTG----------TGGTCTTTGTT-TATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACAT--------------TAAAGTTT--TGGTCTTTGTTGTTTTTTaat
gi|9 : ttaaactttgTTAAAC-TTTGTC-GATCTTCG-TTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATTAAATTAATTAATATTTGTTGTT--TTTTTTAAATAAAATTCATTTTCTCATTTTTTGTTTATTTCTAA----TTGTGGTCTTTGTTTATTTTTttaaatcaaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA
Unaligned ( gi|15 ): AATACTTGTCTTCACTTTAAATATCATTGCAATAAATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATATAAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 4444444444444 777777777777777777777777777777 1111 111 3333333333 3333 2222 22 22 2 222222 3333333333333333333333333333 2 4444 111 33333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 33333 33333 2222 222 1
lowQualScore : 5 777 4 2 777 5 0000 66 66 77 1111111111111 1 6 333 222222222222222222222222222222 1 7777 22 1 777 2222222222 1 1 6 88 2222 3333 77 55 6 3 0 666666 7777777777777777777777777777 0 4 2 3 1 1111 1 7 0 777 66666 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 99999 7 22222 8888 222 4 3 7 6 6
lowQualScore : . ... . . ... . .... .. .. .. ............. . . ... .............................. . .... .. . ... .......... . . . .. .... .... .. .. . . . ...... ............................ . . . . . .... . . . ... ..... . ...................................................... . . ..... . ..... .... ... . . . . .
lowQualScore : 0 888 4 2 888 0 6666 99 99 99 2222222222222 0 7 000 222222222222222222222222222222 4 0000 44 4 555 7777777777 0 0 0 55 0000 5555 55 55 0 0 0 555555 0000000000000000000000000000 0 0 5 0 0 0000 0 0 7 777 33333 7 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 77777 3 33333 3333 555 0 0 0 0 0
consensus : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCATAA-C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGCTTTCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCACTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT-A-AA--A--ATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAAA--A---AATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT-TTTTT---AAATGAAATTCATTATTTN----ATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
Reference ( family-984 ) : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATT-ACATCATAA-CTGGANAACGTNNNAAGTGTGCGCTACACTTTCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTNTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAANGAAATTCATTATTNAATTAATTAATCTTTGTCGATTTTTTCTAAATGAAATTCATTATCTCATTAA--TTTATCGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTAT-TTAAAATTAATTGGTCTTT--TG------TT-----GT-----TTTATTT-TAAATGAAATTCATTATTTNATTA-AGTNTTGGTCTTTGTTTATTTTTAAATGAAATTCATTATT-A-AA--A--ATTAGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAA--A---AAT---------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTCGTTTATTTCT---AAATGAAATTCATTATTTA----ATTAA----TTGGTCTTTGTT-TATTTTTTAAATAAAATTCATTATTACATTAATTGGTCTTTGTTGATTTTT
gi|1 : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAACAGAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTTAAATAAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTAT--GTCTTTGTTTATTTTGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTT--TTGGTCTTT--TG------CT-----GT-----TT--TTT-TAAATAAAATTAATGATCTCGTTACAGTTTTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACAA--A--ATTGGTCTTTTTTTCTTTTTTTGAA--A---AAT---------CATTA---AAGGTTTGTCTG----------------GTCTTTGTTTTTTT------AATGAAACTCATTATTTG----ATTAA----TTAGTCTTTGTT-TGTTATTTAAATAAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|11 : ------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTT
gi|13 : cttTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATA---TCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTAttagaattttgcattgt
gi|15 : cTAAATATC--ATTGCAATA---AATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATA
gi|16 : aatacttgtcttcacttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttaaa
gi|2 : TA-AATATCAA-TTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATA---ATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT--------------GATAACATCAAAAG---------CACTATC--------------------ATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACAatgttt
gi|3 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---TTAAG----TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTTG---AAATGAAATTTATTAT----TTAA--TTTATTGGTCTTTATTTATTTCTAAATGAAATTTATTAT-TTAA--TTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATT----TATTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTATT-A-AA--TTTATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTAAA--ATAAAATTCATCATCCCATTA---AA--GCT-T-TG----------------GTCTTTGTTT-TTTTT---AA-TGAAATTCATTATCTATCTAATTAA----gtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|4 : atctcA---A-TTGCAATTACCATTGTTT-TATTAGCTGCGTA---TTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCATAATCTGGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGA
gi|5 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttataAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCATAA-ctaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|6 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATATgc
gi|7 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATA---TTATAA-AC----GGAG--TA--CACGaa
gi|8 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTA---TTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTA
gi|9 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATT-A-AATTA--ATTAATATTTGTTGTTTTTTTTAAATAA---AATT--------CATTTTCTCA--TTT-TTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTAC----ATTAAAGTTTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAATCAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 4444444 2222 77777777777777777777 1111 111 3333333333 2222 2222 11 11 222 11 11 11 666666666666666 11 2222 111 33 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 22 2222 1
lowQualScore : 5 777 4 2 777 5 0000 66 66 77 9 0 0000000 1 6 1 8888 0 11111111111111111111 1 7777 22 1 777 2222222222 1 2222 3333 88 88 2 000 88 88 88 222222222222222 88 1 1 1 2 3333 1 0 0 0 777 66 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8888 22 1 8888 5 1 1 1
lowQualScore : . ... . . ... . .... .. .. .. . . ....... . . . .... . .................... . .... .. . ... .......... . .... .... .. .. . ... .. .. .. ............... .. . . . . .... . . . . ... .. . ....................................................... .... .. . .... . . . .
