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Reference ( gi|1 )            :                                                    ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATGTACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTG-TT-ATGTCAATCTACCGGATATC-TCAAACT--C-TG-TTATGTCAATCTACCGGATATCTC-------AA---A--A-T---CA--A----C--ATT-----A-TA---C-CTT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------T-------------C------------A-CAC----TG--TAT--ATCTC-AAACTG--CTGGTTATCTCA---AAC-TAT-TTTC-CTGGT--CTC-C-------TGGAATTTGAGATAATG-AGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
gi|6                          :                                                    ACGGTAACCATTGTCT--CC--TATTTGCAA---CAT--ACAGTCGACTCTTGTTATCTGCTATTCTG-TT-ATGTCGAAGTTCAGCATATC-TCAAA
gi|9                          :                                                                                    aACATAAACAGTCGAC---TGTTATCTCAAACTTTG-TT-AAGCCAAATTAGGGGATATC-TCGAAgttaaaactatagtctcgatattttctgttgatcaaattgtttcttaatattgtcattgtcccttgcaatttgagata
gi|3                          :                                                                                 gtgaataTATATATTCGACTCTGGTTATATCAAACT--GATT-ATGACAAACTACGGGATATC-TCGAAataaaatttagcatccatttatttttactatgtacatcaacgaattttataggtctcgtggactttgaaataacgagagtaaactta
gi|23                         :                                                                                        TATGCAGTTGACTCTCATTATCTCAAAGTCTgaaaaaaatacggcccgttcgtttcttttacaagaacgataggaatcacaccttttatctaaacaaatggttatctcagatattttccttgtcccccgaactttgaaataacaagaggcaac
gi|2                          :                                                                                 tggtccccaTACAGTCGACTTTTGTTATCTCAAACTCAG-TA-ATGTCAAACTGCAGGatttaat
gi|16                         :                                                                          tatcgtaatttggcaaTACGTTTAACTCTCATTATTTAAAACTCTG-TT-GTGTCAAATTACTGGATATC-TCAAAgtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
gi|19                         :                                                                           atttatatatccagaTACAGTCAACTCTCATTATCTCAAA--CTG-TC-ATATTAAACTACAGAAAATC-TCAAAgttaagatccctttatctgttttactttagaaacccac
gi|5                          :                                                                                             aGTCGGCTCTCGTTATCCCAAACTCAG--T-AAGTCAAATTACTGGATATC-ACAAAgtatcaaagtatattcttcttctttttccaatagaaatcacac
gi|8                          :                                                                                           aatGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCAG-TT-AAGTCAAAATACTAGACATC-TCAAAataaaatttatggttttaatatagaaaaaagactgtttatcacaaactactggttatctcaaagtattttccttccccccacctctgaactttcagataacgagagtcaaa
gi|13                         :                                                                              aaataactgataattattTGACTCTTGTT-TCCCAAACTCAG-TT-ATGTTAAACTACAAGATATC-TCAAA---------TTA-AACAATAT----GATCCCT------------------T---CAT-T----T--GTT-----T-TA-----CTG---CA-------G-------AAAT--------------------------------C------------A-CGC----TG--TTT--ATCTC-AAACTA--CCTGATATCtaaaaaattattgtcccttgatttattatagaaaatgcactgtttatctccccccccaccagactttgagataacgagagtgaag
gi|2                          :                                                                                                                     CTG-TTTATCTCAAACTACTGGTTATC-TCAAAaaaagtcaactgagtttt
gi|17                         : tatcgtaatttggcaatacagtcgacttttgttatctcaaactcagtaatgtcaaactgcagggtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcaCTG-TT-ATGTCAAACTAACAGATATC-TCAAAgtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
gi|7                          :                                                                                                                      TA-TT-ATGTCAAGCTACAGGATATT-TTAAAgtaaaaattagtcccttcctttgttttactatagaaatcatacagtttatcttaaattaatggttatctcaaa
gi|7                          :                                                                                                       gatatctgccatttcaccagactgacaATCTGCC--ATTTCACCAGACTGACATA-TTATGTCAAGCTACAGGATATTTTA------AA---A--A-T---AA--A----A--ATC-----A-TGGTCC-CTT--------------------ATGT-TTTTTCTATAGATA---T-------------C------------A-CAC----AG--TTT--ATCTCAAAAGTA--CTGTTTACATCA---AAG-TGT-TCTC-CTGGT--CCC-C-------TTGACCCTGAGaataaaaatcatggtcccttatgttttttctatagatatcacacagtttatctcaaaagtactgtttacatcaaagtgttctcctggtccccttgaccctgagtag
gi|3                          :                                                                                                                                    gatCTGGTTATA-TCAAACT-----GATTATGACAAACTACGGGATATCTCGAAGAAAAA---A--A-TA--CG--G----CCCGTTC----G-TT---T-CTTTTACA-------AGA-----ACGA-TAGGAA-----------T-------------C------------A-CAC----CT--TTT--ATCT--AAACAA--ATGGTTATCTCA---GA--TAT-TTTC-CTTGT--CCC-C-------CGAACTTTGAAATAACA-AGAGGCAtag
gi|2                          :                                                                                                                               tatatattcgactTATC-TCAAACT--C-AG-TAATGTCAAACTGCAGGGTATTTC-------GA---A----T---TA--G----C--ATT-----G-TA---A--TC---CA-------T-------TCAT-TTGT-------------T-------------TTGCTATAGAAATATCAC----TG--TTT--ATCTC-AAACTA--CTGGTTATCTCA---AAG-T-T-TTTC-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTTGAGATAATG-AGAGACAac
gi|5                          :                                                                                                            tatcgtaatttggcaatacagtcgacttttgtTATC-CCAAACT--C-AG-TAA-GTCAAATTACTGGATATCAC-------AA---A--A-T---AA--A----A--TTT-----A-TG---G-TTT---TA-------ATATAGAAAAA----------------------------------------------A-GAC----TG--TTT--ATCAC-AAACTA--CTGGTTATCTCA---AAG-TAT-TTTC-CT--T--CCC-CCCACCTCTGAACTTTCAGATAACG-AGAGTCA
gi|9                          :                                                                                                                             aatgtcggctctcgtTATC-TCAAACT--T-TG-TTAAGCCAAATTAGGGGATATCTC-------GA---A--A-T----A--A----A--ATT-------TA---G-CAT---C-----------------CAT-TTAT-------------T-------------T------------T-TAC----TA--TGT--ACATC-AA----------------CG---A----AT-TTTA-TAGGT--CTC-G-------TGGACTTTGAAATAACG-AGAGTaa
gi|4                          :                                                                                                                   gtgaataacataaacagtcgactgtTATC-TAAAACT--C-T-----------TTTAC-----ATCTC-------AA---A--AGT---AA--A----A--ATT-----A-TAGC-CACTT---CA-------A-------GTGTGTTAC-------------TAAAAT--------C------------A-TATAGTTTA--TAT--ATCTC-CAACTA--TTGGTTATCTCA---AAG-TATGTTTT-CTAGTGACTT-C-------TTGATTTTGAGATAACA-TGAATCAACTaaactta
gi|16                         :                                                                                                                 tcataatagactacagtcgaattgcatTATT-TAAAACT--C-TG-TTGTGTCAAATTACTGGATATCTC-------AA---A--G-T---TA--A----G--ATa
