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lowQualScore : . . . . . . . . . . . .. . . . . .. . ... .. . . . . . . . . . .. . ... . .. . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . . . .. ......................................................... ... .
lowQualScore : 3 6 9 0 3 5 0 8 7 2 0 66 9 8 7 1 55 2 888 88 0 0 0 6 0 0 7 0 7 11 9 000 4 00 7 44 4 0 6 7 7 9 3 3 3 9 3 7 6 7 7 7 6 0 0 33333 7 1 5 1 0 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 2
consensus : GAAACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCCAATAAAGGCTACTCT-GTCTAGTAGTCGATAACGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAATGAGAAATAAACTACCTGTCGCTACATCTTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTTTTGCTTAATCAATTGTTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGGGTATATGCAATGTATTAAGAAAGAAGACATGACAACAATTAAATAGTAAAATAATTT---ATTTCATCTTTATTTATTTAATTGTTTTAA-TT-TT-TTATTTTTCATTNATGTTCATTAAGCTTTATTTTATTTATTTATGTTTTATAAACAAAATATCCATNACTTAATATAGCATACTACGATACTAATAAGACATAAATATCTAATACATGTACATACATCTCATTAAGCATATTTTTCACTGATTAATCTGGCGTGCACCCGTGATTATGATCGTAATTTTGATTTCAGTAAATCTAGTA---ATTTTTCTTTCTTTCTGAATTTGGTGTGTACACC-TAATGCACTTAGTCTCATTTTCAGTTCATTTGCATTCAATTCTTCCAAGTCACAATCTCCAGTTACCGTTTC-AGGCTGATATTTTAAATTGGCTTCAATTTGTTCGTCAATGATTTTCTGCTTTTTCTTAGTTATTTGCAACGATCGTTCATTTGCCCAAAATGTACTGTCCGTTTTTACGTACTTCC-GCTTTTCCCTATCGCAATTCTGCACAAAACTAAGTTCAAGTCGCTTTCTAACAAGCAGGGCGTCATGTGTTGGGTC-TATCAAACCAAACATGC-----GTAAAATATGGTCAGATAATCAATATTTTAGATTTCTCAAGTTTTATGACCCCGCCTGGAGGCACAACGAT----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTCAATTTCTCAATTTCATTCATTCATTCACTCAGTGAAATAAATCAGTTGACATATTTTTACATGTATTTGACAACT
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gi|11 : aGAAACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCCAATAAAGGCTACTCT-GTCTAGTAGTCGATAATGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAAGGAGAAATAAACTACCTGTCGCTACATCTTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTT---------------TTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGGGTATATGCAATGTATTAAGAAAGAAGACATGCCAACAATTAAATTGTAAAAT-ATTTAAGATTTCc
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gi|13 : tacatctcatttagcatatttttcactgattaatctggcttgctcccgtgattatgatcgtaattttgatttcagtaaatctagtattttttctttctttctgaatttggtgtgtacacataatgcacttagtctctttttcagttcattcacattcaattcttccaagtcacaatctccagttaccgtttcaggctgatattttaaattggcttcaatttgttcgtcaatgattttctgctttttcttagttatttgcaacgatcgttcatttgcccaaaatgtactgtcagtttttacgtacttccgcttttccctatcgtaattctgcacaaaactaagttcaagtcgctttcttacaagcagggcgtcatgtgttgggtttatcaaaccaaacatgcgtaaaatatggtcagataatcaatattttagatttctcaagttttatgaccccgcattgaggcacaacgacttcattcattcatATTTCTCAATTTCATTCATTCGTTCATT
