lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333 1111111 1 2222222222222222222222 11111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000000000000000000000000000000 2 22222222222
lowQualScore : 7 55 6666 111 3 6666 000000000 0 555 6 1 0000000 2 555 6666 555 1 6666 888888 3 7777777777777777777777 44 55555555555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66666666666 55 7777 55 0 55 3 2 000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 5 4 4444444444444444444444444444444444 4 4 11111111111 2
lowQualScore : . .. .... ... . .... ......... . ... . . ....... . ... .... ... . .... ...... . ...................... .. ........... ............................................................................................................... ........... .. .... .. . .. . . ... ..................................................................... .. . . .................................. . . ........... .
lowQualScore : 6 00 5555 555 1 5555 333333333 2 444 2 5 0000000 9 000 1111 000 2 5555 888888 1 3333333333333333333333 55 88888888888 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55555555555 00 7777 55 3 00 6 0 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 4 1 7777777777777777777777777777777777 4 2 11111111111 1
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCC--AATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACATA----TACAT-----T---TTT---AA-ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----A---ACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAA-TACAGTATGT-----------ACATG---A------TG------------------A----T-----------------AAAAA--------------ACA---ACAAC-C----AAA-AAAACCNA----------CAC----------CA--AA----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACA-N-TAA--GTNACCGTT----T-TAT--TTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA------A--T---T--AT--TTACTTTA--AACTAAAACGTACAATGAAACTTT----TTT-----CTTTT-T-ATGTTATCA-TTT-TGTACA-----------CTATATTAANGATTGTCACCA
Reference ( gi|2 ) : GTAAGATATTTTATTTCTTCC--AATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACATA----TACAT-----T-C-TTT---AA-ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----A---ATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAA-CACAGTATGT-----------ACATG---A------T-------------------A----T-----------------AAAAA--------------ACA---ACAAC-C----AAA-AAAACCCA----------CAC----------CA--AA----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACA-A-TAA--GTTACCATTTA--TCTAT--TTAACGCCCG-AT----ACTGTA-TA------A--T---T--AT--TTACTTTA--AACTAGAATGTACATTAAAACTCT----TTT-----CTTTTTTGATGTTATCA-TTTATGTACA-----------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|3 : TAAGATAATTTATTTCCTCC--AAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATATA----TATAT-----T-T-TTT---AA--TGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----A---GCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAA-CACGGTGCGT-----------ACATG---ACGA---T-------------------A----T-----------------AAAAC--------------ACA---ACAAC----------AAAAC--A----------CAC----------CA--AA----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATA-T-TAA--GTAACCTTTT-------T--TTACCGCCTG-AT----GATTTG-TA------G-------------TTACTTTA--AACTAAAACGTAC--TATGACTTT----TTT-------------ATGTCATCA-TTT-TGTACA-----------CTATATTTTTTATTGTCA
gi|5 : gataaaaTAAGATATTTGATATCCTCC--AGTGGTATAG----GC--GAGCA----------------------------TT---AA-----------------CATATA-CAATTTG---ACA----ACGAACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAA-TACAGTATGT-----------ACATGTCGA------T-------------------A----T-----------------GAAA----------------------CA---C----AAA-A----CCA----------CAA----------CA--AT----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATT-TAAGGGTTAC---------------TTAACACCTG-AT----A----A--A------A--TTGAT--AT--TAATTTTA--AACTAAAACGTACAATGCAA---------TA-----CGTTTTTTATGTCACCA-TTT-TGTACA-----------CTACATTAAAGATTGTCACC
gi|14 : taagaTAAGATATTTTATTTCATCC--AGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACATAAATATACAT-----G---TTT---AA-ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----A---ACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAA-CACAGTATGT-----------ATATG---
gi|10 : taagatgagataTAAGATAACTAATTTCCTCC--AATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACATA----CACAT-----T---TTT---GA-ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----A---ACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAA-TACAGTATGT-----------ACATG---A------TG------------------A----T-----------------TTAAA----------------------TAC-C----AAACAAAAC-------------CAC----------C---AA----TATA--ATTATccgataaa
gi|9 : acataaTAAGATATTTTATTTCCTGC--AATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACATA----TACA--------C-TTT---TA-ATGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----A---ACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAA-TACAGTTTAT-----------TCATG---ACAATGGT-------------------A----T-----------------AACAA--------------TC----ACAAT-T----ATA-AAAA-CAA----------CAA----------CA--AA----TA
gi|22 : cgacattgtaaataaagattagaTAAGATATTTTATTTCCTCC--AATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACATA----TACAT-----T---TTT---AA-ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----A---Aaacaacaataataa
gi|4 : caagaTAAG-TATTTTATT--TTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCATA----TTCAT-----T---TCT---AA-ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----A---A-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AA-CAAAGTATGT-----------ACATA---A------C-------------------T----C-------------------ACA--------------ACT---ATAAC-C---------CCACCCC----------CAC----------CACCAA-------A--ACCAAA--AAAC-----AGCA-ACACTTAA----TATA-ATTTA--GTTACC--TTACGTTTATAATTA------G-AC----ATAACA-TC------A--T---TAGAT--CTATTTTA--AATTAAAACGTCCAACGAAACGTT----TTT-----TTTTT---ATCTCATCA--TTGTGTACA-----------CTTTATTAAGAATTGTCACCActtca
gi|19 : GATATTTTACTTCATCT--AATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTTT----AACAT-----T-TATAC---AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----A---AAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA-a
gi|11 : ATATTTTATTT---------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACATA----TACAT-----TTC-TAC---AATATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----A---AATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAA-TACAATATTC-----------ACATG---A------T-------------------G----A-----------------AATAATC------------ACAAATATAAA-T----AAA-AAAA--CA----------AAA----------CA--AA----TATA--ACC
gi|1 : agattacTTTCCTCC--AATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACATA----TACAT-----T---TATACAAA-ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----A---AACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGA-TACAGTATGTGCACGAAGGTGACATGA--A------T-------------------AAAGGT-----------------GAAAAGGGGGTGGAGACACACA---AAAACACACAAAAA-AAAACTAA----------CAC----------CA--AATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACA-A-TAA--CGAAGCGTT------CAT--TTAACGTCAGTATCATAACTTTACTA------A--TG--TA-AT--TTAGTT----ATCT--AATGT---TTA----TAT----TTTAGAGAATAATTTAA-ATTAACA-TTT-TGTACA-----------CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|8 : tacaataagagatcagctaatTCC--AATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--ATA----TACGT-----T---TAT---AT-ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACA---ACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAA---ATAGTCTGT-----------GCATG---A------TGAA----------------A----TACTCCAGTTATAGACAGAAAAA--------------AAA---AAAAG-A----AGA-AAAACAAA----------CATGCATGCAGAACA--GA----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAACTTACAA-TA-A-A-TAA--G--A------A--TTTAT--TTAACGtg
