lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 1111 66666666666666 1111111 1111 111 11 111111111 11111 444444444444444444444444 00000000000000000000000000000000000 22 5555555 222 1
lowQualScore : 3 77 0 4 5 77 5 777 5 2 3 88 1111 1 00000000000000 3 9999 77777 0000000 555 1 3 5555 44 3 222 33 22 4 1 000000000 2 33 77777 888 222222222222222222222222 2 6 22222222222222222222222222222222222 6 11 8888888 6 111 5
lowQualScore : . .. . . . .. . ... . . . .. .... . .............. . .... ..... ....... ... . . .... .. . ... .. .. . . ......... . .. ..... ... ........................ . . ................................... . .. ....... . ... .
lowQualScore : 1 55 6 0 0 99 7 444 3 2 0 44 1111 6 99999999999999 1 6666 77777 0000000 444 1 1 0000 66 1 777 22 55 4 7 777777777 7 99 77777 888 999999999999999999999999 5 0 00000000000000000000000000000000000 0 00 0000000 0 000 0
consensus : TACAGTCAAACCTGTNTN-AGTGGTCACC-TCTATTAAGC-AGCCAC--CTG-TCTTAAACAGCCACATTTNCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--GTAA-T----CAA-CCTG----T-----ATT-------AAG---CAGCC-A----CC--TGCCTT-AAG-NGGT-CACCTTTGCTCTTTCCCTTGAGTGGCTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAATANAATAATGTC-----CTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGG
Reference ( gi|2 ) : TACAGTCAAACCTGTGTT-AGTGGTCAAC-TCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAGACAGCTACATTTTCTATTTATCATTTTTATAATTTTAGTTGTAG-C----CAA-CCTG----T-----ATT-------AAG---CAGTC-A----CC--TGCCTT-AAG-CGGT-CATCTTTGCTCTTTCCTTTGAGTGGCTACT---------TAAGA-CAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGTAGACAA---AGAACAAT-TCACTATCTAA---TTTATATTTGCCA-------TCACATATGTAAATATTTAA-AATGGATGATTTAAAATGGGCA
gi|5 : TATAGTCAAACCTGTCTTAAGCAGTC-AC-TC
gi|1 : cagtaaaacctgtgtcagtagtcacctctattaagcaaccacctgtctcaaacagccactcttctactgaacattcttagaattttagtcatgatcaaccggacagtgttaaatagtcacctgccctaagaggtcatatttgctcttcttcttTACAGTCAAACCTGTCTT-Atat
gi|3 : cagtcaaacctgtataagtggccacctccattaagcagccatttgtcttaagcagccgcatttgttatttcccatttatatgctttcagagcaaattaacctgcattaaaaagcaacctgtcctaaaaggccatttttgatcattatcttgactggctgctTACAGTCAAACCTGTCTT-Attatgtgttacaattaaataaaatagaataatggcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|7 : agcaaccattcgtcttaaacagccacattttctatttaccattttaatcaacctgtattaagcagccacctgccttaaatagtcacttttgctctttcccttgaattgttgctTACAGTCAAACCTGTCTT-Accatatttaacaaaaaatggcagtaaacaataatgtcctggggttttccccttccgaaaccgtttcacatgtgtaaatacgtaacaatgtaatgtcaactgggaa
gi|15 : ttttctatttcccatttttatgctttaagagtaaattaacctgtcacatattaagcaacaacctgtcttaaaagggacatttgctgttttccttgactggctgctTACTGTCGAATCTGTGTG-AGTGGTCATC-TCCATTGAGC-AGCaaatttatgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|16 : TACAGTAAAACCTATGTA-AGTGGCCATT-TCTATTAAattt
gi|17 : gcagTACAGTCAAATCTGTATA-AGTCGCCACC-TCTAT
gi|18 : aTACAGTAAAACCTGTCTC-AGTGGTCACC-Tc
gi|4 : ataACAGTAAAACCTGTGTA-AGTGGTCACC-TCTATTAAGC-AACCAC--TTA-TCTTAAGCAACCGTATCTGTTATTTCCCATTGATATGCTTTTAG----AA-CAAAGTAA-CCCG----T-----ATT-------AAA---CAACC-ACTTGCC--TGTCTT-AAA-ATGT-CACTTTTAATCCTTCACTTGACTGGCTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGATTG--TAC--T-
