lowQualScore : 11111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111 1 55555555555555555555555 222222222222222222222222 2222 333333333333333 1 66666666666666666666666 11
lowQualScore : 5 4 4 9 55555555555 0 3 44444 11111111111111111111111 8 333333333333333333333333 66 2222 666666666666666 44 2 1 1 2 0 1 00000000000000000000000 3 1 777 00 7 8 1 2 6
lowQualScore : . . . . ........... . . ..... ....................... . ........................ .. .... ............... .. . . . . . . ....................... . . ... .. . . . . .
lowQualScore : 0 7 4 9 88888888888 2 3 88888 44444444444444444444444 9 444444444444444444444444 11 0000 888888888888888 00 0 4 4 8 8 0 33333333333333333333333 3 7 888 33 5 7 4 5 0
consensus : TTTA-GCTCACGT-GAGCAAAGCTCAAGGTGA-----------GCTATTCTG-ATCGC--TT---C--GCT--GTGTCTGTTGTCCGTC-GTCCGT-C---CGTAAAGTT--TT---T--GTT--GTGTGC---ACTCTAGCACCCGCA--TTTT-CATTGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT---ACA--A-ATN----TTGGACAAGCTNT-TGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCCGAGTTATGGCCCTTNTTCA
Reference ( gi|1 ) : TTTA-GCTCACGT-GAGTAAAGCTCAACGTGA-----------GTTTTTCTG-ATCGC--TTA--CAAGCTCAATGCCTGCTGACCGTC-GTCCGT-C---CATAAAGCT--TT---T--GTT--GTGTGA---ACTCTAGCACCTGCA--TTCTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT---ACA--ATATC----TCGGACAAGCTTT-TGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTAGAGATTTGCCAATTTTTCTGT
gi|4 : TTTA-TCTCACGT-GAGTGAAGCTAAGAGTGA-----------GCTATTTTGAATCCC--TT------GTT---TTC--GCTGTCCGTT-GTCAGT-C---CGT----CT--CTATAT--GTT--GTGT-----------GCAC------------AATTGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA---------ACA--ATATTCATACCGGCCAAGTT
gi|8 : attcattTTTAAGCTCATCT-GATCAAAGGTCAAGGTGA-----------GTTATTCTG-ACCCC--TT-----------GTGTCT-------GTC-GTCCAT-T---TGTTAGATT--TT---T--GTT--CTGTGC---ACTCCAGCAAATGCA--
gi|5 : tTTTA-ACTCACGT-CGGTAAAGCTGTATATGA-----------GCCATTATA-ACCGC--T--------CT--GTATCTGTTGTTTGTCTGTCCGTACGTGCGTAA--TT--TT---TAAGTT--GTCTGC---TCTCTTGCACCTGTA--TTTTTCAATGGATTTTC
gi|20 : tTTTA-GATCGGAT-GAGTAAAGTTCAAGGTGA-----------ATTTTTCTA-ATCAC--TT
gi|3 : tattTTTA-GCTGACCA-GAGCAAAGCTTAATCTGA-----------GCTATTCTG-ATCA-----A--CAAG-----TGTAT-------GTC-TTCCGT-C---CGTTAATTT--TT---G--GTT--TTGTGGTACACTCTGG
gi|15 : tTTTA-GCTCATTT-GATTACAGCTCGAGATGA-----------GCTGTTCTG-ATTCC--TTttttagcatttttattcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|16 : attTTA-GCTCACCT-ACGCAAAACTCAATGTGA-----------ACTATTCTG-GTGAC--C------------ATG--TAC---CCGCC-GTCCGT-C---Ctttatctgcaagtctcca
gi|14 : A-GTTCACAT-TGGCAAAGTTCAAGGTGA-----------GTTGTTCTG--------TTT--C---CTCTGTGTCTATTAACCATC-g
gi|6 : taCATGTCAAATAAAACTTAACATAAAATTGTTGTACGTTATTCTG-ATAGCCCTTAGTCG-GTTCA---TCCATTGTCCGTC-CGCCAT-C---CATAAAGTT--TT---T--GTT--GTGTGC---ACTTCACCAcgttatct
gi|21 : GCCCAAGGTGA-----------GTTTTTCTG-ATCAC--
gi|23 : ctaatctgaacaatttGCTCAAGGTGA-----------GCTTTTCTG-ACTGC--cctgtgtgt
gi|12 : CAATGTGA-----------GCTATTCTG-ATTGC--TTG--T--------TGTCCGTTATCTGTC-GTTCGT-------TAATG-T--TT---T--CTTAAGTGTGC---ACTGTAGCACCcctgtgtctgtcgt
gi|10 : CCGTCCATCCGT-A---CGTAAACCA--CT---G--GCT--GTGTGC---ATTCTAGCACCTGTACTTTTTATTAT---TCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-c
