lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 33333333333 66666666666666666666666 1 1111 1111111 11 1111 333333333333333333333333 222222 333333333 111111 111111 333333333333333333 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444 888888888888888888 11111 111111 222222
lowQualScore : 7777 3 4 444 0 44444444444 99 00000000000000000000000 0 8888 1 3333333 88 2222 666666666666666666666666 000000 0 555 000000000 3 9999999 3 555 222222 33 444 222222 888888888888888888 2 555555 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666 5 11 4444444 44 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888 2 1 6 555555555555 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333 555555555555555555 8 55555 4444 66666 333333 555555 111111 0 8
lowQualScore : .... . . ... . ........... .. ....................... . .... . ....... .. .... ........................ ...... . ... ......... . ....... . ... ...... .. ... ...... .................. . ...... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................... ..... .............................................................................................. ......... . .. ....... .. ....................................................................... ......... . . . ............ .. .................................................. .................. . ..... .... ..... ...... ...... ...... . .
lowQualScore : 0000 7 0 222 8 88888888888 00 44444444444444444444444 0 5555 7 8888888 33 1111 000000000000000000000000 444444 2 888 666666666 1 3333333 5 444 555555 44 444 888888 444444444444444444 4 444444 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 6 99 8888888 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 999999999 8 9 6 777777777777 44 11111111111111111111111111111111111111111111111111 777777777777777777 2 11111 0000 33333 333333 555555 999999 5 2
consensus : ATACATAAANCNAANAATGTA--CAATGTA---NA----CTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTA-AG-------C-AAACACGA-AGATATAGCCAGTAACCGAGAGCCAAA----CCATGT---AG----A--CTG-GAG---C-AAACA-TGTAGATAT---AGCCA-GT-GA-CT-------GAGAGC--CAAAC------CATGT--AG---A------CTG--G-------AG---C--AAA-C-A----T-GTAGAT-GT---A------ACCA-G-GA-CTGAGAGCCA----A----------T-----------G---------A---CTGAGA----GCCAA-AC----NATG--T------AG---A------C-------T-----G-NA------A------G---C--A-AACA-ATGTAGAT--GTAG--A---------GACT---------GAGAGCCAAACAATGT------AGACTGTAAGACGAAGGGC-G-AAGC--AA-A-C-A-TGTAGATGTAG-----GACTGAGAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--CT-----G-T-------A------A------G---C--------A-AA-C-A-TGTAGA----TGTAG-CAG--GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGT--A----G----A--C-TG-TA-A--------C--CAA-AC-A-TGTAGA----TA--TAG-CA------G--GACT---------GAGAGCC-AAACNAT----GT------A--GA------C-------TG-NA-------A-------G---C--A-AA-C-AATGTAGAT--GTA-------------GACTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A------CTGAGAGCCAAACAATG
Reference ( gi|1 ) : ATACATCATTCGAAAAATGTA--CAATGTA---TA----CTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTA-AG-------C-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAA----CCATAT---AT----A--CTGTAAG---C-AAACA-TGTATATAT---AGCCA-GT-GA-CT-------GAAAGT--CAAAC------CATAT--AG---A------CTG-TA-------AG---C--AAA-C-A----T-GTAGAT-AT---A------ACCA-GTGA-CTGAGAGCCA----A----------T-----------G---------A---CTGAGA----ACCAA-AT----CATA--T------AG---A------C-------T-----G-TA------A------G---C--A-AACATATGTAGAT--ATAGCCA------GT-GACT---------GAGAGCCAAACCATAT------AGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGC--AA-A-C-A-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAAC----CAT------AC----G--GA--CT-----G-T-------A------A------G---C--------A-AA-C-A-TGTAGA----TATAGCCAGT-GACT---------GAGAGTCAAATCA-------TGT--A----T----A--C-TG-TA-A--------C--CAA-AC-A-TGTAGA----TA--TAGCCA------GT-GACT---------GAGAGGC-AAACCAT----AT------A--GA------C-------TG-TA-------A-------G---C--A-AA-C-A-TGTAGAT--ATAACCAGT-------GACCGAGAGCCAAAC----CA----TA----T------AG------A------CTGAGAGCCAAACCATG
gi|5 : ATACATAAAACCAAGGATATAGCCAGTG------A----CTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTA-AG-------C-AAACATGT-AGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAAA----CCATAC---AG----A--CTGTAAG---C-AAACA-TGTAGATA
gi|16 : aaacaattttTCAAACAATGTA--TAA-GTA---GA----CTGAGAGTCAAACAATGTAG
gi|3 : atgtagactgagtgGAAAACCAAA--CAATGTAGTTCA----GAGAGAGCCAAACAAAGTAGA-TGTAGAGTGAAATCC-AAACA------ATATACTCAG-AACCGAA---CAAA----GTATAT---ATCG--A--CTGGGAG---CTAAACAATGTAGATGT---AA--------A-CT-------TAGAAC--CAAAC------AATGT--AG---ATGGAGACTG-AG-------AG---CCAAAA-T-A----T-GTAGAT-atgaagactgctagccaaactat
gi|4 : tAATGTA---GATGCC---GA----CTGAGAGCCAAAC--------------AA-------C-GTACATGA-AGAT------------TGAGATCCAAA----CAATATCG-ATGAAGA--CGGAGAG---CCAAACA------ATGT---AGATA-GA-GA-CT-------GAGAAC--CAAAC------GGTAT--AG---A------Cgaaga
gi|2 : tttA--CAATATA---TATAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAG-AG-------CCAAGCACTATAGATGTAG------ACCGAGAGCCAAG----CCATGT---A----------G-AGG---T-AGAC--TG---ATATCCAAACCACAT-AATCT-------AAGAGT--CAAAC------CATAT--AG---G------CAG--A-------GGTC-C--AAATC-A----T-GTAGA------------------------CTGAGAGACA----A----------TATATGTA----G---------A---CAGATA----GCCAA-AC----AATG--T------AG---A------C-------T-----GAGA------A------A---C--A-AA-GCATGTGAAT--GTA-------------GACT---------GAGAggacactgagagacaatcaa
gi|5 : ctgagagtaaaA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAA----CCATGT---AG----A--CTGTAAG---C-AAACA-TGTAGATAT---AACCA-GT-GA-CT-------GAGAGC--CAAAC------CATAC--AG---A------CTG-TA-------AG---C--AAA-C-A----T-GTAGAT-A
gi|9 : aaacaattttatacataaaaccaATATAACCAGTAACTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGAT----AGACTG---G---G-TACCA-T--ATATAT---AACCA-GT-AA-CT-------CGGTGC--CATAT------CAGAT--AG---A------CTG-
gi|2 : ccatatcagatagactgggtaccatatAACTGGGAGCCAAA----CCTTGT---AG----A--CTGAGAG---CCAAGCACTATAGATGT---AG--------A-CC-------GAGAGC--CAAGC------CATGT--AG---A-------------------GG---T--AGA-C---------T-GAT-ATCCAA------ACCACATAATCTAAGAGTCA----AACCATA----TA----------G---------G---CAGAGG----TCCAA-AT----CATG--T------AG---A------C-------T-----G-AG------A------G---A--C-AATATATGTAGACAGATAGCCAAACAATGTAGACT---------GAGAAACAAAGCATGT-------GAATGTA
gi|16 : ctgagagtaaaacaatatatataATGT---AG----A--CTG--AGTGTC-AAACA----ATGTAT---A---A-GTAGA-CT-------GAGAGT--CAAAC------AATGT--AG---A------gactgaga
gi|6 : ---C-AAACAATGTAGATTT---AG--------A-CG-------AAAGGC--CGAAC------AATGT--AG---ATGGAGACGG-CG-------AG---CC-AAA-C-AA---T-GTAGATGAT---G------AT----TGA-TTGCAAAACA----A----------T-----------GTTGGTGTAGA---CTGAGA----GCAAA-AC----AATG--T------AG---A------T-------T-----G-tgaagactgctagccaaactat