gi|5 : CAGTAAAACCTGTGTC-AGTAGTCACC-TCTATTAAGC-AACCAC--CTG-TCTCAAACAGCCAC-TCTTCTACTGAACATTCTTAGAATTTTAGTCATGA-T----CAA-CCGGACAGT-----GTT-------AAA---TAGTC-A----CC--TGCCCT-AAG-AGGT-CATATTTGCTCTTCTTCTTGAGTGACTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGACTA--TA---T-AT---ttattacaggttcagtaaaacataa
gi|1 : CAGTCAAACCTGTATA-AGTGGCCACC-TCCATTAAGC-AGCCAT--TTG-TCTTAAGCAGCCGCATTTGTTATTTCCCATTTATATGCTTTCAG----AG-CAAATTAA-CCTG----C-----ATT-------AAA---AAGCA-A----CC--TGTCCT-AAA-AGGC-CATTTTTGATCATTATCTTGACTGGCTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGACTG--TAT--T-ATGTGTT------ACAAT---TAAATAAAATAGAATAAT-
gi|9 : CAAACCTGTGTT-AGTGAACACC-TTAATTAAGCTGGCCACATTTGATTTT-------TACTTTTT---TTTTTCATTTTT-TAGTTTT-----TA--T----CGA-TTTG----T-----ATT-------AAG---CAGTC-G----TT--TGCATTGAAG-TA---TATCTTTGCggcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|3 : TCAACCTGTATTAAGC-AGCCAC--CTG-CCTTAAATAGTCACTTTTGCTCTTTaaa
gi|7 : agcaaccattcgtcttaaacagccacattttctatttaccattttaaTATTAAGC-AACAAC--CTG-TCTTAAA-AGGGACATTTGCTGTTTcccttgaattgttgcttaagacaggtttgactgtaccatatttaacaaaaaatggcagtaaacaataatgtcctggggttttccccttccgaaaccgtttcacatgtgtaaatacgtaacaatgtaatgtcaactgggaa
gi|3 : ttttctatttcccatttttatgctttaagagtaaattaacctgtcacaAGC-AACCAT--TCG-TCTTAAACAGCCACATTTTCTATTTACCATTTT---AAT-----------------CAA-CCTG----T-----ATT-------AAG---CAGCC-A----CC--TGCCTT-AAA-TAGT-CACTTTTGCTCTTTCCCTTGAATTGTTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGACTG--TACCAT-AT---TTAACAAAA-AATG-GCAG-TAA---ACAATAATGTC-----CTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGGtccttgactggctgcttaagacaggtttgactgtaaaatttatgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|8 : CAGCCTTATTTTCTATCTACCATTCTC-----TCTA--------------AA-CCTG----T-----ATTGAATTATAAA---TAGAA-A----CC--TGCCTT-CAA-AGGT-CA-CATTGCTGTTTCCTT---GTAGATATTATTCACCAGTAAGA-CAGaa
gi|6 : gttttgaactGCCACATTTGCTATTTCCCATTTCTATACTTTCAGA-GTAAAT----TAA-CCTG----T-----ATT-------AAG---CAACA-A----AC--TGTCTC-AAA-AGGT-CACCTTTGCTTCTTCCCTTGACTAGCTGCT---------TAAGG-CAGGTTTGACTG---AC--TGAT---TT------A-aatttac
gi|7 : TTTTCTATTTCCCATTTTTATGCTTTAAGA-GTAAAT----TAA-CCTG----TCACATATT-------AAG---CAACA-A----CC--TGTCTT-AAA-AGGGACAT--TTGCTGTTTTCCTTGACTGGCTGCT---------TAAGA-CAGGTTTGACTG--TAA--A-AT---TT------A-tttatcttagcttaatttcaaaacctttgtgactcacacttaagttt
gi|12 : ATTTAT-ACTTTCATAATTTAAGTTATAA-T----CAA-CCTG----T-----AAT-------AAG---CAGCCCA----CCCCTGCGTT-AAGGTGGT-----TTTGCTCTTTCTCTTGAGtgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|1 : TTTTAT----TTAATTGTAA-C------A-C--A----T-----AAT-------A-----CAGTC-AAA--CC--TGTCTT-AAG-CAGC-CAc
gi|5 : cagtcaaacctgtataagtggccacctccattaagcagccatttgtcttaagcagccgcatttgttatttcccatttatatgctttcagagcaaattaacctgcattaaaaagcaacctgtcctaaaaggccatttttgatcattatcttgacTATAG-T----CAAACCTG----T-----CTT-------AAG---CAGTC-A----Ctagaataatggcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|11 : cagtaaaacctgtgtcagtagtcacctctattaagcaaccacctgtctcaaacagccactcttctactgaacattcttagaattttagtcatgatcaaccggacagtgttaaatagtcacctgccctaagaggtcatatttgctcttcttcttgaAG-T----CAA-CCTGG---T-----ATT-------AAG---AATCC-A----C-------TC-AA--TGGA-CAC--TTGCTCATTATCTTGAGTTGGTGCT---------GAAGA-CAGATCTCATTG--TAtat
gi|4 : tcAA-CCTG----T-----AAT-------AAAGTACAATC-AAA--CC--TGTCTT-AAG-CAGC-CAaattgtaac