gi|18 : GGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATA----TACATATACAT-T-TTT---AG-ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----A---ACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCA-AGTATGT-----------GCATG---A------TG------------------A----T-----------------A
gi|20 : GTATGG----GA--GAGCAT-AAGCATG----TACAT-----T-T-TTT---AA-ATGACAGA-------ACATAT------------ACA----A---ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAA-TACAGTATGT-----------ATATG---A------
gi|6 : ATATA-CAATTTA---ACA----A---ACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAA-TACAGTATGT-----------ACATG---A------CGACGGCAAACATCACAATCA----T-----------------AAAAA--------------A-----ACAAC------AAA-AAAACACAACAACAACAACAC----------CA--AA----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACA-A-TAA--GTAAGCATT------TAT--TGAACGT-----------CTGTATTA------A--------------TACTTTA--AACT-GAAC-TAC----AAACTT----------------------TATTATTA-TTTAT-------------------TATTAATGATTGTCACcgatggaa
gi|12 : gataagacaaaataagataataagataagttaa---ACAAA-T----AAA-AAAA---A----------CAC----------CA--AA----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-A-A-TAA--GTTAATATTT---T---T--TCACCGTCTG-AC----GCTTTA-CA------G--T---T--AT------TTCA--AACTAAA----ACGTTATAA---T----TTT----------------------------GTACA-----------CTATATTAATGACTGTCAC
gi|23 : AA-AAAAACAA----------CAA----------CA--AA----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCA-A-TAA--GTTATCATTTA--TTTaagc
gi|13 : aaaagATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCA-T-TAA--GTAACCATT-------------AACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACTT---T--ATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAATAACACTTG----TTT-------------ATGTTATCG-TTT-TGTACA-----------CTTTAGTAGAGATTGTCA
gi|15 : AAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACA-T-TAA-----ACTGTT-------AC--TTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTTTA--AACTAAAACGTACAATGAAAATCTAGAATGT-----CTTTGGTAAT-TTATtt
gi|21 : aT--TAATTATTCAACTAACAT-CACA-T-TAA--GCTGT----------TAC--TTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTTTA--AACTAAAACGTACAATGAAAATCT----T
gi|17 : aactaA--TTTAT--TTAACACCTG-AT----ACGTTA-TA------G--T---T--A------CTTTA--AACTAAAACGTACAGTGAAA----------------CTTTTTTAA-GTTATCGTTTTGTGTACAACATTGTATATCTATATTAATGAT
gi|16 : agtaagc--AT--CTACATTA--AATTAAAATTTCCAATGAAACTGT----GTT-----T-------ATGTTATCA-TTT-TGTACA-----------CTATATTGATAATTGCCACCA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TAAATACAACGTGTGCATGACGAAAACAATCACAATTTAAAAGGTAAAAATAAAATAAAAATCAAATAGATATGATCACAGGCACCGAGACCATCCAGCCAAGTTCACAATAAGTAAGCGTTGCTTTAACGCCTATATCGTTATTAAACAAATACAGCTTAGTTATTTTACGTTAATATTTTAGAAATAATATTAACTATATTAACTTTGAAAATGATTAACAATGAAATCTG
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 1111111111 333333333333 444444444444444444444 777777777777777
lowQualScore : 6666 33 2 888888 6666 2 222222222 0 9999999 2 444 5555 6666 888888 2 5555555555555555555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 999999 00000 5555555555 7777 55 0 0 44 3 44 444444444444 0 1 3 7777 2 3 555555555555555555555 44 2 0 66666 3 111111111111111 55 4 0 4 4 1
lowQualScore : .... .. . ...... .... . ......... . ....... . ... .... .... ...... . ...................... ................................................................................................... . ...... ..... .......... .... .. . . .. . .. ............ . . . .... . . ..................... .. . . ..... . ............... .. . . . . .
lowQualScore : 1111 99 9 222222 1111 9 777777777 1 3333333 7 777 7777 1111 222222 9 4444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 666666 88888 9999999999 7777 00 5 4 66 3 33 777777777777 4 8 6 7777 2 6 666666666666666666666 66 5 6 00000 3 666666666666666 55 0 8 0 0 0
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACATGA---CG--A------------T-------------------A----------------A--AAA--------------ACA---ACA-----AC-C----AAA-AA------AAC--CAACAC----------CAAA----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACA-NTAAGTAACCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAAT---G-AA-ACTTT-T-------T-TTTTT--ATGT-TATCATTT-TGTACA-CTATATTAATGATTGTCACCA
Reference ( family-669 ) : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACATGA---TG--A------------T-------------------A----------------A--AAA--------------ACA---ACA-----AC-C----AAA-AA------AAC--CNACAC----------CAAA----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACA-NTAAGTNACCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAAT---G-AA-ACTTTTT-------TCTTTTT--ATGT-TATCATTT-TGTACA-CTATATTAANGATTGTCACCA
gi|1 : TTTCCTCCAATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TATACAA--A--ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----AAACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGATACAGTATGTGCACGAAGGTG--ACATGAATAAAGGT-------------------G----------------A--AAAGGGGGTGGAGACACACA---AAA-----ACACACAAAAA-AA------AAC--TAACAC----------CAAATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACA-ATAACGAAGCG-TT---CATTTAACGTCAGTATCATAACTTTACTA--A------TG--TA-AT--TTAGTT----ATCTAATGTTTATATTTTAG-AG-AAT-------------AATTT--AAAT-TAACATTT-TGTACA-CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|10 : tacaataagagatcagctaatTAAGATAACTAATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----CACATT-TTT---G--A--ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAATACAGTATGTACATGA---TG--A------------T-------------------T----------------T--AAA----------------------T-----AC-C----AAACAA------AAC-----CAC----------C-AA----TATA--ATTATtg
gi|11 : acataaATATTTTATTT-------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACAT------A----TACATT-TCT---ACAAT-ATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----AAATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAATACAATATTCACATGA---TG--A--------------------------------A----------------A--TAATC------------ACAAATATA-----AA-T----AAA-AA------AAC----AAAA----------CAAA----TATA--ACC
gi|12 : agattac---ACA-----AA-T----AAA-AA------AA-----ACAC----------CAAA----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-A-ATAAGTTAATATTT---T-TTCACCGTCTG-AC----GCTTTA-CA--G------T---T--AT------TT--CAAACTAAAAC----------------------------------------GT-TATAATTT-TGTACA-CTATATTAATGACTGTCAC
gi|13 : ATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCA-TTAAGTAACCA---------TTAACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACTT---T--ATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAAT---A-AC-ACT-------------TGTTT--ATGT-TATCGTTT-TGTACA-CTTTAGTAGAGATTGTCAaagc
gi|14 : TAAGATATTTTATTTCATCCAGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACAT------AAATATACATG-TTT---A--A--ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----AACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAACACAGTATGTATATGC---CG--A------------T-------------------A----------------A--Att
gi|15 : taagatgagataAAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACA-TTAA---ACTGTT-----ACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAAT---G-AA-A
gi|16 : a--AT--CTACAT--TAAATTAAAATTTCCAAT---G-AA-ACTGTGT-------T-----T--ATGT-TATCATTT-TGTACA-CTATATTGATAATTGCCACCAatctagaatgtctttggtaatttat
gi|17 : aatatagttatgttaagtttagaggcaaaagcatgcgTT---TATTTAACACCTG-AT----ACGTTA-TA--G------T---T--A------CTT--TAAACTAAAACGTACAGT---G-AA-ACTTTTTTAAGTTATCGTTTT--GTGTACAACA--T-TGTATATCTATATTAATGATga
