lowQualScore : 1111111111
lowQualScore : 444444 1 2222 1 1 6666666666 111 3333 44444444 77777777777777777777777 111 1111111 1111 1 22222 444444444444444444444444444444 333333333333 3333333 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 1111111 444444 1
lowQualScore : 444444 7 9999 5 6 7 6 6666666666 444 7777 6 3 1 3 33333333 888 8 6 1 6 99999999999999999999999 1 777 8 3 0 5555555 5 9999 8 0 8 8 00000 1 666666666666666666666666666666 333333333333 0 0000000 8 0 777 1 3 3 555 333 8 44 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 3 77777 77777 0000000 2 999 66 44 7777 44 44 777777 7777 0
lowQualScore : ...... . .... . . . . .......... ... .... . . . . ........ ... . . . . ....................... . ... . . . ....... . .... . . . . ..... . .............................. ............ . ....... . . ... . . . ... ... . .. .................................................................... . . ..... ..... ....... . ... .. .. .... .. .. ...... .... .
lowQualScore : 000000 0 0000 0 0 0 0 0000000000 000 5555 0 7 0 7 22222222 333 0 8 4 6 88888888888888888888888 8 222 0 2 6 4444444 6 6666 0 6 0 0 44444 0 333333333333333333333333333333 333333333333 2 4444444 8 4 777 5 6 6 888 111 8 22 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 77777 00000 0000000 5 777 88 22 1111 66 66 888888 7777 1
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCANNTCTTTAAAATCATTTTGTAAGATGCGCGATAGTNCC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATACAATTTT-TATTAAANANAT-TTA------GGCGAAGGTCAAGAT--NAGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTATTGT-TTGTAA-GTT-AATTACTACGGTATCTAAG---C-ACCGT-----ATTA-NATGA-T--NTTGTATGGC-ATTGGA---TATCATAAGTTATAGGACAGTGGCACCGNAGTTGCCTGT-C-TA---T-TNTCGTCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------T---------GT---------TA---------TT-T-G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAG--A-CGT--AT----AAACTATTAAAT
Reference ( gi|1 ) : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAAAAAAAA-TGA------GGCGAAAGTCAAGAT--TAGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGTAA-GTT-ATTTATTATGGTATCTAAG---CAACCAT-----ATTA-AGTAA-T--TTTGTATGGCAATTAGA---TATCATAAGTTATATGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGT-C-TA---T-TGTCATCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------T---------GT---------TG---------AT-T-G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAG--A-T----AT----AAACTATAAAATC
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTCAA-TTTTAGTAATACAACTTTATCTTAATT-----TTA------GGCAGAAGTCAAGAT--GAGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-A-GTG-ATCC-------TGTCT---------TTTT-----ATTA-CATGACT--TTTGTATG---------------TATAGGTCA----GAGGTGCCTC---AGTGGCCGGT-C-TAGTTT-TGTC-TCTCT--TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------AT---------------------T-T-C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAA--A-CGTTGAT----AAACTATTAAA
gi|3 : TTTCTTTA----CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AAACAATT-TTA------GACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCAT--------AATT---GT-TTGTAATGTTGAGTT-CTGCGATATTAAAGTTACAACAATTATACATTGCAGTGG-T--CTTCTAAGAC-ATT------TAT----AGTGATAGAATAACGACACTTTGGTGACCTGA-C-TA---T-TGTCGTCTCTTAAAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------T---------GT---------AA---------TT-T-G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAG--A-C----GT----TAACAATA
gi|9 : tcgtgttATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-ttt
gi|4 : atatattttatgtttcC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAAAAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGAT--AAGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGTAA-GTT-AATTACCACTGTATTTAAG---CAGCCTT-----AATA-CATGA-TAAGTTGTATG-CTATTGGA---TATCATAAGTTAAAGAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGT-C-TA---A-TTTTGTCTCTTATAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TTTGTATCATGT---------CA---------TT-T-GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAG--A-TGTTGAT----AAACTATTAAATattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
gi|8 : ggTATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAATATT---TTA------GGCGAAAGTTAAGAT--TAGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGTAA-GTT-AATTACTATGGTATCTAAG---CCACCAA-----GTTA-AATGA-T--ATTGTTT-----TTGGA---TATCATAAGTTATAGGACAGTTGCACCAAAATTACCTGT-C-TA---T-T
gi|17 : gTACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--ACACACAT-TTA------GGCGGAGGTCAAGGT--AAGCAGTATTTTtt
gi|5 : TTTT-TCAACTTTTATATTTTGT-AATTATTAT-TTGT-A-TTC-AAGTACTATGGTATCTAAG--------GC-----ATTA-TACA------TTGTATAAGACTTGAATATTATCATAATTT
gi|7 : TAATATAGAGTTTAAG---TTACCAT-----ATTA-AATAA-TA-TTTGTATGGTTATTAGA---TATCATAAG------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTT-T-TA---T-ATTCGCCTCTTATAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------T---------GT---------TA---------TT-T-G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAA--A-CGTTAAT----AAACTATGAAATttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaaggacagtggcacctcagttgcctgtatatttcgtcttttataattcttatatagaatggcaattgttgtaacatgttatttgttttataaactgtattgtttacatgtacatatgctgagacgttaattaactatttaaat
gi|6 : agtcaagATGGCCATTATA---TATCATATGTTATAGGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGT-C-TG---T-TTACGTATCTCATAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCT---------GT---------TA---------TT-T-G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAG--A-C----GTTAAGAAACTATTAAATt
gi|11 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgTTAGA---TATTGTAAGTC----------GCC-CCGCAGTTGCCTGA-C-TA---TATG-CGTCTCTTAAAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-T---------G--------T---------TT---------TA---------A
gi|5 : tatagataatagtatatgagtcGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGT-A-TA---T-T-TCGTCTTTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------T---------GT---------TA---------TT-T-G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAG--A-C----GT----TAATTAaacgtgatttgttttagacgttaattaatacg
