lowQualScore : 66666666 222222 111 222222222222 11111 3333333333333333333 11 555555555555 222 111 5555555555555555555 1 1 1
lowQualScore : 77777777 6 88 222222 777 3 888888888888 5 0 3 4 11111 66 9999 5555555555555555555 3 11 0 55555 9 44 3 44 0 444 33 0 2 77 5 555555555555 0 3 000 8 77 1 111 6 6 2 0000000000000000000 5 7 6 5
lowQualScore : ........ . .. ...... ... . ............ . . . . ..... .. .... ................... . .. . ..... . .. . .. . ... .. . . .. . ............ . . ... . .. . ... . . . ................... . . . .
lowQualScore : 00000000 0 00 222222 555 2 444444444444 0 4 4 2 11111 11 4444 0000000000000000000 3 55 6 66666 2 66 3 66 6 888 66 8 6 55 7 888888888888 1 4 666 9 99 7 777 7 7 5 0000000000000000000 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAA--CAAAAAGTGTAANNCTTTGTG-ATT--CAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCAATTT-GG--CCAGTTCAA--GA-A--CTTGTCT-GAG-ATATTATGGTNATATAACTAC---T--A-GTAAGTTTGGTNAAGATCCAATNAAA--AATGC-GGGTGC-AAGAGTGCA-AAAGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
Reference ( gi|4 ) : CGATTAAAAAAAGAGTTGAAGATTTGAAGAGAATCAAATAAAAATGCGGCTACAAGAGTGCACATAAGGTCAATTAGTGCAATTCTTTGTG-CTT--CAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCACA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCGATTT-GG--CAAGTTCAA--GA-A--CTTGTCT-GAG-ATATTATGGTTATGTAACTAC---C--A-GTTAGTTTGGTGAAGAGCAAATGAAA--AATGC-AGGTGC-AAGAGTGCACACAACAAAATGTTTGCGAACAGACACATGGCGATAAGGC
gi|6 : CATAAA--CAAAAAGTGTAAAACTTTGTGGCATGATAAGACTTACTATAAACCAAT--TTTTGATAAATCA-AATCAAGGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TATCAATA-GTA-TC--ATTG-CG--CCAGTT-----GATA--TTCCTTTAGAT-ATATAATGTTTATA-AACTAA---TAAA-GTTAG-TTGATTAAAATTAAATTAAA--A
gi|12 : ATTTTTTATG-ATT--TAAAG---GCCATAACTCAGGCA---TAA-A--T-A-ATTCA--------A-----ACTTT----CAA------A---TTT---TA-ATA-T-TAACTT-GG--CAA
gi|1 : GTG-ATT--CGAGG---GCCATAACTCAGCCA--TTAAT
gi|16 : TT--CAAGG---GATATAACTCAGTCA--TTAATtacccaagttagccagccatcacgcgtcagatgtatgatggtgataaaatactttgtaagtttgatctagatccaataaaaatgaggatgcaacaaaagcataacgactactgaccgacacaagacgatcagaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|9 : ataaAACT--GTTATCTTCA-----CA-ATTCAAGGACCACA-----TC--TGTGACAG------A---A------A-TTA-TTCAAAGT-GA--TCAGTTCAAAAGA-A--CTTATCC-AAG-ACCTTATAGTTATATtttgttatccgaattggccagttca
gi|8 : aatttttctgtacaccgactagattaaACCTTA-TA---CACACTCATAGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TGT---CAGCTA-TCTGATTT-AG--CCAATTCAA--GA-AAGATTGTAT-GAATATATTA---CCATGTAACTG----------------TGGTAAACGTCTAATGAAA--TATAC-CTGCGC-A
gi|7 : tCTTAATA--T----TGCAAAGGCCAAATTTTTAC--T----TAG------ACATTTT---TT-TTA-TC--ATGT-AG--CTAGTTGAT--GA-A--CTTGTCT-GAG-ATCTTACTGAGATACAATTAA---T----GT--GTTT-CTTAAGATTAAATGATA--AACACGGGGTGC-A
gi|16 : atcA-ATTCAAGGGATATA-----AC--T----CAGTCATTAA---TTT---TG-TTA-TCCGAATT-GG--CCAGTTCA
gi|15 : atA-ATTCAAGGATCACA-----AT--T----CAA------A-----------------CC------------AGTTCAA--GA-A--CATATCT-GAG-ATCATATGGTAATATAA--AC---T--A-GT
gi|1 : -ATTCGAGGGCCATA-----AC--T----CAGCC----A----TT---AA-TTA-CCCAAGTT-AG--CCAG--CCA--TC-A--CGCGTCA-GAT-GTATGATGGTGATA-AAATACT--T--T-GTAAGTTTGATCTAGATCCAAT-AAA--AATGA-GGATGC-AA-----CA-AAAGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|10 : gtg-----AT--T----CAA------A---GTT---TA-TTA-TTAAATTA-AA--CCAGTTCAA--GA------TAT-----A-ATTTTATGGTTGTAAAACTAA---T--GTGCCAGTTTGATGAAGATCCAATAAAA--AA-GC-AGTTGT-TGGAGTaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|13 : A-CTA-TCCAATTG-GGGTCA-GTTCAG--GA-A--CTTAT-T-GAG-ATAAAATGGTAACATAACTAC---C--ATGTAAGTTGAGTGAtaacaa