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|21 ): AGACATAATACAGAGCTCTGTATTATGTCTCTG
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Reference ( family-950 ) : GAAACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCCAATAAAGGCTACTCT-GTCTAGTAGTCGATAACGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAATGAGAAATAAACTACCTGTCGCTACATCTTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTTTTGCTTAATCAATTGTTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGGGTATATGCAATGTATTAAGAAAGAAGACATGACAACAATTAAATAGTAAAATAATTT---ATTTCATCTTTATTTATTTAATTGTTTTAA-TT-TT-TTATTTTTCATTNATGTTCATTAAGCTTTATTTTATTTATTTATGTTTTATAAACAAAATATCCATNACTTAATATAGCATACTACGATACTAATAAGACATAAATATCTAATACATGTACATACATCTCATTAAGCATATTTTTCACTGATTAATCTGGCGTGCACCCGTGATTATGATCGTAATTTTGATTTCAGTAAATCTAGT---AATTTTTCTTTCTTTCTGAATTTGGTGTGTACACCTAATGCACTTAGTCTCATTTTCAGTTCATTTGCATTCAATTCTTCCAAGTCACAATCTCCAGTTACCGTTTC-AGGCTGATATTTTAAATTGGCTTCAATTTGTTCGTCAATGATTTTCTGCTTTTTCTTAGTTATTTGCAACGATCGTTCATTTGCCCAAAATGTACTGTCCGTTTTTACGTACTTCCG-CTTTTCCCTATCGCAATTCTGCACAAAACTAAGTTCAAGTCGCTTTCTAACAAGCAGGGCGTCATGTGTTGGGTC-TATCAAACCAAACATGCGTAAAATATGGTCAGATAATCAATATTTTAGATTTCTCAAGTTTTATGACCCCGCCTGGAGGCACA---ACGAT----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTCAATTTCTCAATTTCATTCATTCATTCACTCAGTGAAATAAATCAGTTGACATATTTTTACATGTATTTGACAACT
gi|1 : GAGACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCAAATAAAGGCTACTCTTGTCTAGTAGTCGATTACGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAATGAGAAATAAACTACCTATTGCTACATATTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTTATGCCTAATTAATCATTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGAGCATATGCAATGTATTAAGAAATAAGTTATGACAACAATTAAATAGTAAAATAATTT---ATTTCATCTTTATTTATTTAATTGTTTTAA-TT-TT-TTATTTTTCATTCATGTGCATTAAGCTTTATTTTATTTATTTACGTTTTATAAACAAAATATCCATAACTTAATATAGCATACTACGATACTAATAAGACATAAATATCTAATACATGTTCATACATCTCATTAA--ATATTTTTCACTGATTAATCTGGCGTGCACCCGTAATTATGATCGTAATTTTGATTTCAGTAAATCTAGT---AATTTTTCTTTCTTTCTGAATTTGGTGTG--GACCTAATGCACTTAGTCTCATTTGGAGTTCATTTGCAGTCAACTATTCCAAGTCACAATCTCCAGTTACCGTTTC-AGGCTGATATTTTAAATTGGTTTCAATGTGTTCGTCAATAATTTTCAGCTTTTTCTTAATTATTTGAAGCGATCGTTCATTTGCCAAAAATGTACTGTCCGTTTTTGCGTACTTCCG-CTTTTCCCTGTCGCAATTCTGCACAAAACTAAGTTCAAGTCGCTTTCTAAAAAGCAGGGCGTCATGTGTTGGGTC-TACCAAACCAAACATGCGTTAAATATGATCAGATAATCAATATTTTAGATTTCTCAAGTATTATGACCCCGCCTGGAGATACA---ACGATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTCAATTTCATTCATTCATTCACTCAGTGAAATAAATCAGTTGACATATTTTTACATGTATTTGACAACT
gi|10 : GAAACTACC-----------AATCGATAAAATCCAACAAAGGCTACTCA-GTCTAGTAGTCGATAATGAATTGCCTCCCTTTAAATTTTCCGATAATGAGAAATAAACTACCTATCGCTACATATTTTCCCTGCAGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTAGAAAGTACATTTTCGCTTAATCAATTGTTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAAGGTATATGCAATGTATTAAG-AAGAAGACATGACAACAATCAAATAGTAAAATAATTT---ATTTCATCTTTATTCATTTAATTGTTTTAT-TT-TT-TTATTTTTtaatgtt