gi|18 : agtaagcaGGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATATACATA----TACATT-TTT---A--G--ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----AACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCAAGTATGTGCATGA---TG--A------------T-------------------A----------------
gi|19 : GATATTTTACTTCATCTAATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTT------T----AACATT-TAT---AC-AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----AAAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA
gi|2 : TAAGATATTTTATTTCTTCCAATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACAT------A----TACATTCTTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAACACAGTATGTACATGA---T---A------------T-------------------A----------------A--AAA--------------ACA---ACA-----AC-C----AAA-AA------AAC--CCACAC----------CAAA----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACA-ATAAGTTACCATTTATCTATTTAACGCCCG-AT----ACTGTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAGAATGTACATT---A-AA-ACTCTTT-------TCTTTTTTGATGT-TATCATTTATGTACA-CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|20 : gGTATGG----GA--GAGCAT-AAGCAT------G----TACATT-TTTT--A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAA---------------ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAATACAGTATGTATATGA---CG--A------------T-------------------G----------------G--AA
gi|21 : T--TAATTATTCAACTAACAT-CACA-TTAAG---CTGTT-----ACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAAT---G-AA-AATCTT
gi|22 : aactaTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----AAC
gi|23 : caagaAA-AA------AAA--CAACAA----------CAAA----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCA-ATAAGTTATCA-TT---TATTTttca
gi|3 : aaaagTAAGATAATTTATTTCCTCCAAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATAT------A----TATATT-TTT---T--A--ATGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----AGCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAACACGGTGCGTACATGA---CG--A------------T-------------------A----------------T--AAA--------------ACA----CA-----AC------AAC-AA------AAC----ACAC----------CAAA----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATA-TTAAGTAACC-TTT---T-TTTACCGCCTG-AT----GATTTG-TA--G-----------------TTACTT--TAAACTAAAACGTACTAT---G----ACT-------------TTTTT--ATGT-CATCATTT-TGTACA-CTATATTTTTTATTGTCA
gi|4 : gataaaaTAAG-TATTTTATTTTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCAT------A----TTCATT-TCT---A--A--ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----AA-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AACAAAGTATGTACATAAC--TC--A------------C-------------------A----------------ACTATA--------------ACC---CCACCCCCAC-C-----------------AC--CAAAAC----------CAAA-------A--AACA-GCAACACT--TA---ATATAATTTA-GT-TACC-TTA------CGTTTA--TAATTA------G-AC----ATAACA-TC--A------T---TAGAT--CTATTT--TAAATTAAAACGTCCAAC---G-AA-ACGTTTT-------T-TTTTT--ATCT-CATCATTG-TGTACA-CTTTATTAAGAATTGTCACCA
gi|5 : TAAGATATTTGATATCCTCCAGTGGTATAG----GC--GAGCAT-TAACAT------A----TACAAT-TT------------GACA---------------------------ACG----AACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACATGT---CG--A------------T-------------------A----------------T--GAA--------------ACA--------------C----AAA-A------------CCACAA----------CAAT----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATTTAAGGG------T---TACTTAACACCTG-AT----A----A--A--A------TTGAT--AT--TAATTT--TAAACTAAAACGTACAAT---GCAATACGT------------TTTTT--ATGT-CACCATTT-TGTACA-CTACATTAAAGATTGTCACCa
gi|6 : taagaATATA-CAATTTA---ACA----AACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAATACAGTATGTACATGA---CG--A------------CGGCAAACATCACAATCATAA----------------A--AAA--------------ACA---ACA-----A-------AAA-AACACAACAACAACAACAC----------CAAA----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACA-ATAAGTAAGCA-TT---TATTGAACGTCTG--T----AT-----TA--A------------------TACTT--TAAACT-GAAC-TAC--------AA-ACTT--------------------TAT-TATTA-TT-TAT-------TATTAATGATTGTCAC
gi|8 : gataagacaaaataagataataagataagttaaTCCAATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--AT------A----TACGTT-TAT---A--T--ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACAACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAAAT--AGTCTGTGCATGA---TGAAA------------TACTCCAGTTATAGACAG--A----------------A--AAA--------------AAA---AAA-----AG-A----AGA-AA------AAC--AAACATGCATGCAGAACAGA----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAACTTACAA-TA-A-ATAAG-AA----TT---TATTTAACG
gi|9 : TAAGATATTTTATTTCCTGCAATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACAT------A----TACACT-TTT---A--A---TGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----AACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAATACAGTTTATTCATGACAATG--G------------T-------------------ATAACAATCACAATTATA--AAA--------------ACA---ACA-----A--C----AAA-TA------AA---CAACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TAAATACAACGTGTGCATGACGAAAACAATCACAATTTAAAAGGTAAAAATAAAATAAAAATCAAATAGATATGATCACAGGCACCGAGACCATCCAGCCAAGTTCACAATAAGTAAGCGTTGCTTTAACGCCTATATCGTTATTAAACAAATACAGCTTAGTTATTTTACGTTAATATTTTAGAAATAATATTAACTATATTAACTTTGAAAATGATTAACAATGAAATCTG
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 11111111111 22222222222 11111111 444444444444444444444 444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 6666 33 2 888888 6666 2 666666666 0 9999999 2 444 5555 6666 888888 2 5555555555555555555555 888888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888 55555 33333333333 6666 6666 44 0 0 44 3 1 44 55555555555 5 3 00000000 3 444444444444444444444 44 3 000000000000000000000000000000 3 99999 33333333 1
lowQualScore : .... .. . ...... .... . ......... . ....... . ... .... .... ...... . ...................... ...... .................................................................................... ...... ..... ........... .... .... .. . . .. . . .. ........... . . ........ . ..................... .. . .............................. . ..... ........ .
lowQualScore : 1111 99 9 222222 1111 9 222222222 1 3333333 7 777 7777 1111 222222 9 4444444444444444444444 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 88888 66666666666 5555 5555 66 9 2 22 1 0 99 44444444444 0 3 11111111 3 444444444444444444444 22 5 444444444444444444444444444444 6 11111 22222222 0
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAANCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
Reference ( family-669 ) : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAACCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|1 : TTTCCTCCAATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TATACAA--A--ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----AAACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGATACAGTATGTGCACGAAGGTGACATGAATAAAG--GT-------------------GA-AAAGGGGGTGGAGACACACA---AAAA-CACACAAAAA----------AA------AAC--TAACAC----------CAA----ATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACAATAACGAAGCG-TT---CATTTAACGTCAGTATCATAACTTTACTA--A------TG--TA-AT--TTAGTT----ATCTAATGTTTATA--------TT-TTAGAGAATAATTT----AAATTAACATTT-TGT-----ACA--------CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|10 : tacaataagagatcagctaatTAAGATAACTAATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----CACATT-TTT---G--A--ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAATACAGTATGTACA------TGAT---------G--AT-------------------TT-AAA----------------------TA-C-C----AAAC---------AA------AAC-----CAC----------C-A----A----TATA--ATTATtg
