lowQualScore : 222222222222 1111111 33333333 11111 555555 222222222222 11111 1111 2222222 111 11 2 5555555555555 2222 222222 11 8888 55555555 22 22 1111 1 1
lowQualScore : 9 4 6 222222222222 4444444 22222222 4 11111 555555 4 777 000000000000 8888 4 55 4 66666 8888 4 4 8888 7777 8888 7777777 4 66 4 777 4 66 9999 4 2 4 0000000000000 1111 888888 88 6 6 6 5555 00000000 0 5 55 1 44 6 4 4444 7 9 0 7 6 6 6 3 5 0
lowQualScore : . . . ............ ....... ........ . ..... ...... . ... ............ .... . .. . ..... .... . . .... .... .... ....... . .. . ... . .. .... . . . ............. .... ...... .. . . . .... ........ . . .. . .. . . .... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 0 0 888888888888 4444444 22222222 4 11111 222222 0 000 555555555555 5555 0 55 0 66666 5555 0 0 5555 0000 5555 9999999 4 11 4 333 4 33 4444 4 8 4 9999999999999 2222 888888 33 0 0 0 0000 00000000 7 7 11 4 33 0 1 8888 0 0 8 0 0 7 7 5 0 8
consensus : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTCAT-------TGAT--------CGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGA-TT-CTTG-TTTG---CT------------CATTAAT----TCAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGACTGA----ATG----ACT-T-ACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
Reference ( gi|1 ) : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAACTA-AAAGCATGGACGGATCAATAATTTATTTATT------------GATTTAT-------TGAT--------CGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TG-----CTTG-TTTG---CT------------CATTAAT----TCAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGACTGA----TTG----ACT-T-ACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAG----A--CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AA-GATATAT--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTATCT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATTTTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TCCATTCATTC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACACACACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCTTCTAACACGGTGTCTGTCCTGCCTTTTGTTTACA-TTTC-A-CCTGTAAGGAAAA-AAACTACAGGGTTATATAAGATGAACACCGGGGCACGTGCACATTCTATACAAATACTGGA---TCATCTCGGATACCTACACGTACCTGTCGTATACAAAGGTATACATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCTGTAATCAATATATATAAAATATGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTAACTTATGTTTAACCCCAC
gi|7 : TCCTGTTGCTCATGTGCAGTCGAAATTA-AAAACATGGACGAATCAATAATTTATT----------------GATTCGT-------TGAT--------CGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGA----TTTG-TTTG---CTTGCTCATTAATTCATTAAT----TCAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGACTGAATGATTA----ACT-T-ACT----TA----TT----GCTGTTTTGTACCTAAATTGAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTTTAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TC--------C----CTCCGTTCATTCG
gi|9 : tttcaccatcgtagtttcgcctTCCTGTTACTCATGCGCAGTCGAAATTG-AAAGCACGGACGAATCAATAATTTATTTATTTATTGATTGATTGATTCGT-------TGAT--------CGATAGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGA----TTTG-TTTGTTTCT------------CATGAAT----TTAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGACTGA----ATG----ACT-T-ACT----TACTTATT----GCCGTTTGGTACCTAAACTGAG----C--CGT-TAGTACAAGTAGCTATAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGT-TATGAATAGAACAAAATACAATAAATAACAAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TCCCTCCATCC----CTCCG
gi|10 : TCCTATTGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTTAT-------TGATTCGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGATTTGCTTG-TTTG---CT------------CATTAAT----TCAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGAATGA----CTT----ACT-T-ACT----TA----AT----GCCGTTTTGTACCTAAATTAAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AA-GATATAA--TT-CACACTTATTTAGATTATATAAAATTAAGAGTAATTAATCATGTTAATTTTCGTTAATTAACTTGACTGT-TATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAAT----ATTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TCCCTCTATCCTAGACTCCTTT
gi|3 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCAAAATTA-AAAGCATGGGCGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTCGT-------TGAT--------CGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTG-----CTTG-TTTG---CA------------CATTAAT----TCAT-TT--ACTCACTTACTTTGTT-ACTGACTGACTGA----ATGACTAACT-T-ACT----TA----TT----GCCATTTTGAACTTAACTTGAG----C--TGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AA-AA---AT--TTATGAA------TAAA-TATGT----TTA-----AACCAATCATGCACATTTTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTTCTTTATATTCCTTCCGTCCTCACACTCTCACTCTT-TCCCCCCATCC----CTCCGTTCATTCGTTTCCACTCTCGTTCTATC--TCTCTCTC
gi|20 : tTCCTGTTGCTCATACGCAGTTGAAATTA-AAAGCACGGACGAATCAATTATTTATTtttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttgagcttttgctctcctctaacacagtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgcaatgaaaaaaacgacagggtacgagatgaacaccggggtgcgtgcacattctatacaaatactgggacatctcggatgcctacatgtacctgtcgtatacaaagttatccatt
gi|19 : TCCTGTTGCTCATGCTTAATCGAAATTATAAA
gi|2 : ttttcaccatcgtagtttcgcctCCTGTGGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCGTGGACAAATCAATG---T-TTTATT------------GATTCAT-------TGAT--------CGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGACTTGCTTG-TTTG---CC------------CATTAAT----TCAT-TT--GCTCATTTACTTTGTT-ACTGACTGGCTGA----ATG----ACT-T-ACT----TA----TTTATTGCCGTTTTGTACTTAAATTGAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AATAATATATAATT-CGCACTCATTTAGATTTTATTCAATTAAGAATACTTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAACAAAATTCAATAAATAACGAACAGACCTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTTTCACTCCTCTCCATCCA--------TCCGTCCATTCGTT----CCCTC------aactaaaaca
gi|4 : CTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTTATGATTCATTGAT--------AGATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TGATTTGCTTG-CTTG---CT------------CATTAAT----TCAT-TT--GCTCATTTACTTTGTT-ACTGACTGACGGA----ATG----ACT-T-ACTAACTTA----TT----GCTGTTTTGTACCTGAATTGAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATAAATCACGTAAATATTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATAAATAATGAACAGTACTTAATATTCCTTTCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TC--------C----CTCCAATCATTTGCT----CTCTC------TC--TCTCTCACACGCACGCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctggaacttttgctctcctctaacatggtgtctgtccttttgttttcagttttatcctgtaaggaaaaatacgacagggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtgcacattctattaaaatactgggtaatctcggatacctacatgttcctgtcgtatacaaaggtatccattgtataattaatggtttattaagagaagagcagtaatcaatatatataatatacgcaaaccaaattcatttatttacattaaggtgtaattatataacggtattgataaaatatatcaactaaactttgcttatatgaaatactttatgtctaccccacgtt
gi|12 : CTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATAA-AAAGCATGAAAGAATCAATAATCTATTTATT------------GATTTAT-------TGATTCATTGATCGATTGATTA-ATGACTGAATTAA-----TGATTTCCTTG-TTTG---CT------------TATAAAT----TCAT-TTTAACTCACTTTCTTTGTT-ACTGACTGACTGA----ATG----ACT-T-ACT----TACTTATT----GCCGTTTTGTACGTAAATTGAG----C--CGT-CAGTACAAGTAGCTTTAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAAGTTTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAATAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTAAAT----ATTCCTTCCTCCCCCTCTCACTCCT-TC--------C----CTCCGTTCATTCGTcgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgcatacactttctggagcttttgctctcctctaacatggtgtgtgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaaacagggtgatatgagatgaacaccgaggcgcgtgcatattctatataaatactgggtcatctcggatacctacatgtacctgtcgtatacaaaggtatccattgtgt
