lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 333333333333333 11 1 2 88888888888888 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1 22222 33333333333 55555555555555555 111 11 444444444444444444 11 1111 1 11111 111 333333333333333333333 111 11
lowQualScore : 33 8888 888888888888888 99 6 7 5 55 3 7777 7 3 3 55 3 2 0 4 66666666666666 44 7 000000 1 4 55 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 999999 1 2 44444 888 0 5 5 5 22222222222 4 0 2 888 99999999999999999 66 4 4 111 7777 1 88 555555555555555555 22 2 1111 3 55 4 00000 7777 888 9999 3 999999999999999999999 6 5 555 55 4 6 5
lowQualScore : .. .... ............... .. . . . .. . .... . . . .. . . . . .............. .. . ...... . . .. . .............................................................................. .. ...... . . ..... ... . . . . ........... . . . ... ................. .. . . ... .... . .. .................. .. . .... . .. . ..... .... ... .... . ..................... . . ... .. . . .
lowQualScore : 88 5555 999999999999999 88 7 9 0 00 6 7777 3 6 6 00 6 7 5 0 22222222222222 88 6 555555 4 0 55 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 222222 7 2 88888 888 5 0 0 0 99999999999 5 2 6 888 99999999999999999 99 4 4 444 9999 9 77 555555555555555555 00 2 3333 9 99 1 00000 1111 333 1111 1 555555555555555555555 4 7 333 00 8 7 0
consensus : TTATTCGTGAAT----A--------T------GTC-ATGAAATACAAACAANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AAATATTAAAT-CACAG-TTATTACA-A-TAC-TTTTCATAATTATCAAT------TATAGTATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTACATNNANTTNANACACATATANTACACGGGATAANCCATCAAGTTNTNCAANNTACCNTGNGANANTTAT-------TNTATAAATATCAAGG------TCTCAAAATATTGGCCGTAGTAG---CTTTGTGGAC-CT-A-AT--ATAACA---GGGAAGAGCTACACAT---TAT-------------GTTACTTATA--ATTAA-A-A--CAA--C-GAGAGGACAACTCTGAC--TA-A-TTAT-T--TGTAGTTCATTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTATGTTCTT-----ATTATCA---CAGA-N-TATATCAAAT---ATTTATATT----TA----AA----T----TATCACAG-AAAGNCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( gi|7 ) : TTATTCTTGAAT----A--------T------GTC-TTGAAATACAAACAATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AACTATTAATT-CACTACTTATTCCATATTAC-TTTTCATAATCATCAAT------TATAGTATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATTTT-------TTTATAAATATTAAGG------TCTCAAAATGTTGACCATTGAAG---CTTTATGGAC-CT-A-AT--A--ATA---GGAAAGAGCTATACAT---TAT-------------GTT-CTTATA--ATTAA-A-A--CAA--C-AAGAGCACAACTCTGAC--TACA-TTAT-T--TGTAGTTAATTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---CAGA-T-TATATCAAAT---ATTTATGTT----TA----AA----T----TATCATAG-AATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|4 : TTATTTGTGAAT----A--------TATAT--GTC-ATGAAATCAAAACAAATATCACAGATA--AAT-AT----AAC-AAAAA-A-AAAC-AAATATTAA----AGTA-TTA---CACA---C-TCTTCATAATTATCAAT------TATAGTATAA--ACTG--TAACA-ATTAGGTACATATAATTAATACATATATATTATACGAAATAACCCATTAAGTTTTACAATTTACTATGA-ATACTTATGAAAAAATATATGAATATCAAGA------TCTCAAACTATTGACCGTTTAAG---CTGTATGAAC-CTTATAT--A--ACA---GGGAAGAGCTACATAT---TAT-------------GTTACTTATA--ATTAA-A-A--TAAAAC-AAGGACAAAAATCTGA--------TTAT-T--TGTAGTTCATTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTT-----ATTATCA---AAGG-A-TAGATCAACT---ATTTATATTAAAATC----AA----T----TATCACAG-AAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATT
gi|6 : cttatcatagatagatatatTTGTTCGTGAAT----A--------TATAAATGTC-ATGAAATACAACCAATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AACCACCAAAT-CACAG--TATTACATA--AT-TTTT-ATAATAATAAAT------TATA-TATATTTACTG--TTATA-ATAATGTACATTTATTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTCAAAAC-TAGACC---GAAGTTGCTTTACGGGT-CT-A-AT--ATAACA---GGAAAGAGACACACAT---TATCAACAT-------GTTACTTATA--ATTAA-A-A--CAG--C-AAGATGACAATTCTGAC--TA------T-T--TGTAATTCATTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTT-----GTTATCA---TAGA-T-TATACCACAT---ATGTATATT----TA----AAGTAGT----TATCACAGTTAT-ACTTGAATGAgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|1 : agatacatTTATT-TTGAAT----A--------TAGAT--GTCATT--AATACAA-CAAATATCACAGATA--AAT-AT----TACAAAAAA-T-A--C-AAAAATTAAAT-CAC-A-TTATT--ACATTATATTTTCTTTATTATCAACTACATGTACAATATATT-A-TG--TTACA-TTTAAATACATAGAGTTCAGACACATATAATACACAGGATAAACCATCAAGTTGTTCAAAATACCTTATGAAAA-------------TATAAATATCAATG------TTTCAAAATATTGGCTGTAGTAA---CTATGTGGACTCT-A-AT--------------------------T---CAA-------------GTTACTTAGACTACTAA-GTA--TAA--C-AA-AGAAAAAC----A----ACA---AG-T--TAGAGTACATTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTT-----ATTACCA---CAGA-G-TATATAAAATCTAATTAACGTT----CA----A----------------AG-AAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAATtga
gi|18 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagatTATTCATGAAT----AAACATGTGT------GTCATT--ATTACAA-CAAATATCACAGATATAAATTATTCAACAC-AAAAACT-A--C-AAGTATTAAATACAGTA-TTACTCAGT------TTTTCATAATTATCAAC------TATctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|17 : gtagatagatgATTCGTGAATGTATA--------T------GTC-ACGAAATGCAAACAATTAACACAGATA--AAT-AT----CACAAAAAA-T-A--T-AAATATTAAAT-CAC-A-TTATTACA---TAC-TTTTCATAGTTATCAAT------TATAGTGTATA-ATTG--TTACA-ATTAGGTcac
gi|8 : gataaatttagattaAT----A--------T------GTC-ATGAGATACAAACAATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AAATATTAAAT-CACAG--TATTACA---TAC-TTTTCAGAATTAGTAAT------TATAATATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTA-TATATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNN------TCTCAAAATATTTTCCATAATAG---CTT-------------GT--A--ACA---GGGAAGAGCTACTCAA---TAT-------------ATTACTTATA--ATCAA-A-A--TAA--C-AACAAGATAACTCT-----TA-A-CTAT-T--TGTAGTTCATTTAAGATATT-ACATT---------TCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---
gi|11 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatctatttgtcaatatAT----A---------------GTC-ATGAAATAAAAACAATTATCACAGATA--CAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AAATATTAA-T-CACAG--TATTACA---TAC-TTTCCATAATTATCAAT------TGTAGTATATT-GCTG--TTA
gi|14 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatttattcgtcaatatgtatatatatatatcAT----A--------T------GTC-ATGAA-CGCAAA----TATCACATATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-A--C-AAATATCAACT-CACAG--TATT--AGA-TAC-TTTTAATAATTATCAAA------CATAAT---TT-TCTGATTTACACATTttat
gi|21 : gatttatttgtgtatatacacgtAT----A--------T------GTC-ACGAA-TACAA-CAAATATCACAGATA--AAT-AT----TAC-AAAAA-TCA--CTAAC-ATTAAttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|10 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatattttcattgatgaatT----A--------T------TTC-ATGAA-TACAAGCAAATATCACCAGTA--AAT-AT----TAC-AAAAA-T-A--T-AAATATTAAAT-CACAG--TATTGCATA--A--TTCTCACAACTGTCAAC------TGTAATATATT-ACTG--TTACN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNNATATT-AGG------TCTCAAAATATTacc
gi|5 : TGAAATACAAACAATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AAAAA-T-T--T-AA-TAATAAAT-CACAG--TATTACA---TAC-GTTCCATAATAATCAAT------TATAGTATATT-GCTG--TTATA-ATTTGGTAC
gi|9 : cgTAT-TTTTCATAATTTTCTAT------TATAGCATATC-AATG--TTACA-ATTAGGTACatacatttgaggcatatagattacacagtttatgaaaaaaaaaatatatcaaggtctcaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaggctgtagtagctttatggacttaatataacagggaagagctatacatatgtatattacttataattaaaaacaattagatgacaacagtaaccgtaactatttgtagctcatttaagatttccttatattcacgtgtgttcttcacagaatatatcaaatttttatatttaaatcaattatcccagaaagtcttgaatgatgacatacatatcacagaaacaatcttgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|3 : TTATAACTATCAAGG------TCTTAAAGAATTGGCCGCAGTAG---CTTTATGGAC-CT-A-ATGGA--ACA---AGAAAGAATTGTACTT---TAT-------------ATTACTTATG--ATTAA-A-GATCAA--C-AAGAGAGCAACTCTGAC--TA------T-T--TGTAGTTCATTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTT-----ATAATCA---CAGA-A-TATATCAAAT---ATTTATGTT----TA----AATCAGT----TAACACAG-AAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAAatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcttcgtggacctaatataacagggtagtgttagacattatgttacttatgatttaaaagctaagaagacaactcttatagtttgtagttcatttcagattttaaattccctgacattcatgtgtgttcttattatcacagaataaatcaaatatttatatttaaatcaattatcaca