gi|11 : acataaATATTTTATTT-------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACAT------A----TACATT-TCT---ACAAT-ATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----AAATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAATACAATATTCACA------TGAT---------G--A--------------------AA-TAATC------------ACAAATATAA-A-T----AAA----------AA------AA---CAA-AA----------CAA----A----TATA--ACC
gi|12 : agattac---ACAA-A-T----AAA----------AA------AA-----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-AATAAGTTAATATTT---T-TTCACCGTCTG-AC----GCTTTA-CA--G------T---T--AT------TT--CAAACTAAAAC------------------------------------GTTATAATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGACTGTCAC
gi|13 : ATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCATTAAGTAACCA---------TTAACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACTT---T--ATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAATAACAC------------TTGTTT----ATGTTATCGTTT-TGT-----ACA--------CTTTAGTAGAGATTGTCAaagc
gi|14 : TAAGATATTTTATTTCATCCAGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACAT------AAATATACATG-TTT---A--A--ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----AACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAACACAGTATGTATA------TGCC---------G--AT-------------------AA-Att
gi|15 : taagatgagataAAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACATTAA---ACTGTT-----ACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAA
gi|16 : a--AT--CTACAT--TAAATTAAAATTTCCAATGAAAC-TG-TG------TTT-------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTGATAATTGCCACCAatctagaatgtctttggtaatttat
gi|17 : aatatagttatgttaagtttagaggcaaaagcatgcgAGTAAGCATTT----ATTTAACACCTG-AT----ACGTTA-TA--G------T---T--A------CTT--TAAACTAAAACGTACAGTGAAAC-TT-TT------TT--------AAGTTATCGTTT-TGTGTACAACATTGTATATCTATATTAATGATga
gi|18 : GGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATATACATA----TACATT-TTT---A--G--ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----AACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCAAGTATGTGCA------TGAT---------G--AT-------------------A
gi|19 : GATATTTTACTTCATCTAATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTT------T----AACATT-TAT---AC-AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----AAAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA
gi|2 : TAAGATATTTTATTTCTTCCAATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACAT------A----TACATTCTTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAACACAGTATGTACA------TGAT------------AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CCACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACAATAAGTTACCATTTATCTATTTAACGCCCG-AT----ACTGTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAGAATGTACATTAAAAC-TC-TT------TTCTTTTTTGATGTTATCATTTATGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|20 : gGTATGG----GA--GAGCAT-AAGCAT------G----TACATT-TTTT--A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAA---------------ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAATACAGTATGTATA------TGAC---------G--AT-------------------GG-AA
gi|21 : T--TAATTATTCAACTAACAT-CACATTAAG---CTGTT-----ACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAA-TC-TT------
gi|22 : aactaTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----AAC
gi|23 : caagaAA----------AA------AAA--CAACAA----------CAA----A----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCAATAAGTTATCA-TT---TATTTttca
gi|3 : aaaagTAAGATAATTTATTTCCTCCAAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATAT------A----TATATT-TTT---T--A--ATGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----AGCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAACACGGTGCGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AT-AAA--------------ACA----CAA-C------AAC----------AA------AAC----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATATTAAGTAACC-TTT---T-TTTACCGCCTG-AT----GATTTG-TA--G-----------------TTACTT--TAAACTAAAACGTACTATGA--------C------TTTTTT----ATGTCATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTTTTTATTGTCA
gi|4 : gataaaaTAAG-TATTTTATTTTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCAT------A----TTCATT-TCT---A--A--ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----AA-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AACAAAGTATGTACA------TAAC-------------T--------------------C-ACA--------------ACT---ATAA-C-C----CCACCCCC-----AC------CAC--CAAAAC----------CAA----A-------A--AACA-GCAACACT--TA---ATATAATTTA-GT-TACCTTA------CGTTTA--TAATTA------G-AC----ATAACA-TC--A------T---TAGAT--CTATTT--TAAATTAAAACGTCCAACGAAACGTT-TT------TTTTTT----ATCTCATCATTG-TGT-----ACA--------CTTTATTAAGAATTGTCACCA
gi|5 : TAAGATATTTGATATCCTCCAGTGGTATAG----GC--GAGCAT-TAACAT------A----TACAAT-TT------------GACA---------------------------ACG----AACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGTC---------G--AT-------------------AT-GAA--------------AC----AC-----------------------AA------AAC--C-ACAA----------CAA----T----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATT---TAA--GGGT---TACTTAACACCTG-AT----A----A--A--A------TTGAT--AT--TAATTT--TAAACTAAAACGTACAATGCAA--TA-CG------TTTTTT----ATGTCACCATTT-TGT-----ACA--------CTACATTAAAGATTGTCACCa
gi|6 : taagaATATA-CAATTTA---ACA----AACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--ACGGCAAACATCACAATCATAAA-AAA--------------ACA---ACAA--------AAA----------AACACAACAACAACAACAC----------CAA----A----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACAATAAGTAAGCA-TT---TATTGAACGTCTG--T----AT-----TA--A------------------TACTT--TAAACT-GAAC-TAC----AAAC-TT--------------------TATTATTA-TT-TAT-------------------TATTAATGATTGTCAC
gi|7 : gataagacaaaataagataataagataagttaaTAAATACAACGTGTGCA------TGAC---------G--A--------------------AA-ACA--------------ATC---ACAATT-T----AAAAGGTAAAAATAA------AAT--AAAAAT----------CAAATAGA----TATG--ATCACAGGCACCG--AGACCATCCAGCCAAGTT-CACAATAAGTAAGCGTTG---C-TTTAACGCC----T----A---TA-TC--G------T---T--A--------T--TAAAC-AAA---TAC-----AGC-TTAGT------TATTTT----ACGTTAATATTT-TAG-----AAA--------TAATATTAA
gi|8 : TCCAATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--AT------A----TACGTT-TAT---A--T--ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACAACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAAAT--AGTCTGTGCA------TGAT---------GAAATACTCCAGTTATAGACAG--AA-AAA--------------AAA---AAAA-G-A----AGA----------AA------AAC--AAACATGCATGCAGAACAG----A----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAACTTACAA-TA-AATAAG-AA----TT---TATTTAACGctatattaactttgaaaatgattaacaatgaaatctg
gi|9 : TAAGATATTTTATTTCCTGCAATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACAT------A----TACACT-TTT------A--ATGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----AACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAATACAGTTTATTCA------TGAC---------A--AT-------------------GGTATA--------------ACAATCACAA-T-T----ATA----------AA------AA---CAACAA----------CAA----A----TA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 11111111111 22222222222 11111111 444444444444444444444 444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 6666 33 2 888888 6666 2 666666666 0 9999999 2 444 5555 6666 888888 2 5555555555555555555555 888888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888 55555 33333333333 6666 6666 44 0 0 44 3 1 0 3 11111111111 5 3 00000000 3 444444444444444444444 44 3 000000000000000000000000000000 3 99999 33333333 1
lowQualScore : .... .. . ...... .... . ......... . ....... . ... .... .... ...... . ...................... ...... .................................................................................... ...... ..... ........... .... .... .. . . .. . . . . ........... . . ........ . ..................... .. . .............................. . ..... ........ .