gi|13 : tttttcaacttttatattttgtaattattatttgtattcaagtactatggtatctaaggcattatacattgtataagacttgaatattatcataatttttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaagCCAA--TTACATGTACATA---T-AATGGTCTCTCATAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------T---------GTAACATCTTATA---------AG-T-G-----CT-----ACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAA--A-C----AT----AAactatttaaat
gi|9 : accTTGCCTGT-C-TA---T-GATCGTCTCTTATAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------T---------GT---------TA---------TT-T-G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCA-TTA--AT----AAACTATTAAgtaa
gi|10 : atatattttatgtttcatgcgcaatagtgcctatatacactaGT-C-TA---T-AATCGTCTCTTATAA-TCTAATATAGAAT--GG---------T------A-T---------A--------T---------GG---------CGTA-------ACAT-G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAG--A-CGTTAAT----AAACTAT
gi|15 : atttttattattaaatacgaatacgttggaacggtagtacaA---T-T-TCGTCTCTTATAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------T---------GT---------TA---------TT-T-G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : TCGTCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------T---------GT---------TT---------TA-T-G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG--
gi|14 : TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------T---------GT---------TGTATCATGATAT-TTG-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTG--A-C----AT----TAA-TAT
gi|12 : T-T-G-----TT---TA-CA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAG--AGTCTA-AT----AAACTATGAAATctatt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTATCAATAATTGTTTGTATGTTAAATACTGCGATTTTTAAGCAACCCTGTTAATACATTAT
Unaligned ( gi|19 ): TTGTACATATGATAAGACATCAATAAACTATTAAATC
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 1111 222222 33333333333333333333 111 33333333333 11111111 22222222 555555555555555555 1111111111111 333
lowQualScore : 5 5 4 4 2 2 4 888888888 22 0 3333 0 1 333333 555 6 6 4 99999999999999999999 2 000 6 1 5 3 4 5 5 5 3 0 22 77777777777 1 88888888 5 777 5 99999999 999999 0 00 55 3 3 44 33 9999999 888888 5 111111111111111111 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 999 6 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . .... . . ...... ... . . . .................... . ... . . . . . . . . . . .. ........... . ........ . ... . ........ ...... . .. .. . . .. .. ....... ...... . .................. ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. ... . . .
lowQualScore : 0 5 0 0 5 5 0 555555555 00 7 0000 2 0 000000 999 7 3 0 77777777777777777777 2 222 7 0 7 2 9 6 7 0 2 4 00 44444444444 0 11111111 0 999 0 44444444 777777 1 44 99 3 3 88 99 3333333 222222 7 000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 222 7 3 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAAANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGTAA-GTTAANTACTACGGTATTTAAG---C-A-CCNTATTANA--------TGA-TA--TT-GTAT--G-GC-ATTGGA---TATCATAAGTTATAGGACAGTGGCACCGNAGTTGCCTGT-C-TATTTTCGTCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGTTA-ATAA-A-CTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCANNTCTTTAAAATCATTTTGTAAGATGCGCGATAGTNCC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATACAATTTT-TATTAAANANA--T-----TTAGGCGAAGGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTATTGT-TTGTAA-GTTAATTACTACGGTATCTAAG---C-A-CCGTATTANA--------TGA-TN--TT-GTAT--G-GC-ATTGGA---TATCATAAGTTATAGGACAGTGGCACCGNAGTTGCCTGT-C-TATTNTCGTCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT---ATAA-A-CTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAAAAAAA--A-----TGAGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGTAA-GTTATTTATTATGGTATCTAAG---CAA-CCATATTAAG--------TAA-TT--TT-GTAT--G-GCAATTAGA---TATCATAAGTTATATGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGT-C-TATTGTCATCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGA--T---ATAA-A-CTA-TAAAAT
gi|10 : TGGAACGGTAGT--ACAGT-C-TATAATCGTCTCTTATAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGTTA-ATAA-A-CTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgtTAGA--------TAA-TA--GT-ATAT--GAGT-CTTAGA---TATTGTAAGTC-----------GCCCCGCAGTTGCCTGA-C-TATATGCGTCTCTTAAAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : ta--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAA-A-CTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : cagtggcatttcagcggcctgtctagttgagaaaagtaaatgttgtaacacgACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCATAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT---Aatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT----TAATATCTA-TTagtaa
gi|15 : TTTCGTCTCTTATAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : aTCGTCTCTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--ACACACA--T-----TTAGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGTAT-GTTAAATACTGCGATTTTTAAG---CAA-CCCTGTTA
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACATCA-ATAA-A-CTA-TTAAATatacattat
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTCAA-TTTTAGTAATACAACTTTATCTTAA----T--T-----TTAGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGTAG---TGATC-CT---GTCTTT------------TTATTACA--------TGACTT--TT-GTAT--G-----------------------TATAGGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGT-C-TAGTTTTGTCTCTCTTAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGTTG-ATAA-A-CTA-TTAAAc
gi|3 : TCTTTA----CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AAACAAT--T-----TTAGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGTAATGTTGAGTTCTGCGATATTAAAGTTAC-A-ACA-ATTATACATTGCAGTGG-TC--TT-CTAA--G-AC-ATT------TAT----AGTGATAGAATAACGACACTTTGGTGACCTGA-C-TATTGTCGTCTCTTAAAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT----TAACA-ATA-TT
gi|4 : tcgtgttttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAAAAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACCACTGTATTTAAG---C-AGCCTTAATACA--------TGA-TAAGTT-GTAT--G-CT-ATTGGA---TATCATAAGTTAAAGAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGT-C-TAATTTTGTCTCTTATAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGTTG-ATAA-A-CTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGT-AATTATTAT-TTGT-A-TTCAAGTACTATGGTATCTAAG---------GCATTAT-----------A-CA--TT-GTATAAG-AC--TTGAATATTATCATAATTT