gi|5 : AG---CTTTATGGAC-TT-A-AT--ATAACA---GGGAAGAGCTATACATATGTAT-------------ATTACTTATA--ATTAA-A-AA-CAA--T-TAGATGACAACAGTAACCGTA-A-CTAT-T--TGTAGCTCATTTAAGATTT--------CCTTATATTCACGTGTGTTCTT----------CA---CAGA-A-TATATCAAAT---TTTTATATT----TA----AA----TCAATTATCCCAG-AAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|9 : cgtgaaatacaaacaattatcacagataaatatcacaaaaatttaataataaatcacagtattacatacgttccataataatcaattatagtatattgctgttataatttggtacatacatttgaggcatatagattacacagtttatgaaaaaaaaaatatatcaaggtctcaaaaaaaaaaaaaaagaaaaaaaaaggctgtagtAG---CTTCGTGGAC-CT-A-AT--ATAACA---GGGTAGTGTTAGACAT---TAT-------------GTTACTTATG--ATTTA-A-A---AG--CTAAGAAGACAACTCT-----TATA---GT-T--TGTAGTTCATTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---CAGA-A-TAAATCAAAT---ATTTATATT----TAAATCAA----T----TATCACActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|2 : tatttttcataattttctattatagcatatcaatgttacaattaggtacatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAG---CTATGTGGAC-TT-A-AT--T--CTATTCAGCAA-AGCTATAGAT---TACTTATAACACATACGTTACTTATA--A--AAGA-A--CAA--A-GAAAG-ACAACTCTGAC--TAGT-TTTTGT--TGTAGTAGATTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT---------ATGGTCA---AAGAATATATATCAAAT----------------TG----GA----T----TAC---AG-AAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|16 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgttttatacgggatagcctattaaatgttattcatcacttattttcaatgggttcttataaaaaaatacatggtaatggctacatcTTTA-A-A--CAA--A-GAAAG-ACAACTCTTAC--TA-G-TTAC-TGTTATAGTACGTTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTATCA---GAGA-C-TATTGC--AT---ATTTGTACT----GAAATTAA----T----TATCATAG-AATG------ATGAC-ACACAGAT-GTcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|20 : gACCTTGAC--TCTAGTTAC-TGTTGTA--CAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTT-----TTTATCATCTCAGA-gata
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|13 ): TAGATCACACTTATAACGTAGTTATTCCTATATATCAACTACAGCAAAATATATTACTGTTTCGTGTAAACACATAGATTTAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATAAGTCAACTTACTTTCAATGGGGTCCTTATGAAAAAAAAATCAAGGTCTCAAAATATTGAC
Unaligned ( gi|15 ): GATAGATAGATAGATTTTAGTCGTGAATATACATGCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATAAATATCACGAAATTACAAATACAAATATTAGATCACAGCATTACCTACATTTAAAGTACATAGACTTGAGACATATATG
Unaligned ( gi|19 ): ATTCGTATATATAATTATATACATGTCATGAATACGACAGATATCACAAATACATATCACAAAATACAAAAATGTACACATATTAAATCACACTGTAATGTATTTTCATTAATATCAACAATAATATATTA
Unaligned ( gi|22 ): TAGATTTGAGAGATATTTATTGCACATACCTTATTGCACACCTTTTGGGTTTTAAAACTTATTTCCATTAGAGTCCTCATGAAAGAAATAGTTGTCTCAAAATATTGAC
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444 11 111111111111111 1111 11111111111 222 222222 111111111111 2222222222222222222 5555555555555555555555555555555 22222222222222222 1111111 111111 111111111111111111 3333333333333333
lowQualScore : 2 6666 555555555555555 44 2 9 777777777777777 1 33 2 0000 888888 22222222222 2 2 000 33 555555 55 2 666666666666 3 44 3 3 0000000000000000000 0 777 1 33 1 44 44 66 777 1 2222222222222222222222222222222 1 4 4 4 0 88888888888888888 4 1 4 2222222 7777 66 9999 777 222222 4 4 55 777 2 5 55 444444444444444444 0 3 3 55 2 33 99999 666 1 66 7777777777777777 2 5 2
lowQualScore : . .... ............... .. . . ............... . .. . .... ...... ........... . . ... .. ...... .. . ............ . .. . . ................... . ... . .. . .. .. .. ... . ............................... . . . . . ................. . . . ....... .... .. .... ... ...... . . .. ... . . .. .................. . . . .. . .. ..... ... . .. ................ . . .
lowQualScore : 3 5555 222222222222222 99 9 5 999999999999999 0 99 9 0000 222222 11111111111 9 9 555 99 888888 99 9 555555555555 1 66 3 6 1111111111111111111 2 888 0 88 2 22 77 11 111 0 2222222222222222222222222222222 8 0 0 0 9 00000000000000000 9 7 4 8888888 1111 11 4444 888 888888 0 0 55 777 3 7 55 444444444444444444 5 6 4 77 3 77 11111 444 0 11 4444444444444444 8 7 5
consensus : TTATTCGTGAAT----A--------TA-A---GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATATANT------TNAGAC--ATATA---TATTACACGGGATAANCCAT-TAA--GTTA--TNCA--ANTTACTTTGAGANANTTNT-------TATANAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( family-803 ) : TTATTCGTGAAT----A--------T------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATNNANT------TNANAC--ACATA---TANTACACGGGATAANCCAT-CAA--GTTN--TNCA--ANNTACCNTGNGANANTTAT-------TNTATAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-ATTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTATGTTCTT-----ATTATCA---CAGANTATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGNCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|1 : TTATTT-TGAAT----A--------TAGAT--GTCATTAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TACAA------AA---------AAT-ACAAAAATTAAATCAC-A-TTATT--AC--ATTATA--TT-TTCTTTATTATCAACTACATGTACAA-----TATATT-A-TG--TTACA-TTTAA-ATACATAGAGT------TCAGAC--ACATA---TAATACACAGGATAAACCAT-CAA--GTTG--TTCA--AAATACCTTATGAAA-------------ATATAA-ATAT-CAATGTTTCAAAA-TATT-----------------GGCTGTAGTAACTATGTGGACTCTAAT----T----CA---------A--GTT----AC---T---TAG------ACTAC---TAAGT-AT-AA--CAAA-GA-AAAAC--AAC----A------A-GTTA-----G-AGTACA-TTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTT-----ATTACCA---CAGAGTATAT---AAA-ATCTA-ATT----------AA----CGTTCAAAGAAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAAT
gi|10 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagatT----A--------T------TTCATGAA--T-ACAAGC---------------AAATATCACCAGTA--AAT-AT----TACAA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-AG-TATT--GC-----ATAA-TT-CTCACAACTGTCAACTGTA------A-----TATATT-ACTG--TTACN-NNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNN--NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-ATAT-T-AGGTCTCAAAA-TATT-----------------ctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|11 : AT----A---------------GTCATGAA-AT-AAAAAC---------------AATTATCACAGATA--CAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATT-AATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TCCATAATTATCAATTGTA------G-----TATATT-GCTG--TTA
gi|13 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatttattcgtcaatatgtatatatatatatcTAGATCAC-ACTTATA--AC--G---TAG-TTATTCCTATATATCAACTACA------GCAAAATATATT-ACTG--TTTCG-TGTAA-ACACATAGATT------TAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATAAG---T-CAA--CTTACTTTCA--A-------TGGGGTCCTTAT-------GAAAAAA-AAAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GACttat
gi|14 : TATACACGTAT----A--------T------GTCATGAA-----CG--C---------------AAATATCACATATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATCAACTCAC-AG-TATT--A---G--ATAC-TT-TTAATAATTATCAAACATA------A-----T---TT-TCTGATTTACACATT
gi|15 : gatttatttgtgtaTTAGTCGTGAAT----A--------TACAT--GCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATA--AAT-AT----CACGAAATTACAA---------A-T-ACAAATATTAGATCAC-AG-CATT--AC--ttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|15 : gatagatagatagattTACA-TTTAAAGTACATAGACT------TGAGAC--ATATA---Tctacatttaaagtacatagacttgagacatatatg
gi|16 : gatagatagatagattttagtcgtgaatatacatgctatggatacgacaaactttaatcacagagataaatatcacagataaatatcacgaaattacaaatacaaatattagatcacagcattaccTT-TA-AA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTTAC--T--A-GTTACTGTTATAGTACG-TTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTATCA---GAGACTATTG--C--ATATTTGTACT----GAAATTAA----TTATCATA---------GAATGATGACACACAG-ATg
gi|17 : gATTCGTGAATGTATA--------T------GTCACGAA-AT-GCAAAC---------------AATTAACACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------AAT-ATAAATATTAAATCAC-A-TTATT--AC--A---TAC-TT-TTCATAGTTATCAATTATA------G-----TGTATA-ATTG--TTACA-ATTAG-GTgtgata
gi|18 : gataaatttagattaTATTCATGAAT----AAACATGTGT------GTCATTAT--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATATAAATTATTCAACACAA------AA---------ACT-ACAAGTATTAAAT-AC-AGT-ATT--ACTCA--GT---TT-TTCATAATTATCAACTAT
gi|19 : gtagatagatgAC----A--------T------GTCATGAA--T-ACGA-C---------------AGATATCACAAATA--CAT-AT----CACAA------AATACAAAAATG-T-ACACATATTAAATCAC-----ACT--GT--A--ATGTATT-TTCATTAATATCAACAATA------A-----TATATT-Acac
gi|2 : attcgtatatataattatatTATACGGGATAGCCTAT-TAAATGTTA--TTCATCACTTATTTTCAATGGGTTCT-------TATAAAA-AAATACATGGT-----AA-T--------------------GGCTACATCAGCTATGTGGAC-TTAATTCTATTCAGCAAAGCTATAGATTACTTATAACACAT----AC------GTTACTTATAA---AAGAA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTGAC--T--A-GTTTTTGTTGTAGTAGA-TTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT---------ATGGTCA---AAGAATATATATCAAAT-------------TG----GA----TTA---CAGAAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|20 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgtttACCTTGAC--TCTA-GTTACT---GTTGTACAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTT-----TTTATCATCTCAGAATcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|21 : tctttttccggttacaggtcaggagtcttcttagactgtaaagttgTCATTGATGAAT----A--------TAT----GTCACGAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TACAA------AA---------A-TCACTAACATTAAACC
