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Reference ( gi|1 )            :             AAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGC------TCGTCGCCTTGACATATGTATA-----GGCGGCA-GTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGTACAATATAAACCTTAACA---------A-------T---TGATTCATCAAAATAAATGAAT-----TAATTAGTTAAATCAACTT----------------GTAT-----------------------G-----------CG-------------T-------------G---------------GATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAAAAAGTGTATTGACGATCACTTATCGCCAGCTACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTATTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATTGTTTTAAGTTTGAAGTTCACATTTATAACATCCATA-----TAGTACATTTACATAA---AA--GTA-C--ATATATCATTTT-AAAAAGAATTATAAGAAACAATATAAAACTCATAACGTATTTCTTCTAATCACAGATTA-TTATCACATTTTATTTCTCA
gi|4                          :              AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA-----GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCT-AACATGTTAT---A-------TAAATGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGT-----------------------GTTTATACATCACA-------------T-------------G---------------GATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
gi|10                         : caattcaatgttcAGTAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATATAGGCGGCGGCA-ATT---ACAAATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTATATGATATAAACC-TAACATT-------ATATATATT---TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAA
gi|8                          :         aggtcAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA-----GGCGACC-GTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACC-TAACA---------------------TAA-TCAT--AAATGAAC-AATCAACGTAAATAACTGAAT-AAATT----------------GTGT-----------------------G-----------TG-------------T-------------GTTTATACAGCACAGTGATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCC
gi|16                         :           ttcAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|3                          :                    cTATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA-----GGCTGCG-GTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACC-TAACATTATATATTA-------T---TGTTTCATTGAAATCAATATAT-----TAATTAGTTAAGTCAACTT----------------GTAT-----------------------G-----------TGTTTATACAGCACTT-------------G---------------GATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATat
gi|15                         :                         TCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA-----
gi|18                         :                                                                 ATATGTATA-----GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGACAA
gi|9                          :                                                                                  GGCA-ATTACAA---ATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTGTATAATATTAACC-TAACATC-------ATATATATT---TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TGATTAGTTAAATCAACGT----------------GTATCTGTGTGTGTATGTTTATACAGCA-----------CA-------------T-------------G---------------GATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGAATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGAATTGACGATCACTTATC
gi|2                          :                                                                                                                      ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCT-AACATTATTTGTAA-------T---TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGT-----------------------G-----------TG-------------TTTAAACAGCATATG---------------GATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATTTATAACATTCAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATCGCCAGCGACAACTTGTTTTAATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGTCAGAGTAATAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATTTATAACATTCATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgTCATATATACAACA-ACATAGAACATAGTACATATACATAG---AATAACA-C--ATATACTTTTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATTTACAACTCATAAACTATTTCTTCTAATCAC--ATTAGTTATTACAAATTATTTcaatttctaataaataaattgtctattaagtacta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatctcaTATAACAT----A-----TA--ACATTTACATGA---AA--TAA-T--ATATGTGATTCTGAAAAAGAATTATAAGAGACACTAAACAACTCATAAAATATTTCTTTTTATCACATATAA-TTATGACAATTTCTTTacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAAC-ATA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAA-ACGCAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAG-CCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atatgtacaacaacatagaACA-----TAGAACATGCACATAA---AA--ATAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGAT---GTATTgacattttgttttaataaaagttaaaaacccattgctaaccttcacttccgtctaaaatgtacgtaaaacaaattaattaaaatttgacaagc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus                     :                   NAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAGTGTACAATATAAACCT-AACATT-----TT---A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATG---TGTGTGTGTGTGT-------GCG-----------C------GT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTNATCGCCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCATA-----TAGTACATTTACATAA---AACA-TA-C--ATATACCATTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATANACAACTCATAAANTATTTCTTCTAATCACATATAGTTATTACAATTTATTT
