lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 66666666 111 1 333333 1 1 4444444444444 33333333333 1 33333 22222222222222222222222222222222222222222222222 222222 22222222222222222 33333333 111 11 111 777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 1 1 111111 22 2222222 1111 3333333 11111 333333333333 222 333333 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 11111 77777777 44444 1 2 22 5555 1
lowQualScore : 0 2 44444444 6 6 777 6666 0 1 222222 1 1 3 1 5555555555555 0 00000000000 7 1 0 0 00000 33333333333333333333333333333333333333333333333 1 222222 55555555555555555 22222222 1 4 5 111 22 555 1 22 777777777777777777777777777777777777777 5 77 77777 8 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 1 2 00 1 3 9999999 3 2 6 5 999999 6 22 00 0000000 1 5 6 4444 6 3333333 2 66666 444444444444 7 222 6 000000 6 7 6 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 77777 99999999 3 99 44444 2 4 0 6 88 8 66 6 6 4444 7
lowQualScore : . . ........ . . ... .... . . ...... . . . . ............. . ........... . . . . ..... ............................................... . ...... ................. ........ . . . ... .. ... . .. ....................................... . .. ..... . . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . . .. . . ....... . . . . ...... . .. .. ....... . . . .... . ....... . ..... ............ . ... . ...... . . . . ................................................................................................................................................. . ..... ........ . .. ..... . . . . .. . .. . . .... .
lowQualScore : 0 5 55555555 0 0 777 7777 3 7 555555 0 1 9 4 6666666666666 3 44444444444 0 4 6 4 88888 55555555555555555555555555555555555555555555555 7 000000 88888888888888888 00000000 7 0 7 777 66 111 4 66 444444444444444444444444444444444444444 0 00 77777 0 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 5 2 55 7 0 7777777 5 8 7 0 222222 7 22 00 7777777 3 7 3 2222 7 5555555 2 77777 222222222222 5 888 7 000000 5 2 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 00000 00000000 0 00 00000 5 0 5 0 00 5 00 0 0 0000 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAATACATCATATTACA-A-AGAACGTCATATNACATAAAATAATA---AATGTTTTCATGATAAATNTACAAAATATA-TTATGTATGTAATACAA---------CAAAAACAAATTGAAAAACAACAAACA---ACAAACT-AAAAAATA---------A-------T-AC----------------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCA-TTAACGACGATT---TATTTAAAT----T--CTACTTTCGCATTTT-ACCCAATTCAGGAATTTA--TTTGTGAATATGTTTAAA--G-------------TAA------------TTTCAAGTGGAATNGC----GTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA-GNCAAACTT---------CNCT-TAAATATTCCGTTATTAACGTTTGN-TATTA---T-AA-------GTT--------------------TTGATGTATCNTGCTCGTCATTTGTTCTCATT----------TGAAACAATTCAT--GAATATGCCG-GCGN--AT----TCC-AT-CG--TGT-TAATATATACATTTTGAAC--GTTTT-------------AGATAAATAAATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAA-GTGAGANA---ACGTGCGT----TTTCGAG------ATTAACATA-TTGGCTATTTT----------TGTA------TAA--T---T---T-----GCT----C--------TTCT-TGTAA-TTTGTA-ATTTTATATGTATTAA-ATATAGAAGAATGNCCCC-ATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATANAATAATAAACTGTGTTCGATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG----NCACAANC-----AAG------------ACGATATA-NT-TTATATA--T---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATATATGTAACCNAATATACTATCAACTGCNGCAGTAAGGACGGCTNTAATGTTGTGCATAGGTNAATAGAAAATTACTTTAANATGCTGTATACGCNTCTGGCTTGTAGTTGATAACATNGGTATTAACTTGTCGTTTGNTTTGCCGGTGTTTATNTTGAAANCATTCCNTTCTCTTNGCNAGATGTTTAAAANATANTTCAGNGAACACCGTNNGCTTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
Reference ( gi|1 ) : ATTGAGGC-TCTCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATA--AAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAATATAATTATGTTTGTAATACAA---------TGAAAACATACTGAAAAACAACAAATAC--ACAAACTAAAAAAGCA---------A-------T-AC----------------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCG-TAAACGACATTT---TATTTAAAC----G--CTATTTTCGCATTTT-ACTTAATTCGGGAATTTG--TTTGTGAATACGATTAAA--G-------------TAA------------TTTCAAGTAGAACAGC----ATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATAGGTCACACTC---------CCTT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTTTGA-TATTA---TAAAGG-----GTT--------------------TTAATGTGTGTTGCTCATCATTAGTTCTCATT----------CG------TTTAT----ATTTGTCG-GTGA--AT----TTC-AT-CA--TGTATAATGTACACAGTTTGAAC--GTTTT-------------A-ATAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAA-GTGGGAA----ACGTGCAT----TTTCTAGGCTGTCAGTAGTGTA-TTGACTATTTT----------TGTA------TAA--T---T---T-----GCT----C--------TTCTATGCAAGTTTATA-ATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTC-ATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG----TCACAAAC-----AAG------------ACGGTATA-AT-TTATATA--T---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT------------TGT-ACCGACTATGTTATCACCTGCTGT--T----ATAGCTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACT----GATG-TGTATACGCTTTT-AC-----GCTG------TGA------------CCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|16 : TGAGGC-CCTCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAA----------TGTTCTCATGATACATTTACAAAATATA--TA----TGTATTACAA---------CAAAACCAAATAGAAAAACAAC
gi|14 : ctaGAGGCCTTTATTAAAAT--------CATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAAT-------GTTTTCATGATAAATTTTCAAAATAT--TTATGT----AATACAACAAAATCGTTGAAAACGAACTAAAAGAC--TATATAT--ATATATT--------------------------T-AC----------------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCA-Tgcaaacattac
gi|3 : a-A-AGTACGTCACATTACA--AAGTAATA--TAATGTTTTCATGATAGATATACAAAA-A-AGTTATGTAT----TACAA---------CAAAAACAAATTTAG---CAAAAAATGTTTACAAAC---------A---------A-------T--C----------------CAATTAAC--TAA--A-ATAATAGCAATAAACG------------TTAGCC----G--TTATATTC--ATTAA-AGAAAA---GGCAATTTA--TTT----------TT-------------------TAA------------TTTCAAGTAAAATTGC----GTTTCATGTTTATGTTC-TAGAATAAAAGAAACTT---------CTCT-TAAACATTCCATTATTAA-GTTTGG-TATCA----AAATGTTCCTGTTAGACATTGACCGTACTTCAGTTGATGCATCGTGCTCGTCATATGTTATAATT----------TGCAACAATTTATGTAAATATGCCG-GTGA--AA----TTCTTT-TT--TGTATATTAT------CTTGA----GTCTT-------------AGATAAA-AAACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA----AA-GTACGAGATATACTTGCGT----TTTCT----------TA----A-TTAACAA---T----------TATA------CAA----------------GCT--------------------------TGTA-ATTGTTTATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCC-ATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAt
gi|8 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctttgatgccaccataaaacATAT--CATAAAACA-TA--AAATGTTTTCATGATAAATTTATAAAATA--ATTATGTATGTAAACCAA---------CAAACACAAATTGAAAAACAACAAAGAA--ACAAACTAAAAGAATATATATATATA-------T-ACATATATACATATTTAGCAATAAACACTAG-TG-TTATTTTTA-TTAATGACAATTAAATATTTAAAT----T--CTACTTTCATATTTTAACCT-ATTTAGAAATTTA--TTTGTGAATA--ACTACATTT-------------TAAC-----------TTTCAAGTGGAATAGC----GTTCCATATTTT
gi|13 : atattatgaagtATATCATATAACATAA-----AATGTTTTCATAATAAATTTACAAAATAT--TTA----TACAAAACAA---------CAACAATAAATTAATAAA-AACAA------ACAAAC---AAAAGTA---------AATATATGT-AC----------------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCA-TTAACAAC--TT---TGTTT
gi|2 : acaaaatTTACATAATCTAACATCAAATGTTTTA-TGATAAGTATACAAAATAT------GTATGTAATTTAA---------CACAAACAAATTGATAAGCAATAAAC-----TAAATTGAAA----------------------T-AC----------------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCA-TTAATTGCAATA---GATTCTAAT----T--CGACTTTCGCATTTC-ACCCAATTGAGGATTTTTATTTTG-GACTTTGTTTGAA--G--------------AA------------TC--------AACAGTTTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATA--TCGTAATTAAGTTGAGGTATTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTCCCTCTTA---T----------GTT--------------------TTGATGTGGCTTGCTCGTTATTTGTTTTCATT----------TGAAACAATTCGTTAGAATATACCG-GGTC--AT----TCT-ATTCA--C---TAATTTGTACGTTTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGTTA-AGAAAT--------------GTTTAAAATACAGCATA-TTATGAGAGAC----ACGTGAGT----TCTCGA------CACTAACACA-CTGATTATTTT----------TGTA------TAA--T---TG--T-----GCT------------------TGTAAATT----------------ATTAA-CTATAAAAGAAT-ATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA----ACACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-TCATATG--T---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATATATGT-ACCTAATATACTATCAACTGCTGC--TAAGGACGGCTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATT----CATGCTG-ATACGCTTCTGACTTGTAGTTGATAACATGG------------CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAACTT-GCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCATttgtttgacattta
gi|9 : agATGATAAATATACAA----TAAATATGTATGAAGTACAA---------CAGAAACCAACTGAAAAACAATATACAA--ACAAACTTAAAAAATA---------T-------TTAC----------------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCA-TTAATGCTGATT---TATTTAAAT----T--CTACTGTAACACTTT-ACCCATTTCAGGAATTTA--TGTGTGCATATGTTTAAA--G-------------AAA------------Ta
gi|6 : -------T-AC----------------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTTCAG-TAT-TGACTATT---TACTTAAAT----T--CTGCTTTCGCATTTT-ACCAAATT-AAGCATTGA--TTTGTGAATATGTTTAAA--G-------------CAACGGCATTTTCAGTTTCAAGTGGAATAGC----GTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT---TTAAACTC---------CCCA-GAAATAggcattgttaaattggaatgaaatgtacagtgcatgtgctctaatatgtgacatttattgcaacatatcaatactcgtgtt
gi|7 : tATTT---TCTTTGAATTATTGATCTACTTTCGTATTTT-ACTCAATTTAAGAATTTA--TTTGTGACTAGGTTTAAA--AAAACCGTCGTTTTTAA------------TTTCAAGTGGAATGGC----GTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATATGGCA----------------------A-ATTTCATCATGAATGTTTGT-CATTGACCTCAAGC-----GTA--------------------TTAATGTATAGTGCTCGCCATTTGTGCTTATT----------TGA-----ACCA-----ATTCGTTG-G-GAACAT----TCC-AT-TGACTATTTTATGTAT-TATTTT--AC--CTTTT-------------AGATAAA-AAATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATATTAA-GAGAGAGAC--ACGTGCGT----TTTCTGG------AATAACATA-TTG-CTATTTT----------TGTA------TAgggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|15 : t--CTATTTTCACAAATT-AACTCATTCAGGAATTTA--TTTATACATAAGTTTAAA--GCATTTT-------TAA------------TTTCAACTGGAAATTC----GTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA
gi|18 : tATGTATCTTGCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATG------TTTAA----ATATGCCGTGCGC--ATTCAATTG-AT-CA--TGTtggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|11 : tctatcgTATACATACTTT-AGC--TTTTC-------------A-ATAAA--AATA---GAT-TTATTCAAAAGACA--ACA-TAA--TAAGAA----AGATGCACGCTCTTTCGAG------ATTAACGTA-TT---TATCTT----------CCTA------CAACCT---TACAT-----ACT----C--------GCATGTGCAATTTTGTA-ATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCC-AAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtg
gi|5 : tcCATTTTGTACATGTTTT-------------A--CAAGTTAA-A---G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACTGA-GTGAGAT----GTGTGCAC----ATTTGATACTATAATAAGTATAATTGG-TATTTTGCATTGGTATTGTAGACCTATAG--TATAT---T-----GATTATAC--------TTCTCTGTAA--TTATGTATGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTT-A-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATA-TT-TTAGATAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|10 : acTA-TTGG-TATTTT----------TGTA------TAA--T---T---TTACATGCT----CATCATTGTTTCTTTG------TGTA-ATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCC-ATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAAC--T------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG----ACACAAAG-----AAC------------ACTATATA-TTCTTACATA--TAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATG-T------------TGTAATCGA-TAT-TTA
gi|12 : gaacTTTGTA-TTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA-----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG----CCATAATC-----AAG------------ACGATAT--AT-TTGTATA--TGC-ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|4 : ------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG----CCAACATC-----AAA------------ACCACATG-CT-TTAT
