lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     111111111111111111111111111111111111                                                     
lowQualScore                  :            1     1111111             1                                   1111                                                                 222222222                                                                                                                                      1                                      111111111111111                 11                                                     222                                                                                                                         1                                         1                              1                                                   111111111111111111111111111111111111                                                     
lowQualScore                  :            3     0000000         99  9       6 4444 333                  6666  2                                                    2         777777777                                         1   7                                           5                                 77       2 1    2   99999999         444          666666666666666          7   2  77          777777  33 2         5555    55       33   000                     7    5           2   66666                                                                          3       6 3     555      4                5                              7   33                                         444  333333333333333333333333333333333333 77777     6               3                     6   
lowQualScore                  :            .     .......         ..  .       . .... ...                  ....  .                                                    .         .........                                         .   .                                           .                                 ..       . .    .   ........         ...          ...............          .   .  ..          ......  .. .         ....    ..       ..   ...                     .    .           .   .....                                                                          .       . .     ...      .                .                              .   ..                                         ...  .................................... .....     .               .                     .   
lowQualScore                  :            2     0000000         00  7       0 5555 777                  3333  2                                                    4         999999999                                         3   9                                           0                                 77       7 7    7   77777777         777          777777777777777          9   9  55          222222  44 5         0000    66       44   222                     2    3           7   77777                                                                          1       4 1     444      9                0                              0   99                                         777  444444444444444444444444444444444444 11111     6               2                     0   
consensus                     : AATATATAGGTGTGAAG-------CGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAATC-C---AAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TT-----CTAC--------T-ACGC------AT-----A-----ACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
Reference ( gi|4 )            : AATATATAGGTTTGAAG-------CGAGAAAAC-TTATATTAAATTC----G---TGGACAAAATCATAATAAGCCGAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAACT-C---ATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATA-TGACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCTTTGGTGTCAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTCTTATTTAACGTTATCGTGTGTGTGCGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGACGTAACTAAG-CAAGG---CAAATGCTGGACTCGTTTAGGAAAGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGTCCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TT-----TT----------T-ACG-------A------A-----ACTTTGTTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGACTTG
gi|6                          : AATATATAGGTGTGAAG-------CGAGAAAAC-TTAAATTAGATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-AGACTAATGCTGGTCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCACGAAATT-CC--ATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTAACATTTTGAAGGTTTGAAATTTAGTTAGAATATATA-AAAAATA-CTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATAAATCCTAGATGACAACAATTAAA------TA-------------------------GTTCA--ACTATAATTTAACGTTATTGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGTACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGTTATTCGCACAGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---TAAATGTTGGACTCGTTCAGGAACTTAAAATATTAATTTAATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAAACTATTA-T---TT-----TC----------T-ACGT------ACTCTATA-----ACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|3                          : AATATATTGGTGTGAAG-------CGAGAAAAC-GTAAATTAAATCC----A---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGCACTCTTTGAAAACAGTTATTAGCAAGAAACATGCATTTT-CACGGAAAA------------TCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACAGATTGAATATGTCGTCATTGTACGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAACGTATA-AAAAATA-TTGCAT-ATT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ATGATATACCCTTGATGACAACAATTGTA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAAC-TGATCGTGTGTGTACGGA-AAGATCGAAAA-CGTATTTCATTTCCCGCCATCTGTCAAACGTCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATAAGCACCGTGCAACCGGAAATAACTATG-CTAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACCTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAAAATTATTTTCTT-----TC----------T-ACGCT-----AT-----A-----ACTTTATTACATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCTGTGATTT
gi|5                          : AATATATATGTGTGAAG-------CGAGAAAACCTTA-ATTAAATCC----G---TGGACAAAAGCATAATAAAAC--T-TTACTAATAATGATCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAATAAATATGCATTTG-TCCGCGAAATC-C---AAGTTTCTACATTTACGATTGCTGTACACATCTGGAACTGACATGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGTCAAAACTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTCCAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCCTTGATG---ACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGATCA--ACTATAACTTAATGTTATCGTGTGTGTACGGGTAAGACCGAAAA-CAC-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGTCTGGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATT---TTGCACGTA----------C-ACT-------AT-----A-----ACTTTATTTCATTGAAATCAG-------TCATGGATTCAGTGATTTG
gi|15                         : AATATATAGGTGTGAAG-------GGTGAAATC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAA-CTG-C-TGACAAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCATTTC--CCACGAAATC-C---AAGTTTTAACATTGACGAAGACTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTTGCCATTGCATGATTAGCCAAAGTATAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AGAAATA-TTACAT-GAT-----------C---------ACATGTCAA---------------ATTATATACCCTTGTTAAAAACAATAAGA------TA--G-TTCTTGTTT----CATA--A
gi|19                         : AATATATAGGTGTAAAT-------GGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGC-AAATTAC---GAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCAT
gi|27                         : AATATATAGGTGTGATG-------CAAGAAAAC-CTAAATTAATTCC----ATATTGGACAAGA
gi|7                          :  ACATATAGGTGTGAAG-------CGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAT-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAAAAGTAATTAGCAAGAAATGTGCATTTTTTCCGCGAAATC-C---AAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCGAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATA-TGACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCCTTGATGTCAACAACTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTATCGTTATCGTGTGCGTACGAA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCTCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAG---------------AACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAACTATTAATTTTATAGGAAAAAC-CTACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TT-----CTACG-------T-ACG-------CTTT---A-----ACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTGcagtgtaat
gi|1                          :  ATATATAGGTGTGAAG-------CGAGAAAA----AAATTAAATCC----G---AGAACAAAATCATAATAAACCTAC-TAGCTAATGTTGAACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAATC-C---AAGTTTCTACAATTATGAAGGCTGTACACATCTGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATGTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATA-TTACAT-AATAAACATGAAAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TA--G-TTATTG-TC----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAACATTATCGTGCGTGTAAGGGTAAGACCGAAAA-CGC-----ATTTCCAGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATT---TT-----GTACG-------T-ACG-------CTTT---A-----ACTCAATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|9                          :  ATATATAGATGTGAAG-------CGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGGTAAAATCATGATAAATCTAC-GGACTAATGTTAATGTCCTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCACTTT-TCCGTGAAATC-C---AAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTATACATCCGGTAGTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTAAAACCTTGCATTTTGAAGGTTT-AAATTTGATTAGAATATATA-AAAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ATTATATACCCTTGATGAAAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGATCA--ACTATCATTTAACAGTATCGTGTGTGTACGGA-AAAACCGTAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATATAAGATATTCGCATCATGCAACCGGAGGTAAATAGG-CAAGG---CAAATGTTGTCATCGTTTAGGAACGTAAAATACTAATTTTACTGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTTTTATTACATGATGTATATGTTTAGA
gi|2                          :  ATATATAGATGTGAAG-------GGAGAAAACCTTA-ATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTACCTAACTAGTGTTAATCTCTTTAAAAACAGTAGTTACCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAATC-C---AAGTTTCTACATTTACGAAAGCTGTACATATCCGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGATAAGAAATTTGGTTAGAATATATCAAAAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AATATATCAA---------------AGTATATACCCTTGGTGAACACAAATAAA------TA--G-TTATTGTTT----CATA--ATGTT----ACTATCATTTCACGTTATCGTGTGTGTATGGA-AAGACCAAAAA-CGT-----ATTTCCCGACACCTGTCAAACGGTACCTGATAATCAATCAAAATCATCCAAGATGCTCGCACCGTAAAACTGGACGTAACTAGG-ACACG---CAAATGTTGGTATCGTTTAGGAACGTAAAGTATGCATGTTATAGATAAAACACGACACAAATCTGTTGTTATTACACGATGTATATGTTTAAAATATTACT---TTCTC--CT----------T-AC---------------ACTATCACTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGGTCATGGATTCAGCGATTT
gi|13                         :  ATATATAGGTGTGAAG-------CGAGAAAAC-TTAAATTAAATCCAGCCG---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGAATAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGTAAGAAATGTGCATTTT-TCCGCGAAA------------------TTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTATATTATATA-AAAAAAA-ATACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ACGATATACCCTTGATGGCAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----AATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGT
gi|20                         :  ATATATAGGTGTAAAT-------GGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGC-AAATTAC---GAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCAcc
gi|18                         :          GTTTGAAGAAAGTACTGAAGAAGCACTAAGTTACGTCA----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TTACTAATGTTTATCTCTTTGAAATAAGTATTAAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCATGAAATC-T---AAATTTATGCGTTTA
gi|10                         :                     atcttGAGAAAAT-CTGAATTAAATCC----G---TTGACAAA-TCATGATAA-------------ATAT--A-CTCTTGGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCTGCGAAATC-C---AAATTTCTACATTTACGAA--TTGAATATGTC--GT-----CATAG--------------CAT-----GATTAGCCAAAACTTAACCCTT-CCTTTTAAA------AAAT-----------------------A-TTACAT-AAT--------AAACATGGA---AACATGTCA------------------------------GT------AGTTA--------------TTGTT---T----TATA--ATGTTTA--ACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCGAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCATGCAACCGAAAGTAACTAAG-CAAGG---CAAATGTTG----------GGAACGCTAAATATAAATTTTATAGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATGATATATATGTTTTGAATATTATT---TTCTA--CT----------T-AAG-------ATAT---A-----CTTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGATCACGATTTCATTGATgattatcattttctacttacactatagaaatcggtcatggattcagttaatgt
gi|16                         :                          GAGAAACG-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATTATATAT--AC-TTACTAATGTTGATCAGTTTGAAAATAGTAGTTAGCCAAAA
gi|8                          :                               ggC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATACACCTAC-AGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-CCCAAGAAATC-C---AATTTTCTACATTTATAAAGGCTGCACACATCAGGTACTGACACGGATTGAATATG---------CAAGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA----------------CGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACTGAAAA-CTA-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAATGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCATTTAGAAACATAAAATATTAATTTTATAAGCAAATCACGACCT--AACTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TT-----CTACG-------T-ACGCT-----AT-----A-----ACTTTATTTCATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTTtttaaaccttacattttgaaggtttgaaattaggataaaatatatcagaaatattacataataaacatgaaaacatgtcaaattatatactctgggtgaaaacaattaaatatatttagttgttgtttcataatatgttcaactatcgtttgtgtacggaaagacccaaaacgtatttcccgccatctgtcaa
gi|21                         :                                    TAAATTAAATCG----G---TCGACAAA-TCATAATAAACATAC-TTACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGAAAGAAATATGCATTTT-CCCGTGAAATC-C---AAGTTT-TACATTTACAATGGCTGTACACATTCAGTACTGACACGGATTGAAAATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAAT
gi|28                         :                                       cTTATATCT----G---TAGACAAAATCACAATAAACCTAC-TGACTAATGT
gi|14                         :                                        gTAAATCC----G---TGGACAAAATCATATTAATCCTAC-TGACTTATGTTGGACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAACTATGCA-TTT-TGCGCG-AATT-CCAAATGTT--TACATTTAC----GCT-----------GTACTGACACGGAGTGAACATGGCTTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACAGTTTCAAGGTTTGGAATGTTGTTAGAATAT-T----AAATGTTGGAATCGAT--------AAA---GAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCTATC--TGTTGTT----ATTAAA------TACTG-TTTATGTTTAGAGTATT--ATTTTCATTATTTTCATTTTACGGTATag
gi|11                         :                                                                                                                 TAGCAAGAAATATGTATTTC--CCGCGAAATC-C---AAGTTTATACATTTACA---------------CGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACTTTTTGAAGGTTTGAAATATGGTTAGAATATATC-AGAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATAAA---AACATGTTAA---------------ATTGTATACCTT-GGTGAAAACAATTAAA------TA--G-TTATTGTTT----CATA--ATGTTCA--ACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCGTCTGTCAATCGGCACCTGATAGCCAATCAAAACCATACAAGATATATGCACCGTGCAATCGAAAATAACTAGG-CAACG---CAAATGTTGGAATCGTTTAGAAACGTAAAATATTAATTTCATAGGTAAAATACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATAATGTTTATGTTTAGAATATTATT---TT-----CTAC--------TAACGCTA----A------A-----ACTTTATTTCATTGAAATCGGTaacttcagtgagttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                            TTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTAGGATAAAATATATC-AGAAATA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA---------------ATTATATACTCTGGGTGAAAACAATTAAATATATTTA--G-TTGTTGTTT----CATAATATGTTCA--AC-------------TATCGTTTGTGTACGGA-AAGACCCAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAA
gi|12                         :                                                                                                                                                               gggagaaacgctaaattaaatccgtggacaaaatcattatatatacttactaatgttgatcagtttgaaaatagtagCCTTACATTTTAAAAGTTTGAAATTTGGTTAGAATATAAC-AAAACTA-TTACAT-AAT--------AAACATGAA---AACTTGTCGA---------------ACGATATACCCTTGATGACAACAATTTAA------TA--G-TTATTGTTT----TATA--ATGTTCA--ACTATAATTTAATGTTGTCGTGTGTGTACGGA-ATGACTGAAAA-CGT-----ATTACCCGCCATCTATCAAACGGCATCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACTG-GCAACCGGAAATAACTACG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCATTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACAACCT--ATCTGTTGTTATCACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TG-----CTACG-------T-ACGCT-----AT-----A-----ACTTTATTTTATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gA------TA--GATTATAGTTC----CATGC-ATGTT---------TATTTATAATTA-CGCCGACGTCCGAA-AAGGCCGAAAAGCGT-----ATTTCTTACC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttgatacgaccgtTT----TATG--TTGTACA--ACTATAATTTAACATTATCATGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CTT-----ATTTTCCGCCAACTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATTATACAAGATATTCGCACCGTACAACCGTCAGTAACTAGGTCAAGG----AAATGCT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGTGTCCGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGATACTTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTTGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAACAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGGTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATT---TT-----CTACG-------T-ACGCT-----AT-----A-----ACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATGATGGATTCAGTGATTTG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAATGTTGGAATCGATAAAGAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTAAATACTGTTTATGTTTAGAGTATTATT---TT-----
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaatccgtggacaaaatcatattaatcctactgacttatgttggactctttgaaaacagtaattagcaagaactatgcattttgcgcgaattccaaatgtttacatttacgctgtactgacacggagtgaacatggcttcattgcatgataagccaaaatttaaaccttacagtttcaaggtttggaatgttgttagaatattTAATTTTATTGGTAAAACACAACTG--ATCAGTTGTTATTACATGAT-T-----TTCATAATAAGATT---TT-----TTGTTCTGGCGCT-AC---------------A-----ACTTCACTTCAATGAA-------ATGGGTCATAGATTCAGCGATTTcattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTTATGCGTTTAGATTATCATT---TT-----CTACT-------T-AC---------------------ACT-------ATAGAAATCGGTCATGGATt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atcttgtttgaagaaagtactgaagaagcactaagttacgtcagtggacaaaatcataataaacctacttactaatgtttatctctttgaaataagtattaagcaagaaatatgcatttttccatgaaatctaaGAATATTATT---TT-----CT------------ACGTAGGCTAA------A-----ACTTTATTTCAATGAAATCGGTGATGGATCATGGATACAGTGATTTGtcagttaatgt

Unaligned ( gi|25 ): AATCATAATGATTATTTACAAATGAAAATCTCCATGCAAAACTGTGGTTAGTGTATTTCCCAGTACATGTATAAACATTGATGAAG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  4444444444                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             4444 333                        2                                                    33         2    0   0                                        1                                                                             66            33    99999999         444                            0          777777   2             55            3                          5           2   66666                                                                                    2     555                                                          33                                            2   0000000000 0                      2                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       .             .... ...                        .                                                    ..         .    .   .                                        .                                                                             ..            ..    ........         ...                            .          ......   .             ..            .                          .           .   .....                                                                                    .     ...                                                          ..                                            .   .......... .                      .                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             2222 555                        1                                                    11         2    1   1                                        0                                                                             66            44    11111111         444                            4          222222   5             66            2                          0           5   22222                                                                                    9     000                                                          77                                            5   3333333333 3                      4                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC-TACGT---ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