gi|3 : A-TTAATCCTATTT-CA--CAAGTC--A--TA-A--CATTTCT-GAG-ATATCATGGTGGTATAACTAT--------ATAAATCTGGTGCAGATTTAATAAAAACAATA--GGGTGC-AA
gi|14 : gacagaatctcctgc-TTA-TCCAATTTTGG--CCGGTTCAA--TA-A--CCTGTCC-GAT-ATATTATGATTAtggaaggattgcaatgaagtcgactgatcaaaataactcaccttgagcttgaatggtcatgaaataaagtcattaccagtagttctttaaggaataaaaacttctctatgcattgctgtgtataatgcaaaatactgaatttgtttttagtaagactaagcagttacctcaacccactctcagtatatctacagatgtacatattatttaataatttgtatgcatttggctataaagcatttttaggaagaaacatgtaatatatttggaattgatcataaatatggaagaataaatgcatatgtgttatttgtttcagaa
gi|17 : aataccattactctggcgtcagAGTTCAA--GA-A--CTTGTAT-GAG-ATATTATGGTTACGT
gi|11 : cCAA--GA-A--CTTGACT-GAA-ATATAATGATT---TAA-TACCTTC--ATGTAAGTTTGGTAGAGATCCAATT-AA--AATGC-AAATATAAAGAGTG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAAATCTTCATGTTGCCGCTCAGGTGCCAGTTACACTAATTATTAGAGAGATATTACTTGTTATTGCTTATGATCAAAGTAGTTCAAGGCAGTTTAATTGGTAAAATTATGATTTGATTGTGCTGATCGTGCACTTTTCCACGGACTCGTAACTGTGTTACAAATGTATATTTTGTAAATGTTGTGTGTCAACTGGGTTATAAAGCATTTCTTAATGCCATACAAGTACTATGTTTTTTATTTATAAAGCTAATTATAAGAATAAATGCATACGTTTAATTAGTTTTAGACAAAGTTGTATATATGCCATCAGTTTATGGACCTTGTCCACTTTTAATTTCAGTTTATCAATACTAAAATAGTAAAACTTATTTTGTCTGTATTGACTCATCTTAAATATATCAAAATTTGAAATAGTTGTATTAAGACACCTTCAATAAATATTATACGA
Unaligned ( gi|5 ): TGCAACAACACTTAAATACAAACGACCGACGCAAGACGATTAGAACGGCTCGCCTTGAGATGTGCTAAACATCCCAATGTTGTTGTTTAAGTACCTGTAGCTCTTAAATAGAGAAACAACTACCTGATTTACTGTTTTTATGGTGTAACCAATGTTGTAATCAATTTATATTGGCAACTGTAAAATATTGATTCTGTTCCATTTAGTAAATGGTCTCTATCCCACCCACTCTGTATCTATAAGCGTCTATTGTAT
Alignments
lowQualScore : 22 333333333 222 222222 2222222222222222222 1111 111111 22222
lowQualScore : 77 88 22 444444444 333 2 6 3 111111 4 1 0 99999 55 7777 5555555555555555555 3 66 5555 44 3 1 0 444 0 1 3 0 9999 0 4 777 1 4 9 66 5 0 5 999999 22222 4 3 2 4 2
lowQualScore : .. .. .. ......... ... . . . ...... . . . ..... .. .... ................... . .. .... .. . . . ... . . . . .... . . ... . . . .. . . . ...... ..... . . . . .
lowQualScore : 55 00 00 333333333 333 5 5 8 333333 4 9 5 11111 00 7777 9999999999999999999 1 00 4444 22 1 7 7 888 5 0 6 7 2222 9 0 000 0 7 7 11 0 2 0 222222 99999 0 0 5 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATT-T-GGCCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGNCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
Reference ( family-977 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAA--CAAAAAGTGTAANNCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCAATT-T-GGCCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTA-GTAAG-T---TTGGTNAAGATCCAATNAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-AAAGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|1 : -ATTCGAGGGCCATA-----AC--T----CAG------C---CAT---TAATTA-CCCAAGT-T-AGCCAG--CCA--TC-ACGCGTCA-GATGTATGATGGTGATA-AAATACTTTGTAAG-T---TTGATCTAGATCCAAT-AAA--AATGA-GGATGC-AA-----------CA-AAAGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|10 : gtg-----AT--T----CAA------A---GTT---TA-TTA-TTAAATT-A-AACCAGTTCAA--GA----TAT-----AATTTTATGGTTGTAAAACTAATGTGCCAG-T---TTGATGAAGATCCAATAAAA--AA-GC-AGTTGT-TG------GAGTaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|11 : CAA--GA-ACTTGACT-GAAATATAATGATTTAATACCTTCAT-GTAAG-T---TTGGTAGAGATCCAATT-AA--AATGC-AAATATAAA------GAGTGtaacaa
gi|12 : ATTTTTTATG-----ATTTAAAG---GCCATAACTCAGGCA---TAA-A--T-A-ATTCA--------A-----ACTTT----CAA------A---TTT---TA-ATA-T-TAACT-T-GGC
gi|13 : A-CTA-TCCAATTGG-GGTCAGTTCAG--GA-ACTTAT-T-GAGATAAAATGGTAACATAACTACCATGTAAG-T---TGAGTGAaa
gi|14 : CCATT-----AC--T----CTG------G---CGT---CAGTTA-TCCAATT-TTGGCCGGTTCAA--TA-ACCTGTCC-GATATATTATGATTA
