lowQualScore : 1 33333333333 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333333333 1 11111111111 11 22222
lowQualScore : 7 6 88 0 88888888888 6 111 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 0 44444444444 66 666 2 888 44444
lowQualScore : . . .. . ........... . ... . ..................................................... ............... . ........... .. ... . ... .....
lowQualScore : 0 0 00 8 88888888888 7 777 7 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222 9 11111111111 66 444 8 888 55555
consensus : TATATAGACCCTTTCAA--A-GTT--ATTCATCA---GAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C--A--T----AGAC-----GGACA--NGGGTAN-----CACTTAATGCCCCTTCA-NC-A---TTCTTCGAA-NGGC--GGGGGCAT---AAAAACGT----ACGTTTCGT
Reference ( gi|6 ) : TAAACAGACTCTTTCCA--A-GAT--ATTCATCA---GAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C--A--T----AGAC-----GGACA--TGGGTGT-----CACTAAATGTCCCTTCA-GC-A---TTATTTGAA-AGGT--GGGGACAT---AAAAATAT----ACATTTCATA
gi|8 : TATATAGACCATTTCAA--ATGTT--CTTCATCA---GAA-ACCAA------------------------------------A--T----TAAT-----GGACA---GGGTAC-----AACTAAATGCCTCTTCA-CC-AGTCTTAT
gi|5 : atatcaaatataagttcaaTATATAGACCCTTTCAT--A-TGT--ATT-ATTAATAGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTGA--T----AGACTGATAGGACA--GCAGTTA-----GATTAAATGCCCCTTCA-CC-A---TTCTTTAAA----T--GGGaa
gi|1 : tattccaaatagtaatataaATAGACCCTG-CCAGAA-GTT--ATTGATC----GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC--A--TGAACAGAC-----GGACA---GGGCTTA----CAGTTAATGTTCCTTTA-AC-A---GTATTCGAA-TAGT--GGGGGCAT---AAAAA
gi|7 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatatacatgtAGATT-TTTCAG--A-AATT-ATTCATCA---GAA-ATCAAT---------TT-G----------------------A--C----GGACAAA--AGACA--GGAGTTA-----TACC-ATTGTCCCTTCA-AC--------TTTGAA-TGGC--CGTGGCAT---AAA
gi|3 : acatcaaatatcaattaaACCCCTTC-A--A-GTTTTATTGATCA---AAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C--AGAT----AAAC-----AGACAGATCGATATTGATACATTTAATGCCCCATCA-GT-A---GTCTTTGAA-CGGC--AGGGATAT---AAAAACACCGCAACATTACAT
gi|11 : caaatgcatacacatat--ATTCATCA---GAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C--A--T----GGAC-----AGACA--AGGTTAT-----AACTTAAAGCCCCTTCA-TC-A---c
gi|10 : ---------TT-G-------------------C--A--C----AGAC-----AGGCA--TGGGTAG-----CACTTAATGTTCCTTCATTC-A---TTA---AAC-AGCT--GGAG-CAT---AAAAATGT----AAGTTTTA
gi|2 : agGGTAA-----CATTTAATGTCCCTTCA-CCTG---TT-TTCGAA-CGGC--ATGGACAT---AAACATA
gi|16 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-----CACTAAATGCCCCTTCA-AC-A---TTCTTTG---GGGTGGGGGGGCAT---AAAAag
gi|15 : acagtaaAATGTCCCTTCA-TC-A---TTCTTTGAATAGGG--GGGGACAT---AAAAATGT-----CATATCGTt
gi|14 : tACGCCTCATCA-CC-A---TTCTTCGAA-TGGC--GGGGACATATCAAAAACAT----Agt
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): TCAAATATCAATATAATACAAAGACCCCTTCAAAAGTTACTGCTCAGAAATCAATAACTTACCTTGGATGGATGAATGGACCGAATGGACAAGATAACTCTAATGCCCCATCACCATTCTTTAAGCAGGGGCAATATAGAA
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|13 ): ATTTAATGCCCCTACATCATTCTTTGAACGGCAAGGAATTAAAAAAACAAACATGTGCAT
Unaligned ( gi|17 ): GGACAGCAGTTATATATAATGCCTATTCAACATTCTTCAAATG
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 7777777777777777777777777777777777777777777 11111111
lowQualScore : 0 555555 66 2 5 9999999999999999999999999999999999999999999 44444444 777 8 55 888888 555 2 777777 1 1 55 0 777 3 0
lowQualScore : . ...... .. . . ........................................... ........ ... . .. ...... ... . ...... . . .. . ... . .