gi|14 : CTGTTGCTCATGCTCAGTCGAAA------AGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTCAT-------TGAT--------CAATTGATTG-ATGACTGAATTAC-----TG--------A-TTTT---CT------------TGTT--T----TCAT-TT--GCTCACTTACTTTGTT-ATTGACTGACTGA----ATT----ACT-T-ACT----TA----TT----GCCGTTTCGTACCTAAATTGAG----C--CGT-AAGTACAAGTAACTATAT--AA-GATATAA--TT-CGCACTCATTTAGATTATATTA---TAGGATTAA
gi|18 : ATTTATTCATT------------GATATAT-------TGAT--------TTGTTGGTTGAATGATTG----AC-----TG-----ATTGATTTA---TT------------TATTGATGTACTTAT-TT--Gattcattttat
gi|18 : -TTTA---TT------------CATTGAT------ATATT--G---ATTTG-TTGGTTGAATGATTGACTGA----TTG----ATT-T-ATT----TA----TT----Gt
gi|13 : aCACTCACTTTTTT-ATTTACTTATTTA----TTT----ATTGTGAAT----T------T----GTCGCTTTCTACCTAAATAGGGCTTTATTCGTACAATA-AAGGAATCATATTTAA-GATATAA--TT-TGGACTCAATTATATTATACTAACATACAAGTAAAAAATCAAGTAATTATTCAGTCATT-TAC----TGCGTAACAATGTAACAGAATACAAAAAAatgtacttatttgt
gi|15 : ggcgattgactgtttcactcattcattcactcactcactcgctcacacatccactcaacaaacAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGT-TATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCTTTCCTCCCTCTCTCACTC---------CATCC----CTCCGTTCATTCGTg
gi|6 : TTCATTCCTCCCTCTCTCACTCCT-TCCCTCCATCC----CTCCTTCCATTCGTT----CTCTC------TCGTTCTATCTC
gi|8 : attgccgtACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACA-TTTTTATCCTGTAAG-AAAA-AAATGACAGGATGGTATGAGATGAACACCAGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTATCTGTACCTGTCGTTTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATTTAATCAACTAACTTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTCTGTTTAACCCCACtctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacacatacgctttctggaggttttgctctcctctaacacggtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaagacggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtacaaatactgggtcatcttcgataccttcatttacctgtggtatacaacggtacccattgtgtaattatggtttactaagagaagagcagtaatcaatatatataaaatacgcaaaccaaattcatttatttaaataaaggtgtaattatataacggtattgataaaaaaatatcaacttaacattgcttatatgaaatacttaccttatgtttaaccccacgtt
gi|5 : cacacaagcacgccgcacgaacgaacgaacgcacgtacacacacACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTGT------------------GGT---ATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTTGG---TCATCTCGGATACCTACTTGTACCTGTCGTGTACAAAGGTATACATTGTATTATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAACCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACATTATGTTTAACCCCACgtt
gi|11 : attattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacgaatgaacgaacgcacgcacacacACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTTTAAGGAAAACAAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTGTACAAATACTGAG---TTATCTCGGATACCTACATGTACCTTTCGTGTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAATCATCAACATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATA-------AATTATATAACAGTATTGAT-AAAATGT-ATTAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCTAC
gi|6 : acgtgcacgcacacccgcataaacgaacgcacgcacacacACATACGCTTTCTGGAGGTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTGTAAGGAAAA-AAAG-AC--GGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGT-----------ACAAATACTGGG---TCATCTTCGATACCTTCATTTACCTGTGGTATACAACGGTACCCATTGTGTAATTA-TGGTTTACTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTAAATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGATAAAAAAAT-ATCAACTTAACATTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCACg
gi|4 : attgccgtttcattcctccctctctcactccttccctccatccctccttccattcgttctctctcgttctatctctctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacCATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTGTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTGTAAGGAAAA-AAA--ACAGGGTGATATGAGATGAACACCGAGGCGCGTGCATATTCTATATAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTgtt
gi|2 : ctgttgctcatgcgcagtcgaaattaaaagcatggacgaatcaataatttatttattgatttatgattcattgatagattgattgatgactgaattactgatttgcttgcttgctcattaattcatttgctcatttactttgttactgactgacggaatgacttactaacttattgctgttttgtacctgaattgagccgtcagtacaagtagctatataagatataattcgcactcatttagattatattaaattaagagtaataaatcacgtaaatattcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataatgaacagtacttaatattcctttcttcctccctctctcactccttccctccaatcatttgctctctctctctctcacacgcacgcacgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgTTTCTGGAACTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTCTGTCCT----TTTGTTTTCAGTTTT-ATCCTGTAAGGAAAA-ATACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATTAAAATACTGGG---TAATCTCGGATACCTACATGTTCCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTATAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAATATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATTAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACT----TTATGTCT-ACCCCAC
gi|3 : cctgtggttcatgcacagtcgaaattaaaagcgtggacaaatcaatgttttattgattcattgatcgattgattgatgactgaattactgacttgcttgtttgcccattaattcatttgctcatttactttgttactgactggctgaatgacttacttatttattgccgttttgtacttaaattgagccgtcagtacaagtagctatataataatatataattcgcactcatttagattttattcaattaagaatacttaatcatgtaaattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaattcaataaataacgaacagaccttaatattccttccttcctccctctttcactcctctccatccatccgtccattcgttccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTTTGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACAGTGTCTGTCCT----TTTGTTTACAGTTTT-ATCCTGCAATGAAAA-AAACGACAGGGT---ACGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---ACATCTCGGATGCCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGTTATCCATTgtt
gi|17 : ttcctgttgctcatgcgcagtcaaaattaaaagcatgggcgaatcaataatttatttattgattcgttgatcgattgattgatgactgaattactgatttgcttgtttgcacattaattcatttactcacttactttgttactgactgactgaatgactaacttacttattgccattttgaacttaacttgagctgtcagtacaagtagctatataaaaatttatgaataaatatgtttaaaccaatcatgcacattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataacgaacagttctttatattccttccgtcctcacactctcactctttccccccatccctccgttcattcgtttccactctcgttctatctctctctctttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGACACATGCACATTCTATTAAAATACTGGGTGTTCATCTTGGATACC------CACTTGTCTTAAACGAAAG
gi|21 : TACATGTACCTGTCATATACAAAGGTTTAAGTTGTGTAATTAagtcgttggta
gi|16 : TATTAACATAAATTTGTAATTACATAACGGTATTGAT-AAAACAT-ACAAATGAAACTTTGCTGATATGAAATACTAACCGTATTTTT
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): TTTTCACCATCGTAGTTTCGCCTTCCTGTTGCTC
Unaligned ( gi|23 ): TTTGTTCTTTTGTTTCCAGTTTTATCCTGTAA
Alignments
lowQualScore : 222222222222 44444444 44444 11111111 111111111 1111 111111 1111 222222 11 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 222222222222 66666666 22222 1 44444444 55 000000000 8888 7777 8888 111111 4 55 777 4 8888 1 8 8888 7777 333333 33 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9999 5 7 0 777 5 5 1
lowQualScore : . ............ ........ ..... . ........ .. ......... .... .... .... ...... . .. ... . .... . . .... .... ...... .. ............................................................................................... .... . . . ... . . .