gi|2 : agagc-AAACA--ATATATAT---AA--------A-CT-------GGGAGC--CAAAC------CTTGT--AG---A------CTG-AG-------AGC--C--AAG-C-AC---T-ATAGAT-GT---A-------------GA-CCGAGAGCCAAGCCA----------TGTAGAGGTA--G---------A---CTGATA----TCCAA-AC----CACA--T------AA---T------C-------T-----A-AG------A------GT--C--A-AAC-------CAT--ATAGGCA----------------------GAGGTCCAAATCATGT------AGACTG--AG------------AGAC--AATA-T-A-TGTAGACA------------GATAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--CT-----GAG-------A------A------A---C--------A-AAGC-A-TGTGAA----TGTA-------GACT---------GAGAa
gi|4 : ctgagagtaA-TGTAGAT------GCC-----GA-CT-------GAGAGC--CAAACAACGTACATGA--AG---A------TTG----------AGATCC--AAA-C-AA---T-ATCGAT-G----A------A------GA-CGGAGAGCCA----AACAATGTAGATAGA--------G---------A---CTGAGA----ACCAA-AC----GGTA--T------AG---A------C-------
gi|9 : tttaTATATAT---AACCA-GT-AA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATAT------CAGAT--AG---A------CTG-----------G---G--TAC-C-A----T-ATA--T-AT---A------ACCA-GTAA-CT------CG----G----------T-----------G------------------------CCAT-AT----CAGA--T------AG---A------C-------T-----G-ggacactgagagacaatcaa
gi|5 : ccatatcagatagactgggtaccaATAT---AGCCA-GT-GA-CT-------GAGAGC--CAAAC------CATGT--AG---A------CTG-TA-------AG---C--AAA-C-A----T-GTAGAT-AT---A------ACCA-GTGA-CTGAGAG-------------------------------------------------------CCAA-AC----CATA--C------AG---A------C-------T-----G-TA------A------G---C--A-AAC--ATGTAGAT--A
gi|17 : aaacaattttatacataaaaccaaggA-GTAGA-CA-------GAGTGT--CAAACAATG--CATATGGAG---A------CTG-AG-------AGT--C--AAA-CAA----T-GTAGAT-
gi|3 : gtggaT-------GAAAAC--CAAAC------AATGT--AGTTCA------GAG-AG-------AG---CC-AAA-C-A----AAGTAGAT-GT---A------G--A-GTGA----------A----A----------T------------------------------------CCAA-AC----AATA--T------AC---T------C-------A-----G--A------A------C---C--G-AACAAA-GTATAT--AT------------C-GACT---------GGGAGCTAAACAATGT------AGA-TGTAAACTTAG-------AACC--AA-A-C-AATGTAGATGGAG------ACTGAGAGCCAAA------AT------AT----G--gaagactgat
gi|7 : GC--CAAAC------TATGT--TG---A-------TG-TAGACGAAGAG---CC-AAA-C-AA---T-GTAGAT-GG---A-------------GA-CTGAGAACCA----AAC--------TACTTATATGGAG---------A---TTGAGA----GCCAA-AC----AATG--T------AG---A------TGAAGACAT-----A-TA------G------G---T--A-AAT-TATGTAGAT--GTAtagatgaaga
gi|9 : --CATAT------CAGAT--AG---A------CTG-----------G---G--TAC-C-A----T-ATA--T-AT---A------ACCA-GTAA-CT-----CNN----N----------N-----------N---------N---NNNNGT----GCCAT-AT----CAGA--T------AG---A------C-------T-----G----------------G---G--T-ACCATAT----AT--ATAACCA------GT-AACT---------CGGTGCCATATCAGAT------AGACTGaa
gi|11 : c------CTGCTA-------GC---C--AAA-CTA----T-GTAGAT-GT---A--------CA------CGGAGAGCCA----AA---------C-----------G---------A----TGAGG----A-------------TG--G------AG---A------T-------T-----G--A------A------G---TCAA-AACA-ACGTA--T--ATTG--A------G---ACT---------GAGAGCCAAACAATGT------AGA
gi|10 : ------CTGCTA-------GC---C--AAA-CTA----T-GTAGAT-GT---A--------CA------CGGAGAGCCA----AA---------C-----------G---------A----TGAGG----A-------------TG--G------AG---A------T-------T-----G--A------A------G---TCAA-AACA-ACGTA--T--ATTG--A------G---ACT---------GAGAGCCAAACAATGT------AGAtggagaatgagcgtc
gi|6 : ---C--AAA-C-AA---T-GTAGAT-TT---AG-----ACGA-AAGG-CCGAA---CA----A----------TGTAGATGGA--G---------A---CGGCGA----GCCAA-AC----AATG--T------AG---A------T-------G-----A-TG------ATTGATTG---CA-A-AACA-ATGTTGGT--GTA-------------GACT---------GAGAGCAAAACAATGT------AGATTGtggagaatgagcgtc
gi|5 : agagc--AAA-C-AATTTT-ATACAT-AA---A------ACCA-AGGA-T--ATAGCCA----G----------T-----------G---------A---CTGAGA----GCCAA-AC----CATG--T------AG---A------C-------T-----G-TA------A------G---C--A-AACAT--GTAGAT--ATAACCA------GT-GACT---------GAGAGCCAAACCATAC------AGACT---------------GTAAGC--AA-A-C-A-TGTAGATAa
gi|4 : -A----T-GTAGAT-G------------CC----GA-CTGAGAGCCA----AACAACGTACAT-----------G---------AAGATTGAGA----TCCAA-AC----AATA--TCGATGAAG---A------C-------G-----G-AG------A------G---CC-A-AACA-ATGTAGAT--AGAG-------------ACT---------GAGAACCAAACGGTAT------AGAC
gi|8 : ttta----T-GTAGAT-AT---ATAGAGAACCA-AACA-ATAA-AGATG----A----------A-----------G---------A---CTGAGA----ACCAA-ACAATGTATG--T------AG---A------TAAAAAA-T-----G-AA------A------G---C--C-CACA-ATGTAGAT--GCAGACA----------------------GAGAG-CAAACAATGC------AGA-TGTAggacactgagagacaatcaa
gi|13 : GAGAGCCA----A---------------------------------------AAA----ATGAA-G------ATG--T------AG---A------C-------------G-AA------AC-----G---C--AGAACA-ATGTAGAT--GGAG-------------ACT---------GAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGACTGgac
gi|15 : AGAGCCA----A---------------------------------------AAA----ATGAA-G------ATG--T------AG---A------C-------G-----A-AA------G------G---C--AGAACA-ATGTAGAT--GGAG-------------ACT---------GAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGACTGa
gi|7 : -----------G---------A---CGAAGA----GCCAA-AC----AATG--T------AG---ATGGAGAC-------T-----GAGA------A------C---C--A-AAC-TACTTA--T--ATGG--A------G---ATT---------GAGAGCCAAACAATGT------AGA-TG-AAGACATA------TAGGT--AA-ATT-A-TGTAGATGTAa
gi|16 : gccaaactatgttgatgta-----------G---------A---CTGAGT----GTCAA-ACAATGTATAAGT------AG---A------C-------T-----G-AG------A------GT--C--A-AACA-ATGTAGAT--GAAG-------------ACT---------GCTAGCCAAACTATaa
gi|2 : atgta---CTGAGAGTAAAACAATAT-----ATA--T------AA---A------C-------T-----G-GG------A------G---CC-A-AACCT-TGTAGA---------------------CT---------GAGAGCCAAGCACTAT------AGA-TGTA-GACCGAGAGCC--AAGC-------C-A-TGTAGAGGTAG------ACTGATATCCAAAC----CAC------AT--------A--AT-----C-T-------A------A------GAGTC--------A-AA-C-C------A----TATAGGCAG----------------AGGTCCAAATCA-------TGT--A----G----A--C-TGAGA-G--------A--CAATAT-A-TGTAGA----CAGATAGCCAAACAATGTAGACT---------GAGAAAC-AAAGCAT----GT---------GA------A-------TG-TA-------
gi|3 : TGAAA----ACCAA-AC----AATG--T------AGTTCA------G-------A-----G-AG------A------G---CC-A-AACAAA-GTAGAT--GTAG--A------GT-GA-------------AATCCAAACAATAT------A--CT--------CAGAACCG--AAC--AA-A------GTATATAT------CGACTGGGAGCTAAAC----AAT------GT----A--GA---T-----G-T-------A------A------A---CTTAGAACCA-AA-C-AATGTAGA----TGGAG-------ACT---------GAGAGCCAAAATA-------TGT--A----gactgaga
gi|6 : AGA----GCCAA-AC----AATG--T------AG---A------T-------TTAGACG-AA------A------GGC-C--G-AACA-ATGTAGAT--GGAG-------------ACG---------GCGAGCCAAACAATGT------AGAT-----GATGATTGATTGCA-----AA-A-CAA-TGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAAC----AAT------GT----A--GA--TT-----G-gatgaaga
gi|12 : AGA----GCCAA-GC----AATG--T------AG---A--------------T-----G-TAGACGAAA------GGC-C--A-AACA-ATGTAGAT--GGAG-------------ACT---------GAGAGCTAAACAATGT------AGAa
gi|9 : CCAT-AT----CAGA--T------AG---A------C-------T-----G----------------G---G--T-ACCATAT----AT--ATAACCA------GT-AACTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGAT------AGACTG-------------GGTA--C-------C-A-TAT--ATATAACCAGTAACTCGGTGCCATAT----CAG------AT----A--GA--CT-----G-tggagactgagaaat
