lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1 1 333333333 222222222 11111111 11 33333333333 2 22 33333333333333 1 1 11 1 1111 555555555 1111111 1111111 0000000000000000000000000000000000 3333 1 1 11 333333333333 1 11 22 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222
lowQualScore : 5 7 4 6 5 1 44 999999999 9 111111111 7 5 5 9 66 44444444 4 8 4 3 44 44 55 1 44444444444 4 0 33 3 2 1 00000000000000 5 5 1 88 0 66 5 5 4444 5 111111111 7777777 6 55 6 4444444 6 6 6 9999999999999999999999999999999999 6 8 8 9999 7 0 9 0 33 4 8 333333333333 0 33 22 3 2 00 2 6 44 3 0 2222 99 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 111
lowQualScore : . . . . . . .. ......... . ......... . . . . .. ........ . . . . .. .. .. . ........... . . .. . . . .............. . . . .. . .. . . .... . ......... ....... . .. . ....... . . . .................................. . . . .... . . . . .. . . ............ . .. .. . . .. . . .. . . .... .. ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...... ...
lowQualScore : 0 0 1 2 4 4 22 666666666 6 555555555 0 4 3 7 88 55555555 0 0 0 6 66 66 88 4 44444444444 0 0 99 0 3 0 66666666666666 1 0 7 77 7 99 1 0 7777 7 333333333 9999999 0 33 0 4444444 7 7 7 2222222222222222222222222222222222 7 0 0 2222 0 8 2 0 88 7 0 555555555555 5 88 66 2 0 55 5 0 44 2 8 2222 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777777 000
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAATT-T---TCGTTTTNTAATTCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------C-T-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCAAAC------TTT-GCA-TGTATCACATTGCGGCTACAA--------------AGTGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAAGCTTNC--GCTA-TTT-TCT--A-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TT-CG----TTGTG---TTNTTTTT---G---TGN---AAC-ACGAA-AT-GTTT-AGTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACNAT-AACATT-----CCA----AATTG--CATATGGATGG-ATGGACGGACGGACGGATG-NA-TGATT--GG-------A----T----GG---G-----CGG-------TN-TATTAGACGG-GTAGGC-----------GGACGGACAG-ACGGATG----TTGT-------TTTGGATGGACG-GTCGTAC-GG-CGGGT--------GGGCGGTT------NGTCGG----ACGG----ACGGAC------A-----------------TATATATT----G----TC--G--------G---GCGGGCAG----GCA---GANATG-NCA---A----AAA-------T-CA--A-G-T-------A-GAAA---TA------G----AA---AT-TT-CGTT---TGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTAAAGGACACCT
Reference ( gi|2 ) : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAATTGT---TAATTTTCTAAATTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------C-T-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCAAA-------TTT-GCA-T-TATCGAACTGCGGCTACAA--------------AGTGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTAC--GCTA-TTG-GCT--A-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TT-CGTTTTTTGTGGGTTTTTTTTT---G---TGA---AAC-ACGAA-AT-GTCTAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG--CGTATGGGTGG-GTGGGTGAATGAATGGATG-AA-TGATT--GG-------A----T----GG---G-----TGG-------TC-TGTTGGATGG-GTAGGC-----------GGACGAACAT-ACGGATG----TTGC-------TTTGGATGGACG-GTCATACTGG-TGGGT--------GGGCGGTT------TGTCGG----ACGG----ACCGAC------A-----------------TATATATT----G----TC--A--------A---GAAGGCAG----GCA---GAAATG-ACA---A----AAA-------T-CA--A-G-T-------A-GAAA---CA------G----AA---AT-TC-CGTT---TGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-GT---T---TTTATAA--TATCA---TTATTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------C-T-------------------------------AAG-------CTA-GCA-TGTATCACATTGTGGATACTA--------------AGTG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGA--GTTA-TTTCGCA--A-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATT-C-----TTGTGA---TTTTGGG---G---TGT---AAC-ACGAA-AT-GG-TGAGTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATA---GT-----T---TCCTTTTCCAATTCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------C-T-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATTgaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|11 : AAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAATTTG---TCGTTTTATAA--T-TCAATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCC-T-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAA-------aa
gi|9 : GTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAATT-T---TCGTTTTCTGATTCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------C-T-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCAAAC------TCT-GCA-T-TATCACACTGTGGCTAC-A--------------AGTGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGT--ACTA-TTT-TCT--A-TTTGTCTTAA-TGACTCAGATTGAAgtaagcataatacaattagtatatttagcattgtggctactaagtgc
gi|13 : gGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGTT---TAATTTT--AGAGTA-----ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTT-CCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCAAA-------GCTAGCA-TGTATCACATTGAGGCAACAA--------------AGTGCAAATTGTTACCT
gi|1 : gGTCATAAGCAATGAAAATGAGT---TTTGTGGTTATATTTCGTTTTATAATTCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------C-T-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTAAAC------TTT-GCC-T-TGTCCCATTGCGGCTTCGA--------------GGTGCAAATTATTACTTcatatggtc
gi|7 : TAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGTT---TAGTTTTTAGAGTTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------C-T-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCAAA-------GTTAGCA-TGTATCGTATTGAGACTGCAA--------------AGTGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTC--GCTA-TT----------TTGCA-------ACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTAC-----TTGTG---TTGTTTTT---GGGGTGT---AAC-ACAAACAG-ATC--AGTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA--CATA-AAATGGAGT-AATGAATTGATCGATG-CA-CGAAT--GG-------A----TAGAAGG---G-----TG------------GCTAAATGG-ATAGAT-----------GGACAGATGG-ATGGATG----ctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|14 : aggttaAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-TT-T---T--TTTTTTAATCTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------C-T-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCAAAGTGTGTGTGT-ACA-TGTATAACACTGCAGCTACg
gi|8 : acTCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------T-TTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCAAA-------TCC-GCATT-TATCACATTGTGGCTTCAAAGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAA----ACGGGCTATTTT-ACA--A-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TC-CG----TTGTG----TTGTTTT---G---GGATGTTAC-ACGAA-ATAGTT---GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|15 : attCAATAACACA-TATA--------C-TTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCAAA-----------GCA-TATGTC--AC-------ACAAG-------------AGTGCAAACTGTGACCTCCCATGTCCT-T------ATAGACGAGGTTTAC--GCTA-TTT-TGT--AGTTTGTGTTTGTCGACTTGGATagccttataaataa
gi|4 : -ATG--CG--TTTAATTGATATTCAAAC------TTT-GCG-T-TATCACAGTGCGGATACAC--------------AGTGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTT--GATA-TTA-TTTCAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TT-CG----TTGTG----TTGTTTTGGGG---TGA---AACAAGGAA-AT-GTTT-AGTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG--CAT
gi|6 : --CG--TTTCATCGAATTTCAAAC------TTT-GCG-T-TATCACAGTGCGGATACAC--------------AGTGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTT--GATA-TTA-TTTCAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TT-CG----TTGTG---TTGTTTTTGG-G---TGA---AAC-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|18 : aAATAAAACATGTGC-TT-CGTT----GTG---TTGTTTTT---GAG-TGT---AAC-ACAAA-AT-GTTTA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|3 : -AATATT-----CC-----AAATGGACGGATAGATTG-ATGGACGGACAGACGGATATAATTGATT--GATGCACACA----T----GG---ATAAATTGG-------TA-TATTAG-CGG-GTGGAC-----------GGACG------GTGGATA----TT---------TTTGGGTAGAC--------------GGGC--------GGGCG----------GTCGG----ATAG----ACGGAC------A-----------------TATATATT----G----CC--A--------G---GCAGGCAA----GCA---GACGGGCAGA---A----AAG-------T-CACCA-T-C----------AAA---TA------C----AA---GT-TCGCGTTA--TGGAA-ATATT
gi|5 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaa-AACATT-----CCA----AATTA--CAGATGGATGA-ATGGATGGGCGGGTTG--G-CA-TACTN--NN-------N----N----NN---N-----NNN-------NN-NNNNNNNNNN-NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTT-ACGGATGGATACTGCGATGCGTTTTAACTGGACA-GTCGTACAGG-CGGATTTGTCACGGGGTGGTT------GGTCGGTCAGACGG----ACAGAC------AGACATTTATATATTATATATATATT----GGCAGTC--A--------G---GTAGGCAG----GCA---AAAATA-CCCTTTC----AAA-------TGCA--T-G-T-------TTGAAATATCA------T----AAGGCAT-TT-CGTT---TGACCTGTATTTATAGGCATA--------------TAATG----------------GGAG------GTTGTAAGGGACACCT