lowQualScore : 6 888888888888 77777777 44444 1 55555555 55 444444444 5555 0000 5555 555555 0 55 000 0 5555 9 1 5555 0000 000000 88 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 0 6 1 888 7 7 7
consensus : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGATTTGC--TTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
Reference ( family-712 ) : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATT--------CATTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGATT--C--TTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
gi|1 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAACTA-AAAGCATGGACGGATCAATAATTTATTTATT------------GATT--------TATTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTG-----C--TTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGATTG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGA------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATATTTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTATCT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATTTTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCATTCATTC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACACACACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCTTCTAACACGGTGTCTGTCCTGCCTTTTGTTTACA-TTTCA-CCTGTAAGGAAAA-AAACTACAGGGTTATATAAGATGAACACCGGGGCACGTGCACATTCTATACAAATACTGGA---TCATCTCGGATACCTACACGTACCTGTCGTATACAAAGGTATACATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCTGTAATCAATATATATAAAATATGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTAACTTATGTTTAACCCCAC
gi|10 : TCCTATTGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTTATTGATTCGTTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGATTTGC--TTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGAATGACTT----A----CTTACT----TA----AT----GCCGTTTTGTACCTAAATTAAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATAATTCACACTTATTTA-GATTATATAAAATTAAGAGTAATTAATCATGTTAATTTTCGTTAATTAACTTGACTGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATA----TTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCTATCCTAGACTCCTTT
gi|11 : ACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTTTAAGGAAAACAAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTGTACAAATACTGAG---TTATCTCGGATACCTACATGTACCTTTCGTGTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAATCATCAACATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATA-------AATTATATAACAGTATTGAT-AAAATGT-ATTAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCTAC
gi|12 : acgtgcacgcacacccgcataaacgaacgcacgcacacacCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATAA-AAAGCATGAAAGAATCAATAATCTATTTATT------------GATTTATTGATTCATTGATCGATTGATTAATGACTGAATTAATGATTTCC--TTGTTTGCTTATAAATTCATT--------TTAACTCACTTTCTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTTGTACGTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAAGTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAATAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTAAATA----TTCCTTCCTCCCCCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGTg
gi|13 : ACTCACT--------T--TTTTATTTACTTATTTATTTATTG--TGAAT--------------------------TT----GTCGCTTTCTACCTAAATAGGGCTTTATTCGTACAATA-AAGGAATCATATTTAAGA---TATAATTTGGACTCAATTA-TATTATACTAACATACAAGTAAAAAATCAAGTAATTATTCAGTCATTTACT----GCGTAACAATGTAACAGAATACAAAAAA
gi|14 : ggcgattgactgtttcactcattcattcactcactcactcgctcacacatccactcaacaaaccCTGTTGCTCATGCTCAGTCGAAA------AGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATT--------CATTGATCAATTGATTGATGACTGAATTACTGATTTTC--TTGTTT----------TCATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTATTGACTGACTGAATT----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTCGTACCTAAATTGAGC------CGT-AAGTACAAGTAACTATAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTA---TAGGATTAAg
gi|15 : AATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCTTTCCTCCCTCTCTCA--------CTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTattcattttat
gi|16 : TATTAACATAAATTTGTAATTACATAACGGTATTGAT-AAAACAT-ACAAATGAAACTTTGCTGATATGAAATACTAACCGTATTTTT
gi|17 : GGACACATGCACATTCTATTAAAATACTGGGTGTTCATCTTGGATACCCACTTGTta
gi|19 : TCCTGTTGCTCATGCTTAATCGAAATTATAAActtaaacgaaagagtcgttggta
gi|2 : ttttcaccatcgtagtttcgcctCCTGTGGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCGTGGACAAATCAATG---T-TTTATT------------GATT--------CATTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGACTTGC--TTGTTTGCCCATTAATTCATT--------T--GCTCATTTACTTTGTTACTGACTGGCTGAATG----A----CTTACT----TA----TTTATTGCCGTTTTGTACTTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AATAATATATAATTCGCACTCATTTA-GATTTTATTCAATTAAGAATACTTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATTCAATAAATAACGAACAGACCTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTTTCACTCCT---CTCCATCC----ATCCGTCCATTCGTT----CCCTC------aactaaaaca
gi|2 : TTTCTGGAACTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTTCAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-ATACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATTAAAATACTGGG---TAATCTCGGATACCTACATGTTCCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTATAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAATATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATTAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACT----TTATGTCT-ACCCCACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctggaacttttgctctcctctaacatggtgtctgtccttttgttttcagttttatcctgtaaggaaaaatacgacagggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtgcacattctattaaaatactgggtaatctcggatacctacatgttcctgtcgtatacaaaggtatccattgtataattaatggtttattaagagaagagcagtaatcaatatatataatatacgcaaaccaaattcatttatttacattaaggtgtaattatataacggtattgataaaatatatcaactaaactttgcttatatgaaatactttatgtctaccccacgtt
gi|20 : cctgtggttcatgcacagtcgaaattaaaagcgtggacaaatcaatgttttattgattcattgatcgattgattgatgactgaattactgacttgcttgtttgcccattaattcatttgctcatttactttgttactgactggctgaatgacttacttatttattgccgttttgtacttaaattgagccgtcagtacaagtagctatataataatatataattcgcactcatttagattttattcaattaagaatacttaatcatgtaaattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaattcaataaataacgaacagaccttaatattccttccttcctccctctttcactcctctccatccatccgtccattcgttccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTGTTGCTCATACGCAGTTGAAATTA-AAAGCACGGACGAATCAATTATTTATTgtt
gi|21 : TACATGTACCTGTCATATACAAAGGTTTAAGTTGTGTAATTA
gi|23 : TTTGT----TCTTTTGTTTCCAGTTTTATCCTGTAA
gi|3 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCAAAATTA-AAAGCATGGGCGAATCAATAATTTATTTATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGATTTGC--TTGTTTGCACATTAATTCATT--------T--ACTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATGACTAA----CTTACT----TA----TT----GCCATTTTGAACTTAACTTGAGC------TGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAAA-----------------ATTTATGAATA-AATATGTTTA----AACCAATCATGCACATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTTCTTTATATTCCTTCCGTCCTCACACTCTCACTCTTTCCCCCCATCC----CTCCGTTCATTCGTTTCCACTCTCGTTCTATC--TCTCTCTC
gi|3 : tTTTTTTGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACAGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGCAATGAAAA-AAACGACAGGGT---ACGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---ACATCTCGGATGCCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGTTATCCATTtttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttgagcttttgctctcctctaacacagtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgcaatgaaaaaaacgacagggtacgagatgaacaccggggtgcgtgcacattctatacaaatactgggacatctcggatgcctacatgtacctgtcgtatacaaagttatccatt
gi|4 : ttcctgttgctcatgcgcagtcaaaattaaaagcatgggcgaatcaataatttatttattgattcgttgatcgattgattgatgactgaattactgatttgcttgtttgcacattaattcatttactcacttactttgttactgactgactgaatgactaacttacttattgccattttgaacttaacttgagctgtcagtacaagtagctatataaaaatttatgaataaatatgtttaaaccaatcatgcacattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataacgaacagttctttatattccttccgtcctcacactctcactctttccccccatccctccgttcattcgtttccactctcgttctatctctctctctttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATT------------GATTTATGATT-CATTGATAGATTGATTGATGACTGAATTACTGATTTGC--TTGCTTGCTCATTAATTCATT--------T--GCTCATTTACTTTGTTACTGACTGACGGAATG----A----CTTACTAACTTA----TT----GCTGTTTTGTACCTGAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATAAATCACGTAAATATTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAATGAACAGTACTTAATATTCCTTTCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCA------------ATCATTTGCT----CTCTC------TC--TCTCTCACACGCACGCA
