lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 1 111111111111111 1111111111 555555555555555555555 1 66666 11111 111 22222222222222222222222 111 111 4 1111
lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 444 33333 3 2 1 999999999 5555 444444444444444 6 55555 2 444 0000000000 2 33 0 999999999999999999999 1 33 444 2 7777777 99999 77777 1 0 9999 7 0 0 333 0 3 555 33 888888 2 4 4 3 4 4 33333333333333333333333 4 88 111 2 0 1 777 0 6 7777 0 6 4 2 6
lowQualScore : ..................................................................... .. ... ..... . . . ......... .... ............... . ..... . ... .......... . .. . ..................... . .. ... . ....... ..... ..... . . .... . . . ... . . ... .. ...... . . . . . . ....................... . .. ... . . . ... . . .... . . . . .
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 777 33333 8 4 8 111111111 0000 777777777777777 1 99999 4 111 3333333333 4 22 4 333333333333333333333 0 22 111 4 6666666 00000 66666 1 5 5555 9 9 1 999 7 4 000 99 333333 3 0 0 5 0 3 88888888888888888888888 0 88 777 5 7 3 222 0 0 6666 6 0 4 8 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGCGGATT-------------TCTA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TGATT---T----TAT----AATAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAATGGA-------A------G------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATGTTAA----ATACATATT-NG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAA---CTAT--A----T-GTGTGACGTTAGAAA-CG-ATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGC-ACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAATAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( gi|3 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------AT-------------T-------------TCTA--GTTA---A--A--TATACATGATAACAACAT-TGATT---T----TAT----AATAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAATGGA-------A------G------AAAAAA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATGTTAAACTGATACATATT-CG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAAAA---CTAT--A----T-GTGTGACATTAGAAA-CG-ATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGC--------A----CTGC-ACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGCGGATT-------------CCTA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TGATG---T----TAT----AGTTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAATGGA-------AGTTGCGG------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATGTTAA----ATACATATT-TG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAAAA---CTAA--A----T-GT
gi|7 : cTCCTAAATAAAATGTAATTACATAA-----------------AATA----CG-------------ATGATAAATGTGGATT-------------TCTA--GTTT---A--T--TATAAAAGATAACAACATATAATT---T----CAT----AGGAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATAT---AT----------ATT-AGAA--TAGA--TGGA-------A------G--------------TTTCGGA------------ATAGAATATAATATG--------ATAAATATTATG--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTT--------TTA-------TATTCA----C-GATTTACATT-GAAA-TGAATGTGT-------GATAT-ATT----G--TTCA-------A----CTGCAACTAAAT
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGCGGATT-------------TCTC--GTTA---A--A--TATACAAGATAACAACAT-TGATT---T----TAT----AGTAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGAT---AT----------ATTAAGAA--TAGAAATGGA-------ATTTGCGG------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGAAATATGTTAA----ATACATATA-TT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATA-CATTT-TAA---TTAC--A----TCGTGTtgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGTGGATT-------------TCTA--ATTA---AGCA--CATACAAGATAACAACAT-TAATT---CAAAATATCTGAAATAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AGAA--TAGAAATGGA-------AGTTGCGG------AAAACA--T---GGGTAT-T-------ATAGAATtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATCACAAATGTGGATT-------------TCTA--GTTT---A--G--TATACAAGATAACA-----------------------------AAG---------------ATCAAATATA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TTGAAACGGA-------A------GTTGCGGAAAACA--T---GAATAT-T-------ATAGAATGCAATATGCTAAA----TATGTATT-AG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAAAA---CTAC--ATAATT-ATGTTACATTAGAAA----------------TGATGTAATT----A--TGT--------A----CTAC-ACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|16 : CTAAATACATTACAATTACACGA-----------------ACTA----TA-------------AT-------------TACAAATGTGGATATCTA--GTTA---A--G--TGTACAAGATAATAAAAT-TGATTAATTG---TAT----AATAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATAT---AC----------ATA-AGAA--TAGAAATGGAAGTTGG-A------G------AAAACA--T---AGATAT-T-------AAAGAGTgataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAGTGTGAATT-------------TCTA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TAATT---T----TAT----AAAAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGAT---AT----------ATT-AAAA--TGGAATTTGC-------G------T------AAAACT--T---GGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATGTTAAA----TACATTTA-AG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAAAA---CCAA--A----T-GTGTGAC----------G-GTGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------G----CTGC-ACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|4 : aTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTG-------------AT-------------T-------------TCTA--G--A---A--AGGTATACATGATAACA---T-TTATT---T-----AT----AATAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGAT---TT----------ATT-AGAA--TAGAAGTG---------------------------AC--T---G----T-T-------ATAAAATGCAATATGTCA---T-ATACATATT-AG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA----------------GA---CTAT--A----A-GCGTGACGATATAAA-CG-ATATGTTTTTTTCAATGTAAAT----A--TGTTTAAATATA----CTGC-ACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTGgatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTG-------------AT-------------T-------------TCTA--G--A---A--AGGTATACATGATAATA---T-TTATT---T-----AT----AATAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGAT---TT----------ATT-AGAA--TAGAAATG---------------------------AG--T---G----T-T-------ATAAAATGCAATATGTCA---T-ATACATATT-AG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA----------------GA---CTAT--A----A-GAGTGACGATATCAA-CG-ATATGTTTTTT-CAATGTAAAT----ACATGT--------ATGTTCTGC-ACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|12 : tAATACAATACAGTTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATATGGATT-------------TCTATAGTTA---T--G--TATACAAAATAACAACAT-TGATT---T----TAT----AATAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAATGGA-------AGTTGCGG------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATGTTAA----ATACATATT-T---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGCTGATT-------------TCCA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TGATT---T----CAT----AGCAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--CAAAAATGGA-------AGTTGCGG------AAAATA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATGTTAA----ATACATATT-TG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGCGGATT-------------TCTA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TGATT---T----TAT----AATAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAAT----------A------G------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA-----------------ACTA----TG-------------ATGACAAATGTTGATT-------------TCTA--GTTA---A--G--TATACAAGATAACAACAT-TAATT---T----TAT----AATAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGAT---AT----------ATT-AGAA--TAGAAATG
gi|25 : ATACAATTACACAA-----------------ACTA----TGGTGACAAATGCAGAT-------------T-------------TCTA--GTTATTAA--G--TATACAAGATAACAATAT-T
gi|10 : ACAA-----------------A-TA----TGG------------AT-------------T-------------TCTA--ACAC---A--G--TATGCAAGATTACGAAAT--G-----------TAT----AATAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGT---AA----------ATT-GGAA---AACAATGGGCTTGGGTA------G------GGGATA--T---GAATATGT-------A-AGAATGTAATATGTTGGG-GGA---ATATT-GG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTATAA---CTTT--A----
gi|9 : tgatg--TATGCAAGCTAGCAACAT-T------------TAT----AATATAG---------------AT---------------AGAT---AG----------AAT-GGAAAATAGGAATTCA-------G------G------GAACAACTT---GAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAA---ATA-ATATT-AGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AAC--------CAGATAAGATGACGAT--A----T-AAGTGATGTCAGAAA-CG-ATGTGTATTTT-CAATGTTATTCTGCAC-TGC--------A----CTGC-ACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|6 : ACAT-TGGTT---T----TGC----CATAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGAT---AT----------ATT-AGAA--AAGATATGGAAGTTGG-A------G------AAAACA--T---GGATAT-T-------ATCAAATGCAATATGTTAA----ATACATATT------GGGA----------------------TGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAAAA---CTAT--A----C-ATGTGACATTAGAAA-CG-AGGTATATTTT-CGATGNNNNN----N--NNN--------N----NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGCt
gi|22 : AC----AACAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGAT---AA----------ATT-AAAA--TGAAAATGAA-------AGTTGG-G------GAAACA--T---GGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTGTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|15 : gc------G------AAAACA--T---AGATAC-C-------ATTGAATGTAATATGTTAAAC----ACATATT-AG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAAAG---CTAT--A----T-ATATGACGTTAGAAA-CT-ACGTGTATTTT-TTATGTAATT----A--GGT--------A----CTGC-ACTATATCTAAAAAAATT
gi|23 : ggaagttaggG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAAAA---CTAT--A----T-GTGTGGCATTAGata
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAAAA---CTAC--A----T-ATGTGACATTAGAAA-CG-ATGTGTATTTT-CGATGTCATT----A--TGT--------A----CTGC-ACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|21 : TGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA------------------------------ATGACGTTAAAAAACG-ATATGTATTAT-CAATGTCATT----G--TGT--------A----CTTC-ACTGAAAATGAT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CTTACTACAATACATTTACACAAAATGTTACGGCAAATGTGGATTTCCAGTAAAGTATACAAGATAATAACATTAAATTTTATATATTAAAGACCATGGACGATATAATG
Unaligned ( gi|24 ): TTAATACCATACAATAACAAAAACCATGACGACACGAGTGGCTGTTTTAGTTAAGTAAACAAGGTAACAA
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111111111111 555555555555555 1111111111 11111111 111
lowQualScore : 0000 0000 2 2 33 333 22 2 2 33 7777 4444 2 2 333333333333333 2 55555 2 55555 77777777 2 33 333 333333333333333 666666 2 333 2 7777777 2 6666 5555 444 3 0 2 0 555 777777 0 4 4 4 0000000000 4 44444444 1 000 1 6 888 1
lowQualScore : .... .... . . .. ... .. . . .. .... .... . . ............... . ..... . ..... ........ . .. ... ............... ...... . ... . ....... . .... .... ... . . . . ... ...... . . . . .......... . ........ . ... . . ... .
lowQualScore : 0000 0000 1 2 11 999 99 1 1 11 8888 5555 1 1 222222222222222 5 33333 1 33333 66666666 2 11 999 444444444444444 444444 2 999 2 2222222 5 1111 1111 777 4 2 4 1 000 111111 2 0 0 0 5555555555 0 55555555 0 000 0 7 888 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---GGA-------A-TTG--G------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTG-TATTTTCGATGT-AAT-----T----A-TG--------TACTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( family-815 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---GGA-------A------G------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTG-TATTTTCGATGT-AAT-----T----A-TG--------TACTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAATAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAGTGTGAAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-AAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AA--AATGGAATT---TGC-------G------T------AA-AACTT---GGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATTTAAG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAA---AACCAAA----T-GTGTGACG----------GTGTG-TATTTTCGATGT-AAT-----T----A-TG--------TGCTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|10 : aTGATGACAAATATGGAT-TTCTA--A---CACAG--TATGCAAGATTACGAAAT---G----------TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGTA-----AA--------TT-GG--AA-AACAAT---GGGCTTGGGTA------G------GG-GATAT---GAATATGT-------A-AGAATGTAATATG-TTGGG----GGAATATTGG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTAT---AACTTTA----gatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TCCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATG--T----TAT----A-G-TTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---GGA-------AGTTGCGG------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTAAA----T-GTgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|12 : cAATACAATACAGTTACACAA----AC----TATGATGACAAATATGGAT-TTCTATAG---TTATG--TATACAAAATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---GGA-------AGTTGCGG------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTT---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCTGAT-TTCCA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----CAT----A-G-CAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AACAAAAAT---GGA-------AGTTGCGG------AA-AATAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA----AC----TATGATGACAAATGTGGAT-TTCTA--A---TTAAGCACATACAAGATAACAACAT-T-AATT--CAAAATATCTGAA-A-TAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AG--AATAGAAAT---GGA-------AGTTGCGG------AA-AACAT---GGGTAT-T-------ATAGAAT
