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lowQualScore : ...... . ...................................... ..... .. ......................... .. .. . . . ........... . .. .. . ..... . ............................ . .. .. .... ................ .... . . . ........ . . ....... . ... . ....... . .. . . ........................................ . .. . .... . . ...... . . . . .
lowQualScore : 222222 7 22222222222222222222222222222222222222 33333 77 4444444444444444444444444 55 55 9 4 9 77777777777 0 55 55 0 55555 6 8888888888888888888888888888 9 22 66 4444 9999999999999999 8888 4 4 4 00000000 1 4 0000000 9 333 4 0000000 4 55 4 2 5555555555555555555555555555555555555555 2 00 2 2222 7 1 222222 7 7 7 0 7
consensus : AGAACGATT--ATTGATTGAGAATTACATTAGATGTAACGCATAT-CAT-TATGCA-TG--TGC-ATGT--AC---------ATGTTGTTTAC---TNAANGTTT--A---A-AATTACCTA-----TAA--TGT--AGAATTACAAGTCTGTGTTACG-CTTCCAGAT-T----ATCTAC-AT--T--TT-TCTTAAATTTTAGAATGAAATGTT-GAGAA-------------------------TTACATCTGGAATCAAGCAGATTGTCAACATGGNAA----GT--C------T------TTGGCAACG---AATA-GCC-T--CC-ATGCCTNACCA-CAT-NTGA--T-TTNG-TATTG-TCNATAG-GCG--ACTCGCGAAGCAGAATCCAATG-A--GTATAAACTATATTTAGC-TT---TAG----TAAACACGTGTATTGGACCCAACCTCATGAACCTACGT----TTTTGTAAGTGTNGCTT------ATGTGACGTCGGGCGTTTGTTTTACATCAGCGCGCATGAGCAACAGG
Reference ( gi|3 ) : AGAACGATTTTATTAATTGAGAATTACATTAGATGTAACTCATAT-CAT-TATGTA-TG--TAC-ATGT--AC---------ATGTTGTTTAC---TTAAAGTTT--A---A-AATTACCT------TAA--TGT--AGAATTATAAGTCTGTGTTACG-CTTCCAGATATAAAAATCTAC-AT--T--TT-TCATAGATTTTAGAATGAAATGTT-GAGAA-------------------------TCACATCTGGCATCTTGCAGATTGTCAATATGGTAA----GT--C------T------TTGGCAACA---AACA-GCC-T--CA-AGGCCTTACCA-CAT-TTGA--T-TTAG-TATTG-TAAATAA-GTG--ACTCGCGAAGCAGAATTCAATACAA-GTAGAAATTATATTTAGC-TT---TAG----TAAACACGTGTATTGGTCTCAACCTCATGAACCTACGT----TTTGGTAAGTGTAGCTT------ATGTGACCTTGGGCGTTTGTTTTACATCAGTGCCCATGGGCAACAGG
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gi|5 : ctcttcaacaaatcaacatttacgtcttacactttctgatttaAGAACGACT-----GATTGAGTAGTACATTAGATATAACGCATATGCAT----GTT-TG--TGCTATCT--ACT--------AAAATGTTTAC---TTAAA---T--A---A----------------AA--TGT--AGAATTAAAA