gi|3 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatatttTATAA-CTAT-CAAGGTCTTAAAG-AATT-----------------GGCCGCAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---GG--AACAAGA--A-AGA--ATT----GTACTT---TAT------ATTACTTATGATT-AA-AGATCAAC-AAGAGAGC--AACTCTGAC--T--A-----TT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTT-----ATAATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AATCAGTTAACACAGAAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAA
gi|4 : tTTATTTGTGAAT----A--------TATAT--GTCATGAA-AT-CAAAAC---------------AAATATCACAGATA--AAT-ATAA--CAAAA------AA---------A-A-ACAAATATTAA------AG-TATT--AC-----ACAC-TC-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATA-A-ACTG--TAACA-ATTAG-GTACATATAAT------TAATAC--ATATA---TATTATACGAAATAACCCAT-TAA--GTTT--TACA--ATTTACTATGA-ATACTTATGAAAAAATATATGA-ATAT-CAAGATCTCAAAC-TATT-----------------GACCGTTTAAGCTGTATGAAC-CTTAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACATAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--TAAA-ACAAGGACAAAAATCTG---------ATTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTT-----ATTATCA---AAGGATAGAT--CAACTATTTATATTAAAATC----AA----TTATCACAGAAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATTaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|5 : cttatcatagatagatatatCGTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-TTAA-TAATAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAC-GT-TCCATAATAATCAATTATA------G-----TATATT-GCTG--TTATA-ATTTG-GT-----------------------ACATA---CATT--------TGAGGCATATAG--ATTA--CACA--GTTTA---TGAAAAAA--------------AAAATATAT-CAAGGTCTCAAAA-AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGCTGTAGTAGCTTTATGGAC-TTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ATACATATGTAT------ATTACTTATAATTAAA-AA--CAAT-TAGATGAC--AACAGTAACCGT--A-ACTATT--TGTAGCTCA-TTTAAG--------ATTTCCTTATATTCACGTGTGTTCT----------TCA---CAGAATATAT--CAAATTTTTATATT----TAAATCAA----TTATCCCAGAAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|6 : TTGTTCGTGAAT----A--------TATAAATGTCATGAA-AT-ACAACC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAACCACCAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAA-TT-TTTATAATAATAAATTATA------------TATATTTACTG--TTATA-ATAAT-GTACATTTATTCNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNN--NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAACTA-------------------GACCGAAGTTGCTTTACGGGT-CTAAT---AT--AACAGGA--A-AGA--GAC----ACACAT---TATCAACATGTTACTTATAATT-AA-AA--CAGC-AAGATGAC--AATTCTGAC--T--A-----TT--TGTAATTCA-TTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTT-----GTTATCA---TAGATTATAC--CACATATGTATATT----TA----AAGTAGTTATCACAGTTATACTTGAATGATGActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|7 : agatacatTTATTCTTGAAT----A--------T------GTCTTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAACTATTAATTCACTACTTATTCCAT--A--TTAC-TT-TTCATAATCATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNN--NNNN--NNNNNNNNNNNNATGATTTT-------TTTATAA-ATAT-TAAGGTCTCAAAA-TGTT-----------------GACCATTGAAGCTTTATGGAC-CTAAT---A----ATAGGA--A-AGA--GCT----ATACAT---TAT------GTT-CTTATAATT-AA-AA--CAAC-AAGAGCAC--AACTCTGAC--T--ACATTATT--TGTAGTTAA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---CAGATTATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AA----TTATCATAGAATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|8 : TATTTGTCAAT----A--------TATAT--GTCATGAG-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TTCAGAATTAGTAATTATA------A-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTATATATA-N------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--NNNN--NNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAA-TATT-----------------TTCCATAATAGCT-------------T---GT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACTCAA---TAT------ATTACTTATAATC-AA-AA--TAAC-AACAAGAT--AACTCT-----T--A-ACTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATATT-ACAT---------TTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---
gi|9 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatcTAT-TT-TTCATAATTTTCTATTATA------G-----CATATC-AATG--TTACA-ATTAG-GTACATATA
gi|9 : TAGCTTCGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--T-AGT--GTT----AGACAT---TAT------GTTACTTATGATT-TA-AA---AGCTAAGAAGAC--AACTCTTA---T--A-GTT-----TGTAGTTCA-TTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTT-----ATTATCA---CAGAATAAAT--CAAATATTTATATT----TAAATCAA----TTATCACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcttcgtggacctaatataacagggtagtgttagacattatgttacttatgatttaaaagctaagaagacaactcttatagtttgtagttcatttcagattttaaattccctgacattcatgtgtgttcttattatcacagaataaatcaaatatttatatttaaatcaattatcaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|22 ): TAGATTTGAGAGATATTTATTGCACATACCTTATTGCACACCTTTTGGGTTTTAAAACTTATTTCCATTAGAGTCCTCATGAAAGAAATAGTTGTCTCAAAATATTGAC
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777 11 111111111111111 1111 11111111111 222 222222 111111111111 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222 1111111 111111 1111111111111111 111 3333333333333333
lowQualScore : 44 999999999999999999 44 2 9 777777777777777 1 33 2 0000 888888 22222222222 2 2 000 33 555555 55 2 666666666666 3 44 3 3 1 5 222222 1 66 777 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 4 4 4 0 88888888888888888 4 4 2222222 7777 66 9999 777 222222 4 4 55 777 2 5 55 2 5555555555555555 0 3 3 55 2 33 55 000 66 7777777777777777 3 5 2
lowQualScore : .. .................. .. . . ............... . .. . .... ...... ........... . . ... .. ...... .. . ............ . .. . . . . ...... . .. ... . .................................................... . . . . . ................. . . ....... .... .. .... ... ...... . . .. ... . . .. . ................ . . . .. . .. .. ... .. ................ . . .
lowQualScore : 66 000000000000000000 99 9 5 999999999999999 0 99 9 0000 222222 11111111111 9 9 555 99 888888 99 9 555555555555 1 66 3 6 7 3 888888 0 11 888 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 0 0 9 00000000000000000 9 4 8888888 1111 11 4444 888 888888 0 0 55 777 3 7 55 8 2222222222222222 5 6 4 77 3 77 00 000 11 4444444444444444 2 7 5
consensus : TTATTCGTGAAT--ATAT------AT---------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATAACCCATTAA--GTTNTTCA--ACTTACTTT----GAGANANTTNT-------TATANAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( family-803 ) : TTATTCGTGAAT--ATA-------A----------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATATANT------TNAGAC--ATATA---TATTACACGGGATAANCCATTAA--GTTATNCA--ANTTACTTT----GAGANANTTNT-------TATANAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|1 : TTATTT-TGAAT--ATA-------GAT--------GTCATTAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TACAA------AA---------AAT-ACAAAAATTAAATCAC-A-TTATT--AC--ATTATA--TT-TTCTTTATTATCAACTACATGTACAA-----TATATT-A-TG--TTACA-TTTAA-ATACATAGAGT------TCAGAC--ACATA---TAATACACAGGATAAACCATCAA--GTTGTTCA--AAATACCTT----ATGAAA-------------ATATAA-ATAT-CAATGTTTCAAAA-TATT-----------------GGCTGTAGTAACTATGTGGACTCTAAT----T----CA---------A--GTT----AC---T---TAG------ACTAC---TAAGT-AT-AA--CAAA-GA-AAAAC--AAC----A------A-GTTA-----G-AGTACA-TTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTTATT--ACCA---CAGAGTATAT---AAA-ATCTA-ATT----------AA----CGTTCAAAGAAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAAT
gi|10 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagatTCATGAA--T-ACAAGC---------------AAATATCACCAGTA--AAT-AT----TACAA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-AG-TATT--GC-----ATAA-TT-CTCACAACTGTCAACTGTA------A-----TATATT-ACTG--TTACN-NNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-ATAT-T-AGGTCTCAAAA-TATT-----------------ctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|11 : tattAT--ATATCAT---A----------GTCATGAA-AT-AAAAAC---------------AATTATCACAGATA--CAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATT-AATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TCCATAATTATCAATTGTA------G-----TATATT-GCTG--TTA
gi|13 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatttattcgtcaatatgtatatatTAGATCAC-ACTTATA--AC--G---TAG-TTATTCCTATATATCAACTACA------GCAAAATATATT-ACTG--TTTCG-TGTAA-ACACATAGATT------TAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATAA----------GT----CA--ACTTACTTTCAATGGGGTCCTTAT-------GAAAAAA-AAAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GACttat
