lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 44444444444 22 33333333333 222222222222222 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 222222222222222222222222222222222 111 99999999999999999999999999999999 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 3333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222 11 2222222222222222 111111111111111111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 1111111111 1 1 11111 33333333333333333333333333333333333333 111 3333333333333333 11111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 111111111 444444444444444444444 111 1111 1 77777777777777777777777777777777 1 1 1111 11111 111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 111111111 11111 11 33333333333333 2222
lowQualScore : 0 0 555 33333333333 22 5 4 44444444444 55 33 1 1 444 888888888888888 2 33 3333 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 333333 222 11 0 4444 3333333 888888888888888888888888888888888 33 2 000 1 33333333 22222 99999999999999999999999999999999 1 22 11 66 1 1 11 0 222 1111 6 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 6 3333333333333333333333333333333333333333333333 1 4444444444444444 0 555555 2 222 66 2222 222 222 9999999999999999 1 1 33 444444444444444444 7777777 22 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 1 1 33 44 8888888888 111 22222 2222222222 1 1 222222 111 1 1 0 2 1 222222 66666 2222 1 111 111 44444444444444444444444444444444444444 3 1 1 333 11 333 0 33333 11 9999999999999999 22 00000000 11 111 3333333 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 66666 1 11 1 1 1 666666666 6666666666 444444444444444444444 111 1 1 1 4444 5 444 33333 44444444444444 44444444444444444444444444444444 1 33333 11 3 0 2 5555555555555 0 2222222 111 3333333333 33 9 3333 11 77777 111 111 11 111 000 2222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 111 555 555 1 1 111 1 888888888 888888888 1 2 444444 88888 7 66 5555555 7777 55555555555555 1111 1
lowQualScore : . . ... ........... .. . . ........... .. .. . . ... ............... . .. .... ...... .................................................... ...... ... .. . .... ....... ................................. .. . ... . ........ ..... ................................ . .. .. .. . . .. . ... .... . . ............................................................... . . .............................................. . ................ . ...... . ... .. .... ... ... ................ . . .. .................. ....... .. .... .................................................................. .. . . .. .. .......... ... ..... .......... . . ...... ... . . . . . ...... ..... .... . ... ... ...................................... . . . ... .. ... . ..... .. ................ .. ........ .. ... ....... . ...................................................................... ... ..... . .. . . . ......... .......... ..................... ... . . . .... . ... ..... .............. ................................ . ..... .. . . . ............. . ....... ... .......... .. . .... .. ..... ... ... .. ... ... .... ........................................................ ... ... ... ... . . ... . ......... ......... . . ...... ..... . .. ....... .... .............. .... .
lowQualScore : 6 8 666 33333333333 33 0 2 33333333333 00 88 3 7 444 111111111111111 5 22 6666 222222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888 111 77 8 3333 0000000 777777777777777777777777777777777 99 2 000 1 99999999 77777 88888888888888888888888888888888 1 66 55 66 1 1 44 3 111 4444 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0 1111111111111111111111111111111111111111111111 2 7777777777777777 9 111111 5 222 22 8888 333 333 4444444444444444 3 3 22 777777777777777777 8888888 00 5555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 2 2 33 22 2222222222 999 66666 7777777777 0 0 333333 888 3 4 1 6 0 999999 88888 1111 0 888 888 33333333333333333333333333333333333333 0 0 0 777 33 222 9 66666 88 9999999999999999 99 77777777 44 333 4444444 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999 99999 1 55 8 6 2 000000000 8888888888 333333333333333333333 222 2 2 2 0000 1 111 88888 44444444444444 11111111111111111111111111111111 1 77777 44 7 9 9 0000000000000 9 8888888 555 7777777777 22 8 5555 22 11111 666 777 33 777 666 0000 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888 999 111 555 1 1 999 1 777777777 333333333 4 9 333333 44444 3 11 4444444 8888 77777777777777 8888 7
consensus : GAATATTACACATACTGAGACTA----N----AACA-AC-AGCTACAGAA-T---------ATT--ACA-CATACTGAGACTG---TAACAACAG---C---A-A-AAT--A--A-TA---TN-ACAT---NNACGGNG------------------N------CTA-N-A---AC----AACAGCTA------CAGAATA---T--TACATATAC-T--G--A-GNCTGTAACAACAGCTACA----A----A--T----------------A-ATAT-TACACATACTGGGACT-ATA--------ACA-----ACAGCTACAG-----A-----ATA-----------A-TAT--TACAC--ATACTGAG-A-CT-GTAACAACAGCT---A---CANAA-TAT---NACA-T----A-----T-----ATA----C--TG----AA---C-A---A---CTATAACAACAGCTACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--AC-TG-AG-NCT--A---TAACAAC-AGCTAC-A---TA-----ATA-----ATA-T---TACA-CA----TA---C---T--G---A-GA-CT-A-T-AAC-AACA--G--T---NA-N-----A-TAA-------T--AT--N-ACATA---------TAT-A----C-T--GT------A--ACA---A---C---------TNN--------A--AC-A-A--CAGCTACAG---------AATA---TTACAC-----ATAC---TG--NGA-C-T-G----TA---ACAACAGCTACAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TG------C-G---A---CTGT---------------AACAACAGCT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CAT-------N---A---ACT--G---CG---A--CT-A-TAACA-------ACAGCTACA-GA----A--------A-T--A----N-AC--TA-TA---N--------AG-----A----G---A-------T---A-----AC-AA--CAGCTACAGAA-TA----T--N-ACA-C--------ACACTA---AG---AC-C-G--TAAC--A-A-C-AGCT---ACAGAATA---TTACA----CA-------T------AC-T------------AN--A--A---------ACT-A-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------CATAC-TGAGAC-TG-T--AACAACAGC-TACA---G---AA--T---AT--TACA----CA-----T-----------A---A---C------T-------GCG-ACT----AT---A---AC---A---GC---T-AC-AGAAT---AT-TA--T-A---CAT-A--C--T-G-A-GA------CT---G-TAACAACAGC-------TACAG---AATA-TAA-T--------ATACAN--AGACTGTAAC
Reference ( gi|1 ) : GAATATTAAACATATTAAGACAA----A----AACT-AT-AGCTACGGAA-A---------ATT--ACA-TATACTGAGACTA---TAAAAAGAG---C---A-A-AAT--A--A-TA---TG-ACAT---TGACGGCG------------------T------CTA-A-A---AA----AACAGCTA------CAGAATA---T--TACACATAC-T--G--A-ACTTATAACAACAGCAACA---TA----A--T----------------A-ATAT-TACACATACTAAGACT-ATA--------ACA-----ACANNNNNNNNNNATA-----ATA-----------A-TAT--TACAC--ATACTAAG-A-CT-ATAACAACAGTT---A---AATAA-TAT---GACA-T----A-AAT-T-----ATA----C--TGT--TAA---C-A---A---CTATGAAAACAGGTATAGAA-AATC--A-----CA----G----GT--AC-TG-AG-CTT--A---TAACAAC-AGCAAC-A---TA-----ATA-----ATA-T---TACA-AA----TA---C---T--A---A-GA-C--A-T-AAC-AACA--G--T---AA-A-----A-TAA-------T--AT--A-ACATA-AT----T-TAT-A----C-T--GT-----TA--ACA---A---C---------TTA--------A--AC-A-A--CAGGAACAA---------AATA---TTACAT-----ATAT---TG--CAA-C-T-A----TA---ACAATAGTTAGAGACT-AT------TT----C----AT-AT---A---C-TG------C-A---A---CTAA---------------AATAACAGCT-AC-A--CA--ATA---T-T-----A-TAT-------C---A---ACT--G---CA---A--CT-A-TAACA-------ACAGCTACA-GA----A--------A-T--A----G-AC--TA-TA---A--------AA-----A----G---A-------T---A-----AC-AA--CAGTTAAAGAA-TA----T--A-ACA-C--------ACTTTA---AA---AT-C-A--TAAA--A-A-C-AGCA---ACAGTATA---TTACA----CA-------T------AC-T------------AT--ATTA----T----ACT-A-----T--ACCA-ACAGTTAGA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATAC-TGCGAC-AA-T--AACAACAGT-AAAA---G---AA--T---AC--TACA----CA-----T---T------TA---A---C------T-------GCA-ACT----AT---A---AC---A---GC---T-AC-AGAAT---AT-T---T-G---CAT-T--C--T-G-A-GA------CT---T-TAGCAATTGC-------TACAG---GATA-TAAGT--------ATACCC--AGACTGCAAC
gi|14 : GAATATTAAACATACAGGGTCTG----T----AACA-AT-AGTTACAGAA-T---------ATT--ACA-CATACAGGGACTG---CAACAACAGCTAC---A-G-AAT--ATTA-TA---TATACAT---AGAC--TG------------------T------------A---AC----AACAGCTT------CATACTG---T--TA
gi|7 : tactgtgactgcaacaacaattacaGAATATTACAC-TAC----ACAA----ACTGTAACA-AC-AGCCACATAC-A---------ATT--ATA-TATACAGAGACTG---TAACAACAGT--C---AGA-AATCGA--A-------A-ACAT-----ACAGAG------------------A------CTG-C-A---AC----AACAGTTT------CAGAATA---T--TATGTATAC-A--G--A-GCCTGTAACAACAGC------------------------------------------TACATACAGAGACT-GCA--------ACA-----ACAGTTACAG-----A-----ATA-----------G-TATG-TATAC--A----GAG-C-CT-GTAACAACAGCT---A---CATAA-TAT---TATA-T----A-ttatataa
gi|3 : agagactgtcagaacagttacaAATATTACACATACTCAGACTATACTG----AGCTTAT-AACAACAGAA-ACATAATAATATT--ACA-AATACTAATACTA---TAACAACGG---T---A-A-AAT--A--A-TA---TA-ACATAATTTATACTG------------------T-------TA-A-C---AACTATAACAGCAA------CAGAATA---T--TACATATAC-T--GC-A-AC-TATAACAATAG---CT---TG----A--A----------------A-ATAT-TACATATACTGCAACA-ATA--------ACA-----ATACTATATGACTATA-----ACAGCAACTACAGCA-TAT--TACAC--GAAGTATG-A-CT-TAAACAACAGCT--------ATAA-AAT---G-------------T-T-----ACA----CA-TTC--TAA-----A---A---CTATAACAACAGCTACTGAA-TTTA--A-----CA----T----AT--AA-TG-CA-TCT--A---TAACAAC-AG---C-T---TC-----AGA-----ATA-T---TACA-CA----TA---C---T--G---G-GC-T--A-C-AAA-AGCT--A--C---AG-A-----A-TAT-------T--AC----ACATA-CTGAGAC-TACAA----T-T--GC-----TATTACATGTA---G---------TGA--------G--ACTA-AGGCAGATATAA---------ATTA---TTACAC-----ATAC---CG--AGA-C-T-A----TA---ACAACAGCCACAGAAT-TT------TA----C----AC-AT---A---C---------C-A---AAT-TTAT---------------AACAACAta
gi|13 : gaatattacagatactgagcttagaacaacagcaacataatAATATTATATATACTAAGTCTT----T----AACA-AC-AGCTACAGAATAGC-------ATT--ATA-CAGACAGGGACTG---TAACAACAG---CTACA-G-AAT--A--G-CA---TT-ATAC---AGACAGGG------------------C------CTG-T-A---AC----AACAGCTA------CAGAATA---T--AATACATAT-T--G--A-GTCTATAACAACAGTTACA---GA----A--T----------------A-ATATATAGACAcgaacaga
gi|12 : ATTACATATATTGGGACTA----T----AACA-AC-AGCTACAGAC-T---------ATT--ACA-TATACT---AC------------AA---C---A-ATAAT--A--ACTA---TG-ACAT---ATACTGAA------------------A------CTA-T-A---AC----AACAGCTA------CAGACTA---T--GACCTATAC-T--G--C-AAATATAACAACAGTTACAGACTATGACA--T----------------A-CTGT-GACGTACACTGTGACT-ATA--------ACA-----ACAgaga
gi|15 : AGACTA----A----AAC--ATCAGCTACAGAA-T---------ATT--ATG-CATACTGAGATAA---TAACAACGC---C---T-A-CAA--A--A-TA---TT-ACATA--TAATGA-G------------------A------CTA-T-G---AC----ATCAGCTA------CAGAATG---G--TACACATAC-T--A--AGACTGATAACAACAGCTA------A----A--G----------------A-ATAT-TTCA
gi|6 : acag----AACA-AC-AGCTACGAAA-T---------ATTTCACA-TATA--GGGGCTCCTCTAATTACAG---C---T-A-GAT--A--A-TA---TC-ATAT---ATAAAGAG------------------G------CTA-A-A---AC----AACACCTA------AAGAATC---T--TACAGATA
gi|2 : aattatataatattatacatatagagactgtaacaataattgtataatattacacatatagaggctgttactgtagctgaagaatatttaacatatatgggctctaataacaactagacactattatattatattatatttctgtaacaacagctggaatagataactcatatacgtgcaagggctttT-AGCTACAAAA-T---------ATT--ACA-TATACTAAGAATA---TAACAATAG---C---A-A-CAG--A--A-TA---TT-ACAT---ATACTGCGACCATAACAATAGCATAAT------ATA-A-A---AC----AATAGCAA------CATAATA---T--GACATATAC-T--GT-G-AC-TATAACATTATCTA------A----A--A----------------A-ATAT-TACATATACTAAGAAT-ATA--------ACA-----ATAGCAACAG-------------A-----------A-TAT--TACAT--ATACTGCG-A-CC-ATAACAATAGC---------ATAA-TAaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|8 : cgactataacatCTACAGAA-T---------ATT--ACA-TATATTAAGACAA---TAACAACAA---C---T-A-CAG--A--A-TA---TA-ACAC---AGACTG-----------------------------A-A-A---AA----AGTAACTACCACTGCAGAATT---T--TACACATAT-A--G--A-GATTGTAACAATAG----A---TAC---A--G----------------A-ATAT-TACATATTCTGAAATA-GTA--------ACA-----ATA-------ACTATA-----A-A-----------A-TAT--TTCAC--AAACTAAG-A-AT-GTAACAACAACT---A---CAGAA-TAT---TACA------------C-----ATA----C--TGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|9 : a---------ATT--ACA-CATACAGGTACTG---TAACAACAGTTAC---A-A-AAT--A--T-TA---C--ACAT---ACACGGA--------------------------CTG-T-A---AC----AACAAAAA------CAGAATA---T--TACAAACCC-A--G--G-ACCTCTAACATCAGTTACA---TA----A--TATAGCGACAGTTACAAA-ATTT-TACATTTACAGAGACT-GTA--------ACA-----ACAG----------TA-----AGA-----------G-TTT--TTTAC--TTACAGAA-A-CT-GTAATAACAGTT---A---CAGAA-TATAA-AACA-T----A-AAagatagtacagcacataacacat
gi|16 : attTT--ACAGCATG-TGATACTA---TACAAA------C---A-A-AAC--A--T-TACTTTG-TCAA---TG-TAGCC------------------A------CAA-A-AGGTAA----AATATTTA------CATACTA---T--TATATATAC-C--G--G-GACTGTAACAACAGCTA------A----A--T----------------A-TTAT-TATATATACCGGGACT-ATT--------ACA-----ACAgcga
gi|20 : gATACTGTGAATA---TAATAACAG---C---T-A-CAG--A--A-TA---TT-ACATA--TG-CTGCA------------------A------TTA-T-A---AC----AACAATTA------CAGACTG-------ATGTATAC-T--GC-G-ACT-ATAACAACAGTTACA---TA----C--T----------------G-ATGT-gc
gi|14 : tattagTACTGTGACTG---CAACAACAATTAC---A-G-AAT--A--T-TA----A-ACAT-----ACAGGG------------------T------CTG-T-A---AC----AATAGTTA------CAGAATA---T--TACACATAC-A--G--G-GACTGCAACAACAGCTACA---GA----A--T----------------A-TTATATATACAT----AGACT-GTA--------ACA-----ACAGCTTCATACTGTT-----ATT-----------A-TAT--at
gi|15 : ACAGAGACTA---AAACATCAG---CTACA-G-AAT--A--T-TA---TGCATAC---TGA-GA----------------------------TA-ATA---AC----AACGCCTA------CAAAATA---T--TACATATAA-T--G--A-GACTATGACATCAGCTACA---GA----A--T----------------G-G----TACACATACTAAGACTGATA--------ACA-----ACAGCTAAAGAATATaa
gi|27 : ACTGCGACTG---TCACAACAG---C---A-A-CAG--A--A-AA---TG-ATAT---TGACCTCG------------------T------CTATA-A---AA----AACAGCTA------CAGttca
gi|4 : cGGCTA---TAACAACAA---T---T-A-AAT--A--A-TA---TA-ACATGAATTATGCTG------------------TTAACAACTA-T-A---AC----AACAGGAA------CAGAATA---T--TACATATAC-T--GC-A-AC-TATAACAATAGC-------TAG---A--G----------------A-ATAT-TACATATACTGCAACA-ATA--------ACA-----ACAGCTGCAG-------------A-----------A-TAT--TACACAAAAAGTGAG-A-CT-ATAACAACAGCT---A---CACAA-TAT---TACA-C----A-AA--------ATA----CGATGT--T-----T-A---A---C------AACAGCTATAGAA-TGTT--A-----CA----C----AT--AC-TG-AGACT---------ACAAA-AGCTAC------------AGA-----ATA-T---TACA-CA----TA---C---C--G---A-GA-C-------------------T---AA-A-----ATTGC-------T--AT--T-GCATA---------TA------------GT-----GA----G---A---C---------TAA--------G--AC-ATA--T----ACAA---------ATTA---TTACAC-----ATAC---CG--AGA-C-T-A----TA---ACAACAGCCACGGAAT-AG------TA----C----AC-AT---A---C-CA------A-G---A---TTAT---------------AACAACA-CTAAC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------C---AT--ACT--G---AG---A--CT-A-CAACA-------ACAGAAACA-GA----A--------
gi|13 : --A--A-TA---TT-ATAT---ATACTAAG------------------T------CTT-T-A---AC----AACAGCTA------CAGAATAGCAT--TATACAGAC-A--G--G-GACTGTAACAACAGCTACA---GA----A--T----------------A-GCAT-TATACAGACAGGGCCT-GTA--------ACA-----ACAGCTACAGAATATA-----ATA----------------------C--ATATTGAG-T-CT-ATAACAACAGTT---ACAGAATAA-TATATAGACA-tattacatcagac
gi|17 : -ACAT-----ACAGGG------------------A------CTG-C-A---AC----AATAGTTA------CATAATA---T--TACATATAC-T--G--A-GACTGTAACAGCCGCTACA---GA----A--T----------------ATATAT-gaga
gi|15 : ACAGAG------------------A------CTA-A-A---AC----ATCAGCTA------CAGAATA---T--TATGCATAC-T--G--A-GATAATAACAACGCCTACA----A------------------------A-ATAT-TACATATAATGAGACT-ATG--------ACA-----TCAGCTACAG-------------A-----------A-TGG--TACAC--ATACTAAG-A-CTGATAACAACAGCT---A---AAGAA-TAT---atatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacaacagcatc
gi|2 : CG------------------A------CTA-T-A---AC----ATTAGCTA------CAAAATA---T--TACATATAC-TAAG--A-A--TATAACAATAGCAAC----------A--G----------------A-ATAT-TACATATACTGCGACC-ATA--------ACAATAGCATAATATAAAACAATAGCAACATA-----------A-TAT--GACAT--ATACTGTG-A-CT-ATAACATTATCT---A---AAAAA-TAT---TACA------------T-----ATA----C-------TAA---G-A---A----TATAACAATAGCAACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--AC-TG-CG-ACC--A---TAACAAT-AG---C-A---TA-----ATA-----ttca
gi|20 : TA-T-A---AT----AACAGCTA------CAGAATA---T--TACATATGC-T--G--C-AATTATAACAACAATTACA---GA----C--T----------------G-ATGT------ATACTGCGACT-ATA--------ACA-----ACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|14 : tattagatactgtgaa-A---AC----AACAATTA------CAGAATA---T--TAAACATAC-A--G--G-GTCTGTAACAATAGTTACA---GA----A--T----------------A----T-TACACATACAGGGACT-GCA--------ACA-----ACAGCTACAG-------------A-----------A-TAT--TATAT--ATACATAG-A-CT-GTAACAACAGCT---gttacatactgatgtat
gi|24 : tactgtgactgc-A---AC----AACAGCTA------CATAATA---T--AGCATATAA-T--T--A-AACAATAACAACA--AATA----A----A--G----------------A-ATAT-TACACACATCAAAACC-ATA--------AAA-----ACAtcatactgttattatataa