gi|4 : tggcggttcttccattggctgagaatggatagcaattctcggaaacatattaattggaaacataacggaaaattactgttcctagcgaaaattgttatgaatagtcgaccatttcacgtaatacgaaatgactgtactgactttgttaaaatgtaaacctgtaaaaacagtttgttggatgattgtattgattcaaaagtaaaacatggagctgtaaaaacaactatactcgtaacaaatcaatattttaggtttacgctttcttatttaATTGATTGGGAATTACATAAGATGTTAC----AT--GT-TCTGTT-AG--T-T-AT-T--A------------ATTGTTTAC---CTAAAAT----------AA-------------AA--TGT--AGAATTACAAGTCTGTGTTACG-CTTCTAG--------ATCTAC-ATGGT--TT-TCA---ATTTTAGAATGGAATGTT-G-----------------------------TT-TATCTGCAATCAAGCAGATTGTCAACATGTTAA----GTTAT------T------TTGGTATCG---AATA-GCCTT--CATAG--CTAACCA-CAT-TTG---T-TTTT-TATTGTTCAAT-G-GCGGCACTC---AAGCAGAATCCAAcaacattgtttttaaattttagaatgaaatgttg
gi|1 : gattattacaatatgacttactgtctttgttgaattgtaaacctgtaaaaagttcaaaagttgggtgcttatatcgattcaaaagtaaaacaccgtgttgtaaacttttaaatgtcatagtactcaacaaatcaacattttagtattgcgctttctgatttaagaatgATTGGTTAAGAATTACATTAGATATAACGCATATGCATGTATGTATTGTTTACTATGCTAACCTAAATAAAATATGGATTACAAGTTAAATTTT--A---A-CATGA----------AA--TGTTGAGAATTA
gi|12 : tgtttaacgtcgaaacatttactttttattttattaccttcctggaaattgttttacttttaccatactgtctgtctgtagctgttcttccattgtttcagaatgattgtctgagctcggatagcaatactcggaaacatatttggaaacatcacagaatattactgttcctggcgataattaagtgctgtcaatagcctgccattctgcaccacatgatacgaaatgatttacggactttgttgaaatgtaattctgtaataagttcgttggatgattgtatcgattcaaaagtaaagacatcgtgttgaaaaaacacaatactcttcaacaaatcaacattttagtcttgcattttctgaattaagaatgATTGATTGAGAATTACATTAGATGTAA--------------TGCA-TA--TGC-ATAT--AT---------ATGTTGTTTAC---TAAATGTTT--ACCTA-AATAA----------AA--TGT--AGAATTACAAGTCTGTGTTACG-CTTCTAGAT--------CTAC-AT--T--TT-TTTTAC-TTTTAGAATGAAATGTT-GAGAATAACTTAATTTATATGTATTTAGAATTACATCTGGAATCAATCAGATTGTCAACActtcgaatcaagcagattgccaacatgacaatatggttattttggcagcgtatagcatgcctgccttaccacgtgtatcttttattgttcattggcgactggtgaagcaaaatgcaataaattataaactataaagcgttaaatattaaacaagtgtattagaattggccaaacctacgattttgcaagtgtagcctatctagatgtgacgtcaggcgtttatt
gi|10 : atcttacactttctgatttaagaatgTCATA--CAT-TATGCA-TG--CAG-ATCA--AT---------ATGTTGTTTAC---T--AAATCT--A--------TACCTAAA---TAAACTGT--AGAATTTCAAGGGTGTGTTACG-CTTTCAGGTATA------TAT--T--T--TT-TCA---ATTTTAGAATGAATTGAT-GAGAA-------------------------TTACATCTatga
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gi|6 : tta-CAT-TATGGA-TA--CGG-ATGT--AT---------GTGTTGTTTAC---TAAATGTTT--ACT-ATAATTA----------AA--TGT--AGAATTACAAGTCTGCTTTACG-CTTCTGGATCT------CTGTTAT--TGTTT-TTTTA-ATTTTAAAGTGAAAAGTT-GAGAA-------------------------TTCCATCTTGAATTAAGCAGATTGTTAATATG--AA----GT--CTGTTATT------TTGGCAAGC---AATA-GCC-TGCCT-A--CCTCACCA-CAT-GCAA--TGTT---TATGG-TTCATTT-GCG--ACACGCGAAGCAGAATCCAATGCA---T--AAATCATAc
