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Reference ( gi|9 )            :                        ATATTTACC-ATGA-CACGAC-TTCTGATCCGGCGC---CAA---TCTG-TATCCCG-ACA-C-ACATGAGCA--T--GTAAACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTACA------A----TT-A--TGCTG--A-C----AGTCGT--C--T--TC-GT---C-GT--CA--G--A------A--CATTCATCTACATCTG---GAA-AGTT--A-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAA-AATAT-ATAT
gi|10                         :                           TTTACC-ATGA-CACGAC-TTCTGATCCGCCGC---CAA---TCTG-TATCCCA-ACA-C-ACATGAGCA--T--GTAAACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTACA------A----TT-A--TGCTG--A-C----AGTCAT--C--G--TC-GT---C-GT--CA--A--A------A--CATTCATCTACATCTG---GAA-AGTT--A-GT-GT----AA--CA-CT----A--
gi|14                         :                 tatataaaacTTTACC--TGAGCACGAT-TTCAAGTCAGACGA---CAA---CTCG-TATCCTT-TCA-A-ACACGAGCA--C--GTGAATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTACA------G----AT-A--TGTTG--G-C----AGTCAT--C--T--GT-AC---C-AT--GG--G--T------A--CATTTGTCTATGTCTGTAAGAA-A-TT--A-GT-tatata
gi|15                         :                 ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCG-TCTGAACC---CAA---ATTG-TAT-CCA-ATATT-GCAGGAGCA--T--GTGAAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTACAT-----G----TT----TGATT--A-C----AATCAT--C--T-----GT---G-CT--CAGTG--T------G--CATTCATCAATATCTG---AAA-t
gi|8                          :                           tTTACCGAT-A-CATGAC-TTTTTACCCAATGT---TGACTCTCTG-TACCCCG-GCA-T-ACACGAGCA--G--GTAAACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTACA------G----TT-A--TGTTC--A-C----AGTCAT--C--T--GA-CC---C-AG--TA--G--A------G--CATTCATCTATATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|3                          :                           cTTACC--TGAGCATGAC-TTTCCGTCTGCCGC---CAG---CGCG-TATCCTT-GTG-T-ACATGAACA--C--GTGAATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAGCA------G----TT-A--TGTTC--A-C----AGCCGT--CGGT--AC-GG---C-G----G--G--A------A--CATTCGTCTATATCTA---AAATGGGC--ATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAA-AATATAATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg
gi|1                          : atcatttgaaaacatgatggattaacgTTACC-ATTG-CATGCC-TTGCCATCAGATGC---CAG---ACTG-AAACCTG-GTC-T-GCAGGAACA--T--CTGTACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAACA------A----GT-T--TGGTT--A-C----ATCCGT--C--T--GT-GT------T--CATTG--C------A--CATTCATCGACATCTG-----A-AGT-----AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------A-GATAT-ACATacg
gi|12                         :         cgatttagaatacatgtaaaTACC-ATTG-CAAGAC-TTTTCATCCGATGTTGACAA---ACTG-TATCCCT-TCA-C-GCATGAGCA--G--GAAAACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTACA------G----TT-A--TGTTC--A-C----AGTCAT--C--A--GT-GC---C-GG--CA--A--A------A--CATTCATCTATATCTGT--GGA----------T-GT----AA--TAT-T----A--TAT--AATAATAATAtaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|4                          :                             TACC-GTCA-CATGAT-TTTCCATCTGACCT---CAA---CCTG-TACCCCG-ACG-T-GCACGAGCA--T--GTAAATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTGCA------G----TT-G--TGCTT--A-C----AGTCAT--C--T--GT-TT---C-AG--CC--G--A------G--CATTCGTCTATATCTa
gi|18                         :                    tatcaaaacaACC-AAAA-CAAGAT-TTTACATTTGACGC---CAG---ACTG-TATACTG-AAT-T-ACACGAGCA--TCGGTAA--G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTACA------G----AC-A--TGTTT--G-C----A---GC--C--T--TCGGT---A-AT--CAGTG--T------A--CATTCATTTACATCTAC--GAA-Aaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
gi|19                         :                                              taCCGATTTGACCC---CAG---ACTG-TATCCTG-GAT-T-ACACGAGCA--A--ATTAATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG----------------------GC-A--A-C----CGTCG------------GT---A-TT--CA--G--AGT----A--CATTCATTTATATCTaaaactatata
gi|7                          :                                                     CCGTCTC---CAG---T--G-TATCCAG--CA-TTGCAGGCACA--T--GTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTACATGC---AGCATTT-G--TACC---A-C----AGTTGT--T--G--TC-ATTTGC-AT--TA--G--C------G--CATTCGTCATCATCTacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|16                         :                                    aaacctgtacaagtcaccCGGCGT---TTA---GCTGGTATCCTG-TAA-A-ACAGCTACA--C--GTGTACC-ATC-CT-TTTGTGTTGGTGCA------T----TC-G--TG-TG--AGC----AGACAT--T--T--T---------G----A--G--A------A--CACTCATCGACATCTG---TAA-TGTTTGA-GT-GT----aatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|22                         :                                       acctgagcatgttgtcccgtC---CAG---TTTG-TATCCAG-TTT-G-ACATGTGCATTT--GT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTACA------------T-AACTGATC--A-C----ATTCAT-----T--TA-AT---C-----CG--G--T------A--CATTCGTCAATATCTG---gtaagttagtaaatt
gi|17                         :                                                         cagtcgtat---TCTG-TACCCCG-GCA-T-ACACGAGCA--G--GTAAACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTACA------G----TT-A--TGTTC--A-C----AGTCAT--C--TGATC------C-AG--TA--G--A------G--CATTCATCTATATCTA---TAA-Atatagaagaacaaaa
gi|20                         :                                                           caatgttgactcTG-TATCCTGGATA---ACACGAGCA--T--GTGAATGAACC-CA--CTGTATTTGTACA------G----AT-A--TGTTG--G-C----AGCCGT--C------G-GT---A-TT--CA--GTTT------A--CATTCATTTATATCTcaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|2                          :                                                                       TG-TATCCAT-GTA-G-ACAGGAGCA--T--GTGTATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTACA------------T-G--T-TTG--A--------------------TC-GC---A-GC--CA--G--AGGTGTCA--CATTCATTTATATCTG---AAactatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|11                         :                                                     ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaaga-ACAGGCACA--T--GTAAATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTCAGCA----TT----TG-TGTCA-C----AGTTGT--T--G--CC-AT---CTGTACTA--G--C------G--CACTCGTCAGCATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|5                          :                                             ctgacctgtacaagtcattccgttcccagtatatccagtgtt-ACATGAACA--C--TTGAACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGGCA------T----AT-A--TCCTG--A-C----AACCAC--C--A--T----------T--CA--G--AAGTGC-A--CATTCGTCAATATCTAT--AAA-AGTC--A-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAA-AATAT-aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|23                         :                                                   gcaagacaatccgtcgttaccaagcttgccgttagg-ACACGAACA--C--GTGTAT---CCTCGATCTATGTTTGTGCAT-----A----TC----TGCTG--A-CAATTAGCCGTAGC--C--TC-TT---C-------------------A--CATTCGTTGATGTCTG---AAA-tgatctccatacg