gi|26 : ataaactacagcaat-A---AC----AACAGTTA------CAGAATA---T--TAAACATACAT--G--G-AC-TGTAACAACAGCAAC-----A----G--T------------------ATAC-TACATATTTGAGGACT-ATA--------ACA-----at
gi|21 : gactgt-A---AC----AACATTTA------CAGAATA---T--TAAACATAC-A--G--G-GACTGTAGCAACATTTAC----CG----A--T-------------------TAT-TAGACATACAGGGACT--TA--------ACA-----ACAGTTACAGG------------------------A-TAT--TAAAC--ATACAGGG-A-CT-GTtttaa
gi|28 : tc-A---AC----AACAGCTA------CAGAATA---T--TATATAGAC-A--G--C-ACCTGTAACAACAGCAATA---TA----
gi|7 : attgt---AG----AACAGTTA------CAGAATA---T--TACAC-TACAC--A--A-ACT-GTAACAACAGCCACA---TA-------C----------------A-AT---TATATATACAGAGACT-GTA--------ACA-----ACAGTCAGAAATCGAA-----A-----------------------AC--ATACAGAG-A-CT-GCAACAACAGTTTCAG---AATAT-TAT---G---------------T-----ATA----C--AG----AG---C---------CTGTAACAACAGCTACA-------T--A-----CA----G----AG--AC-TG-------------CAACAAC-AGTTAC-A---GA-----ATA-----GTA-TGTATACA-GA----GC---C---T--------------G-T-AAC-AACA--G--C---TA-C-----A-TAA-------T--AT--T-ATATA-c
gi|5 : agagactgtc----AACAGTCA------CAGAATA---T--TACATAGAC-T--G---------CAACAAAAGTGAC----------A--G----------------A-ATAT-TACACATACACAGATT-ACA--------ACA-----ACA-----GTTACATA-----GTA-----------T-TGT--TACAT--------AG-A-CT-GCAACAACTGTA---A---CATAA-TGT---TACA------------C-----ATA----C---AT--AAA---CAA---A---CTGTAACAACAGTTACAAAA-TATT--A-----AA----T----AT--AT-TA-AA-TAT--ACACTGACTGC-AGTAAC-AGT-TACAGACAGA-----ATA-T---TACA-CA----GA---C---T--------------G-C-AAC-AAAA--G--T---TA-C-----A-GAA-------T--GTGAA-ACAT---T----CACAT-A----C-T--G------CA--ACA---A---CAG-------TTA--------G--A----------GAACAA-----------------TACAT-----AGAC---TG--CAA-A-A-A----CATTTACAATA---------T-AT------TA----C----AC-AT---A---C--A------CAA---A---CTGC---------------ACCAACAGTT-AC-C--AA--AAA---T-TACAGAA-TAT-------T---AC--AC-------CA---A--CT-A-CAACA-------ACAGTTACA-GA----A------------------------TA-TA---C--------AC-----A----G---ACTG----T---T-----AT-AA--TAATTAAAGAA-TA----T--ta
gi|19 : actgcagcGTTA------CAAAATA---TAATACACTTAG-A--G--A-A--TGTAACAACAGCTACA---GA----ATTT----------------A-ATAT----ACATA--AAGACT-GTA--------ACA-----A-------TGGTTACA-----A-A-----------A-TATTCTACAC--ATA--GAG-A-AT-GAAACACCAGt
gi|8 : ttCTA------CAGAATA---T--TACATATAT-T--A--A-GACAATAACAACAACTACA---GA----A--T----------------A--TA---ACACAGACTGAAA---AAA--------GTA-----ACTACCACTGCAGA---------------------A-TTT--TACAC--ATATAGAG-A-TT-GTAACAATAGAT---A---CAGAA-TAT---TACA-T----A---T-TCTGAAATA----G--TAA--CAA---T-A---A---CTATAAAA-----TATT------TC--A-----CA----A--------AC-TA-AG-AAT--G---TAACAAC-AACTAC-A---GA-----ATA---------T---TACA-CA----TA---C---T--G---A-GA-T--A-G-TAC-AGCA--gt
gi|3 : aGAATA---T--TACAGATAC-T--G--A-GCTTAGAACAACAGCAACA---TA----A--T----------------A-ATAT-TACACATACTCAGACT-ATACTGAGCTTATA-----ACAACAGAAAC--ATA-----ATA-----------A-TAT--TACAA--ATACTAAT-A-CT-ATAACAACGGTA---A---AATAA-TAT---AACA-T----A-ATT-T-----ATA----C--TGT--TAA---C-A---A---CTAT---AACAGCAACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--AC-TGCAA-CT---A---TAACAAT-AGCT-------TG-----AAA-----ATA-T---TACA-TA----TA---C---T--G---C-AA-C--AAT-AAC-AATA--C--T---AT-ATGACTA-TAACAGCAACT--AC--A-GCATA-------T-TAC-A----C-GAAGT---------ATG---A---C---------TTA--------A--AC-A-A--CAGCTATAA---------AATG---TTACAC-----ATTC---TA--AAA-C-T-A----TA---ACAACAGCTACTGA---AT------TTAA--C----AT-AT---A---A-TG------C-A---T---CTAT---------------AACAACAGCT-TC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------C---AT--ACT--G----G---G--CT-A----CA-------AAAGCTACA-GA----ATATTACACA-T--ACTGAG-AC--TA-CA---ATTGCTATTAC-----A----T---G-------T---AGTGAGACTAAGGCAGATATAAAT-TA----T--T-ACA-C--------ATACCG---AG---AC-T-A--TAAC--A-A-C-AGCC---ACAGAATT---TTACA----CA-------T------AC-C------------AA--ATT------------T-A-----T--AACA-ACAcataacacat
gi|13 : AATA---T--TATATATAC-T--A--A-GTCTTTAACAACAGCTACA---GA----A--T----------------A-GCAT-TATACAGACAGGGACT-GTA--------ACA-----ACAGCTACAG-----A-----ATA-----------G-CAT--TATAC--AGACAGGG-C-CT-GTAACAACAGCT---A---CAGAA-TAT---AATA-C----A-TAT-T-----G-A--------GT------------------CTATAACAACAGTTACAGAATAATcgaacaga
gi|9 : TA---T--TACACATAC-A--G--GTACT-GTAACAACAGTTACA---------A-------------------A-ATAT-TACACATACACGGACT-GTA--------ACA-----ACAAAAACAG-------------A-----------A-TAT--TACAA--AC-CCAGG-ACCT-CTAACATCAGTT---A---CATAA-TATAGCGACAGTTACAA-AAT-T-----TTA----C---AT--TTA---C-AGAGA---CTGTAACAACA-GTA-AGA-------------------------GT--TT-TT-TA-CTT-----------AC-AGAAACTG---TA-----ATA-----ACAGT---TACAGAA----TA-------T--A---A-AA-C--A-T-AAatatagacagaga
gi|12 : atA---T--TACATATAT-T--G--G-GACTATAACAACAGCTAC----------A--G----------------A-CTAT-TACATATACT------------------ACA-----ACA----------ATA-----ATA-----------ACTAT--GACAT--ATACTGAA-A-CT-ATAACAACAGCT---A---CAGAC-TAT---GAC-----------C-T-----ATA----C--TG---------C-A---A---ATATAACAACAGTTACAGAC-TATG--A-----CATACTGTGACGTACAC-TG-TG-ACT--A---TAACAAC-Aagcga
gi|20 : ATAC-T--GTGA-A--TATAATAACAGCTACA---GA----A--T----------------A----T-TACATATGCTGCAATT-ATA--------ACA-----ACAATTACAGAC----------TG-----------A-TGT---------ATACTGCG-A-CT-ATAACAACAGTT---A---CATA
gi|24 : tattagATAACAACAGCTACA---TA----A--T----------------A--TA---GCATATAATTAAACA-ATA--------ACA-----ACAAATA--------A-----AGA-----------A-TAT--TACAC--ACATCAAA-A-CC-ATAAAAACAATctgatgtat
gi|14 : ataaactacagcaCAACAACAAT----TAC---A--G----------------A-ATAT-TAAACATACAGGGTCT-GTA--------ACA-----ATAGTTACAG-------------A-----------A-TAT--TACAC--ATACAGGG-A-CT-GCAACAACAGCT---A---CAGAA-TAT---TATA-T----A-TACAT-----AGA----C--TG---TAA---C-A---A---C
gi|16 : tactgtgactg----A--T----------------A-CTAT-TATATATACCGGGACT-GTA--------ACA-----ACAGCTA--------A-----ATA-----------T-TAT--TATAT--ATACCGGG-A-CT-ATTACAACAGagcttcatactgttattatataa
gi|13 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaaggtaaaatatttac----------------A-ATAT-TATATATACTAAGTCT-TTA--------ACA-----ACAGCTACAG-----A-----ATA-----------G-CAT--TATAC--AGACAGGG-A-CT-GTAACAACAGCT---A---CAGAA-TA-----GCA-T----------T-----ATA----C--AG-----A---C-A---GGGCCTGTAACAACAGCTACAGAA-TATA--A-----TA----C----AT--AT-TG-AG-TCT--A---TAACAAC-AGTTAC-A---GA-----ATA-----ATA-T---c
gi|12 : AT-TACATATATTGGGACT-ATA--------ACA-----ACAGCTACAGAC-------------------------TAT--TACAT--ATACT------------ACAACAAT--------AATAACTAT---GACA------------T-----ATA----C--TG----A------A---A---CTATAACAACAGCTACAGAC-TATG--A-----CC----T----AT--AC-TG-CA-AAT--A---TAACAAC-AGTTAC-AGACTATGAC-ATA-----CTG-T---GACG-TA----CA---C---T--G---T-GA-CT-A-T-AAC-AACA--atagacagaga
gi|17 : ACATACAGGGACT-GCA--------ACA-----ATAGTTAC-------------ATA-----------A-TAT--TACAT--ATACTGAG-A-CT-GTAACAGCCGCT---A---CAGAA-TAT----ATA-T----A-TAT-
gi|20 : ATACTGTGAAT-ATA--------ATA-----ACAGCTACAG-------------A-----------A-TAT--TACAT--ATGCTGCA-A-TT-ATAACAACAATT---A---CA----------GAC--T----G-ATG-T-----ATA----C--TG---------C-G---A---CTATAACAACAGTTACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacaacagcatc
gi|14 : tattagTACTGTGACT-GCA--------ACA-----ACAATTACAG-------------A-----------A-TAT--TAAAC--ATACAGGG-T-CT-GTAACAATAGTT---A---CAGAA-TAT---TACA-C----A------------TA----C--------AG---G-G---A---CTGCAACAACAGCTACAGAA-TATT--A-----TA----T----AT--AC-AT-AG-ACT--G---TAACAAC-AGCTTC-A---TA-----CTG-----TTA-T---TATA-tactgatgtat
gi|15 : AGACT-AAA--------ACA-----TCAGCTACAG-------------A-----------A-TAT--TATGC--ATACTGAG-A-TA-ATAACAACGCCT---A---CAAAA-TAT---TACA-T----ATAAT-G-----A----------------------G---A---CTATGACATCAGCTACAGAA-TGGT--A-----CA----C----AT--AC-TA-AGACTG--A---TAACAAC-AGCTA-------A-----AGA-----ATA-T---TTCA-taa
gi|2 : acagGACT-ATA--------ACA------------TTAGCTACA-----A-A-----------A-TAT--TACAT--ATACTAAG-A-AT-ATAACAATAGCA---A---CAGAA-TAT---TACA------------T-----ATA----C--TG---------C-G---A---CCAT---AACA---ATAG------C--A-----TA---------AT--A----------T--A---AAACAAT-AGCAAC------------ATA-----ATA-T---GACA-TA----TA---C---T--G---T-GA-CT-A-T-AAC-ATTAT-C--T---AA-A-----A--AA-------T--AT--T-ACAT-----------AT-A----C-----------TA--AGA---A---T---------ATA--------A---C-A-A--TAGCAACAG---------AATA---TTACAT-----ATAC---TG--CGA-C-C-A----TA---ACAATAG
gi|16 : c-----ATA-----------C-TAT--TATAT--ATACCGGG-A-CT-GTAACAACAGCT---A---AATAT-TAT-----TA-T----A-----T-----ATA----C--CG---------G-G---A---CTATTACAACAGcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|6 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaaggtaaaatatttac-----ATA-----------A-TAT--TATAC--ATATAGAG-A-CT-GTAACAATAATT---G---TATAA-TAT---TACA-C----A-----T-----ATAGAGGC--TGT--TA--------------CTGT------AGCTGAAGAA-TATTTAA-----CA----T----AT--A--TG-GG-CTCTAA---TAACAACTAG--AC-A---CT-----ATT-----ATA-T---TATATTA----TATTTC---T--------------G-T-AAC-AACA--GC-T---GG-A-----A-TAG----------AT--A-ACTCA---------TAT-A----CGT--G------CA--AGG---G---C---------TTT--------A--AC-A-A--CAGCTACGA---------AATA---TTTCAC-----ATATAGGGG--CTC-C-T-C----TA---ATTACAGCTAGATAAT-AT------CA----T----AT-AT---A---A-AG------A-G---G---CTAA---------------AACAACACCT-AA-A--GA--ATC---T-T-----A-CAc
gi|8 : aattatA-----------A-TAT--TACAT--ATATTAAG-A-CA-ATAACAACAACT---A---CAGAA-TAT---AACA-C----A-G-----------A----C--TGA--AAAAAGT-A---A---CTAC-----CA-CTGCAGAA-TTTT--A-----CA----C----AT--AT-AG-AG-ATT--G---TAACAAT-AG-----A---TAC----AGA-----ATA-T---TACA-TA----TT---C---T--G---A---------------AATA--G--T---AACA-----A-TAAC------T--AT--A-AAATA-TT----T-CAC-A----A----AC-----TA--AGA---A---T---------GT---------A--AC-A-A--CAACTACAG---------AATA---TTACAC-----ATAC---TG--gataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|13 : actacagA-----------A-TAT--TATAT--ATACTAAG-T-CT-TTAACAACAGCT---A---CAGAA-TA-----GCA-T----------T-----ATA----C--AGA--CAG---G-G---A---CTGTAACAACAGCTACAGAA-TAGC--ATTATACA----G--------AC-AG-GG-CCT--G---TAACAAC-AGCTAC-A---GA-----ATA------TA-A---TACA-------TA---T---T--G---A-GT-CT-A-T-AAC-AACA--G--TTACAG-A-----A-TAA-------T--AT--A-agatagtacagcacataacacat
gi|9 : -TAT--TACAC--ATAC-AGGTA-CT-GTAACAACAGTT---A---CAAAA-TAT---TACA-C----A-----T-----ACA----C--GG---------------A---CTGTAACAACAAAAACAGAA-TATT--A-----CA----A----AC--CC-AG-GA-CCT--C---TAACATC-AGTTAC-A---TA-----ATATAGCGACAGT---TACA-AAATTTTA---CATTT--ACAGA-GA-CT-G-T-AAC-AACA--G--T---AA-G--------AG-------T---------------T----T-TTT-A----C-T--TA-----CA--GAA---A---C---------TGT--------A--AT-A-A--CAGTTACAG---------AATA---TAAAAC-----ATAtagacagaga
gi|20 : at--ATACTGTG-A-AT-ATAATAACAGCT---A---CAGAA-TAT---TACA-T----A------------TG----C--TG---------C-A---A---TTATAACAACAATTACAGAC---TG--A-----TG----T----AT--AC-TG-CG-ACT--A---TAACAAC-AGTTAC-A---TA-----CTG-----ATG-T---aagcga
gi|15 : tattagAG-A-CT-AAAACATCAGCT---A---CAGAA-TAT-----TA-T----G-----C-----ATA----C--TGAGATAA---T-A---A---C------AACGCCTACAAAA-TATT--A-----CA----T----AT--AA-TG-AG-ACT--A---TGACATC-AGCTAC-A---GA-----ATG-----GTA-------CA-CA----TA---C---T--A---A-GA-CTGA-T-AAC-AACA--G--C---TA-A-----A-GAA-------T--AT--at
gi|4 : acagG-G-CT-ATAACAACAATT---A---AATAA-TAT---AACA-T----G-AAT-T-----ATG----C--TGT--TAA---C-A---A---CTATAACAACAGGAACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--AC-TGCAA-C-T--A---TAACAAT-AGC--------TAG----AGA-----ATA-T---TACA-TA----TA---C---T--G---C-AA-CA-A-T-AAC-AACA--G--C---TG-C-----A-GAA-------T--AT--T-ACACA-A--------AA-A---------GT-----GA----G---A---C---------TAT--------A--AC-A-A--CAGCTACAC---------AATA---TTACAC-----AAAA---TA--CGA-TGT-T----TA---ACAACAGCTATAGAAT-GT------TA----C----AC-AT---A---C-TG------A-G---A---CT------------------ACAAAAGCT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------C---AT--ACC--G---AG---A--CT-A--A--A-------ATTGCTATT-GC----A------------------------TA-TA---G--------TG-----A----G---AC------T---A-----A--GA--CATATACAAAT-TA----T--T-ACA-C--------ATACCG---AG---AC-T-A--TAAC--A-A-C-AGCC---ACGGAATA---GTACA----CA-------T------AC-C------------A------A----G----ATT-A-----T--AACA-ACACTAACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------CATAC-TGAGAC-TA-C--AACAACAGA-AACA---G---AA--T---AT--TACA----ttca
gi|20 : -----ATA----C--TGT--GAA--------------TATAATAACAGCTACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--GC-TG-CA-ATT--A---TAACAAC-AATTAC-A---GA-----CTG-----ATG-T---------A----TA---C---T--G---C-GA-CT-A-T-AAC-AACA--G--T---TA-C-----A-TAtcagac
gi|7 : tattag---A---CTGTCAGAACAGTTACAGAA-TATT--A-----CA----C-----T--ACACA-AA-CT---G---TAACAAC-AGCCAC-A---TA------CA-----AT------TATA-TA----TA---C---A--G---A-GA-CT-G-T-AAC-AACA--G--T---CA-G-----A--AA-------TCGAA--A-ACATA------------------------------CA--GAG---A---C---------TGC--------A--AC-A-A--CAGTTTCAG---------AATA---TTATGT-----ATAC---AG--AGC-C-T-G----TA---ACAACAGCTACA---T-A-------------C----AG-AG---A---C-TG------C-A---A---C---------------------AACAGTT-AC-A--GA--ATA---G-T-----A-TGT-------A---T---ACA--G---AG---C--CT-G-TAACA-------ACAGCTACA-TA----A--------ctgatgtat
gi|5 : agagAACAGTCACAGAA-TATT--A-----CA----T----AG--AC-TG-------------CAACAAA-AGTGAC-A---GA-----ATA---------T---TACA-CA----TA---C---A--C---A-GA-TT-A-C-AAC-AACA--G--T---TA-C-----A-TAG-------T--AT-----------------------------T--GT-----TAC-ATAG--A---C---------TGC--------A--AC-A-A--CTGTAACAT---------AATG---TTACAC-----ATACA--TAAACAAAC-T-G----TA---ACAACAGTTACAAAAT-AT------TA----A----AT-AT---A---T-TAAATATAC-ACTGA---CTGC---------------AGTAACAGTT-AC-AGACAGAATA---T-T-----A-CAC-------A---G---ACT--G---CA---A--C--------A-------AAAGTTACA-GA----A------------------------TG-TG---A--------AACATTCA----C---A-------T---ACTGCAAC-AA--CAGTTAGAGAA-CA---------ATA-C--------A---TA---GA---CT---G--CAAA--A-A-C-ATTT---ACAATATA---TTACA----CA-------T------ACAC------------AA--ACTG----C----ACC-AACAGTT--ACCA-AAAATTACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------C-------CAAC-TA-C--AACAACAGT-TACA---G---AA--T---A---TACA----CA-----------------G---A---C------T-------GT----T----AT---A---AT---A---AT---T-AA-AGAAT---AT-T---tattatatata
gi|8 : actgcagcTACAGAA-TATT--A-----CA----T----AT--AT-TA-AG-ACA--A---TAACAAC-AACTAC-A---GA-----AT------ATA------ACA-CA----GA---C---TGAA---A-AA-A--G-T-AACTACCACTG--C---AG-A-----A-T---------T--TT--ACACAT--AT----A-GAG-A----T-T--GT----------------------------------------A--AC-A-A--TAGATACAG---------AATA---TTACAT-----ATTC---TG--AAA-T-A-G----TA---ACAATAACTATAAAAT-AT------TT----C----AC-AA---A---C-TA------A-G---A---ATGT---------------AACAACAACT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------C---AT--ACT--G---
gi|13 : acAA-TATT--A-----TA----T----AT--AC-TA-AG-TCT--T---TAACAAC-AGCTAC-A---GA-----ATA-----GCA-T---TATA-CA----GA---C---A--G---G-GA-CT-G-T-AAC-AACA--G--C---TA-C-----A-GAA-------T--A-----GCAT----------TAT-A----C-A--G----------ACA---GGGCC---------TGT--------A--AC-A-A--CAGCTACAG---------AATA---TAATAC-----ATAT---TG--AGT-C-T-A----TA---ACAACAGTTACAGAAT-AA------T----------AT-AT---A---agatagtacagcacataacacat
gi|12 : ATT--A-----CA----T----AT--AT-TG-GG-ACT--A---TAACAAC-AGCTAC-A---GA-----CTA---------T---TACA-TA----TA---C---T--A-----------------C-AACA--A--T---AA---------TAAC------T--AT--G-ACATA-----------T-A----C-T--G----------A-A---A---C---------TAT--------A--AC-A-A--CAGCTACAG---------ACTA---TGACCT-----ATAC---TG--CAA-A-T-A----TA---ACAACAGTTACAGACT-ATGACATACTGTGAC----GT-AC---A---C-TG------T-G---A---CTAT---------------AACAACAgacagaga
gi|9 : --A-----CA----G----GT--AC-TG-------------TAACAAC-AGTTAC-A----------A-A-----ATA-T---TACA-CA----TA---C---A--C---G-GA-CT-G-T-AAC-AACA--A--A---AA-C-----A-GAA-------T--AT--T-ACA-A-AC----C-CAGGA----C-C--TC-----TA--ACATC-A---G---------TTACATAATATA--GC-G-A--CAGTTACAA---------AATT---TTACAT-----TTAC---AG--AGA-C-T-G----TA---ACAACAGTAAGAG--T-TT------TT----T----AC-TT---A---C-AG------A-A---A---CTGT---------------AATAACAGTT-AC-A--GA--ATA---T-
gi|3 : attattacacatT--AC-TG-AG-CTT--A---TAACAAC-AGAAAC-A---TA-----ATA-----ATA-T---TACA-AA----TA---C---T--A---A-TA-CT-A-T-AAC-AACG--G--T---AA-A-----A-TAA-------T--AT--A-ACATA-AT----T-TAT-A----C-T--GT-----TA--ACA---A---C---------T-------------AT-A-A--CAGCAACAG---------AATA---TTACAT-----ATAC---TG--CAA-C-T-A----TA---ACAATAGCTTGAAAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TG------C-A---A---C------------------AATAACA----AT-A--CT--ATA---T-G-----ACTAT-----------A---ACA--G---CA---A--CT-A-CAGC--------ATA-TTACACGA----A--------G-T--AT---G-AC--T--TA----------------------------------------A-----AC-AA--CAGCTATAAAA-TG----T--T-ACA-C--------ATTCTA---AA---AC-T-A--TAAC--A-A-C-AGCT---ACTGAATT---TAACA----TA-------T------AA-T------------GC--AT------------CT-A-----T--AACA-ACAGCTTCA-------------GAA-T-------A---TTACA----------CATAC-TG-GGC----T---ACAAAAGC-TACA---G---AA--T---AT--TACA----CA-----T---------------A---C------T-------GAG-ACT----AC---A---AT---T---GC---T-A-------------T---T-A---CAT-G--TAGT-G-A-GA------CT---A-AGGCA--------------------GATA-TAAATTATTACACATACCG--AGACTATAACaaaacataaagcga