lowQualScore : 1111 99 9 222222 1111 9 222222222 1 3333333 7 777 7777 1111 222222 9 4444444444444444444444 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 88888 66666666666 5555 5555 66 9 2 22 1 0 1 5 22222222222 0 3 11111111 3 444444444444444444444 22 5 444444444444444444444444444444 6 11111 22222222 0
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
Reference ( family-669 ) : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAANCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|1 : TTTCCTCCAATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TATACAA--A--ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----AAACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGATACAGTATGTGCACGAAGGTGACATGAATAAAG--GT-------------------GA-AAAGGGGGTGGAGACACACA---AAAA-CACACAAAAA----------AA------AAC--TAACAC----------CAA----ATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACAATAACGAAGCG-TT---CATTTAACGTCAGTATCATAACTTTACTA--A------TG--TA-AT--TTAGTT----ATCTAATGTTTATA--------TT-TTAGAGAATAATTT----AAATTAACATTT-TGT-----ACA--------CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|10 : tacaataagagatcagctaatTAAGATAACTAATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----CACATT-TTT---G--A--ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAATACAGTATGTACA------TGAT---------G--AT-------------------TT-AAA----------------------TA-C-C----AAAC---------AA------AAC-----CAC----------C-A----A----TATA--ATTATtg
gi|11 : acataaATATTTTATTT-------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACAT------A----TACATT-TCT---ACAAT-ATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----AAATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAATACAATATTCACA------TGAT---------G--A--------------------AA-TAATC------------ACAAATATAA-A-T----AAA----------AA------AA---CAA-AA----------CAA----A----TATA--ACC
gi|12 : agattac---ACAA-A-T----AAA----------AA------AA-----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-AATAAGTTAATATTT---T-TTCACCGTCTG-AC----GCTTTA-CA--G------T---T--AT------TT--CAAACTAAAAC------------------------------------GTTATAATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGACTGTCAC
gi|13 : ATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCATTAAGTAACCA---------TTAACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACTT---T--ATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAATAACAC------------TTGTTT----ATGTTATCGTTT-TGT-----ACA--------CTTTAGTAGAGATTGTCAaagc
gi|14 : TAAGATATTTTATTTCATCCAGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACAT------AAATATACATG-TTT---A--A--ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----AACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAACACAGTATGTATA------TGCC---------G--AT-------------------AA-Att
gi|15 : taagatgagataAAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACATTAA---ACTGTT-----ACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAA
gi|16 : a--AT--CTACAT--TAAATTAAAATTTCCAATGAAAC-TG-TG------TTT-------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTGATAATTGCCACCAatctagaatgtctttggtaatttat
gi|17 : aatatagttatgttaagtttagaggcaaaagcatgcgAGTAAGCATTT----ATTTAACACCTG-AT----ACGTTA-TA--G------T---T--A------CTT--TAAACTAAAACGTACAGTGAAAC-TT-TT------TT--------AAGTTATCGTTT-TGTGTACAACATTGTATATCTATATTAATGATga
gi|18 : GGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATATACATA----TACATT-TTT---A--G--ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----AACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCAAGTATGTGCA------TGAT---------G--AT-------------------A
gi|19 : GATATTTTACTTCATCTAATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTT------T----AACATT-TAT---AC-AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----AAAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA
gi|2 : TAAGATATTTTATTTCTTCCAATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACAT------A----TACATTCTTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAACACAGTATGTACA------TGAT------------AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CCACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACAATAAGTTACCATTTATCTATTTAACGCCCG-AT----ACTGTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAGAATGTACATTAAAAC-TC-TT------TTCTTTTTTGATGTTATCATTTATGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|20 : gGTATGG----GA--GAGCAT-AAGCAT------G----TACATT-TTTT--A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAA---------------ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAATACAGTATGTATA------TGAC---------G--AT-------------------GG-AA
gi|21 : T--TAATTATTCAACTAACAT-CACATTAAGC-----TGT---TACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAA-TC-TT------
gi|22 : aactaTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----AAC
gi|23 : caagaAA----------AA------AAA--CAACAA----------CAA----A----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCAATAAGTTATCA-TT---TATTTttca
gi|3 : aaaagTAAGATAATTTATTTCCTCCAAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATAT------A----TATATT-TTT---T--A--ATGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----AGCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAACACGGTGCGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AT-AAA--------------ACA----CAA-C------AAC----------AA------AAC----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATATTAAGTAACC-TTT---T-TTTACCGCCTG-AT----GATTTG-TA--G-----------------TTACTT--TAAACTAAAACGTACTATGA--------C------TTTTTT----ATGTCATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTTTTTATTGTCA
gi|4 : gataaaaTAAG-TATTTTATTTTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCAT------A----TTCATT-TCT---A--A--ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----AA-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AACAAAGTATGTACA------TAAC-------------T--------------------C-ACA--------------ACT---ATAA-C-C----CCACCCCC-----AC------CAC--CAAAAC----------CAA----A-------A--AACA-GCAACACT--TA---ATATAATTTA-GT-TACCTTA------CGTTTA--TAATTA------G-AC----ATAACA-TC--A------T---TAGAT--CTATTT--TAAATTAAAACGTCCAACGAAACGTT-TT------TTTTTT----ATCTCATCATTG-TGT-----ACA--------CTTTATTAAGAATTGTCACCA
gi|5 : TAAGATATTTGATATCCTCCAGTGGTATAG----GC--GAGCAT-TAACAT------A----TACAAT-TT------------GACA---------------------------ACG----AACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGTC---------G--AT-------------------AT-GAA--------------AC----AC-----------------------AA------AAC--C-ACAA----------CAA----T----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATT---TAAGGG--T---TACTTAACACCTG-AT----A----A--A--A------TTGAT--AT--TAATTT--TAAACTAAAACGTACAATGCAA--TA-CG------TTTTTT----ATGTCACCATTT-TGT-----ACA--------CTACATTAAAGATTGTCACCa
gi|6 : taagaATATA-CAATTTA---ACA----AACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--ACGGCAAACATCACAATCATAAA-AAA--------------ACA---ACAA--------AAA----------AACACAACAACAACAACAC----------CAA----A----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACAATAAGTAAGCA-TT---TATTGAACGTCTG--T----AT-----TA--A------------------TACTT--TAAACT-GAAC-TAC----AAAC-TT--------------------TATTATTA-TT-TAT-------------------TATTAATGATTGTCAC
gi|7 : gataagacaaaataagataataagataagttaaTAAATACAACGTGTGCA------TGAC---------G--A--------------------AA-ACA--------------ATC---ACAATT-T----AAAAGGTAAAAATAA------AAT--AAAAAT----------CAAATAGA----TATG--ATCACAGGCACCG--AGACCATCCAGCCAAGTT-CACAATAAGTAAGCGTTG---C-TTTAACGCC----T----A---TA-TC--G------T---T--A--------T--TAAAC-AAA---TAC-----AGC-TTAGT------TATTTT----ACGTTAATATTT-TAG-----AAA--------TAATATTAA
gi|8 : TCCAATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--AT------A----TACGTT-TAT---A--T--ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACAACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAAAT--AGTCTGTGCA------TGAT---------GAAATACTCCAGTTATAGACAG--AA-AAA--------------AAA---AAAA-G-A----AGA----------AA------AAC--AAACATGCATGCAGAACAG----A----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAAC-----T-TACAATAAATAAGAA-TT---TATTTAACGctatattaactttgaaaatgattaacaatgaaatctg
gi|9 : TAAGATATTTTATTTCCTGCAATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACAT------A----TACACT-TTT------A--ATGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----AACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAATACAGTTTATTCA------TGAC---------A--AT-------------------GGTATA--------------ACAATCACAA-T-T----ATA----------AA------AA---CAACAA----------CAA----A----TA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 11111111111 2222222222222 11111111 444444444444444444444 444444444444444444444444444444 11111111
lowQualScore : 6666 33 2 888888 6666 2 666666666 0 9999999 2 444 5555 6666 888888 2 5555555555555555555555 888888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888 55555 33333333333 6666 6666 44 0 0 44 3 1 2222222222222 5 3 00000000 3 444444444444444444444 44 3 000000000000000000000000000000 3 99999 33333333 1
lowQualScore : .... .. . ...... .... . ......... . ....... . ... .... .... ...... . ...................... ...... .................................................................................... ...... ..... ........... .... .... .. . . .. . . ............. . . ........ . ..................... .. . .............................. . ..... ........ .