gi|6                          :                                                                                              aCA--T--GTGAACG-ACC-CA-TCTGTATTTGTACATAGAGCA----TTAA--CACT---A-C----AGTTGT--C------A-GT---C--C--CA--GC-A------ACGCATTCATCAATATCTG---GAA-caggttgtttat
gi|24                         :         attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccataccgttacatgttgtaccgtcgccagaatagccctcatgacaagcaCA--T--GTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATACA------A----c
gi|13                         :                                                                                                                    acaagcaTCTGTACA-----------TT----TGTT-----C----AGT--T--C--A--TT-AT---C-GT--CA---------------CATTCATTTACATCTG---AAA-gcagcatttgcaccgtttaacagt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CTGTACATGTTGTACCATCTCCAGTATAATCTTCCTTACATTCACAATCGTACGATCCAACGGTATTGATACAGTTAGCATTGCCATCGCAATCGTTGATACCGTCGGCACATTCATCAATATCTAAT






Alignments
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Reference ( family-7036 )     :                             NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTCCCATCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TNACA----GTC----GT--C--T--TC-GT---C-GT--CA--G--A-----A--CATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
gi|1                          :                                 TTACC-ATTG-CATGCCTTGCCATCAGATGC---CAGA---CTGAAACCTG-GTC-T-G-CAGGAACA-T--CTG--TACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAA----CAA------G------TT------TGG--TTACA----TCC----GT--C--T--GT-GT------T--CATTG--C-----A--CATTCATCGAC-ATCTG-----A-AGT---AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------AGATATACAT
gi|10                         :            cgatttagaatacatgtaaaTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGATCCGCCGC---CAAT---CTGTATCCCA-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTC----AT--C--G--TC-GT---C-GT--CA--A--A-----A--CATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--Ctaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|11                         :                                              tatataaaacTCCGTTCC---CAG-----TATATCCAGTGT--T-A-CAGGCACA-T--GTA--AATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTC-A------GCAT---TT-G----TG---TCACA----GTT----GT--T--G--CC-AT---CTGTACTA--G--C-----G--CACTCGTCAGC-ATCTactatatata
gi|12                         :                ctgacctgtacaagtcatTACC-ATTG-CAAGACTTTTCATCCGATGTTGACAAA---CTGTATCCCT-TCA-C-G-CATGAGCA-G--GAA--AACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTC----AT--C--A--GT-GC---C-GG--CA--A--A-----A--CATTCATCTAT-ATCTG---aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|14                         :                                TTTACC--TGAGCACGATTTCAAGTCAGACGA---CAAC---TCGTATCCTT-TCA-A-A-CACGAGCA-C--GTG--AATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GTC----AT--C--T--GT-AC---C-AT--GG--G--T-----A--CATTTGTCTAT-GTCTGTAAGAA-A-TTA-GT-tggatgtaatattatataataataataa
gi|15                         :                      ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCGTCTGAACC---CAAA---TTGTAT-CCA-ATATT-G-CAGGAGCA-T--GTG--AAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TTACA----ATC----AT--C--T-----GT---G-CT--CAGTG--T-----G--CATTCATCAAT-ATCTG---AAA-t
gi|17                         :                                                                      t---CTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTC----AT--C--TGATC------C-AG--TA--G--A-----G--CATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|18                         :                      caatgttgactctACC-AAAA-CAAGATTTTACATTTGACGC---CAGA---CTGTATACTG-AAT-T-A-CACGAGCATC--GGT--AA-G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTA----C-A------G------AC-A----TGT--TTGCA-----------GC--C--T--TCGGT---A-AT--CAGTG--T-----A--CATTCATTTAC-ATCTAC--GAA-Acaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|19                         :                                                  taCCGATTTGACCC---CAGA---CTGTATCCTG-GAT-T-A-CACGAGCA-A--ATT--AATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG-------------------------------GC---AACC----GTC----G------------GT---A-TT--CA--G--AGT---A--CATTCATTTAT-ATCTaaaactatata
gi|2                          :                                                                           TGTATCCAT-GTA-G-A-CAGGAGCA-T--GTG--TATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TCGCA----GCCAGAGGT-----------GT---C------------------A--CATTCATTTAT-ATCTG---AAacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|20                         :                                         ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaagaTGTATCCTG-G-A-T-AACACGAGCA-T--GTG--AATGAACC-CA--CTGTATTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GCC----GT--C------G-GT---A-TT--CA--GTTT-----A--CATTCATTTAT-ATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|21                         :                                                                                                               ACG-ATC-CA-ACGGTATTGATA----C-A------G------TT-AGCATTGCCATCGCA----ATC----GT--T--G--AT-AC---C-GT--CG--G--C-----A--CATTCATCAAT-ATCTactatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|22                         :            ctgtacatgttgtaccatctccagtataatcttccttacattcacaatcgtC---CAGT---TTGTATCCAG-TTT-G-A-CATGTGCA-T--TTGT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTA----C-A--------------T-AAC--TGA--TCACA----TTC----AT-----T--TA-AT---C-----CG--G--T-----A--CATTCGTCAAT-ATCTG---aat
gi|23                         :                                                                                 cagtcgtat-A-CACGAACA-C--GTG--TAT---CCTCGATCTATGTTTGTG----C-A------T------AT-C----TGC--TGACAATTAGCC----GTAGC--C--TC-TT---C------------------A--CATTCGTTGAT-GTCTG---AAA-tatagaagaacaaaa
gi|24                         :                                                                                             aACAAGCA-C--ATGTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATA----C-A------caggttgtttat
gi|3                          :                                 TTACC--TGAGCATGACTTTCCGTCTGCCGC---CAGC---GCGTATCCTT-GTG-T-A-CATGAACA-C--GTG--AATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAG----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GCC----GT--CGGT--AC-GG---C-G----G--G--A-----A--CATTCGTCTAT-ATCTA---AAATGGGCATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAAAATATAagcagcatttgcaccgtttaacagt