gi|15 : gaatattacagatactgagcttagaacaacagcaacataataatattacacatactcagacta--AC-AG-AG-ACT--A---AAACATC-AGCTAC-A---GA-----ATA---------T---TATG-CA----TA---C---T--G---A-GA-T--AAT-AAC-AAC---GCCT---AC-A-----A--AA-------T--AT--T-ACATATAA----T-GAG-A----C-T--AT----------------------------------------G--AC-A-T--CAGCTACAG---------AATG---GTACAC-----ATAC---TA--AGA-C-TGA----TA---ACAACAGCTAAAGAAT-AT------TT----C----Aaacagccacagaattttacacataccaaatttataacaacacgaacaga
gi|2 : T--A---TAACATT-AGCTAC-A----------A-A-----ATA-T---TACA-TA----TA---C---T--A---A-GAAT--A-T-AAC-AATA--G--C---AA-C-----A-GAA-------T--AT--T-ACATA-----------T-A----C-T--GCGACCATA--ACA---A---TAGCATAATATAA--------A--AC-A-A--TAGCAACAT---------AATA---TGACAT-----ATAC---TG--TGA-C-T-A----TA---ACATTATCTAAAAAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TA------A-G---A---ATAT---------------AACAATAGCA-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CAT-------A---T---ACT--G---CG---A--CC-A-TAACA-------ATAGC
gi|11 : cgac---TAATAAC-AGC--------TAG----AGA-----ATA-T---TACA-TA----TA-------T--A---ACGG-C--AGT-AAT-AATA--G--C---GA-G-----A-GAA-------T--AT--T-ACATA---------TAT-AA---C-G--GCAG---TA--ATA---A---N---------NNN--------N--NN-N-NNGCAGTAATAATAGCGAGAGAATA---TTACAT-----ATAT---AA--CGG-C-A-G----TA---ATAACAGCTAGAGAAT-AT------TC----C----AT-ATATAA---C-GG------C-----A---TT-----------------AATAATAGCG-AG-A--GA--ATA---T-TCC---A-TAT-------ataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|8 : A-----ATA-T---TACA-TA----TA---T---T--A---A-GA-C--AAT-AAC-AACA--A--C---TA-C-----A-GAA-------T--AT--A-ACACA-G-----------A----C-T--G-------A--AAA---A---A---------GTA--------ACTAC-C-A--CTG---CAG---------AATT---TTACAC-----ATAT---AG--AGA-T-T-G----TA---ACAATAGATACAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---T---C-TG--------A---A---ATAGT--------------AACAATAACT-AT-A--AA--ATA---T-T-----T-CAC-------A---A---ACT--A---AG---A--AT-G-TAACA-------ACAACTACA-GA----AT-------ATT--A----C-AC---A-TA---C--------TG-----A----G---A-------T---A-----G----------TACAGCA-CA----T--A-ACA-C--------Aa
gi|12 : actacagA-T---TACA-TA----TA---T---T--G---G-GA-CT-A-T-AAC-AACA--G--C---TA-C-----A-GAC-------T--AT--T-ACATA-----------T-A----C-T-------------ACA---A---C--------------------A--AT-A-A--TA---AC-------------TA---TGACAT-----ATAC---TG--AAA-C-T-A----TA---ACAACAGCTACAGACT-AT------GA----C----CT-AT---A---C-TG------C-A---A---ATAT---------------AACAACAGTT-AC-A--GA--CTA---T-G-----A-CATACTGTGAC---GTACACT--G---TG---A--CT-A-TAACA-------ACAt
gi|15 : ACA-GA----GA---C---T--A---A-AA-C--A-TCAGC-TACA--G---------A-----A-TAT-------T--AT--G---------------CAT-A----C-T--G-------AG-ATA---A---T--------------------A--AC-A-A--CGCCTACAA---------AATA---TTACAT-----ATAA---TG--AGA-C-T-A----TG---ACATCAGCTACAGAAT-GG------TA----C----AC-AT---A---C-TA------A-G---A---CTGAT--------------AACAACAGCT-AA-A--GA--ATA---T-T-----
gi|14 : ----TA---C---T--G---T-GA-CT-G-C-AAC-AACA--A--T---TA-C-----A-GAA-------T--ATTAA-ACATA-----------C-AGGGTC-T--GT----------------------------------------A--AC-A-A--TAGTTACAG---------AATA---TTACAC-----ATAC---AG--GGA-C-T-G----CA---ACAACAGCTACAGAAT-AT------TA----T----AT-AT---A---C-AT------A-G---A---CTGT---------------AACAACAGCT-TC-A--TA--CTG---T-T-----A-Ttca
gi|4 : --A-T-AAC-AACA--A--T---TA-A-----A-TAA-------T--AT--A-ACATG-AA----T-TAT-G----C-T--GT-----TA--ACA---A---C---------TAT--------A--AC-A-A--CAGGAACAG---------AATA---TTACAT-----ATAC---TG--CAA-C-T-A----TA---ACAATAGCTAGAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TG------C-A---A---CAAT---------------AACAACAGCT-GC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------CAAAA---AGT--G---AG---A--CT-A-TAACA-------ACAGCTACA--C----A--------A-T---------AT--TA-CAC--A--------AA-----ATAC-G---ATGTT---T---A-----AC-AA--CAGCTATAGAA-TG----T--T-ACA-C--------ATACTG---AG---AC-T-A--CAAA--------AGCT---ACAGAATA---TTACA----CA-------T------AC-CG-----------AG--ACTAAAATT----GCT-A-----T--TGCATATAGTGAGACTAAGACATATACAAATT-------A---TTACA----------CATAC-CGAGAC-TA-T--AACAACAGC-CACG---G---AA--T---AG--TACA----CA-----T---------------A---C------C-------AAG-ATT----AT---A---AC---AAC-AC---TAAC-AGAAT---AT-TA--C-A---CAT-A--C--T-G-A-GA------CT---A-CAACAACAGA-------AACAG---AATA-T---T--------ACA-TC--AGACtatataa
gi|13 : ggct--A-ATATT-AT----A-TAT-A----C-TAAGT-------------------C---------TTT--------A--AC-A-A--CAGCTACAG---------AATAGCATTATAC-----AGAC---AG--GGA-C-T-G----TA---ACAACAGCTACAGAAT-AG------------C----ATTAT---A---C-AGA-----C-A---GGGCCTGT---------------AACAACAGCT-AC-A--GA--ATA---T-A-----A-TA--------C---AT--ATT--G---AG---T--CT-A-TAACA-------ACAGTTACA-GAAT--A--------A-T--A----------TA-TA---G--------AC-----A----G---A-------
gi|7 : -ACAGA-ATA---T-TAC-A----C-T--AC---------ACA---AA--C---------TGT--------A--AC-A-A--CAGCCACAT---------ACAA---TTATAT-----ATAC---AG--AGA-C-T-G----TA---ACAACAGTCAGAAA------------T----CGAAAAC-AT---A---C-AG------A-G---A---CTGC---------------AACAACAGTT-TC-A--GA--ATA---T-T-----A-TGT-------A---T---ACA--G---AG---C--CT-G-TAACA-------ACAGCTACA-TA----C--------A-G--A----G-AC--T--------------------------------G-------C---A-----AC-AA--CAGTTACAGAA-TAG---T--ATGTA-T--------AC---A---GA---GC-CTG--TAAC--A-A-C-AGCT---ACATAATA---TTATA----TA-------T------Aga
gi|20 : agagactgtcagaacagttAT-A----C-T--GT-----GA--ATA------------------TA--------A---T-A-A--CAGCTACAG---------AATA---TTACAT-----ATGC---TG--CAA-T-T-A----TA---ACAACAATTACAGACTGAT-----------------GT-AT---A---C-TG------C-G---A---CTAT---------------AACAACAGTT-AC-A--TA--CTG---A-T-----G-TAT-------
gi|14 : tattagT-A----C-T--GT-----------G---A---C---------TGC--------A--AC-A-A--CAATTACAG---------AATA---TTAAAC-----ATAC---AG--GGT-C-T-G----TA---ACAATAGTTACAGAAT-AT------TA----C----AC-AT---A---C-AG------G-G---A---CTGC---------------AACAACAGCT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-TAT-----------A-----T--A---CATAGA--CT-G-TAACA-------ACAGCTTCA-
gi|15 : ---A---C---------TAA--------A--AC-A-T--CAGCTACAG---------AATA---TTATGC-----ATAC---TG--AGA-T-A-A----TA---ACAACGCCTACAAAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---A-TG------A-G---A---CTAT---------------GACATCAGCT-AC-A--GA--ATG---G-T-----A-CA--------C---AT--ACT--A---AG---A--CTGA-TAACA-------ACAGCTAAA-GA----A--------tactgttattatataa
gi|5 : acagag--------A--GC-A-A--CAGTCACAG---------AATA---TTACAT-----AGAC---TG--C-------------A---ACAAAAGTGACAGAAT-AT------TA----C----AC-AT---A---C--A------C-AG--A---TTAC---------------AACAACAGTT-AC-A--TA--GTATTGT-T-----A-CAT-------A---G---ACT--GCAACA---A--CT-G-TAACATAATGTTACACATACA-TA----A--------A-C--A----A-AC--T--------------------------------G-------T---A-----AC-AA--CAGTTACAAAA-TA----T--T-AAA-T--------ATATTA---AAT--ATAC-AC-TGAC--T-G-C-AGTA---ACAG-------TTACA----GA-------C------AG-A------------AT--ATTA----CACAGACT-G-----C--AACA-AAAGTTACA-------------GAA-TGTGAAACA---TT-CA----------CATAC-TGC----------AACAACAGT-TAGA---G---AA--C---AA--TACA----TA-----------------G---A---C------T-------GCA-A------A----A---AC---A---TT---T-AC-AATAT---AT-TA--C-A---CAT-A--C--A-C-A-AA------CTGCAC-CAACAGTTACCAAAAATTACAG---AATA-T---T--------ACACC----AACTACAACtatttca
gi|11 : actgc--------A--AT-A-A--CAGCTAGAG---------AATA---TTACAT-----ATAT---AA--CGG-C-A-G----TA---ATAATAGCGAGAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---ATAAC-GG------C-AGT-A---ATAANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AG-A--GA--ATA---T-T-----A-CATATA----T---A---ACG--G---CA---G-------TAATA-------ACAGCTAGA-G-----A--------A-T--A----T-TCCATA-TA---T--------AA-----C----G---GCAT----T---A-----AT-AA--TAGCGAGAGAA-TA----T--aacagttacagaatatacacagactgttataataattaaagaatatt
gi|21 : t--------A--AC-A-A--CATTTACAG---------AATA---TTAAAC-----ATAC---AG--GGA-C-T-G----TA---GCAACATTTACCGATT-AT------TA----G----AC-AT---A---C-AG------G-G---A---CT-T---------------AACAACAGTT-AC-A--GG--ATA---T-T-----A-tccatata
gi|22 : tc--AC-A-A--CA----CAG---------AATA---TTGTAT-----ATAC---AG--AGT-C-T-G----TT---ACAATAGCTACAGATT-AT------TA----T----AT-AT---A---C-AG------A-G---A---TTTT---------------AATAACAGCT-AT-A--GA--CTA---G-T-----A-TAT-------aacatacagggactgt
gi|16 : AACAA---------AACA---TTACTTTGTCAATGT---AG--CCA-C-A-AAAGGTA---A-AATATTTACATACT-AT------TA----T----AT-AT---A---C-CG------G-G---A---CTGT---------------AACAACAGCT-AA-A--TA--TTA---T-T-----A-TAT-------A---T---ACC--G---GG---A--CT-A-TTACA-------ACAGCatgcagagactgttaca
gi|9 : gttacagcatgtgatactatacaTA---TTACAC-----ATAC---AG--GTA-C-T-G----TA---ACAACAGTTACAAAAT-AT------TA----C----AC-AT---A---CACG--------G---A---CTGT---------------AACAACAAAA-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA------------A---ACCCAG---GA---C--CT-C-TAACA-------TCAGTTAC-----------------A-T--A-----------A-T-----------------------------A-------T---A-----GC-GA--CAGTTACAAAA-TT----T--T-ACA------------TTTACAGAG---AC-T-G--TAAC--A-A-C-AGTA---AGAGTTTT---TTAC----------------------T-T------------AC--A-GA----A----ACT-G-----T--AATA-ACAGTTACA-------------GAA-T-------A---TAAAA----------CATAA-AGCGA
gi|12 : atA---TTACAT-----ATAT---TG--GGA-C-T-A----TA---ACAACAGCTACAGACT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TA------C-A---A---C------------------AATAATAACT-ATGA--C---ATA---T---------------------------ACT--G---AA---A--CT-A-TAACA-------ACAGCTACA-GA----CT-------A-T--G----A-CC--TA-TACTGC--------AA-----A----T---A-------T---A-----AC-AA--CAGTTACAGAC-TA----T--G-ACA-T--------ACT
gi|17 : ACAT-----ACA-----G--GGA-C-T-G----CA---ACAATAGTTACATAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TG------A-G---A---CTGT---------------AACAGCCGCT-AC-A--GA--ATA---TAT-----A-TATA------T---N---NNN--N---NN---N--NN-N-NNNNN-------NNNNNNNNN-NN----N--------N-N--N----N-NN--NN-NN---N--------NN-----N----N---N-------T---A-----AC-AA--CAGgtgacgtacactgtgactataacaaca
gi|20 : -----ATAC---TG--TGA-A-T-A----TA---ATAACAGCTACAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---G---C-TG------C-A---A---TTAT---------------AACAACAATT-AC-A--GA--CTG---A-T-----G-TAT---------------ACT--G---CG---A--CT-A-TAACA-------ACAGTTACA-catc
gi|14 : tattagTAC---TG--TGA-C-T-G----CA---ACAACAATTACAGAAT-AT------TA----A----AC-AT---A---C-AG------G-G---T---CTGT---------------AACAATAGTT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA--------C---AT--ACA--G---GG---A--CT-G-CAACA-------ACAGCTACA-GA----ATATT----A-T--A----------TA-TA---C--------AT-----A----G---ACTG----T---A-----AC-AA--CAGCTtactgatgtat
gi|2 : --CGA-C-T-A----TA---ACATTAGCTACAAAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---C-TA------A-G---A---ATAT---------------AACAATAGCA-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CAT-------A---T---ACT--G---CG---A--CC-A-TAACA-------ATAGC--------------------A-T--A----A-----TA-TA---A--------AA-----C----A---A-------T---A-----GC-AA--CA-T-----AA-TA----T--G-ACA-TATACTGTGACTATA---AC---AT-T-ATCTAAA--A-A---------------ATA---TTACA----TA-------T------AC-T------------A------A----G----AAT-A-----T--AACA-ATAGCAACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATAC-TGCGAC-CA-T--AACAATAGC-ATAA---tcatactgttattatataa
gi|15 : A-C-T-A----AA---ACATCAGCTACAGAAT-AT------TA----T----GC-AT---A---C-TG------A-G---A----TAAT--------------AACAACGCCT-AC-A--AA--ATA---T-T-----A-CAT-------A---T---AAT--G---AG---A--CT-A-TGACA-------TCAGCTACA-GA----ATG------G-T--A----C-AC---A-TACT-A--------AG-----ACT--G---A-------T---A-----AC-AA--CAGCTAAAGAA-TA----T--tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|8 : acagagTACAGAAT-AT------TA----C----AT-AT---A---T-TA------A-G---A---CAAT---------------AACAACAACT-AC-A--GA--ATA---T-A-----A-CAC-------A---G---ACT--G---AA---A--AA-AGTAACT-------ACCACTGCA-GA----A--------T-TTTA----C-AC---A-TA---T--------AG-----A----G---A-------TTGTA-----AC-AA--TAGATACAGAA-TA----T--T-ACA-T--------ATTCTG---AA---AT-A-G--TAAC--A-A-T-AACT---ATAAAATA---TTTCA----CA-------A------AC-T------------A------A----G----AAT-G-----T--AACA-ACAACTACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------CATAC-TGAGAT-AG-T---ACAGCAttca
gi|13 : acT-AT------TA----T----AT-AT---A---C-T---------A---AGT-CTTT---------------AACAACAGCT-AC-A--GA--ATAGCAT-T-----A-TAC-------A---G---ACA--G---GG---A--CT-G-TAACA-------ACAGCTACA-GA----A----------T--A----GCAT--TA-TA---C--------AG-----A----C---AGGGCCTGT---A-----AC-AA--CAGCTACAGAA-TA----T--A-ATA-C--------ATATTG---AG---TC-T-A--TAAC--A-A-C-AGTT---ACAGAATA---ATATA----TA-------G------AC-cataacacat
gi|20 : aa-AT---A---C-TG------T-G---A---ATAT---------------AATAACAGCT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CAT-------A---T---GCT--G---CA---A--TT-A-TAACA-------ACAATTACA-GACTG-AT-------G-T--A----T-AC--TG-C-------------GA-----C----T---A-------T---A-----AC-AA--CAGTTAagaga
gi|11 : tattag---------------AATAACAGCT-AG-A--GA--ATA---T-T-----A-CATATA----T---A---ACG--G---CA---G-------TAATA-------ATAGCGAGA-GA----A------------------------TA-TT---A--------CAT----A----T---A-------T---A-----AC-GG--CAGT-----AA-TA-----------A-N--------NNNNNN---NN---NG-C-AG-TAAT--A-A-T-AGCG---AGAGAATA---TTACA-----------------------T------------AT--ATAA----C----GGC-AG----T--AATA-ACAGCTAGA-------------GAA-T-------A---TTCCA----------TATAT-AACGGC-AT-T--AATAATAGC-GAGA---G---AA--T---AT--TCCA----TA-----T---catactgatgtat
gi|21 : t---------------AACAACATTT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A--AA-------C---AT--ACA--G---GG---A--CT-G-TAGCA-------ACATTTACC-GATT--A--------T-T--A----G-AC---A-TA---C--------AG-----G----G---ACT-----T---A-----AC-AA--CAGTTACAGGA-TA----TTAA-ACA-T--------ACa
gi|28 : tc---------------AACAACAGCT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-TAT-------A---G---ACA--G---CA---C--CT-G-TAACA-------ACAGCagggactgt
gi|7 : attgtAACAGTT-AC-A--GA--ATA---T-T-----A-CA-----------------CT--A---CACAAA--CT-G-TAACA-------ACAGCCAC-----------------A-T--AC---A-AT--TA-TA------------------------T---A-------T---A------------CAG----AGAC-TG----T--A-ACAAC--------AGTCAG---AA---AT-C-G----AA--A-A-C-A------------------TACA----GA-------G------AC-T------------GC--A-------------------------AC-A-ACAGTTTCA-------------GAA-T-------A---TTATG----------TATAC-AGAGCC-TG-T--AACAACAGC----------------T---ACA-TACA----GA-----------------G---A---C------T-------GCA-AC----------A---AC---A---GT---T-AC-AGAAT---AG-TA--T-G---TAT-A--C--A-G-A-GC------CT---G-TAACAACAGC-------TACAT---AATA-TTA-T--------ATAaatatac
gi|19 : agagactgtcagGTT-AC-A--AA--ATA---T-A-----A-TAC---------------ACTTAG---AG---A--AT-G-TAACA-------ACAGCTACA-GAATTTA--------A-T--A----T-AC---A-TA---A--------AG-----ACT--G-----------T---A-----AC-AA--TGGTTACAAAA-TA----T--ta
gi|13 : ttA--ATA---T-T-----A-TAT-------A---T---ACT-------A---AGTCT-T-TAACA-------ACAGCTACA-G-----A--------A-T--A----GCAT--TA-TA---C--------AG-----ACAGGG---ACTG----T---A-----AC-AA--CAGCTACAGAA-TAGCATT--ATACA-G--------AC---A---GG---GC-CTG--TAAC--A-A-C-AGCT---ACAGAATA---TAATA----CA-------T------AT-T------------GA--GT------------CT-A-----T--AACA-ACAGTTACA-------------GAA-T-------A---ATATA----------TAGAC-tctacacatagagaatgaaacaccaggt
gi|12 : A---T-T-----A-CAT-------A---T---ATT--G---GG---A--CT-A-TAACA-------ACAGCTAC----------------------A----G-AC--TA-T----T--------AC-----A----T---A-------T---ACT---AC-AA--CAAT--AATAACTA----T--G-ACA-T--------ATACTG---AA---AC-T-A--TAAC--A-A-C-AGCT---ACAGACTA---TGACC----TA-------T------AC-T------------GC--A------------AAT-A-----T--AACA-ACAGTTACA-------------GAC-T-------A---TGACATACTGTGACGTACAC-TGTGAC-TA-T--AACAACAagaga
gi|24 : AT-------A---A---ACT--A---CA---G--CA-A-TAACA-------ACAGCTACA-TA----AT-------A-T--A----G-CA--TA-TA---ATT------AA-----AC---A---A-------T---A-----AC-AA--CAAATAAAGAA-TA----T--T-ACA-C--------ACATCA---AA---AC-C-A--TAAA--A-A-C-A
gi|14 : ---ACT--G---TG---A--CT-G-CAACA-------ACAATTACA-GA----AT-------A-TT-A----A-AC---A-TA---C--------AG-----G----GTCTG-------T---A-----AC-AA--TAGTTACAGAA-TA----T--T-ACA-C--------A---TA---CAGGGAC-T-G--CAAC--A-A-C-AGCT---ACAGAATA---TTATA----TA-------T------AC--------------A-----TA----G----ACT-G-----T--AACA-ACAGCTat
