lowQualScore : 2 333
lowQualScore : . ...
lowQualScore : 0 555
consensus : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
Reference ( gi|5 ) : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|9 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|4 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|3 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|6 : TTTTGCATAAATAACTGT-AGTTTTACGATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|20 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|19 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|18 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|8 : TTTTCAATAAATTATTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---CTGTGTTTAAATTTGGTC
gi|1 : TTTTGCATAAATAACTATTATTTTTAAAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|12 : TTTTGCATAAATTACTGT-ATTTGTACAATGTGCATT---TTATGTTTAAATTT
gi|11 : tTTTTAAATAAATTACTAC-A-TTTTACAATGTGCATCTTTTTGTG-CAAAATTtg
gi|14 : tTTTGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTgtc
gi|7 : TTTACATAAATCATTAT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTGAAATTTGGTC
gi|22 : TTTGCATAAATTACTGT-AAATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|2 : TTTACATAAATAACTAT-AGTTTTATAATGTGAATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|13 : TTTACATAAATTGGTAT-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTGTTAAAATTTGGTCc
gi|10 : TTTCTATAAATTGCTTA-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTATTAAAATTTGGTC
gi|16 : GCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTCc
gi|21 : ATAAATTGCTAT-AGTTTTACGATGTGCATT---ATGTGTTAAAGTTTGGTCc
gi|15 : a-AGTTTTACAAGGTACACT---ATGTGTTAAAATTTc
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTACTTAATATCACATCAATTGGGATAGCTTAAGGTGCGGTATGCGTTAGA
Unaligned ( gi|23 ): GAGGACTCAGCGCAACACTATTGTAACTCTTGTTTTTTTTACAAAAATC
Unaligned ( gi|24 ): GGGCTTAGTGCAACACTATTGTAACTTTATCAAAATTCGT
Unaligned ( gi|25 ): CGAGGGCTTGGCGCAAAACTATTGTTTTTCCCAAAAATTG
Unaligned ( gi|26 ): CAATAGTTTTACAAGGTGCATTATGTTATGTCGTGAT
Alignments
lowQualScore : 1 333
lowQualScore : . ...
lowQualScore : 9 333
consensus : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
Reference ( family-911 ) : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|1 : TTTTGCATAAATAACTATTATTTTTAAAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|10 : TTTCTATAAATTGCTTA-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTATTAAAATTTGGTC
gi|11 : TTTTAAATAAATTACTAC-A-TTTTACAATGTGCATCTTTTTGTG-CAAAATTc
gi|12 : tTTTTGCATAAATTACTGT-ATTTGTACAATGTGCATT---TTATGTTTAAATTTgtc
gi|13 : tTTTACATAAATTGGTAT-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTGTTAAAATTTGGTCtg
gi|14 : TTTGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGT
gi|15 : -AGTTTTACAAGGTACACT---ATGTGTTAAAATTT
gi|16 : ttttaacatagttggtaaGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTCta
gi|18 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|19 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|2 : TTTACATAAATAACTAT-AGTTTTATAATGTGAATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|20 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|21 : ATAAATTGCTAT-AGTTTTACGATGTGCATT---ATGTGTTAAAGTTTGGTC
gi|22 : aTTTGCATAAATTACTGT-AAATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|3 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|4 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|5 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|6 : TTTTGCATAAATAACTGT-AGTTTTACGATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|7 : TTTACATAAATCATTAT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTGAAATTTGGTC
gi|8 : TTTTCAATAAATTATTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---CTGTGTTTAAATTTGGTCc
gi|9 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTACTTAATATCACATCAATTGGGATAGCTTAAGGTGCGGTATGCGTTAGA
Unaligned ( gi|23 ): GAGGACTCAGCGCAACACTATTGTAACTCTTGTTTTTTTTACAAAAATC
Unaligned ( gi|24 ): GGGCTTAGTGCAACACTATTGTAACTTTATCAAAATTCGT
Unaligned ( gi|25 ): CGAGGGCTTGGCGCAAAACTATTGTTTTTCCCAAAAATTG
Unaligned ( gi|26 ): CAATAGTTTTACAAGGTGCATTATGTTATGTCGTGAT
Alignments
lowQualScore : 1 333
lowQualScore : . ...