gi|14 : TTATTTGTGTAT--ATACACGTATAT---------GTCATGAA-----CG--C---------------AAATATCACATATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATCAACTCAC-AG-TATT--A---G--ATAC-TT-TTAATAATTATCAAACATA------A-----T---TT-TCTGATTTACACATT
gi|15 : gatTTAGTCGTGAAT--ATAC------AT---------GCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATA--AAT-AT----CACGAAATTACAA---------A-T-ACAAATATTAGATCAC-AG-CATT--AC--ttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|15 : gatagatagatagattTACA-TTTAAAGTACATAGACT------TGAGAC--ATATA---Tctacatttaaagtacatagacttgagacatatatg
gi|16 : gatagatagatagattttagtcgtgaatatacatgctatggatacgacaaactttaatcacagagataaatatcacagataaatatcacgaaattacaaatacaaatattagatcacagcattaccTT-TA-AA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTTAC--T--A-GTTACTGTTATAGTACG-TTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTAT--CAGAGACTAT--TGCATATTTGTACT----GAAATTAA----TTATCATA---------GAATGATGACACACAG-ATg
gi|17 : gATTCGTGAATGTATA-------T----------GTCACGAA-AT-GCAAAC---------------AATTAACACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------AAT-ATAAATATTAAATCAC-A-TTATT--AC--A---TAC-TT-TTCATAGTTATCAATTATA------G-----TGTATA-ATTG--TTACA-ATTAG-GTgtgata
gi|18 : gataaatttagattaTATTCATGAAT--A-A-------ACATGTGT---GTCATTAT--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATATAAATTATTCAACACAA------AA---------ACT-ACAAGTATTAAAT-AC-AGT-ATT--ACTCA--GT---TT-TTCATAATTATCAACTAT
gi|19 : gtagatagatgATTCGTATAT--ATA-------ATTATATACATGTCATGAA--T-ACGA-C---------------AGATATCACAAATA--CAT-AT----CACAA------AATACAAAAATG-T-ACACATATTAAATCAC-----ACT--GT--A--ATGTATT-TTCATTAATATCAACAATA------A-----TATATT-Acac
gi|2 : TTATACGGGATAGCCTATTAAATGTTATTCATCACTTATTTT----CAATGGGTTCT-------TATAAAA-AAATACATGGT-----AA-T--------------------GGCTACATCAGCTATGTGGAC-TTAATTCTATTCAGCAAAGCTATAGATTACTTATAACACAT----AC------GTTACTTATAA---AAGAA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTGAC--T--A-GTTTTTGTTGTAGTAGA-TTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT----ATG--GTCA---AAGAATATATATCAAAT-------------TG----GA----TTA---CAGAAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|20 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgttACCTTGAC--TCTA-GTTACT---GTTGTACAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTTTTT--ATCATCTCAGAATcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|21 : tctttttccggttacaggtcaggagtcttcttagactgtaaagttgTCATTGATGAAT--ATA-------T----------GTCACGAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TACAA------AA---------A-TCACTAACATTAAACC
gi|3 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatatttTATAA-CTAT-CAAGGTCTTAAAG-AATT-----------------GGCCGCAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---GG--AACAAGA--A-AGA--ATT----GTACTT---TAT------ATTACTTATGATT-AA-AGATCAAC-AAGAGAGC--AACTCTGAC--T--A-----TT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTTATA--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AATCAGTTAACACAGAAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAA
gi|4 : tTTATTTGTGAAT--ATAT------AT---------GTCATGAA-AT-CAAAAC---------------AAATATCACAGATA--AAT-ATAA--CAAAA------AA---------A-A-ACAAATATTAA------AG-TATT--AC-----ACAC-TC-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATA-A-ACTG--TAACA-ATTAG-GTACATATAAT------TAATAC--ATATA---TATTATACGAAATAACCCATTAA--GTTTTACA--ATTTACTAT----GA-ATACTTATGAAAAAATATATGA-ATAT-CAAGATCTCAAAC-TATT-----------------GACCGTTTAAGCTGTATGAAC-CTTAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACATAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--TAAA-ACAAGGACAAAAATCTGA---------TTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTTATT--ATCA---AAGGATAGAT--CAACTATTTATATTAAAATC----AA----TTATCACAGAAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATTaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|5 : cttatcatagatagatatatCGTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-TTAA-TAATAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAC-GT-TCCATAATAATCAATTATA------G-----TATATT-GCTG--TTATA-ATTTG-GTACATACATT------TGAGGC--ATATA---GATTACAC--------------A--GTT----------TA---T----GAAAAAA--------------AAAATATAT-CAAGGTCTCAAAA-AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGCTGTAGTAGCTTTATGGAC-TTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ATACATATGTAT------ATTACTTATAATTAAA-AA--CAAT-TAGATGAC--AACAGTAACCGT--A-ACTATT--TGTAGCTCA-TTTAAG--------ATTTCCTTATATTCACGTGTGTTCT-------TCA---CAGAATATAT--CAAATTTTTATATT----TAAATCAA----TTATCCCAGAAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|6 : TTGTTCGTGAAT--ATATAA----AT---------GTCATGAA-AT-ACAACC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAACCACCAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAA-TT-TTTATAATAATAAATTATA------------TATATTTACTG--TTATA-ATAAT-GTACATTTATTCNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAACTA-------------------GACCGAAGTTGCTTTACGGGT-CTAAT---AT--AACAGGA--A-AGA--GAC----ACACAT---TATCAACATGTTACTTATAATT-AA-AA--CAGC-AAGATGAC--AATTCTGAC--T--A-----TT--TGTAATTCA-TTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTTGTT--ATCA---TAGATTATAC--CACATATGTATATT----TA----AAGTAGTTATCACAGTTATACTTGAATGATGActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|7 : agatacatTTATTCTTGAAT--AT-------------------GTCTTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAACTATTAATTCACTACTTATTCCAT--A--TTAC-TT-TTCATAATCATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNATGATTTT-------TTTATAA-ATAT-TAAGGTCTCAAAA-TGTT-----------------GACCATTGAAGCTTTATGGAC-CTAAT---A----ATAGGA--A-AGA--GCT----ATACAT---TAT------GTT-CTTATAATT-AA-AA--CAAC-AAGAGCAC--AACTCTGAC--T--ACATTATT--TGTAGTTAA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGATTATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AA----TTATCATAGAATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|8 : TATTTGTCAAT--ATAT------AT---------GTCATGAG-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CACAA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TTCAGAATTAGTAATTATA------A-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTATATATA-N------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAA-TATT-----------------TTCCATAATAGCT-------------T---GT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACTCAA---TAT------ATTACTTATAATC-AA-AA--TAAC-AACAAGAT--AACTCT-----T--A-ACTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATATT-ACAT---------TTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---
gi|9 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatcTAT-TT-TTCATAATTTTCTATTATA------G-----CATATC-AATG--TTACA-ATTAG-GTACATATA
gi|9 : TAGCTTCGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--T-AGT--GTT----AGACAT---TAT------GTTACTTATGATT-TA-AA---AGCTAAGAAGAC--AACTCTTA---T--A-GTT-----TGTAGTTCA-TTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATAAAT--CAAATATTTATATT----TAAATCAA----TTATCACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagcttcgtggacctaatataacagggtagtgttagacattatgttacttatgatttaaaagctaagaagacaactcttatagtttgtagttcatttcagattttaaattccctgacattcatgtgtgttcttattatcacagaataaatcaaatatttatatttaaatcaattatcaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|22 ): TAGATTTGAGAGATATTTATTGCACATACCTTATTGCACACCTTTTGGGTTTTAAAACTTATTTCCATTAGAGTCCTCATGAAAGAAATAGTTGTCTCAAAATATTGAC
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 111111111111111 1111 111111111 222 222222 111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222 1111111 111111 1111111111111111 111 3333333333333333
lowQualScore : 7777 0000000000000000000000000 44 2 9 777777777777777 1 33 2 0000 2 888888 111111111 5 2 2 000 33 555555 55 2 666666666666 3 44 3 3 1 4 000000 3 55 666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 3 3 3 1 3 44444444444444444444 1 0 4 4 2222222 7777 66 9999 777 222222 4 4 55 777 2 5 55 2 5555555555555555 0 3 3 55 2 33 55 000 66 7777777777777777 3 5 2
lowQualScore : .... ......................... .. . . ............... . .. . .... . ...... ......... . . . ... .. ...... .. . ............ . .. . . . . ...... . .. ... ............................................................................ . . . . . . .................... . . . . ....... .... .. .... ... ...... . . .. ... . . .. . ................ . . . .. . .. .. ... .. ................ . . .
