lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 22222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 111111111111111 11111111111 11111111111 3333333333333333 55555555555555555555555555555555555555555555555555 1 2222 33333333333333 111
lowQualScore : 0 44444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 99 55 2 777777777777777 44444444444 3 44444444444 3 0 88888 7777 2 9 9999999999999999 0 7 55 9999 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 2222 5 77777777777777 5 2 111 66
lowQualScore : . ..... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. ...... .. .. . ............... ........... . ........... . . ..... .... . . ................ . . .. .... .. .................................................. . . .... . .............. . . ... ..
lowQualScore : 0 55555 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555 00 00 2 555555555555555 66666666666 7 66666666666 7 1 55555 2222 1 2 2222222222222222 4 4 00 1111 55 11111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 6666 0 11111111111111 2 0 111 22
consensus : CGTAAAAACTA-TTGGCN-TTCAA------AG----CTGG---AACTCACCATGCG-A-AT--GTTTGANTTTT----AGT-----TNA-GTTTTTTCCGA--AT-----------CTGTG-ACACTGTTTTATAT---------T-T---------------TCTTGT-A---------A-T---------------ATT------------------CTT--CGT------TAT----G--TCT--TTCTNAC---ACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATG-----TTTATTTT-------GATTTTTGCAAGAAT------TT------CTTTGA-T--GTTCCGTGA-----A-----TCAATTCT-----------TCGTC-----------AATTCGTC--A--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CTC---TT--AC---TTTC---AA----CA-GAAAGCAATGTGACCTCTTA--TGTAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTA-G--ACGTT-TCTAC----AT-----A--TGACTCTAGATGTAANATTAATGATTTGATA
Reference ( gi|4 ) : CGTAAAAACTA-TTTGTA-TTCAA------AG----TTAG---ATTTCACTATGCGCATAT--GTTTGTATTTT----AGT-----TTA-GTTTTTTCCGAG-ATGGTC----AA-CTGTA-ACACTGTTTTATAT---------T-T---------------TC---------------A-T---------------ATT------------------CTT--CGT------TAT----G--TTT--TTCTAAT---ACTA-AGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATG-----TTTATTTT-------GATTTTT-------T------TT------CTTTGG-T--GTTCCGTGA-----A-----TAAATTCT-----------TCATC-----------AGTTCGTC--A--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT------T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CTC---CT--AG---TGTC---AT----CA-GAAATCAACGTGAACTCTCA--TGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTA-C--ACGTT-TCTAC----AT-----T--TAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATA
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACC-TTCAATGACTAAGCTATTTAG---AACTTATCATGC-C---T--GTTTGAAGTTT----TGT-----TTT-GCTTTT-CCGA----------------------CACTGTTTTATAT---------T-T---------------TCTTGTG----------A-G---------------ATTGA----------------TTC--CGG------TAT----GTATTT--TTTTAAT---AGGA-AGA----AATAGCC------T------CACATACATG------TTGTTTT-------G---TTTGCAAGAAT------AT------CTATGT-T--TTTCTGTAAACTTGA-----TCAATTTT-----------TCGTC-----------AGT
gi|3 : tGTAAGAACTA-TT-GTACTTCAA------AG----CCGGGAAAT---ACCATG-G---AT--CTTTGAATTTT----AGTGTGTTTTA-TTTTTTTC------TGGCT----AT-CTGTG-ACACTGTTTTATAT---------T-T---------------TCTTGTGAGACTCAATCA-T---------------ATT------------------CTT--CAC------TGT----C--TCT--TTCTTAC---ACTA-AGAAA--AATCGAT------T------CATATACA---------TATTTT--------ATTTTT-------A------TTGAACGACTTAGA-T--GTTCCATGA-----A-----TTAATTCT-----------TCGTCAAATCACCGTTAATTCGTC--A--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGC----TGCGTACAATTCGATATTACTTTT--CTC---TT--AC---TTTC---AA----CA-G-------TGTTACCACTTA--TA---------TG---TTTCGTGTG-CAGACATT-TCTAC----AT-----A--TGACTCTAGATGTAATTTTAAgc
gi|2 : GTAAAATCTAATTGGCC-TTCGA------AG----CTGG---AAT-CAC-----GAATTTTAGTTT-TCTTTTTCTGAGT---------ATTTTTTCTGAGTAT-----------CTGTG-ACACTGTTTTATAT---------T-T---------------TCTTGTAAAACTGATTCA-T---------------AGT------------------TTT--CATAACAGGTAT----G--TTT--GTCTTAC---ACTA-GGAAGA-AATTGCC------T------CATGT--ATGGGTTTTTTATCTT-------G-TTATTGCAAGAAT------TT------CTATGA-T--GTTATGTGA-----ACTTGATAAATTCT-----------TTGTC-----------AATGCAC------AAC--TG---TGGTT--CAA------------------TGTCGA-----TTTTC--CAC---TT--A-------C---ATTAAACA-AAAAGCAATGCAACCTCTTT--TTTAATTATCT-GTTTT--CTTTTA-G--ACACT-TCTAC----ATACATGTA-TACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATAttg
gi|1 : ttAAAACTA-ATTGCA-TTCAA------GG----CTAA---AACTTACCATTCATACAC--ATTTGATTTTT----AGC-----TCA-GCTTTT-CTGAG-TAGATCTTATAATCTGTG-TCACTGTTTTATAT---------T-T---------------TC---------------A-TTTGTCACGGATTCATATT------------------CTT--CAT------TATTTATG--TCT--TTCTCAC---AATATGGAAAAGA--CGCT------T------CTTATGCAGG-----TTCATTTT-------GATGTTT-------CAACAACTT------CTTTGA-C--ATTCTGTGA-----A-----TCAATTCA-----------TTGTT-----------AACTTGTC--A--AAC--AGATTT-GATTTCAAGACT------T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CTC---CT--AC---TTTCTC-AA----CA-AAAAACAATTTGACCTCTTA--TGAGCCTCTCTTGTTT---CATTTA-G--ACGTT-TCTAC----AT-----A--TGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|7 : t----TTGA---ACTTCACTAGA-----AT--GTTTGAGTTTT----AGT-----TGACGTTTTTT--AAT-AT-----------CTGTGGACTCTGTTGTATAG---------TGT---------------TT---------------AGT---------------GTT------------------TCT--TGT------TAA----T--TTT--CTTCAATTGAGTTA-AGAAAATAG-CGCCATCTAAT------CATATACATG-----TCTGTTT---------GTTTTTGCAAGGAT------TT------CTTTGA-T--GTTC----------A-----CTAATTCT-----------TCGCC-----------AATTCATC--T--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----Ct
gi|5 : tgcttgatggtcatgctttatttaaaatatatacctttgaatcAT--GTTTGAGTTTT----AGT-----TGACGTTTTTT--AAT-AT-----------CTGTGGACACTGTTTTATATTGTTTAGTGT-T---------------TCTTGTTA---------A-T---------------ATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCGT------TAC----G--CTT--T-CTTAC---ACTA-AGAAAATGG-CGCC------TGCTAATCATATACATG-----TCTATTT--------GCTTTTTGCAAGAAT------TT------CTTTGA-T--GTTTCGTTC-----A-----CCAATTCT-----------TCGTC-----------AATTCATC--C--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CCC---ACAAAG---TATTTTAAA----CA-AAAGGAAATGTGACCTTTTACTT---ACTCTCTTGTTTCTTt
gi|6 : ttaaaatatatacctttgaagcttgaactttcatagaCACTGTTTTATAT---------T-TCCTTGTGTGACCGATTC---------------A-T---------------ATT------------------CTT--TAT------TAT----G--TCTCTTTCTAAC---ATCA-AAGAAATTATC----------------------------------ATTTT-------CGTTATTGCAAGAAT------TC------AATTGA-T--GTTCTGTGA-----A-----TAAATCTT-----------TCGTC-----------AGTTCATC--A--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT------T-----TAGTTCAATGTTA--CTT--CCC---TT--AC---ATTC---AA----CA-GAAAGCAATGCAACCACTTA--TGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGA--ATGTT-TCTTC----AC-----A--TGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATAgtaga
gi|13 : tgttgg--TCT--TTCGTAC---ACTA-A---AATAA---CT------T------CATATACATG-----TATATTTTCTTTAAGGATTTTT-------TAGATG-TT------CCTTGGATCAATTCTGTG------------TCAATTTA-----------TCGTC-----------AGTTCGTC--ACAAAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGCTGCGTG----CAGTTCGACGTTATTTTT--CTC---TT--At
gi|8 : AAAAAATCACT------T------CATATGCAGG-----TTTATTTT-------G-TTTTTGAA----T------TT------CTAAGA-T--GTTCCGTGA-----A-----TCAATTCTTTGTCAATTCATCGTC-----------AATTCGTCATA--AAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGC----TGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CTC---TT--AC---TTTC---AA----CA-GAAAACAGTTTGACCACAAA--TA---------TGTTTTTTTTTTTA-G--ATTTT-TCTGT----AT-----A--TGACTGTAGATGT-AACTT--TGATTTGActt
gi|14 : -------T------TT------CTTTGA-T--GTTCCATTA-----A-----TTAATTCT-----------ACGTC-----------AATTCCTC--A--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT------T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT
gi|15 : ttttgcaagaaTTTGA-T--GTTATGTTC-----A-----TCACTTCT-----------TCATA-----------AATTCATC--A--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT------T-----CAtgtaattttctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|10 : atgtctattacatttctgcaagaattgtTCCGTTA-----A-----TCGATTGT-----------TTGTC-----------ATTTCATA--T--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT------A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATAC---CT--AA---CTTC---AA----CA-AAAG-----GTAA----TTG--TGTAATTATCTTATTTCTC-----A-G--ATGTT-CCTAT----AC-----A--TGACTCCAGATGTg
gi|16 : attatcaaatatgtttgtttacgttttgcaaaaaa-----------TTATC-----------ATTTCGGC--A--AAT--AAATTTAGTTTT-AAAG--------T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CTC---TT--AC---TTTC---AA----CA-AAAAGCAtataaccgattctttttgatat
gi|12 : ttgacagtgtaAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CCCTTACT--AGAAATTTC---A------ATGAAAGTAATGTGACCTCTTT--TGCAACTCTCTTG---TTTCATTAA-G--ATGTT-TCTACTCGTAT-----TGATCACTCTATATGT--AATAAATGAATTGATA
gi|14 : ttttggttaggtcgcatgTCTATGTTAATTTTCT--TGTAATTTTCTT--TTTTTCTTTTA-T--ATGTTATTTAC----A---------TGACTGTAAATGTAAta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GCTTTTGTAAAAGCTACCATGCATGCTTGTTTGTTTTGTTTTCTGAGTAGGCTATCTGACAATGTTTTTTATATTATGTTGTGATACTGATTTCGGTGTGTATTTCTTAGACTAGGAAGAAATCACCTCAACTGCATGCTTTTTGCTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 33333333333333333333333 1111 1111111111111 77777777777777777777777777 111111111 999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222 111111111111111111111 2222222222 11111 22222222222222222222222 11111111111 22222222 333 22222222222222
lowQualScore : 2 00000 1 444444 77777777777777777777777 0000 66 6 7777777777777 33333333333333333333333333 66 8 66 777777777 66 222222222222222222222222222222222222222222222 66 00000000000 66 55 55 1 0 4 666666666666666666666 3 555 5555555555 2 0 0 55555 22222222222222222222222 33333333333 44 44 33 2 77777777 44 3 88888 999999 44 1 2 6 0 0 111 1 4 4 11111111111111 33 3
lowQualScore : . ..... . ...... ....................... .... .. . ............. .......................... .. . .. ......... .. ............................................. .. ........... .. .. .. . . . ..................... . ... .......... . . . ..... ....................... ........... .. .. .. . ........ .. . ..... ...... .. . . . . . ... . . . .............. .. .
lowQualScore : 1 11111 0 444444 44444444444444444444444 6666 11 5 0000000000000 44444444444444444444444444 11 9 11 888888888 11 333333333333333333333333333333333333333333333 11 22222222222 11 55 55 0 7 0 555555555555555555555 1 444 0000000000 5 1 8 44444 22222222222222222222222 66666666666 22 22 99 2 88888888 66 3 33333 666666 66 1 3 2 1 7 222 0 0 4 88888888888888 22 4
consensus : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTG------------A--AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT-G----------A----------TATT------------------CTT--CG----T------TA--TGTCT--TT--CTTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATG-TTT---ATTT-TG-T-----TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTC-----------AATTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT--T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTCTTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Reference ( family-6369 ) : CGTAAAAACTA-TTGGCNTTCAA------AGCTG----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCCG------------A--AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT-A----------A----------TATT------------------CTT--CG----T------TA--TGTCT--TT--CTNACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATG-TTT---ATTT-TGAT-----TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTC-----------AATTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT--T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGTGACCTCTTATGTAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAANATTAATGATTTGATA
gi|1 : AAAACTA-ATTGCATTCAA------GGCTA----AAACT-TACCATTCATACAC----ATTTGATTTTTAGC-----TCA-G---CTTTTCTGAGTAGATCTTATA--AT------CTGT--G-TCACTGTTTT--ATATT---------TTCATTTGTCACGGATTC---A----------TATT------------------CTT--CATTATT------TA--TGTCT--TT--CTCACAATATGGAAAAGA--CGCT------T------CTTATGCAGG-TTC---ATTT-TGAT-----GTTT-CAACAACTTCTTTGACATTCTGTGA-----ATCAATTCA-----------T-----------TGTT-----------AACTTGT--CA--AAC--AGATTTGAT-TTCAAGACT--T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CT-C-----CTAC------TTTCTCAACAAAAAACAATTTGACCTCTTATGAGCCTCTCTTG---TTTCATTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|10 : tATATG-TTT---GTTTACG-------TTTTGCAAAAA--------AT---CCGTTA-----ATCGATTGT-----------T-----------TGTC-----------ATTTCAT--AT--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT--A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATA-C-----CTAA------CT--TCAACAAAAGGTAAT---------TGTGTAATTATCTTATTTCTC-----AG-ATGTT-CCTAT----A------C--ATGACTCCAGATGTt
gi|11 : attatcaaAA------AGCT------------ACCATGC----AT----GCTTG---TTT-GT-----TT---T--GTTTTCTG------------A--GTAGG---CTATCTG-ACAATGTTTTTTATATT---------ATG--TTGT-G----------A----------TACTGA----------------TTT--CG----G------TG--TGTAT--TT--CTTAGACTA-GGAAGA-AATCACC------T------CAACTGCATG-CTT-----TT-TGCTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGTtataaccgattctttttgatat
gi|12 : gcttttgtaAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT--T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CC-C-----TTACTAGAAATT--TCAAT-GAAAGTAATGTGACCTCTTTTGCAACTCTCTTG---TTTCATTAAG-ATGTT-TCTACTCGTA------TTGATCACTCTATATGTAATA--AATGAATTGATA
gi|13 : ttttggttaggtcgcatgTCT--TT--CGTACACTA-A---AATAA---CT------T------CATATACATG-TAT---ATTT-T--------CTTT--AAGGATTTTTTAGATGTTCCTTGG-----ATCAATTCTGTGTCAATTTAT-----------CGTC-----------AGTTCGTCACA--AAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGCTGCGTGCAGTTCGACGTTATTTTT--CT-C-----TTAC------TT--ta