gi|7 : gtttgatgattgtatagattcagaacttaaacaccgtgctgtaaaatcatttatcctacaattaatctacatttctgataaacgatggatttagaattaGT--AC---------ATGTTGTTTAC---T--AAGTTTTCA---A-AATTTTCTAAA---TAAAATGT--AGATTTACAAGTCTGTCATACGTCTT--AG---TA----CTTAC-AT--T--TT-CCTTAAATTTTAGAATGAAATGTT-GAGAA-------------------------TTACATCTGACATCAAGCAGATTGGCAACATGGAAT----GT--CTGTATTT------TTAGCAACG---AATA-GCA-T--CC-ATGCCTTACCA-CAT-TTGA--T-TTTG-TTTTA-CCGATAA-GCG--ATTCGTGAAGCAGAATGCAAT---------GAATAATCTTTA---TT---TAG--------CACATGAACTGGATCGAACATCATGAACCTACGT----TTTTGAAAGTGTTGCTT------ATGTTACGTCGAGCGTT--TTTTACACCACTGCatgtgttaaataataaac
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gi|1 : tggcggttcttccattggctgagaatggatagcaattctcggaaacatattaattggaaacataacggaaaattactgttcctagcgaaaattgttatgaatagtcgaccatttcacgtaatacgaaatgactgtactgactttgttaaaatgtaaacctgtaaaaacagtttgttggatgattgtattgattcaaaagtaaaacatggagctgtaaaaacaactatactcgtaacaaatcaatattttaggtttacgctttcttatttaagaacgactgattgagtagtacattagatataacgcatatgcatgtttgtgctatctactaaaatgtttacttaaataaaatgtagaattaaaacaTAAATTTTAACATGAAATGTT-GAGAA-------------------------TTACTTC--GAATCAAGCAGATTGCCAACATGACAATATGGTTAT------T------TTGGCAGCGTATAGCATGCC-T-------GCCTTACCA-CGT-GT-A--T-CTTT-TATTG-TTCATTG-GCG--ACTGGTGAAGCAAAATGCAATA-AA-TTATAAACTATA--AAGC-GT---TAAATATTAAACAAGTGTATTAGAATTGGCC----AAACCTACGA----TTTTGCAAGTGTAGCCTATCTAGATGTGACGTCAGGCGTTTATT
gi|13 : tgtttaacgtcgaaacatttactttttattttattaccttcctggaaattgttttacttttaccatactgtctgtctgtagctgttcttccattgtttcagaatgattgtctgagctcggatagcaatactcggaaacatatttggaaacatcacagaatattactgttcctggcgataattaagtgctgtcaatagcctgccattctgcaccacatgatacgaaatgatttacggactttgttgaaatgtaattctgtaataagttcgttggatgattgtatcgattcaaaagtaaagacatcgtgttgaaaaaacacaatactcttcaacaaatcaacattttagtcttgcattttctgaattaagaatgattggttaagaattacattagatataacgcatatgcatgtatgtattgtttactatgctaacctaaataaaatatggattacaagtAATAT--TGA----GA--A------T------TTGGAATCA---AGCA-GAC-G--C---GTACTTAACAACATGTTAC--TGTTAGATATTA-TATTT---GTG--ACATGCGAAGCAGAATCCAAT-----GTATAAACTATA--AAGCGTTGAATAT----TAAAACCGTGTTTTGGACCCAACCT-AT-AGTCTATATGACGTTTGTTAAATATA
gi|10 : ttataatgaTAA-GCG--ATTCGCGAATCAGAATCC
gi|10 : aattacatcatacattatgcatgcagatcaatatgttgtttactaaatctatacctaaataaactgtagaatttcaagggtgtgttacgctttcaggtatatattttttcaattttagaatgaattgatgagaattacatcttattttaggcacatgttatatctttttgttcgCTATGT----TTTTGTTAGTGTAGCTT------A-ATTACAT--GACGTTTGTTTTTCATCAGCGCGCATGAGCcttgtttaacgttattgagcccttcgctatgtttttgttagtgtagcttaattacatgacgtttgtttttcatcagcgcgcatgagc
gi|11 : aattacatcatacattatgcatgcagatcaatatgttgtttactaaatctatacctaaataaactgtagaatttcaagggtgtgttacgctttcaggtatatattttttcaattttagaatgaattgatgagaattacatcttattttaggcacatgttatatctttttgttcgtaagcgattcgcgaatcagaatcccttgtttaacgttattgagcccttcgTACGTGTTAATT------ACGTGACCTCGGATGTTTGTTTTGCATCGGCGCGCATGAGCAACAGG