gi|10 : acagtaaaacctgtgtaagtggtcacctctattaagcaaccacttatcttaagcaaccgtatctgttatttcccattgatatgcttttagaacaaagtaacccgtattaaacaaccacttgcctgtcttaaaatgtcacttttaatccttcacttgacCTTT-AAG-GGGT-CATTTTTGCTCTTTCCCTTGAGAGGATGCT---------TAAGA-CAGGTTCAGCTATTTAT--C-AT---AT------A-AAAGTcagtaaaacataa
gi|11 : taatacagttgactgtattccTCCATTGAGTGGATTCT---------TAATACCAGG-TTGACTG--act
gi|14 : tCTTTGACTAGCTGCT---------TAAGA-CTGGTTTGACTA--TA-----AT---TG------A-ATTATGcacttgctcattatcttgagttggtgctgaagacagatctcattgtaaattgtaac
gi|16 : AATGGCCACT---------TAC-A-TAGGTTTTACTG--TAC--T-a
gi|1 : gcGTGGCCACT---------TA-TA-CAGGTTTGACTG--tctattaa
gi|17 : GTGGCGACT---------TA-TA-CAGATTTGACTG--TActccattaagcagccatttgtcttaagcagccgcatttgttatttcccatttatatgctttcagagcaaattaacctgcattaaaaagcaacctgtcctaaaaggccatttttgatcattatcttgactggctgcttaagacaggtttgactgtattatgtgttacaattaaataaaatagaataatggcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|18 : aGTGACCACT----------GAGA-CAGGTTTTACTG--TA---T-AT---ctctatc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTTACTAACCTGTTCATCACCATGGCCACAAGCTACTTTCTCCAA
Alignments
lowQualScore : 111 4444444444 1111111111 1111111 1111 11111 11111111111 1 111 11 1 222 3333333 1 22
lowQualScore : 1 1 1 5 222 5 0 77 0 1 1 5555 1 2222222222 2222222222 1111111 3 2222 666 3 7 2 55 66666 44444444444 5 555 5 111 1 88 5 000 333 2 2 2222222 2 5 77 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . . .. . . . .... . .......... .......... ....... . .... ... . . . .. ..... ........... . ... . ... . .. . ... ... . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 1 0 0 7 555 7 1 99 4 0 0 5555 6 0000000000 8888888888 8888888 6 7777 555 3 8 8 55 22222 88888888888 0 222 5 222 0 33 0 555 000 5 5 0000000 5 0 55 5 5 5
consensus : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----ATT-------AAGCAG-CCA----CCTGCCTTAA-GAGGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
Reference ( family-7306 ) : TACAGTCAAACCTGTNTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--CTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTNCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----ATT-------AAGCAG-CCA----CCTGCCTTAA-GNGGT-CACCTTTGCTCTTTCCCTTGAGTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAATANAAT--AATGTCCTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGG
gi|1 : CAGTCAAACCTGTATAAGTGGCCACCTCCATTAAGC-AGCCAT--TTG-TCTTAAGC--AGCCGCATTTGTTATTTCCCATTTATATGCTTTCAGA-G--CAAA-TTAACCTG----C-----ATT-------AAAAAG-CAA----CCTGTCCTAA-AAGGC-CATTTTTGATCATTATCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAT--T-ATGTGTT------ACAAT---TAAATAAAATAGAAT--AATG
gi|10 : CTTTAA-GGGGT-CATTTTTGCTCTTTCCCTTGAGAGGATGCTTAAGACAGGTTCAGCTATTTAT--C-AT---AT------A-AAAGTACgcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|11 : taatacagttgactgtattcc-AG-TCAACCTGG---T-----ATT-------AAGAAT-CCA----C-----TCAA--TGGA-CAC--TTGCTCATTATCTTGAGTTGGTGCTGAAGACAGATCTCATTG--TAt
gi|12 : tcATTTAT-ACTTTCATAATTTAAGTTA--T-AA-TCAACCTG----T-----AAT-------AAGCAGCCCACC--CCTGCGTTAAGGTGGT-----TTTGCTCTTTCTCTTGAGaattgtaac
gi|14 : CTTTGACTAGCTGCTTAAGACTGGTTTGACTA--TA-----AT---TG------A-ATTATGc
gi|15 : TACTGTCGAATCTGTGTGAGTGGTCATCTCCATTGAGC-AGCa