Reference ( family-870 )      :                   NAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGAGAANAGCATGATATAATCAAGTAGTGTACAATATAAACCT-AACATT-----TT---A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATG---TGTGTGTGTGTGT-------GTG-----------C------GT-------------GGATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGCCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTG-AGCATTATAATATCATAGGCCGGAGTATNAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCATA-----TAGTACATNTACATAA---AACA-TA-C--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATANACAACTCATAAAATATTTCTTCTNATCACATATAATTATTACAATTTATTT
gi|1                          :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGC------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGCA-GTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGTACAATATAAACCTTAACA------------A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATGAATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATG-------------------------------------C------GT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAAAAAGTGTATTGACGATCACTTATCGCCAGCTACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTATTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATTGTTTTAAGTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATCCATA-----TAGTACATTTACATAA---AA-G-TA-C--ATATATCATTTT-AAAAAGAATTATAAGAAACAATATAAAACTCATAACGTATTTCTTCTAATCACAGATTATTATCACATTTTATTT
gi|10                         :                   aAGTAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATATAGGCGGCG-GCAATTACAAATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTATATGATATAAACCT-AACATT-----AT---ATATATT-----TGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAActca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aggtcTGATCGCCAGCGACAACTTGTTTTAATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGTCAGAGTAATAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CACATTATATGTACAACA---ACA-----TAATATATTTACATAA---AACA-T--T--ATATTCC-TTCT-ACAAAAGATTCTAAAAGATGAACTACAACTTATAAACTATTTCTT------ACAAATATTTGTTAcaatttctaataaataaattgtctattaagtacta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atatgcatggACA-----TAGAACATGCACATAA---AA-A-TAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGAT
gi|15                         : ttttatttttttctcatcatatgtaaggcaTCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA--gtattat
gi|16                         :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|18                         :                                                                      cATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGACAAat
gi|2                          :                                                                                                                         ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCT-AACATTAT---TTGTAA-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATG---TGTGTGTGTGTGT-------GTG-----------T------GTTTAAACAGCATATGGATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|3                          :                           TATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA--GGCTGCG-GTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACCT-AACATTATATATT---A-----T-----TGTTTCATTGAAATCAATATATTAATTAGTTAAGTCAACTTGTATG---TGTTTATACA----------GCA-----------C------TT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|4                          :                    AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA--GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCT-AACATG-----TT---A-----TATAAATGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATG---TGTGTGTGTGTGT-------GTGTTTATACATCAC------AT-------------GGATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAACA-TA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAAACG-CAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAGCCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
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gi|8                          :             tatctcaAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA--GGCGACC-GTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACCT-AACAT-------------------------AATCAT--AAATGAACA-ATCAAC--G-TAAAT-AAC-TGAATAAATTGTGTGTGTGTTT-------ATA-----------CAGCACAGT--------------GATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCCacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
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Reference ( family-870 )      :                   NAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAGTGTACAATATAAACCT-AACATT-----TT---A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------G-----------CGC-GT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTNATCGCCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCATA-----TAGTACATTTACATAA---AACA-TA-C--ATATACCATTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATANACAACTCATAAANTATTTCTTCTAATCACATATAGTTATTACAATTTATTT
gi|1                          :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGC------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGCA-GTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGTACAATATAAACCTTAACA------------A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATGAAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATG----------------------------------C-GT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAAAAAGTGTATTGACGATCACTTATCGCCAGCTACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTATTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATTGTTTTAAGTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATCCATA-----TAGTACATTTACATAA---AA-G-TA-C--ATATATCATTTT-AAAAAGAATTATAAGAAACAATATAAAACTCATAACGTATTTCTTCTAATCACAGATTATTATCACATTTTATTT