gi|8                          :                                                                                                             atttatatatccagatacgtttaactctcatTATC-TCAAACT--C-AG-TTAAGTCAAAATACTAGACATCTC--------A---A--A-T---AA--AAAATT--ATT-----G-TC---C-CTT---------------------GAT-TTAT-----------------------------------------------------TAT--A---G-AAAATGCACTGTTTATCTC--------------CC-C---C--CCCAC-------CAGACTTTGAGATAACG-AGAGTccctttatctgttttactttagaaacccac
gi|19                         :                                                                                                              aaataactgataattattgtcgactctcgtTATC-TCAAACT-----G-TCATATTAAACTACAGAAAATCTC-------AA---AGTA-T---CA--A-------AGT-----A-TAT--T-CTT---Cgaag
gi|13                         :                                                                                                                             atacagtcaactctcatTC-CCAAACT--C-AG-TTATGTTAAACTACAAGATATCTC-------AAATTA--A-A---CA--A----T--ATG-----A-TC---C-CTT---------------------CAT-TTGT-------------T-------------T--------------TAC----TG--CAG--AAATC-A---CG--CTGTTTATCTCA---AAC-TA-----C-CTGAT--ATC-ttctttttccaatagaaatcacac
gi|17                         :                                                                                                                                             tgactcttgtt--C-TG-TTATGTCAAACTAACAGATATCTC-------AA---A--G-T---AA--A----A--ATT-----AGTC---C-CTT---C-----------------C-T-TTGTTTTACTATAGAAAT-------------C------------A-TAC----AG--TTT--ATCTT-AAATTA--ATGGTTATCTCA---AAaaaagtcaactgagtttt
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gi|10                         :                                                                                                                                                                TATCTTAAACTACAGGATA---C-------AA---A--AGT---AA--A----C--ATT-----A-TGATCC-CTT---TT-------G-------ACAT-TTGT-------------TTTACTTAAGAAATC------------A-TTC----TGATTGTTAACCTC-AAACCA--CAGATAATATCA---AAG-TAT-TT-C-CTGGT--CCT-C-------TGGATTTTGAGATAAT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                         -------ACAT-TTGTG------------T-------------T------------A-CTA----TG--TAG--ATATG-ACAGTG--TTA---ATCTCA---AAG-T------C-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTCGA-ATAACG-AGAata
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                      tgtaaaactatacgatatttccaagtaaaaaaaagtacaaaaagtgtccgt-------ACAT-TTGTG------------T-------------T------------A-CTA----TG--TAG--ATATG-ACAGTG--TTA---ATCTCA---AAG-T------C-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTCGA-ATAACG-AGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tgtaaaactatacgatatttccaagtaaaaaaaagtacaaaaagtgtccgtTC-AAACT---TTGGATATTTCG---AAT-TAT-TTTT-ACAGT--CCC-A-------CGGAATTCGAAATAATG-AGTTTCAACTGTAC--TTTG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TC-AAATTG--TT-----TCTTA---A---TAT-TGTC-ATTGT--CCC-T-------TGCAATTTGAGATA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                     aacggtaaccattgtctcctatttgcaacatacagtcgactcttgttatctgctattctgttatgtcgaagttcagcatatctcaaagttaaaactatagtctcgatattttctgttgaCTA--CTGGTTATCTCA---AAG-TAT-TTTTTCTGGT--CCC-C-------TGGATATTGAGATATCG-AGTGTCA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -CTGGT--CCC-C-------TGGATTTTGGGATAAAG-AGAGTCATCTGTAat
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGGT--CCC-C-------AAGACTTTGAGATAATG-AGAGTCAACTGCATAATTTAAcctatctatgtttgctcactgctcc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GAGTTTGAGATAACA-AAAGTCGACTGTAT-t
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tatcgtaatttggcaAGTTTGAGATAATG-AGAGTTGACTGTAT-agtaatgtcaaactgcagggtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACTCTTTATCTCAATATATGTTAAGTCATATGACACATATCAAAGTAAAATGCATGGTACCTTCGTTTGTTTTACTATAGCAATTACACTGTTTAT
Unaligned ( gi|24 ): AGAGTGATTGTCGCCTTAATATATGTTGTTAACTTACTC






Alignments
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consensus                     :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNG-TTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA--G-TA---AAAAT----T-----A---TA---C-------------C-------TT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------T-----C------------A-C----------------AC----TGTTTATCTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-C-------TGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
Reference ( family-696 )      :                ACGGTAACCATTGTCT--CC--TATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCTG-TTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA--A-TN---AANAT----T-----A---TA---C-------------C-------TT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------T-----C------------A-C----------------AC----TGTNTATCTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-C-------TGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
gi|1                          :                ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATG------TACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTCAAACTCTG-TTATGTCAATCTACCGGATATCTC-AAA--A-TC---AACAT----T-----A---TA---C-------------C-------TT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------T-----C------------A-C----------------AC----TGTATATCTC-AAACT--GCTGGTTATCTCA-A-ACTAT-TTTC-CTGGT--CTC-C-------TGGAATTTGAGATAATGAGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
gi|10                         :                                                                                                                            TATCTTAAACTACAGGATA---C-AAA--AGTA---AACAT----T-----A---TGATCC-------------C-------TT---TT-------G-------ACAT-TTGT-------------T-----TT-----------A-CTTAAGAAATCATTCTGAT----TGTTAACCTC-AAACC--ACAGATAATATCA-A-AGTAT-TT-C-CTGGT--CCT-C-------TGGATTTTGAGATAA
gi|11                         :                                                                                                                caaatgacaggaTATGTCAAAATACTGGATATATC-AAA--G-TATTTAGTACGGTCC-----A---TA---C-------------G-------TG---TA-------AT------ATAA-TTATAGAAG--------G-----G------------A-C----------------AC----TGTTTATCTC-AAACT--ACTGTGTATCCCATATAACAT-ATTT-CTCGT--TCT-C-------TGGACTTTGAGATTACGAAAGTCAAt
gi|12                         :                                                                                                                        TA-TTATCTGAAACTATGTGATATCTC-AAA--G-TA---AAAAT----TTCCTGC---TA---C-------------C-------TT---CACTATTTTA-------TTAT-TAAC-------------T-----C------------A-C----------------AC----AGTTTATCAC-TGACT--GTTGGTTACCTCA-A-AGTAT-TTTC-TAGTT--CCC-C-------TCGATTTTAATAC----ATAGTCAACTGTAta
gi|13                         :                                                                   GACTCTTGTT-TCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTCAAA
gi|13                         :                                                                                                             tTCCCAAACTCAG-TTATGTTAAACTACAAGATATCTC-AAA--T-TA---AACAA----T-----A---TGATCC-------------C-------TT---------------------CAT-TTGTTTTACTGCAGAAAT-----C------------A-C----------------GC----TGTTTATCTC-AAACT--ACCTGATATC-AA-A-AGTttaaacaatatgatcccttcatttgttttactgcagaaatcacgctgtttatctcaaactacctgatatcaaaagtcaactgagtttt