Reference ( family-949 )      :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC-TAC-T---ACGC-ATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAA----AAATTAAATCC----G---AGAACAAAATCATAATAAACCTAC-TAGCTAATGTTGAACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACAATTATGAAGGCTGTACACATCTGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATGTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAAAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTG-TCTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACATTATCGTGCGTGTAAGGGTAAGACCGAAAA-CGC-----ATTTCCAGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG-TACGT---ACGCTTTAACTCAATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAAAT-CTGAATTAAATCC----G---TTGACAAA-TCATGATAAATATAC-T---------------CTTGGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCTGCGAAAT-CCAA--------ATTT-------CT----ACATTT---------ACGAATTGAATATGTCGTCATAGCATGATTAGCCAAAACTTAACCCTT-CCTTTTAAA------AAAT-----------------------ATTACA--TAAT--------AAACATGGA---AACATGTCAGTAGTTATTGTTTT----ATAATGTTTAAC------TA--TCATT------TA--ACGT-----TAT-------CGT----GTG--TGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCGAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCATGCAACCGAAAGTAACTAAG-CAAGG---CAAATGTTG----------GGAACGCTAAATATAAATTTTATAGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATGATATATATGTTTTGAATATTATTTTC-TAC-TTA-AGAT-ATACTTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGATCACGATTTCATTGATT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAGCAAGAAATATGTATTTC--CCGCGAAAT-CCAAGTTTATACATTTACA---------------CGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACTTTTTGAAGGTTTGAAATATGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TAAT--------AAACATAAA---AACATGTTAAATTGTATACC-TTGGTGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTTCAACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCGTCTGTCAATCGGCACCTGATAGCCAATCAAAACCATACAAGATATATGCACCGTGCAATCGAAAATAACTAGG-CAACG---CAAATGTTGGAATCGTTTAGAAACGTAAAATATTAATTTCATAGGTAAAATACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATAATGTTTATGTTTAGAATATTATTTTC-TAC-TA--ACGCTAAAACTTTATTTCATTGAAATCGGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTTACATTTTAAAAGTTTGAAATTTGGTTAGAATATAAC-AAAACTATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACTTGTCGAACGATATACCCTTGATGACAACAATTTAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAATGTTGTCGTGTGTGTACGGA-ATGACTGAAAA-CGT-----ATTACCCGCCATCTATCAAACGGCATCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACTG-GCAACCGGAAATAACTACG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCATTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACAACCT--ATCTGTTGTTATCACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTGC-TACGT---ACGCTATAACTTTATTTTATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             gATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCCAGCCG---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGAATAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGTAAGAAATGTGCATTTT-TCCGCGAAAT---------------TTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTATATTATATA-AAAAAAAATACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATGGCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTAATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                              TAAATCC----G---TGGACAAAATCATATTAATCCTAC-TGACTTATGTTGGACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAACTATGCA-TTT-TGCGCGAATT-CCAAATGTTTACATTTAC----GCT-----------GTACTGACACGGAGTGAACATGGCTTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACAGTTTCAAGGTTTGGAATGTTGTTAGAATAT-T----AAATGTTGGAATCGAT--------AAA---GAACGTAATATATCAAcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AAATGTTGGAATCGATAAAGAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTAAATACTGTTTATGTTTAGAGTATTATTTTC-ctttataggtaaaacacgacctatctgttgttattaaatactgtttatgtttagagtattattttcattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|15                         : taaatccgtggacaaaatcatattaatcctactgacttatgttggactctttgaaaacagtaattagcaagaactatgcattttgcgcgaattccaaatgtttacatttacgctgtactgacacggagtgaacatggcttcattgcatgataagccaaaatttaaaccttacagtttcaaggtttggaatgttgttagaatattAATATATAGGTGTGAAGGGTGAAATC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAA--CTGC-TGACAAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCATTTC--CCACGAAAT-CCAAGTTTTAACATTGACGAAGACTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTTGCCATTGCATGATTAGCCAAAGTATAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TGAT-----------C---------ACATGTCAAATTATATACCCTTGTTAAAAACAATAAGA------TAG-TTCTTGTTTCATA--Aattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAACG-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATTATATA--TAC-TTACTAATGTTGATCAGTTTGAAAATAGTAGTTAGCCAAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggTTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTAGGATAAAATATATC-AGAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAATTATATACTCTGGGTGAAAACAATTAAATATATTTAG-TTGTTGTTTCATAATATGTTCAACTAT-------CGTT------TGTGTACGGA-AAGACCCAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAtttaaaccttacattttgaaggtttgaaattaggataaaatatatcagaaatattacataataaacatgaaaacatgtcaaattatatactctgggtgaaaacaattaaatatatttagttgttgtttcataatatgttcaactatcgtttgtgtacggaaagacccaaaacgtatttcccgccatctgtcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gggagaaacgctaaattaaatccgtggacaaaatcattatatatacttactaatgttgatcagtttgaaaatagtagTGTGTCCGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGATACTTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTTGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAACAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGGTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC-TACGT---ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATGATGGATTCAGTGATTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                               GAAGAAGCACTAAGTTACGTCA----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TTACTAATGTTTATCTCTTTGAAATAAGTATTAAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCATGAAAT-CTAAATTTATGCGTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atcttgtttgaagaaagtactATTTATGCGTTTAGATTATCATTTTC-TAC-TT--AC------ACTATA-------GAAATCGGTCATGGATgattatcattttctacttacactatagaaatcggtcatggattcagttaatgt
gi|19                         :                                                                       atcttgtttgaagaaagtactgaagaagcactaagttacgtcagtggacaaaatcataataaacctacttactaatgtttatctctttgaaataagtattaagcaagaaatatgcatttttccatgaaatctaaAATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCATtcagttaatgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGGGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTACCTAACTAGTGTTAATCTCTTTAAAAACAGTAGTTACCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAAGCTGTACATATCCGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGATAAGAAATTTGGTTAGAATATATCAAAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AATATATCAAAGTATATACCCTTGGTGAACACAAATAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTT--ACTATCATTTCACGTTATCGTGTGTGTATGGA-AAGACCAAAAA-CGT-----ATTTCCCGACACCTGTCAAACGGTACCTGATAATCAATCAAAATCATCCAAGATGCTCGCACCGTAAAACTGGACGTAACTAGG-ACACG---CAAATGTTGGTATCGTTTAGGAACGTAAAGTATGCATGTTATAGATAAAACACGACACAAATCTGTTGTTATTACACGATGTATATGTTTAAAATATTACTTTC-TCCTT---ACACTATCACTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGGTCATGGATTCAGCGATTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                       -CTAAATTAAATCG----G---TCGACAAA-TCATAATAAACATAC-TTACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGAAAGAAATATGCATTTT-CCCGTGAAAT-CCAAGTTT-TACATTTACAATGGCTGTACACATTCAGTACTGACACGGATTGAAAATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTATG--TTGTACAACTATAATTTAACATTATCATGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CTT-----ATTTTCCGCCAACTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATTATACAAGATATTCGCACCGTACAACCGTCAGTAACTAGGTCAAGG----AAATGCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATTTTATTGGTAAAACACAACTG--ATCAGTTGTTATTACATGAT-T-----TTCATAATAAGATTTTT-TGT-TCTGGCGCTACAACTTCACTTCAATGAA-------ATGGGTCATAGATTCAGCGATTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTGAT-ACGACCGT---A------TAGATTATAGTTCCATGC-ATGTTTATTTATAATT--ACGC---CG---ACGTCCGAA-AAGGCCGAAAAGCGT-----ATTTCTTACCt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAATATTATTTTC-TACGT---AGGCTAAAACTTTATTTCAATGAAATCGGTGATGGATCATGGATACAGTGATTTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGATGCAAGAAAAC-CTAAATTAATTCC----ATATTGGACAAGA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                             TTATATCT----G---TAGACAAAATCACAATAAACCTAC-TGACTAATGTcagtgtaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                            gAATATATTGGTGTGAAGCGAGAAAAC-GTAAATTAAATCC----A---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGCACTCTTTGAAAACAGTTATTAGCAAGAAACATGCATTTT---CACGGAA----AA---TCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACAGATTGAATATGTCGTCATTGTACGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAACGTATA-AAAAATATTGCA--TATT--------AAACATGAA---AACATGTCAAATGATATACCCTTGATGACAACAATTGTA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAAC-TGATCGTGTGTGTACGGA-AAGATCGAAAA-CGTATTTCATTTCCCGCCATCTGTCAAACGTCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATAAGCACCGTGCAACCGGAAATAACTATG-CTAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACCTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAAAATTATTTTCTTTC-T---ACGCTATAACTTTATTACATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCTGTGATTTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTTTGAAGCGAGAAAAC-TTATATTAAATTC----G---TGGACAAAATCATAATAAGCCGAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAC-TCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATGACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCTTTGGTGTCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTCTTATTTAACGTTATCGTGTGTGTGCGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGACGTAACTAAG-CAAGG---CAAATGCTGGACTCGTTTAGGAAAGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGTCCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTT-T---T---ACG--A-AACTTTGTTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGACTTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATATGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAAGCATAATAAAACT---TTACTAATAATGATCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAATAAATATGCATTTG-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGATTGCTGTACACATCTGGAACTGACATGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGTCAAAACTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTCCAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATG---ACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATAACTTAATGTTATCGTGTGTGTACGGGTAAGACCGAAAA-CAC-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGTCTGGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG-CACGT---ACACTATAACTTTATTTCATTGAAATCAG-------TCATGGATTCAGTGATTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAGATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-AGACTAATGCTGGTCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCACGAAATTCCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTAACATTTTGAAGGTTTGAAATTTAGTTAGAATATATA-AAAAATACTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATAAATCCTAGATGACAACAATTAAA------TA-------------------GTTCAACTATAATTTAACGTTATTGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGTACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGTTATTCGCACAGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---TAAATGTTGGACTCGTTCAGGAACTTAAAATATTAATTTAATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAAACTATTATTTTC-TACGT---ACTCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                              ACATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAT-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAAAAGTAATTAGCAAGAAATGTGCATTTTTTCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCGAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATGACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAACGATATACCCTTGATGTCAACAACTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTATCGTTATCGTGTGCGTACGAA-AAGACCGAAAA-CGT-----ATTTCTCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAG---------------AACCGGAAGTAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAACTATTAATTTTATAGGAAAAAC-CTACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC-TACGT---ACGCTTTAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                      C-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATACACCTAC-AGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-CCCAAGAAAT-CCAATTTTCTACATTTATAAAGGCTGCACACATCAGGTACTGACACGGATTGAATATG---------CAAGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAA-CGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACTGAAAA-CTA-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAATGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGG---CAAATGTTGGACTCATTTAGAAACATAAAATATTAATTTTATAAGCAAATCACGACCT--AACTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC-TACGT---ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGGTAAAATCATGATAAATCTAC-GGACTAATGTTAATGTCCTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCACTTT-TCCGTGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTATACATCCGGTAGTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTAAAACCTTGCATTTTGAAGGTTT-AAATTTGATTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAAT--------AAACATGAA---AACATGTCAAATTATATACCCTTGATGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATCATTTAACAGTATCGTGTGTGTACGGA-AAAACCGTAAA-CGT-----ATTTCCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATATAAGATATTCGCATCATGCAACCGGAGGTAAATAGG-CAAGG---CAAATGTTGTCATCGTTTAGGAACGTAAAATACTAATTTTACTGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTTTTATTACATGATGTATATGTTTAGA