gi|4 : CATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTGTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA--ACAGGGTGATATGAGATGAACACCGAGGCGCGTGCATATTCTATATAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTcgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgcatacactttctggagcttttgctctcctctaacatggtgtgtgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaaacagggtgatatgagatgaacaccgaggcgcgtgcatattctatataaatactgggtcatctcggatacctacatgtacctgtcgtatacaaaggtatccattgtgt
gi|5 : ctgttgctcatgcgcagtcgaaattaaaagcatggacgaatcaataatttatttattgatttatgattcattgatagattgattgatgactgaattactgatttgcttgcttgctcattaattcatttgctcatttactttgttactgactgacggaatgacttactaacttattgctgttttgtacctgaattgagccgtcagtacaagtagctatataagatataattcgcactcatttagattatattaaattaagagtaataaatcacgtaaatattcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataatgaacagtacttaatattcctttcttcctccctctctcactccttccctccaatcatttgctctctctctctctcacacgcacgcacgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGT---------------------GGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTTGG---TCATCTCGGATACCTACTTGTACCTGTCGTGTACAAAGGTATACATTGTATTATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAACCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACATTATGTTTAACCCCAC
gi|6 : attattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacgaatgaacgaacgcacgcacacacTTCATTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCTTCCATTCGTT----CTCTC------TCGTTCTATCTC
gi|6 : attgccgtACATACGCTTTCTGGAGGTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA-GAC--GGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGT-----------ACAAATACTGGG---TCATCTTCGATACCTTCATTTACCTGTGGTATACAACGGTACCCATTGTGTAATTA-TGGTTTACTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTAAATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGATAAAAAAAT-ATCAACTTAACATTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCACtctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacacatacgctttctggaggttttgctctcctctaacacggtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaagacggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtacaaatactgggtcatcttcgataccttcatttacctgtggtatacaacggtacccattgtgtaattatggtttactaagagaagagcagtaatcaatatatataaaatacgcaaaccaaattcatttatttaaataaaggtgtaattatataacggtattgataaaaaaatatcaacttaacattgcttatatgaaatacttaccttatgtttaaccccacgtt
gi|7 : attgccgtttcattcctccctctctcactccttccctccatccctccttccattcgttctctctcgttctatctctctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacTCCTGTTGCTCATGTGCAGTCGAAATTA-AAAACATGGACGAATCAATAATTTATT----------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTGATGACTGAATTACTGATT--TGTTTGCTTGCTCATTAATTCATTAATTCATTT--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----ATTAACTTACT----TA----TT----GCTGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGgtt
gi|8 : tttcaccatcgtagtttcgcctACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACATTTTTATCCTGTAAG-AAAA-AAATGACAGGATGGTATGAGATGAACACCAGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTATCTGTACCTGTCGTTTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATTTAATCAACTAACTTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTCTGTTTAACCCCAC
gi|9 : cacacaagcacgccgcacgaacgaacgaacgcacgtacacacacTCCTGTTACTCATGCGCAGTCGAAATTG-AAAGCACGGACGAATCAATAATTTATTTATTTATTGATTGATTGATT--------CGTTGATCGATAGATTGATGACTGAATTACTGATT--TGTTTGTTT-CTCATGAATTTATT--------T--GCTCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTGGTACCTAAACTGAGC------CGT-TAGTACAAGTAGCTATAT--AAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATGAATAGAACAAAATACAATAAATAACAAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTATTCATTGATATATTGATTTGTTGGTTGAATGATTGACTGATTGATTTATTTATTGATGTACTTATTTGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTTCACCATCGTAGTTTCGCCTTCCTGTTGCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 33333333 11111111111 1111 2222 111111 1111 222222 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 66666666 222222222222 00000000 4 1 66666666666 777 8888 8888 2222 4444 8888 111111 4 55 777 4 8888 1 8 8888 7777 0 333333 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 5 7 0 1 777 5 5 1
lowQualScore : . ........ ............ ........ . . ........... ... .... .... .... .... .... ...... . .. ... . .... . . .... .... . ...... .. .............................................................................................. .... . . . . ... . . .
lowQualScore : 6 11111111 888888888888 66666666 0 0 55555555555 000 5555 5555 5555 0000 5555 555555 0 55 000 0 5555 9 1 5555 0000 8 000000 88 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 0 6 1 1 888 7 7 7
consensus : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
Reference ( family-712 ) : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
gi|1 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAACTA-AAAGCATGGACGGATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------TATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTG-----CTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGATTG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGA------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATATTTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTATCT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATTTTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCATTCATTC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACACACACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCTTCTAACACGGTGTCTGTCCTGCCTTTTGTTTACA-TTTCA-CCTGTAAGGAAAA-AAACTACAGGGTTATATAAGATGAACACCGGGGCACGTGCACATTCTATACAAATACTGGA---TCATCTCGGATACCTACACGTACCTGTCGTATACAAAGGTATACATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCTGTAATCAATATATATAAAATATGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTAACTTATGTTTAACCCCAC
gi|10 : TCCTATTGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATTGATTTATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGAATGACTT----A----CTTACT----TA----AT----GCCGTTTTGTACCTAAATTAAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCACACTTATTTA-GATTATATAAAATTAAGAGTAATTAATCATGTTAATTTTCGTTAATTAACTTGACTGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATA----TTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCTATCCTAGACTCCTTT
gi|11 : ACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTTTAAGGAAAACAAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTGTACAAATACTGAG---TTATCTCGGATACCTACATGTACCTTTCGTGTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAATCATCAACATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATA-------AATTATATAACAGTATTGAT-AAAATGT-ATTAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCTAC
gi|12 : acgtgcacgcacacccgcataaacgaacgcacgcacacacCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATAA-AAAGCATGAAAGAATCAATAATCTATTT--------ATT------------GATTTATTGATTCATTGATCGATTGATTA-ATGACTGAATTAATGATTTCCTTGTTTGCTTATAAATTCATT--------TTAAC---TCACTTTCTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTTGTACGTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAAGTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAATAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTAAATA----TTCCTTCCTCCCCCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGTg
gi|13 : CGATTGACTGTTTCACTCATTCATTCACTCACTCACTCGCTCACACATCCACT--------CA-ACAAACCACTCACTTTTTTATTTACTTATT---T-----A----TTTATTG---TGAAT-TT----GTCGCTTTCTACCTAAATAGGGCTTTATTCGTACAATA-AAGGAATCATATTTAAGA---TATAATTTGGACTCAATTA-TATTATACTAACATACAAGTAAAAAATCAAGTAATTATTCAGTCATTTACT----GCGTAACAATGTAACAGAATACAAAAAA
gi|14 : ggCTGTTGCTCATGCTCAGTCGAAA------AGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCAATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTTCTTGTTT----------TCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTATTGACTGACTGAATT----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTCGTACCTAAATTGAGC------CGT-AAGTACAAGTAACTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTA---TAGGATTAAg
gi|15 : AATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCTTTCCTCCCTCTCTCA--------CTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTattcattttat
gi|16 : TATTAACATAAATTTGTAATTACATAACGGTATTGAT-AAAACAT-ACAAATGAAACTTTGCTGATATGAAATACTAACCGTATTTTT
gi|17 : GGACACATGCACATTCTATTAAAATACTGGGTGTTCATCTTGGATACCCACTTGTta
gi|19 : TCCTGTTGCTCATGCTTAATCGAAATTATAAActtaaacgaaagagtcgttggta