gi|16 : ATG--T------AG---A------C-------T-----G---------A------GTGTC--A-AACA-ATGTA------TA---A------GTAGACT---------GAGAGTCAAACAATGT------AGA
gi|8 : ATA--T------AG---A--------------------G--A------A------C---C--A-AACA-ATAAAGAT--GAAG-------------ACT---------GAGAACCAAACAATGT------A---TGTA--GATAAAAAATGAAAGC--CC-A-CAA-TGTAGATGCAGACA------GAGAG-CAAAC----AAT------GC----A--GA---T-----G-T-------A------tgaagactgctagccaaactat
gi|17 : tgtagatA--C------AG---A------G-------T-----G-T------------------C--A-AACA-ATGCA--T--ATGG--A------G---ACT---------GAGAGTCAAACAATGT------AGAgac
gi|11 : gtggaagtag------C-------T-----GCTA------G------C---C--A-AAC-TATGTAGAT--GTA--CA-----------CG---------GAGAGCCAAAC------------GA---TGAGGATGGAGATTG-AAGTCAAA-A-CAA-CGT--ATATTG--A--GACTGAGAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--tgaagactgat
gi|10 : ------C-------T-----GCTA------G------C---C--A-AAC-TATGTAGAT--GTA--CA-----------CG---------GAGAGCCAAAC------------GA---TGAGGATGGAGATTG-AAGTCAAA-A-CAA-CGT--ATATTG--A--GACTGAGAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--tggagaatgagcgtc
gi|12 : ---C--A-AGCA-ATGTAGAT--GTAG-------------ACG---------AAAGGCCAAACAATGT------AGA-TG---GAGACTGAGAGCTAAAC--AA-------TGTAGATGGAG------ACTGAGAtggagaatgagcgtc
gi|18 : agagc---C--A-AACA-ATGTAGAT--GTA-------------GACT---------GAAAGCCATACAATTT------AGAaat
gi|19 : ctgagagc---C--A-AATA-ATGTAGAT--GTAG-------------ACG---------GAGAGCCAAACAATGC------AGAtggagactga
gi|4 : ATGTAGAT-----GCC----------GACT---------GAGAGCCAAACAACGT------ACA-TG-AAGATTGAGATC------C--AA-A-C-A------ATATCGATGAAGACGGAGAGCCAAAC----AATGTAGATAG----A--GA--CT-----GAG-------A------A------C---C--------A-AA-C-------GG----TATAGACGGA-CACT---------GAGAGAC-AATCA-------tggacact
gi|20 : tttaATGTAGAT-----GCC----------GACT---------GAGAGCCAAACAATa
gi|5 : ttactgacagttaGAT--ATAGCCA------GT-GACT---------GAGAGCCAAACCATGT------AGACTGTAA---------------GC--AA-A-C-A-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAAAC----CAT------AC----A--GA--CT-----G-T-------A------A------G---C--------A-AA-C-A-TGTAGA----TAggata
gi|16 : aaacaattttatacataaaaccaag-GACT---------GAGTGTCAAACAATGT------A-----TAAGTAGACTGAGAGT---C--AA-A-C-AATGTAGATGAAG------ACTGCTAGCCAAAC----TAT------
gi|18 : atgtaCT---------GAGAGCCAAACAATGT------AGA-TGTA
gi|13 : ---------GAGAGCCAAAAAATGA------AGA-TGTA-GACGAAACGCAG--AAC--AA-------TGTAGATGGAG------ACTGAGAGCCAAAC----AAT------gactgaaagccatacaatttagatggagactga
gi|6 : AGAGCCAAACAATGT------AGATT-TA-GACGAAAGGCCG--AAC--AA-------TGTAGATGGAG------ACGGCGAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--TG-----A-T-------G------ATTGATTG---C--------A-AAAC-AATGTTGG----TGTAG-------ACT---------GAGAGCAAAACAA-------TGT--A----G----A--T-TG-gttgatggagactga
gi|12 : AGAGCCAAGCAATGT------AGA-TGTA-GACGAAAGGC------C--AA-A-C-AATGTAGATGGAG------ACTGAGAGCTAAAC----AAT------GT----A--GA--a
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGA------AGA-TGTA-GACGAAAGGCAG--AAC--AA-------TGTAGATGGAG------ACTGAGAGCCAAAC----AAT------tggagactgagaaat
gi|7 : GCCAAACTATGT------TGA-TGTA-GACGAAGAGC------C--AA-A-C-AATGTAGATGGAG------ACTGAGAACCAAACTACTTAT------AT----GGAGA--TT-----G-A-------G------A------GC--C--------A-AA-CAA-TGTAGA----TGAAGACA-T---------------ATAGGTAAATTA-------TGT--A----G----A----TG-TA-A--------gttgatggagactga
gi|12 : AAGC--AA-------TGTAGATGTAG------ACGAAAGGCCAAAC----AATGTAG--AT----G--GAGACT-----G-A-------G------A------G---CT-------A-AA-C-AATGTAGA----TGGAG-------ACT---------GAGAa
gi|11 : agagccC--AA-A-CTA-TGTAGATGTA--CA----CGGAGAGCCAAAC----GATGAGG--AT----GGAGA--TT-----G---------A------A------G---TCA------A-AA-CAA-CGT--A----TATTG--A---GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGT--A----aat
gi|10 : ctgctagcC--AA-A-CTA-TGTAGATGTA--CA----CGGAGAGCCAAAC----GATGAGG--AT----GGAGA--TT-----G---------A------A------G---TCA------A-AA-CAA-CGT--A----TATTG--A---GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGT--A----gatggagaatgagcgtc
gi|19 : ctgctagcC--AA-A-T-AATGTAGATGTAG------ACGGAGAGCCAAAC----AAT------GC----A--GA--gatggagaatgagcgtc
gi|2 : --AA-A-C-A--ATATATATAA------ACTGGGAGCCAAAC----CTT------GT----A--GA--CT-----G-A-------G------A------G---CC-------A-AG-C-ACTATAGA----TGTAG-------ACC---------GAGAGCCAAGCCA-------TGT--AGAGGT----AGAC-TGATA-T--------C--CAA-AC-C------A----CA--TAATC-------------T---------AAGAGTC-AAACCAT----AT------A--GG------C-------AG--A-------G-------GTC-C--A-AATC-A-TGTAGACTGAGAGACAATATATGTAGACAGATAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A------CTGAGAAACAAAGCATGtggacact
gi|4 : ctgagagta-A-TGTAGAT---GCC---GACTGAGAGCCAAACAA--CGT------ACATGAA--GA--TT-----G----------------A------GATCC--------A-AA-C-A------A----TATCGATGAA-GACG---------GAGAGCCAAACAA-------TGTAGA----TAGAGA--C-TGAGA-A--------C--CAA-AC-------GG----TA--TAGACG------GA-CACT---------GAGAGAC-AAtgaatgtagactgaga
gi|20 : ttta-A-TGTAGAT---GCC---GACTGAGAGCCAAAC----AAT------tcaa
gi|5 : ttactgacagttaGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAAC----CAT------GT----A--GA--CT-----G-T-------A------A------G---C--------A-AA-C-A-TGTAGA----TATAACCAGT-GACT---------GAGAGCCAAACCA-------TAC--A----G----A--C-TG-TA-A--------G--CAA-AC-A-TGTAGA----TA--ggata
gi|13 : aaacaattttatacataaaaccaagGAGAGCCAAAA----AAT------GA----A--GA---T-----G-T-------A------G------A---C--------G-AA---A-CGCAGAACAATGTAGATGGA-GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGT--
gi|6 : AGAGCCAAAC----AAT------GT----A--GA--TTTAGACG-A-------A------A------GGC-C--------G-AA-C-AATGTAGA----TGGAG-------ACG---------GCGAGCCAAACAA-------TGT--A----G----A--T-GA-TG-ATTGATTG-C--AAA-AC-AATGTTGG----TG--TAG-------------ACT---------GAGAGCA-AAACAAT----GT------A--GA------T-------TG-tgatggagactga
gi|12 : AGAGCCAAGC----AAT------GT----A--GA---T-----G-T-------AGACGAAA------GGC-C--------A-AA-C-AATGTAGA----TGGAG-------ACT---------GAGAGCTAAACAA-------TGT--A----a
gi|14 : AGAGCCAAAC----AAT------GA----A--GA---T-----G-TAGACGAAA------G------G---C--------ACAA-CAA-TGTAGA----TGGA-------GACT---------AAGAGCCAAACAA-------TGT--A----gatggagactgagaaat
gi|15 : AGAGCCAAAA----AAT------GA----A--GA---T-----G-T-------A------G------A---C--------G-AA---A-GGCAGAACAATGTAGATGGA-GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGT--gatggagattga
gi|17 : ------AC----A--GA--GT-----G-T-------------------------C--------A-AA-C-AATGCA------TATGG--AG---ACT---------GAGAGTCAAACAA-------TGT--A----tgatggagactga
gi|16 : gtggaagtag--GA--CT-----G----------------A------GTGTC--------A-AA-C-AATGTA--------TA---AGTAGACT---------GAGAGTCAAACAA-------TGTAGA----TGAAGA--C-TGCTA-G--------C--CAA-AC-gatgaagactgat