lowQualScore : 9 333
consensus : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
Reference ( family-911 ) : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|1 : TTTTGCATAAATAACTATTATTTTTAAAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|10 : TTTCTATAAATTGCTTA-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTATTAAAATTTGGTC
gi|11 : TTTTAAATAAATTACTAC-A-TTTTACAATGTGCATCTTTTTGTG-CAAAATTc
gi|12 : tTTTTGCATAAATTACTGT-ATTTGTACAATGTGCATT---TTATGTTTAAATTTgtc
gi|13 : tTTTACATAAATTGGTAT-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTGTTAAAATTTGGTCtg
gi|14 : TTTGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGT
gi|15 : -AGTTTTACAAGGTACACT---ATGTGTTAAAATTT
gi|16 : ttttaacatagttggtaaGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTCta
gi|18 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|19 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|2 : TTTACATAAATAACTAT-AGTTTTATAATGTGAATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|20 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|21 : ATAAATTGCTAT-AGTTTTACGATGTGCATT---ATGTGTTAAAGTTTGGTC
gi|22 : aTTTGCATAAATTACTGT-AAATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|3 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|4 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|5 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|6 : TTTTGCATAAATAACTGT-AGTTTTACGATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|7 : TTTACATAAATCATTAT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTGAAATTTGGTC
gi|8 : TTTTCAATAAATTATTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---CTGTGTTTAAATTTGGTCc
gi|9 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
blockSeqs : . TTT
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
finalCons : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTACTTAATATCACATCAATTGGGATAGCTTAAGGTGCGGTATGCGTTAGA
Unaligned ( gi|23 ): GAGGACTCAGCGCAACACTATTGTAACTCTTGTTTTTTTTACAAAAATC
Unaligned ( gi|24 ): GGGCTTAGTGCAACACTATTGTAACTTTATCAAAATTCGT
Unaligned ( gi|25 ): CGAGGGCTTGGCGCAAAACTATTGTTTTTCCCAAAAATTG
Unaligned ( gi|26 ): CAATAGTTTTACAAGGTGCATTATGTTATGTCGTGAT
Alignments
lowQualScore : 1 333
lowQualScore : . ...
lowQualScore : 9 333
consensus : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
Reference ( family-911 ) : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|1 : TTTTGCATAAATAACTATTATTTTTAAAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|10 : TTTCTATAAATTGCTTA-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTATTAAAATTTGGTC
gi|11 : TTTTAAATAAATTACTAC-A-TTTTACAATGTGCATCTTTTTGTG-CAAAATTc
gi|12 : tTTTTGCATAAATTACTGT-ATTTGTACAATGTGCATT---TTATGTTTAAATTTgtc
gi|13 : tTTTACATAAATTGGTAT-AGTTTTACAAGGTGCATT---ATGTGTTAAAATTTGGTCtg
gi|14 : TTTGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGT
gi|15 : -AGTTTTACAAGGTACACT---ATGTGTTAAAATTT
gi|16 : ttttaacatagttggtaaGCATAAATTACTCT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTCta
gi|18 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|19 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTT
gi|2 : TTTACATAAATAACTAT-AGTTTTATAATGTGAATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|20 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|21 : ATAAATTGCTAT-AGTTTTACGATGTGCATT---ATGTGTTAAAGTTTGGTC
gi|22 : aTTTGCATAAATTACTGT-AAATTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTc
gi|3 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|4 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|5 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|6 : TTTTGCATAAATAACTGT-AGTTTTACGATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
gi|7 : TTTACATAAATCATTAT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTGAAATTTGGTC
gi|8 : TTTTCAATAAATTATTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---CTGTGTTTAAATTTGGTCc
gi|9 : TTTTGCATAAATTACTGT-AGTTTTACAATGTGCATC---TTGTGTTAAAATTTGGTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTACTTAATATCACATCAATTGGGATAGCTTAAGGTGCGGTATGCGTTAGA
Unaligned ( gi|23 ): GAGGACTCAGCGCAACACTATTGTAACTCTTGTTTTTTTTACAAAAATC
Unaligned ( gi|24 ): GGGCTTAGTGCAACACTATTGTAACTTTATCAAAATTCGT
Unaligned ( gi|25 ): CGAGGGCTTGGCGCAAAACTATTGTTTTTCCCAAAAATTG
Unaligned ( gi|26 ): CAATAGTTTTACAAGGTGCATTATGTTATGTCGTGAT