Unaligned ( gi|25 ): AATCATAATGATTATTTACAAATGAAAATCTCCATGCAAAACTGTGGTTAGTGTATTTCCCAGTACATGTATAAACATTGATGAAG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             4444 333                        2                                                    33         2    0   0                                        1                                                                             66            33             444      99999999                                 777777   2         2   55            3                          5           2       66666                                                                                2        444                                                       33                                            33 55555 4444 5555                             2                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       .             .... ...                        .                                                    ..         .    .   .                                        .                                                                             ..            ..             ...      ........                                 ......   .         .   ..            .                          .           .       .....                                                                                .        ...                                                       ..                                            .. ..... .... ....                             .                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             2222 555                        1                                                    11         2    1   1                                        0                                                                             66            44             444      11111111                                 222222   5         6   66            2                          0           5       22222                                                                                9        777                                                       77                                            44 66666 8888 3333                             4                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
Reference ( family-949 )      :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAA----AAATTAAATCC----G---AGAACAAAATCATAATAAACCTAC-TAGCTAATGTTGAACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACAATTATGAAGGCTGTACACATCTGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATGTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATGAAAACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTCT-ATA--ATGTTCAACTATAATTTAACATTATCGTGCGTGTAAGGGTAAGACCGAAAA-CGCATTT-----CCAGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--TA----CG---T----ACGCTTTAACTCAATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAAAT-CTGAATTAAATCC----G---TTGACAAA-TCATGATAAATATAC-T---------------CTTGGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCTGCGAAAT-CCAA--------ATTT-------CT----ACATTT---------ACGAATTGAATATGTCGTCATAGCATGATTAGCCAAAACTTAACCCTT-CCTTTTAAA------AAAT-----------------------ATTACA--TAATAAACATGGA---AACATG--------TCAGTAGTTATTGTTTT----ATAATGTTTAAC------TA--TCATT------TA--ACGT-----TAT-------CGT----GTG--TGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCGAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCATGCAACCGAAAGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGTTG----------GGAACGCTAAATATAAATTTTATAGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATGATATATATGTTTTGAATATTATTTTC--TA----CT---T----AAGATATACTTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGATCACGATTTCATTGATT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAGCAAGAAATATGTATTTC--CCGCGAAAT-CCAAGTTTATACATTTACA---------------CGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACTTTTTGAAGGTTTGAAATATGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATAAA---AACATG--------TTAAATTGTATACC-TTGGTGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTTCAACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCGTCTGTCAATCGGCACCTGATAGCCAATCAAAACCATACAAGATATATGCACCGTGCAATCGAAAATAACTAGG-CAACGCAA---ATGTTGGAATCGTTTAGAAACGTAAAATATTAATTTCATAGGTAAAATACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATAATGTTTATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CT---A----ACGCTAAAACTTTATTTCATTGAAATCGGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTTACATTTTAAAAGTTTGAAATTTGGTTAGAATATAAC-AAAACTATTACA--TAATAAACATGAA---AACTTG--------TCGAACGATATACCCTTGATGACAACAATTTAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAATGTTGTCGTGTGTGTACGGA-ATGACTGAAAA-CGTATTA-----CCCGCCATCTATCAAACGGCATCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACTG-GCAACCGGAAATAACTACG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACAACCT--ATCTGTTGTTATCACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTGC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTTATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             gATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCCAGCCG---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGAATAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGTAAGAAATGTGCATTTT-TCCGCGAAAT---------------TTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTATATTATATA-AAAAAAAATACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGGCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTAATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                              TAAATCC----G---TGGACAAAATCATATTAATCCTAC-TGACTTATGTTGGACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAACTATGCA-TTT-TGCGCGAATT-CCAAATGTTTACATTTAC----GCT-----------GTACTGACACGGAGTGAACATGGCTTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACAGTTTCAAGGTTTGGAATGTTGTTAGAATAT-T----AAATGTTGGAATCGATAAA---GAACGTAATATA--------TCAAcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA---ATGTTGGAATCGATAAAGAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTAAATACTGTTTATGTTTAGAGTATTATTTTCATTATTTTCATTTT----ACGGTATAACTTCActttataggtaaaacacgacctatctgttgttattaaatactgtttatgtttagagtattattttcattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|15                         : taaatccgtggacaaaatcatattaatcctactgacttatgttggactctttgaaaacagtaattagcaagaactatgcattttgcgcgaattccaaatgtttacatttacgctgtactgacacggagtgaacatggcttcattgcatgataagccaaaatttaaaccttacagtttcaaggtttggaatgttgttagaatattAATATATAGGTGTGAAGGGTGAAATC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAA--CTGC-TGACAAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCATTTC--CCACGAAAT-CCAAGTTTTAACATTGACGAAGACTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTTGCCATTGCATGATTAGCCAAAGTATAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TGAT---C---------ACATG--------TCAAATTATATACCCTTGTTAAAAACAATAAGA------TAG-TTCTTGTTTCATA--Agtgagttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAACG-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATTATATA--TAC-TTACTAATGTTGATCAGTTTGAAAATAGTAGTTAGCCAAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggTTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTAGGATAAAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACTCTGGGTGAAAACAATTAAATATATTTAG-TTGTTGTTTCATAATATGTTCAACTAT-------CGTT------TGTGTACGGA-AAGACCCAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAtttaaaccttacattttgaaggtttgaaattaggataaaatatatcagaaatattacataataaacatgaaaacatgtcaaattatatactctgggtgaaaacaattaaatatatttagttgttgtttcataatatgttcaactatcgtttgtgtacggaaagacccaaaacgtatttcccgccatctgtcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gggagaaacgctaaattaaatccgtggacaaaatcattatatatacttactaatgttgatcagtttgaaaatagtagTGTGTCCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGATACTTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTTGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAACAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGGTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATGATGGATTCAGTGATTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                               GAAGAAGCACTAAGTTACGTCA----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TTACTAATGTTTATCTCTTTGAAATAAGTATTAAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCATGAAAT-CTAAATTTATGCGTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atcttgtttgaagaaagtactATTTATGCGTTTAGATTATCATTTTC--TA----CT---T----ACACTATA-------------GAAATCGGTCATGGATgattatcattttctacttacactatagaaatcggtcatggattcagttaatgt