gi|2 : gtCCGT-T---CATTGAGGT--TTAA-T---TT--GTGTGC---TTTCTATCACAAGAA--TTGTCCATTGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATAT--G--TT---GCA--G--------TTGGACAGAACTT-TGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|13 : atatttattttaactcacctgaataacagacctcatggtacattttcttatctgacaTAAAGTTAATTA--T--GTT--GTTTGT---ACTCTAGCACCCACA--TTTT-CATTGGTTGTTTACCTAGCTC-T-TAGCAGTTATATA-A--tgt
gi|7 : CTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC---AAA--GAATA----TTGGCTAAATTGC-TGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTC
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCAGATG----TTGAACAAGCTCT-TGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|9 : AATTATAAA-AGATT----CA--A-ATT----TTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTT
gi|19 : gccaattataataaataATC----TTGGACAAACTGT-TGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGG
gi|3 : T-TGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TTAAAGCAAAGTTCACGGTGAGCTGTTCTGATTCCCCTGTGTCTGCCATTCGTTGTCA
Unaligned ( gi|18 ): TTTTATTAGTTCACCTCATCAAAAGGGTCAAGGTGAGCTGTTTTGACCACCCTGTGC
Unaligned ( gi|22 ): AGCGGAGCAAAGATGAGCTATTCTGATCACCCAGTGTGTGTCGTCTG
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555 11111 111111 1 333333333333333333
lowQualScore : 4 5 77 1 2 66666666666666666666 444 7 11111 3 44 55 999999 55 777 5 1 1 5 1 5 1 8 3 666666666666666666 1 6 2 7 77 8 1
lowQualScore : . . .. . . .................... ... . ..... . .. .. ...... .. ... . . . . . . . . . .................. . . . . .. . .
lowQualScore : 0 7 99 2 5 99999999999999999999 444 3 77777 7 00 55 333333 55 000 4 7 4 7 7 7 0 9 2 999999999999999999 0 7 2 5 44 9 0
consensus : TTTA-GCTCACNTGAGCAAA--GCTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCT-----------C-T--GTGTCCGT-CGTCCGTC-GTCCGT-C---CGTAAAGTT--TT---T--GTT--GTGTG---CACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Reference ( family-719 ) : TTTA-GCTCACGTGAGCAAA--GCTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCT-----T-C--GC-T--GTGTCTGT-TGTCCGTC-GTCCGT-C---CGTAAAGTT--TT---T--GTT--GTGTG---CACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AGCTNTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCCGAGTTATGGCCCTTNTTCA
gi|1 : TTTA-GCTCACGTGAGTAAA--GCTCAACGTGAGTTTTTCTG-ATCGCT-----TACAAGC-TCAATGCCTGC-TGACCGTC-GTCCGT-C---CATAAAGCT--TT---T--GTT--GTGTG---AACTCTAGCACCTGCA-TT-CTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-ATATCTCGGACA-AGCTTTTGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTA
gi|10 : GTCCGTCCATCCGT-A---CGTAAACCA--CT---G--GCT--GTGTG---CATTCTAGCACCTGTACTT-TTTAT-T-ATTCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-gagatttgccaatttttctgt
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCA-G-ATGTTGAACA-AGCTCTTGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|12 : CAATGTGAGCTATTCTG-ATTGCT-----T----GT-----TGTCCGT-TATCTGTC-GTTCGT-------TAATGTT--TT---C---TTAAGTGTG---CACTGTAGCACCC
gi|13 : TAAAGTTAATTA--T--GTT--GTTTG---TACTCTAGCACCCACA-TT-TTCAT-TGGTTGTTTACCTAGCT--CTTAGCAGTTATATA-A--
gi|14 : A-GTTCACATTGGCAAA--GTTCAAGGTGAGTTGTTCTG-TT---T-----C-C--TC-T--GTGTCTAT-TAACCATC-
gi|15 : taTTTA-GCTCATTTGATTACA--GCTCGAGATGAGCTGTTCTG-ATTCCT-----T-cgttatct
gi|16 : attTTA-GCTCACCTACGCAAA--ACTCAATGTGAACTATTCTG-----------------------GTGACCATGTACCCGCC-GTCCGT-C---CGtttatctgcaagtctcca
gi|17 : AGCAAA--GTTCACGGTGAGCTGTTCTG-AT---T-----C-C--CC-T--GTGTCTGC-CATTCGTT-GTC
gi|18 : ttaaTTA-GTTCACCTCATCAAAAGGGTCAAGGTGAGCTGTTTTG-ACCACC-----------C-T--GTGa