gi|10                         :                   aAGTAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATATAGGCGGCG-GCAATTACAAATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTATATGATATAAACCT-AACATT-----AT---ATATATT-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAActca
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatgcatggACA-----TAGAACATGCACATAA---AA-A-TAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGATGTATTAT
gi|15                         : ttttatttttttctcatcatatgtaaggcaTCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA--
gi|16                         :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|18                         :                                                                      cATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGACAAat
gi|2                          :                                                                                                                         ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCT-AACATTAT---TTGTAA-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------G-----------TGT-GTTTAAACAGCATATGGATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|3                          :                           TATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA--GGCTGCG-GTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACCT-AACATTATATATT---A-----T-----TGTTTCATTGAAATCAATATAT-----TAATTAGTTAAGTCAACTTGTATGTGTTTATACA----------G-----------CAC-TT-------------GGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|4                          :                    AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA--GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCT-AACATG-----TT---A-----TATAAATGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTTTATACATCAC-AT-------------GGATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              caattcaatgttc-----TATAACAT----A-----TA--ACATTTACATGA---AATA--A-T--ATATGTGATTCTGAAAAAGAATTATAAGAGACACTAAACAACTCATAAAATATTTCTTTTTATCACATATAATTATGACAATTTCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAACA-TA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAAACG-CAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAGCCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atatgtacaacaacatagaTCATATA-----TACAACAA-CATAGAACATAGTACATATACATAG---AATAACA-C--ATATACTTTTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATTTACAACTCATAAACTATTTCTTCTAATCACAT-TAGTTATTACAAATTATTTgacattttgttttaataaaagttaaaaacccattgctaaccttcacttccgtctaaaatgtacgtaaaacaaattaattaaaatttgacaagc
gi|8                          :             tatctcaAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA--GGCGACC-GTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACCT-AACAT-------------------------AATCAT--AAATGAACA-ATCAACGTAAATAACTGAAT-AAATTGTGTGTGTGTTTATACA--------G-----------CACAGT--------------GATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCCacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
gi|9                          :                                                                                  ttcGGCA-ATTACAA---ATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTGTATAATATTAACCT-AACATC-----AT---A-----TATATTTGATTCATCAAAATAAATATAT-----TGATTAGTTAAATCAACGTGTATCTGTGTGTGTATGTTTATACAG-----------CAC-AT-------------GGATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGAATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGAATTGACGATCACTTATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CACATTATATGTACAACA---ACA-----TAATATATTTACATAA---AACA-T--T--ATATTCC-TTCT-ACAAAAGATTCTAAAAGATGAACTACAACTTATAAACTATTTCTT------ACAAATATTTGTTAcaatttctaataaataaattgtctattaagtacta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atatgcatggACA-----TAGAACATGCACATAA---AA-A-TAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGATGTATTAT
gi|15                         : ttttatttttttctcatcatatgtaaggcaTCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA--
gi|16                         :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|18                         :                                                                      cATATGTATA--GGCGGC-GGTTACAACAAATGTGACAAat
gi|2                          :                                                                                                                         ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCT-AACATTAT---TTGTAA-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTGTTTAAACAGCAT-ATGGATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|3                          :                           TATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA--GGCTGC-GGTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACCT-AACATTATATATT---A-----T-----TGTTTCATTGAAATCAATATAT-----TAATTAGTTAAGTCAACTTGTATGTGTTTATACA----------G-------------CAC-TTGGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|4                          :                    AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA--GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCT-AACATG-----TT---A-----TATAAATGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTTTATACAT--CAC-ATGGATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caattcaatgttc-----TATAACAT----A-----TA--ACATTTACATGA---AATA--A-T--ATATGTGATTCTGAAAAAGAATTATAAGAGACACTAAACAACTCATAAAATATTTCTTTTTATCACATATAATTATGACAATTTCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAACA-TA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAAACG-CAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAGCCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatgtacaacaacatagaTCATATA-----TACAACAA-CATAGAACATAGTACATATACATAG---AATAACA-C--ATATACTTTTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATTTACAACTCATAAACTATTTCTTCTAATCACAT-TAGTTATTACAAATTATTTgacattttgttttaataaaagttaaaaacccattgctaaccttcacttccgtctaaaatgtacgtaaaacaaattaattaaaatttgacaagc