lowQualScore : 0 888 4 2 888 0 6666 99 99 99 8 8 1111111 0 7 0 3333 7 99999999999999999999 4 0000 44 4 555 7777777777 0 5555 5555 00 00 5 555 55 00 55 000000000000000 55 0 0 0 5 5555 0 7 7 7 777 77 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 77 0 3333 0 0 0 0
consensus : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AAC--GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT-A-AATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTT-AATGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
Reference ( family-984 ) : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AAC--GGANAACGTCANAAA----CGCTACGCTTTCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCACTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT-A-AA--AATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAAATGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|1 : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAACA-GAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTTAAATAAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTAT--GTCTTTGTTTATTTTGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTT--TTGGTCTT--TTG--CT---------------GTT--TTTTTAAATAAAATTAATGATCTCGTTACAGTTTTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACAA--AATTGGTCTTTTTTTCTTTTTTTGA---A--AAA-T--------CATTA---AAGGTTTGTCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTT--AATGAAACTCATTATTTGATTAA----TTAGTCTTTGTT-TGTTATTTAAATAAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|11 : ------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTT
gi|13 : cttTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATA---TCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTAttagaattttgcattgt
gi|15 : cTAAATATC--ATTGCAATA---AATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATA
gi|16 : aatacttgtcttcacttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttaaa
gi|2 : TA-AATATCAA-TTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATA---ATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT---------------GATAACATCAAAAG----CACTA-------------------------TCATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACAatgttt
gi|3 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---TTAAG----TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTTG---AAATGAAATTTATTAT----TTAA--TTTATTGGTCTTTATTTATTTCTAAATGAAATTTATTATTT---AATTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATT----TATTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTATT-A-AATTTATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTAAAATA--AAATTCATCATCCCATTA---AA--GCT-T-TG----------------GTCTTTGTTT----TTTTT-AATGAAATTCATTATCTATCTAA----TTgtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|4 : atctcA---A-TTGCAATTACCATTGTTT-TATTAGCTGCGTA---TTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCAT-AATCTGGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGAaa
gi|5 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttataAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCAT-AActaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|6 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATATgc
gi|7 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATA---TTATAA-AC----GGAG--TA--CACGaa
gi|8 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTA---TTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTA
gi|9 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATT-A-AATTAATTAATATTTGTTGTTTTTTTTAA---ATAAAATT--------CATTTTCTCA--TTT-TTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACATTAAAGTTTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAATCAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 33333333 2222 99999999999999999999 1111 111 3333333333 2222 2222 11 11 222 11 11 11 555555555555555 11 2222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 1 2222 1
lowQualScore : 5 777 4 2 777 5 0000 66 66 77 9 0 55555555 1 6 1 8888 0 11111111111111111111 1 7777 22 1 777 2222222222 1 2222 3333 88 88 2 000 88 88 88 444444444444444 88 1 1 1 2 3333 1 0 0 0 333 7 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 8888 3 1 8888 5 1 1 1
lowQualScore : . ... . . ... . .... .. .. .. . . ........ . . . .... . .................... . .... .. . ... .......... . .... .... .. .. . ... .. .. .. ............... .. . . . . .... . . . . ... . . ....................................................... . .... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 888 4 2 888 0 6666 99 99 99 8 8 55555555 0 7 0 3333 7 22222222222222222222 4 0000 44 4 555 7777777777 0 5555 5555 00 00 5 555 55 00 55 555555555555555 55 0 0 0 5 5555 0 7 7 7 333 3 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3333 3 0 3333 0 0 0 0