gi|16 : TACAGTAAAACCTATGTAAGTGGCCATTTCTATTAAattt
gi|17 : gcagTACAGTCAAATCTGTATAAGTCGCCACCTCTAT
gi|18 : aTACAGTAAAACCTGTCTCAGTGGTCACCTc
gi|2 : ataTACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGTCAACTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAGAC--AGCTACATTTTCTATTTATCATTTTTATAATTTTAGTTG--T-AG-CCAACCTG----T-----ATT-------AAGCAG-TCA----CCTGCCTTAA-GCGGT-CATCTTTGCTCTTTCCTTTGAGTGGCTACTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGTAGACAAAGAACAATTCACTAT-CTAA---TTTATATTTGCCA-------TCACATATGTAAATATTTAA-AATGGATGATTTAAAATGGG
gi|3 : AGC-AACCAT--TCG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTACCATTTT------------------AA-TCAACCTG----T-----ATT-------AAGCAG-CCA----CCTGCCTTAA-ATAGT-CACTTTTGCTCTTTCCCTTGAATTGTTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TACCAT-AT---TTAACAAAA-AATG-GCAG-TAA---ACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGGca
gi|4 : ACAGTAAAACCTGTGTAAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--TTA-TCTTAAGC--AACCGTATCTGTTATTTCCCATTGATATGCTTTTAG--AACA-AA-GTAACCCG----T-----ATT-------AAACAA-CCACTTGCCTGTCTTAA-AATGT-CACTTTTAATCCTTCACTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGATTG--TAC--T-TTA--TT------A-CAGGTTCAG-TAAAACATAAaa
gi|5 : CAGTAAAACCTGTGTCAGTAGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--CTG-TCTCAAAC--AGCCAC-TCTTCTACTGAACATTCTTAGAATTTTAGTCA--T-GA-TCAACCGGACAGT-----GTT-------AAATAG-TCA----CCTGCCCTAA-GAGGT-CATATTTGCTCTTCTTCTTGAGTGACTGCTTAAGACAGGTTTGACTA--TA---T-AT---
gi|6 : GCCACATTTGCTATTTCCCATTTCTATACTTTCAGA-G--T-AAATTAACCTG----T-----ATT-------AAGCAA-CAA----ACTGTCTCAA-AAGGT-CACCTTTGCTTCTTCCCTTGACTAGCTGCTTAAGGCAGGTTTGACTG---AC--TGAT---TT------A-
gi|7 : TTTTCTATTTCCCATTTTTATGCTTTAAGA-G--T-AAATTAACCTG----TCACATATT-------AAGCAA-CAA----CCTGTCTTAA-AAGGG--ACATTTGCTGTTTTCCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAA--A-AT---TT------A-tttatcttagcttaatttcaaaacctttgtgactcacacttaagttt
gi|8 : G-TTTTGAACTCAGCCTTATTTTCTATCTACCATTCTC-----TCTA-------------AACCTG----T-----ATTGAATTATAAATAG-AAA----CCTGCCTTCA-AAGGT-CACA-TTGCTGTTTCCTTtgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|9 : CAAACCTGTGTTAGTGAACACCTTAATTAAGCTGGCCACATTTGATTTT---------TACTTTTT---TTTTTCATTTTT-TAGTTTT-------T-A--TCGATTTG----T-----ATT-------AAGCAG-TCG----TTTGCATT---GAAGTATATCTTTGCgtagatattattcaccagtaagacagaatttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTTACTAACCTGTTCATCACCATGGCCACAAGCTACTTTCTCCAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444 1111111111 1111111 1111 11111 11111111111 1 11 1 222 3333333 1 11
lowQualScore : 1 1 5 99 5 0 77 0 1 55555 1 2222222222 2222222222 1111111 3 2222 0 3 55 2 1 55 66666 44444444444 5 555 5 888 0 88 5 000 1 1 1 1 2222222 2 5 88 1 1 1
lowQualScore : . . . .. . . .. . . ..... . .......... .......... ....... . .... . . .. . . .. ..... ........... . ... . ... . .. . ... . . . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 1 0 7 22 7 1 99 4 0 33333 6 0000000000 8888888888 8888888 6 7777 1 3 11 2 0 55 22222 88888888888 0 222 5 555 2 33 0 555 0 0 0 0 0000000 5 0 00 0 0 0
consensus : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