gi|8                          :             tatctcaAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA--GGCGAC-CGTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACCT-AACAT-------------------------AATCAT--AAATGAACA-ATCAACGTAAATAACTGAAT-AAATTGTGTGTGTGTTTATACA--------G-------------CACAGT-GATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCCacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
gi|9                          :                                                                                  ttcGGC-AATTACAA---ATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTGTATAATATTAACCT-AACATC-----AT---A-----TATATTTGATTCATCAAAATAAATATAT-----TGATTAGTTAAATCAACGTGTATCTGTGTGTGTATGTTTATACAG-------------CAC-ATGGATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGAATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGAATTGACGATCACTTATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-870 )      :                   NAATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGC-GGTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAGTGTACAATATAAACCT-AACATT-----TT---A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTACGT-------G-------------CAC-GTGGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTNATCGCCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCATA-----TAGTACATTTACATAA---AACA-TA-C--ATATACCATTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATANACAACTCATAAANTATTTCTTCTAATCACATATAGTTATTACAATTTATTT
gi|1                          :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGC------TCGTCGCCTTGACATATGTATA--GGCGGC-AGTTACAACAAATGTGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGTACAATATAAACCTTAACA------------A-----T-----TGATTCATCAAAATAAATGAAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATG------------------------------------C-GTGGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTCATACCCTGGACGCAAAAAGTGTATTGACGATCACTTATCGCCAGCTACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCAATGCCATTATTTGTAGCATTATAATATCATAGGCCAGAGTATAAAAACAAATTGTTTTAAGTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATCCATA-----TAGTACATTTACATAA---AA-G-TA-C--ATATATCATTTT-AAAAAGAATTATAAGAAACAATATAAAACTCATAACGTATTTCTTCTAATCACAGATTATTATCACATTTTATTT
gi|10                         :                   aAGTAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCCTTGACATATGTATATAGGCGGC-GGCAATTACAAATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTATATGATATAAACCT-AACATT-----AT---ATATATT-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAActca
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aggtcTGATCGCCAGCGACAACTTGTTTTAATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGTCAGAGTAATAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atatgcatggACA-----TAGAACATGCACATAA---AA-A-TAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGATGTATTAT
gi|15                         : ttttatttttttctcatcatatgtaaggcaTCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA--
gi|16                         :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|18                         :                                                                      cATATGTATA--GGCGGC-GGTTACAACAAATGTGACAAat
gi|2                          :                                                                                                                         ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCT-AACATTAT---TTGTAA-----T-----TGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTGTTTAAACAGCAT-ATGGATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|3                          :                           TATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA--GGCTGC-GGTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACCT-AACATTATATATT---A-----T-----TGTTTCATTGAAATCAATATAT-----TAATTAGTTAAGTCAACTTGTATGTGTTTATACA----------G-------------CAC-TTGGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|4                          :                    AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA--GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCT-AACATG-----TT---A-----TATAAATGATTCATCAAAATAAATATAT-----TAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGT-------GTGTTTATACAT--CAC-ATGGATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   caattcaatgttc-----TATAACAT----A-----TA--ACATTTACATGA---AATA--A-T--ATATGTGATTCTGAAAAAGAATTATAAGAGACACTAAACAACTCATAAAATATTTCTTTTTATCACATATAATTATGACAATTTCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAACA-TA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAAACG-CAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAGCCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatgtacaacaacatagaTCATATA-----TACAACAA-CATAGAACATAGTACATATACATAG---AATAACA-C--ATATACTTTTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATTTACAACTCATAAACTATTTCTTCTAATCACAT-TAGTTATTACAAATTATTTgacattttgttttaataaaagttaaaaacccattgctaaccttcacttccgtctaaaatgtacgtaaaacaaattaattaaaatttgacaagc
gi|8                          :             tatctcaAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA--GGCGAC-CGTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACCT-AACAT-------------------------AATCAT--AAATGAACA-ATCAACGTAAATAACTGAAT-AAATTGTGTGTGTGTTTATACA--------G-------------CACAGT-GATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCCacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