gi|3 : atgta-------A------A------C---C--------A-AA-C-AATGTAGT----T-----CAG---A-----------GAGAGCCAAA-CAAAGTAGATGT--A----G----A--G-TG-AA-AT-------C--CAA-AC-A------A----TA--TACTCA------G--AACC---------GAA---C-AAAGTAT----AT------ATCGA------C-------TG-GG-------A-------G---CT-A-AA-C-AATGTAGAT--GTAA-------------ACTTAGAACCAAAC----AA----TG----T------AG------ATGGAGACTGAGAGCCAAAATATGtat
gi|7 : tgaa---C--------A-AA-CTA-TGTTGA----TGTAG-------ACG---------AAGAGCCAAACAA-------TGT--AGA--TGGAGA--C-TGAGA-A--------C--CAA-AC-----TACT----TA--TA--TG------GA-GATT---------GAGAGCC-AAACAAT----GT------A--GA------TGAAGACATA-TA-------G-------G---T--A-AA-TTA-TGTAGAT--GTAAtagatgaaga
gi|4 : gc-A-TGTAGA----T---GCC----GACT---------GAGAGCCAAACAA-------CGT--A-------------------------------------C-A-TGAAGA----T---------------------T---------GAGATCC-AAACAAT----ATCGATGAA--GA------C-------GG-AG-------A-------G---CC-A-AA-C-AATGTAGAT--AGA-------------GACTGAGAACCAAAC----GG----TA----T------AGACGGACA------CTGAGAGACAAa
gi|20 : ttta-A-TGTAGA----T---GCC----GACT---------GAGAGCCAAACAA-------TGG--A----T----A--tcaa
gi|9 : ttactgacagttaTATA----TATAACCAGT-AACTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCA-------GAT--A----G----A--C-TG-GGTA--------C--CA---------TATA----TA--TAACCA------GT-AACT---------CGGTGCC-ATATCAG----AT------A--GA------C-------TG-
gi|5 : ccatatcagatagactgggtaccaGA----TATAGCCAGT-GACT---------GAGAGCCAAACCA-------TGT--A----G----A--C-TG-TA-A--------G--CAA-AC-A-TGTAGA----TA--TAACCA------GT-GACT---------GAGAGCC-AAACCAT----AC------A--GA------C-------TG-TA-------A-------G---C--A-AA-C-A-TGTAGAT--A
gi|13 : aaacaattttatacataaaaccaag---------GAGAGCCAAAAAA-------TGA--A----G----A----TG-TAGA--------C--GAA-AC----GCAGAACAATG--TAGATG------GA-GACT---------GAGAGCC-AAACAAT----GTTGATGGA--GA------C-------TG-
gi|12 : AGAGCCAAGCAA-------TGT--A----G----A----TG-TA-GACGAAAGGC--CAA-AC-AATGTAGA----TG--GAG-------------ACT---------GAGAGCT-AAACAAT----GT------A--GA------a
gi|9 : CATATCA-------GAT--A----G----A--C-TG-GGTA--------C--CA---------TATA----TA--TAACCA------GT-AACTCNNNNNNNNNNGTGCC-ATATCAG----AT------A--GA------C-------TG------------------G---G--T-AC-C-A-TATA--T--ATAACCAGT-------AACTCGGTGCCATAT----CA----GA----T------AG------A------CTGtggagactgagaaat
gi|16 : cA-------TGT--A----G----A--C-TG--A-G--------TGTCAA-AC-AATGTA----------TA---A------GTAGACT---------GAGAGTC-AAACAAT----GT------A--GA------
gi|5 : T--A----T----A--CATA-AA-A--------C--CAA-G--------GA----TA--TAGCCA------GT-GACT---------GAGAGCC-AAACCAT----GT------A--GA------C-------TG-TA-------A-------G---C--A-AA-C-A-TGTAGAT--ATAACCAGT-------GACTGAGAGCCAAAC----CA----TA----C------AG------A------CTGTAAG-CAAA-CATGtgaagactgctagccaaactat
gi|11 : aaacaattt--C-TGCTA-G--------C--CAA-ACTA-TGTAGA----TG--TA--CA-----------CG---------GAGAGCC-AAACGATGAGGATGG----A--GA------T-------TG--A-------A-------G---TCAA-AA-C-AACGTATAT---TGA------------GACTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A------TGGAGAtagata
gi|10 : --C-TGCTA-G--------C--CAA-ACTA-TGTAGA----TG--TA--CA-----------CG---------GAGAGCC-AAACGATGAGGATGG----A--GA------T-------TG--A-------A-------G---TCAA-AA-C-AACGTATAT---TGA------------GACTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A------TGGAGAatgagcgtc
gi|6 : A-G--------C--CAA-AC-AATGTAGA----TT--TAG-------------AC----------GAAAGGCCGAACAAT----GT------A--GATGGAGAC-------GG-CG-------A-------G---CC-A-AA-C-AATGTAGAT--G------AT-------GATTGATTGCAAAAC----AA----TG----TTGGTGTAG------A------CTGAGAGCAAAACAATGatgagcgtc
gi|7 : ag--------C--CAA-ACTA-TGTTGA----TG--TAG-------------ACG---------AAGAGCC-AAACAAT----GT------A--GATGGAGAC-------TGAGA-------A-------C---C--A-AA-C-----TACTT--ATA--TGGA-------GATTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A-------TGAtagattga
gi|12 : gAGAGCC-AAGCAAT----GT------A--GA--------------TG-TAGACGAA-A-------GGC-C--A-AA-C-AATGTAGAT--GGA-------------GACTGAGAGCTAAAC----AA----TG----T------AG------ATGGAGACTGAGAagacatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|14 : AGAGCC-AAACAAT----GA------A--GA--------------TG-TA-------GACGAAAGG---C--ACAA-C-AATGTAGAT--GGA-------------GACTAAGAGCCAAAC----AA----TG----T------AG------A------TGGAGAaat
gi|7 : C-AAACTAT----GT------T--GA--------------TG-TAGACGAAGA-------G---CC-A-AA-C-AATGTAGAT--GGA-------------GACTGAGAACCAAAC----TACTTATA----TGG----AG------A------TTGAGAGCCAAACAATGttga
gi|16 : gcAT----GT------A--GA------C-------TG----------A-------GTGTC--A-AA-C-AATGTA------TAA---GTA------GACTGAGAGTCAAAC----AA----TG----T------AG------ATGAAGACTGCTAGCCAAACTATtagatgaagacatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|13 : AT----GT------A--GA------C--------G-AA-------AC------G---C--AGAA-C-AATGTAGAT--GGA-------------GACTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------TG------A------TGGAGA
gi|15 : gagagccaaaaaatgaagAT----GT------A--GA------C-------GA-AA-------G-------G---C--AGAA-C-AATGTAGAT--GGA-------------GACTGAGAGCCAAAC----AA----TG----T------TG------A------TGGAGActga
gi|12 : agagccaaaaaatgaagA-------A-------G---C--A-A------TGTAGAT--GTA-------------GACGAAAGGCCAAAC----AA----TG----T------AG------ATGGAGACTGAGAGCTAAACAATGctga
gi|18 : agagcc---C--A-AA-C-AATGTAGAT--GTA-------------GACTGAAAGCCATAC----AA----TT----T------AG------A------TGGAGAtagatggagactgagaaat
gi|19 : ctgagagc---C--A-AA-T-AATGTAGAT--GTA-------------GACGGAGAGCCAAAC----AA----TG----C------AG------A------ctga
gi|8 : -TGTAGAT--ATA-----T-------A---GAGAACCAAAC----AA----TAAAGATGA----AG------A------CTGAGAACCAAACAATGtggacact
gi|17 : AGTA------GACAGAGTGTCAAACAATGCA----TA----TGG----AG------A------CTGAGAGTCAAACAATGtatgtagataaaaaatgaaagcccacaatgtagatgcagacagagagcaaacaatgcagatgtagac
gi|19 : gtggaA----TG----T------AG------A------CGGAGAGCCAAACAATGtagatgaagactgat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ACTGAGAGCCAAACAATGTACATGGAGATTGAGATC
Unaligned ( gi|22 ): ACTGAGAGCCAAACAATGTACATGGAGATTGAGATC
Alignments
lowQualScore : 2222 222 2 1 4444444444 333 11 11 111 3333333333 2222222 1 3333333333333 6666666 3333333333333333333 22222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666 444444 111111 44444444444444 11 11 44444444 4444444 2 7777777777777 6666666666666 111111
lowQualScore : 4444 1 1 111 1 55 4 0 7 3 3 2 0 0000000000 1 0 111 44 0 6 55 444 2 8 8 2222222222 1 1 66 0 4444444 3 0 2222222222222 5555555 0 1 1111111111111111111 5 5 88888888 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888 3 000000 666666 11111111111111 88 44 44444444 3 3333333 4 0 7777777777777 1 9999999999999 4 1 4 8 8 8 8 5 000000 3 3 999999 999999 66 3
lowQualScore : .... . . ... . .. . . . . . . . .......... . . ... .. . . .. ... . . . .......... . . .. . ....... . . ............. ....... . . ................... . . ........ . ................................................. . ...... ...... .............. .. .. ........ . ....... . . ............. . ............. . . . . . . . . ...... . . ...... ...... .. .