gi|11 : aGAAACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCCAATAAAGGCTACTCT-GTCTAGTAGTCGATAATGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAAGGAGAAATAAACTACCTGTCGCTACATCTTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTTTTGC----------------GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGGGTATATGCAATGTATTAAGAAAGAAGACATGCCAACAATTAAATTGTAAAAT-ATTTAAGATTTC
gi|11 : caAATATTTAAGATTTCTCAAGTTTTATCACCCCGCCTGGAGtcaagttttatcaccccgcctggag
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gi|1 : GAGACTACCTCAGACACTTAAATCGATAAAATCAAATAAAGGCTACTCTTGTCTAGTAGTCGATTACGTATTGCTTCCCTTTACATTTTCCGATAATGAGAAATAAACTACCTATTGCTACATATTTTGCCTGCGGGCATATTAAGATTAAATCGATAAAATTGTTATAAAGTACATTTATGCCTAATTAATCATTGC-GGCAGTTTTAATGTAATAAAAGAGCATATGCAATGTATTAAGAAATAAGTTATGACAACAATTAAATAGTAAAATAATTT---ATTTCATCTTTATTTATTTAATTGTTTTAA-TT-TT-TTATTTTTCATTCATGTGCATTAAGCTTTATTTTATTTATTTACGTTTTATAAACAAAATATCCATAACTTAATATAGCATACTACGATACTAATAAGACATAAATATCTAATACATGTTCATACATCTCATTAA--ATATTTTTCACTGATTAATCTGGCGTGCACCCGTAATTATGATCGTAATTTTGATTTCAGTAAATCTAGT---AATTTTTCTTTCTTTCTGAATTTGGTGTG--GACCTAATGCACTTAGTCTCATTTGGAGTTCATTTGCAGTCAACTATTCCAAGTCACAATCTCCAGTTACCGTTTC-AGGCTGATATTTTAAATTGGTTTCAATGTGTTCGTCAATAATTTTCAGCTTTTTCTTAATTATTTGAAGCGATCGTTCATTTGCCAAAAATGTACTGTCCGTTTTTGCGTACTTCCG-CTTTTCCCTGTCGCAATTCTGCACAAAACTAAGTTCAAGTCGCTTTCTAAAAAGCAGGGCGTCATGTGTTGGGTC-TACCAAACCAAACATGCGTTAAATATGATCAGATAATCAATATTTTAGATTTCTCAAGTATTATGACCCCGCCTG-----G---AGATACAAC---GATNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTCTCAATTTCATTCATTCATTCACTCAGTGAAATAAATCAGTTGACATATTTTTACATGTATTTGACAACT
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gi|8 : atcataaaataaaatagtttgtattctcaattctcaaattcttaatttgcttagttgcatattttgtcatgttgttggccccattttgaagtgaatactcgggtattgcgaatgtatactagtatctaatTACATCTCATTTAGCATATTTTTCACTGATTAATCTGGCTTGCTCCCGTGATTATGATCGTAATTTTGATTTCAGTAAATCTAGT---ATTTTTTCTTTCTTTCTGAATTTGGTGTGTACACATAATGCACTTAGTCTCTTTTTCAGTTCATTCACATTCAATTCTTCCAAGTCACAATCTCCAGTTACCGTTTC-AGGCTGATATTTTAAATTGGCTTCAATTTGTTCGTCAATGATTTTCTGCTTTTTCTTAGTTATTTGCAACGATCGTTCATTTGCCCAAAATGTACTGTCAGTTTTTACGTACTTCCG-CTTTTCCCTATCGTAATTCTGCACAAAACTAAGTTCAAGTCGCTTTCTTACAAGCAGGGCGTCATGTGTTGGGTT-TATCAAACCAAACATGCGTAAAATATGGTCAGATAATCAATATTTTAGATTTCTCAAGTTTTATGACCCCGCATT-----G---AGGCACAAC---GA-----------------------------C--TTCATTCATTC--AT--------ATTTTTCAATTTC--------ATTCATTCATTTACTCAGTGatttctc
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCACATTATAAAAATTCAAGCATTATGAAACCGAAAGTAGGA
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