gi|4                          :       atcatttgaaaacatgatggattaacgTACC-GTCA-CATGATTTTCCATCTGACCT---CAAC---CTGTACCCCG-ACG-T-G-CACGAGCA-T--GTA--AATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTG----C-A------G------TT-G----TGC--TTACA----GTC----AT--C--T--GT-TT---C-AG--CC--G--A-----G--CATTCGTCTAT-ATCTatatacg
gi|5                          :                                                                                tatcaaaaca-A-CATGAACA-C--TTG--AACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGG----C-A------T------AT-A----TCC--TGACA----ACC----AC--C--A--T----------T--CA--G--AAGTGCA--CATTCGTCAAT-ATCTAT--AAA-AGTCA-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAAAATATaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
gi|6                          :                     gcaagacaatccgtcgttaccaagcttgccgttaggCCGTCGC---CAGA-----ATAGCCCT--CA-T-G--ACAAGCA-CATGTG--AACG-ACC-CA-TCTGTATTTGTA----C-ATAGAGCA------TTAA----CAC--T-ACA----GTT----GT--C------A-GT---C--C--CA--GC-A-----ACGCATTCATCAAT-ATCTG---GAA-tgatctccatacg
gi|7                          : attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccataccgttacatgttgtaCCGTCTC---CAG-----TGTATCC-A-GCA-TTG-CAGGCACA-T--GTA--AACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTA----C-AT-----GCAGCATTT-G----TAC---CACA----GTT----GT--T--G--TC-ATTTGC-AT--TA--G--C-----G--CATTCGTC-ATCATCTc
gi|8                          :               aaacctgtacaagtcaccTTACCGAT-A-CATGACTTTTTACCCAATGT---TGACTCTCTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTC----AT--C--T--GA-CC---C-AG--TA--G--A-----G--CATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Aaatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|9                          :                               cTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGATCCGGCGC---CAAT---CTGTATCCCG-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTC----GT--C--T--TC-GT---C-GT--CA--G--A-----A--CATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAAAATATATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGATCTAGAATAGAACTAACCTTTGCAAGTTCGTCCATCGTTTTCCAACACCTGCCCGGTAGGGCAAGAACATATGTACCCTCCATCATTGTTACGACAGCTGATAGGATCTGTACATTTGTTCAGTTCATTATCGTCACATTCATTTACATCTGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGAGCATGTTGTCCCGTCGGCGTTTAGCTGGTATCCTGTAAAACAGCTACACGTGTACCATCCTTTTGTGTTGGTGCATTCGTGTGAGCAGACATTTTGAGAACACTCATCGACATCTGTAATGTTTGAGTGTGTAAGTTAGTAAATT






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lowQualScore                  :                                         33 1 3  8  2      1    9   777   44444       7777777 0 0  5     9999   55    8   8 000 5         9999 8 333333333333333333333  333 8         55555555555555555555555555 333 333        0  9     8888  3   2 7  7  0000  00     000000000000000           
consensus                     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TCACAGTCGTC--TGC-GT---C--G--T--C--A--G--NA---CATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
Reference ( family-7036 )     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TCACAGTCGTC--TNC-GT---C--G--T--C--A--G--NA---CATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
gi|1                          :                                    TTACC-ATTG-CATGCCTTGCCA-TCAGATGC---CAGA---CTGAAACCTG-GTC-T-G-CAGGAACA-T--CTG--TACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAA----CAA------G------TT------TGG--TTACATCCGTC--TGT-GT---------T--C--ATTG--CA---CATTCATCGAC-ATCTG-----A-AGT---AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------AGATATACAT
gi|10                         :               cgatttagaatacatgtaaaTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGCCGC---CAAT---CTGTATCCCA-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACAGTCATC--GTC-GT---C--G--T--C--A--A--AA---CATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--Ctaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|11                         :                                            tatataaaacTTCCG-TTC----C---CAG-----TATATCCAGTGT--T-A-CAGGCACA-T--GTA--AATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTC-A------GCAT---TT-G----TG---TCACAGTTGTT--GCC-AT---CT-G--TACT--A--G--CG---CACTCGTCAGC-ATCTactatatata
gi|12                         :                    ctgacctgtacaagtcaTACC-ATTG-CAAGACTTTTCA-TCCGATGTTGACAAA---CTGTATCCCT-TCA-C-G-CATGAGCA-G--GAA--AACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACAGTCATC--AGT-GC---C--G--G--C--A--A--AA---CATTCATCTAT-ATCTG---aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|14                         :                                   TTTACC--TGAGCACGA-TTTCAAGTCAGACGA---CAAC---TCGTATCCTT-TCA-A-A-CACGAGCA-C--GTG--AATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCAGTCATC--TGT-AC---C--A--T--G--G--G--TA---CATTTGTCTAT-GTCTGTAAGAA-A-TTA-GT-tggatgtaatattatataataataataa
gi|15                         :                         ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCG-TCTGAACC---CAAA---TTGTAT-CCA-ATATT-G-CAGGAGCA-T--GTG--AAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TTACAATCATC--TGT-GC---------T--C--AGTG--TG---CATTCATCAAT-ATCTG---AAA-t
gi|17                         :                                                                          t---CTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACAGTCATC--TG--AT---CCAG--T-----A--G--AG---CATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|18                         :                         caatgttgactctACC-AAAA-CAAGATTTTACA-TTTGACGC---CAGA---CTGTATACTG-AAT-T-A-CACGAGCATC--GGT--AA-G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTA----C-A------G------AC-A----TGT--TTGCAGCCTTC----G-GT---A--A--T--C--AGTG--TA---CATTCATTTAC-ATCTAC--GAA-Acaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|19                         :                                                        taA-TTTGACCC---CAGA---CTGTATCCTG-GAT-T-A-CACGAGCA-A--ATT--AATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG-G----C-A----------------------------ACCGTCG--------GT---A--T--T--CAGA--G--TA---CATTCATTTAT-ATCTaaaactatata
gi|2                          :                                                                            ccgTGTATCCAT-GTA-G-A-CAGGAGCA-T--GTG--TATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TCGCAGCCA-----GA-GG---T--G--T--C---------A---CATTCATTTAT-ATCTG---AAacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|20                         :                                             ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaagaTGTATCCTG-G-A-T-AACACGAGCA-T--GTG--AATGAACC-CA--CTGTATTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCAGCCGTC--GGT-AT---------T--C--A--GTTTA---CATTCATTTAT-ATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|21                         :                                                                                                                   ACG-ATC-CA-ACGGTATTGATA----C-A------G------TT-AGCATTGCCATCGCAATCGTT--GAT-AC---C--G--T--C--G--G--CA---CATTCATCAAT-ATCTactatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|22                         :                ctgtacatgttgtaccatctccagtataatcttccttacattcacaatcgtC---CAGT---TTGTATCCAG-TTT-G-A-CATGTGCA-T--TTGT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTA----C-A--------------T-AAC--TGA--TCACATTCATT--TA--AT---C--------C--G--G--TA---CATTCGTCAAT-ATCTG---aat