gi|19 : atcaagttatgtgaGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA----ACACACGC-----AAG------------ACGATATC-TT-TCATATA--C---Agctgcttcatgaacatgcttagttaattggctactggcccaaatatcaaatatatacttaatatctgatcaaatgttcatggaaatagtgcagtagtatactataatatatgatcaatagaaaattactttaaaatatgtatacacatctgcgtgttagtattaacttgtcgtttggtttccagtgtttattaccattttcttctcttggcaaaatatttaaaatatatttcagagaacaccgtatgttttgtttataatttg
gi|4 : tgttTGCAGTAGT----ATA-CTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCT-GC-----G-TG------TTAGTATTAACTTGTCGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATAAAATAAAATGACATATTTATGTTATCCAACAACAAAGCATTGAAATACAACAAAGAAACAAACTAAAAGTATATATATATAAATATATGTAACAATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111 111 555555555 22222 1111 22222 66666666666666666666666666666666666666 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666 3333333333 2222222222 00000000000000000000000000000000000000000000 1111 3333333333 2222222222 111111 4444444444444444444444444444 222 3333 222222222 333333333333 2222222222 111111 000000000000000000000000000000000000000000000 11 111111 1111 11111 222222222222 111111 33333333333333333333 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555 2 11111 2 2
lowQualScore : 99 1 3 6 66666 6 6 66666 3 000 444444444 0 1 66666 88 0 0 0000 1 999999 33333 1 5 77 11111111111111111111111111111111111111 5 6666666666 888 2 1 5 5 2222 2 0 444444444444444444444444444444444444 66 0 1 0 6 2 6666666666 5555555555 2 77 66 66666666666666666666666666666666666666666666 22 6 1 3 4444 6666666666 1 6 6 1 66 5555555555 77 666666 4444444444444444444444444444 111 99 0000 000000000 4 22 666666666666 5555555555 666666 222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 0 66 0 3 1 1 0 5 666666 5 1 3 999 5 4 2222 5 888 77 1 44444 999999999999 66 5 5 5 555555 1 77777777777777777777 1 2 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 1 77 0 777777 1 1 11 1 3 3 1 1 0 1 0 00000 0 3 0 4 4
lowQualScore : .. . . . ..... . . ..... . ... ......... . . ..... .. . . .... . ...... ..... . . .. ...................................... . .......... ... . . . . .... . . .................................... .. . . . . . .......... .......... . .. .. ............................................ .. . . . .... .......... . . . . .. .......... .. ...... ............................ ... .. .... ......... . .. ............ .......... ...... ............................................. . . . .. . . . . . . ...... . . . ... . . .... . ... .. . ..... ............ .. . . . ...... . .................... . . . .................................................................................................................... . . .. . ...... . . .. . . . . . . . . ..... . . . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 00000 7 7 77777 0 000 333333333 7 0 11111 99 4 4 6666 4 666666 77777 7 7 99 77777777777777777777777777777777777777 0 4444444444 888 0 4 3 7 1111 4 1 000000000000000000000000000000000000 99 2 0 7 7 5 2222222222 0000000000 5 88 88 33333333333333333333333333333333333333333333 00 7 0 2 2222 7777777777 0 7 4 0 44 0000000000 55 333333 7777777777777777777777777777 000 22 8888 555555555 3 44 444444444444 0000000000 444444 333333333333333333333333333333333333333333333 7 4 9 33 1 7 0 7 4 7 444444 7 0 4 999 0 0 1111 7 999 99 0 33333 333333333333 77 7 7 7 333333 0 88888888888888888888 0 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 33 7 000000 0 0 77 0 7 7 0 0 7 0 7 77777 7 7 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAA---AATAATA-AA-TGTTTTCATGATAAATNTACAAAATATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAC-A-A-CAAACT-AA--AA-A-A-TAT----------------AT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GN-N-A--AACTT----CN-CT-TAAATATTCCGTTATTAACGTTTGN-TATTATAA-G-----G--TT--------------------TTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TTCG--T--G--AATATGCCG-GCGCATTCCATCG--TAT-TAATATATA-CATTTTGAAC--GTTTTA---------GATAAA-AAATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGTGCGTTTTCGAG------ANTAACGTA-------TTGG-TATTTT----------TGTA------TAA--T---T---T-----GCT----C-TC-T-TGTAA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATA-TT-T-TATA-TG--C---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT---ATGT--ACCTAATATGCT-ATCAACTGCT------------GC-GTA-G-ACGGCTA-AATAT-----ATAGGTGAAT----AATTACT----NATG-TGTATACGCTTCTG-C-TGT------TAACGC-G---------TG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAATACATCATATTACA-A-AGAACGTCATATNACATAA---AATAATA-AA-TGTTTTCATGATAAATNTACAAAATATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAC-A-A-CAAACT-AA--AA-A-A-TA-----------------AT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TATGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GN-C-A--AACTT----CN-CT-TAAATATTCCGTTATTAACGTTTGN-TATTATAA-------G--TT--------------------TTGATGTATCNT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TTCA--T--G--AATATGCCG-GCGNATTCCATCG--TGT-TAATATATA-CATTTTGAAC--GTTTTA---------GATAAATAAATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGANA-ACGTGCGTTTTCGAG------ATTAACATA-------TTGGCTATTTT----------TGTA------TAA--T---T---T-----GCT----CTTC-T-TGTAA-TT-----T-GTAATTTTATATGTATTAA-ATATAGAAGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATANAATAATAAACTGTGTTCGATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--NC--ACAANC-----AAG------------ACGATATA-NT-T-TATA-TA--T---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT---ATGTA-ACCNAATATACT-ATCAACTGCN------------GCAGTAAGGACGGCTNTAATGTTGTGCATAGGTNAATAGAAAATTACTTTAANATGCTGTATACGCNTCTGGCTTGTAGTTGATAACATNGGTATTAACTTGTCGTTTGNTTTGCCGGTGTTTATNTTGAAANCATTCCNTTCTCTTNGCNAGATGTTTAAAANATANTTCAGNGAACACCGTNNGCTTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAA---AATAATA-AAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAATATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---A--CAAAT-ACA-CAAACT-AA--AA-A-AGCA-----------------AT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATTTTACTTAATTCGGGAATTT-GTTTGTGAA----TACGATTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGTC-A--CACTC----CC-TT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTTTGA-TATTATAAAGG----G--TT--------------------TTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATTCG----------TTTA--T------ATTTGTCG-GTGAATTTCATCA--TGTATAATGTACA-CAGTTTGAAC--GTTTTA----------ATAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAAGT--GGGA-A-ACGTGCATTTTCTAGGCTGTCAGTAGTGTA-------TTGACTATTTT----------TGTA------TAA--T---T---T-----GCT----CTTC-TATGCAAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATA-AT-T-TATA-TA--T---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT---------------TGT--ACCGACTATGTT-ATCACCTGCT------------GTTATA------GCTA-AATAT-----ATAGGTGAAT----TATTACT----GATG-TGTATACGCTTTT---------------ACGCTG---------TGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAAC-TA-------TTGG-TATTTT----------TGTA------TAA--T---T---TTACATGCT----CATCAT-TGT---TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATA-TTCT-TACA-TA--TAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT---
gi|11 : gTATACA-TACTTT-AGC--TTTTCA----------ATAAA--AATA---GAT-TTATTCAAAAGACAACATAATAAGA--AAGATG--CACGCTCTTTCGAG------ATTAACGTA-------TT---TATCTT----------CCTA------CAACCT---TACAT-----ACT----CGCA-TGTGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATA-TT-TGTATA-TG--C---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAA---AAT---------GTTTTCATAATAAATTTACAAAATAT--TTATACA---AA-ACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---A--CAAACAA-A-CAAA---AG--TA-A-A-TATAT--------------GT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGA---AATAAT------GTTTTCATGATAAATTTTCAAAATAT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA---------CGAACTA-A-AAGACT-AT--AT-ATA-TAT----------------ATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAATTAACTCATTCAGGAATTT-ATTTATACA----TAAGTTTAAAGCATTTT-------TAA------------T-------TTCAA--CTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAA---AAT---------GTTCTCATGATACATTTACAAAATATA-T-ATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---ACGCAAAC-A-tggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|18 : cta--------------------TCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTT----T--A--AATATGCCGTGCGCATTCAATTG--ttac
gi|19 : tctaTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATC-TT-T-CATA-TA--C---Aatcatgttg
gi|2 : tgtTTACATAATCTAACATCA-AA-TGTTTT-ATGATAAGTATACAAAATAT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---A--TAAAC-----TAAATT-GA--AA-------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATTTCACCCAATTGAGGATTTTTATTTTGGAC----TTTGTTTGAAG--------------AA------------T---------CAACAGT----TTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGT-A-ATTAAGTTGAGGTA-TTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTCCCTCTTAT---------G--TT--------------------TTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAA----TTCG--TTAG--AATATACCG-GGTCATTCTATT---CAC-TAATTTGTA-CGTTTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGTTAAG-AAAT----------GTTTAAAATACAGCATA-TTA-T--GAGAGACACGTGAGTTCTCGAC------ACTAACACA-------CTGATTATTTT----------TGTA------TAA--T---TG--T-----G---------C-T-TGTA-------------AAT--------TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-TG--T---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT---ATGT--ACCTAATATACT-ATCAACTGCT------------GC--TAAGGACGGCTC-AATGTTGTGCATAAGTGAAT----AATTATT----CATGCTG-ATACGCTTCTGACTTGTAGTTGATAACATGG------------CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAAC-TTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : agTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG----------------------TAATATAA-TGTTTTCATGATAGATATACAAAA-AAG-TTATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTA--CAAAC-A-ATCCAATT-AACTAA-A-A-TA-----------------AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCa
gi|3 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAAAATTGCGTTTCATGTTTATGTTC-TAGAATA--AA-AGA--AACTT----CT-CT-TAAACATTCCATTATTAA-GTTTGG-TATCAAAATGTTCCTG--TTAGACATTGACCGTACTTCAGTTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAA----TTTA--T--GTAAATATGCCG-GTGAAAT---TCT--TTT-TTGTATAT--TATCTTGA----GTCTTA---------GATAAA-AAACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA----AAGTACGAGATATACTTGCGTTTTCTTA------ATTAACA-A-----------------T----------TATA------CAA----------------GC-------------------T-----T-GTAATTGTTTATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAaagtaaaattgcgtttcatgtttatgttctagaataaaagaaacttctcttaaacattccattattaagtttggtatcaaaatgttcctgttagacattgaccgtacttcagttgatgcatcgtgctcgtcatatgttataatttgcaacaatttatgtaaatatgccggtgaaattcttttttgtatattatcttgagtcttagataaaaaacatttattttttcaaaagacagcaaagtacgagatatacttgcgttttcttaattaacaattatacaagcttgtaattgtttatgtatgaactattgaagagtgaccccatatagtagagcagtaattaaatgaggaaa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctttgatgccaccataaaacaagtacgtcacattacaaagtaatataatgttttcatgatagatatacaaaaaagttatgtattacaacaaaaacaaatttagcaaaaaatgtttacaaacaatccaattaactaaaataatagcaataaacgttagccgttatattcattaaagaaaaggcaatttattttt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATG-CT-T-TATGCTG--C---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTTCATGGAAATAGTGCAGTA-GTATA-CTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG-CGTGT------TA------GTATTAACTTGTCGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtga-CATTTTGTACATGTTTTA-----------CAAGTTAA-A---G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACTGAGT--GAGATG--TGTGCACATTTGAT------ACTATAATAAGTATAATTGG-TATTTTGCATTGGTATTGTAGACCTATAG--TATAT---T-----GATTATACTTC-TCTGTAA-TTA----T-GTA-TGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATA-TT-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : acT--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATTTTACCAAATT-AAGCATTG-ATTTGTGAA----TATGTTTAAAG-------------CAACGGCATTTTCAGT-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----T-T-A--AACTC----CC-CA-GAAATA