gi|15 : aataA-ATTCAAGGATCACA-----AT--T----CAA------A----------------------------CCAGTTCAA--GA-ACATATCT-GAGATCATATGGTAATATAA--ACTA-GT
gi|16 : A-ATTCAAGGGATATA-----AC--T----CAGTCATTAA---TTT---TG-TTA-TCCGAAT-T-GGCCAGTTCA
gi|17 : atCAGTTCAA--GA-ACTTGTAT-GAGATATTATGGTTA
gi|3 : A-TTAATCCTATT-T-CACAAGTC--A--TA-ACATTTCT-GAGATATCATGGTGGTATAACTA-TA--TAAA-T---CTGGTGCAGATTTAATAAAAACAATA--GGGTGC-AATGGAAGGATTGCA-Acgt
gi|4 : gacagaatctcctgcAAGAT---TTGAAGAGAATCAAAT-AAA--AATGC-GGCTAC-AA------GAGTGCA-----CATAAtgaagtcgactgatcaaaataactcaccttgagcttgaatggtcatgaaataaagtcattaccagtagttctttaaggaataaaaacttctctatgcattgctgtgtataatgcaaaatactgaatttgtttttagtaagactaagcagttacctcaacccactctcagtatatctacagatgtacatattatttaataatttgtatgcatttggctataaagcatttttaggaagaaacatgtaatatatttggaattgatcataaatatggaagaataaatgcatatgtgttatttgtttcagaa
gi|4 : cgattaaaaaaagagttgCATAAGGTCAATTAGTGCAATTCTTTGTG-----CTTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCACA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCGATT-T-GGCAAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTTATGTAACTACCA-GTTAG-T---TTGGTGAAGAGCAAATGAAA--AATGC-AGGTGC-AA------GAGTGCACACAACAAAATGTTTGCGAACAGACACATGGCGATAAGggtcaattagtgcaattctttgtgcttcaagggccataactcagtcatcttaatatcaattcaagggccacaactcagattttattatccgatttggcaagttcaagaacttgtctgagatattatggttatgtaactaccagttagtttggtgaagagcaaatgaaaaatgcaggtgcaagagtgcacacaacaaaatgtttgcgaacagacacatggcgataaggc
gi|6 : cgattaaaaaaagagttgaagatttgaagagaatcaaataaaaatgcggctacaagagtgcaCATAAA--CAAAAAGTGTAAAACTTTGTGGCATGAT--AAGACTTACTATAAACCAAT--TTTTGATAAATCA-AATCAAGGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TATCAATA-GTA-TC--ATT-G-CGCCAGTT-----GATATTCCTTTAGATATATAATGTTTATA-AACTAATA---AAG-TTAGTTGATTAAAATTAAATTAAA--Agc
gi|7 : CTTAATA--T----TGCAAAGGCCAAATTTTTAC--T----TAG------ACATTTT---TT-TTA-TC--ATG-T-AGCTAGTTGAT--GA-ACTTGTCT-GAGATCTTACTGAGATACAATTAAT--GT--G-T---TT-CTTAAGATTAAATGATA--AACACGGGGTGC-A
gi|8 : atcACCTTA-TA---CACACTCATAGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TGT---CAGCTA-TCTGATT-T-AGCCAATTCAA--GA-A---------AGATTGTATG--AATAT-ATTACCATGTAAC-T---GTGGTAAACGTCTAATGAAA--TATAC-CTGCGC-A
gi|9 : tAACT--GTTATCTTCA-----CA-ATTCAAGGACCACA-----TC--TGTGACAG------A---A------A-TTA-TTCAAAG-T-GATCAGTTCAAAAGA-ACTTATCC-AAGACCTTATAGTTATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAAATCTTCATGTTGCCGCTCAGGTGCCAGTTACACTAATTATTAGAGAGATATTACTTGTTATTGCTTATGATCAAAGTAGTTCAAGGCAGTTTAATTGGTAAAATTATGATTTGATTGTGCTGATCGTGCACTTTTCCACGGACTCGTAACTGTGTTACAAATGTATATTTTGTAAATGTTGTGTGTCAACTGGGTTATAAAGCATTTCTTAATGCCATACAAGTACTATGTTTTTTATTTATAAAGCTAATTATAAGAATAAATGCATACGTTTAATTAGTTTTAGACAAAGTTGTATATATGCCATCAGTTTATGGACCTTGTCCACTTTTAATTTCAGTTTATCAATACTAAAATAGTAAAACTTATTTTGTCTGTATTGACTCATCTTAAATATATCAAAATTTGAAATAGTTGTATTAAGACACCTTCAATAAATATTATACGA
Unaligned ( gi|5 ): TGCAACAACACTTAAATACAAACGACCGACGCAAGACGATTAGAACGGCTCGCCTTGAGATGTGCTAAACATCCCAATGTTGTTGTTTAAGTACCTGTAGCTCTTAAATAGAGAAACAACTACCTGATTTACTGTTTTTATGGTGTAACCAATGTTGTAATCAATTTATATTGGCAACTGTAAAATATTGATTCTGTTCCATTTAGTAAATGGTCTCTATCCCACCCACTCTGTATCTATAAGCGTCTATTGTAT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333 222 222222 1111111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 88 22 444444444 333 2 6 3 111111 4 1 0 99999 55 7777 7777777777777777777 3 99 33 3 44 3 1 0 444 0 1 3 66 2 1 0 4 777 0 1 0 66 5 0 5 999999 2 55555 3 1 1 1 1 1
lowQualScore : .. .. ......... ... . . . ...... . . . ..... .. .... ................... . .. .. . .. . . . ... . . . .. . . . . ... . . . .. . . . ...... . ..... . . . . . .