gi|1 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTATGGGCGG--CGGACGGACAGACGGATG----TTATTTTAG-------A----T----GG---A-----CGG-------TCGTACTAG-TGG-GTAGGG-----------GGTCGAAC----------------------------GGACGGACA-GACATAC--N-NNNNN--------NNNNNNNN------NNNNNN----NNNN----NNNNNN------N-----------------NNNNNNNT----G----TC--A--------G---GCATGAAG----GCA---GAAATG-ACA---ATAGCAAG-------T-CC--ATG-T-------A---------A------G----AA---AT-AG-CATTAGATGACATGTATTTATAGGCcacctccc
gi|12 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaGAATGAATAAATG-AA-TGATT--GG-------AGGATT----GGATAG-----TGGGGGTAGATA-TATTG-ATGGAGGATGT-----------GGATGGA-ATGACGGGCGGG--TTG---------TCGGATTTATGTGTGTTTTTAGATGGAC--------GGGCGGTT------CGTCGG----ATGA----ATTGAC------ACACT-------------TATACATT----G----CC--A--------GGTCGTAGGCAG----GCA---G
gi|4 : ggtgta--GG-------C----T----GG---G-----CAA-------CC-TATTGGACGG-G----C-----------GGACGGACAG-AAATATG----TTGT-------TTTGAGTGGACC-GTCGTGCgcag
gi|1 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcATGG-GC-GGC-----------GGACGGACAG-ACGGATG----TTAT-------TTTAGATGGACG-GTCGTACTAG-TGGGT--------AGGGGGTC------GAACGG----ACGG----ACAGAC------A-----------------TAatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTTGGACGGACG-G----ACGGA-TGGAT--------G--CCGTTATTTCATGT-GG----ACGGTGGTACATAC------G-----------------TATGTATTTTAAG----TC--AGANNNNNNN---NNNNNNNN----NNN---NNNNNN-NNA---A----AAAGACACTTT-CA--A-G-TGCATGTTA-GAAA---TAATATAAG----AC---AG-TT-CATT---TGACCTGTATTTATAGGCGTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|4 : ggaatgacgggcgcgcttcgtaG-CGGCT--------GGGCAACC------TATTGG----ACGG----GCGGACGGACAGA-----------------AATATGTT----G----TTTTG--------A---GTGGACCG----TCG---TGCATG-TTA---G----AAA-------T-----A-GCT-------T-TAAA---CA-----------------T-TT-CATT---TGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCT
gi|6 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGT--------GGACGG---------G--AG----ACGG----ACAGAC------A-----------------TATGTTGT----T----TT--G--------A---GGGGACCGTCGTGCATTTGGGA-G-GCA---A----G---------TGCA--T-G-TT------A-GAAA---TA------GCATTAA---ACATT-CATT---TGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTcccctcccgttgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAATTGTTCGATTTATAATTATTTTATATCCTTATAGAACATATTT
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 1111 22222222222 22222222222222 11 111 1111 333333333 11 11111 1111 33333333333333333333333 1111 22222222222 1111111 333333333333333333333 2222 1111111111111111111111 222222 22222222222 11111 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 3333 999999 88888888888 555 3 2 1 1 3 11111111111111 1 0 7 33 33 666 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 888 1 666666666 1 5 5 3 5 5 8 11 1 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 00000000000000000000000 1111 3 99 5 2 33333333333 5555555 1 999999999999999999999 4 0 1 0000 2 7777777777777777777777 9999 0 777 1 888888 66 99999999999 00000 0000 888 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 111 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . .... ...... ........... ... . . . . . .............. . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . ......... . . . . . . . .. . . ..... .... . . . . . .. .. . ....................... .... . .. . . ........... ....... . ..................... . . . .... . ...................... .... . ... . ...... .. ........... ..... .... ... . ............................................................ . ... . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666 666666 88888888888 888 3 8 6 5 6 44444444444444 9 2 6 22 88 444 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 111111111 0 0 7 6 7 6 0 00 0 7 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 55555555555555555555555 0000 3 44 7 1 88888888888 0000000 1 888888888888888888888 0 7 7 4444 1 7777777777777777777777 4444 3 888 6 333333 11 99999999999 99999 6666 888 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 777 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCAAA-TTTG------CAT----------GTA---TCA-CATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTT--N--GGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTTTA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACNAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATG-NA--TGATTGG-------AT-----GGA-----TGG-T-NTATTAGATGG-GTAGGC-----------GGACGG----ACGGACGGAT---G--TT-------GT----TTTGGATGGACGGTCGTAC-G-GCGGGT--------GGGCGG----T-TGGTCG----GACGG---ACGGACA------TA--TATATTGT-------C--GGG-CG--GGCAG----GCA---GGCA-TGGCAA----AAA-------T-CAA-GT-A-------GAAAT------AG----ACAT-TTCGTT---TGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCAAACTTTG------CAT----------GTA---TCA-CATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAAGCTTNCGCTAT--TTT-CTA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTNTTTT--T--G---TGNAAC-ACGAAAT-GTTTA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACNAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATATGGATGGATGGACGGACGGACGGATG-NA--TGATTGG-------AT-----GGG-----CGG-T-NTATTAGACGG-GTAGGC-----------GGACGG----ACAGACGGAT---G--TT-------GT----TTTGGATGGACGGTCGTAC-G-GCGGGT--------GGGCGG----T-TNGTCG----GACGG---ACGGACA------TA--TATATTGT-------C--GGG-CG--GGCAG----GCA---GANA-TGNCAA----AAA-------T-CAA-GT-A-------GAAAT------AG----AAAT-TTCGTT---TGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTAAAGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTAAACTTTG------CCT-----------TG---TCC-CATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTT--G--GGG-TGAAAC-ACTATAT-GTTTA-GTGtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatCGAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgATATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTACTAG-TGG-GTAGGG-----------GGTCGA----AC--------------------------------GGACGGACAGACATAC---NNNNNN--------NNNNNN----N-NNNNNN----NNNNN---NNNNNNN------NN--NNNNNTGT-------C--AGG-CA--TGAAG----GCA---GAAA-TGACAATAGCAAG-------T-CCATGTAA-------GAAAT------AG-----------CATTAGATGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGG-GC-GGC-----------GGACGG----ACAGACGGAT---G--TT-------AT----TTTAGATGGACGGTCGTACTA-GTGGGT--------AGGGGG----T-CGAACG----GACGG---ACAGACA------TA--
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGG----ACGGATGGATGCCG--TT-------AT----TTCATGTGGACGGTGGTAC-ATACGTAT--------GTATTT----T-AAGTCA----GA------NNNNNNN------NN--NNNNNNNN-------N--NNN-NN--NNNAA----AAA---GACACTTTC------AAG-------TGCAT-GTTA-------GAAATAATATAAG----ACAG-TTCATT---TGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TCA---ATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAG------CATAATACAATTAGTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTG-GA--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGAT-ATATT-GATGGAGGATGT-----------GGATGG----AATGACGGGC---GGGTT-------GTCGGATTT--ATGTGTGTTTTTA--G-ATGGAC--------GGGCGG----T-TCGTCG----GATGA---ATTGACACACT--TA--TACATTGC-------C--AGGTCGTAGGCAG----GCA---GGCA-
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCAAAGCTAG------CAT----------GTA---TCA-CATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCAAAGTGTGTGTGTACAT----------GTA---TAA-CACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCAAA----G------CAT----------ATG---TCA-CA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---AT--GT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTT--T--GAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTTTA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCAAA-TTTG------CAT-----------TA---TCG-AACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTT--T--G---TGAAAC-ACGAAAT-GTCTAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATG-AA--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-CTGTTGGATGG-GTAGGC-----------GGACGA----ACATACGGAT---G--TT-------GC----TTTGGATGGACGGTCATACTG-GTGGGT--------GGGCGG----T-TTGTCG----GACGG---ACCGACA------TA--TATATTGT-------C--AAG-AA--GGCAG----GCA---GAAA-TGACAA----AAA-------T-CAA-GT-A-------GAAAC------AG----AAAT-TCCGTT---TGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT------A-A-G--C------------TA----------G------CAT----------GTA---TCA-CATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG---ATTTTGG--G--G---TGTAAC-ACGAAAT-GGTGA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATA-TAATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-T-ATATTAG-CGG-GTGGAC-----------GGACGG---------TGGAT---A--T---------T----TTTGGGTAGACG--------G-GCGGGC--------G-------------GTCG----GATAG---ACGGACA------TA--TATATTGC-------C--AGG-CA--GGCAA----GCA---GACG--GGCAG----AAA-------gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCAAACTTTG------CGT-----------TA---TCA-CAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGG--G---TGAAACAAGGAAAT-GTTTA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : -GCGGCT--------GGGCAACCTAT-TGGACG----GGCGG---ACGGACA------GAAATATGTTGT-------TTTGAG-TG--GACCG----TCG---TGCA-TGTTAG----AAA-------T--------A-------GCTTT------AA----ACAT-TTCATT---TGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--G-CA--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-N-NNNNNNNNNNN-NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGAT---A--CTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAG-GCGGATTTGTCACGGGGTGG----T-TGGTCGGTCAGACGG---ACAGACAGACATTTA--TATATTATATATATAT--TGG-CA--GTCAG----GTA---GGCA--GGCAA----AAATACCCTTT-CAA-AT-GCATGTTTGAAATATCATAAG----GCAT-TTCGTT---TGACCTGTATTTATAGGCAT-Acccctcccgttgg