gi|5 : AGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGT-A-TATT-TCGTCTTTTATAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGTTA-ATTA-A-CTATTTAAATttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaaggacagtggcacctcagttgcctgtatatttcgtcttttataattcttatatagaatggcaattgttgtaacatgttatttgttttataaactgtattgtttacatgtacatatgctgagacgttaattaactatttaaat
gi|6 : tttttcaacttttatattttgtaattattatttgtattcaagtactatggtatctaaggcattatacattgtataagacttgaatattatcataatttttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaAT--G-GCCATTATA---TATCATATGTTATAGGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGT-C-TGTTTACGTATCTCATAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGTTA-AGAA-A-CTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GTCAAGTAATATAGAGTTTAAG---TTA-CCATATTAAA--------TAA-TA--TTTGTAT--G-GTTATTAGA---TATCATAAG------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTT-T-TATATTCGCCTCTTATAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGTTA-ATAA-A-CTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAA-TAT---T-----TTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACTATGGTATCTAAGC--C-A-CCAAGTTAAA--------TGA-TA--TT-GTTT--------TTGGA---TATCATAAGTTATAGGACAGTTGCACCAAAATTACCTGT-C-TATTTTt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGT-C-TATGATCGTCTCTTATAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCATTA-ATAA-A-CTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 2 222222 444444444444444444444 111 3333333 33333333 44444444444444444444 1111111111111
lowQualScore : 5 5 1 1 1 1 1 888888888 22 6 0 0 0 333333 555 6 1 111111111111111111111 000 6 1 5 3 4 3 5 5 5 33 22 2222222 33 5 9 4 66 4 4 22222222 9999 777 4 2 00 66 0 0 33 5555 33 8888888 777777 99999999999999999999 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . . . . ...... ... . . ..................... ... . . . . . . . . . .. .. ....... .. . . . .. . . ........ .... ... . . .. .. . . .. .... .. ....... ...... .................... ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 0 555555555 00 7 7 2 2 000000 999 7 0 888888888888888888888 222 7 0 7 2 9 0 7 0 0 11 00 1111111 22 3 2 4 11 4 4 11111111 4444 888 4 0 44 88 3 1 77 7777 77 7777777 777777 00000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 1 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGTAA-GTTAANTACTACGGTATTTAAG---C-A-CCNTATTANATGA-TA--TT-GTA-T--G-GC-ATT---AGA---TATC-ATAAGTTATAGGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGTAA-GTTAANTACTACGGTATTTAAG---C-A-CCNTATTANATGA-TA--TT-GTA-T--G-GC-ATT---GGA---TATC-ATAAGTTATAGGACAGTGGCACCGNAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAA-AAAAA--A-----TGAGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGTAA-GTTATTTATTATGGTATCTAAG---CAA-CCATATTAAGTAA-TT--TT-GTA-T--G-GCAATT---AGA---TATC-ATAAGTTATATGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGTCTATTG--TCATCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGAT-----ATAAACTA-TAAAAT
gi|10 : TGGAACGGTAGT--ACAGTCTATAA--TCGTCTCTTA----TAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGT-TAATAAACTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgtTAGATAA-TA--GT-ATA-T--GAGT-CTT---AGA---TATT-GTAAGTC-----------GCCCCGCAGTTGCCTGACTATAT--GCGTCTCTTA----AAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : taCAGTGGCATTTCAGCGGCCTGTCTAGTT--GAG------AAAAGTAAATGTTGTA-----------A-------C------A-C---------G--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAAACTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : ACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCA----TAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT-AAGTAAatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : ----TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT-TAAT-ATCTA-TT
gi|15 : TT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : a--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--AC-ACACA--T-----TTAGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGTAT-GTTAAATACTGCGATTTTTAAG---CAA-CCCTGTTA-AT-A-CA--TT-AT
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACAT-CAATAAACTA-TTAAAT
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTC-AATTTTAGTAATACAACTTTATCTT-----AAT--T-----TTAGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-A-GTGA--TCCT---GTCTTT------------TTATTACATGACTT--TT-GTA-T--G---------------------------TATAGGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGTCTAGTT--TTGTCTCTCT----TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TGATAAACTA-TTAAAc
gi|3 : A-CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AA-ACAAT--T-----TTAGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGTAATGTTGAGTTCTGCGATATTAAAGTTAC-A-ACA-ATTATAC----A--TT-GCAGT--G-GT-CTTCTAAGA---CATTTATA-GTGATAGAATAACGACACTTTGGTGACCTGACTATTG--TCGTCTCTTA----AAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT-TAACAA--TA-TT
gi|4 : tcgtgtttttctttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAA-AAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACCACTGTATTTAAG---C-AGCCTTAATACATGA-TAAGTT-GTA-T--G-CT-ATT---GGA---TATC-ATAAGTTAAAGAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGTCTAATT--TTGTCTCTTA----TAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGT-TGATAAACTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGT-AATTATTAT-TTGT-A-TTCAAGTACTATGGTATCTAAG---------GCATTAT---A-CA--TT-GTA-TAAG-AC--TT---GAATATTATC-ATAATTT
gi|5 : AGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGTATATTT---CGTCTTTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGT-TAATTAACTATTTAAATttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaaggacagtggcacctcagttgcctgtatatttcgtcttttataattcttatatagaatggcaattgttgtaacatgttatttgttttataaactgtattgtttacatgtacatatgctgagacgttaattaactatttaaat