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666 99 9 5 999999999999999 0 99 9 0000 9 222222 444444444 7 9 9 555 99 888888 99 9 555555555555 1 66 3 6 0 5 555555 7 00 444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 3 3 3 7 3 22222222222222222222 8 1 9 4 8888888 1111 11 4444 888 888888 0 0 55 777 3 7 55 8 2222222222222222 5 6 4 77 3 77 00 000 11 4444444444444444 2 7 5
consensus : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( family-803 ) : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTTCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|1 : TTATTT-TGAATA----TA------GA--T--------------GTCATTAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------AAT-ACAAAAATTAAATCAC-A-TTATT--AC--ATTATA--TT-TTCTTTATTATCAACTACATGTACAA-----TATATT-A-TG--TTACA-TTTAA-ATACATAGAGT------TCAGAC--ACATA---TAATACACAGGATA-----------AACCATCAA--GTTGTTCA--AAATACCTT----ATG-AAA-------------AT---ATAA-ATA-T-CAATGTTTCAAAA-TATT-----------------GGCTGTAGTAACTATGTGGACTCTAAT----T----CA---------A--GTT----AC---T---TAG------ACTAC---TAAGT-AT-AA--CAAA-GA-AAAAC--AAC----A------A-GTTA-----G-AGTACA-TTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTTATT--ACCA---CAGAGTATAT---AAA-ATCTA-ATT----------AA----CGTTCAAAGAAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAAT
gi|10 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagat------TA--T--------------TTCATGAA--T-ACAAGC---------------AAATATCACCAGTA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-AG-TATT--GC-----ATAA-TT-CTCACAACTGTCAACTGTA------A-----TATATT-ACTG--TTACN-NNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-ATA-T-T-AGGTCTCAAAA-TATT-----------------ctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|11 : TTATTCGTCAATA----TG------TA--TATATATATATCATAGTCATGAA-AT-AAAAAC---------------AATTATCACAGATA--CAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATT-AATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TCCATAATTATCAATTGTA------G-----TATATT-GCTG--TTA
gi|13 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatTAGATCAC-ACTTATA--AC--G---TAG-TTATTCCTATATATCAACTACA------GCAAAATATATT-ACTG--TTTCG-TGTAA-ACACATAGATT------TAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATA-----------A----------GT----CA--ACTTACTTTCAATGGG-GTCCTTAT-------GAA---AAAA-AAA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GACttat
gi|14 : TTATTTGTGTATA----TACACGTATA--T--------------GTCATGAA-----CG--C---------------AAATATCACATATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATCAACTCAC-AG-TATT--A---G--ATAC-TT-TTAATAATTATCAAACATA------A-----T---TT-TCTGATTTACACATT
gi|15 : gatTTAGTCGTGAATA----TA------CA--T--------------GCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATA--AAT-AT----CAC-GAAATTACAA---------A-T-ACAAATATTAGATCAC-AG-CATT--AC--ttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|15 : gatagatagatagattTACA-TTTAAAGTACATAGACT------TGAGAC--ATATA---Tctacatttaaagtacatagacttgagacatatatg
gi|16 : gatagatagatagattttagtcgtgaatatacatgctatggatacgacaaactttaatcacagagataaatatcacagataaatatcacgaaattacaaatacaaatattagatcacagcattaccTT-TA-AA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTTAC--T--A-GTTACTGTTATAGTACG-TTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTAT--CAGAGACTAT--TGCATATTTGTACT----GAAATTAA----TTATCATA---------GAATGATGACACACAG-ATg
gi|17 : gATTCGTGAATG----TA------TA--T--------------GTCACGAA-AT-GCAAAC---------------AATTAACACAGATA--AAT-AT----CACAAA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-A-TTATT--AC-----ATAC-TT-TTCATAGTTATCAATTATA------G-----TGTATA-ATTG--TTACA-ATTAG-GTgtgata
gi|18 : gataaatttagattaTATTCATGAATAAACATG------TG--T--------------GTCATTAT--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATATAAATTATTCAACAC-AA------AA---------ACT-ACAAGTATTAAAT-AC-AGT-ATT--ACTCA--GT---TT-TTCATAATTATCAACTAT
gi|19 : gtagatagatgATA----TA------CA--T--------------GTCATGAA--T-ACGA-C---------------AGATATCACAAATA--CAT-AT----CAC-AA------AATACAAAAATG-T-ACACATATTAAATCAC-----ACT--GT--A--ATGTATT-TTCATTAATATCAACAATA------A-----TATATT-Acac
gi|2 : attcgtatatataattTTATACGGGATA-----------GCCTATTAAATGTTATTCATCACTTATTTT----CAA-TGGGTTCT-------TAT---AAAA-AAA-TACATGGT-----AA-T--------------------GGCTACATCAGCTATGTGGAC-TTAATTCTATTCAGCAAAGCTATAGATTACTTATAACACAT----AC------GTTACTTATAA---AAGAA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTGAC--T--A-GTTTTTGTTGTAGTAGA-TTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT----ATG--GTCA---AAGAATATATATCAAAT-------------TG----GA----TTA---CAGAAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|20 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgttACCTTGAC--TCTA-GTTACT---GTTGTACAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTTTTT--ATCATCTCAGAATcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|21 : tctttttccggttacaggtcaggagtcttcttagactgtaaagttgTCATTGATGAATA----TA------T------------------GTCACGAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------A-TCACTAACATTAAACC
gi|22 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatatttTAGATT------TGAGAG--ATATT---TATTGCAC---ATACCTTATTGCACACCTTTTGG--GTTTTAAA--ACTTATTTC----CATTAGAGTCCT-------CATGAAAGAA-ATAGT-T---GTCTCAAAA-TATT-----------------GAC
gi|3 : T---ATAA-CTA-T-CAAGGTCTTAAAG-AATT-----------------GGCCGCAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---GG--AACAAGA--A-AGA--ATT----GTACTT---TAT------ATTACTTATGATT-AA-AGATCAAC-AAGAGAGC--AACTCTGAC--T--A-----TT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTTATA--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AATCAGTTAACACAGAAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAA
gi|4 : tTTATTTGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-CAAAAC---------------AAATATCACAGATA--AAT-ATAA--CAA-AA------AA---------A-A-ACAAATATTAA------AG-TATT--AC-----ACAC-TC-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATA-A-ACTG--TAACA-ATTAG-GTACATATAAT------TAATAC--ATATA---TATTATACGAAATA-----------ACCCATTAA--GTTTTACA--ATTTACTAT----GA--ATACTTATGAAAAAATAT---ATGA-ATA-T-CAAGATCTCAAAC-TATT-----------------GACCGTTTAAGCTGTATGAAC-CTTAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACATAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--TAAA-ACAAGGACAAAAATCTGA---------TTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTTATT--ATCA---AAGGATAGAT--CAACTATTTATATTAAAATC----AA----TTATCACAGAAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATTaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|5 : cttatcatagatagatatatCGTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-TTAA-TAATAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAC-GT-TCCATAATAATCAATTATA------G-----TATATT-GCTG--TTATA-ATTTG-GTACATACATT------TGAGGC--ATATA---GATTACAC-------------------------A--GTT----------TA---T----GAA-AAAA-----------------AAAATATA-T-CAAGGTCTCAAAA-AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGCTGTAGTAGCTTTATGGAC-TTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ATACATATGTAT------ATTACTTATAATTAAA-AA--CAAT-TAGATGAC--AACAGTAACCGT--A-ACTATT--TGTAGCTCA-TTTAAG--------ATTTCCTTATATTCACGTGTGTTCT-------TCA---CAGAATATAT--CAAATTTTTATATT----TAAATCAA----TTATCCCAGAAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|6 : TTGTTCGTGAATA----TA------TAAAT--------------GTCATGAA-AT-ACAACC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAACCACCAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAA-TT-TTTATAATAATAAATTATA------------TATATTTACTG--TTATA-ATAAT-GTACATTTATTCNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNTCTCAAAACTA-------------------GACCGAAGTTGCTTTACGGGT-CTAAT---AT--AACAGGA--A-AGA--GAC----ACACAT---TATCAACATGTTACTTATAATT-AA-AA--CAGC-AAGATGAC--AATTCTGAC--T--A-----TT--TGTAATTCA-TTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTTGTT--ATCA---TAGATTATAC--CACATATGTATATT----TA----AAGTAGTTATCACAGTTATACTTGAATGATGActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|7 : agatacatTTATTCTTGAATA----T--------------------------GTCTTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAACTATTAATTCACTACTTATTCCAT--A--TTAC-TT-TTCATAATCATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-ATGATTTT-------TTT---ATAA-ATA-T-TAAGGTCTCAAAA-TGTT-----------------GACCATTGAAGCTTTATGGAC-CTAAT---A----ATAGGA--A-AGA--GCT----ATACAT---TAT------GTT-CTTATAATT-AA-AA--CAAC-AAGAGCAC--AACTCTGAC--T--ACATTATT--TGTAGTTAA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGATTATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AA----TTATCATAGAATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|8 : TATTTGTCAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAG-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TTCAGAATTAGTAATTATA------A-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTATATATA-N------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNTCTCAAAA-TATT-----------------TTCCATAATAGCT-------------T---GT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACTCAA---TAT------ATTACTTATAATC-AA-AA--TAAC-AACAAGAT--AACTCT-----T--A-ACTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATATT-ACAT---------TTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---
gi|9 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatcTAT-TT-TTCATAATTTTCTATTATA------G-----CATAT-----------CA-AT----GT---TACAAT------T-AGGT--ACATA---TANNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNN-N----------------------------TAGCTTCGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--T-AGT--GTT----AGACAT---TAT------GTTACTTATGATT-TA-AA---AGCTAAGAAGAC--AACTCTTA---T--A-GTT-----TGTAGTTCA-TTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATAAAT--CAAATATTTATATT----TAAATCAA----TTATCACA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 111111111111111 1111 111111111 222 222222 111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222 1111111 111111 1111111111111111 111 3333333333333333
lowQualScore : 7777 0000000000000000000000000 44 2 9 777777777777777 1 33 2 0000 2 888888 111111111 5 2 2 000 33 555555 55 2 666666666666 3 44 3 3 1 4 000000 3 55 666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 3 3 3 1 3 44444444444444444444 1 0 4 4 2222222 7777 66 9999 777 222222 4 4 55 777 2 5 55 2 5555555555555555 0 3 3 55 2 33 55 000 66 7777777777777777 3 5 2
lowQualScore : .... ......................... .. . . ............... . .. . .... . ...... ......... . . . ... .. ...... .. . ............ . .. . . . . ...... . .. ... ............................................................................ . . . . . . .................... . . . . ....... .... .. .... ... ...... . . .. ... . . .. . ................ . . . .. . .. .. ... .. ................ . . .