gi|2 : ttttcaccatcgtagtttcgcctCCTGTGGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCGTGGACAAATCAATG---T-TTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGACTTGCTTGTTTGCCCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGGCTGAATG----A----CTTACT----TA----TTTATTGCCGTTTTGTACTTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAATAATATATAATTCGCACTCATTTA-GATTTTATTCAATTAAGAATACTTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATTCAATAAATAACGAACAGACCTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTTTCACTCCT---CTCCATCC----ATCCGTCCATTCGTT----CCCTC------aactaaaaca
gi|2 : TTTCTGGAACTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTTCAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-ATACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATTAAAATACTGGG---TAATCTCGGATACCTACATGTTCCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTATAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAATATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATTAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACT----TTATGTCT-ACCCCACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctggaacttttgctctcctctaacatggtgtctgtccttttgttttcagttttatcctgtaaggaaaaatacgacagggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtgcacattctattaaaatactgggtaatctcggatacctacatgttcctgtcgtatacaaaggtatccattgtataattaatggtttattaagagaagagcagtaatcaatatatataatatacgcaaaccaaattcatttatttacattaaggtgtaattatataacggtattgataaaatatatcaactaaactttgcttatatgaaatactttatgtctaccccacgtt
gi|20 : cctgtggttcatgcacagtcgaaattaaaagcgtggacaaatcaatgttttattgattcattgatcgattgattgatgactgaattactgacttgcttgtttgcccattaattcatttgctcatttactttgttactgactggctgaatgacttacttatttattgccgttttgtacttaaattgagccgtcagtacaagtagctatataataatatataattcgcactcatttagattttattcaattaagaatacttaatcatgtaaattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaattcaataaataacgaacagaccttaatattccttccttcctccctctttcactcctctccatccatccgtccattcgttccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTGTTGCTCATACGCAGTTGAAATTA-AAAGCACGGACGAATCAATTATTTATTgtt
gi|21 : TACATGTACCTGTCATATACAAAGGTTTAAGTTGTGTAATTA
gi|23 : TTTGT----TCTTTTGTTTCCAGTTTTATCCTGTAA
gi|3 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCAAAATTA-AAAGCATGGGCGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCACATTAATTCATT--------T--AC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATGACTAA----CTTACT----TA----TT----GCCATTTTGAACTTAACTTGAGC------TGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAAA-----------------ATTTATGAATA-AATATGTTTA----AACCAATCATGCACATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTTCTTTATATTCCTTCCGTCCTCACACTCTCACTCTTTCCCCCCATCC----CTCCGTTCATTCGTTTCCACTCTCGTTCTATC--TCTCTCTC
gi|3 : tTTTTTTGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACAGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGCAATGAAAA-AAACGACAGGGT---ACGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---ACATCTCGGATGCCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGTTATCCATTtttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttgagcttttgctctcctctaacacagtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgcaatgaaaaaaacgacagggtacgagatgaacaccggggtgcgtgcacattctatacaaatactgggacatctcggatgcctacatgtacctgtcgtatacaaagttatccatt
gi|4 : ttcctgttgctcatgcgcagtcaaaattaaaagcatgggcgaatcaataatttatttattgattcgttgatcgattgattgatgactgaattactgatttgcttgtttgcacattaattcatttactcacttactttgttactgactgactgaatgactaacttacttattgccattttgaacttaacttgagctgtcagtacaagtagctatataaaaatttatgaataaatatgtttaaaccaatcatgcacattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataacgaacagttctttatattccttccgtcctcacactctcactctttccccccatccctccgttcattcgtttccactctcgttctatctctctctctttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATTTATGATT-CATTGATAGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGCTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGACGGAATG----A----CTTACTAACTTA----TT----GCTGTTTTGTACCTGAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATAAATCACGTAAATATTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAATGAACAGTACTTAATATTCCTTTCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCAATC----ATTTGCTC------T----CTC--------TC--TCTCTCACACGCACGCA
gi|4 : CATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTGTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA--ACAGGGTGATATGAGATGAACACCGAGGCGCGTGCATATTCTATATAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTcgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgcatacactttctggagcttttgctctcctctaacatggtgtgtgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaaacagggtgatatgagatgaacaccgaggcgcgtgcatattctatataaatactgggtcatctcggatacctacatgtacctgtcgtatacaaaggtatccattgtgt
gi|5 : ctgttgctcatgcgcagtcgaaattaaaagcatggacgaatcaataatttatttattgatttatgattcattgatagattgattgatgactgaattactgatttgcttgcttgctcattaattcatttgctcatttactttgttactgactgacggaatgacttactaacttattgctgttttgtacctgaattgagccgtcagtacaagtagctatataagatataattcgcactcatttagattatattaaattaagagtaataaatcacgtaaatattcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataatgaacagtacttaatattcctttcttcctccctctctcactccttccctccaatcatttgctctctctctctctcacacgcacgcacgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGT---------------------GGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTTGG---TCATCTCGGATACCTACTTGTACCTGTCGTGTACAAAGGTATACATTGTATTATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAACCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACATTATGTTTAACCCCAC
gi|6 : attattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacgaatgaacgaacgcacgcacacacTTCATTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCTTCCATTCGTT----CTCTC------TCGTTCTATCTC
gi|6 : attgccgtACATACGCTTTCTGGAGGTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA-GAC--GGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGT-----------ACAAATACTGGG---TCATCTTCGATACCTTCATTTACCTGTGGTATACAACGGTACCCATTGTGTAATTA-TGGTTTACTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTAAATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGATAAAAAAAT-ATCAACTTAACATTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCACtctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacacatacgctttctggaggttttgctctcctctaacacggtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaagacggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtacaaatactgggtcatcttcgataccttcatttacctgtggtatacaacggtacccattgtgtaattatggtttactaagagaagagcagtaatcaatatatataaaatacgcaaaccaaattcatttatttaaataaaggtgtaattatataacggtattgataaaaaaatatcaacttaacattgcttatatgaaatacttaccttatgtttaaccccacgtt
gi|7 : attgccgtttcattcctccctctctcactccttccctccatccctccttccattcgttctctctcgttctatctctctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacTCCTGTTGCTCATGTGCAGTCGAAATTA-AAAACATGGACGAATCAATAATTTATT------------------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGCTTGCTCATTAATTCATTAATTCATTT--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----ATTAACTTACT----TA----TT----GCTGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGgtt
gi|8 : tttcaccatcgtagtttcgcctACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACATTTTTATCCTGTAAG-AAAA-AAATGACAGGATGGTATGAGATGAACACCAGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTATCTGTACCTGTCGTTTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATTTAATCAACTAACTTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTCTGTTTAACCCCAC
gi|9 : cacacaagcacgccgcacgaacgaacgaacgcacgtacacacacTCCTGTTACTCATGCGCAGTCGAAATTG-AAAGCACGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATTTATTGATTGATTGATT--------CGTTGATCGATAGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGTTT-CTCATGAATTTATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTGGTACCTAAACTGAGC------CGT-TAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATGAATAGAACAAAATACAATAAATAACAAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTATTCATTGATATATTGATTTGTTGGTTGAATGATTGACTGATTGATTTATTTATTGATGTACTTATTTGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTTCACCATCGTAGTTTCGCCTTCCTGTTGCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 33333333 11111111111 1111 2222 111111 1111 222222 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 66666666 222222222222 00000000 4 1 66666666666 777 8888 8888 2222 4444 8888 111111 4 55 777 4 8888 1 8 8888 7777 0 333333 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 5 7 0 1 777 5 5 1
lowQualScore : . ........ ............ ........ . . ........... ... .... .... .... .... .... ...... . .. ... . .... . . .... .... . ...... .. .............................................................................................. .... . . . . ... . . .