gi|9                          :                                                                                  ttcGGC-AATTACAA---ATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTGTATAATATTAACCT-AACATC-----AT---A-----TATATTTGATTCATCAAAATAAATATAT-----TGATTAGTTAAATCAACGTGTATCTGTGTGTGTATGTTTATACAG-------------CAC-ATGGATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGAATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGAATTGACGATCACTTATC


blockSeqs                     :                                                    ACATGT                      TA      AA                   T                                    .     TATATATATT                                T  CAACG                             G    TGTGTGTGTTTAAACAG          AG          C           T                                            G                                                                T   T                                       .                      ATATG       TT    GAACA  A             TAT  CATACTA         A    G                       T            C        T T      AA  T
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|17 ): GAGCACTAACGCGCATTTTAGGAAATCTTTTTAAAA






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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aggtcTGATCGCCAGCGACAACTTGTTTTAATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGGTCAATGCCATTGTTTGTAGCATTATAATATCATAGGTCAGAGTAATAAAACAAATT-------GTTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CACATTATATGTACAACA---ACA-----TAATATATTTACATAA---AACA-T--T--ATATTCC-TTCT-ACAAAAGATTCTAAAAGATGAACTACAACTTATAAACTATTTCTT------ACAAATATTTGTTAcaatttctaataaataaattgtctattaagtacta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            atatgcatggACA-----TAGAACATGCACATAA---AA-A-TAAC--ATATGCCATTCT-AAAAAGAATTACAAGAGACAGTAATAAACTGATGTATTAT
gi|15                         : ttttatttttttctcatcatatgtaaggcaTCGGAATATGAACATACAAGT------TCTTCGCCTTGACATATGTATA--
gi|16                         :                    AATAGTTTATTTCGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCC
gi|18                         :                                                                      cATATGTATA--GGCGGCG-GTTACAACAAATGTGACAAat
gi|2                          :                                                                                                                         ATCAAGTAATGTACAAAATAAACCTAACATTATTTGTAATTGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTA-AACAGCAT-ATGGATAAAGA-GACGTTCTGTA-TTTGTATTGATACACTGGACGCAGAAAGTGTATTGACGATCACTAATCGTCAGCGACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACGGCTAGCGGTCGATGCCATTGTTTGAAGCATTATACTATCATAGGCCGGAGTATAAAAACAAATT-------ATTTGAAGTTCACATT-----TATAACATTCAT
gi|3                          :                           TATTTCGGCATATTAACATACATGT------TCGTCACCTTGACACATGTATA--GGCTGCG-GTTACAACACATGCGAGAAGAGCATGATATAATCAAGTAATGCACAATATAAACCTAACATTATATATTATTGTTTCATTGAAATCAATATATTAATTAGTTAAGTCAACTTGTA--------------TGTGT--TTATA-CAGCAC-TTGGATAAAGA-GACGTTCTACA-TTTGTATTAATACCCTGGACGCAGTAAGTGTATTGACGATCATTAATCGCCAGCAACAACTTATTGTTATCACACAATAGCGAGACACAGCTAGTGATCAATGCCATTG-------------AATATCATAGGCCAGATTATcaaattctaatcaacaaattgtctatt
gi|4                          :                    AATAGTTTATTTTGGCATATGAACATACATGT------TCGTCGCTTTGACATATGTATA--GGCGGCAAGTTACAACAAATATGTGAAAAGCATGATATAATCAAGTATTGTACAATATAAACCTAACATGTTATATAAATGATTCATCAAAATAAATATATTAATTAGTTAAATCAACTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGT--TTATA-CATCAC-ATGGATAAAAACAACCTTCTATA-TTTGTATTCATACCCTAGACGCAAAAAGTGTATT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          caattcaatgttc-----TATAACAT----A-----TA--ACATTTACATGA---AATA--A-T--ATATGTGATTCTGAAAAAGAATTATAAGAGACACTAAACAACTCATAAAATATTTCTTTTTATCACATATAATTATGACAATTTCTTT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tatgtccaacaccaATA-----TAGTACGTTTACATAATATAACA-TA-CTAGTATACCATTCT-AAAATGA-CTATAAACG-CAATACACAACTCATAAAATATTTTTTCTGATCACATATAGCCATTACAATTTATTacattttattttcaatacaagttgacagccctttggtaatctagacttaaatctaaatggtacgttaaaacaaaaatgtttaaaatttgaaaagcaaatagaagcacaaatgctgattttaggaaatgttttaaaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atatgtacaacaacatagaTCATATA-----TACAACAA-CATAGAACATAGTACATATACATAG---AATAACA-C--ATATACTTTTCT-AAAAAGAATTATAAGAGACAATTTACAACTCATAAACTATTTCTTCTAATCACAT-TAGTTATTACAAATTATTTgacattttgttttaataaaagttaaaaacccattgctaaccttcacttccgtctaaaatgtacgtaaaacaaattaattaaaatttgacaagc
gi|8                          :             tatctcaAATAATT-ATTTTGGCGTATGAACATACATGTACATGTTTGTCACCTTAATATATGTATA--GGCGACC-GTTACAAGAAATGTGAGAAGAACATTACATAATTAAGTTGTGTACATTAAAAACCTAACATAAT-CATAAATGAACAATCAACGTAAATA-ACTGA--A--TAAAT-----------------TGTGTGTGTGT--TTATA-CAGCACAGT-GATATAGA-AGAGTTCTACGTTTTGCATCCacattgtattttgataaaagctgaaaacctattgctaatattgacttccgtctaaaaggtacttaaaacaaaataattaaaataa
gi|9                          :                                                                                  ttcGGCA-ATTACAA---ATGTGAGAATAGCATGATATAATCAAGTAGTGTATAATATTAACCTAACATCATATATATTTGATTCATCAAAATAAATATATTGATTAGTTAAATCAACGTGTATCTGTGTGTGTA----TGT--TTATA-CAGCAC-ATGGATAAAGA-AACGTTCTACA-TTTGAATTCATACCCTGGACGCAGAAAGTGAATTGACGATCACTTATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATTTGACAAGCAATAGAAGCACTAATGTACATTGTAAGGAAAAGTTTTAAAATA
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACTAACGCGCATTTTAGGAAATCTTTTTAAAA