gi|15 : t---A--CT-A-AAACA-------TCAGCTACA-GA----ATATT----A-T--G----C-A---TACTG---A--------GA-----T----A---A-------T---A-----AC-AA--CGCCTACAAAA-TA----T--T-ACA-T--------ATAATG---AG---AC-T-A--TGAC--A-T-C-AGCT---ACAGAATG---GTACA----CA-------T------AC-T------------A------A----G----ACTGA-----T--AACA-ACAGCTAAA-------------GAA-T-------A---TTTCA----------tcatactgttattatataa
gi|8 : acagagCTACA-GA----ATATTAC--A-T--A----T-AT--TA------A--------GA-----C----A---A-------T---A-----AC-AA--CAACTACAGAA-TA----T--A-ACA-C--------AGACTG---AA---A--------AAAGTA-A-CTACCACT-GCAGAATT---TTACA----CA-------T------A----------------T--AG-A----G----ATT-G-----T--AACA-ATAGATACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATTC-TGAAAT-AG-T--AACAATAAC-TATA---A---AA--T---AT--TTCA----CA-----------------A---A---C------TAAGAAT-GTA-AC----------A---AC---A---AC---T-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---CAT-A--C--T-G-A-GA-------------TAG--------------TACAG---CACA-TAA
gi|12 : a---A-------T---A-----AC-AA--CAGCTACAGAC-TA----T--T-ACA-T--------ATACTA---CA---AC-A-A--TAAT--A-A-C--------------TA---TGACA----TA-------T------AC-T------------GA--A------------ACT-A-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAC-T-------A---TGACC----------TATAC-TGCAAA-TA-T--AACAACAGT-TACA---G---AC--T---AT--GACA----TA-----C---TGTGACGTAC--A---C------T-------GTG-ACT----AT---A---AC---A---AC---cacat
gi|2 : attacatatattgggact---A-------T---A-----AC-AT--TAGCTACAAAA-TA----T--T-ACA-T--------ATACTA---AG---AA-T-A--TAAC--A-A-T-AGCA---ACAGAATA---TTACA----TA-------T------AC-TGCGACCATAACAAT--AGCA----T----AAT-A-----TAAAACA-ATAGCAACA-------------TAA-T-------A---TGACA----------TATAC-TGTGAC-TA-T--AACATTATC-TAAA---A---AA--T---AT--TACA----TA-----T---------------A---C------T-------AAG-AAT----AT---A---ACAATA---GC---A-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---TAT-A--C--T-G-C-GA------CC---A-TAACAATAGC-------a
gi|13 : cgact-------T---A-----AC-AA--CAGCTACAGAA-TAGCATT--ATACA-G--------AC---A---GGG--AC-T-G--TAAC--A-A-C-AGCT---ACAGAATAGCATTATA----CA-------G------AC-A------------GG--GC------------CT-G-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------A---TAATA----------CATAT-TGAGTC-TA-T--AACAACAGT-TACA---G---AA--T---AA--TATA----TA-----ataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|9 : aatattatatatactaagtctt-------T---A-----AC-AA--CAGTTACAAAA-TA----T--T-ACA-C--------A---TA---CACGGAC-T-G--TAAC--A-A-C-AAAA---ACAGAATA---TTACAAACCCAGGACCTCT------AA-C------------ATCAGTTACA--T----AAT-A-----T--AGCG-ACAGTTACA-------------AAA-T-------T---TTACA----------TTTAC-AGAGAC-TG-T--AACAACAGT-AAGA---GTTTTT--T---ACT-TACA----GA-----------------A---A---C------T-------GTA--------AT---A---AC---A---GT---T-AC-AGAAT---AT-gacagaga
gi|11 : attattacacatacaggtactg-------T---A-----AT-AA--CAGCTAGAGAA-TA----T--T-ACA-T--------A-TATA---AC---GG-C-AG-TAAT--A-A-T-AGCG---AGAGAATA---TTACA----TA-------T-------------------------------------------A-----T--AACG-GCAGT------------------AA-T-------A-----ANN----------NNNNN-NNNG-C-AG-T--AATAATAGC-GAGA---G---AA--T---AT--TACA----TA-----T---A------TA---A---C------G-------GCA-GTA----AT---A---AC---A---GC---T-AG-AGAAT---AT-T---C-----CATAT--A--T-A-ACGG------CA---T-TAATAATAGC-------GAGAG---AATA-Taaaacataaagcga
gi|26 : -------T---A-----AC-AA--CAGTTACAGAA-TA----TTAA-ACA-T--------ACAT-----GG---AC-T-G--TAAC--A-A-C-AGCA---ACAGTATA---CTACA----TA-------TTTGAGGAC-T------------AT--Atccatata
gi|15 : gactg---A-----AC-AT--CAGCTACAGAA-TA----T--T-ATG-C--------ATACTG---AG---AT-A-A--TAAC--A-A-C-GCCT---ACAAAATA---TTACA----TA-------T------A-------------------ATGA----G----ACT-A-----T--GACA-TCAGCTACA-------------GAA-T-------G---GTACA----------CATAC-TAAGACTGA-T--AACAACAGC-TAAA---G---AA--T---AT--TTCA----acatttaa
gi|14 : acagagactaa---A-----AC-AA--CAATTACAGAA-TA----TTAA-ACA-T--------AC---A---GG---GT-CTG--TAAC--A-A-T-AGTT---ACAGAATA---TTACA----CA-------T------AC-A------------GG--G------------ACT-G-----C--AACA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------A---TTATA----------TATAC-ATAGAC-TG-T--AACAACAG
gi|24 : tactgtgactgc-A--TAAC--A-A-C-AGCT---ACATAATA---TAGCA----TA-------T------A-------------------ATTA----A----ACA-A-----T--AACA-ACAAATAAA-------------GAA-T-------A---TTACA----------CACAT-CAAAAC-CA-T--AAAAACAAT-cttcatactgttattatataa
gi|15 : ataaactacagca--TAAA--ACATC-AGCT---ACAGAATA---TTATG----CA-------T------AC-T------------GA--G--A----T----A---A-----T--AACA-ACGCCTACA-------------AAA-T-------A---TTACA----------TATAA-TGAGAC-TA-T--GACATCAGC-TACA---G---AA--T---GG--TACA----CA-----T---------------A---C------T-------AAG-ACTGATAAC---A---AC---A---GC---T-AA-AGAAT---AT-T---T-
gi|13 : acagagac--TAAC--A-A-C-AGCT---ACAGAATAGCATTATA----CA-------G------AC-A------------GG--G------------ACT-G-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------AGCATTATA----------CAGAC-AGGGCC-TG-T--AACAACAGC-TACA---G---AA--T---ATAATACA----TA-----T---T------GA---GT--C------T-------ATA-AC----------A---AC---A---GT---T-AC-AGAAT---Aca
gi|7 : aatattatatatactaagtcttAG--A-A-C-AGTT---ACAGAATA---TTACA----C--------T------AC--------------AC--A--A---------ACT-G-----T--AACA-ACAGCCACA-------------TAC-A-------A---TTATA----------TATAC-AGAGAC-TG-T--AACAACAGTCAGAAATCG---AA--A---ACA-TACA----GA-----------------G---A---C------T-------GCA-AC----------A---AC---A---GT---T-TC-AGAAT---AT-TA--T-G---TAT-A--C--A-G-A-GC------CT---G-TAACAACAGC-------TAC-----------------------ATACAG--AGACTGCAACatatatagacagaga
gi|21 : agagactgtc--A-A-C-AACATTTACAGAATA---TTAAA----CA-------T------AC-A------------GG--G------------ACT-G-----T--AGCA-ACATTTACC-------------GAT-T-------A---TTAGA----------CATAC-AGGGAC-T--T--AACAACAGT-TACA---G---GA--T---AT--TAAA----CA-----T---aacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : tc---ACAGAATA---TTACA----TA-------T------AT-T------------A------A----G----ACA-A-----T--AACA-ACAACTACA-------------GAA-T-------A---TAACA----------CAGAC-TGAAAA-AAGT--AACTACCAC-TGCA---G---AA--T---TT--TACA----CA-----T---A------TAGAGA---T------T-------GTA-AC----------A---AT---A---GA---T-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---TAT-T--C--T-G-A-AA------TA---G-TAACAATAAC-------TATAA---AATA-Tacagggactgt
gi|9 : actTA---TTACA----CA-------T------AC-A------------G------G----T----ACT-G-----T--AACA-ACAGTTACA-------------AAA-T-------A---TTACA----------CATACACG-GAC-TG-T--AACAACAAA-AACA---G---AA--T---AT--TACAAACCCAGGACCT---C------TA---A---CATCAGTT-------ACATAAT----AT---AGCGAC---A---GT---T-AC-AAAAT----T-T---T-A---CAT-TTAC--A-G-A-GA------CT---G-TAACAAttcacaaactaagaatgtaacaacaactacagaatattacacatactgagatagtacagcacataacacat
gi|12 : atA---TTACA-----------------------T------------AT--ATTG----GG---ACT-A-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAC-T-------A---TTACA----------TATAC-TACAAC-AA-T--AATAAC-------------------T---AT--GACA----TA-----T---------------A---C------T-------GAA-ACT----ATAACA---AC---A---GC---T-AC-AGACT---A------T-GACCTAT-A--C--T-G-C-AA------AT---A-TAACAACAGT-------TACAG---ACTA-TGA-C--------ATACcagtaagagttttttacttacagaaactgtaataacagttacagaatataaaacataaagcga
gi|20 : ------------AT--ACTG----TG---AAT-A-----T--AATA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATGC-TGCAAT-TA-T--AACAACAAT-TACA---G-----------AC--TG-------A-----T---G------TAT--A---C------T-------GCG-ACT----AT---A---AC---A----------AC-AG---------T---T-A---CAT-A--C--T-G-A-tgtgacgtacactgtgactataacaaca
gi|15 : tattag----ACT-A-----A--AACA-TCAGCTACA-------------GAA-T-------A---TTATG----------CATAC-TGAGAT-AA-T--AACAACGCC-TACA---A---AA--T---AT--TACA----TA-----T-----------A---A----------T-------GAG-ACT----AT---G---AC---ATCAGC---T-AC-AGAAT---GG-TA--C-A---CAT-A--C--T-A-A-GA------CT---GATAACAACAGC-------TAAAG---AATA-Ttgtat
gi|14 : acagag----ACT-G-----C--AACA-ACAATTACA-------------GAA-T-------A---TTAAA----------CATAC-AGGGTC-TG-T--AACAATAGT-TACA---G---AA--T---AT--TACA----CA-----T---A------CAGGGA---C------T-------GCA-AC----------A---AC---A---GC---T-AC-AGAAT---AT-TA--T-A---TAT-A--C--A-T-A-GA------CT---G-TAACAACAGC-------TTCAttca
gi|26 : tactgtg----ACT-G-----T--AACA-ACAGTTACA-------------GAA-T-------A---TTAAA----------CATACATG-GAC-TG-T--AACAACAGC-AACA---G---TA--T---AC--TACA----TA-----T---T------TG---A------------------G-G-ACT----AT---A---AC---A---tactgttattatataa
gi|17 : g----ACT-G-----C--AACA-ATAGTTACA-------------TAA-T-------A---TTACA----------TATAC-TGAGAC-TG-T--AACAGCCGC-TACA---G---AA--T---A---TATA----TA-----T---tttaa
gi|28 : acatacaggg----ATT-G-----T--AACA-ACAGCTACA-------------GAA-T-------A---TTATA----------TAGAC-AGCACC-TG-T--AACAACAGC-AAatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacaacagcatc
gi|24 : -A-----T--AACA-ACAGCTACA-------------TAA-T-------A---TAGCA----------TATAA-TTAAAC-AA-T--AACAACAAA-TAAA---G---AA--T---AT--TACA----CA-----CA--T------CA---A--------------------A-ACC----AT---A---Atatac
gi|21 : ataaactacagcaCA-ACATTTACA-------------GAA-T-------A---TTAAA----------CATAC-AGGGAC-TG-T--AGCAACATT-TACC---G---AT--T---AT--TAGA----CA-----T---------------A---C------A-------GGG-ACTTA--AC---A---AC---A---GT---T-AC-AGGAT---AT-T---aaacaat
gi|18 : tcaaCA-ACAGTAATA-------------TAC-T-------G---CTACA----------TATAT-AGAGGT-GG-T--AACATCAGG-GAAT---G---AA--T---AC--TACA----CA----------------TAC--A---C------A-------GGG-GCT----GT---A---AC---A---AC---A-ACTAGAAC---ATAT---T-A---CAaaacatacagggactgt
gi|2 : cagaatacttaacatgtagagccctttA-ACAACTACC-------------GAA-T-------A---TTATA----------TGTAC-TAC--C-CT-T--AAAAACAGC-AAAA---G---AA--T---AT--TGCA----TA-----T-----------A---A----------T-------GCA-TCT----AT---A---AC---A---ACAGTT-AC-AGAAT---AT-TACAT-A---CA-----C--T-A-A-GG------CTA--T-TA-CAACAGC-------TAAAG---AATA--------------ATACAT--ATACTACAACcacacag
gi|11 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaA-ACAGCTAGA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATAT-AACGGC-AG-T--AATAATAGC-GAGA---G---AA--T---AT--TACA----TA-----T---A------TA---A---C------G-------GCA-GTA----AT---A---Atgtaccaata
gi|16 : taatA-ATATTTACA-------------TAC-T-------A---TTATA----------TATAC-CGGGAC-TG-T--AACAACAGC-TAAA---T---AT--T---AT--TATA----TA-----T---------------A---C------C-------GGG-ACT----ATTACA---AC---A---GC---nnnnnnnnnngcagtaataatagcgagagaatattacatatataacggcagtaataacagctagagaatattccatatataacggcattaataatagcgagagaatattccatata
gi|6 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaaggtaaAATTATA-------------TAA-T-------A---TTATA----------CATAT-AGAGAC-TG-T--AACAATAAT-TGTA---T---AA--T---AT--TACA----CA-----T---A------TA---GAGGC------T-------GTT-ACT----GT---A------------GC---T-GA-AGAAT---AT-T---TAA---CATAT--A--T-G---GG------CT---C-TAATAA
gi|19 : GTTACA-------------AAA-T-------A---T-A-A----------TACAC-TTAGAG-AA-TGTAACAACAGC-TACA---G---AATTT---AA--TATA----CA-----T---A------AAG--A---C------T-------GTA-AC----------A---AT---G---GT---T-AC-AAAAT---AT-T---caactagacactattatattatattatatttctgtaacaacagctggaatagataactcatatacgtgcaagggctttaacaacagctacgaaatatttcacatataggggctcctctaattacagctagataatatcatatataaagaggctaaaacaacacctaaagaatcttacagataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|8 : ttTACA-------------GAA-T-------A---TTACA----------TATAT-TAAGAC-AA-T--AACAACAAC-TACA---G---AA--T---AT--AACA----CA-----------------G---A---C------TGAAAAAAGTA-ACT----AC--------C---A----C---T-GC-AGAAT----T-T---T-A---CACAT--A--TAG-A-GA------TT---G-TAACAATAGA-------TACAG---AATA-Tctacacatagagaatgaaacaccaggt
gi|13 : acAA-T-------A---TTATA----------TATAC-TAAGTC-TT-T--AACAACAGC-TACA---G---AA--TAGCAT--TATA----CA-----G---A------CAGGGA---C------T-------GTA-AC----------A---AC---A---GC---T-AC-AGAAT---A--------G---CAT-T--A--T-ACA-GACAGGGCCT---G-TAACAACAGC-------TACAG---AATA-TAAtacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacagaatattacacatactgagatagtacagcacataacacat
gi|29 : A-T-------A---TTACA----------CAAAC-TGAGAC-AA-C--AACAACAGA-AACA---G---AA--A---AT--TACA----tacatattgagtctataacaacagttacagaataatatatagacagaga
gi|17 : A----------CATAC-AGGGAC-TG-C--AACAATAGT-TACA---T---AA--T---AT--TACA----TA-----T---------------A---C------T-------GAG-ACT----GT---A---AC---A---GCCGCT-AC-AGAAT---AT-ttagactaaaaa
gi|14 : TAC-TGTGAC-TG-C--AACAACAAT-TACA---G---AA--T---AT--TAAA----CA-----T---A------CA---GGGTC------T-------GTA-AC----------A---AT---A---GT---T-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---CAT-A--C--A-G-G-GA------CT---G-CAACAACAGC-------TACAG---AATATTATAT--------ATACAT--AGACTGTAACatatatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacaacagcatc
gi|26 : GAC-TG-T--AACAACAGT-TACA---G---AA--T---AT--TAAA----CA-----TACAT------GG---A---C------T-------GTA-AC----------A---AC---A---GC---A-AC-AGTAT---A--C---T-A---CATAT--T--T-G-AGGA------CT---A-TAACATTTaacagcttcatactgttattatataa
gi|21 : --AACAACATT-TACA---G---AA--T---AT--TAAA----CA-----T---------------A---C------A-------GGG-ACT----GT---A---GC---A---ACATTT-AC-CGATT---AT-T---A-GA--CAT-A--C--A-G-G-GA------CT---T--AACAACAGT-------TACAG---GATATTAAAC--------ATACAG--GGACTGaa
gi|19 : tcA---A---AA--T---AT--AATA----CA-----C---T------TAGAGA---A------T-------GTA-AC----------A---AC---A---GC---T-AC-AGAATTTAAT-A---T-A---CAT-------A-A-A-GA------CT---G-TAACAATGGT-------TACAA---AATA-Tt
gi|17 : ttgttac---A---C------T-------GCA-AC----------A---AT---A---GT---T-AC-ATAAT---AT-TA--C-A---TAT-A--C--T-G-A-GA------CT---G-TAACAGCCGC-------TACAG---AATA-TATAT--------ATAtctacacatagagaatgaaacaccaggt
gi|15 : acatacaggg-ACT----AA---A---AC---ATCAGC---T-AC-AGAAT---AT-TA--T-G---CAT-A--C--T-G-A-GA------TA---A-TAACAACGCC-------TACAA---AATATTACAT--------ATAATG--AGACTATGACtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaacaacagcatc
gi|20 : acagag----AT---A---AC---A---GC---T-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---TAT-G--C--T-G-C-AA------TT---A-TAACAACAAT-------TACAGACTGAT-----GT--------ATACTG--CGACTATAACatcagctacagaatggtacacatactaagactgataacaacagctaaagaatatttca
gi|22 : tattagatactgtgaatata---AC---A---AC-----AC-AGAAT---AT-TG--T-A---TAT-A--C--A-G-A-GT------CTG--T-TA-CAATAGC-------TACAG---ATTA-TTA-T--------ATATAC--AGAaacagttacatactgatgtat
gi|19 : ---GT---T-AC-AAAAT---AT-AA--T-A---CAC-T--T--A-G-A-GA------AT---G-TAACAACAGC-------TACAG---AATT-TAA-T--------ATACATAAAGACTGTAACgattttaataacagctatagactagtatatatgcagagactgttaca
gi|8 : ttC---T-AC-AGAAT---AT-TA--C-A---TAT-A--T--T-A-A-GA------CA---A-TAACAACAAC-------TACAG---AATA-TA-------------ACAC--AGACTGAAAaatggttacaaaatattctacacatagagaatgaaacaccaggt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CTATTTAACACATATCGGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATACCGGTGCTTTATCAACAGCTATAGAAGTATGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACATATAACCGTTTTAAATACTGCTAGATGATATAATTATGTTCTATGAAGAAATAAGGTATACCACACATATAGGAACATTTCAAACAGATGAAA
Unaligned ( gi|23 ): GCTGTAGCAACAGCTGGATGATATTATTCATGTAGTGAGGCTATATTAAAAGACTTATACGTATAGGGGTGCTGACAAAAGCTAGGGAATGTTACCCATAAGTTAATCG
Unaligned ( gi|25 ): TATATACACAGAAATACAGAATATATATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTTCAGAAAATTATACCAAGAGTCTGTAGCAACAGCTAC
Alignments
lowQualScore : 1 11111111 11 1 1111111 11111111111 1111111 3333333333333333 111111111 111 111 222 9999999999999999999999999999999999999999 1111111111 22222222222 444444444444444444444444444444444 11 3333333333333333333333333333333333333333 11111 222222222 11111 1111 111111 222222 1 11 555555 11
lowQualScore : 3 0 6 11 1 9 6 2 2 2 0 55 8 6 6 55555555 00 66 1 1 0 22 9999 44 3 0 888 1 0 7777777 1 44 5 4 44444444444 2222222 1 3 66 3 1 6 1 4 1 6666666666666666 1 77 4 22 00 444444444 666 333 8 2 111 1 55 1 0000000000000000000000000000000000000000 0 4 0 7777777777 555 0 7777 3 33 66 77 44 55555555555 3 2 3 4 444444444444444444444444444444444 1 0 1 5 4 3 4 77 0 5 1 8 1111111111111111111111111111111111111111 4 22222 000000000 66 0 66666 2 2 99999 2222 0 333333 222222 0 0 88 0 0 444444 11 0
lowQualScore : . . . .. . . . . . . . .. . . . ........ .. .. . . . .. .... .. . . ... . . ....... . .. . . ........... ....... . . .. . . . . . . ................ . .. . .. .. ......... ... ... . . ... . .. . ........................................ . . . .......... ... . .... . .. .. .. .. ........... . . . . ................................. . . . . . . . .. . . . . ........................................ . ..... ......... .. . ..... . . ..... .... . ...... ...... . . .. . . ...... .. .