lowQualScore : 00 00 333333333 333 5 5 8 333333 4 9 5 11111 00 7777 0000000000000000000 1 11 88 1 22 1 7 7 888 5 0 6 44 8 9 9 0 000 7 0 2 11 0 2 0 222222 5 99999 7 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
Reference ( family-977 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGNCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
gi|1 : -ATTCGAGGGCCATA-----AC--T----CAG------C---CAT---TAATTA-CCCAAGTT-AG-CCAG--CCA--TC-ACGCGTCA-GATGTATGATGGTGATA-AAATACTTTGTAAG-T---TTGATCTAGATCCAAT-AAA--AATGA-GGATGC-AA------CA----A-A-AGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|10 : gtg-----AT--T----CAA------A---GTT---TA-TTA-TTAAATTA-AA-CCAGTTCAA--GA----TAT-----AATTTTATGGTTGTAAAACTAATGTGCCAG-T---TTGATGAAGATCCAATAAAA--AA-GC-AGTTGT-TG------GAGTaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|11 : CAA--GA-ACTTGACT-GAAATATAATGATTTAATACCTTC-ATGTAAG-T---TTGGTAGAGATCCAATT-AA--AATGC-AAATATAAA------GAGTGtaacaa
gi|12 : ATTTTTTATG-----ATTTAAAG---GCCATAACTCAGGCA---TAA-A--T-A-ATTCA--------A-----ACTTT----CAA------A---TTT---TA-ATA-T-TAACTT-GG-C
gi|13 : A-CTA-TCCAATTG-GGGTCAGTTCAG--GA-ACTTAT-T-GAGATAAAATGGTAACATAACTACCATGTAAG-T---TGAGTGAaa
gi|14 : CCATT-----AC--T----CTG------G---CGT---CAGTTA-TCCAATTTTGG-CCGGTTCAA--TA-ACCTGTCC-GATATATTATGATTA
gi|15 : aataA-ATTCAAGGATCACA-----AT--T----CAA------A----------------------------CCAGTTCAA--GA-ACATATCT-GAGATCATATGGTAATATAA--ACTA
gi|16 : A-ATTCAAGGGATATA-----AC--T----CAGTCATTAA---TTT---TG-TTA-TCCGAATT-GG-CCAGTTCAgt
gi|17 : atCAGTTCAA--GA-ACTTGTAT-GAGATATTATGGTTA
gi|3 : A-TTAATCCTATTT-CA-CAAGTC--A--TA-ACATTTCT-GAGATATCATGGTGGTATA---ACTATATAAA-T---CTGGTGCAGATTTAATAAAAACAATA--GGGTGC-AATGGAAGGATTGCA-A-cgt
gi|4 : gacagaatctcctgcAAGAT---TTGAAGAGAATCAAAT-AAA--AATGC-GGCTAC-AA------GAGTGCA-----CATAAGGTCtgaagtcgactgatcaaaataactcaccttgagcttgaatggtcatgaaataaagtcattaccagtagttctttaaggaataaaaacttctctatgcattgctgtgtataatgcaaaatactgaatttgtttttagtaagactaagcagttacctcaacccactctcagtatatctacagatgtacatattatttaataatttgtatgcatttggctataaagcatttttaggaagaaacatgtaatatatttggaattgatcataaatatggaagaataaatgcatatgtgttatttgtttcagaa
gi|4 : cgattaaaaaaagagttgCATAAGGTCAATTAGTGCAATTCTTTGTG-----CTTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCACA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CAAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTTATGTAACTACCA-GTTAG-T---TTGGTGAAGAGCAAATGAAA--AATGC-AGGTGC-AA------GAGTGCACACAACAAAATGTTTGCGAACAGACACATGGCGATAAGaattagtgcaattctttgtgcttcaagggccataactcagtcatcttaatatcaattcaagggccacaactcagattttattatccgatttggcaagttcaagaacttgtctgagatattatggttatgtaactaccagttagtttggtgaagagcaaatgaaaaatgcaggtgcaagagtgcacacaacaaaatgtttgcgaacagacacatggcgataaggc
gi|6 : cgattaaaaaaagagttgaagatttgaagagaatcaaataaaaatgcggctacaagagtgcaCATAAA--CAAAAAGTGTAAAACTTTGTGGCATGAT--AAGACTTACTATAAACCAAT--TTTTGATAAATCA-AATCAAGGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TATCAATA-GTA-TC--ATTG-CG-CCAGTT-----GATATTCCTTTAGATATATAATGTTTATA-AACTAATA---AAG-TTAGTTGATTAAAATTAAATTAAA--Agc