gi|19                         :                                                                       atcttgtttgaagaaagtactgaagaagcactaagttacgtcagtggacaaaatcataataaacctacttactaatgtttatctctttgaaataagtattaagcaagaaatatgcatttttccatgaaatctaaAATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCATtcagttaatgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGGGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTACCTAACTAGTGTTAATCTCTTTAAAAACAGTAGTTACCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAAGCTGTACATATCCGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGATAAGAAATTTGGTTAGAATATATCAAAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AATATA--------TCAAAGTATATACCCTTGGTGAACACAAATAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTT--ACTATCATTTCACGTTATCGTGTGTGTATGGA-AAGACCAAAAA-CGTATTT-----CCCGACACCTGTCAAACGGTACCTGATAATCAATCAAAATCATCCAAGATGCTCGCACCGTAAAACTGGACGTAACTAGG-ACACGCAA---ATGTTGGTATCGTTTAGGAACGTAAAGTATGCATGTTATAGATAAAACACGACACAAATCTGTTGTTATTACACGATGTATATGTTTAAAATATTACTTTC--TC----CT---T----ACACTATCACTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGGTCATGGATTCAGCGATTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                       -CTAAATTAAATCG----G---TCGACAAA-TCATAATAAACATAC-TTACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGAAAGAAATATGCATTTT-CCCGTGAAAT-CCAAGTTT-TACATTTACAATGGCTGTACACATTCAGTACTGACACGGATTGAAAATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTATG--TTGTACAACTATAATTTAACATTATCATGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CTTATTT-----TCCGCCAACTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATTATACAAGATATTCGCACCGTACAACCGTCAGTAACTAGGTCAAGG-AA---ATGCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATTTTATTGGTAAAACACAACTG--ATCAGTTGTTATTACATGAT-T-----TTCATAATAAGATTTTT--T------G---TTCTGGCGCTACAACTTCACTTCAATGAA-------ATGGGTCATAGATTCAGCGATTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTGAT-ACGACCGT---A------TAGATTATAGTTCCATGC-ATGTTTATTTATAATT--ACGC---CG---ACGTCCGAA-AAGGCCGAAAAGCGTATTT-----CTTACCt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAATATTATTTTC--TA----CG---T----AGGCTAAAACTTTATTTCAATGAAATCGGTGATGGATCATGGATACAGTGATTTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGATGCAAGAAAAC-CTAAATTAATTCC----ATATTGGACAAGA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                             TTATATCT----G---TAGACAAAATCACAATAAACCTAC-TGACTAATGTcagtgtaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                            gAATATATTGGTGTGAAGCGAGAAAAC-GTAAATTAAATCC----A---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGCACTCTTTGAAAACAGTTATTAGCAAGAAACATGCATTTT---CACGGAA----AA---TCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACAGATTGAATATGTCGTCATTGTACGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAACGTATA-AAAAATATTGCA--TATTAAACATGAA---AACATG--------TCAAATGATATACCCTTGATGACAACAATTGTA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAAC-TGATCGTGTGTGTACGGA-AAGATCGAAAA-CGTATTTCATTTCCCGCCATCTGTCAAACGTCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATAAGCACCGTGCAACCGGAAATAACTATG-CTAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACCTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAAAATTATTTTC--TT----TC---T----ACGCTATAACTTTATTACATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCTGTGATTTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTTTGAAGCGAGAAAAC-TTATATTAAATTC----G---TGGACAAAATCATAATAAGCCGAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAC-TCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCTTTGGTGTCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTCTTATTTAACGTTATCGTGTGTGTGCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGACGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGCTGGACTCGTTTAGGAAAGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGTCCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTT--T----------T----ACG--A-AACTTTGTTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGACTTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATATGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAAGCATAATAAAACT---TTACTAATAATGATCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAATAAATATGCATTTG-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGATTGCTGTACACATCTGGAACTGACATGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGTCAAAACTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTCCAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAA---TTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATAACTTAATGTTATCGTGTGTGTACGGGTAAGACCGAAAA-CACATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGTCTGGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--CA----CG---T----ACACTATAACTTTATTTCATTGAAATCAG-------TCATGGATTCAGTGATTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAGATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-AGACTAATGCTGGTCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCACGAAATTCCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTAACATTTTGAAGGTTTGAAATTTAGTTAGAATATATA-AAAAATACTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATAAATCCTAGATGACAACAATTAAA------TA-------------------GTTCAACTATAATTTAACGTTATTGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGTACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGTTATTCGCACAGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGTAA---ATGTTGGACTCGTTCAGGAACTTAAAATATTAATTTAATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAAACTATTATTTTC--TA----CG---T----ACTCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                              ACATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAT-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAAAAGTAATTAGCAAGAAATGTGCATTTTTTCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCGAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGTCAACAACTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTATCGTTATCGTGTGCGTACGAA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CTCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAG---------------AACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAACTATTAATTTTATAGGAAAAAC-CTACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTTTAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                      C-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATACACCTAC-AGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-CCCAAGAAAT-CCAATTTTCTACATTTATAAAGGCTGCACACATCAGGTACTGACACGGATTGAATATG---------CAAGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAA-CGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACTGAAAA-CTAATTT-----CCCGCCATCTGTCAAATGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGAAACATAAAATATTAATTTTATAAGCAAATCACGACCT--AACTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGGTAAAATCATGATAAATCTAC-GGACTAATGTTAATGTCCTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCACTTT-TCCGTGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTATACATCCGGTAGTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTAAAACCTTGCATTTTGAAGGTTT-AAATTTGATTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACCCTTGATGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATCATTTAACAGTATCGTGTGTGTACGGA-AAAACCGTAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATATAAGATATTCGCATCATGCAACCGGAGGTAAATAGG-CAAGGCAA---ATGTTGTCATCGTTTAGGAACGTAAAATACTAATTTTACTGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTTTTATTACATGATGTATATGTTTAGA

Unaligned ( gi|25 ): AATCATAATGATTATTTACAAATGAAAATCTCCATGCAAAACTGTGGTTAGTGTATTTCCCAGTACATGTATAAACATTGATGAAG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             4444 333                        2                                                    33         2    0   0                                        1                                                                             66            33             444      99999999                                 777777   2         2   55            3                          5           2       66666                                                                                2        444                                                       33                                            33 55555 4444 5555                             2                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       .             .... ...                        .                                                    ..         .    .   .                                        .                                                                             ..            ..             ...      ........                                 ......   .         .   ..            .                          .           .       .....                                                                                .        ...                                                       ..                                            .. ..... .... ....                             .                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             2222 555                        1                                                    11         2    1   1                                        0                                                                             66            44             444      11111111                                 222222   5         6   66            2                          0           5       22222                                                                                9        777                                                       77                                            44 66666 8888 3333                             4                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
Reference ( family-949 )      :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAA----AAATTAAATCC----G---AGAACAAAATCATAATAAACCTAC-TAGCTAATGTTGAACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACAATTATGAAGGCTGTACACATCTGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATGTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATGAAAACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTCT-ATA--ATGTTCAACTATAATTTAACATTATCGTGCGTGTAAGGGTAAGACCGAAAA-CGCATTT-----CCAGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--TA----CG---T----ACGCTTTAACTCAATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAAAT-CTGAATTAAATCC----G---TTGACAAA-TCATGATAAATATAC-T---------------CTTGGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCTGCGAAAT-CCAA--------ATTT-------CT----ACATTT---------ACGAATTGAATATGTCGTCATAGCATGATTAGCCAAAACTTAACCCTT-CCTTTTAAA------AAAT-----------------------ATTACA--TAATAAACATGGA---AACATG--------TCAGTAGTTATTGTTTT----ATAATGTTTAAC------TA--TCATT------TA--ACGT-----TAT-------CGT----GTG--TGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCGAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCATGCAACCGAAAGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGTTG----------GGAACGCTAAATATAAATTTTATAGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATGATATATATGTTTTGAATATTATTTTC--TA----CT---T----AAGATATACTTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGATCACGATTTCATTGATT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAGCAAGAAATATGTATTTC--CCGCGAAAT-CCAAGTTTATACATTTACA---------------CGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACTTTTTGAAGGTTTGAAATATGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATAAA---AACATG--------TTAAATTGTATACC-TTGGTGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTTCAACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCGTCTGTCAATCGGCACCTGATAGCCAATCAAAACCATACAAGATATATGCACCGTGCAATCGAAAATAACTAGG-CAACGCAA---ATGTTGGAATCGTTTAGAAACGTAAAATATTAATTTCATAGGTAAAATACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATAATGTTTATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CT---A----ACGCTAAAACTTTATTTCATTGAAATCGGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTTACATTTTAAAAGTTTGAAATTTGGTTAGAATATAAC-AAAACTATTACA--TAATAAACATGAA---AACTTG--------TCGAACGATATACCCTTGATGACAACAATTTAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAATGTTGTCGTGTGTGTACGGA-ATGACTGAAAA-CGTATTA-----CCCGCCATCTATCAAACGGCATCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACTG-GCAACCGGAAATAACTACG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACAACCT--ATCTGTTGTTATCACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTGC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTTATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             gATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCCAGCCG---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGAATAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGTAAGAAATGTGCATTTT-TCCGCGAAAT---------------TTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTATATTATATA-AAAAAAAATACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGGCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTAATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                              