gi|19 : tttta-ATCTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGGc
gi|2 : CCGT-T---CATTGAGGT--TTAA-T---TT--GTGTG---CTTTCTATCACAAGAA-TTGTCCAT-TGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATATG----TT-----G-CA-----GTTGGACAGAACT-TTGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|20 : atatttattttaactcacctgaataacagacctcatggtacattttcttatctgacaTTTA-GATCGGATGAGTAAA--GTTCAAGGTGAATTTTTCTA-ATCACT-----T-tgt
gi|21 : tattTGAACAATTTGCCCAAGGTGAGTTTTTCTG-ATCACC-----------C-T--GTGT
gi|22 : ctaatcAGCGGA--GC-AAAGATGAGCTATTCTG-ATCACC-----------C-A--GTGTGTGT-CGTCTGgt
gi|23 : --GCTCAAGGTGAGCTTTTCTG-ACTGCC-----------C-T--GTGTCTGT-CGT
gi|3 : TTTA-GCTGACCAGAGCAAA--GCTTAATCTGAGCTATTCTG-ATCA------------ACAA--GTGTAT--------GTC-TTCCGT-C---CGTTAATTT--TT---G--GTT--TTGTGGTACACTCTGGTTTTAGCA-TT-TTTAT-T
gi|3 : tTTGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTTcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|4 : ttttagctgaccagagcaaagcttaatctgagctattctgatcaacaagtgtatgtcttccgtccgttaatttttggttttgtggtacactctggttttagcatttttattcctctgatatgtacTTTA-TCTCACGTGAGTGAA--GCTAAGAGTGAGCTATTTTGAATCCCT-------------T--GTTTTCGC-TGTCCGTT-GTCAGT-C---CGT----CT--CTATAT--GTT--GTGTG---CAC---A----------------AT-TGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA-A--
gi|5 : attcattTTTA-ACTCACGTCGGTAAA--GCTGTATATGAGCCATTATA-ACCGCT-----------C-T--GTATCTGT-TGTTTGTCTGTCCGTACGTGCGTAA--TT--TT---TAAGTT--GTCTG---CTCTCTTGCACCTGTATTT-TTCAA-TGGATTTTCcaatattcataccggccaagtt
gi|6 : tGTTATTCTG-ATAGCCCTTAGT-C--GG-T--TCATCCAT-TGTCCGTC-CGCCAT-C---CATAAAGTT--TT---T--GTT--GTGTG---CACTTCACCA
gi|7 : catgtcaaataaaacttaacataaaattgttgtacCTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC-----A-AAGA-ATATTGGCTA-AATTGCTGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTCA
gi|8 : TTTAAGCTCATCTGATCAAA--GGTCAAGGTGAGTTATTCTG-ACCCCT-------------T--GTGTCT--------GTC-GTCCAT-T---TGTTAGATT--TT---T--GTT--CTGTG---CACTCCAGCA
gi|9 : tAATTATAAA-AGATT-------CA-A-ATTTTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTTaatgca
Alignments
lowQualScore : 1111111 44444444444444 11 1111111111 1 333333333333333333
lowQualScore : 3 1 2 77 33 3 2 5 1111111 33 2 2 9999 1 6 11111111111111 22 55 8888888888 55 4 5 1 1 5 1 5 1 8 3 666666666666666666 1 6 6 77 5
lowQualScore : . . . .. .. . . . ....... .. . . .... . . .............. .. .. .......... .. . . . . . . . . . . .................. . . . .. .
lowQualScore : 6 0 9 33 77 5 4 9 8888888 44 5 1 6666 4 7 44444444444444 33 55 5555555555 55 0 4 7 4 7 7 7 0 9 2 999999999999999999 0 7 7 44 3
consensus : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGT-C---CG-------TAAAGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Reference ( family-719 ) : TTTA-GCTCACNTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCT------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGT-C---CG-------TAAAGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
gi|1 : TTTA-GCTCACGTGAGTAA-A--G--CTCAACGTGAGTTTTTCTG-ATCGCTTACAAGCTCAA-TGCCTGC----TGACCGTC-GTCCGT-C---CA-------TAAAGCT--TT---T--G---TT--GT-GTGAACTCTAGCACCTGCA-TT-CTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-ATATCTCGGACA-AGCTTTTGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTA
gi|10 : GTCCGTCCATCCGT-A---CG-------TAAACCA--CT---G--G---CT--GT-GTGCATTCTAGCACCTGTACTT-TTTAT-T-ATTCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-gagatttgccaatttttctgt