gi|6 : tttttcaacttttatattttgtaattattatttgtattcaagtactatggtatctaaggcattatacattgtataagacttgaatattatcataatttttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaA-T--G-GCCATT---ATA---TATC-ATATGTTATAGGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGTCTGTTT--ACGTATCTCA----TAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGT-TAAGAAACTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GTCAAGTAATATAGAGTTTAAG---TTA-CCATATTAAATAA-TA--TTTGTA-T--G-GTTATT---AGA---TATC-ATAAG------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTTTTATAT--TCGCCTCTTA----TAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TAATAAACTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAATAT-----T-----TTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACTATGGTATCTAAGC--C-A-CCAAGTTAAATGA-TA--TT-GTT-T--------TT---GGA---TATC-ATAAGTTATAGGACAGTTGCACCAAAATTACCTGTCTATTT--Tt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGTCTATGA--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCAT-TAATAAACTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 2 222222 444444444444444444444 111 3333333 22222 44444444444444444444 1111111111111
lowQualScore : 5 5 1 1 1 1 1 888888888 22 6 0 0 0 333333 555 6 1 111111111111111111111 000 6 1 5 3 4 3 5 5 5 33 22 2222222 33 5 9 4 66 4 4 77777 777 9999 4 2 00 33 0 33 5555 33 8888888 777777 99999999999999999999 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . . . . ...... ... . . ..................... ... . . . . . . . . . .. .. ....... .. . . . .. . . ..... ... .... . . .. .. . .. .... .. ....... ...... .................... ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 0 555555555 00 7 7 2 2 000000 999 7 0 888888888888888888888 222 7 0 7 2 9 0 7 0 0 11 00 1111111 22 3 2 4 11 4 4 88888 888 4444 4 0 44 00 1 77 7777 77 7777777 777777 00000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 1 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGTAA-GTTAANTACTACGGTATTTAAG---C-A-CCNTATTANATGA-TA--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA----TATC-ATAAGTTATAGGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGTAA-GTTAANTACTACGGTATTTAAG---C-A-CCNTATTANATGA-TA--TT-GTA-TG-GC-ATT---AGA----TATC-ATAAGTTATAGGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAA-AAAAA--A-----TGAGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGTAA-GTTATTTATTATGGTATCTAAG---CAA-CCATATTAAGTAA-TT--TT-GTA-TG-GCAATT---AGA----TATC-ATAAGTTATATGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGTCTATTG--TCATCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGAT-----ATAAACTA-TAAAAT
gi|10 : GTCTATAA--TCGTCTCTTA----TAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGT-TAATAAACTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgttggaacggtagtacaTAGATAA-TA--GT-ATA-TGAGT-CTT---AGA----TATT-GTAAGTC-----------GCCCCGCAGTTGCCTGACTATAT--GCGTCTCTTA----AAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : taCAGTGGCATTTCAGCGGCCTGTCTAGTT--GAG------AAAAGTAAATGTTGTA-----------A-------C------A-C---------G--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAAACTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : ACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCA----TAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT-AAGTAAatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : ----TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT-TAAT-ATCTA-TT
gi|15 : TT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : a--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--AC-ACACA--T-----TTAGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGTAT-GTTAAATACTGCGATTTTTAAG---CAA-CCCTGTTA-AT-A-CA--TT-AT
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACAT-CAATAAACTA-TTAAAT
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTC-AATTTTAGTAATACAACTTTATCTT-----AAT--T-----TTAGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-A-GTGA--TCCT---GTCTTT------------TTATTACATGACTT--TT-GTA-TG----------------------------TATAGGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGTCTAGTT--TTGTCTCTCT----TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TGATAAACTA-TTAAAc
gi|3 : A-CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AA-ACAAT--T-----TTAGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGTAATGTTGAGTTCTGCGATATTAAAGTTAC-A-ACA-ATTATAC----A--TT-GCAGTG-GT-CTTCTAAGA----CATTTATA-GTGATAGAATAACGACACTTTGGTGACCTGACTATTG--TCGTCTCTTA----AAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT-TAACAA--TA-TT
gi|4 : tcgtgtttttctttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAA-AAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACCACTGTATTTAAG---C-AGCCTTAATACATGA-TAAGTT-GTA-TG-CT-ATT---GGA----TATC-ATAAGTTAAAGAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGTCTAATT--TTGTCTCTTA----TAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGT-TGATAAACTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGT-AATTATTAT-TTGT-A-TTCAAGTACTATGGTATCTAAG---------GCATTAT---A-CA--TT-GTA-TA-AG-ACT---TGAATATTATC-ATAATTT
gi|5 : AGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGTATATTT---CGTCTTTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGT-TAATTAACTATTTAAATttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaaggacagtggcacctcagttgcctgtatatttcgtcttttataattcttatatagaatggcaattgttgtaacatgttatttgttttataaactgtattgtttacatgtacatatgctgagacgttaattaactatttaaat
gi|6 : tttttcaacttttatattttgtaattattatttgtattcaagtactatggtatctaaggcattatacattgtataagacttgaatattatcataatttttttattgtattattatactttactacattttttttaaaaaaaaatgctctaA-TG-GCCATT---ATA----TATC-ATATGTTATAGGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGTCTGTTT--ACGTATCTCA----TAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGT-TAAGAAACTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GTCAAGTAATATAGAGTTTAAG---TTA-CCATATTAAATAA-TA--TTTGTA-TG-GTTATT---AGA----TATC-ATAAG------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTTTTATAT--TCGCCTCTTA----TAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TAATAAACTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAATAT-----T-----TTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGTAA-GTTAATTACTATGGTATCTAAGC--C-A-CCAAGTTAAATGA-TA--TT-GTT-T------TT---GGA----TATC-ATAAGTTATAGGACAGTTGCACCAAAATTACCTGTCTATTT--Tt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGTCTATGA--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCAT-TAATAAACTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 2 222222 444444444444444444444 111 1111 111 3333333333333333333333333333 1111111111111 22222 22222222222222222222 44444444444444444444 1111111111111