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCAAACTTTG------CGT-----------TA---TCA-CAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTT--TGGG---TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : a-G-GCGGCT--------GGGCAA----CCTAGT-G----GACGGGAGACGGACAGA----CA--TATGTTGT-------TTTGAG-GG--GACCGTCGTGCATTTGGGA--GGCAA----G---------TGCAT-GTTA-------GAAAT------AGCATTAAACATTCATT---TGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCAAAGTTAG------CAT----------GTA---TCG-TATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTT--T--GGGGTGTAAC-ACAAACA-GATCA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATG-CA--CGAATGG-------AT-----AGA-----AGG-G-TGGCTAAATGG-ATAGAT-----------GGACAG----ATGGATGGAT---G--cccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCAAA-TCCG------CAT----------TTA---TCA-CATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTT--G--GGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT---GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--Ag
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCAAACTCTG------CAT-----------TA---TCA-CACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 3333333333333333333333333333 1 22222222222222 11 111 1111 11111 11111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 4444444444444444444444444 2222 22222222222222222222222222222 1111 222222 222222222222222222222222222222222222222 1111111 1111 7777777777777777777777777777777777 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 2222222222222222222222222222 5 2 1 1 3 11111111111111 1 0 5 33 33 222 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 777 1 4 1 4 0 5 22222 5 4 0 99 5 77 1 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0000 0 3333333333333333333333333 1 0000 88888888888888888888888888888 0 7777 5 222222 999999999999999999999999999999999999999 2 6666666 99999 5 5 2222 8888888888888888888888888888888888 1 3 1 0 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . ............................ . . . . . .............. . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . . . . . . ..... . . . .. . .. . . ..... .... . . . . . .. .. . ............................................................. .... . ......................... . .... ............................. . .... . ...... ....................................... . ....... ..... . . .... .................................. . . . . . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666666666666666666666666666 6 8 6 5 6 44444444444444 9 2 9 22 88 111 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 4 0 4 2 0 66666 0 2 1 66 7 99 0 0 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 1 6666666666666666666666666 7 4444 11111111111111111111111111111 6 2222 1 222222 111111111111111111111111111111111111111 5 2222222 88888 0 3 1111 7777777777777777777777777777777777 7 2 7 7 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGA-----TGG-TN-TATTAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGATGGACGGTCGTAC-G-GCGGGT--------GGGC--------GGT----CGGTCGG----ACGGACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A-GT-A-------GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACNAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGA-----TGG-TN-TATTAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTGGATGGACGGTCGTAC-G-GCGGGT--------GGGC--------GGT----TGGTCGG----ACGGACGGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGGCAA----AAA-------TCAA-GT-A-------GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTA---------------AAC------TTT-GCCT-TGTCCCATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAAC-ACTATAT-GTT----TA-------------GTG------------------CGAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatTATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTACTAG-TGG-----GTAGGG-----------GGTCGAAC----GGAC------------------------------GGACAGACATAC---NNNNNN--------NNNN--------NNN----NNNNNNN----NNNNNNNNNNN------NNNNN------------NNTG--T-------CAGG-C----A--TGAAGG-------CAG--A--AATGACAATAGCAAG-------TCCATGTAA-------GAAAT------AG-CATT--AGATGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGG-----GC-GGC-----------GGACGGAC----AGACGGAT---GTTA-------T----TTTAGATGGACGGTCGTACTA-GTGGGT--------AGGG--------GGT----CGAACGG----ACGGACAGACA------TA
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGGAC----GGATGGATGCCGTTA-------T----TTCATGTGGACGGTGGTAC-ATACGTAT--------GTAT--------TTT----AAGTCAG----ANNNNNNNNNN------NNNNN------------NNNN--N-------NNNN-N----N--AAAAAGACACTTTCAA--GTGCATGTTAG----AAA-------T--A-AT-A-------TA---------AGACAGTTCATTTGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TC---AATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAGCATAATACAA-------TTA-GTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTGG-A--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGATA-TATT-GATGGAGGATGTGGAT-----------GGAATGAC----GGGCGG-----GTTG-------TCGGATTT--ATGTGTGTTTTTA--G-ATGGAC--------GGGC--------GGT----TCGTCGG----ATGAATTGACACACT--TATAC------------ATTG--C-------CAGGTC----GTAGGCAGG-------CAG--G--CA
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AA-------GCTAGCATGTATCACATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCA---------------AAGTGTGTGTGT-ACATGTATAACACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCA---------------AA-----------GCATATGTCACA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---AT--GT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCA---------------AA-------TTT-GCAT-TATCGAACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTTTG---TGAAAC-ACGAAAT-GTC----TAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGA-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-TC-TGTTGGATGG-----GTAGGC-----------GGACGAAC----ATACGGAT---GTTG-------C----TTTGGATGGACGGTCATACTG-GTGGGT--------GGGC--------GGT----TTGTCGG----ACGGACCGACA------TATAT------------ATTG--T-------CAAG-A----A--GGCAGG-------CAG--A--AATGACAA----AAA-------TCAA-GT-A-------GAAAC------AGAAATTCCGTTTGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT-------------------------------A---------------AG-------CTA-GCATGTATCACATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG-----ATTTTGGGG-TGTAAC-ACGAAAT-GGT----GA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATAT-AATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-TA-TATTAG-CGG-----GT---------------GGACGGAC----GG-TGGAT---AT---------T----TTTGGGTAGACG--------G-GCGGG----------------------------CGGTCGG----ATAGACGGACA------TATAT------------ATTG--C-------CAGG-C----A--GGCAAG-------CAG--A--CG-GGCAG----AAA-------gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAACAAGGAAAT-GTT----TA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : -GCGGCT--------GGGCAACCTATTGGA----CGGGCGG----ACGGACAGA-A-------ATAT------------GTTGTTT-------TGAG-T----G--GACCGT-------CGT--G--CATGTTAG----AAA-------------T-A-------GCTTT------AAACATTTCATTTGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---TTGTTTTACGA-TGTAAT-------T-GTTAGGTTA-GTGAGCAGGAGTGTGACAGAGGCTCT-CAA--ACCAC-Acccctcccgttgg