gi|15 : ------G------AA-AACAT---AGATAC-C-------ATTGAATGTAATATG-TTAAA----CACATATTAG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAA---AGCTATA----T-ATATGACGTTAGAAA-CTACGTG-TATTTTTTATGT-AAT-----T----A-GG--------TACTGCACT
gi|16 : ggaagttaggCTAAATACATTACAATTACACGA----AC----TATAATTACAAATGTGGAT-ATCTA--G---TTAAG--TGTACAAGATAATAAAAT-T-GATTAATTG--TAT----A-A-TAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATATA-----CA--------TA-AG--AATAGAAAT---GGAAGTTGG-A------G------AA-AACAT---AGATAT-T-------AAAGAGTatatctaaaaaaattata
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT-------------A------G------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-TAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---G
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAA---AACTACA----T-ATGTGACATTAGAAA-CGATGTG-TATTTTCGATGT-CAT-----T----A-TG--------TACTGCACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA----AC----TATGATCACAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAG--TATACAAGATAAC-------------------------------AAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATTGAAAC---GGA-------AGTTGCGG------AA-AACAT---GAATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-CTAAA----TATGTATTAG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAA---AACTACATAATT-ATGTTACATTAGAAA---------------TGATGT-AAT-----T----A-TG--------TACTACACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|20 : TACAATACATTTACACAA----AA----TGTTACGGCAAATGTGGAT-TTCCA--G---TAAAG--TATACAAGATAATAACAT-TAAATT--T----TAT----ATATTAAAG---------------ACCA--TG-G-----A-CGATA-----TA--------gataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|21 : cttacTGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA----------------------------ATGACGTTAAAAAACGATATG-TATTATCAATGT-CAT-----T----G-TG--------TACTTCACTGAAAATGATatg
gi|22 : attcAC----A-A-CAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----AA--------TT-AA--AATGAAAAT---GAA-------AGTTGG-G------GA-AACAT---GGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTG-Tcaac
gi|23 : gcG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGGCATTAG
gi|24 : AATACCATACAATAACAAAA----AC----CATGACGACACGAGTGGCTGTTTTA--G---TTAAG--TAAACAAGGTAACAA
gi|25 : ttATACAATTACACAA----AC----TATGGTGACAAATGCAGAT-TTCTA--GTTATTAAG--TATACAAGATAACAATAT-T-
gi|3 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGAT--------------TTCTA--G---TTAAA--TATACATGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---GGA-------A------G------AA-AAAAT---GGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAACTGATACATATTCG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACATTAGAAA-CGATGTG-TATTTTCGATGT-AAT-----T----A-TG--------CACTGCACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|4 : TAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAACA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AG--AATAGAAGT---G---------------------------AC--------TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTA----------------TTAA---GACTATA----A-GCGTGACGATATAAA-CGATATGTTTTTTTCAATGT-AAA-----T----A-TGTTTAAATATACTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAATA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AG--AATAGAAAT---G---------A------G--------------------TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTA----------------TTAA---GACTATA----A-GAGTGACGATATCAA-CGATATG-TTTTTTCAATGTAAATACATGT----A-TG--------TTCTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|6 : tACAT-T-GGTT--T----TGC----C-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGATA-----TA--------TT-AG--AAAAGATAT---GGA-------A------GTTGGAGAA-AACAT---GGATAT-T-------ATCAAATGCAATATG-TTAAA----TACATATT---------------------------GGGATGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAA---AACTATA----C-ATGTGACATTAGAAA-CGAGGTA-TATTTTCGATGN-NNN-----N----N-NN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGC
gi|7 : TCCTAAATAAAATGTAATTACATAA----AA----TACGATGATAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAT--TATAAAAGATAACAACATAT-AATT--T----CAT----A-G-GAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATATA-----TA--------TT-AG--AATAG--AT---GGA-------A------G-------------TTTCGGA------------ATAGAATATAATATG-ATAAA----TAT-TAT--G--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTC--G---TTAAA--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-G-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TTAAG--AATAGAAAT---GGA-------ATTTGCGG------AA-AACAT---GGATAT-T-------ATAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATATATT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATAC--ATTTT---AATTACA----TCGTGTttatattcacgatttacattgaaatgaatgtgtgatatattgttcaactgcaactaaattgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|9 : --TATGCAAGCTAGCAACA-------T--T----TAT----A-A-TATAG---------------AT---------------AGATA-----GA--------AT-GGAAAATAGGAATTCAGG---------------G------AACAACTT---GAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAAA----TA-ATATTAGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AA--------CCAGATAAGATGACGATA----T-AAGTGATGTCAGAAA-CGATGTG-TATTTTCAATGT-TAT-----TCTGCACTG--------CACTGCACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGTtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111111111111 44444444 1111111 1111111111111 111
lowQualScore : 0000 0000 2 2 33 333 22 2 2 33 7777 4444 2 2 333333333333333 2 55555 2 55555 77777777 2 2 2 44444444 33 333 3333 4444 2 7777777 2 6666 5555 444 3 2 0 555 777777 0 4 4 1111111 6666666666666 1 000 1 6 888 1
lowQualScore : .... .... . . .. ... .. . . .. .... .... . . ............... . ..... . ..... ........ . . . ........ .. ... .... .... . ....... . .... .... ... . . . ... ...... . . . ....... ............. . ... . . ... .