gi|6 : t-------G--TA--------------------TTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAA----TTCGTTT--A--AATAACCCG-Ggggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATTTTACTCAATTTAAGAATTT-ATTTGTGAC----TAGGTTTAAAAAAACCGTCGTTTTTAA------------T-------TTCAA--GTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GG-C-A--AATTT----CATCA-TGAATGTTT-GTCATTGACCTC----------AA-------GCGTA--------------------TTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAA----TTCG--T---------TG--G-GAACATTCCATTGACTAT-T-TTATGTATTATTTT--AC--CTTTTA---------GATAAA-AAATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATATTAAGA--GAGAGACACGTGCGTTTTCTGG------AATAACATA-------TT-GCTATTTT----------TGTA------TAagacatgcaattaactattgttgt
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAA---AAT---------GTTTTCATGATAAATTTATAAAATA-A-TTATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAG-A-AACAAACT-AA--AAGA-A-TATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATTTTAACCTATTTAGAAATTT-ATTTGTGAATAACTACATTT-----------------TAAC-----------T-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--TAAA-T-ATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---A--TATAC-A-AACAAACTTAA--AA-A-A-TA-----------------TTT-AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACTTTACCCATTTCAGGAATTT-ATGTGTGCA----TATGTTTAAAG-------------AAA------------TGGCATTGTTAAA--TTGGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATAAAATAAAATGACATATTTATGTTATCCAACAACAAAGCATTGAAATACAACAAAGAAACAAACTAAAAGTATATATATATAAATATATGTAACAATT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 77777777 22222 1111 22222 4444444444444444444444444444444444444 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666 333333333 2222222222 11 000000000000000000000000000000000000000000000 1111 3333333333 2222222222 1 111111 44444444444444 3333333333333 11111 222222222 333333333333333333 11111 111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111 1111 11111 222222222222 1111111 3333333333333333 1 1 11111111111111111111111111 1 33333 2222 22222 1 2222222222222222222222222222222 555555 1 11 1
lowQualScore : 99 1 3 6 0 888 6 6 88 1 1 55555555 0 1 66666 88 0 0 0000 1 999999 44444 5 77 5555555555555555555555555555555555555 5 6666666666 888 2 1 5 5 2222 4 0 444444444444444444444444444444444444 66 0 1 0 6 2 000000000 8 3333333333 2 3 77 3 999999999999999999999999999999999999999999999 1 6 1 3 4444 3333333333 1 6 6 66 5555555555 2 0 666666 44444444444444 1111111111111 66666 99 7 3 3 99 6 444444444 1 666666666666666666 0 11111 777777777 6666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 0 1 1 1 0 5 666666 5 0 3 66 5 4 2222 5 999 77 0 44444 999999999999 5 5 5 5 3333333 1 2222222222222222 2 3 22222222222222222222222222 3 33333 7 8888 99999 3 7 6666666666666666666666666666666 3 1 6 0 111111 1 1 3 3 0 7 44 5 1 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . .. . . ........ . . ..... .. . . .... . ...... ..... . .. ..................................... . .......... ... . . . . .... . . .................................... .. . . . . . ......... . .......... . . .. . ............................................. . . . . .... .......... . . . .. .......... . . ...... .............. ............. ..... .. . . . .. . ......... . .................. . ..... ......... .............................................. . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . . .... . ... .. . ..... ............ . . . . ....... . ................ . . .......................... . ..... . .... ..... . . ............................... . . . . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 2 000 7 7 88 7 4 99999999 7 0 11111 99 4 4 6666 4 666666 44444 7 99 3333333333333333333333333333333333333 0 4444444444 888 0 4 3 7 1111 0 1 000000000000000000000000000000000000 99 2 0 7 7 5 888888888 0 7777777777 2 2 22 2 222222222222222222222222222222222222222222222 0 7 0 2 2222 7777777777 0 7 4 44 0000000000 2 6 333333 55555555555555 0000000000000 00000 22 2 7 7 22 7 777777777 0 666666666666666666 1 99999 444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 7 33 1 0 0 7 4 7 444444 7 3 4 88 0 0 1111 7 444 99 6 33333 333333333333 7 7 7 7 9999999 0 0000000000000000 0 3 33333333333333333333333333 3 33333 3 3333 33333 3 3 0000000000000000000000000000000 7 0 7 7 777777 0 0 3 7 7 3 00 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAATATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAC-A-AACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNN-A--A-ACTT----CN-CT-TAAATNTTCCGTTATTAACGTTTG--TATTATAA--G-GTT--------------------------TTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GCGCATTCCATCG--TAT-TN-ATGTATACATTTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-T-AAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TTA--T-----GC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGC-TA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAATAATAAA-TGTTTTCATGATAAATNTACAAAATATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAC-A-A-CAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNN-A--A-ACTT----CN-CT-TAAATATTCCGTTATTAACGTTTGN-TATTATAA--G-GTT--------------------------TTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--GAATATGCCG-GCGCATTCCATCG--TAT-TA-ATATATACATTTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-T-AAGT--GAGATACACGTGCGTTT--T-CGAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT---T-----GC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGCGTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATAAAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAATATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---A--CAAAT-ACA-CAAACT-AA--AAA-A-----------------GCAAT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATTTTACTTAATTCGGGAATTT-GTTTGTGAA----TACGATTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGT-C--ACACTC----CC-TT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTTTGA-TATTATAAAGG-GTT--------------------------TTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATTCG----------TT--TA--T----ATTTGTCG-GTGAATTTCATCA--TGTATA-ATGTACACAGTTTGAAC--GTTTTA----------A---TAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-T-AAGT--GGGA-A-ACGTGCATTT--T-CTAGGCTGTCAGTAG---------------TGTATTGACT-ATTTT-----T---GTATA---A--TT---T-----GC-TC-TTC-TATGC--AAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATAA-T-T-TATA-T--AT---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT-----------------TGTACCGACTATGTT-ATCACCTGCTGT-TA--TA---------G-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACTG----ATG-TGTATACGCTTTT----------------------ACGCTGTGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAA---------------C-TATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT---TTACATGC-TCAT-CAT-TGT-----TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATAT-TCT-TACA-T--ATAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT-----
gi|11 : gTATACATACTTT-AGC--TTTTCA----------A---TAAAA-A-TA---GAT-TTATTCAAAAGACAACATAAT-AAGA--AAGATGCACGCTC--TT--T-CGAG------ATTAA---------------CGTATT---T-ATCTT-----C---CTACA---ACCTTACAT-----AC-TC-G-C-A-TGTGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATAT-T-TGTATA-T--GC---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATAATAAATTTACAAAATAT--TTATACA---AA-ACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---A--CAAAC-A-AACAAAAG-TA--AAT-A-----------------TATGT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAAT-----GTTTTCATGATAAATTTTCAAAATAT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA---------CGAACTA-A-AAGACT-AT--ATATA-----------------TATATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAATTAACTCATTCAGGAATTT-ATTTATACA----TAAGTTTAAAGCATTTT-------TAA------------T-------TTCAA--CTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTCTCATGATACATTTACAAAATATA-T-ATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---ACGCAAAC-A-tggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|18 : cta--------------------------TCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTT------T--AAATATGCCGTGCGCATTCAATTG--ttac
gi|19 : tctaTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATCT-T-T-CATA-T--AC---Aatcatgttg
gi|2 : tgtGTTACATAATCTAACAT--CAAA-TGTTTT-ATGATAAGTATACAAAATAT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---A--TAAAC-----TAAATT-GA--AA------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATTTCACCCAATTGAGGATTTTTATTTTGGAC----TTTGTTTGAAG--------------AA------------T---------CAACAGT----TTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGTA-ATTA-AGTTGAGGTA-TTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTCCCTCTTAT------GTT--------------------------TTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAA----TT--CG--TTAGAATATACCG-GGTCATTCTATT---CAC-TA-ATTTGTACGTTTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGT---TAAGA-AAT----------GTTTAAAATACAGCATA-T-TA-T--GAGAGACACGTGAGTTC--T-CGAC------ACTAA---------------CACACTGA-TTATTTT-----T---GTATA---A--TTG--T-----GC-T-----------------------T-GTAA------AT-TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-T--GT---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATACT-ATCAACTGCTGC-TAAGGA-------CGG-------CTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATTC----ATGCTG-ATACGCTTCTGACT-------TGTAGTTGATAACAT-G-G-CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAA-CTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : aTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG---------TAATATAA----------TGTTTTCATGATAGATATACAAAA-AAG-TTATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTA--CAAAC-A-ATCCAATT-AACTAAA-A-----------------TA-AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCa
gi|3 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAAAATTGCGTTTCATGTTTATGTTC-TAGAATA--AAAGA--A-ACTT----CT-CT-TAAACATTCCATTATTAA-GTTTGG-TATCAAAA--T-GTTCCTGTTAGACATTGACCGTACTTCAGTTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAA----TTTATG--T--AAATATGCCG-GTGAAAT---TCT--TTT-TT-GTATAT-TATCTTGA----GTCTTA---------GA---TAAAA-AACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA-----AAGTACGAGATATACTTGCGTTT--T-CTTA------ATTAA---------------CA-A-----------T-----T---ATACA---A-------------G-------C-T-TGT--AA-TT----------GTTT---ATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAaagtaaaattgcgtttcatgtttatgttctagaataaaagaaacttctcttaaacattccattattaagtttggtatcaaaatgttcctgttagacattgaccgtacttcagttgatgcatcgtgctcgtcatatgttataatttgcaacaatttatgtaaatatgccggtgaaattcttttttgtatattatcttgagtcttagataaaaaacatttattttttcaaaagacagcaaagtacgagatatacttgcgttttcttaattaacaattatacaagcttgtaattgtttatgtatgaactattgaagagtgaccccatatagtagagcagtaattaaatgaggaaa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctttgatgccaccataaaacaagtacgtcacattacaaagtaatataatgttttcatgatagatatacaaaaaagttatgtattacaacaaaaacaaatttagcaaaaaatgtttacaaacaatccaattaactaaaataatagcaataaacgttagccgttatattcattaaagaaaaggcaatttattttt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATGC-T-T-TATGCT--GC---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTT-CATG--GAAATAGTGCAGTAGTATACTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG--CGTGTTAGTAT------TAACTT-GT--CGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtgaCATTTTGTACATGTTTTA---------CAAGTTAAA---------G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACT-GAGT--GAGATGTGTGCACATTTGATACTAT------AATAAGTATAATTGGTATTTTGCATTGG-T-ATTGTAGACCTATAGTATATTGA--TTA--T-----ACTTC-T-C---TGT--AA-TTA----T-GT-ATGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATAT-T-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : acT--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATTTTACCAAATT-AAGCATTG-ATTTGTGAA----TATGTTTAAAG-------------CAACGGCATTTTCAGT-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----TT-A--A-ACTC----CC-CA-GAAATA