gi|23                         :                                                                                     cagtcgtat-A-CACGAACA-C--GTG--TAT---CCTCGATCTATGTTTGTG----C-A------T------AT-C----TGC--TGACAATTAGC----C-GT---A--GCCT--C--T--T--CA---CATTCGTTGAT-GTCTG---AAA-tatagaagaacaaaa
gi|24                         :                                                                                                 aACAAGCA-C--ATGTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATA----C-A------caggttgtttat
gi|3                          :                                    TTACC--TGAGCATGACTTTCCG-TCTGCCGC---CAGC---GCGTATCCTT-GTG-T-A-CATGAACA-C--GTG--AATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAG----C-A------G------TT-A----TGT--TCACAGCCGTCGGTAC-GG---C--G--------G--G--AA---CATTCGTCTAT-ATCTA---AAATGGGCATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAAAATATAagcagcatttgcaccgtttaacagt
gi|4                          :          atcatttgaaaacatgatggattaacgTACC-GTCA-CATGATTTTCCA-TCTGACCT---CAAC---CTGTACCCCG-ACG-T-G-CACGAGCA-T--GTA--AATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTG----C-A------G------TT-G----TGC--TTACAGTCATC--TGT-TT---C--A--G--C--C--G--AG---CATTCGTCTAT-ATCTatatacg
gi|5                          :                                                                                    tatcaaaaca-A-CATGAACA-C--TTG--AACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGG----C-A------T------AT-A----TCC--TGACAACCACCA-TTCAGA---A--G--T--------G--CA---CATTCGTCAAT-ATCTAT--AAA-AGTCA-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAAAATATaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
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gi|7                          :                      attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccaCCGTCTC---CAG-----TGTATCC-A-GCA-TTG-CAGGCACA-T--GTA--AACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTA----C-AT-----GCAGCATTT-G----TAC---CACAGTTGTT--GTC-ATTTGC--A--T--T--A--G--CG---CATTCGTC-ATCATCTc
gi|8                          :                  aaacctgtacaagtcaccTTACCGAT-A-CATGACTTTTTA-CCCAATGT---TGACTCTCTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACAGTCATC--TGA-CC---C--A--G--T--A--G--AG---CATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Aaatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|9                          :                                  cTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGGCGC---CAAT---CTGTATCCCG-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACAGTCGTC--TTC-GT---C--G--T--C--A--G--AA---CATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAAAATATATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGATCTAGAATAGAACTAACCTTTGCAAGTTCGTCCATCGTTTTCCAACACCTGCCCGGTAGGGCAAGAACATATGTACCCTCCATCATTGTTACGACAGCTGATAGGATCTGTACATTTGTTCAGTTCATTATCGTCACATTCATTTACATCTGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGAGCATGTTGTCCCGTCGGCGTTTAGCTGGTATCCTGTAAAACAGCTACACGTGTACCATCCTTTTGTGTTGGTGCATTCGTGTGAGCAGACATTTTGAGAACACTCATCGACATCTGTAATGTTTGAGTGTGTAAGTTAGTAAATT






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Reference ( family-7036 )     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
gi|1                          :                                    TTACC-ATTG-CATGCCTTGCCA-TCAGATGC---CAGA---CTGAAACCTG-GTC-T-G-CAGGAACA-T--CTG--TACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAA----CAA------G------TT------TGG--TTACA----TCCGTC--TG-TGT-------T--C--ATT---G--CACATTCATCGAC-ATCTG-----A-AGT---AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------AGATATACAT
gi|10                         :               cgatttagaatacatgtaaaTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGCCGC---CAAT---CTGTATCCCA-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTCATC--GT-CGT---C--GT--C--A-----A--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--Ctaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|11                         :                                            tatataaaacTTCCG-TTC----C---CAG-----TATATCCAGTGT--T-A-CAGGCACA-T--GTA--AATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTC-A------GCAT---TT-G----TG---TCACA----GTTGT---TGCCAT---CT-GTACT--A-----G--CGCACTCGTCAGC-ATCTactatatata
gi|12                         :                    ctgacctgtacaagtcaTACC-ATTG-CAAGACTTTTCA-TCCGATGTTGACAAA---CTGTATCCCT-TCA-C-G-CATGAGCA-G--GAA--AACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--AG-TGC---C--GG--C--A-----A--AACATTCATCTAT-ATCTG---aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|14                         :                                   TTTACC--TGAGCACGA-TTTCAAGTCAGACGA---CAAC---TCGTATCCTT-TCA-A-A-CACGAGCA-C--GTG--AATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GTCATC--TG-TAC---C--AT--G--G-----G--TACATTTGTCTAT-GTCTGTAAGAA-A-TTA-GT-tggatgtaatattatataataataataa
gi|15                         :                         ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCG-TCTGAACC---CAAA---TTGTAT-CCA-ATATT-G-CAGGAGCA-T--GTG--AAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TTACA----ATCATC--TG-TGC-------T--C--AGT---G--TGCATTCATCAAT-ATCTG---AAA-t
gi|17                         :                                                                          t---CTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--TG--AT---CCAGT-----A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|18                         :                         caatgttgactctACC-AAAA-CAAGATTTTACA-TTTGACGC---CAGA---CTGTATACTG-AAT-T-A-CACGAGCATC--GGT--AA-G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTA----C-A------G------AC-A----TGT--TTGCA----GCCTTC---G--GT---A--AT--C--AGT---G--TACATTCATTTAC-ATCTAC--GAA-Acaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|19                         :                                                        taA-TTTGACCC---CAGA---CTGTATCCTG-GAT-T-A-CACGAGCA-A--ATT--AATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG-------------------------------------GCA----ACCGTC--GG-TAT-------T--CAGA-----G--TACATTCATTTAT-ATCTaaaactatata