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCA-G-ATGTTGAACA-AGCTCTTGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|12 : CAATGTGAGCTATTCTG-ATTGCT-------T--GTTGTCCGT----TATCTGTC-GTTCGT--------------TAATGTT--TT---C------TTAAGT-GTGCACTGTAGCACCC
gi|13 : -------TAAAGTTAATTA--T--G---TT--GT-TTGTACTCTAGCACCCACA-TT-TTCAT-TGGTTGTTTACCTAGCT--CTTAGCAGTTATATA-A--
gi|14 : A-GTTCACATTGGCAA-A--G--TTCAAGGTGAGTTGTTCTG-TTTCCT------CT--G-TGTCTATTAACCATCCGTT-ATC
gi|15 : taTTTA-GCTCATTTGATTAC-A--G--CTCGAGATGAGCTGTTCTG-ATTCCT------TT--T-TATCTGt
gi|16 : attTTA-GCTCACCTACGCAA-A--A--CTCAATGTGAACTATTCTG-GTGACC------AT--G-TACCCGC----CGTCCGTC-caagtctcca
gi|17 : AGCAA-A--G--TTCACGGTGAGCTGTTCTG-ATTCCC------CT--G-TGTCTGC----CATTCGTT-GTCcg
gi|18 : ttaaTTA-GTTCACCTCATCAA-AAGG--GTCAAGGTGAGCTGTTTTG-ACCACC------CT--G-TGa
gi|19 : tttta-ATCTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGGc
gi|2 : TTTA-ACTCACCTGAATAACA--GACCTCATGGTACATT-TTCTT-ATC---------------TG-ACAC----CGTTCATT-G---------------------AGGTT--TA---A--T---TT--GT-GTGCTTTCTATCACAAGAA-TTGTCCAT-TGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATATG----TT-----G-CA-----GTTGGACAGAACT-TTGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|20 : atatttatTTTA-GATCGGATGAGTAA-A--G--TTCAAGGTGAATTTTTCTA-ATCACT------tgt
gi|21 : tattCTAATCTGAACAA-TTTG--CCCAAGGTGAGTTTTTCTG-ATCACC------CT--G-TGTt
gi|22 : AGCGG-A--G--C-AAAGATGAGCTATTCTG-ATCACC------CA--G-TGTGTGT----CGTCTGgt
gi|23 : --G--CTCAAGGTGAGCTTTTCTG-ACTGCC------CT--G-TGTCTGT----CGT
gi|3 : TTTA-GCTGACCAGAGCAA-A--G--CTTAATCTGAGCTATTCTG-ATCAAC------AA--G-TGTATGT----CTTC---C-GTCCGT--------------TAA--TT--TT---T--GGTTTT--GTGGTACACTCTGGTTTTAGCA-TT-TTTAT-T
gi|3 : tTTGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTTcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|4 : ttttagctgaccagagcaaagcttaatctgagctattctgatcaacaagtgtatgtcttccgtccgttaatttttggttttgtggtacactctggttttagcatttttattcctctgatatgtacTTTA-TCTCACGTGAGTGA-A--G--CTAAGAGTGAGCTATTTTGAATCCCT-------T--G-TTTTCGC----TGTCCGTT-GTCAGT-C---CG-------T----CT--CTATAT--G---TT--GT-GTGCAC---A----------------AT-TGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA-A--
gi|5 : attcattTTTA-ACTCACGTCGGTAA-A--G--CTGTATATGAGCCATTATA-ACCGCT------CT--G-TATCTGT----TGTTTGTCTGTCCGTACGTGCG-------TAA--TT--TT---TAAG---TT--GT-CTGCTCTCTTGCACCTGTATTT-TTCAA-TGGATTTTCcaatattcataccggccaagtt
gi|6 : tGTTATTCTG-ATAGCC------CT--T-AGTCGGTT---CATCCATT-GTCCGT-C---CGCCATCCATAAAGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTTCACCA
gi|7 : catgtcaaataaaacttaacataaaattgttgtacCTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC-----A-AAGA-ATATTGGCTA-AATTGCTGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTCA
gi|8 : TTTAAGCTCATCTGATCAA-A--G--GTCAAGGTGAGTTATTCTG-ACCCCT-------T--G-TGTCTGT----CGTC---C-ATTTGT--------------TAGA-TT--TT---T--G---TT--CT-GTGCACTCCAGCA
gi|9 : tAATTATAAA-AGATT-------CA-A-ATTTTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTTaatgca
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 1 333333333333333333
lowQualScore : 3 1 2 77 33 3 2 8 777777 33 2 1 9999 2 3 6666666666666666666666666666666666666 55 4 5 1 1 5 1 5 1 8 3 666666666666666666 1 6 6 77 5
lowQualScore : . . . .. .. . . . ...... .. . . .... . . ..................................... .. . . . . . . . . . . .................. . . . .. .