gi|6 : t-TAAAGTTTCTGTT--TGACGCT-G---ACTTCAA--GTGTA--------------------------TTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAA----TT--CGTTT--AAATAACCCG-Ggggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactaTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATTTTACTCAATTTAAGAATTT-ATTTGTGAC----TAGGTTTAAAAAAACCGTCGTTTTTAA------------T-------TTCAA--GTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GGC-A--A-ATTT----CATCA-TGAATGTTT-GTCATTGACCTC----------AA--GCGTA--------------------------TTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAA----TT--CG--T-------TG--G-GAACATTCCATTGACTAT-TTTATGTAT-TATTTT--AC--CTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATA-TTAAGA--GAGAGACACGTGCGTTT--T-CTGG------AATAA---------------CATATTGC-T-ATTTT-----T---GTATA---agacatgcaattaactattgttgt
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATTTATAAAATA-A-TTATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---A--CAAAG-A-AACAAACT-AA--AAG-AATATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATTTTAACCTATTTAGAAATTT-ATTTGTGAATAACTACATTT-----------------TAAC-----------T-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--TAAA-T-ATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---A--TATAC-A-AACAAACTTAA--AAA-A-----------------TATTT--AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACTTTACCCATTTCAGGAATTT-ATGTGTGCA----TATGTTTAAAG-------------AAA------------TGGCATTGTTAAA--TTGGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATAAAATAAAATGACATATTTATGTTATCCAACAACAAAGCATTGAAATACAACAAAGAAACAAACTAAAAGTATATATATATAAATATATGTAACAATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 44444444 222222 44444444444444444444 11111111 1111111111 1111 666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 2222222222 111 44444444 111111 44444444444444 3333333333333 222 2222222 33333333333333333 11111 222222222 111111 5555555555555555555555555555555555555 11 111111 1111 11111 222222222222 1111111 3333333333333333 1 1 999999999999999999999 1 33333 2222 22222 1 2222222222222222222222222222222 555555 1 11 1
lowQualScore : 99 1 3 6 0 888 6 6 99999 55555555 0 2 777 111111 0 55 2 9999 0 777 5 66 33333333333333333333 3 66 66666666 5 6666666666 888 2 1 5 5 2222 4 0 444444444444444444444444444444444444 66 0 1 0 6 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 6 1 3 4444 7777777777 1 6 222 22 33333333 99 77 99 666666 44444444444444 1111111111111 111 99 7 3 0 3 99 6 0000000 1 99999999999999999 11111 000000000 000000 6666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 0 1 1 1 0 5 666666 5 0 3 66 5 4 2222 5 999 77 0 44444 999999999999 5 5 5 5 3333333 1 2222222222222222 2 3 3 444444444444444444444 3 33333 7 8888 99999 3 7 6666666666666666666666666666666 3 1 6 0 111111 1 1 3 3 0 7 44 5 1 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . ..... ........ . . ... ...... . .. . .... . ... . .. .................... . .. ........ . .......... ... . . . . .... . . .................................... .. . . . . . .................................................................................................. . . . . .... .......... . . ... .. ........ .. .. .. ...... .............. ............. ... .. . . . . .. . ....... . ................. ..... ......... ...... ..................................... . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . . .... . ... .. . ..... ............ . . . . ....... . ................ . . . ..................... . ..... . .... ..... . . ............................... . . . . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 2 000 7 7 33333 44444444 7 6 888 000000 1 88 0 4444 1 888 0 99 11111111111111111111 4 11 11111111 0 4444444444 888 0 4 3 7 1111 0 1 000000000000000000000000000000000000 99 2 0 7 7 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 0 2 2222 8888888888 0 7 666 22 00000000 00 55 22 333333 55555555555555 0000000000000 000 22 2 7 7 7 22 7 2222222 0 11111111111111111 99999 999999999 222222 1111111111111111111111111111111111111 4 4 7 33 1 0 0 7 4 7 444444 7 3 4 88 0 0 1111 7 444 99 6 33333 333333333333 7 7 7 7 9999999 0 0000000000000000 0 3 7 777777777777777777777 3 33333 3 3333 33333 3 3 0000000000000000000000000000000 7 0 7 7 777777 0 0 3 7 7 3 00 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNN------------A--A-AC-TT----CC-CT-TA----------------AATNTTCC-GTTA-TGACGTT---CG--TACTATAA--G-GTNTTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GCG-CATTCCATTG--TAT-TN-ATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATTTTACCCAATTCAGGAATTT-ATTTGTGAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNN------------A--A-AC-TT----CN-CT-TA----------------AATNTTCC-GTTATTAACGTT---TG--TATTATAA--G-GTTTTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GCG-CATTCCATCG--TAT-TN-ATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGCTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATAAAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAAT---ATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---ACAAATACACAAACT-AA--AAA-A-----------------GCAAT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATTTTACTTAATTCGGGAATTT-GTTTGTGAA----TACGATTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGT------------C--ACAC-TC----CC-TT-TA----------------AATATTTC-ATTGCTAGTGTT---TGA-TATTATAAAGG-GTTTTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATTCG----------TT------T--ATATTTGTCG-GTG-AATTTCATCA--TGTATA-ATGTACA-CAG--TTTGAAC--GTTTTA----------A---TAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAAGT--GGGA-A-ACGTGCATTT--T-CTAGGCTGTCAGTAG---------------TGTATTGACT-ATTTT-----T---GTATA---A--TT-------TGC-TC-TTC-TATGC--AAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATAA-T-T-TATA-T--AT---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT-----------------TGTACCGACTATGTT-ATCACCTGCTGTTA--TA---------G-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACTG----ATG-TGTATACGCTTTT----------------------ACGCTGTGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAA---------------C-TATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TTTTACA--TGC-TCAT-CAT-TGT-----TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATAT-TCT-TACA-T--ATAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT-----
gi|11 : gTATA-CATACTTT-AGC--TTTTCA----------A---TAAAA-A-TA---GAT-TTATTCAAAAGACAACATAATAAGA--AAGATGCACGCTC--TT--T-CGAG------ATTAA---------------CGTATT---T-ATCTT-----C---CTACA---ACCTT----ACATAC-TC-G-C-A-TGTGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATAT-T-TGTATA-T--GC---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATAATAAATTTACAAAAT---AT--TTATACA---AA-ACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---ACAAACAAACAAAAG-TA--AAT-A-----------------TATGT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAA-----TGTTTTCATGATAAATTTTCAAAAT---AT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA-------CGAACTAAAAGACT-AT--ATATA-----------------TATATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAATTAACTCATTCAGGAATTT-ATTTATACA----TAAGTTTAAAGCATTTT-------TAA------------T-------TTCAA--CTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTCTCATGATACATTTACAAAAT---ATA-T-ATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---AC--GCAAACAtggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|17 : ctaATAAA---ATAAAATGACATA-TT---TATGTTATCCAACAACAAAGCATT----GAAATACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAGTA-----------------TATAT--AT----------ATAAAttac
gi|18 : atTCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTT------T--AAATATGCCGTGCG-CATTCAATTG---A--TC-ATGTtatatgtaacaatt
gi|19 : tctaTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATCT-T-T-CATA-T--AC---Atg
gi|2 : tgtATCTAACATCAAAT--------GTTTT-ATGATAAGTATACAAAAT---AT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---ATAAAC---TAAATT-GA--AA------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATTTCACCCAATTGAGGATTTTTATTTTGGAC----TTTGTTTGAAG--------------AA------------T---------CAACAGT----TTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGTA------------ATTA-AG-TTGAGGTA-TTATA----------------AATTTTCC-GTT--TAACATT---TCCCTCTTAT------GTTTTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAA----TT--CG--TTAGAATATACCG-GGT-CATTCTATT---CAC-TA-ATTTGTA-CGT--TTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGT---TAAGA-AAT----------GTTTAAAATACAGCATA-TTA-T--GAGAGACACGTGAGTTC--T-CGAC------ACTAA---------------CACACTGA-TTATTTT-----T---GTATA---A--TT----G--TGC-T-----------------------T-GTAA------AT-TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-T--GT---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATACT-ATCAACTGCTGCTAAGGA-------CGG-------CTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATTC----ATGCTG-ATACGCTTCTGACT-------TGTAGTTGATAACAT-G-G-CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAA-CTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : agttacataTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG---------TAATATAA----------TGTTTTCATGATAGATATACAAAA----AAG-TTATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTACAAACAATCCAATT-AACTAAA-A-----------------TA-AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCa
gi|3 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAAAATTGCGTTTCATGTTTATGTTC-TAGAATA--AAAGAAACTTCTCTTA--A-ACATT----CC-AT-TATTAAGTTTGGTATCAAAATGTTCCTGTTA--GACATTGACCG--TACT-TCA--G----TTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAA----TTTATG--T--AAATATGCCG-GTGAAATTCT--------T-TT-TTGTATATTAT--CTTGA----GTCTTA---------GA---TAAAA-AACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA----AAGTACGAGATATACTTGCGTTT--T-CTTA------ATTAA---------------C----------------------------A---A--TT----A--TAC-AA-G-C-T-TGT--AA-TT----------GTTT---ATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAaagtaaaattgcgtttcatgtttatgttctagaataaaagaaacttctcttaaacattccattattaagtttggtatcaaaatgttcctgttagacattgaccgtacttcagttgatgcatcgtgctcgtcatatgttataatttgcaacaatttatgtaaatatgccggtgaaattcttttttgtatattatcttgagtcttagataaaaaacatttattttttcaaaagacagcaaagtacgagatatacttgcgttttcttaattaacaattatacaagcttgtaattgtttatgtatgaactattgaagagtgaccccatatagtagagcagtaattaaatgaggaaa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctttgatgccaccataaaacaagtacgtcacattacaaagtaatataatgttttcatgatagatatacaaaaaagttatgtattacaacaaaaacaaatttagcaaaaaatgtttacaaacaatccaattaactaaaataatagcaataaacgttagccgttatattcattaaagaaaaggcaatttattttt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATGC-T-T-TATGCT--GC---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTTCATG--GAAATAGTGCAGTAGTATACTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG--CGTGTTAGTAT------TAACTT-GT--CGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtga-CAT--TTTGTACATGTTTTA---------CAAGTTAAA---------G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACTGAGT--GAGATGTGTGCACATTTGATACTAT------AATAAGTATAATTGGTATTTTGCATTGG-T-ATTGTAGACCTATAGTATATTGA--TT----A--TACTTC-T-C---TGT--AA-TTA----T-GT-ATGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATAT-T-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : acT--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATTTTACCAAATT-AAGCATTG-ATTTGTGAA----TATGTTTAAAG-------------CAACGGCATTTTCAGT-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----TT------------A--A-AC-TC----CC-CA-GA----------------AAT