gi|7 : CTTAATA--T----TGCAAAGGCCAAATTTTTAC--T----TAG------ACATTTT---TT-TTA-TC--ATGT-AG-CTAGTTGAT--GA-ACTTGTCT-GAGATCTTACTGAGATACAATTA--ATGT--G-T---TT-CTTAAGATTAAATGATA--AACACGGGGTGC-A
gi|8 : atcACCTTA-TA---CACACTCATAGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TGT---CAGCTA-TCTGATTT-AG-CCAATTCAA--GA-A---------AGATTGTATG--AATATA-TTACCATGTAAC-T---GTGGTAAACGTCTAATGAAA--TATAC-CTGCGC-A
gi|9 : tAACT--GTTATCTTCA-----CA-ATTCAAGGACCACA-----TC--TGTGACAG------A---AAT---TA-TT----CAAAGT-GA-TCAGTTCAAAAGA-ACTTATCC-AAGACCTTATAGTTATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAAATCTTCATGTTGCCGCTCAGGTGCCAGTTACACTAATTATTAGAGAGATATTACTTGTTATTGCTTATGATCAAAGTAGTTCAAGGCAGTTTAATTGGTAAAATTATGATTTGATTGTGCTGATCGTGCACTTTTCCACGGACTCGTAACTGTGTTACAAATGTATATTTTGTAAATGTTGTGTGTCAACTGGGTTATAAAGCATTTCTTAATGCCATACAAGTACTATGTTTTTTATTTATAAAGCTAATTATAAGAATAAATGCATACGTTTAATTAGTTTTAGACAAAGTTGTATATATGCCATCAGTTTATGGACCTTGTCCACTTTTAATTTCAGTTTATCAATACTAAAATAGTAAAACTTATTTTGTCTGTATTGACTCATCTTAAATATATCAAAATTTGAAATAGTTGTATTAAGACACCTTCAATAAATATTATACGA
Unaligned ( gi|5 ): TGCAACAACACTTAAATACAAACGACCGACGCAAGACGATTAGAACGGCTCGCCTTGAGATGTGCTAAACATCCCAATGTTGTTGTTTAAGTACCTGTAGCTCTTAAATAGAGAAACAACTACCTGATTTACTGTTTTTATGGTGTAACCAATGTTGTAATCAATTTATATTGGCAACTGTAAAATATTGATTCTGTTCCATTTAGTAAATGGTCTCTATCCCACCCACTCTGTATCTATAAGCGTCTATTGTAT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333 222 222222 1111111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 88 22 444444444 333 2 6 3 111111 4 1 0 99999 55 7777 7777777777777777777 3 99 33 3 44 3 1 0 444 0 1 3 66 2 1 0 4 777 0 1 0 66 5 0 5 999999 2 55555 3 1 1 1 1
lowQualScore : .. .. ......... ... . . . ...... . . . ..... .. .... ................... . .. .. . .. . . . ... . . . .. . . . . ... . . . .. . . . ...... . ..... . . . . .
lowQualScore : 00 00 333333333 333 5 5 8 333333 4 9 5 11111 00 7777 0000000000000000000 1 11 88 1 22 1 7 7 888 5 0 6 44 8 9 9 0 000 7 0 2 11 0 2 0 222222 5 99999 7 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
Reference ( family-977 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
gi|1 : -ATTCGAGGGCCATA-----AC--T----CAG------C---CAT---TAATTA-CCCAAGTT-AG-CCAG--CCA--TC-ACGCGTCA-GATGTATGATGGTGATA-AAATACTTTGTAAG-T---TTGATCTAGATCCAAT-AAA--AATGA-GGATGC-AA------CA----A-A-AGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|10 : gtg-----AT--T----CAA------A---GTT---TA-TTA-TTAAATTA-AA-CCAGTTCAA--GA----TAT-----AATTTTATGGTTGTAAAACTAATGTGCCAG-T---TTGATGAAGATCCAATAAAA--AA-GC-AGTTGT-TG------GAGTaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|11 : CAA--GA-ACTTGACT-GAAATATAATGATTTAATACCTTC-ATGTAAG-T---TTGGTAGAGATCCAATT-AA--AATGC-AAATATAAA------GAGTGtaacaa
gi|12 : ATTTTTTATG-----ATTTAAAG---GCCATAACTCAGGCA---TAA-A--T-A-ATTCA--------A-----ACTTT----CAA------A---TTT---TA-ATA-T-TAACTT-GG-C
gi|13 : A-CTA-TCCAATTG-GGGTCAGTTCAG--GA-ACTTAT-T-GAGATAAAATGGTAACATAACTACCATGTAAG-T---TGAGTGAaa
gi|14 : CCATT-----AC--T----CTG------G---CGT---CAGTTA-TCCAATTTTGG-CCGGTTCAA--TA-ACCTGTCC-GATATATTATGATTA