lowQualScore : 3 666666 99 5 0 0000000000000000000000000000000000000000000 44444444 000 8 00 777777 000 7 777777 9 1 22 4 000 2 7
consensus : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C--A--T----AGAC---G----GAC---AGG--GGTAN-----CA---CT-TA------ATGCCCCTTCANCATTCTTCGAA-CGGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
Reference ( family-688 ) : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C--A--T----AGAC---G----GAC---ANG--GGTAN-----CA---CT-TA------ATGCCCCTTCANCATTCTTCGAA-NGGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
gi|1 : TGTATAGACCCTGCCAGAA---GTT--ATTGATC-GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC--A--TGAACAGAC---G----GAC---AGG--GCTTA-----CA---GT-TA------ATGTTCCTTTAACAGTATTCGAA-TAGTGGGGGCAT---AAAAA
gi|10 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatataca---------TT-G-------------------C--A--C----AGAC---A----GGC---ATG--GGTAG-----CA---CT-TA------ATGTTCCTT---CATTCATTAAA-CAGCTGGAGCAT---AAAAATGTAAGTTT
gi|11 : ag--ATTCATCAGAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C--A--T----GGAC---A----GAC---AAG--GTTAT-----AA---CT-TA------AAGCCCCTTCATCAta
gi|13 : A---TT-TA------ATGCCCCTACATCATTCTTTGAA-CGGCAAGGAATT---AAAAA
gi|14 : -----CA---TT-TG------ACGCCTCATCACCATTCTTCGAA-TGGCGGGGACATATCAAAAACATAaacaaacatgtgcat
gi|15 : tta-TA------ATGTCCCTTCATCATTCTTTGAATAGGGGGGGACAT---AAAAATGT-CATATCGTgc
gi|16 : GTAA-----CA---CT-AA------ATGCCCCTTCAACATTCTTTGGG-GTGGGGGGGCAT---AAAAgt
gi|17 : aca---G----GAC---AGC--AGTTA-----TA---TA-TA------ATGCCTATTCAACATTCTTCAAA-TGt
gi|2 : --GGTAA-----CA---TT-TA------ATGTCCCTTCACCTGTTTTCGAA-CGGCATGGACAT---AAA
gi|3 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACATATACCCCTTCA-A----GTTTTATTGATCAAAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C--AGAT----AAAC---A----GAC---AGATCGATATTGATACA---TT-TA------ATGCCCCATCAGTAGTCTTTGAA-CGGCAGGGATAT---AAAAACcataag
gi|4 : caaatgcatacTACAAAGACCCCTTCA-AAA--GTT--ACTGCTCAGAA-ATCAATAACTTACC-TT-G-------------------G--A--T----GGAT---GAATGGACCGAATG--GACAA-----GATAACTCTA------ATGCCCCATCACCATTCTTTAA----GCAGGGGCAaccgcaacattacatc
gi|5 : tcaaatatcaatataaTATATAGACCCTTTCA-TATGTATT--ATTAAT-AGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTGA--T----AGAC---T----GAT---A-G--GACAG-----CA---GT-TAGATTAAATGCCCCTTCACCATTCTTTAAA-TGGatatagaa
gi|6 : tattccaaatagtaatataaTAAACAGACTCTTTCC-AA---GAT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C--A--T----AGAC---G----GAC---ATG--GGTGT-----CA---CT-AA------ATGTCCCTTCAGCATTATTTGAA-AGGTGGGGACAT---AAAAATATACATTTCATg
gi|7 : TTTCAGAA---ATT--ATTCATCAGAA-ATCAAT---------TT-G----------------------A--C----GGACAAAA----GAC---AGG--AGTTA-----TA---C--CA------TTGTCCCTTCAA----CTTTGAA-TGGCCGTGGCAT---AAAa
gi|8 : acatcaaatatcaattaaagattTATATAGACCATTTCA-AAT--GTT--CTTCATCAGAA-ACCAA------------------------------------A--T----TAAT---G----GAC---A-G--GGTAC-----AA---CT-AA------ATGCCTCTTCACCAGTCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0 555555 66 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 55 9999999 2 1 1 66 0 777 3 0
lowQualScore : . ...... .. . . ............................................................... . .. ....... . . . .. . ... . .