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666 99 9 5 999999999999999 0 99 9 0000 9 222222 444444444 7 9 9 555 99 888888 99 9 555555555555 1 66 3 6 0 5 555555 7 00 444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 3 3 7 3 22222222222222222222 8 1 9 4 8888888 1111 11 4444 888 888888 0 0 55 777 3 7 55 8 2222222222222222 5 6 4 77 3 77 00 000 11 4444444444444444 2 7 5
consensus : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( family-803 ) : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|1 : TTATTT-TGAATA----TA------GA--T--------------GTCATTAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------AAT-ACAAAAATTAAATCAC-A-TTATT--AC--ATTATA--TT-TTCTTTATTATCAACTACATGTACAA-----TATATT-A-TG--TTACA-TTTAA-ATACATAGAGT------TCAGAC--ACATA---TAATACACAGGATA-----------AACCATCAA--GTTGTTCA--AAATACCTT----ATG-AAA-------------AT---ATAA-ATA-T-CAATGTTTCAAAA-TATT-----------------GGCTGTAGTAACTATGTGGACTCTAAT----T----CA---------A--GTT----AC---T---TAG------ACTAC---TAAGT-AT-AA--CAAA-GA-AAAAC--AAC----A------A-GTTA-----G-AGTACA-TTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTTATT--ACCA---CAGAGTATAT---AAA-ATCTA-ATT----------AA----CGTTCAAAGAAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAAT
gi|10 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagat------TA--T--------------TTCATGAA--T-ACAAGC---------------AAATATCACCAGTA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-AG-TATT--GC-----ATAA-TT-CTCACAACTGTCAACTGTA------A-----TATATT-ACTG--TTACN-NNNNN-NNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-ATA-T-T-AGGTCTCAAAA-TATT-----------------ctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|11 : TTATTCGTCAATA----TG------TA--TATATATATATCATAGTCATGAA-AT-AAAAAC---------------AATTATCACAGATA--CAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATT-AATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TCCATAATTATCAATTGTA------G-----TATATT-GCTG--TTA
gi|13 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatTAGATCAC-ACTTATA--AC--G---TAG-TTATTCCTATATATCAACTACA------GCAAAATATATT-ACTG--TTTCG-TGTAA-ACACATAGATT------TAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATA-----------A----------GT----CA--ACTTACTTTCAATGGG-GTCCTTAT-------GAA---AAAA-AAA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GACttat
gi|14 : TTATTTGTGTATA----TACACGTATA--T--------------GTCATGAA-----CG--C---------------AAATATCACATATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATCAACTCAC-AG-TATT--A---G--ATAC-TT-TTAATAATTATCAAACATA------A-----T---TT-TCTGATTTACACATT
gi|15 : gatTTAGTCGTGAATA----TA------CA--T--------------GCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATA--AAT-AT----CAC-GAAATTACAA---------A-T-ACAAATATTAGATCAC-AG-CATT--AC--ttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|15 : gatagatagatagattTACA-TTTAAAGTACATAGACT------TGAGAC--ATATA---Tctacatttaaagtacatagacttgagacatatatg
gi|16 : gatagatagatagattttagtcgtgaatatacatgctatggatacgacaaactttaatcacagagataaatatcacagataaatatcacgaaattacaaatacaaatattagatcacagcattaccTT-TA-AA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTTAC--T--A-GTTACTGTTATAGTACG-TTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTAT--CAGAGACTAT--TGCATATTTGTACT----GAAATTAA----TTATCATA---------GAATGATGACACACAG-ATg
gi|17 : gATTCGTGAATG----TA------TA--T--------------GTCACGAA-AT-GCAAAC---------------AATTAACACAGATA--AAT-AT----CACAAA------AA---------A-T-ATAAATATTAAATCAC-A-TTATT--AC-----ATAC-TT-TTCATAGTTATCAATTATA------G-----TGTATA-ATTG--TTACA-ATTAG-GTgtgata
gi|18 : gataaatttagattaTATTCATGAATAAACATG------TG--T--------------GTCATTAT--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATATAAATTATTCAACAC-AA------AA---------ACT-ACAAGTATTAAAT-AC-AGT-ATT--ACTCA--GT---TT-TTCATAATTATCAACTAT
gi|19 : gtagatagatgATA----TA------CA--T--------------GTCATGAA--T-ACGA-C---------------AGATATCACAAATA--CAT-AT----CAC-AA------AATACAAAAATG-T-ACACATATTAAATCAC-----ACT--GT--A--ATGTATT-TTCATTAATATCAACAATA------A-----TATATT-Acac
gi|2 : attcgtatatataattTTATACGGGATA-----------GCCTATTAAATGTTATTCATCACTTATTTT----CAA-TGGGTTCT-------TAT---AAAA-AAA-TACATGGT-----AA-T--------------------GGCTACATCAGCTATGTGGAC-TTAATTCTATTCAGCAAAGCTATAGATTACTTATAACACAT----AC------GTTACTTATAA---AAGAA--CAAA-GAAAG-AC--AACTCTGAC--T--A-GTTTTTGTTGTAGTAGA-TTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT----ATG--GTCA---AAGAATATATATCAAAT-------------TG----GA----TTA---CAGAAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|20 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgttACCTTGAC--TCTA-GTTACT---GTTGTACAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTTTTT--ATCATCTCAGAATcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|21 : tctttttccggttacaggtcaggagtcttcttagactgtaaagttgTCATTGATGAATA----TA------T------------------GTCACGAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA--AAT-AT----TAC-AA------AA---------A-TCACTAACATTAAACC
gi|22 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatatttTAGATT------TGAGAG--ATATT---TATTGCAC---ATACCTTATTGCACACCTTTTGG--GTTTTAAA--ACTTATTTC----CATTAGAGTCCT-------CATGAAAGAA-ATAGT-T---GTCTCAAAA-TATT-----------------GAC
gi|3 : T---ATAA-CTA-T-CAAGGTCTTAAAG-AATT-----------------GGCCGCAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---GG--AACAAGA--A-AGA--ATT----GTACTT---TAT------ATTACTTATGATT-AA-AGATCAAC-AAGAGAGC--AACTCTGAC--T--A-----TT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTTATA--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AATCAGTTAACACAGAAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAA
gi|4 : tTTATTTGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-CAAAAC---------------AAATATCACAGATA--AAT-ATAA--CAA-AA------AA---------A-A-ACAAATATTAA------AG-TATT--AC-----ACAC-TC-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATA-A-ACTG--TAACA-ATTAG-GTACATATAAT------TAATAC--ATATA---TATTATACGAAATA-----------ACCCATTAA--GTTTTACA--ATTTACTAT----GA--ATACTTATGAAAAAATAT---ATGA-ATA-T-CAAGATCTCAAAC-TATT-----------------GACCGTTTAAGCTGTATGAAC-CTTAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACATAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--TAAA-ACAAGGACAAAAATCTGA---------TTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTTATT--ATCA---AAGGATAGAT--CAACTATTTATATTAAAATC----AA----TTATCACAGAAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATTaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|5 : cttatcatagatagatatatCGTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-TTAA-TAATAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAC-GT-TCCATAATAATCAATTATA------G-----TATATT-GCTG--TTATA-ATTTG-GTACATACATT------TGAGGC--ATATA---GATTACAC-------------------------A--GTT----------TA---T----GAA-AAAA-----------------AAAATATA-T-CAAGGTCTCAAAA-AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGCTGTAGTAGCTTTATGGAC-TTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ATACATATGTAT------ATTACTTATAATTAAA-AA--CAAT-TAGATGAC--AACAGTAACCGT--A-ACTATT--TGTAGCTCA-TTTAAG--------ATTTCCTTATATTCACGTGTGTTCT-------TCA---CAGAATATAT--CAAATTTTTATATT----TAAATCAA----TTATCCCAGAAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|6 : TTGTTCGTGAATA----TA------TAAAT--------------GTCATGAA-AT-ACAACC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAACCACCAAATCAC-AGT-ATT--AC--A---TAA-TT-TTTATAATAATAAATTATA------------TATATTTACTG--TTATA-ATAAT-GTACATTTATTCNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNTCTCAAAACTA-------------------GACCGAAGTTGCTTTACGGGT-CTAAT---AT--AACAGGA--A-AGA--GAC----ACACAT---TATCAACATGTTACTTATAATT-AA-AA--CAGC-AAGATGAC--AATTCTGAC--T--A-----TT--TGTAATTCA-TTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTTGTT--ATCA---TAGATTATAC--CACATATGTATATT----TA----AAGTAGTTATCACAGTTATACTTGAATGATGActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|7 : agatacatTTATTCTTGAATA----T--------------------------GTCTTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAACTATTAATTCACTACTTATTCCAT--A--TTAC-TT-TTCATAATCATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-ATGATTTT-------TTT---ATAA-ATA-T-TAAGGTCTCAAAA-TGTT-----------------GACCATTGAAGCTTTATGGAC-CTAAT---A----ATAGGA--A-AGA--GCT----ATACAT---TAT------GTT-CTTATAATT-AA-AA--CAAC-AAGAGCAC--AACTCTGAC--T--ACATTATT--TGTAGTTAA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGATTATAT--CAAATATTTATGTT----TA----AA----TTATCATAGAATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|8 : TATTTGTCAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAG-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AG-TATT--AC-----ATAC-TT-TTCAGAATTAGTAATTATA------A-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTATATATA-N------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNTCTCAAAA-TATT-----------------TTCCATAATAGCT-------------T---GT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACTCAA---TAT------ATTACTTATAATC-AA-AA--TAAC-AACAAGAT--AACTCT-----T--A-ACTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATATT-ACAT---------TTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---
gi|9 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatcTAT-TT-TTCATAATTTTCTATTATA------G-----CATAT-----------CA-AT----GT---TACAAT------T-AGGT--ACATA---TANNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNN-NNNNNNNN-------NNN---NNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNNN-N----------------------------TAGCTTCGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--T-AGT--GTT----AGACAT---TAT------GTTACTTATGATT-TA-AA---AGCTAAGAAGAC--AACTCTTA---T--A-GTT-----TGTAGTTCA-TTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATAAAT--CAAATATTTATATT----TAAATCAA----TTATCACA
blockSeqs : AACA TATATATATATATCATA TA G G TTTAATCACAGAGAT A TA T TCAA A AATTAC TACAAAAAT C C T CTT CC TCAG TA A GCAAAA T AT C A N N CNNNNN N TT CCG ATACCTTATTGCACACCTTTTGGGTTTTAAAACTTATTTCCATTAGAGTCCTCATGAA N T G A A C AAAAAAAAAAGAAAAAAAAA A A . TCTATTC CTAT TT TATA ATG CAACAT A G AT CTA A A AA T CTAGTTACTGT A G TT A AC GA TCT AT GAAATTAA A . C
blockSeqs : . CACGTATAT A . A . T . . AA . . . . . . CTT . GA A . A . . . . G T . A . . GAAATAACCCATTAAGTTTTACAATTTACTATGAATACTTATGAAAAAATAT A . . . A . ATT G T . GG A . . . . . . . AG A G . G CTAGTTTTTGT . G T A AT . T . TAAATCAG A . A
blockSeqs : . TAAAT A . A . A . . . . . . . . . GT . AA C . G . . . . G C . G . . GGGATAGCCTATTAAATGTTATTCATCACTTATTTTCAATGGGTTCTTAT A . . . A . ATT A G . AT A . . . . . . . AG G G . G CTCTAGTTACT . C T A AA . . . AAAATCAA C . C
blockSeqs : . TAT A . A . A . . . . . . . . . GT . AT G . A . . . . G T . G . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . . A . ATT G T . AT A . . . . . . . CA A G . G CCGTAACTATT . T T T AA . . . TAAATCAA T . C
blockSeqs : . CAT A . A . T . . . . . . . . . GT . A C . G . . . . T A . A . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . A . ATT A T . AT A . . . . . . . AA G C . G CTACATTATT . T T A TA . . . TAAAGTAG A . C
blockSeqs : . TAT A . A . A . . . . . . . . . GC . A C . A . . . . C T . G . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATTTTTTT T . . . N . ATT G T . GT A . . . . . . . TT G G . A TAACTATT . T T A TA . . . TAAATCAA A .