gi|14                         :                                                                                                                   tgactcttgttTGTAAAACTATACGATATTTC-CAA--G-TA---AAAAA----A-----AG--TA---C-------------AAAAAGTGTC---CG-------T-------ACAT-TTGTG------------T-----T------------A-C----------------TA----TGTAGATAT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTCGA-ATAACGAGAcaactgagtttt
gi|15                         :                                                                                                                              TGTAAAACTATACGATATTTC-CAA--G-TA---AAAAA----A-----AG--TA---C-------------AAAAAGTGTC---CG-------T-------ACAT-TTGTG------------T-----T------------A-C----------------TA----TGTAGATAT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTCGA-ATAACGAGA
gi|16                         :                                                  CAGA------TACGTTTAACTCTCATTATTTAAAACTCTGTTGTGTCAAATTACTGGATATCTCAAA
gi|17                         :                                                                                                            atttatatatcCTG-TTATGTCAAACTAACAGATATCTC-AAA--G-TA---AAAAT----T-----AG--TC---C-------------C-------TT---C-----------------C-T-TTGTTTTACTATAGAAAT-----C------------A-T----------------AC----AGTTTATCTT-AAATT--AATGGTTATCTCA-A-Agttaagatccctttatctgttttactttagaaacccac
gi|19                         :                                                     A------TACAGTCAACTCTCATTATCTCAAA--CTGTCATATTAAACTACAGAAAATCTCAAA
gi|19                         :                                                                                                            TATCTCAAACT--G-TCATATTAAACTACAGAAAATCTC-AAAGTA-TC---AA-AG----T-----A---TAT--T-------------C-------TT---Cgtatcaaagtatattcttcttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                    atacagtcaactctcatA------TACAGTCGACTTTTGTTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGGTATTTCGAATTttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                                                                             tatcgtaatttggcaTATCTCAAACTCAG-TAATGTCAAACTGCAGGGTATTTC-GAA----TT---AGCAT----T-----G---TA---A---------------------TC---CA-------T-------TCAT-TTGT-------------T-----TTGCTATAGAAATATC----------------AC----TGTTTATCTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGT-T-TTTC-CTGGT--CTC-C-------TGGACTTTGAGATAATGAGAGACAagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
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gi|21                         :                                           GCAA--ACATAGATAGGTACAGATGACTCTCTTTATCCCAAAATCcctatctatgtttgctcactgctcc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctggtcccctgCT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTTTCTGGT--CCC-C-------TGGATATTGAGATATCGAGTGTCAAtcactgctcc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGGT--CCC-C-------AAGACTTTGAGATAATGAGAGTCAACTGCATAATTTAAt
gi|3                          :                                                                                           TATATTCGACT-CTGGTTATATCAAACT--GATTATGACAAACTACGGGATATCTC-GAA--G-AA---AAAA-----------A---TA---CGGCCCGTTCGTTTC-------TTTTACA-------AGA-----ACGA-TAGGAA-----------T-----C------------A-C----------------AC----CTTTTATCT--AAACA--AATGGTTATCTCA-G-A-TAT-TTTC-CTTGT--CCC-C-------CGAACTTTGAAATAACAAGAGGCAACt
gi|4                          :                                                                                               taAGACTACAG------TCGAATTGCA-TTATCTAAAACTCTTTTACATCTC-AAA--AGTA---AAAAT----T-----A---TAGC-CA------------C-------TT---CA-------A-------GTGTGTTAC-------------TAAAATC------------A-T----------------ATAGTTTATATATCTC-CAACT--ATTGGTTATCTCA-A-AGTATGTTTT-CTAGTGACTT-C-------TTGATTTTGAGATAACATGAATCAACT
gi|5                          :                                                         tcataatGTCGGCTCTCGTTATCCCAAACTCAG-TAAGTCAAATTACTGGATATCa
gi|5                          :                                                                                                         aatTATCCCAAACTCAG-TAA-GTCAAATTACTGGATATCAC-AAA--A-TA---AAATT----T-----A---TG---G-------------T-------TT---TA-------ATATAGAAAAA--------------------------------------A-G----------------AC----TGTTTATCAC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CT--T--CCC-CCCACCTCTGAACTTTCAGATAACGAGAGTCAAacaaaataaaatttatggttttaatatagaaaaaagactgtttatcacaaactactggttatctcaaagtattttccttccccccacctctgaactttcagataacgagagtcaaa
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gi|8                          :                                                                                          aaataactgataattattTATCTCAAACTCAG-TTAAGTCAAAATACTAGACATCTC-AAA--T-AA---AAAAT----T-----ATTGTC---C-------------C-------TT---------------------GAT-TTAT-----------------------------------------------------------TATA---G-AAAATGCACTGTTTATCTC------------CC-C---C--CCCAC-------CAGACTTTGAGATAACGAGAGTGAAtaaaaaattattgtcccttgatttattatagaaaatgcactgtttatctccccccccaccagactttgagataacgagagtgaag
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gi|9                          :                                                                                                      gtgaatTATCTCAAACTTTG-TTAAGCCAAATTAGGGGATATCTC-GAA--A-T----AAAAT----T---------TA---G-------------C-------AT---C-----------------CAT-TTAT-------------T-----T------------T-T----------------AC----TATGTA---C-A----------------TCA-A-CGAAT-TTTA-TAGGT--CTC-G-------TGGACTTTGAAATAACGAGAGTAAACTataaaatttagcatccatttatttttactatgtacatcaacgaattttataggtctcgtggactttgaaataacgagagtaaactta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA------AA-A---AT-T-----A-T---A---C-------------C-------TT---CA---------------ACGT-TTGT-------------TC------------A-C----------------ACTGTT----TATCTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-C-------TGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
Reference ( family-696 )      :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA------AA-A---AT-T-----A-T---A---C-------------C-------TT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------TC------------A-C----------------ACTGTT----TATCTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-C-------TGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
gi|1                          :                ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATG------TACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTC-AAA-ATC------AA-C---AT-T-----A-T---A---C-------------C-------TT---CA-------A-------ACAT-TTGT-------------TC------------A-C----------------ACTGTA----TATCTC-AAACT--GCTGGTTATCTCA-A-ACTAT-TTTC-CTGGT--CTC-C-------TGGAATTTGAGATAATGAGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