lowQualScore : 0000 0000 1 2 11 999 99 1 1 11 8888 5555 1 1 222222222222222 5 33333 1 33333 66666666 2 2 1 44444444 11 999 1111 7777 2 2222222 5 1111 1111 777 4 4 1 000 111111 2 0 0 5555555 5555555555555 0 000 0 7 888 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG--TTG--G--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( family-815 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAA---TT---G--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAGTGTGAAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-AAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGATA-----TA--------TT-A-------AAAT-GGAA---TT---T--GCGTA--A-A----ACTTGGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATTTAAG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAA---AACCAAA----T-GTGTGACG----------GTGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------G----CTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|10 : aTGATGACAAATATGGAT-TTCTA--A---CACAG--TATGCAAGATTACGAAAT---G----------TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGTA-----AA--------TT-GGAA-AA-CAAT-GGGC---TT---G--G---G--T-AGGGGATATGAATATGT-------A-AGAATGTAATATG-TTGGG----GGAATATTGG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTAT---AACTTTA----gatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TCCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATG--T----TAT----A-G-TTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG--TTGC-G--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTAAA----T-GTgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|12 : cAATACAATACAGTTACACAA----AC----TATGATGACAAATATGGAT-TTCTATAG---TTATG--TATACAAAATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG--TTGC-G--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTT---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCTGAT-TTCCA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----CAT----A-G-CAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAACAA-AAAT-GGAAG--TTGC-G--G---A--A-A----ATATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA----AC----TATGATGACAAATGTGGAT-TTCTA--A---TTAAGCACATACAAGATAACAACAT-T-AATT--CAAAATATCTGAA-A-TAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AGAATAG-AAAT-GGAAG--TTGC-G--G---A--A-A----ACATGGGTAT-T-------ATAGAAT
gi|15 : -GGAAG--TTAG-G--G---A--A-A----ACATAGATAC-C-------ATTGAATGTAATATG-TTAAA----CACATATTAG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAA---AGCTATA----T-ATATGACGTTAGAAA-CTACGTGTATTTT-TTATGTAATT----A--GGT--------A----CTGCACT
gi|16 : CTAAATACATTACAATTACACGA----AC----TATAATTACAAATGTGGAT-ATCTA--G---TTAAG--TGTACAAGATAATAAAAT-T-GATTAATTG--TAT----A-A-TAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATATA-----CA--------TA-AGAATAG-AAAT-GGAAG--TT---GGAG---A--A-A----ACATAGATAT-T-------AAAGAGTatatctaaaaaaattata
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAA----------T---A--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-TAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-G
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAA---AACTACA----T-ATGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTCATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA----AC----TATGATCACAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAG--TATACAAGATAAC-------------------------------AAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATTG-AAAC-GGAAG--TTGC-G--G---A--A-A----ACATGAATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-CTAAA----TATGTATTAG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAA---AACTACATAATT-ATGTTACATTAGAAA---------------TGATGTAATT----A--TGT--------A----CTACACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|20 : TACAATACATTTACACAA----AA----TGTTACGGCAAATGTGGAT-TTCCA--G---TAAAG--TATACAAGATAATAACAT-TAAATT--T----TAT----ATATTAAAG---------------ACCA--TG-G-----A-CGATA-----TA--------gataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|21 : cttacTGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA----------------------------ATGACGTTAAAAAACGATATGTATTAT-CAATGTCATT----G--TGT--------A----CTTCACTGAAAATGATatg
gi|22 : attcAC----A-A-CAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----AA--------TT-AAAATGA-AAAT-GAAAG--TTG--G--G---G--A-A----ACATGGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTG-Tcaac
gi|23 : gcG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGGCATTAG
gi|24 : AATACCATACAATAACAAAA----AC----CATGACGACACGAGTGGCTGTTTTA--G---TTAAG--TAAACAAGGTAACAA
gi|25 : ttATACAATTACACAA----AC----TATGGTGACAAATGCAGAT-TTCTA--GTTATTAAG--TATACAAGATAACAATAT-T-
gi|3 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGAT--------------TTCTA--G---TTAAA--TATACATGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAA-----------G---A--A-A----AAATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAACTGATACATATTCG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGC--------A----CTGCACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|4 : TAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAACA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAGT-G----------------------------AC-----TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GCGTGACGATATAAA-CGATATGTTTTTTTCAATGTAAAT----A--TGTTTAAATATA----CTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAATA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-G--A---GT---G-------------------------T-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GAGTGACGATATCAA-CGATATGTTTTTT-CAATGTAAAT----ACATGT--------ATGTTCTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|6 : tACAT-T-GGTT--T----TGC----C-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGATA-----TA--------TT-AGAAAAG-ATAT-GGAAG--TT---G--G---AGAA-A----ACATGGATAT-T-------ATCAAATGCAATATG-TTAAA----TACATATT---------------------------GGGATGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAA---AACTATA----C-ATGTGACATTAGAAA-CGAGGTATATTTT-CGATGNNNNN----N--NNN--------N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGC
gi|7 : TCCTAAATAAAATGTAATTACATAA----AA----TACGATGATAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAT--TATAAAAGATAACAACATAT-AATT--T----CAT----A-G-GAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATATA-----TA--------TT-AGAATAG---AT-GGAAGTTTC---G--G---A----------------------------ATAGAATATAATATG-ATAAA----TAT-TAT--G--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTC--G---TTAAA--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-G-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TTAAGAATAG-AAAT-GGAA---TTTGCG--G---A--A-A----ACATGGATAT-T-------ATAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATATATT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATAC--ATTTT---AATTACA----TCGTGTttatattcacgatttacattgaaatgaatgtgtgatatattgttcaactgcaactaaattgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|9 : --TATGCAAGCTAGCAACA-------T--T----TAT----A-A-TATAG---------------AT---------------AGA------------------T-AGAATGGAAAATAGGAA---TTCAGG--G---A--ACA----ACTTGAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAAA----TA-ATATTAGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AA--------CCAGATAAGATGACGATA----T-AAGTGATGTCAGAAA-CGATGTGTATTTT-CAATGTTATTCTGCAC-TGC--------A----CTGCACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGTtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111111111111 111111 1111111 1111111111111 111
lowQualScore : 0000 0000 2 2 33 333 22 2 2 33 7777 4444 2 2 333333333333333 2 55555 2 55555 77777777 2 2 2 999999 2 666 2 7777777 2 6666 5555 444 3 2 0 555 777777 0 4 4 1111111 6666666666666 1 000 1 6 888 1
lowQualScore : .... .... . . .. ... .. . . .. .... .... . . ............... . ..... . ..... ........ . . . ...... . ... . ....... . .... .... ... . . . ... ...... . . . ....... ............. . ... . . ... .