gi|5 : -AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--GC-A--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-NN-NNNNNNNNNN-----NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGAT---ACTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAG-GCGGATTTGTCACGGGGT--------GGT----TGGTCGGTCAGACGGACAGACAGACATTTATAT------------ATTA--TATATATATTGG-C----A--GTCAGG-------TAG--G--CA-GGCAA----AAATACCCTTTCAA-AT-GCATGTTTGAAATATCATAAGGCATTTCGTTTGACCTGTATTTATAGGCAT-Agtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGGG-TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : a-G-GCGGCT--------GGGC--------AACCTAGTGGACGGGAG-ACGGACAGACA------TATGTTGTTTTGAGGGGACCG--T-------CGTG-CATTTG--GG-AGG-------CAAGTG--CATGTTAG----AAA-------------T-A-------GCATT------AAACA-TTCATTTGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------GTTAGCATGTATCGTATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTTTGGGGTGTAAC-ACAAACA-GAT----CA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATGC-A--CGAATGG-------AT-----AGA-----AGG----------GTGG-----CTAAAT-----------GGATAGAT----GGACAGAT---G-------------------GATGGATGGcccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TCC-GCATTTATCACATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT-------GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCA---------------AAC------TCT-GCAT-TATCACACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 3333333333333333333333333333 1 22222222222222 11 111 1111 11111 11111 1111 3333333333333333333333 1111 111 3333333333333333333333 1111 33333333333333333333 333333333333333333 11111111111111111 111111 222222222222222222222222222222222222222 1111111 1111 888888888888888888888888888888888888 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 2222222222222222222222222222 5 2 1 1 3 11111111111111 1 3 0 5 33 33 222 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 777 1 4 1 4 0 5 22222 5 7 6 99 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 8888888888888888888888 3333 111 3 6 1111111111111111111111 0000 0 66666666666666666666 0 0 4 1 444444444444444444 0 99999999999999999 0 777 9999 222222 999999999999999999999999999999999999999 2 6666666 99999 5 1 2222 777777777777777777777777777777777777 1 3 1 0 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . ............................ . . . . . .............. . . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . . . . . . ..... . . . .. . ..... .... . . . . . .. .. . ...................... .... ... . . ...................... .... . .................... . . . . .................. . ................. . ... .... ...... ....................................... . ....... ..... . . .... .................................... . . . . . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666666666666666666666666666 6 8 6 5 6 44444444444444 9 4 2 9 22 88 111 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 4 0 4 2 0 66666 0 2 7 22 0 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 3333333333333333333333 7777 777 3 4 4444444444444444444444 6666 1 66666666666666666666 9 7 3 7 555555555555555555 3 99999999999999999 6 888 4444 888888 111111111111111111111111111111111111111 5 2222222 88888 0 0 1111 444444444444444444444444444444444444 7 2 7 7 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-TA-TAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GC------------GGGTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGA-----TGG-TN-TAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGATGGACGGTCGTAC-G-GC------------GGGTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTA---------------AAC------TTT-GCCT-TGTCCCATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAAC-ACTATAT-GTT----TA-GTGtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgTATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTAC---TAG-TGG-----GTAGGG-----------GGTCGAAC----GGACGGA----------------------CAGA--------CATAC---NN------------NNNNNNNN--------NNNN----NNNNNN---NNN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNTG--T-------CAGG-C----A--TGAAGG-------CAG--A--AATGACAATAGCAAG-------TC-C---ATGTAA-----GAAAT------AG-CATT--AGATGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGG-----GC-GGC-----------GGACGGAC----AGACGGAT---GTTA-------T----TTTAGATGGACGGTCGTACTA-GT------------GGGTAGGG--------GGTC----GAACGG---ACG----GACAGACA------TA
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGGAC----GGATGGATGCCGTTA-------T----TTCATGTGGACGGTGGTAC-ATAC------------GTATGTAT--------TTTA----AGTCAG---ANN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNNN--N-------NNNN-N----N--AAAAAGACACTTTCAA--GTGCATGTTAG----AAA-------T--A---AT---A-----TA---------AGACAGTTCATTTGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TCA---ATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAGCATAATACAA-------TTA-GTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTGG-A--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGATA-TAT---T-GATGGAGGATGTGGAT-----------GGAATGAC----GGGCGG-----GTTG-------TCGGATTTATGTG--TGTTTTTA--G-AT------------GGACGGGC--------GGTT----CGTCGG---ATGAATTGACACACT------TATAC------------ATTG--C-------CAGGTC----GTAGGCAGG-------CAG--G--CA
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AA-------GCTAGCATGTATCACATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCA---------------AAGTGTGTGTGT-ACATGTATAACACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCA---------------AA-----------GCATATGTCACA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---A--TGT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCA---------------AA-------TTT-GCAT-TATCGAACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTTTG---TGAAAC-ACGAAAT-GTC----TAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGA-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-TC-TGT---TGGATGG-----GTAGGC-----------GGACGAAC----ATACGGAT---GTTG-------C----TTTGGATGGACGGTCATACTG-GT------------GGGTGGGC--------GGTT----TGTCGG---ACG----GACCGACA------TATAT------------ATTG--T-------CAAG-A----A--GGCAGG-------CAG--A--AATGACAA----AAA-------TCAA---GT---A-----GAAAC------AGAAATTCCGTTTGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT-------------------------------A---------------AG-------CTA-GCATGTATCACATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG-----ATTTTGGGG-TGTAAC-ACGAAAT-GGT----GA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATAT-AATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-TA-TAT---TAG-CGG-----GT---------------GGACGGAC----GG-TGGAT---AT---------T----TTTGGGTAGACG--------G-GC------------GGG----------------C----GGTCGG---ATA----GACGGACA------TATAT------------ATTG--C-------CAGG-C----A--GGCAAG-------CAG--A--CG-GGCAG----AAA-------gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAACAAGGAAAT-GTT----TA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : -GC------------GGCTGGGCAACCTATTGGAC----GGGCGG---ACG----GACAGA-A-------ATAT------------GTTGTTT-------TGAG-T----G--GACCGT-------CGT--G--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCTTT------AAACATTTCATTTGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---TTGTTTTACGA-TGTAAT-------T-GTTAGGTTA-GTGAGCAGGAGTGTGACAGAGGCTCT-CAA--ACCAC-Acccctcccgttgg
gi|5 : -AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--GC-A--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-NN-NNN---NNNNNNN-----NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGAT---ACTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAG-GCGGATTTGTCACGGGGTGGTT--------GGTC----GGTCAG---ACG----GACAGACAGACATTTATAT------------ATTA--TATATATATTGG-C----A--GTCAGG-------TAG--G--CA-GGCAA----AAATACCCTTTC-AAATGC---ATGTTTGAAATATCATAAGGCATTTCGTTTGACCTGTATTTATAGGCAT-Agtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGGG-TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : a-G-GC------------GGCTGGGC--------AACCTAGTGGACGGGAGACG----GACAGACA------TATGTTGTTTTGAGGGGACCG--T-------CGTG-CATTTG--GG-AGG-------CAAGTG--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCATT------AAACA-TTCATTTGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------GTTAGCATGTATCGTATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTTTGGGGTGTAAC-ACAAACA-GAT----CA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATGC-A--CGAATGG-------ATAGAA-GGG-----TGGCTA-AATGGATAGATGG-----ACAGAT-----------GGATGGAT----GGcccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TCC-GCATTTATCACATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT-------GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCA---------------AAC------TCT-GCAT-TATCACACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 3333333333333333333333333333 1 22222222222222 11 111 1111 11111 11111 1111 33333333333333 11111 1 111 3333333333333333333333 1111 3333333333333333333 2222 3333333333333333333333333333333333 111111 222222222222222222222222222222222222222 1111111 1111 888888888888888888888888888888888888 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 2222222222222222222222222222 5 2 1 1 3 11111111111111 1 3 0 5 33 33 222 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 777 1 4 1 4 0 5 22222 5 7 6 99 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 77777777777777 66666 3 6 111 3 6 1111111111111111111111 0000 0 1 5555555555555555555 44 0 1 0000 3333333333333333333333333333333333 0 777 9999 222222 999999999999999999999999999999999999999 2 6666666 99999 5 1 2222 777777777777777777777777777777777777 1 3 1 0 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . ............................ . . . . . .............. . . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . . . . . . ..... . . . .. . ..... .... . . . . . .. .. . .............. ..... . . ... . . ...................... .... . . ................... .. . . .... .................................. . ... .... ...... ....................................... . ....... ..... . . .... .................................... . . . . . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666666666666666666666666666 6 8 6 5 6 44444444444444 9 4 2 9 22 88 111 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 4 0 4 2 0 66666 0 2 7 22 0 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 88888888888888 77777 3 7 777 3 4 4444444444444444444444 6666 1 4 1111111111111111111 77 7 7 4444 3333333333333333333333333333333333 6 888 4444 888888 111111111111111111111111111111111111111 5 2222222 88888 0 0 1111 444444444444444444444444444444444444 7 2 7 7 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTA---------------AAC------TTT-GCCT-TGTCCCATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAAC-ACTATAT-GTT----TA-GTGtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgTATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTAC---TAG-TGG-----GTAGGG-----------GGTCGAAC----GGAC------------------------------GGACAGACATAC---NNNN------------NNNNNN--------NNNN----NNNNNN---NNN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNTG--T-------CAGG-C----A--TGAAGG-------CAG--A--AATGACAATAGCAAG-------TC-C---ATGTAA-----GAAAT------AG-CATT--AGATGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGG-----GC-GGC-----------GGACGGAC----AGACGGAT---GTTA-------T----TTTAGATGGACGGTCGTACTA-GTGG------------GTAGGG--------GGTC----GAACGG---ACG----GACAGACA------TA
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGGAC----GGATGGATGCCGTTA-------T----TTCATGTGGACGGTGGTAC-ATACGT------------ATGTAT--------TTTA----AGTCAG---ANN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNNN--N-------NNNN-N----N--AAAAAGACACTTTCAA--GTGCATGTTAG----AAA-------T--A---AT---A-----TA---------AGACAGTTCATTTGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TCA---ATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAGCATAATACAA-------TTA-GTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTGG-A--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGAT-ATAT---T-GATGGAGGATGTGGAT-----------GGAATGAC----GGGCGG-----GTTG-------TCGGATTTATGTG--TGTTTTTA--G-ATGG------------ACGGGC--------GGTT----CGTCGG---ATGAATTGACACACT------TATAC------------ATTG--C-------CAGGTC----GTAGGCAGG-------CAG--G--CA
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AA-------GCTAGCATGTATCACATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCA---------------AAGTGTGTGTGT-ACATGTATAACACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCA---------------AA-----------GCATATGTCACA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---A--TGT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCA---------------AA-------TTT-GCAT-TATCGAACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTTTG---TGAAAC-ACGAAAT-GTC----TAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGA-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-CTGT---TGGATGG-----GTAGGC-----------GGACGAAC----ATACGGAT---GTTG-------C----TTTGGATGGACGGTCATACTG-GTGG------------GTGGGC--------GGTT----TGTCGG---ACG----GACCGACA------TATAT------------ATTG--T-------CAAG-A----A--GGCAGG-------CAG--A--AATGACAA----AAA-------TCAA---GT---A-----GAAAC------AGAAATTCCGTTTGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT-------------------------------A---------------AG-------CTA-GCATGTATCACATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG-----ATTTTGGGG-TGTAAC-ACGAAAT-GGT----GA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATAT-AATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-T-ATAT---TAG-CGG-----GT---------------GGACGGAC----GG-TGGAT---AT---------T----TTTGGGTAGACG--------G-GCGG------------G----------------C----GGTCGG---ATA----GACGGACA------TATAT------------ATTG--C-------CAGG-C----A--GGCAAG-------CAG--A--CG-GGCAG----AAA-------gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAACAAGGAAAT-GTT----TA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : -GCGG------------CTGGGCAACCTATTGGAC----GGGCGG---ACG----GACAGA-A-------ATAT------------GTTGTTT-------TGAG-T----G--GACCGT-------CGT--G--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCTTT------AAACATTTCATTTGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---TTGTTTTACGA-TGTAAT-------T-GTTAGGTTA-GTGAGCAGGAGTGTGACAGAGGCTCT-CAA--ACCAC-Acccctcccgttgg
gi|5 : -AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--GC-A--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-N-NNNN---NNNNNNN-----NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGAT---ACTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAG-GCGGATTTGTCACGGGGTGGTT--------GGTC----GGTCAG---ACG----GACAGACAGACATTTATAT------------ATTA--TATATATATTGG-C----A--GTCAGG-------TAG--G--CA-GGCAA----AAATACCCTTTC-AAATGC---ATGTTTGAAATATCATAAGGCATTTCGTTTGACCTGTATTTATAGGCAT-Agtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGGG-TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : a-G-GCGG------------CTGGGC--------AACCTAGTGGACGGGAGACG----GACAGACA------TATGTTGTTTTGAGGGGACCG--T-------CGTG-CATTTG--GG-AGG-------CAAGTG--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCATT------AAACA-TTCATTTGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------GTTAGCATGTATCGTATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTTTGGGGTGTAAC-ACAAACA-GAT----CA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATGC-A--CGAATGG-------ATAGAA-GGG-----TGGCT-AAATGGATAGATGG-----ACAGAT-----------GGATGGAT----GGcccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TCC-GCATTTATCACATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT-------GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCA---------------AAC------TCT-GCAT-TATCACACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 3333333333333333333333333333 1 22222222222222 11 111 1111 11111 11111 1111 33333333333333 11111 1 111 3333333333333333333333 1111 3333333333333333333 2222 3333333333333333333333333333333333 111111 222222222222222222222222222222222222222 1111111 1111 888888888888888888888888888888888888 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 2222222222222222222222222222 5 2 1 1 3 11111111111111 1 3 0 5 33 33 222 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 777 1 4 1 4 0 5 22222 5 7 6 99 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 77777777777777 66666 3 6 111 3 6 1111111111111111111111 0000 0 1 5555555555555555555 44 0 1 0000 3333333333333333333333333333333333 0 777 9999 222222 999999999999999999999999999999999999999 2 6666666 99999 5 1 2222 777777777777777777777777777777777777 1 3 1 0 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . ............................ . . . . . .............. . . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . . . . . . ..... . . . .. . ..... .... . . . . . .. .. . .............. ..... . . ... . . ...................... .... . . ................... .. . . .... .................................. . ... .... ...... ....................................... . ....... ..... . . .... .................................... . . . . . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666666666666666666666666666 6 8 6 5 6 44444444444444 9 4 2 9 22 88 111 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 4 0 4 2 0 66666 0 2 7 22 0 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 88888888888888 77777 3 7 777 3 4 4444444444444444444444 6666 1 4 1111111111111111111 77 7 7 4444 3333333333333333333333333333333333 6 888 4444 888888 111111111111111111111111111111111111111 5 2222222 88888 0 0 1111 444444444444444444444444444444444444 7 2 7 7 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTA---------------AAC------TTT-GCCT-TGTCCCATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAAC-ACTATAT-GTT----TA-GTGtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgTATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTAC---TAG-TGG-----GTAGGG-----------GGTCGAAC----GGAC------------------------------GGACAGACATAC---NNNN------------NNNNNN--------NNNN----NNNNNN---NNN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNTG--T-------CAGG-C----A--TGAAGG-------CAG--A--AATGACAATAGCAAG-------TC-C---ATGTAA-----GAAAT------AG-CATT--AGATGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGG-----GC-GGC-----------GGACGGAC----AGACGGAT---GTTA-------T----TTTAGATGGACGGTCGTACTA-GTGG------------GTAGGG--------GGTC----GAACGG---ACG----GACAGACA------TA