TAAATCC----G---TGGACAAAATCATATTAATCCTAC-TGACTTATGTTGGACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAACTATGCA-TTT-TGCGCGAATT-CCAAATGTTTACATTTAC----GCT-----------GTACTGACACGGAGTGAACATGGCTTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACAGTTTCAAGGTTTGGAATGTTGTTAGAATAT-T----AAATGTTGGAATCGATAAA---GAACGTAATATA--------TCAAcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA---ATGTTGGAATCGATAAAGAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTAAATACTGTTTATGTTTAGAGTATTATTTTCATTATTTTCATTTT----ACGGTATAACTTCActttataggtaaaacacgacctatctgttgttattaaatactgtttatgtttagagtattattttcattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|15                         : taaatccgtggacaaaatcatattaatcctactgacttatgttggactctttgaaaacagtaattagcaagaactatgcattttgcgcgaattccaaatgtttacatttacgctgtactgacacggagtgaacatggcttcattgcatgataagccaaaatttaaaccttacagtttcaaggtttggaatgttgttagaatattAATATATAGGTGTGAAGGGTGAAATC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAA--CTGC-TGACAAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCATTTC--CCACGAAAT-CCAAGTTTTAACATTGACGAAGACTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTTGCCATTGCATGATTAGCCAAAGTATAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TGAT---C---------ACATG--------TCAAATTATATACCCTTGTTAAAAACAATAAGA------TAG-TTCTTGTTTCATA--Agtgagttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAACG-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATTATATA--TAC-TTACTAATGTTGATCAGTTTGAAAATAGTAGTTAGCCAAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggTTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTAGGATAAAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACTCTGGGTGAAAACAATTAAATATATTTAG-TTGTTGTTTCATAATATGTTCAACTAT-------CGTT------TGTGTACGGA-AAGACCCAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAtttaaaccttacattttgaaggtttgaaattaggataaaatatatcagaaatattacataataaacatgaaaacatgtcaaattatatactctgggtgaaaacaattaaatatatttagttgttgtttcataatatgttcaactatcgtttgtgtacggaaagacccaaaacgtatttcccgccatctgtcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gggagaaacgctaaattaaatccgtggacaaaatcattatatatacttactaatgttgatcagtttgaaaatagtagTGTGTCCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGATACTTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTTGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAACAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGGTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATGATGGATTCAGTGATTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                               GAAGAAGCACTAAGTTACGTCA----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TTACTAATGTTTATCTCTTTGAAATAAGTATTAAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCATGAAAT-CTAAATTTATGCGTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atcttgtttgaagaaagtactATTTATGCGTTTAGATTATCATTTTC--TA----CT---T----ACACTATA-------------GAAATCGGTCATGGATgattatcattttctacttacactatagaaatcggtcatggattcagttaatgt
gi|19                         :                                                                       atcttgtttgaagaaagtactgaagaagcactaagttacgtcagtggacaaaatcataataaacctacttactaatgtttatctctttgaaataagtattaagcaagaaatatgcatttttccatgaaatctaaAATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCATtcagttaatgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGGGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTACCTAACTAGTGTTAATCTCTTTAAAAACAGTAGTTACCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAAGCTGTACATATCCGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGATAAGAAATTTGGTTAGAATATATCAAAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AATATA--------TCAAAGTATATACCCTTGGTGAACACAAATAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTT--ACTATCATTTCACGTTATCGTGTGTGTATGGA-AAGACCAAAAA-CGTATTT-----CCCGACACCTGTCAAACGGTACCTGATAATCAATCAAAATCATCCAAGATGCTCGCACCGTAAAACTGGACGTAACTAGG-ACACGCAA---ATGTTGGTATCGTTTAGGAACGTAAAGTATGCATGTTATAGATAAAACACGACACAAATCTGTTGTTATTACACGATGTATATGTTTAAAATATTACTTTC--TC----CT---T----ACACTATCACTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGGTCATGGATTCAGCGATTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                       -CTAAATTAAATCG----G---TCGACAAA-TCATAATAAACATAC-TTACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGAAAGAAATATGCATTTT-CCCGTGAAAT-CCAAGTTT-TACATTTACAATGGCTGTACACATTCAGTACTGACACGGATTGAAAATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTATG--TTGTACAACTATAATTTAACATTATCATGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CTTATTT-----TCCGCCAACTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATTATACAAGATATTCGCACCGTACAACCGTCAGTAACTAGGTCAAGG-AA---ATGCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATTTTATTGGTAAAACACAACTG--ATCAGTTGTTATTACATGAT-T-----TTCATAATAAGATTTTT--T------G---TTCTGGCGCTACAACTTCACTTCAATGAA-------ATGGGTCATAGATTCAGCGATTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTGAT-ACGACCGT---A------TAGATTATAGTTCCATGC-ATGTTTATTTATAATT--ACGC---CG---ACGTCCGAA-AAGGCCGAAAAGCGTATTT-----CTTACCt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAATATTATTTTC--TA----CG---T----AGGCTAAAACTTTATTTCAATGAAATCGGTGATGGATCATGGATACAGTGATTTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGATGCAAGAAAAC-CTAAATTAATTCC----ATATTGGACAAGA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                             TTATATCT----G---TAGACAAAATCACAATAAACCTAC-TGACTAATGTcagtgtaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                            gAATATATTGGTGTGAAGCGAGAAAAC-GTAAATTAAATCC----A---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGCACTCTTTGAAAACAGTTATTAGCAAGAAACATGCATTTT---CACGGAA----AA---TCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACAGATTGAATATGTCGTCATTGTACGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAACGTATA-AAAAATATTGCA--TATTAAACATGAA---AACATG--------TCAAATGATATACCCTTGATGACAACAATTGTA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAAC-TGATCGTGTGTGTACGGA-AAGATCGAAAA-CGTATTTCATTTCCCGCCATCTGTCAAACGTCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATAAGCACCGTGCAACCGGAAATAACTATG-CTAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACCTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAAAATTATTTTC--TT----TC---T----ACGCTATAACTTTATTACATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCTGTGATTTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTTTGAAGCGAGAAAAC-TTATATTAAATTC----G---TGGACAAAATCATAATAAGCCGAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAC-TCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCTTTGGTGTCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTCTTATTTAACGTTATCGTGTGTGTGCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGACGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGCTGGACTCGTTTAGGAAAGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGTCCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTT--T----------T----ACG--A-AACTTTGTTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGACTTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATATGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAAGCATAATAAAACT---TTACTAATAATGATCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAATAAATATGCATTTG-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGATTGCTGTACACATCTGGAACTGACATGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGTCAAAACTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTCCAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAA---TTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATAACTTAATGTTATCGTGTGTGTACGGGTAAGACCGAAAA-CACATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGTCTGGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--CA----CG---T----ACACTATAACTTTATTTCATTGAAATCAG-------TCATGGATTCAGTGATTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAGATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-AGACTAATGCTGGTCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCACGAAATTCCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTAACATTTTGAAGGTTTGAAATTTAGTTAGAATATATA-AAAAATACTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATAAATCCTAGATGACAACAATTAAA------TA-------------------GTTCAACTATAATTTAACGTTATTGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGTACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGTTATTCGCACAGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGTAA---ATGTTGGACTCGTTCAGGAACTTAAAATATTAATTTAATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAAACTATTATTTTC--TA----CG---T----ACTCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                              ACATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAT-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAAAAGTAATTAGCAAGAAATGTGCATTTTTTCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCGAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGTCAACAACTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTATCGTTATCGTGTGCGTACGAA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CTCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAG---------------AACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAACTATTAATTTTATAGGAAAAAC-CTACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTTTAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                      C-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATACACCTAC-AGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-CCCAAGAAAT-CCAATTTTCTACATTTATAAAGGCTGCACACATCAGGTACTGACACGGATTGAATATG---------CAAGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAA-CGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACTGAAAA-CTAATTT-----CCCGCCATCTGTCAAATGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGAAACATAAAATATTAATTTTATAAGCAAATCACGACCT--AACTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGGTAAAATCATGATAAATCTAC-GGACTAATGTTAATGTCCTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCACTTT-TCCGTGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTATACATCCGGTAGTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTAAAACCTTGCATTTTGAAGGTTT-AAATTTGATTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACCCTTGATGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATCATTTAACAGTATCGTGTGTGTACGGA-AAAACCGTAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATATAAGATATTCGCATCATGCAACCGGAGGTAAATAGG-CAAGGCAA---ATGTTGTCATCGTTTAGGAACGTAAAATACTAATTTTACTGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTTTTATTACATGATGTATATGTTTAGA