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gi|13                         :                                                                                                             tTCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTC-AAA-TTA------AACA---ATATG----A-T---C---C-------------C-------TT---------------------CAT-TTGTTTTACTGCAGAAATC------------A-C----------------GCTGTT----TATCTC-AAACT--ACCTGATATC-AA-A-AGTttaaacaatatgatcccttcatttgttttactgcagaaatcacgctgtttatctcaaactacctgatatcaaaagtcaactgagtttt
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lowQualScore                  :                            .   ..  ....       ...    ......                            .               .              ..    .          .         .   .   .  . .............................................................................................................................................      ....  ..     ....  .        . .   . .    .  .  ..   .......                                ..     
lowQualScore                  :                            0   00  5555       000    444444                            6               0              88    3          1         1   2   1  1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222      0000  11     6666  6        2 2   6 5    4  5  11   4444444                                77     
consensus                     :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTC------A-ACGTTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-------CTGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
Reference ( family-696 )      :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTC------A-ACGTTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-------CTGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
gi|1                          :                ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATG------TACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTC-AAA-ATC-AA-C---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTCA-----A-ACATTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTATAT----CTC-AAACT--GCTGGTTATCTCA-A-ACTAT-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGAATTTGAGATAATGAGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
gi|10                         :                                                                                                                           TATCTTAAACTACAGGATA---C-AAAAGTA-AA-C---A---T-T-----A-T---GATCC----C-------------T-TTT------G-ACATTT--------G------T-------------T--------TT-----------A-CTTAAGAAATCATTCTGA-----TTGTTAAC----CTC-AAACC--ACAGATAATATCA-A-AGTAT-TT-C-CTGGT--CCT-------CTGGATTTTGAGATAA
gi|11                         :                                                                                                               caaatgacaggaTATGTCAAAATACTGGATATATC-AAA-GTA-T----------T-T-----AGT---A--------C-------------GGTCC------ATACGTGT--------AATATAAT-------------T--------ATAGAAGGG----A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGTGTATCCCATATAACAT-ATTT-CTCGT--TCT-------CTGGACTTTGAGATTACGAAAGTCAAt
gi|12                         :                                                                                                                          TTATCTGAAACTATGTGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-TTCCTGC-T---A--------C-------------C-TTC------A-CTATTTTATTATTAA------C-------------T--------C------------A-C----------------A-----CAGTTTAT----CAC-TGACT--GTTGGTTACCTCA-A-AGTAT-TTTC-TAGTT--CCC-------CTCGATTTTAATAC----ATAGTCAACTGTAta
gi|13                         :                                                                 taGACTCTTGTT-TCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTCAAA
gi|13                         :                                                                                                             tTCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTC-AAA-TTA-AACA---A---TATG----A-T---C--------C-------------C-TTC------A----TTT--------G------TTTTACTGCAGAAAT--------C------------A-C----------------G-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACCTGATATC-AA-A-AGTttaaacaatatgatcccttcatttgttttactgcagaaatcacgctgtttatctcaaactacctgatatcaaaagtcaactgagtttt
gi|14                         :                                                                                                                  tgactcttgttTGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGAcaactgagtttt
gi|15                         :                                                                                                                             TGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGA
gi|16                         :                                                  CAGA------TACGTTTAACTCTCATTATTTAAAACTCTGTTGTGTCAAATTACTGGATATCTCAAA
gi|16                         :                                                                                                 atttatatatcTATTTAAAACTCTGTTGTGTCAAATTACTGGATATCTC-AAA-GTT-AA-G---A---T-C--------------------C-------------C-TTT------A----TCT--------G------T-------------T--------gttaagatccctttatctgttttactttagaaacccac
gi|17                         :                                                                                        atttatatatccagatacgtttaactctcatCTGTTATGTCAAACTAACAGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----AGT---C--------C-------------C-TTC---------C-TTT--------G------TTTTACTATAGAAAT--------C------------A-T----------------A-----CAGTTTAT----CTT-AAATT--AATGGTTATCTCA-A-Attactttagaaacccac
gi|18                         :                                                                                                            TATCTCAATATATGTTAAGTCATATGAC---ACATATC-AAA-GTA-AA-ATGCA---T-G-----G-T---A--------C-------------C-TT----------CGTTT--------G------TTTTACTATAGCAAT--------T------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----
gi|19                         :                                            ttgactcttA------TACAGTCAACTCTCATTATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTCAAA
gi|19                         :                                                                                                            TATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTC-AAA-GTATCA-A---A---G-T-----A-T---AT-------T-------------C-TTC------gtatcaaagtatattcttcttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                    atacagtcaactctcatA------TACAGTCGACTTTTGTTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                                                                             tatcgtaatttggcaTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGGTATTTC-GAA-TTA-GC-A-------T-T-----G-T---AAT------C-------------CATTC------A----TTT--------G------T-------------T--------TTGCTATAGAAATATC----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGT-T-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGACTTTGAGATAATGAGAGACAgtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatcgtaatttggcaatacagtcgacttttgtTC-AAACT---TTGGATATTTCG-A-ATTAT-TTTT-ACAGT--CCC-------ACGGAATTCGAAATAATGAGTTTCAACTGTAC--TTTG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -CTGGT--CCC-------CTGGATTTTGGGATAAAGAGAGTCATCTGTA