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGGAC----GGATGGATGCCGTTA-------T----TTCATGTGGACGGTGGTAC-ATACGT------------ATGTAT--------TTTA----AGTCAG---ANN----NNNNNNNN------NNNNN------------NNNN--N-------NNNN-N----N--AAAAAGACACTTTCAA--GTGCATGTTAG----AAA-------T--A---AT---A-----TA---------AGACAGTTCATTTGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TCA---ATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAGCATAATACAA-------TTA-GTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTGG-A--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGAT-ATAT---T-GATGGAGGATGTGGAT-----------GGAATGAC----GGGCGG-----GTTG-------TCGGATTTATGTG--TGTTTTTA--G-ATGG------------ACGGGC--------GGTT----CGTCGG---ATGAATTGACACACT------TATAC------------ATTG--C-------CAGGTC----GTAGGCAGG-------CAG--G--CA
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AA-------GCTAGCATGTATCACATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCA---------------AAGTGTGTGTGT-ACATGTATAACACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCA---------------AA-----------GCATATGTCACA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---A--TGT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCA---------------AA-------TTT-GCAT-TATCGAACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTTTG---TGAAAC-ACGAAAT-GTC----TAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGA-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-CTGT---TGGATGG-----GTAGGC-----------GGACGAAC----ATACGGAT---GTTG-------C----TTTGGATGGACGGTCATACTG-GTGG------------GTGGGC--------GGTT----TGTCGG---ACG----GACCGACA------TATAT------------ATTG--T-------CAAG-A----A--GGCAGG-------CAG--A--AATGACAA----AAA-------TCAA---GT---A-----GAAAC------AGAAATTCCGTTTGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT-------------------------------A---------------AG-------CTA-GCATGTATCACATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG-----ATTTTGGGG-TGTAAC-ACGAAAT-GGT----GA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATAT-AATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-T-ATAT---TAG-CGG-----GT---------------GGACGGAC----GG-TGGAT---AT---------T----TTTGGGTAGACG--------G-GCGG------------G----------------C----GGTCGG---ATA----GACGGACA------TATAT------------ATTG--C-------CAGG-C----A--GGCAAG-------CAG--A--CG-GGCAG----AAA-------gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAACAAGGAAAT-GTT----TA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : -GCGG------------CTGGGCAACCTATTGGAC----GGGCGG---ACG----GACAGA-A-------ATAT------------GTTGTTT-------TGAG-T----G--GACCGT-------CGT--G--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCTTT------AAACATTTCATTTGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---TTGTTTTACGA-TGTAAT-------T-GTTAGGTTA-GTGAGCAGGAGTGTGACAGAGGCTCT-CAA--ACCAC-Acccctcccgttgg
gi|5 : -AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--GC-A--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-N-NNNN---NNNNNNN-----NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGAT---ACTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAG-GCGGATTTGTCACGGGGTGGTT--------GGTC----GGTCAG---ACG----GACAGACAGACATTTATAT------------ATTA--TATATATATTGG-C----A--GTCAGG-------TAG--G--CA-GGCAA----AAATACCCTTTC-AAATGC---ATGTTTGAAATATCATAAGGCATTTCGTTTGACCTGTATTTATAGGCAT-Agtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGGG-TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : a-G-GCGG------------CTGGGC--------AACCTAGTGGACGGGAGACG----GACAGACA------TATGTTGTTTTGAGGGGACCG--T-------CGTG-CATTTG--GG-AGG-------CAAGTG--CATGTTAG----AAA---------------T---A-----GCATT------AAACA-TTCATTTGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------GTTAGCATGTATCGTATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTTTGGGGTGTAAC-ACAAACA-GAT----CA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATGC-A--CGAATGG-------ATAGAA-GGG-----TGGCT-AAATGGATAGATGG-----ACAGAT-----------GGATGGAT----GGcccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TCC-GCATTTATCACATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT-------GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCA---------------AAC------TCT-GCAT-TATCACACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa
blockSeqs : G GT G CG A A AT T A GACTCTGC T T T AA TC T AAGTAAGCATAATACAATTA A T T T G GGGGGGCAAACTAG G C C AC TA GCA . A A T . A . TTTT GGT T G T A A AGGTT A T A CC G ATGTG CTTG A T G AT A TGCACACAT TAAAT A . GGA G A NNNNNCCGTGCTTTATT TTAC A ACTGCGATGCGT GA G CTA ATTTGTCACGGGGTGGTTGGTC GAG AATT GACATT TGTTTTGAGGGGACCGTCGTGCATTTG A ACACTTT GTG T T . TACCCTTTCAAATGCATGTTTGAAATATCATA A G T G CATTTCA CG
blockSeqs : T TG . AA A . AC A . . T . . . . T AAGTGTGTGTGT G T A A . . C T G GA TA ACA . G A T . . . . . T . A . . T . G . . . . . . A A . A ATAGTGG . C . . A A AGGATGTGGAT . A GTTGTCGGA TG G CAT CTGGGCAACCTATTGGAC . . . ATTATATATATATTGGCA C . GTG T A . TCAAGTAGAAAC A T C . TATTTTG AG
blockSeqs : G TG . CC T . AT T . . T . . . . C AAGCTA G C C A . . A T C TT . CT . C A T . . . . . G . T . . T . T . . . . . . A T . A ATAGAA . . . . N A GTAGGC . A GCCGTTAT TG T CTG CTGGGCAACCTAGT . . . ATTGCCAGGTCGTA C . G T G . TAATATA A T T .
blockSeqs : G GT . CG C . AT A . . . . . . . A AACTTT A C C A . . A T C TT . CA . C A . . . . . . G . A . . G . . . . . . . . A C . C AT . . . . A N ACAGAT . A GTTAT GA A CAG GTAGGGGGTC . . . GTTGTTTTGAGTG C . A T T . TAGCTTT G T T .
blockSeqs : A T . AA A . AT T . . . . . . . T AACTTT G T T T . . C G G TC . CA . T . . . . . . . A . T . . T . . . . . . . . . C . A NN . . . . . A GCGGC . A GTTGC GG G G ATGTATTTTA . . . NNNNNNNNNNN C . A . G . TAGCATT A . T
blockSeqs : G T . AG C . AT A . . . . . . . T AAGTTA G G C A . . G T A GG . CT . C . . . . . . . T . A . . C . . . GT . . ATT AC . G ACGGGCGGTT . . . ATTGTCAAGAA C . G . T .
blockSeqs : G G . CG A . A T . . . . . . . T AACTCT T G C A . . G T . GT . . . . . . . . T . T . . . . . . GTGGGCGGTT . . . ATTGCCAGGCA . . G
blockSeqs : . T . . T . T T . . . . . . . C AATTT . T A A . . . . . G . T . GC . . .
blockSeqs : . . . . C . . T . . . . . . . C AGCTA . T T A . .
blockSeqs : . . A . . . . . . . C AATCC . C T . . .
blockSeqs : . . . T AA . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : N* GTTGT************** GG CNG* **** TAGCATT*****************************
originalCons : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGAT---GTTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-G-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAA-------TC-A---GT---A-----GAAAT------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
finalCons : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGATGTTGT--------------TTTAGGTGGACGGTCGTACNG-GCGG------------GTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGACA------TATAT------------ATTG--T-------CGGG-C----G--GGCAGG-------CAG--G--CATGNCAG----AAATAGCATT-----------------------------AGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Alignments
lowQualScore : 111 11111111 1 3333333333333333333333333333 1 22222222222222 11 111 1111 11111 11111 1111 33333333333333 11111 1 111 3333333333333333333333 1111 333333333333333333 22222222222222222 11111111111111111 33333333333333333 222222222222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1111111 33
lowQualScore : 4 555 4 88 1 3 99 1 3 33333333 0 3 3 44 44 1 2222222222222222222222222222 5 2 1 1 3 11111111111111 1 0 5 33 33 222 5 2 0 5 8 5 5 5 0000 777 1 4 1 4 0 5 22222 5 7 6 99 5 66666 4444 6 0 0 0 3 77 99 3 77777777777777 66666 3 6 111 3 6 1111111111111111111111 0000 0 1 777777777777777777 44 0 1 33333333333333333 0 99999999999999999 0 777 9999 11111111111111111 555555555555 66 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 44444 2 2 7 2 8 5555555 33
lowQualScore : . ... . .. . . .. . . ........ . . . .. .. . ............................ . . . . . .............. . . . .. .. ... . . . . . . . . .... ... . . . . . . ..... . . . .. . ..... .... . . . . . .. .. . .............. ..... . . ... . . ...................... .... . . .................. .. . . ................. . ................. . ... .... ................. ............ .. . ............................................................... .. ..... . . . . . ....... ..