lowQualScore : 0000 0000 1 2 11 999 99 1 1 11 8888 5555 1 1 222222222222222 5 33333 1 33333 66666666 2 2 2 222222 2 111 2 2222222 5 1111 1111 777 4 4 1 000 111111 2 0 0 5555555 5555555555555 0 000 0 7 888 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-G-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( family-815 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-G-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAGTGTGAAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-AAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGATA-----TA--------TT-A-------AAATGGAAT-TT--G-C-GTAA---AACTTGGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATTTAAG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAA---AACCAAA----T-GTGTGACG----------GTGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------G----CTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|10 : aTGATGACAAATATGGAT-TTCTA--A---CACAG--TATGCAAGATTACGAAA--T-G----------TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGTA-----AA--------TT-GGAA-AA-CAATGG--GCTT--G-G-G-TAGGGGATATGAATATGT-------A-AGAATGTAATATG-TTGGG----GGAATATTGG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTAT---AACTTTA----gatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TCCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATG--T----TAT----A-G-TTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTAAA----T-GTgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|12 : cAATACAATACAGTTACACAA----AC----TATGATGACAAATATGGAT-TTCTATAG---TTATG--TATACAAAATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTT---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCTGAT-TTCCA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----CAT----A-G-CAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAACAA-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AATATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA----AC----TATGATGACAAATGTGGAT-TTCTA--A---TTAAGCACATACAAGATAACAACAT-T-AATT--CAAAATATCTGAA-A-TAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGGTAT-T-------ATAGAAT
gi|15 : GGAAG-TTA-G-G-G-AA---AACATAGATAC-C-------ATTGAATGTAATATG-TTAAA----CACATATTAG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAA---AGCTATA----T-ATATGACGTTAGAAA-CTACGTGTATTTT-TTATGTAATT----A--GGT--------A----CTGCACT
gi|16 : CTAAATACATTACAATTACACGA----AC----TATAATTACAAATGTGGAT-ATCTA--G---TTAAG--TGTACAAGATAATAAAAT-T-GATTAATTG--TAT----A-A-TAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATATA-----CA--------TA-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-GAG-AA---AACATAGATAT-T-------AAAGAGTatatctaaaaaaattata
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT------------A-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-TAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATG
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAA---AACTACA----T-ATGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTCATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA----AC----TATGATCACAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAG--TATACAAGATAAC-------------------------------AAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATTG-AAACGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGAATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-CTAAA----TATGTATTAG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAA---AACTACATAATT-ATGTTACATTAGAAA---------------TGATGTAATT----A--TGT--------A----CTACACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|20 : TACAATACATTTACACAA----AA----TGTTACGGCAAATGTGGAT-TTCCA--G---TAAAG--TATACAAGATAATAACAT-TAAATT--T----TAT----ATATTAAAG---------------ACCA--TG-G-----A-CGATA-----TA--------gataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|21 : cttacTGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA----------------------------ATGACGTTAAAAAACGATATGTATTAT-CAATGTCATT----G--TGT--------A----CTTCACTGAAAATGATatg
gi|22 : attcAC----A-A-CAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----AA--------TT-AAAATGA-AAATGAAAG-TT--G-G-G-GA---AACATGGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTG-Tcaac
gi|23 : gcG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGGCATTAG
gi|24 : AATACCATACAATAACAAAA----AC----CATGACGACACGAGTGGCTGTTTTA--G---TTAAG--TAAACAAGGTAACAA
gi|25 : ttATACAATTACACAA----AC----TATGGTGACAAATGCAGAT-TTCTA--GTTATTAAG--TATACAAGATAACAATAT-T-
gi|3 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGAT--------------TTCTA--G---TTAAA--TATACATGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-----------AA---AAAATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAACTGATACATATTCG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGC--------A----CTGCACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|4 : TAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAACA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAGTG---------------------AC-----TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GCGTGACGATATAAA-CGATATGTTTTTTTCAATGTAAAT----A--TGTTTAAATATA----CTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAATA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAATG--AG-T-----------------------GT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GAGTGACGATATCAA-CGATATGTTTTTT-CAATGTAAAT----ACATGT--------ATGTTCTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|6 : tACAT-T-GGTT--T----TGC----C-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGATA-----TA--------TT-AGAAAAG-ATATGGAAG-TT--G-GAG-AA---AACATGGATAT-T-------ATCAAATGCAATATG-TTAAA----TACATATT---------------------------GGGATGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAA---AACTATA----C-ATGTGACATTAGAAA-CGAGGTATATTTT-CGATGNNNNN----N--NNN--------N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGC
gi|7 : TCCTAAATAAAATGTAATTACATAA----AA----TACGATGATAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAT--TATAAAAGATAACAACATAT-AATT--T----CAT----A-G-GAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATATA-----TA--------TT-AGAATAG---ATGGAAG-TT--T--------------CGGA------------ATAGAATATAATATG-ATAAA----TAT-TAT--G--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTC--G---TTAAA--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-G-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TTAAGAATAG-AAATGGAAT-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATATATT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATAC--ATTTT---AATTACA----TCGTGTttatattcacgatttacattgaaatgaatgtgtgatatattgttcaactgcaactaaattgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|9 : --TATGCAAGCTAGCAACA-------T--T----TAT----A-A-TATAG---------------AT---------------AGA------------------T-AGAATGGAAAATAGGAA-TTCAG-G-G-AAC--AACTTGAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAAA----TA-ATATTAGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AA--------CCAGATAAGATGACGATA----T-AAGTGATGTCAGAAA-CGATGTGTATTTT-CAATGTTATTCTGCAC-TGC--------A----CTGCACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGTtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111111111111 111111 1111111 1111111111111 111
lowQualScore : 0000 0000 2 2 33 333 22 2 2 33 7777 4444 2 2 333333333333333 2 55555 2 55555 77777777 2 2 2 999999 2 666 2 7777777 2 6666 5555 444 3 2 0 555 777777 0 4 4 1111111 6666666666666 1 000 1 6 888 1
lowQualScore : .... .... . . .. ... .. . . .. .... .... . . ............... . ..... . ..... ........ . . . ...... . ... . ....... . .... .... ... . . . ... ...... . . . ....... ............. . ... . . ... .