lowQualScore : 5 5 1 1 1 1 1 888888888 22 6 0 0 0 333333 555 6 1 111111111111111111111 000 6 1 5 3 1 3 5 2222 5 66 000 5 33 1111111111111111111111111111 99 7777777777777 4 4 00000 777 777 4 33333333333333333333 0 1 4 33 0 33 5555 33 8888888 777777 99999999999999999999 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . . . . ...... ... . . ..................... ... . . . . . . . .... . .. ... . .. ............................ .. ............. . . ..... ... ... . .................... . . . .. . .. .... .. ....... ...... .................... ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 0 555555555 00 7 7 2 2 000000 999 7 0 888888888888888888888 222 7 0 7 2 4 0 7 1111 0 99 000 0 11 0000000000000000000000000000 88 3333333333333 4 4 66666 888 888 4 22222222222222222222 8 8 4 00 1 77 7777 77 7777777 777777 00000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 1 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAA-AAAAA--A-----TGAGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGT----AA-GT--TA-TTTA-TTATGGTATC----------TAAG---CAA-CCA---TATTAA-GTAA-T------T--TT-GTA-TG-GCAATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-TGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGTCTATTG--TCATCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGAT-----ATAAACTA-TAAAAT
gi|10 : GTCTATAA--TCGTCTCTTA----TAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGT-TAATAAACTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgttggaacggtagtacaTAG-ATAA-T------A--GT-ATA-TGAGT-CTT---AGA---TATT-G---------TAA--------GTC------------GCCCCGCAGTTGCCTGACTATAT--GCGTCTCTTA----AAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : taCAGTGGCATTTCAGCGGCCTGTCTAGTT--GAG------AAAAGTAAATGTTGTA-----------A-------C------A-C---------G--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAAACTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : ACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCA----TAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT-AAGTAAatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : ----TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT-TAAT-ATCTA-TT
gi|15 : TT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : a--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--AC-ACACA--T-----TTAGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGT----AT-GT--TA-AATA-CTGCGATTTT----------TAAG---CAA-CCC---TGTTA--AT-A-C------A--TT-AT
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACAT-CAATAAACTA-TTAAAT
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTC-AATTTTAGTAATACAACTTTATCTT-----AAT--T-----TTAGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-----A-GT--GA---TC-CT---GTCTT----------T------------T---TATTAC-ATGACT------T--TT-GTA-TG--------------------------------------------TATA-GGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGTCTAGTT--TTGTCTCTCT----TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TGATAAACTA-TTAAAc
gi|3 : A-CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AA-ACAAT--T-----TTAGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGT----AATGT--TG-AGTT-CTGCGATATT----------AAAGTTAC-A-ACA----ATTAT-AC----------A--TT-GCAGTG-GT-CTTCTAAGA---CATTTA---------TA---------GTGATA-GAATAACGACACTTTGGTGACCTGACTATTG--TCGTCTCTTA----AAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT-TAACAA--TA-TT
gi|4 : tcgtgtttttctttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAA-AAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CCACTGTATT----------TAAG---C-AGCCT---TAATAC-ATGA-T------AAGTT-GTA-TG-CT-ATT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTAAA-GAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGTCTAATT--TTGTCTCTTA----TAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGT-TGATAAACTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGTAA-TTATTAT-TTGTATTCAA-GTACTATGGTATCTAAGGCATTATACATTGTATAAG-----A-CTTGAATATTATCATAA-TTTTTTTA--TT-GTA-T---T-ATT---ATACTTTACT-ACATTTTTTTTAAAAAAAAATGCTCTAAGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGTATATTT---CGTCTTTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGT-TAATTAACTATTTAAAT
gi|6 : A-TG-GCCATT---ATA---TATC-A---------TAT--------GTTATA-GGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGTCTGTTT--ACGTATCTCA----TAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGT-TAAGAAACTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GT--CA-AGTA-ATATAGAGTT----------TAAG---TTA-CCA---TATTAA-ATAA-T------A--TTTGTA-TG-GTTATT---AGA---TATC-A---------TAA--------G-------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTTTTATAT--TCGCCTCTTA----TAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TAATAAACTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAATAT-----T-----TTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CTATGGTATC----------TAAGC--C-A-CCA---AGTTAA-ATGA-T------A--TT-GT------T-TTT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTTGCACCAAAATTACCTGTCTATTT--Tt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGTCTATGA--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCAT-TAATAAACTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 2 222222 444444444444444444444 111 1111 111 3333333333333333333333333333 1111111111111 22222 22222222222222222222 44444444444444444444 1111111111111