lowQualScore : 1111 99 9 222222 1111 9 222222222 1 3333333 7 777 7777 1111 222222 9 4444444444444444444444 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 88888 66666666666 5555 5555 66 9 2 22 1 0 2222222222222 0 3 11111111 3 444444444444444444444 22 5 444444444444444444444444444444 6 11111 22222222 0
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
Reference ( family-669 ) : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|1 : TTTCCTCCAATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TATACAA--A--ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----AAACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGATACAGTATGTGCACGAAGGTGACATGAATAAAG--GT-------------------GA-AAAGGGGGTGGAGACACACA---AAAA-CACACAAAAA----------AA------AAC--TAACAC----------CAA----ATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACAATAACGAAGCG-TT---CATTTAACGTCAGTATCATAACTTTACTA--A------TG--TA-AT--TTAGTT----ATCTAATGTTTATA--------TT-TTAGAGAATAATTT----AAATTAACATTT-TGT-----ACA--------CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|10 : tacaataagagatcagctaatTAAGATAACTAATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----CACATT-TTT---G--A--ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAATACAGTATGTACA------TGAT---------G--AT-------------------TT-AAA----------------------TA-C-C----AAAC---------AA------AAC-----CAC----------C-A----A----TATA--ATTATtg
gi|11 : acataaATATTTTATTT-------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACAT------A----TACATT-TCT---ACAAT-ATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----AAATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAATACAATATTCACA------TGAT---------G--A--------------------AA-TAATC------------ACAAATATAA-A-T----AAA----------AA------AA---CAA-AA----------CAA----A----TATA--ACC
gi|12 : agattac---ACAA-A-T----AAA----------AA------AA-----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-AATAAGTTAATATTT---T-TTCACCGTCTG-AC----GCTTTA-CA--G------T---T--AT------TT--CAAACTAAAAC------------------------------------GTTATAATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGACTGTCAC
gi|13 : ATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCATTAAGTAACCA---------TTAACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACTT---T--ATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAATAACAC------------TTGTTT----ATGTTATCGTTT-TGT-----ACA--------CTTTAGTAGAGATTGTCAaagc
gi|14 : TAAGATATTTTATTTCATCCAGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACAT------AAATATACATG-TTT---A--A--ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----AACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAACACAGTATGTATA------TGCC---------G--AT-------------------AA-Att
gi|15 : taagatgagataAAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACATTAAAC-----TGT---TACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAA
gi|16 : a--AT--CTACAT--TAAATTAAAATTTCCAATGAAAC-TG-TG------TTT-------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTGATAATTGCCACCAatctagaatgtctttggtaatttat
gi|17 : aatatagttatgttaagtttagaggcaaaagcatgcgAGTAAGCATTT----ATTTAACACCTG-AT----ACGTTA-TA--G------T---T--A------CTT--TAAACTAAAACGTACAGTGAAAC-TT-TT------TT--------AAGTTATCGTTT-TGTGTACAACATTGTATATCTATATTAATGATga
gi|18 : GGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATATACATA----TACATT-TTT---A--G--ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----AACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCAAGTATGTGCA------TGAT---------G--AT-------------------A
gi|19 : GATATTTTACTTCATCTAATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTT------T----AACATT-TAT---AC-AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----AAAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA
gi|2 : TAAGATATTTTATTTCTTCCAATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACAT------A----TACATTCTTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAACACAGTATGTACA------TGAT------------AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CCACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACAATAAGTTACCATTTATCTATTTAACGCCCG-AT----ACTGTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAGAATGTACATTAAAAC-TC-TT------TTCTTTTTTGATGTTATCATTTATGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|20 : gGTATGG----GA--GAGCAT-AAGCAT------G----TACATT-TTTT--A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAA---------------ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAATACAGTATGTATA------TGAC---------G--AT-------------------GG-AA
gi|21 : T--TAATTATTCAACTAACAT-CACATTAAGC-----TGT---TACTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-----------------T--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAA-TC-TT------
gi|22 : aactaTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----AAC
gi|23 : caagaAA----------AA------AAA--CAACAA----------CAA----A----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCAATAAGTTATCA-TT---TATTTttca
gi|3 : aaaagTAAGATAATTTATTTCCTCCAAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATAT------A----TATATT-TTT---T--A--ATGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----AGCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAACACGGTGCGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AT-AAA--------------ACA----CAA-C------AAC----------AA------AAC----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATATTAAGTAA-CCTTT---T-TTTACCGCCTG-AT----GATTTG-TA--G-----------------TTACTT--TAAACTAAAACGTACTATGA--------C------TTTTTT----ATGTCATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTTTTTATTGTCA
gi|4 : gataaaaTAAG-TATTTTATTTTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCAT------A----TTCATT-TCT---A--A--ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----AA-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AACAAAGTATGTACA------TAAC-------------T--------------------C-ACA--------------ACT---ATAA-C-C----CCACCCCC-----AC------CAC--CAAAAC----------CAA----A-------A--AACA-GCAACACT--TA---ATATAATTTA-GT-TACCTTA------CGTTTA--TAATTA------G-AC----ATAACA-TC--A------T---TAGAT--CTATTT--TAAATTAAAACGTCCAACGAAACGTT-TT------TTTTTT----ATCTCATCATTG-TGT-----ACA--------CTTTATTAAGAATTGTCACCA
gi|5 : TAAGATATTTGATATCCTCCAGTGGTATAG----GC--GAGCAT-TAACAT------A----TACAAT-TT------------GACA---------------------------ACG----AACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGTC---------G--AT-------------------AT-GAA--------------AC----AC-----------------------AA------AAC--C-ACAA----------CAA----T----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATT---TAAGGG--T---TACTTAACACCTG-AT----A----A--A--A------TTGAT--AT--TAATTT--TAAACTAAAACGTACAATGCAA--TA-CG------TTTTTT----ATGTCACCATTT-TGT-----ACA--------CTACATTAAAGATTGTCACCa