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       A             AGCC TAT                        C                                                    TT         T                                                 T                                                                             CA            AT             CGT      .                                        TATATT   A         C   AT            C                          T           G       CATTT                                                                                T        CAA                                                       AA                                            AT ATTTT ATTT TCTG                             T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             C             .              .        .                                        .        .         T   C             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     T    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 T                                                                             C             .              .        .                                        .        .         A   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     T    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             A             .              .        .                                        .        .         C   .             C                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             C             .              .        .                                        .        .         C   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             C             .              .        .                                        .        .         C   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     T    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             A             .              .        .                                        .        .         T   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  C     T    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 G                                                                             C             .              .        .                                        .        .         C   .             T                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    C          .                                                 T                                                                             C             .              .        .                                        .        .         T   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  T     G    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 T                                                                             A             .              .        .                                        .        .         T   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     C    .                                T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 C                                                                             A             .              .        .                                        .        .         T   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 T                                                                             A             .              .        .                                        .        .         T   .             A                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    C          .                                                 T                                                                             A             .              .        .                                        .        .         T   .             C                          .           .       .                                                                                    .        .                                                         .                                             .  A     G    .                                .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    T          .                                                 C                                                                             .             .              .        .                                        .        .         T   .             .                          .           .       .                                                                                             .                                                         .                                             .  .     G    .                                .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    .          .                                                 T                                                                             .             .              .        .                                        .        .         .   .             .                          .           .       .                                                                                                                                                                                                     .  .     .    .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    .          .                                                 C                                                                                                                                                                               .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                       .             .    .                          .                                                    .          .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                     .    .                          .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                     .    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ********
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG

Unaligned ( gi|25 ): AATCATAATGATTATTTACAAATGAAAATCTCCATGCAAAACTGTGGTTAGTGTATTTCCCAGTACATGTATAAACATTGATGAAG

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             4444 333                        2                                                    33         2    0   0                                        1                                                                             66            33             444      99999999                                 777777   2         2   55            3                          5           2       66666                                                                                2        444                                                       33                                            33 55555 4444 5555                             2                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       .             .... ...                        .                                                    ..         .    .   .                                        .                                                                             ..            ..             ...      ........                                 ......   .         .   ..            .                          .           .       .....                                                                                .        ...                                                       ..                                            .. ..... .... ....                             .                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                       2             2222 555                        1                                                    11         2    1   1                                        0                                                                             66            44             444      11111111                                 222222   5         6   66            2                          0           5       22222                                                                                9        777                                                       77                                            44 66666 8888 3333                             4                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
Reference ( family-949 )      :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGANTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAA----AAATTAAATCC----G---AGAACAAAATCATAATAAACCTAC-TAGCTAATGTTGAACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACAATTATGAAGGCTGTACACATCTGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATGTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATGAAAACATGTCAAACGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTCT-ATA--ATGTTCAACTATAATTTAACATTATCGTGCGTGTAAGGGTAAGACCGAAAA-CGCATTT-----CCAGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--TA----CG---T----ACGCTTTAACTCAATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAAAT-CTGAATTAAATCC----G---TTGACAAA-TCATGATAAATATAC-T---------------CTTGGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCTGCGAAAT-CCAA--------ATTT-------CT----ACATTT---------ACGAATTGAATATGTCGTCATAGCATGATTAGCCAAAACTTAACCCTT-CCTTTTAAA------AAAT-----------------------ATTACA--TAATAAACATGGA---AACATG--------TCAGTAGTTATTGTTTT----ATAATGTTTAAC------TA--TCATT------TA--ACGT-----TAT-------CGT----GTG--TGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCGAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCATGCAACCGAAAGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGTTG----------GGAACGCTAAATATAAATTTTATAGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATGATATATATGTTTTGAATATTATTTTC--TA----CT---T----AAGATATACTTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGATCACGATTTCATTGATT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TAGCAAGAAATATGTATTTC--CCGCGAAAT-CCAAGTTTATACATTTACA---------------CGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACTTTTTGAAGGTTTGAAATATGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATAAA---AACATG--------TTAAATTGTATACC-TTGGTGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTTCAACTATCATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCGTCTGTCAATCGGCACCTGATAGCCAATCAAAACCATACAAGATATATGCACCGTGCAATCGAAAATAACTAGG-CAACGCAA---ATGTTGGAATCGTTTAGAAACGTAAAATATTAATTTCATAGGTAAAATACGACTT--ATCTGTTGTTATTACATAATGTTTATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CT---A----ACGCTAAAACTTTATTTCATTGAAATCGGT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTTACATTTTAAAAGTTTGAAATTTGGTTAGAATATAAC-AAAACTATTACA--TAATAAACATGAA---AACTTG--------TCGAACGATATACCCTTGATGACAACAATTTAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAATGTTGTCGTGTGTGTACGGA-ATGACTGAAAA-CGTATTA-----CCCGCCATCTATCAAACGGCATCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACTG-GCAACCGGAAATAACTACG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACAACCT--ATCTGTTGTTATCACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTGC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTTATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             gATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCCAGCCG---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGAATAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGTAAGAAATGTGCATTTT-TCCGCGAAAT---------------TTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTATATTATATA-AAAAAAAATACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGGCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTAATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                              TAAATCC----G---TGGACAAAATCATATTAATCCTAC-TGACTTATGTTGGACTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAACTATGCA-TTT-TGCGCGAATT-CCAAATGTTTACATTTAC----GCT-----------GTACTGACACGGAGTGAACATGGCTTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACAGTTTCAAGGTTTGGAATGTTGTTAGAATAT-T----AAATGTTGGAATCGATAAA---GAACGTAATATA--------TCAAcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA---ATGTTGGAATCGATAAAGAACGTAATATATCAACTTTATAGGTAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTAAATACTGTTTATGTTTAGAGTATTATTTTCATTATTTTCATTTT----ACGGTATAACTTCActttataggtaaaacacgacctatctgttgttattaaatactgtttatgtttagagtattattttcattattttcattttacggtataacttcagtgagttt