gi|21                         :                                           GCAA--ACATAGATAGGTACAGATGACTCTCTTTATCCCAAAATCcctatctatgtttgctcactgctcc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctggtcccctgCT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTTTCTGGT--CCC-------CTGGATATTGAGATATCGAGTGTCAAtcactgctcc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGGT--CCC-------CAAGACTTTGAGATAATGAGAGTCAACTGCATAATTTAAt
gi|3                          :                                                                                           TATATTCGACT-CTGGTTATATCAAACT-GATTATGACAAACTACGGGATATCTC-GAA-GAA-AA-A---A-----------A-T---A--------CGGCCCGTTCGTTTC-TTTTACAAGA-ACGATA--------G------GAA-----------T--------C------------A-C----------------A-----CCTTTTAT----CT--AAACA--AATGGTTATCTCA-G-A-TAT-TTTC-CTTGT--CCC-------CCGAACTTTGAAATAACAAGAGGCAACt
gi|4                          :                                                                                               taAGACTACAG------TCGAATTGCATTATCTAAAACTCTTTTACATCTC-AAAAGTA-AA-A---A---T-T-----A-T---AGC------CA------------C-TTC------A-A-GTGT--------G------T-------------TACTAAAATC------------A-T----------------A-----TAGTTTATATATCTC-CAACT--ATTGGTTATCTCA-A-AGTATGTTTT-CTAGTGACTT-------CTTGATTTTGAGATAACATGAATCAACT
gi|5                          :                                                         tcataatGTCGGCTCTCGTTATCCCAAACTCAG-TAAGTCAAATTACTGGATATCa
gi|5                          :                                                                                                         aatTATCCCAAACTCAGTAA-GTCAAATTACTGGATATCAC-AAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-T---G--------G-------------T-TTT------A-A----T--------A------T-------------A--------G------------A-A----------------AAAAGACTGTTTAT----CAC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CT--T--CCCCCCACCTCTGAACTTTCAGATAACGAGAGTCAAacaaaataaaatttatggttttaatatagaaaaaagactgtttatcacaaactactggttatctcaaagtattttccttccccccacctctgaactttcagataacgagagtcaaa
gi|6                          : aatgtcggctctcgtACGGTAACCATTGTCT--CC--TATTTGCAA-----CA------TACAGTCGACTCTTGTTATCTGCTATTCTGTTATGTCGAAGTTCAGCATATCTCAAA----GTTA----AAACTATAG----TCTC-GA-------------------T-----A-T------------------------------------------TTT----------------------------------------------------------------------------CTGTTGA------TC-AAATT------GTT-TCTTA-A---TAT-TGTC-ATTGT--CCC-------TTGCAATTTGAGATAa
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gi|8                          :                                   gatatctgccatttcaccagactgacataGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTCAAAtag
gi|8                          :                                                                                          aaataactgataattattTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTC-AAA-TAA-AA-A---A---T-T-----A-TTGTC--------C-------------C-TTG------A----TTT--------A------T-------------T---------------------A-T----------------A-------G-------------AAAATGCACTGTTTATCTC-------------C-CC--C--CCCA------CCAGACTTTGAGATAACGAGAGTGAAtaaaaaattattgtcccttgatttattatagaaaatgcactgtttatctccccccccaccagactttgagataacgagagtgaag
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gi|9                          :                                                                                                      gtgaatTATCTCAAACTTTGTTAAGCCAAATTAGGGGATATCTC-GAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-----G--------C-------------A-TCC------A----TTT--------A------T-------------T-------------------------------------------------TTT------------ACT--A-TG--TACATCA-A-CGAAT-TTTA-TAGGT--CTC-------GTGGACTTTGAAATAACGAGAGTAAACTataaaatttagcatccatttatttttactatgtacatcaacgaattttataggtctcgtggactttgaaataacgagagtaaactta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGAGTGATTGTCGCCTTAATATATGTTGTTAACTTACTC






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Reference ( family-696 )      :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTC------A-ACGTTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-------CTGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
gi|1                          :                ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATG------TACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTC-AAA-ATC-AA-C---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTCA-----A-ACATTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTATAT----CTC-AAACT--GCTGGTTATCTCA-A-ACTAT-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGAATTTGAGATAATGAGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
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gi|11                         :                                                                                                               caaatgacaggaTATGTCAAAATACTGGATATATC-AAA-GTA-T----------T-T-----AGT---A--------C-------------GGTCC------ATACGTGT--------AATATAAT-------------T--------ATAGAAGGG----A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGTGTATCCCATATAACAT-ATTT-CTCGT--TCT-------CTGGACTTTGAGATTACGAAAGTCAAt
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gi|13                         :                                                                 taGACTCTTGTT-TCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTCAAA
gi|13                         :                                                                                                             tTCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTC-AAA-TTA-AACA---A---TATG----A-T---C--------C-------------C-TTC------A----TTT--------G------TTTTACTGCAGAAAT--------C------------A-C----------------G-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACCTGATATC-AA-A-AGTttaaacaatatgatcccttcatttgttttactgcagaaatcacgctgtttatctcaaactacctgatatcaaaagtcaactgagtttt
gi|14                         :                                                                                                                  tgactcttgttTGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGAcaactgagtttt
gi|15                         :                                                                                                                             TGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGA
gi|16                         :                                                  CAGA------TACGTTTAACTCTCATTATTTAAAACTCTGTTGTGTCAAATTACTGGATATCTCAAA
gi|16                         :                                                                                                 atttatatatcTATTTAAAACTCTGTTGTGTCAAATTACTGGATATCTC-AAA-GTT-AA-G---A---T-C--------------------C-------------C-TTT------A----TCT--------G------T-------------T--------gttaagatccctttatctgttttactttagaaacccac