lowQualScore : 3 666666 99 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 00 6666666 2 9 1 22 4 000 2 7
consensus : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTAA-----CACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
Reference ( family-688 ) : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTAN-----CACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
gi|1 : TGTATAGACCCTGCCAGAA---GTT--ATTGATC-GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC-------------A--TGAACAGAC-----GGACAGG--GCTTA-----CAGTTAATGTTCCTTTAACAGTATTCGAAT-AGTGGGGGCAT---AAAAA
gi|10 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatataca---------TT-G-------------------C-------------A--C----AGAC-----AGGCATG--GGTAG-----CACTTAATGTTCCTT---CATTCATTAAAC-AGCTGGAGCAT---AAAAATGTAAGTTT
gi|11 : ag--ATTCATCAGAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C-------------A--T----GGAC-----AGACAAG--GTTAT-----AACTTAAAGCCCCTTCATCAta
gi|13 : ATTTAATGCCCCTACATCATTCTTTGAAC-GGCAAGGAATT---AAAAA
gi|14 : -----CATTTGACGCCTCATCACCATTCTTCGAAT-GGCGGGGACATATCAAAAACATAaacaaacatgtgcat
gi|15 : ttaTAATGTCCCTTCATCATTCTTTGAATAGGGGGGGACAT---AAAAATGT-CATATCGTgc
gi|16 : GTAA-----CACTAAATGCCCCTTCAACATTCTTTGGGG-TGGGGGGGCAT---AAAAgt
gi|17 : aca-----GGACAGC--AGTTA-----TATATAATGCCTATTCAACATTCTTCAAAT-Gt
gi|2 : --GGTAA-----CATTTAATGTCCCTTCACCTGTTTTCGAAC-GGCATGGACAT---AAA
gi|3 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACATATACCCCTTCA-A----GTTTTATTGATCAAAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C-------------AGAT----AAAC-----AGACAGATCGATATTGATACATTTAATGCCCCATCAGTAGTCTTTGAAC-GGCAGGGATAT---AAAAACcataag
gi|4 : caaatgcatacTACAAAGACCCCTTCA-AAA--GTT--ACTGCTCAGAA-ATCAATAAC------TT-A-------------------CCTTGGATGGATGAA--T----GGACCGAATGGACAAG--A-TAA-----CTCT-AATGCCCCATCACCATTCTTTAA----GCAGGGGCAaccgcaacattacatc
gi|5 : tcaaatatcaatataaTATATAGACCCTTTCA-TATGTATT--ATTAAT-AGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTG-----------A--T----AGACTGATAGGACAGC--AGTTA-----GATTAAATGCCCCTTCACCATTCTTTAAAT-GGatatagaa
gi|6 : tattccaaatagtaatataaTAAACAGACTCTTTCC-AA---GAT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACATG--GGTGT-----CACTAAATGTCCCTTCAGCATTATTTGAAA-GGTGGGGACAT---AAAAATATACATTTCATg
gi|7 : TTTCAGAA---ATT--ATTCATCAGAA-ATCAAT---------TT-G---------------------------------A--C----GGACAAA--AGACAGG--AGTTA-----TAC-CATTGTCCCTTCAA----CTTTGAAT-GGCCGTGGCAT---AAAa
gi|8 : acatcaaatatcaattaaagattTATATAGACCATTTCA-AAT--GTT--CTTCATCAGAA-ACCAA-----------------------------------------------A--T----TAAT-----GGACA-G--GGTAC-----AACTAAATGCCTCTTCACCAGTCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0 555555 66 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 55 888888 2 1 1 66 0 777 3 0
lowQualScore : . ...... .. . . ............................................................... . .. ...... . . . .. . ... . .