lowQualScore : 2 2 6 88 0 6 7 5 5 5 5 88 8 7 7 00000000 88 88 0 0 0 22 4444 22 8 5 777 0 4 7777777 2 22 2 5 66666666666 1111111 3 3 22 3 4 6 0 0 0 2222222222222222 7 99 9 77 99 000000000 777 111 6 2 333 0 11 0 6666666666666666666666666666666666666666 8 2 3 0000000000 888 8 1111 3 77 55 99 66 66666666666 6 3 6 4 444444444444444444444444444444444 4 2 0 2 7 2 4 44 1 7 6 0 8888888888888888888888888888888888888888 4 55555 000000000 99 4 66666 2 5 33333 6666 8 555555 222222 0 2 00 2 2 888888 00 2
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAANAACAACAGCTACAGAAAATTACA-TATACTGANACTATAANAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TANAAC----AACAGTTACAGAATATT--ACACATACN--GAGNCTGTAACAACAGCTACA-AAT-AATATTACACAT--ACNGGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTAT-TACACATACNGAGACTG-TAACAACAGCTANATAA-TATTACATA---TATACTG--AACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--NTATTACA-TATACTGNGACTATAACAACAG-T-ANATAA-TATAACA-----CA---TA----TAC-TGC-A------AC-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTGTAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT--T--ACAT--NAAC-CG-CGA-CTAT-AACAACAGCTACA-GA--A-TA--NA----CTATACAGA----GA----TAACAACAGCTACAGAATATTACACATACTGA-GACNGTAACAACAGCTACAGAATATTACA-CAT------AC--------TAGA--A--ACTA-----------TAACA-ACAG-----CTA---------CAGAA--TATTACACATACCGA-GACTGTAACAACAGTTANAGAATAT--T--ACACA--TAACCGCGATT-ATAAC---A--GCT-ACAGAATATTNCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATAT-A-CA-TACA-CAGACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACTANAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATACTGAGACTGTAACAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGNGNC-TANAAC----AACAGCTACAGAATATT--ACATATACT--GAGNCTGTAACAACAGCTACA-AAT-AATATTACACAT--ACTGGGACTATA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAATAT-TACACATACTGAGACTG-TAACAACAGCTACANAA-TATNACATA---TATACTG--AACAACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGNCTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--ATATTACA-CATACTGAGACTATAACAACAG-TNANATAA-TATNACA-----TA---TA----TAC-TGT-A------AC-AACTNNAACAACAGCTACAGAATATTACACATACTG---------NGA---CTGTAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT--T--ACAT--NAAC-TG-CGA-CTAT-AACAACAGCTACA-GAA-A-TA--NA----CTATANAGA----GA----TAACAACAGCTACAGAATATNACACACACTAA-GACCGTAACAACAGCTACAGAATATTACA-CAT------AC--------TANA--A--ACTA-----------TAACA-ACAG-----CTA---------CAGAA--TATTACACATACTGA-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT--T--ACACA--TAACTGCGACT-ATAAC---A--GCT-ACAGAATATTATACATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATATAA-TA-TACA-NAGACTGTAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA----AACAGCTACAGAATATT--ACACATACT--GAACTTATAACAACAGCAACATAAT-AATATTACACAT--ACTAAGACTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATAT-TACACATACTAAGACTA-TAACAACAGTTAAATAA-TATGACATAAATTATACTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACA---TA----ATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-ATAACAACAG-TAAAATAA-TATAACA-----TAATTTA----TAC-TGTTA------AC-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATATTG---------CAA---CTATAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATAC-TGC-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT--T--ATAT--CAAC-TG-CAA-CTAT-AACAACAGCTACA-GAA-A-TA--GA----CTATAAAAA----GA----TAACAACAGTTAAAGAATATAACACACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CAT------AC--------TATATTAT-ACTA-----------TACCA-ACAG-----TTA---------GAGAA--TATTACATATACTGC-GACAATAACAACAGTAAAAGAATAC--T--ACACATTTAACTGCAACT-ATAAC---A--GCT-ACAGAATATT-TGCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATATAAGTA-TACC-CAGACTGCAAC
gi|10 : TATTTAACACATATC--G--GCTCTAAGAACAGCTA---GAT-GGTATTAAATAT--ACCGGTGCTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA--TGCAAATACTGGGGTTC-CACAAAAAGCTAGAGAA-TATTATACA---TATA
gi|10 : cA-TTTAACA-----CA---TA----T---------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATACCG---------GTG---CTTTATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATAC-TGG-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTAT--ACATA-TAAC-CG-----TTTT-AAATACTGCTAGATGAT-A-TAATTATGTTCTATGAAGA----AA----TAAaccgttttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct----TAATAACAGCTAGAGAATATTACATATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TAT------ATAACGGCAGTAAT--A--ANNNNNNNNNNGCAGTAATA-ATAG-----CGA---------GAGAA--TATTACATATA-TAACGGCAGTAATAACAGCTAGAGAATAT--TCCATATA--TAACGGC-ATTAATAAT---A--GCG-AGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATAT--ATTGGGACTATA-----------ACAACAGCTACAG-----ACTA---T-TACATATACT----------ACAACAA-TA-ATAACTATGACATA---TA--CTG--AA--ACTATAACAACAGCTACAGACTATG--ACCTATACTGCAAATATAACAACAGTTACAGACTATGACATA--CTGTGACG-TACACTGTGACTATAACAACA
gi|13 : AATATT--ATATATACT--AAGTCTTTAACAACAGCTACAGAAT-AGCATTATACAG--ACAGGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCAT-TATACAGACAGGGCCTG-TAACAACAGCTACAGAA-TATA--ATA---CATATTG--AGT--CTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAG
gi|14 : ACTGTGAC-TGCAAC----AACAATTACAGAATATT--AAACATACA--GGGTCTGTAACAATAGTTACA-G---AATATTACACAT--ACAGGGACTGCA-----------ACAACAGCTACAG--------AATAT-TATATATACATAGACTG-TAACAACAGCTTCATAC-TGTTAT-TA---TATAa
gi|15 : tACAGAGAC-TAAAAC----ATCAGCTACAGAATATT--ATGCATACT--GAGATAATAACAACGCCTACA-A---AATATTACATAT--AATGAGACTATG-----------ACATCAGCTACAG-----AATGG----TACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAA-TATTTCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATA-CAA--A-CA-AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCCACAAAAGGTAAAATATTTACATACTATT--ATATATACC--GGGACTGTAACAACAGCT--A-AAT-ATTATTATATAT--ACCGGGACTATT-----------ACAACAGC
gi|17 : gACATACAG---------GGA---CTGCAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATAC-TGA-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATA-T--ATATA-TNNN-NN-NNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NN--NN----NNNNNNNNN----NN----TAACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C----AACAGTAATATACTGCT--ACATATATA--GAGGTGGTAACATCAG---GG-AATGAATACTACACATACACAGGGGCTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AAC-ATAT-TACACACACatc
gi|19 : GTTACAAAATATAATA-CAC-------T--------TAGA--G--AATG-----------TAACA-ACAG-----CTA---------CAGAATTTAATATACATA--AA-GACTGTAACAATGGTTACAAAATATTCT--ACACA--TAag
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACA---GA----ATA-----TTACA-TATACTGCGACCATAACAATAG----CATAA-TATAA------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATACTG---------TGA---CTATAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATAC-TAA-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT--T--ACAT--ATAC-TG-CGA-CCAT-AACAATAGCgagaatgaaacaccaggt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC----AACAGTTACAGAATATT--ACATACACT--AAGGCTATTACAACAGCT--A-AAG-AATAATACATAT--ACTACAACTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATACTG---------TGA---ATATAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGC-TGC-AATTATAACAACAATTACAGACTGA--T--GTAT----AC-TG-CGA-CTAT-AACAACAGTTACA-
gi|21 : tattagAAC----AACATTTACAGAATATT--AAACATACA--GGGACTGTAGCAACATTTACC-GAT---TATTAGACAT--ACAGGGACT-TA-----------ACAACAGTTACAG--------GATAT-TAAACATACAGGGACTG-Ttactgatgtat
gi|22 : tcACAAC-ACAGAATATT--GTATATACA--GAGTCTGTTACAATAGCTACA-GAT---TATTATATAT--ACAGAGATTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT----ATATGCAGAGACTG-TTACA
gi|23 : CTGTAGCAACAGCTGGA---TG----ATA--TTATT-CA-TGTAGTGAGGCTATATTAAAAG---ACTTA-----TACG-----TA---TAGGGGTGC-TG-------------------ACAAAAGCTAGGGAATGTTACCCATA
gi|24 : g-A-TA--AA----CTA--CAGC----AA----TAACAACAGCTACATAATATAGCATATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CAC------AT--------CA-A--A--ACCA-----------TAAAA-ACAagttaatcg
gi|25 : -CA-GAAT--A-TAT-ATATACACAGAGTC-TTTAAC----ACCAGCTTCAGAAAATT--A----TACCAAGAGTCTGTAGCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaataGA---CTGTAACAACAGTT----ACAGAA-TATTAAACATACATG--GACTGTAACAACAGCAACAGTATAC--T--ACAT---ATT-TGAGGA-CTAT-AACA
gi|27 : AC-TGC-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT--G--ATAT--TGAC-CT-CGT-CTATAAAAAACAGCTACA-Gtttaa
gi|28 : cA---TTGTAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGAC-AGC-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACA-aatatac
gi|29 : ATATTACACAAACTGA-GACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAG------AC--------TAAA--A--Attagactaaaaa
gi|3 : GAATATT--ACAGATACT--GAGCTTAGAACAACAGCAACATAAT-AATATTACACAT--ACTCAGACTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATAT-TACAAATACTAATACTA-TAACAACGGTAAAATAA-TATAACATAATTTATACTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT------TG----AAA--ATATTACA-TATACTGCAACAATAACAATAC-T-ATATGACTATAACAGCAACTA---CAGCA-TAT-TAC-ACGAAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTCTA---------AAA---CTATAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAA-TGC-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT--T--ACAC--ATAC-TG--GG-CT----ACAAAAGCTACA-GAATATTA--CA----C-ATACTGA----GA----CTACAATTGC-------TATTACATGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CAT------AC--------C-GA--G--ACTA-----------TAACA-ACAG-----CCA---------CAGAA--TTTTACACATACCAA-ATTTATAACAACA
gi|4 : GGCTATAACAACAA-TTAAATAA-TATAACA-----TGAATTA----TGC-TGTTA------AC-AACTATAACAACAGGAACAGAATATTACATATACTG---------CAA---CTATAACAATAGCT----AGAGAA-TATTACATATAC-TGC-AACAATAACAACAGCTGCAGAATAT--T--ACACAAAAAG-TG-AGA-CTAT-AACAACAGCTACA-CA-----A--TA----TTACACAAAATACGATGTTTAACAACAGCTATAGAATGTTACACATACTGA-GACT---ACAAAAGCTACAGAATATTACA-CATACCGAGAC--------TAAA--ATTGCTA-----------TTGCATATAGTGAGACTAAGACATATACAAAT--TATTACACATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAG--T--ACACA--T-ACCAAGATT-ATAAC---AACACTAACAGAATATTACACATACTGAGACTACAACAACAGAAACAGAATAT------TACATCAGACcgaacaga
gi|5 : ACTG-CAGCAACAGTCACAGAA-TATTACATA---------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACA---TA----GTA--TTGTTACA-T------AGACTGCAACAACTG-TAACATAA-TGTTACA-----CA---TA----CA--TA--A------ACAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATATTAAATATACACTGA---CTGCAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT--GAAACAT--TCACAT----A-CTGC-AACAACAGTTAGA-GA---------A----CAATACATA----GACTG-CAAAAACATTTACAATATATTACACATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAAT------AT--------TACACCA--ACTA-----------CAACA-ACAG-----TTA---------CAGAA--TA-TACAC------A-GACTGTTATAATAATTAAAGAATAT--T--
gi|6 : ATAATAT-TATACATATAGAGACTG-TAACAATAATTGTATAA-TATTACACA---TATA--G--A--GGCTGTTACTGTAGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGA---CA----CTATTATATTATATTATATTT---CTGTAACAACAGCTGGAATAG--ATAACT-----CA---TA----TACGTGC-A------AG-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATATAG---------GGGCTCCTCTAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAA-AGA-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT--T--ACA
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA-CACTACA-CAAACTGTAACgataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC----AACAGTTTCAGAATATT--ATGTATACA--GAGCCTGTAACAACAGCTACA----------TACA--------GAGACTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTATGTATACA----GAGCCTG-TAACAACAGCTACATAA-TATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTACATATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAG------AC--------TGAA--A--AAAG-----------TAACT-ACCA-----CTG---------CAGAA--TTTTACACATATAGA-GATTGTAACAATAGATACAGAATAT--T--ACATA--T-TCTGAAATA-GTAACAATA--ACT-ATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATAT------TACA-CATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGA-TAG---------TACAGCACATAACA-CATagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATACAG---------GTA---CTGTAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATAC--ACGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT--T--ACA---AACC-CA-GGACCTCT-AACATCAGTTAC------A-TA----------ATATAG--------------CGACAGTTACAAAATTTTACATTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTT------AC---------AGA--A--ACTG-----------TAATA-ACAG-----TTA---------CAGAA--TATAAAACATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11111 1 1111 2222222222222 11111111111 333333333333333 111111111111111 333333 77777777777777777777777777777777 1111111111 111 111 111 11111 4444444444444444444 1111111 3333333333333333 22222222222 2222222222 1 222 44444444
lowQualScore : 3 0 11 1 0 6 3 1 7 1 00 8 11 777 1 55555 0 1 3 11 0000 2 44 44 0 2 1 2222222222222 1 666 2 44444444444 99999 2 8 0 2 3 4 4 1 555555555555555 33 66 6 0 2 777777777777777 5 7 5 333333 88 44444444444444444444444444444444 2 2 3 9999999999 555 44 6666 3 3 1 000 4 000 44 555 00000 777 5 5555555555555555555 3333333 0 0 4 0 4 77 0 2 2 4 7777777777777777 11111111111 5 0 88 5 4 1 99 0 1111111111 3 333 3 888 66666666 3
lowQualScore : . . .. . . . . . . . .. . .. ... . ..... . . . .. .... . .. .. . . . ............. . ... . ........... ..... . . . . . . . . ............... .. .. . . . ............... . . . ...... .. ................................ . . . .......... ... .. .... . . . ... . ... .. ... ..... ... . ................... ....... . . . . . .. . . . . ................ ........... . . .. . . . .. . .......... . ... . ... ........ .