gi|2                          :                                                                            ccgTGTATCCAT-GTA-G-A-CAGGAGCA-T--GTG--TATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TCGCA----GCCA-----G-AGG---T--GT--C------------ACATTCATTTAT-ATCTG---AAacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|20                         :                                             ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaagaTGTATCCTG-G-A-T-AACACGAGCA-T--GTG--AATGAACC-CA--CTGTATTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GCCGTC--GG-TAT-------T--C--A-----GTTTACATTCATTTAT-ATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|21                         :                                                                                                                   ACG-ATC-CA-ACGGTATTGATA----C-A------G------TT-AGCATTGCCATCGCA----ATCGTT--GA-TAC---C--GT--C--G-----G--CACATTCATCAAT-ATCTactatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|22                         :                ctgtacatgttgtaccatctccagtataatcttccttacattcacaatcgtC---CAGT---TTGTATCCAG-TTT-G-A-CATGTGCA-T--TTGT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTA----C-A--------------T-AAC--TGA--TCACA----TTCATT--TA--AT---C------C--G-----G--TACATTCGTCAAT-ATCTG---aat
gi|23                         :                                                                                     cagtcgtat-A-CACGAACA-C--GTG--TAT---CCTCGATCTATGTTTGTG----C-A------T------AT-C----TGC--TGACAATTAGCCGTA---G-CCT---C--TT--C--A----------CATTCGTTGAT-GTCTG---AAA-tatagaagaacaaaa
gi|24                         :                                                                                                 aACAAGCA-C--ATGTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATA----C-A------caggttgtttat
gi|3                          :                                    TTACC--TGAGCATGACTTTCCG-TCTGCCGC---CAGC---GCGTATCCTT-GTG-T-A-CATGAACA-C--GTG--AATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAG----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GCCGTCGGTA-CGG---C--G------G-----G--AACATTCGTCTAT-ATCTA---AAATGGGCATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAAAATATAagcagcatttgcaccgtttaacagt
gi|4                          :          atcatttgaaaacatgatggattaacgTACC-GTCA-CATGATTTTCCA-TCTGACCT---CAAC---CTGTACCCCG-ACG-T-G-CACGAGCA-T--GTA--AATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTG----C-A------G------TT-G----TGC--TTACA----GTCATC--TG-TTT---C--AG--C--C-----G--AGCATTCGTCTAT-ATCTatatacg
gi|5                          :                                                                                    tatcaaaaca-A-CATGAACA-C--TTG--AACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGG----C-A------T------AT-A----TCC--TGACA----ACCAC------CAT-------T--C--AGAAGTG--CACATTCGTCAAT-ATCTAT--AAA-AGTCA-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAAAATATaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
gi|6                          : gcaagacaatccgtcgttaccaagcttgccgttaggTACC-GTTA-CATG---TTGTA--CCGTCGC---CAGA-----ATAGCCCT--CA-T-G--ACAAGCA-CATGTG--AACG-ACC-CA-TCTGTATTTGTA----C-ATAGAGCA------TTAA----CAC--T-ACA----GTTGTC--AG-TCC---C--AG--C--A-----A--CGCATTCATCAAT-ATCTG---GAA-tgatctccatacg
gi|7                          :                      attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccaCCGTCTC---CAG-----TGTATCC-A-GCA-TTG-CAGGCACA-T--GTA--AACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTA----C-AT-----GCAGCATTT-G----TAC---CACA----GTTGT---TGTCATTTGC--AT--T--A-----G--CGCATTCGTC-ATCATCTc
gi|8                          :                  aaacctgtacaagtcaccTTACCGAT-A-CATGACTTTTTA-CCCAATGT---TGACTCTCTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--TG-ACC---C--AG--T--A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Aaatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|9                          :                                  cTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGGCGC---CAAT---CTGTATCCCG-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTCGTC--TT-CGT---C--GT--C--A-----G--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAAAATATATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGATCTAGAATAGAACTAACCTTTGCAAGTTCGTCCATCGTTTTCCAACACCTGCCCGGTAGGGCAAGAACATATGTACCCTCCATCATTGTTACGACAGCTGATAGGATCTGTACATTTGTTCAGTTCATTATCGTCACATTCATTTACATCTGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGAGCATGTTGTCCCGTCGGCGTTTAGCTGGTATCCTGTAAAACAGCTACACGTGTACCATCCTTTTGTGTTGGTGCATTCGTGTGAGCAGACATTTTGAGAACACTCATCGACATCTGTAATGTTTGAGTGTGTAAGTTAGTAAATT






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Reference ( family-7036 )     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
gi|1                          :                                    TTACC-ATTG-CATGCCTTGCCA-TCAGATGC---CAGA---CTGAAACCTG-GTC-T-G-CAGGAACA-T--CTG--TACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAA----CAA------G------TT------TGG--TTACA----TCCGTC--TG-TGT-------T--C--ATT---G--CACATTCATCGAC-ATCTG-----A-AGT---AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------AGATATACAT
gi|10                         :               cgatttagaatacatgtaaaTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGCCGC---CAAT---CTGTATCCCA-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTCATC--GT-CGT---C--GT--C--A-----A--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--Ctaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|11                         :                                            tatataaaacTTCCG-TTC----C---CAG-----TATATCCAGTGT--T-A-CAGGCACA-T--GTA--AATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTC-A------GCAT---TT-G----TG---TCACA----GTTGT---TGCCAT---CT-GTACT--A-----G--CGCACTCGTCAGC-ATCTactatatata
gi|12                         :                    ctgacctgtacaagtcaTACC-ATTG-CAAGACTTTTCA-TCCGATGTTGACAAA---CTGTATCCCT-TCA-C-G-CATGAGCA-G--GAA--AACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--AG-TGC---C--GG--C--A-----A--AACATTCATCTAT-ATCTG---aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|14                         :                                   TTTACC--TGAGCACGA-TTTCAAGTCAGACGA---CAAC---TCGTATCCTT-TCA-A-A-CACGAGCA-C--GTG--AATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GTCATC--TG-TAC---C--AT--G--G-----G--TACATTTGTCTAT-GTCTGTAAGAA-A-TTA-GT-tggatgtaatattatataataataataa
gi|15                         :                         ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCG-TCTGAACC---CAAA---TTGTAT-CCA-ATATT-G-CAGGAGCA-T--GTG--AAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TTACA----ATCATC--TG-TGC-------T--C--AGT---G--TGCATTCATCAAT-ATCTG---AAA-t