gi|17                         :                                                                                        atttatatatccagatacgtttaactctcatCTGTTATGTCAAACTAACAGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----AGT---C--------C-------------C-TTC---------C-TTT--------G------TTTTACTATAGAAAT--------C------------A-T----------------A-----CAGTTTAT----CTT-AAATT--AATGGTTATCTCA-A-Attactttagaaacccac
gi|18                         :                                                                                                            TATCTCAATATATGTTAAGTCATATGAC---ACATATC-AAA-GTA-AA-ATGCA---T-G-----G-T---A--------C-------------C-TT----------CGTTT--------G------TTTTACTATAGCAAT--------T------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----
gi|19                         :                                            ttgactcttA------TACAGTCAACTCTCATTATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTCAAA
gi|19                         :                                                                                                            TATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTC-AAA-GTATCA-A---A---G-T-----A-T---AT-------T-------------C-TTC------gtatcaaagtatattcttcttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                    atacagtcaactctcatA------TACAGTCGACTTTTGTTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                                                                             tatcgtaatttggcaTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGGTATTTC-GAA-TTA-GC-A-------T-T-----G-T---AAT------C-------------CATTC------A----TTT--------G------T-------------T--------TTGCTATAGAAATATC----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGT-T-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGACTTTGAGATAATGAGAGACAgtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatcgtaatttggcaatacagtcgacttttgtTC-AAACT---TTGGATATTTCG-A-ATTAT-TTTT-ACAGT--CCC-------ACGGAATTCGAAATAATGAGTTTCAACTGTAC--TTTG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -CTGGT--CCC-------CTGGATTTTGGGATAAAGAGAGTCATCTGTA
gi|21                         :                                           GCAA--ACATAGATAGGTACAGATGACTCTCTTTATCCCAAAATCcctatctatgtttgctcactgctcc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctggtcccctgCT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTTTCTGGT--CCC-------CTGGATATTGAGATATCGAGTGTCAAtcactgctcc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGGT--CCC-------CAAGACTTTGAGATAATGAGAGTCAACTGCATAATTTAAt
gi|3                          :                                                                                           TATATTCGACT-CTGGTTATATCAAACT-GATTATGACAAACTACGGGATATCTC-GAA-GAA-AA-A---A-----------A-T---A--------CGGCCCGTTCGTTTC-TTTTACAAGA-ACGATA--------G------GAA-----------T--------C------------A-C----------------A-----CCTTTTAT----CT--AAACA--AATGGTTATCTCA-G-A-TAT-TTTC-CTTGT--CCC-------CCGAACTTTGAAATAACAAGAGGCAACt
gi|4                          :                                                                                               taAGACTACAG------TCGAATTGCATTATCTAAAACTCTTTTACATCTC-AAAAGTA-AA-A---A---T-T-----A-T---AGC------CA------------C-TTC------A-A-GTGT--------G------T-------------TACTAAAATC------------A-T----------------A-----TAGTTTATATATCTC-CAACT--ATTGGTTATCTCA-A-AGTATGTTTT-CTAGTGACTT-------CTTGATTTTGAGATAACATGAATCAACT
gi|5                          :                                                         tcataatGTCGGCTCTCGTTATCCCAAACTCAG-TAAGTCAAATTACTGGATATCa
gi|5                          :                                                                                                         aatTATCCCAAACTCAGTAA-GTCAAATTACTGGATATCAC-AAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-T---G--------G-------------T-TTT------A-A----T--------A------T-------------A--------G------------A-A----------------AAAAGACTGTTTAT----CAC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CT--T--CCCCCCACCTCTGAACTTTCAGATAACGAGAGTCAAacaaaataaaatttatggttttaatatagaaaaaagactgtttatcacaaactactggttatctcaaagtattttccttccccccacctctgaactttcagataacgagagtcaaa
gi|6                          : aatgtcggctctcgtACGGTAACCATTGTCT--CC--TATTTGCAA-----CA------TACAGTCGACTCTTGTTATCTGCTATTCTGTTATGTCGAAGTTCAGCATATCTCAAA----GTTA----AAACTATAG----TCTC-GA-------------------T-----A-T------------------------------------------TTT----------------------------------------------------------------------------CTGTTGA------TC-AAATT------GTT-TCTTA-A---TAT-TGTC-ATTGT--CCC-------TTGCAATTTGAGATAa
gi|7                          :                                                                                                                         aTTATGTCAAGCTACAGGATATTTTAAAA-ATA-AA-A---A---T-C-----A-T---GGTC-----C-------------C-TT---------ATGTTT--------T------TTCTATAGATA---T--------C------------A-C----------------A-----CAGTTTAT----CTCAAAAGT--ACTGTTTACATCA-A-AGTGT-TCTC-CTGGT--CCC-------CTTGACCCTGAG
gi|8                          :                                   gatatctgccatttcaccagactgacataGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTCAAAtag
gi|8                          :                                                                                          aaataactgataattattTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTC-AAA-TAA-AA-A---A---T-T-----A-TTGTC--------C-------------C-TTG------A----TTT--------A------T-------------T---------------------A-T----------------A-------G-------------AAAATGCACTGTTTATCTC-------------C-CC--C--CCCA------CCAGACTTTGAGATAACGAGAGTGAAtaaaaaattattgtcccttgatttattatagaaaatgcactgtttatctccccccccaccagactttgagataacgagagtgaag
gi|9                          :                aaataactgataattattgtcgactctcgtA--ACATA------AACAGTCGACT---GTTATCTCAAACTTTGTTAAGCCAAATTAGGGGATATCTCGAAg
gi|9                          :                                                                                                      gtgaatTATCTCAAACTTTGTTAAGCCAAATTAGGGGATATCTC-GAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-----G--------C-------------A-TCC------A----TTT--------A------T-------------T-------------------------------------------------TTT------------ACT--A-TG--TACATCA-A-CGAAT-TTTA-TAGGT--CTC-------GTGGACTTTGAAATAACGAGAGTAAACTataaaatttagcatccatttatttttactatgtacatcaacgaattttataggtctcgtggactttgaaataacgagagtaaactta


blockSeqs                     :                            G   .   TA         A      GATAGG                            A               A              CA               A         A   A   T  C ATTATGATCCCTTTTGACATTTGTTTTACTTAAGAAATCATTCTGATT                                                                                                   ATAT  CA     GCAC           T T   A G    T  G  GA   CCCACCT                                AA
blockSeqs                     :                                               A      .                                 T               T              CT               T         .   A   .  . AATACGGCCCGTTCGTTTCTTTTACAAGAACGATAGGAATCACACC                                                                                                     .     C      AC             . .   A .    .  C  .    A                                      . 