gi|15                         : taaatccgtggacaaaatcatattaatcctactgacttatgttggactctttgaaaacagtaattagcaagaactatgcattttgcgcgaattccaaatgtttacatttacgctgtactgacacggagtgaacatggcttcattgcatgataagccaaaatttaaaccttacagtttcaaggtttggaatgttgttagaatattAATATATAGGTGTGAAGGGTGAAATC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAA--CTGC-TGACAAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCATTTC--CCACGAAAT-CCAAGTTTTAACATTGACGAAGACTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTTGCCATTGCATGATTAGCCAAAGTATAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AGAAATATTACA--TGAT---C---------ACATG--------TCAAATTATATACCCTTGTTAAAAACAATAAGA------TAG-TTCTTGTTTCATA--Agtgagttt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                               GAGAAACG-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATTATATA--TAC-TTACTAATGTTGATCAGTTTGAAAATAGTAGTTAGCCAAAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggTTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTAGGATAAAATATATC-AGAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACTCTGGGTGAAAACAATTAAATATATTTAG-TTGTTGTTTCATAATATGTTCAACTAT-------CGTT------TGTGTACGGA-AAGACCCAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAtttaaaccttacattttgaaggtttgaaattaggataaaatatatcagaaatattacataataaacatgaaaacatgtcaaattatatactctgggtgaaaacaattaaatatatttagttgttgtttcataatatgttcaactatcgtttgtgtacggaaagacccaaaacgtatttcccgccatctgtcaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gggagaaacgctaaattaaatccgtggacaaaatcattatatatacttactaatgttgatcagtttgaaaatagtagTGTGTCCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGATACTTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTTGCACCGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAACAAATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGGTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATGATGGATTCAGTGATTTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                               GAAGAAGCACTAAGTTACGTCA----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TTACTAATGTTTATCTCTTTGAAATAAGTATTAAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCATGAAAT-CTAAATTTATGCGTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atcttgtttgaagaaagtactATTTATGCGTTTAGATTATCATTTTC--TA----CT---T----ACACTATA-------------GAAATCGGTCATGGATgattatcattttctacttacactatagaaatcggtcatggattcagttaatgt
gi|19                         :                                                                       atcttgtttgaagaaagtactgaagaagcactaagttacgtcagtggacaaaatcataataaacctacttactaatgtttatctctttgaaataagtattaagcaagaaatatgcatttttccatgaaatctaaAATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCATtcagttaatgt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGGGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTACCTAACTAGTGTTAATCTCTTTAAAAACAGTAGTTACCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAAGCTGTACATATCCGGTACTGACACGGAGTGAATATGTCGTCATTGCATGATAAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGATAAGAAATTTGGTTAGAATATATCAAAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AATATA--------TCAAAGTATATACCCTTGGTGAACACAAATAAA------TAG-TTATTGTTTCATA--ATGTT--ACTATCATTTCACGTTATCGTGTGTGTATGGA-AAGACCAAAAA-CGTATTT-----CCCGACACCTGTCAAACGGTACCTGATAATCAATCAAAATCATCCAAGATGCTCGCACCGTAAAACTGGACGTAACTAGG-ACACGCAA---ATGTTGGTATCGTTTAGGAACGTAAAGTATGCATGTTATAGATAAAACACGACACAAATCTGTTGTTATTACACGATGTATATGTTTAAAATATTACTTTC--TC----CT---T----ACACTATCACTTTATTTCATTAAAATCGGTCATGGGTCATGGATTCAGCGATTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGGTGTAAATGGAGAAGCC-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAACGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAGTAAGCAAGAAACATGCATTTT-TTCGCAAATT-ACGAGTTTCTACAATTAAAAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGAGTGAATATGTCATCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                       -CTAAATTAAATCG----G---TCGACAAA-TCATAATAAACATAC-TTACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGAAAGAAATATGCATTTT-CCCGTGAAAT-CCAAGTTT-TACATTTACAATGGCTGTACACATTCAGTACTGACACGGATTGAAAATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAAT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTTATG--TTGTACAACTATAATTTAACATTATCATGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CTTATTT-----TCCGCCAACTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATTATACAAGATATTCGCACCGTACAACCGTCAGTAACTAGGTCAAGG-AA---ATGCT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAATTTTATTGGTAAAACACAACTG--ATCAGTTGTTATTACATGAT-T-----TTCATAATAAGATTTTT--T------G---TTCTGGCGCTACAACTTCACTTCAATGAA-------ATGGGTCATAGATTCAGCGATTT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTGAT-ACGACCGT---A------TAGATTATAGTTCCATGC-ATGTTTATTTATAATT--ACGC---CG---ACGTCCGAA-AAGGCCGAAAAGCGTATTT-----CTTACCt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GAATATTATTTTC--TA----CG---T----AGGCTAAAACTTTATTTCAATGAAATCGGTGATGGATCATGGATACAGTGATTTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGATGCAAGAAAAC-CTAAATTAATTCC----ATATTGGACAAGA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                             TTATATCT----G---TAGACAAAATCACAATAAACCTAC-TGACTAATGTcagtgtaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                            gAATATATTGGTGTGAAGCGAGAAAAC-GTAAATTAAATCC----A---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-TGACTAATGTTGCACTCTTTGAAAACAGTTATTAGCAAGAAACATGCATTTT---CACGGAA----AA---TCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACAGATTGAATATGTCGTCATTGTACGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAACGTATA-AAAAATATTGCA--TATTAAACATGAA---AACATG--------TCAAATGATATACCCTTGATGACAACAATTGTA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAAC-TGATCGTGTGTGTACGGA-AAGATCGAAAA-CGTATTTCATTTCCCGCCATCTGTCAAACGTCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATAAGCACCGTGCAACCGGAAATAACTATG-CTAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACCTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAAAATTATTTTC--TT----TC---T----ACGCTATAACTTTATTACATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCTGTGATTTag
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTTTGAAGCGAGAAAAC-TTATATTAAATTC----G---TGGACAAAATCATAATAAGCCGAC-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCGCGAAAC-TCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACATGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCTTTGGTGTCAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTCTTATTTAACGTTATCGTGTGTGTGCGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGACGTAACTAAG-CAAGGCAA---ATGCTGGACTCGTTTAGGAAAGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACACGTCCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTT--T----------T----ACG--A-AACTTTGTTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGACTTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATATGTGTGAAGCGAGAAAAC-CTTAATTAAATCC----G---TGGACAAAAGCATAATAAAACT---TTACTAATAATGATCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAATAAATATGCATTTG-TCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGATTGCTGTACACATCTGGAACTGACATGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGTCAAAACTTAAACCTTATATTTTGAAGGTTCCAAATTTGGTTAGAATATATC-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGACAA---TTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATAACTTAATGTTATCGTGTGTGTACGGGTAAGACCGAAAA-CACATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACTTATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGTCTGGTTTTAGAACGTAAAATATTAATTTTATAGGCAAAACATGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGGTGTATATGTTTAGAATATCATTTTG--CA----CG---T----ACACTATAACTTTATTTCATTGAAATCAG-------TCATGGATTCAGTGATTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                             AATATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAGATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAC-AGACTAATGCTGGTCTCTTTGAAAATAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-TCCACGAAATTCCATGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGATTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTTAAACCTAACATTTTGAAGGTTTGAAATTTAGTTAGAATATATA-AAAAATACTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATAAATCCTAGATGACAACAATTAAA------TA-------------------GTTCAACTATAATTTAACGTTATTGTGTGTGTACGGA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGTACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGTTATTCGCACAGTGCAACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGTAA---ATGTTGGACTCGTTCAGGAACTTAAAATATTAATTTAATAGGCAAAACACGACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAAACTATTATTTTC--TA----CG---T----ACTCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                              ACATATAGGTGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATAAACCTAT-TGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAAAAGTAATTAGCAAGAAATGTGCATTTTTTCCGCGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTACACATCCGGTACTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCGAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATGACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAACGATATACCCTTGATGTCAACAACTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTATCGTTATCGTGTGCGTACGAA-AAGACCGAAAA-CGTATTT-----CTCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAG---------------AACCGGAAGTAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCGTTTAGGAACGTAAACTATTAATTTTATAGGAAAAAC-CTACCT--ATCTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTTTAACTTTATTTCATTGAAATCGGTCATGGATCATGGATTCAGTGATTTG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                      C-CTAAATTAAATCC----G---TGGACAAAATCATAATACACCTAC-AGACTAATGTTGATCTCTTTGAAAACAGTAATTAGCAAGAAATATGCATTTT-CCCAAGAAAT-CCAATTTTCTACATTTATAAAGGCTGCACACATCAGGTACTGACACGGATTGAATATG---------CAAGATTAGCCAAAATTTAAACCTTACATTTTGAAGGTTTGAAATTTGGTTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAA-CGATATACCCTTGATGACAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGTTCAACTATAATTTAACGTTATCGTGTGTGTACGGA-AAGACTGAAAA-CTAATTT-----CCCGCCATCTGTCAAATGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATACAAGATATTCGCACCGTGCAACCGGAAATAACTAGG-CAAGGCAA---ATGTTGGACTCATTTAGAAACATAAAATATTAATTTTATAAGCAAATCACGACCT--AACTGTTGTTATTACATGATGTATATGTTTAGAATATTATTTTC--TA----CG---T----ACGCTATAACTTTATTTCATTGAAATCGG-------TCATGGATTCAGTGATTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                              ATATATAGATGTGAAGCGAGAAAAC-TTAAATTAAATCC----G---TGGGTAAAATCATGATAAATCTAC-GGACTAATGTTAATGTCCTTGAAAACAGTAGTTAGCAAGAAATATGCACTTT-TCCGTGAAAT-CCAAGTTTCTACATTTACGAAGGCTGTATACATCCGGTAGTGACACGGACTGAATATGTCGTCATTGCATGATTAGCCAAAATTAAAACCTTGCATTTTGAAGGTTT-AAATTTGATTAGAATATATA-AAAAATATTACA--TAATAAACATGAA---AACATG--------TCAAATTATATACCCTTGATGAAAACAATTAAA------TAG-TTATTGTTTTATA--ATGATCAACTATCATTTAACAGTATCGTGTGTGTACGGA-AAAACCGTAAA-CGTATTT-----CCCGCCATCTGTCAAACGGCACCTGATAACCAATCAAAATCATATAAGATATTCGCATCATGCAACCGGAGGTAAATAGG-CAAGGCAA---ATGTTGTCATCGTTTAGGAACGTAAAATACTAATTTTACTGGCAAAACACGACTT--ATCTGTTTTTATTACATGATGTATATGTTTAGA

Unaligned ( gi|25 ): AATCATAATGATTATTTACAAATGAAAATCTCCATGCAAAACTGTGGTTAGTGTATTTCCCAGTACATGTATAAACATTGATGAAG