lowQualScore : 0000 0 0 000 0 00 0 0 3 7 3 5 8 8888888888 4 6 000 22 8 4 66 000 8 0 0 4444444444 4 4 66 8 8888888 2 0 7777777777777 0000000 2 0 7777777777777777777 7 7 66666666 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888 4 000000 444444 88888888888888 33 00 22222222 0 0000000 5 0 5555555555555 0 1111111111111 4 0 4 0 0 0 0 5 555555 1 1 666666 666666 55 5
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTAAC---------CGAGAGCCAAACCATATAGACTGTGAGTANACATGTAGATAT---AACCA-GTAA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGTGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAATATATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAG---ACT-----G-AAAG--C-AAACA-ATGTAGATGTAG--A--GACTGAGAGCCAAACAATGTA-----GA-TGTAAGAC-GAAA--------GGC--G--AAGC-AAAC-A-TGTAGATGNAG------ACTGAGAGCCAAACAATGT------AGA------C-------TGTAAGC--AAA-TATGTAGATGTAG-CAGTGACTGAGAGCCAAACNACGTATACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CAC-G--TGAGAGCCAAACGATGAGGA--T-G----AGACTGAGA-G-C-A-AA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AG------ACGGAGAGCCAAACNATG
Reference ( family-741 ) : ATACATAAANCNAANAATGTACAATGTANACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-CAAACACGA-AGATATAGCCAGTAAC---------CGAGAGCCAAACCATGTAGACTG-GAGCAAACATGTAGATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATGTAGACTG-GAG---CAAA-CATGTAGATGTAACCAG-GACTGAGAGCCAAT-------GACTGAGAGCCAAACNATGTAG---ACT-----G-NAAG--C-AAACA-ATGTAGATGTAG--A--GACTGAGAGCCAAACAATGTA-----GACTGTAAGAC-GAAG--------GGC--G--AAGC-AAAC-A-TGTAGATGTAG-----GACTGAGAGCCAAACAATGT------AGA------C-------TGTAAGC--AAA-CATGTAGATGTAG-CAG-GACTGAGAGCCAAACAATGTAGACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAG-CAG-GACTGAGAGCCAAACNATG------T------AGACTGNAA-G-C-A-AA-CAATGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AG------ACTGAGAGCCAAACAATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAG-CAAACATGA-AGATATAGCCAGTAAC---------TGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAAT-------GACTGAGAACCAAATCATATAG---ACT-----G-TAAG--C-AAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATA-----GACTGTAAGNN-NNNN--------NNN--NGTAAGC-AAAC-A-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATAC------GGA------C-------TGTAAGC--AAA-CATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTATACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACCATA------T------AGACTGTAA-G-C-A-AA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAA-ACC-ATAT------AG------ACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CAC-G---GAGAGCCAAACGATGAGGA--TGG----AGATTGAAG-T-C-A-AAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AG------ATGGAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CAC-G---GAGAGCCAAACGATGAGGA--TGG----AGATTGAAG-T-C-A-AAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AG------ATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : AGAGCCAAGCAATGTA-----GA-TGTA-GAC-GAAA--------GGC--------C-AAAC-AATGTAGATGGAG------ACTGAGAGCTAAACAATGT------AGA------atgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGT------AGAC-GAAACG-C-AGAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------TG------ATGGAGAtggagactgagaaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGT------AGACGAAAG-G-C-ACAA-CAATGTAGATGGA------GACTAAGAGCCAA-ACA-ATGT------AG------ATGGAGActga
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAA-----GA-TGTA-GAC-GAAA--------GGC--A--GAAC-AA-----TGTAGATGGAG------ACTGAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGA------C-------TGttga
gi|16 : ATG------T------AGACTGAGT-GTC-A-AA-CAATGTATAAGTA------GACTGAGAGTCAA-ACA-ATGTAGATGAAG------ACTGCTAGCCAAACTATa
gi|17 : GTAG---ACA-----G-AGTGT-C-AAACA-ATGCATATG--G--A--GACTGAGAGTCAAACAATGTA-----GA-TG-AAGAC-
gi|18 : gtggaaCTGAGA-G-CCA-AA-CAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCAT-ACA-ATTT------AG------ATGGAGAtgat
gi|19 : -C-A-AA-TAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAA-ACA-ATGC------AG------Actga
gi|19 : ATG------T------AGACGGAGA-G-CCA-AA-CAATGCAGATGGA------CACTtggacact
gi|2 : caaataatgtagAACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTAG------AC---------CGAGAGCCAAGCCATGTAGA-----GGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC-A-GAGGTCCAAATCATGTA------------GACTGAGAGACAATATATGTAGACAGATAGCCAAACAATGTAG---ACT-----GAGAAA--C-AAAGC-ATGTGAATGT----A--GACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAATGTAGATGC------CG------ACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttAATGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAA-ACA-ATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AC------ATGGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAA-ACA-ATGT------AC------ATGGAGAttgagatc
gi|3 : TGAAAACCAAACAATGTAGTTCAGA-----G-AGAG--CCAAACA-AAGTAGATGTAG--A--G--TGAAATCCAAACAATATACTCAGAACCG---AAC-AAAGTATATATCGACTGG--GAGCTAAAC-AATGTAGATGTAA------ACTTAGAACCAAACAATGT------AGATGGAGAC-------TGAGAGCCAAAA-TATGTAGATGAAG-ttgagatc
gi|4 : ATGTAGATGC---C---GACTGAGAGCCAAACAACGT--------------AC-ATGAAGAT------------TGAGATCCAAACAATA------TCGATGAAGACGGAGA-GCC-A-AA-CAATGTAGATAGA------GACTGAGAACCAA-ACG-GTAT------AGACGGACACTGAGAGACAATCAa
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGAC---------TGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGAT
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAG---ATTTAGACG-AAAGGCC-GAACA-ATGTAGATG--G--A--GACGGCGAGCCAAACAATGTA-----GA-TG-ATGAT-TGAT--------TGC--A--AAAC-AA-----TGTTGGTGTAG------ACTGAGAGCAAAACAATGT------AGA------T-------TGa
gi|7 : --C-AAACT-ATGTTGATGTAG--AC-GA---AGAGCCAAACAATGTA-----GA-TG-GAGACTGA---------------G--AACC-AAACTA-CTTATATGGAG------ATTGAGAGCCAAACAATGT------AGA------TGAAGACATATAGGT--AAATTATGTAGATGTAa
gi|8 : gcATATAG---A---------GAAC--C-AAACA-ATAAAGATG--A--A--GACTGAGAACCAAACAATGTA--------TGT-AGAT-AAAA--------AAT--GA-AAGC-CCACAA-TGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGC------AGA--------------TGTAaa
gi|9 : tgtagatCCATATCAGATAGACTG-G-GTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTG-G-G---T-AC-CATAT--ATATAACCAGTAACTCGGTGCCAgac
gi|9 : ATATAACCAGTAACTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTG-G-GTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CT---------CGGTGCCATATCAGATAGACTG-tatcagatagactg
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 11 111 1 1 444444444 111 11111 1 444444444444444 111111 4444444444444444444444444444 11 22222 111 33333333333333 11111 111111 222222 444444 11 3333333333 3 111
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 4 0 2 99 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 3 444 0 8 6 2 99999 0 5 888888888888888 666666 1111111111111111111111111111 33 5 99999 888 5 111 88888888888888 66666 1 666666 333333 6 666666 1 88 8 3 3 9999999999 2 55 0 1 3 6 333 6 1 888888 2 1
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. .. . .... ... . . ......... . . ... . . . . ..... . . ............... ...... ............................ .. . ..... ... . ... .............. ..... . ...... ...... . ...... . .. . . . .......... . .. . . . . ... . . ...... . .
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 0 7 5 88 22 2 2222 555 0 0 000000000 2 5 000 8 0 7 5 88888 8 0 555555555555555 444444 9999999999999999999999999999 66 7 66666 666 7 777 88888888888888 77777 0 444444 000000 0 000000 0 55 8 8 2 4444444444 7 99 0 2 3 2 222 2 5 888888 8 0
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TA--T----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAAT------GTA----GA------C------T-----GAGAAG--CGAACA-ATGTAGATGT-G--A--GACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACG-AAAGGCG--AAGCAAA-CA-TGTAGATGNA------GACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTATACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG--TGAGAGCCAAACGATGAAGATGGAGACTGAGA-G-C-A-AA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTAACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGTGAGTANACATGTAGATAT---AACCA-GTAA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGTGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TA--T----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAAT------GTA----GA------C------T-----GA-AAG--CAAACA-ATGTAGATGTAG--A--GACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACG-AAAGGCG--AAGCAAA-CA-TGTAGATGNA------GACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGTAAGCAAATATGTAGATGTAG-CAGTGACTGAGAGCCAAACNACGTATACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG--TGAGAGCCAAACGATGAGGATG-AGACTGAGA-G-C-A-AA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGACGGAGAGCCAAACNATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------T-------------GACTGAGAACCAAATCAT------ATA----GA------C------T-----GT-AAG--CAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNN-NNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATAC------GGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTATACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACCAT----AT--AGACTGTAA-G-C-A-AA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG---GAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGAAG-T-C-A-AAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG---GAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGAAG-T-C-A-AAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : AGAGCCAAGCAATGTAGA-TGTA-GACG-AAAGGC------CAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCTAAACAATGT------AGAatgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGTAGAC-GAAACG-C-AGAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGAtggagactgagaaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTAGACGAAAG-G-C-ACAA-CAATGTAGATGGA------GACTAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGActga
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGA-TGTA-GACG-AAAGGCA--GAACAA-----TGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGACTGttga
gi|16 : ----ATGTAGACTGAGTGTCAAACAATGTATAAGTA----GA------C------T-----GA-GAGT-CAAACA-ATGTAGATG--A--A--GACTGCTAGCCAAACTATa
gi|17 : -AGACAGAGT-GTC-A-AA-CAATGCATATGGA------GACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|18 : gtggaagtCTGAGA-G-CCA-AA-CAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACAATTTAGATGGAGActgat
gi|19 : -C-A-AA-TAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACAATGCAGATGGActga
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTAG------ACCGAGAGCCAAGCCATGTAGA-----GGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCA-TGTA------------GACTGAGAGACAA------TA--T----ATGTAGACAGATAGCCAAACAAT------GTA----GA------C------T-----GAGAAA--CAAAGC-ATGTGAATGT----A--GACTGAGAcact
gi|20 : ctgagagtaaACTGACA-G-T------TAATGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttA-TGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACAATGgata
gi|21 : ttactgacagttaACTGAGA-G-CCA-AA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGA-G-CCA-AA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : ---CAAA-CAATGTAGTT-----CAG--A--GAGAGCCAAACAAAGTA--G----ATGTAGAGTGAAATCCAAACAAT------ATA------------C------T-----CAGAAC--CGAACA-AAGTATATATCG--A----CTGGGAGCTAAACAATGTAGA-TGTAA-ACT-TA----G--AACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGT------AGAtc
gi|4 : tgaaaacATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTA---------------CATGAAGAT------------TGAGATCCAAACAATATCGATGAAGACGGAGA-GCC-A-AA-CAATGTAGATAGA------GACTGAGAACCAAACGGTATAGACGGAtgaaga
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATAcactgagagacaatcaa
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAAT------GTA----GA------T------TTAGACGA-AAGGCCGAACA-ATGTAGATG--G--A--GACGGCGAGCCAAACAATGTAGA-TG-ATGATT-GATTGCA--AAACA----A-TGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGT------AGATTG
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA--GA-CG---AAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGA-A-CCA-AA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGAa
gi|7 : GCCAAAC----TA--TGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAAT------GTA----GATGGAGAC------T-----GAGAAC--CAAACT-ACTTATATG--G--A--GATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATATAG-------GTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : -TGTAGATATA--TAGAGAACCAAA--CAA------TAAAG----ATGAAGACTGAGAACCAAACAAT------GTATGTAGA------TAAAAAAT-----GA-AAG--CCCACA-ATGTAGATGCAG--A--CA--GAGAGC-AAACAATGCAGA-TGT-AGAC
gi|9 : CCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CA-TAT--ATATAACCAGTAACTCGGTGCC-A------TA--TC---AGATAGACTG
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 22222222 4444444444444 22222222222222 11111111 44444444 1111 1 6666666666666666666666 111111 1 222222 555555 111 333 222222
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 444 0 8 8 88888888 99 2 0 7777777777777 44444444444444 99999999 1 5 00000000 7777 8 5 3 1111111111111111111111 1 999999 1 2 888888 1 777777 8 7 0 222 5 777 3 3 3 2 111111 777777
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . . ........ .. . . ............. .............. ........ . . ........ .... . . . ...................... . ...... . . ...... . ...... . . . ... . ... . . . . ...... ......