lowQualScore : 2 2 88 2 8 0 2 0 0 0 55 0 00 444 0 00000 6 0 3 33 6666 9 66 66 1 2 0 6666666666666 4 333 6 66666666666 11111 4 6 2 2 0 9 0 0 444444444444444 66 99 1 2 5 888888888888888 0 6 5 999999 22 77777777777777777777777777777777 6 8 6 1111111111 888 66 5555 1 1 8 000 0 444 66 222 55555 222 0 1111111111111111111 5555555 1 9 7 9 4 00 1 9 9 4 9999999999999999 11111111111 0 1 00 7 7 0 22 7 0000000000 3 333 7 333 00000000 7
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TANAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAA-TATTACATA---TATACTGTTAACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--NTATTACA-TATACTGCGACTATAACAACAG-T--ACATAA-TATAACA-------CA---TATAC-TG-CA------AC-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TAT-TACATATACTG-C-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--ACAT-NNACCGCG-A-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATACAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACACATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATT-ATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAANAACAACAGCTACAGAAAATTACA-TATACTGANACTATAANAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TANAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-AA---T-AATATTACACATACN--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACNGAGACTGTAACAACAGCTANATAA-TATTACATA---TATACTG--AACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--NTATTACA-TATACTGNGACTATAACAACAG-T--ANATAA-TATAACA-------CA---TATAC-TG-CA------AC-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TAT-TACATATACTG-C-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--ACAT-NAACCGCG-A-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-NA--------C-TATACAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACACATACTGA-GACNGTAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGTTANAGAATATT--ACACA--TAACCGCGATT-ATAAC---AGCTACAGAATATTNCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACAGACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--AAGACTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTATAACAACAGTTAAATAA-TATGACATAAATTATACTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACA---TA----ATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-ATAACAACAG-TA-AAATAA-TATAACA-------TAATTTATAC-TGTTA------AC-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATAT-TG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TAT-TTCATATACTG-C-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT---T--ATAT-CAACTGCA-A-CTAT-AACAACAGCTACAGAAATA-GA--------C-TATAAAAAGA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAACACACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACT-ATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTAAATATACC--GGTGCTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAA-TATTATACA---TATA
gi|10 : cA-TTTAACA-------CA---TAT---------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATAC-CG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA--TGCAAATACTG-G-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-T--ACATATAACCG-----TTTT-AAATACTGCTAGAT-GATA-TAATTATGTTC-TATGAAGAAA---T---AAaccgttttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTACATATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGC-ATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATATT--GGGACTATA-----------ACAACAGCTACAG-----ACTA---TTACATATACT---------ACAACAA-TA-ATAACTATGACATA---TA--CTG--AA--ACTATAACAACAGCTACAGACTATG--ACCTATACTGCAAATATAACAACAGTTACAGACTATGACATA--CTGTGACG-TACACTGTGACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACAGAA---T-AGCATTATACAGACA--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTGTAACAACAGCTACAGAA-TA-TA-ATA---CATATTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-G------AATATTACACATACA--GGGACTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTGTAACAACAGCTTCATAC-TGTTAT-TA---TATA
gi|15 : tactgtACAGAGA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTATGCATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCCACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTATATATACC--GGGACTATT-----------ACAACAGC
gi|17 : gACATAC-AG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TAT-TACATATACTG-A-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATAT--ATAT-NNNNNNNN-N-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NN--------N-NNNNNNNNNN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGG---G-AA---TGAATACTACACATACACAGGGGCTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT---ACATA----AAGACTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACATA--GAGAATGAAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACA---GA----ATA-----TTACA-TATACTGCGACCATAACAATAG-----CATAA-TATAA----------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATAC-TG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TAT-TACATATACTA-A-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT---T--ACAT-ATACTGCG-A-CCAT-AACAATAGCgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCT--A-AA---G-AATAATACATATACT--ACAACTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATAC-TG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TAT-TACATATGCTG-C-AATTATAACAACAATTACAGACTGA---T--GTAT---ACTGCG-A-CTAT-AACAACAGTTACA
gi|21 : tattagAAC----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTAGACATACA--GGGACT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTGTtactgatgtat
gi|22 : tcAC----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTATATATACA--GAGATTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTGTTACA
gi|23 : CTGTAGCAACAGCTGGA---TG----ATA--TTATT-CA-TGTAGTGAGGCTATA--------T-----TAA----AAGA-------CT---TATACGTA-TA------GG-GGTGCTGACAAAAGCTAGGGAATGTTACCCATA
gi|24 : gATA-AA--------C-TA--CAGCAA---T---AACAACAGCTACATAATATAGCATATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : T----ACAGAA-TATATATATACACAG-A-GTCTTTAACACCAGCTTCAGAAAAT---T--ATAC-CAA--GAG-T-CTGT-AGCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaa-GACTGTAACAACAGTTACAGAATATTAAACATACATG----------GA---CTG--TAACAACAGCA----ACAGTA-TAC-TACATAT-TTGAG-GACTATAACA
gi|27 : ACTG-C-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---G--ATAT-TGACCTCG-T-CTATAAAAAACAGCTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TAT-TATATAGACAG-C-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--CAGACTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTATAACAACGGTAAAATAA-TATAACATAATTTATACTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT------TG----AAA--ATATTACA-TATACTGCAACAATAACAATAC-T--ATATGACTATAACAGCAACTACAG--CATAT-TA-CACGAAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTC-TA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTT-AACATATAATG-C-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---T--ACAC-ATACTG-G-G-CT----ACAAAAGCTACAG-AATATTA--------CACATACTGAGA---C---TACAATTGC-------TATTACATGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTATAACAACAATTAAATAA-TATAACATGAATTATGCTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTAGA---GA----A-----TATTACA-TATACTGCAACAATAACAACAGCT--GCAGAA-TATTACA-------CA---AAAAG-TG--A---------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAA-TA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGT-TACACATACTG-A-GACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---T--ACAC-ATACCGAG-A-CTA--A--AATTGCTATTG-CATA-TA--------G-T-----GAGAC--T---AA-GACATATACAAATTATTACACATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACAcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAGTCACAGAA-TATTACATA---------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACA---TA----GTA--TTGTTACA-TA------GACTGCAACAACTG-TA-ACATAA-TGTTACA-------CA---TACA--TA--A------ACAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATAT-TAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TAT-TACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAACAT-T---CACATA-CTGC-AACAACAGTTAGAG-AACA--------------ATACATAGACTGC---AAAAACATTTACAATATATTACACATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--tcagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTGTAACAATAATTGTATAA-TATTACACA---TATA--G--A--GGCTGTTACTGTAGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGA---CA----CTATTATATTATATTATATTT---CTGTAACAACAG-CTGGAATAG--ATAACT-------CA---TATACGTG-CA------AG-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATAT-AG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TAT-CATATATAAAG-A-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---T--ACA
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACgataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT-------------------ACATACA--GAGACTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTGTAACAACAGCTACATAA-TATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTACATATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATA-GTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATAC-AG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TAT-TACACATAC-A-CGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---T--ACA--AACCCAGG-ACCTCT-AACATCAGTTACAT-AAT-----------------------A---T---AGCGACAGTTACAAAATTTTACATTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111111 11 1 222222222222 11111111111 222222222222222222222 222222222222222 1 2222 88888888888888888888888888888888 1111111111 111111 4444444444444444444444444444444 3333333333333333 22222222222 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 44 66 6 55555555 00 88 1 1 33 9999 1 44 44 22 1 222222222222 1 666 2 44444444444 99999 2 8 0 1 0 2 4 1 777777777777777777777 33 66 6 1 0 444444444444444 5 88 1 7777 5 77 33333333333333333333333333333333 33 1 3 9999999999 555 44 7777 3 0 999 2 222222 44 555 2 9 3 555 3 0 44 0000000000000000000000000000000 4 0 4 5 0 2 2 4 7777777777777777 11111111111 5 0 88 5 1 1 99 88 7 8 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . .. .. . ........ .. .. . . .. .... . .. .. .. . ............ . ... . ........... ..... . . . . . . . . ..................... .. .. . . . ............... . .. . .... . .. ................................ .. . . .......... ... .. .... . . ... . ...... .. ... . . . ... . . .. ............................... . . . . . . . . ................ ........... . . .. . . . .. .. . . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 66 77 7 00000000 88 88 0 4 77 4444 6 22 22 22 0 000000000000 4 333 6 66666666666 11111 4 6 2 6 5 4 0 0 333333333333333333333 66 99 1 7 7 444444444444444 7 33 0 3333 7 99 00000000000000000000000000000000 22 0 6 1111111111 888 66 1111 3 6 666 2 000000 66 666 8 2 6 888 6 2 66 9999999999999999999999999999999 7 9 4 3 1 9 9 4 9999999999999999 11111111111 0 1 00 7 0 5 22 33 3 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAA-TATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--ATATTACA-TATACTGCGACNATAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA-------CA---TATA--TG--A------AC-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATACTG-C-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--A--CAT-NNACCGCGA-CTAT-AACAACAG-CTACAG-AATA-TA--------C-TATACAGA-GA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACACATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TANAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAA-TATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACA---TA----ATA--NTATTACA-TATACTGCGACTATAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA-------CA---TATAC-TG-CA------AC-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATACTG-C-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--A--CAT-NNACCGCGA-CTAT-AACAACAG-CTACAG-AATA-TA--------C-TATACAGA-GA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACACATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATTATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--AAGACTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTATAACAACAGTTAAATAA-TATGACATAAATTAT-A----CTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACA---TA----ATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-ATAACAACAG-TAAAATAA-T--ATAACA-------TAATTTATAC-TGTTA------AC-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATAT-TG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATACTG-C-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT---T--A--TAT-CAACTGCAA-CTAT-AACAACAG-CTACAGAAATA-GA--------C-TATAAAAA-GA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAACACACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTAAATATACC--GGTGCTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAA-TATTATACA---TATAA----CCGTT
gi|10 : cA-T--TTAACA-------CA---TAT---------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATAC-CG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATACTG-G-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-T--A--CATATAACCG----TTTT-AAATACTG-CTAGAT-GATA-TAATTATGTTC-TATGAAGA-AA---T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTACATATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATATT--GGGACTATA-----------ACAACAGCTACAG-----ACTA---TTACATATAC------TACAACAATA-----ATAACTATGACATA---TA-------CTG--AA--ACTATAACAACAGCTACAGACTATG--ACCTATACTGCAAATATAACAACAGTTACAGACTATGACATA--CTGTGACG-TACACTGTGACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACA-GAA--T-AGCATTATACAGACA--GGGACTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTGTAACAACAGCTACAGAA-TA-TA-ATA---CAT-A----TTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-GA------ATATTACACATACA--GGGACTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTGTAACAACAGCTTCATAC-TGTTAT-TA---TAT-A----
gi|15 : tactgtACAGA-GA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTATGCATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCCACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTATATATACC--GGGACTATT-----------ACAACAGC
gi|17 : gACATAC-AG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATACTG-A-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATAT--A--TAT-NNNNNNNNN-NNNN-NNNNNNNN-NNNNNN-NNNN-NN--------N-NNNNNNNN-NN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA----A---TGAATACTACACATACACAGGGGCTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT---ACATA----AAGACTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAATGAAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACA---GA----ATA-----TTACA-TATACTGCGACCATAACAATAG----CATAA-T--ATAA----------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATAC-TG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATACTA-A-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT---T--A--CAT-ATACTGCGA-CCAT-AACAATAG-Cgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTAAA-G------AATAATACATATACT--ACAACTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATAC-TG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGCTG-C-AATTATAACAACAATTACAGACTG-------A--TGT-ATACTGCGA-CTAT-AACAACAG-TTACA
gi|21 : tattagAAC----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTAGACATACA--GGGACT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTGTtactgatgtat
gi|22 : tcAC----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTATATATACA--GAGATTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTGTTACA
gi|23 : CTGTAGCAACAGCTGGATGATAT---T--ATTCAT-GTAGTGAGG-CTAT-ATTAAAAGACT-------TA-TA--------CGTATAGGGGTGC---T---GACAAAAGCTAGGGAATGTTACCCATA
gi|24 : gTACAGC-AA---T---AACAACAGCTACATAATATAGCATATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacATAC-ACAGAAATA--CA-GAAT--A-TAT-ATATACACAGAGTC-TTTAAC----ACCAGCTTCAGAAAAT--T--ATAC-CA-AGAGTCTGTAGCAACAGCTACat
gi|26 : tat-GACTGTAACAACAGTTACAGAATATTAAACATACATG----------GA---CTG--TAACAACAGCA----ACAGTA-TACTACATAT-TTGAG-GACTATAACA
gi|27 : ACTG-C-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---G--A--TAT-TGACCTCGT-CTATAAAAAACAG-CTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGACAG-C-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--CAGACTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTATAACAACGGTAAAATAA-TATAACATAATTTAT-A----CTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT------TG----AAA--ATATTACA-TATACTGCAACAATAACAATAC-T-ATATGACT--ATAACAGCAACTACAG--CATAT-TA-CACGAAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTC-TA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAATG-C-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---T--A--CAC-ATACTG-GG-CT----ACAAAAG-CTACAG-AATATTA--------CACATACTGA-GA---C---TACAATTGC-------TATTACATGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTATAACAACAATTAAATAA-TATAACATGAATTAT-G----CTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTAGA---GA----A-----TATTACA-TATACTGCAACAATAACAACAGCT-GCAGAA-T--ATTACA-------CA---AAAAG-TG--A---------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAA-TA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGTTACACATACTG-A-GACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---T--A--CAC-ATACCGAGA-CTA--A--AATTG-CTATTG-CATA-TA--------G-T-----GA-GAC--T---AA-GACATATACAAATTATTACACATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAGTCACAGAA-TATTACATA--------------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACA---TA----GTA--TTGTTACA-TAGACTGC------AACAACTG-TAACATAA-T--GTTACA-------CA---TACA--TA--A------ACAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATAT-TAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAA--CAT-TCAC--ATA-CTGC-AACAACAG-TTAGAG-AACA--------------ATACATA-GACTGC---AAAAACATTTACAATATATTACACATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--cagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTGTAACAATAATTGTATAA-TATTACACA---TAT-AGAGGCTGTT----ACTGT------AGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGA---CA----CTATTATATTATATTATATTT---CTGTAACAACAG-C--TGGAA-TAGATAACT-------CA---TATACGTG-CA------AG-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATAT-AG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAAAG-A-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---T--A--CA
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACgataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT-------------------ACATACA--GAGACTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTGTAACAACAGCTACATAA-TATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTACATATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATAC-AG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATAC-A-CGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---T--A--CA--AACCCAGGACCTCT-AACATCAG-TTACAT-AAT------------------------A---T---AGCGACAGTTACAAAATTTTACATTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11111 11111 2222222222222 11111111111 11111 222 111111 1111 111 11111 2222 88888888888888888888888888888888888 1111111111 111111 4444444444444444444444444444444444 1111111111 3333333333333333 22222222222 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 7 00 8 11 777 1 55555 0 1 6 22 22222 2 77 44 0 2 1 0000000000000 3 666 44 1 44444444444 00000 3 5 1 1 0 333 111111 1 1111 0 0 66 77 4 777 222 6 33333 7777 5 77 11111111111111111111111111111111111 33 1 3 7777777777 555 44 6666 3 2 88 2 222222 44 555 3 9 3 44 0 3 4 3333333333333333333333333333333333 1 5555555555 3 4 4 2 2 4 7777777777777777 11111111111 5 0 88 5 1 1 99 88 7 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . . .. . .. ... . ..... . . . .. ..... . .. .. . . . ............. . ... .. . ........... ..... . . . . . ... ...... . .... . . .. .. . ... ... . ..... .... . .. ................................... .. . . .......... ... .. .... . . .. . ...... .. ... . . . .. . . . .................................. . .......... . . . . . . ................ ........... . . .. . . . .. .. . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 0 55 0 00 444 0 00000 6 0 7 00 55555 9 33 22 5 1 0 7777777777777 3 333 22 4 66666666666 00000 5 7 2 0 9 333 555555 4 5555 1 3 99 99 9 222 777 7 33333 3333 7 99 11111111111111111111111111111111111 22 0 3 6666666666 444 22 5555 1 9 99 5 222222 22 333 1 7 3 66 1 3 0 3333333333333333333333333333333333 4 9999999999 2 0 9 9 9 4 9999999999999999 11111111111 0 1 00 7 0 5 22 33 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-ATAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-CG---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TG-CGACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--A--CAT-ATACCGNGAC-TAT-AACAACAG-CTACAG-AATAT-A--------C-TATA---CAGA-GA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACA----------CATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGCTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGACNATAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-TG---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATAC-TG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TG-CGACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---T--A--CAT-NNACCGCGAC-TAT-AACAACAG-CTACAG-AATAT-A--------C-TATA---CAGA-GA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACA----------CATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA-----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--AAGA--CTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTATAACAACAGTTAAATAATATGACATAAATTAT-A----CTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACATAATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-ATAACAACAG-TAAAATAA-T--ATAACA----------TAATTTAT---ACTGTT-AA---C-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATAT-TG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATAC-TG-CAACTAAAATAACAGCTACACAATAT---T--A--TAT-CAACTGCAAC-TAT-AACAACAG-CTACAGAAATAG-A--------C-TATA---AAAA-GA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAACA----------CACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTAAATATACC--GGTG--CTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACA---TATAA----CCGTT
gi|10 : cA-T--TTAACA----------CA---TAT---------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATAC-CG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATAC-TG-GGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-T--A--CATATAACCG---T-TTT-AAATACTG-CTAGAT-GATAT-AATTATGTTC-TATG---AAGA-AA---T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTACA----------TATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATAT-TG---------GGA---CTA--TAACAACAGCT----ACAGAC-TATTACATATAC-TA-CAACAATAATAAC----------TAT---G--A--CAT-ATACTGAAAC-TAT-AACAACAG-CTACAG-ACTAT-GAC------C-TATACTGCAAA-TA---T---AACAACAGTTACAGACTATGACATACTGTGACGTACACTGT-GACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACA-GAA--T-AGCATTATACAGACA--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA-ATA---CAT-A----TTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC-----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-G------AATATTACACATACA--GGGA--CTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTGTAACAACAGCTTCATACTGTTAT-TA---TAT-A----
gi|15 : tactgtA---CAGA-GA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTATG----------CATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCC-ACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTATATATACC--GGGA--CTATT-----------ACAACAGC
gi|17 : gACATAC-AG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATAC-TG-AGACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATAT--A--TAT-NNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNN-NNNNNN-NNNNN-N--------N-NNNN---NNNN-NN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C-----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA----A---TGAATACTACACATACACAGGGG--CTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT---ACATA----AAGA--CTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAATGAAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACAGAATA-----TTACA-TATACTGCGACCATAACAATAG----CATAA-T--ATAA-------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATAC-TG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATAC-TA-AGAATATAACAATAGCAACAGAATAT---T--A--CAT-ATACTGCGAC-CAT-AACAATAG-Cgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTAAA-G------AATAATACATATACT--ACAA--CTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATAC-TG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGC-TG-CAATTATAACAACAATTACAGACTG-------A--TGT-ATACTGCGAC-TAT-AACAACAG-TTACA
gi|21 : tattagAAC-----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTAGACATACA--GGGA--CT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTGTtactgatgtat
gi|22 : tcAC-----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTATATATACA--GAGA--TTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTGTTACA
gi|23 : CTGTAGCAACAGCTGGATGATAT---T--ATTCAT-GTAGTGAGGC-TAT-ATTAAAAGACT-------TAT-A--------CGTATA---GGGGTGC---T---GACAAAAGCTAGGGAATGTTACC----------CATA
gi|24 : gTA---CAGC-AA---T---AACAACAGCTACATAATATAGCA----------TATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacTACAGAATATA-T--ATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTTCA-GA-----AA-ATT----ATACC--AAGAGTCTGTA-----------GCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaa-GACTGTAACAACAGTTACAGAATATTAAACATACATG----------GA---CTG--TAACAACAGCA----ACAGTA-TACTACATAT-T-TGAGGACTATAACA
gi|27 : AC-TG-CGACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---G--A--TAT-TGACCTCGTC-TATAAAAAACAG-CTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGAC-AG-CACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--CAGA--CTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTATAACAACGGTAAAATAATATAACATAATTTAT-A----CTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT---TGAAA--ATATTACA-TATACTGCAACAATAACAATAC-T-ATATGACT--ATAACAGCAACTACAGCA---TATTACA-CG---AAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTC-TA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAA-TG-CATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---T--A--CAC-ATACTG-GGC-TA----CAAAAG-CTACAG-AATATTA--------CACATA---CTGA-GA---C---TACAATTGCTA-------TTACA----------TGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTATAACAACAATTAAATAATATAACATGAATTAT-G----CTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTA---GAGA--ATATTACA-TATACTGCAACAATAACAACAGCT-GCAGAA-T--ATTACA----------CA---AAA---AGTG---A------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAA-TA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGTTACACATAC-TG-AGACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---T--A--CAC-ATACCGAGAC-TA--A--AATTG-CTATTG-CATAT-A--------G-T--------GA-GAC--T---AA-GACATATACAAATTATTACA----------CATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAGTCACAGAATATTACATA--------------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACATAGTA--TTGTTACA-TAGACTGC------AACAACTG-TAACATAA-T--GTTACA----------CA---TAC---A-TA---AA---CAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATAT-TAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAA--CAT-TCAC--ATAC-TGC-AACAACAG-TTAGAG-AACA--------------ATA---CATA-GACTGC---AAAAACATTTACAATATATTACA----------CATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--cagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTGTAACAATAATTGTATAATATTACACA---TAT-AGAGGCTGTT----ACTGT------AGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGACACTATTATATTATATTATATTT---CTGTAACAACAG-C--TGGAA-TAGATAACT----------CA---TAT---A-CGTGCAA---G-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATAT-AG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAA-AG-AGGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---T--A--CA