lowQualScore : 6 8 9 33 77 5 4 5 777777 77 7 8 6666 1 3 9999999999999999999999999999999999999 55 0 4 7 4 7 7 7 0 9 2 999999999999999999 0 7 7 44 3
consensus : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTCCG-------TAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Reference ( family-719 ) : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTCCG-------TAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
gi|1 : TTTA-GCTCACGTGAGTAA-A--G--CTCAACGTGAGTTTTTCTG-ATCGCTTACAAGCTCAA-TGCCTGC----TGACCGTC-GTCCGTCCA-------TAA------AGCT--TT---T--G---TT--GT-GTGAACTCTAGCACCTGCA-TT-CTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-ATATCTCGGACA-AGCTTTTGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTA
gi|10 : GTCCGTCCATCCGTACG-------TAA------ACCA--CT---G--G---CT--GT-GTGCATTCTAGCACCTGTACTT-TTTAT-T-ATTCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-gagatttgccaatttttctgt
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCA-G-ATGTTGAACA-AGCTCTTGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|12 : CAATGTGAGCTATTCTG-ATTG-C------TT--GTTGTCCGT----TATCTGTC-GTTCGT----------TAA------TGTT--TT---C------TTAAGT-GTGCACTGTAGCACCC
gi|13 : -------TAA------AGTTAATTA--T--G---TT--GT-TTGTACTCTAGCACCCACA-TT-TTCAT-TGGTTGTTTACCTAGCT--CTTAGCAGTTATATA-A--
gi|14 : A-GTTCACATTGGCAA-A--G--TTCAAGGTGAGTTGTTCTG-TTTCCT------CT--G-TGTCTATTAACCATCCGTT-ATC
gi|15 : taTTTA-GCTCATTTGATTAC-A--G--CTCGAGATGAGCTGTTCTG-ATt
gi|16 : attTTA-GCTCACCTACGCAA-A--A--CTCAATGTGAACTATTCTG-GTGACC------AT--G-TACCCGC----CGTCCGTC-tcctttttatctgcaagtctcca
gi|17 : AGCAA-A--G--TTCACGGTGAGCTGTTCTG-ATTCCC------CT--G-TGTCTGC----CATTCGTT-GTCcg
gi|18 : ttaaTTA-GTTCACCTCATCAA-AAGG--GTCAAGGTGAGCTGTTTTG-ACCACC------CT--G-TGa
gi|19 : tttta-ATCTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGGc
gi|2 : TTTA-ACTCACCTGAATAACA--GACCTCATGGTACATT-TTCTT-ATC---------------TG-ACAC----CGTTCATT-G-----------------A------GGTT--TA---A--T---TT--GT-GTGCTTTCTATCACAAGAA-TTGTCCAT-TGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATATG----TT-----G-CA-----GTTGGACAGAACT-TTGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|20 : atatttatTTTA-GATCGGATGAGTAA-A--G--TTCAAGGTGAATTTTTCTA-ATCACtgt
gi|21 : tattCTAATCTGAACAA-TTTG--CCCAAGGTGAGTTTTTCTG-ATCACC------CT--G-TGTtt
gi|22 : AGCGG-A--G--C-AAAGATGAGCTATTCTG-ATCACC------CA--G-TGTGTGT----CGTCTGgt
gi|23 : --G--CTCAAGGTGAGCTTTTCTG-ACTGCC------CT--G-TGTCTGT----CGT
gi|3 : TTTA-GCTGACCAGAGCAA-A--G--CTTAATCTGAGCTATTCTG-ATCAAC------AA--G-TGTATGT----CTTC---C-GTCCGT----------TAA--------TT--TT---T--GGTTTT--GTGGTACACTCTGGTTTTAGCA-TT-TTTAT-T
gi|3 : tTTGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTTcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|4 : ttttagctgaccagagcaaagcttaatctgagctattctgatcaacaagtgtatgtcttccgtccgttaatttttggttttgtggtacactctggttttagcatttttattcctctgatatgtacTTTA-TCTCACGTGAGTGA-A--G--CTAAGAGTGAGCTATTTTGAATC-CC------TT--G-TTTTCGC----TGTCCGTT-GTCAGTCCG-------T----------CT--CTATAT--G---TT--GT-GTGCAC---A----------------AT-TGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA-A--
gi|5 : attcattTTTA-ACTCACGTCGGTAA-A--G--CTGTATATGAGCCATTATA-ACCGCT------CT--G-TATCTGT----TGT---TT-GTCTGTCCG-------TACGTGCGTAATT--TT---TAAG---TT--GT-CTGCTCTCTTGCACCTGTATTT-TTCAA-TGGATTTTCcaatattcataccggccaagtt
gi|6 : tGTTATTCTG-ATAGCC------CT--T-AGTCGGTT---CATCCATT-GTCCGTCCGCCATCCATAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTTCACCA
gi|7 : catgtcaaataaaacttaacataaaattgttgtacCTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC-----A-AAGA-ATATTGGCTA-AATTGCTGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTCA
gi|8 : TTTAAGCTCATCTGATCAA-A--G--GTCAAGGTGAGTTATTCTG-ACC-CC------TT--G-TGTCTGT----CGTC---C-ATTTGT----------TAG------A-TT--TT---T--G---TT--CT-GTGCACTCCAGCA
gi|9 : tAATTATAAA-AGATT-------CA-A-ATTTTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTTaatgca
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333 1 333333333333333333
lowQualScore : 3 1 2 77 33 3 2 8 777777 33 2 1 9999 2 3 6666666666666666666666666666666666666 55 4 5 1 1 5 1 5 1 8 3 666666666666666666 1 6 6 77 5
lowQualScore : . . . .. .. . . . ...... .. . . .... . . ..................................... .. . . . . . . . . . . .................. . . . .. .