gi|6 : t-TA----------------AAGTTTCT-GTT--TGACGCT----G---ACTTCAA--GTGTATTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAA----TT--CGTTT--AAATAACCCG-Gagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactaTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATTTTACTCAATTTAAGAATTT-ATTTGTGAC----TAGGTTTAAAAAAACCGTCGTTTTTAA------------T-------TTCAA--GTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GGC------------A--A-AT-TT----CATCA-TG----------------AATGTTT--GTCATTGACCTC-------------AA--GCGTATTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAA----TT--CG--T-------TG--G-GAA-CATTCCATTGACTAT-TTTATGTAT--TAT--TTT--AC--CTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATATTAAGA--GAGAGACACGTGCGTTT--T-CTGG------AATAA---------------CATATTGC-T-ATTTT-----T---GTATA---agacatgcaattaactattgttgt
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATTTATAAAAT---A-A-TTATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAG-AATATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATTTTAACCTATTTAGAAATTT-ATTTGTGAATAACTACATTT-----------------TAAC-----------T-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--T---AAA-T-ATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---ATATACAAACAAACTTAA--AAA-A-----------------TATTT--AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACTTTACCCATTTCAGGAATTT-ATGTGTGCA----TATGTTTAAAG-------------AAA------------TGGCATTGTTAAA--TTGGAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 44444444 222222 44444444444444444444 11111111 1111111111 1111 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222222222 111 333333333333 111111 44444444444444 3333333333333 222 2222222 33333333333333333 11111 222222222 111111 5555555555555555555555555555555555555 11 111111 1111 11111 222222222222 1111111 3333333333333333 1 1 999999999999999999999 1 33333 2222 22222 1 2222222222222222222222222222222 555555 1 11 1
lowQualScore : 99 1 3 6 0 888 6 6 99999 55555555 0 2 777 111111 0 55 2 9999 0 777 5 66 33333333333333333333 3 66 66666666 5 6666666666 888 2 1 0 0000 3 3 0 5 5 5 0000 8 999999999999999999999999999999999999 66 0 0 33 2 77 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 6 1 3 4444 7777777777 1 6 111 5 333333333333 77 99 666666 44444444444444 1111111111111 111 99 7 3 0 3 99 6 0000000 1 99999999999999999 11111 000000000 000000 6666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 0 1 1 1 0 5 666666 5 0 3 66 5 4 2222 5 999 77 0 44444 999999999999 5 5 5 5 3333333 1 2222222222222222 2 3 1 444444444444444444444 3 33333 7 8888 99999 3 7 6666666666666666666666666666666 3 1 6 0 111111 1 1 3 3 0 7 44 5 1 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . ..... ........ . . ... ...... . .. . .... . ... . .. .................... . .. ........ . .......... ... . . . .... . . . . . . .... . .................................... .. . . .. . .. .. ................................................................ . . . . . .... .......... . . ... . ............ .. .. ...... .............. ............. ... .. . . . . .. . ....... . ................. ..... ......... ...... ..................................... . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . . .... . ... .. . ..... ............ . . . . ....... . ................ . . . ..................... . ..... . .... ..... . . ............................... . . . . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 2 000 7 7 33333 44444444 7 6 888 000000 1 88 0 4444 1 888 0 99 11111111111111111111 4 11 11111111 0 4444444444 888 0 4 2 6666 4 4 1 0 0 0 6666 5 111111111111111111111111111111111111 99 2 1 77 2 77 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 0 7 0 2 2222 8888888888 0 7 333 2 000000000000 55 22 333333 55555555555555 0000000000000 000 22 2 7 7 7 22 7 2222222 0 11111111111111111 99999 999999999 222222 1111111111111111111111111111111111111 4 4 7 33 1 0 0 7 4 7 444444 7 3 4 88 0 0 1111 7 444 99 6 33333 333333333333 7 7 7 7 9999999 0 0000000000000000 0 3 0 777777777777777777777 3 33333 3 3333 33333 3 3 0000000000000000000000000000000 7 0 7 7 777777 0 0 3 7 7 3 00 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GNG-CATTCNAT--TG--TA-TTNATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTNTTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GCG-CATTCCAT--TG--TA-TTNATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATAAAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAAT---ATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---ACAAATACACAAACT-AA--AAA-A-----------------GCAAT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATT----TTACTTAATTCGGGAATTT-GT-TTGT-GAA----TACGATTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGTC--ACACTC----C-CTT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTT---TGATATTATAAAGG-GTTTTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATTCG----------TT------T--ATATTTGTCG-GTG-AATTTCATCATG--TA-T-AATGTACA-CAG--TTTGAAC--GTTTTA----------A---TAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAAGT--GGGA-A-ACGTGCATTT--T-CTAGGCTGTCAGTAG---------------TGTATTGACT-ATTTT-----T---GTATA---A--TT-------TGC-TC-TTC-TATGC--AAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATAA-T-T-TATA-T--AT---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT-----------------TGTACCGACTATGTT-ATCACCTGCTGTTA--TA---------G-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACTG----ATG-TGTATACGCTTTT----------------------ACGCTGTGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAA---------------C-TATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TTTTACA--TGC-TCAT-CAT-TGT-----TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATAT-TCT-TACA-T--ATAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT-----
gi|11 : gTATA-CATACTTT-AGC--TTTTCA----------A---TAAAA-A-TA---GAT-TTATTCAAAAGACAACATAATAAGA--AAGATGCACGCTC--TT--T-CGAG------ATTAA---------------CGTATT---T-ATCTT-----C---CTACA---ACCTT----ACATAC-TC-G-C-A-TGTGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATAT-T-TGTATA-T--GC---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATAATAAATTTACAAAAT---AT--TTATACA---AA-ACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---ACAAACAAACAAAAG-TA--AAT-A-----------------TATGT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAA-----TGTTTTCATGATAAATTTTCAAAAT---AT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA-------CGAACTAAAAGACT-AT--ATATA-----------------TATATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAA----TTAACTCATTCAGGAATTT-AT-TTAT-ACA----TAAGTTTAAAGCATTTT-------TAA------------T-------TTCAA--CTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTCTCATGATACATTTACAAAAT---ATA-T-ATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---AC--GCAAACAtggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|17 : ctaATAAA---ATAAAATGACATA-TT---TATGTTATCCAACAACAAAGCATT----GAAATACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAGTA-----------------TATAT--AT----------ATAAAttac
gi|18 : atTATCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTT------T--AAATATGCCGTGCG-CATTCAAT--TG---A--TCATGTtatatgtaacaatt
gi|19 : tcTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATCT-T-T-CATA-T--AC---Atg
gi|2 : tgtATCTAACATCAAAT--------GTTTT-ATGATAAGTATACAAAAT---AT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---ATAAAC---TAAATT-GA--AA------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATT----TCACCCAATTGAGGATTTTTAT-TTTG-GAC----TTTGTTTGAAG--------------AA------------T---------CAACAGT----TTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGTAATTA-AGTTGAGGT-ATTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTC-CC-TCTTAT------GTTTTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAA----TT--CG--TTAGAATATACCG-GGT-CATTCTAT--T---CA-CTAATTTGTA-CGT--TTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGT---TAAGA-AAT----------GTTTAAAATACAGCATA-TTA-T--GAGAGACACGTGAGTTC--T-CGAC------ACTAA---------------CACACTGA-TTATTTT-----T---GTATA---A--TT----G--TGC-T-----------------------T-GTAA------AT-TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-T--GT---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATACT-ATCAACTGCTGCTAAGGA-------CGG-------CTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATTC----ATGCTG-ATACGCTTCTGACT-------TGTAGTTGATAACAT-G-G-CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAA-CTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : agttacataTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG---------TAATATAA----------TGTTTTCATGATAGATATACAAAA----AAG-TTATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTACAAACAATCCAATT-AACTAAA-A-----------------TA-AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCA-AGTAAAATTGCGT--TTCATG--TTT-ATGTTCTAGAA----TA-----AAAG-------------AAA------------C-------TTCTC--TTAAA----CATTCCATTATTAAGTT--TGG--TA--TCAA--A-ATGT----T-CCT-----------GTTA--GACATTGACCG-TACT-TCA--G----TTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAA----TTTATG--T--AAATATGCCG-GTG-AA----AT--TC--T--TTTTTGTATATTAT--CTTGA----GTCTTA---------GA---TAAAA-AACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA----AAGTACGAGATATACTTGCGTTT--T-CTTA------ATTAA---------------C----------------------------A---A--TT----A--TAC-AA-G-C-T-TGT--AA-TT----------GTTT---ATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATGC-T-T-TATGCT--GC---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTTCATG--GAAATAGTGCAGTAGTATACTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG--CGTGTTAGTAT------TAACTT-GT--CGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtga-CAT--TTTGTACATGTTTTA---------CAAGTTAAA---------G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACTGAGT--GAGATGTGTGCACATTTGATACTAT------AATAAGTATAATTGGTATTTTGCATTGG-T-ATTGTAGACCTATAGTATATTGA--TT----A--TACTTC-T-C---TGT--AA-TTA----T-GT-ATGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATAT-T-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : acT--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATT----TTACCAAATT-AAGCATTG-AT-TTGT-GAA----TATGTTTAAAG-------------CAACGGCATTTTCAGT-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----TTA--A-ACTC----C-CCA-GAAAT
gi|6 : t-TAAAGTTTCTGTT--TGACGCT----G--ACTTCAA--GTGTATTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAA----TT--CGTTT--AAATAACCCG-GAGACATGCAAT--TAACTA-TTGTTGTagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactaTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATT----TTACTCAATTTAAGAATTT-AT-TTGT-GAC----TAGGTTTAAAAAAACCGTCGTTTTTAA------------T-------TTCAA--GTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GGCA--A-ATTT----CATCA-TGAATGTT-TGTCATTGAC-----------CT-CAA--GCGTATTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAA----TT--CG--T-------TG--G-GAA-CATTCCAT--TGACTATTTTATGTAT--TAT--TTT--AC--CTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATATTAAGA--GAGAGACACGTGCGTTT--T-CTGG------AATAA---------------CATATTGC-T-ATTTT-----T---GTATA---
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATTTATAAAAT---A-A-TTATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAG-AATATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATT----TTAACCTATTTAGAAATTT-AT-TTGT-GAATAACTACATTT-----------------TAAC-----------T-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--T---AAA-T-ATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---ATATACAAACAAACTTAA--AAA-A-----------------TATTT--AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACT----TTACCCATTTCAGGAATTT-AT-GTGT-GCA----TATGTTTAAAG-------------AAA------------TGGCATTGTTAAA--TTGGAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 44444444 222222 44444444444444444444 11111111 1111111111 1111 1111 666666666666666666666666666666666666 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 2222222222 333333333333 111111 44444444444444 3333333333333 222 2222222 33333333333333333 11111 222222222 111111 5555555555555555555555555555555555555 11 111111 1111 11111 222222222222 1111111 3333333333333333 1 1 999999999999999999999 1 33333 2222 22222 1 2222222222222222222222222222222 555555 1 11 1