gi|14 : -----TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCATTA-----ATTAATTCT-----------A-----------CGTC-----------AATTCCT--CA--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT--T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT-T-----GTAA------TT--T
gi|14 : TCTT--TTTTTCTTTTAT-ATGTTATTTAC--------------ATGACTGTAAATGTAATGTATATGATATGtctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|15 : ttttgcaagaatttctttgatgttccattaattaattctacgtcaattcctcaataaaattttgttttcaattcttaagttctatgttaattttcttgtaatttATG-TCT---ATTA-C-AT-----TTCTGCAAGAATTGTTTTGATGTTATGTTC-----ATCACTTCT-----------T-----------CATA-----------AATTCAT--CA--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT--T-----CAG
gi|16 : TC-----------ATTTCGG--CA--AAT--AAATTTAGTTTTAAAG-----T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAAAAAGCA
gi|2 : ttgacagtgtattaGTAAAATCTAATTGGCCTTCGA------AGCTG----GAA-T-CAC-----G-A-ATTTTAGTTTTCTTTTT--C-----TGA-GTATTTTTTCTG------------AGTAT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT-A----------AAACTGATTCATAGT------------------TTT--CA----TAACAGGTA--TGTTT--GT--CTTACACTA-GGAAGA-AATTGCC------T------CATGTATGGG-TTTTTTATCT-TG-T-----TATTGCAAGAATTTCTATGATGTTATGTGAACTTGATAAATTCT-----------T-----------TGTC-----------AAT--G------------------------CACAACT--G-----TGGTTCAATGTCGATTTT--CCAC-----TTAC------AT--TAAACAAAAAGCAATGCAACCTCTTTTTTAATTATC-TG--TTTTCTTTTAG-ACACT-TCTAC----ATACATGT--ATACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATA
gi|3 : ttGTAAGAACTA-TTGTACTTCAA------AGCCG----GGAAA-TACCATG---G-AT----CTTTGAATTTTAGTGTGTTTTA-TT--TTTTTCTG------------GCTAT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT-GAGACTCAATCA----------TATT------------------CTT--CA----C------TG--TCTCT--TT--CTTACACTA-AGAAA--AATCGAT------T------CATATACATATTTT---ATTT-TTAT-----T-------GAACGACTTAGATGTTCCATGA-----ATTAATTCT-----------T-----------CGTCAAATCACCGTTAATTCGT--CA--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGCTGCGTACAATTCGATATTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAG-------TGTTACCACTTATATG--TTTCGTG--------TGCAG-ACATT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATTTTAAT
gi|4 : CGTAAAAACTA-TTTGTATTCAA------AGTTA----GATTT-CACTATGCGCATAT----GTTTGTATTTTAGT-----TTA-GT--TTTTTCCG------------AG-ATGGTCAACTGT--A-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC------------------A----------TATT------------------CTT--CG----T------TA--TGTTT--TT--CTAATACTA-AGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATG-TTT---ATTT-TGAT-----TTTT-------TTTCTTTGGTGTTCCGTGA-----ATAAATTCT-----------T-----------CATC-----------AGTTCGT--CA--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT--T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CT-C-----CTAG------TG--TCATCAGAAATCAACGTGAACTCTCATGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAC-ACGTT-TCTAC----A------T--TTAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATAttg
gi|5 : TAAAATATA-T--ACCTTTGA------AGCTT----GAACT-T-TCATA-G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT--A------------AT-AT------CTGT--GGACACTGTTTT--ATATTGTTTAGTGTTTC--TTGTTA----------A----------TATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCG----T------TA--CG-CT--TT--CTTACACTA-AGAAAATGG-CGCC------TGCTAATCATATACATG-TCT---ATTT--GCT-----TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTTCGTTC-----ACCAATTCT-----------T-----------CGTC-----------AATTCAT--CC--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT--T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CC-CACAAAGTAT------TT--TAAACAAAAGGAAATGTGACCTTTTACTT-ACTCTCTTG---TTTCTTGTAG-A
gi|6 : tT--G-GCACTGTTTT--ATATT---------TCC--TTGT-GTGACCGATTCA----------TATT------------------CTT--TA----T------TA--TGTCTCTTT--CTAACATCA-AAGAAATTATC---------------------------------ATTT-TCGT-----TATTGCAAGAATTCAATTGATGTTCTGTGA-----ATAAATCTT-----------T-----------CGTC-----------AGTTCAT--CA--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT--T-----TAGTTCAATGTTAC--TT--CC-C-----TTAC------AT--TCAACAGAAAGCAATGCAACCACTTATGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGAATGTT-TCTTC----A------C--ATGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATA
gi|7 : tgtTAAAATATA-T--ACCTTTGA------ATCTT----GAACTTCACTA---G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT--A------------AT-AT------CTGT--GGACTCTGTTGT--ATAGT---------GTT--T----A----------G----------TGTT------------------TCT--TG----T------TAATTTTCT--TCAATTGA-GTTA-AGAAAATAG-CGCCATCTAAT------CATATACATG-TCT---GTTT---GT-----TTTTGCAAGGATTTCTTTGATGTTC----------ACTAATTCT-----------T-----------CGCC-----------AATTCAT--CT--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT--T-----Ct
gi|8 : tgcttgatggtcatgctttattAAAA-AATCACT------T------CATATGCAGG-TTT---ATTT-TG-T-----TTTTG----AATTTCTAAGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------TTGTCAATTCATCGTC-----------AATTCGT--CATAAAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGCTGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAACAGTTTGACCAC--AAATA-------TGTTTTTTTTTTTAG-ATTTT-TCTGT----A------T--ATGACTGTAGATGTAAC-TT--TGATTTGAt
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACCTTCAATGACTAAGCTATTTAGAACT-TATCATGCC----T----GTTTGAAGTTTTGT-----TTT-GC--TTTTCC-------------------------------G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT-G----------A----------GATTGA----------------TTC--CG----G------TA--TGTAT--TT--TTT-TAATA-GGAAGA-AATAGCC------T------CACATACATG--TT---GTTT-TG--------TTTGCAAGAATATCTATGTTTTTCTGTAAACTTGATCAATTTT-----------T-----------CGTC-----------AGT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11111 3333333 1111 111111111 666666666666666666666666 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 222222222222222222222 11111111111 11111 22222222222222222222222 11111111111 222222222222 222 11111111111111
lowQualScore : 1 00000 666666 33333 3 5 0 6666666 0000 66 6 444444444 66 777777777777777777777777 66 8 66 777777777 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 222222 4 9999 55 55 4 777777777777777777777 0 888 33333333333 0 0 55555 22222222222222222222222 33333333333 44 44 33 2 777777777777 44 3 88888 999999 44 44 2 66 88 0 0 222 3 4 4 33333333333333 1 3
lowQualScore : . ..... ...... ..... . . . ....... .... .. . ......... .. ........................ .. . .. ......... .. .................................................... .. ...... . .... .. .. . ..................... . ... ........... . . ..... ....................... ........... .. .. .. . ............ .. . ..... ...... .. .. . .. .. . . ... . . . .............. . .