blockSeqs                     :                                               .      .                                 A               A              CT               G         .   .   .  . TTAGTACGGTCCATACGTGTAATATAATTATAGAAGGGACACT                                                                                                        .     C      AC             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                      .                                 A               A              AT               A         .   .   .  . ATTTCCTGCTACCTTCACTATTTTATTATTAACTCACACA                                                                                                           .     C      GT             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                      .                                 T               T              CA               A         .   .   .  . TGCATGGTACCTTCGTTTGTTTTACTATAGCAATTACACT                                                                                                           .     C      AC             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                      .                                 A               A              GC               A         .   .   .  . ATATGATCCCTTCATTTGTTTTACTGCAGAAATCACGCT                                                                                                            .     T      AG             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                        T               T              CA               T         .   .   .  . TTGTAATCCATTCATTTGTTTTGCTATAGAAATATCACT                                                                                                            .     C      AG             . .   A .    .  A  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                        .               A              CA               C         .   .   .  . ATTAGTCCCTTCCTTTGTTTTACTATAGAAATCATACA                                                                                                             .     C      AA             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                        T              TT               A         .   .   .  . ATCATGGTCCCTTATGTTTTTTCTATAGATATCACACA                                                                                                             .     C      AC             . .   A .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                        G              G                A         .   .   .  . AAAAGTACAAAAAGTGTCCGTACATTTGTGTTACTAT                                                                                                              .     C      AC             . .   G .    .  G  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                       .                G         .   .   .  . AAAAGTACAAAAAGTGTCCGTACATTTGTGTTACTAT                                                                                                              .     C      AA             . .   A .    .  T  .    .                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                       .                T         .   .   .  . ATTATAGCCACTTCAAGTGTGTTACTAAAATCATATA                                                                                                              .     .      AT             . .   . .    .  A  .    .                                        
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGAGTGATTGTCGCCTTAATATATGTTGTTAACTTACTC






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Reference ( family-696 )      :                ACGGTAGCCATTGTCTGACCAGTATTTGCAA--ACATA------TACAGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTCAAACTCNGTTATGTCAAACTACNGGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTC------A-ACGTTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CTGGT--CCC-------CTGGACTTTGAGATAACGAGAGTCAACTGTAT-ATTTGA
gi|1                          :                ATGGTAGTCATT-TCTGACCAGT-TTTGCAAGTACATG------TACAGTTGACCCTTGTTATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTCAAACTCTGTTATGTCAATCTACCGGATATCTC-AAA-ATC-AA-C---A---T-T-----A-T---A--------C-------------C-TTCA-----A-ACATTT--------G------T-------------T--------C------------A-C----------------A-----CTGTATAT----CTC-AAACT--GCTGGTTATCTCA-A-ACTAT-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGAATTTGAGATAATGAGAGTCACCTGTAT-ATTTGA
gi|10                         :                                                                                                                           TATCTTAAACTACAGGATA---C-AAAAGTA-AA-C---A---T-T-----A-T---GATCC----C-------------T-TTT------G-ACATTT--------G------T-------------T--------TT-----------A-CTTAAGAAATCATTCTGA-----TTGTTAAC----CTC-AAACC--ACAGATAATATCA-A-AGTAT-TT-C-CTGGT--CCT-------CTGGATTTTGAGATAA
gi|11                         :                                                                                                               caaatgacaggaTATGTCAAAATACTGGATATATC-AAA-GTA-T----------T-T-----AGT---A--------C-------------GGTCC------ATACGTGT--------AATATAAT-------------T--------ATAGAAGGG----A-C----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGTGTATCCCATATAACAT-ATTT-CTCGT--TCT-------CTGGACTTTGAGATTACGAAAGTCAAt
gi|12                         :                                                                                                                          TTATCTGAAACTATGTGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-TTCCTGC-T---A--------C-------------C-TTC------A-CTATTTTATTATTAA------C-------------T--------C------------A-C----------------A-----CAGTTTAT----CAC-TGACT--GTTGGTTACCTCA-A-AGTAT-TTTC-TAGTT--CCC-------CTCGATTTTAATAC----ATAGTCAACTGTAta
gi|13                         :                                                                 taGACTCTTGTT-TCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTCAAA
gi|13                         :                                                                                                             tTCCCAAACTCAGTTATGTTAAACTACAAGATATCTC-AAA-TTA-AACA---A---TATG----A-T---C--------C-------------C-TTC------A----TTT--------G------TTTTACTGCAGAAAT--------C------------A-C----------------G-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACCTGATATC-AA-A-AGTttaaacaatatgatcccttcatttgttttactgcagaaatcacgctgtttatctcaaactacctgatatcaaaagtcaactgagtttt
gi|14                         :                                                                                                                  tgactcttgttTGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGAcaactgagtttt
gi|15                         :                                                                                                                             TGTAAAACTATACGATATTTC-CAA-GTA-AA-A---AAAAG-T-----A-C---AAAAAGTGTC-------------C-GT---------ACATTT--------G------TG------------T--------T------------A-C----------------T-----ATGTAGAT----AT---GAC---AGTGTTAATCTCA-A-AGT------C-CTGGT--CTC-------CTGGACTTCGA-ATAACGAGA
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gi|17                         :                                                                                        atttatatatccagatacgtttaactctcatCTGTTATGTCAAACTAACAGATATCTC-AAA-GTA-AA-A---A---T-T-----AGT---C--------C-------------C-TTC---------C-TTT--------G------TTTTACTATAGAAAT--------C------------A-T----------------A-----CAGTTTAT----CTT-AAATT--AATGGTTATCTCA-A-Attactttagaaacccac
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gi|19                         :                                            ttgactcttA------TACAGTCAACTCTCATTATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTCAAA
gi|19                         :                                                                                                            TATCTCAAACT--GTCATATTAAACTACAGAAAATCTC-AAA-GTATCA-A---A---G-T-----A-T---AT-------T-------------C-TTC------gtatcaaagtatattcttcttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                    atacagtcaactctcatA------TACAGTCGACTTTTGTTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGttctttttccaatagaaatcacac
gi|2                          :                                                                                             tatcgtaatttggcaTATCTCAAACTCAGTAATGTCAAACTGCAGGGTATTTC-GAA-TTA-GC-A-------T-T-----G-T---AAT------C-------------CATTC------A----TTT--------G------T-------------T--------TTGCTATAGAAATATC----------------A-----CTGTTTAT----CTC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGT-T-TTTC-CTGGT--CTC-------CTGGACTTTGAGATAATGAGAGACAgtatttcgaattagcattgtaatccattcatttgttttgctatagaaatatcactgtttatctcaaactactggttatctcaaagtttttcctggtctcctggactttgagataatgagagaca
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tatcgtaatttggcaatacagtcgacttttgtTC-AAACT---TTGGATATTTCG-A-ATTAT-TTTT-ACAGT--CCC-------ACGGAATTCGAAATAATGAGTTTCAACTGTAC--TTTG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -CTGGT--CCC-------CTGGATTTTGGGATAAAGAGAGTCATCTGTA
gi|21                         :                                           GCAA--ACATAGATAGGTACAGATGACTCTCTTTATCCCAAAATCcctatctatgtttgctcactgctcc
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctggtcccctgCT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTTTCTGGT--CCC-------CTGGATATTGAGATATCGAGTGTCAAtcactgctcc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TGGT--CCC-------CAAGACTTTGAGATAATGAGAGTCAACTGCATAATTTAAt
gi|3                          :                                                                                           TATATTCGACT-CTGGTTATATCAAACT-GATTATGACAAACTACGGGATATCTC-GAA-GAA-AA-A---A-----------A-T---A--------CGGCCCGTTCGTTTC-TTTTACAAGA-ACGATA--------G------GAA-----------T--------C------------A-C----------------A-----CCTTTTAT----CT--AAACA--AATGGTTATCTCA-G-A-TAT-TTTC-CTTGT--CCC-------CCGAACTTTGAAATAACAAGAGGCAACt
gi|4                          :                                                                                               taAGACTACAG------TCGAATTGCATTATCTAAAACTCTTTTACATCTC-AAAAGTA-AA-A---A---T-T-----A-T---AGC------CA------------C-TTC------A-A-GTGT--------G------T-------------TACTAAAATC------------A-T----------------A-----TAGTTTATATATCTC-CAACT--ATTGGTTATCTCA-A-AGTATGTTTT-CTAGTGACTT-------CTTGATTTTGAGATAACATGAATCAACT
gi|5                          :                                                         tcataatGTCGGCTCTCGTTATCCCAAACTCAG-TAAGTCAAATTACTGGATATCa
gi|5                          :                                                                                                         aatTATCCCAAACTCAGTAA-GTCAAATTACTGGATATCAC-AAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-T---G--------G-------------T-TTT------A-A----T--------A------T-------------A--------G------------A-A----------------AAAAGACTGTTTAT----CAC-AAACT--ACTGGTTATCTCA-A-AGTAT-TTTC-CT--T--CCCCCCACCTCTGAACTTTCAGATAACGAGAGTCAAacaaaataaaatttatggttttaatatagaaaaaagactgtttatcacaaactactggttatctcaaagtattttccttccccccacctctgaactttcagataacgagagtcaaa
gi|6                          : aatgtcggctctcgtACGGTAACCATTGTCT--CC--TATTTGCAA-----CA------TACAGTCGACTCTTGTTATCTGCTATTCTGTTATGTCGAAGTTCAGCATATCTCAAA----GTTA----AAACTATAG----TCTC-GA-------------------T-----A-T------------------------------------------TTT----------------------------------------------------------------------------CTGTTGA------TC-AAATT------GTT-TCTTA-A---TAT-TGTC-ATTGT--CCC-------TTGCAATTTGAGATAa
gi|7                          :                                                                                                                         aTTATGTCAAGCTACAGGATATTTTAAAA-ATA-AA-A---A---T-C-----A-T---GGTC-----C-------------C-TT---------ATGTTT--------T------TTCTATAGATA---T--------C------------A-C----------------A-----CAGTTTAT----CTCAAAAGT--ACTGTTTACATCA-A-AGTGT-TCTC-CTGGT--CCC-------CTTGACCCTGAG
gi|8                          :                                   gatatctgccatttcaccagactgacataGTCGACTCTCGTTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTCAAAtag
gi|8                          :                                                                                          aaataactgataattattTATCTCAAACTCAGTTAAGTCAAAATACTAGACATCTC-AAA-TAA-AA-A---A---T-T-----A-TTGTC--------C-------------C-TTG------A----TTT--------A------T-------------T---------------------A-T----------------A-------G-------------AAAATGCACTGTTTATCTC-------------C-CC--C--CCCA------CCAGACTTTGAGATAACGAGAGTGAAtaaaaaattattgtcccttgatttattatagaaaatgcactgtttatctccccccccaccagactttgagataacgagagtgaag
gi|9                          :                aaataactgataattattgtcgactctcgtA--ACATA------AACAGTCGACT---GTTATCTCAAACTTTGTTAAGCCAAATTAGGGGATATCTCGAAg
gi|9                          :                                                                                                      gtgaatTATCTCAAACTTTGTTAAGCCAAATTAGGGGATATCTC-GAA-ATA-AA-A---T---T-T-----A-----G--------C-------------A-TCC------A----TTT--------A------T-------------T-------------------------------------------------TTT------------ACT--A-TG--TACATCA-A-CGAAT-TTTA-TAGGT--CTC-------GTGGACTTTGAAATAACGAGAGTAAACTataaaatttagcatccatttatttttactatgtacatcaacgaattttataggtctcgtggactttgaaataacgagagtaaactta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): AGAGTGATTGTCGCCTTAATATATGTTGTTAACTTACTC