gi|17                         :                                                                          t---CTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--TG--AT---CCAGT-----A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|18                         :                         caatgttgactctACC-AAAA-CAAGATTTTACA-TTTGACGC---CAGA---CTGTATACTG-AAT-T-A-CACGAGCATC--GGT--AA-G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTA----C-A------G------AC-A----TGT--TTGCA----GCCTTC---G--GT---A--AT--C--AGT---G--TACATTCATTTAC-ATCTAC--GAA-Acaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|19                         :                                                        taA-TTTGACCC---CAGA---CTGTATCCTG-GAT-T-A-CACGAGCA-A--ATT--AATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG-------------------------------------GCA----ACCGTC--GG-TAT-------T--CAGA-----G--TACATTCATTTAT-ATCTaaaactatata
gi|2                          :                                                                            ccgTGTATCCAT-GTA-G-A-CAGGAGCA-T--GTG--TATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTA----C-AT-----G------TT------TGA--TCGCA----GCCA-----G-AGG---T--GT--C------------ACATTCATTTAT-ATCTG---AAacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|20                         :                                             ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaagaTGTATCCTG-G-A-T-AACACGAGCA-T--GTG--AATGAACC-CA--CTGTATTTGTA----C-A------G------AT-A----TGT--TGGCA----GCCGTC--GG-TAT-------T--C--A-----GTTTACATTCATTTAT-ATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|21                         :                                                                                                                   ACG-ATC-CA-ACGGTATTGATA----C-A------G------TT-AGCATTGCCATCGCA----ATCGTT--GA-TAC---C--GT--C--G-----G--CACATTCATCAAT-ATCTactatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|22                         :                ctgtacatgttgtaccatctccagtataatcttccttacattcacaatcgtC---CAGT---TTGTATCCAG-TTT-G-A-CATGTGCA-T--TTGT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTA----C-A--------------T-AAC--TGA--TCACA----TTCATT--TA--AT---C------C--G-----G--TACATTCGTCAAT-ATCTG---aat
gi|23                         :                                                                                     cagtcgtat-A-CACGAACA-C--GTG--TAT---CCTCGATCTATGTTTGTG----C-A------T------AT-C----TGC--TGACAATTAGCCGTA---G-CCT---C--TT--C--A----------CATTCGTTGAT-GTCTG---AAA-tatagaagaacaaaa
gi|24                         :                                                                                                 aACAAGCA-C--ATGTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATA----C-A------caggttgtttat
gi|3                          :                                    TTACC--TGAGCATGACTTTCCG-TCTGCCGC---CAGC---GCGTATCCTT-GTG-T-A-CATGAACA-C--GTG--AATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAG----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GCCGTCGGTA-CGG---C--G------G-----G--AACATTCGTCTAT-ATCTA---AAATGGGCATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAAAATATAagcagcatttgcaccgtttaacagt
gi|4                          :          atcatttgaaaacatgatggattaacgTACC-GTCA-CATGATTTTCCA-TCTGACCT---CAAC---CTGTACCCCG-ACG-T-G-CACGAGCA-T--GTA--AATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTG----C-A------G------TT-G----TGC--TTACA----GTCATC--TG-TTT---C--AG--C--C-----G--AGCATTCGTCTAT-ATCTatatacg
gi|5                          :                                                                                    tatcaaaaca-A-CATGAACA-C--TTG--AACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGG----C-A------T------AT-A----TCC--TGACA----ACCAC------CAT-------T--C--AGAAGTG--CACATTCGTCAAT-ATCTAT--AAA-AGTCA-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAAAATATaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
gi|6                          : gcaagacaatccgtcgttaccaagcttgccgttaggTACC-GTTA-CATG---TTGTA--CCGTCGC---CAGA-----ATAGCCCT--CA-T-G--ACAAGCA-CATGTG--AACG-ACC-CA-TCTGTATTTGTA----C-ATAGAGCA------TTAA----CAC--T-ACA----GTTGTC--AG-TCC---C--AG--C--A-----A--CGCATTCATCAAT-ATCTG---GAA-tgatctccatacg
gi|7                          :                      attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccaCCGTCTC---CAG-----TGTATCC-A-GCA-TTG-CAGGCACA-T--GTA--AACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTA----C-AT-----GCAGCATTT-G----TAC---CACA----GTTGT---TGTCATTTGC--AT--T--A-----G--CGCATTCGTC-ATCATCTc
gi|8                          :                  aaacctgtacaagtcaccTTACCGAT-A-CATGACTTTTTA-CCCAATGT---TGACTCTCTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGT--TCACA----GTCATC--TG-ACC---C--AG--T--A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Aaatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|9                          :                                  cTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGGCGC---CAAT---CTGTATCCCG-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTA----C-A------A------TT-A----TGC--TGACA----GTCGTC--TT-CGT---C--GT--C--A-----G--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAAAATATATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg


blockSeqs                     :                                         GA G G  C  C      G        TGA   CTCTC       CAATAT  T A        CAT    TA    A   T GAT T         CATT . TAGAGCATTAA            CCA G   ATTA     TGCCATCTGTACTAGC                         T  C     TAAG  T   T T  A  AATA  GT     TGCAAACCGGAAA  
blockSeqs                     :                                         A  T G  A  C      .        .     TC          CAACA   . .        TC     T     .   . TT  C         .    . TGCAGCATTTG            C   C   .        TGTCATTTGCATTAGC                         A  .     CG    .   T .  .  .     .      AACCAAT        
blockSeqs                     :                                         A  G .  C  T      .        .     AC          AGTGT   . .        T      .     .   . TT  T         .    . GTTAGCAT               T   C   .        CGTCGTCGTCAAA                            T  .     TA    .   C .  .  .     .      AAAGT          
blockSeqs                     :                                         A  G .  C  T      .        .     CT          CTTCA   . .        T      .     .   . GT  T         .    . GCATTTG                T   G   .        CAGTGCCGGCAAA                            T  .     G     .   C .  .  .     .                     
blockSeqs                     :                                         A  A .  A  C      .        .     AT          TTTCA   . .        G      .     .   . AT  A         .    . ATTA                   A   T   .        CTGTACCATGGGT                            A  .     A     .   T .  .                              