lowQualScore : 1 888 0 22 0 6 33 0 6 22222222 9 6 3 22 22 2 6666666666666666666666666666 6 8 6 5 6 44444444444444 9 2 9 22 88 111 0 8 5 0 4 7 0 0 6666 888 0 4 0 4 2 0 66666 0 2 7 22 0 77777 2222 7 1 7 7 5 77 22 2 88888888888888 77777 3 7 777 3 4 4444444444444444444444 6666 1 4 000000000000000000 77 7 7 11111111111111111 3 99999999999999999 6 888 4444 11111111111111111 666666666666 99 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 33333 2 5 2 2 0 3333333 33
consensus : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGATG---TTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTAC-GGC------------GGGTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGAC-----------------ATATAT------------ATTG--TCGGG-C----G--GGCAG-----------G-------CAG--G--CA--------------------TGTTAGAAA-----TAGCATNAGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
Reference ( family-9472 ) : AAAGGTCATAAGCAATGAAATTGTGTATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTNTAAT-TCATTAATATCATTATTGAACANAAGCATCTTTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TTT-GCATGTATCACATTGCGGCTACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCATACACGAANCTTNCGCTAT--TTT-CNA-TTTGTNTTTATCGACTTAGATTGAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTNGGG-TGNAAC-ACGAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGGCAGCTTCTTT-TAA--ACCAT-AACATT-----CCA----AATTG-CGTATGGGTGGATGGACGGACGGACGGATGN-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-ATAT---TAGATGG-----GTAGGC-----------GGACGGAC----GGACGGATG---TTG-------T----TTTAGGTGGACGGTCGTACNGGC------------GGGTGGGC--------GGTC----GGTCGG---ACG----GACAGAC-----------------ATATAT------------ATTG--TCGGG-C----G--GGCAG-----------G-------CAG--G--CA--------------------TGNCAGAAA-----TAGCATTAGACATTTCGTTTGGCATGTATTTATAGGCGT-ACGTTCATTTCGATTATTG-GGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTGAGGGACACCT
gi|1 : GTCATAAGCAATGAAAATGAGTTTTGTGGTTATAT-T-TCGTTTTATAAT-TCATTAGAATCATAATTGCACAAAGGCATCTTGCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-AT----G--TTTTGACGATATTTA---------------AAC------TTT-GCCT-TGTCCCATTGCGGCTTCGA-GG--------------TGCAAATTATTACTTCTGTTGTGTTGT
gi|1 : TAC-TTCTGTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAAC-ACTATAT-GTT----TA-GTGtttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattatAT-AATTTT-----CCA----AATTG-CGTATTGGTGAATcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgTATGGGCGG-CGGACGGACAGACGGATGTTA--TT-TTAG-------AT-----GGA-----CGG-TCGTAC---TAG-TGG-----GTAGGG-----------GGTCGAAC----GGAC------------------------------GGACAGACATAC--NN------------NNNNNNNN--------NNNN----NNNNNN---NNN----NNNNNNN-----------------NNNNNN------------NNTG--TCAGG-CATGAA--GGCAGAAATGACAATAG-------CAA--GTCCA--------------------TGTAAGAAA-----TAGCATTAGA---------TGACATGTATTTATAGGCttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgggcggcggacggacagacggatgttattttagatggacggtcgtactagtgggtagggggtcgaacggacggacagacatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|1 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGG-----GC-GGC-----------GGACGGAC----AGACGGATG---TTA-------T----TTTAGATGGACGGTCGTACTAGT------------GGGTAGGG--------GGTC----GAACGG---ACG----GACAGAC-----------------ATA
gi|10 : gtcataagcaatgaaaatgagttttgtggttatatttcgttttataattcattagaatcataattgcacaaaggcatcttgcctcaatatcacatttactccgaaatgttttgacgatatttaaactttgccttgtcccattgcggcttcgaggtgcaaattattacttctgttgtgttgttttggggtgaaacactatatgtttagtgcgataattttccaaattgcgtattggtgaatttgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatTGGAC-----------GGACGGAC----GGATGGATGCCGTTA-------T----TTCATGTGGACGGTGGTACATAC------------GTATGTAT--------TTTA----AGTCAG---ANN----NNNNNNN-----------------NNNNNN------------NNNN--NNNNN-N----N--AAAAA-----------GACACTTTCAA--GTGCA--------------------TGTTAGAAA-----TAATATAAGACAGTTCATTTGACCTGTATTTATAGGCGT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtcaggcatgaaggcagaaatgacaatagcaagtccatgtaagaaatagcattagatgacatgtatttataggc
gi|11 : ggaatgacgggcgcgcttcgtatAAGGTCACAAGCCATGAAATTTTGTATAGATGTAAT-T-TGTCGTTTTATAAT-TCA---ATATCAATATTGAACATAACCATCTTTCCCCTATATCTCG-TTAAGACTCTGCCT-CCGA-A-ATG--TG--ATTTATTGATGATCAAAGTAAGCATAATACAA-------TTA-GTATATTTAGCATTGTGGCTACTA-AG--------------TGC
gi|12 : GAATGAATAAATGAATGATTGG-A--GGATTGG-------ATAGTGGGGG-----TAGAT-ATAT---T-GATGGAGGATGTGGAT-----------GGAATGAC----GGGCGG--G---TTG-------TCGGATTTATGTG--TGTTTTTA--GAT------------GGACGGGC--------GGTT----CGTCGG---ATGAATTGACACAC-----------------TTATAC------------ATTG--CCAGGTC----GTAGGCAG-----------G-------CAG--G--CA--------------------
gi|13 : ggtgtaGGTCATAAGCTATAACATTGTGTATAGTT-TAATGT-T-TAATTTTAGAGT-------A-ATTATTATTGAACAAAAGCATATTTACTCAATTTCACA-TTTA--------CTTCCGA-A-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AA-------GCTAGCATGTATCACATTGAGGCAACAA-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCg
gi|14 : ACAAGCAGTAAAATTATATGTAATTTTA-T-T-T-T--TTTTTTAAT-CTAACAACATGATTATTGAACGTAAGCATCTTTCCACAATATCA-A-TTTA--------CT-TTTATA-ATA--CT--TTTAATCAATATTCA---------------AAGTGTGTGTGT-ACATGTATAACACTGCAGCTACatatggtc
gi|15 : CAATAACACA-TATA--------CTTCCGA-A-AAAAATA--TTTTATAGATATTCA---------------AA-----------GCATATGTCACA---------CAAGAG--------------TGCAAACTGTGACCTCCC---AT--GT--CCTTATAGACGAGGTTTACGCTAT--TTT-GTAGTTTGTGTTTGTCGACTTGGAT
gi|16 : AAGGTCATCAGCAATGGAATTGTGTATAGTT----------TCCTTTTCCAAT-TCATTAATATCATTAATGAACAAAAATATCATTCCTCAATATCACA-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CA--TTTTATTGATATT
gi|17 : GTCAAAAACATTGAAACTGTGCATAGCTGTAAT-TGT-TCGATTTATAAT-TATTTTATATCCTTATAGAACATAaa
gi|18 : AATAAAACATGTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGAG-TGTAAC-ACAAAAT-GTT----TA-GTGAGTAGGGATGTGACAGCttt
gi|2 : AAACGTCTTAAACAATGGAATTGTGTATATTTGTAAT-TGT-TAATTTTCTAAA-TTATTAATATCATCATTGAACAAAAACATATTTCCTCAATATCACG-TTTA--------CT-CCGA-A-ATG--CG--TTTTCTTGATATTCA---------------AA-------TTT-GCAT-TATCGAACTGCGGCTACAA-AG--------------TGAAAATTGTTACCTGCCTTGACCTGTGACGCAATACATGAACCTTACGCTAT--TGG-CTA-TTTGTATTAATTGGCTCAGGTTAAATAATAAAAAA-GTGC-TTC-GTTTTTTGTGGGTTTTTTTTTG---TGAAAC-ACGAAAT-GTC----TAAGTGAGTAGGGAAGTGACAGCTTCTTT-TAA--ACTAT-AACATT-----CCA----AAATG-CGTATGGGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGA-A--TGATTGG-------AT-----GGG-----TGG-T-CTGT---TGGATGG-----GTAGGC-----------GGACGAAC----ATACGGATG---TTG-------C----TTTGGATGGACGGTCATACTGGT------------GGGTGGGC--------GGTT----TGTCGG---ACG----GACCGAC-----------------ATATAT------------ATTG--TCAAG-A----A--GGCAG-----------G-------CAG--A--AA--------------------TGACAAAAATCAAGTAGAAACAGAAATTCCGTTTGGCATATATTTATAGGCGTGGCGTT-------ATTAATG----------------GAAGTGGGATGTTGTGAGGGACACCT