Reference ( family-7306 ) : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
gi|1 : CAGTCAAACCTGTATAAGTGGCCACCTCCATTAAGC-AGCCAT--TTG-TCTTAAGC--AGCCGCATTTGTTATTTCCCATTTATATGCTTTCAGA-G--CAAA-TTAACCTG----C-----AT-------TAAAAAG-CAA----CCTGTCCTAAAA-GGC-CATTTTTGATCATTATCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAT--T-ATGTGTT------ACAAT---TAAATAAAATAGAAT--AATG
gi|10 : CTTTAAGG-GGT-CATTTTTGCTCTTTCCCTTGAGAGGATGCTTAAGACAGGTTCAGCTATTTAT--C-AT---AT------A-AAAGTACgcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|11 : taatacagttgactgtattcc-AG-TCAACCTGG---T-----AT-------TAAGAAT-CCA----C-----TCAATG-G----ACACTTGCTCATTATCTTGAGTTGGTGCTGAAGACAGATCTCATTG--TAt
gi|12 : tcATTTAT-ACTTTCATAATTTAAGTTA--T-AA-TCAACCTG----T-----AA-------TAAGCAGCCCACC--CCTGCGTTAAGGTGGT-----TTTGCTCTTTCTCTTGAaattgtaac
gi|14 : CTTTGACTAGCTGCTTAAGACTGGTTTGACTA--TA-----AT---TG------A-ATTATGgc
gi|15 : TACTGTCGAATCTGTGTGAGTGGTCATCTCCATTGAGC-AGCa
gi|16 : TACAGTAAAACCTATGTAAGTGGCCATTTCTATTAAattt
gi|17 : gcagTACAGTCAAATCTGTATAAGTCGCCACCTCTAT
gi|18 : aTACAGTAAAACCTGTCTCAGTGGTCACCTc
gi|2 : ataTACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGTCAACTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAGAC--AGCTACATTTTCTATTTATCATTTTTATAATTTTAGTTG--T-AG-CCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCA----CCTGCCTTAAGC-GGT-CATCTTTGCTCTTTCCTTTGAGTGGCTACTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGTAGACAAAGAACAATTCACTAT-CTAA---TTTATATTTGCCA-------TCACATATGTAAATATTTAA-AATGGATGATTTAAAATGGG
gi|3 : AGC-AACCAT--TCG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTACCATTTT------------------AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAAT-AGT-CACTTTTGCTCTTTCCCTTGAATTGTTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TACCAT-AT---TTAACAAAA-AATG-GCAG-TAA---ACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGGca
gi|4 : ACAGTAAAACCTGTGTAAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--TTA-TCTTAAGC--AACCGTATCTGTTATTTCCCATTGATATGCTTTTAG--AACA-AA-GTAACCCG----T-----AT-------TAAACAA-CCACTTGCCTGTCTTAAAA-TGT-CACTTTTAATCCTTCACTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGATTG--TAC--T-TTA--TT------A-CAGGTTCAG-TAAAACATAAaa
gi|5 : CAGTAAAACCTGTGTCAGTAGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--CTG-TCTCAAAC--AGCCAC-TCTTCTACTGAACATTCTTAGAATTTTAGTCA--T-GA-TCAACCGGACAGT-----GT-------TAAATAG-TCA----CCTGCCCTAAGA-GGT-CATATTTGCTCTTCTTCTTGAGTGACTGCTTAAGACAGGTTTGACTA--TA---T-AT---
gi|6 : GCCACATTTGCTATTTCCCATTTCTATACTTTCAGA-G--T-AAATTAACCTG----T-----AT-------TAAGCAA-CAA----ACTGTCTCAAAA-GGT-CACCTTTGCTTCTTCCCTTGACTAGCTGCTTAAGGCAGGTTTGACTG---AC--TGAT---TT------A-
gi|7 : TTTTCTATTTCCCATTTTTATGCTTTAAGA-G--T-AAATTAACCTG----TCACATAT-------TAAGCAA-CAA----CCTGTCTTAAAA-GGG--ACATTTGCTGTTTTCCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAA--A-AT---TT------A-tttatcttagcttaatttcaaaacctttgtgactcacacttaagttt