lowQualScore : 5 5 1 1 1 1 1 888888888 22 6 0 0 0 333333 555 6 1 111111111111111111111 000 6 1 5 3 1 3 5 2222 5 66 000 5 33 1111111111111111111111111111 99 7777777777777 4 4 00000 777 777 4 33333333333333333333 0 1 4 33 0 33 5555 33 8888888 777777 99999999999999999999 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . . . . ...... ... . . ..................... ... . . . . . . . .... . .. ... . .. ............................ .. ............. . . ..... ... ... . .................... . . . .. . .. .... .. ....... ...... .................... ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 0 555555555 00 7 7 2 2 000000 999 7 0 888888888888888888888 222 7 0 7 2 4 0 7 1111 0 99 000 0 11 0000000000000000000000000000 88 3333333333333 4 4 66666 888 888 4 22222222222222222222 8 8 4 00 1 77 7777 77 7777777 777777 00000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 1 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-TATTAA-AAAAA--A-----TGAGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGT----AA-GT--TA-TTTA-TTATGGTATC----------TAAG---CAA-CCA---TATTAA-GTAA-T------T--TT-GTA-TG-GCAATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-TGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGTCTATTG--TCATCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGAT-----ATAAACTA-TAAAAT
gi|10 : GTCTATAA--TCGTCTCTTA----TAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGT-TAATAAACTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgttggaacggtagtacaTAG-ATAA-T------A--GT-ATA-TGAGT-CTT---AGA---TATT-G---------TAA--------GTC------------GCCCCGCAGTTGCCTGACTATAT--GCGTCTCTTA----AAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : taCAGTGGCATTTCAGCGGCCTGTCTAGTT--GAG------AAAAGTAAATGTTGTA-----------A-------C------A-C---------G--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAAACTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : ACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCA----TAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT-AAGTAAatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : ----TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT-TAAT-ATCTA-TT
gi|15 : TT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : a--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT-TA--AC-ACACA--T-----TTAGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGT----AT-GT--TA-AATA-CTGCGATTTT----------TAAG---CAA-CCC---TGTTA--AT-A-C------A--TT-AT
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACAT-CAATAAACTA-TTAAAT
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTC-AATTTTAGTAATACAACTTTATCTT-----AAT--T-----TTAGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-----A-GT--GA---TC-CT---GTCTT----------T------------T---TATTAC-ATGACT------T--TT-GTA-TG--------------------------------------------TATA-GGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGTCTAGTT--TTGTCTCTCT----TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TGATAAACTA-TTAAAc
gi|3 : A-CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC-----AA-ACAAT--T-----TTAGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGT----AATGT--TG-AGTT-CTGCGATATT----------AAAGTTAC-A-ACA----ATTAT-AC----------A--TT-GCAGTG-GT-CTTCTAAGA---CATTTA---------TA---------GTGATA-GAATAACGACACTTTGGTGACCTGACTATTG--TCGTCTCTTA----AAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT-TAACAA--TA-TT
gi|4 : tcgtgtttttctttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTT-TATAAA-AAAAAAATAAAAATTGGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CCACTGTATT----------TAAG---C-AGCCT---TAATAC-ATGA-T------AAGTT-GTA-TG-CT-ATT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTAAA-GAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGTCTAATT--TTGTCTCTTA----TAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGT-TGATAAACTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGTAA-TTATTAT-TTGTATTCAA-GTACTATGGTATCTAAGGCATTATACATTGTATAAG-----A-CTTGAATATTATCATAA-TTTTTTTA--TT-GTA-T---T-ATT---ATACTTTACT-ACATTTTTTTTAAAAAAAAATGCTCTAAGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGTATATTT---CGTCTTTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGT-TAATTAACTATTTAAAT
gi|6 : A-TG-GCCATT---ATA---TATC-A---------TAT--------GTTATA-GGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGTCTGTTT--ACGTATCTCA----TAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGT-TAAGAAACTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GT--CA-AGTA-ATATAGAGTT----------TAAG---TTA-CCA---TATTAA-ATAA-T------A--TTTGTA-TG-GTTATT---AGA---TATC-A---------TAA--------G-------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTTTTATAT--TCGCCTCTTA----TAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TAATAAACTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT-AATTAATAT-----T-----TTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CTATGGTATC----------TAAGC--C-A-CCA---AGTTAA-ATGA-T------A--TT-GT------T-TTT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTTGCACCAAAATTACCTGTCTATTT--Tt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGTCTATGA--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCAT-TAATAAACTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa
blockSeqs : G A T T G C A TTAGATGAT AA T GACATA GTA A A TATAAAAAAAAAATAAAAA ATT C T C T A A A ATTC T AC TGG T GC ATACATTGTATAAGACTTGAAT TC AATTTTTTTA T G AGTC CTA CTT T CATTTTTTTTAAAAAAAAAT A A GC AA AAAG AG ATTGTTG GCTGTA TATTTGTATCA TGTATCATGAT TATAA GGGTT AAA TGTATAC T GAT A TT TAAT AC C T
blockSeqs : . . G . A TAACACACAT A . C T T A T . . . . AA . GC AAAGTTACAACA G GATAAG . . GCCA . . . TAA A . TC . . . . . TATTTGTATCA AAC . . . . A TT . . . . . .
blockSeqs : . T . A AATTAATATT G . C T T A A . . . . AG . AC TAAGCAACCCT C GACTT . . GTTA . . . TAA A . CC . . . . . TGTTTTAAAA A . . . . T GA . . . . . .
blockSeqs : . T . T ATCTTAATT A . C . . A T . . . . AT . AA TAAGCAGCCTT T AATA . . GTC . . . TAT C . TC . . . . . TAACGTATGC G . . . . T GA . . . . . .
blockSeqs : T . T AAACAATT T . . . . . A . . . . AG . AT TAAGTTACCAT C AATA . . CTA . . . TAA A . TT . . . . . TATTGTATCA T . . . . T AT . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . AT . AT TAAGCCACCAA A GATA . . TA . . . TAA A . AA . . . . . TGG T . . . . A GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTT A ACA . . TT . . . TA . . TC . . . . . TGA T . . . . T TT . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . AA . . . . . ATA A . . . . T TA . . . . . .
blockSeqs : GT . . . . . ACA C . . . . T GA . . . . . .