blockSeqs : . TGT A . C . A . . . . . . . . . TT . G C . G . . . . T T . N . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . . A . GTT A T . AT A . . . . . . . CA G G . G CTATT . T T C AA . . . TGGA .
blockSeqs : . CAT A . A . A . . . . . . . . . GT . A C . G . . . . N N . N . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . . N . ATT A . . A T . . . . . . . CA C . . G TTATT . T . A GA . . . TAAA
blockSeqs : . TAT . . A . A . . . . . . . . . GT . A A . G . . . . T A . N . . AGGATAAGTCAACTTACTTTCAATGGGGTCCTTATGAA T . . . N . A T . . . CA G . . T CTATT . T . . . . .
blockSeqs : . TAT . . . . T . . . . . . . . . GT . A C . A . . . . C . . . . . AGTTTATGAAAAAA N . . . . . . . . TAGTT . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . T . . . . . . . . . GT . A C . G . . . N . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . GT . A T . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A* A***** C* G*********** AT***** A*** TAAATCAA********
originalCons : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--AC--A--ATAC-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATT----TA----AA----TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
finalCons : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAAA-T-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA--AAT-AT----CAC-AA------AA---------A-T-ACAAATATTAAATCAC-AGTTATT--ACA-----TAC-TT-TTCATAATTATCAATTATAG-----------TATATT-ACTG--TTACA-ATTAG-GTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATA-----------ACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAG-ANANTTNT-------TAT---ANAA-ATA-T-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAATAT-----AACAGGGA---AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATT-AA-AA--CAAC-GAGAGGAC--AACTCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATAT--CAAATATTTATATTTAAATCAA--------TTATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222222222222222 11 111111111111111 111111111 111 11111 111111111111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222 111111 1111111111111111 111
lowQualScore : 7777 0000000000000000000000000 44 2 9 777777777777777 1 2 33 6666 2 888888 111111111 5 2 33 2 999 2 11111 2 666666666666 33 44 3 1 4 11111111 55 777 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 3 3 9999999999999999999999 1 0 4 4 777 66 7777 66 9999 777 222222 4 99 777 2 5 55 2 5555555555555555 0 3 1 88 2 0 33 55 000 0 1 1 4 66 3 5 2
lowQualScore : .... ......................... .. . . ............... . . .. .... . ...... ......... . . .. . ... . ..... . ............ .. .. . . . ........ .. ... . .................................................... . . . ...................... . . . . ... .. .... .. .... ... ...... . .. ... . . .. . ................ . . . .. . . .. .. ... . . . . .. . . .
lowQualScore : 1111 6666666666666666666666666 99 9 5 999999999999999 0 9 99 1111 9 222222 444444444 7 9 99 9 999 7 55555 7 555555555555 66 66 6 0 9 66666666 55 000 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 6 6 1111111111111111111111 4 1 9 4 888 11 1111 11 4444 888 888888 0 55 777 3 7 00 8 2222222222222222 5 6 2 00 3 5 77 00 000 1 8 9 4 11 2 7 5
consensus : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAAATATTAAATCAC-AGTTATTACAT-A---C-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATAACCCATTAA--GTTNTTCA--ACTTACTTT----GAGANANTTNT-------TATANAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATTAA-AA--CAAC-GAGAGGACAAC--TCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATATCAAATATTTATATTTAAATCAA-TT--ATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
Reference ( family-803 ) : TTATTCGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-ACAAAC---------------AANTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAAATATTAAATCAC-AGTTATTACAT-A---C-TT-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTACATANANT------TGAGAC--ATATA---TATTACACGGGATAACCCATTAA--GTTNTNCA--ACTTACTTT----GAGANANTTNT-------TATANAA-ATAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GGCCGTAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACACAT---TAT------GTTACTTATAATTAA-AA--CAAC-GAGAGGACAAC--TCTGAC--T--A-GTTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATATATCAAATATTTATATTTAAATCAA-TT--ATCACAGAAAGACTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|1 : TTATTT-TGAATA----TA------GA--T--------------GTCATTAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA-AA--TAT----TAC-AA------AA---------AAT-A--CAAAAATTAAATCAC-A-TTATTACATTA---TATT-TTCTTTATTATCAACTACATGTACAA-----TATATT-A-TG--TTACA-TTTAAATACATAGAGT------TCAGAC--ACATA---TAATACACAGGATAAACCATCAA--GTTGTTCA--AAATACCTT----ATGAAA-------------ATATAA-ATAT-CAATGTTTCAAAA-TATT-----------------GGCTGTAGTAACTATGTGGACTCTAAT----T----CA---------A--GTT----AC---T---TAG------ACTAC---TAAGTAT-AA--CAAA-GA-AAAACAAC------A------A-GTTA-----G-AGTACA-TTTAAGA-GTT-ATATTCCCTATTATTCGTGTATGCTTTTATT--ACCA---CAGAGTATATAAAATCT---------AATTAA-CG--TTCAAAGAAAGCCTTTAATGATGGTATACGTAATTG-AGAACAAAT
gi|10 : ccatatacgcaaattaactaatttgaaatcagttcattaaattagatatatagat------TA--T--------------TTCATGAA--T-ACAAGC---------------AAATATCACCAGTA-AA--TAT----TAC-AA------AA---------A-T-A--TAAATATTAAATCAC-AG-TATTGCAT-A---A-TT-CTCACAACTGTCAACTGTA------A-----TATATT-ACTG--TTACN-NNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-ATAT-T-AGGTCTCAAAA-TATT-----------------ctcgaaagctgtacataactcttgaaatattgacaacattaataaaataaataaaatcagcctatcacatttcatactttaaatgagttgcaacttcttttaaaaggcatatttgatttttattcctttaattttatttgtggaacactgttccagtcactaaaagcttgataaaattggtatttgacataacacctgaggtacatgaaaactgtcaaaattatgttaactattgtgagaatgtgtcttagagacttgaataaaatcatcatgtaggtaagacatacaacttataattaaacacaatatgaacatggttaagtctcacttgttttactctgtttcaacattaatgcaaccaatattactgaaatcggagacttatatatagaacaatgaatctgacaccattgttttgagtaatttgtaatgtttcaaatttgttttgagatgccactgtaccaagatgaggatgctactgtaccaagatgaggatgccactgtaccaagat
gi|11 : TTATTCGTCAATA----TG------TA--TATATATATATCATAGTCATGAA-AT-AAAAAC---------------AATTATCACAGATA-CA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAAATATT-AATCAC-AG-TATTACAT-A---C-TT-TCCATAATTATCAATTGTA------G-----TATATT-GCTG--TTA
gi|13 : gggttctcgtatcttaaatgaaaataaaccattaggttagatttattaggttagatTAGATCAC-ACTTATAACGT-A---G-TTATTCCTATATATCAACTACA------GCAAAATATATT-ACTG--TTTCG-TGTAAACACATAGATT------TAAGACTTATATACCGTATTGCACAGGATAA----------GT----CA--ACTTACTTTCAATGGGGTCCTTAT-------GAAAAAA-AAAT-CAAGGTCTCAAAA-TATT-----------------GACttat
gi|14 : TTATTTGTGTATA----TACACGTATA--T--------------GTCATGAA-----CG--C---------------AAATATCACATATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAAATATCAACTCAC-AG-TATTAGAT-A---C-TT-TTAATAATTATCAAACATA------A-----T---TT-TCTGATTTACACATT
gi|15 : gatTTAGTCGTGAATA----TA------CA--T--------------GCTATGGATACGACAAACTTTAATCACAGAGATAAATATCACAGATA-AA--TAT----CAC-GAAATTACAA---------A-T-A--CAAATATTAGATCAC-AG-CATTACCT-A---C-AT-TTttttctgaaagataatatacacttgttc
gi|15 : gatagatagatagattGTACATAGACT------TGAGAC--ATATA---Taaagtacatagacttgagacatatatg
gi|16 : gatagatagatagattttagtcgtgaatatacatgctatggatacgacaaactttaatcacagagataaatatcacagataaatatcacgaaattacaaatacaaatattagatcacagcattacctacatttaaaTTTA-AA--CAAA-GAAAG-ACAAC--TCTTAC--T--A-GTTACTGTTATAGTACG-TTGATGAGTT----AGTTCCTACCATTTATGTATGTTCTTATTGAATTAT--CAGAGACTATTGCATATTTGTACTGAAATTAA-TT--ATCATA---------GAATGATGACACACAG-ATg