gi|8 : G-TTTTGAACTCAGCCTTATTTTCTATCTACCATTCT-----CTCTA-------------AACCTG----T-----ATTGAATTATAAATAG-AAA----CCTGCCTTCAAA-GGT-CACA-TTGCTGTTTCCTTtgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|9 : CAAACCTGTGTTAGTGAACACCTTAATTAAGCTGGCCACATTTGATTTT---------TACTTTTT---TTTTTCATTTTT-TAGTTTT-------T--A-TCGATTTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCG----TTTGCATT--GA-AGTATATCTTTGCgtagatattattcaccagtaagacagaatttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTTACTAACCTGTTCATCACCATGGCCACAAGCTACTTTCTCCAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444 1111111111 1111111 1111 11111 11111111111 1 11 1 222 3333333 1 11
lowQualScore : 1 1 5 99 5 0 77 0 1 55555 1 2222222222 2222222222 1111111 3 2222 0 3 55 2 1 55 66666 44444444444 5 555 5 888 0 88 5 000 1 1 1 1 2222222 2 5 88 1 1 1
lowQualScore : . . . .. . . .. . . ..... . .......... .......... ....... . .... . . .. . . .. ..... ........... . ... . ... . .. . ... . . . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 1 0 7 22 7 1 99 4 0 33333 6 0000000000 8888888888 8888888 6 7777 1 3 11 2 0 55 22222 88888888888 0 222 5 555 2 33 0 555 0 0 0 0 0000000 5 0 00 0 0 0
consensus : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
Reference ( family-7306 ) : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
gi|1 : CAGTCAAACCTGTATAAGTGGCCACCTCCATTAAGC-AGCCAT--TTG-TCTTAAGC--AGCCGCATTTGTTATTTCCCATTTATATGCTTTCAGA-G--CAAA-TTAACCTG----C-----AT-------TAAAAAG-CAA----CCTGTCCTAAAA-GGC-CATTTTTGATCATTATCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAT--T-ATGTGTT------ACAAT---TAAATAAAATAGAAT--AATG
gi|10 : CTTTAAGG-GGT-CATTTTTGCTCTTTCCCTTGAGAGGATGCTTAAGACAGGTTCAGCTATTTAT--C-AT---AT------A-AAAGTACgcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|11 : taatacagttgactgtattcc-AG-TCAACCTGG---T-----AT-------TAAGAAT-CCA----C-----TCAATG-G----ACACTTGCTCATTATCTTGAGTTGGTGCTGAAGACAGATCTCATTG--TAt
gi|12 : tcATTTAT-ACTTTCATAATTTAAGTTA--T-AA-TCAACCTG----T-----AA-------TAAGCAGCCCACC--CCTGCGTTAAGGTGGT-----TTTGCTCTTTCTCTTGAaattgtaac
gi|14 : CTTTGACTAGCTGCTTAAGACTGGTTTGACTA--TA-----AT---TG------A-ATTATGgc
gi|15 : TACTGTCGAATCTGTGTGAGTGGTCATCTCCATTGAGC-AGCa
gi|16 : TACAGTAAAACCTATGTAAGTGGCCATTTCTATTAAattt
gi|17 : gcagTACAGTCAAATCTGTATAAGTCGCCACCTCTAT
gi|18 : aTACAGTAAAACCTGTCTCAGTGGTCACCTc
gi|2 : ataTACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGTCAACTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAGAC--AGCTACATTTTCTATTTATCATTTTTATAATTTTAGTTG--T-AG-CCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCA----CCTGCCTTAAGC-GGT-CATCTTTGCTCTTTCCTTTGAGTGGCTACTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGTAGACAAAGAACAATTCACTAT-CTAA---TTTATATTTGCCA-------TCACATATGTAAATATTTAA-AATGGATGATTTAAAATGGG
gi|3 : AGC-AACCAT--TCG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTACCATTTT------------------AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAAT-AGT-CACTTTTGCTCTTTCCCTTGAATTGTTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TACCAT-AT---TTAACAAAA-AATG-GCAG-TAA---ACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGGca
gi|4 : ACAGTAAAACCTGTGTAAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--TTA-TCTTAAGC--AACCGTATCTGTTATTTCCCATTGATATGCTTTTAG--AACA-AA-GTAACCCG----T-----AT-------TAAACAA-CCACTTGCCTGTCTTAAAA-TGT-CACTTTTAATCCTTCACTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGATTG--TAC--T-TTA--TT------A-CAGGTTCAG-TAAAACATAAaa