gi|15 : aataA-ATTCAAGGATCACA-----AT--T----CAA------A----------------------------CCAGTTCAA--GA-ACATATCT-GAGATCATATGGTAATATAA--ACTA
gi|16 : A-ATTCAAGGGATATA-----AC--T----CAGTCATTAA---TTT---TG-TTA-TCCGAATT-GG-CCAGTTCAgt
gi|17 : atCAGTTCAA--GA-ACTTGTAT-GAGATATTATGGTTA
gi|3 : A-TTAATCCTATTT-CA-CAAGTC--A--TA-ACATTTCT-GAGATATCATGGTGGTATA---ACTATATAAA-T---CTGGTGCAGATTTAATAAAAACAATA--GGGTGC-AATGGAAGGATTGCA-A-cgt
gi|4 : gacagaatctcctgcAAGAT---TTGAAGAGAATCAAAT-AAA--AATGC-GGCTAC-AA------GAGTGCA-----CATAAGGTCtgaagtcgactgatcaaaataactcaccttgagcttgaatggtcatgaaataaagtcattaccagtagttctttaaggaataaaaacttctctatgcattgctgtgtataatgcaaaatactgaatttgtttttagtaagactaagcagttacctcaacccactctcagtatatctacagatgtacatattatttaataatttgtatgcatttggctataaagcatttttaggaagaaacatgtaatatatttggaattgatcataaatatggaagaataaatgcatatgtgttatttgtttcagaa
gi|4 : cgattaaaaaaagagttgCATAAGGTCAATTAGTGCAATTCTTTGTG-----CTTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCACA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CAAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTTATGTAACTACCA-GTTAG-T---TTGGTGAAGAGCAAATGAAA--AATGC-AGGTGC-AA------GAGTGCACACAACAAAATGTTTGCGAACAGACACATGGCGATAAGaattagtgcaattctttgtgcttcaagggccataactcagtcatcttaatatcaattcaagggccacaactcagattttattatccgatttggcaagttcaagaacttgtctgagatattatggttatgtaactaccagttagtttggtgaagagcaaatgaaaaatgcaggtgcaagagtgcacacaacaaaatgtttgcgaacagacacatggcgataaggc
gi|6 : cgattaaaaaaagagttgaagatttgaagagaatcaaataaaaatgcggctacaagagtgcaCATAAA--CAAAAAGTGTAAAACTTTGTGGCATGAT--AAGACTTACTATAAACCAAT--TTTTGATAAATCA-AATCAAGGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TATCAATA-GTA-TC--ATTG-CG-CCAGTT-----GATATTCCTTTAGATATATAATGTTTATA-AACTAATA---AAG-TTAGTTGATTAAAATTAAATTAAA--Agc
gi|7 : CTTAATA--T----TGCAAAGGCCAAATTTTTAC--T----TAG------ACATTTT---TT-TTA-TC--ATGT-AG-CTAGTTGAT--GA-ACTTGTCT-GAGATCTTACTGAGATACAATTA--ATGT--G-T---TT-CTTAAGATTAAATGATA--AACACGGGGTGC-A
gi|8 : atcACCTTA-TA---CACACTCATAGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TGT---CAGCTA-TCTGATTT-AG-CCAATTCAA--GA-A---------AGATTGTATG--AATATA-TTACCATGTAAC-T---GTGGTAAACGTCTAATGAAA--TATAC-CTGCGC-A
gi|9 : tAACT--GTTATCTTCA-----CA-ATTCAAGGACCACA-----TC--TGTGACAG------A---AAT---TA-TT----CAAAGT-GA-TCAGTTCAAAAGA-ACTTATCC-AAGACCTTATAGTTATAT
blockSeqs : . AA GCATGAT CTT C C T TAAATC C A TTTTT TT GTGA TCATTAATTTTG A AA TG G AA T T TTA T A AC T T A TAG C A AC G A TGGAAG G CACAA G G A T A
blockSeqs : CTTC . C T T TATC . G . . . ATATCAATA . TA A . . . T CT T T CC C T . . C T . . . . G . T
blockSeqs : . . C TAT . G . . . ACATTTTTT . CA G . . . C CC A T AC T T . . T A . . . . T
blockSeqs : T TAC . T . . . GCGTCAG . CA G . . . A CT T T AC T T . . A G . . . . G
blockSeqs : C . G . . . ATGTCAG . CG G . . . T AT A T AC C T . . A T . . . . G
blockSeqs : . T . . . AGTTTA . CT C . . . A CT T T AT T T . . A G . . .
blockSeqs : . A . . . ATTTTA . CG G . . . T CT G C A C . . . A G . . .
blockSeqs : . . . . . ATTTTA . TG C . . . T CT T T T . . . . T . .
blockSeqs : . . . AAATTA . CA A . . . T CC T T . . . .
blockSeqs : . . . A . . A . . . T T G .