blockSeqs                     :                                         G  G .  T  T      .        .     AC          CGGCA   . .        C      .     .   . AA  T         .    . GTTA                   T   C   .        CTGTGCTCAGTGT                            T  .     T     .                                       
blockSeqs                     :                                         G  C .  T  C      .        .     AC          TGAAT   . .        T      .     .   . GT  T         .    . GATA                   T   T   .        CTGATCCAGTAGA                            T  .     A     .                                       
blockSeqs                     :                                         A  T .  T  C      .        .     TT          TGGAT   . .        G      .     .   . AC  T         .    . TGTT                   A   C   .        CGGTAATCAGTGT                            T  .     A     .                                       
blockSeqs                     :                                         .  G .  T  .      .        .     CG          ATGTA   . .        A      .     .   . CA  C         .    . GTTA                   T   G   .        CGGTATTCAGAGT                            T  .     A     .                                       
blockSeqs                     :                                         .  . .  C  .      .        .     CC          AGTTT   . .        T      .     .   . AT  T         .    . GACA                   A   C   .        CGGTATTCAGTTT                            T  .     G     .                                       
blockSeqs                     :                                                           .        .     TC          TTGTG   . .        T      .     .   . AA  G         .    . TGTT                   C   C   .        TGATACCGTCGGC                            A  .     T     .                                       
blockSeqs                     :                                                           .        .     A           CGACG   . .        T      .     .   . TG  C         .    . GATA                   T   G   .        CGGTACGGCGGGA                            A  .     G                                             
blockSeqs                     :                                                                    .     .           CGGCA   . .        C      .     .   . AT  T         .    . TAAC                   C   C   .        CTGTTTCAGCCGA                            G  .                                                   
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blockSeqs                     :                                                                                                                      .   . T   T         .    .                                                                                                                                         


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                 GNTA*****************                                                                     G***
originalCons                  :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-A------G------TT-A----TGC--TCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
finalCons                     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----C-AGNTA-----------------TGC--TCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTGG---AA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGATCTAGAATAGAACTAACCTTTGCAAGTTCGTCCATCGTTTTCCAACACCTGCCCGGTAGGGCAAGAACATATGTACCCTCCATCATTGTTACGACAGCTGATAGGATCTGTACATTTGTTCAGTTCATTATCGTCACATTCATTTACATCTGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGAGCATGTTGTCCCGTCGGCGTTTAGCTGGTATCCTGTAAAACAGCTACACGTGTACCATCCTTTTGTGTTGGTGCATTCGTGTGAGCAGACATTTTGAGAACACTCATCGACATCTGTAATGTTTGAGTGTGTAAGTTAGTAAATT






Alignments
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lowQualScore                  :                                         33 1 3  8  2      1    9   777   44444       7777777 0 0  5     9999   55  4 9   9 444 9         0000  00000000000000 3333  4 4   2222     77777777777777777777777777777777         4  0     8888  3   2 7  7  0000  00     000000000000000           
consensus                     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----CA------G------NT-A--TGCTCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
Reference ( family-7036 )     :                                NNNTTTACC-ATGA-CACGACTTTCCA-TCCGACGC---CAGN---CTGTATCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-C--GTG--AACG-ACC-CG-TCCGTGTTTGTA----CA------G------NT-A--TGCTCACA----GTCGTC--TG-CGT---C--GT--C--A-----G--NACATTCGTCTAT-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CGTCT----A--ACC--AATAAAATATACAT
gi|1                          :                                    TTACC-ATTG-CATGCCTTGCCA-TCAGATGC---CAGA---CTGAAACCTG-GTC-T-G-CAGGAACA-T--CTG--TACG-TTC-CA-ATTGTATTTGAA----CA------A------GT-T--TGGTTACA----TCCGTC--TG-TGT-------T--C--ATT---G--CACATTCATCGAC-ATCTG-----A-AGT---AT-AT----GA--TATCA----AGGACC------AGATATACAT
gi|10                         :               cgatttagaatacatgtaaaTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGCCGC---CAAT---CTGTATCCCA-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CT-TTTATGTTTGTA----CA------A------TT-A--TGCTGACA----GTCATC--GT-CGT---C--GT--C--A-----A--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--Ctaccaaacttctgttttaaattttgtatttatttcgattaaatatata
gi|11                         :                                            tatataaaacTTCCG-TTC----C---CAG-----TATATCCAGTGT--T-A-CAGGCACA-T--GTA--AATG-ACC-CT-TCCGTATTTGTACATTCA------GCAT---TT-G--TG-TCACA----GTTGT---TGCCAT---CT-GTACT--A-----G--CGCACTCGTCAGC-ATCTactatatata