lowQualScore : 6 8 9 33 77 5 4 5 777777 77 7 8 6666 1 3 9999999999999999999999999999999999999 55 0 4 7 4 7 7 7 0 9 2 999999999999999999 0 7 7 44 3
consensus : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTCCG-------TAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Reference ( family-719 ) : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTCCG-------TAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
gi|1 : TTTA-GCTCACGTGAGTAA-A--G--CTCAACGTGAGTTTTTCTG-ATCGCTTACAAGCTCAA-TGCCTGC----TGACCGTC-GTCCGTCCA-------TAA------AGCT--TT---T--G---TT--GT-GTGAACTCTAGCACCTGCA-TT-CTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-ATATCTCGGACA-AGCTTTTGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTA
gi|10 : GTCCGTCCATCCGTACG-------TAA------ACCA--CT---G--G---CT--GT-GTGCATTCTAGCACCTGTACTT-TTTAT-T-ATTCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-gagatttgccaatttttctgt
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCA-G-ATGTTGAACA-AGCTCTTGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|12 : CAATGTGAGCTATTCTG-ATTG-C------TT--GTTGTCCGT----TATCTGTC-GTTCGT----------TAA------TGTT--TT---C------TTAAGT-GTGCACTGTAGCACCC
gi|13 : -------TAA------AGTTAATTA--T--G---TT--GT-TTGTACTCTAGCACCCACA-TT-TTCAT-TGGTTGTTTACCTAGCT--CTTAGCAGTTATATA-A--
gi|14 : A-GTTCACATTGGCAA-A--G--TTCAAGGTGAGTTGTTCTG-TTTCCT------CT--G-TGTCTATTAACCATCCGTT-ATC
gi|15 : taTTTA-GCTCATTTGATTAC-A--G--CTCGAGATGAGCTGTTCTG-ATt
gi|16 : attTTA-GCTCACCTACGCAA-A--A--CTCAATGTGAACTATTCTG-GTGACC------AT--G-TACCCGC----CGTCCGTC-tcctttttatctgcaagtctcca
gi|17 : AGCAA-A--G--TTCACGGTGAGCTGTTCTG-ATTCCC------CT--G-TGTCTGC----CATTCGTT-GTCcg
gi|18 : ttaaTTA-GTTCACCTCATCAA-AAGG--GTCAAGGTGAGCTGTTTTG-ACCACC------CT--G-TGa
gi|19 : tttta-ATCTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGGc
gi|2 : TTTA-ACTCACCTGAATAACA--GACCTCATGGTACATT-TTCTT-ATC---------------TG-ACAC----CGTTCATT-G-----------------A------GGTT--TA---A--T---TT--GT-GTGCTTTCTATCACAAGAA-TTGTCCAT-TGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATATG----TT-----G-CA-----GTTGGACAGAACT-TTGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|20 : atatttatTTTA-GATCGGATGAGTAA-A--G--TTCAAGGTGAATTTTTCTA-ATCACtgt
gi|21 : tattCTAATCTGAACAA-TTTG--CCCAAGGTGAGTTTTTCTG-ATCACC------CT--G-TGTtt
gi|22 : AGCGG-A--G--C-AAAGATGAGCTATTCTG-ATCACC------CA--G-TGTGTGT----CGTCTGgt
gi|23 : --G--CTCAAGGTGAGCTTTTCTG-ACTGCC------CT--G-TGTCTGT----CGT
gi|3 : TTTA-GCTGACCAGAGCAA-A--G--CTTAATCTGAGCTATTCTG-ATCAAC------AA--G-TGTATGT----CTTC---C-GTCCGT----------TAA--------TT--TT---T--GGTTTT--GTGGTACACTCTGGTTTTAGCA-TT-TTTAT-T
gi|3 : tTTGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTTcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|4 : ttttagctgaccagagcaaagcttaatctgagctattctgatcaacaagtgtatgtcttccgtccgttaatttttggttttgtggtacactctggttttagcatttttattcctctgatatgtacTTTA-TCTCACGTGAGTGA-A--G--CTAAGAGTGAGCTATTTTGAATC-CC------TT--G-TTTTCGC----TGTCCGTT-GTCAGTCCG-------T----------CT--CTATAT--G---TT--GT-GTGCAC---A----------------AT-TGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA-A--