gi|3 : AAAAGTCATGAGCAATACAATTGTGTATAGTTATAAT-G-T-T---TTTATAATATCATTA------TTATTAAACATAAGCATCTTACCTCAGTATTACAATTTA--------CT-------------------------------A---------------AG-------CTA-GCATGTATCACATTGTGGATACTA-AG--------------TG-------TTACCGCCCTTCATTTGTGACGTCATATAGGAAGCTTGAGTTAT--TTCGCAA-TTTGTGTTTATCGACTTTGATTGAATAA----AAA-ATGCATTC--TT----GTG-----ATTTTGGGG-TGTAAC-ACGAAAT-GGT----GA-GTTAGTAAATATGTGGCAGCTTCTTC-TAA--ACCAC-AA
gi|3 : CCAA-AATATT-----CCA----AATGGACGGATAGATTGATGGACGGACAGACGGATAT-AATTGATTGATGCACACAT-----GGATAAATTGG-T-ATAT---TAG-CGG-----GT---------------GGACGGAC----GG-TGGATA---T---------T----TTTGGGTAGACG--------GGC------------GGG----------------C----GGTCGG---ATA----GACGGAC-----------------ATATAT------------ATTG--CCAGG-C----A--GGCAA-----------G-------CAG--A--CG---------------------GGCAGAAA-----gaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcatccaaaatattccaaatggacggatagattgatggacggacagacggatataattgattgatgcacacatggataaattggtatattagcgggtggacggacggtggatatttttgggtagacgggcgggcggtcggatagacggacatatatattgccaggcaggcaagcagacgggcagaaaagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : aaaagtcatgagcaatacaattgtgtatagttataatgtttttataatatcattattattaaacataagcatcttacctcagtattacaatttactaagctagcatgtatcacattgtggatactaagtgttaccgcccttcatttgtgacgtcatataggaagcttgagttatttcgcaatttgtgtttatcgactttgattgaataaaaaatgcattcttgtgattttggggtgtaacacgaaatggtgagttagtaaatatgtggcagcttcttctaaaccacaagaagctttatgtgccaatcaatgattctacataaaatgtcgcat-ATG--CG--TTTAATTGATATTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACTTCATGCACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TATGTCTTTATCGACTTAGATTGAATA--AAAAAC-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGG-TGAAACAAGGAAAT-GTT----TA-GTGAGCAGGGATGTGGCAGC-TCGTT-TAA--ATTAT-AACATT-----CCA----AATTG-CATagtcaccatcaaatacaagttcgcgttatggaaatatt
gi|4 : GC------------GGCTGGGCAACCTATTGGAC----GGGCGG---ACG----GACAGA------------------A-ATAT------------GTTGTTTTGAG-T----G--GACCG-----------T-------CGT--G--CA--------------------TGTTAGAAA-----TAGCTTTAAACATTTCATTTGGCATGTATCTATAGGGGT-ACGTTCATTTCAATTATTGCGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGAAGGTTGTGAAGGACACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcggctgggcaacctattggacgggcggacggacagaaatatgttgttttgagtggaccgtcgtgcatgttagaaatagctttaaacatttcatttggcatgtatctataggggtacgttcatttcaattattgcgggtgggcgacctgagaagtggaaggttgtgaaggacacctcccctcccgttgg
gi|5 : atgcgtttaattgatattcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacttcatgcacaaaccttttgatattatttcaatatgtctttatcgacttagattgaataaaaaacgtgcttcgttgtgttgttttggggtgaaacaaggaaatgtttagtgagcagggatgtggcagctcgtttaaattataacattccaaattgcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnG---TTGTTTTACGA-TGTAAT-------T-GTTAGGTTA-GTGAGCAGGAGTGTGACAGAGGCTCT-CAA--ACCAC-Acccctcccgttgg
gi|5 : -AACATT-----CCA----AATTA-CAGATGGATGAATGGATGGGCGGGTTG--GC-A--TACTNNN-------NN-----NNN-----NNN-N-NNNN---NNNNNNN-----NNNNNCCGTGCTTTATTGGACGGACTTACGGATGGATA---CTGCGATGCGT----TTTAACTGGACAGTCGTACAGGCGGATTTGTCACGGGGTGGTT--------GGTC----GGTCAG---ACG----GACAGACAGACATTTATATATTATATATAT------------ATTG--GCAGT-C----A--GGTAG-----------G-------CAG--G--CAAAAATACCCTTTCAAATGCATGTTTGAAA-----TATCATAAGGCATTTCGTTTGACCTGTATTTATAGGCAT-Agtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|5 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaTGGGAGGTTGTAAGGGACACCTtaatgggaggttgtaagggacacctcacctccc
gi|6 : gttgttttacgatgtaattgttaggttagtgagcaggagtgtgacagaggctctcaaaccacagtaagctttttaaaaaatggattggtgagaggagacttcattaagcggcgcgacaaaaaacattccaaattacagatggatgaatggatgggcgggttggcatactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtgctttattggacggacttacggatggatactgcgatgcgttttaactggacagtcgtacaggcggatttgtcacggggtggttggtcggtcagacggacagacagacatttatatattatatatatattggcagtcaggtaggcaggcaaaaataccctttcaaatgcatgtttgaaatatcataaggcatttcgtttgacctgtatttataggcatataa--CG--TTTCATCGAATTTCA---------------AAC------TTT-GCGT-TATCACAGTGCGGATACAC-AG--------------TGCAAATTGTTACCTCCCTTAATTTGTGACGTCATGTACAAACCTTTTGATATTATTT-CAA-TTTGTCTTTATCGAATAAGATTG---AATAAAAAA-GTGC-TTC-GTT----GTG---TTGTTTTTGGG-TGAAAC-Acacctccc
gi|6 : aATAGGC------------GGCTGGGC--------AACCTAGTGGACGGGAGACG----GACAGAC-----------------ATATGTTGTTTTGAGGGGACCG--TCGTG-CATTTG--GG-AG-----------G-------CAAGTG--CA--------------------TGTTAGAAA-----TAGCATTAAACA-TTCATTTGGCATGTATCTATAGGCGT-ACGTTTATTTTGATTATTGAGGGTGGGCGACCTGAGAAGTGGGAGGTTGTATAGGACACCTtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaataggcggctgggcaacctagtggacgggagacggacagacatatgttgttttgaggggaccgtcgtgcatttgggaggcaagtgcatgttagaaatagcattaaacattcatttggcatgtatctataggcgtacgtttattttgattattgagggtgggcgacctgagaagtgggaggttgtataggacacctcccctcccgtt
gi|7 : acgtttcatcgaatttcaaactttgcgttatcacagtgcggatacacagtgcaaattgttacctcccttaatttgtgacgtcatgtacaaaccttttgatattatttcaatttgtctttatcgaataagattgaataaaaaagtgcttcgttgtgttgtttttgggtgaaacatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagattaAGGTTATAAGCAGTAACATTGTGTATAGTTGTTATGT-T-TAGTTTTTAGAG-TTATTA---TTATTATTGAACATAAGCATCTTTCCTCAGTGTCACA-TTTA--------CT-TCGG-ATATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------GTTAGCATGTATCGTATTGAGACTGCAA-AG--------------TGCAAACTGTTAGCTCTCTTCAGTTTTGACGTTATACACGAAGCTTTCGCTAT--TTT--------G-------CAACTTCGATTAAATGA-----AA-ATGC-TTA-CTT----GTG---TTGTTTTTGGGGTGTAAC-ACAAACA-GAT----CA-GTGCGTAAAGATGTGGCAGCTTCTTTATAACCACAATGAACGTTATGTGCTACTTGAATTA-CATA-AAATGGAGTAATGAATTGATCGATGC-A--CGAATGG-------ATAGAA-GGG-----TGGCT-AAATGGATAGATGG-----ACAGAT-----------GGATGGAT----GGcccctcccgtt
gi|8 : T-TCATTA-TACCATTATTGAACATAAGGACATTTCCCTAATATAACG-TTTA--------TTTCCGA-A-ATG--CG--TTTTATCGATATTCA---------------AA-------TCC-GCATTTATCACATTGTGGCTTCAA-AGGGGGGGCAAACTAGTGCAAACTATTACCTCCCTTGATTTGTGACGTCACTCACGAAAC--GGGCTAT--TTTACAA-TTTGTTTTTATCGACTTAGATTG---AATAAAAAT-GTGA-TCC-GTT----GTG---TTGTTTTGGGA-TGTTAC-ACGAAATAGTT-------GTGAGTAGGGATGTGAC-----CTGT-TAA--A
gi|9 : atGGTCATAAACAATGCAATTGTGCATAGTTGTAAT-T-T-TCGTTTTCTGAT-TCATTGATATCATTATTGAACAAATGCATCTTACCTCAATATCACA---TA--------CT-CC---A-GTG--TGTCTTTTATTGATATTCA---------------AAC------TCT-GCAT-TATCACACTGTGGCTAC-A-AG--------------TGAAAATTGTTACCTCCCTTGATTTGTGACACAATACATGTA-CTTGTACTAT--TTT-CTA-TTTGTCTTAAT-GACTCAGATTGAAagccttataaataa