lowQualScore : 6 11111111 888888888888 66666666 0 0 55555555555 000 5555 5555 5555 0000 5555 555555 0 55 000 0 5555 9 1 5555 0000 8 000000 88 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 0 6 1 1 888 7 7 7
consensus : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
Reference ( family-712 ) : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
gi|1 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAACTA-AAAGCATGGACGGATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------TATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTG-----CTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGATTG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGA------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATATTTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTATCT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATTTTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCATTCATTC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACACACACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCTTCTAACACGGTGTCTGTCCTGCCTTTTGTTTACA-TTTCA-CCTGTAAGGAAAA-AAACTACAGGGTTATATAAGATGAACACCGGGGCACGTGCACATTCTATACAAATACTGGA---TCATCTCGGATACCTACACGTACCTGTCGTATACAAAGGTATACATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCTGTAATCAATATATATAAAATATGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTAACTTATGTTTAACCCCAC
gi|10 : TCCTATTGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATTGATTTATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGAATGACTT----A----CTTACT----TA----AT----GCCGTTTTGTACCTAAATTAAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCACACTTATTTA-GATTATATAAAATTAAGAGTAATTAATCATGTTAATTTTCGTTAATTAACTTGACTGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATA----TTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCTATCCTAGACTCCTTT
gi|11 : ACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTTTAAGGAAAACAAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTGTACAAATACTGAG---TTATCTCGGATACCTACATGTACCTTTCGTGTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAATCATCAACATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATA-------AATTATATAACAGTATTGAT-AAAATGT-ATTAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCTAC
gi|12 : acgtgcacgcacacccgcataaacgaacgcacgcacacacCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATAA-AAAGCATGAAAGAATCAATAATCTATTT--------ATT------------GATTTATTGATTCATTGATCGATTGATTA-ATGACTGAATTAATGATTTCCTTGTTTGCTTATAAATTCATT--------TTAAC---TCACTTTCTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTTGTACGTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAAGTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAATAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTAAATA----TTCCTTCCTCCCCCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGTg
gi|13 : CGATTGACTGTTTCACTCATTCATTCACTCACTCACTCGCTCACACATCCACT--------CA-ACAAACCACTCACTTTTTTATTTACTTATT---T-----A----TTTATTG---TGAAT-TT----GTCGCTTTCTACCTAAATAGGGCTTTATTCGTACAATA-AAGGAATCATATTTAAGA---TATAATTTGGACTCAATTA-TATTATACTAACATACAAGTAAAAAATCAAGTAATTATTCAGTCATTTACT----GCGTAACAATGTAACAGAATACAAAAAA
gi|14 : ggCTGTTGCTCATGCTCAGTCGAAA------AGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCAATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTTCTTGTTT----------TCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTATTGACTGACTGAATT----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTCGTACCTAAATTGAGC------CGT-AAGTACAAGTAACTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTA---TAGGATTAAg
gi|15 : AATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCTTTCCTCCCTCTCTCA--------CTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTattcattttat
gi|16 : TATTAACATAAATTTGTAATTACATAACGGTATTGAT-AAAACAT-ACAAATGAAACTTTGCTGATATGAAATACTAACCGTATTTTT
gi|17 : GGACACATGCACATTCTATTAAAATACTGGGTGTTCATCTTGGATACCCACTTGTta
gi|19 : TCCTGTTGCTCATGCTTAATCGAAATTATAAActtaaacgaaagagtcgttggta
gi|2 : ttttcaccatcgtagtttcgcctCCTGTGGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCGTGGACAAATCAATG---T-TTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGACTTGCTTGTTTGCCCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGGCTGAATG----A----CTTACT----TA----TTTATTGCCGTTTTGTACTTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAATAATATATAATTCGCACTCATTTA-GATTTTATTCAATTAAGAATACTTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATTCAATAAATAACGAACAGACCTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTTTCACTCCT---CTCCATCC----ATCCGTCCATTCGTT----CCCTC------aactaaaaca
gi|2 : TTTCTGGAACTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTTCAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-ATACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATTAAAATACTGGG---TAATCTCGGATACCTACATGTTCCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTATAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAATATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATTAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACT----TTATGTCT-ACCCCACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctggaacttttgctctcctctaacatggtgtctgtccttttgttttcagttttatcctgtaaggaaaaatacgacagggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtgcacattctattaaaatactgggtaatctcggatacctacatgttcctgtcgtatacaaaggtatccattgtataattaatggtttattaagagaagagcagtaatcaatatatataatatacgcaaaccaaattcatttatttacattaaggtgtaattatataacggtattgataaaatatatcaactaaactttgcttatatgaaatactttatgtctaccccacgtt
gi|20 : cctgtggttcatgcacagtcgaaattaaaagcgtggacaaatcaatgttttattgattcattgatcgattgattgatgactgaattactgacttgcttgtttgcccattaattcatttgctcatttactttgttactgactggctgaatgacttacttatttattgccgttttgtacttaaattgagccgtcagtacaagtagctatataataatatataattcgcactcatttagattttattcaattaagaatacttaatcatgtaaattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaattcaataaataacgaacagaccttaatattccttccttcctccctctttcactcctctccatccatccgtccattcgttccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTGTTGCTCATACGCAGTTGAAATTA-AAAGCACGGACGAATCAATTATTTATTgtt
gi|21 : TACATGTACCTGTCATATACAAAGGTTTAAGTTGTGTAATTA
gi|23 : TTTGT----TCTTTTGTTTCCAGTTTTATCCTGTAA
gi|3 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCAAAATTA-AAAGCATGGGCGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCACATTAATTCATT--------T--AC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATGACTAA----CTTACT----TA----TT----GCCATTTTGAACTTAACTTGAGC------TGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAAA-----------------ATTTATGAATA-AATATGTTTA----AACCAATCATGCACATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTTCTTTATATTCCTTCCGTCCTCACACTCTCACTCTTTCCCCCCATCC----CTCCGTTCATTCGTTTCCACTCTCGTTCTATC--TCTCTCTC
gi|3 : tTTTTTTGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACAGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGCAATGAAAA-AAACGACAGGGT---ACGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---ACATCTCGGATGCCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGTTATCCATTtttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttgagcttttgctctcctctaacacagtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgcaatgaaaaaaacgacagggtacgagatgaacaccggggtgcgtgcacattctatacaaatactgggacatctcggatgcctacatgtacctgtcgtatacaaagttatccatt
gi|4 : ttcctgttgctcatgcgcagtcaaaattaaaagcatgggcgaatcaataatttatttattgattcgttgatcgattgattgatgactgaattactgatttgcttgtttgcacattaattcatttactcacttactttgttactgactgactgaatgactaacttacttattgccattttgaacttaacttgagctgtcagtacaagtagctatataaaaatttatgaataaatatgtttaaaccaatcatgcacattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataacgaacagttctttatattccttccgtcctcacactctcactctttccccccatccctccgttcattcgtttccactctcgttctatctctctctctttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATTTATGATT-CATTGATAGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGCTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGACGGAATG----A----CTTACTAACTTA----TT----GCTGTTTTGTACCTGAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATAAATCACGTAAATATTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAATGAACAGTACTTAATATTCCTTTCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCAATC----ATTTGCTC------T----CTC--------TC--TCTCTCACACGCACGCA
gi|4 : CATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTGTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA--ACAGGGTGATATGAGATGAACACCGAGGCGCGTGCATATTCTATATAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTcgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgcatacactttctggagcttttgctctcctctaacatggtgtgtgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaaacagggtgatatgagatgaacaccgaggcgcgtgcatattctatataaatactgggtcatctcggatacctacatgtacctgtcgtatacaaaggtatccattgtgt