lowQualScore : 0000 0000 1 2 11 999 99 1 1 11 8888 5555 1 1 222222222222222 5 33333 1 33333 66666666 2 2 2 222222 2 111 2 2222222 5 1111 1111 777 4 4 1 000 111111 2 0 0 5555555 5555555555555 0 000 0 7 888 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-G-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( family-815 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-G-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAGTGTGAAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-AAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGATA-----TA--------TT-A-------AAATGGAAT-TT--G-C-GTAA---AACTTGGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATTTAAG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAA---AACCAAA----T-GTGTGACG----------GTGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------G----CTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|10 : aTGATGACAAATATGGAT-TTCTA--A---CACAG--TATGCAAGATTACGAAA--T-G----------TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGTA-----AA--------TT-GGAA-AA-CAATGG--GCTT--G-G-G-TAGGGGATATGAATATGT-------A-AGAATGTAATATG-TTGGG----GGAATATTGG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTAT---AACTTTA----gatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TCCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATG--T----TAT----A-G-TTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTAAA----T-GTgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|12 : cAATACAATACAGTTACACAA----AC----TATGATGACAAATATGGAT-TTCTATAG---TTATG--TATACAAAATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTT---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCTGAT-TTCCA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----CAT----A-G-CAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAACAA-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AATATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA----AC----TATGATGACAAATGTGGAT-TTCTA--A---TTAAGCACATACAAGATAACAACAT-T-AATT--CAAAATATCTGAA-A-TAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGGGTAT-T-------ATAGAAT
gi|15 : GGAAG-TTA-G-G-G-AA---AACATAGATAC-C-------ATTGAATGTAATATG-TTAAA----CACATATTAG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAA---AGCTATA----T-ATATGACGTTAGAAA-CTACGTGTATTTT-TTATGTAATT----A--GGT--------A----CTGCACT
gi|16 : CTAAATACATTACAATTACACGA----AC----TATAATTACAAATGTGGAT-ATCTA--G---TTAAG--TGTACAAGATAATAAAAT-T-GATTAATTG--TAT----A-A-TAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATATA-----CA--------TA-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-GAG-AA---AACATAGATAT-T-------AAAGAGTatatctaaaaaaattata
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT------------A-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-TAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATG
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAA---AACTACA----T-ATGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTCATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA----AC----TATGATCACAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAG--TATACAAGATAAC-------------------------------AAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATTG-AAACGGAAG-TT--GCG-G-AA---AACATGAATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-CTAAA----TATGTATTAG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAA---AACTACATAATT-ATGTTACATTAGAAA---------------TGATGTAATT----A--TGT--------A----CTACACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|20 : TACAATACATTTACACAA----AA----TGTTACGGCAAATGTGGAT-TTCCA--G---TAAAG--TATACAAGATAATAACAT-TAAATT--T----TAT----ATATTAAAG---------------ACCA--TG-G-----A-CGATA-----TA--------gataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|21 : cttacTGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA----------------------------ATGACGTTAAAAAACGATATGTATTAT-CAATGTCATT----G--TGT--------A----CTTCACTGAAAATGATatg
gi|22 : attcAC----A-A-CAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----AA--------TT-AAAATGA-AAATGAAAG-TT--G-G-G-GA---AACATGGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTG-Tcaac
gi|23 : gcG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGGCATTAG
gi|24 : AATACCATACAATAACAAAA----AC----CATGACGACACGAGTGGCTGTTTTA--G---TTAAG--TAAACAAGGTAACAA
gi|25 : ttATACAATTACACAA----AC----TATGGTGACAAATGCAGAT-TTCTA--GTTATTAAG--TATACAAGATAACAATAT-T-
gi|3 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGAT--------------TTCTA--G---TTAAA--TATACATGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-----------AA---AAAATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAACTGATACATATTCG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGC--------A----CTGCACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|4 : TAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAACA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAGTG---------------------AC-----TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GCGTGACGATATAAA-CGATATGTTTTTTTCAATGTAAAT----A--TGTTTAAATATA----CTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAATA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAATG--AG-T-----------------------GT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GAGTGACGATATCAA-CGATATGTTTTTT-CAATGTAAAT----ACATGT--------ATGTTCTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|6 : tACAT-T-GGTT--T----TGC----C-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGATA-----TA--------TT-AGAAAAG-ATATGGAAG-TT--G-GAG-AA---AACATGGATAT-T-------ATCAAATGCAATATG-TTAAA----TACATATT---------------------------GGGATGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAA---AACTATA----C-ATGTGACATTAGAAA-CGAGGTATATTTT-CGATGNNNNN----N--NNN--------N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGC
gi|7 : TCCTAAATAAAATGTAATTACATAA----AA----TACGATGATAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAT--TATAAAAGATAACAACATAT-AATT--T----CAT----A-G-GAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATATA-----TA--------TT-AGAATAG---ATGGAAG-TT--T--------------CGGA------------ATAGAATATAATATG-ATAAA----TAT-TAT--G--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTC--G---TTAAA--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-G-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TTAAGAATAG-AAATGGAAT-TT--GCG-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATATATT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATAC--ATTTT---AATTACA----TCGTGTttatattcacgatttacattgaaatgaatgtgtgatatattgttcaactgcaactaaattgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|9 : --TATGCAAGCTAGCAACA-------T--T----TAT----A-A-TATAG---------------AT---------------AGA------------------T-AGAATGGAAAATAGGAA-TTCAG-G-G-AAC--AACTTGAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAAA----TA-ATATTAGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AA--------CCAGATAAGATGACGATA----T-AAGTGATGTCAGAAA-CGATGTGTATTTT-CAATGTTATTCTGCAC-TGC--------A----CTGCACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGTtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat
blockSeqs : CATA GTTT T G TA TTA CA A A AA AAAA CTGA T T TATGTTTAAACTAAC A TTATT T AAATG AAGATAGA A A C CAGG . GGG G . T CTGA AGTT AGG T A GAT TAATT A T CTGCAC TTAAATATA T ATT G G ATC A
blockSeqs : CATA GTTT C . . . . . . . TG . . . . T . . . . . . . GCG . C . . . . GG . C G . TC . . ACA ATGTT T . A . ATC A
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . GCG . . . . . . TG . T G . T . . A A A . T . ATC T
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . GCG . . . . . . TG . C G . T . . A A T . T . . T
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . GCG . . . . . . AG . C C . T . . A A A . G . . G
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . AGG . . . . . . AG . C G . T . . G A A .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . GGA . . . . . . CG . C G . T . . A A N
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . GCG . . . . . . AG . C A . A . . A N A
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . GGA . . . . . . AG . C A . A . . N A
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . GCG . . . . . . TT . C . . C
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . GG . . . . . . T . T . . T
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . GG . . . . . . G . T . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GCG*** *******
originalCons : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TT--G-G-G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
finalCons : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAATGGAAG-TTGCG---G-AA---AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Alignments
lowQualScore : 1111 1111 111111111111111 1111111 1111111111111 111
lowQualScore : 0000 0000 2 2 33 333 22 2 2 33 7777 4444 2 2 333333333333333 2 55555 2 55555 77777777 2 2 2 2 5 33 2 2 7777777 2 6666 5555 444 3 2 0 555 777777 0 4 4 1111111 6666666666666 1 000 1 6 888 1
lowQualScore : .... .... . . .. ... .. . . .. .... .... . . ............... . ..... . ..... ........ . . . . . .. . . ....... . .... .... ... . . . ... ...... . . . ....... ............. . ... . . ... .