gi|5 : attcattTTTA-ACTCACGTCGGTAA-A--G--CTGTATATGAGCCATTATA-ACCGCT------CT--G-TATCTGT----TGT---TT-GTCTGTCCG-------TACGTGCGTAATT--TT---TAAG---TT--GT-CTGCTCTCTTGCACCTGTATTT-TTCAA-TGGATTTTCcaatattcataccggccaagtt
gi|6 : tGTTATTCTG-ATAGCC------CT--T-AGTCGGTT---CATCCATT-GTCCGTCCGCCATCCATAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTTCACCA
gi|7 : catgtcaaataaaacttaacataaaattgttgtacCTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC-----A-AAGA-ATATTGGCTA-AATTGCTGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTCA
gi|8 : TTTAAGCTCATCTGATCAA-A--G--GTCAAGGTGAGTTATTCTG-ACC-CC------TT--G-TGTCTGT----CGTC---C-ATTTGT----------TAG------A-TT--TT---T--G---TT--CT-GTGCACTCCAGCA
gi|9 : tAATTATAAA-AGATT-------CA-A-ATTTTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTTaatgca
blockSeqs : A A C AG AC A A G . . T C TAAC C C CCGTACGTGCGTAATTTTTAAG AA G T T C G T . T T T TATTTATACATCAG G G C CT G
blockSeqs : . T . TT . G . C . . . T T T . CCGCCATCCATAAAGTTTTTG . . C C T . C . T C T AGCAAAGA C . G A T
blockSeqs : . C . . . G . A . . . C . C . ACGTAAACCACTGG . . C A . . C . G C G AGATTCAA G . G T C
blockSeqs : . C . . . A . C . . . T . C . CCGTCTCTATATG . . A C . . T . G T T TTGCA A . G A A
blockSeqs : . C . . . G . A . . . C . C . TAATTTTTGGTT . . A T . . C . A . . T . . T G
blockSeqs : . A . . . G . A . . . T . C . TAATGTTTTC . . T . . . . . . C T
blockSeqs : . C . . . T . A . . . T . T . TAGATTTTTG . . .
blockSeqs : . C . . . T . A . . . T . C . AGGTTTAAT . .
blockSeqs : . G . . . A . G . . . C . C . . .
blockSeqs : . G . . . T . A . . . T . . .
blockSeqs : C . . . A . G . . . G . . .
blockSeqs : . . . A . G . . . T . .
blockSeqs : . . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ****** ** TAGATTTTTG***************************
originalCons : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTCCG-------TAA------AGTT--TT---T--G---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
finalCons : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-TGTCCGT----CGTCCGTC-GTCCGTTAGATTTTTG---------------------------TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 11111111 2222222222 1 333333333333333333
lowQualScore : 4 0 3 77 33 4 2 1111111111111 2 33 99999999 1 3 5555555555 4 777 777 66 4 1 5 1 6 6 3 6 0 2 3 666666666666666666 1 6 6 77 5
lowQualScore : . . . .. .. . . ............. . .. ........ . . .......... . ... ... .. . . . . . . . . . . . .................. . . . .. .
lowQualScore : 0 5 1 99 99 3 5 8888888888888 9 99 22222222 0 6 9999999999 4 888 888 11 4 1 3 0 7 7 7 7 8 0 2 999999999999999999 0 7 7 44 3
consensus : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTNTTCTG-ATCGCC------CT--G-T--GTCCGT--------CGTCCGTC-GTCCGT---TAGA-T-T-TT---TG---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
Reference ( family-719 ) : TTTA-GCTCACCTGAGCAA-A--G--CTCAAGGTGAGCTATTCTG-ATCGCC------CT--G-T--GTCCGT--------CGTCCGTC-GTCCGT---TAGA-T-T-TT---TG---TT--GT-GTGCACTCTAGCACCCGCA-TT-TTCAT-TGGGTCTTCACCAAACTTACACAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-A-ATNTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAAATC-GAATAATTAATGTCGGAGTTATGGCCCTTGTTCA