lowQualScore : 99 1 3 6 0 888 6 6 99999 55555555 0 2 777 111111 0 55 2 9999 0 777 5 66 33333333333333333333 3 66 66666666 5 6666666666 888 2 1 0 0000 3 3 0 5 5 5 0000 8 999999999999999999999999999999999999 66 0 0 33 2 77 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 6 1 3 4444 7777777777 1 6 1 6 3 333333333333 77 99 666666 44444444444444 1111111111111 111 99 7 3 0 3 99 6 0000000 1 99999999999999999 11111 000000000 000000 6666666666666666666666666666666666666 1 1 1 66 0 1 1 1 0 5 666666 5 0 3 66 5 4 2222 5 999 77 0 44444 999999999999 5 5 5 5 3333333 1 2222222222222222 2 3 1 444444444444444444444 3 33333 7 8888 99999 3 7 6666666666666666666666666666666 3 1 6 0 111111 1 1 3 3 0 7 44 5 1 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . ..... ........ . . ... ...... . .. . .... . ... . .. .................... . .. ........ . .......... ... . . . .... . . . . . . .... . .................................... .. . . .. . .. .. ................................................................ . . . . . .... .......... . . . . . ............ .. .. ...... .............. ............. ... .. . . . . .. . ....... . ................. ..... ......... ...... ..................................... . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . . .... . ... .. . ..... ............ . . . . ....... . ................ . . . ..................... . ..... . .... ..... . . ............................... . . . . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 2 000 7 7 33333 44444444 7 6 888 000000 1 88 0 4444 1 888 0 99 11111111111111111111 4 11 11111111 0 4444444444 888 0 4 2 6666 4 4 1 0 0 0 6666 5 111111111111111111111111111111111111 99 2 1 77 2 77 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 7 0 2 2222 8888888888 0 7 0 7 3 000000000000 55 22 333333 55555555555555 0000000000000 000 22 2 7 7 7 22 7 2222222 0 11111111111111111 99999 999999999 222222 1111111111111111111111111111111111111 4 4 7 33 1 0 0 7 4 7 444444 7 3 4 88 0 0 1111 7 444 99 6 33333 333333333333 7 7 7 7 9999999 0 0000000000000000 0 3 0 777777777777777777777 3 33333 3 3333 33333 3 3 0000000000000000000000000000000 7 0 7 7 777777 0 0 3 7 7 3 00 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GNG-CATTCNAT--TG--TA-TTNATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GNG-CATTCNAT--TG--TA-TTNATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATAAAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAAT---ATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---ACAAATACACAAACT-AA--AAA-A-----------------GCAAT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATT----TTACTTAATTCGGGAATTT-GT-TTGT-GAA----TACGATTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGTC--ACACTC----C-CTT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTT---TGATATTATAAAGG-GTTTTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATTCG----------TT------T--ATATTTGTCG-GTG-AATTTCATCATG--TA-T-AATGTACA-CAG--TTTGAAC--GTTTTA----------A---TAAATTAACA---G-T-TTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAAGT--GGGA-A-ACGTGCATTT--T-CTAGGCTGTCAGTAG---------------TGTATTGACT-ATTTT-----T---GTATA---A--TT-------TGC-TC-TTC-TATGC--AAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATAA-T-T-TATA-T--AT---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT-----------------TGTACCGACTATGTT-ATCACCTGCTGTTA--TA---------G-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACTG----ATG-TGTATACGCTTTT----------------------ACGCTGTGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAA---------------C-TATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TTTTACA--TGC-TCAT-CAT-TGT-----TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATAT-TCT-TACA-T--ATAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT-----
gi|11 : gTATA-CATACTTT-AGC--TTTTCA----------A---TAAAA-A-TA---GAT-TTATTCAAAAGACAACATAATAAGA--AAGATGCACGCTC--TT--T-CGAG------ATTAA---------------CGTATT---T-ATCTT-----C---CTACA---ACCTT----ACATAC-TC-G-C-A-TGTGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATAT-T-TGTATA-T--GC---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATAATAAATTTACAAAAT---AT--TTATACA---AA-ACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---ACAAACAAACAAAAG-TA--AAT-A-----------------TATGT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAA-----TGTTTTCATGATAAATTTTCAAAAT---AT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA-------CGAACTAAAAGACT-AT--ATATA-----------------TATATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAA----TTAACTCATTCAGGAATTT-AT-TTAT-ACA----TAAGTTTAAAGCATTTT-------TAA------------T-------TTCAA--CTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTCTCATGATACATTTACAAAAT---ATA-T-ATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---AC--GCAAACAtggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|17 : ctaATAAA---ATAAAATGACATA-TT---TATGTTATCCAACAACAAAGCATT----GAAATACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAGTA-----------------TATAT--AT----------ATAAAttac
gi|18 : atTATCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTT------T--AAATATGCCGTGCG-CATTCAAT--TG---A--TCATGTtatatgtaacaatt
gi|19 : tcTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATCT-T-T-CATA-T--AC---Atg
gi|2 : tgtATCTAACATCAAAT--------GTTTT-ATGATAAGTATACAAAAT---AT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---ATAAAC---TAAATT-GA--AA------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATT----TCACCCAATTGAGGATTTTTAT-TTTG-GAC----TTTGTTTGAAG--------------AA------------T---------CAACAGT----TTTAACTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGTAATTA-AGTTGAGGT-ATTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTC-CC-TCTTAT------GTTTTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAA----TT--CG--TTAGAATATACCG-GGT-CATTCTAT--T---CA-CTAATTTGTA-CGT--TTCAAAT--GTTTTTTTTCTTTTTGT---TAAGA-AAT----------GTTTAAAATACAGCATA-TTA-T--GAGAGACACGTGAGTTC--T-CGAC------ACTAA---------------CACACTGA-TTATTTT-----T---GTATA---A--TT----G--TGC-T-----------------------T-GTAA------AT-TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-T--GT---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATACT-ATCAACTGCTGCTAAGGA-------CGG-------CTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATTC----ATGCTG-ATACGCTTCTGACT-------TGTAGTTGATAACAT-G-G-CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAA-CTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : agttacataTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG---------TAATATAA----------TGTTTTCATGATAGATATACAAAA----AAG-TTATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTACAAACAATCCAATT-AACTAAA-A-----------------TA-AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCA-AGTAAAATTGCGT--TTCATG--TTT-ATGTTCTAGAA----TA-----AAAG-------------AAA------------C-------TTCTC--TTAAA----CATTCCATTATTAAGTT--TGG--TA--TCAA--A-ATGT----T-CCT-----------GTTA--GACATTGACCG-TACT-TCA--G----TTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAA----TTTATG--T--AAATATGCCG-GTG-AA----AT--TC--T--TTTTTGTATATTAT--CTTGA----GTCTTA---------GA---TAAAA-AACATTTA-T-TTTTTCAAAAGACAGCA----AAGTACGAGATATACTTGCGTTT--T-CTTA------ATTAA---------------C----------------------------A---A--TT----A--TAC-AA-G-C-T-TGT--AA-TT----------GTTT---ATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATGC-T-T-TATGCT--GC---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTTCATG--GAAATAGTGCAGTAGTATACTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG--CGTGTTAGTAT------TAACTT-GT--CGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtga-CAT--TTTGTACATGTTTTA---------CAAGTTAAA---------G-TGTCGCTGAAAGTACAGCAAACTGAGT--GAGATGTGTGCACATTTGATACTAT------AATAAGTATAATTGGTATTTTGCATTGG-T-ATTGTAGACCTATAGTATATTGA--TT----A--TACTTC-T-C---TGT--AA-TTA----T-GT-ATGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATAT-T-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : acT--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATT----TTACCAAATT-AAGCATTG-AT-TTGT-GAA----TATGTTTAAAG-------------CAACGGCATTTTCAGT-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----TTA--A-ACTC----C-CCA-GAAAT
gi|6 : t-TAAAGTTTCTGTT--TGACGCT----G--ACTTCAA--GTGTATTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAA----TT--CGTTT--AAATAACCCG-GAGACATGCAAT--TAACTA-TTGTTGTagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactaTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATT----TTACTCAATTTAAGAATTT-AT-TTGT-GAC----TAGGTTTAAAAAAACCGTCGTTTTTAA------------T-------TTCAA--GTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GGCA--A-ATTT----CATCA-TGAATGTT-TGTCATTGAC-----------CT-CAA--GCGTATTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAA----TT--CG--T-------TG--G-GAA-CATTCCAT--TGACTATTTTATGTAT--TAT--TTT--AC--CTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---A-T-TTGCTCCAAAGACAGCATATTAAGA--GAGAGACACGTGCGTTT--T-CTGG------AATAA---------------CATATTGC-T-ATTTT-----T---GTATA---
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATTTATAAAAT---A-A-TTATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAG-AATATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATT----TTAACCTATTTAGAAATTT-AT-TTGT-GAATAACTACATTT-----------------TAAC-----------T-------TTCAA--GTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--T---AAA-T-ATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---ATATACAAACAAACTTAA--AAA-A-----------------TATTT--AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACT----TTACCCATTTCAGGAATTT-AT-GTGT-GCA----TATGTTTAAAG-------------AAA------------TGGCATTGTTAAA--TTGGAAT
blockSeqs : TT A T C ACA T C ATATA AAT T GAC AGTTA GT A TAGC TTT T CT GAATATATATATATATACA T TT ATATTTAG T AGAAAAGGCA AAA T A AAAA C C T G A TAAC A AAACCGTCGTTTTTAAT CA TT T CA TA TCGTAATTAAGTTGAGGTATTATAAATTTTCCGTTTAACATTTCCCTCTTAT A C T C A AATG CGTTAG C T C A A TGACTATTTT AT AC GTACAT TTTCTTTTTGT AAACATTTAT TAA AC T C G GA A G T GTATAATTGGTATTTTG GATT AGACCTATA TTGA TTACATGCTCATCATTGTTTCTTTGT A T C CA A G T T GTGTAC T G GC A G CTGT G CAA TG TAACA GTTGAATAACTT G C G C ATAAA G GGCCCAAATATCAAAT A G C GAAATAGTGCAGTAGTATA T TGTGC A GAAA TTAAA C T GACTTGTAGTTGATAACATGG A C G ATTGAA G G T T T TT . T T
blockSeqs : AC C T C ACG . . GAATG T T . TTTA GT A . . . . ATA T . . . TTGCA . C A . A G . . . . T CAACGGCATTTTCAGT . TT C C GC TGGCAAATTTCATCATGAATGTTTGTCATTGACCTCAAGC T C . T A . TATGTA C . G . T TAACTATTG A . AAAT CAAGT AATAGAT AAC . G C G . . C C CG GGT T ACC ACATACTCGCATGTGCAATTTT A T T CA C T A . . . A TT . A . . A . . . . . . . AAGT T GTAATCGATAT . . A AGGACGG . . . . C . . GCGTGTTAGTATTAACTTGT G G . T C A . A . T
blockSeqs : C A . . . . . GTATA . T . TATA GT C . . . . GTA T . . . TGACT . T A . A C . . . . T AAATGGCATTG . AG A T GA TCAAAATGTTCCTGTTAGACATTGACCGTACTTCAG A C . A C . CGTTTA C . T . A TCACTA A . AGC GA AAATAAT TAT . T T A . . A T CA GGT C A ATACTTCTCTGTAATTAT A T C A C A T . . . G TC . A . . C . . . . . . . GC C GTCGTAAATAT
blockSeqs : . . ATTT . A . TATT GT A . . . . TA T . . . TGACA . G A . A T . . . . G CATTTTTAAT . GG T C G A T . A A . CGT C . A . C TCTTTT . . GA GA AAAT TA . T T G . . T A CA GCT T A ATACAAGCTTGTAATT A T T C A T T . . . G AA . A . . A . . . . . . . AC A
blockSeqs : . . G . A . ATTA GA A . . . . AA T . . . TGCTG . T . . T T . . . . C TAACT . AG C . A . A . C A . TA . . A . . TGATC . AC A GTG . . G C . . . G A C T T A GTGCTT . . . C A A T . . . T TC . G . . A . . . . . . . GT A
blockSeqs : . T . AATA . A . . . . AA . . . . CAAC . T . . A C . . . . T AAAC . . C . . . . . . G C . . . . A T . . . . C . . . . . . . GC
blockSeqs : A . T . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . AAT . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . .
blockSeqCons : ******** TATA** ATCAAT****************************** CGTTTA**** TNACTATTN*** ANC*** GA************ AAATAAT****** TAN N****** GT*** ATACTNCTNTGTAATTT********************
originalCons : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT-------TGTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATA-TTATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-------------TAA------------T-------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TT--CG--T--AAATATGCCG-GNG-CATTCNAT--TG--TA-TTNATGTATA-CAT--TTTGAAC--GTTTTA---------GA---TAAAA-AATA---G-T-TTGTTCAAAAGACAGCATA-TAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAA---------------CGTATTGG-T-ATTTT-----T---GTATA---A--TT----A--TGC-TC-T-C-T-TGT--AA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
finalCons : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATNTACAAAAT---ATATA--TGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAGATCAAT------------------------------TTCAA--GTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAA----TTCGTTTA----AATATGCCG-GNG-CATTCNATTNACTATTN---ATGTATA-CAT--TTTANC---GTTTTAGA------------TAAAAAATAAT------TTGTTCAAAAGACAGCATANTAAGT--GAGATACACGCGCGTTT--T-CTAN------ANTAA---------------CGTATTGT---ATTTT-----T---GTATA---A--TTATACTNCTNTGTAATTT--------------------GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 33333333 2222 44444444444444444444 11111111 1111111111 1111 1111 9999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 4444444444444444444444 22222 2222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 111111 1111 11111 222222222222 1111111 3333333333333333 1 1 999999999999999999999 1 33333 2222 22222 1 2222222222222222222222222222222 555555 1 11 1
lowQualScore : 99 1 3 6 0 888 6 6 99999 3 00000000 0 2 4 0000 1 1 33 2 9999 0 777 5 66 33333333333333333333 3 66 66666666 5 6666666666 888 2 1 0 0000 3 3 0 5 5 5 0000 8 0000000000000000000000000000 5 8888 2 77 55 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 1 6 1 3 1 6 1 6 3 7 88888 6 99 0000000000000000000000 6 1 55555 2 7 777 7 3 0 3 99 6 0000000 1 8 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 1 0 66 0 1 1 1 0 5 666666 5 0 3 66 5 4 2222 5 999 77 0 44444 999999999999 5 5 5 5 3333333 1 2222222222222222 2 3 1 444444444444444444444 3 33333 7 8888 99999 3 7 6666666666666666666666666666666 3 1 6 0 111111 1 1 3 3 0 7 44 5 1 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . ..... . ........ . . . .... . . .. . .... . ... . .. .................... . .. ........ . .......... ... . . . .... . . . . . . .... . ............................ . .... . .. .. ................................................................ . . . . . . . . . . . ..... . .. ...................... . . ..... . . ... . . . . .. . ....... . . ................................................................................. . . . .. . . . . . . ...... . . . .. . . .... . ... .. . ..... ............ . . . . ....... . ................ . . . ..................... . ..... . .... ..... . . ............................... . . . . ...... . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 22 0 2 5 2 000 7 7 33333 6 77777777 7 6 4 3333 8 1 88 0 4444 1 888 0 99 11111111111111111111 4 11 11111111 0 4444444444 888 0 4 2 6666 4 4 1 0 0 0 6666 5 0000000000000000000000000000 6 0000 2 77 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0 7 0 2 0 7 0 7 3 5 00000 7 22 2222222222222222222222 7 7 77777 2 5 888 2 7 7 7 22 7 2222222 0 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 7 4 33 1 0 0 7 4 7 444444 7 3 4 88 0 0 1111 7 444 99 6 33333 333333333333 7 7 7 7 9999999 0 0000000000000000 0 3 0 777777777777777777777 3 33333 3 3333 33333 3 3 0000000000000000000000000000000 7 0 7 7 777777 0 0 3 7 7 3 00 0 0 0
consensus : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATNTACAAAAT-ATA--TATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-A-----------TCAA---T-------TTCAAGTGGAATAGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAATTCGTTTAAATATGCCG-GNG-CATTCNATTGACTA-TTTATGTATA-CGT--TTT-AA-C-GTTTTA---------GATAAAA-AATA---ATTTGTTCAAAAGACAGCANANTAAGCGAGATACACGCGCGTTT--T-CTAG------ANTAACGTAT---TGG-TATTTT----------TGTA--------------TAA--TTA--TAC-TC--C-T------TGCAA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
Reference ( family-728 ) : NNTGAGGCCCCTNTTAAAACAAGTACGTCATATTACA-A-AGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATNTACAAAAT-ATA--TATGTATGTAATACAACAAAAACAAATT----GAAAAACA---ACAAACAAACAAACT-AA--AAA-A-----------------TATAT--AC--------CAATAAACGCTAGTTG-TTATTTTCATTAACGA-----CGATT---TATTTAAATTCTACTTTCGCATT----TTACCCAATTCAGGAATTT-AT-TTGT-GAA----TACGTTTAAAG-A-----------TCAA---T-------TTCAAGTGGAATNGCGTTCCATATTTTCGTTC-TAGAATA--GNNA--A-ACTT----C-CCT-TAAATNTTCCGTTA-TGACGTT---CG-TACTATAA--G-GTATTGATGTGTCTT-GCTCGTCATTTGTTCTCATTTGAAACAATTCGTTTAAATATGCCG-GNG-CATTCNATTNACTA-TTNATGTATA-CAT--TTT-AN-C-GTTTTA---------GATAAAA-AATA---ATTTGTTCAAAAGACAGCATANTAAGTGAGATACACGCGCGTTT--T-CTAN------ANTAACGTAT---TG--TATTTT----------TGTA--------------TAA--TTA--TAC-TN--C-TN-----TGTAA-TT-----T-GTAATTTTACATGTATTAA-ATATAGANGAATGNCCCCATATAGCACAGCAGTA-ATTTAGATGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAATAATAAACTGTGTTCAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAAAG--AC--ACAAAC-----AAG------------ACGATATAT-T-T-TATA-T--GC---ATACTGNAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATGCT-ATCAACTGCTGNTA--GA-------CGG-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATA----ATTACTN----ATG-TGTATACGCTTCTG--C-------TGT------TAACGC-GTG-CGTTTGNTTTGTCGGTGTTTAT------ANCATTCCATTCTCTTTACAANA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACACCGTAAATTTTGTTCA-CGATTTGCCTTATCTGNTTGAANATCAT
gi|1 : TGAGGCTC-TCTTAAAATAAGTTTATCGTATCACA-A-AGAACGTCATATTACATAAAATAATAAAATGTTTTAATGATAAATGTATAAAAT-ATAATTATGTTTGTAATACAATGAAAACATACT----GAAAAACA---ACAAATACACAAACT-AA--AAA-A-----------------GCAAT--AC--------CAATAAACGCTAATTG-ATATTTTCGTAAACGA-----CATTT---TATTTAAACGCTATTTTCGCATT----TTACTTAATTCGGGAATTT-GT-TTGT-GAA----TACGATTAAAG--------------TAA---T-------TTCAAGTAGAACAGCATTCCATATTTTTGTTC-TAGAATA--GGTC--ACACTC----C-CTT-TAAATATTTCATTGCTAGTGTT---TGATATTATAAAGG-GTTTTAATGTGTGTT-GCTCATCATTAGTTCTCATT----------CGTTTATATTTGTCG-GTG-AATTTCATCATGTA-T-AATGTACA-CAG--TTTGAA-C-GTTTTA----------ATAAATTAACA---GTTTGTTCAAAAGGCAGCACA-TAAGTGGGA-A-ACGTGCATTT--T-CTAGGCTGTCAGTAGTGTAT---TGACTATTTT----------TGTA--------------TAA--TT---TGC-TCTTC-TA-----TGCAAGTT-----T-ATAATTTTACATGTATTAA-ATATAGATGAATGACCTCATATAGTACAGCAGTA-ATTTAGCTGAGGTAAT------ATGCATGC-ATTATAAAACTATAAACAGTGTTTAATTGA-TAAATATGACCGTATCCTA----GA-TAAACG--TC--ACAAAC-----AAG------------ACGGTATAA-T-T-TATA-T--AT---ATACAGAAAATGTGCATCCCATTGCATGTT-----------------TGTACCGACTATGTT-ATCACCTGCTGTTA--TA---------G-------CTA-AATAT-----ATAGGTGAATT----ATTACTG----ATG-TGTATACGCTTTT----------------------ACGCTGTGACCTTTGATTTGTCACTGTTTAT------AACATTCCATTCTCTCTACACCA-GTTTAAAAGATAATTTAGCGAACATTGTAAATTTAGTTCA-CGATCTGCCTTATCTAATTGAAAATCAT