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACgataaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC-----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT-------------------ACATACA--GAGA--CTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTGTAACAACAGCTACATAATATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTACA----------TATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATAC-AG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATACACG--GACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---T--A--CA--AACCCAGGACCTCT-AACATCAG-TTACAT-AATAT-A--------------------------------GCGACAGTTACAAAATTTTACA----------TTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11111 11111 2222222222222 11111111111 1111111111 222 111111 1111 111 222222 2222 888888888888888888888888888888888888 1111111111 444444444444444444444 1111111 1111111111 3333333333333333 22222222222 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 7 00 8 11 777 1 55555 0 1 6 22 22222 2 77 44 0 2 1 1111111111111 888 555 33 1 33333333333 0 0000000000 1 3 1 0 111 111111 1 1111 0 0 44 77 4 777 222 6 555555 7777 5 77 111111111111111111111111111111111111 44 1 5555555555 555 33 6666 2 33 77 1 0 888 2 0 1 3 0 3 4 555555555555555555555 1111111 7777777777 3 4 4 2 2 4 7777777777777777 11111111111 5 0 88 5 1 1 99 88 7 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . . .. . .. ... . ..... . . . .. ..... . .. .. . . . ............. ... ... .. . ........... . .......... . . . . ... ...... . .... . . .. .. . ... ... . ...... .... . .. .................................... .. . .......... ... .. .... . .. .. . . ... . . . . . . . ..................... ....... .......... . . . . . . ................ ........... . . .. . . . .. .. . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 0 55 0 00 444 0 00000 6 0 7 00 55555 9 33 22 5 1 0 4444444444444 111 999 99 7 66666666666 3 6666666666 6 1 0 6 000 555555 4 5555 1 3 66 99 9 222 777 7 333333 3333 7 99 444444444444444444444444444444444444 99 0 5555555555 444 99 1111 9 00 77 4 1 999 9 8 0 1 5 1 4 666666666666666666666 5555555 5555555555 2 0 9 9 9 4 9999999999999999 11111111111 0 1 00 7 0 5 22 33 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTA--CACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTG-TAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTA--CACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTG-TAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACANAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTACA----------CATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA-----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTA--CACATACT--AAGA--CTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTA-TAACAACAGTTAAATAATATGACATAAATTAT-A----CTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACATAATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-A-TAACAACAG-TAAAATAA-T--ATAACA----------TAATTTAT---A-CTGTT-AA---C-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATATTG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATAC-TGC-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT---TATATCA-ACTGCAA-CTAT-AACAACAGCTACAGAAATA-GA--------C-TATA---AAAAGA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAACA----------CACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTA--AATATACC--GGTG--CTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTC-CACAAAAAGCTAGAGAATATTATACA---TATAA----CCGTT
gi|10 : cA-T--TTAACA----------CA---TAT----------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATACCG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATAC-TGG-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-TACATATAACCGT----TTT-AAATACTGCTAGAT-GATA-TAATTATGTTC-TATG---AAGAAA---T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTACA----------TATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATATTG---------GGA---CTA--TAACAACAGCT----ACAGAC-TATTACATATAC-TAC-AACAATAATAAC----------TAT---GACATAT-ACTGAAA-CTAT-AACAACAGCTACAG-ACTA-TGAC------C-TATACTGCAAATA---T---AACAACAGTTACAGACTATGACATACTGTGACGTACACTGT-GACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACA-GAA--T-AGCATTA--TACAGACA--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTG-TAACAACAGCTACAGAATA-TA-ATA---CAT-A----TTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC-----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-G------AATATTA--CACATACA--GGGA--CTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTG-TAACAACAGCTTCATACTGTTAT-TA---TAT-A----
gi|15 : tactgtA---CAGAGA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTATG----------CATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCC-ACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTA--TATATACC--GGGA--CTATT-----------ACAACAGC
gi|16 : gG--TAA-AATATTT----ACATAC-TATTATATATAC-CGG-GACTGTAACAACAGCTAAATATTAT---TATATAT-ACCGGGA-CTAT-TACAACAGC
gi|17 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaagACATACAG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATAC-TGA-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATATATATNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NN--------N-NNNN---NNNNNN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C-----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA----A---TGAATACTA--CACATACACAGGGG--CTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT-----ACATA----AAGA--CTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAATG-AAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACAGAATA-----TTACA-TATACTGCGACCA-TAACAATAG----CATAA-T--ATAA--------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATACTG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATAC-TAA-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT---TACATAT-ACTGCGA-CCAT-AACAATAGCgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTAAA-G------AATAATA--CATATACT--ACAA--CTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATACTG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGC-TGC-AATTATAACAACAATTACAGACTG-----ATGTAT-ACTGCGA-CTAT-AACAACAGTTACA
gi|21 : tattagAAC-----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTA--GACATACA--GGGA--CT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTG-Ttactgatgtat
gi|22 : tcAC-----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTA--TATATACA--GAGA--TTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTG-TTACA
gi|23 : CTGTAGCAACAGCT--G-GA---T-GATATTATTCATGTAGT--GAGG--CTATA-----------TTAAAAG--AC--------------TTATACGTATAGGGG-TGCTGACAAAAGCTAGGGAATGTTACCCA---TA
gi|24 : gTA---CAGCAA---T---AACAACAGCTACATAATATAGCA----------TATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacTACAGAATATA-T--ATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTTCA-GA-----AA-ATTA------TACC--AAGAGTCTGTA-----------GCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaaGA---CTG--TAACAACAGTT----ACAGAA-TATTAAACATACATG--GACTGTAACAACAGCAACAGTATAC---TACATAT-TTGAGGA-CTAT-AACA
gi|27 : AC-TGC-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---GATATTG-ACCTCGT-CTATAAAAAACAGCTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGAC-AGC-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTA--CACATACT--CAGA--CTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTA-TAACAACGGTAAAATAATATAACATAATTTAT-A----CTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT---TGAAA--ATATTACA-TATACTGCAAC-AATAACAATAC-T-ATATGACT--ATAACAGCAACTACAGCA---TATTACA-C-G---AAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTCTA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAA-TGC-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---TACACAT-ACTGGG--CT----ACAAAAGCTACAG-AATATTA--------CACATA---CTGAGA---C---TACAATTGC-------TATTACA----------TGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTA-TAACAACAATTAAATAATATAACATGAATTAT-G----CTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTA---GAGA--ATATTACA-TATACTGCAACAA-TAACAACAGCT-GCAGAA-T--ATTACA----------CA---AAA---AGT-G---A------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAATA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGTTACACATAC-TGA-GACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---TACACAT-ACCGAGA-CTA--A--AATTGCTATTG-CATA-TA--------G-T--------GAGAC--T---AA-GACATATACAAATTATTACA----------CATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTG-CAGCAACAGTCACAGAATATTACATA--------------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACATAGTA--TTGTTACA-TAGACTGC-------AACAACTG-TAACATAA-T--GTTACA----------CA---TAC---A-T-A---AA---CAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATATTAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAACAT-TCACATA-CTGC-AACAACAGTTAGAG-AACA--------------ATA---CATAGACTGC---AAAAACATTTACAATATATTACA----------CATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--cagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTG-TAACAATAATTGTATAATATTACACA---TAT-AGAGGCTGTT----ACTGT------AGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGACACTATTATATTATATTATATTTC--T-G-TAACAACAG-C--TGGAA-TAGATAACT----------CA---TAT---A-C-GTGCAA---G-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATATAG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAA-AGA-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---TACAGAT-A
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC-----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT---------------------ACATACA--GAGA--CTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTG-TAACAACAGCTACATAATATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTACA----------TATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATACAG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATAC--ACGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---TACAAAC--CCAGGACCTCT-AACATCAGTTACAT-AAT--------------------------A---T---AGCGACAGTTACAAAATTTTACA----------TTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11111 11111 2222222222222 11111111111 11111 222 111111 1111 111 222222 2222 888888888888888888888888888888888888 1111111111 444444444444444444444 1111111111 33333333333333333333333333333333 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 7 00 8 11 777 1 55555 0 1 6 22 22222 2 77 44 0 2 1 0000000000000 5 666 44 1 44444444444 00000 3 5 1 1 0 333 111111 1 1111 0 0 44 77 4 777 222 6 555555 7777 5 77 111111111111111111111111111111111111 44 1 5555555555 555 33 6666 2 33 77 1 0 888 2 0 1 3 0 3 4 555555555555555555555 9999999 1 55 5555555555 4 3 4 6 1 4 99999999999999999999999999999999 4 0 88 5 1 1 99 88 7 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . . .. . .. ... . ..... . . . .. ..... . .. .. . . . ............. . ... .. . ........... ..... . . . . . ... ...... . .... . . .. .. . ... ... . ...... .... . .. .................................... .. . .......... ... .. .... . .. .. . . ... . . . . . . . ..................... ....... . .. .......... . . . . . . ................................ . . .. . . . .. .. . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 0 55 0 00 444 0 00000 6 0 7 00 55555 9 33 22 5 1 0 7777777777777 2 333 22 4 66666666666 00000 5 7 2 0 9 333 555555 4 5555 1 3 66 99 9 222 777 7 333333 3333 7 99 444444444444444444444444444444444444 99 9 5555555555 444 99 1111 9 00 77 4 1 999 9 8 0 1 5 1 4 666666666666666666666 8888888 2 00 9999999999 3 6 5 6 6 0 00000000000000000000000000000000 4 1 00 7 0 5 22 33 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA-----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--AAGA--CTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTATAACAACAGTTAAATAATATGACATAAATTAT-A----CTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACATAATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-A-TAACAACAG-TAAAATAA-T--ATAACA----------TAATTTAT---A-CTGTT-AA---C-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATATTG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATAC-TGC-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT---TATATCA-ACTGCAA-CTAT-AACAACAGCTACAGAAATA-GA--------C-TATA---AAAAGA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAA--CA----------CACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTAAATATACC--GGTG--CTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACA---TATAA----CCGTT
gi|10 : cA-T--TTAACA----------CA---TAT----------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATACCG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATAC-TGG-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-TACATATAACCGT----TTT-AAATACTGCTAGAT-GATA-TAATTATGTTC-TATG---AAGAAA---T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTA--CA----------TATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATATTG---------GGA---CTA--TAACAACAGCT----ACAGAC-TATTACATATAC-TAC-AACAATAATAAC----------TAT---GACATAT-ACTGAAA-CTAT-AACAACAGCTACAG-ACTA-TGAC------C-TATACTGCAAATA---T---AACAACAGTTACAGACTATGA--CATACTGTGACGTACACTGT-GACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACA-GAA--T-AGCATTATACAGACA--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA-ATA---CAT-A----TTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC-----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-G------AATATTACACATACA--GGGA--CTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTGTAACAACAGCTTCATACTGTTAT-TA---TAT-A----
gi|15 : tactgtA---CAGAGA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTA--TG----------CATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCC-ACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTATATATACC--GGGA--CTATT-----------ACAACAGC
gi|16 : gG--TAA-AATATTT----ACATAC-TATTATATATAC-CGG-GACTGTAACAACAGCTAAATATTAT---TATATAT-ACCGGGA-CTAT-TACAACAGC
gi|17 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaagACATACAG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATAC-TGA-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATATATATNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NN--------N-NNNN---NNNNNN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C-----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA----A---TGAATACTACACATACACAGGGG--CTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT---ACATA----AAGA--CTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAATGAAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACAGAATA-----TTACA-TATACTGCGACCA-TAACAATAG----CATAA-T--ATAA--------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATACTG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATAC-TAA-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT---TACATAT-ACTGCGA-CCAT-AACAATAGCgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTAAA-G------AATAATACATATACT--ACAA--CTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATACTG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGC-TGC-AATTATAACAACAATTACAGACTG-----ATGTAT-ACTGCGA-CTAT-AACAACAGTTACA
gi|21 : tattagAAC-----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTAGACATACA--GGGA--CT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTGTtactgatgtat
gi|22 : tcAC-----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTATATATACA--GAGA--TTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTGTTACA
gi|23 : ---T---AGCAACAGCTGGATGATATTATTCA----------TGTAGTGA-GGCTATATTAAAAG--AC------TTATA-CGTA---------TAGG--G-GTGC-----------TGACAAAAGCT-AGGGAATGTTACCCATA
gi|24 : gctgTA---CAGCAA---T---AACAACAGCTACATAATATAG--CA----------TATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacTACAGAATATA-T--ATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTTCA-GA-----AA-ATTA----TACC--AAGAGTCTGTA-----------GCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaaGA---CTG--TAACAACAGTT----ACAGAA-TATTAAACATACATG--GACTGTAACAACAGCAACAGTATAC---TACATAT-TTGAGGA-CTAT-AACA
gi|27 : AC-TGC-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---GATATTG-ACCTCGT-CTATAAAAAACAGCTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGAC-AGC-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--CAGA--CTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTATAACAACGGTAAAATAATATAACATAATTTAT-A----CTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT---TGAAA--ATATTACA-TATACTGCAAC-AATAACAATAC-T-ATATGACT--ATAACAGCAACTACAGCA---TATTACA-C-G---AAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTCTA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAA-TGC-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---TACACAT-ACTGGG--CT----ACAAAAGCTACAG-AATATTA--------CACATA---CTGAGA---C---TACAATTGC-------TATTA--CA----------TGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTATAACAACAATTAAATAATATAACATGAATTAT-G----CTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTA---GAGA--ATATTACA-TATACTGCAACAA-TAACAACAGCT-GCAGAA-T--ATTACA----------CA---AAA---AGT-G---A------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAATA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGTTACACATAC-TGA-GACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---TACACAT-ACCGAGA-CTA--A--AATTGCTATTG-CATA-TA--------G-T--------GAGAC--T---AA-GACATATACAAATTATTA--CA----------CATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAGTCACAGAATATTACATA--------------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACATAGTA--TTGTTACA-TAGACTGC-------AACAACTG-TAACATAA-T--GTTACA----------CA---TAC---A-T-A---AA---CAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATATTAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAACAT-TCACATA-CTGC-AACAACAGTTAGAG-AACA--------------ATA---CATAGACTGC---AAAAACATTTACAATATATTA--CA----------CATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--cagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTGTAACAATAATTGTATAATATTACACA---TAT-AGAGGCTGTT----ACTGT------AGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGACACTATTATATTATATTATATTTC--T-G-TAACAACAG-C--TGGAA-TAGATAACT----------CA---TAT---A-C-GTGCAA---G-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATATAG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAA-AGA-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---TACAGAT-A
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC-----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT-------------------ACATACA--GAGA--CTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTGTAACAACAGCTACATAATATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTA--CA----------TATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATACAG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATAC--ACGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---TACAAAC--CCAGGACCTCT-AACATCAGTTACAT-AAT--------------------------A---T---AGCGACAGTTACAAAATTTTA--CA----------TTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11111 11111 2222222222222 11111111111 11111 222 111111 1111 111 222222 2222 888888888888888888888888888888888888 1111111111 444444444444444444444 1111111111 33333333333333333333333333333333 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 7 00 8 11 777 1 55555 0 1 6 22 22222 2 77 44 0 2 1 0000000000000 5 666 44 1 44444444444 00000 3 5 1 1 0 333 111111 1 1111 0 0 44 77 4 777 222 6 555555 7777 5 77 111111111111111111111111111111111111 44 1 5555555555 555 33 6666 2 33 77 1 0 888 2 0 1 3 0 3 4 555555555555555555555 9999999 1 55 5555555555 4 3 4 6 1 4 99999999999999999999999999999999 4 0 88 5 1 1 99 88 7 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . . .. . .. ... . ..... . . . .. ..... . .. .. . . . ............. . ... .. . ........... ..... . . . . . ... ...... . .... . . .. .. . ... ... . ...... .... . .. .................................... .. . .......... ... .. .... . .. .. . . ... . . . . . . . ..................... ....... . .. .......... . . . . . . ................................ . . .. . . . .. .. . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 0 55 0 00 444 0 00000 6 0 7 00 55555 9 33 22 5 1 0 7777777777777 2 333 22 4 66666666666 00000 5 7 2 0 9 333 555555 4 5555 1 3 66 99 9 222 777 7 333333 3333 7 99 444444444444444444444444444444444444 99 9 5555555555 444 99 1111 9 00 77 4 1 999 9 8 0 1 5 1 4 666666666666666666666 8888888 2 00 9999999999 3 6 5 6 6 0 00000000000000000000000000000000 4 1 00 7 0 5 22 33 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA-----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--AAGA--CTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGACTATAACAACAGTTAAATAATATGACATAAATTAT-A----CTGTTAACAACTATGAAAACAGGTATAGAAAATC--ACAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACATAATA--ATATTACA-AATACTAAGAC-A-TAACAACAG-TAAAATAA-T--ATAACA----------TAATTTAT---A-CTGTT-AA---C-AACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATATATTG---------CAA---CTA--TAACAATAGTT----AGAGAC-TATTTCATATAC-TGC-AACTAAAATAACAGCTACACAATAT---TATATCA-ACTGCAA-CTAT-AACAACAGCTACAGAAATA-GA--------C-TATA---AAAAGA---T---AACAACAGTTAAAGAATATAA--CA----------CACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACA-CATAC--------TATATTATACTA-----------TACCAACAGTT-AGAGAATATTACATATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GA---T-GGTATTAAATATACC--GGTG--CTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACA---TATAA----CCGTT
gi|10 : cA-T--TTAACA----------CA---TAT----------------C-GGCTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATATACCG---------GTG---CTT--TATCAACAGCT----ATAGAAGTA-TGCAAATAC-TGG-GGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTA-TACATATAACCGT----TTT-AAATACTGCTAGAT-GATA-TAATTATGTTC-TATG---AAGAAA---T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct---T---AATAACAGCTAGAGAATATTA--CA----------TATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACA-TATATAACGGCAGTAAT--A-ANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCG-AGAGAATATTACATATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : ATTACATATATTG---------GGA---CTA--TAACAACAGCT----ACAGAC-TATTACATATAC-TAC-AACAATAATAAC----------TAT---GACATAT-ACTGAAA-CTAT-AACAACAGCTACAG-ACTA-TGAC------C-TATACTGCAAATA---T---AACAACAGTTACAGACTATGA--CATACTGTGACGTACACTGT-GACTATAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTACA-GAA--T-AGCATTATACAGACA--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCCTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA-ATA---CAT-A----TTG--A--GTCTATAACAACAGTTACAGAATAAT--ATATAGACAGAGA
gi|14 : GAC-TGCAAC-----AACAATTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGTCTGTAACAATAGTTACA-G------AATATTACACATACA--GGGA--CTGCA-----------ACAACAGCTACAG-----AA---TATTATATATACATAGACTGTAACAACAGCTTCATACTGTTAT-TA---TAT-A----
gi|15 : tactgtA---CAGAGA---CTAAAACATCAGCTACAGAATATTA--TG----------CATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACA-TATAA--------T-GA--G-ACTA-----------TGACATCAGCT-ACAGAATGGTACACATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : TTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCC-ACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCT--A-AA---T-ATTATTATATATACC--GGGA--CTATT-----------ACAACAGC
gi|16 : gG--TAA-AATATTT----ACATAC-TATTATATATAC-CGG-GACTGTAACAACAGCTAAATATTAT---TATATAT-ACCGGGA-CTAT-TACAACAGC
gi|17 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaagACATACAG---------GGA---CTG--CAACAATAGTT----ACATAA-TATTACATATAC-TGA-GACTGTAACAGCCGCTACAGAATATATATATATNN-NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NN--------N-NNNN---NNNNNN---T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C-----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA----A---TGAATACTACACATACACAGGGG--CTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTACA-GAATTT-AATAT---ACATA----AAGA--CTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAATGAAACACCAG
gi|2 : ttCGACTATAACATTAGCTACAAAATATT--ACATATACTAAGAATATAACAATAGCAACAGAATA-----TTACA-TATACTGCGACCA-TAACAATAG----CATAA-T--ATAA--------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATATACTG---------TGA---CTA--TAACATTATCT----AAAAAA-TATTACATATAC-TAA-GAATATAACAATAGCAACAGAATAT---TACATAT-ACTGCGA-CCAT-AACAATAGCgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTAAA-G------AATAATACATATACT--ACAA--CTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcATACTG---------TGA---ATA--TAATAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATGC-TGC-AATTATAACAACAATTACAGACTG-----ATGTAT-ACTGCGA-CTAT-AACAACAGTTACA
gi|21 : tattagAAC-----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTACC-GA---T---TATTAGACATACA--GGGA--CT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGACTGTtactgatgtat
gi|22 : tcAC-----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTACA-GA---T---TATTATATATACA--GAGA--TTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGACTGTTACA
gi|23 : ---T---AGCAACAGCTGGATGATATTATTCA----------TGTAGTGA-GGCTATATTAAAAG--AC------TTATA-CGTA---------TAGG--G-GTGC-----------TGACAAAAGCT-AGGGAATGTTACCCATA
gi|24 : gctgTA---CAGCAA---T---AACAACAGCTACATAATATAG--CA----------TATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACA-CACAT--------CA-A--A-ACCA-----------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacTACAGAATATA-T--ATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTTCA-GA-----AA-ATTA----TACC--AAGAGTCTGTA-----------GCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaaGA---CTG--TAACAACAGTT----ACAGAA-TATTAAACATACATG--GACTGTAACAACAGCAACAGTATAC---TACATAT-TTGAGGA-CTAT-AACA
gi|27 : AC-TGC-GACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT---GATATTG-ACCTCGT-CTATAAAAAACAGCTACAG-tttaa
gi|28 : cA---TTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTATATAGAC-AGC-ACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAACATAA---T-AATATTACACATACT--CAGA--CTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATACTATAACAACGGTAAAATAATATAACATAATTTAT-A----CTGTTAACAACTATAACAGCA---ACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCT---TGAAA--ATATTACA-TATACTGCAAC-AATAACAATAC-T-ATATGACT--ATAACAGCAACTACAGCA---TATTACA-C-G---AAGTAT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACATTCTA---------AAA---CTA--TAACAACAGCT----ACTGAA-TTTAACATATAA-TGC-ATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT---TACACAT-ACTGGG--CT----ACAAAAGCTACAG-AATATTA--------CACATA---CTGAGA---C---TACAATTGC-------TATTA--CA----------TGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACA-CATAC--------C-GA--G-ACTA-----------TAACAACAGCC-ACAGAATTTTACACATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGCTATAACAACAATTAAATAATATAACATGAATTAT-G----CTGTTAACAACTATAACAACAGGAACAGAATATT--ACATATACTGCAACTATAACAATAGCTA---GAGA--ATATTACA-TATACTGCAACAA-TAACAACAGCT-GCAGAA-T--ATTACA----------CA---AAA---AGT-G---A------GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACAAAATA---------CGA----TGTTTAACAACAGCT----ATAGAA-TGTTACACATAC-TGA-GACT---ACAAAAGCTACAGAATAT---TACACAT-ACCGAGA-CTA--A--AATTGCTATTG-CATA-TA--------G-T--------GAGAC--T---AA-GACATATACAAATTATTA--CA----------CATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACA-CATAC--------CA-A--G-ATTA-----------TAACAACA-CTAACAGAATATTACACATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAGTCACAGAATATTACATA--------------------GACTGCAACAAAAGTGACAGAATATT--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTACATAGTA--TTGTTACA-TAGACTGC-------AACAACTG-TAACATAA-T--GTTACA----------CA---TAC---A-T-A---AA---CAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATATATTAAATATACACTGA---CTG--CAGTAACAGTTACAGACAGAA-TATTACACA--------GACTGCAACAAAAGTTACAGAATGT---GAAACAT-TCACATA-CTGC-AACAACAGTTAGAG-AACA--------------ATA---CATAGACTGC---AAAAACATTTACAATATATTA--CA----------CATACACA-AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATAT--------TACACCA-ACTA-----------CAACAACAGTT-ACAGAATA-TACAC------AGACTG-TTATAATAATTAAAGAATATT--cagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGACTGTAACAATAATTGTATAATATTACACA---TAT-AGAGGCTGTT----ACTGT------AGCTGAAGAATATTTAACATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGACACTATTATATTATATTATATTTC--T-G-TAACAACAG-C--TGGAA-TAGATAACT----------CA---TAT---A-C-GTGCAA---G-GGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACATATAG---------GGGCTCCTC--TAATTACAGCT----AGATAA-TATCATATATAA-AGA-GGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT---TACAGAT-A
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC-----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT-------------------ACATACA--GAGA--CTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCCTGTAACAACAGCTACATAATATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTA--CA----------TATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACA-CAGAC--------TGAA--A-AAAG-----------TAACTACCACT-GCAGAATTTTACACATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACATACAG---------GTA---CTG--TAACAACAGTT----ACAAAA-TATTACACATAC--ACGGACTGTAACAACAAAAACAGAATAT---TACAAAC--CCAGGACCTCT-AACATCAGTTACAT-AAT--------------------------A---T---AGCGACAGTTACAAAATTTTA--CA----------TTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTA-CTTAC---------AGA--A-ACTG-----------TAATAACAGTT-ACAGAATATAAAACATAcataacacat
blockSeqs : A T C G G T A GT G CG TTA T CAATG A C GC GGTAA A AA TA C G ACAGAATTTAA A ACA GT T CTGAGCTTATA . T G C G ATT AGAGG T AACA TT TA A CAG TTA T GACCA CTG C AG GCAACTACAGCATATTACACGAAGTAT CT T AATATACACT CTC TT ACAG G AT CG C ATA A T C A . TAATTATGTTCTATGA CTAA G TT TACTGTGACG C C A C G G TAACGGCAGTAATAANNNNNNNNNNGCAG A AA A C G CC . A AAT G CA TTACAC A
blockSeqs : A A A T A C G G . . ATA A ATAAT C . CA . T A . T T ACAGAATAG T C . G . . C G T C AAT AA T AACA CT . A CAT A . AACAA TAA . . CATATACGTGCAAG TA T G . . . . T G A TA . A . . . TGACCTATACTGC CTGC G . . C . T C C . TTACACCAACTA . TA . C A . . . . T CA T T
blockSeqs : . C A . G A . . . . CT T GTA C . TT . G . . A T ACATAATAA C A . G . . T T T C . A T AG GA . C GAC A . AACAA TA . . CATACATAAACA AT A G . . . . T C G . . G . . . TTACACATAC CT G . . G . A A C . CTGAAAAAAG . CA . A C .
blockSeqs : . . G . . A A ACA T . AT . G . . C A TCAGAAA T A . A . . T G C A . A T G TG . C T T . TG C . . CAAAAAGTGA GT C G . . . . C G G . . N . . . NNNNNNNN T T . . A . T A A . ATGAGACTA . TG . T A .
blockSeqs : A . GC . G . . A G AGATGG C C . G . . T A C A . A . . CT . A . . . . . . . CATATC TT A T . . . . T A A . . C . . . TAGT T T . . G . A C T . TAGGGGTGC . AG . A C .
blockSeqs : . T . . T A ACAGAA C T . G . . T A A C . G . . . . . . . . A T . . . . T A A . . C . . . ATAC T A . . C . T T C . TCAAAACCA . . .
blockSeqs : . G . . A G AAATAT G A . G . . T G C T . . A . . . . T C G . . G . . . . T A . . C . T C C . CCGAGACTA .
blockSeqs : . . . A A AATGAA T A . T . . . . T C . C . . . . T C G . . C . . . T G . . T . A . C . CCAAGATTA .