lowQualScore : 0000 0000 1 2 11 999 99 1 1 11 8888 5555 1 1 222222222222222 5 33333 1 33333 66666666 2 2 1 2 3 11 2 2 2222222 5 1111 1111 777 4 4 1 000 111111 2 0 0 5555555 5555555555555 0 000 0 7 888 0
consensus : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
Reference ( family-815 ) : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAANTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTNG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACGTTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAANATGATAATATTTGTATCGATA---GAAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGNGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|1 : TAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAGTGTGAAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-AAACG---------------ATAAAATGGA-----A-AGATA-----TA--------TT-A-------AAAT-GGAAT-TTGCG--TAA-AACTTGGATAT-TCTACAATGTAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATTTAAG--GGGGAATTATGTGC---AACATTGGGATGAGATGCTTTAATAACGCCCATGCCAGTTAA---AACCAAA----T-GTGTGACG----------GTGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGT--------G----CTGCACTGAATATGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGTAGAT-GAGTAGTTATTCACAGATGGGGTGGTAAATATATTTCAAGTGTTGTTCGTGAGTCGC
gi|10 : aTGATGACAAATATGGAT-TTCTA--A---CACAG--TATGCAAGATTACGAAAT---G----------TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAAATGTA-----A-AGGTA-----AA--------TT-GGAA-AA-CAAT-GG--GCTTGGGTAGGG-GATATGAATATGT-------A-AGAATGTAATATG-TTGGG----GGAATATTGG--GAGGATTT-TTGGC---AACAGTTGGATGTGGGGA---AACAATGTGTATATCATTTAT---AACTTTA----gatatgagatgcaatgacgtataaaaatgt
gi|11 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TCCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATG--T----TAT----A-G-TTTAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGGTGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTAAA----T-GTgaagtacagttcatttgagaatatcatacaatatacatccatcttacacaatcatgtacaatata
gi|12 : cAATACAATACAGTTACACAA----AC----TATGATGACAAATATGGAT-TTCTATAG---TTATG--TATACAAAATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATCATTTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTT---GGGGAGTTATGGGT---GACAATGGGATGGGAGGATTTATTAATGT
gi|13 : AATACAACACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCTGAT-TTCCA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----CAT----A-G-CAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAACAA-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AATATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAA----TACATATTTG--GGGGAGTAATGGGC---GACATTAGGATGGGAGGATT
gi|14 : CCTAAATTCAATACAATTACACCA----AC----TATGATGACAAATGTGGAT-TTCTA--A---TTAAGCACATACAAGATAACAACAT-T-AATT--CAAAATATCTGAA-A-TAAAATATGTTTAAACTAACATTAATTTTATTATTA-AGATAAAATGTAAAGATAGATT-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGGGTAT-T-------ATAGAAT
gi|15 : -GGAAG-TTAGG--GAA-AACATAGATAC-C-------ATTGAATGTAATATG-TTAAA----CACATATTAG--GAGGAACTGTGGGC---GACATCGGGATATGATAATTTATTAACATTCATGTCAGTTAA---AGCTATA----T-ATATGACGTTAGAAA-CTACGTGTATTTT-TTATGTAATT----A--GGT--------A----CTGCACT
gi|16 : CTAAATACATTACAATTACACGA----AC----TATAATTACAAATGTGGAT-ATCTA--G---TTAAG--TGTACAAGATAATAAAAT-T-GATTAATTG--TAT----A-A-TAAAG---------------ATCCTATGTA-----G-ATATA-----CA--------TA-AGAATAG-AAAT-GGAAG-TTGGA--GAA-AACATAGATAT-T-------AAAGAGTatatctaaaaaaattata
gi|17 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAA---------------ATAAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-----------A--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-
gi|18 : AATACAATACAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---TTAAG--TATACAAGATAACAACAT-T-AATT--T----TAT----A-A-TAACG---------------ATCAAAAAGA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-G
gi|19 : TGGGAGGATTTATTAACGTTCATGCTAGTTAA---AACTACA----T-ATGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTCATT----A--TGT--------A----CTGCACTGAATATGATAATATTTGCATCG