gi|5 : CAGTAAAACCTGTGTCAGTAGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--CTG-TCTCAAAC--AGCCAC-TCTTCTACTGAACATTCTTAGAATTTTAGTCA--T-GA-TCAACCGGACAGT-----GT-------TAAATAG-TCA----CCTGCCCTAAGA-GGT-CATATTTGCTCTTCTTCTTGAGTGACTGCTTAAGACAGGTTTGACTA--TA---T-AT---
gi|6 : GCCACATTTGCTATTTCCCATTTCTATACTTTCAGA-G--T-AAATTAACCTG----T-----AT-------TAAGCAA-CAA----ACTGTCTCAAAA-GGT-CACCTTTGCTTCTTCCCTTGACTAGCTGCTTAAGGCAGGTTTGACTG---AC--TGAT---TT------A-
gi|7 : TTTTCTATTTCCCATTTTTATGCTTTAAGA-G--T-AAATTAACCTG----TCACATAT-------TAAGCAA-CAA----CCTGTCTTAAAA-GGG--ACATTTGCTGTTTTCCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAA--A-AT---TT------A-tttatcttagcttaatttcaaaacctttgtgactcacacttaagttt
gi|8 : G-TTTTGAACTCAGCCTTATTTTCTATCTACCATTCT-----CTCTA-------------AACCTG----T-----ATTGAATTATAAATAG-AAA----CCTGCCTTCAAA-GGT-CACA-TTGCTGTTTCCTTtgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|9 : CAAACCTGTGTTAGTGAACACCTTAATTAAGCTGGCCACATTTGATTTT---------TACTTTTT---TTTTTCATTTTT-TAGTTTT-------T--A-TCGATTTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCG----TTTGCATT--GA-AGTATATCTTTGCgtagatattattcaccagtaagacagaatttac
blockSeqs : C G T AT A TC A CATAA A TTATAA TCACAT TGAATTA C CTTG T AT T G TT CCAT TTAACAAA . GTA A AGA TC C GGT C C C G AACCGTT G C . G C C
blockSeqs : A A . . . . A TATAA T TTGTAG ACAGT . . CC . C A G . CTG ATT . ATG . AAC .
blockSeqs : C A . . . . A TATGC T AACAAA GT . . . . C C C . TC AT . GTG . .
blockSeqs : A C . . . . C TAGAA T TCATGA T . . . . C T G . CT TG . GTT
blockSeqs : C T . . . . A TATAC C AGTAAA T . . . . C T A . CT TT . GG
blockSeqs : A A . . . C TATGC A AGTAAA T . . . . C A C . AA TT .
blockSeqs : A C C TTAG T AA T . . . . C C G . T TT .
blockSeqs : C T A . T TA T . . . . C A C . .
blockSeqs : T . . . T . . . . . A C .
blockSeqs : T . . . . . C
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TT********* GTG
originalCons : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
finalCons : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-ATTT---------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTTACTAACCTGTTCATCACCATGGCCACAAGCTACTTTCTCCAA
Alignments
lowQualScore : 4444444444 1111111111 1111111 1111 11111 11111111111 1 11 1 222 3333333 1 11
lowQualScore : 1 1 5 99 5 0 77 0 1 55555 1 2222222222 2222222222 1111111 3 2222 0 3 55 2 1 55 66666 44444444444 5 555 5 888 0 88 5 000 1 1 1 1 2222222 2 5 88 1 1 1
lowQualScore : . . . .. . . .. . . ..... . .......... .......... ....... . .... . . .. . . .. ..... ........... . ... . ... . .. . ... . . . . ....... . . .. . . .
lowQualScore : 1 0 7 22 7 1 99 4 0 33333 6 0000000000 8888888888 8888888 6 7777 1 3 11 2 0 55 22222 88888888888 0 222 5 555 2 33 0 555 0 0 0 0 0000000 5 0 00 0 0 0
consensus : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
Reference ( family-7306 ) : TACAGTCAAACCTGTGTNAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTNCCATTTTTATANTTTTAG--G--T-AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAGA-GGT-CACNTTTGCTCTTTCCCTTGANTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGCAGATAAAANACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTNCNCTTNCNAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATGGATGATNTNAANTGGG
gi|1 : CAGTCAAACCTGTATAAGTGGCCACCTCCATTAAGC-AGCCAT--TTG-TCTTAAGC--AGCCGCATTTGTTATTTCCCATTTATATGCTTTCAGA-G--CAAA-TTAACCTG----C-----AT-------TAAAAAG-CAA----CCTGTCCTAAAA-GGC-CATTTTTGATCATTATCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAT--T-ATGTGTT------ACAAT---TAAATAAAATAGAAT--AATG
gi|10 : CTTTAAGG-GGT-CATTTTTGCTCTTTCCCTTGAGAGGATGCTTAAGACAGGTTCAGCTATTTAT--C-AT---AT------A-AAAGTACgcacagtaaactattgtacaactgagtattcattccgcttttaaagcacatttaatggttgtaa
gi|11 : taatacagttgactgtattcc-AG-TCAACCTGG---T-----AT-------TAAGAAT-CCA----C-----TCAATG-G----ACACTTGCTCATTATCTTGAGTTGGTGCTGAAGACAGATCTCATTG--TAt
gi|12 : tcATTTAT-ACTTTCATAATTTAAGTTA--T-AA-TCAACCTG----T-----AA-------TAAGCAGCCCACC--CCTGCGTTAAGGTGGT-----TTTGCTCTTTCTCTTGAaattgtaac
gi|14 : CTTTGACTAGCTGCTTAAGACTGGTTTGACTA--TA-----AT---TG------A-ATTATGgc
gi|15 : TACTGTCGAATCTGTGTGAGTGGTCATCTCCATTGAGC-AGCa
gi|16 : TACAGTAAAACCTATGTAAGTGGCCATTTCTATTAAattt
gi|17 : gcagTACAGTCAAATCTGTATAAGTCGCCACCTCTAT
gi|18 : aTACAGTAAAACCTGTCTCAGTGGTCACCTc
gi|2 : ataTACAGTCAAACCTGTGTTAGTGGTCAACTCTATTAAGC-AGCCAC--TTG-TCTTAGAC--AGCTACATTTTCTATTTATCATTTTTATAATTTTAGTTG--T-AG-CCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCA----CCTGCCTTAAGC-GGT-CATCTTTGCTCTTTCCTTTGAGTGGCTACTTAAGACAGGTTTGACTG--TAC--T-AT---TT------A-AATGTGTAGACAAAGAACAATTCACTAT-CTAA---TTTATATTTGCCA-------TCACATATGTAAATATTTAA-AATGGATGATTTAAAATGGG
gi|3 : AGC-AACCAT--TCG-TCTTAAAC--AGCCACATTTTCTATTTACCATTTT------------------AA-TCAACCTG----T-----AT-------TAAGCAG-CCA----CCTGCCTTAAAT-AGT-CACTTTTGCTCTTTCCCTTGAATTGTTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TACCAT-AT---TTAACAAAA-AATG-GCAG-TAA---ACAAT--AATGTCCTGGGGTTTTCCCCTTCCGAAACCGTTTCACATGTGTAAATACGTAACAATG--TAATGTCAACTGGGca
gi|4 : ACAGTAAAACCTGTGTAAGTGGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--TTA-TCTTAAGC--AACCGTATCTGTTATTTCCCATTGATATGCTTTTAG--AACA-AA-GTAACCCG----T-----AT-------TAAACAA-CCACTTGCCTGTCTTAAAA-TGT-CACTTTTAATCCTTCACTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGATTG--TAC--T-TTA--TT------A-CAGGTTCAG-TAAAACATAAaa
gi|5 : CAGTAAAACCTGTGTCAGTAGTCACCTCTATTAAGC-AACCAC--CTG-TCTCAAAC--AGCCAC-TCTTCTACTGAACATTCTTAGAATTTTAGTCA--T-GA-TCAACCGGACAGT-----GT-------TAAATAG-TCA----CCTGCCCTAAGA-GGT-CATATTTGCTCTTCTTCTTGAGTGACTGCTTAAGACAGGTTTGACTA--TA---T-AT---
gi|6 : GCCACATTTGCTATTTCCCATTTCTATACTTTCAGA-G--T-AAATTAACCTG----T-----AT-------TAAGCAA-CAA----ACTGTCTCAAAA-GGT-CACCTTTGCTTCTTCCCTTGACTAGCTGCTTAAGGCAGGTTTGACTG---AC--TGAT---TT------A-
gi|7 : TTTTCTATTTCCCATTTTTATGCTTTAAGA-G--T-AAATTAACCTG----TCACATAT-------TAAGCAA-CAA----CCTGTCTTAAAA-GGG--ACATTTGCTGTTTTCCTTGACTGGCTGCTTAAGACAGGTTTGACTG--TAA--A-AT---TT------A-tttatcttagcttaatttcaaaacctttgtgactcacacttaagttt
gi|8 : G-TTTTGAACTCAGCCTTATTTTCTATCTACCATTCT-----CTCTA-------------AACCTG----T-----ATTGAATTATAAATAG-AAA----CCTGCCTTCAAA-GGT-CACA-TTGCTGTTTCCTTtgtaattttgatttaaaatttcctacttgagt
gi|9 : CAAACCTGTGTTAGTGAACACCTTAATTAAGCTGGCCACATTTGATTTT---------TACTTTTT---TTTTTCATTTTT-TAGTTTT-------T--A-TCGATTTG----T-----AT-------TAAGCAG-TCG----TTTGCATT--GA-AGTATATCTTTGCgtagatattattcaccagtaagacagaatttac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AGTTACTAACCTGTTCATCACCATGGCCACAAGCTACTTTCTCCAA