blockSeqs : AA . . . . . CG T . . . . T AA . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA T . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CA T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CA T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . .
blockSeqCons : AAACAATAT************
originalCons : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT-TATTAA-ANAAA--T-----TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
finalCons : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTTAAACAATAT------------TTAGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-ATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Alignments
lowQualScore : 1 1 333333333 2 222222 44444444444 111 1111 111 3333333333333333333333333333 1111111111111 222222 22222222222222222222 44444444444444444444 1111111111111
lowQualScore : 5 5 1 1 1 1 1 888888888 22 6 0 0 0 333333 555 6 1 66666666666 99 6 99 6 000 6 1 5 3 1 3 5 2222 5 66 000 5 33 1111111111111111111111111111 99 7777777777777 4 4 000000 777 777 4 33333333333333333333 0 1 4 33 0 33 5555 33 8888888 777777 99999999999999999999 5555555555555 66666 66666 444 9999999 1 777 2 33 6666 33 3 3
lowQualScore : . . . . . . . ......... .. . . . . ...... ... . . ........... .. . .. . ... . . . . . . . .... . .. ... . .. ............................ .. ............. . . ...... ... ... . .................... . . . .. . .. .... .. ....... ...... .................... ............. ..... ..... ... ....... . ... . .. .... .. . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 0 0 555555555 00 7 7 2 2 000000 999 7 0 88888888888 22 7 55 7 222 7 0 7 2 4 0 7 1111 0 99 000 0 11 0000000000000000000000000000 88 3333333333333 4 4 666666 888 888 4 22222222222222222222 8 8 4 00 1 77 7777 77 7777777 777777 00000000000000000000 0000000000000 77777 77777 777 3333333 7 666 7 77 1111 99 1 3
consensus : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT----------AAAC--A-ANATTT-AGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-A-TT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
Reference ( family-7812 ) : ACAAAATATGTTTAATGCNTGCNTNAAANCCTACCGCNAATCAGTTCTTAGATGATATTCGNNTTTTTAAAA-CATTTCGTAAGATGCGCGATAGTGCC------TATATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATNCAATTTT----------AAAC--A-ATATTT-AGGCGAAAGTCAAGATN--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATNATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ANTA-CTACGGTATT----------TAAG---C-A-CCN---TATTAN-ATGA-T------A--TT-GTA-TG-GT-A-TT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTGGCACCNCAGTTGCCTGTCTATTT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGACGT-TAATAAACTA-TTAAAT
gi|1 : ACAAAATAT-TTTA-TGCATGTATCAAAACCTACCGCTAATCAATTC---------ATTCGTTTTTTTAAAAACATTTCGTAAGATGCGCAATAGTGCC------TTTATACAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTTTATT------AAAA--A-AAATG--AGGCGAAAGTCAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATATTCTGTAAATTACCGT-TTGT----AA-GT--TA-TTTA-TTATGGTATC----------TAAG---C-AACCA---TATTAA-GTAA-T------T--TT-GTA-TG-GC-AATT---AGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-TGGCAGTGCCACCAAAGTTACCTGTCTATTG--TCATCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------GATT-----G-----TT---TAATA-------AACTGTATTGTGA-AATT-ATA--CA----T--ATGATGAGAT-----ATAAACTA-TAAAAT
gi|10 : GTCTATAA--TCGTCTCTTA----TAA-TCTAATATAGAAT--GGTA-------T------A-TG--------G--------CGT--A----------ACAT-----G-----TTAAAAAACA-------AACTGTA----------T-GTA--CA----C--ATGGTGAGACGT-TAATAAACTA-c
gi|11 : atttttattattaaatacgaatacgttggaacggtagtacaTAG-ATAA-T------A--GT-ATA-TGAGT-C-TT---AGA---TATT-G---------TAA--------GTC------------GCCCCGCAGTTGCCTGACTATAT--GCGTCTCTTA----AAATCCTTACATAGAAT--GGGA-------T------A-TGTTTTAAA-A--------CGT--G----------ATTT-----G-----TT---TTA
gi|12 : taCAGTGGCATTTCAGCGGCCTGTCTAGTT--GAG------AAAAGTAAATGTTGTA-----------A-------C------A-C---------G--------TGT--T----------ATTT-----T-----GT---TTACA-------AACTGTGTTGC-----TT-GTG--CA----T--ATGATGAGA-GTCTAATAAACTA-TGAAATgacgttaattaatacg
gi|13 : ACCCCAATTACATGTACATATAATGGTCTCTCA----TAATTCTTAT-CAGAAC--AGCA-------T------A-TG--------A--------TGTAAC----------ATCTTATAAG-----TG---CTACA-------AACTGTAAT---A-CATT-ATATTCA----TACATGATAAAACAT-AAGTAAatgttaaatgttaacgtt