gi|5 : ctgttgctcatgcgcagtcgaaattaaaagcatggacgaatcaataatttatttattgatttatgattcattgatagattgattgatgactgaattactgatttgcttgcttgctcattaattcatttgctcatttactttgttactgactgacggaatgacttactaacttattgctgttttgtacctgaattgagccgtcagtacaagtagctatataagatataattcgcactcatttagattatattaaattaagagtaataaatcacgtaaatattcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataatgaacagtacttaatattcctttcttcctccctctctcactccttccctccaatcatttgctctctctctctctcacacgcacgcacgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGT---------------------GGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTTGG---TCATCTCGGATACCTACTTGTACCTGTCGTGTACAAAGGTATACATTGTATTATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAACCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACATTATGTTTAACCCCAC
gi|6 : attattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacgaatgaacgaacgcacgcacacacTTCATTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCTTCCATTCGTT----CTCTC------TCGTTCTATCTC
gi|6 : attgccgtACATACGCTTTCTGGAGGTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA-GAC--GGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGT-----------ACAAATACTGGG---TCATCTTCGATACCTTCATTTACCTGTGGTATACAACGGTACCCATTGTGTAATTA-TGGTTTACTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTAAATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGATAAAAAAAT-ATCAACTTAACATTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCACtctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacacatacgctttctggaggttttgctctcctctaacacggtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaagacggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtacaaatactgggtcatcttcgataccttcatttacctgtggtatacaacggtacccattgtgtaattatggtttactaagagaagagcagtaatcaatatatataaaatacgcaaaccaaattcatttatttaaataaaggtgtaattatataacggtattgataaaaaaatatcaacttaacattgcttatatgaaatacttaccttatgtttaaccccacgtt
gi|7 : attgccgtttcattcctccctctctcactccttccctccatccctccttccattcgttctctctcgttctatctctctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacTCCTGTTGCTCATGTGCAGTCGAAATTA-AAAACATGGACGAATCAATAATTTATT------------------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGCTTGCTCATTAATTCATTAATTCATTT--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----ATTAACTTACT----TA----TT----GCTGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGgtt
gi|8 : tttcaccatcgtagtttcgcctACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACATTTTTATCCTGTAAG-AAAA-AAATGACAGGATGGTATGAGATGAACACCAGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTATCTGTACCTGTCGTTTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATTTAATCAACTAACTTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTCTGTTTAACCCCAC
gi|9 : cacacaagcacgccgcacgaacgaacgaacgcacgtacacacacTCCTGTTACTCATGCGCAGTCGAAATTG-AAAGCACGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATTTATTGATTGATTGATT--------CGTTGATCGATAGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGTTT-CTCATGAATTTATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTGGTACCTAAACTGAGC------CGT-TAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATGAATAGAACAAAATACAATAAATAACAAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGgtt
blockSeqs : T ATTGATTT TATTGATTGATT TATTGATT T T AATTCATTT AAA ACTA TTAA AACT CTTA TATT TTTATT A TT ATA T TGAC T T TAGA TCCA GTTCTA GT . C C G TGT A A T
blockSeqs : . . . TATGATT . A TTA . . . G CTTA . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . A
blockSeqs : . . . . . A CA . . . . AAT . . . . . . . T T . . . . . . C A . . . T
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . . . . T T . . . . . T G . . . T
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . . . . T T . . . . A . . . T
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ****
originalCons : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
finalCons : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTATTCATTGATATATTGATTTGTTGGTTGAATGATTGACTGATTGATTTATTTATTGATGTACTTATTTGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTTCACCATCGTAGTTTCGCCTTCCTGTTGCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 33333333 11111111111 1111 2222 111111 1111 222222 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 3 66666666 222222222222 00000000 4 1 66666666666 777 8888 8888 2222 4444 8888 111111 4 55 777 4 8888 1 8 8888 7777 0 333333 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 5 7 0 1 777 5 5 1
lowQualScore : . ........ ............ ........ . . ........... ... .... .... .... .... .... ...... . .. ... . .... . . .... .... . ...... .. .............................................................................................. .... . . . . ... . . .
lowQualScore : 6 11111111 888888888888 66666666 0 0 55555555555 000 5555 5555 5555 0000 5555 555555 0 55 000 0 5555 9 1 5555 0000 8 000000 88 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4444 0 6 1 1 888 7 7 7
consensus : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
Reference ( family-712 ) : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACGCACGCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCAC
gi|1 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAACTA-AAAGCATGGACGGATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------TATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTG-----CTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGATTG----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTTGTACCTAAATTGAGA------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATATTTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTATCT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATTTTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCATTCATTC----CTCCGTTCATTCGTT----CTCTC------TC--TCTCTCTCACACACACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCTTCTAACACGGTGTCTGTCCTGCCTTTTGTTTACA-TTTCA-CCTGTAAGGAAAA-AAACTACAGGGTTATATAAGATGAACACCGGGGCACGTGCACATTCTATACAAATACTGGA---TCATCTCGGATACCTACACGTACCTGTCGTATACAAAGGTATACATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCTGTAATCAATATATATAAAATATGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTAACTTATGTTTAACCCCAC
gi|10 : TCCTATTGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTTATTGATTTATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGAATGACTT----A----CTTACT----TA----AT----GCCGTTTTGTACCTAAATTAAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCACACTTATTTA-GATTATATAAAATTAAGAGTAATTAATCATGTTAATTTTCGTTAATTAACTTGACTGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATA----TTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCTATCCTAGACTCCTTT
gi|11 : ACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTTTAAGGAAAACAAACGACAGGGTGGTATGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTGTACAAATACTGAG---TTATCTCGGATACCTACATGTACCTTTCGTGTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAATCATCAACATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATA-------AATTATATAACAGTATTGAT-AAAATGT-ATTAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCTAC
gi|12 : acgtgcacgcacacccgcataaacgaacgcacgcacacacCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATAA-AAAGCATGAAAGAATCAATAATCTATTT--------ATT------------GATTTATTGATTCATTGATCGATTGATTA-ATGACTGAATTAATGATTTCCTTGTTTGCTTATAAATTCATT--------TTAAC---TCACTTTCTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTTGTACGTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAAGTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAATAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTAAATA----TTCCTTCCTCCCCCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGTg
gi|13 : CGATTGACTGTTTCACTCATTCATTCACTCACTCACTCGCTCACACATCCACT--------CA-ACAAACCACTCACTTTTTTATTTACTTATT---T-----A----TTTATTG---TGAAT-TT----GTCGCTTTCTACCTAAATAGGGCTTTATTCGTACAATA-AAGGAATCATATTTAAGA---TATAATTTGGACTCAATTA-TATTATACTAACATACAAGTAAAAAATCAAGTAATTATTCAGTCATTTACT----GCGTAACAATGTAACAGAATACAAAAAA
gi|14 : ggCTGTTGCTCATGCTCAGTCGAAA------AGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCAATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTTCTTGTTT----------TCATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTATTGACTGACTGAATT----A----CTTACT----TA----TT----GCCGTTTCGTACCTAAATTGAGC------CGT-AAGTACAAGTAACTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTA---TAGGATTAAg
gi|15 : AATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCTTTCCTCCCTCTCTCA--------CTCCATCC----CTCCGTTCATTCGTattcattttat
gi|16 : TATTAACATAAATTTGTAATTACATAACGGTATTGAT-AAAACAT-ACAAATGAAACTTTGCTGATATGAAATACTAACCGTATTTTT
gi|17 : GGACACATGCACATTCTATTAAAATACTGGGTGTTCATCTTGGATACCCACTTGTta