gi|12                         :                    ctgacctgtacaagtcaTACC-ATTG-CAAGACTTTTCA-TCCGATGTTGACAAA---CTGTATCCCT-TCA-C-G-CATGAGCA-G--GAA--AACG-ATC-CG-TTTGTATTTGTA----CA------G------TT-A--TGTTCACA----GTCATC--AG-TGC---C--GG--C--A-----A--AACATTCATCTAT-ATCTG---aatcaaacaaggaaagcatttataaaggcacc
gi|14                         :                                   TTTACC--TGAGCACGA-TTTCAAGTCAGACGA---CAAC---TCGTATCCTT-TCA-A-A-CACGAGCA-C--GTG--AATG-AGC-CA-TCTGTTTTTGTA----CA------G------AT-A--TGTTGGCA----GTCATC--TG-TAC---C--AT--G--G-----G--TACATTTGTCTAT-GTCTGTAAGAA-A-TTA-GT-tggatgtaatattatataataataataa
gi|15                         :                         ataaaactgtTTTACC-ATGA-CACAGTGTTCCG-TCTGAACC---CAAA---TTGTAT-CCA-ATATT-G-CAGGAGCA-T--GTG--AAAG-ATC-CA-ATAGTGTTTGTA----CA------T------GT-T--TGATTACA----ATCATC--TG-TGC-------T--C--AGT---G--TGCATTCATCAAT-ATCTG---AAA-t
gi|17                         :                                                                          t---CTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----CA------G------TT-A--TGTTCACA----GTCATC--TG--AT---CCAGT-----A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Atagataaataaaatta
gi|18                         :                         caatgttgactctACC-AAAA-CAAGATTTTACA-TTTGACGC---CAGA---CTGTATACTG-AAT-T-A-CACGAGCATC--GGT--AA-G-ACC-TA-CCTGTGTTTGTA----CA------G------AC-A--TGTTTGCA----GCCTTC---G--GT---A--AT--C--AGT---G--TACATTCATTTAC-ATCTAC--GAA-Acaacaaactatctataagtacgccagcaaatttg
gi|19                         :                                                        taA-TTTGACCC---CAGA---CTGTATCCTG-GAT-T-A-CACGAGCA-A--ATT--AATG-ACC-CC-ACTGTGTTTG--------------------------------GCA----ACCGTC--GG-TAT-------T--CAGA-----G--TACATTCATTTAT-ATCTaaaactatata
gi|2                          :                                                                            ccgTGTATCCAT-GTA-G-A-CAGGAGCA-T--GTG--TATG-AAC-CA-TTCGTATTTGTA----CA------T------GT-T--TGATCGCA----GCCA-----G-AGG---T--GT--C------------ACATTCATTTAT-ATCTG---AAacaatatattatatatgaaaacgacagacgggaatgt
gi|20                         :                                             ttaccaatgcaagtatgcccgtcggaatgtaagaTGTATCCTG-G-A-T-AACACGAGCA-T--GTG--AATGAACC-CA--CTGTATTTGTA----CA------G------AT-A--TGTTGGCA----GCCGTC--GG-TAT-------T--C--A-----GTTTACATTCATTTAT-ATCTttaaaaatataaaatcacaaacttaaggtgaatatggaacacctcttttaaagtgtgccagaactcttatttccatatcaatatat
gi|22                         :                                                                   C---CAGT---TTGTATCCAG-TTT-G-A-CATGTGCA-T--TTGT-AGTT-ACC-C--TCCGTGTTGGTA----CA--------------T-AACTGATCACA----TTCATT--TA--AT---C------C--G-----G--TACATTCGTCAAT-ATCTG---actatagattatatatcaaaacgacaaacgagaatgttg
gi|23                         :                                                                                     cagtcgtat-A-CACGAACA-C--GTG--TAT---CCTCGATCTATGTTTGTG----CA------T------AT-C--TGCTGACAATTAGCCGTA---G-CCT---C--TT--C--A----------CATTCGTTGAT-GTCTG---AAA-tatagaagaacaaaa
gi|24                         :                                                                                                 aACAAGCA-C--ATGTAAACG-ACC-CT-GCCGTATTTATA----CA------caggttgtttat
gi|3                          :                                    TTACC--TGAGCATGACTTTCCG-TCTGCCGC---CAGC---GCGTATCCTT-GTG-T-A-CATGAACA-C--GTG--AATG-ATC-CA-TCTGTGTTGGAG----CA------G------TT-A--TGTTCACA----GCCGTCGGTA-CGG---C--G------G-----G--AACATTCGTCTAT-ATCTA---AAATGGGCATGC-GTAATAAA--CGGTT----A--A----AGTAAAATATAagcagcatttgcaccgtttaacagt
gi|4                          :          atcatttgaaaacatgatggattaacgTACC-GTCA-CATGATTTTCCA-TCTGACCT---CAAC---CTGTACCCCG-ACG-T-G-CACGAGCA-T--GTA--AATG-ACC-CG-TTTGTGTTTGTG----CA------G------TT-G--TGCTTACA----GTCATC--TG-TTT---C--AG--C--C-----G--AGCATTCGTCTAT-ATCTatatacg
gi|5                          :                                                                                    tatcaaaaca-A-CATGAACA-C--TTG--AACG-ACC-CA-ACCGAGTTTAGG----CA------T------AT-A--TCCTGACA----ACCAC------CAT-------T--C--AGAAGTG--CACATTCGTCAAT-ATCTAT--AAA-AGTCA-TTAAT----AAGTCGTTTTGCAA--ACCGGAAAAAAATATaaatatcatgtatgatcatatatatatattagcttcaacgaatat
gi|6                          : gcaagacaatccgtcgttaccaagcttgccgttaggTACC-GTTA-CATG---TTGTA--CCGTCGC---CAGA-----ATAGCCCT--CA-T-G--ACAAGCA-CATGTG--AACG-ACC-CA-TCTGTATTTGTA----CATAGAGCA------TTAA--CACT-ACA----GTTGTC--AG-TCC---C--AG--C--A-----A--CGCATTCATCAAT-ATCTG---GAA-tgatctccatacg
gi|7                          :                      attatttgacaaatataattaagatatgagtaagttccaCCGTCTC---CAG-----TGTATCC-A-GCA-TTG-CAGGCACA-T--GTA--AACG-ACC-CT-GCCGTATTTGTA----CAT-----GCAGCATTT-G--TAC-CACA----GTTGT---TGTCATTTGC--AT--T--A-----G--CGCATTCGTC-ATCATCTc
gi|8                          :                  aaacctgtacaagtcaccTTACCGAT-A-CATGACTTTTTA-CCCAATGT---TGACTCTCTGTACCCCG-GCA-T-A-CACGAGCA-G--GTA--AACG-ATC-CG-TTTGTGTTTGTA----CA------G------TT-A--TGTTCACA----GTCATC--TG-ACC---C--AG--T--A-----G--AGCATTCATCTAT-ATCTA---TAA-Aaatcaagcaagataaatgttcatattattacttaacaaac
gi|9                          :                                  cTTTACC-ATGA-CACGACTTCTGA-TCCGGCGC---CAAT---CTGTATCCCG-ACA-C-A-CATGAGCA-T--GTA--AACG-ACC-CG-TTTATGTTTGTA----CA------A------TT-A--TGCTGACA----GTCGTC--TT-CGT---C--GT--C--A-----G--AACATTCATCTAC-ATCTG---GAA-AGTTA-GT-GT----AA--CATCT----A--ACC--AATAAAATATATATtaacaaactatctataagtacgccaacaaatatg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CGATCTAGAATAGAACTAACCTTTGCAAGTTCGTCCATCGTTTTCCAACACCTGCCCGGTAGGGCAAGAACATATGTACCCTCCATCATTGTTACGACAGCTGATAGGATCTGTACATTTGTTCAGTTCATTATCGTCACATTCATTTACATCTGAAAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGAGCATGTTGTCCCGTCGGCGTTTAGCTGGTATCCTGTAAAACAGCTACACGTGTACCATCCTTTTGTGTTGGTGCATTCGTGTGAGCAGACATTTTGAGAACACTCATCGACATCTGTAATGTTTGAGTGTGTAAGTTAGTAAATT
Unaligned ( gi|21 ): CTGTACATGTTGTACCATCTCCAGTATAATCTTCCTTACATTCACAATCGTACGATCCAACGGTATTGATACAGTTAGCATTGCCATCGCAATCGTTGATACCGTCGGCACATTCATCAATATCTAAT