gi|6 : taagaATATA-CAATTTA---ACA----AACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--ACGGCAAACATCACAATCATAAA-AAA--------------ACA---ACAA--------AAA----------AACACAACAACAACAACAC----------CAA----A----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACAATAAGTAAGCA-TT---TATTGAACGTCTG--T----AT-----TA--A------------------TACTT--TAAACT-GAAC-TAC----AAAC-TT--------------------TATTATTA-TT-TAT-------------------TATTAATGATTGTCAC
gi|7 : gataagacaaaataagataataagataagttaaTAAATACAACGTGTGCA------TGAC---------G--A--------------------AA-ACA--------------ATC---ACAATT-T----AAAAGGTAAAAATAA------AAT--AAAAAT----------CAAATAGA----TATG--ATCACAGGCACCG--AGACCATCCAGCCAAGTT-CACAATAAGTAAGCGTTG---C-TTTAACGCC----T----A---TA-TC--G------T---T--A--------T--TAAAC-AAA---TAC-----AGC-TTAGT------TATTTT----ACGTTAATATTT-TAG-----AAA--------TAATATTAA
gi|8 : TCCAATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--AT------A----TACGTT-TAT---A--T--ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACAACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAAAT--AGTCTGTGCA------TGAT---------GAAATACTCCAGTTATAGACAG--AA-AAA--------------AAA---AAAA-G-A----AGA----------AA------AAC--AAACATGCATGCAGAACAG----A----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAAC-----T-TACAATAAATAAGAA-TT---TATTTAACGctatattaactttgaaaatgattaacaatgaaatctg
gi|9 : TAAGATATTTTATTTCCTGCAATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACAT------A----TACACT-TTT------A--ATGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----AACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAATACAGTTTATTCA------TGAC---------A--AT-------------------GGTATA--------------ACAATCACAA-T-T----ATA----------AA------AA---CAACAA----------CAA----A----TA
blockSeqs : TCCT TC C ATACAT AATA C ACAAT TACATGT T AAA ACAC GTTC GTGACC G AAGTCACTGATAGTAATAAATT . GAAATACTCCAGTTATAGACAGAAAAAAAAAAAAGAAGA CACAAC CAACA TGCATGCAGAA ATAG . TG AT A A TACCATTTATCTA T . GCTT . CTAGTTACTTTATAGT TA G ATTAAAACTCTTTTCTTTTTTG A GTACA TTGTATAT T
blockSeqs : . . . . . . ACAAT . . . . . . . . . GACGGCAAACATCACAATCATAAAAAAACAACAAAAA . CCC C . . . . . T TAATATTTT C . CCTT . ATTGATATT . G AACGAAACGTTTTTTTTTT . . . A
blockSeqs : . . . . . . TAA . . . . . . . . . GAAAACAATCACAATTTAAAAGGTAAAAAT . ACA A . . . . . T AAGCATTTA C . ACTT . ATTAGATC . T AATGCAATACGTTTTTT . . . T
blockSeqs : . . . . . . GA . . . . . . . . . GAAATAATCACAAATATAAATAAA . CCA C . . . . . A TATCATTTA T . ACGT . ATTATT . G AATGAAACTGTGTTT . . . T
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . AATGGTATAACAATCACAATTATA . TAA C . . . . . T AAGCATTTA C . ACTG . GTTAT . G AATAACACTTGTTT . . . T
blockSeqs : . . . . . . AG . . . . . . . . . TCACAACTATAACCCCACCCCC . CAA A . . . . . A AAGCGTTGC C . ACTT . GTTA . G AGTGAAACTTTTTT . . . T
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . ATAAAAAACAACAACCAAA . CA C . . . . . T AAGAATTTA T . GATT . GTTA . G AGCTTAGTTATTTT . . . G
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . GATATAAAACACAACAAC . CC C . . . . . T AACCTTTT T . ATAA . TT . G TATGACTTTTTT . . . A
blockSeqs : . . . . . . TA . . . . . . . . . GATTTAAATACCAAAC . CA A . . . . . T CGTTTATA T . AT . TT . G AAACTT . . . T
blockSeqs : . . . . . . AA . . . . . . . . . GATATGAAACAC . C C . . . . . A AAGGGTTA . . A . GT . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AT . . . . . . . . . . C T . . . . . A AACCA . . A . A . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . A TGTTA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TGTTA
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : AA******* ****** **** ACTT**** GTTATT*************** AATGAAACTTTTTT****************
originalCons : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTAACGCCCG-AT----ACTTTA-TA--A------T---T--AT--TTACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAAC-TT-TT------TTTTTT----ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
finalCons : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTTAA-------ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTAACGCCCG-ATACTT----TA-TAGTTATT---------------TACTT--TAAACTAAAACGTACAATGAAACTTTTTT----------------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222222222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 11111111111 1111111111111 1111 3333333333333333333 11111 11111111 11111111
lowQualScore : 6666 33 2 888888 6666 2 666666666 0 9999999 2 444 5555 6666 888888 2 5555555555555555555555 888888 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 888888 55555 33333333333 6666 6666 44 0 0 44 3 1 8888888888888 3 5 3 5555 0 6 9999999999999999999 44 3 1 555 0 44444 1 3 33333333 3 1 3 99999 33333333 1
lowQualScore : .... .. . ...... .... . ......... . ....... . ... .... .... ...... . ...................... ...... .................................................................................... ...... ..... ........... .... .... .. . . .. . . ............. . . . .... . . ................... .. . . ... . ..... . . ........ . . . ..... ........ .
lowQualScore : 1111 99 9 222222 1111 9 222222222 1 3333333 7 777 7777 1111 222222 9 4444444444444444444444 222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888 88888 66666666666 5555 5555 66 9 2 22 1 0 8888888888888 1 0 3 0000 4 7 7777777777777777777 22 5 0 444 5 22222 8 3 22222222 7 5 6 11111 22222222 0
consensus : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTA-ACGCCCG-AT----ACTTTA-TA---GTTATT--T-------ACTTTA--AACTAAAACGTACAAT---GAAAC-----TTT-TTT--------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
Reference ( family-669 ) : NTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CAACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACANTAAGTAAGCGTTT---TATTTA-ACGCCCG-AT----ACTTTA-TA---GTTATT--T-------ACTTTA--AACTAAAACGTACAAT---GAAAC-----TTT-TTT--------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|1 : TTTCCTCCAATGGTATAA----GA--GAGCAT-AAACAT------A----TACATT-TATACAA--A--ATGACAGA-------ACATATA--AATTTG---ACA----AAACATCATA----TCG------TAT-T----------------------ATAGATACAGTATGTGCACGAAGGTGACATGAATAAAG--GT-------------------GA-AAAGGGGGTGGAGACACACA---AAAA-CACACAAAAA----------AA------AAC--TAACAC----------CAA----ATACGTATA--AGCATTTGCAGCT--GAATTATACAACTAACAT-TACAATAACGAAGCG-TT---CATTTA-ACGTCAGTATCATAACTTTACTAAT-GTAATT--T-------AGTT----ATCTAATGTTTATATTTTAGAGAA-----TAA-TTT--------AAATTAACATTT-TGT-----ACA--------CAATATTAAGAATTGTAACC
gi|10 : tacaataagagatcagctaatTAAGATAACTAATTTCCTCCAATGGTATAG----GA--GAGCAT-AAACAT------A----CACATT-TTT---G--A--ATGAC-GA-------ACATACA-CAATTTG---ACA----AACCATAGTA----TCAGTGACCTAT-TAAGTCACTGATAGTAATAAATTATAAATACAGTATGTACA------TGAT---------G--AT-------------------TT-AAA----------------------TA-C-C----AAAC---------AA------AAC-----CAC----------C-A----A----TATA--ATTATtg