lowQualScore : 3 666666 99 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 00 666666 2 9 1 22 4 000 2 7
consensus : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
Reference ( family-688 ) : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
gi|1 : TGTATAGACCCTGCCAGAA---GTT--ATTGATC-GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC-------------A--TGAACAGAC-----GGACAGG--GCTT-----ACAGTTAATGTTCCTTTAACAGTATTCGAAT-AGTGGGGGCAT---AAAAA
gi|10 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatataca---------TT-G-------------------C-------------A--C----AGAC-----AGGCATG--GGTA-----GCACTTAATGTTCCTT---CATTCATTAAAC-AGCTGGAGCAT---AAAAATGTAAGTTT
gi|11 : ag--ATTCATCAGAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C-------------A--T----GGAC-----AGACAAG--GTTA-----TAACTTAAAGCCCCTTCATCAta
gi|13 : ATTTAATGCCCCTACATCATTCTTTGAAC-GGCAAGGAATT---AAAAA
gi|14 : -----ACATTTGACGCCTCATCACCATTCTTCGAAT-GGCGGGGACATATCAAAAACATAaacaaacatgtgcat
gi|15 : ttTAATGTCCCTTCATCATTCTTTGAATAGGGGGGGACAT---AAAAATGT-CATATCGTgc
gi|16 : GTA-----ACACTAAATGCCCCTTCAACATTCTTTGGGG-TGGGGGGGCAT---AAAAgt
gi|17 : aca-----GGACAGC--AGTT-----ATATATAATGCCTATTCAACATTCTTCAAAT-Gt
gi|2 : --GGTA-----ACATTTAATGTCCCTTCACCTGTTTTCGAAC-GGCATGGACAT---AAA
gi|3 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACATATACCCCTTCA-A----GTTTTATTGATCAAAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C-------------AGAT----AAAC-----AGACAGATCGATATTGATACATTTAATGCCCCATCAGTAGTCTTTGAAC-GGCAGGGATAT---AAAAACcataag
gi|4 : caaatgcatacTACAAAGACCCCTTCA-AAA--GTT--ACTGCTCAGAA-ATCAATAAC------TT-A-------------------CCTTGGATGGATGAA--T----GGACCGAATGGACAAG--A-TA-----ACTCT-AATGCCCCATCACCATTCTTTAA----GCAGGGGCAaccgcaacattacatc
gi|5 : tcaaatatcaatataaTATATAGACCCTTTCA-TATGTATT--ATTAAT-AGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTG-----------A--T----AGACTGATAGGACAGC--AGTT-----AGATTAAATGCCCCTTCACCATTCTTTAAAT-GGatatagaa
gi|6 : tattccaaatagtaatataaTAAACAGACTCTTTCC-AA---GAT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACATG--GGTG-----TCACTAAATGTCCCTTCAGCATTATTTGAAA-GGTGGGGACAT---AAAAATATACATTTCATg
gi|7 : TTTCAGAA---ATT--ATTCATCAGAA-ATCAAT---------TT-G---------------------------------A--C----GGACAAA--AGACAGG--AGTT-----ATAC-CATTGTCCCTTCAA----CTTTGAAT-GGCCGTGGCAT---AAAa
gi|8 : acatcaaatatcaattaaagattTATATAGACCATTTCA-AAT--GTT--CTTCATCAGAA-ACCAA-----------------------------------------------A--T----TAAT-----GGACA-G--GGTA-----CAACTAAATGCCTCTTCACCAGTCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0 555555 66 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 55 888888 2 1 1 66 0 777 3 0
lowQualScore : . ...... .. . . ............................................................... . .. ...... . . . .. . ... . .