gi|17 : gATTCGTGAATG----TA------TA--T--------------GTCACGAA-AT-GCAAAC---------------AATTAACACAGATA-AA--TAT----CACAAA------AA---------A-T-A--TAAATATTAAATCAC-A-TTATTACAT-A---C-TT-TTCATAGTTATCAATTATA------G-----TGTATA-ATTG--TTACA-ATTAGGTgtgata
gi|18 : gataaatttagattaTATTCATGAATAAACATG------TG--T--------------GTCATTAT--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATATAAATTATTCAACAC-AA------AA---------ACT-A--CAAGTATTAAAT-AC-AG-TATTACTC-AG--T-TT-TTCATAATTATCAACTAT
gi|19 : gtagatagatgATA----TA------CA--T--------------GTCATGAA--T-ACGA-C---------------AGATATCACAAATA-CA--TAT----CAC-AA------AATACAAAAATG-T-A--CACATATTAAATCAC-A-CTGTAATGT-A-----TT-TTCATTAATATCAACAATA------A-----TATATT-Acac
gi|2 : attcgtatatataattTTATACGGGATAGCCTATTAAATGTTATTCATCACTTATTTT----CAATGGGTTCT-------TATAAAA-AAATACATGGT-----AA-T--------------------GGCTACATCAGCTATGTGGAC-TTAATTCTATTCAGCAAAGCTATAGATTACTTATAACACAT----AC------GTTACTTATAA--AAGAA--CAAA-GAAAG-ACAAC--TCTGAC--T--A-GTTTTTGTTGTAGTAGA-TTTAAGAGTT---AATTTTC---CGTTCATGCATGT----ATG--GTCA---AAGAATATAT-----------------ATCAAATTGGATTACAGAAAGACTTGAATTATGACAAATAT-GTCACAGAAGAAAT
gi|20 : tacaaaatatctcaaagttattcgttcaaatgccggtgcacgcatagagaaacctcgtgttAC--CTTGAC--TCTA-GTTACT---GTTGTACAATTTAAG-CGTT-AAATTACCTATCATTCATGTATGTTTTTTTT--ATCATCTCAGAATcggaaatactgtacagaatgataaaatattgagattaataaatcaatatgttgttttacgcttttaatgagttccaatttcacttttttttaaaaaaagaatatatgtttttttattctatttactttcttggaagactgttcaagtcccgaatagtttggtaaaagagactatttgacatgaagccacctatctcaggtgcatgtaaatgaaaagtttcaaaaccatgtattttatcataagaatgtgtcttaaagactagaatcaaattagcatttgagtaaaatggacagttattattaagatgggcatggctaagtgtcatttgttttactgtatccaacattcggtcagataagaatactgttgtctgagactgataaaaaaattacaatcataataaaaaataaactttattttgggtagtttctaattacgtgtcaatttttgtacgaggccgctgtgtccatatatgacattgtaataaaat
gi|21 : tctttttccggttacaggtcaggagtcttcttagactgtaaagttgTCATTGATGAATA----TA------T------------------GTCACGAA--T-ACAA-C---------------AAATATCACAGATA-AA--TAT----TAC-AA------AA---------A-TCA--CTAACATTAAACC
gi|3 : atttatacaagtagaatttgaaaacaaatagatatttTATAA-CTAT-CAAGGTCTTAAAG-AATT-----------------GGCCGCAGTAGCTTTATGGAC-CTAAT---GG--AACAAGA--A-AGA--ATT----GTACTT---TAT------ATTACTTATGATTAA-AGATCAAC-AAGAGAGCAAC--TCTGAC--T--A-----TT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-AAATATCCTAACATTCATGTGTGTTTTTATA--ATCA---CAGAATATATCAAATATTTATGTTTAAATCAG-TT--AACACAGAAAGACTTGAATGATGATATACAT-ATCAAAGAAAAAA
gi|4 : tTTATTTGTGAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAA-AT-CAAAAC---------------AAATATCACAGATA-AA--TAT----AAC-AA------AA---------A-A-AAACAAATATTAAA------GT-ATTACAC-A---C-TC-TTCATAATTATCAATTATA------G-----TATAA--ACTG--TAACA-ATTAGGTACATATAAT------TAATAC--ATATA---TATTATACGAAATAACCCATTAA--GTTTTACA--ATTTACTAT----GA-ATACTTATGAAAAAATATATGA-ATAT-CAAGATCTCAAAC-TATT-----------------GACCGTTTAAGCTGTATGAAC-CTTAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACATAT---TAT------GTTACTTATAATTAA-AA--TAAA-ACAAGGACAAAAATCTGA---------TTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATTTT-ATGTTTCTTAACAATCATGTATGTTCTTATT--ATCA---AAGGATAGATCAACTATTTATATTAAAATCAA-TT--ATCACAGAAAGCCTTGAATGATGGTATATAT-ATCACATAAAATATTaatcttgaaaacttcgcagaaatgtttaaataatgttaattatcataaaagataaaatttgcttgttctgttaatttcatcctctcaacgagttgcacttttactttttttaaaaagcaattttgtttttcaattcttttatatgtcttggaagactgttccagtctcgaatagcttgataaaagaaggtatctgacataaggccatctacctgaggtacatggaatcttcaaaaactatgtcgattattataagaatgtgtcttagagaataataaaagtatcatgtaagatggacacatattattcaaaaacaattatgaacatggtttagtctcagtcgttttactctgttttcaacatttagcgccaaccactattactgaaatctgaaacgtttaaagaatttctacaaccataaccattaatgaatgaaaacttttttttgaataatttgtaacctgtttctcaattgttttgagatgtcactatatcaggatgaggat
gi|5 : cttatcatagatagatatatCGTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-T--TAA-TAATAAATCAC-AGT-ATTACAT-A---C-GT-TCCATAATAATCAATTATA------G-----TATATT-GCTG--TTATA-ATTTGGTACATACATT------TGAGGC--ATATA---GATTACAC--------------A--GTT----------TA---T----GAAAAAA--------------AAAATATAT-CAAGGTCTCAAAA-AAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGCTGTAGTAGCTTTATGGAC-TTAAT---AT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ATACATATGTAT------ATTACTTATAATTAA-AAA-CAAT-TAGATGACAAC--AGTAACCGT--A-ACTATT--TGTAGCTCA-TTTAAGATTT--------CCTTATATTCACGTGTGTTCTT-------CA---CAGAATATATCAAATTTTTATATTTAAATCAA-TT--ATCCCAGAAAGTCTTGAATGATGACATACAT-ATCACAGAAACAATgattacattgcaaatgtatcaaagtaattgacgataaaatctgcttgttctgtacatttcatcccctcaatgagttgcaaatttacttctgctttagttggtaaacattaggattttcaaatttcttgctttat
gi|6 : TTGTTCGTGAATA----TA------TAAAT--------------GTCATGAA-AT-ACAACC---------------AATTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAACCACCAAATCAC-AGT-ATTACAT-A---A-TT-TTTATAATAATAAATTATA------------TATATTTACTG--TTATA-ATAATGTACATTTATTCNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAACTA-------------------GACCGAAGTTGCTTTACGGGT-CTAAT---AT--AACAGGA--A-AGA--GAC----ACACAT---TATCAACATGTTACTTATAATTAA-AA--CAGC-AAGATGACAAT--TCTGAC--T--A-----TT--TGTAATTCA-TTTAGGATTTTTAAATTTCCTTACATTCATGCATGTTCTTGTT--ATCA---TAGATTATACCACATATGTATATTTAAAGTAG-TT--ATCACAGTTATACTTGAATGATGActtgaatactttgcagaagtattaaataattgacaatattaataaaaaaataaaatcagattgttctgtacatttcatcctctcaatgagt
gi|7 : agatacatTTATTCTTGAATA----T--------------------------GTCTTGAA-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAACTATTAATTCACTACTTATTCCAT-ATTAC-TT-TTCATAATCATCAATTATA------G-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTACNNNNNNN------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNATGATTTT-------TTTATAA-ATAT-TAAGGTCTCAAAA-TGTT-----------------GACCATTGAAGCTTTATGGAC-CTA-----AT--AATAGGA--A-AGA--GCT----ATACAT---TAT------GTT-CTTATAATTAA-AA--CAAC-AAGAGCACAAC--TCTGAC--T--ACATTATT--TGTAGTTAA-TTTAAGATTTT-AAATTTCCTAACAGTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGATTATATCAAATATTTATGTTTA----AA-TT--ATCATAGAATGACTTGAATGACAACACACAT-ATCACAGAAAAAATT
gi|8 : TATTTGTCAATA----TA------TA--T--------------GTCATGAG-AT-ACAAAC---------------AATTATCACAGATA-AA--TAT----CAC-AA------AA---------A-T-A--CAAATATTAAATCAC-AG-TATTACAT-A---C-TT-TTCAGAATTAGTAATTATA------A-----TATATT-ACTG--TTACA-ATTAGGTATATATA-N------NNNNNN--NNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNTCTCAAAA-TATT-----------------TTCCATAATAGCT-------------T---GT--AACAGGG--A-AGA--GCT----ACTCAA---TAT------ATTACTTATAATCAA-AA--TAAC-AACAAGATAAC--TCT-----T--A-ACTATT--TGTAGTTCA-TTTAAGATATT-ACAT---------TTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---
gi|9 : ccatcatgcatatataacatatatagatagatcT-A---T-TT-TTCATAATTTTCTATTATA------G-----CATAT-----------CA-AT---GT---TACAAT------T-AGGT--ACATA---TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNN--NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN-------NNNNNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNN-N----------------------------TAGCTTCGTGGAC-CTAAT---AT--AACAGGG--T-AGT--GTT----AGACAT---TAT------GTTACTTATGATTTA-AA---AGCTAAGAAGACAAC--TCTTA---T--A-GTT-----TGTAGTTCA-TTTCAGATTTT-AAATTCCCTGACATTCATGTGTGTTCTTATT--ATCA---CAGAATAAATCAAATATTTATATTTAAATCAA-TT--ATCACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CTTCTGTTTTTCTTTGAAGACTTCCAGTCCAGATATCTGGATAAAAAAAGTGTATTTGACATATAATTGTACCAGAGGTAACATACGTGAAAATAATCAGATCTTTGTCAACTTTTATTATAATCCTACGACGGACATTTGTTATTAAAATATATGAACATGGTCTCAGTTGATTTACTGTTTTCAACATTAAG
Unaligned ( gi|22 ): TAGATTTGAGAGATATTTATTGCACATACCTTATTGCACACCTTTTGGGTTTTAAAACTTATTTCCATTAGAGTCCTCATGAAAGAAATAGTTGTCTCAAAATATTGAC
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTCTAAATTGATTTGATATGCCACAGTACCAAGATGAGAAGATGAGAATGTGTAATCCAAAT
Unaligned ( gi|24 ): TGAGGTTCTATTGATTATATCTTAAAATAAAAAAAAAATAAAAAGCAATTTGAA