gi|11 : acataaATATTTTATTT-------TGGTACAG----GA--CAGTAT-AAACAT------A----TACATT-TCT---ACAAT-ATGACGCA-------ACATATA-CAGTTTA---ACA----AAATATAGCA----TGT------TAT-T----------------------ATAAATACAATATTCACA------TGAT---------G--A--------------------AA-TAATC------------ACAAATATAA-A-T----AAA----------AA------AA---CAA-AA----------CAA----A----TATA--ACC
gi|12 : agattac---ACAA-A-T----AAA----------AA------AA-----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCACATGATACT--TAATTATACAACAAACATATA-AATAAGTTAATATTT---T-TTCA-CCGTCTG-AC----GCTTTA-CA---GTTAT-------------TTCA--AACTAAAAC-------------------------------------GTTATAATTT-TGT-----ACA--------CTATATTAATGACTGTCAC
gi|13 : ATGAAACT--TAATTATAAAACTAACAT-TTCATTAAGTAACCATT---------A-ACACCCG-AT----CCTTTA-TACTAGTTACT--TTATAGTTACTTTATAAACTAAAACGTACAAT---AACAC-----TTG-TTT--------ATGTTATCGTTT-TGT-----ACA--------CTTTAGTAGAGATTGTCAaagc
gi|14 : TAAGATATTTTATTTCATCCAGTGGTATAG----AA--GAACATCAAACAT------AAATATACATG-TTT---A--A--ATGACACA-------ACATATA-CATTTTC---ACA----AACCATAGTA----TTA------TGA-T----------------------ATGAACACAGTATGTATA------TGCC---------G--AT-------------------AA-Att
gi|15 : taagatgagataAAACTATTAATTATACAACTAACAT-CACATTAAAC-----TGT---TACTTA-ACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-------TT--T-------ACTTTA--AACTAAAACGTACAAT---GAAA
gi|16 : aATC--T-------ACATTA--AATTAAAATTTCCAAT---GAAAC-----TGTGTTT--------ATGTTATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTGATAATTGCCACCAatctagaatgtctttggtaatttat
gi|17 : aatatagttatgttaagtttagaggcaaaagcatgcgAGTAAGCATTT----ATTTA-ACACCTG-AT----ACGTTA-TA---GTTA-------------CTTTA--AACTAAAACGTACAGT---GAAAC-----TTT-TTT--------AAGTTATCGTTT-TGTGTACAACATTGTATATCTATATTAATGATga
gi|18 : GGTATAT----GA--GAGCAT-AAACATATACATA----TACATT-TTT---A--G--ATGACAGA-------ATATATA-CAATTTG---ATA----AACGGTCGTA----TGG------TAT-T----------------------ATAAATCAAGTATGTGCA------TGAT---------G--AT-------------------A
gi|19 : GATATTTTACTTCATCTAATTGCACAA----AA--AAGCAT-AAACTT------T----AACATT-TAT---AC-AATATGGCAGA-------ACATATATTAATTTG---TCA----AAAAAATGTA----TTA------TAA-T----------------------ATAAA
gi|2 : TAAGATATTTTATTTCTTCCAATGGTATAG----GA--AAGCAT-AAACAT------A----TACATTCTTT---A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAATTTG---ACA----AATCATAGTA----TTA------TAT-T----------------------ATAAACACAGTATGTACA------TGAT------------AT-------------------AA-AAA--------------ACA---ACAA-C-C----AAA----------AA------AAC--CCACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGAAACT--TAATTATACAACTAACAT-TACAATAAGTTACCATTTATCTATTTA-ACGCCCG-AT----ACTGTA-TA---ATTATT--T-------ACTTTA--AACTAGAATGTACATT---AAAAC-----TCT-TTTCTTTTTTGATGTTATCATTTATGT-----ACA--------CTATATTAATGATTGTCACCA
gi|20 : gGTATGG----GA--GAGCAT-AAGCAT------G----TACATT-TTTT--A--A--ATGACAGA-------ACATATA-CAA---------------ACCATAGTA----ATA------TAT-T----------------------ATTAATACAGTATGTATA------TGAC---------G--AT-------------------GG-AA
gi|21 : T--TAATTATTCAACTAACAT-CACATTAAGC-----TGT---TACTTA-ACGCCCG-AT----ACTTTA-TA-------TT--T-------ACTTTA--AACTAAAACGTACAAT---GAAAA-----TCT-T
gi|22 : aactaTAAGATATTTTATTTCCTCCAATGGTGCAG----AA--GAGCAT-CCACAT------A----TACATT-TTT---A--A--ATGACAGC-------ACATGCA-CAATTTG---ACA----AAC
gi|23 : caagaAA----------AA------AAA--CAACAA----------CAA----A----TATA----CACATGCAACT--TAATCATACAACCAACGC-TTCAATAAGTTATCA-TT---TATTTttca
gi|3 : aaaagTAAGATAATTTATTTCCTCCAAAGGTATAGTCCTGG--GAGCAT-AAATAT------A----TATATT-TTT---T--A--ATGA-AGA-------ATATATA-CTATTTG---ACA----AGCTATAGTA----TTA-------AT-T----------------------ATAAACACGGTGCGTACA------TGAC---------G--AT-------------------AT-AAA--------------ACA----CAA-C------AAC----------AA------AAC----ACAC----------CAA----A----TATA--ATCATATGGAATT--TAATTACACAACTAACAT-TATATTAAGTAA-CCTTT---T-TTTA-CCGCCTG-AT----GATTTG-TA---G----T--T-------ACTTTA--AACTAAAACGTACTAT---G--AC-----TTT-TTT--------ATGTCATCATTT-TGT-----ACA--------CTATATTTTTTATTGTCA
gi|4 : gataaaaTAAG-TATTTTATTTTCCATAATGCTGTAG----TA--TAGCAT-AATCAT------A----TTCATT-TCT---A--A--ATGACAGA-------ACATACA-CAAT------ATA----AA-AATAGCA----TTA------TATGT----------------------AT-AACAAAGTATGTACA------TAAC-------------T--------------------C-ACA--------------ACT---ATAA-C-C----CCACCCCC-----AC------CAC--CAAAAC----------CAA----A-------A--AACA-GCAACACT--TA---ATATAATTTA-GT-TACCTTA------CGTTTA--TAATTAGAC------ATA---ACATCATTA---G--ATC--T-------ATTTTA--AATTAAAACGTCCAAC---GAAACGTTTTTTT-TTT--------ATCTCATCATTG-TGT-----ACA--------CTTTATTAAGAATTGTCACCA
gi|5 : TAAGATATTTGATATCCTCCAGTGGTATAG----GC--GAGCAT-TAACAT------A----TACAAT-TT------------GACA---------------------------ACG----AACCATAGTA----TTA------AAT-T----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGTC---------G--AT-------------------AT-GAA--------------AC----AC-----------------------AA------AAC--C-ACAA----------CAA----T----AATA--ACCATATGAAACT--TAATTATACAACTTACAT-CACATT---TAAGGG--T---TACTTA-ACACCTG-ATAA--AATTGA-TA----TTA------------ATTTTA--AACTAAAACGTACAAT---GCAATACG--TTT-TTT--------ATGTCACCATTT-TGT-----ACA--------CTACATTAAAGATTGTCACCa
gi|6 : taagaATATA-CAATTTA---ACA----AACCATAGTA----GTA------TAT-C----------------------ATAAATACAGTATGTACA------TGAC---------G--ACGGCAAACATCACAATCATAAA-AAA--------------ACA---ACAA--------AAA----------AACACAACAACAACAACAC----------CAA----A----TATA--ATAATACGAAACT--TAAATACACAACTAATAT-AACAATAAGTAAGCA-TT---TATTGA-ACGTCTG---------------------TATTAAT-------ACTTTA--AACT-GAAC-TAC-------AAAC-----TTT-ATT--------A--TTA----TT-TAT-------------------TATTAATGATTGTCAC
gi|7 : gataagacaaaataagataataagataagttaaTAAATACAACGTGTGCA------TGAC---------G--A--------------------AA-ACA--------------ATC---ACAATT-T----AAAAGGTAAAAATAA------AAT--AAAAAT----------CAAATAGA----TATG--ATCACAGGCACCG--AGACCATCCAGCCAAGTT-CACAATAAGTAAGCGTTG---C-TTTA-ACGCC----T----A---TA-TC---GTTA---------------TTA--AAC-AAA---TACAGC---TTAGT-----TAT-TTT--------ACGTTAATATTT-TAG-----AAA--------TAATATTAA
gi|8 : TCCAATGGTACAG----GATCTAGCAT-AA--AT------A----TACGTT-TAT---A--T--ATGAC--------------ATA-CAAATTGAAAACAACACAACCATAGTAGTTCTTA------TAT-T----------------------ATAAAT--AGTCTGTGCA------TGAT---------GAAATACTCCAGTTATAGACAG--AA-AAA--------------AAA---AAAA-G-A----AGA----------AA------AAC--AAACATGCATGCAGAACAG----A----TATATGATAACGTGCAACT--TAATTATACAAC-----T-TACAATAAATAAGAA-TT---TATTTA-ACGctatattaactttgaaaatgattaacaatgaaatctg
gi|9 : TAAGATATTTTATTTCCTGCAATGGTACAG----GA--GAACAT-AAACAT------A----TACACT-TTT------A--ATGACAAATACATGTATATATA-TAATTTG---ACA----AACTACAGTA----TCA------TAT-A----------------------TTAAATACAGTTTATTCA------TGAC---------A--AT-------------------GGTATA--------------ACAATCACAA-T-T----ATA----------AA------AA---CAACAA----------CAA----A----TA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GTGTAGAAAAGGAAGCAAACTGTGTCAGAATGACATCATCGTGAGTTTCAAGAAAAGTTTCAA