consensus : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
Reference ( family-984 ) : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|1 : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAA--CAGAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTTAAATAAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTAT--GTCTTTGTTTATTTTGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTT--TTGGTCTT--TTG--CT---------------GTT--TTTTTAAATAAAATTAATGATCTCGTTACAGTTTTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACAA---AATTGGTCTTTTTTTCTTTTTTTGA---A--AAA-T--------CATTA---AAGGTTTGTCTG----------------GTCTTTG-TT----TTTTTAA-TGAAACTCATTATTTGATTAA----TTAGTCTTTGTT-TGTTATTTAAATAAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|11 : ------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTT
gi|13 : cttTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATA---TCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTAttagaattttgcattgt
gi|15 : cTAAATATC--ATTGCAATA---AATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATA
gi|16 : aatacttgtcttcacttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttaaa
gi|2 : TA-AATATCAA-TTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATA---ATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT----------------GATAACATCAAAAG----CACTA-------------------------TCATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACAatgttt
gi|3 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---TTAAG----TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTTG---AAATGAAATTTATTAT----TTAA--TTTATTGGTCTTTATTTATTTCTAAATGAAATTTATTATTT---AATTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATT----TATTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTATT---AAATTTATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTAAAATA--AAATTCATCATCCCATTA---AA--GCT-T-TG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATCTATCTAA----TTgtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|4 : atctcA---A-TTGCAATTACCATTGTTT-TATTAGCTGCGTA---TTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCAT-AATCT-GGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGAaa
gi|5 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttataAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCAT-AA--ctaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|6 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATATgc
gi|7 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATA---TTATAA-AC----GGAG--TA--CACGaa
gi|8 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTA---TTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTA
gi|9 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATT---AAATTAATTAATATTTGTTGTTTTTTTTAA---ATAAAATT--------CATTTTCTCA--TTT-TTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACATTAAAGTTTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAATCAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 33333333 2222 99999999999999999999 1111 111 3333333333 2222 2222 11 11 222 11 11 11 555555555555555 11 2222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 1 2222 1
lowQualScore : 5 777 4 2 777 5 0000 66 66 77 9 0 55555555 1 6 1 8888 0 11111111111111111111 1 7777 22 1 777 2222222222 1 2222 3333 88 88 2 000 88 88 88 444444444444444 88 1 1 1 2 3333 1 0 0 0 333 7 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 8888 3 1 8888 5 1 1 1
lowQualScore : . ... . . ... . .... .. .. .. . . ........ . . . .... . .................... . .... .. . ... .......... . .... .... .. .. . ... .. .. .. ............... .. . . . . .... . . . . ... . . ....................................................... . .... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 888 4 2 888 0 6666 99 99 99 8 8 55555555 0 7 0 3333 7 22222222222222222222 4 0000 44 4 555 7777777777 0 5555 5555 00 00 5 555 55 00 55 555555555555555 55 0 0 0 5 5555 0 7 7 7 333 3 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3333 3 0 3333 0 0 0 0
consensus : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
Reference ( family-984 ) : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|1 : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAA--CAGAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTTAAATAAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTAT--GTCTTTGTTTATTTTGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTT--TTGGTCTT--TTG--CT---------------GTT--TTTTTAAATAAAATTAATGATCTCGTTACAGTTTTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACAA---AATTGGTCTTTTTTTCTTTTTTTGA---A--AAA-T--------CATTA---AAGGTTTGTCTG----------------GTCTTTG-TT----TTTTTAA-TGAAACTCATTATTTGATTAA----TTAGTCTTTGTT-TGTTATTTAAATAAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|11 : ------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTT
gi|13 : cttTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATA---TCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTAttagaattttgcattgt
gi|15 : cTAAATATC--ATTGCAATA---AATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATA
gi|16 : aatacttgtcttcacttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttaaa
gi|2 : TA-AATATCAA-TTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATA---ATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT----------------GATAACATCAAAAG----CACTA-------------------------TCATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACAatgttt
gi|3 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---TTAAG----TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTTG---AAATGAAATTTATTAT----TTAA--TTTATTGGTCTTTATTTATTTCTAAATGAAATTTATTATTT---AATTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATT----TATTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTATT---AAATTTATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTAAAATA--AAATTCATCATCCCATTA---AA--GCT-T-TG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATCTATCTAA----TTgtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|4 : atctcA---A-TTGCAATTACCATTGTTT-TATTAGCTGCGTA---TTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCAT-AATCT-GGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGAaa
gi|5 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttataAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCAT-AA--ctaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|6 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATATgc
gi|7 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATA---TTATAA-AC----GGAG--TA--CACGaa
gi|8 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTA---TTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTA
gi|9 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATT---AAATTAATTAATATTTGTTGTTTTTTTTAA---ATAAAATT--------CATTTTCTCA--TTT-TTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACATTAAAGTTTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAATCAAAT
blockSeqs : C TCA A A CTG T CTAT TT TT TA T TAATCT T C A TGTG CACTTTCGTTCTTATCCTAT G TATA TG A TAT CTTTAAATT T G . . TG T . AA TG AT CATTAAGTGGTCTTC TA T C T A . A . A A ATAAAATTCATTTTCTCATTTTTTGTTTATTTCTAATTGTG T ATTT A A AGTT G T T C
blockSeqs : . . . T . . . . . . A . A . C . . A . AA T . TG G . A T AATAAAATTCATCATCCCATTAAAGCTTTG T . . C .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . G . TT A .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . TT A
blockSeqs : . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
finalCons : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 33333333 2222 99999999999999999999 1111 111 3333333333 2222 2222 11 11 222 11 11 11 555555555555555 11 2222 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222 1 2222 1
lowQualScore : 5 777 4 2 777 5 0000 66 66 77 9 0 55555555 1 6 1 8888 0 11111111111111111111 1 7777 22 1 777 2222222222 1 2222 3333 88 88 2 000 88 88 88 444444444444444 88 1 1 1 2 3333 1 0 0 0 333 7 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 8888 3 1 8888 5 1 1 1
lowQualScore : . ... . . ... . .... .. .. .. . . ........ . . . .... . .................... . .... .. . ... .......... . .... .... .. .. . ... .. .. .. ............... .. . . . . .... . . . . ... . . ....................................................... . .... . . .... . . . .
lowQualScore : 0 888 4 2 888 0 6666 99 99 99 8 8 55555555 0 7 0 3333 7 22222222222222222222 4 0000 44 4 555 7777777777 0 5555 5555 00 00 5 555 55 00 55 555555555555555 55 0 0 0 5 5555 0 7 7 7 333 3 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 3333 3 0 3333 0 0 0 0
consensus : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