lowQualScore : 3 666666 99 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 00 666666 2 9 1 22 4 000 2 7
consensus : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
Reference ( family-688 ) : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
gi|1 : TGTATAGACCCTGCCAGAA---GTT--ATTGATC-GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC-------------A--TGAACAGAC-----GGACAGG--GCTT-----ACAGTTAATGTTCCTTTAACAGTATTCGAAT-AGTGGGGGCAT---AAAAA
gi|10 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatataca---------TT-G-------------------C-------------A--C----AGAC-----AGGCATG--GGTA-----GCACTTAATGTTCCTT---CATTCATTAAAC-AGCTGGAGCAT---AAAAATGTAAGTTT
gi|11 : ag--ATTCATCAGAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C-------------A--T----GGAC-----AGACAAG--GTTA-----TAACTTAAAGCCCCTTCATCAta
gi|13 : ATTTAATGCCCCTACATCATTCTTTGAAC-GGCAAGGAATT---AAAAA
gi|14 : -----ACATTTGACGCCTCATCACCATTCTTCGAAT-GGCGGGGACATATCAAAAACATAaacaaacatgtgcat
gi|15 : ttTAATGTCCCTTCATCATTCTTTGAATAGGGGGGGACAT---AAAAATGT-CATATCGTgc
gi|16 : GTA-----ACACTAAATGCCCCTTCAACATTCTTTGGGG-TGGGGGGGCAT---AAAAgt
gi|17 : aca-----GGACAGC--AGTT-----ATATATAATGCCTATTCAACATTCTTCAAAT-Gt
gi|2 : --GGTA-----ACATTTAATGTCCCTTCACCTGTTTTCGAAC-GGCATGGACAT---AAA
gi|3 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACATATACCCCTTCA-A----GTTTTATTGATCAAAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C-------------AGAT----AAAC-----AGACAGATCGATATTGATACATTTAATGCCCCATCAGTAGTCTTTGAAC-GGCAGGGATAT---AAAAACcataag
gi|4 : caaatgcatacTACAAAGACCCCTTCA-AAA--GTT--ACTGCTCAGAA-ATCAATAAC------TT-A-------------------CCTTGGATGGATGAA--T----GGACCGAATGGACAAG--A-TA-----ACTCT-AATGCCCCATCACCATTCTTTAA----GCAGGGGCAaccgcaacattacatc
gi|5 : tcaaatatcaatataaTATATAGACCCTTTCA-TATGTATT--ATTAAT-AGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTG-----------A--T----AGACTGATAGGACAGC--AGTT-----AGATTAAATGCCCCTTCACCATTCTTTAAAT-GGatatagaa
gi|6 : tattccaaatagtaatataaTAAACAGACTCTTTCC-AA---GAT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACATG--GGTG-----TCACTAAATGTCCCTTCAGCATTATTTGAAA-GGTGGGGACAT---AAAAATATACATTTCATg
gi|7 : TTTCAGAA---ATT--ATTCATCAGAA-ATCAAT---------TT-G---------------------------------A--C----GGACAAA--AGACAGG--AGTT-----ATAC-CATTGTCCCTTCAA----CTTTGAAT-GGCCGTGGCAT---AAAa
gi|8 : acatcaaatatcaattaaagattTATATAGACCATTTCA-AAT--GTT--CTTCATCAGAA-ACCAA-----------------------------------------------A--T----TAAT-----GGACA-G--GGTA-----CAACTAAATGCCTCTTCACCAGTCTT
blockSeqs : TATGT TT C C AACTTACCTTGGATGGATGAATGGACCGAAT T TC ATTGAT T T T TA ATC A
blockSeqs : AAA . G . GTTTACCTCTTACAGATAAAC A . A T T T C . A
blockSeqs : GAA . G . TTCACTGATAGACTGATA G . A T C C C . .
blockSeqs : AAT . A . TTGATGCCTGCATGGAC G . A T T T T .
blockSeqs : AA . C . TTGACGGACAAA A . T T A T G .
blockSeqs : A . C . TTGCACAGAC G . A A A C T .
blockSeqs : . C . TTGCATAGAC T . A T C C C .
blockSeqs : ATTAAT G . T T G T C .
blockSeqs : . . G T C T T .
blockSeqs : . T A C T A
blockSeqs : A A G T T
blockSeqs : C A T .
blockSeqs : A C
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
finalCons : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999
lowQualScore : 0 555555 66 1 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 55 888888 2 1 1 66 0 777 3 0
lowQualScore : . ...... .. . . ............................................................... . .. ...... . . . .. . ... . .