blockSeqs : . . G . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . T
blockSeqCons : TATC** ATNTTA*************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATATC--A-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAGATNTTA-------------TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAAATCTTCATGTTGCCGCTCAGGTGCCAGTTACACTAATTATTAGAGAGATATTACTTGTTATTGCTTATGATCAAAGTAGTTCAAGGCAGTTTAATTGGTAAAATTATGATTTGATTGTGCTGATCGTGCACTTTTCCACGGACTCGTAACTGTGTTACAAATGTATATTTTGTAAATGTTGTGTGTCAACTGGGTTATAAAGCATTTCTTAATGCCATACAAGTACTATGTTTTTTATTTATAAAGCTAATTATAAGAATAAATGCATACGTTTAATTAGTTTTAGACAAAGTTGTATATATGCCATCAGTTTATGGACCTTGTCCACTTTTAATTTCAGTTTATCAATACTAAAATAGTAAAACTTATTTTGTCTGTATTGACTCATCTTAAATATATCAAAATTTGAAATAGTTGTATTAAGACACCTTCAATAAATATTATACGA
Unaligned ( gi|5 ): TGCAACAACACTTAAATACAAACGACCGACGCAAGACGATTAGAACGGCTCGCCTTGAGATGTGCTAAACATCCCAATGTTGTTGTTTAAGTACCTGTAGCTCTTAAATAGAGAAACAACTACCTGATTTACTGTTTTTATGGTGTAACCAATGTTGTAATCAATTTATATTGGCAACTGTAAAATATTGATTCTGTTCCATTTAGTAAATGGTCTCTATCCCACCCACTCTGTATCTATAAGCGTCTATTGTAT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333 222 222222 1111111111111111111 1 111111 22222
lowQualScore : 88 22 444444444 333 2 6 3 111111 4 1 0 99999 55 7777 7777777777777777777 3 99 33 3 44 3 1 0 444 0 1 3 66 2 1 0 4 777 0 1 0 66 5 0 5 999999 2 55555 3 1 1 1 1
lowQualScore : .. .. ......... ... . . . ...... . . . ..... .. .... ................... . .. .. . .. . . . ... . . . .. . . . . ... . . . .. . . . ...... . ..... . . . . .
lowQualScore : 00 00 333333333 333 5 5 8 333333 4 9 5 11111 00 7777 0000000000000000000 1 11 88 1 22 1 7 7 888 5 0 6 44 8 9 9 0 000 7 0 2 11 0 2 0 222222 5 99999 7 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
Reference ( family-977 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATAAGGTCAANNAGTGCAATTCTTTGTG-----ATTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCATA-----AC--T----CAG------A---TNT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CCAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTNATATAACTACTATGTAAG-T---TTGGTGAAGATCNAATGAAA--AATGC-GGGTGC-AA------GAGTGCA-A-AGCATAACGTCTGCNGACNGACACANGGCGATNAG
gi|1 : -ATTCGAGGGCCATA-----AC--T----CAG------C---CAT---TAATTA-CCCAAGTT-AG-CCAG--CCA--TC-ACGCGTCA-GATGTATGATGGTGATA-AAATACTTTGTAAG-T---TTGATCTAGATCCAAT-AAA--AATGA-GGATGC-AA------CA----A-A-AGCATAACGACTACTGACCGACACAAGACGATCAG
gi|10 : gtg-----AT--T----CAA------A---GTT---TA-TTA-TTAAATTA-AA-CCAGTTCAA--GA----TAT-----AATTTTATGGTTGTAAAACTAATGTGCCAG-T---TTGATGAAGATCCAATAAAA--AA-GC-AGTTGT-TG------GAGTaacaaatcaactcgagctaaaaaaactcatgttgttgttttagtgccaattgctcttcatgacaaaggaactattgctactgatgatgcaatatcaagatggtttgtatagtaaaaaatggttgtcaatgcactttactccgtcaattttgtatctatataacgtgtattatattaactgtatttgtcaagttgattataaaacattttattatgacagtaaagtacatctatgtatatttgatttgaaaaatatgaaaaataaagaatccatttaatttgctttagaatcgcttgtgttctaaaatatgacatttaattatttacacctttggttccttttgattgtgtttttatcaataacgaaaggaaatatgtatgtactgagcttaaatgtactaaccgttgaaatggcattaacaagaaatcttacaca
gi|11 : CAA--GA-ACTTGACT-GAAATATAATGATTTAATACCTTC-ATGTAAG-T---TTGGTAGAGATCCAATT-AA--AATGC-AAATATAAA------GAGTGtaacaa
gi|12 : ATTTTTTATG-----ATTTAAAG---GCCATAACTCAGGCA---TAA-A--T-A-ATTCA--------A-----ACTTT----CAA------A---TTT---TA-ATA-T-TAACTT-GG-C