lowQualScore : 0 11111 444444 11111 0 7 2 8888888 6666 11 5 999999999 99 999999999999999999999999 11 9 11 888888888 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 888888 4 4444 55 55 0 444444444444444444444 1 555 11111111111 1 8 44444 22222222222222222222222 66666666666 22 22 99 2 888888888888 66 3 33333 666666 66 66 3 11 77 1 7 555 5 0 4 77777777777777 0 4
consensus : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGANT----------AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Reference ( family-6369 ) : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGA------------AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
gi|1 : AAAACTA-ATTGCATTCAA------GGCTA----AAACT-TACCATTCATACAC----ATTTGATTTTTAGC-----TCA-GC--TTTT-CTGAGTAGATCTTATAAT------CTGT--G-TCACTGTTTT--ATATT---------TTCATTTGTCACGG----------A----------TTCATATT------------------CTT--CAT------TA-TTTATGTCT--TTC--TCACAATATGGAAAAGA--CGCT------T------CTTATGCAGGTTC---ATTT-TG-A------TGTTTCAACAACTTCTTTGACATTCTGTGA-----ATCAATTCA-----------T-----------TGTTAA-----------CTTGT--CA--AAC--AGATTTGAT-TTCAAGACT------T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CT-C-----CTAC------TTTCTCAACAAAAAACAATTTGACCTC--TTATGAGCCTCTCTTG---TTTCATTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|10 : tATATGTTT---GTTTACG-T------TTT-GCAAAAA--------AT---CCGTTA-----ATCGATTGT-----------T-----------TGTCAT-----------TTCAT--AT--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT------A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATA-C-----CTAA------CT--TCAACAAAAGGTAAT-----------TGTGTAATTATCTTA-TTTCTC----AG-ATGTT-CCTAT----A------C--ATGACTCCAGATGTTATAt
gi|11 : attatcaaACCATGC----AT----GCTTG---TTT-GT-----TT---T--GTTTTCTGA------------GTAGG---CTATCTG-ACAATGTTTTTTATATT---------ATG--TTGT----G----------A----------T----ACTGA----------------TTT--CGG------TG-T----GTAT--TTC--TTAGACTA-GGAAGA-AATCACC------T------CAACTGCATGCT-----TTT-TG-CTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGTaccgattctttttgatat
gi|12 : gcttttgtaaaagctAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CC-C-----TTACTAGAAATT--TCAAT-GAAAGTAATGTGACCTC--TTTTGCAACTCTCTTG---TTTCATTAAG-ATGTT-TCTACTCGTA------TTGATCACTCTATATGTAATA--AATGAATTGATA
gi|13 : ttttggttaggtcgcatgTCT--TTC--GTACACTA-A---AATAA---CT------T------CATATACATGTAT---ATTT-TC-T------TT----AAGGATTTTTTAGATGTTCCTTGG-----ATCAATTCTGTGTCAATTTAT-----------CGTCAG-----------TTCGTCACA--AAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGC----TGCGTGCAGTTCGACGTTATTTTT--CT-C-----TTAC------TT--ta
gi|14 : ------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCATTA-----ATTAATTCT-----------A-----------CGTCAA-----------TTCCT--CA--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT------T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT-T-----GTAA------TT--T
gi|14 : TCTT--TTTTTCTTTTAT-ATGTTATTTAC----A------T----GACTGTAAATGTAATGTATATGATATGtctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|15 : ttttgcaagaatttctttgatgttccattaattaattctacgtcaattcctcaataaaattttgttttcaattcttaagttctatgttaattttcttgtaatttATGTCT---ATTA-CA-T------TTCTGCAAGAATTGTTTTGATGTTATGTTC-----ATCACTTCT-----------T-----------CATAAA-----------TTCAT--CA--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT------T-----CAG
gi|16 : TCAT-----------TTCGG--CA--AAT--AAATTTAGTTTTAAAG---------T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAAAAAGCA
gi|2 : ttgacagtgtattaGTAAAATCTAATTGGCCTTCGA------AGCTG----GAA-T-CAC-----G-A-ATTTTAGTTTTCTTTTT--C-----TGA-GTATTTTTTCTGAGT----------AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----A----------AAACTGATTCAT----AGT------------------TTT--CATAACAGGTA-T----GTTT--GTC--TTACACTA-GGAAGA-AATTGCC------T------CATGTATGGGTTTTTTATCT-TG-T------TATTGCAAGAATTTCTATGATGTTATGTGAACTTGATAAATTCT-----------T-----------TGTCAA-----------T--G------------------------CACAACT------G-----TGGTTCAATGTCGATTTT--CCAC-----TTAC------AT--TAAACAAAAAGCAATGCAACCTC--TTTTTTAATTATC-TG--TTTTCTTTTAG-ACACT-TCTAC----ATACATGT--ATACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATA
gi|3 : ttGTAAGAACTA-TTGTACTTCAA------AGCCG----GGAAA-TACCATG---G-AT----CTTTGAATTTTAGTGTGTTTTA-TT--TTTTTCTGGCT----------AT------CTGT--G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------AGACTCAATCAT----ATT------------------CTT--CAC------TG-T----CTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAA--ATCGAT------T------CATATACATATTTT--ATTT-T---------TATTGAACGA----CTTAGATGTTCCATGA-----ATTAATTCT-----------T-----------CGTCAAATCACCGTTAATTCGT--CA--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGCTGCGTA----CAATTCGATATTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAG-------TGTTACCAC--TTATATG--TTTCGTG-TGC-------AG-ACATT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATTTTAAT
gi|4 : CGTAAAAACTA-TTTGTATTCAA------AGTTA----GATTT-CACTATGCGCATAT----GTTTGTATTTTAGT-----TTA-GT--TTTTTCCGAG-----------ATGGTCAACTGT--A-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC---------------------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTTT--TTC--TAATACTA-AGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATGTTT---ATTT-TGAT------TTTT-------TTTCTTTGGTGTTCCGTGA-----ATAAATTCT-----------T-----------CATCAG-----------TTCGT--CA--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT------T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CT-C-----CTAG------TG--TCATCAGAAATCAACGTGAACTC--TCATGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAC-ACGTT-TCTAC----A------T--TTAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATAttg
gi|5 : TAAAATATA-T--ACCTTTGA------AGCTT----GAACT-T-TCATA-G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT--AAT-----------AT------CTGT--GGACACTGTTTT--ATATTGTTTAGTGTTTC--TTGTT---A----------A----------T----ATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCGT------TA-C----G-CT--TTC--TTACACTA-AGAAAATGG-CGCC------TGCTAATCATATACATGTCT---ATTT-GC-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTTCGTTC-----ACCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCAT--CC--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CC-CACAAAGTAT------TT--TAAACAAAAGGAAATGTGACCTT--TTACTT-ACTCTCTTG---TTTCTTGTAG-A
gi|6 : tT--G-GCACTGTTTT--ATATT---------TCC--TTGT----GTGACCGATTCA----------T----ATT------------------CTT--TAT------TA-T----GTCTCTTTC--TAACATCA-AAGAAAT----------------------TAT-CAT--------TTT-CG-T------TATTGCAAGAATTCAATTGATGTTCTGTGA-----ATAAATCTT-----------T-----------CGTCAG-----------TTCAT--CA--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT------T-----TAGTTCAATGTTAC--TT--CC-C-----TTAC------AT--TCAACAGAAAGCAATGCAACCAC--TTATGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGAATGTT-TCTTC----A------C--ATGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATA
gi|7 : tgtTAAAATATA-T--ACCTTTGA------ATCTT----GAACTTCACTA---G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT--AAT-----------AT------CTGT--GGACTCTGTTGT--ATAGT---------GTT--TAGT----G---------------------T-----TT------------------CTT---GT------TAAT----TTTC--TTCAATTGAGTTA-AGAAAATAG-CGCCATCTAAT------CATATACATGTCT---GTTT--G-T------TTTTGCAAGGATTTCTTTGATGTTC----------ACTAATTCT-----------T-----------CGCCAA-----------TTCAT--CT--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----Ct
gi|8 : tgcttgatggtcatgctttattAAAA-AATCACT------T------CATATGCAGGTTT---ATTT-TG-T------TTTTG----AATTTCTAAGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------TTGTCAATTCATCGTCAA-----------TTCGT--CATAAAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGC----TGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAACAGTTTGACCACAAATATGT-----------TTTTTTTTTTAG-ATTTT-TCTGT----A------T--ATGACTGTAGATGTAAC-TT--TGATTTGAt
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACCTTCAATGACTAAGCTATTTAGAACT-TATCATGCC----T----GTTTGAAGTTTTGT-----TTT-GC--TTTTCC-----------------------------G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------G----ATTGA----------------TTC--CGG------TA-T----GTAT--TTT--TT-TAATA-GGAAGA-AATAGCC------T------CACATACATG-TT---GTTT-TG---------TTTGCAAGAATATCTATGTTTTTCTGTAAACTTGATCAATTTT-----------T-----------CGTCAG-----------T
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11111 3333333 1111 111111111 33333333333333333 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 222222222222222222222 11111111111 11111 22222222222222222222222 11111111111 222222222222 222 11111111111111
lowQualScore : 1 00000 666666 33333 3 5 0 6666666 0000 66 6 444444444 66 77 22 99999999999999999 8 66 777777777 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 222222 4 9999 55 55 4 777777777777777777777 0 888 33333333333 0 0 55555 22222222222222222222222 33333333333 44 44 33 2 777777777777 44 3 88888 999999 44 44 2 66 88 0 0 222 3 4 4 33333333333333 1 3
lowQualScore : . ..... ...... ..... . . . ....... .... .. . ......... .. .. .. ................. . .. ......... .. .................................................... .. ...... . .... .. .. . ..................... . ... ........... . . ..... ....................... ........... .. .. .. . ............ .. . ..... ...... .. .. . .. .. . . ... . . . .............. . .