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 000 8 0 0 77777777 55 5 8 2222222222222 77777777777777 77777777 4 7 33333333 0000 0 8 2 9999999999999999999999 0 222222 0 0 555555 0 555555 8 8 3 111 7 666 7 6 5 9 555555 777777
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAAAC----TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAAT------GT------AGACTGAGA----AN--CGAACA-ATGTAGATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTA----GA-TGTAAGACC-GAAG-CG--AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAACAATGCAGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTACATGAAGACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--GA-CG---GAGAGCCAAACAATGNAGATGGAGACTGAGA-G-CC-A-AACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAAT------GT------AGACTGAGA----AG--CGAACA-ATGTAGATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTA----GA-TGTAAGACG-AAAGGCG--AAGCAAA-CA-TGTAGATGNA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTAT------ACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG--TGAGAGCCAAACGATGAAGATGGAGACTGAGA-G-C--A-AACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------T-----------GACTGAGAACCAAATCAT------AT------AGACTG-TA----AG--CAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATA----GACTGTAAGNNN-NNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTAT------ACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACCAT----AT--AGACTGTAA-G-C--A-AAC-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG---GAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGA-A-G-TCAA-AACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA--CA-CG---GAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGA-A-G-TCAA-AACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : AGCCAAGCAATGTAGATGTA--GA-CG--AAAG-GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGA-G-CT-A-AACAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : agGAGAGCCAAAAAATGAAGATGTAGAC-GAAACG-C--AGAACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGAaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTAGACGAAAG-G-C--ACAACAATGTAGATGGA------GACTAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGActga
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGATGTAGACGAAAG-G-C--AGAACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTTGATGGAGAttga
gi|16 : ----ATGTAGACTGAGTGTCAAACAATGTATAAGT------AGACTGAGA----GT--CAAACA-ATGTAGATG------AAGACTGCTAGCCAAACTATctga
gi|17 : GTGGAAGTA--GA-CA---GAGTGTCAAACAATGCATATGGAGACTGAGA-GTC--A-AACAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : CTGAGA-G-CC-A-AACAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACAATTTAGATGGAGAt
gi|19 : -C--A-AATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACAATGCAGATGGActga
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCA-TGTA------------GACTGAGAGACAA------TAT----ATGTAGACAGATAGCCAAACAAT------GT------AGACTGAGA----AA--CAAAGC-ATGTGAATGT------AGACTGAGAcact
gi|20 : ctgagagtaaACTGACA-G-T------TAATGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttA-TGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACAATGgata
gi|21 : ttactgacagttaACTGAGA-G-CC-A-AACAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGA-G-CC-A-AACAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : ---CAAA-CAATGTAGTT-----CAG--A--GAGAGCCAAACAAAGTAG----ATGTAGAGTGAAATCCAAACAAT------AT------A--CTCAGA----AC--CGAACA-AAGTATATAT-----C-GACTGGGAGCTAAACAATGTA----GA-TGTAA-ACT-TA----G--AACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGAtc
gi|4 : tgaaaacATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA--GA-CG---GAGAGCCAAACAATGTAGATAGAGACTGAGA-ACC--A-AACGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAAtgaaga
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAAT------GT------AGATTTAGACGAAAGGCCGAACA-ATGTAGATG------GAGACGGCGAGCCAAACAATGTA----GA-TG-ATGATT-GATTGCA--AAACAA-----TGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTG
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA--GA-CG---AAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGA-ACC--A-AACTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGAa
gi|7 : GCCAAAC----TATGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAAT------GTAGATGGAGACTGAGA----AC--CAAACT-ACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTA----GA-TG-AAGACATATAG-------GTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GAGA----AC--CAAACA-ATAAAGATG------AAGACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGA-TAAAAAATG-AAAGCCC--A--CA----A-TGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGA-TGTA
gi|9 : tgtagatatataCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CA-TATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A------TATC---AGATAGACTGgac
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 22222222 5555555555555 222222 222222 44444444 1 1 666666666666 2222 222222 222222 222222 1 111111 1
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 444 0 8 8 88888888 99 0000000000000 333333 0 333333 1 99 3 11111111 0 5 2 999999999999 0 1111 333333 3 0 888888 1 999999 8 0 999999 2 5 2 5555 777777 999999 5 2
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . . ........ .. ............. ...... . ...... . .. . ........ . . . ............ . .... ...... . . ...... . ...... . . ...... . . . .... ...... ...... . .
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 000 8 0 0 77777777 55 5555555555555 000000 8 000000 0 00 2 66666666 0 5 5 000000000000 2 5555 000000 5 7 555555 0 555555 8 9 666666 0 3 7 7777 777777 222222 0 5
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA------CTGAGA------ACCGAACA-ATGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACTTA-N-GCG---AAGCAAA-C-ATGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTACATGAAGACTGCTAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAGCCAAACNATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAAAC----TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA------CTGAGA------ANCGAACA-ATGTAGATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACCGA-A-GCG---AAGCAAA-C-ATGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAACAATGCAGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTACATGAAGACTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACAATGNAGATGGAGACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------T-----------GACTGAGAACCAAATCATATAGA------CTG-TA------AGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNN-N-NNNNGTAAGCAAA-C-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTAT------ACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACCAT----AT--AGACTGTAAG-C-A-AAC-----ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACT------GAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAA-AACA----ACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACGATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAA-AACA----ACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAatgagcgtc
gi|12 : AGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAGCT-A-AACA----ATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : agAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACAATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : gagAGAGCCAAACAATGAAGATGTAGAC-GAAAGGC-ACAACA----ATGTAGATGGA------GACTAAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGA
gi|15 : AGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACAATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTTGATGGA------GACTGAttga
gi|16 : agATGTA------GACTGAGTGTCAAACAATGTATAAGTAGACTGAGAGTC-A-AACA----ATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACAATGCATATGGAGACTGAGAGTC-A-AACA----ATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : GAGAGCCAAACAATGTAGATGTAGACTGAAAGCC-A-TACA----ATTTAGATGGA------GACTGAt
gi|19 : ctCAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACAATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCA-TGTA------------GACTGAGAGACAA------TAT----ATGTAGACAGATAGCCAAACAATGTAGA------CTGAGA------AACAAAGC-ATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAATG----TAG----ATGCCGACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : tt-ATGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACAATGgata
gi|21 : ttactgacagttaACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCC-A-AACA----ATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : ---CAAA-CAATGTAGTT-----CAG--A--GAGAGCCAAACAAAGTAG----ATGTAGAGTGAAATCCAAACAATATA--------CTCAGA------ACCGAACA-AAGTATATAT-----C-GACTGGGAGCTAAACAATGTAGA-TGTAA-ACTTA-----G---AACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGAtc
gi|4 : tgaaaacATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACAATGTAGATAGAGACTGAGAACC-A-AACG----GTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAAtgaaga
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGA------TTTAGACGAAAGGCCGAACA-ATGTAGATG------GAGACGGCGAGCCAAACAATGTAGA-TG-ATGATTGA-TTGCA---AAACAA-----TGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTG
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACC-A-AACT----ACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------AAGAa
gi|7 : GCCAAAC----TATGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGA------ACCAAACT-ACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATATA-G-------GTAAATT-ATGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : TGTAGATATA------TA--GAGAACCAAACAATAAAGATGAAGACTGAGAACC-A-AACAATGTATGTAGATAAA------AAATGAAAGCC-CACAATGTAGATGCAGACAGAGAG-CAAACAATG
gi|9 : CCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CA-TATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCCA-------TATC---AGATAGACTGcagatgtagac
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 22222222 4444444444444444 222222 11 44444444 1 6666666 1 1 333333 222222 22222 11 111111
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 444 0 8 8 88888888 99 5555555555555555 888888 2 3 2 2 33 1 1 66666666 3 7 6 3 8888888 3 3 888888 33 888888 1 0 44444 11 1 888888 5555 0 4 666666 666666 1
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . . ........ .. ................ ...... . . . . .. . . ........ . . . . ....... . . ...... .. ...... . . ..... .. . ...... .... . . ...... ...... .