gi|13 : A-CTA-TCCAATTG-GGGTCAGTTCAG--GA-ACTTAT-T-GAGATAAAATGGTAACATAACTACCATGTAAG-T---TGAGTGAaa
gi|14 : CCATT-----AC--T----CTG------G---CGT---CAGTTA-TCCAATTTTGG-CCGGTTCAA--TA-ACCTGTCC-GATATATTATGATTA
gi|15 : aataA-ATTCAAGGATCACA-----AT--T----CAA------A----------------------------CCAGTTCAA--GA-ACATATCT-GAGATCATATGGTAATATAA--ACTA
gi|16 : A-ATTCAAGGGATATA-----AC--T----CAGTCATTAA---TTT---TG-TTA-TCCGAATT-GG-CCAGTTCAgt
gi|17 : atCAGTTCAA--GA-ACTTGTAT-GAGATATTATGGTTA
gi|3 : A-TTAATCCTATTT-CA-CAAGTC--A--TA-ACATTTCT-GAGATATCATGGTGGTATA---ACTATATAAA-T---CTGGTGCAGATTTAATAAAAACAATA--GGGTGC-AATGGAAGGATTGCA-A-cgt
gi|4 : gacagaatctcctgcAAGAT---TTGAAGAGAATCAAAT-AAA--AATGC-GGCTAC-AA------GAGTGCA-----CATAAGGTCtgaagtcgactgatcaaaataactcaccttgagcttgaatggtcatgaaataaagtcattaccagtagttctttaaggaataaaaacttctctatgcattgctgtgtataatgcaaaatactgaatttgtttttagtaagactaagcagttacctcaacccactctcagtatatctacagatgtacatattatttaataatttgtatgcatttggctataaagcatttttaggaagaaacatgtaatatatttggaattgatcataaatatggaagaataaatgcatatgtgttatttgtttcagaa
gi|4 : cgattaaaaaaagagttgCATAAGGTCAATTAGTGCAATTCTTTGTG-----CTTCAAGG---GCCATAACTCAGTCATCTTAATA--TCA-ATTCAAGGGCCACA-----AC--T----CAG------A---TTT---TA-TTA-TCCGATTT-GG-CAAGTTCAA--GA-ACTTGTCT-GAGATATTATGGTTATGTAACTACCA-GTTAG-T---TTGGTGAAGAGCAAATGAAA--AATGC-AGGTGC-AA------GAGTGCACACAACAAAATGTTTGCGAACAGACACATGGCGATAAGaattagtgcaattctttgtgcttcaagggccataactcagtcatcttaatatcaattcaagggccacaactcagattttattatccgatttggcaagttcaagaacttgtctgagatattatggttatgtaactaccagttagtttggtgaagagcaaatgaaaaatgcaggtgcaagagtgcacacaacaaaatgtttgcgaacagacacatggcgataaggc
gi|6 : cgattaaaaaaagagttgaagatttgaagagaatcaaataaaaatgcggctacaagagtgcaCATAAA--CAAAAAGTGTAAAACTTTGTGGCATGAT--AAGACTTACTATAAACCAAT--TTTTGATAAATCA-AATCAAGGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TATCAATA-GTA-TC--ATTG-CG-CCAGTT-----GATATTCCTTTAGATATATAATGTTTATA-AACTAATA---AAG-TTAGTTGATTAAAATTAAATTAAA--Agc
gi|7 : CTTAATA--T----TGCAAAGGCCAAATTTTTAC--T----TAG------ACATTTT---TT-TTA-TC--ATGT-AG-CTAGTTGAT--GA-ACTTGTCT-GAGATCTTACTGAGATACAATTA--ATGT--G-T---TT-CTTAAGATTAAATGATA--AACACGGGGTGC-A
gi|8 : atcACCTTA-TA---CACACTCATAGTCCATA-----AC--T----CAG------A---TGT---CAGCTA-TCTGATTT-AG-CCAATTCAA--GA-A---------AGATTGTATG--AATATA-TTACCATGTAAC-T---GTGGTAAACGTCTAATGAAA--TATAC-CTGCGC-A
gi|9 : tAACT--GTTATCTTCA-----CA-ATTCAAGGACCACA-----TC--TGTGACAG------A---AAT---TA-TT----CAAAGT-GA-TCAGTTCAAAAGA-ACTTATCC-AAGACCTTATAGTTATAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAAATCTTCATGTTGCCGCTCAGGTGCCAGTTACACTAATTATTAGAGAGATATTACTTGTTATTGCTTATGATCAAAGTAGTTCAAGGCAGTTTAATTGGTAAAATTATGATTTGATTGTGCTGATCGTGCACTTTTCCACGGACTCGTAACTGTGTTACAAATGTATATTTTGTAAATGTTGTGTGTCAACTGGGTTATAAAGCATTTCTTAATGCCATACAAGTACTATGTTTTTTATTTATAAAGCTAATTATAAGAATAAATGCATACGTTTAATTAGTTTTAGACAAAGTTGTATATATGCCATCAGTTTATGGACCTTGTCCACTTTTAATTTCAGTTTATCAATACTAAAATAGTAAAACTTATTTTGTCTGTATTGACTCATCTTAAATATATCAAAATTTGAAATAGTTGTATTAAGACACCTTCAATAAATATTATACGA
Unaligned ( gi|5 ): TGCAACAACACTTAAATACAAACGACCGACGCAAGACGATTAGAACGGCTCGCCTTGAGATGTGCTAAACATCCCAATGTTGTTGTTTAAGTACCTGTAGCTCTTAAATAGAGAAACAACTACCTGATTTACTGTTTTTATGGTGTAACCAATGTTGTAATCAATTTATATTGGCAACTGTAAAATATTGATTCTGTTCCATTTAGTAAATGGTCTCTATCCCACCCACTCTGTATCTATAAGCGTCTATTGTAT