lowQualScore : 3 666666 99 0 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 00 666666 2 9 1 22 4 000 2 7
consensus : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
Reference ( family-688 ) : TATATAGACCCTTTCA-AA---GTT--ATTNATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACAGG--GGTA-----ACACTTAATGCCCCTTCANCATTCTTCGAAC-GGCGGGGGCAT---AAAAACGTACGTTTCGT
gi|1 : TGTATAGACCCTGCCAGAA---GTT--ATTGATC-GAA-ACCAGT---------TT-GACAAGTGAATACACGCTAAC-------------A--TGAACAGAC-----GGACAGG--GCTT-----ACAGTTAATGTTCCTTTAACAGTATTCGAAT-AGTGGGGGCAT---AAAAA
gi|10 : aaaaattgacggacgttgacaaatattggatctggcctgtatgttatatttatacagcttcacgccaaatatcaattaaatataca---------TT-G-------------------C-------------A--C----AGAC-----AGGCATG--GGTA-----GCACTTAATGTTCCTT---CATTCATTAAAC-AGCTGGAGCAT---AAAAATGTAAGTTT
gi|11 : ag--ATTCATCAGAA-ACCAAC---------TT-GATGCCTG------------C-------------A--T----GGAC-----AGACAAG--GTTA-----TAACTTAAAGCCCCTTCATCAta
gi|13 : ATTTAATGCCCCTACATCATTCTTTGAAC-GGCAAGGAATT---AAAAA
gi|14 : -----ACATTTGACGCCTCATCACCATTCTTCGAAT-GGCGGGGACATATCAAAAACATAaacaaacatgtgcat
gi|15 : ttTAATGTCCCTTCATCATTCTTTGAATAGGGGGGGACAT---AAAAATGT-CATATCGTgc
gi|16 : GTA-----ACACTAAATGCCCCTTCAACATTCTTTGGGG-TGGGGGGGCAT---AAAAgt
gi|17 : aca-----GGACAGC--AGTT-----ATATATAATGCCTATTCAACATTCTTCAAAT-Gt
gi|2 : --GGTA-----ACATTTAATGTCCCTTCACCTGTTTTCGAAC-GGCATGGACAT---AAA
gi|3 : aaaatcgatcgacgttgacaaatatcgacttaatctgaattatacaactgcacaggtacatgcggaatagtttaattgaatacactaaccccttcagatgtgaaaccaatttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACATATACCCCTTCA-A----GTTTTATTGATCAAAA-ACAAATGTTTACCTCTT-A-------------------C-------------AGAT----AAAC-----AGACAGATCGATATTGATACATTTAATGCCCCATCAGTAGTCTTTGAAC-GGCAGGGATAT---AAAAACcataag
gi|4 : caaatgcatacTACAAAGACCCCTTCA-AAA--GTT--ACTGCTCAGAA-ATCAATAAC------TT-A-------------------CCTTGGATGGATGAA--T----GGACCGAATGGACAAG--A-TA-----ACTCT-AATGCCCCATCACCATTCTTTAA----GCAGGGGCAaccgcaacattacatc
gi|5 : tcaaatatcaatataaTATATAGACCCTTTCA-TATGTATT--ATTAAT-AGAACACAAAT---------TTCA-------------------CTG-----------A--T----AGACTGATAGGACAGC--AGTT-----AGATTAAATGCCCCTTCACCATTCTTTAAAT-GGatatagaa
gi|6 : tattccaaatagtaatataaTAAACAGACTCTTTCC-AA---GAT--ATTCATCAGAA-ACCAAT---------TT-G-------------------C-------------A--T----AGAC-----GGACATG--GGTG-----TCACTAAATGTCCCTTCAGCATTATTTGAAA-GGTGGGGACAT---AAAAATATACATTTCATg
gi|7 : TTTCAGAA---ATT--ATTCATCAGAA-ATCAAT---------TT-G---------------------------------A--C----GGACAAA--AGACAGG--AGTT-----ATAC-CATTGTCCCTTCAA----CTTTGAAT-GGCCGTGGCAT---AAAa
gi|8 : acatcaaatatcaattaaagattTATATAGACCATTTCA-AAT--GTT--CTTCATCAGAA-ACCAA-----------------------------------------------A--T----TAAT-----GGACA-G--GGTA-----CAACTAAATGCCTCTTCACCAGTCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTTTCATTTTTTGACTGATTTCAAAAAATAAACTGATCTTGACAAATATTGAACCTTATCTTAATCATTTAAATATAAAGTTACATACCAAA
Unaligned ( gi|12 ): CAGACAGAAGTAATGCTCCTTCACCATCCTTTAAATGGAGGGGACGTAAATATGAGTCCTA
Unaligned ( gi|18 ): TTGTCATATATTTAACTTGGCCTGTATTACACAATTACACAGC