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 000 8 0 0 77777777 55 0000000000000000 888888 5 2 5 0 55 2 0 88888888 3 3 7 0 3333333 3 3 333333 55 555555 0 7 33333 00 6 222222 3333 2 7 888888 444444 0
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----A--TGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAACN-ACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACNTAT--G---AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAANCATGCGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--AGACTGNTAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-AAACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAGCCAAACNATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----A--TGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAACCGAACA-ATGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACTTANGCG---AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACNACGTACATGAAGACTGCTAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-AAACAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAGCCAAACNATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------T-------------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTAT------ACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-C-AAAC-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACT------GAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------GAGAatgagcgtc
gi|12 : AGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCT-AAACAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : agAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-AAACAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : gagAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCC-AAACAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : agAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCC-AAACAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : agATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTC-AAACAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTC-AAACAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : GAGAGCCAAACA----ATGTAGATGTAGACTGAAAGCC-ATACAATTTAGATGGA------GACTGAt
gi|19 : ctCAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCA-TGTA------------GACTGAGAGACAA------TAT----A--TGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAGC-ATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAA------TGT----AGATGCCGACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttA----ATGTAGATGCCGACTGAGAGCC-AAACAATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCC-AAACAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCC-AAACAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : ---CAAA-CAATGTAGTT-----CAG--A--GAGAGCCAAACAAAGTAG----A--TGTAGAGTGAAATCCAAACAATAT------A--CTCAGAACCGAACA-AAGTATATAT-----C-GACTGGGAGCTAAACAATGTAGA-TGTAA-ACTTA---G---AACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGAtc
gi|4 : tgaaaacATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACC-AAACGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAAtgaaga
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCA-AAACAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATT------GA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACC-AAACTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATG------AAGA
gi|7 : GCCAAAC----TATGTTGA--TGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAACT-ACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATAT------AGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : TGTAGATATA------TA--GAGAACCAAACAATAAAGATGAAGACTGAGAACCAAACAATG
gi|8 : AACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC--CACAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATG------TAGAtatgtagataaaaaatgaaagcccacaatgtagatgcagacagagagcaaacaatgcagatgtagac
gi|9 : tgtagatatatagagCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CA-TATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A------TATC---A--GATAGACTGc
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 22222222 4444444444444444 222222 11 44444444 1 5555555 1 1 333333 222222 22222 11
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 444 0 8 8 88888888 99 5555555555555555 888888 2 3 1 11 4 1 66666666 3 7 6 1 4444444 3 3 888888 1 888888 0 88888 2 00 1 888888 5555 0 4 777777 1
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . . ........ .. ................ ...... . . . .. . . ........ . . . . ....... . . ...... . ...... . ..... . .. . ...... .... . . ...... .
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 000 8 0 0 77777777 55 0000000000000000 888888 5 2 0 00 2 0 88888888 3 3 7 0 3333333 3 3 333333 0 555555 7 88888 5 88 6 222222 3333 2 7 222222 0
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----A--TGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACNTATG-----AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAANCATGCGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--AGACTGANAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------TAT----A--TGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-NACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACNTATG-----AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAANCATGCGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--AGACTGNTAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACNATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA------T-------------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTAT------ACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-CAAA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : AGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCTAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : agAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : gagAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : agAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : agATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : GAGAGCCAAACA----ATGTAGATGTAGACTGAAAGCCATA-CAATTTAGATGGA------GACTGAt
gi|19 : ctCAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCA-TGTA------------GACTGAGAGACAA------TAT----A--TGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAG-CATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAA------TGT----AGATGCCGACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttA----ATGTAGATGCCGACTGAGAGCCAAA-CAATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : ---CAAA-CAATGTAGTT-----CAG--A--GAGAGCCAAACAAAGTAG----A--TGTAGAGTGAAATCCAAACAATAT------A--CTCAGAACCGAAC-AAAGTATATAT-----C-GACTGGGAGCTAAACAATGTAGA-TGTAA-ACTTA-G-----AACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGAtc
gi|4 : tgaaaacATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACCAAA-CGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAAtgaaga
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CA-TGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCAAAA-CAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|7 : GCCAAAC----TATGTTGA--TGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAAC-TACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATAT------AGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GTAGAT--ATATAGAGAACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC-CA-CAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATGTAGA
gi|9 : tCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CA-TATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A------TATC---A--GATAGACTGc
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 1 11 333333333333 333333 1 4444444 2 1 555555 1 1 4444444444 6666666666666666 1 33333333 1 2222222
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 777 3 0 88 3 666666666666 3 888888 7 1 3 0 1 7777777 3 0 5 1 333333 3 3 7 3 2222222222 9999999999999999 5 77777777 0 8888888 1 1 666666 5555 5 777777
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . .. . ............ . ...... . . . . . ....... . . . . ...... . . . . .......... ................ . ........ . ....... . . ...... .... . ......
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 555 2 0 00 2 555555555555 5 333333 3 0 3 7 0 3333333 0 0 5 0 888888 3 3 3 7 7777777777 5555555555555555 0 33333333 5 0000000 0 1 888888 0000 0 222222
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAGACATAT------AAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--ANACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TGTAAGACNTATG-----AAGCAAA-CA-TGTAGATGTA------GACTGAGAGCCAAANCATGCGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGCAGCCAGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--AGACTGANAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--T-----------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATGTAT------ACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-CAAA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : CTGCTAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : AGAGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCTAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : ATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : CTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACA----ATTTAGATGGAGACTGAt
gi|19 : CAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCATGTA------------GACTGAGAGACAA--TAT----ATGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAG-CATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAA----TGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACA----ATG
gi|21 : ttACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : -----AACCAAA-CAATGTAG-TTCA------GA--GAGAGCCAAA----------------CAAA---GTAGATGTAG--AG----TGAAATCCAAACAA------T--ATACTCAGAACCGAACAAAGTATATATC------GACTGGGAGCTAAACA----ATGTAGATGTAAACTTAGAACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGATGAAGAtc
gi|4 : tgaaATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACCAAA-CGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAA
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCAAAA-CAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAAC-TACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATAT------AGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GTAGAT--ATATAGAGAACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC-CA-CAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATGTAGA
gi|9 : tCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CATATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A--TATC---AGATAGACTGc
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 1 11 3333333333333 333333 1 4444444 1 1 555555 1 1 4444444444 5555555555555555 1 3333333 333333333
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 777 3 0 88 0 4444444444444 0 1 888888 7 1 3 0 1 7777777 1 5 5 777777 3 3 7 1 2222222222 6666666666666666 5 3333333 111111111 1 0 777777 5555 4 777777
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . .. . ............. . . ...... . . . . . ....... . . . ...... . . . . .......... ................ . ....... ......... . . ...... .... . ......
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 555 2 0 00 8 0000000000000 6 0 333333 3 0 3 7 0 3333333 0 0 5 555555 3 3 3 0 7777777777 5555555555555555 0 3333333 999999999 0 1 222222 0000 7 222222
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----A--TGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAGACATA-----GTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----A--TGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAGACATA------TAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTANAT--ANACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--T-------------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATG----T--ATACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-CAAA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : AGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : ctgctAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : ctgctAGAGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCTAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : ATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : CTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACA----ATTTAGATGGAGACTGAt
gi|19 : CAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCATGTA------------GACTGAGAGACAA--TAT----A--TGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAG-CATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaACTGACAGTTAA--TGT----AGATGCCGACTGAGAGCCAAACAATG
gi|20 : ttA----ATGTAGATGCCGACTGAGAGCCAAA-CAATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : AACCAAA-CAATGTAG-TTCA------GA--GAGAGCCAAAC----------------AAA---GTAGATGTAG--AG----TGAAATCCAAACAA------T--ATACTCAGAACCGAACAAAGTATATATC------GACTGGGAGCTAAACA----ATGTAGATGTAAACTTAGAACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGATGAAGAtc
gi|4 : tgaaATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACCAAA-CGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAA
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCAAAA-CAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGA--TGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAAC-TACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAGACATA------TAGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GTAGAT--ATATAGAGAACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC-CA-CAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATGTAGA
gi|9 : tCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CATATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A--TATC---A--GATAGACTGc
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 1 11 333333333333 333333 1 4444444 1 1 55555 1 1 1 4444444444 5555555555555555 1 3333333 333333333
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 777 3 0 88 3 666666666666 3 888888 7 1 3 0 1 7777777 1 5 5 00000 5 3 3 7 1 2222222222 6666666666666666 5 3333333 000000000 1 666666 4444 4 777777
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . .. . ............ . ...... . . . . . ....... . . . ..... . . . . . .......... ................ . ....... ......... . ...... .... . ......