Reference ( family-984 ) : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACATCAT-AA--C-GGANAACGTCANAAA----CGCTACGC-TCCG------------TTCTGTTATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAA---TTAAA-CTTTG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTNATTTTNTTTAAATGAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTATTGGTCTTTGTTTATTTCGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTTAATTGGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGNAATTNATNATCTCGTTACAGTNTCGGTCTTCGTTTATTTCGAAATAAAATTCATTATT---AAATTAATTAGTCTTTGTTGNTTTTTTTAA---A--AAATT--------CATTA---AA--TTT-TCTG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATTTNATTAA----TTGGTCTTTGTTGTNTTNTTTAAATNAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|1 : TAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTTACACCACAAA--CAGAAGAACGTCATAAA----CATTATGCGTCCG------------TTCTATTATTGTATA----CACTTGTATTACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---TTAAAGCTTTG----GTCTTTGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTTAAATAAAGTTCATTATCTCATTAAAGCTTAT--GTCTTTGTTTATTTTGAAATGAAATTCATTATCTCAGAGTT--TTGGTCTT--TTG--CT---------------GTT--TTTTTAAATAAAATTAATGATCTCGTTACAGTTTTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTTTTCACAA---AATTGGTCTTTTTTTCTTTTTTTGA---A--AAA-T--------CATTA---AAGGTTTGTCTG----------------GTCTTTG-TT----TTTTTAA-TGAAACTCATTATTTGATTAA----TTAGTCTTTGTT-TGTTATTTAAATAAAATTCATTATTTCATTAATTAGTCTTTGTTGGTTTTT
gi|11 : ------------TTCTGCTATTGTATATATACACTTGTTGTATTGTATAAAATGTATTTAAATTGAGAAATAAAATATTTAAA-CTTTAAATTGTCTT
gi|13 : cttTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAATTAAATA---TCATAA-AC----AAAGTTTATTTATTAATTACCATT--AATATTAttagaattttgcattgt
gi|15 : cTAAATATC--ATTGCAATA---AATTGCAAATGCCAATGTTGTTATCAGCTCAATACTGTTATA
gi|16 : aatacttgtcttcacttTCTATTATTGTATA----CACTTGTAATACTGTATAAAATGTACTTATATTGAGAAATAAAA---Ttaaa
gi|2 : TA-AATATCAA-TTGAAAATGCCAATGTTTTTATCAGTAAGATA---ATGCAG-ATCTATAAAG--TA--CACGAATTGCCACT--GATATTGGAATT----------------GATAACATCAAAAG----CACTA-------------------------TCATTGTATA----CACTTGTTTTATTGTATAAAATGTATTTGAATTGAGAAACAatgttt
gi|3 : atatgtaccttgtcatttacattctatttagaaatatcgtgttcatgttatatggtatcttttcgtactagtgcgtgtatgtctgtgagctcaattacttactggtaccaactacgattaataagtatttatcttgggtttaaatgtccatttaataaatacctgccttctcA---TTAAG----TG----GTCTTCGTTTATTTCTAAATGAAATTCATTATTTAATTAATTGGTCTTTGTTTATTTTG---AAATGAAATTTATTAT----TTAA--TTTATTGGTCTTTATTTATTTCTAAATGAAATTTATTATTT---AATTAATTAGTCTTTGTTGATCTCATTAAGTGGTCTTCGTTTATTTCTAAATGTAATTCATTATTTAATT----TATTGGTCTTTGTTTATTTTGAAATAAAATTCATTATT---AAATTTATTAGTCTTTGTTGATTTTTTTAAAATA--AAATTCATCATCCCATTA---AA--GCT-T-TG----------------GTCTTTGTTT----TTTTTAA-TGAAATTCATTATCTATCTAA----TTgtatatgtctaaacgaataaggaactagtttacttagtctgtatttgatatatattaaacgaattgattgattgaagat
gi|4 : atctcA---A-TTGCAATTACCATTGTTT-TATTAGCTGCGTA---TTGCAATAT----AAAG--TA--CATGAATT---ATTTAAATATCGGATTTTACATCAT-AATCT-GGAAAA-GTACCAAATGTGCGCTACACTTTCGTTCTTATCCTATTTCTGTTATTGTTTA----CAATTGTTTTATTGTATAAAATGTTTTCAAATTGAGAaa
gi|5 : taaatattttccttggatttaaatttctattcaatgaatgtttgcctactttgaatatcaatgttataAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----AAAG--TA--CACGAATTGCCATT--AATATTAGAATTAACATCAT-AA--ctaaattgtttaaaccaaatgaccagttcaagtttcgattgt
gi|6 : attttaatatgaactttgccatctatattcgatttaaaaatttattaagaaatatttcccttatgatatcgtatgtcaacatggtaccttttcattctagtgtgtatatgtataagcccatttaactacaggtaccgacttcgattaatacatatttctcttactaatacttaactattccTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTACAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAAATA---TTATAA-AC----GAAC--TA--CACGAATTGCCATT--AATATgc
gi|7 : tcttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatatcgtatgccacggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccatttaactactggtaccgactacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATTTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTCAAATA---TTATAA-AC----GGAG--TA--CACGaa
gi|8 : attttgatatgaactatgtcatctatattcgatttaaaattttatttagaaatatttcccttatgatattgtatgtcatggtaccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgagcccattaaactactggtaccgacaacgattaatacatatttctcttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTAAATATCTAATTA-AATA---A-TTGCAATTGTCAATGTTAATACCAGTTAACTA---TTTTAA-AC----GAAG--TA--CACGAATTGCCATT--TATATTA
gi|9 : acttttatttataaatatttcccttatgatattgtaagtcaacatcgtgccttttcgtcctagtgtgtatatgtatgaacccatttaactactggtaacgactacgattaatacatatttcttttactatttaactatttattcaataatacttaactattcTGTCGATCTTCGTTTATTTCTAAAGGAAATTCATTATT---AAATTAATTAATATTTGTTGTTTTTTTTAA---ATAAAATT--------CATTTTCTCA--TTT-TTTGTTTATTTCTAATTGTGGTCTTTGTTTATTTTTTTTAAATAAAATTAATTATTACATTAAAGTTTTGGTCTTTGTTGTTTTTTTTAAATCAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTATCCAATTTGAGGATTTATATATATATCAAATAATGATTGTCAATTTTTAATAACAATGTTATTAATTGCATTCATTTCATTAGCTAAATATTGTAATATTAAGTATATAAATTGGAATTTGCATCATAATC
Unaligned ( gi|12 ): TTAACAAGTGGTGCTGGATTTAACTTTCTATGCAATTAATACGTGTCAACTTTAAATATCAATGTAGTTGATTTTAAATGCCAATGTTGCTATCAGTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): TACCTATTCACACTAGTGTGTCTTTATGTCGGAGTCCAATTACTTACTCATACCAGCTACAATTAACAAATGTTTCTCTTGGA