lowQualScore : 0 11111 444444 11111 0 7 2 8888888 6666 11 5 999999999 99 55 99 00000000000000000 9 11 888888888 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 888888 4 4444 55 55 0 444444444444444444444 1 555 11111111111 1 8 44444 22222222222222222222222 66666666666 22 22 99 2 888888888888 66 3 33333 666666 66 66 3 11 77 1 7 555 5 0 4 77777777777777 0 4
consensus : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Reference ( family-6369 ) : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGANTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
gi|1 : AAAACTA-ATTGCATTCAA------GGCTA----AAACT-TACCATTCATACAC----ATTTGATTTTTAGC-----TCA-GC--TTTT-CTGAGTAGATCTTATAAT------CTGTG-TCACTGTTTT--ATATT---------TTCATTTGTCACGG----------A----------TTCATATT------------------CTT--CAT------TA-TTTATGTCT--TTC--TCACAATATGGAAAAGA--CGCT------T------CTTATGCAGGTTC---ATTT-TG-A------TGTTTCAACAACTTCTTTGACATTCTGTGA-----ATCAATTCA-----------T-----------TGTTAA-----------CTTGT--CA--AAC--AGATTTGAT-TTCAAGACT------T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CT-C-----CTAC------TTTCTCAACAAAAAACAATTTGACCTC--TTATGAGCCTCTCTTG---TTTCATTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|10 : tATATGTTT---GTTTACG-T------TTT-GCAAAAA--------AT---CCGTTA-----ATCGATTGT-----------T-----------TGTCAT-----------TTCAT--AT--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT------A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATA-C-----CTAA------CT--TCAACAAAAGGTAAT-----------TGTGTAATTATCTTA-TTTCTC----AG-ATGTT-CCTAT----A------C--ATGACTCCAGATGTTATAt
gi|11 : attatcaaACCATGC----AT----GCTTG---TTT-GT-----TT---T--GTTTTCTGAGTAGGC-------T------ATCTG-ACAATGTTTTTTATATT---------ATG--TTGT----G----------A----------T----ACTGA----------------TTT--CGG------TG-T----GTAT--TTC--TTAGACTA-GGAAGA-AATCACC------T------CAACTGCATGCT-----TTT-TG-CTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGTaccgattctttttgatat
gi|12 : gcttttgtaaaagctAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CC-C-----TTACTAGAAATT--TCAAT-GAAAGTAATGTGACCTC--TTTTGCAACTCTCTTG---TTTCATTAAG-ATGTT-TCTACTCGTA------TTGATCACTCTATATGTAATA--AATGAATTGATA
gi|13 : ttttggttaggtcgcatgTCT--TTC--GTACACTA-A---AATAA---CT------T------CATATACATGTAT---ATTT-TC-T------TT----AAGGATTTTTTAGATGTTCCTTGG-----ATCAATTCTGTGTCAATTTAT-----------CGTCAG-----------TTCGTCACA--AAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGC----TGCGTGCAGTTCGACGTTATTTTT--CT-C-----TTAC------TT--ta
gi|14 : ------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCATTA-----ATTAATTCT-----------A-----------CGTCAA-----------TTCCT--CA--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT------T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT-T-----GTAA------TT--T
gi|14 : TCTT--TTTTTCTTTTAT-ATGTTATTTAC----A------T----GACTGTAAATGTAATGTATATGATATGtctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|15 : ttttgcaagaatttctttgatgttccattaattaattctacgtcaattcctcaataaaattttgttttcaattcttaagttctatgttaattttcttgtaatttATGTCT---ATTA-CA-T------TTCTGCAAGAATTGTTTTGATGTTATGTTC-----ATCACTTCT-----------T-----------CATAAA-----------TTCAT--CA--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT------T-----CAG
gi|16 : TCAT-----------TTCGG--CA--AAT--AAATTTAGTTTTAAAG---------T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAAAAAGCA
gi|2 : ttgacagtgtattaGTAAAATCTAATTGGCCTTCGA------AGCTG----GAA-T-CAC-----G-A-ATTTTAGTTTTCTTTTT--C-----TGA-GTATTTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----A----------AAACTGATTCAT----AGT------------------TTT--CATAACAGGTA-T----GTTT--GTC--TTACACTA-GGAAGA-AATTGCC------T------CATGTATGGGTTTTTTATCT-TG-T------TATTGCAAGAATTTCTATGATGTTATGTGAACTTGATAAATTCT-----------T-----------TGTCAA-----------T--G------------------------CACAACT------G-----TGGTTCAATGTCGATTTT--CCAC-----TTAC------AT--TAAACAAAAAGCAATGCAACCTC--TTTTTTAATTATC-TG--TTTTCTTTTAG-ACACT-TCTAC----ATACATGT--ATACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATA
gi|3 : ttGTAAGAACTA-TTGTACTTCAA------AGCCG----GGAAA-TACCATG---G-AT----CTTTGAATTTTAGTGTGTTTTA-TT--TTTTTCTGGCTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------AGACTCAATCAT----ATT------------------CTT--CAC------TG-T----CTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAA--ATCGAT------T------CATATACATATTTT--ATTT-T---------TATTGAACGA----CTTAGATGTTCCATGA-----ATTAATTCT-----------T-----------CGTCAAATCACCGTTAATTCGT--CA--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGCTGCGTA----CAATTCGATATTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAG-------TGTTACCAC--TTATATG--TTTCGTG-TGC-------AG-ACATT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATTTTAAT
gi|4 : CGTAAAAACTA-TTTGTATTCAA------AGTTA----GATTT-CACTATGCGCATAT----GTTTGTATTTTAGT-----TTA-GT--TTTTTCCGAG-A----------TGGTCAACTGTA-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC---------------------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTTT--TTC--TAATACTA-AGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATGTTT---ATTT-TGAT------TTTT-------TTTCTTTGGTGTTCCGTGA-----ATAAATTCT-----------T-----------CATCAG-----------TTCGT--CA--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT------T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CT-C-----CTAG------TG--TCATCAGAAATCAACGTGAACTC--TCATGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAC-ACGTT-TCTAC----A------T--TTAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATAttg
gi|5 : TAAAATATA-T--ACCTTTGA------AGCTT----GAACT-T-TCATA-G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACACTGTTTT--ATATTGTTTAGTGTTTC--TTGTT---A----------A----------T----ATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCGT------TA-C----G-CT--TTC--TTACACTA-AGAAAATGG-CGCC------TGCTAATCATATACATGTCT---ATTT-GC-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTTCGTTC-----ACCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCAT--CC--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CC-CACAAAGTAT------TT--TAAACAAAAGGAAATGTGACCTT--TTACTT-ACTCTCTTG---TTTCTTGTAG-A
gi|6 : tTG-GCACTGTTTT--ATATT---------TCC--TTGT----GTGACCGATTCA----------T----ATT------------------CTT--TAT------TA-T----GTCTCTTTC--TAACATCA-AAGAAAT----------------------TAT-CAT--------TTT-CG-T------TATTGCAAGAATTCAATTGATGTTCTGTGA-----ATAAATCTT-----------T-----------CGTCAG-----------TTCAT--CA--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT------T-----TAGTTCAATGTTAC--TT--CC-C-----TTAC------AT--TCAACAGAAAGCAATGCAACCAC--TTATGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGAATGTT-TCTTC----A------C--ATGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATA
gi|7 : tgtTAAAATATA-T--ACCTTTGA------ATCTT----GAACTTCACTA---G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACTCTGTTGT--ATAGT---------GTT--TAGT----G---------------------T-----TT------------------CTT---GT------TAAT----TTTC--TTCAATTGAGTTA-AGAAAATAG-CGCCATCTAAT------CATATACATGTCT---GTTT--G-T------TTTTGCAAGGATTTCTTTGATGTTC----------ACTAATTCT-----------T-----------CGCCAA-----------TTCAT--CT--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----Ct
gi|8 : tgcttgatggtcatgctttattAAAA-AATCACT------T------CATATGCAGGTTT---ATTT-TG-T------TTTTG----AATTTCTAAGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------TTGTCAATTCATCGTCAA-----------TTCGT--CATAAAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGC----TGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAACAGTTTGACCACAAATATGT-----------TTTTTTTTTTAG-ATTTT-TCTGT----A------T--ATGACTGTAGATGTAAC-TT--TGATTTGAt
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACCTTCAATGACTAAGCTATTTAGAACT-TATCATGCC----T----GTTTGAAGTTTTGT-----TTT-GC--TTTTCC---------------------------G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------G----ATTGA----------------TTC--CGG------TA-T----GTAT--TTT--TT-TAATA-GGAAGA-AATAGCC------T------CACATACATG-TT---GTTT-TG---------TTTGCAAGAATATCTATGTTTTTCTGTAAACTTGATCAATTTT-----------T-----------CGTCAG-----------T
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11111 3333333 1111 111111111 33333333333333333 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 222222222222222222222 11111111111 11111 22222222222222222222222 11111111111 222222222222 222 11111111111111
lowQualScore : 1 00000 666666 33333 3 5 0 6666666 0000 66 6 444444444 66 77 00 99999999999999999 8 66 777777777 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 222222 4 9999 55 55 4 777777777777777777777 0 888 33333333333 0 0 55555 22222222222222222222222 33333333333 44 44 33 2 777777777777 44 3 88888 999999 44 44 2 66 88 0 0 222 3 4 4 33333333333333 1 3
lowQualScore : . ..... ...... ..... . . . ....... .... .. . ......... .. .. .. ................. . .. ......... .. .................................................... .. ...... . .... .. .. . ..................... . ... ........... . . ..... ....................... ........... .. .. .. . ............ .. . ..... ...... .. .. . .. .. . . ... . . . .............. . .