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 555 2 0 00 2 555555555555 5 333333 3 0 3 7 0 3333333 0 0 5 00000 0 3 3 3 0 7777777777 5555555555555555 0 3333333 333333333 1 888888 7777 7 222222
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--T-----------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATG----T--ATACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-CAAA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : AGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : ctgctAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : ctgctAGAGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCTAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : ATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : CTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACA----ATTTAGATGGAGACTGAt
gi|19 : CAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCATGTA------------GACTGAGAGACAA--TAT----ATGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAG-CATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaTACTGACAGTTAA----TGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACA----ATG
gi|20 : tA----ATGTAGATGCCGACTGAGAGCCAAA-CAATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : AACCAAA-CAATGTAG-TTCA------GA--GAGAGCCAAAC----------------AAA---GTAGATGTAG--AG----TGAAATCCAAACAA------T--ATACTCAGAACCGAACAAAGTATATATC------GACTGGGAGCTAAACA----ATGTAGATGTAAACTTAGAACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGATGAAGAtc
gi|4 : tgaaATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACCAAA-CGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAA
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCAAAA-CAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAAC-TACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAG-----ACATA-TAGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GTAGAT--ATATAGAGAACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC-CA-CAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATGTAGA
gi|9 : tCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CATATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A--TATC---AGATAGACTGc
blockSeqs : C . A T A C A T T G A T GA A GTAG CCA C T CNNNNNNNN T A GTC A T GA A ACTATGTTGATG A AGATGG A A . A T A . . . . T A A T GA . . AGAG CGTACATGA T . ATGT A .
blockSeqs : . A . . A . AA A ATA . . . . T T . A . . A TATCAGA G . A C . T G . . . G C TGTAGATTT T . . A .
blockSeqs : . . C . G . . . . . G . . . . . TATATG T T A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : T . . . .
blockSeqs : A . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ****** ******
originalCons : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
finalCons : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Alignments
lowQualScore : 222 1 1 111 1 1 444444444 111 1 11 333333333333 333333 1 4444444 1 1 55555 1 1 1 4444444444 5555555555555555 1 3333333 333333333
lowQualScore : 1 111 1 1 1 5 7 3 3 6 0 3 9 44 3 9999 777 0 0 000000000 3 1 777 3 0 88 3 666666666666 1 888888 7 1 3 0 1 7777777 1 5 5 00000 5 3 3 7 1 2222222222 6666666666666666 5 3333333 000000000 1 666666 4444 4 777777
lowQualScore : . ... . . . . . . . . . . . .. . .... ... . . ......... . . ... . . .. . ............ . ...... . . . . . ....... . . . ..... . . . . . .......... ................ . ....... ......... . ...... .... . ......
lowQualScore : 0 000 0 0 0 0 3 7 3 7 7 2 2 00 2 2222 555 0 0 000000000 2 0 555 2 0 00 2 555555555555 0 333333 3 0 3 7 0 3333333 0 0 5 00000 0 3 3 3 0 7777777777 5555555555555555 0 3333333 333333333 1 888888 7777 7 222222
consensus : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
Reference ( family-741 ) : ATACATCATTCGAANAATGTACAATGTANACTGGGAGCCAAACCNTGCAGGCTGNGAGCCAAACACGA-AGATATAGCCAGTGACCGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAGGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATATAGACTGNGAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--TAT----ATGTAGACNGAGAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAANCAAAC-TACGTANATGT-----GAGACTGAGAGCCAAACNATGTAGACTGTAAG-----ACATAGTAAGCAAA-CA-TGTAGATNTA------GACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATGTAG--AGCGACTGAGAGCCAAACAACGTAGAT--ATACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAGCCAAACCATG
gi|1 : ATACATCATTCGAAAAATGTACAATGTATACTGAGAATCAAACCATACAGGCTGTAAGC-AAACATGA-AGATATAGCCAGTAACTGAGACTCAAACCATATATACTGTAAGCAAACATGTATATAT---AGCCA-GTGA-CT---------GAAAGTCAAACCATATAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATATAACCAGTGACTGAGAGCCAA--T-----------GACTGAGAACCAAATCATAT------AGACTG-TAAGCAAACATATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATATAGACTGTAAGNNNNNNNNNNGTAAGCAAA-CA-TGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATACGGACTGTAAGCAAACATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGTCAAATCATG----T--ATACTG-TAACCAAAC-ATGTAGATATAGCCAGTGACTGAGAGGCAAACC----ATAT------AGACTGTAAG-CAAA-C-ATGTAGATATAACCAGTGACCGAGAGCCAAACCATATAGACTGAGAGCCAAACCATG
gi|10 : AGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGA
gi|11 : ctgctAGCCAAACTATGTAGATGTA------CACGGAGAGCCAAACG----ATGAGGATGGAGATTGA-AGTCAAAACAACGTATATTGA------GACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGAatgagcgtc
gi|12 : ctgctAGAGCCAAGCAATGTAGATGTA------GACGAAAGGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCTAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAatgagcgtc
gi|13 : GAGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAACGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGAaat
gi|14 : AGAGCCAAACAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCACAACA----ATGTAGATGGAGACTAAGAGCCAAA-CAATGTAGATGGA------GATTGA
gi|15 : AGAGCCAAAAAATGAAGATGTA------GACGAAAGGCAGAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAGCCAAA-CAATGTTGATGGA------GACTGA
gi|16 : ATGTA------GACTGAGTGTCAAACA----ATGTATAAGTAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGCTAGCCAAACTAT
gi|17 : GTGGAAGTA------GACAGAGTGTCAAACA----ATGCATATGGAGACTGAGAGTCAAA-CAATGTAGATGAA------GACTGA
gi|18 : CTGAGAGCCAAACAATGTAGATGTA------GACTGAAAGCCATACA----ATTTAGATGGAGACTGAt
gi|19 : CAAATAATGTAGATGTA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGCAGATGGACACT
gi|2 : AACAATATATA---TAAACTGGGAGCCAAACCTTGTAGACTGAGAGCCAAGCACTATAGATGTA------GACCGAGAGCCAAGCCATGTAG-----AGGTAGAC-T---GATATCCAAACCACATAATCT---------AAGAGTCAAACCATATAGGC--AGAGGTCCAAATCATGTA------------GACTGAGAGACAA--TAT----ATGTAGACAGATAGCCAAACAATGT------AGACTGAGAAACAAAG-CATGTGAATGT------AGACTGAGA
gi|20 : ctgagagtaaTACTGACAGTTAA----TGTAGATGCC------GACTGAGAGCCAAACA----ATG
gi|20 : tA----ATGTAGATGCCGACTGAGAGCCAAA-CAATGgata
gi|21 : ttactgacagttACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAgata
gi|22 : ACTGAGAGCCAAA-CAATGTACATGGA------GATTGAGAtc
gi|3 : AACCAAA-CAATGTAG-TTCA------GA--GAGAGCCAAAC----------------AAA---GTAGATGTAG--AG----TGAAATCCAAACAA------T--ATACTCAGAACCGAACAAAGTATATATC------GACTGGGAGCTAAACA----ATGTAGATGTAAACTTAGAACCAAA-CAATGTAGATGGA------GACTGAGAGCCAAAATATGTAGATGAAGAtc
gi|4 : tgaaATGTAGATGC------CGACTGAGAGCCAAACAACGTACATGAAGATTGAGATCCAAACAATATCGATGAA------GACGGAGAGCCAAACA----ATGTAGATAGAGACTGAGAACCAAA-CGGTATAGACGGA------CACTGAGAGACAATCAA
gi|5 : tttaAAAC-CAA-GGATATAGCCAGTGACTGAGAGCCAAACCATGTAGACTGTAAGCAAACATGTAGATAT---AACCA-GTGA-CT---------GAGAGCCAAACCATACAGACTGTAAG---CAAA-CATGTAGATA
gi|6 : aaacaattttatacataAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGA------GACGGCGAGCCAAACA----ATGTAGATGATGATTGATTGCAAAA-CAATGTTGGTGTA------GACTGAGAGCAAAACAATGTAGATTGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTA------GACGAAGAGCCAAACA----ATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAA-CTACTTATATGGA------GATTGAGAGCCAAACAATGTAGATGAAGA
gi|7 : GCCAAACTATGTTGATGTAGACGAAGAGCCAAACAATGTAGATGGAGACTGAGAACCAAAC-TACTTATATG------GAGATTGAGAGCCAAACAATGTAGA-TG-AAG-----ACATA-TAGGTAAATTA-TGTAGATGTA------AAcatataggtaaattatgtagatgtaaa
gi|8 : GTAGAT--ATATAGAGAACCAAACAATAAAGATGAA------GACTGAGAACCAAACAATGTATGTAGATAAAAAATGAAAGCC-CA-CAATGTAGATGCA------GACAGAGAG-CAAACAATGCAGATGTAGA
gi|9 : tCCATATCAGATAGACTG--GGTAC-CATATA--TAT---AACCA-GTAA-CTCNNNNNNNNNNGTGCCATATCAGATAGACTGGGTA---C----CATATA--TATAACCAGTAACTCGGTGCC-A--TATC---AGATAGACTGc