gi|10 : atAAC-TAT---TGG-TATTTT----------TGTA--------------TAA--TTT--TACATG--C-TCATCATTGT---TTCTTTGT-GTAATTTTACATGCGTTAT-ATGTAGGAGAATGGCCCCATATAGAACAATAGTA-ATTTATATTAGATAATGTGTACATGTATGC-ATTATGAAACAATAAACT--------TTGA-TAAACATGGCCGTACCCTA----GA-TAATAG--AC--ACAAAG-----AAC------------ACTATATAT-TCT-TACA-T--ATAAAATACTGGAAATGTGTATTCCATTGCATGTTGTAATCGATAT-----
gi|11 : gTATA-CATACTTT-AG-C-TTTTCA----------ATAAAA-A-TAG--ATTTATTCAAAAGACAACATAATAAGAAAGATGCACGCTC--TT--T-CGAG------ATTAACGTAT---T---TATCTT----------CCTA--------------CAACCTTACATAC-TCG-CATG-----TGCAA-TT-----TTGTAATTCTATATGTATTAACAT-TAGACACATGTCCCCAAGTAGCACAACAGTA-ATTGAGAAAAGGTATT------ATGTGTAC-ATTATGAAATAATAAACTGTGCGCAAGTGA-TAtta
gi|12 : tc-TT-----T-GTATTTTTACATGTATTAA--CATAAACTAATTA----ATATGGTACAGCAGTA-ATTTAGATGAGATAAT------ATGCATGC-AATATATAGTAATAAACTATGTTTAATTGA-TAAATACGACC-TATCCTA----GA-CAAAAG--CC--ATAATC-----AAG------------ACGATATAT-T-TGTATA-T--GC---ATACTGTAAATGTTTATTACATTGTA
gi|13 : ACA-A-AATATATCATATAACATAAAAT--------GTTTTCATAATAAATTTACAAAAT-AT---T---TATACAAAACAACAACAATAAATT----AATAAA-A---ACAAACAAACAAAAG-TA--AAT-A-----------------TATGT--AC--------CTATACACACTAGTTGTTTTTTTTCATTAACAA-----C--TT---TGTTT
gi|14 : GAGGCCTTTATTAAAA--------TCATATTACA-A-A-ATTTTCATATAACATGAAATAAT-----GTTTTCATGATAAATTTTCAAAAT-AT-----T-TATGTAATACAACAAAATCG--TT----GAAAA-------CGAACTAAAAGACT-AT--ATATA-----------------TATATTTAC--------CAATAAAAGCTAGTTG-TTATTTTCATTttgtttgacattta
gi|15 : aTCTATTTTCACAAA----TTAACTCATTCAGGAATTT-AT-TTAT-ACA----TAAGTTTAAAGCATTT--------TTAA---T-------TTCAACTGGAAATTCGTTCGATACTTTTGTTC-CATAATA--
gi|16 : TGAGGCCC-TCTTAAAACAAATACATCATATTACATACAGAATGTCATATAACATAAAAT--------GTTCTCATGATACATTTACAAAAT-ATA--TATGTAT----TACAACAAAACCAAATA----GAAAAACA---AC--GCAAACAtggagattcgtgcgtattgaagacaaacatattaata
gi|17 : ctaATAAA---ATAAAATGACA--TATTTATGTTATCCAACAACAAAGCATT----GAAATACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAGTA-----------------TATAT--AT----------ATAAAttac
gi|18 : atTATCGATGTATCTT-GCTCATCATTTGTTCTCATTTAAAAAAAAATGTTTAAATATGCCGTGCG-CATTCAATTGATCA-Ttatatgtaacaatt
gi|19 : tcTGTGTTCGATTGG-AAAATATGGCCATATTCTG----GA-TAAAAA--AC--ACACGC-----AAG------------ACGATATCT-T-T-CATA-T--AC---Agttg
gi|2 : tgtATCTAACATCAAAT--------GTTTT-ATGATAAGTATACAAAAT-AT------GTATGTAATTTAACACAAACAAATT----GATAAGCA---ATAAAC---TAAATT-GA--AA------------------------T--AC--------CAATACACGTTAGATG-TTGTTTTCATTAATTG-----CAATA---GATTCTAATTCGACTTTCGCATT----TCACCCAATTGAGGATTTTTAT-TTTG-GAC----TTTGTTTGAAG-AA----------TCAACAGT-------TTTAA-----------CTTCA-ATCTTCCTTT-TAGCATATCGTAATTA-AGTTGAGGT-ATTATAAATTTTCCGTT--TAACATTTC-CC-TCTTAT------GTTTTGATGTGGCTT-GCTCGTTATTTGTTTTCATTTGAAACAATTCGTTAGAATATACCG-GGT-CATTCTATTCACTA----ATTTGTA-CGT--TTC-AAAT-GTTTTTTTTCTTTTTGTTAAGA-AAT--------GTTTAAAATACAGCATATTA--TGAGAGACACGTGAGTTC--T-CGAC------ACTAACACAC---TGATTATTTT----------TGTA--------------TAA--TTG--TGC-T-------------------------T-GTAA------AT-TATTAA-CTATAAAAGAATATCTCGATATAGCATTGTGGTATATTT-GATGAGGTAAT------GTGTATGC-ATTATACAATAATAAACTGTGTT-GATTGA-TAAGTATGACCATATCCAA----GA-TAAAAA--AC--ACAAAC-----GAG------------ACGATATATGT-T-CATA-T--GT---ATACTGCAAATGTGTATTCTATTGCATGTTGTCGTAAATAT-----ATGTACCTAATATACT-ATCAACTGCTGCTAAGGA-------CGG-------CTC-AATGTTGTGCATAAGTGAATA----ATTATTC----ATGCTG-ATACGCTTCTGACT-------TGTAGTTGATAACAT-G-G-CATTTGCTTTGTCGGTGTTTATATTGAAAGCATTCCATTTTCTTTACCAGA-GTTTAAAAGATAATTTAGTGAACACTGTTAA-CTTGCTCATTGATTTGCTTTAT-TGTTTGAATATCAT
gi|3 : agttacataTGATGCCACCAT-AAAACAAGTACGTCACATTACA-A-AG---------TAATAT--AAT--------GTTTTCATGATAGATATACAAAAA-AGT--TATGTAT----TACAACAAAAACAAATTTAGCAAAAAATGTTTACAAACAATCCAATT-AACTAAA-A-----------------TA-AT--AG--------CAATAAACGTTAGCCG-TTATATTCATTAAAGAAAAGGCAATT---TATT----TTTTAATTTCA-AGTAAAATTGCGT--TTCATG--TTT-ATGTTCTAGAA----TA-----AAAG-A-------------AA---C-------TTCTCTTAAA----CATTCCATTATTAAGTT--TGG--TA--TCAA--A-ATGT----T-CCT-----------GTTA--GACATTGACCG-TACT-TCA--G----TTGATGCATCGT-GCTCGTCATATGTTATAATTTGCAACAATTTATGTAAATATGCCG-GTG-AA----ATT--CT--TTTTTGTATATTAT--CTT-GA---GTCTTA---------GATAAAA-AACATTTATTTTTTCAAAAGACAGCAAAGTA--CGAGATATACTTGCGTTT--T-CTTA------ATTAAC----------------------------------------------AA--TTA--TAC-----------------AAGCT-----T-GTAATTGTTTATGTATGAA-CTATTGAAGAGTGACCCCATATAGTAGAGCAGTA-A-TTAAATGAGGAAAa
gi|4 : agtaagtaagtagaaagtaagtaaattctttatttatggatgaggattgcattgaaaacgccagtcttctt------ATGCATGTTGTTATAAAATGATAAACTTTGTAAAAGTAAATAGATAGAACCATATCCTA----AA-TAAAAG--CC--AACATC-----AAA------------ACCACATGC-T-T-TATGCT--GC---TTCATGAACATGCTTAGTTAATTGGCTACTGGCCCAAATATCAAATATATACTTAATAT-CTGATCAAATGTTCATG--GAAATAGTGCAGTAGTATACTATAATAT-----AT-GATCAATAGAAAATTACTTTAAAATA-TGTATACACATCTG--CGTGTTAGTAT------TAACTT-GT--CGTTTGGTTT-CCAGTGTTTATT-----ACCATTTTCTTCTCTTGGCAAAATATTTAAAATATATTTCAGAGAACACCGTATGTTTTGTTTA-TAATTTG
gi|5 : atcaagttatgtgaACCA-TTT-TGTACA-TGT--TTT-AC-AAGTT-----------------AA-AGTG-----TCGCTGAAAGTACAGCAAACTGAGTGAGATGTGTGCACATTTGATACTAT------AATAA-GTATAATTGG-TATTTTGCATTGGTATTGTAGACCTATAGTATATTGA--TTA--TAC-TT--C-TC-----TGTAA-TTA----T-GTA-TGTTATACGTAATAACATA-AGAGAAACTCCCTTA-ATAGCACAAGAGTT-ATTTAGACGATGCAAT------TAACATGC-ATTATTGAATAATAAAGGATGCTCAGGCGA-TGCACATGACCGTACCATACTGTGAGTGAAAGCAACTGACAAACTAACAAAGGTTGAATAACTTACGTTATAT-T-T-TAGA-TAAGT---ATGTCGAATATGTGTATTCTA
gi|6 : T--AC--------CAATTAACGCTAGTTG-TTATTT-CAGTATTGA-----CTATT---TACTTAAATTCTGCTTTCGCATT----TTACCAAATT-AAGCATTG-AT-TTGT-GAA----TATGTTTAAAGCAACGGCATTT--TCAG---T-------TTCAAGTGGAATAGCGTTCCATATTTTTGTTCATA-AAT----TTA--A-ACTC----C-CCA-GAAAT
gi|6 : t-TAAAGTTTCTGTT--TGACGCT----G--ACTTCAA--GTGTATTGATGTGTTTTTGCTTGTCATTTGTTATCATTTGAAACAATTCGTTTAAATAACCCG-GAGACATGCAATTAACTA-TTGTTGTagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactataaagtttctgtttgacgctgacttcaagtgtattgatgtgtttttgcttgtcatttgttatcatttgaaacaattcgtttaaataacccggagacatgcaattaactattgttgt
gi|7 : ttaccaattaacgctagttgttatttcagtattgactatttacttaaattctgctttcgcattttaccaaattaagcattgatttgtgaatatgtttaaagcaacggcattttcagtttcaagtggaatagcgttccatatttttgttcataaatttaaactccccagaaatagggataatatttaaaattttgaaaaggcctaatatattccctttaaacattttataattagcttgtggtactaTATTTTCTTT-----------GAAT---TATTGA---TCTACTTTCGTATT----TTACTCAATTTAAGAATTT-AT-TTGT-GAC----TAGGTTTAAAA-AAACCGTCGTTTTTAA---T-------TTCAAGTGGAATGGCGTATCATGCTTTCTTTC-CAGAATAT-GGCA--A-ATTT----CATCA-TGAATGTT-TGTCATTGAC-----------CT-CAA--GCGTATTAATGTATAGT-GCTCGCCATTTGTGCTTATTTGAACCAATTCGT-------TG--G-GAA-CATTCCATTGACTATTTTATGTAT--TAT--TTT-AC-C--TTTTA---------GATAAAA-AATA---ATTTGCTCCAAAGACAGCATATTAAGAGAGAGACACGTGCGTTT--T-CTGG------AATAACATAT---TGC-TATTTT----------TGTA--------------TA
gi|8 : ATATTATG-A-AGTATATCATAAAACATAAAAT--------GTTTTCATGATAAATTTATAAAAT-AAT--TATGTATGTAAACCAACAAACACAAATT----GAAAAACA---ACAAAGAAACAAACT-AA--AAG-AATATATATATATATACATATAT--ACATATTTAGCAATAAACACTAGT-G-TTATTTTTATTAATGA-----CAATTAAATATTTAAATTCTACTTTCATATT----TTAACCTATTTAGAAATTT-AT-TTGT-GAATAACTACATTTTAA---------------C-----T-------TTCAAGTGGAATAGCGTTCCATATTTT
gi|9 : ATGATAAATATACAA--T-AAA--TATGTATGAAGTACAACAGAAACCAACT----GAAAAACA---ATATACAAACAAACTTAA--AAA-A-----------------TATTT--AC--------CGATAAACGTTAGATG-TTATTTTCATTAATGC-----TGATT---TATTTAAATTCTACTGTAACACT----TTACCCATTTCAGGAATTT-AT-GTGT-GCA----TATGTTTAAAG-A-------------AA---TGGCATTGTTAAATTGGAAT