lowQualScore : 0 11111 444444 11111 0 7 2 8888888 6666 11 5 999999999 99 55 44 00000000000000000 9 11 888888888 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 888888 4 4444 55 55 0 444444444444444444444 1 555 11111111111 1 8 44444 22222222222222222222222 66666666666 22 22 99 2 888888888888 66 3 33333 666666 66 66 3 11 77 1 7 555 5 0 4 77777777777777 0 4
consensus : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Reference ( family-6369 ) : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
gi|1 : AAAACTA-ATTGCATTCAA------GGCTA----AAACT-TACCATTCATACAC----ATTTGATTTTTAGC-----TCA-GC--TTTT-CTGAGTAGATCTTATAAT------CTGTG-TCACTGTTTT--ATATT---------TTCATTTGTCACGG----------A----------TTCATATT------------------CTT--CAT------TA-TTTATGTCT--TTC--TCACAATATGGAAAAGA--CGCT------T------CTTATGCAGGTTC---ATTT-TG-A------TGTTTCAACAACTTCTTTGACATTCTGTGA-----ATCAATTCA-----------T-----------TGTTAA-----------CTTGT--CA--AAC--AGATTTGAT-TTCAAGACT------T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CT-C-----CTAC------TTTCTCAACAAAAAACAATTTGACCTC--TTATGAGCCTCTCTTG---TTTCATTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|10 : tATATGTTT---GTTTACG-T------TTT-GCAAAAA--------AT---CCGTTA-----ATCGATTGT-----------T-----------TGTCAT-----------TTCAT--AT--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT------A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATA-C-----CTAA------CT--TCAACAAAAGGTAAT-----------TGTGTAATTATCTTA-TTTCTC----AG-ATGTT-CCTAT----A------C--ATGACTCCAGATGTTATAt
gi|11 : attatcaaACCATGC----AT----GCTTG---TTT-GT-----TT---T--GTTTTCTGAGTAGGC-------T------ATCTG-ACAATGTTTTTTATATT---------ATG--TTGT----G----------A----------T----ACTGA----------------TTT--CGG------TG-T----GTAT--TTC--TTAGACTA-GGAAGA-AATCACC------T------CAACTGCATGCT-----TTT-TG-CTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGTaccgattctttttgatat
gi|12 : gcttttgtaaaagctAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CC-C-----TTACTAGAAATT--TCAAT-GAAAGTAATGTGACCTC--TTTTGCAACTCTCTTG---TTTCATTAAG-ATGTT-TCTACTCGTA------TTGATCACTCTATATGTAATA--AATGAATTGATA
gi|13 : ttttggttaggtcgcatgTCT--TTC--GTACACTA-A---AATAA---CT------T------CATATACATGTAT---ATTT-TC-T------TT----AAGGATTTTTTAGATGTTCCTTGG-----ATCAATTCTGTGTCAATTTAT-----------CGTCAG-----------TTCGTCACA--AAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGC----TGCGTGCAGTTCGACGTTATTTTT--CT-C-----TTAC------TT--ta
gi|14 : ------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCATTA-----ATTAATTCT-----------A-----------CGTCAA-----------TTCCT--CA--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT------T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT-T-----GTAA------TT--T
gi|14 : TCTT--TTTTTCTTTTAT-ATGTTATTTAC----A------T----GACTGTAAATGTAATGTATATGATATGtctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|15 : ttttgcaagaatttctttgatgttccattaattaattctacgtcaattcctcaataaaattttgttttcaattcttaagttctatgttaattttcttgtaatttATGTCT---ATTA-CA-T------TTCTGCAAGAATTGTTTTGATGTTATGTTC-----ATCACTTCT-----------T-----------CATAAA-----------TTCAT--CA--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT------T-----CAG
gi|16 : TCAT-----------TTCGG--CA--AAT--AAATTTAGTTTTAAAG---------T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAAAAAGCA
gi|2 : ttgacagtgtattaGTAAAATCTAATTGGCCTTCGA------AGCTG----GAA-T-CAC-----G-A-ATTTTAGTTTTCTTTTT--C-----TGA-GTATTTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----A----------AAACTGATTCAT----AGT------------------TTT--CATAACAGGTA-T----GTTT--GTC--TTACACTA-GGAAGA-AATTGCC------T------CATGTATGGGTTTTTTATCT-TG-T------TATTGCAAGAATTTCTATGATGTTATGTGAACTTGATAAATTCT-----------T-----------TGTCAA-----------T--G------------------------CACAACT------G-----TGGTTCAATGTCGATTTT--CCAC-----TTAC------AT--TAAACAAAAAGCAATGCAACCTC--TTTTTTAATTATC-TG--TTTTCTTTTAG-ACACT-TCTAC----ATACATGT--ATACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATA
gi|3 : ttGTAAGAACTA-TTGTACTTCAA------AGCCG----GGAAA-TACCATG---G-AT----CTTTGAATTTTAGTGTGTTTTA-TT--TTTTTCTGGCTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------AGACTCAATCAT----ATT------------------CTT--CAC------TG-T----CTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAA--ATCGAT------T------CATATACATATTTT--ATTT-T---------TATTGAACGA----CTTAGATGTTCCATGA-----ATTAATTCT-----------T-----------CGTCAAATCACCGTTAATTCGT--CA--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGCTGCGTA----CAATTCGATATTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAG-------TGTTACCAC--TTATATG--TTTCGTG-TGC-------AG-ACATT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATTTTAAT
gi|4 : CGTAAAAACTA-TTTGTATTCAA------AGTTA----GATTT-CACTATGCGCATAT----GTTTGTATTTTAGT-----TTA-GT--TTTTTCCGAG-A----------TGGTCAACTGTA-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC---------------------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTTT--TTC--TAATACTA-AGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATGTTT---ATTT-TGAT------TTTT-------TTTCTTTGGTGTTCCGTGA-----ATAAATTCT-----------T-----------CATCAG-----------TTCGT--CA--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT------T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CT-C-----CTAG------TG--TCATCAGAAATCAACGTGAACTC--TCATGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAC-ACGTT-TCTAC----A------T--TTAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATAttg
gi|5 : TAAAATATA-T--ACCTTTGA------AGCTT----GAACT-T-TCATA-G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACACTGTTTT--ATATTGTTTAGTGTTTC--TTGTT---A----------A----------T----ATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCGT------TA-C----G-CT--TTC--TTACACTA-AGAAAATGG-CGCC------TGCTAATCATATACATGTCT---ATTT-GC-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTTCGTTC-----ACCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCAT--CC--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CC-CACAAAGTAT------TT--TAAACAAAAGGAAATGTGACCTT--TTACTT-ACTCTCTTG---TTTCTTGTAG-A
gi|6 : tTG-GCACTGTTTT--ATATT---------TCC--TTGT----GTGACCGATTCA----------T----ATT------------------CTT--TAT------TA-T----GTCTCTTTC--TAACATCA-AAGAAAT----------------------TAT-CAT--------TTT-CG-T------TATTGCAAGAATTCAATTGATGTTCTGTGA-----ATAAATCTT-----------T-----------CGTCAG-----------TTCAT--CA--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT------T-----TAGTTCAATGTTAC--TT--CC-C-----TTAC------AT--TCAACAGAAAGCAATGCAACCAC--TTATGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGAATGTT-TCTTC----A------C--ATGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATA
gi|7 : tgtTAAAATATA-T--ACCTTTGA------ATCTT----GAACTTCACTA---G-A-AT----GTTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACTCTGTTGT--ATAGT---------GTT--TAGT----G---------------------T-----TT------------------CTT---GT------TAAT----TTTC--TTCAATTGAGTTA-AGAAAATAG-CGCCATCTAAT------CATATACATGTCT---GTTT--G-T------TTTTGCAAGGATTTCTTTGATGTTC----------ACTAATTCT-----------T-----------CGCCAA-----------TTCAT--CT--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----Ct
gi|8 : tgcttgatggtcatgctttattAAAA-AATCACT------T------CATATGCAGGTTT---ATTT-TG-T------TTTTG----AATTTCTAAGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------TTGTCAATTCATCGTCAA-----------TTCGT--CATAAAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGC----TGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAACAGTTTGACCACAAATATGT-----------TTTTTTTTTTAG-ATTTT-TCTGT----A------T--ATGACTGTAGATGTAAC-TT--TGATTTGAt
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACCTTCAATGACTAAGCTATTTAGAACT-TATCATGCC----T----GTTTGAAGTTTTGT-----TTT-GC--TTTTCC---------------------------G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------G----ATTGA----------------TTC--CGG------TA-T----GTAT--TTT--TT-TAATA-GGAAGA-AATAGCC------T------CACATACATG-TT---GTTT-TG---------TTTGCAAGAATATCTATGTTTTTCTGTAAACTTGATCAATTTT-----------T-----------CGTCAG-----------T
blockSeqs : T ATTGG TGACTA ATTTA A T TGCGCAT TTTA CT A GTGTTTTA AT CT TGGTCAA G TT GTTTAGTGT . TAATATTTTCTTCAATTGGCTTAGG AG AACAGG A . CT AA . TGGCGCCTGCTAAT TTT TGCTGGCTA ACTTG GTGTCAATTTAT ATCACCGTTAA CA TA AT C GCTGCGTG AA A ACAAA TAGAAA . GT T AA AA TTT A A A TCGTATTG A A
blockSeqs : A TTGT . G T . TAGA . AA A TGAC . CT GGCT G . . . AAAACTGATTCATAGT . . . . . . . TAGCGCCATCTAAT T ACGT ACTTG TTGTCAATTCAT . . . . C GCTGCGTA . . . . . GC T . AA TT T . . ATACATGT A T
blockSeqs : A TTTG . G C . TGCC . TA A TGAC . CT T . . . . GAGACTCAATCATATT . . . . . . . CAATCGCCT . TGAT . T . . . . T GCTGCGCG . . . . . GT A . AA TT T . . AC G A
blockSeqs : T TTGA . A C . TGC . AG A TGA . CC T . . . . GTGACCGATTCATATT . . . . . . . AATCACCT . TCT . A . . . . T A . . . . . GT T . AA TG T . . AT A A
blockSeqs : T TA . T C . TGG . AG T TTA . C T . . . . GATACTGA . . . . . . . AATTGCCT . CAT . T . . . . C T . . . . . GT T . AG TT T . . AT T A
blockSeqs : A TA . T . . GA . AA . TTT . . T . . . . GAGATTGA . . . . . . . AATCACTT . TGT . T . . . . T T . . . . . GC A . G T T . . AT A A
blockSeqs : GA . . . TT . . . . . . . ATATT . . . . . . . AATAGCCT . GCT . T . . . . C T . . . . . TT A . A . T . . AC A .
blockSeqs : . . . . GTTT . . . . . . . ATCGATT . CGT . T . . . . T T . . . . . . . . . . . . . AT .
blockSeqs : . . . TAACTT . TGT . T . . . . C G . . . . . . . .
blockSeqs : T . GT . T . . . . T T . . . . .
blockSeqs : . TG . T . . . . C T . . . . .
blockSeqs : . T . T . . . . T T
blockSeqs : . . . T
blockSeqCons : TGA**** T**************** ** **** AATCGCCT************* ** TT*
originalCons : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGCG-A-AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAATAATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
finalCons : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCATGA----AT----GTTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTAT----------------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTA-AGAAAAAATCGCCT-------------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTGTT-TTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 11111 1111111111111111 111111111 33333333333333333 111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111111111111 11111111111 11111 22222222222222222222222 11111111111 222222222222 222 11111111111111
lowQualScore : 1 00000 666666 33333 3 5 0 55 7777777777777777 66 6 444444444 66 77 00 99999999999999999 8 66 777777777 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 222222 4 9999 55 55 3 0 4444444444444 0 888 33333333333 0 0 55555 22222222222222222222222 33333333333 44 44 33 2 777777777777 44 3 88888 999999 44 44 2 66 88 0 0 222 3 4 4 33333333333333 1 3
lowQualScore : . ..... ...... ..... . . . .. ................ .. . ......... .. .. .. ................. . .. ......... .. .................................................... .. ...... . .... .. .. . . ............. . ... ........... . . ..... ....................... ........... .. .. .. . ............ .. . ..... ...... .. .. . .. .. . . ... . . . .............. . .
lowQualScore : 0 11111 444444 11111 0 7 2 11 0000000000000000 11 5 999999999 99 55 44 00000000000000000 9 11 888888888 11 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 888888 4 4444 55 55 6 5 1111111111111 1 555 11111111111 1 8 44444 22222222222222222222222 66666666666 22 22 99 2 888888888888 66 3 33333 666666 66 66 3 11 77 1 7 555 5 0 4 77777777777777 0 4
consensus : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCAT-G---N-AT----G----TTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTAAGAAAA-AATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
Reference ( family-6369 ) : CGTAAAANCTA-TTGGCCTTCGA------AGCTN----GAACT-CACCAT-G---A-AT----G----TTTGANTTTTAGT-----TNA-GT--TTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTCT--TTC--TTACACTAAGAAAA-AATCGCC------T------CATATACATGTTT---ATTT-TG-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCGT--CA--AAC--GAATTTCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCGACGTTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAGCAATGCGACCTC--TTATGTAACTCTCTTG-TTTTTCTTTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATATTAATGATTTGATA
gi|1 : AAAACTA-ATTGCATTCAA------GGCTA----AAACT-TACCAT-T---C-AT----ACACATTTGATTTTTAGC-----TCA-GC--TTTT-CTGAGTAGATCTTATAAT------CTGTG-TCACTGTTTT--ATATT---------TTCATTTGTCACGG----------A----------TTCATATT------------------CTT--CAT------TA-TTTATGTCT--TTC--TCACAATATGGAAA-AGACGCT------T------CTTATGCAGGTTC---ATTT-TG-A------TGTTTCAACAACTTCTTTGACATTCTGTGA-----ATCAATTCA-----------T-----------TGTTAA-----------CTTGT--CA--AAC--AGATTTGAT-TTCAAGACT------T-----CAGCATGACGTTACCTTT--CT-C-----CTAC------TTTCTCAACAAAAAACAATTTGACCTC--TTATGAGCCTCTCTTG---TTTCATTTAG-ACGTT-TCTAC----A------T--ATGACTCCAGATGTAATATTCATGATTTGATA