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCCATTTTACGCCGAATAATATGAAATGAATTGCTGACTTTGTTGAAACGTAAACTTGTAAAAAGTTCGTTGGGTGATTGCATTGATTAAAAAGTAAAACATCATGCTGTAA
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Unaligned ( gi|16 ): CAAAAACATAATTGGAAATATCACGAAATATTACGGTTCCGAGCGGTATTTGAGTG
Alignments
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lowQualScore : ..... . . ....... . . . .. . ........................ .. . . .......... . .. . . .. . . ......................... . . ....... .. .... ................ . . . . . .. ... . .. ... .. . ........................................... . ... . ...... . .
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gi|10 : tgtttaacgtcgaaacatttactttttattttattaccttcctggaaattgttttacttttaccatactgtctgtctgtagctgttcttccattgtttcagaatgattgtctgagctcggatagcaatactcggaaacatatttggaaacatcacagaatattactgttcctggcgataattaagtgctgtcaatagcctgccattctgcaccacatgatacgaaatgatttacggactttgttgaaatgtaattctgtaataagttcgttggatgattgtatcgattcaaaagtaaagacatcgtgttgaaaaaacacaatactcttcaacaaatcaacattttagtcttgcattttctgaattaagaatgattggttaagaattacattagatataacgcatatgcatgtatgtattgtttactatgctaacctaaataaaatatggattacaagCATA-CATTATGCATGCAGATCAATATGTTGTTTACT-AAA--TCTA---------TACCT---AAA---TAAACTGTAGAATTTCAAGGGTGTGTTACG-CTTTCAGGT--A----TATAT--T--T-TT-TC---AATTTTAGAATGAATTGAT-GAGAAT-------------------------TACATCT
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consensus : AGAACGATTTTATTGATTGAGAATTACATTAGATGTAACGCATA-CATTATGCATGTGCATGTATATGTTGTTTACTAAA-TGTTTA------CCTA---A--A-TA-A----AATGTAGAATTACAAGTCTGTGTTACG-CTTCCAG-A--------T--------CTACATT----TT-TTTTAAATTTTAGAATGAAATG-TTGAGAAT-------------------------TACATCTGGAATCAAGCAGA-------TTGTCAACATGGNAA---GTC---T---A---TT---TTGGCAACGAATAGCCTCCATGCCTAACCACATGTGATT--TNG-TATTGTTCATNA-GCG--ACTCGCGAAGCAGAATCCAAT-------GA---A---TAA-A-CTA------------TA--T--------TTAG----CACGTGTATTGGGCCCAACCTCATGAACCT-----ACGTTTTTGTAAGTGTAGCTT------ATGTGACGTCGGGCGTTTGTTTTACATCAGCGCGCATGGGCAACAGG
Reference ( family-6568 ) : AGAACGATTTTATTGATTGAGAATTACATTAGATGTAACGCATA-CATTATGCATGTGCATGTATATGTTGTTTACTAAA-TGTTTA------CCTA---A--A-TA-A----AATGTAGAATTACAAGTCTGTGTTACG-CTTCCAG-A--------T--------CTACATT----TT-TTTTAAATTTTAGAATGAAATG-TTGAGAAT-------------------------TACATCTGGAATCAAGCAGA-------TTGTCAACATGGNAA---GTC---T---A---TT---TTGGCAACGAATAGCCTCCATGCCTAACCACATGTGATT--TNG-TATTGTTCATNA-GCG--ACTCGCGAAGCAGAATCCAAT-------GA---A---TAA-A-TT-------------TA--T--------TTAG----CACGTGTATTGGGCCCAACCTCATGAACCT-----ACGTTTTTGTAAGTGTAGCTT------ATGTGACGTCGGGCGTTTGTTTTACATCAGCGCGCATGGGCAACAGG