blockSeqs : . . A T AAAGAA C C . G . . . . . G . . . . A C G . . G . . T A . . C . T . . . CAGAAACTG
blockSeqs : . . T T ACCGAT . T . A . . . . G . . . . T C A . . A . . C . . . . . .
blockSeqs : . . A C ACAGAT . A . G . . . . . T A G . . A . . T
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . A A A . . G . .
blockSeqs : . . . . . G . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ANAGAN******* ***** *** AACAA* CATATAAGCA************************** TATATGC************** CCGAGACTA***********************
originalCons : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTACA-GA---T-AATATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCGAC-A-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACA----------CA---TAT---A-C-G---AA---C-GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATA-TA--------C-TATA---CAGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATAC--------TAGA--A-ACTA-----------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
finalCons : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTANAGAN-------TATTACACATACN--GGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGACTGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT-A----CTGTTAACGACTATAACAACAGNTACAGAATATT--ACATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAATA--ATATTACA-TATACTGCAACAA-TAACAACAG-T-ACATAA-T--ATAACACATATAAGCA--------------------------GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACATACTG---------NGA---CTG--TAACAACAGCT----ACAGAA-TATTACATATAC-TGC-GACTGTAACAACAGCTACAGAATAT---TACATAT-ACCGNGA-CTAT-AACAACAGCTACAG-AATATATATGC--------------AGAGA---T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CA----------TATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACA-CATACCGAGACTA-----------------------TAACAACAGCT-ACAGAATATTACACATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 11111 111 11111111111 222 1111111111111111 1111 1111111111111 11111 11111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5555555555555555555 11111111 333333333333333333 1111111111 11 11 222 44444444
lowQualScore : 3 0 0 1 4 6 3 1 6 0 9999 000 3 1 99999 1 6 22 22222 1 77 44 0 2 1 7777 0 555 000 99 33 3 0 33 0 33333333333 99999 2 5 7777 1 1 3 333 9999999999999999 2 0000 66 5 1 4 2 5555555555555 6 0 3 66666 99999 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 1 8888 2 1 555 44 3 5 9 1 66 888 1 0 3 3 5 2222222222222222222 0 77777 4 5 55 5 4 4 0 5 1 00000000 1 0 333333333333333333 4 0 9999999999 6 1 5 22 3 11 88 7 333 1 77 66666666 1
lowQualScore : . . . . . . . . . . .... ... . . ..... . . .. ..... . .. .. . . . .... . ... ... .. .. . . .. . ........... ..... . . .... . . . ... ................ . .... .. . . . . ............. . . . ..... ..... ....................................................................... .. . .... . . ... .. . . . . .. ... . . . . . ................... . ..... . . .. . . . . . . ........ . . .................. . . .......... . . . .. . .. .. . ... . .. ........ .
lowQualScore : 2 2 8 2 2 0 2 0 8 6 2222 777 2 0 22222 0 7 00 55555 1 33 22 5 0 0 0000 7 999 000 33 99 0 4 99 6 66666666666 11111 4 8 1111 0 9 7 333 4444444444444444 8 6666 99 0 7 9 2 8888888888888 7 3 2 77777 22222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 9 5555 9 0 888 22 1 7 6 1 88 555 0 1 3 3 0 8888888888888888888 3 33333 1 7 55 7 0 9 7 0 6 22222222 4 7 555555555555555555 4 1 4444444444 3 6 7 44 6 00 33 3 333 0 33 00000000 0
consensus : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTGTAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACAT--ACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTA---CAGA--ATA---TTAN-ACAT--ACNGGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGAC----TGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT--A----CTGTTAAC-GACTATAACAACAGCTACAGA----ATATT--A-CATATACTGAGACTATAACAATAGCTACANAAT----A--ATATTACA-TATACTGCGACAATA-----ACAACAG-T-ACATA-------------------A-TATA--ACA----------CA---TAT------A-----A--GC-A--GACTNNAACAACAGCTACAAAATATTACACA----TACNGCGA---CTGT--AACAACAGCTACAGAA-TATTACATATAC-TGCGACTGTAACAACAGCTACAGAATAT--TACATAT---ACCGNGAC-TAT-AACAACAGCTACAGAAT-AT---A---------TATACAGAGA-T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CATATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACACATAC--CG----AGACTA------------------TAACAACAGCTA-CAGAATATTACA----------CATACCGAGACTG-TAACAACAGNTANAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
Reference ( family-978 ) : GAATATTACACATACTGAGACAATAACAACAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGANACTATAAAAACAG-CA-AAAT--AATATNACATNNACGGAGNC-TNNAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACACATACNGAGNCTGTAACAACAGCTA---NAGA--NTA---TTAC-ACAT--ACNGGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGTATTACACATACAGAGAC----TGTAACAACAGCTANATAATATTACATA---TAT--A----CTGTTAAC-GACTATAACAACAGNTACAGA----ATATT--A-CATATACTGAGACTATAACAACAGCTACATAAT----A--ATATTACA-TATACTGCAACAATA-----ACAACAG-T-ACATA-------------------A-TATA--ACA----------CA---TAT------A-----A--GC-A--GACTNTAACAACAGCTACAAAATATTACACA----TACTGNGA---CTGT--AACAACAGCTACAGAA-TATTACATATAC-TGCGACTGTAACAACAGCTACAGAATAT--TACATAT---ACCGNGAC-TAT-AACAACAGCTACAGAAT-AT---A---------TATGCAGAGA-T---AACAACAGCTACAGAATATTA--CATATACTGA-GACNATAACAACAGCTACAGAATATTACACATAC--CG----AGACTA------------------TAACAACAGCTA-CAGAATATTACA----------CATACCGAGACTG-TAACAACAGNTAAAGAATATT--ACATA--TAACTGCAATAATAAC---AGCTANAGAATATTTCGCATACTGAGACTGTAACAACAGCTACAGAATA-TA--CA-TACACANACTGCAAC
gi|1 : GAATATTAAACATATTAAGACAAAAACTATAGCTACGGAAAATTACA-TATACTGAGACTATAAAAAGAG-CA-AAAT--AATATGACATTGACGGCGTC-TAAAAA-----AACAGCTACAGAATAT--T--ACACATACTGAACTTATAACAACAGCAACATAATA--ATA---TTAC-ACAT--ACTAAGA--CTATA-----------ACAACANNNNNNNNNNATAATAATATTACACATACTAAGAC----TATAACAACAGTTAAATAATATGACATAAATTAT--A----CTGTTAAC-AACTATGAAAACAGGTATAGA----AAATC--A-CAGGTACTGAGCTTATAACAACAGCAACATAAT----A--ATATTACA-AATACTAAGAC-ATA-----ACAACAG-TAAAATA-------------------A-TATA--ACA----------TAATTTAT------ACTGTTA--AC-A---ACTTAAACAACAGGAACAAAATATTACATA----TATTGCAA---CTAT--AACAATAGTTAGAGAC-TATTTCATATAC-TGCAACTAAAATAACAGCTACACAATAT--TATATCA---ACTGCAAC-TAT-AACAACAGCTACAGAA--AT---AGAC------TATAAAAAGA-T---AACAACAGTTAAAGAATATAA--CACACTTTAA-AATCATAAAAACAGCAACAGTATATTACACATAC--TATATTATACTA------------------TACCAACAGTTA-GAGAATATTACA----------TATACTGCGACAA-TAACAACAGTAAAAGAATACT--ACACATTTAACTGCAACTATAAC---AGCTACAGAATATTT-GCATTCTGAGACTTTAGCAATTGCTACAGGATA-TAAGTA-TACCCAGACTGCAAC
gi|10 : TAT--TTAACACATATCG--GCTCTAAGAACAGCTA---GATG--GTA---TTAA-ATAT--ACCGGTG--CTTTA-----------TCAACAGCTATAG-----A--AGTA-TGCAAATACTGGGGT----TCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACA---TATA-A----CCGTT
gi|10 : c-------------------A-TTTA--ACA----------CA---TAT----------------C-G--G-CTCTAAGAACAGCTAGATGGTATTAAATA----TACCGGTG---CTTT--ATCAACAGCTATAGAAGTA-TGCAAATAC-TGGGGTTCCACAAAAAGCTAGAGAATATTATACATATA--ACCGT----TTT-AAATACTGCTAGATGAT-AT---AATTATGTTCTATGAAGAAA-T---AAttaaatactgctagatgatataattatgttctatgaagaaataaggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|11 : ct-T---AATAACAGCTAGAGAATATTA--CATATA-TAACGGCAGTAATAATAGCGAGAGAATATTACATATATAACG----GCAGTAATAANNNNNNNNNNGCAGTAATAATAGCGA-GAGAATATTACA----------TATATAACGGCAG-TAATAACAGCTAGAGAATATTCCATATA--TAACGGCATTAATAAT---AGCGAGAGAATATTCCATATAggtataccacacatataggaacatttcaaacagatgaaa
gi|12 : AT--TACATAT---ATTGGGAC-TAT-AACAACAGCTACAGACT-AT---------------TACATATA-C---TACAACAATAATA-ACTATGA--CATATACTGA-AACTATAACAACAGCTACAGACTATGACCTATAC--TG----CAAATA------------------TAACAACAGTTA-CAGACTATGACATACTGTGACGTACACTGTGACTA-TAACAACA
gi|13 : AATAT--T--ATATATACTAAGTCTTTAACAACAGCTA---CAGA--ATAGCATTAT-ACAG--ACAGGGA--CTGTA-----------ACAACAGCTACAG-----AATAGCATTATACAGACAGGGCC----TGTAACAACAGCTACAGAATA-TA-ATA---CAT--A----TTG--A---GTCTATAACAACAGTTACAGA----ATAAT--A-TATAGACAGAGA
gi|14 : TACTGTGACTGCAACAACAATTA---CAGA--ATA---TTAA-ACAT--ACAGGGT--CTGTA-----------ACAATAGTTACAG-----AA---TATTACACATACAGGGAC----TGCAACAACAGCTACAGAATATTATATA---TAC--A--------TA---GACTGTAACAACAGCTTCATA----CTGTT--ATTATATA
gi|15 : CAGAGA-CTAAAACATCAGCTACAGAATATTA--TGCATACTGA-GATAATAACAACGCCTACAAAATATTACATATAA--TG----AGACTA------------------TGACATCAGCTA-CAGAATGGTACA----------CATACTAAGACTGATAACAACAGCTAAAGAATATT--TCAa
gi|16 : aTTACAGCATG-TGATACTATACAAACA-----AAAC--ATTACTTTGTCAATGTAGCC-ACAAAAGGTAAAATATTTACATACTAT--T--ATATATACCGGGACTGTAACAACAGCTA---AATA--TTA---TTAT-ATAT--ACCGGGA--CTATT-----------ACAACAGC
gi|16 : gGT--AA-AATATTTACATAC-TATTATATATAC-CGGGACTGTAACAACAGCTAAATATTAT--TATATAT---ACCGGGAC-TAT-TACAACAGC
gi|17 : gttacagcatgtgatactatacaaacaaaacattactttgtcaatgtagccacaaaagACA----TACAGGGA---CTGC--AACAATAGTTACATAA-TATTACATATAC-TGAGACTGTAACAGCCGCTACAGAATATA-TATATATNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NN---N---------NNNNNNNNNN-T---AACAACAGC
gi|18 : -CA-GAAT--ACT-TAACATGTA--GAGCCCTTT--C-----AACAGTAATATACTGC--T--ACATATATAGAGGTGGTAACATCAGGGA---ATGA--ATA---CTAC-ACATACACAGGGG--CTGTA-----------ACAACAACT--AG-----AACA-TATTACACACACAGatc
gi|19 : GTTACAAAATATAAT--ACACTTA--GAGAATGTAACAACAGCTA---CAGAATTTA---ATAT-ACAT--A--AAGA--CTGTA-----------ACAATGGTTACAA-----AATATT-CTACACAT--AGAGAA----TGAAACACCAG
gi|2 : ttC-GACTATAACATTAGCTACAAA----ATATT--A-CATATACTAAGAATATAACAATAGCAACAGAAT----A-----TTACA-TATACTGCGACCATA-----ACAATAG----CATA-------------------A-TATA--A-----------------------------------------------AACAATAGCAACATAATATGACATA----TACTGTGA---CTAT--AACATTATCTAAAAAA-TATTACATATAC-TAAGAATATAACAATAGCAACAGAATAT--TACATAT---ACTGCGAC-CAT-AACAATAGCgt
gi|2 : GACAATAAAAACAACTACCGAATATTATA-TGTACT-ACCCT-TAAAAACAG-CA-AAAG--AATATTGCATATAATGCATC-TATAAC-----AACAGTTACAGAATAT--T--ACATACACTAAGGCTATTACAACAGCTA---AAGA--ATA---ATAC-ATAT--ACTACAA--CTGTA-----------CCAATAataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcgacaataaaaacaactaccgaatattatatgtactacccttaaaaacagcaaaagaatattgcatataatgcatctataacaacagttacagaatattacatacactaaggctattacaacagctaaagaataatacatatactacaactgtaccaata
gi|20 : cgactataacattagctacaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatataaaacaatagcaacataatatgacatatactgtgactataacattatctaaaaaatattacatatactaagaatataacaatagcaacagaatattacatatactgcgaccataacaatagcataatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcA----TACTGTGA---ATAT--AATAACAGCTACAGAA-TATTACATATGC-TGCAATTATAACAACAATTACAGACTG----ATGTAT---ACTGCGAC-TAT-AACAACAGTTACATACTGAT---G---------TAT
gi|21 : tattagAAC-----AACATTTACAGAATAT--T--AAACATACAGGGACTGTAGCAACATTTA---CCGA--TTA---TTAG-ACAT--ACAGGGA--CT-TA-----------ACAACAGTTACAG-----GA---TATTAAACATACAGGGAC----TGT
gi|22 : tcAC-----AACA----CAGAATAT--T--GTATATACAGAGTCTGTTACAATAGCTA---CAGA--TTA---TTAT-ATAT--ACAGAGA--TTTTA-----------ATAACAGCTATAG-----ACTAGTAT---ATATGCAGAGAC----TGTTACA
gi|23 : -T---AGCAACAGCTGGATGATATTATTCATGTAGTGA-GGCTATATTAAAAG--AC------TTATACGTAT--AG----GGGTGC------------------TGACAAAAGCTA-GGGAATGTTACC----------CATA
gi|24 : gctgTACAGCAA-T---AACAACAGCTACATAATATAG--CATATAATTA-AACAATAACAACAAATAAAGAATATTACACACAT--CA----AAACCA------------------TAAAAACAagttaatcg
gi|25 : ataaacTACAGAATATA-T--ATATACACAGAGTCTTTAACACCAGCTT---CAGA--AAA---TTA-----T--ACCAAGAGTCTGTA-----------GCAACAGCTACat
gi|26 : tatatacacagaaaGA---CTGT--AACAACAGTTACAGAA-TATTAAACATACATG-GACTGTAACAACAGCAACAGTATAC--TACATAT---TTGAGGAC-TAT-AACA
gi|27 : AC-TGCGACTGTCACAACAGCAACAGAAAAT--GATATTG---ACCTCGTC-TATAAAAAACAGCTACAGtttaa
gi|28 : cA---TTGT--AACAACAGCTACAGAA-TATTATATAGAC-AGCACCTGTAACAACAGC
gi|29 : ATATTACACAAACTGAGACAACAACAACAGAAACAGAAAATTACATTAGACTAAAAaatatac
gi|3 : GAATAT--T--ACAGATACTGAGCTTAGAACAACAGCAA---CATA--ATAATATTAC-ACAT--ACTCAGA--CTATACTGAGCTTATAACAACAGAAACAT-----AATAATATTACAAATACTAATAC----TATAACAACGGTAAAATAATATAACATAATTTAT--A----CTGTTAAC-AACTATAACAGCA---ACAGA----ATATT--A-CATATACTGCAACTATAACAATAGCT---TGAA----A--ATATTACA-TATACTGCAACAATA-----ACAATAC-T-ATATG-------------------ACTATA--ACAGCAACTACAGCA---TATTACACGA-----A--GT-AT-GACTTAAACAACAGCTATAAAATGTTACACA----TTCTAAAA---CTAT--AACAACAGCTACTGAA-TTTAACATATAA-TGCATCTATAACAACAGCTTCAGAATAT--TACACAT---ACTGGG-C-TA----CAAAAGCTACAGAAT-ATTACA---------CATACTGAGA-C---TACAATTGCTA-------TTA--CATGTAGTGA-GAC--TAA-GGCAGATATAAATTATTACACATAC--CG----AGACTA------------------TAACAACAGCCA-CAGAATTTTACA----------CATACCAAATTTA-TAACAACAa
gi|4 : GGC----TATAACAACAATTAAATAATATAACATGAATTAT--G----CTGTTAAC-AACTATAACAACAGGAACAGA----ATATT--A-CATATACTGCAACTATAACAATAGCTA---GAG----A--ATATTACA-TATACTGCAACAATA-----ACAACAGCT-GCAGA-------------------A-TATT--ACA----------CA---AA-------A-----A--GTGA--GACTATAACAACAGCTACACAATATTACACA----AAATACGA----TGTTTAACAACAGCTATAGAA-TGTTACACATAC-TGAGACT---ACAAAAGCTACAGAATAT--TACACAT---ACCGAGAC-TA---A-AATTGCTATTGCAT-AT---A------------GT-GAGACT---AA-GACATATACAAATTATTA--CACATACCGA-GACTATAACAACAGCCACGGAATAGTACACATAC--CA----AGATTA------------------TAACAACA-CTAACAGAATATTACA----------CATACTGAGACTA-CAACAACAGAAACAGAATATT--ACATcgaacaga
gi|5 : ACTGCAGCAACAG-TC-ACAG--AATATTACAT------AGAC-TGCAAC-----AAAAGTGACAGAATAT--T--ACACATACACAGATTACAACAACAGTTA---CATA--GTA---TTGTTACAT--A----GA--CTGCA-----------ACAACTGTAACA--------TAATGTTACACATACATAAACAAACTGTAACAACAGTTACAAAATATTAAATA---TATTAA----ATATACACTGACTGCAGTAACAGTTACAGACAGAATATT--A-C----AC--AGACTGCAACAAAAGTTACAGAATGTGAA--ACATT-CA-CATACTGCAACAACAGTTAGAGAACAA-T-ACATAGACTGCAAAAACATTTACAA-TATATTACA----------CA---TAC------A---------C-A--AACTGCACCAACAGTTACCAAAAATTACAGAATATTACACCAA---CTAC--AACAACAGTTACAGAA-TA-TACACA-------GACTGTTATAATAATTAAAGAATAT--Tcagac
gi|6 : ATAATATTATACATATAGAGAC----TGTAACAATAATTGTATAATATTACACA---TAT--AGAGGCTGTT-----ACTGT------AGCTGAAGA----ATATTTAA-CATATA-TG-GGCTCTAATAACAACTAGACACT----ATTATATTATATTATATTTCTGTAACA-----ACAGCTG-G-A-ATA-------------------G--ATA--ACT----------CA---TAT------A-----CGTGC-AAGGGCTTTAACAACAGCTACGAAATATTTCACA----TATAGGGGCTCCTCT--AATTACAGCTAGATAA-TATCATATATAA-AGAGGCTAAAACAACACCTAAAGAATCT--TACAGAT---A
gi|7 : aattatGAGACTGTCAGAACAGTTACAGAATATTA--CACTACACAAACTGTAACaaagagctcgtacagcctcgttaactttaatatgtattataa
gi|7 : aGAATATTACAC-TACACAAACTGTAACAACAGCCACATACAATTATA-TATACAGAGACTGTAACAACAGTCAGAAATCGAA---AACAT--ACAGAGAC-TGCAAC-----AACAGTTTCAGAATAT--T--ATGTATACAGAGCCTGTAACAACAGCT---------------------ACAT--ACAGAGA--CTGCA-----------ACAACAGTTACAG-----AATAGTAT---GTATACAGAGCC----TGTAACAACAGCTACATAATATTATATA---TAaacagccacatacaattatatatacagagactgtaacaacagtcagaaatcgaaaacatacagagactgcaacaacagtttcagaatattatgtatacagagcctgtaacaacagctacatacagagactgcaacaacagttacagaatagtatgtatacagagcctgtaacaacagctacataatattatatata
gi|8 : agagactgtcagaacagttacaCTACAGAATATTA--CATATATTAA-GACAATAACAACAACTACAGAATATAACACAGAC--TG----AAAAAAG-----------------TAACTACCACTG-CAGAATTTTACA----------CATATAGAGATTG-TAACAATAGATACAGAATATT--ACATA--T-TCTGAAATAGTAACAATAACTATAAAATATTTCACAAACTAAGAATGTAACAACAACTACAGAATA-T------TACACATACTG
gi|8 : aGAATATTACACATACTGAGATAGT-ACAGCAagatagtacagcacataacacat
gi|9 : actacagaatattacatatattaagacaataacaacaactacagaatataacacagactgaaaaaagtaactaccactgcagaattttacacatatagagattgtaacaatagatacagaatattacatattctgaaatagtaacaataactataaaatatttcacaaactaagaatgtaacaacaactacaTATTACACA----TACAGGTA---CTGT--AACAACAGTTACAAAA-TATTACACATACACG-GACTGTAACAACAAAAACAGAATAT--TACAAAC----CCAGGACCTCT-AACATCAGTTACATAAT-AT---A-------------------------GCGACAGTTACAAAATTTTA--CATTTACAGA-GACTGTAACAACAG-TA-AGAGTTTTTTACTTAC--AG----AAACTG------------------TAATAACAGTTA-CAGAATATAAAA----------CATAcataacacat