gi|10 : tATATGTTT---GTTTACG-T------TTT-GCAAAAA--------AT---CCGTTA-----ATCGATTGT-----------T-----------TGTCAT-----------TTCAT--AT--AAC--AAATTTTGTCTTGAAGACT------A-----CAGTTCAATGTTACTATTAATA-C-----CTAA------CT--TCAACAAAAGGTAAT-----------TGTGTAATTATCTTA-TTTCTC----AG-ATGTT-CCTAT----A------C--ATGACTCCAGATGTTATAt
gi|11 : attatcaaACCAT-G---C-AT----G----CTTG---TTT-GT-----TT---T--GTTTTCTGAGTAGGC-------T------ATCTG-ACAATGTTTTTTATATT---------ATG--TTGT----G----------A----------T----ACTGA----------------TTT--CGG------TG-T----GTAT--TTC--TTAGACTAGGAAGA-AATCACC------T------CAACTGCATGCT-----TTT-TG-CTGGCTATTTTGCAAAAAATTCTATGCTGTaccgattctttttgatat
gi|12 : gcttttgtaaaagctAC--GAATTCCGTCTTCAAGACT------T-----CAGTTCAACATTGCTGTT--CC-C-----TTACTAGAAATT--TCAAT-GAAAGTAATGTGACCTC--TTTTGCAACTCTCTTG---TTTCATTAAG-ATGTT-TCTACTCGTA------TTGATCACTCTATATGTAATA--AATGAATTGATA
gi|13 : ttttggttaggtcgcatgTCT--TTC--GTACACTAA------AATAACT------T------CATATACATGTAT---ATTT-TC-T------TT----AAGGATTTTTTAGATGTTCCTTGG-----ATCAATTCTGTGTCAATTTAT-----------CGTCAG-----------TTCGTCACA--AAT--GACTTTCGTTTTAAAGACTGC----TGCGTGCAGTTCGACGTTATTTTT--CT-C-----TTAC------TT--ta
gi|14 : ------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTCCATTA-----ATTAATTCT-----------A-----------CGTCAA-----------TTCCT--CA--ATA--AAATTTTGTTTTCAATTCT------T-----AAGTTCTATGTTAATTTT--CT-T-----GTAA------TT--T
gi|14 : TCTT--TTTTTCTTTTAT-ATGTTATTTAC----A------T----GACTGTAAATGTAATGTATATGATATGtctttttttcttttatatgttatttacatgactgtaaatgtaatgtatatgatatg
gi|15 : ttttgcaagaatttctttgatgttccattaattaattctacgtcaattcctcaataaaattttgttttcaattcttaagttctatgttaattttcttgtaatttATGTCT---ATTA-CA-T------TTCTGCAAGAATTGTTTTGATGTTATGTTC-----ATCACTTCT-----------T-----------CATAAA-----------TTCAT--CA--AAC--AAATATCGTCTTCAAGATT------T-----CAG
gi|16 : TCAT-----------TTCGG--CA--AAT--AAATTTAGTTTTAAAG---------T-----CGGTTCGACGTTACCTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAAAAAGCA
gi|2 : ttgacagtgtattaGTAAAATCTAATTGGCCTTCGA------AGCTG----GAA-T-CAC----G---A-ATTTTAG----TTTTCTTTTT--C-----TGA-GTATTTTTTCTGAGTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----A----------AAACTGATTCAT----AGT------------------TTT--CATAACAGGTA-T----GTTT--GTC--TTACACTAGGAAGA-AATTGCC------T------CATGTATGGGTTTTTTATCT-TG-T------TATTGCAAGAATTTCTATGATGTTATGTGAACTTGATAAATTCT-----------T-----------TGTCAA-----------T--G------------------------CACAACT------G-----TGGTTCAATGTCGATTTT--CCAC-----TTAC------AT--TAAACAAAAAGCAATGCAACCTC--TTTTTTAATTATC-TG--TTTTCTTTTAG-ACACT-TCTAC----ATACATGT--ATACCTATAGATGTAATATTACTGATTTGATA
gi|3 : ttGTAAGAACTA-TTGTACTTCAA------AGCCG----GGAAA-TACCAT-G---G-AT----C----TTTGAATTTTAGTGTGTTTTA-TT--TTTTTCTGGCTA----------T------CTGTG-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------AGACTCAATCAT----ATT------------------CTT--CAC------TG-T----CTCT--TTC--TTACACTAAGAAAA-A-TCGAT------T------CATATACATATTTT--ATTT-T---------TATTGAACGA----CTTAGATGTTCCATGA-----ATTAATTCT-----------T-----------CGTCAAATCACCGTTAATTCGT--CA--CACATGAATTTCGTCTTTAAGACTGCTGCGTA----CAATTCGATATTACTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAG-------TGTTACCAC--TTATATG--TTTCGTG-TGC-------AG-ACATT-TCTAC----A------T--ATGACTCTAGATGTAATTTTAAT
gi|4 : CGTAAAAACTA-TTTGTATTCAA------AGTTA----GATTT-CACTAT-GCGCATAT----G----TTTGTATTTTAGT-----TTA-GT--TTTTTCCGAG-A----------TGGTCAACTGTA-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC---------------------A----------T----ATT------------------CTT--CGT------TA-T----GTTT--TTC--TAATACTAAGAAAACAATCGCC------T------CATATGAATGTTT---ATTT-TGAT------TTTT-------TTTCTTTGGTGTTCCGTGA-----ATAAATTCT-----------T-----------CATCAG-----------TTCGT--CA--AAC--GGATTTCGTTTTCAAAACT------T-----CATCTCGACGTTATTTTT--CT-C-----CTAG------TG--TCATCAGAAATCAACGTGAACTC--TCATGGAACTCTCTTGTTTTTTCTTTTAC-ACGTT-TCTAC----A------T--TTAACTCCAGATGTAAAATTAATGATTTGATAttg
gi|5 : TAAAATATA-T--ACCTTTGA------AGCTT----GAACT-T-TCATAG---A-AT----G----TTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACACTGTTTT--ATATTGTTTAGTGTTTC--TTGTT---A----------A----------T----ATTTTCTTCAATTGGCTTAGGCTTAGCGT------TA-C----G-CT--TTC--TTACACTAAGAAAA-TGGCGCC------TGCTAATCATATACATGTCT---ATTT-GC-T------TTTTGCAAGAATTTCTTTGATGTTTCGTTC-----ACCAATTCT-----------T-----------CGTCAA-----------TTCAT--CC--GAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----CTACCCTACATCCCCTAT--CC-CACAAAGTAT------TT--TAAACAAAAGGAAATGTGACCTT--TTACTT-ACTCTCTTG---TTTCTTGTAG-A
gi|6 : tTG-GCACTGTTTT--ATATT---------TCC--TTGT----GTGACCGATTCA----------T----ATT------------------CTT--TAT------TA-T----GTCTCTTTC--TAACATCAA--AGA-AAT-------------------TAT-CAT--------TTT-CG-T------TATTGCAAGAATTCAATTGATGTTCTGTGA-----ATAAATCTT-----------T-----------CGTCAG-----------TTCAT--CA--AAC--GAATTTCGTTTTCAATACT------T-----TAGTTCAATGTTAC--TT--CC-C-----TTAC------AT--TCAACAGAAAGCAATGCAACCAC--TTATGCAGCCCTCTTG---TTTCTTTTAGAATGTT-TCTTC----A------C--ATGAATCTAGATGTTACATTACCCATTTGATA
gi|7 : tgtTAAAATATA-T--ACCTTTGA------ATCTT----GAACTTCACTA--G---A-AT----G----TTTGAGTTTTAGT-----TGACGT--TTTTT---AATA----------T------CTGTGGACTCTGTTGT--ATAGT---------GTT--TAGT----G---------------------T-----TT------------------CTT---GT------TAAT----TTTC--TTCAATTGAGTTAAGAAAA-TAGCGCCATCTAAT------CATATACATGTCT---GTTT--G-T------TTTTGCAAGGATTTCTTTGATGTTC----------ACTAATTCT-----------T-----------CGCCAA-----------TTCAT--CT--AAC--GCATGTCATCTTCAAGACT------T-----Ct
gi|8 : tgcttgatggtcatgctttattAAAA-AATCACT------T------CATATGCAGGTTT---ATTT-TG-T------TTTTG----AATTTCTAAGATGTTCCGTGA-----ATCAATTCT-----------TTGTCAATTCATCGTCAA-----------TTCGT--CATAAAT--GAGTT--GTTTTCAAGGCTGC----TGCGCGCAGTTCGACTTTTCTTTT--CT-C-----TTAC------TT--TCAACAGAAAACAGTTTGACCACAAATATGT-----------TTTTTTTTTTAG-ATTTT-TCTGT----A------T--ATGACTGTAGATGTAAC-TT--TGATTTGAt
gi|9 : CATAAAAACCA-TTGACCTTCAATGACTAAGCTATTTAGAACT-TATCAT-G---C-CT----G----TTTGAAGTTTTGT-----TTT-GC--TTTTCC---------------------------G-ACACTGTTTT--ATATT---------TTC--TTGT----G----------A----------G----ATTGA----------------TTC--CGG------TA-T----GTAT--TTT--TT-TAATAGGAAGA-AATAGCC------T------CACATACATG-TT---GTTT-TG---------TTTGCAAGAATATCTATGTTTTTCTGTAAACTTGATCAATTTT-----------T-----------CGTCAG-----------T