gi|19 : TCCTGTTGCTCATGCTTAATCGAAATTATAAActtaaacgaaagagtcgttggta
gi|2 : ttttcaccatcgtagtttcgcctCCTGTGGTTCATGCACAGTCGAAATTA-AAAGCGTGGACAAATCAATG---T-TTT--------ATT------------GATT--------CATTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGACTTGCTTGTTTGCCCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGGCTGAATG----A----CTTACT----TA----TTTATTGCCGTTTTGTACTTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAATAATATATAATTCGCACTCATTTA-GATTTTATTCAATTAAGAATACTTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATTCAATAAATAACGAACAGACCTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTTTCACTCCT---CTCCATCC----ATCCGTCCATTCGTT----CCCTC------aactaaaaca
gi|2 : TTTCTGGAACTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTTCAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-ATACGACAGGGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATTAAAATACTGGG---TAATCTCGGATACCTACATGTTCCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTATAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAATATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATTAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACT----TTATGTCT-ACCCCACannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctggaacttttgctctcctctaacatggtgtctgtccttttgttttcagttttatcctgtaaggaaaaatacgacagggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtgcacattctattaaaatactgggtaatctcggatacctacatgttcctgtcgtatacaaaggtatccattgtataattaatggtttattaagagaagagcagtaatcaatatatataatatacgcaaaccaaattcatttatttacattaaggtgtaattatataacggtattgataaaatatatcaactaaactttgcttatatgaaatactttatgtctaccccacgtt
gi|20 : cctgtggttcatgcacagtcgaaattaaaagcgtggacaaatcaatgttttattgattcattgatcgattgattgatgactgaattactgacttgcttgtttgcccattaattcatttgctcatttactttgttactgactggctgaatgacttacttatttattgccgttttgtacttaaattgagccgtcagtacaagtagctatataataatatataattcgcactcatttagattttattcaattaagaatacttaatcatgtaaattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaattcaataaataacgaacagaccttaatattccttccttcctccctctttcactcctctccatccatccgtccattcgttccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCCTGTTGCTCATACGCAGTTGAAATTA-AAAGCACGGACGAATCAATTATTTATTgtt
gi|21 : TACATGTACCTGTCATATACAAAGGTTTAAGTTGTGTAATTA
gi|23 : TTTGT----TCTTTTGTTTCCAGTTTTATCCTGTAA
gi|3 : TCCTGTTGCTCATGCGCAGTCAAAATTA-AAAGCATGGGCGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGTTTGCACATTAATTCATT--------T--AC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATGACTAA----CTTACT----TA----TT----GCCATTTTGAACTTAACTTGAGC------TGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAAA-----------------ATTTATGAATA-AATATGTTTA----AACCAATCATGCACATTTTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAACGAACAGTTCTTTATATTCCTTCCGTCCTCACACTCTCACTCTTTCCCCCCATCC----CTCCGTTCATTCGTTTCCACTCTCGTTCTATC--TCTCTCTC
gi|3 : tTTTTTTGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACAGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGCAATGAAAA-AAACGACAGGGT---ACGAGATGAACACCGGGGTGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---ACATCTCGGATGCCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGTTATCCATTtttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttgagcttttgctctcctctaacacagtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgcaatgaaaaaaacgacagggtacgagatgaacaccggggtgcgtgcacattctatacaaatactgggacatctcggatgcctacatgtacctgtcgtatacaaagttatccatt
gi|4 : ttcctgttgctcatgcgcagtcaaaattaaaagcatgggcgaatcaataatttatttattgattcgttgatcgattgattgatgactgaattactgatttgcttgtttgcacattaattcatttactcacttactttgttactgactgactgaatgactaacttacttattgccattttgaacttaacttgagctgtcagtacaagtagctatataaaaatttatgaataaatatgtttaaaccaatcatgcacattttcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataacgaacagttctttatattccttccgtcctcacactctcactctttccccccatccctccgttcattcgtttccactctcgttctatctctctctctttctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGTTGCTCATGCGCAGTCGAAATTA-AAAGCATGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATT------------GATTTATGATT-CATTGATAGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGCTTGCTTGCTCATTAATTCATT--------T--GC---TCATTTACTTTGTTACTGACTGACGGAATG----A----CTTACTAACTTA----TT----GCTGTTTTGTACCTGAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATAAATCACGTAAATATTCGGTAATTAACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATAAATAATGAACAGTACTTAATATTCCTTTCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCAATC----ATTTGCTC------T----CTC--------TC--TCTCTCACACGCACGCA
gi|4 : CATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACATGGTGTGTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA--ACAGGGTGATATGAGATGAACACCGAGGCGCGTGCATATTCTATATAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTACATGTACCTGTCGTATACAAAGGTATCCATTGTGTcgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgcatacactttctggagcttttgctctcctctaacatggtgtgtgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaaacagggtgatatgagatgaacaccgaggcgcgtgcatattctatataaatactgggtcatctcggatacctacatgtacctgtcgtatacaaaggtatccattgtgt
gi|5 : ctgttgctcatgcgcagtcgaaattaaaagcatggacgaatcaataatttatttattgatttatgattcattgatagattgattgatgactgaattactgatttgcttgcttgctcattaattcatttgctcatttactttgttactgactgacggaatgacttactaacttattgctgttttgtacctgaattgagccgtcagtacaagtagctatataagatataattcgcactcatttagattatattaaattaagagtaataaatcacgtaaatattcggtaattaacttgttatcaatataacaaaatacaataaataatgaacagtacttaatattcctttcttcctccctctctcactccttccctccaatcatttgctctctctctctctcacacgcacgcacgtacgcatgaacgaacacacgcacacacacgACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGT---------------------GGTATGAGATGAACACCGGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTTGG---TCATCTCGGATACCTACTTGTACCTGTCGTGTACAAAGGTATACATTGTATTATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAACCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATAT-ATCAACTAAACTTTGCTTATATGAAATACTTACATTATGTTTAACCCCAC
gi|6 : attattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtacgaatgaacgaacgcacgcacacacTTCATTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCTTCCATTCGTT----CTCTC------TCGTTCTATCTC
gi|6 : attgccgtACATACGCTTTCTGGAGGTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACAGTTTTATCCTGTAAGGAAAA-AAA-GAC--GGTGATATGAGATGAACACCGGGGCGCGT-----------ACAAATACTGGG---TCATCTTCGATACCTTCATTTACCTGTGGTATACAACGGTACCCATTGTGTAATTA-TGGTTTACTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTAAATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGATAAAAAAAT-ATCAACTTAACATTGCTTATATGAAATACTTACCTTATGTTTAACCCCACtctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacacatacgctttctggaggttttgctctcctctaacacggtgtctgtccttttgtttacagttttatcctgtaaggaaaaaaagacggtgatatgagatgaacaccggggcgcgtacaaatactgggtcatcttcgataccttcatttacctgtggtatacaacggtacccattgtgtaattatggtttactaagagaagagcagtaatcaatatatataaaatacgcaaaccaaattcatttatttaaataaaggtgtaattatataacggtattgataaaaaaatatcaacttaacattgcttatatgaaatacttaccttatgtttaaccccacgtt
gi|7 : attgccgtttcattcctccctctctcactccttccctccatccctccttccattcgttctctctcgttctatctctctgtctctctttcacatgcaagcacacaggcacgcacgtacatacacacTCCTGTTGCTCATGTGCAGTCGAAATTA-AAAACATGGACGAATCAATAATTTATT------------------------GATT--------CGTTGATCGATTGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGCTTGCTCATTAATTCATTAATTCATTT--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----ATTAACTTACT----TA----TT----GCTGTTTTGTACCTAAATTGAGC------CGT-CAGTACAAGTAGCTTTA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATCAATATAACAAAATACAATTAATAACGAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCT--------TCC----CTCCGTTCATTCGgtt
gi|8 : tttcaccatcgtagtttcgcctACATACACTTTCTGGAGCTTTTGCTCTCCTCTAACACGGTGTCTGT----CCTTTTGTTTACATTTTTATCCTGTAAG-AAAA-AAATGACAGGATGGTATGAGATGAACACCAGGGCGCGTGCACATTCTATACAAATACTGGG---TCATCTCGGATACCTATCTGTACCTGTCGTTTACAAAGGTATCCATTGTGTAATTAATGGTTTATTAAGAGAAGAGCAGTAATCAATATATATAAAATACGCAAACCAAATTCATTTATTTACATAAAGGTGTAATTATATAACGGTATTGAT-AAAATTTAATCAACTAACTTTTGCTTATATGAAATACTTACCTTCTGTTTAACCCCAC
gi|9 : cacacaagcacgccgcacgaacgaacgaacgcacgtacacacacTCCTGTTACTCATGCGCAGTCGAAATTG-AAAGCACGGACGAATCAATAATTTATTT--------ATTTATTGATTGATTGATT--------CGTTGATCGATAGATTG-ATGACTGAATTACTGATTTGTTTGTTT-CTCATGAATTTATT--------T--GC---TCACTTACTTTGTTACTGACTGACTGAATG----A----CTTACT----TACTTATT----GCCGTTTGGTACCTAAACTGAGC------CGT-TAGTACAAGTAGCTATA--TAAGA---TATAATTCGCACTCATTTA-GATTATATTAAATTAAGAGTAATTAATCATGTAAATTTTCGGTAATTTACT----TGTTATGAATAGAACAAAATACAATAAATAACAAACAGTACTTAATATTCCTTCCTTCCTCCCTCTCTCACTCCTTCCCTCCATCC----CTCCGgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTATTCATTGATATATTGATTTGTTGGTTGAATGATTGACTGATTGATTTATTTATTGATGTACTTATTTGT
Unaligned ( gi|22 ): TTTTCACCATCGTAGTTTCGCCTTCCTGTTGCTC