gi|2 : CTAAATAGAATGCAATTACACAA----AC----TATGATCACAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAG--TATACAAGATAAC-------------------------------AAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATTG-AAAC-GGAAG-TTGCG--GAA-AACATGAATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-CTAAA----TATGTATTAG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGAATTTATTAACGTTCATCCCAGTTAA---AACTACATAATT-ATGTTACATTAGAAA---------------TGATGTAATT----A--TGT--------A----CTACACTGGATATGATAATATATGTACCGATA---GAAGAGGTTTCGTCTTCAAAGAGAAGTAGAT-GGGTAGTTATTCGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTCGAGTATTGTTCGTGAGTCGC
gi|20 : TACAATACATTTACACAA----AA----TGTTACGGCAAATGTGGAT-TTCCA--G---TAAAG--TATACAAGATAATAACAT-TAAATT--T----TAT----ATATTAAAG---------------ACCA--TG-G-----A-CGATA-----TA--------gataagagatgcaatgatgtagaaaatgttctgcgtcttca
gi|21 : cttacTGGGAGGAGTTTTCAACGTTCA----------------------------ATGACGTTAAAAAACGATATGTATTAT-CAATGTCATT----G--TGT--------A----CTTCACTGAAAATGATatg
gi|22 : attcAC----A-A-CAAAG---------------ATCAAATATA-----A-AGATA-----AA--------TT-AAAATGA-AAAT-GAAAG-TTG-G--GGA-AACATGGATAA-T-------ATAGAATGCAATGTG-Tcaac
gi|23 : gcG--GGGGAGTTATGGGC---GACATTGGGATGGGAGTATTTGTTAACGTTCATGCCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGGCATTAG
gi|24 : AATACCATACAATAACAAAA----AC----CATGACGACACGAGTGGCTGTTTTA--G---TTAAG--TAAACAAGGTAACAA
gi|25 : ttATACAATTACACAA----AC----TATGGTGACAAATGCAGAT-TTCTA--GTTATTAAG--TATACAAGATAACAATAT-T-
gi|3 : TCCTAAATACAATACAATTACACAA----AC----TATGAT--------------TTCTA--G---TTAAA--TATACATGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-GGAAG---------AA-AAAATGGATAT-T-------ATAGAATGCAATATG-TTAAACTGATACATATTCG--GGGGAGTTATGGGT---GACACTGGGATGGGAGGATTTATTAACGTTCATGTCAGTTAA---AACTATA----T-GTGTGACATTAGAAA-CGATGTGTATTTT-CGATGTAATT----A--TGC--------A----CTGCACTGAATGTGATAATATTTGTATCGATA---GGAGAAGTTTCGTCTCCAAAGAGAAGAAAATGGGGTAGTTATTTGCAGATGGGGTGGTAATGATCTTTTGAGTACTGTCCGTGAGTCGC
gi|4 : TAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAACA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAGT-G-----------------AC-----TGT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GCGTGACGATATAAA-CGATATGTTTTTTTCAATGTAAAT----A--TGTTTAAATATA----CTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|5 : tttTAAATACAATACAATTGCATAACATAATGTTTTATGATGACAAATGTTGAT-TTCTA--G---AAAGG--TATACATGATAATA---T-T-TATT--T-----AT----A-A-TAAAC---------------ATTGAATGTA-----A-GGATT-----TA--------TT-AGAATAG-AAAT-G--AG-T-------------------GT-T-------ATAAAATGCAATATG-TCATA----TACATATTAG--GGGGAACTGTGGAC---GACATTGGGAAGTAAGGATTTATTAA-------------------GACTATA----A-GAGTGACGATATCAA-CGATATGTTTTTT-CAATGTAAAT----ACATGT--------ATGTTCTGCACTGGAAATGATAATATTTGTATTGATA---GAAACAGTTTCGTCTCCAATGAAAAGTATAT-GAATAGTTATTCGAAGATAGGGTGGTAATA---TGTCGTGTATTGTTCGTG
gi|6 : tACAT-T-GGTT--T----TGC----C-A-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----T-AGATA-----TA--------TT-AGAAAAG-ATAT-GGAAG-TTGGA--GAA-AACATGGATAT-T-------ATCAAATGCAATATG-TTAAA----TACATATT---------------------------GGGATGGGAGGATTTATGAACGTTCATATCAGTTAA---AACTATA----C-ATGTGACATTAGAAA-CGAGGTATATTTT-CGATGNNNNN----N--NNN--------N----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAT-GGATAGTTATTCGCAGATGGGGTCGTTATGATCTTTCGGGTACTGTTCGTGAGTCGC
gi|7 : TCCTAAATAAAATGTAATTACATAA----AA----TACGATGATAAATGTGGAT-TTCTA--G---TTTAT--TATAAAAGATAACAACATAT-AATT--T----CAT----A-G-GAAAG---------------ATCAAGTGTA-----ATATATA-----TA--------TT-AGAATAG---AT-GGAAG-TTTCG--GA----------------------ATAGAATATAATATG-ATAAA----TAT-TAT--G--GGGGAATTATGGGC---ACCGTTGAGATGGGAGGATTTATTATTGTTgatatgcgatggaatgaagtagaacatgttctgcgtcttca
gi|8 : CCTAAACACGATATAATTACACAA----AC----TATGATGACAAATGCGGAT-TTCTC--G---TTAAA--TATACAAGATAACAACAT-T-GATT--T----TAT----A-G-TAAAG---------------ATCAATTGTA-----A-AGATA-----TA--------TTAAGAATAG-AAAT-GGAAT-TTGCG--GAA-AACATGGATAT-T-------ATAGAATGAAATATG-TTAAA----TACATATATT--GGGGAGTCATGGGC---GACATTGTGATGGGAGGATTTTTTAATAATCATAC--ATTTT---AATTACA----TCGTGTttatattcacgatttacattgaaatgaatgtgtgatatattgttcaactgcaactaaattgtatttaattaatgcaaattcttccacaatggcgggtataagattgaatgt
gi|9 : --TATGCAAGCTAGCAACA-------T--T----TAT----A-A-TATAG---------------AT---------------AGA------------------T-AGAATGGAAAATAGGAAT-TCAGG--GAACAACTTGAACAT-A-------ATAAAATGTAAT-TGTTTAAA----TA-ATATTAGTTGGTGTGGTGTGGGTAGGGGCATTGGGAAGGGAGGATTTA--AA--------CCAGATAAGATGACGATA----T-AAGTGATGTCAGAAA-CGATGTGTATTTT-CAATGTTATTCTGCAC-TGC--------A----CTGCACTGAAAATGAAAATATATGCATCGATGATTGAAGACATTCAACCCACAGAGAGAAGTtttcaaaattgacataatatacggaatgaaagtgatcatat