gi|1 : TTTA-GCTCACGTGAGTAA-A--G--CTCAACGTGAGTTTTTCTG-ATCGCTTACAAGCTCAA-T--GCCTGC--------TGACCGTC-GTCCGTCCATAAAGC-T-TT---TG---TT--GT-GTGAACTCTAGCACCTGCA-TT-CTAAAATGGGTCTTCACCAAGCTTATATAGTAGTTATATA-A--TT-----A-CA-ATATCTCGGACA-AGCTTTTGAACTGGTCAAATC-GAATAATCAATGTCAGAGTTATGGCCCTTGTTTA
gi|10 : GTCCGTCCATCCGTACGTAAA-C-CACT---GG---CT--GT-GTGCATTCTAGCACCTGTACTT-TTTAT-T-ATTCTT-ATCAAAC-TACATAATAGTTATGTA-gagatttgccaatttttctgt
gi|11 : ACATACTAGTTATATATA--TTTATACATCA-G-ATGTTGAACA-AGCTCTTGAATTAGTCAAATA-AAATAATTAATGTTGGAG
gi|12 : CAATGTGAGCTATTCTG-ATTG-C------TT--GTT--GTCCGT--------TATCTGTC-GTTCGT---TA-A-TGT-TT---TC---TTAAGT-GTGCACTGTAGCACCC
gi|13 : GT---TAA----T-TA---TG---TT--GT-TTGTACTCTAGCACCCACA-TT-TTCAT-TGGTTGTTTACCTAGCT--CTTAGCAGTTATATA-A--
gi|14 : taaaA-GTTCACATTGGCAA-A--G--TTCAAGGTGAGTTGTTCTG-TTTCCT------CT--G-T--GTCTATTAAC----CATCCGTT-ATC
gi|15 : taTTTA-GCTCATTTGATTAC-A--G--CTCGAGATGAGCTGTTCTG-ATt
gi|16 : attTTA-GCTCACCTACGCAA-A--A--CTCAATGTGAACTATTCTG-GTGACC------AT--G-T--ACCCGC--------CGTCCGTC-tcctttttatctgcaagtctcca
gi|17 : AGCAA-A--G--TTCACGGTGAGCTGTTCTG-ATTCCC------CT--G-T--GTCTGC--------CATTCGTT-GTCcg
gi|18 : ttaaTTA-GTTCACCTCATCAA-AAGG--GTCAAGGTGAGCTGTTTTG-ACCACC------CT--G-T--Ga
gi|19 : tttta-ATCTTGGACA-AACTGTTGAACTGGCCAACTT-GGATACTTAATGTCTGGCTTTTGGc
gi|2 : TTTA-ACTCACCTGAATAACA--GACCTCATGGTACATT-TTCTT-ATC---------------T--G-ACAC--------CGTTCATT-G---------AGG-T-T-TA---AT---TT--GT-GTGCTTTCTATCACAAGAA-TTGTCCAT-TGGGTCTTCAATTAACTTATACAGGAA--ATATG----TT-----G-CA-----GTTGGACAGAACT-TTGAATTGGCTCAATCTGAA-AATTAATATCCAAGCTATATCTCTT
gi|20 : atatttatTTTA-GATCGGATGAGTAA-A--G--TTCAAGGTGAATTTTTCTA-ATCACtgt
gi|21 : tattCTAATCTGAACAA-TTTG--CCCAAGGTGAGTTTTTCTG-ATCACC------CT--G-T--GTtt
gi|22 : AGCGG-A--G--C-AAAGATGAGCTATTCTG-ATCACC------CA--G-T--GTGTGT--------CGTCTGgt
gi|23 : --G--CTCAAGGTGAGCTTTTCTG-ACTGCC------CT--G-T--GTCTGT--------CGT
gi|3 : TTTA-GCTGACCAGAGCAA-A--G--CTTAATCTGAGCTATTCTG-ATCAAC------AA--G-T--GTATGT--------CTTC---C-GTCCGT---TA-A-T-T-TT---TGGTTTT--GTGGTACACTCTGGTTTTAGCA-TT-TTTAT-T
gi|3 : tTTGAACTGGTGAGATA-GAATAATTGATGTCAGAGTTGCAATCTTTGTTcctctgatatgtacttgaactggtgagatagaataattgatgtcagagttgcaatctttgtt
gi|4 : ttttagctgaccagagcaaagcttaatctgagctattctgatcaacaagtgtatgtcttccgtccgttaatttttggttttgtggtacactctggttttagcatttttattcctctgatatgtacTTTA-TCTCACGTGAGTGA-A--G--CTAAGAGTGAGCTATTTTGAATC-CC------TT--G-T--TTTCGC--------TGTCCGTT-GTCAGT---CCGT-C-T-CTATATG---TT--GT-GTGCAC---A----------------AT-TGAG-CTT-ACCAAATTGACACAGTAGTTCTATA-A--
gi|6 : attcattGTTATTCTG-ATAGCC------CTTAG-TCGGTTCATCCATTGTCCGTCCGCC-ATCCAT---AAAG-T-T-TT---TG---TT--GT-GTGCACTTCACCAcaatattcataccggccaagtt
gi|7 : catgtcaaataaaacttaacataaaattgttgtacCTTTATCAAATTTACACAGTTGTTTTATA-A--GC-----A-AAGA-ATATTGGCTA-AATTGCTGATCTGGCCTGATT-GAATAGTTAATGTTGGAGTAATGGCCCCTTTTCA
gi|8 : TTTAAGCTCATCTGATCAA-A--G--GTCAAGGTGAGTTATTCTG-ACC-CC------TT--G-T--GTCTGT--------CGTC---C-ATTTGT---TAGA-T-T-TT---TG---TT--CT-GTGCACTCCAGCA
gi|9 : tAATTATAAA-AGATT-------CA-A-ATTTTAAACA-GCTTGATGAATTGGTCAAATC-GAATAGAGAATGTATGAGTAATGGCCCTTaatgca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): TTTTAACTCACGTCGGTAAAGCTGTATATGAGCCATTATAACCGCTCTGTATCTGTTGTTTGTCTGTCCGTACGTGCGTAATTTTTAAGTTGTCTGCTCTCTTGCACCTGTATTTTTCAATGGATTTTC