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gi|10 : tgtttaacgtcgaaacatttactttttattttattaccttcctggaaattgttttacttttaccatactgtctgtctgtagctgttcttccattgtttcagaatgattgtctgagctcggatagcaatactcggaaacatatttggaaacatcacagaatattactgttcctggcgataattaagtgctgtcaatagcctgccattctgcaccacatgatacgaaatgatttacggactttgttgaaatgtaattctgtaataagttcgttggatgattgtatcgattcaaaagtaaagacatcgtgttgaaaaaacacaatactcttcaacaaatcaacattttagtcttgcattttctgaattaagaatgCATA-CATTATGCATGCAGATCAATATGTTGTTTACTAAA-TCTATA------CCTA---A--A-TA-A----ACTGTAGAATTTCAAGGGTGTGTTACG-CTTTCAG-G--------T--------ATATATT----TT-TTC--AATTTTAGAATGAATTG-ATGAGAAT-------------------------TACATCT
gi|10 : aattacatCACATGTTATA--TCT-TTTTGTTCGTAA-GCG--ATTCGCGAATCAGAATCC-------------------------CT-------------TG--T--------TTA------ACGT-TATTGAGCCC---TTCG-----CT-----ATGTTTTTGTTAGTGTAGCTT------A-ATTACAT--GACGTTTGTTTTTCATCAGCGCGCATGAGCtattttaggcacatgttatatctttttgttcgtaagcgattcgcgaatcagaatcccttgtttaacgttattgagcccttcgctatgtttttgttagtgtagcttaattacatgacgtttgtttttcatcagcgcgcatgagc
gi|11 : aattacatcatacattatgcatgcagatcaatatgttgtttactaaatctatacctaaataaactgtagaatttcaagggtgtgttacgctttcaggtatatattttttcaattttagaatgaattgatgagaattacatcttattttaggG-CTTTCAG-G--------T--------AAACATT----TT----TAAATTTTAAAATG-AATGTTTGAGAAT-------------------------TACATCTGGCGTCAAGCATA-------TTGCCAACATGAAAC---GTC------------T---TTGGCAACGAATAATCTCCAAGCTTAACCATATATTATT--TCT-TACTGTTC-TTA------ATTTGCGAATCTGAATCCAAT-------G---------------------------------T--------TTAG------CGT-TATTTGACCCAA--TTA------T-----ACGTGT---TAA-------TT------ACGTGACCTCGGATGTTTGTTTTGCATCGGCGCGCATGAGCAACAGG
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gi|13 : CGTACTTAACAACATGTTACTGTTAGATATTAT--ATTT-GTG--ACATGCGAAGCAGAATCCAAT-------GT---A---TAA-A-CTATAAAGCGTTGAATA--T--------TAAA----ACCGTGTTTTGGACCCAACCT-AT-AGTCTATATGACGTTTGT-TAAATATAttactgttagatattatatttgtgacatgcgaagcagaatccaatgtataaactataaagcgttgaatattaaaaccgtgttttggacccaacctatagtctatatgacgtttgttaaatata
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCTGCCATTTTACGCCGAATAATATGAAATGAATTGCTGACTTTGTTGAAACGTAAACTTGTAAAAAGTTCGTTGGGTGATTGCATTGATTAAAAAGTAAAACATCATGCTGTAA
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Unaligned ( gi|16 ): CAAAAACATAATTGGAAATATCACGAAATATTACGGTTCCGAGCGGTATTTGAGTG