gi|14 : ----TAATTCTTATATATGAT--AGCA-------T------AAT---------A--------TGT--TGTATCATGATATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTTTTGTTT-AATT-GTA--CT----T--ATGATGTGACAT-TAAT-ATCTA-TT
gi|15 : TT--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGACT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AATCATATTTTGA-AATT-GTA--C
gi|16 : a--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------TTAT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTGA-GATT-GTA--CA----T--CTAATGAG
gi|17 : TACAT-G-T-GTTACATTTAAGTAATACAACTTT----------TAAC--ACACATTT-AGGCGGAGGTCAAGGTA--AGCAGTATTTT
gi|18 : CTATCAATAATTGT-TTGT----AT-GT--TA-AATA-CTGCGATTTT----------TAAG---CAA-CCC---TGTTA--AT-A-C------A--TT-AT
gi|19 : TT-GTA--CA----T--ATGATAAGACAT-CAATAAACTA-TTAAAT
gi|2 : ACAAAATATGTTTAATGCTTGCTTGAAACCCTACTGCAAATCAGTTTTTAGATGATATTCAAATTTTTAAAATCATTTTGTAAGATGTGCGATAGTTCC------AATATACATGTAT-GTC-AATTTTAGTAATACAACTTT-----------ATCTTA-AT-TTT-AGGCAGAAGTCAAGATG--AGCAGTATTTTT-T-AA-----------TGCAAATTAATGCATTGT-----A-GT--GA---TC-CT---GTCTT----------T------------T---TATTAC-ATGACT------T--TT-GTA-TG---------------------------------------------TATA-GGTCAGAGGTGCCTCAGTGGCCGGTCTAGTT--TTGTCTCTCT----TAATTCTTATATAGAAT--AGCA-------T------A-C---------A------------------------ATTT-----C-----TT---TTATA-------AACTGTAATGTAT-AAGT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TGATAAACTA-TTAAAc
gi|3 : A-CATTTTATAAGTTTGGTGATAGTACCGACATATATATATAT-T-TAGTCAAGCTTAAGTAATACAATCGC----------AAAC--A-AT-TTT-AGACTAAGGTCAATATATTAGCAGTATTTGT-TTAACGTTCATA-----------ATTGT-TTGT----AATGT--TG-AGTT-CTGCGATATT----------AAAGTTAC-A-ACA----ATTAT-AC----------A--TT-GCAGTG-GT-C-TTCTAAGA---CATTTA---------TA---------GTGATA-GAATAACGACACTTTGGTGACCTGACTATTG--TCGTCTCTTA----AAACTCATATATAGAACAGGACA-------TGCTGTAA-C---------A--------TGT--A----------ATTT-----G-----TT---ATATC-------AACTACA-TACGATAACTAAAA--CATAATT--ATGATGAGACGT-TAACAA--TA-TT
gi|4 : tcgtgtttttctttC------TATATACAT-T-T-GTCAAGTTTTAGTAATTCAATTTTTATAAAAAAAAAAT--A-AAAATT-GGGCGATCGTCAAGATA--AGTATTTTTTTTCTCAACTTT-ATATTCTATAAATAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CCACTGTATT----------TAAG---C-AGCCT---TAATAC-ATGA-T------AAGTT-GTA-TG-CT-A-TT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTAAA-GAGCAGTGGCACAAAAGTTGCCTGTCTAATT--TTGTCTCTTA----TAATTCTTATTTAGAAT--GGCA-------T------A-TATTTGTATCA--------TGT--C----------ATTT-----GGGGTTTT---TTTTA-------AATTATATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAGATGT-TGATAAACTA-TTAAATt
gi|5 : ggTTTT-TCAACTTTTATATTTTGTAA-TTATTAT-TTGTATTCAA-GTACTATGGTATCTAAGGCATTATACATTGTATAAG-----A-CTTGAATATTATCATAA-TTTTTTTA--TT-GTA-T---T-A-TT---ATACTTTACT-ACATTTTTTTTAAAAAAAAATGCTCTAAGGACAGTGGCACCTCAGTTGCCTGTATATTT---CGTCTTTTA----TAATTCTTATATAGAAT--GGCAATTGTTGT------AAC---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTTT-ACAT-GTA--CA----T--ATGCTGAGACGT-TAATTAACTATTTAAAT
gi|6 : A-TG-GCCA-TT---ATA---TATC-A---------TAT--------GTTATA-GGACAGTGGCATCAAAGTTGCCTGTCTGTTT--ACGTATCTCA----TAATTCTTATATAAAAT--TGGA-------T------A-T---------AACGTATGCTGT--T----------ATTT-----G-----TG---TTATG-------ACCTGTATCGTTA-ACGT-GTA--TA----T--ATGATGAGACGT-TAAGAAACTA-TTAAAT
gi|7 : ttgttgttaattaccgctgtgcactagatcaaatggttgtcgcgtttcagttatacactgA-GT--CA-AGTA-ATATAGAGTT----------TAAG---TTA-CCA---TATTAA-ATAA-T------A--TTTGTA-TG-GTTA-TT---AGA---TATC-A---------TAA--------G-------GACAGTCGCATCGTAGTTGCCTTTTTATAT--TCGCCTCTTA----TAGTTCTTATATAGAAT--GGCA-------T------A-TATTGTATC-A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATATGTATACAACTGTATTGTGA-AATT-GTA--CA----T--ATGATGAAACGT-TAATAAACTA-TGAAAT
gi|8 : TATAAAT-T-T-GTCAAATTTTAGTAATTCAATTTT----------AATT--A-ATATTTTAGGCGAAAGTTAAGATT--AGCAGTATTTTT-TCAACTTTTATTTTCTGTAAAAAATTGT-TTGT----AA-GT--TA-ATTA-CTATGGTATC----------TAAGC--C-A-CCA---AGTTAA-ATGA-T------A--TT-GT------T-T-TT---GGA---TATC-A---------TAA--------GTTATA-GGACAGTTGCACCAAAATTACCTGTCTATTT--Tt
gi|9 : gATGCGCAATAGTGCC------TATATACAC-T-
gi|9 : atatattttatgtttcTTGCCTGTCTATGA--TCGTCTCTTA----TAATTCTTATACATAAT--GGCA-------T------A-T---------A--------TGT--T----------ATTT-----G-----TT---TTATA-------AACTGTATTGTAA-AATT-GTT--CA----G--ATGACGAGCCAT-TAATAAACTA-TTAAattgcctgtctatgatcgtctcttataattcttatacataatggcatatatgttatttgttttataaactgtattgtaaaattgttcagatgacgagccattaataaactattaa